Merging of the three alignment macros into one

Merging of the three alignment macros into one

Updates (Leticia)
- corrected boosts
- corrected glauber

Added new filter cuts and MC particle filter. Muon filter activated by default as in CreateAODfromESD.
Macros AddTaskGammaHadronCorr.C and AddTaskPi0.C replaced with PWG4/macros/AddTaskPartCorr.C (M.Gheata)

Added like-sign 3Prong

From Antonin:

Cascade visualisation upgrade (V0 daughter display, inv mass
selection, detailed views).

update

update

added methods to simulate fluctuations in multiplicity and flow

Some fixes to output structure tp avoid crashes on CAF

the filter needs the OutputContainer, not the exchange

The cluster index "0" was used to indicate that a track has no cluster
on a given layer. But there is a cluster with index "0" (the first cluster
of the event).Now using "-1" instead of "0".

A Dainese

Added the include to cstdlib in several places to avoid compilation problems with abort(); Added to some printfs "\n" when necessary; Example configuration file to execute AliAnaChargedParticles.

In reconstruction classes:
- Improve track candidate selection by taking into account the resolution
  on the track parameters.
- Add a flag into RecoParam to switch between track selection on their
  slope or on their impact parameter at vertex (default).
- UPdate REcoParam in OCDB
- Take into account the chamber/cluster resolution when defining
  the "fixed" area to quickly look for new cluster to be attached to the track.
- AliMUONDigitCalibrator: Do not use digit saturation information from
  calibration file when using the calibration option NOGAIN.
(Philippe P.)

misalignment from Tomek

more documentation + minor corrections

Filling residuals (GlobalQA) only for tracks with kTPCin

Adding pileup algorithm 2

Missing protection in case no interactions are generated within the orbit. Thanks to Christian for spotting it!

compilation error fixed by Matthias

added setters for nonflow, flow and multiplicity in kine tree reader
removed left over else in LYZ

correction of the magnetic field scale

remove directory

rename dir

rename directory

- siimplify and unify task management using the common "Add" macro
- simplify naming
-This line, and those below, will be ignored--

M    TRDqaRecLinkDef.h
M    libTRDqaRec.pkg
A    qaRec/AliTRDefficiencyMC.cxx
A    qaRec/AliTRDinfoGen.cxx
D    qaRec/AliTRDtrackingEfficiency.cxx
M    qaRec/AliTRDmultiplicity.cxx
M    qaRec/run.h
D    qaRec/AliTRDtrackInfoGen.h
M    qaRec/AliTRDrecoTask.h
M    qaRec/AliTRDresolution.cxx
A    qaRec/AliTRDefficiency.cxx
M    qaRec/AliTRDcheckDetector.cxx
A    qaRec/AliTRDefficiencyMC.h
A    qaRec/AliTRDinfoGen.h
D    qaRec/AliTRDtrackingEfficiency.h
D    qaRec/AliTRDtrackInfo
A    qaRec/macros/EVE
A    qaRec/macros/EVE/nclusters.C
A    qaRec/macros/EVE/PH.C
D    qaRec/macros/chargeDistr.C
D    qaRec/macros/runTraining.C
D    qaRec/macros/makeTrainingData.C
D    qaRec/macros/PH.C
A    qaRec/macros/AddTRDinfoGen.C
D    qaRec/macros/ConvertMLPs.C
D    qaRec/macros/nclusters.C
D    qaRec/macros/MonitorTraining.C
A    qaRec/macros/AddTRDpidChecker.C
A    qaRec/macros/AddTRDresolution.C
A    qaRec/macros/AddTRDefficiency.C
D    qaRec/macros/clusterSelection.C
A    qaRec/macros/AddTRDcheckDetector.C
A    qaRec/macros/PID
A    qaRec/macros/PID/runTraining.C
A    qaRec/macros/PID/MonitorTraining.C
A    qaRec/macros/PID/makeTrainingData.C
A    qaRec/macros/PID/ConvertMLPs.C
A    qaRec/macros/AddTRDcheckESD.C
D    qaRec/macros/clusterResiduals.C
M    qaRec/run.C
M    qaRec/AliTRDcalibration.cxx
D    qaRec/AliTRDtrackingEfficiencyCombined.cxx
A    qaRec/AliTRDefficiency.h
M    qaRec/AliTRDpidRefMaker.cxx
M    qaRec/AliTRDcheckESD.h
M    qaRec/AliTRDpidChecker.cxx
M    qaRec/AliTRDclusterResolution.cxx
D    qaRec/AliTRDtrackInfoGen.cxx
M    qaRec/AliTRDrecoTask.cxx
D    qaRec/AliTRDtrackingEfficiencyCombined.h

Task creation via macro AddTaskVertexinHF.C

Updated list of files

Include cstdlib to declare abort()

Init with values, to satisfy CINT compilation

Macro to be attached to the analysis train

Several changes:
1) AddTaskPartCorr.C: The analysis train will call this macro to execute the tasks
2) Readers: Memory transient objects removed, now clusters and tracks selected and used in analysis are in TRefArrays.
3) AliAnaPi0.cxx: Protection added agains floating point exception when calculating the rapidity for MC particles
4)AliChargedParticles: New class for charged tracks selection for correlations.
5) Few coding violations  removed
6) In AliAnaParticleHadron* and AliAnaParticleJet* added option to fill histograms when trigger particle is isolated
7)AliAnaParticle* and AliIsolationCut: When adding clusters or tracks to reference lists in AliAODParticleCorrelation, use new with placement.

