ANALYSIS/AliFileMerger.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  19 //  marian.ivanov@cern.ch
  20 //  Utilities for file merging.
  21 //  Additional functionality on top of the standard TFileMerger:
  22 //
  23 //  1. Possibility to Set the reject/accept list.
  24 //     1.a)  Only entries selected in accept list are merged. By default all entries are selected
  25 //           use AddAccept 0 to specify your desired entry
  26 //     1.b)  Entries selected in reject list are not merged. By default the reject list is empty.
  27 //
  28 //  2. syswatch.log is created diring mergin procedure.
  29 //     Memeory consumption - for reading and for merging can be monitored
  30
  31 //  RS: Changed merger to respect the structure of files being merged (directories, collections...)
  32 //      Additional option: SetNoTrees (default false) to not merge any tree
  33 //      The code mostly taken from root's hadd.cxx
  34 /*
  35   Usage:
  36   // Libraries for all classes to be merged should be loaded before using the class
  37   gSystem->Load("libANALYSIS");
  38   gSystem->Load("libANALYSIScalib");
  39   gSystem->Load("libTPCcalib");
  40   TH1::AddDirectory(0);
  41
  42   //Example usage starting from the input data list in text file:
  43   //
  44   AliFileMerger merger;
  45   merger.AddReject("esdFriend");
  46   merger.IterTXT("calib.list","CalibObjects.root",kFALSE);
  47   //
  48
  49 */
  50 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  51
  52
  53 #include <fstream>
  54 #include <THashList.h>
  55 #include <TChain.h>
  56 #include <TKey.h>
  57 #include <TH1.h>
  58 #include <THStack.h>
  59 #include "TSystem.h"
  60 #include "TFile.h"
  61 #include "TGrid.h"
  62 #include "TGridResult.h"
  63 #include "TObjString.h"
  64 #include "TObjArray.h"
  65 #include "TMethodCall.h"
  66 #include "Riostream.h"
  67 #include "AliSysInfo.h"
  68 #include "AliFileMerger.h"
  69 #include "AliLog.h"
  70
  71 ClassImp(AliFileMerger)
  72
  73 ProcInfo_t procInfo;//TMP
  74
  75 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  76
  77 AliFileMerger::AliFileMerger():
  78   TNamed(),
  79   fRejectMask(0),
  80   fAcceptMask(0),
  81   fMaxFilesOpen(800),
  82   fNoTrees(kFALSE)
  83 {
  84   //
  85   // Default constructor
  86   //
  87 }
  88
  89 //______________________________________________________________________
  90
  91 AliFileMerger::AliFileMerger(const char* name):
  92   TNamed(name,name),
  93   fRejectMask(0),
  94   fAcceptMask(0),
  95   fMaxFilesOpen(800),
  96   fNoTrees(kFALSE)
  97 {
  98   //
  99   //
 100   //
 101 }
 102
 103
 104 void AliFileMerger::IterAlien(const char* outputDir, const char* outputFileName, const char* pattern, Bool_t dontOverwrite){
 105
 106   //
 107   // Merge the files coming out of the calibration job
 108   //
 109   TString command;
 110   // looking for files to be merged in the output directory
 111   command = Form("find %s/ *%s", outputDir, pattern);
 112   printf("command: %s\n", command.Data());
 113   TGrid::Connect("alien://");
 114   TGridResult *res = gGrid->Command(command);
 115   if (!res) return;
 116   TIter nextmap(res);
 117   TMap *map = 0;
 118   // loop over the results
 119   TList sourcelist;
 120   sourcelist.SetOwner(kTRUE);
 121   //
 122   while((map=(TMap*)nextmap())) {
 123     // getting the turl
 124     TObjString *objs = dynamic_cast<TObjString*>(map->GetValue("turl"));
 125     if (!objs || !objs->GetString().Length()) {
 126       // Nothing found - skip this output
 127       delete res;
 128       break;
 129     }
 130     printf("looking for file %s\n",(objs->GetString()).Data());
 131     AddFile(&sourcelist, (objs->GetString()).Data());;
 132   }
 133   //
 134   IterList(&sourcelist, outputFileName, dontOverwrite);
 135   delete res;
 136 }
 137
 138 void AliFileMerger::IterList(const TList* namesList, const char* outputFileName, Bool_t dontOverwrite)
 139 {
 140   // merge in steps or in one go
 141   //
 142   gSystem->GetProcInfo(&procInfo);
 143   AliInfo(Form(">> memory usage %ld %ld", procInfo.fMemResident, procInfo.fMemVirtual));
 144   //
 145   TString outputFile(outputFileName);
 146   gSystem->ExpandPathName(outputFile);
 147   //
 148   int nFiles = namesList->GetEntries();
 149   int maxSrcOpen = fMaxFilesOpen - 1;
 150   TList filesList;
 151   filesList.SetOwner(kTRUE);
