ANALYSIS/AliAnalysisAlien.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-2007, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 // Author: Mihaela Gheata, 01/09/2008
  17
  18 //==============================================================================
  19 //   AliAnalysisAlien - AliEn utility class. Provides interface for creating
  20 // a personalized JDL, finding and creating a dataset.
  21 //==============================================================================
  22
  23 #include "Riostream.h"
  24 #include "TEnv.h"
  25 #include "TError.h"
  26 #include "TROOT.h"
  27 #include "TSystem.h"
  28 #include "TFile.h"
  29 #include "TObjString.h"
  30 #include "TObjArray.h"
  31 #include "TGrid.h"
  32 #include "TGridResult.h"
  33 #include "TGridCollection.h"
  34 #include "TGridJDL.h"
  35 #include "TGridJobStatusList.h"
  36 #include "TGridJobStatus.h"
  37 #include "TFileMerger.h"
  38 #include "AliAnalysisManager.h"
  39 #include "AliVEventHandler.h"
  40 #include "AliAnalysisDataContainer.h"
  41 #include "AliAnalysisAlien.h"
  42
  43 ClassImp(AliAnalysisAlien)
  44
  45 //______________________________________________________________________________
  46 AliAnalysisAlien::AliAnalysisAlien()
  47                  :AliAnalysisGrid(),
  48                   fGridJDL(NULL),
  49                   fMergingJDL(NULL),
  50                   fPrice(0),
  51                   fTTL(0),
  52                   fSplitMaxInputFileNumber(0),
  53                   fMaxInitFailed(0),
  54                   fMasterResubmitThreshold(0),
  55                   fNtestFiles(0),
  56                   fNrunsPerMaster(0),
  57                   fMaxMergeFiles(0),
  58                   fNsubmitted(0),
  59                   fProductionMode(0),
  60                   fOutputToRunNo(0),
  61                   fMergeViaJDL(0),
  62                   fFastReadOption(0),
  63                   fOverwriteMode(0),
  64                   fRunNumbers(),
  65                   fExecutable(),
  66                   fExecutableCommand(),
  67                   fArguments(),
  68                   fExecutableArgs(),
  69                   fAnalysisMacro(),
  70                   fAnalysisSource(),
  71                   fAdditionalRootLibs(),
  72                   fAdditionalLibs(),
  73                   fSplitMode(),
  74                   fAPIVersion(),
  75                   fROOTVersion(),
  76                   fAliROOTVersion(),
  77                   fExternalPackages(),
  78                   fUser(),
  79                   fGridWorkingDir(),
  80                   fGridDataDir(),
  81                   fDataPattern(),
  82                   fGridOutputDir(),
  83                   fOutputArchive(),
  84                   fOutputFiles(),
  85                   fInputFormat(),
  86                   fDatasetName(),
  87                   fJDLName(),
  88                             fMergeExcludes(),
  89                   fIncludePath(),
  90                   fCloseSE(),
  91                   fFriendChainName(),
  92                   fJobTag(),
  93                   fOutputSingle(),
  94                   fRunPrefix(),
  95                   fInputFiles(0),
  96                   fPackages(0)
  97 {
  98 // Dummy ctor.
  99    SetDefaults();
 100 }
 101
 102 //______________________________________________________________________________
 103 AliAnalysisAlien::AliAnalysisAlien(const char *name)
 104                  :AliAnalysisGrid(name),
 105                   fGridJDL(NULL),
 106                   fMergingJDL(NULL),
 107                   fPrice(0),
 108                   fTTL(0),
 109                   fSplitMaxInputFileNumber(0),
 110                   fMaxInitFailed(0),
 111                   fMasterResubmitThreshold(0),
 112                   fNtestFiles(0),
 113                   fNrunsPerMaster(0),
 114                   fMaxMergeFiles(0),
 115                   fNsubmitted(0),
 116                   fProductionMode(0),
 117                   fOutputToRunNo(0),
 118                   fMergeViaJDL(0),
 119                   fFastReadOption(0),
 120                   fOverwriteMode(0),
 121                   fRunNumbers(),
 122                   fExecutable(),
 123                   fExecutableCommand(),
 124                   fArguments(),
 125                   fExecutableArgs(),
 126                   fAnalysisMacro(),
 127                   fAnalysisSource(),
 128                   fAdditionalRootLibs(),
 129                   fAdditionalLibs(),
 130                   fSplitMode(),
 131                   fAPIVersion(),
 132                   fROOTVersion(),
 133                   fAliROOTVersion(),
 134                   fExternalPackages(),
 135                   fUser(),
 136                   fGridWorkingDir(),
 137                   fGridDataDir(),
 138                   fDataPattern(),
 139                   fGridOutputDir(),
 140                   fOutputArchive(),
 141                   fOutputFiles(),
 142                   fInputFormat(),
 143                   fDatasetName(),
 144                   fJDLName(),
 145                   fMergeExcludes(),
 146                   fIncludePath(),
 147                   fCloseSE(),
 148                   fFriendChainName(),
 149                   fJobTag(),
 150                   fOutputSingle(),
 151                   fRunPrefix(),
 152                   fInputFiles(0),
 153                   fPackages(0)
 154 {
 155 // Default ctor.
 156    SetDefaults();
 157 }
 158
 159 //______________________________________________________________________________
 160 AliAnalysisAlien::AliAnalysisAlien(const AliAnalysisAlien& other)
 161                  :AliAnalysisGrid(other),
 162                   fGridJDL(NULL),
 163                   fMergingJDL(NULL),
 164                   fPrice(other.fPrice),
 165                   fTTL(other.fTTL),
 166                   fSplitMaxInputFileNumber(other.fSplitMaxInputFileNumber),
 167                   fMaxInitFailed(other.fMaxInitFailed),
 168                   fMasterResubmitThreshold(other.fMasterResubmitThreshold),
 169                   fNtestFiles(other.fNtestFiles),
 170                   fNrunsPerMaster(other.fNrunsPerMaster),
 171                   fMaxMergeFiles(other.fMaxMergeFiles),
 172                   fNsubmitted(other.fNsubmitted),
 173                   fProductionMode(other.fProductionMode),
 174                   fOutputToRunNo(other.fOutputToRunNo),
 175                   fMergeViaJDL(other.fMergeViaJDL),
 176                   fFastReadOption(other.fFastReadOption),
 177                   fOverwriteMode(other.fOverwriteMode),
 178                   fRunNumbers(other.fRunNumbers),
 179                   fExecutable(other.fExecutable),
 180                   fExecutableCommand(other.fExecutableCommand),
 181                   fArguments(other.fArguments),
 182                   fExecutableArgs(other.fExecutableArgs),
 183                   fAnalysisMacro(other.fAnalysisMacro),
 184                   fAnalysisSource(other.fAnalysisSource),
 185                   fAdditionalRootLibs(other.fAdditionalRootLibs),
 186                   fAdditionalLibs(other.fAdditionalLibs),
 187                   fSplitMode(other.fSplitMode),
 188                   fAPIVersion(other.fAPIVersion),
 189                   fROOTVersion(other.fROOTVersion),
 190                   fAliROOTVersion(other.fAliROOTVersion),
 191                   fExternalPackages(other.fExternalPackages),
 192                   fUser(other.fUser),
 193                   fGridWorkingDir(other.fGridWorkingDir),
 194                   fGridDataDir(other.fGridDataDir),
 195                   fDataPattern(other.fDataPattern),
 196                   fGridOutputDir(other.fGridOutputDir),
 197                   fOutputArchive(other.fOutputArchive),
 198                   fOutputFiles(other.fOutputFiles),
 199                   fInputFormat(other.fInputFormat),
 200                   fDatasetName(other.fDatasetName),
 201                   fJDLName(other.fJDLName),
 202                   fMergeExcludes(other.fMergeExcludes),
 203                   fIncludePath(other.fIncludePath),
 204                   fCloseSE(other.fCloseSE),
 205                   fFriendChainName(other.fFriendChainName),
 206                   fJobTag(other.fJobTag),
 207                   fOutputSingle(other.fOutputSingle),
 208                   fRunPrefix(other.fRunPrefix),
 209                   fInputFiles(0),
 210                   fPackages(0)
 211 {
 212 // Copy ctor.
 213    fGridJDL = (TGridJDL*)gROOT->ProcessLine("new TAlienJDL()");
 214    fMergingJDL = (TGridJDL*)gROOT->ProcessLine("new TAlienJDL()");
 215    fRunRange[0] = other.fRunRange[0];
 216    fRunRange[1] = other.fRunRange[1];
 217    if (other.fInputFiles) {
 218       fInputFiles = new TObjArray();
 219       TIter next(other.fInputFiles);
 220       TObject *obj;
 221       while ((obj=next())) fInputFiles->Add(new TObjString(obj->GetName()));
 222       fInputFiles->SetOwner();
 223    }
 224    if (other.fPackages) {
 225       fPackages = new TObjArray();
 226       TIter next(other.fPackages);
 227       TObject *obj;
 228       while ((obj=next())) fPackages->Add(new TObjString(obj->GetName()));
 229       fPackages->SetOwner();
 230    }
 231 }
 232
 233 //______________________________________________________________________________
 234 AliAnalysisAlien::~AliAnalysisAlien()
 235 {
 236 // Destructor.
 237    if (fGridJDL) delete fGridJDL;
 238    if (fMergingJDL) delete fMergingJDL;
 239    if (fInputFiles) delete fInputFiles;
 240    if (fPackages) delete fPackages;
 241 }
 242
 243 //______________________________________________________________________________
 244 AliAnalysisAlien &AliAnalysisAlien::operator=(const AliAnalysisAlien& other)
 245 {
 246 // Assignment.
 247    if (this != &other) {
 248       AliAnalysisGrid::operator=(other);
 249       fGridJDL = (TGridJDL*)gROOT->ProcessLine("new TAlienJDL()");
 250       fMergingJDL = (TGridJDL*)gROOT->ProcessLine("new TAlienJDL()");
 251       fPrice                   = other.fPrice;
 252       fTTL                     = other.fTTL;
 253       fSplitMaxInputFileNumber = other.fSplitMaxInputFileNumber;
 254       fMaxInitFailed           = other.fMaxInitFailed;
 255       fMasterResubmitThreshold = other.fMasterResubmitThreshold;
 256       fNtestFiles              = other.fNtestFiles;
 257       fNrunsPerMaster          = other.fNrunsPerMaster;
 258       fMaxMergeFiles           = other.fMaxMergeFiles;
 259       fNsubmitted              = other.fNsubmitted;
 260       fProductionMode          = other.fProductionMode;
 261       fOutputToRunNo           = other.fOutputToRunNo;
 262       fMergeViaJDL             = other.fMergeViaJDL;
 263       fFastReadOption          = other.fFastReadOption;
 264       fOverwriteMode           = other.fOverwriteMode;
 265       fRunNumbers              = other.fRunNumbers;
 266       fExecutable              = other.fExecutable;
 267       fExecutableCommand       = other.fExecutableCommand;
 268       fArguments               = other.fArguments;
 269       fExecutableArgs          = other.fExecutableArgs;
 270       fAnalysisMacro           = other.fAnalysisMacro;
 271       fAnalysisSource          = other.fAnalysisSource;
 272       fAdditionalRootLibs      = other.fAdditionalRootLibs;
 273       fAdditionalLibs          = other.fAdditionalLibs;
 274       fSplitMode               = other.fSplitMode;
 275       fAPIVersion              = other.fAPIVersion;
 276       fROOTVersion             = other.fROOTVersion;
 277       fAliROOTVersion          = other.fAliROOTVersion;
 278       fExternalPackages        = other.fExternalPackages;
 279       fUser                    = other.fUser;
 280       fGridWorkingDir          = other.fGridWorkingDir;
 281       fGridDataDir             = other.fGridDataDir;
 282       fDataPattern             = other.fDataPattern;
 283       fGridOutputDir           = other.fGridOutputDir;
 284       fOutputArchive           = other.fOutputArchive;
 285       fOutputFiles             = other.fOutputFiles;
 286       fInputFormat             = other.fInputFormat;
 287       fDatasetName             = other.fDatasetName;
 288       fJDLName                 = other.fJDLName;
 289       fMergeExcludes           = other.fMergeExcludes;
 290       fIncludePath             = other.fIncludePath;
 291       fCloseSE                 = other.fCloseSE;
 292       fFriendChainName         = other.fFriendChainName;
 293       fJobTag                  = other.fJobTag;
 294       fOutputSingle            = other.fOutputSingle;
 295       fRunPrefix               = other.fRunPrefix;
 296       if (other.fInputFiles) {
 297          fInputFiles = new TObjArray();
 298          TIter next(other.fInputFiles);
 299          TObject *obj;
 300          while ((obj=next())) fInputFiles->Add(new TObjString(obj->GetName()));
 301          fInputFiles->SetOwner();
 302       }
 303       if (other.fPackages) {
 304          fPackages = new TObjArray();
 305          TIter next(other.fPackages);
 306          TObject *obj;
 307          while ((obj=next())) fPackages->Add(new TObjString(obj->GetName()));
 308          fPackages->SetOwner();
 309       }
 310    }
 311    return *this;
 312 }
 313
 314 //______________________________________________________________________________
 315 void AliAnalysisAlien::AddIncludePath(const char *path)
 316 {
 317 // Add include path in the remote analysis macro.
 318    TString p(path);
 319    if (p.Contains("-I")) fIncludePath += Form("%s ", path);
 320    else                  fIncludePath += Form("-I%s ", path);
 321 }
 322
 323 //______________________________________________________________________________
 324 void AliAnalysisAlien::AddRunNumber(Int_t run)
 325 {
 326 // Add a run number to the list of runs to be processed.
 327    if (fRunNumbers.Length()) fRunNumbers += " ";
 328    fRunNumbers += Form("%s%d", fRunPrefix.Data(), run);
 329 }
 330
 331 //______________________________________________________________________________
 332 void AliAnalysisAlien::AddRunNumber(const char* run)
 333 {
 334 // Add a run number to the list of runs to be processed.
 335    if (fRunNumbers.Length()) fRunNumbers += " ";
 336    fRunNumbers += run;
 337 }
 338
 339 //______________________________________________________________________________
 340 void AliAnalysisAlien::AddDataFile(const char *lfn)
 341 {
 342 // Adds a data file to the input to be analysed. The file should be a valid LFN
 343 // or point to an existing file in the alien workdir.
 344    if (!fInputFiles) fInputFiles = new TObjArray();
 345    fInputFiles->Add(new TObjString(lfn));
 346 }
 347
 348 //______________________________________________________________________________
 349 void AliAnalysisAlien::AddExternalPackage(const char *package)
 350 {
 351 // Adds external packages w.r.t to the default ones (root,aliroot and gapi)
 352    if (fExternalPackages) fExternalPackages += " ";
 353    fExternalPackages += package;
 354 }
 355
 356 //______________________________________________________________________________
 357 Bool_t AliAnalysisAlien::Connect()
 358 {
 359 // Try to connect to AliEn. User needs a valid token and /tmp/gclient_env_$UID sourced.
 360    if (gGrid && gGrid->IsConnected()) return kTRUE;
 361    if (!gSystem->Getenv("alien_API_USER")) {
 362       Error("Connect", "Make sure you:\n 1. Have called: alien-token-init <username> today\n 2. Have sourced /tmp/gclient_env_%s",
 363             gSystem->Getenv("UID"));
 364       return kFALSE;
 365    }
 366    if (!gGrid) {
 367       Info("Connect", "Trying to connect to AliEn ...");
 368       TGrid::Connect("alien://");
 369    }
 370    if (!gGrid || !gGrid->IsConnected()) {
 371       Error("Connect", "Did not managed to connect to AliEn. Make sure you have a valid token.");
 372       return kFALSE;
 373    }
 374    fUser = gGrid->GetUser();
 375    Info("Connect", "\n#####   Connected to AliEn as user %s. Setting analysis user to <%s>", fUser.Data(), fUser.Data());
 376    return kTRUE;
 377 }
 378
 379 //______________________________________________________________________________
 380 void AliAnalysisAlien::CdWork()
 381 {
 382 // Check validity of alien workspace. Create directory if possible.
 383    if (!Connect()) {
 384       Error("CdWork", "Alien connection required");
 385       return;
 386    }
 387    TString homedir = gGrid->GetHomeDirectory();
 388    TString workdir = homedir + fGridWorkingDir;
 389    if (DirectoryExists(workdir)) {
 390       gGrid->Cd(workdir);
 391       return;
 392    }
 393    // Work directory not existing - create it
 394    gGrid->Cd(homedir);
 395    if (gGrid->Mkdir(workdir)) {
 396       gGrid->Cd(fGridWorkingDir);
 397       Info("CreateJDL", "\n#####   Created alien working directory %s", fGridWorkingDir.Data());
 398    } else {
 399       Warning("CreateJDL", "Working directory %s cannot be created.\n Using %s instead.",
 400               workdir.Data(), homedir.Data());
 401       fGridWorkingDir = "";
 402    }
 403 }
 404
 405 //______________________________________________________________________________
 406 Bool_t AliAnalysisAlien::CheckInputData()
 407 {
 408 // Check validity of input data. If necessary, create xml files.
