EMCAL/AliCaloCalibSignal.cxx

   1 /**************************************************************************
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   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15 /* $Id: AliCaloCalibSignal.cxx $ */
  16
  17 //________________________________________________________________________
  18 //
  19 // A help class for monitoring and calibration tools: MOOD, AMORE etc.,
  20 // It can be created and used a la (ctor):
  21 /*
  22   //Create the object for making the histograms
  23   fSignals = new AliCaloCalibSignal( fDetType );
  24   // AliCaloCalibSignal knows how many modules we have for PHOS or EMCAL
  25   fNumModules = fSignals->GetModules();
  26 */
  27 // fed an event:
  28 //  fSignals->ProcessEvent(fCaloRawStream,fRawEventHeaderBase);
  29 // get some info:
  30 //  fSignals->GetXXX..()
  31 // etc.
  32 //________________________________________________________________________
  33
  34 #include "TProfile.h"
  35 #include "TFile.h"
  36
  37 #include "AliRawReader.h"
  38 #include "AliRawEventHeaderBase.h"
  39 #include "AliCaloRawStream.h"
  40
  41 //The include file
  42 #include "AliCaloCalibSignal.h"
  43
  44 ClassImp(AliCaloCalibSignal)
  45
  46 using namespace std;
  47
  48 // variables for TTree filling; not sure if they should be static or not
  49 static int fChannelNum; // for regular towers
  50 static int fRefNum; // for LED
  51 static double fAmp;
  52 static double fAvgAmp;
  53 static double fRMS;
  54
  55 // ctor; initialize everything in order to avoid compiler warnings
  56 // put some reasonable defaults
  57 AliCaloCalibSignal::AliCaloCalibSignal(kDetType detectorType) :
  58   TObject(),
  59   fDetType(kNone),
  60   fColumns(0),
  61   fRows(0),
  62   fLEDRefs(0),
  63   fModules(0),
  64   fCaloString(),
  65   fMapping(NULL),
  66   fRunNumber(-1),
  67   fStartTime(0),
  68   fAmpCut(50),
  69   fReqFractionAboveAmpCutVal(0.8),
  70   fReqFractionAboveAmp(kTRUE),
  71   fHour(0),
  72   fLatestHour(0),
  73   fUseAverage(kTRUE),
  74   fSecInAverage(1800),
  75   fNEvents(0),
  76   fNAcceptedEvents(0),
  77   fTreeAmpVsTime(NULL),
  78   fTreeAvgAmpVsTime(NULL),
  79   fTreeLEDAmpVsTime(NULL),
  80   fTreeLEDAvgAmpVsTime(NULL)
  81 {
  82   //Default constructor. First we set the detector-type related constants.
  83   if (detectorType == kPhos) {
  84     fColumns = fgkPhosCols;
  85     fRows = fgkPhosRows;
  86     fLEDRefs = fgkPhosLEDRefs;
  87     fModules = fgkPhosModules;
  88     fCaloString = "PHOS";
  89   }
  90   else {
  91     //We'll just trust the enum to keep everything in line, so that if detectorType
  92     //isn't kPhos then it is kEmCal. Note, however, that this is not necessarily the
  93     //case, if someone intentionally gives another number
  94     fColumns = fgkEmCalCols;
  95     fRows = fgkEmCalRows;
  96     fLEDRefs = fgkEmCalLEDRefs;
  97     fModules = fgkEmCalModules;
  98     fCaloString = "EMCAL";
  99   }
 100
 101   fDetType = detectorType;
 102
 103   ResetInfo(); // trees and counters
 104 }
 105
 106 // dtor
 107 //_____________________________________________________________________