 152   //
 153   TString tmpDest[2] = {outputFile,outputFile}; // names for tmp files
 154   int npl = outputFile.Last('.');
 155   if (npl<0) npl  = outputFile.Length();
 156   for (int i=0;i<2;i++) tmpDest[i].Insert(npl,Form("_TMPMERGE%d_",i));
 157   //
 158   int nsteps = 0, currTmp = 0, start = 0;
 159   for (int ifl=0;ifl<nFiles;ifl++) {
 160     int st = ifl%maxSrcOpen;
 161     if (st==0 && ifl) { // new chunk should be started, merge what was already accumulated
 162       OpenNextChunks(namesList,&filesList,start,ifl-1);
 163       start = ifl; // remember where to start next step
 164       if (nsteps++) { // if not 1st one, merge the privous chunk with this one
 165         filesList.AddFirst(TFile::Open(tmpDest[currTmp].Data()));
 166         currTmp = (currTmp==0) ? 1:0;         // swap tmp files
 167       }
 168       // open temp target
 169       TFile* targetTmp = TFile::Open( tmpDest[currTmp].Data(), "RECREATE");
 170       if (!targetTmp || targetTmp->IsZombie()) {
 171         printf("Error opening temporary file %s\n",tmpDest[currTmp].Data());
 172         return;
 173       }
 174       MergeRootfile(targetTmp, &filesList);
 175       targetTmp->Close();
 176       delete targetTmp;
 177       filesList.Clear(); // close all open files
 178     }
 179     // nothing to do until needed amount of files is accumulated
 180   }
 181   // merge last step
 182   TFile* target = TFile::Open( outputFile.Data(), (dontOverwrite ? "CREATE":"RECREATE") );
 183   if (!target || target->IsZombie()) {
 184     cerr << "Error opening target file (does " << outputFileName << " exist?)." << endl;
 185     cerr << "Use force = kTRUE to re-creation of output file." << endl;
 186     return;
 187   }
 188   OpenNextChunks(namesList,&filesList,start,nFiles-1);
 189   // add result of previous merges
 190   if (nsteps) filesList.AddFirst(TFile::Open(tmpDest[currTmp].Data()));
 191   MergeRootfile( target, &filesList);
 192   target->Close();
 193   delete target;
 194   filesList.Clear();
 195   //
 196   for (int i=0;i<2;i++) gSystem->Exec(Form("if [ -e %s ]; then \nrm %s\nfi",tmpDest[i].Data(),tmpDest[i].Data()));
 197   //
 198   printf("Merged %d files in %d steps\n",nFiles,++nsteps);
 199   //
 200   gSystem->GetProcInfo(&procInfo);
 201   AliInfo(Form("<< memory usage %ld %ld", procInfo.fMemResident, procInfo.fMemVirtual));
 202 }
 203
 204 void AliFileMerger::IterTXT( const char * fileList,  const char* outputFileName, Bool_t dontOverwrite){
 205
 206   // Merge the files indicated in the list - fileList
 207   // ASCII file option example:
 208   // find `pwd`/ | grep AliESDfriends_v1.root > calib.list
 209
 210   // Open the input stream
 211   ifstream in;
 212   in.open(fileList);
 213   // Read the input list of files
 214   TString objfile;
 215   Int_t counter=0;
 216   TList sourcelist;
 217   sourcelist.SetOwner(kTRUE);
 218   while(in.good()) {
 219     in >> objfile;
 220     if (!objfile.Contains(".root")) continue; // protection
 221     gSystem->ExpandPathName(objfile);
 222     printf("Add file:Counter\t%d\tMerging file %s\n",counter++,objfile.Data());
 223     AddFile(&sourcelist, objfile.Data());
 224   }
 225   //
 226   IterList(&sourcelist, outputFileName, dontOverwrite);
 227   //
 228 }
 229
 230 void AliFileMerger::StoreResults(TObjArray * array, const char* outputFileName){
 231   //
 232   // Storing the results in one single file
 233   //
 234   TFile *f = new TFile(outputFileName,"recreate");
 235   for (Int_t i=0; i<array->GetEntries(); i++){
 236     TObject *object0 = array->At(i);
 237     if (!object0) continue;
 238     object0->Write();
 239   }
 240   f->Close();
 241   delete f;
 242 }
 243
 244
 245 void AliFileMerger::StoreSeparateResults(TObjArray * array, const char* outputFileName){
 246   //
 247   // Store the results in separate files (one per object)
 248   //
 249   for (Int_t i=0; i<array->GetEntries(); i++){
 250     TObject *object0 = array->At(i);
 251     if (!object0) continue;
 252     TFile *f = new TFile(Form("%s_%s.root",outputFileName,object0->GetName()),"recreate");
 253     object0->Write();
 254     f->Close();
 255     delete f;
 256   }
 257 }
 258
 259 void AliFileMerger::Merge(TFile* fileIn, TObjArray * array){
 260   //
 261   // Merging procedure
 262   //
 263   if (!array) return;
 264   static Int_t counter=-1;
