ANALYSIS/AliFileMerger.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  19 //  marian.ivanov@cern.ch
  20 //  Utilities for file merging.
  21 //  Additional functionality on top of the standard TFileMerger:
  22 //
  23 //  1. Possibility to Set the reject/accept list.
  24 //     1.a)  Only entries selected in accept list are merged. By default all entries are selected
  25 //           use AddAccept 0 to specify your desired entry
  26 //     1.b)  Entries selected in reject list are not merged. By default the reject list is empty.
  27 //
  28 //  2. syswatch.log is created diring mergin procedure.
  29 //     Memeory consumption - for reading and for merging can be monitored
  30
  31 //  RS: Changed merger to respect the structure of files being merged (directories, collections...)
  32 //      Additional option: SetNoTrees (default false) to not merge any tree
  33 //      The code mostly taken from root's hadd.cxx
  34 /*
  35   Usage:
  36   // Libraries for all classes to be merged should be loaded before using the class
  37   gSystem->Load("libANALYSIS");
  38   gSystem->Load("libANALYSIScalib");
  39   gSystem->Load("libTPCcalib");
  40   TH1::AddDirectory(0);
  41
  42   //Example usage starting from the input data list in text file:
  43   //
  44   AliFileMerger merger;
  45   merger.AddReject("esdFriend");
  46   merger.IterTXT("calib.list","CalibObjects.root",kFALSE);
  47   //
  48
  49 */
  50 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  51
  52
  53 #include <fstream>
  54 #include <THashList.h>
  55 #include <TChain.h>
  56 #include <TKey.h>
  57 #include <TH1.h>
  58 #include <THStack.h>
  59 #include "TSystem.h"
  60 #include "TFile.h"
  61 #include "TGrid.h"
  62 #include "TGridResult.h"
  63 #include "TObjString.h"
  64 #include "TObjArray.h"
  65 #include "TMethodCall.h"
  66 #include "Riostream.h"
  67 #include "AliSysInfo.h"
  68 #include "AliFileMerger.h"
  69 #include "AliLog.h"
  70
  71 using std::cerr;
  72 using std::endl;
  73 using std::cout;
  74 using std::ifstream;
  75 ClassImp(AliFileMerger)
  76
  77 ProcInfo_t procInfo;//TMP
  78
  79 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  80
  81 AliFileMerger::AliFileMerger():
  82   TNamed(),
  83   fRejectMask(0),
  84   fAcceptMask(0),
  85   fMaxFilesOpen(800),
  86   fNoTrees(kFALSE)
  87 {
  88   //
  89   // Default constructor
  90   //
  91 }
  92
  93 //______________________________________________________________________
  94
  95 AliFileMerger::AliFileMerger(const char* name):
  96   TNamed(name,name),
  97   fRejectMask(0),
  98   fAcceptMask(0),
  99   fMaxFilesOpen(800),
 100   fNoTrees(kFALSE)
 101 {
 102   //
 103   //
 104   //
 105 }
 106
 107
 108 void AliFileMerger::IterAlien(const char* outputDir, const char* outputFileName, const char* pattern, Bool_t dontOverwrite){
 109
 110   //
 111   // Merge the files coming out of the calibration job
 112   //
 113   TString command;
 114   // looking for files to be merged in the output directory
 115   command = Form("find %s/ *%s", outputDir, pattern);
 116   printf("command: %s\n", command.Data());
 117   TGrid::Connect("alien://");
 118   TGridResult *res = gGrid->Command(command);
 119   if (!res) return;
 120   TIter nextmap(res);
 121   TMap *map = 0;
 122   // loop over the results
 123   TList sourcelist;
 124   sourcelist.SetOwner(kTRUE);
 125   //
 126   while((map=(TMap*)nextmap())) {
 127     // getting the turl
 128     TObjString *objs = dynamic_cast<TObjString*>(map->GetValue("turl"));
 129     if (!objs || !objs->GetString().Length()) {
 130       // Nothing found - skip this output
 131       delete res;
 132       break;
 133     }
 134     printf("looking for file %s\n",(objs->GetString()).Data());
 135     AddFile(&sourcelist, (objs->GetString()).Data());;
 136   }
 137   //
 138   IterList(&sourcelist, outputFileName, dontOverwrite);
