Adding the possibility, for raw data source, to give an event range (usefull e.g. to debug one single event)

Changes to allow running the reconstruction with the "TryRecover"
feature of the raw data decoder turned ON (via RecoParam). Will be
needed for processing half of the May 2010 B=0 data.

Small change in TrackerQADataMakerRec so the EventSize plot works
online as well.

adding some dijet plots

Removing old task, functionality is in AliAnalysisTaskQASym and AliAnalysisTaskQATPC

reshuffling of histograms

added new argument for the gsi train

Added cut string to output container to allow for multiple wagons on the trains.

Fixing bug #67560, by being more strict on rejecting big mono-cathode clusters at the preclustering stage, so they do not even enter the MLEM cluster finder

fix hist name

added histogram range where could be maximum

Bug fix - order of initailation of the xref

Marian

Changes to make DAs publish information to AMORE.

The pedestal DA will publish a TH2F for each ring, containg as content
the pedestal values, and as errors the noise values.

The gain DA will publish two TH2F per ring.  One contains the gains
and the error on the gains, and the other contains the reduced
chi^2 for each of the strips.

Both will also publish a TObject with the unique identifier set to the
run number used to generate the data.
:
The base DA does not publish anything at this time.

T0preprocessor will not wriet DCS DP during AMPLITUDE_CLABRATION runs

adding map include file to solve compilation issue (bug https://savannah.cern.ch/bugs/?67602)

adding Root libGui as dependency for libCDB after changes in r 41238

Changes for pilup:
- In AliMUON: Setter and getter of time limits for pileup events removed. Time limit variables removed.
- In AliMUONDigitizerV3: Cut on time for digitization removed
- In AliMUONSDigitizerV2:
  - Calling the DisIntegrate function now includes the time differences between the arrival hit time of a pileup event and the average arrival time
- In AliMUONResponse, AliMUONResponseTrigger, AliMUONResponseTriggerV1: DisIntegrate function modified to include differences in arrival time
- In AliMUONResponseV0: a reduction factor applied to the charged from energy loss if the hit belongs to a track in a pileup event.
- In AliMUONConstants: average arrival times to chambers added, a reduced total charge for hits belonging to tracks from pileup events added
(Mercedes)

Adopted new V0 board and pmt numbering and assignment

Extended CBB to use 3 LUTs to separate decisions for single gap trigger at a and c side

When loading the TRD response, keep the pointer to the old root directory to stay in the same dir also after loading, otherwise some TRefs during AOD filtering with AliESDpidCuts are wrong/ part of AOD not readable.

- fixes to simulation macros

Fixing coding conventions violations + updates in AliITSRawStreamSPDErrorLog (Annalisa)

Fixed warnings

Fixed warnings

Fixed warnings

A numerical protection for the new energy-loss correction formula

Fixes

added test script

Fixes

Changes in the dca binning

Proper normalization for the net-protons

TGedFrame::GetLayoutHints() was removed in root trunk.

Bug fix and code clean-up (Melinda)

Update of the 2d histograms from Stefano

removing obsolete 2007-beamtest macros

Minor change in the projection range

Addition of the correction for feed-down and for the cut efficiency

Adding missing include

New switch  - do not use the constant part
(marian)

Adding data corruption recovery procedure for magnetic field = 0 runs. (http://savannah.cern.ch/bugs/?67420)
Artur.

Fixing coding violations

Make sure that all task methods are called having gROOT (memory) as current directory.

Fixing coding violations

Initialization of variable fixed

Fixing violation of rule RC17 + compilation warning

Added an object array that is supposed to host CDB configuration to be applied on the workers.
Unlock CDB before setting run number, add some streaming protections just in case (Jens)

Array of bits introduced to control better the "atomic" operations of the plugin, like file generation, copying, automatic submission or merging. This first commit allows controling file copying checking, via the SetCheckCopy() method.

Added functionality to read cuts from string, in addition some added resolution plots etc.

protection if MCEP is not available

Major update of the way we make QA of the occupancy, and of what we
present to the DQM shifter.

* DataMaker

Now at the level of raw data, the occupancy (OccRaws) is really that of raw data, i.e. if
one channel is on the data stream, it is counted (previously we first
redid the pedestal subtraction).

We also added the occupancy at the level of the calibrated digits (OccDigits)
(this is the same thing we had before at the raw level) and at the
recpoints level (OccRecPoints) (i.e. for only those digits that belong to a
reconstructed cluster).

In principle, OccRaws > OccDigits > OccRecPoints.

Fixed a bug in the bin size of the buspatch occupancy.

Adding accounting of empty events in the (previously known as readout
error plot) readout status plot, to make it easier to spot raw data corruption.

* DataChecker

Follow-up the change of signature of AliQACheckerBase::Check method,
so now checking (for Raws) is working again.

* DQM

We also added, for Raws, a plot with the DDL event size.
It is obviously related to the occupancy, but the
relationship between to two is not exactly straightforward.
That plot is replacing the DDL occupancy one for the shifter.
So now the shifter sees Mean event size per DDL and a summary of the
readout errors (including the empty events).