Protection against empty events.

Allow reconnection. Needed for efficient mixing.

- add TPC performance train (Alex & Jacek)
- protect against dummy MC labels
- fix plots array definition in the PID checker task

add PRF calibration object to the transform class (Theodor)

Fixes to class structrure and methos names, avoid conflicts with TaskSE

AddTask macros for all tasks, to run on CAF with with old root5-22-00 version, added flag for old input/output container handling, added also PID task

Removing the separate misalignments at inner and outer SSD barrel + minor improvememnts (R. Grosso)

Ideal ITS misalignment; it includes now the SSD survey for ladders and modules (R. Grosso)

change of copyright notice

AliHLTTPCCAUsedHitInitialiser removed from the compilation list

New class for charm hadrons invariant mass fit (Chiara B)

New class for charm hadrons invariant mass fit (Chiara B)

adds to the compilation

array class from Matthias

changes from Matthias

Remove compilser warnings

SPD multiplicity analysis (Domenico, Mariella)

correctly handling the output directory path

Float_t -> Double_t in projection for axis consistency (C. Zampolli)

Updated to use AliMultiEventHandler

Updated geometry (rev 31976) including in particular the changes in SSD which speed up overlaps' check, introduced with rev.31872

update by Theodor
AliHLTTRDUtils.cxx
- fast bugfix, error to be investigated

AliHLTTRDClusterizerComponent.cxx
- follow changes in offline TRD
- support for new valgrind versions

AliHLTTRDTrackerV1Component.cxx
- support for new valgrind versions

Track length update removed from the tracker code,since it is done in the track code (A. Dainese)

bin counting bug fixed

Adding the anti-deuteron.

A special getter of AliVertexer class needed for accessing all the primary vertices reconstructed in the same event (M. Masera)

+ smoothing using a fit function
+ error calculation

New set of classes for B->J/psi->ee analysis and fit a la CDF (Carmelo, Giuseppe)

New set of classes for B->J/psi->ee analysis and fit a la CDF (Carmelo, Giuseppe)

In AliMUONLocalTriggerBoard:
Adding methods to check separately if the bending or non-bending plane
triggered. The methods are useful when re-building the trigger response
for checks.
(Diego)

Added protection against an empty parameterization (0 length array)

Add option for decoding of Raw Data format presently implemented in CarlosRX firmware (F. Prino)

Added PID task, some fixes for coding conventions

last preparations before testing the performances of Gauss shape for TRD clusters in the r-phi direction

Avoiding geometry lock/unlock (R. Grosso)

New AliITSV0Finder class (A. Dainese)

Remove AliTRDRawStreamV2

2D correlation plots for the PID efficiency

Addition of misaligner classes and small changes

a few more source files

modifications to also run standalone in root

In trigger classes:
- Fill the "global input" words read from the raw data into the reconstructed
object, via a patch to AliMUONDigitMaker::ReadTriggerDDL
- Type correction in AliMUONRawStreamTriggerHP.h
(Bogdan, Artur)

Remove obsolete macro

Updated list of files

Return the value from the first knot, if two knots have the same value (Marian)

Corrections according to changes in AliTOFRawStream.

fix error in marking cluster in chamber
restore time performance in HLT mode (Theodor)

Removing obsolete function.
Forgoten in previous commit (Marian)

Adding -fPIC to FORTRAN flags (E.Sicking)

Temporary fix waiting for M.Ivanov

remove AliTPCkalmandEdx.cxx AliTPCkalmandEdx.h
adding AliTPCcalibTimeGain.cxx AliTPCcalibTimeGain.h

AliTPCcalibTracksGain -removing kalmandEdx part+ histograms - created in the AliTPCcalibPID

(Alexander Kalweit)

Bug fix
Changing sign of the electric field
(Magnus Mages, Stefan Rossegger)

AliTPCseed.h  AliTPCseed.cxx

Adding the analytical correction of dEdx deposit:
Not yet used by default
AliTPCseed::CookdEdxAnalytical

AliTPCClusterParam.cxx AliTPCClusterParam.h
Changing for CookdEdxAnalytical - Adding effective diffusion, crosstalk and the PRF0 TRF0

AliTPCcalibPID.h AliTPCcalibPID.cxx
Adding default QA plots
Using switch for using of the analytical dEdx correction

AliTPCcalibCosmic.h  AliTPCcalibCosmic.cxx
Using analytical dEdx correction for performance study

CalibMacros/CalibPID.C
Macro to do the calibration

some histos added for TPC clusters

Minor modifications

bug fix - a scale factor for the magnetic field added

unsigned -> unsigned int

cosmetical changes

Fit mathematics improved, obsollete GBTracker cleaned up

Minor fix for the pid efficiency calculation + cosmetics in the drawProtonQAResults macro

Fixing the proof mode

Adding the QA plot for the pid efficiency/contamination vs the number of TPC points for the dE/dx calculation.

Reco and pid efficiencies in two separate functions

In AliMUONVTrackReconstructor:
Change the range of theta angles for trigger tracks to match the convention
adopted for tracker tracks (the shift of pi does not affect the Tan(theta)
which is used elsewhere in the code).
(Diego)

Binning adjusted for the histogram ESD Etot

Adding two new helper functions suggested by A.Jacholkowski (F. Prino)

fix tracklet phi resolution

Fix to SSD cooling support tube shape (M. van Leeuwen)