 139   delete res;
 140 }
 141
 142 void AliFileMerger::IterList(const TList* namesList, const char* outputFileName, Bool_t dontOverwrite)
 143 {
 144   // merge in steps or in one go
 145   //
 146   gSystem->GetProcInfo(&procInfo);
 147   AliInfo(Form(">> memory usage %ld %ld", procInfo.fMemResident, procInfo.fMemVirtual));
 148   //
 149   TString outputFile(outputFileName);
 150   gSystem->ExpandPathName(outputFile);
 151   //
 152   int nFiles = namesList->GetEntries();
 153   int maxSrcOpen = fMaxFilesOpen - 1;
 154   TList filesList;
 155   filesList.SetOwner(kTRUE);
 156   //
 157   TString tmpDest[2] = {outputFile,outputFile}; // names for tmp files
 158   int npl = outputFile.Last('.');
 159   if (npl<0) npl  = outputFile.Length();
 160   for (int i=0;i<2;i++) tmpDest[i].Insert(npl,Form("_TMPMERGE%d_",i));
 161   //
 162   int nsteps = 0, currTmp = 0, start = 0;
 163   for (int ifl=0;ifl<nFiles;ifl++) {
 164     int st = ifl%maxSrcOpen;
 165     if (st==0 && ifl) { // new chunk should be started, merge what was already accumulated
 166       OpenNextChunks(namesList,&filesList,start,ifl-1);
 167       start = ifl; // remember where to start next step
 168       if (nsteps++) { // if not 1st one, merge the privous chunk with this one
 169         filesList.AddFirst(TFile::Open(tmpDest[currTmp].Data()));
 170         currTmp = (currTmp==0) ? 1:0;         // swap tmp files
 171       }
 172       // open temp target
 173       TFile* targetTmp = TFile::Open( tmpDest[currTmp].Data(), "RECREATE");
 174       if (!targetTmp || targetTmp->IsZombie()) {
 175         printf("Error opening temporary file %s\n",tmpDest[currTmp].Data());
 176         return;
 177       }
 178       MergeRootfile(targetTmp, &filesList);
 179       targetTmp->Close();
 180       delete targetTmp;
 181       filesList.Clear(); // close all open files
 182     }
 183     // nothing to do until needed amount of files is accumulated
 184   }
 185   // merge last step
 186   TFile* target = TFile::Open( outputFile.Data(), (dontOverwrite ? "CREATE":"RECREATE") );
 187   if (!target || target->IsZombie()) {
 188     cerr << "Error opening target file (does " << outputFileName << " exist?)." << endl;
 189     cerr << "Use force = kTRUE to re-creation of output file." << endl;
 190     return;
 191   }
 192   OpenNextChunks(namesList,&filesList,start,nFiles-1);
 193   // add result of previous merges
 194   if (nsteps) filesList.AddFirst(TFile::Open(tmpDest[currTmp].Data()));
 195   MergeRootfile( target, &filesList);
 196   target->Close();
 197   delete target;
 198   filesList.Clear();
 199   //
 200   for (int i=0;i<2;i++) gSystem->Exec(Form("if [ -e %s ]; then \nrm %s\nfi",tmpDest[i].Data(),tmpDest[i].Data()));
 201   //
 202   printf("Merged %d files in %d steps\n",nFiles,++nsteps);
 203   //
 204   gSystem->GetProcInfo(&procInfo);
 205   AliInfo(Form("<< memory usage %ld %ld", procInfo.fMemResident, procInfo.fMemVirtual));
 206 }
 207
 208 void AliFileMerger::IterTXT( const char * fileList,  const char* outputFileName, Bool_t dontOverwrite){
 209
 210   // Merge the files indicated in the list - fileList
 211   // ASCII file option example:
 212   // find `pwd`/ | grep AliESDfriends_v1.root > calib.list
 213
 214   // Open the input stream
 215   ifstream in;
 216   in.open(fileList);
 217   // Read the input list of files
 218   TString objfile;
 219   Int_t counter=0;
 220   TList sourcelist;
 221   sourcelist.SetOwner(kTRUE);
 222   while(in.good()) {
 223     in >> objfile;
 224     if (!objfile.Contains(".root")) continue; // protection
 225     gSystem->ExpandPathName(objfile);
 226     printf("Add file:Counter\t%d\tMerging file %s\n",counter++,objfile.Data());
 227     AddFile(&sourcelist, objfile.Data());
 228   }
 229   //
 230   IterList(&sourcelist, outputFileName, dontOverwrite);
 231   //
 232 }
 233
