ANALYSIS/AliAnalysisManager.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17 // Author: Andrei Gheata, 31/05/2006
  18
  19 //==============================================================================
  20 //   AliAnalysysManager - Manager analysis class. Allows creation of several
  21 // analysis tasks and data containers storing their input/output. Allows
  22 // connecting/chaining tasks via shared data containers. Serializes the current
  23 // event for all tasks depending only on initial input data.
  24 //==============================================================================
  25 //
  26 //==============================================================================
  27
  28 #include <Riostream.h>
  29
  30 #include <TClass.h>
  31 #include <TFile.h>
  32 #include <TMethodCall.h>
  33 #include <TChain.h>
  34 #include <TSystem.h>
  35 #include <TROOT.h>
  36 #include <TCanvas.h>
  37
  38 #include "AliAnalysisSelector.h"
  39 #include "AliAnalysisTask.h"
  40 #include "AliAnalysisDataContainer.h"
  41 #include "AliAnalysisDataSlot.h"
  42 #include "AliVEventHandler.h"
  43 #include "AliVEventPool.h"
  44 #include "AliSysInfo.h"
  45 #include "AliAnalysisManager.h"
  46
  47 ClassImp(AliAnalysisManager)
  48
  49 AliAnalysisManager *AliAnalysisManager::fgAnalysisManager = NULL;
  50
  51 //______________________________________________________________________________
  52 AliAnalysisManager::AliAnalysisManager(const char *name, const char *title)
  53                    :TNamed(name,title),
  54                     fTree(NULL),
  55                     fInputEventHandler(NULL),
  56                     fOutputEventHandler(NULL),
  57                     fMCtruthEventHandler(NULL),
  58                     fEventPool(NULL),
  59                     fCurrentEntry(-1),
  60                     fNSysInfo(0),
  61                     fMode(kLocalAnalysis),
  62                     fInitOK(kFALSE),
  63                     fDebug(0),
  64                     fSpecialOutputLocation(""),
  65                     fTasks(NULL),
  66                     fTopTasks(NULL),
  67                     fZombies(NULL),
  68                     fContainers(NULL),
  69                     fInputs(NULL),
  70                     fOutputs(NULL),
  71                     fSelector(NULL)
  72 {
  73 // Default constructor.
  74    fgAnalysisManager = this;
  75    fTasks      = new TObjArray();
  76    fTopTasks   = new TObjArray();
  77    fZombies    = new TObjArray();
  78    fContainers = new TObjArray();
  79    fInputs     = new TObjArray();
  80    fOutputs    = new TObjArray();
  81    SetEventLoop(kTRUE);
  82 }
  83
  84 //______________________________________________________________________________
  85 AliAnalysisManager::AliAnalysisManager(const AliAnalysisManager& other)
  86                    :TNamed(other),
  87                     fTree(NULL),
  88                     fInputEventHandler(NULL),
  89                     fOutputEventHandler(NULL),
  90                     fMCtruthEventHandler(NULL),
  91                     fEventPool(NULL),
  92                     fCurrentEntry(-1),
  93                     fNSysInfo(0),
  94                     fMode(other.fMode),
  95                     fInitOK(other.fInitOK),
  96                     fDebug(other.fDebug),
  97                     fSpecialOutputLocation(""),
  98                     fTasks(NULL),
  99                     fTopTasks(NULL),
 100                     fZombies(NULL),
 101                     fContainers(NULL),
 102                     fInputs(NULL),
 103                     fOutputs(NULL),
 104                     fSelector(NULL)
 105 {
 106 // Copy constructor.
 107    fTasks      = new TObjArray(*other.fTasks);
 108    fTopTasks   = new TObjArray(*other.fTopTasks);
 109    fZombies    = new TObjArray(*other.fZombies);
 110    fContainers = new TObjArray(*other.fContainers);
 111    fInputs     = new TObjArray(*other.fInputs);
 112    fOutputs    = new TObjArray(*other.fOutputs);
 113    fgAnalysisManager = this;
 114 }
 115
 116 //______________________________________________________________________________
 117 AliAnalysisManager& AliAnalysisManager::operator=(const AliAnalysisManager& other)
 118 {
 119 // Assignment
 120    if (&other != this) {
 121       TNamed::operator=(other);
 122       fInputEventHandler   = other.fInputEventHandler;
 123       fOutputEventHandler  = other.fOutputEventHandler;
 124       fMCtruthEventHandler = other.fMCtruthEventHandler;
 125       fEventPool           = other.fEventPool;
 126       fTree       = NULL;
 127       fCurrentEntry = -1;
 128       fNSysInfo   = other.fNSysInfo;
 129       fMode       = other.fMode;
 130       fInitOK     = other.fInitOK;
 131       fDebug      = other.fDebug;
 132       fTasks      = new TObjArray(*other.fTasks);
 133       fTopTasks   = new TObjArray(*other.fTopTasks);
 134       fZombies    = new TObjArray(*other.fZombies);
 135       fContainers = new TObjArray(*other.fContainers);
 136       fInputs     = new TObjArray(*other.fInputs);
 137       fOutputs    = new TObjArray(*other.fOutputs);
 138       fSelector   = NULL;
 139       fgAnalysisManager = this;
 140    }
 141    return *this;
 142 }
 143
 144 //______________________________________________________________________________
 145 AliAnalysisManager::~AliAnalysisManager()
 146 {
 147 // Destructor.
