configuration object for HLT dNdPt analysis added

First version of the plotting macro for the MH + calculation of the integrated 3-particle correlator

fixes bug in calculating refmult, explicit mc check, central membrane rejection and fixes memory management problem.

Added rejection of pileup from SPD (ChiaraB)

Bug fix

Check for undecayed sigma0 in IsPhysicalPrimary

Added histos for TPC-vertex efficiency and changed mult binning for PbPb (Leonardo)

Updates from Yaxian

Added method AliInputEventHandler::GetStatistics(Option_t *option) to retrieve the physics selection histograms in ESD and AOD analysis.
This method will return the statistics TH2F histograms filled by the AliPhysicsSelection in case the task AliPhysicsSelectionTask is used in the ESD train (or used during AOD production).
To use, the user task must call this method during FinishTaskOutput (executed on the worker after all events are processed):

//________________________________________________________________________
void AliAnalysisTaskPt::FinishTaskOutput()
{
// This gets called at the end of the processing on the worker.
  AliAnalysisManager *am = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
  AliInputEventHandler *inputH = dynamic_cast<AliInputEventHandler*>(am->GetInputEventHandler());
  if (!inputH) return;
  TH2F *histStat = dynamic_cast<TH2F*>(inputH->GetStatistics());
  TH2F *histBin0 = dynamic_cast<TH2F*>(inputH->GetStatistics("BIN0"));
  ...

Macros dedicated to SDD QA, OCDB object plotting, noise, gain and drift speed computation, raw data display ... moved in macrosSDD subdirectory

First set of modifications to speed-up AliITStrackerSA::SearchClusters (Marco Van Leeuwen, F. Prino)

Adding the getters for the T0 spread and the TOF resolution (A. De Caro)

Added automatic switching to BB for 1-pad clusters in TPC for LHC10d (Rossella)

- added to the configuration the number of bins and range for some of the histograms

Flag in AliITSRecoParam to switch off the searcj for extra clusters in high flux

Removed.

Test files in macros onlz

- bug fix for allowing the definition of histogram bins and range as part of the GlobalHisto configuration (Timur)

Fix in TOF tender supply (Annalisa)

removed warnings (Magali)

Removed 1 high-lumi run and 5 runs w/o TOF

Fix for printing at EOD.

Minor fix for software triggers.

Fixing bug https://savannah.cern.ch/bugs/?74676

All: Add possibility to recalculate track matching in EMCAL
EMCALCalibTask: Read geometry matrices if gGeoManager not existing

correct minor coding violation, load root libraries in case of par file compilation, change default dR cut

Fix for bug https://savannah.cern.ch/bugs/index.php?74677

Moving readout list masking to global component to keep global logic together in one component and adding masking for software triggers also.

Adding absolute paths to macros, fitting DCA with 3 components (primaries + fakes, sec. weak, sec. material), if fCentrBin is ==-1, the AliAnalysisTaskMultPbTracks.cxx skips the centrality selection.

- realistic OCDB entry for the GlobalHisto component

Added setting for TPC BetheBloch parameters (Rossella)

Adding background subtraction

Changes for report #74471: Changes to AliReconstruction.cxx -> online event display

Correction.

Add method to recalculate track matching on ESD analysis
Move AliEMCALTrack from rec library to Utils library

correct copy paste error from last modification, setting the track array name when shuold be the cluster array

Centrality AOD added.

Changes to improve performance while running over MC

- removed ITS and TPC tasks (not implemented)
- commented out the selection of collision candidates (breaks the task for some runs)
- included the full path of the tasks location, so that a local copy or soft link are not necessary
- use gSystem to load the libraries instead of AliHLTSystem
- commented out AliPhysicsSelectionTask (not used at the moment)

Chenged settings to most recent

Implemented usage of AliESDCentrality classes

(1) Changed default flag to store shifter QA histos in ALICE logbook; (2) added control on clean up of objects.

Add PWG3/base to inlcudes (ChiaraB)

Consider physics selection when building the buffer.

Missed a log message on last commit.

Various small fixes to the code, and a little bit
of reformating.

Added script to load PWG2 forward analysis libraries and dependants

Fix from Kristjan - allow more energies

- fix compilation warnings

Time consuming optimization

update the automatic linkdef to handle classes implementing a custom streamer

do not generate trigger decision for SOR/EOR

changed bining

fixed typo gen -> rec

apply corrections PbPb - Markus Koehler

coverity defect forward null

Updates in JCORRAN (Filip and Dongjo)

List of changes :

AddTaskJCORRANTask.C

     - Event selection:  select only minimum bias or high multiplicity trigger
        jctask->SelectCollisionCandidates(AliVEvent::kMB | AliVEvent::kHighMult);

    - New track selection cuts:

       AliESDtrackCuts* esdTrackCuts = new AliESDtrackCuts("AliESDtrackCuts", "Loose");
       esdTrackCuts->SetMinNClustersTPC(70);
       esdTrackCuts->SetMaxChi2PerClusterTPC(4.0);
       esdTrackCuts->SetRequireTPCRefit(kTRUE);
       esdTrackCuts->SetRequireITSRefit(kTRUE);
       esdTrackCuts->SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
       esdTrackCuts->SetMaxDCAToVertexXY(3.5);
       esdTrackCuts->SetMaxDCAToVertexZ(3.5);
       esdTrackCuts->SetMaxDCAToVertexXYPtDep("0.0350+0.0420/pt^0.9");

