Small bug fixes (mainly in mapping) and some clean up

New method to clone current raw-data event and create a single-event raw-reader. Will be used in online display/reco. Not implemented for AliRawReaderFile and AliRawReaderMemory.

Shorted log in case ACORDE is not in the geometry loaded from OCDB (Matevz)

* Bug Fix for uninitialized idx
* Improvement of the macro

In AliMUONRawStreamTriggerHP:
Fixing a bit manipulation bug for the local structure when overriding the local
structure ID.
(Artur)

Correct the track index stored in AOD (Jenn)

bugfix for r34614: added missing function

Adding operator functions for manipulation of counters, adding copy constructor and assignment operator

cleaning up AliHLTRunStatistics class to be used as a container for run statistics information
copy contructor and assignment operator implemented, TObject::Print, Clone and Clear implemented

correcting documentation

setting the number of clusters when restoring object from AliHLTExternalTrackParam
minor bugfix: return -1 as cluster index in the dummy method.

1. bug fix: skip the final transport of tracks to the inner TPC X, when the tracks are horisontal
2. few tuning parameters are added
3. compilation warnings fixed

Extra parameters added

--Thi line, and those below, will be ignored--

M    HLT/TPCLib/tracking-ca/AliHLTTPCCAStandaloneFramework.cxx
M    HLT/TPCLib/tracking-ca/AliHLTTPCCAGlobalMergerComponent.h
M    HLT/TPCLib/tracking-ca/AliHLTTPCCATrackerComponent.cxx
M    HLT/TPCLib/tracking-ca/AliHLTTPCCAMerger.cxx
M    HLT/TPCLib/tracking-ca/AliTPCtrackerCA.cxx
M    HLT/TPCLib/tracking-ca/AliHLTTPCCAParam.h
M    HLT/TPCLib/tracking-ca/AliHLTTPCCASliceData.cxx
M    HLT/TPCLib/tracking-ca/AliHLTTPCCATracker.cxx
M    HLT/TPCLib/tracking-ca/AliHLTTPCCADisplay.cxx
M    HLT/TPCLib/tracking-ca/AliHLTTPCCAMerger.h
M    HLT/TPCLib/tracking-ca/AliHLTTPCCADisplay.h
M    HLT/TPCLib/tracking-ca/AliHLTTPCCANeighboursFinder.cxx
M    HLT/TPCLib/tracking-ca/AliHLTTPCCAParam.cxx
M    HLT/TPCLib/tracking-ca/AliHLTTPCCAGlobalMergerComponent.cxx
M    HLT/TPCLib/tracking-ca/AliHLTTPCCATrackerComponent.h

adding AliHLTComponent base class methods to access event properties orbit,
period, bc, and timestamp
GlobalESDConverter initializes ESD header from the event properties

* AliHLTHOMERBlockDesc holds now a copy of the data
* Introduced a buffer to save the last $BUFFERSIZE events
* Added navigation throught the buffer
* Updated the HLT logo

New method to resolve the TRefs and clone the raw-data itself. Will be used in order to clone the raw-data event while creating a single-event raw-reader within the online display/reco. For the moment it seems the best method to do the job. However it will not work in case of two processes (alieve + aliroot) and exchange of event data via sockets. The reason is that the fRawData is non-persistent member of AliRawEquipmentV2.

Update in AliAnaElectron (Jenn)

Bug fix: Corrected assignment operator.

Included check for errors in the stdout

Protection against missing fESDOld member.

Additional protection for the previous bug fix.

Bug fix in the copy constr of the esd friend. Noticed while running threaded online reco.

Allow opening of the file from two places in case at least one of them is read-only. Should not affect any normal offline processing, but unavoidable for online threaded alieve+aliroot reconstruction.

 Added new case to read MC infomration from the AOD (AODMC))

added an additional case for string replacement when reading AODs

Enabled reading from the MC particles in the AOD, activate with SetReadAODMC(1) (all) or (2) (charged). if activated reconstructed tracks are ignored when FillMomentumArray is called

Correct bug when comparing if data type was MC to get the vertex or not.