 148    if (fTasks) {fTasks->Delete(); delete fTasks;}
 149    if (fTopTasks) delete fTopTasks;
 150    if (fZombies) delete fZombies;
 151    if (fContainers) {fContainers->Delete(); delete fContainers;}
 152    if (fInputs) delete fInputs;
 153    if (fOutputs) delete fOutputs;
 154    if (fgAnalysisManager==this) fgAnalysisManager = NULL;
 155 }
 156
 157 //______________________________________________________________________________
 158 Int_t AliAnalysisManager::GetEntry(Long64_t entry, Int_t getall)
 159 {
 160 // Read one entry of the tree or a whole branch.
 161    if (fDebug > 0) printf("== AliAnalysisManager::GetEntry(%lld)\n", entry);
 162    fCurrentEntry = entry;
 163    return fTree ? fTree->GetTree()->GetEntry(entry, getall) : 0;
 164 }
 165
 166 //______________________________________________________________________________
 167 void AliAnalysisManager::Init(TTree *tree)
 168 {
 169   // The Init() function is called when the selector needs to initialize
 170   // a new tree or chain. Typically here the branch addresses of the tree
 171   // will be set. It is normaly not necessary to make changes to the
 172   // generated code, but the routine can be extended by the user if needed.
 173   // Init() will be called many times when running with PROOF.
 174    if (!tree) return;
 175    if (fDebug > 0) {
 176       printf("->AliAnalysisManager::Init(%s)\n", tree->GetName());
 177    }
 178
 179    // Call InitTree of EventHandler
 180    if (fOutputEventHandler) {
 181       if (fMode == kProofAnalysis) {
 182          fOutputEventHandler->Init(0x0, "proof");
 183       } else {
 184          fOutputEventHandler->Init(0x0, "local");
 185       }
 186    }
 187
 188    if (fInputEventHandler) {
 189       if (fMode == kProofAnalysis) {
 190          fInputEventHandler->Init(tree, "proof");
 191       } else {
 192          fInputEventHandler->Init(tree, "local");
 193       }
 194    } else {
 195       // If no input event handler we need to get the tree once
 196       // for the chain
 197       if(!tree->GetTree()) tree->LoadTree(0);
 198    }
 199
 200
 201    if (fMCtruthEventHandler) {
 202       if (fMode == kProofAnalysis) {
 203          fMCtruthEventHandler->Init(0x0, "proof");
 204       } else {
 205          fMCtruthEventHandler->Init(0x0, "local");
 206       }
 207    }
 208
 209    if (!fInitOK) InitAnalysis();
 210    if (!fInitOK) return;
 211    fTree = tree;
 212    AliAnalysisDataContainer *top = (AliAnalysisDataContainer*)fInputs->At(0);
 213    if (!top) {
 214       Error("Init","No top input container !");
 215       return;
 216    }
 217    top->SetData(tree);
 218    if (fDebug > 0) {
 219       printf("<-AliAnalysisManager::Init(%s)\n", tree->GetName());
 220    }
 221 }
 222
 223 //______________________________________________________________________________
 224 void AliAnalysisManager::SlaveBegin(TTree *tree)
 225 {
 226   // The SlaveBegin() function is called after the Begin() function.
 227   // When running with PROOF SlaveBegin() is called on each slave server.
 228   // The tree argument is deprecated (on PROOF 0 is passed).
 229    if (fDebug > 0) printf("->AliAnalysisManager::SlaveBegin()\n");
 230
 231    // Call Init of EventHandler
 232    if (fOutputEventHandler) {
 233       if (fMode == kProofAnalysis) {
 234          fOutputEventHandler->Init("proof");
 235       } else {
 236          fOutputEventHandler->Init("local");
 237       }
 238    }
 239
 240    if (fInputEventHandler) {
 241       fInputEventHandler->SetInputTree(tree);
 242       if (fMode == kProofAnalysis) {
 243          fInputEventHandler->Init("proof");
 244       } else {
 245          fInputEventHandler->Init("local");
 246       }
 247    }
 248
 249    if (fMCtruthEventHandler) {
 250       if (fMode == kProofAnalysis) {
 251          fMCtruthEventHandler->Init("proof");
 252       } else {
 253          fMCtruthEventHandler->Init("local");
 254       }
 255    }
 256
 257    TIter next(fTasks);
 258    AliAnalysisTask *task;
 259    // Call CreateOutputObjects for all tasks
 260    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
 261       TDirectory *curdir = gDirectory;
 262       task->CreateOutputObjects();
 263       if (curdir) curdir->cd();
 264    }
 265
 266    if (fDebug > 0) printf("<-AliAnalysisManager::SlaveBegin()\n");
 267 }
 268
 269 //______________________________________________________________________________
 270 Bool_t AliAnalysisManager::Notify()
 271 {
 272    // The Notify() function is called when a new file is opened. This
 273    // can be either for a new TTree in a TChain or when when a new TTree
 274    // is started when using PROOF. It is normaly not necessary to make changes
 275    // to the generated code, but the routine can be extended by the
 276    // user if needed. The return value is currently not used.
 277    if (!fTree) {
 278       Error("Notify","No current tree.");
 279       return kFALSE;
 280    }
 281    TFile *curfile = fTree->GetCurrentFile();
 282    if (!curfile) {
 283       Error("Notify","No current file");
 284       return kFALSE;
 285    }
 286
 287    if (fDebug > 0) printf("->AliAnalysisManager::Notify() file: %s\n", curfile->GetName());
 288    TIter next(fTasks);
 289    AliAnalysisTask *task;
 290    // Call Notify for all tasks
 291    while ((task=(AliAnalysisTask*)next()))
 292       task->Notify();
 293
 294    // Call Notify of the event handlers
 295    if (fInputEventHandler) {
 296        fInputEventHandler->Notify(curfile->GetName());
 297    }
 298
 299    if (fOutputEventHandler) {
 300        fOutputEventHandler->Notify(curfile->GetName());
 301    }
 302
 303    if (fMCtruthEventHandler) {
 304        fMCtruthEventHandler->Notify(curfile->GetName());
 305    }
 306    if (fDebug > 0) printf("<-AliAnalysisManager::Notify()\n");
 307    return kTRUE;
 308 }
 309
 310 //______________________________________________________________________________
 311 Bool_t AliAnalysisManager::Process(Long64_t entry)
 312 {
 313   // The Process() function is called for each entry in the tree (or possibly
 314   // keyed object in the case of PROOF) to be processed. The entry argument
 315   // specifies which entry in the currently loaded tree is to be processed.