 409    if (!fInputFiles && !fRunNumbers.Length() && !fRunRange[0]) {
 410       if (!fGridDataDir.Length()) {
 411          Error("CkeckInputData", "AliEn path to base data directory must be set.\n = Use: SetGridDataDir()");
 412          return kFALSE;
 413       }
 414       Info("CheckInputData", "Analysis will make a single xml for base data directory %s",fGridDataDir.Data());
 415       return kTRUE;
 416    }
 417    // Process declared files
 418    Bool_t is_collection = kFALSE;
 419    Bool_t is_xml = kFALSE;
 420    Bool_t use_tags = kFALSE;
 421    Bool_t checked = kFALSE;
 422    CdWork();
 423    TString file;
 424    TString workdir = gGrid->GetHomeDirectory();
 425    workdir += fGridWorkingDir;
 426    if (fInputFiles) {
 427       TObjString *objstr;
 428       TIter next(fInputFiles);
 429       while ((objstr=(TObjString*)next())) {
 430          file = workdir;
 431          file += "/";
 432          file += objstr->GetString();
 433          // Store full lfn path
 434          if (FileExists(file)) objstr->SetString(file);
 435          else {
 436             file = objstr->GetName();
 437             if (!FileExists(objstr->GetName())) {
 438                Error("CheckInputData", "Data file %s not found or not in your working dir: %s",
 439                      objstr->GetName(), workdir.Data());
 440                return kFALSE;
 441             }
 442          }
 443          Bool_t iscoll, isxml, usetags;
 444          CheckDataType(file, iscoll, isxml, usetags);
 445          if (!checked) {
 446             checked = kTRUE;
 447             is_collection = iscoll;
 448             is_xml = isxml;
 449             use_tags = usetags;
 450             TObject::SetBit(AliAnalysisGrid::kUseTags, use_tags);
 451          } else {
 452             if ((iscoll != is_collection) || (isxml != is_xml) || (usetags != use_tags)) {
 453                Error("CheckInputData", "Some conflict was found in the types of inputs");
 454                return kFALSE;
 455             }
 456          }
 457       }
 458    }
 459    // Process requested run numbers
 460    if (!fRunNumbers.Length() && !fRunRange[0]) return kTRUE;
 461    // Check validity of alien data directory
 462    if (!fGridDataDir.Length()) {
 463       Error("CkeckInputData", "AliEn path to base data directory must be set.\n = Use: SetGridDataDir()");
 464       return kFALSE;
 465    }
 466    if (!DirectoryExists(fGridDataDir)) {
 467       Error("CheckInputData", "Data directory %s not existing.", fGridDataDir.Data());
 468       return kFALSE;
 469    }
 470    if (is_collection) {
 471       Error("CheckInputData", "You are using raw AliEn collections as input. Cannot process run numbers.");
 472       return kFALSE;
 473    }
 474
 475    if (checked && !is_xml) {
 476       Error("CheckInputData", "Cannot mix processing of full runs with non-xml files");
 477       return kFALSE;
 478    }
 479    // Check validity of run number(s)
 480    TObjArray *arr;
 481    TObjString *os;
 482    Int_t nruns = 0;
 483    TString schunk, schunk2;
 484    TString path;
 485    if (!checked) {
 486       checked = kTRUE;
 487       use_tags = fDataPattern.Contains("tag");
 488       TObject::SetBit(AliAnalysisGrid::kUseTags, use_tags);
 489    }
 490    if (use_tags != fDataPattern.Contains("tag")) {
 491       Error("CheckInputData", "Cannot mix input files using/not using tags");
 492       return kFALSE;
 493    }
 494    if (fRunNumbers.Length()) {
 495       Info("CheckDataType", "Using supplied run numbers (run ranges are ignored)");
 496       arr = fRunNumbers.Tokenize(" ");
 497       TIter next(arr);
 498       while ((os=(TObjString*)next())) {
 499          path = Form("%s/%s ", fGridDataDir.Data(), os->GetString().Data());
 500          if (!DirectoryExists(path)) {
 501             Warning("CheckInputData", "Run number %s not found in path: <%s>", os->GetString().Data(), path.Data());
 502             continue;
 503          }
 504          path = Form("%s/%s.xml", workdir.Data(),os->GetString().Data());
 505          TString msg = "\n#####   file: ";
 506          msg += path;
 507          msg += " type: xml_collection;";
 508          if (use_tags) msg += " using_tags: Yes";
 509          else          msg += " using_tags: No";
 510          Info("CheckDataType", msg.Data());
 511          if (fNrunsPerMaster<2) {
 512             AddDataFile(Form("%s.xml", os->GetString().Data()));
 513          } else {
 514             nruns++;
 515             if (((nruns-1)%fNrunsPerMaster) == 0) {
 516                schunk = os->GetString();
 517             }
 518             if ((nruns%fNrunsPerMaster)!=0 && os!=arr->Last()) continue;
 519             schunk += Form("_%s.xml", os->GetString().Data());
 520             AddDataFile(schunk);
 521          }
 522       }
 523       delete arr;
 524    } else {
 525       Info("CheckDataType", "Using run range [%d, %d]", fRunRange[0], fRunRange[1]);
 526       for (Int_t irun=fRunRange[0]; irun<=fRunRange[1]; irun++) {
 527          path = Form("%s/%s%d ", fGridDataDir.Data(), fRunPrefix.Data(), irun);
 528          if (!DirectoryExists(path)) {
 529 //            Warning("CheckInputData", "Run number %d not found in path: <%s>", irun, path.Data());
 530             continue;
 531          }
 532          path = Form("%s/%s%d.xml", workdir.Data(),fRunPrefix.Data(),irun);
 533          TString msg = "\n#####   file: ";
 534          msg += path;
 535          msg += " type: xml_collection;";
 536          if (use_tags) msg += " using_tags: Yes";
 537          else          msg += " using_tags: No";
 538          Info("CheckDataType", msg.Data());
 539          if (fNrunsPerMaster<2) {
 540             AddDataFile(Form("%s%d.xml",fRunPrefix.Data(),irun));
 541          } else {
 542             nruns++;
 543             if (((nruns-1)%fNrunsPerMaster) == 0) {
 544                schunk = Form("%s%d", fRunPrefix.Data(),irun);
 545             }
 546             schunk2 = Form("_%s%d.xml", fRunPrefix.Data(), irun);
 547             if ((nruns%fNrunsPerMaster)!=0 && irun != fRunRange[1]) continue;
 548             schunk += schunk2;
 549             AddDataFile(schunk);
 550          }
 551       }
 552       if (!fInputFiles) {
 553          schunk += schunk2;
 554          AddDataFile(schunk);
 555       }
 556    }
 557    return kTRUE;
 558 }
 559
 560 //______________________________________________________________________________
 561 Bool_t AliAnalysisAlien::CreateDataset(const char *pattern)
 562 {
 563 // Create dataset for the grid data directory + run number.
 564    if (TestBit(AliAnalysisGrid::kOffline)) return kFALSE;
 565    if (!Connect()) {
 566       Error("CreateDataset", "Cannot create dataset with no grid connection");
 567       return kFALSE;
 568    }
 569
 570    // Cd workspace
 571    CdWork();
 572    TString workdir = gGrid->GetHomeDirectory();
 573    workdir += fGridWorkingDir;
 574
 575    // Compose the 'find' command arguments
 576    TString command;
 577    TString options = "-x collection ";
 578    if (TestBit(AliAnalysisGrid::kTest)) options += Form("-l %d ", fNtestFiles);
 579    TString conditions = "";
 580
 581    TString file;
 582    TString path;
 583    Int_t nruns = 0;
 584    TString schunk, schunk2;
 585    TGridCollection *cbase=0, *cadd=0;
 586    if (!fRunNumbers.Length() && !fRunRange[0]) {
 587       if (fInputFiles && fInputFiles->GetEntries()) return kTRUE;
 588       // Make a single data collection from data directory.
 589       path = fGridDataDir;
 590       if (!DirectoryExists(path)) {
 591          Error("CreateDataset", "Path to data directory %s not valid",fGridDataDir.Data());
 592          return kFALSE;
 593       }
 594 //      CdWork();
 595       if (TestBit(AliAnalysisGrid::kTest)) file = "wn.xml";
 596       else file = Form("%s.xml", gSystem->BaseName(path));
 597       if (gSystem->AccessPathName(file) || TestBit(AliAnalysisGrid::kTest) || fOverwriteMode) {
 598          command = "find ";
 599          command += options;
 600          command += path;
 601          command += " ";
 602          command += pattern;
 603          command += conditions;
 604          printf("command: %s\n", command.Data());
 605          TGridResult *res = gGrid->Command(command);
 606          if (res) delete res;
 607          // Write standard output to file
 608          gROOT->ProcessLine(Form("gGrid->Stdout(); > %s", file.Data()));
 609       }
 610       Bool_t fileExists = FileExists(file);
 611       if (!TestBit(AliAnalysisGrid::kTest) && (!fileExists || fOverwriteMode)) {
 612          // Copy xml file to alien space
 613          if (fileExists) gGrid->Rm(file);
 614          TFile::Cp(Form("file:%s",file.Data()), Form("alien://%s/%s",workdir.Data(), file.Data()));
 615          if (!FileExists(file)) {
 616             Error("CreateDataset", "Command %s did NOT succeed", command.Data());
 617             return kFALSE;
 618          }
 619          // Update list of files to be processed.
 620       }
 621       AddDataFile(Form("%s/%s", workdir.Data(), file.Data()));
 622       return kTRUE;
 623    }
 624    // Several runs
 625    if (fRunNumbers.Length()) {
 626       TObjArray *arr = fRunNumbers.Tokenize(" ");
 627       TObjString *os;
 628       TIter next(arr);
 629       while ((os=(TObjString*)next())) {
 630          path = Form("%s/%s ", fGridDataDir.Data(), os->GetString().Data());
 631          if (!DirectoryExists(path)) continue;
 632 //         CdWork();
 633          if (TestBit(AliAnalysisGrid::kTest)) file = "wn.xml";
 634          else file = Form("%s.xml", os->GetString().Data());
 635          // If local collection file does not exist, create it via 'find' command.
 636          if (gSystem->AccessPathName(file)) {
 637             command = "find ";
 638             command += options;
 639             command += path;
 640             command += pattern;
 641             command += conditions;
 642             TGridResult *res = gGrid->Command(command);
 643             if (res) delete res;
 644             // Write standard output to file
 645             gROOT->ProcessLine(Form("gGrid->Stdout(); > %s", file.Data()));
 646          }
 647          if (TestBit(AliAnalysisGrid::kTest)) break;
 648          // Check if there is one run per master job.
 649          if (fNrunsPerMaster<2) {
 650             if (FileExists(file)) {
 651                if (fOverwriteMode) gGrid->Rm(file);
 652                else {
 653                   Info("CreateDataset", "\n#####   Dataset %s exist. Skipping creation...", file.Data());
 654                   continue;
 655                }
 656             }
 657             // Copy xml file to alien space
 658             TFile::Cp(Form("file:%s",file.Data()), Form("alien://%s/%s",workdir.Data(), file.Data()));
 659             if (!FileExists(file)) {
 660                Error("CreateDataset", "Command %s did NOT succeed", command.Data());
 661                delete arr;
 662                return kFALSE;
 663             }
 664          } else {
 665             nruns++;
 666             if (((nruns-1)%fNrunsPerMaster) == 0) {
 667                schunk = os->GetString();
 668                cbase = (TGridCollection*)gROOT->ProcessLine(Form("new TAlienCollection(\"%s\", 1000000);",file.Data()));
 669             } else {
 670                cadd = (TGridCollection*)gROOT->ProcessLine(Form("new TAlienCollection(\"%s\", 1000000);",file.Data()));
 671                printf("   Merging collection <%s> into masterjob input...\n", file.Data());
 672                cbase->Add(cadd);
 673                delete cadd;
 674             }
 675             if ((nruns%fNrunsPerMaster)!=0 && os!=arr->Last()) {
 676                continue;
 677             }
 678             schunk += Form("_%s.xml", os->GetString().Data());
 679             if (FileExists(schunk)) {
 680                if (fOverwriteMode) gGrid->Rm(file);
 681                else {
 682                   Info("CreateDataset", "\n#####   Dataset %s exist. Skipping creation...", schunk.Data());
 683                   continue;
 684                }
 685             }
 686             printf("Exporting merged collection <%s> and copying to AliEn\n", schunk.Data());
 687             cbase->ExportXML(Form("file://%s", schunk.Data()),kFALSE,kFALSE, schunk, "Merged runs");
 688             TFile::Cp(Form("file:%s",schunk.Data()), Form("alien://%s/%s",workdir.Data(), schunk.Data()));
 689             if (!FileExists(schunk)) {
 690                Error("CreateDataset", "Copy command did NOT succeed for %s", schunk.Data());
 691                delete arr;
 692                return kFALSE;
 693             }
 694          }
 695       }
 696       delete arr;
 697    } else {
 698       // Process a full run range.
 699       for (Int_t irun=fRunRange[0]; irun<=fRunRange[1]; irun++) {
 700          path = Form("%s/%s%d ", fGridDataDir.Data(), fRunPrefix.Data(), irun);
 701          if (!DirectoryExists(path)) continue;
 702 //         CdWork();
 703          if (TestBit(AliAnalysisGrid::kTest)) file = "wn.xml";
 704          else file = Form("%s%d.xml", fRunPrefix.Data(), irun);
 705          if (FileExists(file) && fNrunsPerMaster<2 && !TestBit(AliAnalysisGrid::kTest)) {
 706             if (fOverwriteMode) gGrid->Rm(file);
 707             else {
 708                Info("CreateDataset", "\n#####   Dataset %s exist. Skipping creation...", file.Data());
 709                continue;
 710             }
 711          }
 712          // If local collection file does not exist, create it via 'find' command.
 713          if (gSystem->AccessPathName(file) || fOverwriteMode) {
 714             command = "find ";
 715             command += options;
 716             command += path;
 717             command += pattern;
 718             command += conditions;
 719             TGridResult *res = gGrid->Command(command);
 720             if (res) delete res;
 721             // Write standard output to file
 722             gROOT->ProcessLine(Form("gGrid->Stdout(); > %s", file.Data()));
 723          }
 724          if (TestBit(AliAnalysisGrid::kTest)) break;
 725          // Check if there is one run per master job.
 726          if (fNrunsPerMaster<2) {
 727             if (FileExists(file)) {
 728                if (fOverwriteMode) gGrid->Rm(file);
 729                else {
 730                   Info("CreateDataset", "\n#####   Dataset %s exist. Skipping creation...", file.Data());
 731                   continue;
 732                }
 733             }
 734             // Copy xml file to alien space
 735             TFile::Cp(Form("file:%s",file.Data()), Form("alien://%s/%s",workdir.Data(), file.Data()));
 736             if (!FileExists(file)) {
 737                Error("CreateDataset", "Command %s did NOT succeed", command.Data());
 738                return kFALSE;
 739             }
 740          } else {
 741             nruns++;
 742             // Check if the collection for the chunk exist locally.
 743             Int_t nchunk = (nruns-1)/fNrunsPerMaster;
 744             if (FileExists(fInputFiles->At(nchunk)->GetName())) {
 745                if (fOverwriteMode) gGrid->Rm(fInputFiles->At(nchunk)->GetName());
 746                else continue;
 747             }
 748             printf("   Merging collection <%s> into %d runs chunk...\n",file.Data(),fNrunsPerMaster);
 749             if (((nruns-1)%fNrunsPerMaster) == 0) {
 750                schunk = Form("%s%d", fRunPrefix.Data(), irun);
 751                cbase = (TGridCollection*)gROOT->ProcessLine(Form("new TAlienCollection(\"%s\", 1000000);",file.Data()));
 752             } else {
 753                cadd = (TGridCollection*)gROOT->ProcessLine(Form("new TAlienCollection(\"%s\", 1000000);",file.Data()));
 754                cbase->Add(cadd);
 755                delete cadd;
 756             }
 757             schunk2 = Form("%s_%s%d.xml", schunk.Data(), fRunPrefix.Data(), irun);
 758             if ((nruns%fNrunsPerMaster)!=0 && irun!=fRunRange[1] && schunk2 != fInputFiles->Last()->GetName()) {
 759                continue;
 760             }
 761             schunk = schunk2;
 762             if (FileExists(schunk)) {
 763                if (fOverwriteMode) gGrid->Rm(schunk);
 764                else {
 765                   Info("CreateDataset", "\n#####   Dataset %s exist. Skipping creation...", schunk.Data());
 766                   continue;
 767                }
 768             }
 769             printf("Exporting merged collection <%s> and copying to AliEn.\n", schunk.Data());
 770             cbase->ExportXML(Form("file://%s", schunk.Data()),kFALSE,kFALSE, schunk, "Merged runs");
 771             if (FileExists(schunk)) {
 772                if (fOverwriteMode) gGrid->Rm(schunk);
 773                else {
 774                   Info("CreateDataset", "\n#####   Dataset %s exist. Skipping copy...", schunk.Data());
 775                   continue;
 776                }
 777             }
 778             TFile::Cp(Form("file:%s",schunk.Data()), Form("alien://%s/%s",workdir.Data(), schunk.Data()));
 779             if (!FileExists(schunk)) {
 780                Error("CreateDataset", "Copy command did NOT succeed for %s", schunk.Data());
 781                return kFALSE;
 782             }
 783          }
 784       }
 785    }
 786    return kTRUE;
 787 }
 788
 789 //______________________________________________________________________________
 790 Bool_t AliAnalysisAlien::CreateJDL()
 791 {
 792 // Generate a JDL file according to current settings. The name of the file is
 793 // specified by fJDLName.
