ANALYSIS/AliAnalysisManager.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17 // Author: Andrei Gheata, 31/05/2006
  18
  19 //==============================================================================
  20 //   AliAnalysysManager - Manager analysis class. Allows creation of several
  21 // analysis tasks and data containers storing their input/output. Allows
  22 // connecting/chaining tasks via shared data containers. Serializes the current
  23 // event for all tasks depending only on initial input data.
  24 //==============================================================================
  25 //
  26 //==============================================================================
  27
  28 #include <Riostream.h>
  29
  30 #include <TClass.h>
  31 #include <TFile.h>
  32 #include <TMethodCall.h>
  33 #include <TChain.h>
  34 #include <TSystem.h>
  35 #include <TROOT.h>
  36 #include <TCanvas.h>
  37
  38 #include "AliAnalysisTask.h"
  39 #include "AliAnalysisDataContainer.h"
  40 #include "AliAnalysisDataSlot.h"
  41 #include "AliVEventHandler.h"
  42 #include "AliSysInfo.h"
  43 #include "AliAnalysisManager.h"
  44
  45 ClassImp(AliAnalysisManager)
  46
  47 AliAnalysisManager *AliAnalysisManager::fgAnalysisManager = NULL;
  48
  49 //______________________________________________________________________________
  50 AliAnalysisManager::AliAnalysisManager(const char *name, const char *title)
  51                    :TNamed(name,title),
  52                     fTree(NULL),
  53                     fInputEventHandler(NULL),
  54                     fOutputEventHandler(NULL),
  55                     fMCtruthEventHandler(NULL),
  56                     fCurrentEntry(-1),
  57                     fNSysInfo(0),
  58                     fMode(kLocalAnalysis),
  59                     fInitOK(kFALSE),
  60                     fDebug(0),
  61                     fSpecialOutputLocation(""),
  62                     fTasks(NULL),
  63                     fTopTasks(NULL),
  64                     fZombies(NULL),
  65                     fContainers(NULL),
  66                     fInputs(NULL),
  67                     fOutputs(NULL)
  68 {
  69 // Default constructor.
  70    fgAnalysisManager = this;
  71    fTasks      = new TObjArray();
  72    fTopTasks   = new TObjArray();
  73    fZombies    = new TObjArray();
  74    fContainers = new TObjArray();
  75    fInputs     = new TObjArray();
  76    fOutputs    = new TObjArray();
  77    SetEventLoop(kTRUE);
  78 }
  79
  80 //______________________________________________________________________________
  81 AliAnalysisManager::AliAnalysisManager(const AliAnalysisManager& other)
  82                    :TNamed(other),
  83                     fTree(NULL),
  84                     fInputEventHandler(NULL),
  85                     fOutputEventHandler(NULL),
  86                     fMCtruthEventHandler(NULL),
  87                     fCurrentEntry(-1),
  88                     fNSysInfo(0),
  89                     fMode(other.fMode),
  90                     fInitOK(other.fInitOK),
  91                     fDebug(other.fDebug),
  92                     fSpecialOutputLocation(""),
  93                     fTasks(NULL),
  94                     fTopTasks(NULL),
  95                     fZombies(NULL),
  96                     fContainers(NULL),
  97                     fInputs(NULL),
  98                     fOutputs(NULL)
  99 {
 100 // Copy constructor.
 101    fTasks      = new TObjArray(*other.fTasks);
 102    fTopTasks   = new TObjArray(*other.fTopTasks);
 103    fZombies    = new TObjArray(*other.fZombies);
 104    fContainers = new TObjArray(*other.fContainers);
 105    fInputs     = new TObjArray(*other.fInputs);
 106    fOutputs    = new TObjArray(*other.fOutputs);
 107    fgAnalysisManager = this;
 108 }
 109
 110 //______________________________________________________________________________
 111 AliAnalysisManager& AliAnalysisManager::operator=(const AliAnalysisManager& other)
 112 {
 113 // Assignment
 114    if (&other != this) {
 115       TNamed::operator=(other);
 116       fInputEventHandler   = other.fInputEventHandler;
 117       fOutputEventHandler  = other.fOutputEventHandler;
 118       fMCtruthEventHandler = other.fMCtruthEventHandler;
 119       fTree       = NULL;
 120       fCurrentEntry = -1;
 121       fNSysInfo   = other.fNSysInfo;
 122       fMode       = other.fMode;
 123       fInitOK     = other.fInitOK;
 124       fDebug      = other.fDebug;
 125       fTasks      = new TObjArray(*other.fTasks);
 126       fTopTasks   = new TObjArray(*other.fTopTasks);
 127       fZombies    = new TObjArray(*other.fZombies);
 128       fContainers = new TObjArray(*other.fContainers);
 129       fInputs     = new TObjArray(*other.fInputs);
 130       fOutputs    = new TObjArray(*other.fOutputs);
 131       fgAnalysisManager = this;
 132    }
 133    return *this;
 134 }
 135
 136 //______________________________________________________________________________
 137 AliAnalysisManager::~AliAnalysisManager()
 138 {
 139 // Destructor.