 316   // It can be passed to either TTree::GetEntry() or TBranch::GetEntry()
 317   // to read either all or the required parts of the data. When processing
 318   // keyed objects with PROOF, the object is already loaded and is available
 319   // via the fObject pointer.
 320   //
 321   // This function should contain the "body" of the analysis. It can contain
 322   // simple or elaborate selection criteria, run algorithms on the data
 323   // of the event and typically fill histograms.
 324
 325   // WARNING when a selector is used with a TChain, you must use
 326   //  the pointer to the current TTree to call GetEntry(entry).
 327   //  The entry is always the local entry number in the current tree.
 328   //  Assuming that fChain is the pointer to the TChain being processed,
 329   //  use fChain->GetTree()->GetEntry(entry).
 330    if (fDebug > 0) printf("->AliAnalysisManager::Process(%lld)\n", entry);
 331
 332    if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->BeginEvent(entry);
 333    if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->BeginEvent(entry);
 334    if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->BeginEvent(entry);
 335
 336    GetEntry(entry);
 337    ExecAnalysis();
 338    if (fDebug > 0) printf("<-AliAnalysisManager::Process()\n");
 339    return kTRUE;
 340 }
 341
 342 //______________________________________________________________________________
 343 void AliAnalysisManager::PackOutput(TList *target)
 344 {
 345   // Pack all output data containers in the output list. Called at SlaveTerminate
 346   // stage in PROOF case for each slave.
 347    if (fDebug > 0) printf("->AliAnalysisManager::PackOutput()\n");
 348    if (!target) {
 349       Error("PackOutput", "No target. Aborting.");
 350       return;
 351    }
 352    if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->Terminate();
 353    if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->Terminate();
 354    if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->Terminate();
 355
 356    // Call FinishTaskOutput() for each event loop task (not called for
 357    // post-event loop tasks - use Terminate() fo those)
 358    TIter nexttask(fTasks);
 359    AliAnalysisTask *task;
 360    while ((task=(AliAnalysisTask*)nexttask())) {
 361       if (!task->IsPostEventLoop()) {
 362          if (fDebug > 0) printf("->FinishTaskOutput: task %s\n", task->GetName());
 363          task->FinishTaskOutput();
 364          if (fDebug > 0) printf("<-FinishTaskOutput: task %s\n", task->GetName());
 365       }
 366    }
 367
 368    if (fMode == kProofAnalysis) {
 369       TIter next(fOutputs);
 370       AliAnalysisDataContainer *output;
 371       while ((output=(AliAnalysisDataContainer*)next())) {
 372          // Do not consider outputs of post event loop tasks
 373          if (output->GetProducer()->IsPostEventLoop()) continue;
 374          // Check if data was posted to this container. If not, issue an error.
 375          if (!output->GetData() ) {
 376             Error("PackOutput", "No data for output container %s. Forgot to PostData ?\n", output->GetName());
 377             continue;
 378          }
 379          if (!output->IsSpecialOutput()) {
 380             // Normal outputs
 381             const char *filename = output->GetFileName();
 382             if (!(strcmp(filename, "default"))) {
 383                if (fOutputEventHandler) filename = fOutputEventHandler->GetOutputFileName();
 384             }
 385             if (strlen(filename)) {
 386             // File resident outputs
 387                TFile *file = output->GetFile();
 388                // Backup current folder
 389                TDirectory *opwd = gDirectory;
 390                // Create file if not existing and register to container.
 391                if (file) file->cd();
 392                else      file = new TFile(filename, "RECREATE");
 393                if (file->IsZombie()) {
 394                   Fatal("PackOutput", "Could not recreate file %s\n", filename);
 395                   return;
 396                }
 397                output->SetFile(file);
 398                // Clear file list to release object ownership to user.
 399                file->Clear();
 400                // Save data to file, then close.
 401                if (output->GetData()->InheritsFrom(TCollection::Class())) {
 402                   // If data is a collection, we set the name of the collection
 403                   // as the one of the container and we save as a single key.
 404                   TCollection *coll = (TCollection*)output->GetData();
 405                   coll->SetName(output->GetName());
 406                   coll->Write(output->GetName(), TObject::kSingleKey);
 407                } else {
 408                   output->GetData()->Write();
 409                }
 410                if (fDebug > 1) printf("PackOutput %s: memory merge, file resident output\n", output->GetName());
 411                if (fDebug > 2) {
 412                   printf("   file %s listing content:\n", filename);
 413                   file->ls();
 414                }
 415                file->Close();
 416                // Restore current directory
 417                if (opwd) opwd->cd();
 418             } else {
 419                // Memory-resident outputs
 420                if (fDebug > 1) printf("PackOutput %s: memory merge memory resident output\n", output->GetName());
 421             }
 422             AliAnalysisDataWrapper *wrap = output->ExportData();
 423             // Output wrappers must delete data after merging (AG 13/11/07)
 424             wrap->SetDeleteData(kTRUE);
 425             target->Add(wrap);
 426          }
 427          // Special outputs
 428          if (output->IsSpecialOutput()) {
 429             TDirectory *opwd = gDirectory;
 430             TFile *file = output->GetFile();
 431             if (!file) {
 432                AliAnalysisTask *producer = output->GetProducer();
 433                Error("PackOutput",
 434                      "File %s for special container %s was NOT opened in %s::CreateOutputObjects !!!",
 435                      output->GetFileName(), output->GetName(), producer->ClassName());
 436                continue;
 437             }
 438             file->cd();
 439             // Release object ownership to users after writing data to file
 440             if (output->GetData()->InheritsFrom(TCollection::Class())) {
 441                // If data is a collection, we set the name of the collection
 442                // as the one of the container and we save as a single key.