 794    Bool_t error = kFALSE;
 795    TObjArray *arr = 0;
 796    Bool_t copy = kTRUE;
 797    if (TestBit(AliAnalysisGrid::kOffline) || TestBit(AliAnalysisGrid::kTest)) copy = kFALSE;
 798    Bool_t generate = kTRUE;
 799    if (TestBit(AliAnalysisGrid::kTest) || TestBit(AliAnalysisGrid::kSubmit)) generate = kFALSE;
 800    if (!Connect()) {
 801       Error("CreateJDL", "Alien connection required");
 802       return kFALSE;
 803    }
 804    // Check validity of alien workspace
 805    CdWork();
 806    TString workdir = gGrid->GetHomeDirectory();
 807    workdir += fGridWorkingDir;
 808    if (generate) {
 809       TObjString *os;
 810       if (!fInputFiles) {
 811          Error("CreateJDL()", "Define some input files for your analysis.");
 812          error = kTRUE;
 813       }
 814       // Compose list of input files
 815       // Check if output files were defined
 816       if (!fOutputFiles.Length()) {
 817          Error("CreateJDL", "You must define at least one output file");
 818          error = kTRUE;
 819       }
 820       // Check if an output directory was defined and valid
 821       if (!fGridOutputDir.Length()) {
 822          Error("CreateJDL", "You must define AliEn output directory");
 823          error = kTRUE;
 824       } else {
 825          if (!fGridOutputDir.Contains("/")) fGridOutputDir = Form("%s/%s", workdir.Data(), fGridOutputDir.Data());
 826          if (!DirectoryExists(fGridOutputDir)) {
 827             if (gGrid->Mkdir(fGridOutputDir)) {
 828                Info("CreateJDL", "\n#####   Created alien output directory %s", fGridOutputDir.Data());
 829             } else {
 830                Error("CreateJDL", "Could not create alien output directory %s", fGridOutputDir.Data());
 831                // error = kTRUE;
 832             }
 833          }
 834          gGrid->Cd(workdir);
 835       }
 836       // Exit if any error up to now
 837       if (error) return kFALSE;
 838       // Set JDL fields
 839       if (!fUser.IsNull()) {
 840          fGridJDL->SetValue("User", Form("\"%s\"", fUser.Data()));
 841          fMergingJDL->SetValue("User", Form("\"%s\"", fUser.Data()));
 842       }
 843       fGridJDL->SetExecutable(fExecutable, "This is the startup script");
 844       TString mergeExec = fExecutable;
 845       mergeExec.ReplaceAll(".sh", "_merge.sh");
 846       fMergingJDL->SetExecutable(mergeExec, "This is the startup script");
 847       mergeExec.ReplaceAll(".sh", ".C");
 848       fMergingJDL->AddToInputSandbox(Form("LF:%s/%s", workdir.Data(),mergeExec.Data()), "List of input files to be uploaded to workers");
 849       if (!fArguments.IsNull())
 850          fGridJDL->SetArguments(fArguments, "Arguments for the executable command");
 851       fMergingJDL->SetArguments("$1");
 852       fGridJDL->SetTTL((UInt_t)fTTL);
 853       fMergingJDL->SetTTL((UInt_t)fTTL);
 854       if (fMaxInitFailed > 0) {
 855          fGridJDL->SetValue("MaxInitFailed", Form("\"%d\"",fMaxInitFailed));
 856          fGridJDL->SetDescription("MaxInitFailed", "Maximum number of first failing jobs to abort the master job");
 857       }
 858       if (fSplitMaxInputFileNumber > 0) {
 859          fGridJDL->SetValue("SplitMaxInputFileNumber", Form("\"%d\"", fSplitMaxInputFileNumber));
 860          fGridJDL->SetDescription("SplitMaxInputFileNumber", "Maximum number of input files to be processed per subjob");
 861       }
 862       if (fSplitMode.Length()) {
 863          fGridJDL->SetValue("Split", Form("\"%s\"", fSplitMode.Data()));
 864          fGridJDL->SetDescription("Split", "We split per SE or file");
 865       }
 866       if (!fAliROOTVersion.IsNull()) {
 867          fGridJDL->AddToPackages("AliRoot", fAliROOTVersion,"VO_ALICE", "List of requested packages");
 868          fMergingJDL->AddToPackages("AliRoot", fAliROOTVersion, "VO_ALICE", "List of requested packages");
 869       }
 870       if (!fROOTVersion.IsNull()) {
 871          fGridJDL->AddToPackages("ROOT", fROOTVersion);
 872          fMergingJDL->AddToPackages("ROOT", fROOTVersion);
 873       }
 874       if (!fAPIVersion.IsNull()) {
 875          fGridJDL->AddToPackages("APISCONFIG", fAPIVersion);
 876          fMergingJDL->AddToPackages("APISCONFIG", fAPIVersion);
 877       }
 878       if (!fExternalPackages.IsNull()) {
 879          arr = fExternalPackages.Tokenize(" ");
 880          TIter next(arr);
 881          while ((os=(TObjString*)next())) {
 882             TString pkgname = os->GetString();
 883             Int_t index = pkgname.Index("::");
 884             TString pkgversion = pkgname(index+2, pkgname.Length());
 885             pkgname.Remove(index);
 886             fGridJDL->AddToPackages(pkgname, pkgversion);
 887             fMergingJDL->AddToPackages(pkgname, pkgversion);
 888          }
 889          delete arr;
 890       }
 891       fGridJDL->SetInputDataListFormat(fInputFormat, "Format of input data");
 892       fGridJDL->SetInputDataList("wn.xml", "Collection name to be processed on each worker node");
 893       fGridJDL->AddToInputSandbox(Form("LF:%s/%s", workdir.Data(), fAnalysisMacro.Data()), "List of input files to be uploaded to workers");
 894       TString analysisFile = fExecutable;
 895       analysisFile.ReplaceAll(".sh", ".root");
 896       fGridJDL->AddToInputSandbox(Form("LF:%s/%s", workdir.Data(),analysisFile.Data()));
 897       fMergingJDL->AddToInputSandbox(Form("LF:%s/%s", workdir.Data(),analysisFile.Data()));
 898       if (IsUsingTags() && !gSystem->AccessPathName("ConfigureCuts.C"))
 899          fGridJDL->AddToInputSandbox(Form("LF:%s/ConfigureCuts.C", workdir.Data()));
 900       if (fAdditionalLibs.Length()) {
 901          arr = fAdditionalLibs.Tokenize(" ");
 902          TIter next(arr);
 903          while ((os=(TObjString*)next())) {
 904             if (os->GetString().Contains(".so")) continue;
 905             fGridJDL->AddToInputSandbox(Form("LF:%s/%s", workdir.Data(), os->GetString().Data()));
 906             fMergingJDL->AddToInputSandbox(Form("LF:%s/%s", workdir.Data(), os->GetString().Data()));
 907          }
 908          delete arr;
 909       }
 910       if (fPackages) {
 911          TIter next(fPackages);
 912          TObject *obj;
 913          while ((obj=next())) {
 914             fGridJDL->AddToInputSandbox(Form("LF:%s/%s", workdir.Data(), obj->GetName()));
 915             fMergingJDL->AddToInputSandbox(Form("LF:%s/%s", workdir.Data(), obj->GetName()));
 916          }
 917       }
 918       if (fOutputArchive.Length()) {
 919          arr = fOutputArchive.Tokenize(" ");
 920          TIter next(arr);
 921          Bool_t first = kTRUE;
 922          const char *comment = "Files to be archived";
 923          const char *comment1 = comment;
 924          while ((os=(TObjString*)next())) {
 925             if (!first) comment = NULL;
 926             if (!os->GetString().Contains("@") && fCloseSE.Length())
 927                fGridJDL->AddToOutputArchive(Form("%s@%s",os->GetString().Data(), fCloseSE.Data()), comment);
 928             else
 929                fGridJDL->AddToOutputArchive(os->GetString(), comment);
 930             first = kFALSE;
 931          }
 932          delete arr;
 933          TString outputArchive = fOutputArchive;
 934          if (!fMergeExcludes.IsNull()) {
 935             arr = fMergeExcludes.Tokenize(" ");
 936             TIter next1(arr);
 937             while ((os=(TObjString*)next1())) {
 938                outputArchive.ReplaceAll(Form("%s,",os->GetString().Data()),"");
 939                outputArchive.ReplaceAll(os->GetString(),"");
 940             }
 941             delete arr;
 942          }
 943          arr = outputArchive.Tokenize(" ");
 944          TIter next2(arr);
 945          comment = comment1;
 946          first = kTRUE;
 947          while ((os=(TObjString*)next2())) {
 948             if (!first) comment = NULL;
 949             if (!os->GetString().Contains("@") && fCloseSE.Length())
 950                fMergingJDL->AddToOutputArchive(Form("%s@%s",os->GetString().Data(), fCloseSE.Data()), comment);
 951             else
 952                fMergingJDL->AddToOutputArchive(os->GetString(), comment);
 953             first = kFALSE;
 954          }
 955          delete arr;
 956       }
 957       arr = fOutputFiles.Tokenize(" ");
 958       TIter next(arr);
 959       Bool_t first = kTRUE;
 960       const char *comment = "Files to be archived";
 961       const char *comment1 = comment;
 962       while ((os=(TObjString*)next())) {
 963          // Ignore ouputs in jdl that are also in outputarchive
 964          TString sout = os->GetString();
 965          if (sout.Index("@")>0) sout.Remove(sout.Index("@"));
 966          if (fOutputArchive.Contains(sout)) continue;
 967          if (!first) comment = NULL;
 968          if (!os->GetString().Contains("@") && fCloseSE.Length())
 969             fGridJDL->AddToOutputSandbox(Form("%s@%s",os->GetString().Data(), fCloseSE.Data()), comment);
 970          else
 971             fGridJDL->AddToOutputSandbox(os->GetString(), comment);
 972          first = kFALSE;
 973       }
 974       delete arr;
 975       if (fOutputFiles.Length()) {
 976          TString outputFiles = fOutputFiles;
 977          if (!fMergeExcludes.IsNull()) {
 978             arr = fMergeExcludes.Tokenize(" ");
 979             TIter next1(arr);
 980             while ((os=(TObjString*)next1())) {
 981                outputFiles.ReplaceAll(Form("%s,",os->GetString().Data()),"");
 982                outputFiles.ReplaceAll(os->GetString(),"");
 983             }
 984             delete arr;
 985          }
 986          arr = outputFiles.Tokenize(" ");
 987          TIter next2(arr);
 988          comment = comment1;
 989          first = kTRUE;
 990          while ((os=(TObjString*)next2())) {
 991             // Ignore ouputs in jdl that are also in outputarchive
 992             TString sout = os->GetString();
 993             if (sout.Index("@")>0) sout.Remove(sout.Index("@"));
 994             if (fOutputArchive.Contains(sout)) continue;
 995             if (!first) comment = NULL;
 996             if (!os->GetString().Contains("@") && fCloseSE.Length())
 997                fMergingJDL->AddToOutputSandbox(Form("%s@%s",os->GetString().Data(), fCloseSE.Data()), comment);
 998             else
 999                fMergingJDL->AddToOutputSandbox(os->GetString(), comment);
1000          }
1001          delete arr;
1002       }
1003       fGridJDL->SetPrice((UInt_t)fPrice, "AliEn price for this job");
1004       fMergingJDL->SetPrice((UInt_t)fPrice, "AliEn price for this job");
1005       TString validationScript = fExecutable;
1006       validationScript.ReplaceAll(".sh", "_validation.sh");
1007       fGridJDL->SetValidationCommand(Form("%s/%s", workdir.Data(),validationScript.Data()), "Validation script to be run for each subjob");
1008       validationScript = fExecutable;
1009       validationScript.ReplaceAll(".sh", "_mergevalidation.sh");
1010       fMergingJDL->SetValidationCommand(Form("%s/%s", workdir.Data(),validationScript.Data()), "Validation script to be run for each subjob");
1011       if (fMasterResubmitThreshold) {
1012          fGridJDL->SetValue("MasterResubmitThreshold", Form("\"%d%%\"", fMasterResubmitThreshold));
1013          fGridJDL->SetDescription("MasterResubmitThreshold", "Resubmit failed jobs until DONE rate reaches this percentage");
1014       }
1015       // Write a jdl with 2 input parameters: collection name and output dir name.
1016       WriteJDL(copy);
1017    }
1018    // Copy jdl to grid workspace
1019    if (copy) {
1020       // Check if an output directory was defined and valid
1021       if (!fGridOutputDir.Length()) {
1022          Error("CreateJDL", "You must define AliEn output directory");
1023          return kFALSE;
1024       } else {
1025          if (!fGridOutputDir.Contains("/")) fGridOutputDir = Form("%s/%s", workdir.Data(), fGridOutputDir.Data());
1026          if (!fProductionMode && !DirectoryExists(fGridOutputDir)) {
1027             if (gGrid->Mkdir(fGridOutputDir)) {
1028                Info("CreateJDL", "\n#####   Created alien output directory %s", fGridOutputDir.Data());
1029             } else {
1030                Error("CreateJDL", "Could not create alien output directory %s", fGridOutputDir.Data());
1031                return kFALSE;
1032             }
1033          }
1034          gGrid->Cd(workdir);
1035       }
1036       if (TestBit(AliAnalysisGrid::kSubmit)) {
1037          TString mergeJDLName = fExecutable;
1038          mergeJDLName.ReplaceAll(".sh", "_merge.jdl");
1039          TString locjdl = Form("%s/%s", fGridOutputDir.Data(),fJDLName.Data());
1040          TString locjdl1 = Form("%s/%s", fGridOutputDir.Data(),mergeJDLName.Data());
1041          if (fProductionMode) {
1042             locjdl = Form("%s/%s", workdir.Data(),fJDLName.Data());
1043             locjdl1 = Form("%s/%s", workdir.Data(),mergeJDLName.Data());
1044          }
1045          if (FileExists(locjdl)) gGrid->Rm(locjdl);
1046          if (FileExists(locjdl1)) gGrid->Rm(locjdl1);
1047          Info("CreateJDL", "\n#####   Copying JDL file <%s> to your AliEn output directory", fJDLName.Data());
1048          TFile::Cp(Form("file:%s",fJDLName.Data()), Form("alien://%s", locjdl.Data()));
1049          if (fMergeViaJDL) {
1050             Info("CreateJDL", "\n#####   Copying merging JDL file <%s> to your AliEn output directory", mergeJDLName.Data());
1051             TFile::Cp(Form("file:%s",mergeJDLName.Data()), Form("alien://%s", locjdl1.Data()));
1052          }
1053       }
1054       if (fAdditionalLibs.Length()) {
1055          arr = fAdditionalLibs.Tokenize(" ");
1056          TObjString *os;
1057          TIter next(arr);
1058          while ((os=(TObjString*)next())) {
1059             if (os->GetString().Contains(".so")) continue;
1060             Info("CreateJDL", "\n#####   Copying dependency: <%s> to your alien workspace", os->GetString().Data());
1061             if (FileExists(os->GetString())) gGrid->Rm(os->GetString());
1062             TFile::Cp(Form("file:%s",os->GetString().Data()), Form("alien://%s/%s", workdir.Data(), os->GetString().Data()));
1063          }
1064          delete arr;
1065       }
1066       if (fPackages) {
1067          TIter next(fPackages);
1068          TObject *obj;
1069          while ((obj=next())) {
1070             if (FileExists(obj->GetName())) gGrid->Rm(obj->GetName());
1071             Info("CreateJDL", "\n#####   Copying dependency: <%s> to your alien workspace", obj->GetName());
1072             TFile::Cp(Form("file:%s",obj->GetName()), Form("alien://%s/%s", workdir.Data(), obj->GetName()));
1073          }
1074       }
1075    }
1076    return kTRUE;
1077 }
1078
1079 //______________________________________________________________________________
1080 Bool_t AliAnalysisAlien::WriteJDL(Bool_t copy)
1081 {
1082 // Writes one or more JDL's corresponding to findex. If findex is negative,
1083 // all run numbers are considered in one go (jdl). For non-negative indices
1084 // they correspond to the indices in the array fInputFiles.
1085    if (!fInputFiles) return kFALSE;
1086    TObjString *os;
1087    TString workdir = gGrid->GetHomeDirectory();
1088    workdir += fGridWorkingDir;
1089
1090    if (!fRunNumbers.Length() && !fRunRange[0]) {
1091       // One jdl with no parameters in case input data is specified by name.
1092       TIter next(fInputFiles);
1093       while ((os=(TObjString*)next()))
1094          fGridJDL->AddToInputDataCollection(Form("LF:%s,nodownload", os->GetString().Data()), "Input xml collections");
1095       if (!fOutputSingle.IsNull())
1096          fGridJDL->SetOutputDirectory(Form("#alienfulldir#/../%s",fOutputSingle.Data()), "Output directory");
1097       else {
1098          fGridJDL->SetOutputDirectory(Form("%s/#alien_counter_03i#", fGridOutputDir.Data()), "Output directory");
1099          fMergingJDL->SetOutputDirectory(fGridOutputDir);
1100       }
1101    } else {
1102       // One jdl to be submitted with 2 input parameters: data collection name and output dir prefix
1103       fGridJDL->AddToInputDataCollection(Form("LF:%s/$1,nodownload", workdir.Data()), "Input xml collections");
1104       if (!fOutputSingle.IsNull()) {
1105          if (!fOutputToRunNo) fGridJDL->SetOutputDirectory(Form("#alienfulldir#/%s",fOutputSingle.Data()), "Output directory");
1106          else fGridJDL->SetOutputDirectory(Form("%s/$2",fGridOutputDir.Data()), "Output directory");
1107       } else {
1108          fGridJDL->SetOutputDirectory(Form("%s/$2/#alien_counter_03i#", fGridOutputDir.Data()), "Output directory");
1109          fMergingJDL->SetOutputDirectory(Form("%s/$1", fGridOutputDir.Data()), "Output directory");
1110       }
1111    }
1112
1113
1114    // Generate the JDL as a string
1115    TString sjdl = fGridJDL->Generate();
1116    TString sjdl1 = fMergingJDL->Generate();
1117    Int_t index;
1118    sjdl.ReplaceAll("\"LF:", "\n   \"LF:");
1119    sjdl.ReplaceAll("(member", "\n   (member");
1120    sjdl.ReplaceAll("\",\"VO_", "\",\n   \"VO_");
1121    sjdl.ReplaceAll("{", "{\n   ");
1122    sjdl.ReplaceAll("};", "\n};");
1123    sjdl.ReplaceAll("{\n   \n", "{\n");
1124    sjdl.ReplaceAll("\n\n", "\n");
1125    sjdl.ReplaceAll("OutputDirectory", "OutputDir");
1126    sjdl1.ReplaceAll("\"LF:", "\n   \"LF:");
1127    sjdl1.ReplaceAll("(member", "\n   (member");
1128    sjdl1.ReplaceAll("\",\"VO_", "\",\n   \"VO_");
1129    sjdl1.ReplaceAll("{", "{\n   ");
1130    sjdl1.ReplaceAll("};", "\n};");
1131    sjdl1.ReplaceAll("{\n   \n", "{\n");
1132    sjdl1.ReplaceAll("\n\n", "\n");
1133    sjdl1.ReplaceAll("OutputDirectory", "OutputDir");
1134    sjdl += "JDLVariables = \n{\n   \"Packages\",\n   \"OutputDir\"\n};\n";
1135    sjdl.Prepend(Form("Jobtag = {\n   \"comment:%s\"\n};\n", fJobTag.Data()));
1136    index = sjdl.Index("JDLVariables");
1137    if (index >= 0) sjdl.Insert(index, "\n# JDL variables\n");
1138    sjdl1 += "JDLVariables = \n{\n   \"Packages\",\n   \"OutputDir\"\n};\n";
1139    sjdl1.Prepend(Form("Jobtag = {\n   \"comment:Merging_%s\"\n};\n", fJobTag.Data()));
1140    index = sjdl1.Index("JDLVariables");
1141    if (index >= 0) sjdl1.Insert(index, "\n# JDL variables\n");
1142    // Write jdl to file
1143    ofstream out;
1144    out.open(fJDLName.Data(), ios::out);
1145    if (out.bad()) {
1146       Error("CreateJDL", "Bad file name: %s", fJDLName.Data());
1147       return kFALSE;
1148    }
1149    out << sjdl << endl;
1150    TString mergeJDLName = fExecutable;
1151    mergeJDLName.ReplaceAll(".sh", "_merge.jdl");
1152    if (fMergeViaJDL) {
1153       ofstream out1;
1154       out1.open(mergeJDLName.Data(), ios::out);
1155       if (out.bad()) {
1156          Error("CreateJDL", "Bad file name: %s", mergeJDLName.Data());
1157          return kFALSE;
1158       }
1159       out1 << sjdl1 << endl;
1160    }
1161
1162    // Copy jdl to grid workspace
1163    if (!copy) {
1164       Info("CreateJDL", "\n#####   You may want to review jdl:%s and analysis macro:%s before running in <submit> mode", fJDLName.Data(), fAnalysisMacro.Data());
1165    } else {
1166       TString locjdl = Form("%s/%s", fGridOutputDir.Data(),fJDLName.Data());
1167       TString locjdl1 = Form("%s/%s", fGridOutputDir.Data(),mergeJDLName.Data());
1168       if (fProductionMode) {
1169          locjdl = Form("%s/%s", workdir.Data(),fJDLName.Data());
1170          locjdl1 = Form("%s/%s", workdir.Data(),mergeJDLName.Data());
1171       }
1172       if (FileExists(locjdl)) gGrid->Rm(locjdl);
1173       if (FileExists(locjdl1)) gGrid->Rm(locjdl1);
1174       Info("CreateJDL", "\n#####   Copying JDL file <%s> to your AliEn output directory", fJDLName.Data());
1175       TFile::Cp(Form("file:%s",fJDLName.Data()), Form("alien://%s", locjdl.Data()));
1176       if (fMergeViaJDL) {
1177          Info("CreateJDL", "\n#####   Copying merging JDL file <%s> to your AliEn output directory", mergeJDLName.Data());
1178          TFile::Cp(Form("file:%s",mergeJDLName.Data()), Form("alien://%s", locjdl1.Data()));
1179       }
1180    }
1181    return kTRUE;
1182 }
1183
1184 //______________________________________________________________________________
1185 Bool_t AliAnalysisAlien::FileExists(const char *lfn)
1186 {
1187 // Returns true if file exists.