 265   counter++;
 266   TObjArray *carray = new TObjArray;   //array of the objects inside current file
 267   carray->SetOwner(kTRUE);
 268
 269   // load all objects to  memory
 270
 271   TList *farr = fileIn->GetListOfKeys();
 272   if (!farr) {
 273     delete carray;
 274     return;
 275   }
 276   for (Int_t ical=0; ical<farr->GetEntries(); ical++){
 277     if (!farr->At(ical)) continue;
 278     TString name(farr->At(ical)->GetName());
 279     if (!IsAccepted(name)) continue;                        // skip not accepted entries
 280     TObject *obj = fileIn->Get(name.Data());
 281     if (obj) carray->AddLast(obj);
 282     AliSysInfo::AddStamp(name.Data(),1,ical,counter);
 283   }
 284
 285   if (carray->GetEntries()==0)  {
 286     delete carray;
 287     return;
 288   }
 289   TMethodCall callEnv;
 290   Int_t entries =carray->GetEntriesFast();
 291   for (Int_t i=0; i<entries; i++){
 292
 293     TObjArray *templist = new TObjArray(1);
 294     templist->SetOwner(kFALSE);
 295     TObject *currentObject = carray->At(i);
 296     if (!currentObject) {
 297       delete templist;
 298       continue;
 299     }
 300     printf("%s\n",currentObject->GetName());
 301     callEnv.InitWithPrototype(currentObject->IsA(), "Merge", "TCollection*");
 302     if (!callEnv.IsValid()) {
 303       delete templist;
 304       continue;
 305     }
 306     TString oname=currentObject->GetName();
 307     TObject *mergedObject = array->FindObject(currentObject->GetName());
 308     if (!mergedObject) {
 309       array->AddLast(currentObject);
 310       carray->RemoveAt(i);
 311       delete templist;
 312       continue;
 313     }
 314     templist->AddLast(currentObject);
 315     callEnv.SetParam((Long_t) templist);
 316     callEnv.Execute(mergedObject);
 317     AliSysInfo::AddStamp(currentObject->GetName(),2,i,counter);
 318     delete templist;
 319   }
 320   carray->Delete();
 321   delete carray;
 322 }
 323
 324 Bool_t AliFileMerger::IsAccepted(TString name){
 325   //
 326   // Accept/reject logic
 327   // name - name of the entry
 328   //
 329   //  if fAcceptMask specified   - entry has to be in list of selected
 330   //  if fRejectMask speciefied  - entry with name speciief in the list are rejected
 331   //
 332   Bool_t accept=kTRUE;
 333   if (fAcceptMask){
 334     //
 335     accept=kFALSE;
 336     for (Int_t iaccept=0; iaccept<fAcceptMask->GetEntries(); iaccept++){
 337       if (name.Contains(fAcceptMask->At(iaccept)->GetName())) accept=kTRUE;   // entry was selected
 338     }
 339   }
 340   if (!accept) return kFALSE;
 341
 342   if (fRejectMask){
 343     //
 344     for (Int_t ireject=0; ireject<fRejectMask->GetEntries(); ireject++){
 345       if (name.Contains(fRejectMask->At(ireject)->GetName())) accept=kFALSE;   // entry was rejected
 346     }
 347   }
 348   return accept;
 349 }
 350
 351
 352
 353
 354 void AliFileMerger::AddReject(const char *reject){
 355   //
 356   // add reject string to the list of entries to be rejected for merging
 357   //
 358   if (!fRejectMask) fRejectMask = new TObjArray;
 359   fRejectMask->AddLast(new TObjString(reject));
 360 }
 361 void AliFileMerger::AddAccept(const char *accept){
 362   //
 363   // add reject string to the list of entries to be rejected for merging
 364   //
 365   if (!fAcceptMask) fAcceptMask = new TObjArray;
 366   fAcceptMask->AddLast(new TObjString(accept));
 367
 368
 369 }
 370
 371 //___________________________________________________________________________
 372 int AliFileMerger::MergeRootfile( TDirectory *target, TList *sourcelist)
 373 {
 374   // Merge all objects in a directory
 375   // modified version of root's hadd.cxx
 376   gSystem->GetProcInfo(&procInfo);
 377   AliInfo(Form(">> memory usage %ld %ld", procInfo.fMemResident, procInfo.fMemVirtual));
 378
 379
 380   Int_t counterF = -1;
 381   int status = 0;
 382   cout << "Target path: " << target->GetPath() << endl;
 383   TString path( (char*)strstr( target->GetPath(), ":" ) );
 384   path.Remove( 0, 2 );
 385   //
 386   // find 1st valid file
 387   TDirectory *first_source = (TDirectory*)sourcelist->First();
 388   //
 389   Int_t nguess = sourcelist->GetSize()+1000;
 390   THashList allNames(nguess);
 391   ((THashList*)target->GetList())->Rehash(nguess);
 392   ((THashList*)target->GetListOfKeys())->Rehash(nguess);