 234 void AliFileMerger::StoreResults(TObjArray * array, const char* outputFileName){
 235   //
 236   // Storing the results in one single file
 237   //
 238   TFile *f = new TFile(outputFileName,"recreate");
 239   for (Int_t i=0; i<array->GetEntries(); i++){
 240     TObject *object0 = array->At(i);
 241     if (!object0) continue;
 242     object0->Write();
 243   }
 244   f->Close();
 245   delete f;
 246 }
 247
 248
 249 void AliFileMerger::StoreSeparateResults(TObjArray * array, const char* outputFileName){
 250   //
 251   // Store the results in separate files (one per object)
 252   //
 253   for (Int_t i=0; i<array->GetEntries(); i++){
 254     TObject *object0 = array->At(i);
 255     if (!object0) continue;
 256     TFile *f = new TFile(Form("%s_%s.root",outputFileName,object0->GetName()),"recreate");
 257     object0->Write();
 258     f->Close();
 259     delete f;
 260   }
 261 }
 262
 263 void AliFileMerger::Merge(TFile* fileIn, TObjArray * array){
 264   //
 265   // Merging procedure
 266   //
 267   if (!array) return;
 268   static Int_t counter=-1;
 269   counter++;
 270   TObjArray *carray = new TObjArray;   //array of the objects inside current file
 271   carray->SetOwner(kTRUE);
 272
 273   // load all objects to  memory
 274
 275   TList *farr = fileIn->GetListOfKeys();
 276   if (!farr) {
 277     delete carray;
 278     return;
 279   }
 280   for (Int_t ical=0; ical<farr->GetEntries(); ical++){
 281     if (!farr->At(ical)) continue;
 282     TString name(farr->At(ical)->GetName());
 283     if (!IsAccepted(name)) continue;                        // skip not accepted entries
 284     TObject *obj = fileIn->Get(name.Data());
 285     if (obj) carray->AddLast(obj);
 286     AliSysInfo::AddStamp(name.Data(),1,ical,counter);
 287   }
 288
 289   if (carray->GetEntries()==0)  {
 290     delete carray;
 291     return;
 292   }
 293   TMethodCall callEnv;
 294   Int_t entries =carray->GetEntriesFast();
 295   for (Int_t i=0; i<entries; i++){
 296
 297     TObjArray *templist = new TObjArray(1);
 298     templist->SetOwner(kFALSE);
 299     TObject *currentObject = carray->At(i);
 300     if (!currentObject) {
 301       delete templist;
 302       continue;
 303     }
 304     printf("%s\n",currentObject->GetName());
 305     callEnv.InitWithPrototype(currentObject->IsA(), "Merge", "TCollection*");
 306     if (!callEnv.IsValid()) {
 307       delete templist;
 308       continue;
 309     }
 310     TString oname=currentObject->GetName();
 311     TObject *mergedObject = array->FindObject(currentObject->GetName());
 312     if (!mergedObject) {
 313       array->AddLast(currentObject);
 314       carray->RemoveAt(i);
 315       delete templist;
 316       continue;
 317     }
 318     templist->AddLast(currentObject);
 319     callEnv.SetParam((Long_t) templist);
 320     callEnv.Execute(mergedObject);
 321     AliSysInfo::AddStamp(currentObject->GetName(),2,i,counter);
 322     delete templist;
 323   }
 324   carray->Delete();
 325   delete carray;
 326 }
 327
 328 Bool_t AliFileMerger::IsAccepted(TString name){
 329   //
 330   // Accept/reject logic
 331   // name - name of the entry
 332   //
 333   //  if fAcceptMask specified   - entry has to be in list of selected
 334   //  if fRejectMask speciefied  - entry with name speciief in the list are rejected
 335   //
 336   Bool_t accept=kTRUE;
 337   if (fAcceptMask){
 338     //
 339     accept=kFALSE;
 340     for (Int_t iaccept=0; iaccept<fAcceptMask->GetEntries(); iaccept++){
 341       if (name.Contains(fAcceptMask->At(iaccept)->GetName())) accept=kTRUE;   // entry was selected
 342     }
 343   }
 344   if (!accept) return kFALSE;
 345
 346   if (fRejectMask){
 347     //
 348     for (Int_t ireject=0; ireject<fRejectMask->GetEntries(); ireject++){
 349       if (name.Contains(fRejectMask->At(ireject)->GetName())) accept=kFALSE;   // entry was rejected