1188    if (!gGrid) return kFALSE;
1189    TGridResult *res = gGrid->Ls(lfn);
1190    if (!res) return kFALSE;
1191    TMap *map = dynamic_cast<TMap*>(res->At(0));
1192    if (!map) {
1193       delete res;
1194       return kFALSE;
1195    }
1196    TObjString *objs = dynamic_cast<TObjString*>(map->GetValue("name"));
1197    if (!objs || !objs->GetString().Length()) {
1198       delete res;
1199       return kFALSE;
1200    }
1201    delete res;
1202    return kTRUE;
1203 }
1204
1205 //______________________________________________________________________________
1206 Bool_t AliAnalysisAlien::DirectoryExists(const char *dirname)
1207 {
1208 // Returns true if directory exists. Can be also a path.
1209    if (!gGrid) return kFALSE;
1210    // Check if dirname is a path
1211    TString dirstripped = dirname;
1212    dirstripped = dirstripped.Strip();
1213    dirstripped = dirstripped.Strip(TString::kTrailing, '/');
1214    TString dir = gSystem->BaseName(dirstripped);
1215    dir += "/";
1216    TString path = gSystem->DirName(dirstripped);
1217    TGridResult *res = gGrid->Ls(path, "-F");
1218    if (!res) return kFALSE;
1219    TIter next(res);
1220    TMap *map;
1221    TObject *obj;
1222    while ((map=dynamic_cast<TMap*>(next()))) {
1223       obj = map->GetValue("name");
1224       if (!obj) break;
1225       if (dir == obj->GetName()) {
1226          delete res;
1227          return kTRUE;
1228       }
1229    }
1230    delete res;
1231    return kFALSE;
1232 }
1233
1234 //______________________________________________________________________________
1235 void AliAnalysisAlien::CheckDataType(const char *lfn, Bool_t &is_collection, Bool_t &is_xml, Bool_t &use_tags)
1236 {
1237 // Check input data type.
1238    is_collection = kFALSE;
1239    is_xml = kFALSE;
1240    use_tags = kFALSE;
1241    if (!gGrid) {
1242       Error("CheckDataType", "No connection to grid");
1243       return;
1244    }
1245    is_collection = IsCollection(lfn);
1246    TString msg = "\n#####   file: ";
1247    msg += lfn;
1248    if (is_collection) {
1249       msg += " type: raw_collection;";
1250    // special treatment for collections
1251       is_xml = kFALSE;
1252       // check for tag files in the collection
1253       TGridResult *res = gGrid->Command(Form("listFilesFromCollection -z -v %s",lfn), kFALSE);
1254       if (!res) {
1255          msg += " using_tags: No (unknown)";
1256          Info("CheckDataType", msg.Data());
1257          return;
1258       }
1259       const char* typeStr = res->GetKey(0, "origLFN");
1260       if (!typeStr || !strlen(typeStr)) {
1261          msg += " using_tags: No (unknown)";
1262          Info("CheckDataType", msg.Data());
1263          return;
1264       }
1265       TString file = typeStr;
1266       use_tags = file.Contains(".tag");
1267       if (use_tags) msg += " using_tags: Yes";
1268       else          msg += " using_tags: No";
1269       Info("CheckDataType", msg.Data());
1270       return;
1271    }
1272    TString slfn(lfn);
1273    slfn.ToLower();
1274    is_xml = slfn.Contains(".xml");
1275    if (is_xml) {
1276    // Open xml collection and check if there are tag files inside
1277       msg += " type: xml_collection;";
1278       TGridCollection *coll = (TGridCollection*)gROOT->ProcessLine(Form("TAlienCollection::Open(\"alien://%s\",1);",lfn));
1279       if (!coll) {
1280          msg += " using_tags: No (unknown)";
1281          Info("CheckDataType", msg.Data());
1282          return;
1283       }
1284       TMap *map = coll->Next();
1285       if (!map) {
1286          msg += " using_tags: No (unknown)";
1287          Info("CheckDataType", msg.Data());
1288          return;
1289       }
1290       map = (TMap*)map->GetValue("");
1291       TString file;
1292       if (map && map->GetValue("name")) file = map->GetValue("name")->GetName();
1293       use_tags = file.Contains(".tag");
1294       delete coll;
1295       if (use_tags) msg += " using_tags: Yes";
1296       else          msg += " using_tags: No";
1297       Info("CheckDataType", msg.Data());
1298       return;
1299    }
1300    use_tags = slfn.Contains(".tag");
1301    if (slfn.Contains(".root")) msg += " type: root file;";
1302    else                        msg += " type: unknown file;";
1303    if (use_tags) msg += " using_tags: Yes";
1304    else          msg += " using_tags: No";
1305    Info("CheckDataType", msg.Data());
1306 }
1307
1308 //______________________________________________________________________________
1309 void AliAnalysisAlien::EnablePackage(const char *package)
1310 {
1311 // Enables a par file supposed to exist in the current directory.
1312    TString pkg(package);
1313    pkg.ReplaceAll(".par", "");
1314    pkg += ".par";
1315    if (gSystem->AccessPathName(pkg)) {
1316       Fatal("EnablePackage", "Package %s not found", pkg.Data());
1317       return;
1318    }
1319    if (!TObject::TestBit(AliAnalysisGrid::kUsePars))
1320       Info("EnablePackage", "AliEn plugin will use .par packages");
1321    TObject::SetBit(AliAnalysisGrid::kUsePars, kTRUE);
1322    if (!fPackages) {
1323       fPackages = new TObjArray();
1324       fPackages->SetOwner();
1325    }
1326    fPackages->Add(new TObjString(pkg));
1327 }
1328
1329 //______________________________________________________________________________
1330 const char *AliAnalysisAlien::GetJobStatus(Int_t jobidstart, Int_t lastid, Int_t &nrunning, Int_t &nwaiting, Int_t &nerror, Int_t &ndone)
1331 {
1332 // Get job status for all jobs with jobid>jobidstart.
1333    static char mstatus[20];
1334    mstatus[0] = '\0';
1335    nrunning = 0;
1336    nwaiting = 0;
1337    nerror   = 0;
1338    ndone    = 0;
1339    TGridJobStatusList *list = gGrid->Ps("");
1340    if (!list) return mstatus;
1341    Int_t nentries = list->GetSize();
1342    TGridJobStatus *status;
1343    Int_t pid;
1344    for (Int_t ijob=0; ijob<nentries; ijob++) {
1345       status = (TGridJobStatus *)list->At(ijob);
1346       pid = gROOT->ProcessLine(Form("atoi(((TAlienJobStatus*)0x%lx)->GetKey(\"queueId\"));", (ULong_t)status));
1347       if (pid<jobidstart) continue;
1348       if (pid == lastid) {
1349          gROOT->ProcessLine(Form("sprintf((char*)0x%lx,((TAlienJobStatus*)0x%lx)->GetKey(\"status\"));",(ULong_t)mstatus, (ULong_t)status));
1350       }
1351       switch (status->GetStatus()) {
1352          case TGridJobStatus::kWAITING:
1353             nwaiting++; break;
1354          case TGridJobStatus::kRUNNING:
1355             nrunning++; break;
1356          case TGridJobStatus::kABORTED:
1357          case TGridJobStatus::kFAIL:
1358          case TGridJobStatus::kUNKNOWN:
1359             nerror++; break;
1360          case TGridJobStatus::kDONE:
1361             ndone++;
1362       }
1363    }
1364    list->Delete();
1365    delete list;
1366    return mstatus;
1367 }
1368
1369 //______________________________________________________________________________
1370 Bool_t AliAnalysisAlien::IsCollection(const char *lfn) const
1371 {
1372 // Returns true if file is a collection. Functionality duplicated from
1373 // TAlien::Type() because we don't want to directly depend on TAlien.
1374    if (!gGrid) {
1375       Error("IsCollection", "No connection to grid");
1376       return kFALSE;
1377    }
1378    TGridResult *res = gGrid->Command(Form("type -z %s",lfn),kFALSE);
1379    if (!res) return kFALSE;
1380    const char* typeStr = res->GetKey(0, "type");
1381    if (!typeStr || !strlen(typeStr)) return kFALSE;
1382    if (!strcmp(typeStr, "collection")) return kTRUE;
1383    delete res;
1384    return kFALSE;
1385 }
1386
1387 //______________________________________________________________________________
1388 Bool_t AliAnalysisAlien::IsSingleOutput() const
1389 {
1390 // Check if single-ouput option is on.
1391    return (!fOutputSingle.IsNull());
1392 }
1393
1394 //______________________________________________________________________________
1395 void AliAnalysisAlien::Print(Option_t *) const
1396 {
1397 // Print current plugin settings.
1398    printf("### AliEn analysis plugin current settings ###\n");
1399    printf("=   Production mode:______________________________ %d\n", fProductionMode);
1400    printf("=   Version of API requested: ____________________ %s\n", fAPIVersion.Data());
1401    printf("=   Version of ROOT requested: ___________________ %s\n", fROOTVersion.Data());
1402    printf("=   Version of AliRoot requested: ________________ %s\n", fAliROOTVersion.Data());
1403    if (fUser.Length())
1404    printf("=   User running the plugin: _____________________ %s\n", fUser.Data());
1405    printf("=   Grid workdir relative to user $HOME: _________ %s\n", fGridWorkingDir.Data());
1406    printf("=   Grid output directory relative to workdir: ___ %s\n", fGridOutputDir.Data());
1407    printf("=   Data base directory path requested: __________ %s\n", fGridDataDir.Data());
1408    printf("=   Data search pattern: _________________________ %s\n", fDataPattern.Data());
1409    printf("=   Input data format: ___________________________ %s\n", fInputFormat.Data());
1410    if (fRunNumbers.Length())
1411    printf("=   Run numbers to be processed: _________________ %s\n", fRunNumbers.Data());
1412    if (fRunRange[0])
1413    printf("=   Run range to be processed: ___________________ %s%d-%s%d\n", fRunPrefix.Data(), fRunRange[0], fRunPrefix.Data(), fRunRange[1]);
1414    if (!fRunRange[0] && !fRunNumbers.Length()) {
1415       TIter next(fInputFiles);
1416       TObject *obj;
1417       TString list;
1418       while ((obj=next())) list += obj->GetName();
1419       printf("=   Input files to be processed: _________________ %s\n", list.Data());
1420    }
1421    if (TestBit(AliAnalysisGrid::kTest))
1422    printf("=   Number of input files used in test mode: _____ %d\n", fNtestFiles);
1423    printf("=   List of output files to be registered: _______ %s\n", fOutputFiles.Data());
1424    printf("=   List of outputs going to be archived: ________ %s\n", fOutputArchive.Data());
1425    printf("=   List of outputs that should not be merged: ___ %s\n", fMergeExcludes.Data());
1426    printf("=====================================================================\n");
1427    printf("=   Job price: ___________________________________ %d\n", fPrice);
1428    printf("=   Time to live (TTL): __________________________ %d\n", fTTL);
1429    printf("=   Max files per subjob: ________________________ %d\n", fSplitMaxInputFileNumber);
1430    if (fMaxInitFailed>0)
1431    printf("=   Max number of subjob fails to kill: __________ %d\n", fMaxInitFailed);
1432    if (fMasterResubmitThreshold>0)
1433    printf("=   Resubmit master job if failed subjobs >_______ %d\n", fMasterResubmitThreshold);
1434    if (fNrunsPerMaster>0)
1435    printf("=   Number of runs per master job: _______________ %d\n", fNrunsPerMaster);
1436    printf("=   Number of files in one chunk to be merged: ___ %d\n", fMaxMergeFiles);
1437    printf("=   Name of the generated execution script: ______ %s\n", fExecutable.Data());
1438    printf("=   Executable command: __________________________ %s\n", fExecutableCommand.Data());
1439    if (fArguments.Length())
1440    printf("=   Arguments for the execution script: __________ %s\n",fArguments.Data());
1441    if (fExecutableArgs.Length())
1442    printf("=   Arguments after macro name in executable______ %s\n",fExecutableArgs.Data());
1443    printf("=   Name of the generated analysis macro: ________ %s\n",fAnalysisMacro.Data());
1444    printf("=   User analysis files to be deployed: __________ %s\n",fAnalysisSource.Data());
1445    printf("=   Additional libs to be loaded or souces to be compiled runtime: <%s>\n",fAdditionalLibs.Data());
1446    printf("=   Master jobs split mode: ______________________ %s\n",fSplitMode.Data());
1447    if (fDatasetName)
1448    printf("=   Custom name for the dataset to be created: ___ %s\n", fDatasetName.Data());
1449    printf("=   Name of the generated JDL: ___________________ %s\n", fJDLName.Data());
1450    if (fIncludePath.Data())
1451    printf("=   Include path for runtime task compilation: ___ %s\n", fIncludePath.Data());
1452    if (fCloseSE.Length())
1453    printf("=   Force job outputs to storage element: ________ %s\n", fCloseSE.Data());
1454    if (fFriendChainName.Length())
1455    printf("=   Open friend chain file on worker: ____________ %s\n", fFriendChainName.Data());
1456    if (fPackages) {
1457       TIter next(fPackages);
1458       TObject *obj;
1459       TString list;
1460       while ((obj=next())) list += obj->GetName();
1461       printf("=   Par files to be used: ________________________ %s\n", list.Data());
1462    }
1463 }
1464
1465 //______________________________________________________________________________
1466 void AliAnalysisAlien::SetDefaults()
1467 {
1468 // Set default values for everything. What cannot be filled will be left empty.
1469    if (fGridJDL) delete fGridJDL;
1470    fGridJDL = (TGridJDL*)gROOT->ProcessLine("new TAlienJDL()");
1471    fMergingJDL = (TGridJDL*)gROOT->ProcessLine("new TAlienJDL()");
1472    fPrice                      = 1;
1473    fTTL                        = 30000;
1474    fSplitMaxInputFileNumber    = 100;
1475    fMaxInitFailed              = 0;
1476    fMasterResubmitThreshold    = 0;
1477    fNtestFiles                 = 10;
1478    fRunRange[0]                = 0;
1479    fRunRange[1]                = 0;
1480    fNrunsPerMaster             = 1;
1481    fMaxMergeFiles              = 100;
1482    fRunNumbers                 = "";
1483    fExecutable                 = "analysis.sh";
1484    fExecutableCommand          = "root -b -q";
1485    fArguments                  = "";
1486    fExecutableArgs             = "";
1487    fAnalysisMacro              = "myAnalysis.C";
1488    fAnalysisSource             = "";
1489    fAdditionalLibs             = "";
1490    fSplitMode                  = "se";
1491    fAPIVersion                 = "";
1492    fROOTVersion                = "";
1493    fAliROOTVersion             = "";
1494    fUser                       = "";  // Your alien user name
1495    fGridWorkingDir             = "";
1496    fGridDataDir                = "";  // Can be like: /alice/sim/PDC_08a/LHC08c9/
1497    fDataPattern                = "*AliESDs.root";  // Can be like: *AliESDs.root, */pass1/*AliESDs.root, ...
1498    fFriendChainName            = "";
1499    fGridOutputDir              = "output";
1500    fOutputArchive              = "log_archive.zip:stdout,stderr root_archive.zip:*.root";
1501    fOutputFiles                = "";  // Like "AliAODs.root histos.root"
1502    fInputFormat                = "xml-single";
1503    fJDLName                    = "analysis.jdl";
1504    fJobTag                     = "Automatically generated analysis JDL";
1505    fMergeExcludes              = "";
1506    fMergeViaJDL                = 0;
1507 }
1508
1509 //______________________________________________________________________________
1510 Bool_t AliAnalysisAlien::MergeOutput(const char *output, const char *basedir, Int_t nmaxmerge)
1511 {
1512 // Merge all registered outputs from basedir.
1513    TString output_file = output;
1514    TString command;
1515    TString output_chunk;
1516    TString previous_chunk = "";
1517    Int_t count_chunk = 0;
1518    Int_t count_zero = nmaxmerge;
1519    Bool_t merged = kTRUE;
1520    Int_t index = output_file.Index("@");
1521    if (index > 0) output_file.Remove(index);
1522    command = Form("find %s/ *%s", basedir, output_file.Data());
1523    printf("command: %s\n", command.Data());
1524    TGridResult *res = gGrid->Command(command);
1525    if (!res) {
1526       printf("Error: No result for the find command\n");
1527       return kFALSE;
1528    }
1529
1530    TFileMerger *fm = 0;
1531    TIter nextmap(res);
1532    TMap *map = 0;
1533    // Check if there is a merge operation to resume
1534    output_chunk = output_file;
1535    output_chunk.ReplaceAll(".root", "_*.root");
1536    // Check for existent temporary merge files
1537    if (!gSystem->Exec(Form("ls %s", output_chunk.Data()))) {
1538       while (1) {
1539          // Skip as many input files as in a chunk
1540          for (Int_t counter=0; counter<nmaxmerge; counter++) map = (TMap*)nextmap();
1541          if (!map) {
1542             ::Error("MergeOutputs", "Cannot resume merging for <%s>, nentries=%d", output_file.Data(), res->GetSize());
1543             delete res;
1544             return kFALSE;
1545          }
1546          output_chunk = output_file;
1547          output_chunk.ReplaceAll(".root", Form("_%04d.root", count_chunk));
1548          count_chunk++;
1549          if (gSystem->AccessPathName(output_chunk)) continue;
1550          // Merged file with chunks up to <count_chunk> found
1551          printf("Resume merging of <%s> from <%s>\n", output_file.Data(), output_chunk.Data());
1552          previous_chunk = output_chunk;
1553          break;
1554       }
1555    }
1556    count_zero = nmaxmerge;
1557
1558    while ((map=(TMap*)nextmap())) {
1559    // Loop 'find' results and get next LFN
1560       if (count_zero == nmaxmerge) {
1561          // First file in chunk - create file merger and add previous chunk if any.