Corrected dipole field sign for DCS convention.
Temporarily suppressed abort of field init in case of wrong beamenergy
in AliGRPManager

Inverted logic for kTransportBit

In case of merging AOD inputs, recover vertex from both inputs, not from first.

- minor fixes for the TRD histogram component (Theodor)

Removing extra coma

Preliminary fix for bug #54567: reconstruction on PbPbtest crashes

Corrected calculation of the beam energy. RunInfo available to Init in the reconstructors

added support for EPOS

Check transport and not done bit.

Romita, Rossella <R.Romita@gsi.de>

1. in AliMixedEvent, the method GetMagneticField() returns -999. Is it possible to have, instead, the magnetic field of the first
event used to build the mixed event?
2. in AliMixedEvent, there are 2 methods to get the primary vertex: one is GetPrimaryVertex and returns a null pointer, the second
is GetPrimaryVtx and returns the mean vertex. Would it be possible to remove the second one and let the first one return the mean
vertex?
Yes to 1 and 2

1. Leading time was not decoded properly (there are coarse and fine gains in the HPTDC which I did not not about). 2. HPTDC were written in raw data from 7 to 0 within a ring whereas for everything else it was from 0 to 7.  This was Yannick's mistake  but he did not want to change the programming of his FPGAs so I had to change it in aliroot. 3. All the ADCs in Float_t instead of integers. (Brigitter). Changes in the ESD classes were agreed by Andreas, Rene confirmed that the schema evolution will handle them properly.

- several small improvements and bug fixes by Theodor (thanks to Jochen)

AliCaloTrackAODReader: When requested, keep the selected Tracks and CaloClusters in the output AOD.
AliAnaPartCorrMaker: Do not abort when there is no input analysis, just print that it is doing no analysis.

Extended Notify() functions to read cross section and trials also from the histogram files produced my AliAODMCParticleFileter

Added protection for the case that the list of input particles is empty

Reaction plane angle set in  MCHeader. (A. Kisiel)

Reaction plane angle added (A. Kisiel)

Time added (A. Kisiel)

All FMD corrections are now divided into the analysis + adding new corrections

Added access to magnetic field value in readers. Corrected bugs in AliMCAnalysisUtils when tagging electrons. General updates in AliAnaElectron (Jenn)
Few minor coding violations corrected.

Improving resolution of hit coordinate calculation. (Indra)

Techinical fix: additional protection

MCEvent() is available when running with the AODInputHandler

Cast to AliMCParticle* needed with new implementation of AliMCEvent

Cast to AliMCParticle*

Cast to *MCParticle

MCEvent::GetTrack gives back *VParticle.
Cast to *MCParticle needed

Change in the monitoring policy. Use the DATE monitoring feature which takes events from all GDCs associated to a given run. The run is transmitted via env variable. The GRP preprocessor is changed so that still to give the GDCs, but this time the full list used in the run. This could be useful in the future.

Different mapping files per module:
Modules 0,1,2,3 have identical mappings, while module 4 has a different mapping.

Different mapping files per module are created by WriteMapping.C

Epos dependence in event header removed.

Added protection agains TRU data.

fatal error in case OCDB entry with alignment objects is not found for one or more detectors

Added log record for initialized fields

Adding a data type for calorimeter clusters.

Fixes for the proper treatment of T0

Removing a line that was wrongly re-introduced by last commit (Diego)

- Protection to avoid storing DCS datapoints taken outside run
(Diego)

Moving a some structs and classes used for handling "AliESDCaloCluster like" clusters inside HLT.
This was done to avoid dependencies between libAliHLTGlobal and libAliHLTPHOS when we merge
PHOS clusters into the global HLT ESD.

Several classes in the HLT/PHOS had to be changed due to name changes of the structs/classes

AMORE & QA fixes.

  - AliMUONQAChecker prevent the method AliMUONQAChecker::CheckRaws to return a NULL pointer if a
     TrackerData object is not present in the first specie (kDefault). Now it returns
     NULL only if there no TrackerData object at all.