 140    if (fTasks) {fTasks->Delete(); delete fTasks;}
 141    if (fTopTasks) delete fTopTasks;
 142    if (fZombies) delete fZombies;
 143    if (fContainers) {fContainers->Delete(); delete fContainers;}
 144    if (fInputs) delete fInputs;
 145    if (fOutputs) delete fOutputs;
 146    if (fgAnalysisManager==this) fgAnalysisManager = NULL;
 147 }
 148
 149 //______________________________________________________________________________
 150 Int_t AliAnalysisManager::GetEntry(Long64_t entry, Int_t getall)
 151 {
 152 // Read one entry of the tree or a whole branch.
 153    if (fDebug > 1) {
 154       cout << "== AliAnalysisManager::GetEntry()" << endl;
 155    }
 156    fCurrentEntry = entry;
 157    return fTree ? fTree->GetTree()->GetEntry(entry, getall) : 0;
 158 }
 159
 160 //______________________________________________________________________________
 161 void AliAnalysisManager::Init(TTree *tree)
 162 {
 163   // The Init() function is called when the selector needs to initialize
 164   // a new tree or chain. Typically here the branch addresses of the tree
 165   // will be set. It is normaly not necessary to make changes to the
 166   // generated code, but the routine can be extended by the user if needed.
 167   // Init() will be called many times when running with PROOF.
 168    if (!tree) return;
 169    if (fDebug > 1) {
 170       printf("->AliAnalysisManager::InitTree(%s)\n", tree->GetName());
 171    }
 172
 173    // Call InitTree of EventHandler
 174    if (fOutputEventHandler) {
 175       if (fMode == kProofAnalysis) {
 176          fOutputEventHandler->Init(0x0, "proof");
 177       } else {
 178          fOutputEventHandler->Init(0x0, "local");
 179       }
 180    }
 181
 182    if (fInputEventHandler) {
 183       if (fMode == kProofAnalysis) {
 184          fInputEventHandler->Init(tree, "proof");
 185       } else {
 186          fInputEventHandler->Init(tree, "local");
 187       }
 188    } else {
 189       // If no input event handler we need to get the tree once
 190       // for the chain
 191       if(!tree->GetTree()) tree->LoadTree(0);
 192    }
 193
 194
 195    if (fMCtruthEventHandler) {
 196       if (fMode == kProofAnalysis) {
 197          fMCtruthEventHandler->Init(0x0, "proof");
 198       } else {
 199          fMCtruthEventHandler->Init(0x0, "local");
 200       }
 201    }
 202
 203    if (!fInitOK) InitAnalysis();
 204    if (!fInitOK) return;
 205    fTree = tree;
 206    AliAnalysisDataContainer *top = (AliAnalysisDataContainer*)fInputs->At(0);
 207    if (!top) {
 208       cout<<"Error: No top input container !" <<endl;
 209       return;
 210    }
 211    top->SetData(tree);
 212    if (fDebug > 1) {
 213       printf("<-AliAnalysisManager::Init(%s)\n", tree->GetName());
 214    }
 215 }
 216
 217 //______________________________________________________________________________
 218 void AliAnalysisManager::SlaveBegin(TTree *tree)
 219 {
 220   // The SlaveBegin() function is called after the Begin() function.
 221   // When running with PROOF SlaveBegin() is called on each slave server.
 222   // The tree argument is deprecated (on PROOF 0 is passed).
 223    if (fDebug > 1) {
 224       cout << "->AliAnalysisManager::SlaveBegin()" << endl;
 225    }
 226
 227    // Call Init of EventHandler
 228    if (fOutputEventHandler) {
 229       if (fMode == kProofAnalysis) {
 230          fOutputEventHandler->Init("proof");
 231       } else {
 232          fOutputEventHandler->Init("local");
 233       }
 234    }
 235
 236    if (fInputEventHandler) {
 237       fInputEventHandler->SetInputTree(tree);
 238       if (fMode == kProofAnalysis) {
 239          fInputEventHandler->Init("proof");
 240       } else {
 241          fInputEventHandler->Init("local");
 242       }
 243    }
 244
 245    if (fMCtruthEventHandler) {
 246       if (fMode == kProofAnalysis) {
 247          fMCtruthEventHandler->Init("proof");
 248       } else {
 249          fMCtruthEventHandler->Init("local");
 250       }
 251    }
 252
 253    TIter next(fTasks);
 254    AliAnalysisTask *task;
 255    // Call CreateOutputObjects for all tasks
 256    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
 257       TDirectory *curdir = gDirectory;
 258       task->CreateOutputObjects();
 259       if (curdir) curdir->cd();
 260    }
 261
 262    if (fDebug > 1) {
 263       cout << "<-AliAnalysisManager::SlaveBegin()" << endl;
 264    }
 265 }
 266
 267 //______________________________________________________________________________
 268 Bool_t AliAnalysisManager::Notify()
 269 {
 270    // The Notify() function is called when a new file is opened. This
 271    // can be either for a new TTree in a TChain or when when a new TTree
 272    // is started when using PROOF. It is normaly not necessary to make changes
 273    // to the generated code, but the routine can be extended by the
 274    // user if needed. The return value is currently not used.