 443                TCollection *coll = (TCollection*)output->GetData();
 444                coll->SetName(output->GetName());
 445                coll->Write(output->GetName(), TObject::kSingleKey);
 446             } else {
 447                output->GetData()->Write();
 448             }
 449             file->Clear();
 450             if (fDebug > 2) {
 451                printf("   file %s listing content:\n", output->GetFileName());
 452                file->ls();
 453             }
 454             file->Close();
 455             // Restore current directory
 456             if (opwd) opwd->cd();
 457             // Check if a special output location was provided or the output files have to be merged
 458             if (strlen(fSpecialOutputLocation.Data())) {
 459                TString remote = fSpecialOutputLocation;
 460                remote += "/";
 461                Int_t gid = gROOT->ProcessLine("gProofServ->GetGroupId();");
 462                remote += Form("%s_%d_", gSystem->HostName(), gid);
 463                remote += output->GetFileName();
 464                TFile::Cp(output->GetFileName(), remote.Data());
 465             } else {
 466             // No special location specified-> use TProofOutputFile as merging utility
 467             // The file at this output slot must be opened in CreateOutputObjects
 468                if (fDebug > 1) printf("   File %s to be merged...\n", output->GetFileName());
 469             }
 470          }
 471       }
 472    }
 473    if (fDebug > 0) printf("<-AliAnalysisManager::PackOutput: output list contains %d containers\n", target->GetSize());
 474 }
 475
 476 //______________________________________________________________________________
 477 void AliAnalysisManager::ImportWrappers(TList *source)
 478 {
 479 // Import data in output containers from wrappers coming in source.
 480    if (fDebug > 0) printf("->AliAnalysisManager::ImportWrappers()\n");
 481    TIter next(fOutputs);
 482    AliAnalysisDataContainer *cont;
 483    AliAnalysisDataWrapper   *wrap;
 484    Int_t icont = 0;
 485    while ((cont=(AliAnalysisDataContainer*)next())) {
 486       if (cont->GetProducer()->IsPostEventLoop()) continue;
 487       if (cont->IsSpecialOutput()) {
 488          if (strlen(fSpecialOutputLocation.Data())) continue;
 489          // Copy merged file from PROOF scratch space
 490          if (fDebug > 1)
 491             printf("   Copying file %s from PROOF scratch space\n", cont->GetFileName());
 492          Bool_t gotit = TFile::Cp(Form("root://lxb6045.cern.ch:11094//pool/scratch/%s",cont->GetFileName()),
 493                    cont->GetFileName());
 494          if (!gotit) {
 495             Error("ImportWrappers", "Could not get file %s from proof scratch space", cont->GetFileName());
 496          }
 497          // Normally we should connect data from the copied file to the
 498          // corresponding output container, but it is not obvious how to do this
 499          // automatically if several objects in file...
 500          continue;
 501       }
 502       wrap = (AliAnalysisDataWrapper*)source->FindObject(cont->GetName());
 503       if (!wrap) {
 504          Error("ImportWrappers","Container %s not found in analysis output !", cont->GetName());
 505          continue;
 506       }
 507       icont++;
 508       if (fDebug > 1) {
 509          printf("   Importing data for container %s", cont->GetName());
 510          if (strlen(cont->GetFileName())) printf("    -> file %s\n", cont->GetFileName());
 511          else printf("\n");
 512       }
 513       cont->ImportData(wrap);
 514    }
 515    if (fDebug > 0) printf("<-AliAnalysisManager::ImportWrappers(): %d containers imported\n", icont);
 516 }
 517
 518 //______________________________________________________________________________
 519 void AliAnalysisManager::UnpackOutput(TList *source)
 520 {
 521   // Called by AliAnalysisSelector::Terminate only on the client.
 522    if (fDebug > 0) printf("->AliAnalysisManager::UnpackOutput()\n");
 523    if (!source) {
 524       Error("UnpackOutput", "No target. Aborting.");
 525       return;
 526    }
 527    if (fDebug > 1) printf("   Source list contains %d containers\n", source->GetSize());
 528
 529    if (fMode == kProofAnalysis) ImportWrappers(source);
 530
 531    TIter next(fOutputs);
 532    AliAnalysisDataContainer *output;
 533    while ((output=(AliAnalysisDataContainer*)next())) {
 534       if (!output->GetData()) continue;
 535       // Check if there are client tasks that run post event loop
 536       if (output->HasConsumers()) {
 537          // Disable event loop semaphore
 538          output->SetPostEventLoop(kTRUE);
 539          TObjArray *list = output->GetConsumers();
 540          Int_t ncons = list->GetEntriesFast();
 541          for (Int_t i=0; i<ncons; i++) {
 542             AliAnalysisTask *task = (AliAnalysisTask*)list->At(i);
 543             task->CheckNotify(kTRUE);
 544             // If task is active, execute it
 545             if (task->IsPostEventLoop() && task->IsActive()) {
 546                if (fDebug > 0) printf("== Executing post event loop task %s\n", task->GetName());
 547                task->ExecuteTask();
 548             }
 549          }
 550       }
 551    }
 552    if (fDebug > 0) printf("<-AliAnalysisManager::UnpackOutput()\n");
 553 }
 554
 555 //______________________________________________________________________________
 556 void AliAnalysisManager::Terminate()
 557 {
 558   // The Terminate() function is the last function to be called during
 559   // a query. It always runs on the client, it can be used to present
 560   // the results graphically.