 350     }
 351   }
 352   return accept;
 353 }
 354
 355 Bool_t AliFileMerger::IsRejected(TString name){
 356   //
 357   // check is the name is explicitly in the rejection list
 358   //  if fRejectMask speciefied  - entry with name speciief in the list are rejected
 359   //
 360   Bool_t reject=kFALSE;
 361   if (fRejectMask){
 362     //
 363     for (Int_t ireject=0; ireject<fRejectMask->GetEntries(); ireject++){
 364       if (name.Contains(fRejectMask->At(ireject)->GetName())) {reject=kTRUE; break;}   // entry was rejected
 365     }
 366   }
 367   return reject;
 368 }
 369
 370
 371
 372 void AliFileMerger::AddReject(const char *reject){
 373   //
 374   // add reject string to the list of entries to be rejected for merging
 375   //
 376   if (!fRejectMask) fRejectMask = new TObjArray;
 377   fRejectMask->AddLast(new TObjString(reject));
 378 }
 379 void AliFileMerger::AddAccept(const char *accept){
 380   //
 381   // add reject string to the list of entries to be rejected for merging
 382   //
 383   if (!fAcceptMask) fAcceptMask = new TObjArray;
 384   fAcceptMask->AddLast(new TObjString(accept));
 385
 386
 387 }
 388
 389 //___________________________________________________________________________
 390 int AliFileMerger::MergeRootfile( TDirectory *target, TList *sourcelist, Bool_t nameFiltering)
 391 {
 392   // Merge all objects in a directory
 393   // modified version of root's hadd.cxx
 394   gSystem->GetProcInfo(&procInfo);
 395   AliInfo(Form(">> memory usage %ld %ld", procInfo.fMemResident, procInfo.fMemVirtual));
 396   //
 397   int status = 0;
 398   cout << "Target path: " << target->GetPath() << endl;
 399   TString path( (char*)strstr( target->GetPath(), ":" ) );
 400   path.Remove( 0, 2 );
 401   //
 402   // find 1st valid file
 403   TDirectory *first_source = (TDirectory*)sourcelist->First();
 404   //
 405   Int_t nguess = sourcelist->GetSize()+1000;
 406   THashList allNames(nguess);
 407   ((THashList*)target->GetList())->Rehash(nguess);
 408   ((THashList*)target->GetListOfKeys())->Rehash(nguess);
 409   TList listH;
 410   TString listHargs;
 411   listHargs.Form("((TCollection*)0x%lx)", (ULong_t)&listH);
 412   //
 413   while(first_source) {
 414     //
 415     TDirectory *current_sourcedir = first_source->GetDirectory(path);
 416     if (!current_sourcedir) {
 417       first_source = (TDirectory*)sourcelist->After(first_source);
 418       continue;
 419     }
 420     // loop over all keys in this directory
 421     TChain *globChain = 0;
 422     TIter nextkey( current_sourcedir->GetListOfKeys() );
 423     TKey *key, *oldkey=0;
 424     //gain time, do not add the objects in the list in memory
 425     TH1::AddDirectory(kFALSE);
 426     //
 427     int counterK = 0;
 428     int counterF=0;
 429     //
 430     while ( (key = (TKey*)nextkey())) {
 431       if (current_sourcedir == target) break;
 432       //
 433       // check if we don't reject this name
 434       TString nameK(key->GetName());
 435       if ((!IsAccepted(nameK) && nameFiltering) || (!nameFiltering && IsRejected(nameK))) {
 436         if (!counterF) printf("Object %s is in rejection list, skipping...\n",nameK.Data());
 437         continue;
 438       }
 439       //
 440       //keep only the highest cycle number for each key
 441       if (oldkey && !strcmp(oldkey->GetName(),key->GetName())) continue;
 442       if (!strcmp(key->GetClassName(),"TProcessID")) {key->ReadObj(); continue;}
 443       if (allNames.FindObject(key->GetName())) continue;
 444       TClass *cl = TClass::GetClass(key->GetClassName());
 445       if (!cl || !cl->InheritsFrom(TObject::Class())) {
 446         cout << "Cannot merge object type, name: "
 447              << key->GetName() << " title: " << key->GetTitle() << endl;
 448         continue;
 449       }