M      AliTPCTransform.cxx       - use also radial map

M      AliTPCcalibAlign.h        - getter for cluster delta
M      AliTPCcalibAlign.cxx      - calgrind: reuse the linear fitter
M      AliTPCcalibBase.h         - calgrind: cache friend track
M      AliTPCcalibBase.cxx       -
M      AliTPCCalPad.h            - Graphics added - Draw and MakeReport
M      AliTPCCalPad.cxx          0

M      AliTPCcalibCalib.cxx      - calgrind/valgrind - reuse the friend track
M      AliTPCcalibTime.cxx       - callgrind - do not dump env variable
M      AliTPCCorrection.cxx      - protection - for 0 field and 0 momenta algorithm crashed in AliExternaltrackParam

M      AliTPCkalmanAlign.h       - CE fits + MakeReport
M      AliTPCkalmanAlign.cxx

Adding DDL corruption recovery option to dHLTdumpraw and making modifications required for latest decoder fix.

Added a static function to know the TOF sector [0,17] of membership for each TOF channel [0,157247]

Possible to switch between esd and raw data
according input provided
(Marian)

 vacuum fixed to fix bug bug #66618

Suppressed compilation warning

In case of negative value for diagonal elements of covariance matrix, the related TOF-QA histograms will be filled with a negative value

Added check on sign of diagonal elements of covariance matrix: fixed savannah bug 67460

- removing obsolete file

- removing obsolete files

- adding a macro with the full CALO chain + tracking from TPC
- updating simulation configuration files to include TPC and EMCAL
- adding a macro to run them all
- updating the functionality of the run_test.py script
- adding options to the sim.C macro to exclude detectors from the simulations

- fixing wrong titles on the axis of the eta/phi distribution histogram
- filling abovementioned histogram correctly

Added more checks in the cleaning memory (P.Hristov)

enable offline vertexer depending on availability of ITS, select detector QA depending on modules

Delete also fESDTZEROfriend

Added separate Invariant mass tab for CALO hist

Precise formula for the energy-loss correction (R. Shahoyan)

Increasing the efficiency for hit reconstrution and full tracker efficiency. Included some bugfix in hit reconstruction. (Indra)

- patch to enable running on the GRID (suggested by A.Gheata)

Fix for the Savannah bug #67417 (A. Kalweit)

- updated macro to include the newly committed CF comparison component

- make the component recognize the datatype fgkAlterClustersDataType from the optional FCF cluster output

- added the cluster id (fID), so that the cluster dump printout is the same for FCF and SCF

Possibility to set asymmetric collimator apertures on side A, C

PeakFinder parameter OCDB object

TPC & TRD calibration viewer GUI, base classes (Ionut)

Turning off debug flag to avoid cout statements.

Move error messages to debug level 1 (Jochen)

Fixing bug related to arithmetic overflow on 32 bit machines. The bug typically appears with corrupted data. (Artur)

Fix in a macro that was crashing due to missing segmentationSPD object

Adding missing checks to macro.

Adding a macro to extract muon spectrometer DDLs into flat files using AliRawReader. Useful for debugging DATE raw data streams.

remove return statement in case of missing MC

trigger code update from Rachid

clear debug cluster array after each tracklet fill

Set acceptance condition on kTRDpid (Alex W)

remove deprecated event type selection

- adding test macros for HLT/CALO
- is basically a python script running different aliroot macros
- python run_tests.py -h for usage
- currently only for PHOS.

Removing redundant class PHOS/AliHLTPHOSUtilities,
same fucntionality provided in AliHLTCaloUtilities

int

Cosmetics

Removing redundant class AliHLTPHOSUtilitities.
Use AliHLTCaloUtilities  instead which  provides exactly the
same functionality.

M    HLT/PHOS/AliHLTPHOSRcuHistogramProducerComponent.cxx
M    HLT/PHOS/AliHLTPHOSRawAnalyzer.cxx
M    HLT/PHOS/AliHLTPHOSRcuHistogramProducer.h
M    HLT/PHOS/AliHLTPHOSRcuHistogramProducerComponent.h
M    HLT/PHOS/AliHLTPHOSRawAnalyzerPeakFinder.cxx
M    HLT/PHOS/AliHLTPHOSRcuHistogramProducer.cxx
M    HLT/PHOS/AliHLTPHOSRawAnalyzerPeakFinder.h
M    HLT/PHOS/AliHLTPHOSRcuDAComponent.cxx
M    HLT/PHOS/AliHLTPHOSRawAnalyzer.h
M    HLT/libAliHLTPHOS.pkg
M    HLT/CALO/AliHLTCaloUtilities.cxx
M    HLT/CALO/AliHLTCaloRawAnalyzerComponentv3.cxx
M    HLT/CALO/AliHLTCaloUtilities.h

several bugfixes to correctly propagate the MC information to the ESDtracks. The
MC id must be set in the reference object before updating the track parameters

adding copy constructor to create AliHLTGlobalBarrelTrack from AliHLTExternalTrackParam

Removing unused class
Removing unused class

Removing AliHLTPHOSRawAnalyzerChiSquareFit/h/cxx
which is not used and that in the future will be replaced by the
AliCaloLMS.... fit from the offline library.

Removing unused class

Removed global TStopwatch variable and moved it to the
function AliHLTCaloRawAnalyzerComponentv3::PrintDebugInfo()

Removed #include directives that is not needed

Refactoring: GetOutputDataSize moved to the AliCalo.. base class
since its the same  for PHOS and EMCAL

Removing #include directives that is not needed, plus remval of some dead code.

1) Removed some #include directives that was not needed
2) Removed Doxygen comments for functions that was allready documented in the base class.