 275     if (fTree) {
 276         TFile *curfile = fTree->GetCurrentFile();
 277         if (curfile && fDebug>1) printf("AliAnalysisManager::Notify() file: %s\n", curfile->GetName());
 278         TIter next(fTasks);
 279         AliAnalysisTask *task;
 280         // Call Notify for all tasks
 281         while ((task=(AliAnalysisTask*)next()))
 282             task->Notify();
 283
 284         // Call Notify of the event handlers
 285         if (fInputEventHandler) {
 286             fInputEventHandler->Notify(curfile->GetName());
 287         }
 288
 289         if (fOutputEventHandler) {
 290             fOutputEventHandler->Notify(curfile->GetName());
 291         }
 292
 293         if (fMCtruthEventHandler) {
 294             fMCtruthEventHandler->Notify(curfile->GetName());
 295         }
 296
 297     }
 298     return kTRUE;
 299 }
 300
 301 //______________________________________________________________________________
 302 Bool_t AliAnalysisManager::Process(Long64_t entry)
 303 {
 304   // The Process() function is called for each entry in the tree (or possibly
 305   // keyed object in the case of PROOF) to be processed. The entry argument
 306   // specifies which entry in the currently loaded tree is to be processed.
 307   // It can be passed to either TTree::GetEntry() or TBranch::GetEntry()
 308   // to read either all or the required parts of the data. When processing
 309   // keyed objects with PROOF, the object is already loaded and is available
 310   // via the fObject pointer.
 311   //
 312   // This function should contain the "body" of the analysis. It can contain
 313   // simple or elaborate selection criteria, run algorithms on the data
 314   // of the event and typically fill histograms.
 315
 316   // WARNING when a selector is used with a TChain, you must use
 317   //  the pointer to the current TTree to call GetEntry(entry).
 318   //  The entry is always the local entry number in the current tree.
 319   //  Assuming that fChain is the pointer to the TChain being processed,
 320   //  use fChain->GetTree()->GetEntry(entry).
 321    if (fDebug > 1) {
 322       cout << "->AliAnalysisManager::Process(" << entry << ")" << endl;
 323    }
 324    if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->BeginEvent(entry);
 325    if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->BeginEvent(entry);
 326    if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->BeginEvent(entry);
 327
 328    GetEntry(entry);
 329    ExecAnalysis();
 330    if (fDebug > 1) {
 331       cout << "<-AliAnalysisManager::Process()" << endl;
 332    }
 333    return kTRUE;
 334 }
 335
 336 //______________________________________________________________________________
 337 void AliAnalysisManager::PackOutput(TList *target)
 338 {
 339   // Pack all output data containers in the output list. Called at SlaveTerminate
 340   // stage in PROOF case for each slave.
 341    if (fDebug > 1) {
 342       cout << "->AliAnalysisManager::PackOutput()" << endl;
 343    }
 344    if (!target) {
 345       Error("PackOutput", "No target. Aborting.");
 346       return;
 347    }
 348    if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->Terminate();
 349    if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->Terminate();
 350    if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->Terminate();
 351
 352    if (fMode == kProofAnalysis) {
 353       TIter next(fOutputs);
 354       AliAnalysisDataContainer *output;
 355       while ((output=(AliAnalysisDataContainer*)next())) {
 356          if (output->GetData() && !output->IsSpecialOutput()) {
 357             if (output->GetProducer()->IsPostEventLoop()) continue;
 358
 359             const char *filename = output->GetFileName();
 360             if (!(strcmp(filename, "default"))) {
 361                if (fOutputEventHandler) filename = fOutputEventHandler->GetOutputFileName();
 362             }
 363             if (strlen(filename)) {
 364                TFile *file = (TFile*)gROOT->GetListOfFiles()->FindObject(filename);
 365                TDirectory *opwd = gDirectory;
 366                if (file) file->cd();
 367                else      file = new TFile(filename, "RECREATE");
 368                if (file->IsZombie()) continue;
 369                // Clear file list to release object ownership to user.
 370                // Save data to file, then close.
 371                file->Clear();
 372                output->GetData()->Write();
 373                file->Close();
 374                // Set null directory to histograms and trees.