 450       printf("Merging object %s, anchor directory: %s\n",key->GetName(),key->GetMotherDir()->GetPath());
 451       allNames.Add(new TObjString(key->GetName()));
 452       AliSysInfo::AddStamp(nameK.Data(),1,++counterK,counterF++);
 453       // read object from first source file
 454       //current_sourcedir->cd();
 455
 456       TDirectory* currDir = gDirectory;
 457       key->GetMotherDir()->cd();
 458       TObject *obj = key->ReadObj();
 459       currDir->cd();
 460       if (!obj) {
 461         AliError(Form("Failed to get the object with key %s from %s",key->GetName(),current_sourcedir->GetFile()->GetName()));
 462         continue;
 463       }
 464
 465       if ( obj->IsA()->InheritsFrom( TTree::Class() ) ) {
 466
 467         // loop over all source files create a chain of Trees "globChain"
 468         if (!fNoTrees) { //
 469           TString obj_name;
 470           if (path.Length()) {
 471             obj_name = path + "/" + obj->GetName();
 472           } else {
 473             obj_name = obj->GetName();
 474           }
 475           globChain = new TChain(obj_name);
 476           globChain->Add(first_source->GetName());
 477           TFile *nextsource = (TFile*)sourcelist->After( first_source );
 478           while ( nextsource ) {
 479             //do not add to the list a file that does not contain this Tree
 480             TFile *curf = TFile::Open(nextsource->GetName());
 481             if (curf) {
 482               Bool_t mustAdd = kFALSE;
 483               if (curf->FindKey(obj_name)) {
 484                 mustAdd = kTRUE;
 485               } else {
 486                 //we could be more clever here. No need to import the object
 487                 //we are missing a function in TDirectory
 488                 TObject *aobj = curf->Get(obj_name);
 489                 if (aobj) { mustAdd = kTRUE; delete aobj;}
 490               }
 491               if (mustAdd) {
 492                 globChain->Add(nextsource->GetName());
 493               }
 494             }
 495             delete curf;
 496             nextsource = (TFile*)sourcelist->After( nextsource );
 497           }
 498         }
 499       } else if ( obj->IsA()->InheritsFrom( TDirectory::Class() ) ) {
 500         // it's a subdirectory
 501
 502         cout << "Found subdirectory " << obj->GetName() << endl;
 503         // create a new subdir of same name and title in the target file
 504         target->cd();
 505         TDirectory *newdir = target->mkdir( obj->GetName(), obj->GetTitle() );
 506
 507         // newdir is now the starting point of another round of merging
 508         // newdir still knows its depth within the target file via
 509         // GetPath(), so we can still figure out where we are in the recursion
 510         status = MergeRootfile( newdir, sourcelist, kFALSE);
 511         if (status) return status;
 512
 513       } else if ( obj->InheritsFrom(TObject::Class())
 514                   && obj->IsA()->GetMethodWithPrototype("Merge", "TCollection*") ) {
 515         // object implements Merge(TCollection*)
 516
 517         // loop over all source files and merge same-name object
 518         TFile *nextsource = (TFile*)sourcelist->After( first_source );
 519         while ( nextsource ) {
 520           // make sure we are at the correct directory level by cd'ing to path
 521           TDirectory *ndir = nextsource->GetDirectory(path);
 522           if (ndir) {
 523             ndir->cd();
 524             TKey *key2 = (TKey*)gDirectory->GetListOfKeys()->FindObject(key->GetName());
 525             if (key2) {
 526               TObject *hobj = key2->ReadObj();
 527               if (!hobj) {
 528                 cout << "Failed to get the object with key " << key2->GetName() << " from " <<
 529                   ndir->GetFile()->GetName() << "/" << ndir->GetName() << endl;