 561    if (fDebug > 0) printf("->AliAnalysisManager::Terminate()\n");
 562    AliAnalysisTask *task;
 563    TIter next(fTasks);
 564    // Call Terminate() for tasks
 565    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) task->Terminate();
 566    //
 567    TIter next1(fOutputs);
 568    AliAnalysisDataContainer *output;
 569    while ((output=(AliAnalysisDataContainer*)next1())) {
 570       // Close all files at output
 571       // Special outputs have the files already closed and written.
 572       if (output->IsSpecialOutput()) continue;
 573       const char *filename = output->GetFileName();
 574       if (!(strcmp(filename, "default"))) {
 575          if (fOutputEventHandler) filename = fOutputEventHandler->GetOutputFileName();
 576          TFile *aodfile = (TFile*)gROOT->GetListOfFiles()->FindObject(filename);
 577          if (aodfile) {
 578             if (fDebug > 1) printf("Writing output handler file: %s\n", filename);
 579             aodfile->Write();
 580             continue;
 581          }
 582       }
 583       if (!strlen(filename)) continue;
 584       if (!output->GetData()) continue;
 585       TFile *file = output->GetFile();
 586       TDirectory *opwd = gDirectory;
 587       if (file) {
 588          file->cd();
 589       } else {
 590          file = new TFile(filename, "RECREATE");
 591          if (file->IsZombie()) continue;
 592          output->SetFile(file);
 593       }
 594       if (fDebug > 1) printf("   writing output data %s to file %s\n", output->GetData()->GetName(), file->GetName());
 595       if (output->GetData()->InheritsFrom(TCollection::Class())) {
 596       // If data is a collection, we set the name of the collection
 597       // as the one of the container and we save as a single key.
 598          TCollection *coll = (TCollection*)output->GetData();
 599          coll->SetName(output->GetName());
 600          coll->Write(output->GetName(), TObject::kSingleKey);
 601       } else {
 602          output->GetData()->Write();
 603       }
 604       file->Close();
 605       if (opwd) opwd->cd();
 606    }
 607
 608    if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->TerminateIO();
 609    if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->TerminateIO();
 610    if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->TerminateIO();
 611
 612    Bool_t getsysInfo = ((fNSysInfo>0) && (fMode==kLocalAnalysis))?kTRUE:kFALSE;
 613    if (getsysInfo) {
 614       TDirectory *cdir = gDirectory;
 615       TFile f("syswatch.root", "RECREATE");
 616       if (!f.IsZombie()) {
 617          TTree *tree = AliSysInfo::MakeTree("syswatch.log");
 618          tree->SetMarkerStyle(kCircle);
 619          tree->SetMarkerColor(kBlue);
 620          tree->SetMarkerSize(0.5);
 621          if (!gROOT->IsBatch()) {
 622             tree->SetAlias("event", "id0");
 623             tree->SetAlias("memUSED", "pI.fMemVirtual");
 624             tree->SetAlias("userCPU", "pI.fCpuUser");
 625             TCanvas *c = new TCanvas("SysInfo","SysInfo",10,10,800,600);
 626             c->Divide(2,1,0.01,0.01);
 627             c->cd(1);
 628             tree->Draw("memUSED:event","","", 1234567890, 0);
 629             c->cd(2);
 630             tree->Draw("userCPU:event","","", 1234567890, 0);
 631          }
 632          tree->Write();
 633          f.Close();
 634          delete tree;
 635       }
 636       if (cdir) cdir->cd();
 637    }
 638    if (fDebug > 0) printf("<-AliAnalysisManager::Terminate()\n");
 639 }
 640
 641 //______________________________________________________________________________
 642 void AliAnalysisManager::AddTask(AliAnalysisTask *task)
 643 {
 644 // Adds a user task to the global list of tasks.
 645    if (fTasks->FindObject(task)) {
 646       Warning("AddTask", "Task %s: the same object already added to the analysis manager. Not adding.", task->GetName());
 647       return;
 648    }
 649    task->SetActive(kFALSE);
 650    fTasks->Add(task);
 651 }
 652
 653 //______________________________________________________________________________
 654 AliAnalysisTask *AliAnalysisManager::GetTask(const char *name) const
 655 {
 656 // Retreive task by name.
 657    if (!fTasks) return NULL;
 658    return (AliAnalysisTask*)fTasks->FindObject(name);
 659 }
 660
 661 //______________________________________________________________________________
 662 AliAnalysisDataContainer *AliAnalysisManager::CreateContainer(const char *name,
 663                                 TClass *datatype, EAliAnalysisContType type, const char *filename)
 664 {
 665 // Create a data container of a certain type. Types can be:
 666 //   kExchangeContainer  = 0, used to exchange date between tasks
 667 //   kInputContainer   = 1, used to store input data
 668 //   kOutputContainer  = 2, used for posting results
 669    if (fContainers->FindObject(name)) {
 670       Error("CreateContainer","A container named %s already defined !\n",name);
 671       return NULL;
 672    }
 673    AliAnalysisDataContainer *cont = new AliAnalysisDataContainer(name, datatype);
 674    fContainers->Add(cont);
 675    switch (type) {
 676       case kInputContainer:
 677          fInputs->Add(cont);
 678          break;
 679       case kOutputContainer:
 680          fOutputs->Add(cont);
 681          if (filename && strlen(filename)) {
 682             cont->SetFileName(filename);
 683             cont->SetDataOwned(kFALSE);  // data owned by the file
 684          }
 685          break;
 686       case kExchangeContainer:
 687          break;
 688    }
 689    return cont;
 690 }
 691
 692 //______________________________________________________________________________
 693 Bool_t AliAnalysisManager::ConnectInput(AliAnalysisTask *task, Int_t islot,
 694                                         AliAnalysisDataContainer *cont)
 695 {
 696 // Connect input of an existing task to a data container.