  - AliMUONCalibrationData : add a bypass to force the usage of some external calibration data (for AMORE)

  - AliMUONTrackerDataWrapper : remove an uneeded method

(Guillaume)

  - AliMUONQADataMakerRec : introducing the beautifier for presenting a nicer Raw Data QA to the shifter.
    This is just a first approach, as most of that should probably be done in the Checker on the longer term (to be discussed...)

  - AliMUONDigitCalibrator & AliMUONTrackerDataMaker : do not force the number of sigma to cut on the charge. Should be taken from the recoparam.
     This was impacting the QA only (forcing it to use a 3 sigma cut, where anywhere else we use 4 sigma cut).

(Laurent)

Separate the checks for DATE and DIM installation (requested by Laurent)

Bug correction (Qtime part) in CE configuration

More portable version

Add a protection

Set finite validity (one run) to TPC/Calib/AltroConfig OCDB entries

Fixes for bug #52499: Field polarities inconsistiency

Add a protection to fitter->Eval

Added fastjet

bugfix https://savannah.cern.ch/bugs/?55067
Updating AliHLTMessage to TMessage r27689

HLT encountered a problem when streaming the AliESDEvent. The problem occurs if the
TClonesArray members contain more then one entry. In this case, members of the individual
objects have been mixed.

The problem turned out to be solely on the serialization part, and did not effect the
restoration part. This has been proven by using either TMessage and AliHLTMessage on the
sender, and only AliHLTMessage on the receiver side. Merging the recent changes in
TMessage solved the issue.

updated from the running version in the ACR

Minor bugfixes and extensions for the onlineDiplay Interface

1)AliCaloPID: Posibility to recalculate PID bayesian in EMCAL
2)AliAnalysisTaskEMCALPi0CalibSelection: Corrected number of supermodules and towers
Few coding violations corrected.

Missing initialisation of headers added,

Added an output file for average cross section and number of trials from pyxsec.root if available

CMake target for TENDER.

Tender wagon providing access to ESD event and CDB. The tender calls an arbitrary number of user algorithms that add or correct information in ESD based on CDB info that was not available during pass1 reconstruction. The base class for user-defined ESD additions and corrections is AliTenderSuppy. This has access to CDB and the current ESD event and has to implement the methods Init() (specific CDB storages, initialization) and ProcessEvent() (algorithm that adds to or modifies the current ESD event.

Initialize TRefArray with correct pid

Treatment of HC header corruption

FastJetHeaderV1 included.

Event by event vertex and header.

Minor corrections + small improvement of macro to study fake tracks
(Philippe P.)

Removing comment for "magic" lines to correctly read raw tag files.

Bug fix for the case of more than 30 timebins

In reconstruction:
Added protection in case the bending momentum of the track is so low that it turns around in the magnetic field.
--> Most of the time, stop the tracking of that track and remove it.
--> In any case, its chi2 is set to a maximum value (1.e10) so it can be easily detected and removed afterward.
(Philippe P.)

respecting start and end time arguments

Added possibility to process only charged particles (without smearing and TPC acceptance cuts)

Fixes to FastJetFinder (added c'tors) and added possibility to run FJ on Kinematics (no support for references yet, since fMomentumArray is used

Updatde configuration

Reduced default debug level

Putting non-implemented copy constructor and assignment operator as private.

update by Theodor
- Create separate offline components to outsource CDBManager actions
- Clean up code of ClusterHistoComponent

Fix on magnetic field sign used in error calculation (F. Prino)

Changed default value (no D*+ rejection) Andrea R

AliTPCcalibDB.cxx.diff                  Change magnetic field return value from kG to T
AliTPCCalibViewerGUItime.cxx.diff       Change from tree to chain. Allow wildcard in static AliTPCCalibViewerGUItime::ShowGUI("file*.root")
AliTPCCalibViewerGUItime.h.diff         Change from tree to chain. Allow wildcard in static AliTPCCalibViewerGUItime::ShowGUI("file*.root")
CalibEnv.C.diff                         Add Nan protection in noise calculations
TPCRAWda.cxx.diff                       Add network timeout as suggested by Sylvain