 393   TList listH;
 394   TString listHargs;
 395   listHargs.Form("((TCollection*)0x%lx)", (ULong_t)&listH);
 396   //
 397   while(first_source) {
 398     counterF++;
 399     TDirectory *current_sourcedir = first_source->GetDirectory(path);
 400     if (!current_sourcedir) {
 401       first_source = (TDirectory*)sourcelist->After(first_source);
 402       continue;
 403     }
 404     // loop over all keys in this directory
 405     TChain *globChain = 0;
 406     TIter nextkey( current_sourcedir->GetListOfKeys() );
 407     TKey *key, *oldkey=0;
 408     //gain time, do not add the objects in the list in memory
 409     TH1::AddDirectory(kFALSE);
 410     //
 411     int counterK = 0;
 412     //
 413     while ( (key = (TKey*)nextkey())) {
 414       if (current_sourcedir == target) break;
 415       //
 416       // check if we don't reject this name
 417       TString nameK(key->GetName());
 418       if (!IsAccepted(nameK)) {
 419         if (!counterF) printf("Object %s is in rejection list, skipping...\n",nameK.Data());
 420         continue;
 421       }
 422       //
 423       //keep only the highest cycle number for each key
 424       if (oldkey && !strcmp(oldkey->GetName(),key->GetName())) continue;
 425       if (!strcmp(key->GetClassName(),"TProcessID")) {key->ReadObj(); continue;}
 426       if (allNames.FindObject(key->GetName())) continue;
 427       TClass *cl = TClass::GetClass(key->GetClassName());
 428       if (!cl || !cl->InheritsFrom(TObject::Class())) {
 429         cout << "Cannot merge object type, name: "
 430              << key->GetName() << " title: " << key->GetTitle() << endl;
 431         continue;
 432       }
 433       allNames.Add(new TObjString(key->GetName()));
 434       AliSysInfo::AddStamp(nameK.Data(),1,counterK++,counterF-1);
 435       // read object from first source file
 436       //current_sourcedir->cd();
 437
 438       TObject *obj = key->ReadObj();
 439       if (!obj) {
 440         AliError(Form("Failed to get the object with key %s from %s",key->GetName(),current_sourcedir->GetFile()->GetName()));
 441         continue;
 442       }
 443
 444       if ( obj->IsA()->InheritsFrom( TTree::Class() ) ) {
 445
 446         // loop over all source files create a chain of Trees "globChain"
 447         if (!fNoTrees) { //
 448           TString obj_name;
 449           if (path.Length()) {
 450             obj_name = path + "/" + obj->GetName();
 451           } else {
 452             obj_name = obj->GetName();
 453           }
 454           globChain = new TChain(obj_name);
 455           globChain->Add(first_source->GetName());
 456           TFile *nextsource = (TFile*)sourcelist->After( first_source );
 457           while ( nextsource ) {
 458             //do not add to the list a file that does not contain this Tree
 459             TFile *curf = TFile::Open(nextsource->GetName());
 460             if (curf) {
 461               Bool_t mustAdd = kFALSE;
 462               if (curf->FindKey(obj_name)) {
 463                 mustAdd = kTRUE;
 464               } else {
 465                 //we could be more clever here. No need to import the object
 466                 //we are missing a function in TDirectory
 467                 TObject *aobj = curf->Get(obj_name);
 468                 if (aobj) { mustAdd = kTRUE; delete aobj;}
 469               }
 470               if (mustAdd) {
 471                 globChain->Add(nextsource->GetName());
 472               }
 473             }
 474             delete curf;
 475             nextsource = (TFile*)sourcelist->After( nextsource );
 476           }
 477         }
 478       } else if ( obj->IsA()->InheritsFrom( TDirectory::Class() ) ) {
 479         // it's a subdirectory
 480
 481         cout << "Found subdirectory " << obj->GetName() << endl;
 482         // create a new subdir of same name and title in the target file
 483         target->cd();
 484         TDirectory *newdir = target->mkdir( obj->GetName(), obj->GetTitle() );
 485
 486         // newdir is now the starting point of another round of merging
 487         // newdir still knows its depth within the target file via
 488         // GetPath(), so we can still figure out where we are in the recursion
 489         status = MergeRootfile( newdir, sourcelist);
 490         if (status) return status;
 491
