Adding extensions and bug fixes to AliHLTMUONHitReconstructor from Indra.
Adding functionality to AliHLTMUONHitReconstructor to generate extra cluster information and write this out at CLUSTERS blocks.
Fixing handling of internal HLT data blocks and special events in AliHLTMUONRootifierComponent and AliHLTMUONDataCheckerComponent.

track number and pid propagated to clusters

extend user flexibility / fault tolerance

QA for digits in reconstruction (Melinda)

Typo corrected

AliTPCTransform.h        - Adding getter for current run number
                           To be used in AliTPCseed.cxx

AliTPCseed.cxx           - Time dependent gain correction

AliTPCcalibTimeGain.h    - Making fit of electron attachment

AliTPCcalibDB.cxx  AliTPCcalibDB.h - adding  TObjArray *GetTimeGainSplines()

(Alexander)

The script to add the FMD analysis to the train

Making the HLTReconstructor and RawReaderHLT not a direct child of the HLTPluginBase. There was an undefined symbol when using the libHLTinterface to run the system outside AliRoot. Somehow the two classes were using a symbol which was just virtual in the libHLTbase and I did not find another way to avoid this.

advanced check of the track angle in the Convert2AliKalman()

Made QA images persistent objects

delete ols calib data

delete ols calib data

Add class definition to avoid compilation problems

On the fly calculation of the ranges for the 2d efficiency plots

Better name for the output of the train

Added AliTOFcalibHisto class to handle calibration information
stored in reference calibration files.

Added reference calibration files to be used with AliTOFcalibHisto.

bug fix for the track angle calculation in Convert2AliKalmanTrack()

Changes for the coding conventions

QA for Digits in reconstruction + other updates (Panos)

correct include statements

Adding the LRC task to the ebye lib

Adding a setter for the off-diagonal element of the covarice matrix. Needed for the SSD cluster finder. (E. Fragiacomo)

added merging for Lee Yang Zeroes

Corrected logic in MC vector.

Bug fix for run ranges having gaps in the actual data.

the same calibration for cosmic and pdc data

the same calibration for cosmic and pdc data

the same calibration for cosmic and pdc data

the same calibration for cosmic and pdc data

Fixes for bug #50317: Correct AliGenPythia for B-jet studies (Jennifer)

Adding general non linear transformation

 Class AliTPCtransformation:
 Should represent general non linear transformation. Currently tune for TPConly.
 To be used:
 1. Simulation-Digitization
 2. Reconstruction - AliTPCTransform
 3. Calibration/Alignment (KalmanFilter, Milipedde)
 4. Set of transformation to be stored/retrieved as OCDB entry

 Base functionality:

 1. Double_t GetDeltaXYZ(Int_t coord, Int_t volID, Double_t param, Double_t x, Double_t y, Double_t z)
 Get correction - return the delta of coordinate coord dx or dy or dz for given volID for point at point (x,y,z)
 All coordinates are global

 2. The transformation should work only for given volIDs and detector IDs
    Currently Bitmask is used for filtering

(Marian)

Set dynamics for simulated Pb-Pb collisions

jet macros

Reverting commit 32552

combined set of macros to merge the output

Adding the macro and the task to run the LRC code in the EBYE module (Andrey Ivanov)

add cluster error parameterization plots

Add text by Alexandru and Jochen

Updating retrieving period (Amanda server got "stuck" otherwise)

New version of QADataMakerRec by Sylwester

Size of incoming arrays of MC labels is stored, for the safe memory access.

register the CATracker and CAGlobalMerger from the TPCAgent; delete global objects in both implementations which have been used for registration so far