 375                TMethodCall callEnv;
 376                if (output->GetData()->IsA())
 377                   callEnv.InitWithPrototype(output->GetData()->IsA(), "SetDirectory", "TDirectory*");
 378                if (callEnv.IsValid()) {
 379                   callEnv.SetParam(Long_t(0));
 380                   callEnv.Execute(output->GetData());
 381                }
 382                // Restore current directory
 383                if (opwd) opwd->cd();
 384             }
 385             AliAnalysisDataWrapper *wrap = output->ExportData();
 386             // Output wrappers must delete data after merging (AG 13/11/07)
 387             wrap->SetDeleteData(kTRUE);
 388             if (fDebug > 1) printf("   Packing container %s...\n", output->GetName());
 389             target->Add(wrap);
 390          }
 391          // Special outputs files are closed and copied on the remote location
 392          if (output->IsSpecialOutput() && strlen(output->GetFileName())) {
 393             TDirectory *opwd = gDirectory;
 394             TFile *file = (TFile*)gROOT->GetListOfFiles()->FindObject(output->GetFileName());
 395             if (!file) continue;
 396             file->cd();
 397             if (output->GetData()) output->GetData()->Write();
 398             file->Close();
 399             if (opwd) opwd->cd();
 400             if (strlen(fSpecialOutputLocation.Data())) {
 401                TString remote = fSpecialOutputLocation;
 402                remote += "/";
 403                Int_t gid = gROOT->ProcessLine("gProofServ->GetGroupId();");
 404                remote += Form("%s_%d_", gSystem->HostName(), gid);
 405                remote += output->GetFileName();
 406                TFile::Cp(output->GetFileName(), remote.Data());
 407             } else {
 408             // No special location specified-> use TProofFile as merging utility
 409                char line[256];
 410                sprintf(line, "((TList*)0x%lx)->Add(new TProofFile(\"%s\"));",
 411                        (ULong_t)target, output->GetFileName());
 412                gROOT->ProcessLine(line);
 413             }
 414          }
 415       }
 416    }
 417    if (fDebug > 1) {
 418       printf("<-AliAnalysisManager::PackOutput: output list contains %d containers\n", target->GetSize());
 419    }
 420 }
 421
 422 //______________________________________________________________________________
 423 void AliAnalysisManager::ImportWrappers(TList *source)
 424 {
 425 // Import data in output containers from wrappers coming in source.
 426    if (fDebug > 1) {
 427       cout << "->AliAnalysisManager::ImportWrappers()" << endl;
 428    }
 429    TIter next(fOutputs);
 430    AliAnalysisDataContainer *cont;
 431    AliAnalysisDataWrapper   *wrap;
 432    Int_t icont = 0;
 433    while ((cont=(AliAnalysisDataContainer*)next())) {
 434       if (cont->GetProducer()->IsPostEventLoop() ||
 435           cont->IsSpecialOutput()) continue;
 436       wrap = (AliAnalysisDataWrapper*)source->FindObject(cont->GetName());
 437       if (!wrap && fDebug>1) {
 438          printf("(WW) ImportWrappers: container %s not found in analysis output !\n", cont->GetName());
 439          continue;
 440       }
 441       icont++;
 442       if (fDebug > 1) printf("   Importing data for container %s\n", wrap->GetName());
 443       if (cont->GetFileName()) printf("    -> %s\n", cont->GetFileName());
 444       cont->ImportData(wrap);
 445    }
 446    if (fDebug > 1) {
 447       cout << "<-AliAnalysisManager::ImportWrappers(): "<< icont << " containers imported" << endl;
 448    }
 449 }
 450
 451 //______________________________________________________________________________
 452 void AliAnalysisManager::UnpackOutput(TList *source)
 453 {
 454   // Called by AliAnalysisSelector::Terminate only on the client.
 455    if (fDebug > 1) {
 456       cout << "->AliAnalysisManager::UnpackOutput()" << endl;
 457    }
 458    if (!source) {
 459       Error("UnpackOutput", "No target. Aborting.");
 460       return;
 461    }
 462    if (fDebug > 1) {
 463       printf("   Source list contains %d containers\n", source->GetSize());
 464    }
 465
 466    if (fMode == kProofAnalysis) ImportWrappers(source);
 467
 468    TIter next(fOutputs);
 469    AliAnalysisDataContainer *output;
 470    while ((output=(AliAnalysisDataContainer*)next())) {
 471       if (!output->GetData()) continue;
 472       // Check if there are client tasks that run post event loop
 473       if (output->HasConsumers()) {
 474          // Disable event loop semaphore
 475          output->SetPostEventLoop(kTRUE);
 476          TObjArray *list = output->GetConsumers();
 477          Int_t ncons = list->GetEntriesFast();
 478          for (Int_t i=0; i<ncons; i++) {
 479             AliAnalysisTask *task = (AliAnalysisTask*)list->At(i);
 480             task->CheckNotify(kTRUE);
 481             // If task is active, execute it
 482             if (task->IsPostEventLoop() && task->IsActive()) {
 483                if (fDebug > 1) {
 484                   cout << "== Executing post event loop task " << task->GetName() << endl;
 485                }
 486                task->ExecuteTask();
 487             }
 488          }
 489       }
 490       // Check if the output need to be written to a file.
 491       const char *filename = output->GetFileName();
 492       if (!(strcmp(filename, "default"))) {
 493           if (fOutputEventHandler) filename = fOutputEventHandler->GetOutputFileName();
 494       }
 495
 496       if (!filename || !strlen(filename)) continue;
 497       TFile *file = (TFile*)gROOT->GetListOfFiles()->FindObject(filename);
 498       TDirectory *opwd = gDirectory;
 499       if (file) file->cd();
 500       else      file = new TFile(filename, "RECREATE");
 501       if (file->IsZombie()) continue;
 502       // Reparent data to this file
 503       TMethodCall callEnv;
 504       if (output->GetData()->IsA())
 505          callEnv.InitWithPrototype(output->GetData()->IsA(), "SetDirectory", "TDirectory*");
 506       if (callEnv.IsValid()) {
 507          callEnv.SetParam((Long_t) file);
 508          callEnv.Execute(output->GetData());
 509       }
 510       output->GetData()->Write();
 511       if (opwd) opwd->cd();
 512    }
 513    if (fDebug > 1) {
 514       cout << "<-AliAnalysisManager::UnpackOutput()" << endl;
 515    }
 516 }
 517
 518 //______________________________________________________________________________
 519 void AliAnalysisManager::Terminate()
 520 {
 521   // The Terminate() function is the last function to be called during
 522   // a query. It always runs on the client, it can be used to present
 523   // the results graphically.