 492       } else if ( obj->InheritsFrom(TObject::Class())
 493                   && obj->IsA()->GetMethodWithPrototype("Merge", "TCollection*") ) {
 494         // object implements Merge(TCollection*)
 495
 496         // loop over all source files and merge same-name object
 497         TFile *nextsource = (TFile*)sourcelist->After( first_source );
 498         while ( nextsource ) {
 499           // make sure we are at the correct directory level by cd'ing to path
 500           TDirectory *ndir = nextsource->GetDirectory(path);
 501           if (ndir) {
 502             ndir->cd();
 503             TKey *key2 = (TKey*)gDirectory->GetListOfKeys()->FindObject(key->GetName());
 504             if (key2) {
 505               TObject *hobj = key2->ReadObj();
 506               if (!hobj) {
 507                 cout << "Failed to get the object with key " << key2->GetName() << " from " <<
 508                   ndir->GetFile()->GetName() << "/" << ndir->GetName() << endl;
 509                 nextsource = (TFile*)sourcelist->After( nextsource );
 510                 continue;
 511               }
 512               //
 513               hobj->ResetBit(kMustCleanup);
 514               listH.Add(hobj);
 515               Int_t error = 0;
 516               obj->Execute("Merge", listHargs.Data(), &error); // RS Probleme here
 517               if (error) {
 518                 cerr << "Error calling Merge() on " << obj->GetName()
 519                      << " with the corresponding object in " << nextsource->GetName() << endl;
 520               }
 521               listH.Delete();
 522             }
 523           }
 524           nextsource = (TFile*)sourcelist->After( nextsource );
 525         }
 526       } else if ( obj->IsA()->InheritsFrom( THStack::Class() ) ) {
 527         THStack *hstack1 = (THStack*) obj;
 528         TList* l = new TList();
 529
 530         // loop over all source files and merge the histos of the
 531         // corresponding THStacks with the one pointed to by "hstack1"
 532         TFile *nextsource = (TFile*)sourcelist->After( first_source );
 533         while ( nextsource ) {
 534           // make sure we are at the correct directory level by cd'ing to path
 535           TDirectory *ndir = nextsource->GetDirectory(path);
 536           if (ndir) {
 537             ndir->cd();
 538             TKey *key2 = (TKey*)gDirectory->GetListOfKeys()->FindObject(hstack1->GetName());
 539             if (key2) {
 540               THStack *hstack2 = (THStack*) key2->ReadObj();
 541               l->Add(hstack2->GetHists()->Clone());
 542               delete hstack2;
 543             }
 544           }
 545
 546           nextsource = (TFile*)sourcelist->After( nextsource );
 547         }
 548         hstack1->GetHists()->Merge(l);
 549         l->Delete();
 550       } else {
 551         // object is of no type that we can merge
 552         cout << "Cannot merge object type, name: "
 553              << obj->GetName() << " title: " << obj->GetTitle() << endl;
 554
 555         // loop over all source files and write similar objects directly to the output file
 556         TFile *nextsource = (TFile*)sourcelist->After( first_source );
 557         while ( nextsource ) {
 558           // make sure we are at the correct directory level by cd'ing to path
 559           TDirectory *ndir = nextsource->GetDirectory(path);
 560           if (ndir) {
 561             ndir->cd();
 562             TKey *key2 = (TKey*)gDirectory->GetListOfKeys()->FindObject(key->GetName());
 563             if (key2) {
 564               TObject *nobj = key2->ReadObj();
 565               nobj->ResetBit(kMustCleanup);
 566               int nbytes1 = target->WriteTObject(nobj, key2->GetName(), "SingleKey" );
 567               if (nbytes1 <= 0) status = -1;
 568               delete nobj;
 569             }
 570           }
 571           nextsource = (TFile*)sourcelist->After( nextsource );
 572         }
 573       }
 574
 575       // now write the merged histogram (which is "in" obj) to the target file
 576       // note that this will just store obj in the current directory level,
 577       // which is not persistent until the complete directory itself is stored
 578       // by "target->Write()" below
 579       target->cd();
 580
 581       //!!if the object is a tree, it is stored in globChain...