 530                 nextsource = (TFile*)sourcelist->After( nextsource );
 531                 continue;
 532               }
 533               //
 534               hobj->ResetBit(kMustCleanup);
 535               listH.Add(hobj);
 536               Int_t error = 0;
 537               obj->Execute("Merge", listHargs.Data(), &error); // RS Probleme here
 538               if (error) {
 539                 cerr << "Error calling Merge() on " << obj->GetName()
 540                      << " with the corresponding object in " << nextsource->GetName() << endl;
 541               }
 542               listH.Delete();
 543         // get the number of processed entries to be put in the syswatch.log
 544         Double_t numberOfEntries = -1;
 545         if (obj->IsA()->GetMethodAllAny("GetEntries"))
 546         {
 547           TMethodCall getEntries(obj->IsA(), "GetEntries", "");
 548           getEntries.Execute(obj, numberOfEntries);
 549         }
 550               AliSysInfo::AddStamp(nameK.Data(),1,counterK,counterF++,numberOfEntries);
 551             }
 552           }
 553           nextsource = (TFile*)sourcelist->After( nextsource );
 554         }
 555       } else if ( obj->IsA()->InheritsFrom( THStack::Class() ) ) {
 556         THStack *hstack1 = (THStack*) obj;
 557         TList* l = new TList();
 558
 559         // loop over all source files and merge the histos of the
 560         // corresponding THStacks with the one pointed to by "hstack1"
 561         TFile *nextsource = (TFile*)sourcelist->After( first_source );
 562         while ( nextsource ) {
 563           // make sure we are at the correct directory level by cd'ing to path
 564           TDirectory *ndir = nextsource->GetDirectory(path);
 565           if (ndir) {
 566             ndir->cd();
 567             TKey *key2 = (TKey*)gDirectory->GetListOfKeys()->FindObject(hstack1->GetName());
 568             if (key2) {
 569               THStack *hstack2 = (THStack*) key2->ReadObj();
 570               l->Add(hstack2->GetHists()->Clone());
 571               delete hstack2;
 572               AliSysInfo::AddStamp(nameK.Data(),1,counterK,counterF++);
 573             }
 574           }
 575
 576           nextsource = (TFile*)sourcelist->After( nextsource );
 577         }
 578         hstack1->GetHists()->Merge(l);
 579         l->Delete();
 580       } else {
 581         // object is of no type that we can merge
 582         cout << "Cannot merge object type, name: "
 583              << obj->GetName() << " title: " << obj->GetTitle() << endl;
 584
 585         // loop over all source files and write similar objects directly to the output file
 586         TFile *nextsource = (TFile*)sourcelist->After( first_source );
 587         while ( nextsource ) {
 588           // make sure we are at the correct directory level by cd'ing to path
 589           TDirectory *ndir = nextsource->GetDirectory(path);
 590           if (ndir) {
 591             ndir->cd();
 592             TKey *key2 = (TKey*)gDirectory->GetListOfKeys()->FindObject(key->GetName());
 593             if (key2) {
 594               TObject *nobj = key2->ReadObj();
 595               nobj->ResetBit(kMustCleanup);
 596               int nbytes1 = target->WriteTObject(nobj, key2->GetName(), "SingleKey" );
 597               if (nbytes1 <= 0) status = -1;
 598               delete nobj;
 599             }
 600           }
 601           nextsource = (TFile*)sourcelist->After( nextsource );
 602         }
 603       }
 604
 605       // now write the merged histogram (which is "in" obj) to the target file
 606       // note that this will just store obj in the current directory level,
 607       // which is not persistent until the complete directory itself is stored
 608       // by "target->Write()" below
 609       target->cd();
 610
 611       //!!if the object is a tree, it is stored in globChain...