 108 AliCaloCalibSignal::~AliCaloCalibSignal()
 109 {
 110   DeleteTrees();
 111 }
 112
 113 //_____________________________________________________________________
 114 void AliCaloCalibSignal::DeleteTrees()
 115 {
 116   // delete what was created in the ctor (TTrees)
 117   if (fTreeAmpVsTime) delete fTreeAmpVsTime;
 118   if (fTreeAvgAmpVsTime) delete fTreeAvgAmpVsTime;
 119   if (fTreeLEDAmpVsTime) delete fTreeLEDAmpVsTime;
 120   if (fTreeLEDAvgAmpVsTime) delete fTreeLEDAvgAmpVsTime;
 121   // and reset pointers
 122   fTreeAmpVsTime = NULL;
 123   fTreeAvgAmpVsTime = NULL;
 124   fTreeLEDAmpVsTime = NULL;
 125   fTreeLEDAvgAmpVsTime = NULL;
 126
 127   return;
 128 }
 129
 130 // copy ctor
 131 //_____________________________________________________________________
 132 AliCaloCalibSignal::AliCaloCalibSignal(const AliCaloCalibSignal &sig) :
 133   TObject(sig),
 134   fDetType(sig.GetDetectorType()),
 135   fColumns(sig.GetColumns()),
 136   fRows(sig.GetRows()),
 137   fLEDRefs(sig.GetLEDRefs()),
 138   fModules(sig.GetModules()),
 139   fCaloString(sig.GetCaloString()),
 140   fMapping(NULL), //! note that we are not copying the map info
 141   fRunNumber(sig.GetRunNumber()),
 142   fStartTime(sig.GetStartTime()),
 143   fAmpCut(sig.GetAmpCut()),
 144   fReqFractionAboveAmpCutVal(sig.GetReqFractionAboveAmpCutVal()),
 145   fReqFractionAboveAmp(sig.GetReqFractionAboveAmp()),
 146   fHour(sig.GetHour()),
 147   fLatestHour(sig.GetLatestHour()),
 148   fUseAverage(sig.GetUseAverage()),
 149   fSecInAverage(sig.GetSecInAverage()),
 150   fNEvents(sig.GetNEvents()),
 151   fNAcceptedEvents(sig.GetNAcceptedEvents()),
 152   fTreeAmpVsTime(NULL),
 153   fTreeAvgAmpVsTime(NULL),
 154   fTreeLEDAmpVsTime(NULL),
 155   fTreeLEDAvgAmpVsTime(NULL)
 156 {
 157   // also the TTree contents
 158   AddInfo(&sig);
 159 }
 160
 161 // assignment operator; use copy ctor to make life easy..
 162 //_____________________________________________________________________
 163 AliCaloCalibSignal& AliCaloCalibSignal::operator = (const AliCaloCalibSignal &source)
 164 {
 165   // assignment operator; use copy ctor
 166   if (&source == this) return *this;
 167
 168   new (this) AliCaloCalibSignal(source);
 169   return *this;
 170 }
 171
 172 //_____________________________________________________________________
 173 void AliCaloCalibSignal::CreateTrees()
 174 {
 175   // initialize trees
 176   // first, regular version
 177   fTreeAmpVsTime = new TTree("fTreeAmpVsTime","Amplitude vs. Time Tree Variables");
 178
 179   fTreeAmpVsTime->Branch("fChannelNum", &fChannelNum, "fChannelNum/I");
 180   fTreeAmpVsTime->Branch("fHour", &fHour, "fHour/D");
 181   fTreeAmpVsTime->Branch("fAmp", &fAmp, "fAmp/D");
 182
 183   // then, average version
 184   fTreeAvgAmpVsTime = new TTree("fTreeAvgAmpVsTime","Average Amplitude vs. Time Tree Variables");
 185
 186   fTreeAvgAmpVsTime->Branch("fChannelNum", &fChannelNum, "fChannelNum/I");
 187   fTreeAvgAmpVsTime->Branch("fHour", &fHour, "fHour/D");
 188   fTreeAvgAmpVsTime->Branch("fAvgAmp", &fAvgAmp, "fAvgAmp/D");
 189   fTreeAvgAmpVsTime->Branch("fRMS", &fRMS, "fRMS/D");
 190
 191   // then same for LED..