 582       if(obj->IsA()->InheritsFrom( TDirectory::Class() )) {
 583         //printf("cas d'une directory\n");
 584       } else if(obj->IsA()->InheritsFrom( TTree::Class() )) {
 585         if (!fNoTrees) {
 586           globChain->ls();
 587           globChain->Merge(target->GetFile(),0,"keep fast");
 588           delete globChain;
 589         }
 590       } else {
 591         int nbytes2 = obj->Write( key->GetName(), TObject::kSingleKey );
 592         if (nbytes2 <= 0) status = -1;
 593       }
 594       oldkey = key;
 595       delete obj;
 596     } // while ( ( TKey *key = (TKey*)nextkey() ) )
 597     first_source = (TDirectory*)sourcelist->After(first_source);
 598   }
 599   // save modifications to target file
 600   target->SaveSelf(kTRUE);
 601   //
 602   gSystem->GetProcInfo(&procInfo);
 603   AliInfo(Form("<< memory usage %ld %ld", procInfo.fMemResident, procInfo.fMemVirtual));
 604
 605   return status;
 606 }
 607
 608 //___________________________________________________________________________
 609 int AliFileMerger::OpenNextChunks(const TList* namesList, TList* filesList, Int_t from, Int_t to)
 610 {
 611   gSystem->GetProcInfo(&procInfo);
 612   AliInfo(Form(">> memory usage %ld %ld", procInfo.fMemResident, procInfo.fMemVirtual));
 613
 614   filesList->Clear();
 615   int nEnt = namesList->GetEntries();
 616   from = from<nEnt ? from : nEnt;
 617   to   = to<nEnt ? to : nEnt;
 618   int count = 0;
 619   for (int i=from;i<=to;i++) {
 620     TNamed* fnam = (TNamed*)namesList->At(i);
 621     if (!fnam) continue;
 622     TString fnamS(fnam->GetName());
 623     gSystem->ExpandPathName(fnamS);
 624     if (fnamS.BeginsWith("alien://") && !gGrid) TGrid::Connect("alien");
 625     TFile* source = TFile::Open(fnam->GetName());
 626     if( source==0 ) { printf("Failed to open file %s, will skip\n",fnam->GetName()); continue; }
 627     filesList->Add(source);
 628     printf("Opened file %s\n",fnam->GetName());
 629     count++;
 630   }
 631   gSystem->GetProcInfo(&procInfo);
 632   AliInfo(Form("<< memory usage %ld %ld", procInfo.fMemResident, procInfo.fMemVirtual));
 633
 634   return count;
 635 }
 636
 637
 638 //___________________________________________________________________________
 639 int AliFileMerger::AddFile(TList* namesList, std::string entry)
 640 {
 641   // add a new file to the list of files
 642   //  static int count(0);
 643   if( entry.empty() ) return 0;
 644   size_t j =entry.find_first_not_of(' ');
 645   if( j==std::string::npos ) return 0;
 646   entry = entry.substr(j);
 647   if( entry.substr(0,1)=="@") {
 648     std::ifstream indirect_file(entry.substr(1).c_str() );
 649     if( ! indirect_file.is_open() ) {
 650       std::cerr<< "Could not open indirect file " << entry.substr(1) << std::endl;
 651       return 1;
 652     }
 653     while( indirect_file ){
 654       std::string line;
 655       std::getline(indirect_file, line);
 656       if( AddFile(namesList, line)!=0 ) return 1;;
 657     }
 658     return 0;
 659   }
 660   //  cout << "Source file " << (++count) << ": " << entry << endl;
 661   namesList->Add(new TNamed(entry,""));
 662   return 0;
 663 }