1562          fm = new TFileMerger(kFALSE);
1563          fm->SetFastMethod(kTRUE);
1564          if (previous_chunk.Length()) fm->AddFile(previous_chunk.Data());
1565          output_chunk = output_file;
1566          output_chunk.ReplaceAll(".root", Form("_%04d.root", count_chunk));
1567       }
1568       // If last file found, put merged results in the output file
1569       if (map == res->Last()) output_chunk = output_file;
1570       TObjString *objs = dynamic_cast<TObjString*>(map->GetValue("turl"));
1571       if (!objs || !objs->GetString().Length()) {
1572          // Nothing found - skip this output
1573          delete res;
1574          delete fm;
1575          return kFALSE;
1576       }
1577       // Add file to be merged and decrement chunk counter.
1578       fm->AddFile(objs->GetString());
1579       count_zero--;
1580       if (count_zero==0 || map == res->Last()) {
1581          fm->OutputFile(output_chunk);
1582          if (!fm->GetMergeList() || !fm->GetMergeList()->GetSize()) {
1583          // Nothing found - skip this output
1584             ::Warning("MergeOutputs", "No <%s> files found.", output_file.Data());
1585             delete res;
1586             delete fm;
1587             return kFALSE;
1588          }
1589          // Merge the outputs, then go to next chunk
1590          if (!fm->Merge()) {
1591             ::Error("MergeOutputs", "Could not merge all <%s> files", output_file.Data());
1592             delete res;
1593             delete fm;
1594             merged = kFALSE;
1595             return kFALSE;
1596          } else {
1597             ::Info("MergeOutputs", "\n#####   Merged %d output files to <%s>", fm->GetMergeList()->GetSize(), output_chunk.Data());
1598             gSystem->Unlink(previous_chunk);
1599          }
1600          if (map == res->Last()) {
1601             delete res;
1602             delete fm;
1603             break;
1604          }
1605          count_chunk++;
1606          count_zero = nmaxmerge;
1607          previous_chunk = output_chunk;
1608       }
1609    }
1610    return merged;
1611 }
1612
1613 //______________________________________________________________________________
1614 Bool_t AliAnalysisAlien::MergeOutputs()
1615 {
1616 // Merge analysis outputs existing in the AliEn space.
1617    if (TestBit(AliAnalysisGrid::kTest)) return kTRUE;
1618    if (TestBit(AliAnalysisGrid::kOffline)) return kFALSE;
1619    if (!Connect()) {
1620       Error("MergeOutputs", "Cannot merge outputs without grid connection. Terminate will NOT be executed");
1621       return kFALSE;
1622    }
1623    if (fMergeViaJDL && !fProductionMode && TestBit(AliAnalysisGrid::kMerge)) {
1624       Info("MergeOutputs", "Submitting merging JDL");
1625       SubmitMerging();
1626       Info("MergeOutputs", "### Re-run with <MergeViaJDL> off to collect results after merging jobs are done ###");
1627       Info("MergeOutputs", "### Trying to continue merging ... (may fail if exited the shell prematurely)");
1628    }
1629    // Get the output path
1630    if (!fGridOutputDir.Contains("/")) fGridOutputDir = Form("/%s/%s/%s", gGrid->GetHomeDirectory(), fGridWorkingDir.Data(), fGridOutputDir.Data());
1631    if (!DirectoryExists(fGridOutputDir)) {
1632       Error("MergeOutputs", "Grid output directory %s not found. Terminate() will NOT be executed", fGridOutputDir.Data());
1633       return kFALSE;
1634    }
1635    if (!fOutputFiles.Length()) {
1636       Error("MergeOutputs", "No output file names defined. Are you running the right AliAnalysisAlien configuration ?");
1637       return kFALSE;
1638    }
1639    // Check if fast read option was requested
1640    if (fFastReadOption) {
1641       Warning("MergeOutputs", "You requested FastRead option. Using xrootd flags to reduce timeouts. Note that this may skip some files that could be accessed !");
1642       gEnv->SetValue("XNet.ConnectTimeout",5);
1643       gEnv->SetValue("XNet.RequestTimeout",5);
1644       gEnv->SetValue("XNet.MaxRedirectCount",2);
1645       gEnv->SetValue("XNet.ReconnectTimeout",5);
1646       gEnv->SetValue("XNet.FirstConnectMaxCnt",1);
1647    }
1648    TObjArray *list = fOutputFiles.Tokenize(" ");
1649    TIter next(list);
1650    TObjString *str;
1651    TString output_file;
1652    Bool_t merged = kTRUE;
1653    while((str=(TObjString*)next())) {
1654       output_file = str->GetString();
1655       Int_t index = output_file.Index("@");
1656       if (index > 0) output_file.Remove(index);
1657       // Skip already merged outputs
1658       if (!gSystem->AccessPathName(output_file)) {
1659          Info("MergeOutputs", "Output file <%s> found. Not merging again.", output_file.Data());
1660          continue;
1661       }
1662       if (fMergeExcludes.Length() &&
1663           fMergeExcludes.Contains(output_file.Data())) continue;
1664       // Perform a 'find' command in the output directory, looking for registered outputs
1665       merged = MergeOutput(output_file, fGridOutputDir, fMaxMergeFiles);
1666       if (!merged) {
1667          Error("MergeOutputs", "Terminate() will  NOT be executed");
1668          return kFALSE;
1669       }
1670    }
1671    return kTRUE;
1672 }
1673
1674 //______________________________________________________________________________
1675 void AliAnalysisAlien::SetDefaultOutputs(Bool_t flag)
1676 {
1677 // Use the output files connected to output containers from the analysis manager
1678 // rather than the files defined by SetOutputFiles
1679    if (flag && !TObject::TestBit(AliAnalysisGrid::kDefaultOutputs))
1680       Info("SetDefaultOutputs", "Plugin will use the output files taken from \
1681       analysis manager");
1682    TObject::SetBit(AliAnalysisGrid::kDefaultOutputs, flag);
1683 }
1684
1685 //______________________________________________________________________________
1686 Bool_t AliAnalysisAlien::StartAnalysis(Long64_t /*nentries*/, Long64_t /*firstEntry*/)
1687 {
1688 // Start remote grid analysis.
1689
1690    // Check if output files have to be taken from the analysis manager
1691    if (TestBit(AliAnalysisGrid::kDefaultOutputs)) {
1692       AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
1693       if (!mgr || !mgr->IsInitialized()) {
1694          Error("StartAnalysis", "You need an initialized analysis manager for this");
1695          return kFALSE;
1696       }
1697       fOutputFiles = "";
1698       TIter next(mgr->GetOutputs());
1699       AliAnalysisDataContainer *output;
1700       while ((output=(AliAnalysisDataContainer*)next())) {
1701          const char *filename = output->GetFileName();
1702          if (!(strcmp(filename, "default"))) {
1703             if (!mgr->GetOutputEventHandler()) continue;
1704             filename = mgr->GetOutputEventHandler()->GetOutputFileName();
1705          }
1706          if (fOutputFiles.Contains(filename)) continue;
1707          if (fOutputFiles.Length()) fOutputFiles += " ";
1708          fOutputFiles += filename;
1709       }
1710       // Add extra files registered to the analysis manager
1711       if (mgr->GetExtraFiles().Length()) {
1712          if (fOutputFiles.Length()) fOutputFiles += " ";
1713          fOutputFiles += mgr->GetExtraFiles();
1714       }
1715    }
1716 //   if (!fCloseSE.Length()) fCloseSE = gSystem->Getenv("alien_CLOSE_SE");
1717    if (TestBit(AliAnalysisGrid::kOffline)) {
1718       Info("StartAnalysis","\n##### OFFLINE MODE ##### Files to be used in GRID are produced but not copied \
1719       \n                         there nor any job run. You can revise the JDL and analysis \
1720       \n                         macro then run the same in \"submit\" mode.");
1721    } else if (TestBit(AliAnalysisGrid::kTest)) {
1722       Info("StartAnalysis","\n##### LOCAL MODE #####   Your analysis will be run locally on a subset of the requested \
1723       \n                         dataset.");
1724    } else if (TestBit(AliAnalysisGrid::kSubmit)) {
1725       Info("StartAnalysis","\n##### SUBMIT MODE #####  Files required by your analysis are copied to your grid working \
1726       \n                         space and job submitted.");
1727    } else if (TestBit(AliAnalysisGrid::kMerge)) {
1728       Info("StartAnalysis","\n##### MERGE MODE #####   The registered outputs of the analysis will be merged");
1729       if (fMergeViaJDL) CheckInputData();
1730       return kTRUE;
1731    } else {
1732       Info("StartAnalysis","\n##### FULL ANALYSIS MODE ##### Producing needed files and submitting your analysis job...");
1733    }
1734
1735    if (!Connect()) {
1736       Error("StartAnalysis", "Cannot start grid analysis without grid connection");
1737       return kFALSE;
1738    }
1739    Print();
1740    if (!CheckInputData()) {
1741       Error("StartAnalysis", "There was an error in preprocessing your requested input data");
1742       return kFALSE;
1743    }
1744    CreateDataset(fDataPattern);
1745    WriteAnalysisFile();
1746    WriteAnalysisMacro();
1747    WriteExecutable();
1748    WriteValidationScript();
1749    if (fMergeViaJDL) {
1750       WriteMergingMacro();
1751       WriteMergeExecutable();
1752       WriteValidationScript(kTRUE);
1753    }
1754    if (!CreateJDL()) return kFALSE;
1755    if (TestBit(AliAnalysisGrid::kOffline)) return kFALSE;
1756    if (TestBit(AliAnalysisGrid::kTest)) {
1757       // Locally testing the analysis
1758       Info("StartAnalysis", "\n_______________________________________________________________________ \
1759       \n   Running analysis script in a daughter shell as on a worker node \
1760       \n_______________________________________________________________________");
1761       TObjArray *list = fOutputFiles.Tokenize(" ");
1762       TIter next(list);
1763       TObjString *str;
1764       TString output_file;
1765       while((str=(TObjString*)next())) {
1766          output_file = str->GetString();
1767          Int_t index = output_file.Index("@");
1768          if (index > 0) output_file.Remove(index);
1769          if (!gSystem->AccessPathName(output_file)) gSystem->Exec(Form("rm %s", output_file.Data()));
1770       }
1771       delete list;
1772       gSystem->Exec(Form("bash %s 2>stderr", fExecutable.Data()));
1773       TString validationScript = fExecutable;
1774       validationScript.ReplaceAll(".sh", "_validation.sh");
1775       gSystem->Exec(Form("bash %s",validationScript.Data()));
1776 //      gSystem->Exec("cat stdout");
1777       return kFALSE;
1778    }
1779    // Check if submitting is managed by LPM manager
1780    if (fProductionMode) {
1781       TString prodfile = fJDLName;
1782       prodfile.ReplaceAll(".jdl", ".prod");
1783       WriteProductionFile(prodfile);
1784       Info("StartAnalysis", "Job submitting is managed by LPM. Rerun in terminate mode after jobs finished.");
1785       return kFALSE;
1786    }
1787    // Submit AliEn job(s)
1788    gGrid->Cd(fGridOutputDir);
1789    TGridResult *res;
1790    TString jobID = "";
1791    if (!fRunNumbers.Length() && !fRunRange[0]) {
1792       // Submit a given xml or a set of runs
1793       res = gGrid->Command(Form("submit %s", fJDLName.Data()));
1794       printf("*************************** %s\n",Form("submit %s", fJDLName.Data()));
1795       if (res) {
1796          const char *cjobId = res->GetKey(0,"jobId");
1797          if (!cjobId) {
1798             Error("StartAnalysis", "Your JDL %s could not be submitted", fJDLName.Data());
1799             return kFALSE;
1800          } else {
1801             Info("StartAnalysis", "\n_______________________________________________________________________ \
1802             \n#####   Your JDL %s was successfully submitted. \nTHE JOB ID IS: %s \
1803             \n_______________________________________________________________________",
1804                    fJDLName.Data(), cjobId);
1805             jobID = cjobId;
1806          }
1807          delete res;
1808       }
1809    } else {
1810       // Submit for a range of enumeration of runs.
1811       Submit();
1812    }
1813
1814    Info("StartAnalysis", "\n#### STARTING AN ALIEN SHELL FOR YOU. EXIT WHEN YOUR JOB %s HAS FINISHED. #### \
1815    \n You may exit at any time and terminate the job later using the option <terminate> \
1816    \n ##################################################################################", jobID.Data());
1817    gSystem->Exec("aliensh");
1818    return kTRUE;
1819 }
1820
1821 //______________________________________________________________________________
1822 void AliAnalysisAlien::Submit()
1823 {
1824 // Submit all master jobs.
1825    Int_t nmasterjobs = fInputFiles->GetEntries();
1826    Long_t tshoot = gSystem->Now();
1827    if (!fNsubmitted) SubmitNext();
1828    while (fNsubmitted < nmasterjobs) {
1829       Long_t now = gSystem->Now();
1830       if ((now-tshoot)>30000) {
1831          tshoot = now;
1832          SubmitNext();
1833       }
1834    }
1835 }
1836
1837 //______________________________________________________________________________
1838 void AliAnalysisAlien::SubmitMerging()
1839 {
1840 // Submit all merging jobs.
1841    if (!fGridOutputDir.Contains("/")) fGridOutputDir = Form("/%s/%s/%s", gGrid->GetHomeDirectory(), fGridWorkingDir.Data(), fGridOutputDir.Data());
1842    gGrid->Cd(fGridOutputDir);
1843    TString mergeJDLName = fExecutable;
1844    mergeJDLName.ReplaceAll(".sh", "_merge.jdl");
1845    Int_t ntosubmit = fInputFiles->GetEntries();
1846    printf("### Submitting %d merging jobs...\n", ntosubmit);
1847    for (Int_t i=0; i<ntosubmit; i++) {
1848       TString query;
1849       TString runOutDir = gSystem->BaseName(fInputFiles->At(i)->GetName());
1850       runOutDir.ReplaceAll(".xml", "");
1851       if (fOutputToRunNo)
1852          query = Form("submit %s %s", mergeJDLName.Data(), runOutDir.Data());
1853       else
1854          query = Form("submit %s %03d", mergeJDLName.Data(), i);
1855       printf("********* %s\n",query.Data());
1856       TGridResult *res = gGrid->Command(query);
1857       if (res) {
1858          const char *cjobId = res->GetKey(0,"jobId");
1859          if (!cjobId) {
1860             Error("StartAnalysis", "Your JDL %s could not be submitted", mergeJDLName.Data());
1861             return;
1862          } else {
1863             Info("StartAnalysis", "\n_______________________________________________________________________ \
1864             \n#####   Your JDL %s was successfully submitted. \nTHE JOB ID IS: %s \
1865             \n_______________________________________________________________________",
1866                    mergeJDLName.Data(), cjobId);
1867          }
1868          delete res;
1869       }
1870    }
1871    if (!ntosubmit) return;
1872    Info("StartAnalysis", "\n#### STARTING AN ALIEN SHELL FOR YOU. EXIT WHEN YOUR MERGING JOBS HAVE FINISHED. #### \
1873    \n You may exit at any time and terminate the job later using the option <terminate> but disabling SetMergeViaJDL\
1874    \n ##################################################################################");
1875    gSystem->Exec("aliensh");
1876 }
1877
1878 //______________________________________________________________________________
1879 void AliAnalysisAlien::SubmitNext()
1880 {
1881 // Submit next bunch of master jobs if the queue is free.
1882    static Bool_t iscalled = kFALSE;
1883    static Int_t firstmaster = 0;
1884    static Int_t lastmaster = 0;
1885    static Int_t npermaster  = 0;
1886    if (iscalled) return;
1887    iscalled = kTRUE;
1888    Int_t nrunning=0, nwaiting=0, nerror=0, ndone=0;
1889    Int_t ntosubmit = 0;
1890    TGridResult *res;
1891    TString jobID = "";
1892    if (!fNsubmitted) ntosubmit = 1;
1893    else {
1894       TString status = GetJobStatus(firstmaster, lastmaster, nrunning, nwaiting, nerror, ndone);
1895       printf("=== master %d: %s\n", lastmaster, status.Data());
1896       // If last master not split, just return
1897       if (status != "SPLIT") {iscalled = kFALSE; return;}
1898       // No more than 100 waiting jobs
1899       if (nwaiting>100) {iscalled = kFALSE; return;}
1900       npermaster = (nrunning+nwaiting+nerror+ndone)/fNsubmitted;
1901       if (npermaster) ntosubmit = (100-nwaiting)/npermaster;
1902       printf("=== WAITING(%d) RUNNING(%d) DONE(%d) OTHER(%d) NperMaster=%d => to submit %d jobs\n",
1903              nwaiting, nrunning, ndone, nerror, npermaster, ntosubmit);
1904    }
1905    Int_t nmasterjobs = fInputFiles->GetEntries();
1906    for (Int_t i=0; i<ntosubmit; i++) {
1907       // Submit for a range of enumeration of runs.