 192   fTreeLEDAmpVsTime = new TTree("fTreeLEDAmpVsTime","LED Amplitude vs. Time Tree Variables");
 193   fTreeLEDAmpVsTime->Branch("fRefNum", &fRefNum, "fRefNum/I");
 194   fTreeLEDAmpVsTime->Branch("fHour", &fHour, "fHour/D");
 195   fTreeLEDAmpVsTime->Branch("fAmp", &fAmp, "fAmp/D");
 196
 197   fTreeLEDAvgAmpVsTime = new TTree("fTreeLEDAvgAmpVsTime","Average LED Amplitude vs. Time Tree Variables");
 198   fTreeLEDAvgAmpVsTime->Branch("fRefNum", &fRefNum, "fRefNum/I");
 199   fTreeLEDAvgAmpVsTime->Branch("fHour", &fHour, "fHour/D");
 200   fTreeLEDAvgAmpVsTime->Branch("fAvgAmp", &fAvgAmp, "fAvgAmp/D");
 201   fTreeLEDAvgAmpVsTime->Branch("fRMS", &fRMS, "fRMS/D");
 202
 203   return;
 204 }
 205
 206 //_____________________________________________________________________
 207 void AliCaloCalibSignal::ResetInfo()
 208 {
 209   Zero(); // set all counters to 0
 210   DeleteTrees(); // delete previous stuff
 211   CreateTrees(); // and create some new ones
 212   return;
 213 }
 214
 215 //_____________________________________________________________________
 216 void AliCaloCalibSignal::Zero()
 217 {
 218   // set all counters to 0; not cuts etc. though
 219   fHour = 0;
 220   fLatestHour = 0;
 221   fNEvents = 0;
 222   fNAcceptedEvents = 0;
 223
 224   // Set the number of points for each tower: Amp vs. Time
 225   memset(fNHighGain, 0, sizeof(fNHighGain));
 226   memset(fNLowGain, 0, sizeof(fNLowGain));
 227   // and LED reference
 228   memset(fNRef, 0, sizeof(fNRef));
 229
 230   return;
 231 }
 232
 233 //_____________________________________________________________________
 234 Bool_t AliCaloCalibSignal::CheckFractionAboveAmp(int *AmpVal, int nTotChan)
 235 {
 236   int nAbove = 0;
 237
 238   int TowerNum = 0;
 239   for (int i = 0; i<fModules; i++) {
 240     for (int j = 0; j<fColumns; j++) {
 241       for (int k = 0; k<fRows; k++) {
 242         TowerNum = GetTowerNum(i,j,k);
 243         if (AmpVal[TowerNum] > fAmpCut) {
 244           nAbove++;
 245         }
 246       }
 247     }
 248   }
 249
 250   double fraction = (1.0*nAbove) / nTotChan;
 251
 252   if (fraction > fReqFractionAboveAmpCutVal) {
 253     return true;
 254   }
 255   else return false;
 256 }
 257
 258 //_____________________________________________________________________
 259 Bool_t AliCaloCalibSignal::AddInfo(const AliCaloCalibSignal *sig)
 260 {
 261   // note/FIXME: we are not yet adding correctly the info for fN{HighGain,LowGain,Ref} here - but consider this a feature for now (20080905): we'll do Analyze() unless entries were found for a tower in this original object.
 262
 263   // add info from sig's TTrees to ours..
 264   TTree *sigAmp = sig->GetTreeAmpVsTime();
 265   TTree *sigAvgAmp = sig->GetTreeAvgAmpVsTime();
 266
 267   // we could try some merging via TList or what also as a more elegant approach
 268   // but I wanted with the stupid/simple and hopefully safe approach of looping
 269   // over what we want to add..