 612       if(obj->IsA()->InheritsFrom( TDirectory::Class() )) {
 613         //printf("cas d'une directory\n");
 614       } else if(obj->IsA()->InheritsFrom( TTree::Class() )) {
 615         if (!fNoTrees) {
 616           globChain->ls();
 617           globChain->Merge(target->GetFile(),0,"keep fast");
 618           delete globChain;
 619         }
 620       } else {
 621         int nbytes2 = obj->Write( key->GetName(), TObject::kSingleKey );
 622         if (nbytes2 <= 0) status = -1;
 623       }
 624       oldkey = key;
 625       delete obj;
 626     } // while ( ( TKey *key = (TKey*)nextkey() ) )
 627     first_source = (TDirectory*)sourcelist->After(first_source);
 628   }
 629   // save modifications to target file
 630   target->SaveSelf(kTRUE);
 631   //
 632   gSystem->GetProcInfo(&procInfo);
 633   AliInfo(Form("<< memory usage %ld %ld", procInfo.fMemResident, procInfo.fMemVirtual));
 634
 635   return status;
 636 }
 637
 638 //___________________________________________________________________________
 639 int AliFileMerger::OpenNextChunks(const TList* namesList, TList* filesList, Int_t from, Int_t to)
 640 {
 641   gSystem->GetProcInfo(&procInfo);
 642   AliInfo(Form(">> memory usage %ld %ld", procInfo.fMemResident, procInfo.fMemVirtual));
 643
 644   filesList->Clear();
 645   int nEnt = namesList->GetEntries();
 646   from = from<nEnt ? from : nEnt;
 647   to   = to<nEnt ? to : nEnt;
 648   int count = 0;
 649   for (int i=from;i<=to;i++) {
 650     TNamed* fnam = (TNamed*)namesList->At(i);
 651     if (!fnam) continue;
 652     TString fnamS(fnam->GetName());
 653     gSystem->ExpandPathName(fnamS);
 654     if (fnamS.BeginsWith("alien://") && !gGrid) TGrid::Connect("alien");
 655     TFile* source = TFile::Open(fnam->GetName());
 656     if( source==0 ) { printf("Failed to open file %s, will skip\n",fnam->GetName()); continue; }
 657     filesList->Add(source);
 658     printf("Opened file %s\n",fnam->GetName());
 659     count++;
 660   }
 661   gSystem->GetProcInfo(&procInfo);
 662   AliInfo(Form("<< memory usage %ld %ld", procInfo.fMemResident, procInfo.fMemVirtual));
 663
 664   return count;
 665 }
 666
 667
 668 //___________________________________________________________________________
 669 int AliFileMerger::AddFile(TList* namesList, std::string entry)
 670 {
 671   // add a new file to the list of files
 672   //  static int count(0);
 673   if( entry.empty() ) return 0;
 674   size_t j =entry.find_first_not_of(' ');
 675   if( j==std::string::npos ) return 0;
 676   entry = entry.substr(j);
 677   if( entry.substr(0,1)=="@") {
 678     std::ifstream indirect_file(entry.substr(1).c_str() );
 679     if( ! indirect_file.is_open() ) {
 680       std::cerr<< "Could not open indirect file " << entry.substr(1) << std::endl;
 681       return 1;
 682     }
 683     while( indirect_file ){
 684       std::string line;
 685       std::getline(indirect_file, line);
 686       if( AddFile(namesList, line)!=0 ) return 1;;
 687     }
 688     return 0;
 689   }
 690   //  cout << "Source file " << (++count) << ": " << entry << endl;
 691   namesList->Add(new TNamed(entry,""));
 692   return 0;
 693 }