 697    if (!fTasks->FindObject(task)) {
 698       AddTask(task);
 699       Info("ConnectInput", "Task %s was not registered. Now owned by analysis manager", task->GetName());
 700    }
 701    Bool_t connected = task->ConnectInput(islot, cont);
 702    return connected;
 703 }
 704
 705 //______________________________________________________________________________
 706 Bool_t AliAnalysisManager::ConnectOutput(AliAnalysisTask *task, Int_t islot,
 707                                         AliAnalysisDataContainer *cont)
 708 {
 709 // Connect output of an existing task to a data container.
 710    if (!fTasks->FindObject(task)) {
 711       AddTask(task);
 712       Warning("ConnectOutput", "Task %s not registered. Now owned by analysis manager", task->GetName());
 713    }
 714    Bool_t connected = task->ConnectOutput(islot, cont);
 715    return connected;
 716 }
 717
 718 //______________________________________________________________________________
 719 void AliAnalysisManager::CleanContainers()
 720 {
 721 // Clean data from all containers that have already finished all client tasks.
 722    TIter next(fContainers);
 723    AliAnalysisDataContainer *cont;
 724    while ((cont=(AliAnalysisDataContainer *)next())) {
 725       if (cont->IsOwnedData() &&
 726           cont->IsDataReady() &&
 727           cont->ClientsExecuted()) cont->DeleteData();
 728    }
 729 }
 730
 731 //______________________________________________________________________________
 732 Bool_t AliAnalysisManager::InitAnalysis()
 733 {
 734 // Initialization of analysis chain of tasks. Should be called after all tasks
 735 // and data containers are properly connected
 736    // Check for input/output containers
 737    fInitOK = kFALSE;
 738    // Check for top tasks (depending only on input data containers)
 739    if (!fTasks->First()) {
 740       Error("InitAnalysis", "Analysis has no tasks !");
 741       return kFALSE;
 742    }
 743    TIter next(fTasks);
 744    AliAnalysisTask *task;
 745    AliAnalysisDataContainer *cont;
 746    Int_t ntop = 0;
 747    Int_t nzombies = 0;
 748    Bool_t iszombie = kFALSE;
 749    Bool_t istop = kTRUE;
 750    Int_t i;
 751    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
 752       istop = kTRUE;
 753       iszombie = kFALSE;
 754       Int_t ninputs = task->GetNinputs();
 755       for (i=0; i<ninputs; i++) {
 756          cont = task->GetInputSlot(i)->GetContainer();
 757          if (!cont) {
 758             if (!iszombie) {
 759                task->SetZombie();
 760                fZombies->Add(task);
 761                nzombies++;
 762                iszombie = kTRUE;
 763             }
 764             Error("InitAnalysis", "Input slot %d of task %s has no container connected ! Declared zombie...",
 765                   i, task->GetName());
 766          }
 767          if (iszombie) continue;
 768          // Check if cont is an input container
 769          if (istop && !fInputs->FindObject(cont)) istop=kFALSE;
 770          // Connect to parent task
 771       }
 772       if (istop) {
 773          ntop++;
 774          fTopTasks->Add(task);
 775       }
 776    }
 777    if (!ntop) {
 778       Error("InitAnalysis", "No top task defined. At least one task should be connected only to input containers");
 779       return kFALSE;
 780    }
 781    // Check now if there are orphan tasks
 782    for (i=0; i<ntop; i++) {
 783       task = (AliAnalysisTask*)fTopTasks->At(i);
 784       task->SetUsed();
 785    }
 786    Int_t norphans = 0;
 787    next.Reset();
 788    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
 789       if (!task->IsUsed()) {
 790          norphans++;
 791          Warning("InitAnalysis", "Task %s is orphan", task->GetName());
 792       }
 793    }
 794    // Check the task hierarchy (no parent task should depend on data provided
 795    // by a daughter task)
 796    for (i=0; i<ntop; i++) {
 797       task = (AliAnalysisTask*)fTopTasks->At(i);
 798       if (task->CheckCircularDeps()) {
 799          Error("InitAnalysis", "Found illegal circular dependencies between following tasks:");
 800          PrintStatus("dep");
 801          return kFALSE;
 802       }
 803    }
 804    // Check that all containers feeding post-event loop tasks are in the outputs list
 805    TIter nextcont(fContainers); // loop over all containers
 806    while ((cont=(AliAnalysisDataContainer*)nextcont())) {
 807       if (!cont->IsPostEventLoop() && !fOutputs->FindObject(cont)) {
 808          if (cont->HasConsumers()) {
 809          // Check if one of the consumers is post event loop
 810             TIter nextconsumer(cont->GetConsumers());
 811             while ((task=(AliAnalysisTask*)nextconsumer())) {
 812                if (task->IsPostEventLoop()) {
 813                   fOutputs->Add(cont);
 814                   break;
 815                }
 816             }
 817          }
 818       }
 819    }
 820    // Check if all special output containers have a file name provided
 821    TIter nextout(fOutputs);
 822    while ((cont=(AliAnalysisDataContainer*)nextout())) {
 823       if (cont->IsSpecialOutput() && !strlen(cont->GetFileName())) {
 824          Error("InitAnalysis", "Wrong container %s : a file name MUST be provided for special outputs", cont->GetName());
 825          return kFALSE;
 826       }
 827    }
 828    fInitOK = kTRUE;
 829    return kTRUE;
 830 }
 831
 832 //______________________________________________________________________________
 833 void AliAnalysisManager::PrintStatus(Option_t *option) const
 834 {
 835 // Print task hierarchy.