 270
 271   // associate variables for sigAmp and sigAvgAmp:
 272   sigAmp->SetBranchAddress("fChannelNum",&fChannelNum);
 273   sigAmp->SetBranchAddress("fHour",&fHour);
 274   sigAmp->SetBranchAddress("fAmp",&fAmp);
 275
 276   // loop over the trees.. note that since we use the same variables we should not need
 277   // to do any assignments between the getting and filling
 278   for (int i=0; i<sigAmp->GetEntries(); i++) {
 279     sigAmp->GetEntry(i);
 280     fTreeAmpVsTime->Fill();
 281   }
 282
 283   sigAvgAmp->SetBranchAddress("fChannelNum",&fChannelNum);
 284   sigAvgAmp->SetBranchAddress("fHour",&fHour);
 285   sigAvgAmp->SetBranchAddress("fAvgAmp",&fAvgAmp);
 286   sigAvgAmp->SetBranchAddress("fRMS",&fRMS);
 287
 288   for (int i=0; i<sigAvgAmp->GetEntries(); i++) {
 289     sigAvgAmp->GetEntry(i);
 290     fTreeAvgAmpVsTime->Fill();
 291   }
 292
 293   // also LED..
 294   TTree *sigLEDAmp = sig->GetTreeLEDAmpVsTime();
 295   TTree *sigLEDAvgAmp = sig->GetTreeLEDAvgAmpVsTime();
 296
 297   // associate variables for sigAmp and sigAvgAmp:
 298   sigLEDAmp->SetBranchAddress("fRefNum",&fRefNum);
 299   sigLEDAmp->SetBranchAddress("fHour",&fHour);
 300   sigLEDAmp->SetBranchAddress("fAmp",&fAmp);
 301
 302   // loop over the trees.. note that since we use the same variables we should not need
 303   // to do any assignments between the getting and filling
 304   for (int i=0; i<sigLEDAmp->GetEntries(); i++) {
 305     sigLEDAmp->GetEntry(i);
 306     fTreeLEDAmpVsTime->Fill();
 307   }
 308
 309   sigLEDAvgAmp->SetBranchAddress("fRefNum",&fRefNum);
 310   sigLEDAvgAmp->SetBranchAddress("fHour",&fHour);
 311   sigLEDAvgAmp->SetBranchAddress("fAvgAmp",&fAvgAmp);
 312   sigLEDAvgAmp->SetBranchAddress("fRMS",&fRMS);
 313
 314   for (int i=0; i<sigLEDAvgAmp->GetEntries(); i++) {
 315     sigLEDAvgAmp->GetEntry(i);
 316     fTreeLEDAvgAmpVsTime->Fill();
 317   }
 318
 319
 320   return kTRUE;//We hopefully succesfully added info from the supplied object
 321 }
 322
 323 //_____________________________________________________________________
 324 Bool_t AliCaloCalibSignal::ProcessEvent(AliRawReader *rawReader)
 325 {
 326   // if fMapping is NULL the rawstream will crate its own mapping
 327   AliCaloRawStream rawStream(rawReader, fCaloString, (AliAltroMapping**)fMapping);
 328
 329   return ProcessEvent( &rawStream, (AliRawEventHeaderBase*)rawReader->GetEventHeader() );
 330 }
 331
 332 //_____________________________________________________________________
 333 Bool_t AliCaloCalibSignal::ProcessEvent(AliCaloRawStream *in, AliRawEventHeaderBase *aliHeader)
 334 {
 335   // Method to process=analyze one event in the data stream
 336   if (!in) return kFALSE; //Return right away if there's a null pointer
 337
 338   fNEvents++; // one more event
 339
 340   // use maximum numbers to set array sizes
 341   int AmpValHighGain[fgkMaxTowers];
 342   int AmpValLowGain[fgkMaxTowers];
 343   memset(AmpValHighGain, 0, sizeof(AmpValHighGain));
 344   memset(AmpValLowGain, 0, sizeof(AmpValLowGain));
 345
 346   // also for LED reference
 347   int LEDAmpVal[fgkMaxRefs * 2]; // factor 2 is for the two gain values
 348   memset(LEDAmpVal, 0, sizeof(LEDAmpVal));
 349
 350   int sample, isample = 0; //The sample temp, and the sample number in current event.