     -output of the task is a nonstandard AOD

--------------------------------------------------------------------------------

AliJCORRANTask.h
AliJCORRANTask.cxx

      - branch fMCTrackList is added only in case of sim data

      - AOD track selection is done in the function
        bool AliJCORRANTask::AcceptAODTrack(AliAODTrack* aodTrack)
        all cuts from AliESDtrackCuts object are included except

    - ReadAODTracks
        filling of AOD track information suplemented by information
        (z vertex, dE/dx, DCA, TPC label, tracklet multiplicity  )

      - update of names of EMCAL Aliroot functions in ReadESD/AODCaloClusters

      - flavour of selected tracks  and clusters initialized to kNone
         (ReadAODTracks, ReadAODCaloClusters, ReadESDCaloClusters, ReadESDTracks)

     - storing to AOD :
        from unknown reason  branches are filled only when
        we call  outputHandler->SetFillAOD(kTRUE); at the UserExec()

       if(fTrackList->GetNTracks() > 0 ||
         fPhotonList->GetNPhotons() >0 ||
         (fIsRealOrMC && fMCTrackList->GetNTracks()>0)){

         AliAODHandler* outputHandler =
         (AliAODHandler*) ((AliAnalysisManager::GetAnalysisManager())->GetOutputEventHandler());
         outputHandler->SetFillAOD(kTRUE);
       }

    -  changed handeling of EMCALUtils  singleton  object

---------------------------------------------------------------------------------

AliJTrack : added its and tpc labels

      - type of Status changed from UInt_t to ULong64_t
     - filling of covariance matrix removed from ESD/AOD trak information

---------------------------------------------------------------------------------
JConst.h
      -Added new trigger bit for high multiplicity trigger. JC trigger mask is now MB=0TBit, HighMult = 1 TBit
      enum TriggerBitJCorran   {kMinBiasTriggerBitJCorran, kHighMultTriggerBitJCorran};

----------------------------------------------------------------------------------

AliJPhoton.h

      - fixed memory leakage problem
----------------------------------------------------------------------------------

in other files, we did only minor changes to obey coding rules

 AliJHeader.h
AliJPhoton.cxx
AliJPhoton.h
AliJRunHeader.cxx
AliJRunHeader.h
AliPhJBaseTrack.cxx
AliPhJBaseTrack.h
AliPhJPiZero.cxx
AliPhJPiZero.h

update to run TPC+ITS analysis

fixed coding rules violation

Minor fixes to analysis code

Added scripts

Undo last change - mistake on my part

Added virtual method AliVCuts::GetStatistics(Option_t *) defining the interface to get the statistics object from the cuts (if any). The physics selection returns its fHistStatistics. The string option can be ALL for fHistStatistics[0] or BIN0 for fHistStatistics[1]

Merge branch 'multipleThreads' into newdevel

* multipleThreads:
  removed falseley named class
  Updated EMCAL geometry.
  Read from HLTesdTree

Cosmetics. Fixed bug preventing creation of async block list

Added scripts

Fixed some warning messages on request from FCA

Try to fix Coverity defect

move tracker config. params to AliTRDReconstructor class

i forgot header, sorry

i forgot header, sorry

Turn off weak decays

Fixed memory leak (Yves)

 enabling the filling of correlations between reconstructed and reconstructed minus background, some cleanup in AddTaskSpectrum2

- set properties for AliHLTV0HistoComponent.h
- added more configuration examples in rec-hlt-globalhisto.C
- added the V0 loop (not complete, produces only the Armenteros-Podolanski plot at the moment)

new monitoring and checker

do not calculate background for all Cluster Tasks

 missing from rev 44785

Calculating Background only when the background branch is also stored save computing time

More decay options
IHPR2(12)
1: old behavior
2: old behavior + heavy baryons
3: as AliPythia default

correct the way of the correlated array with tracks or clusters is set

Changes to make the macro compilable + fit of DCA with standard root classes

Add line to allow filling deltaAODs if requested

extending tracking efficiency and contamination into high pT region by constant fit
added functions for estimating syst. unc. and plotting

- created OCDB folder and empty configuration file for the V0Histo component

- add line for properties to appear

- set properties

- correct the OCDB path in the Reconfigure method

- reset the number of V0s

- fix counting if primary particles
- protection against empty events
(C. Loizides)

unnecessary library dependence removed

Filling the EventQuality histogram for book keeping

Task for tower inter-calibration (A. De Falco)

- fixed the typo that prevented the vertex histograms to be produced

- defined the origin of the output data type to be kAliHLTDataOriginOut (needed for the online display)

Possibility to analyse V0AND using a flag, extra cut number

Include CINT5 and CMUS5 trigger. Add the possibility to select tracks matching the trigger to fill histograms (Phlippe P.)

Merge branch 'multipleThreads'

* multipleThreads:
  multithread with TThread
  Bugfixes
  Updates, enabling use of offline buffer
  Major updates, making using Offline event buffer possible
  Adding offline.C onlinedisplay macro
  Added offline event manager instance
  Possibly stupid commit. Perhaps use the previous?
  working with multithre
  Added hlt event manager, not compileable

Merge branch 'displayDevel'

* displayDevel:
  Made all EVE processors TEveElementList descendants
  Updated AliHLTEveCalo HLT to deal with offline eve
  Updated homer manager to automatically pre-fetch events
  updated processing functions to use AlieveHLTEventManager

compilation warnings fixed

bug fix