 836    if (!fInitOK) {
 837       Info("PrintStatus", "Analysis manager %s not initialized : call InitAnalysis() first", GetName());
 838       return;
 839    }
 840    Bool_t getsysInfo = ((fNSysInfo>0) && (fMode==kLocalAnalysis))?kTRUE:kFALSE;
 841    if (getsysInfo)
 842       Info("PrintStatus", "System information will be collected each %lld events", fNSysInfo);
 843    TIter next(fTopTasks);
 844    AliAnalysisTask *task;
 845    while ((task=(AliAnalysisTask*)next()))
 846       task->PrintTask(option);
 847 }
 848
 849 //______________________________________________________________________________
 850 void AliAnalysisManager::ResetAnalysis()
 851 {
 852 // Reset all execution flags and clean containers.
 853    CleanContainers();
 854 }
 855
 856 //______________________________________________________________________________
 857 void AliAnalysisManager::StartAnalysis(const char *type, TTree *tree, Long64_t nentries, Long64_t firstentry)
 858 {
 859 // Start analysis for this manager. Analysis task can be: LOCAL, PROOF or GRID.
 860 // Process nentries starting from firstentry
 861    if (!fInitOK) {
 862       Error("StartAnalysis","Analysis manager was not initialized !");
 863       return;
 864    }
 865    if (fDebug > 0) printf("StartAnalysis %s\n",GetName());
 866    TString anaType = type;
 867    anaType.ToLower();
 868    fMode = kLocalAnalysis;
 869    if (tree) {
 870       if (anaType.Contains("proof"))     fMode = kProofAnalysis;
 871       else if (anaType.Contains("grid")) fMode = kGridAnalysis;
 872    }
 873    if (fMode == kGridAnalysis) {
 874       Warning("StartAnalysis", "GRID analysis mode not implemented. Running local.");
 875       fMode = kLocalAnalysis;
 876    }
 877    char line[256];
 878    SetEventLoop(kFALSE);
 879    // Enable event loop mode if a tree was provided
 880    if (tree) SetEventLoop(kTRUE);
 881
 882    TChain *chain = 0;
 883    TString ttype = "TTree";
 884    if (tree->IsA() == TChain::Class()) {
 885       chain = (TChain*)tree;
 886       if (!chain || !chain->GetListOfFiles()->First()) {
 887          Error("StartAnalysis", "Cannot process null or empty chain...");
 888          return;
 889       }
 890       ttype = "TChain";
 891    }
 892
 893    // Initialize locally all tasks
 894    TIter next(fTasks);
 895    AliAnalysisTask *task;
 896    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
 897       task->LocalInit();
 898    }
 899
 900    switch (fMode) {
 901       case kLocalAnalysis:
 902          if (!tree) {
 903             TIter nextT(fTasks);
 904             // Call CreateOutputObjects for all tasks
 905             while ((task=(AliAnalysisTask*)nextT())) {
 906                TDirectory *curdir = gDirectory;
 907                task->CreateOutputObjects();
 908                if (curdir) curdir->cd();
 909             }
 910             ExecAnalysis();
 911             Terminate();
 912             return;
 913          }
 914          // Run tree-based analysis via AliAnalysisSelector
 915          cout << "===== RUNNING LOCAL ANALYSIS " << GetName() << " ON TREE " << tree->GetName() << endl;
 916          sprintf(line, "AliAnalysisSelector *selector = new AliAnalysisSelector((AliAnalysisManager*)0x%lx);",(ULong_t)this);
 917          gROOT->ProcessLine(line);
 918          sprintf(line, "((%s*)0x%lx)->Process(selector, \"\",%lld, %lld);",ttype.Data(),(ULong_t)tree, nentries, firstentry);
 919          gROOT->ProcessLine(line);
 920          break;
 921       case kProofAnalysis:
 922          if (!gROOT->GetListOfProofs() || !gROOT->GetListOfProofs()->GetEntries()) {
 923             printf("StartAnalysis: no PROOF!!!\n");
 924             return;
 925          }
 926          sprintf(line, "gProof->AddInput((TObject*)0x%lx);", (ULong_t)this);
 927          gROOT->ProcessLine(line);
 928          if (chain) {
 929             chain->SetProof();
 930             cout << "===== RUNNING PROOF ANALYSIS " << GetName() << " ON CHAIN " << chain->GetName() << endl;
 931             chain->Process("AliAnalysisSelector", "", nentries, firstentry);
 932          } else {
 933             printf("StartAnalysis: no chain\n");
 934             return;
 935          }
 936          break;
 937       case kGridAnalysis:
 938          Warning("StartAnalysis", "GRID analysis mode not implemented. Running local.");
 939    }
 940 }
 941
 942 //______________________________________________________________________________
 943 void AliAnalysisManager::StartAnalysis(const char *type, const char *dataset, Long64_t nentries, Long64_t firstentry)
 944 {
 945 // Start analysis for this manager on a given dataset. Analysis task can be:
 946 // LOCAL, PROOF or GRID. Process nentries starting from firstentry.