 524    if (fDebug > 1) {
 525       cout << "->AliAnalysisManager::Terminate()" << endl;
 526    }
 527    AliAnalysisTask *task;
 528    TIter next(fTasks);
 529    // Call Terminate() for tasks
 530    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) task->Terminate();
 531    if (fDebug > 1) {
 532       cout << "<-AliAnalysisManager::Terminate()" << endl;
 533    }
 534    //
 535    if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->TerminateIO();
 536    if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->TerminateIO();
 537    if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->TerminateIO();
 538    TIter next1(fOutputs);
 539    AliAnalysisDataContainer *output;
 540    while ((output=(AliAnalysisDataContainer*)next1())) {
 541       // Close all files at output
 542       const char *filename = output->GetFileName();
 543       if (!(strcmp(filename, "default"))) {
 544          if (fOutputEventHandler) filename = fOutputEventHandler->GetOutputFileName();
 545       }
 546
 547       if (!filename || !strlen(filename)) continue;
 548       TFile *file = (TFile*)gROOT->GetListOfFiles()->FindObject(filename);
 549       if (!file || file->IsZombie()) continue;
 550       file->Close();
 551    }
 552
 553    Bool_t getsysInfo = ((fNSysInfo>0) && (fMode==kLocalAnalysis))?kTRUE:kFALSE;
 554    if (getsysInfo) {
 555       TDirectory *cdir = gDirectory;
 556       TFile f("syswatch.root", "RECREATE");
 557       if (!f.IsZombie()) {
 558          TTree *tree = AliSysInfo::MakeTree("syswatch.log");
 559          tree->SetMarkerStyle(kCircle);
 560          tree->SetMarkerColor(kBlue);
 561          tree->SetMarkerSize(0.5);
 562          if (!gROOT->IsBatch()) {
 563             tree->SetAlias("event", "id0");
 564             tree->SetAlias("memUSED", "mi.fMemUsed");
 565             tree->SetAlias("userCPU", "pI.fCpuUser");
 566             TCanvas *c = new TCanvas("SysInfo","SysInfo",10,10,800,600);
 567             c->Divide(2,1,0.01,0.01);
 568             c->cd(1);
 569             tree->Draw("memUSED:event","","", 1234567890, 0);
 570             c->cd(2);
 571             tree->Draw("userCPU:event","","", 1234567890, 0);
 572          }
 573          tree->Write();
 574          f.Close();
 575          delete tree;
 576       }
 577       if (cdir) cdir->cd();
 578    }
 579 }
 580
 581 //______________________________________________________________________________
 582 void AliAnalysisManager::AddTask(AliAnalysisTask *task)
 583 {
 584 // Adds a user task to the global list of tasks.
 585    task->SetActive(kFALSE);
 586    fTasks->Add(task);
 587 }
 588
 589 //______________________________________________________________________________
 590 AliAnalysisTask *AliAnalysisManager::GetTask(const char *name) const
 591 {
 592 // Retreive task by name.
 593    if (!fTasks) return NULL;
 594    return (AliAnalysisTask*)fTasks->FindObject(name);
 595 }
 596
 597 //______________________________________________________________________________
 598 AliAnalysisDataContainer *AliAnalysisManager::CreateContainer(const char *name,
 599                                 TClass *datatype, EAliAnalysisContType type, const char *filename)
 600 {
 601 // Create a data container of a certain type. Types can be:
 602 //   kExchangeContainer  = 0, used to exchange date between tasks
 603 //   kInputContainer   = 1, used to store input data
 604 //   kOutputContainer  = 2, used for posting results
 605    if (fContainers->FindObject(name)) {
 606       Error("CreateContainer","A container named %s already defined !\n",name);
 607       return NULL;
 608    }
 609    AliAnalysisDataContainer *cont = new AliAnalysisDataContainer(name, datatype);
 610    fContainers->Add(cont);
 611    switch (type) {
 612       case kInputContainer:
 613          fInputs->Add(cont);
 614          break;
 615       case kOutputContainer:
 616          fOutputs->Add(cont);
 617          if (filename && strlen(filename)) {
 618             cont->SetFileName(filename);
 619             cont->SetDataOwned(kFALSE);  // data owned by the file
 620          }
 621          break;
 622       case kExchangeContainer:
 623          break;
 624    }
 625    return cont;
 626 }
 627
 628 //______________________________________________________________________________
 629 Bool_t AliAnalysisManager::ConnectInput(AliAnalysisTask *task, Int_t islot,
 630                                         AliAnalysisDataContainer *cont)
 631 {
 632 // Connect input of an existing task to a data container.