1908       if (fNsubmitted>=nmasterjobs) {iscalled = kFALSE; return;}
1909       TString query;
1910       TString runOutDir = gSystem->BaseName(fInputFiles->At(fNsubmitted)->GetName());
1911       runOutDir.ReplaceAll(".xml", "");
1912       if (fOutputToRunNo)
1913          query = Form("submit %s %s %s", fJDLName.Data(), fInputFiles->At(fNsubmitted)->GetName(), runOutDir.Data());
1914       else
1915          query = Form("submit %s %s %03d", fJDLName.Data(), fInputFiles->At(fNsubmitted)->GetName(), fNsubmitted);
1916       printf("********* %s\n",query.Data());
1917       res = gGrid->Command(query);
1918       if (res) {
1919          TString cjobId1 = res->GetKey(0,"jobId");
1920          if (!cjobId1.Length()) {
1921             Error("StartAnalysis", "Your JDL %s could not be submitted", fJDLName.Data());
1922             iscalled = kFALSE;
1923             return;
1924          } else {
1925             Info("StartAnalysis", "\n_______________________________________________________________________ \
1926             \n#####   Your JDL %s submitted (%d to go). \nTHE JOB ID IS: %s \
1927             \n_______________________________________________________________________",
1928                 fJDLName.Data(), nmasterjobs-fNsubmitted-1, cjobId1.Data());
1929             jobID += cjobId1;
1930             jobID += " ";
1931             lastmaster = cjobId1.Atoi();
1932             if (!firstmaster) firstmaster = lastmaster;
1933             fNsubmitted++;
1934          }
1935          delete res;
1936       }
1937    }
1938    iscalled = kFALSE;
1939 }
1940
1941 //______________________________________________________________________________
1942 void AliAnalysisAlien::WriteAnalysisFile()
1943 {
1944 // Write current analysis manager into the file <analysisFile>
1945    TString analysisFile = fExecutable;
1946    analysisFile.ReplaceAll(".sh", ".root");
1947    if (!TestBit(AliAnalysisGrid::kSubmit)) {
1948       AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
1949       if (!mgr || !mgr->IsInitialized()) {
1950          Error("WriteAnalysisFile", "You need an initialized analysis manager for this");
1951          return;
1952       }
1953       // Check analysis type
1954       TObject *handler;
1955       if (mgr->GetMCtruthEventHandler()) TObject::SetBit(AliAnalysisGrid::kUseMC);
1956       handler = (TObject*)mgr->GetInputEventHandler();
1957       if (handler) {
1958          if (handler->InheritsFrom("AliESDInputHandler")) TObject::SetBit(AliAnalysisGrid::kUseESD);
1959          if (handler->InheritsFrom("AliAODInputHandler")) TObject::SetBit(AliAnalysisGrid::kUseAOD);
1960       }
1961       TDirectory *cdir = gDirectory;
1962       TFile *file = TFile::Open(analysisFile, "RECREATE");
1963       if (file) {
1964          // Skip task Terminate calls for the grid job
1965          mgr->SetSkipTerminate(kTRUE);
1966          // Unless merging makes no sense
1967          if (IsSingleOutput()) mgr->SetSkipTerminate(kFALSE);
1968          mgr->Write();
1969          delete file;
1970          // Enable termination for local jobs
1971          mgr->SetSkipTerminate(kFALSE);
1972       }
1973       if (cdir) cdir->cd();
1974       Info("WriteAnalysisFile", "\n#####   Analysis manager: %s wrote to file <%s>\n", mgr->GetName(),analysisFile.Data());
1975    }
1976    Bool_t copy = kTRUE;
1977    if (TestBit(AliAnalysisGrid::kOffline) || TestBit(AliAnalysisGrid::kTest)) copy = kFALSE;
1978    if (copy) {
1979       CdWork();
1980       TString workdir = gGrid->GetHomeDirectory();
1981       workdir += fGridWorkingDir;
1982       Info("CreateJDL", "\n#####   Copying file <%s> containing your initialized analysis manager to your alien workspace", analysisFile.Data());
1983       if (FileExists(analysisFile)) gGrid->Rm(analysisFile);
1984       TFile::Cp(Form("file:%s",analysisFile.Data()), Form("alien://%s/%s", workdir.Data(),analysisFile.Data()));
1985    }
1986 }
1987
1988 //______________________________________________________________________________
1989 void AliAnalysisAlien::WriteAnalysisMacro()
1990 {
1991 // Write the analysis macro that will steer the analysis in grid mode.
1992    if (!TestBit(AliAnalysisGrid::kSubmit)) {
1993       ofstream out;
1994       out.open(fAnalysisMacro.Data(), ios::out);
1995       if (!out.good()) {
1996          Error("WriteAnalysisMacro", "could not open file %s for writing", fAnalysisMacro.Data());
1997          return;
1998       }
1999       Bool_t hasSTEERBase = kFALSE;
2000       Bool_t hasESD = kFALSE;
2001       Bool_t hasAOD = kFALSE;
2002       Bool_t hasANALYSIS = kFALSE;
2003       Bool_t hasANALYSISalice = kFALSE;
2004       Bool_t hasCORRFW = kFALSE;
2005       TString func = fAnalysisMacro;
2006       TString type = "ESD";
2007       TString comment = "// Analysis using ";
2008       if (TObject::TestBit(AliAnalysisGrid::kUseESD)) comment += "ESD";
2009       if (TObject::TestBit(AliAnalysisGrid::kUseAOD)) {
2010          type = "AOD";
2011          comment += "AOD";
2012       }
2013       if (type!="AOD" && fFriendChainName!="") {
2014          Error("WriteAnalysisMacro", "Friend chain can be attached only to AOD");
2015          return;
2016       }
2017       if (TObject::TestBit(AliAnalysisGrid::kUseMC)) comment += "/MC";
2018       else comment += " data";
2019       out << "const char *anatype = \"" << type.Data() << "\";" << endl << endl;
2020       func.ReplaceAll(".C", "");
2021       out << "void " << func.Data() << "()" << endl;
2022       out << "{" << endl;
2023       out << comment.Data() << endl;
2024       out << "// Automatically generated analysis steering macro executed in grid subjobs" << endl << endl;
2025       out << "   TStopwatch timer;" << endl;
2026       out << "   timer.Start();" << endl << endl;
2027       out << "// load base root libraries" << endl;
2028       out << "   gSystem->Load(\"libTree\");" << endl;
2029       out << "   gSystem->Load(\"libGeom\");" << endl;
2030       out << "   gSystem->Load(\"libVMC\");" << endl;
2031       out << "   gSystem->Load(\"libPhysics\");" << endl << endl;
2032       out << "   gSystem->Load(\"libMinuit\");" << endl << endl;
2033       if (fAdditionalRootLibs.Length()) {
2034          // in principle libtree /lib geom libvmc etc. can go into this list, too
2035          out << "// Add aditional libraries" << endl;
2036          TObjArray *list = fAdditionalRootLibs.Tokenize(" ");
2037          TIter next(list);
2038          TObjString *str;
2039          while((str=(TObjString*)next())) {
2040             if (str->GetString().Contains(".so"))
2041             out << "   gSystem->Load(\"" << str->GetString().Data() << "\");" << endl;
2042          }
2043          if (list) delete list;
2044       }
2045       out << "// include path" << endl;
2046       if (fIncludePath.Length()) out << "   gSystem->AddIncludePath(\"" << fIncludePath.Data() << "\");" << endl;
2047       out << "   gSystem->AddIncludePath(\"-I$ALICE_ROOT/include\");" << endl << endl;
2048       out << "// Load analysis framework libraries" << endl;
2049       if (!fPackages) {
2050          out << "   gSystem->Load(\"libSTEERBase\");" << endl;
2051          out << "   gSystem->Load(\"libESD\");" << endl;
2052          out << "   gSystem->Load(\"libAOD\");" << endl;
2053          out << "   gSystem->Load(\"libANALYSIS\");" << endl;
2054          out << "   gSystem->Load(\"libANALYSISalice\");" << endl;
2055          out << "   gSystem->Load(\"libCORRFW\");" << endl << endl;
2056       } else {
2057          TIter next(fPackages);
2058          TObject *obj;
2059          TString pkgname;
2060          TString setupPar = "AliAnalysisAlien::SetupPar";
2061          while ((obj=next())) {
2062             pkgname = obj->GetName();
2063             if (pkgname == "STEERBase" ||
2064                 pkgname == "STEERBase.par") hasSTEERBase = kTRUE;
2065             if (pkgname == "ESD" ||
2066                 pkgname == "ESD.par")       hasESD = kTRUE;
2067             if (pkgname == "AOD" ||
2068                 pkgname == "AOD.par")       hasAOD = kTRUE;
2069             if (pkgname == "ANALYSIS" ||
2070                 pkgname == "ANALYSIS.par")  hasANALYSIS = kTRUE;
2071             if (pkgname == "ANALYSISalice" ||
2072                 pkgname == "ANALYSISalice.par") hasANALYSISalice = kTRUE;
2073             if (pkgname == "CORRFW" ||
2074                 pkgname == "CORRFW.par")    hasCORRFW = kTRUE;
2075          }
2076          if (hasANALYSISalice) setupPar = "SetupPar";
2077          if (!hasSTEERBase) out << "   gSystem->Load(\"libSTEERBase\");" << endl;
2078          else out << "   if (!" << setupPar << "(\"STEERBase\")) return;" << endl;
2079          if (!hasESD)       out << "   gSystem->Load(\"libESD\");" << endl;
2080          else out << "   if (!" << setupPar << "(\"ESD\")) return;" << endl;
2081          if (!hasAOD)       out << "   gSystem->Load(\"libAOD\");" << endl;
2082          else out << "   if (!" << setupPar << "(\"AOD\")) return;" << endl;
2083          if (!hasANALYSIS)  out << "   gSystem->Load(\"libANALYSIS\");" << endl;
2084          else out << "   if (!" << setupPar << "(\"ANALYSIS\")) return;" << endl;
2085          if (!hasANALYSISalice)   out << "   gSystem->Load(\"libANALYSISalice\");" << endl;
2086          else out << "   if (!" << setupPar << "(\"ANALYSISalice\")) return;" << endl;
2087          if (!hasCORRFW)    out << "   gSystem->Load(\"libCORRFW\");" << endl << endl;
2088          else out << "   if (!" << setupPar << "(\"CORRFW\")) return;" << endl << endl;
2089          out << "// Compile other par packages" << endl;
2090          next.Reset();
2091          while ((obj=next())) {
2092             pkgname = obj->GetName();
2093             if (pkgname == "STEERBase" ||
2094                 pkgname == "STEERBase.par" ||
2095                 pkgname == "ESD" ||
2096                 pkgname == "ESD.par" ||
2097                 pkgname == "AOD" ||
2098                 pkgname == "AOD.par" ||
2099                 pkgname == "ANALYSIS" ||
2100                 pkgname == "ANALYSIS.par" ||
2101                 pkgname == "ANALYSISalice" ||
2102                 pkgname == "ANALYSISalice.par" ||
2103                 pkgname == "CORRFW" ||
2104                 pkgname == "CORRFW.par") continue;
2105             out << "   if (!" << setupPar << "(\"" << obj->GetName() << "\")) return;" << endl;
2106          }
2107       }
2108       if (fAdditionalLibs.Length()) {
2109          out << "// Add aditional AliRoot libraries" << endl;
2110          TObjArray *list = fAdditionalLibs.Tokenize(" ");
2111          TIter next(list);
2112          TObjString *str;
2113          while((str=(TObjString*)next())) {
2114             if (str->GetString().Contains(".so"))
2115                out << "   gSystem->Load(\"" << str->GetString().Data() << "\");" << endl;
2116          }
2117          if (list) delete list;
2118       }
2119       out << endl;
2120       out << "// analysis source to be compiled at runtime (if any)" << endl;
2121       if (fAnalysisSource.Length()) {
2122          TObjArray *list = fAnalysisSource.Tokenize(" ");
2123          TIter next(list);
2124          TObjString *str;
2125          while((str=(TObjString*)next())) {
2126             out << "   gROOT->ProcessLine(\".L " << str->GetString().Data() << "+g\");" << endl;
2127          }
2128          if (list) delete list;
2129       }
2130       out << endl;
2131       if (fFastReadOption) {
2132          Warning("WriteAnalysisMacro", "!!! You requested FastRead option. Using xrootd flags to reduce timeouts in the grid jobs. Note that this may skip some files that could be accessed !!!");
2133          out << "// fast xrootd reading enabled" << endl;
2134          out << "   printf(\"!!! You requested FastRead option. Using xrootd flags to reduce timeouts. Note that this may skip some files that could be accessed !!!\");" << endl;
2135          out << "   gEnv->SetValue(\"XNet.ConnectTimeout\",5);" << endl;
2136          out << "   gEnv->SetValue(\"XNet.RequestTimeout\",5);" << endl;
2137          out << "   gEnv->SetValue(\"XNet.MaxRedirectCount\",2);" << endl;
2138          out << "   gEnv->SetValue(\"XNet.ReconnectTimeout\",5);" << endl;
2139          out << "   gEnv->SetValue(\"XNet.FirstConnectMaxCnt\",1);" << endl << endl;
2140       }
2141       out << "// connect to AliEn and make the chain" << endl;
2142       out << "   if (!TGrid::Connect(\"alien://\")) return;" << endl;
2143       if (IsUsingTags()) {
2144          out << "   TChain *chain = CreateChainFromTags(\"wn.xml\", anatype);" << endl << endl;
2145       } else {
2146          if(fFriendChainName!="AliAOD.VertexingHF.root") {
2147             out << "   TChain *chain = CreateChain(\"wn.xml\", anatype);" << endl << endl;
2148          } else {
2149             out << "   // Check if the macro to create the chain was provided" << endl;
2150             out << "   if (gSystem->AccessPathName(\"MakeAODInputChain.C\")) {" << endl;
2151             out << "      ::Error(\"" << func.Data() << "\", \"File MakeAODInputChain.C not provided. Aborting.\");" << endl;
2152             out << "      return;" << endl;
2153             out << "   }" << endl;
2154             out << "   gROOT->LoadMacro(\"MakeAODInputChain.C\");" << endl;
2155             out << "   TChain *chain = MakeAODInputChain(\"wn.xml\",\"none\");" << endl << endl;
2156          }
2157       }
2158       out << "// read the analysis manager from file" << endl;
2159       TString analysisFile = fExecutable;
2160       analysisFile.ReplaceAll(".sh", ".root");
2161       out << "   TFile *file = TFile::Open(\"" << analysisFile << "\");" << endl;
2162       out << "   if (!file) return;" << endl;
2163       out << "   TIter nextkey(file->GetListOfKeys());" << endl;
2164       out << "   AliAnalysisManager *mgr = 0;" << endl;
2165       out << "   TKey *key;" << endl;
2166       out << "   while ((key=(TKey*)nextkey())) {" << endl;
2167       out << "      if (!strcmp(key->GetClassName(), \"AliAnalysisManager\"))" << endl;
2168       out << "         mgr = (AliAnalysisManager*)file->Get(key->GetName());" << endl;
2169       out << "   };" << endl;
2170       out << "   if (!mgr) {" << endl;
2171       out << "      ::Error(\"" << func.Data() << "\", \"No analysis manager found in file" << analysisFile <<"\");" << endl;
2172       out << "      return;" << endl;
2173       out << "   }" << endl << endl;
2174       out << "   mgr->PrintStatus();" << endl;
2175       if (AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()) {
2176          if (AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetDebugLevel()>3) {
2177             out << "   gEnv->SetValue(\"XNet.Debug\", \"1\");" << endl;
2178          } else {
2179             out << "   AliLog::SetGlobalLogLevel(AliLog::kError);" << endl;
2180          }
2181       }
2182       out << "   mgr->StartAnalysis(\"localfile\", chain);" << endl;
2183       out << "   timer.Stop();" << endl;
2184       out << "   timer.Print();" << endl;
2185       out << "}" << endl << endl;
2186       if (IsUsingTags()) {
2187          out << "TChain* CreateChainFromTags(const char *xmlfile, const char *type=\"ESD\")" << endl;
2188          out << "{" << endl;
2189          out << "// Create a chain using tags from the xml file." << endl;
2190          out << "   TAlienCollection* coll = TAlienCollection::Open(xmlfile);" << endl;
2191          out << "   if (!coll) {" << endl;
2192          out << "      ::Error(\"CreateChainFromTags\", \"Cannot create an AliEn collection from %s\", xmlfile);" << endl;
2193          out << "      return NULL;" << endl;
2194          out << "   }" << endl;
2195          out << "   TGridResult* tagResult = coll->GetGridResult(\"\",kFALSE,kFALSE);" << endl;
2196          out << "   AliTagAnalysis *tagAna = new AliTagAnalysis(type);" << endl;
2197          out << "   tagAna->ChainGridTags(tagResult);" << endl << endl;
2198          out << "   AliRunTagCuts      *runCuts = new AliRunTagCuts();" << endl;
2199          out << "   AliLHCTagCuts      *lhcCuts = new AliLHCTagCuts();" << endl;
2200          out << "   AliDetectorTagCuts *detCuts = new AliDetectorTagCuts();" << endl;
2201          out << "   AliEventTagCuts    *evCuts  = new AliEventTagCuts();" << endl;
2202          out << "   // Check if the cuts configuration file was provided" << endl;
2203          out << "   if (!gSystem->AccessPathName(\"ConfigureCuts.C\")) {" << endl;
2204          out << "      gROOT->LoadMacro(\"ConfigureCuts.C\");" << endl;
2205          out << "      ConfigureCuts(runCuts, lhcCuts, detCuts, evCuts);" << endl;
2206          out << "   }" << endl;
2207          if (fFriendChainName=="") {
2208             out << "   TChain *chain = tagAna->QueryTags(runCuts, lhcCuts, detCuts, evCuts);" << endl;
2209          } else {
2210             out << "   TString tmpColl=\"tmpCollection.xml\";" << endl;
2211             out << "   tagAna->CreateXMLCollection(tmpColl.Data(),runCuts, lhcCuts, detCuts, evCuts);" << endl;
2212             out << "   TChain *chain = CreateChain(tmpColl.Data(),type);" << endl;
2213          }
2214          out << "   if (!chain || !chain->GetNtrees()) return NULL;" << endl;
2215          out << "   chain->ls();" << endl;
2216          out << "   return chain;" << endl;
2217          out << "}" << endl << endl;
2218          if (gSystem->AccessPathName("ConfigureCuts.C")) {
2219             TString msg = "\n#####   You may want to provide a macro ConfigureCuts.C with a method:\n";
2220             msg += "   void ConfigureCuts(AliRunTagCuts *runCuts,\n";
2221             msg += "                      AliLHCTagCuts *lhcCuts,\n";
2222             msg += "                      AliDetectorTagCuts *detCuts,\n";
2223             msg += "                      AliEventTagCuts *evCuts)";
2224             Info("WriteAnalysisMacro", msg.Data());
2225          }
2226       }
2227       if (!IsUsingTags() || fFriendChainName!="") {
2228          out <<"//________________________________________________________________________________" << endl;
2229          out << "TChain* CreateChain(const char *xmlfile, const char *type=\"ESD\")" << endl;
2230          out << "{" << endl;
2231          out << "// Create a chain using url's from xml file" << endl;
2232          out << "   TString treename = type;" << endl;
2233          out << "   treename.ToLower();" << endl;
2234          out << "   treename += \"Tree\";" << endl;
2235          out << "   printf(\"***************************************\\n\");" << endl;
2236          out << "   printf(\"    Getting chain of trees %s\\n\", treename.Data());" << endl;
2237          out << "   printf(\"***************************************\\n\");" << endl;
2238          out << "   TAlienCollection *coll = TAlienCollection::Open(xmlfile);" << endl;
2239          out << "   if (!coll) {" << endl;
2240          out << "      ::Error(\"CreateChain\", \"Cannot create an AliEn collection from %s\", xmlfile);" << endl;
2241          out << "      return NULL;" << endl;
2242          out << "   }" << endl;
2243          out << "   TChain *chain = new TChain(treename);" << endl;
2244          if(fFriendChainName!="") {
2245             out << "   TChain *chainFriend = new TChain(treename);" << endl;
2246          }
2247          out << "   coll->Reset();" << endl;
2248          out << "   while (coll->Next()) {" << endl;
2249          out << "      chain->Add(coll->GetTURL(\"\"));" << endl;
2250          if(fFriendChainName!="") {
2251             out << "      TString fileFriend=coll->GetTURL(\"\");" << endl;
2252             out << "      fileFriend.ReplaceAll(\"AliAOD.root\",\""<<fFriendChainName.Data()<<"\");" << endl;
2253             out << "      fileFriend.ReplaceAll(\"AliAODs.root\",\""<<fFriendChainName.Data()<<"\");" << endl;
2254             out << "      chainFriend->Add(fileFriend.Data());" << endl;
2255          }
2256          out << "   }" << endl;
2257          out << "   if (!chain->GetNtrees()) {" << endl;
2258          out << "      ::Error(\"CreateChain\", \"No tree found from collection %s\", xmlfile);" << endl;
2259          out << "      return NULL;" << endl;
2260          out << "   }" << endl;
2261          if(fFriendChainName!="") {
2262             out << "   chain->AddFriend(chainFriend);" << endl;
2263          }
2264          out << "   return chain;" << endl;
2265          out << "}" << endl << endl;
2266       }
2267       if (hasANALYSISalice) {
2268          out <<"//________________________________________________________________________________" << endl;
2269          out << "Bool_t SetupPar(const char *package) {" << endl;
2270          out << "// Compile the package and set it up." << endl;
2271          out << "   TString pkgdir = package;" << endl;
2272          out << "   pkgdir.ReplaceAll(\".par\",\"\");" << endl;
2273          out << "   gSystem->Exec(Form(\"tar xvzf %s.par\", pkgdir.Data()));" << endl;
2274          out << "   TString cdir = gSystem->WorkingDirectory();" << endl;
2275          out << "   gSystem->ChangeDirectory(pkgdir);" << endl;
2276          out << "   // Check for BUILD.sh and execute" << endl;
2277          out << "   if (!gSystem->AccessPathName(\"PROOF-INF/BUILD.sh\")) {" << endl;
2278          out << "      printf(\"*******************************\\n\");" << endl;
2279          out << "      printf(\"*** Building PAR archive    ***\\n\");" << endl;
2280          out << "      printf(\"*******************************\\n\");" << endl;
2281          out << "      if (gSystem->Exec(\"PROOF-INF/BUILD.sh\")) {" << endl;
2282          out << "         ::Error(\"SetupPar\", \"Cannot build par archive %s\", pkgdir.Data());" << endl;
2283          out << "         gSystem->ChangeDirectory(cdir);" << endl;
2284          out << "         return kFALSE;" << endl;
2285          out << "      }" << endl;
2286          out << "   } else {" << endl;
2287          out << "      ::Error(\"SetupPar\",\"Cannot access PROOF-INF/BUILD.sh for package %s\", pkgdir.Data());" << endl;
2288          out << "      gSystem->ChangeDirectory(cdir);" << endl;
2289          out << "      return kFALSE;" << endl;
2290          out << "   }" << endl;
2291          out << "   // Check for SETUP.C and execute" << endl;
2292          out << "   if (!gSystem->AccessPathName(\"PROOF-INF/SETUP.C\")) {" << endl;
2293          out << "      printf(\"*******************************\\n\");" << endl;
2294          out << "      printf(\"***    Setup PAR archive    ***\\n\");" << endl;
2295          out << "      printf(\"*******************************\\n\");" << endl;
2296          out << "      gROOT->Macro(\"PROOF-INF/SETUP.C\");" << endl;
2297          out << "   } else {" << endl;
2298          out << "      ::Error(\"SetupPar\",\"Cannot access PROOF-INF/SETUP.C for package %s\", pkgdir.Data());" << endl;
2299          out << "      gSystem->ChangeDirectory(cdir);" << endl;
2300          out << "      return kFALSE;" << endl;
2301          out << "   }" << endl;
2302          out << "   // Restore original workdir" << endl;
2303          out << "   gSystem->ChangeDirectory(cdir);" << endl;
2304          out << "   return kTRUE;" << endl;
2305          out << "}" << endl;
2306       }
2307       Info("WriteAnalysisMacro", "\n#####   Analysis macro to run on worker nodes <%s> written",fAnalysisMacro.Data());
2308    }
2309    Bool_t copy = kTRUE;
2310    if (TestBit(AliAnalysisGrid::kOffline) || TestBit(AliAnalysisGrid::kTest)) copy = kFALSE;
2311    if (copy) {
2312       CdWork();
2313       TString workdir = gGrid->GetHomeDirectory();
2314       workdir += fGridWorkingDir;
2315       if (FileExists(fAnalysisMacro)) gGrid->Rm(fAnalysisMacro);
2316       if (IsUsingTags() && !gSystem->AccessPathName("ConfigureCuts.C")) {
2317          if (FileExists("ConfigureCuts.C")) gGrid->Rm("ConfigureCuts.C");
2318          Info("WriteAnalysisMacro", "\n#####   Copying cuts configuration macro: <ConfigureCuts.C> to your alien workspace");
2319          TFile::Cp("file:ConfigureCuts.C", Form("alien://%s/ConfigureCuts.C", workdir.Data()));
2320       }
2321       Info("WriteAnalysisMacro", "\n#####   Copying analysis macro: <%s> to your alien workspace", fAnalysisMacro.Data());
2322       TFile::Cp(Form("file:%s",fAnalysisMacro.Data()), Form("alien://%s/%s", workdir.Data(), fAnalysisMacro.Data()));
2323    }
2324 }
2325
2326 //______________________________________________________________________________
2327 void AliAnalysisAlien::WriteMergingMacro()
2328 {
2329 // Write a macro to merge the outputs per master job.