 947    if (!fInitOK) {
 948       Error("StartAnalysis","Analysis manager was not initialized !");
 949       return;
 950    }
 951    if (fDebug > 0) printf("StartAnalysis %s\n",GetName());
 952    TString anaType = type;
 953    anaType.ToLower();
 954    if (!anaType.Contains("proof")) {
 955       Error("Cannot process datasets in %s mode. Try PROOF.", type);
 956       return;
 957    }
 958    fMode = kProofAnalysis;
 959    char line[256];
 960    SetEventLoop(kTRUE);
 961    // Set the dataset flag
 962    TObject::SetBit(kUseDataSet);
 963    fTree = 0;
 964
 965    // Initialize locally all tasks
 966    TIter next(fTasks);
 967    AliAnalysisTask *task;
 968    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
 969       task->LocalInit();
 970    }
 971
 972    if (!gROOT->GetListOfProofs() || !gROOT->GetListOfProofs()->GetEntries()) {
 973       printf("StartAnalysis: no PROOF!!!\n");
 974       return;
 975    }
 976    sprintf(line, "gProof->AddInput((TObject*)0x%lx);", (ULong_t)this);
 977    gROOT->ProcessLine(line);
 978    sprintf(line, "gProof->GetDataSet(\"%s\");", dataset);
 979    if (!gROOT->ProcessLine(line)) {
 980       Error("StartAnalysis", "Dataset %s not found", dataset);
 981       return;
 982    }
 983    sprintf(line, "gProof->Process(\"%s\", \"AliAnalysisSelector\", \"\", %lld, %lld);",
 984            dataset, nentries, firstentry);
 985    cout << "===== RUNNING PROOF ANALYSIS " << GetName() << " ON DATASET " << dataset << endl;
 986    gROOT->ProcessLine(line);
 987 }
 988
 989 //______________________________________________________________________________
 990 TFile *AliAnalysisManager::OpenProofFile(const char *filename, const char *option)
 991 {
 992 // Opens a special output file used in PROOF.
 993    char line[256];
 994    if (fMode!=kProofAnalysis || !fSelector) {
 995       Error("OpenProofFile","Cannot open PROOF file %s",filename);
 996       return NULL;
 997    }
 998    sprintf(line, "TProofOutputFile *pf = new TProofOutputFile(\"%s\");", filename);
 999    if (fDebug > 1) printf("=== %s\n", line);
1000    gROOT->ProcessLine(line);
1001    sprintf(line, "pf->OpenFile(\"%s\");", option);
1002    gROOT->ProcessLine(line);
1003    if (fDebug > 1) {
1004       gROOT->ProcessLine("pf->Print()");
1005       printf(" == proof file name: %s\n", gFile->GetName());
1006    }
1007    sprintf(line, "((TList*)0x%lx)->Add(pf);",(ULong_t)fSelector->GetOutputList());
1008    if (fDebug > 1) printf("=== %s\n", line);
1009    gROOT->ProcessLine(line);
1010    return gFile;
1011 }
1012
1013 //______________________________________________________________________________
1014 void AliAnalysisManager::ExecAnalysis(Option_t *option)
1015 {
1016 // Execute analysis.
1017    static Long64_t ncalls = 0;
1018    Bool_t getsysInfo = ((fNSysInfo>0) && (fMode==kLocalAnalysis))?kTRUE:kFALSE;
1019    if (getsysInfo && ncalls==0) AliSysInfo::AddStamp("Start", (Int_t)ncalls);
1020    ncalls++;
1021    if (!fInitOK) {
1022      Error("ExecAnalysis", "Analysis manager was not initialized !");
1023       return;
1024    }
1025    AliAnalysisTask *task;
1026    // Check if the top tree is active.
1027    if (fTree) {
1028       TIter next(fTasks);
1029    // De-activate all tasks
1030       while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) task->SetActive(kFALSE);
1031       AliAnalysisDataContainer *cont = (AliAnalysisDataContainer*)fInputs->At(0);
1032       if (!cont) {
1033               Error("ExecAnalysis","Cannot execute analysis in TSelector mode without at least one top container");
1034          return;
1035       }
1036       cont->SetData(fTree); // This will notify all consumers
1037       Long64_t entry = fTree->GetTree()->GetReadEntry();
1038
1039 //
1040 //    Call BeginEvent() for optional input/output and MC services
1041       if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->BeginEvent(entry);
1042       if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->BeginEvent(entry);
1043       if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->BeginEvent(entry);
1044 //
1045 //    Execute the tasks
1046 //      TIter next1(cont->GetConsumers());
1047       TIter next1(fTopTasks);
1048       while ((task=(AliAnalysisTask*)next1())) {
1049          if (fDebug >1) {
1050             cout << "    Executing task " << task->GetName() << endl;
1051          }
1052
1053          task->ExecuteTask(option);
1054       }
1055 //
1056 //    Call FinishEvent() for optional output and MC services
1057       if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->FinishEvent();
1058       if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->FinishEvent();
1059       if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->FinishEvent();
1060       // Gather system information if requested
1061       if (getsysInfo && ((ncalls%fNSysInfo)==0))
1062          AliSysInfo::AddStamp(Form("Event#%lld",ncalls),(Int_t)ncalls);
1063       return;
1064    }
1065    // The event loop is not controlled by TSelector
1066 //
1067 //  Call BeginEvent() for optional input/output and MC services
1068    if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->BeginEvent(-1);
1069    if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->BeginEvent(-1);
1070    if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->BeginEvent(-1);
1071    TIter next2(fTopTasks);
1072    while ((task=(AliAnalysisTask*)next2())) {
1073       task->SetActive(kTRUE);
1074       if (fDebug > 1) {
1075          cout << "    Executing task " << task->GetName() << endl;
1076       }
1077       task->ExecuteTask(option);
1078    }
1079 //
1080 // Call FinishEvent() for optional output and MC services
1081    if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->FinishEvent();
1082    if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->FinishEvent();
1083    if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->FinishEvent();
1084 }
1085
1086 //______________________________________________________________________________
1087 void AliAnalysisManager::FinishAnalysis()
1088 {
1089 // Finish analysis.
1090 }