 633    if (!fTasks->FindObject(task)) {
 634       AddTask(task);
 635       Warning("ConnectInput", "Task %s not registered. Now owned by analysis manager", task->GetName());
 636    }
 637    Bool_t connected = task->ConnectInput(islot, cont);
 638    return connected;
 639 }
 640
 641 //______________________________________________________________________________
 642 Bool_t AliAnalysisManager::ConnectOutput(AliAnalysisTask *task, Int_t islot,
 643                                         AliAnalysisDataContainer *cont)
 644 {
 645 // Connect output of an existing task to a data container.
 646    if (!fTasks->FindObject(task)) {
 647       AddTask(task);
 648       Warning("ConnectOutput", "Task %s not registered. Now owned by analysis manager", task->GetName());
 649    }
 650    Bool_t connected = task->ConnectOutput(islot, cont);
 651    return connected;
 652 }
 653
 654 //______________________________________________________________________________
 655 void AliAnalysisManager::CleanContainers()
 656 {
 657 // Clean data from all containers that have already finished all client tasks.
 658    TIter next(fContainers);
 659    AliAnalysisDataContainer *cont;
 660    while ((cont=(AliAnalysisDataContainer *)next())) {
 661       if (cont->IsOwnedData() &&
 662           cont->IsDataReady() &&
 663           cont->ClientsExecuted()) cont->DeleteData();
 664    }
 665 }
 666
 667 //______________________________________________________________________________
 668 Bool_t AliAnalysisManager::InitAnalysis()
 669 {
 670 // Initialization of analysis chain of tasks. Should be called after all tasks
 671 // and data containers are properly connected
 672    // Check for input/output containers
 673    fInitOK = kFALSE;
 674    // Check for top tasks (depending only on input data containers)
 675    if (!fTasks->First()) {
 676       Error("InitAnalysis", "Analysis has no tasks !");
 677       return kFALSE;
 678    }
 679    TIter next(fTasks);
 680    AliAnalysisTask *task;
 681    AliAnalysisDataContainer *cont;
 682    Int_t ntop = 0;
 683    Int_t nzombies = 0;
 684    Bool_t iszombie = kFALSE;
 685    Bool_t istop = kTRUE;
 686    Int_t i;
 687    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
 688       istop = kTRUE;
 689       iszombie = kFALSE;
 690       Int_t ninputs = task->GetNinputs();
 691       for (i=0; i<ninputs; i++) {
 692          cont = task->GetInputSlot(i)->GetContainer();
 693          if (!cont) {
 694             if (!iszombie) {
 695                task->SetZombie();
 696                fZombies->Add(task);
 697                nzombies++;
 698                iszombie = kTRUE;
 699             }
 700             Error("InitAnalysis", "Input slot %d of task %s has no container connected ! Declared zombie...",
 701                   i, task->GetName());
 702          }
 703          if (iszombie) continue;
 704          // Check if cont is an input container
 705          if (istop && !fInputs->FindObject(cont)) istop=kFALSE;
 706          // Connect to parent task
 707       }
 708       if (istop) {
 709          ntop++;
 710          fTopTasks->Add(task);
 711       }
 712    }
 713    if (!ntop) {
 714       Error("InitAnalysis", "No top task defined. At least one task should be connected only to input containers");
 715       return kFALSE;
 716    }
 717    // Check now if there are orphan tasks
 718    for (i=0; i<ntop; i++) {
 719       task = (AliAnalysisTask*)fTopTasks->At(i);
 720       task->SetUsed();
 721    }
 722    Int_t norphans = 0;
 723    next.Reset();
 724    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
 725       if (!task->IsUsed()) {
 726          norphans++;
 727          Warning("InitAnalysis", "Task %s is orphan", task->GetName());
 728       }
 729    }
 730    // Check the task hierarchy (no parent task should depend on data provided
 731    // by a daughter task)
 732    for (i=0; i<ntop; i++) {
 733       task = (AliAnalysisTask*)fTopTasks->At(i);
 734       if (task->CheckCircularDeps()) {
 735          Error("InitAnalysis", "Found illegal circular dependencies between following tasks:");
 736          PrintStatus("dep");
 737          return kFALSE;
 738       }
 739    }
 740    // Check that all containers feeding post-event loop tasks are in the outputs list
 741    TIter nextcont(fContainers); // loop over all containers
 742    while ((cont=(AliAnalysisDataContainer*)nextcont())) {
 743       if (!cont->IsPostEventLoop() && !fOutputs->FindObject(cont)) {
 744          if (cont->HasConsumers()) {
 745          // Check if one of the consumers is post event loop
 746             TIter nextconsumer(cont->GetConsumers());
 747             while ((task=(AliAnalysisTask*)nextconsumer())) {
 748                if (task->IsPostEventLoop()) {
 749                   fOutputs->Add(cont);
 750                   break;
 751                }
 752             }
 753          }
 754       }
 755    }
 756    fInitOK = kTRUE;
 757    return kTRUE;
 758 }
 759
 760 //______________________________________________________________________________
 761 void AliAnalysisManager::PrintStatus(Option_t *option) const
 762 {
 763 // Print task hierarchy.