2330    if (!fMergeViaJDL) return;
2331    if (!fOutputFiles.Length()) {
2332       Error("WriteMergingMacro", "No output file names defined. Are you running the right AliAnalysisAlien configuration ?");
2333       return;
2334    }
2335    TString mergingMacro = fExecutable;
2336    mergingMacro.ReplaceAll(".sh","_merge.C");
2337    if (!fGridOutputDir.Contains("/")) fGridOutputDir = Form("/%s/%s/%s", gGrid->GetHomeDirectory(), fGridWorkingDir.Data(), fGridOutputDir.Data());
2338    if (!TestBit(AliAnalysisGrid::kSubmit)) {
2339       ofstream out;
2340       out.open(mergingMacro.Data(), ios::out);
2341       if (!out.good()) {
2342          Error("WriteMergingMacro", "could not open file %s for writing", fAnalysisMacro.Data());
2343          return;
2344       }
2345       Bool_t hasSTEERBase = kFALSE;
2346       Bool_t hasESD = kFALSE;
2347       Bool_t hasAOD = kFALSE;
2348       Bool_t hasANALYSIS = kFALSE;
2349       Bool_t hasANALYSISalice = kFALSE;
2350       Bool_t hasCORRFW = kFALSE;
2351       TString func = mergingMacro;
2352       TString comment;
2353       func.ReplaceAll(".C", "");
2354       out << "void " << func.Data() << "(const char *dir)" << endl;
2355       out << "{" << endl;
2356       out << "// Automatically generated merging macro executed in grid subjobs" << endl << endl;
2357       out << "   TStopwatch timer;" << endl;
2358       out << "   timer.Start();" << endl << endl;
2359       out << "// load base root libraries" << endl;
2360       out << "   gSystem->Load(\"libTree\");" << endl;
2361       out << "   gSystem->Load(\"libGeom\");" << endl;
2362       out << "   gSystem->Load(\"libVMC\");" << endl;
2363       out << "   gSystem->Load(\"libPhysics\");" << endl << endl;
2364       out << "   gSystem->Load(\"libMinuit\");" << endl << endl;
2365       if (fAdditionalRootLibs.Length()) {
2366          // in principle libtree /lib geom libvmc etc. can go into this list, too
2367          out << "// Add aditional libraries" << endl;
2368          TObjArray *list = fAdditionalRootLibs.Tokenize(" ");
2369          TIter next(list);
2370          TObjString *str;
2371          while((str=(TObjString*)next())) {
2372             if (str->GetString().Contains(".so"))
2373             out << "   gSystem->Load(\"" << str->GetString().Data() << "\");" << endl;
2374          }
2375          if (list) delete list;
2376       }
2377       out << "// include path" << endl;
2378       if (fIncludePath.Length()) out << "   gSystem->AddIncludePath(\"" << fIncludePath.Data() << "\");" << endl;
2379       out << "   gSystem->AddIncludePath(\"-I$ALICE_ROOT/include\");" << endl << endl;
2380       out << "// Load analysis framework libraries" << endl;
2381       if (!fPackages) {
2382          out << "   gSystem->Load(\"libSTEERBase\");" << endl;
2383          out << "   gSystem->Load(\"libESD\");" << endl;
2384          out << "   gSystem->Load(\"libAOD\");" << endl;
2385          out << "   gSystem->Load(\"libANALYSIS\");" << endl;
2386          out << "   gSystem->Load(\"libANALYSISalice\");" << endl;
2387          out << "   gSystem->Load(\"libCORRFW\");" << endl << endl;
2388       } else {
2389          TIter next(fPackages);
2390          TObject *obj;
2391          TString pkgname;
2392          TString setupPar = "AliAnalysisAlien::SetupPar";
2393          while ((obj=next())) {
2394             pkgname = obj->GetName();
2395             if (pkgname == "STEERBase" ||
2396                 pkgname == "STEERBase.par") hasSTEERBase = kTRUE;
2397             if (pkgname == "ESD" ||
2398                 pkgname == "ESD.par")       hasESD = kTRUE;
2399             if (pkgname == "AOD" ||
2400                 pkgname == "AOD.par")       hasAOD = kTRUE;
2401             if (pkgname == "ANALYSIS" ||
2402                 pkgname == "ANALYSIS.par")  hasANALYSIS = kTRUE;
2403             if (pkgname == "ANALYSISalice" ||
2404                 pkgname == "ANALYSISalice.par") hasANALYSISalice = kTRUE;
2405             if (pkgname == "CORRFW" ||
2406                 pkgname == "CORRFW.par")    hasCORRFW = kTRUE;
2407          }
2408          if (hasANALYSISalice) setupPar = "SetupPar";
2409          if (!hasSTEERBase) out << "   gSystem->Load(\"libSTEERBase\");" << endl;
2410          else out << "   if (!" << setupPar << "(\"STEERBase\")) return;" << endl;
2411          if (!hasESD)       out << "   gSystem->Load(\"libESD\");" << endl;
2412          else out << "   if (!" << setupPar << "(\"ESD\")) return;" << endl;
2413          if (!hasAOD)       out << "   gSystem->Load(\"libAOD\");" << endl;
2414          else out << "   if (!" << setupPar << "(\"AOD\")) return;" << endl;
2415          if (!hasANALYSIS)  out << "   gSystem->Load(\"libANALYSIS\");" << endl;
2416          else out << "   if (!" << setupPar << "(\"ANALYSIS\")) return;" << endl;
2417          if (!hasANALYSISalice)   out << "   gSystem->Load(\"libANALYSISalice\");" << endl;
2418          else out << "   if (!" << setupPar << "(\"ANALYSISalice\")) return;" << endl;
2419          if (!hasCORRFW)    out << "   gSystem->Load(\"libCORRFW\");" << endl << endl;
2420          else out << "   if (!" << setupPar << "(\"CORRFW\")) return;" << endl << endl;
2421          out << "// Compile other par packages" << endl;
2422          next.Reset();
2423          while ((obj=next())) {
2424             pkgname = obj->GetName();
2425             if (pkgname == "STEERBase" ||
2426                 pkgname == "STEERBase.par" ||
2427                 pkgname == "ESD" ||
2428                 pkgname == "ESD.par" ||
2429                 pkgname == "AOD" ||
2430                 pkgname == "AOD.par" ||
2431                 pkgname == "ANALYSIS" ||
2432                 pkgname == "ANALYSIS.par" ||
2433                 pkgname == "ANALYSISalice" ||
2434                 pkgname == "ANALYSISalice.par" ||
2435                 pkgname == "CORRFW" ||
2436                 pkgname == "CORRFW.par") continue;
2437             out << "   if (!" << setupPar << "(\"" << obj->GetName() << "\")) return;" << endl;
2438          }
2439       }
2440       if (fAdditionalLibs.Length()) {
2441          out << "// Add aditional AliRoot libraries" << endl;
2442          TObjArray *list = fAdditionalLibs.Tokenize(" ");
2443          TIter next(list);
2444          TObjString *str;
2445          while((str=(TObjString*)next())) {
2446             if (str->GetString().Contains(".so"))
2447                out << "   gSystem->Load(\"" << str->GetString().Data() << "\");" << endl;
2448          }
2449          if (list) delete list;
2450       }
2451       out << endl;
2452       out << "// Analysis source to be compiled at runtime (if any)" << endl;
2453       if (fAnalysisSource.Length()) {
2454          TObjArray *list = fAnalysisSource.Tokenize(" ");
2455          TIter next(list);
2456          TObjString *str;
2457          while((str=(TObjString*)next())) {
2458             out << "   gROOT->ProcessLine(\".L " << str->GetString().Data() << "+g\");" << endl;
2459          }
2460          if (list) delete list;
2461       }
2462       out << endl;
2463       if (fFastReadOption) {
2464          Warning("WriteMergingMacro", "!!! You requested FastRead option. Using xrootd flags to reduce timeouts in the grid merging jobs. Note that this may skip some files that could be accessed !!!");
2465          out << "// fast xrootd reading enabled" << endl;
2466          out << "   printf(\"!!! You requested FastRead option. Using xrootd flags to reduce timeouts. Note that this may skip some files that could be accessed !!!\");" << endl;
2467          out << "   gEnv->SetValue(\"XNet.ConnectTimeout\",5);" << endl;
2468          out << "   gEnv->SetValue(\"XNet.RequestTimeout\",5);" << endl;
2469          out << "   gEnv->SetValue(\"XNet.MaxRedirectCount\",2);" << endl;
2470          out << "   gEnv->SetValue(\"XNet.ReconnectTimeout\",5);" << endl;
2471          out << "   gEnv->SetValue(\"XNet.FirstConnectMaxCnt\",1);" << endl << endl;
2472       }
2473       out << "// Connect to AliEn" << endl;
2474       out << "   if (!TGrid::Connect(\"alien://\")) return;" << endl;
2475       out << "   TString outputDir = \"" << fGridOutputDir << "/\";" << endl;
2476       out << "   outputDir += dir;" << endl;
2477       out << "   TString outputFiles = \"" << fOutputFiles << "\";" << endl;
2478       out << "   TString mergeExcludes = \"" << fMergeExcludes << "\";" << endl;
2479       out << "   TObjArray *list = outputFiles.Tokenize(\" \");" << endl;
2480       out << "   TIter *iter = new TIter(list);" << endl;
2481       out << "   TObjString *str;" << endl;
2482       out << "   TString output_file;" << endl;
2483       out << "   Bool_t merged = kTRUE;" << endl;
2484       out << "   while((str=(TObjString*)iter->Next())) {" << endl;
2485       out << "      output_file = str->GetString();" << endl;
2486       out << "      Int_t index = output_file.Index(\"@\");" << endl;
2487       out << "      if (index > 0) output_file.Remove(index);" << endl;
2488       out << "      // Skip already merged outputs" << endl;
2489       out << "      if (!gSystem->AccessPathName(output_file)) {" << endl;
2490       out << "         printf(\"Output file <%s> found. Not merging again.\",output_file.Data());" << endl;
2491       out << "         continue;" << endl;
2492       out << "      }" << endl;
2493       out << "      if (mergeExcludes.Contains(output_file.Data())) continue;" << endl;
2494       out << "      merged = AliAnalysisAlien::MergeOutput(output_file, outputDir, " << fMaxMergeFiles << ");" << endl;
2495       out << "      if (!merged) {" << endl;
2496       out << "         printf(\"ERROR: Cannot merge %s\\n\", output_file.Data());" << endl;
2497       out << "         return;" << endl;
2498       out << "      }" << endl;
2499       out << "   }" << endl;
2500       out << "// read the analysis manager from file" << endl;
2501       TString analysisFile = fExecutable;
2502       analysisFile.ReplaceAll(".sh", ".root");
2503       out << "   TFile *file = TFile::Open(\"" << analysisFile << "\");" << endl;
2504       out << "   if (!file) return;" << endl;
2505       out << "   TIter nextkey(file->GetListOfKeys());" << endl;
2506       out << "   AliAnalysisManager *mgr = 0;" << endl;
2507       out << "   TKey *key;" << endl;
2508       out << "   while ((key=(TKey*)nextkey())) {" << endl;
2509       out << "      if (!strcmp(key->GetClassName(), \"AliAnalysisManager\"))" << endl;
2510       out << "         mgr = (AliAnalysisManager*)file->Get(key->GetName());" << endl;
2511       out << "   };" << endl;
2512       out << "   if (!mgr) {" << endl;
2513       out << "      ::Error(\"" << func.Data() << "\", \"No analysis manager found in file" << analysisFile <<"\");" << endl;
2514       out << "      return;" << endl;
2515       out << "   }" << endl << endl;
2516       out << "   mgr->PrintStatus();" << endl;
2517       if (AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()) {
2518          if (AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetDebugLevel()>3) {
2519             out << "   gEnv->SetValue(\"XNet.Debug\", \"1\");" << endl;
2520          } else {
2521             out << "   AliLog::SetGlobalLogLevel(AliLog::kError);" << endl;
2522          }
2523       }
2524       out << "   mgr->StartAnalysis(\"gridterminate\");" << endl;
2525       out << "}" << endl << endl;
2526       if (hasANALYSISalice) {
2527          out <<"//________________________________________________________________________________" << endl;
2528          out << "Bool_t SetupPar(const char *package) {" << endl;
2529          out << "// Compile the package and set it up." << endl;
2530          out << "   TString pkgdir = package;" << endl;
2531          out << "   pkgdir.ReplaceAll(\".par\",\"\");" << endl;
2532          out << "   gSystem->Exec(Form(\"tar xvzf %s.par\", pkgdir.Data()));" << endl;
2533          out << "   TString cdir = gSystem->WorkingDirectory();" << endl;
2534          out << "   gSystem->ChangeDirectory(pkgdir);" << endl;
2535          out << "   // Check for BUILD.sh and execute" << endl;
2536          out << "   if (!gSystem->AccessPathName(\"PROOF-INF/BUILD.sh\")) {" << endl;
2537          out << "      printf(\"*******************************\\n\");" << endl;
2538          out << "      printf(\"*** Building PAR archive    ***\\n\");" << endl;
2539          out << "      printf(\"*******************************\\n\");" << endl;
2540          out << "      if (gSystem->Exec(\"PROOF-INF/BUILD.sh\")) {" << endl;
2541          out << "         ::Error(\"SetupPar\", \"Cannot build par archive %s\", pkgdir.Data());" << endl;
2542          out << "         gSystem->ChangeDirectory(cdir);" << endl;
2543          out << "         return kFALSE;" << endl;
2544          out << "      }" << endl;
2545          out << "   } else {" << endl;
2546          out << "      ::Error(\"SetupPar\",\"Cannot access PROOF-INF/BUILD.sh for package %s\", pkgdir.Data());" << endl;
2547          out << "      gSystem->ChangeDirectory(cdir);" << endl;
2548          out << "      return kFALSE;" << endl;
2549          out << "   }" << endl;
2550          out << "   // Check for SETUP.C and execute" << endl;
2551          out << "   if (!gSystem->AccessPathName(\"PROOF-INF/SETUP.C\")) {" << endl;
2552          out << "      printf(\"*******************************\\n\");" << endl;
2553          out << "      printf(\"***    Setup PAR archive    ***\\n\");" << endl;
2554          out << "      printf(\"*******************************\\n\");" << endl;
2555          out << "      gROOT->Macro(\"PROOF-INF/SETUP.C\");" << endl;
2556          out << "   } else {" << endl;
2557          out << "      ::Error(\"SetupPar\",\"Cannot access PROOF-INF/SETUP.C for package %s\", pkgdir.Data());" << endl;
2558          out << "      gSystem->ChangeDirectory(cdir);" << endl;
2559          out << "      return kFALSE;" << endl;
2560          out << "   }" << endl;
2561          out << "   // Restore original workdir" << endl;
2562          out << "   gSystem->ChangeDirectory(cdir);" << endl;
2563          out << "   return kTRUE;" << endl;
2564          out << "}" << endl;
2565       }
2566    }
2567    Bool_t copy = kTRUE;
2568    if (TestBit(AliAnalysisGrid::kOffline) || TestBit(AliAnalysisGrid::kTest)) copy = kFALSE;
2569    if (copy) {
2570       CdWork();
2571       TString workdir = gGrid->GetHomeDirectory();
2572       workdir += fGridWorkingDir;
2573       if (FileExists(mergingMacro)) gGrid->Rm(mergingMacro);
2574       Info("WriteMergingMacro", "\n#####   Copying merging macro: <%s> to your alien workspace", mergingMacro.Data());
2575       TFile::Cp(Form("file:%s",mergingMacro.Data()), Form("alien://%s/%s", workdir.Data(), mergingMacro.Data()));
2576    }
2577 }
2578
2579 //______________________________________________________________________________
2580 Bool_t AliAnalysisAlien::SetupPar(const char *package)
2581 {
2582 // Compile the par file archive pointed by <package>. This must be present in the current durectory.