 351   int max = fgkSampleMin, min = fgkSampleMax;//Use these for picking the signal
 352   int gain = 0; // high or low gain
 353
 354   // Number of Low and High gain channels for this event:
 355   int nLowChan = 0;
 356   int nHighChan = 0;
 357
 358   int TowerNum = 0; // array index for regular towers
 359   int RefNum = 0; // array index for LED references
 360
 361   // loop first to get the fraction of channels with amplitudes above cut
 362   while (in->Next()) {
 363     sample = in->GetSignal(); //Get the adc signal
 364     if (sample < min) min = sample;
 365     if (sample > max) max = sample;
 366     isample++;
 367     if ( isample >= in->GetTimeLength()) {
 368       //If we're here then we're done with this tower
 369       if ( in->IsLowGain() ) {
 370         gain = 0;
 371       }
 372       else if ( in->IsHighGain() ) {
 373         gain = 1;
 374       }
 375       else if ( in->IsLEDMonData() ) {
 376         gain = in->GetRow(); // gain coded in (in RCU/Altro mapping) as Row info for LED refs..
 377       }
 378
 379       int arrayPos = in->GetModule(); //The modules are numbered starting from 0
 380       //Debug
 381       if (arrayPos < 0 || arrayPos >= fModules) {
 382         printf("AliCaloCalibSignal::ProcessEvent = Oh no: arrayPos = %i.\n", arrayPos);
 383         return kFALSE;
 384       }
 385
 386       if ( in->IsHighGain() || in->IsLowGain() ) { // regular tower
 387         // get tower number for AmpVal array
 388         TowerNum = GetTowerNum(arrayPos, in->GetColumn(), in->GetRow());
 389
 390         if (gain == 0) {
 391           // fill amplitude into the array
 392           AmpValLowGain[TowerNum] = max - min;
 393           nLowChan++;
 394         }
 395         else if (gain==1) {//fill the high gain ones
 396           // fill amplitude into the array
 397           AmpValHighGain[TowerNum] = max - min;
 398           nHighChan++;
 399         }//end if gain
 400       } // regular tower
 401       else if ( in->IsLEDMonData() ) { // LED ref.
 402         RefNum = GetRefNum(arrayPos, in->GetColumn(), gain);
 403         LEDAmpVal[RefNum] = max - min;
 404       } // end of LED ref
 405
 406       max = fgkSampleMin; min = fgkSampleMax;
 407       isample = 0;
 408
 409     }//End if end of tower
 410
 411   }//end while, of stream
 412
 413   // now check if it was a led event, only use high gain (that should be sufficient)
 414   if (fReqFractionAboveAmp) {
 415     bool ok = false;
 416     if (nHighChan > 0) {
 417       ok = CheckFractionAboveAmp(AmpValHighGain, nHighChan);
 418     }
 419     if (!ok) return false; // skip event
 420   }
 421
 422   fNAcceptedEvents++; // one more event accepted
 423
 424   if (fStartTime == 0) { // if start-timestamp wasn't set,we'll pick it up from the first event we encounter
 425     fStartTime = aliHeader->Get("Timestamp");
 426   }
 427
 428   fHour = (aliHeader->Get("Timestamp")-fStartTime)/(double)fgkNumSecInHr;
 429   if (fLatestHour < fHour) {
 430     fLatestHour = fHour;
 431   }
 432
 433   // it is a led event, now fill TTree
 434   for(int i=0; i<fModules; i++){
 435     for(int j=0; j<fColumns; j++){
 436       for(int k=0; k<fRows; k++){
 437
 438         TowerNum = GetTowerNum(i, j, k);
 439
 440         if(AmpValHighGain[TowerNum]) {
 441           fAmp = AmpValHighGain[TowerNum];
 442           fChannelNum = GetChannelNum(i,j,k,1);
 443           fTreeAmpVsTime->Fill();//fChannelNum,fHour,AmpValHighGain[TowerNum]);