 764    if (!fInitOK) {
 765       Info("PrintStatus", "Analysis manager %s not initialized : call InitAnalysis() first", GetName());
 766       return;
 767    }
 768    Bool_t getsysInfo = ((fNSysInfo>0) && (fMode==kLocalAnalysis))?kTRUE:kFALSE;
 769    if (getsysInfo)
 770       Info("PrintStatus", "System information will be collected each %lld events", fNSysInfo);
 771    TIter next(fTopTasks);
 772    AliAnalysisTask *task;
 773    while ((task=(AliAnalysisTask*)next()))
 774       task->PrintTask(option);
 775 }
 776
 777 //______________________________________________________________________________
 778 void AliAnalysisManager::ResetAnalysis()
 779 {
 780 // Reset all execution flags and clean containers.
 781    CleanContainers();
 782 }
 783
 784 //______________________________________________________________________________
 785 void AliAnalysisManager::StartAnalysis(const char *type, TTree *tree, Long64_t nentries, Long64_t firstentry)
 786 {
 787 // Start analysis for this manager. Analysis task can be: LOCAL, PROOF or GRID.
 788 // Process nentries starting from firstentry
 789    if (!fInitOK) {
 790       Error("StartAnalysis","Analysis manager was not initialized !");
 791       return;
 792    }
 793    if (fDebug>1) {
 794       cout << "StartAnalysis: " << GetName() << endl;
 795    }
 796    TString anaType = type;
 797    anaType.ToLower();
 798    fMode = kLocalAnalysis;
 799    if (tree) {
 800       if (anaType.Contains("proof"))     fMode = kProofAnalysis;
 801       else if (anaType.Contains("grid")) fMode = kGridAnalysis;
 802    }
 803    if (fMode == kGridAnalysis) {
 804       Warning("StartAnalysis", "GRID analysis mode not implemented. Running local.");
 805       fMode = kLocalAnalysis;
 806    }
 807    char line[256];
 808    SetEventLoop(kFALSE);
 809    // Disable all branches if requested and set event loop mode
 810    if (tree) {
 811       if (TestBit(kDisableBranches)) {
 812          printf("Disabling all branches...\n");
 813 //         tree->SetBranchStatus("*",0); // not yet working
 814       }
 815       SetEventLoop(kTRUE);
 816    }
 817
 818    TChain *chain = 0;
 819    TString ttype = "TTree";
 820    if (tree->IsA() == TChain::Class()) {
 821       chain = (TChain*)tree;
 822       if (!chain || !chain->GetListOfFiles()->First()) {
 823          Error("StartAnalysis", "Cannot process null or empty chain...");
 824          return;
 825       }
 826       ttype = "TChain";
 827    }
 828
 829    // Initialize locally all tasks
 830    TIter next(fTasks);
 831    AliAnalysisTask *task;
 832    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
 833       task->LocalInit();
 834    }
 835
 836    switch (fMode) {
 837       case kLocalAnalysis:
 838          if (!tree) {
 839             TIter next(fTasks);
 840             AliAnalysisTask *task;
 841             // Call CreateOutputObjects for all tasks
 842             while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
 843                TDirectory *curdir = gDirectory;
 844                task->CreateOutputObjects();
 845                if (curdir) curdir->cd();
 846             }
 847             ExecAnalysis();
 848             Terminate();
 849             return;
 850          }
 851          // Run tree-based analysis via AliAnalysisSelector
 852          cout << "===== RUNNING LOCAL ANALYSIS " << GetName() << " ON TREE " << tree->GetName() << endl;
 853          sprintf(line, "AliAnalysisSelector *selector = new AliAnalysisSelector((AliAnalysisManager*)0x%lx);",(ULong_t)this);
 854          gROOT->ProcessLine(line);
 855          sprintf(line, "((%s*)0x%lx)->Process(selector, \"\",%lld, %lld);",ttype.Data(),(ULong_t)tree, nentries, firstentry);
 856          gROOT->ProcessLine(line);
 857          break;
 858       case kProofAnalysis:
 859          if (!gROOT->GetListOfProofs() || !gROOT->GetListOfProofs()->GetEntries()) {
 860             printf("StartAnalysis: no PROOF!!!\n");
 861             return;
 862          }
 863          sprintf(line, "gProof->AddInput((TObject*)0x%lx);", (ULong_t)this);
 864          gROOT->ProcessLine(line);
 865          if (chain) {
 866             chain->SetProof();
 867             cout << "===== RUNNING PROOF ANALYSIS " << GetName() << " ON CHAIN " << chain->GetName() << endl;
 868             chain->Process("AliAnalysisSelector", "", nentries, firstentry);
 869          } else {
 870             printf("StartAnalysis: no chain\n");
 871             return;
 872          }
 873          break;
 874       case kGridAnalysis:
 875          Warning("StartAnalysis", "GRID analysis mode not implemented. Running local.");
 876    }
 877 }
 878
 879 //______________________________________________________________________________
 880 void AliAnalysisManager::StartAnalysis(const char *type, const char *dataset, Long64_t nentries, Long64_t firstentry)
 881 {
 882 // Start analysis for this manager on a given dataset. Analysis task can be:
 883 // LOCAL, PROOF or GRID. Process nentries starting from firstentry.