2583 // Note that for loading the compiled library. The current directory should have precedence in
2584 // LD_LIBRARY_PATH
2585    TString pkgdir = package;
2586    pkgdir.ReplaceAll(".par","");
2587    gSystem->Exec(Form("tar xvzf %s.par", pkgdir.Data()));
2588    TString cdir = gSystem->WorkingDirectory();
2589    gSystem->ChangeDirectory(pkgdir);
2590    // Check for BUILD.sh and execute
2591    if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
2592       printf("**************************************************\n");
2593       printf("*** Building PAR archive %s\n", package);
2594       printf("**************************************************\n");
2595       if (gSystem->Exec("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
2596          ::Error("SetupPar", "Cannot build par archive %s", pkgdir.Data());
2597          gSystem->ChangeDirectory(cdir);
2598          return kFALSE;
2599       }
2600    } else {
2601       ::Error("SetupPar","Cannot access PROOF-INF/BUILD.sh for package %s", pkgdir.Data());
2602       gSystem->ChangeDirectory(cdir);
2603       return kFALSE;
2604    }
2605    // Check for SETUP.C and execute
2606    if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/SETUP.C")) {
2607       printf("**************************************************\n");
2608       printf("*** Setup PAR archive %s\n", package);
2609       printf("**************************************************\n");
2610       gROOT->Macro("PROOF-INF/SETUP.C");
2611       printf("*** Loaded library: %s\n", gSystem->GetLibraries(pkgdir,"",kFALSE));
2612    } else {
2613       ::Error("SetupPar","Cannot access PROOF-INF/SETUP.C for package %s", pkgdir.Data());
2614       gSystem->ChangeDirectory(cdir);
2615       return kFALSE;
2616    }
2617    // Restore original workdir
2618    gSystem->ChangeDirectory(cdir);
2619    return kTRUE;
2620 }
2621
2622 //______________________________________________________________________________
2623 void AliAnalysisAlien::WriteExecutable()
2624 {
2625 // Generate the alien executable script.
2626    if (!TestBit(AliAnalysisGrid::kSubmit)) {
2627       ofstream out;
2628       out.open(fExecutable.Data(), ios::out);
2629       if (out.bad()) {
2630          Error("WriteExecutable", "Bad file name for executable: %s", fExecutable.Data());
2631          return;
2632       }
2633       out << "#!/bin/bash" << endl;
2634       out << "echo \"=========================================\"" << endl;
2635       out << "echo \"############## PATH : ##############\"" << endl;
2636       out << "echo $PATH" << endl;
2637       out << "echo \"############## LD_LIBRARY_PATH : ##############\"" << endl;
2638       out << "echo $LD_LIBRARY_PATH" << endl;
2639       out << "echo \"############## ROOTSYS : ##############\"" << endl;
2640       out << "echo $ROOTSYS" << endl;
2641       out << "echo \"############## which root : ##############\"" << endl;
2642       out << "which root" << endl;
2643       out << "echo \"############## ALICE_ROOT : ##############\"" << endl;
2644       out << "echo $ALICE_ROOT" << endl;
2645       out << "echo \"############## which aliroot : ##############\"" << endl;
2646       out << "which aliroot" << endl;
2647       out << "echo \"############## system limits : ##############\"" << endl;
2648       out << "ulimit -a" << endl;
2649       out << "echo \"############## memory : ##############\"" << endl;
2650       out << "free -m" << endl;
2651       out << "echo \"=========================================\"" << endl << endl;
2652       // Make sure we can properly compile par files
2653       if (TObject::TestBit(AliAnalysisGrid::kUsePars)) out << "export LD_LIBRARY_PATH=.:$LD_LIBRARY_PATH" << endl;
2654       out << fExecutableCommand << " ";
2655       out << fAnalysisMacro.Data() << " " << fExecutableArgs.Data() << endl << endl;
2656       out << "echo \"======== " << fAnalysisMacro.Data() << " finished with exit code: $? ========\"" << endl;
2657       out << "echo \"############## memory after: ##############\"" << endl;
2658       out << "free -m" << endl;
2659       out << "echo \"############## Last 10 lines from dmesg : ##############\"" << endl;
2660       out << "dmesg | tail -n 10" << endl;
2661    }
2662    Bool_t copy = kTRUE;
2663    if (TestBit(AliAnalysisGrid::kOffline) || TestBit(AliAnalysisGrid::kTest)) copy = kFALSE;
2664    if (copy) {
2665       CdWork();
2666       TString workdir = gGrid->GetHomeDirectory();
2667       TString bindir = Form("%s/bin", workdir.Data());
2668       if (!DirectoryExists(bindir)) gGrid->Mkdir(bindir);
2669       workdir += fGridWorkingDir;
2670       TString executable = Form("%s/bin/%s", gGrid->GetHomeDirectory(), fExecutable.Data());
2671       if (FileExists(executable)) gGrid->Rm(executable);
2672       Info("CreateJDL", "\n#####   Copying executable file <%s> to your AliEn bin directory", fExecutable.Data());
2673       TFile::Cp(Form("file:%s",fExecutable.Data()), Form("alien://%s", executable.Data()));
2674    }
2675 }
2676
2677 //______________________________________________________________________________
2678 void AliAnalysisAlien::WriteMergeExecutable()
2679 {
2680 // Generate the alien executable script for the merging job.
2681    if (!fMergeViaJDL) return;
2682    TString mergeExec = fExecutable;
2683    mergeExec.ReplaceAll(".sh", "_merge.sh");
2684    if (!TestBit(AliAnalysisGrid::kSubmit)) {
2685       ofstream out;
2686       out.open(mergeExec.Data(), ios::out);
2687       if (out.bad()) {
2688          Error("WriteMergingExecutable", "Bad file name for executable: %s", mergeExec.Data());
2689          return;
2690       }
2691       out << "#!/bin/bash" << endl;
2692       out << "echo \"=========================================\"" << endl;
2693       out << "echo \"############## PATH : ##############\"" << endl;
2694       out << "echo $PATH" << endl;
2695       out << "echo \"############## LD_LIBRARY_PATH : ##############\"" << endl;
2696       out << "echo $LD_LIBRARY_PATH" << endl;
2697       out << "echo \"############## ROOTSYS : ##############\"" << endl;
2698       out << "echo $ROOTSYS" << endl;
2699       out << "echo \"############## which root : ##############\"" << endl;
2700       out << "which root" << endl;
2701       out << "echo \"############## ALICE_ROOT : ##############\"" << endl;
2702       out << "echo $ALICE_ROOT" << endl;
2703       out << "echo \"############## which aliroot : ##############\"" << endl;
2704       out << "which aliroot" << endl;
2705       out << "echo \"############## system limits : ##############\"" << endl;
2706       out << "ulimit -a" << endl;
2707       out << "echo \"############## memory : ##############\"" << endl;
2708       out << "free -m" << endl;
2709       out << "echo \"=========================================\"" << endl << endl;
2710       // Make sure we can properly compile par files
2711       if (TObject::TestBit(AliAnalysisGrid::kUsePars)) out << "export LD_LIBRARY_PATH=.:$LD_LIBRARY_PATH" << endl;
2712       TString mergeMacro = fExecutable;
2713       mergeMacro.ReplaceAll(".sh", "_merge.C");
2714       out << "export ARG=\"" << mergeMacro << "(\\\"$1\\\")\"" << endl;
2715       out << fExecutableCommand << " " << "$ARG" << endl;
2716       out << "echo \"======== " << mergeMacro.Data() << " finished with exit code: $? ========\"" << endl;
2717       out << "echo \"############## memory after: ##############\"" << endl;
2718       out << "free -m" << endl;
2719       out << "echo \"############## Last 10 lines from dmesg : ##############\"" << endl;
2720       out << "dmesg | tail -n 10" << endl;
2721    }
2722    Bool_t copy = kTRUE;
2723    if (TestBit(AliAnalysisGrid::kOffline) || TestBit(AliAnalysisGrid::kTest)) copy = kFALSE;
2724    if (copy) {
2725       CdWork();
2726       TString workdir = gGrid->GetHomeDirectory();
2727       TString bindir = Form("%s/bin", workdir.Data());
2728       if (!DirectoryExists(bindir)) gGrid->Mkdir(bindir);
2729       workdir += fGridWorkingDir;
2730       TString executable = Form("%s/bin/%s", gGrid->GetHomeDirectory(), mergeExec.Data());
2731       if (FileExists(executable)) gGrid->Rm(executable);
2732       Info("CreateJDL", "\n#####   Copying executable file <%s> to your AliEn bin directory", mergeExec.Data());
2733       TFile::Cp(Form("file:%s",mergeExec.Data()), Form("alien://%s", executable.Data()));
2734    }
2735 }
2736
2737 //______________________________________________________________________________
2738 void AliAnalysisAlien::WriteProductionFile(const char *filename) const
2739 {
2740 // Write the production file to be submitted by LPM manager. The format is:
2741 // First line: full_path_to_jdl estimated_no_subjobs_per_master
2742 // Next lines: full_path_to_dataset XXX (XXX is a string)
2743 // To submit, one has to: submit jdl XXX for all lines
2744    ofstream out;
2745    out.open(filename, ios::out);
2746    if (out.bad()) {
2747       Error("WriteProductionFile", "Bad file name: %s", filename);
2748       return;
2749    }
2750    TString workdir = gGrid->GetHomeDirectory();
2751    workdir += fGridWorkingDir;
2752    Int_t njobspermaster = 1000*fNrunsPerMaster/fSplitMaxInputFileNumber;
2753    TString locjdl = Form("%s/%s", workdir.Data(),fJDLName.Data());
2754    out << locjdl << " " << njobspermaster << endl;
2755    Int_t nmasterjobs = fInputFiles->GetEntries();
2756    for (Int_t i=0; i<nmasterjobs; i++) {
2757       TString runOutDir = gSystem->BaseName(fInputFiles->At(i)->GetName());
2758       runOutDir.ReplaceAll(".xml", "");
2759       if (fOutputToRunNo)
2760          out << Form("%s", fInputFiles->At(i)->GetName()) << " " << runOutDir << endl;
2761       else
2762          out << Form("%s", fInputFiles->At(i)->GetName()) << " " << Form("%03d", i) << endl;
2763    }
2764    Info("WriteProductionFile", "\n#####   Copying production file <%s> to your work directory", filename);
2765    if (FileExists(filename)) gGrid->Rm(filename);
2766    TFile::Cp(Form("file:%s",filename), Form("alien://%s/%s", workdir.Data(),filename));
2767 }
2768
2769 //______________________________________________________________________________
2770 void AliAnalysisAlien::WriteValidationScript(Bool_t merge)
2771 {
2772 // Generate the alien validation script.
2773    // Generate the validation script
2774    TObjString *os;
2775    TString validationScript = fExecutable;
2776    if (merge) validationScript.ReplaceAll(".sh", "_mergevalidation.sh");
2777    else       validationScript.ReplaceAll(".sh", "_validation.sh");
2778    if (!Connect()) {
2779       Error("WriteValidationScript", "Alien connection required");
2780       return;
2781    }
2782    TString out_stream = "";
2783    if (!TestBit(AliAnalysisGrid::kTest)) out_stream = " >> stdout";
2784    if (!TestBit(AliAnalysisGrid::kSubmit)) {
2785       ofstream out;
2786       out.open(validationScript, ios::out);
2787       out << "#!/bin/bash" << endl;
2788       out << "##################################################" << endl;
2789       out << "validateout=`dirname $0`" << endl;
2790       out << "validatetime=`date`" << endl;
2791       out << "validated=\"0\";" << endl;
2792       out << "error=0" << endl;
2793       out << "if [ -z $validateout ]" << endl;
2794       out << "then" << endl;
2795       out << "    validateout=\".\"" << endl;
2796       out << "fi" << endl << endl;
2797       out << "cd $validateout;" << endl;
2798       out << "validateworkdir=`pwd`;" << endl << endl;
2799       out << "echo \"*******************************************************\"" << out_stream << endl;
2800       out << "echo \"* Automatically generated validation script           *\""  << out_stream << endl;
2801       out << "" << endl;
2802       out << "echo \"* Time:    $validatetime \""  << out_stream << endl;
2803       out << "echo \"* Dir:     $validateout\""  << out_stream << endl;
2804       out << "echo \"* Workdir: $validateworkdir\""  << out_stream << endl;
2805       out << "echo \"* ----------------------------------------------------*\""  << out_stream << endl;
2806       out << "ls -la ./"  << out_stream << endl;
2807       out << "echo \"* ----------------------------------------------------*\""  << out_stream << endl << endl;
2808       out << "##################################################" << endl;
2809
2810       out << "" << endl;
2811       out << "parArch=`grep -Ei \"Cannot Build the PAR Archive\" stderr`" << endl;
2812       out << "segViol=`grep -Ei \"Segmentation violation\" stderr`" << endl;
2813       out << "segFault=`grep -Ei \"Segmentation fault\" stderr`" << endl;
2814       out << "" << endl;
2815
2816       out << "if [ ! -f stderr ] ; then" << endl;
2817       out << "   error=1" << endl;
2818       out << "   echo \"* ########## Job not validated - no stderr  ###\" " << out_stream << endl;
2819       out << "   echo \"Error = $error\" " << out_stream << endl;
2820       out << "fi" << endl;
2821
2822       out << "if [ \"$parArch\" != \"\" ] ; then" << endl;
2823       out << "   error=1" << endl;
2824       out << "   echo \"* ########## Job not validated - PAR archive not built  ###\" " << out_stream << endl;
2825       out << "   echo \"$parArch\" " << out_stream << endl;
2826       out << "   echo \"Error = $error\" " << out_stream << endl;
2827       out << "fi" << endl;
2828
2829       out << "if [ \"$segViol\" != \"\" ] ; then" << endl;
2830       out << "   error=1" << endl;
2831       out << "   echo \"* ########## Job not validated - Segment. violation  ###\" " << out_stream << endl;
2832       out << "   echo \"$segViol\" " << out_stream << endl;
2833       out << "   echo \"Error = $error\" " << out_stream << endl;
2834       out << "fi" << endl;
2835
2836       out << "if [ \"$segFault\" != \"\" ] ; then" << endl;
2837       out << "   error=1" << endl;
2838       out << "   echo \"* ########## Job not validated - Segment. fault  ###\" " << out_stream << endl;
2839       out << "   echo \"$segFault\" " << out_stream << endl;
2840       out << "   echo \"Error = $error\" " << out_stream << endl;
2841       out << "fi" << endl;
2842
2843       // Part dedicated to the specific analyses running into the train
2844
2845       TObjArray *arr = fOutputFiles.Tokenize(" ");
2846       TIter next1(arr);
2847       TString output_file;
2848       while ((os=(TObjString*)next1())) {
2849          output_file = os->GetString();
2850          Int_t index = output_file.Index("@");
2851          if (index > 0) output_file.Remove(index);
2852          if (merge && fMergeExcludes.Contains(output_file)) continue;
2853          out << "if ! [ -f " << output_file.Data() << " ] ; then" << endl;
2854          out << "   error=1" << endl;
2855          out << "   echo \"Output file(s) not found. Job FAILED !\""  << out_stream << endl;
2856          out << "   echo \"Output file(s) not found. Job FAILED !\" >> stderr" << endl;
2857          out << "fi" << endl;
2858       }
2859       delete arr;
2860       if (!merge) {
2861         out << "if ! [ -f outputs_valid ] ; then" << endl;
2862         out << "   error=1" << endl;
2863         out << "   echo \"Output files were not validated by the analysis manager\" >> stdout" << endl;
2864         out << "   echo \"Output files were not validated by the analysis manager\" >> stderr" << endl;
2865         out << "fi" << endl;
2866       }
2867
2868       out << "if [ $error = 0 ] ; then" << endl;
2869       out << "   echo \"* ----------------   Job Validated  ------------------*\""  << out_stream << endl;
2870       out << "fi" << endl;
2871
2872       out << "echo \"* ----------------------------------------------------*\""  << out_stream << endl;
2873       out << "echo \"*******************************************************\""  << out_stream << endl;
2874       out << "cd -" << endl;
2875       out << "exit $error" << endl;
2876    }
2877    Bool_t copy = kTRUE;
2878    if (TestBit(AliAnalysisGrid::kOffline) || TestBit(AliAnalysisGrid::kTest)) copy = kFALSE;
2879    if (copy) {
2880       CdWork();
2881       TString workdir = gGrid->GetHomeDirectory();
2882       workdir += fGridWorkingDir;
2883       Info("CreateJDL", "\n#####   Copying validation script <%s> to your AliEn working space", validationScript.Data());
2884       if (FileExists(validationScript)) gGrid->Rm(validationScript);
2885       TFile::Cp(Form("file:%s",validationScript.Data()), Form("alien://%s/%s", workdir.Data(),validationScript.Data()));
2886    }
2887 }