Adding clusterfinder using 32 bit digit reader

helper macro to create the HLT component configuration OCDB entries

adding default configuration objects for TPC components, empty for the moment

Upgraded analysis tasks to conply with the requirements of the Analysis trains

New FMD analysis correction files

In the conversion to AliHLTTPCTrack, the error of Pt is set to the error of q/Pt, the error of Phi is set to the error of SinPhi, for the consistency with the AliHLTTPCTrack::Convert2KalmanTrack() routine

works now on ESD and AOD output files as well

bug fixes:
1) AliHLTTPCCATrackParam::SetSignCosPhi(): the |fSignCosPhi| was not set to 1, therefore GetCosPhi() was wrong
2) TrackletConstructor --- bug fix from Matthias Kretz

add pictures for cluster error parameterization as function of drift
for the two methods currently used for cluster shape in the r-phi
direction (LUT and GAUS)

Typo

Given priority to ESD information when available in RSN analysis task

bugfixes as suggested by Sergey (#50845 and #50828), still to be
confirmed by Kenneth
- proper cleanup of internal status variables of the DigitReaderUnpacked
  in order to find clusters not only for the first event
- cleanup of MC data at the beginning of event processing in the
  ClusterFinder

PWG2 resonances wagon included. Still problems so disabled for the moment.

Run ranges now supported: plugin->SetRunRange(min,max). If run numbers are given individually this option is ignored.

bugfix: correct handling of empty rows in TPC digit data, bug #50771

Fixing the AddTask macro and removing the obsolete one

Analysis task for filtering of the ITS alignment data. To be used in the step 3 of the calibration framework (Andrea D.)

In MUONRecoCheck.C:
Changes forgotten when introducing MC labels
(Philippe P.)

removed obsolete macro for RSN analysis

Adding minuit2 to the list of object files in the extra root library. Needed for ZDC DA.

isolated cell serach included in AliPMDClusteringV1 and kept in recpoints for offline calibration, Track number is propagated to recpoint and kept in rechit branch for eff/pur

Flow wagon added to the train.

more methods facilitate to merge

Adding switches to apply a transformation
(Marian)

Update to facilitate merging

Example macro for RCU v3 raw-data reading. Uses the recently introduced fast altro decoder.

Wrong header file names.

Change to extended data arrays for all MCM channels and rename GetDataB to GetDataBits

mc label is added to ESDtrack as TPC label

Added QA for digits during reconstruction (Yves)

Debug printout removed.

Possibility to include ARVersion.h

PHOS ref array filled also with EMCAL clusters in ESD reader, now corrected

bugfix: the TPC conformal mapping tracker is using the opposite sign
convention for the magnetic field, a quick hack was done in the
ESD converter to account for the charge sign. Correcting this hack
in order to work with the CA tracker. The sign is now adjusted in the
CM (Slice) tracker

Changes to make analysis macro working with trunk

Correct definition of AliRoot version in OCDB metadata

Misalignment classes are added

Updated list of classes

Updated list of classes

Remove obsolete stepmanager functions

Fastjet headers

Small modifications for proper running of FASTJET on the Grid.

modifications needed for AddtaskFlow works again local, on the grid and on caf

Correct formula for phi, in case of current local X <0, in GetLocalXat and GetPhiZat

Bug fix: AliTRDseedV1:GetMomentum needs pointer to Float_t, not Double_t

update to get the eventplane from hijing

Added new class AliTPCMisAligner

Added some protection

some cosmetics + start of new macro to merge output of different jobs

Adding a control flag to AliMUONRawStreamTriggerHP to allow the decoder
interface to either return the original local structure IDs found in the raw
data or calculated ones instead. This is needed in case hardware returns
incorrect or duplicate values.
(Artur)

In MUONTRK*da:
Minor changes to match the ECS environment (for Online processing)
(Jean-Luc)

add trending infrastructure
add trending variables (resolution example)

Some unused PDF are not compiled to reduce the memory consumption when loading liblhapdf.so (bug #50690)

modifications to TLists naming to allow merging

Minor typo error fixed.

updated macros for train

Corrected figures

New version of the train allowing to write the proof output in AliEn.