 444           fNHighGain[TowerNum]++;
 445         }
 446         if(AmpValLowGain[TowerNum]) {
 447           fAmp = AmpValLowGain[TowerNum];
 448           fChannelNum = GetChannelNum(i,j,k,0);
 449           fTreeAmpVsTime->Fill();//fChannelNum,fHour,AmpValLowGain[TowerNum]);
 450           fNLowGain[TowerNum]++;
 451         }
 452       } // rows
 453     } // columns
 454
 455     // also LED refs
 456     for(int j=0; j<fLEDRefs; j++){
 457       for (gain=0; gain<2; gain++) {
 458         fRefNum = GetRefNum(i, j, gain);
 459         if (LEDAmpVal[fRefNum]) {
 460           fAmp = LEDAmpVal[fRefNum];
 461           fTreeLEDAmpVsTime->Fill();//fRefNum,fHour,fAmp);
 462           fNRef[fRefNum]++;
 463         }
 464       }
 465     }
 466
 467   } // modules
 468
 469   return kTRUE;
 470 }
 471
 472 //_____________________________________________________________________
 473 Bool_t AliCaloCalibSignal::Save(TString fileName)
 474 {
 475   //Saves all the TTrees to the designated file
 476
 477   TFile destFile(fileName, "recreate");
 478
 479   if (destFile.IsZombie()) {
 480     return kFALSE;
 481   }
 482
 483   destFile.cd();
 484
 485   // save the trees
 486   fTreeAmpVsTime->Write();
 487   fTreeLEDAmpVsTime->Write();
 488   if (fUseAverage) {
 489     Analyze(); // get the latest and greatest averages
 490     fTreeAvgAmpVsTime->Write();
 491     fTreeLEDAvgAmpVsTime->Write();
 492   }
 493
 494   destFile.Close();
 495
 496   return kTRUE;
 497 }
 498
 499 //_____________________________________________________________________
 500 Bool_t AliCaloCalibSignal::Analyze()
 501 {
 502   // Fill the tree holding the average values
 503   if (!fUseAverage) { return kFALSE; }
 504
 505   // Reset the average TTree if Analyze has already been called earlier,
 506   // meaning that the TTree could have been partially filled
 507   if (fTreeAvgAmpVsTime->GetEntries() > 0) {
 508     fTreeAvgAmpVsTime->Reset();
 509   }
 510
 511   //0: setup variables for the TProfile plots that we'll use to do the averages
 512   int numProfBins = 0;
 513   double timeMin = 0;
 514   double timeMax = 0;
 515   if (fSecInAverage > 0) {
 516     numProfBins = (int)( (fLatestHour*fgkNumSecInHr)/fSecInAverage + 1 ); // round-off
 517   }
 518   numProfBins += 2; // add extra buffer : first and last
 519   double binSize = 1.0*fSecInAverage / fgkNumSecInHr;
 520   timeMin = - binSize;
 521   timeMax = timeMin + numProfBins*binSize;
 522
 523   //1: set up TProfiles for the towers that had data
 524   TProfile * profile[fgkMaxTowers*2]; // *2 is since we include both high and low gains
 525   memset(profile, 0, sizeof(profile));
 526
 527   char name[200]; // for profile id and title
 528   int TowerNum = 0;
 529
 530   for (int i = 0; i<fModules; i++) {
 531     for (int ic=0; ic<fColumns; ic++){
 532       for (int ir=0; ir<fRows; ir++) {
 533
 534         TowerNum = GetTowerNum(i, ic, ir);
 535         // high gain
 536         if (fNHighGain[TowerNum] > 0) {
 537           fChannelNum = GetChannelNum(i, ic, ir, 1);
 538           sprintf(name, "profileChan%d", fChannelNum);
 539           profile[fChannelNum] = new TProfile(name, name, numProfBins, timeMin, timeMax, "s");
 540         }
 541
 542         // same for low gain
 543         if (fNLowGain[TowerNum] > 0) {
 544           fChannelNum = GetChannelNum(i, ic, ir, 0);
 545           sprintf(name, "profileChan%d", fChannelNum);
 546           profile[fChannelNum] = new TProfile(name, name, numProfBins, timeMin, timeMax, "s");