 884    if (!fInitOK) {
 885       Error("StartAnalysis","Analysis manager was not initialized !");
 886       return;
 887    }
 888    if (fDebug>1) {
 889       cout << "StartAnalysis: " << GetName() << endl;
 890    }
 891    TString anaType = type;
 892    anaType.ToLower();
 893    if (!anaType.Contains("proof")) {
 894       Error("Cannot process datasets in %s mode. Try PROOF.", type);
 895       return;
 896    }
 897    fMode = kProofAnalysis;
 898    char line[256];
 899    SetEventLoop(kTRUE);
 900    // Set the dataset flag
 901    TObject::SetBit(kUseDataSet);
 902    fTree = 0;
 903
 904    // Initialize locally all tasks
 905    TIter next(fTasks);
 906    AliAnalysisTask *task;
 907    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
 908       task->LocalInit();
 909    }
 910
 911    if (!gROOT->GetListOfProofs() || !gROOT->GetListOfProofs()->GetEntries()) {
 912       printf("StartAnalysis: no PROOF!!!\n");
 913       return;
 914    }
 915    sprintf(line, "gProof->AddInput((TObject*)0x%lx);", (ULong_t)this);
 916    gROOT->ProcessLine(line);
 917    sprintf(line, "gProof->GetDataSet(\"%s\");", dataset);
 918    if (!gROOT->ProcessLine(line)) {
 919       Error("StartAnalysis", "Dataset %s not found", dataset);
 920       return;
 921    }
 922    sprintf(line, "gProof->Process(\"%s\", \"AliAnalysisSelector\", \"\", %lld, %lld);",
 923            dataset, nentries, firstentry);
 924    cout << "===== RUNNING PROOF ANALYSIS " << GetName() << " ON DATASET " << dataset << endl;
 925    gROOT->ProcessLine(line);
 926 }
 927
 928 //______________________________________________________________________________
 929 void AliAnalysisManager::ExecAnalysis(Option_t *option)
 930 {
 931 // Execute analysis.
 932    static Long64_t ncalls = 0;
 933    Bool_t getsysInfo = ((fNSysInfo>0) && (fMode==kLocalAnalysis))?kTRUE:kFALSE;
 934    if (getsysInfo && ncalls==0) AliSysInfo::AddStamp("Start", (Int_t)ncalls);
 935    ncalls++;
 936    if (!fInitOK) {
 937      Error("ExecAnalysis", "Analysis manager was not initialized !");
 938       return;
 939    }
 940    AliAnalysisTask *task;
 941    // Check if the top tree is active.
 942    if (fTree) {
 943       TIter next(fTasks);
 944    // De-activate all tasks
 945       while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) task->SetActive(kFALSE);
 946       AliAnalysisDataContainer *cont = (AliAnalysisDataContainer*)fInputs->At(0);
 947       if (!cont) {
 948               Error("ExecAnalysis","Cannot execute analysis in TSelector mode without at least one top container");
 949          return;
 950       }
 951       cont->SetData(fTree); // This will notify all consumers
 952       Long64_t entry = fTree->GetTree()->GetReadEntry();
 953
 954 //
 955 //    Call BeginEvent() for optional input/output and MC services
 956       if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->BeginEvent(entry);
 957       if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->BeginEvent(entry);
 958       if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->BeginEvent(entry);
 959 //
 960 //    Execute the tasks
 961 //      TIter next1(cont->GetConsumers());
 962       TIter next1(fTopTasks);
 963       while ((task=(AliAnalysisTask*)next1())) {
 964          if (fDebug >1) {
 965             cout << "    Executing task " << task->GetName() << endl;
 966          }
 967
 968          task->ExecuteTask(option);
 969       }
 970 //
 971 //    Call FinishEvent() for optional output and MC services
 972       if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->FinishEvent();
 973       if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->FinishEvent();
 974       if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->FinishEvent();
 975       // Gather system information if requested
 976       if (getsysInfo && ((ncalls%fNSysInfo)==0))
 977          AliSysInfo::AddStamp(Form("Event#%lld",ncalls),(Int_t)ncalls);
 978       return;
 979    }
 980    // The event loop is not controlled by TSelector
 981 //
 982 //  Call BeginEvent() for optional input/output and MC services
 983    if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->BeginEvent(-1);
 984    if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->BeginEvent(-1);
 985    if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->BeginEvent(-1);
 986    TIter next2(fTopTasks);
 987    while ((task=(AliAnalysisTask*)next2())) {
 988       task->SetActive(kTRUE);
 989       if (fDebug > 1) {
 990          cout << "    Executing task " << task->GetName() << endl;
 991       }
 992       task->ExecuteTask(option);
 993    }
 994 //
 995 // Call FinishEvent() for optional output and MC services
 996    if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->FinishEvent();
 997    if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->FinishEvent();
 998    if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->FinishEvent();
 999 }
1000
1001 //______________________________________________________________________________
1002 void AliAnalysisManager::FinishAnalysis()
1003 {
1004 // Finish analysis.
1005 }