 547         }
 548
 549       } // rows
 550     } // columns
 551   } // modules
 552
 553   //2: fill profiles by looping over tree
 554   // Set addresses for tree-readback also
 555   fTreeAmpVsTime->SetBranchAddress("fChannelNum", &fChannelNum);
 556   fTreeAmpVsTime->SetBranchAddress("fHour", &fHour);
 557   fTreeAmpVsTime->SetBranchAddress("fAmp", &fAmp);
 558
 559   for (int ient=0; ient<fTreeAmpVsTime->GetEntries(); ient++) {
 560     fTreeAmpVsTime->GetEntry(ient);
 561     if (profile[fChannelNum]) {
 562       // profile should always have been created above, for active channels
 563       profile[fChannelNum]->Fill(fHour, fAmp);
 564     }
 565   }
 566
 567   // re-associating the branch addresses here seems to be needed for OK 'average' storage
 568   fTreeAvgAmpVsTime->SetBranchAddress("fChannelNum", &fChannelNum);
 569   fTreeAvgAmpVsTime->SetBranchAddress("fHour", &fHour);
 570   fTreeAvgAmpVsTime->SetBranchAddress("fAvgAmp", &fAvgAmp);
 571   fTreeAvgAmpVsTime->SetBranchAddress("fRMS", &fRMS);
 572
 573   //3: fill avg tree by looping over the profiles
 574   for (fChannelNum = 0; fChannelNum<(fgkMaxTowers*2); fChannelNum++) {
 575     if (profile[fChannelNum]) { // profile was created
 576       if (profile[fChannelNum]->GetEntries() > 0) { // profile had some entries
 577         for(int it=0; it<numProfBins; it++) {
 578           if (profile[fChannelNum]->GetBinEntries(it+1) > 0) {
 579             fAvgAmp = profile[fChannelNum]->GetBinContent(it+1);
 580             fHour = profile[fChannelNum]->GetBinCenter(it+1);
 581             fRMS = profile[fChannelNum]->GetBinError(it+1);
 582             fTreeAvgAmpVsTime->Fill();
 583           } // some entries for this bin
 584         } // loop over bins
 585       } // some entries for this profile
 586     } // profile exists
 587   } // loop over all possible channels
 588
 589
 590   // and finally, go through same exercise for LED also..
 591
 592   //1: set up TProfiles for the towers that had data
 593   TProfile * profileLED[fgkMaxRefs*2]; // *2 is since we include both high and low gains
 594   memset(profileLED, 0, sizeof(profileLED));
 595
 596   for (int i = 0; i<fModules; i++) {
 597     for(int j=0; j<fLEDRefs; j++){
 598       for (int gain=0; gain<2; gain++) {
 599         fRefNum = GetRefNum(i, j, gain);
 600         if (fNRef[fRefNum] > 0) {
 601           sprintf(name, "profileLEDRef%d", fRefNum);
 602           profileLED[fRefNum] = new TProfile(name, name, numProfBins, timeMin, timeMax, "s");
 603         }
 604       }// gain
 605     }
 606   } // modules
 607
 608   //2: fill profiles by looping over tree
 609   // Set addresses for tree-readback also
 610   fTreeLEDAmpVsTime->SetBranchAddress("fRefNum", &fRefNum);
 611   fTreeLEDAmpVsTime->SetBranchAddress("fHour", &fHour);
 612   fTreeLEDAmpVsTime->SetBranchAddress("fAmp", &fAmp);
 613
 614   for (int ient=0; ient<fTreeLEDAmpVsTime->GetEntries(); ient++) {
 615     fTreeLEDAmpVsTime->GetEntry(ient);
 616     if (profileLED[fRefNum]) {
 617       // profile should always have been created above, for active channels
 618       profileLED[fRefNum]->Fill(fHour, fAmp);
 619     }
 620   }
 621
 622   // re-associating the branch addresses here seems to be needed for OK 'average' storage
 623   fTreeLEDAvgAmpVsTime->SetBranchAddress("fRefNum", &fRefNum);
 624   fTreeLEDAvgAmpVsTime->SetBranchAddress("fHour", &fHour);
 625   fTreeLEDAvgAmpVsTime->SetBranchAddress("fAvgAmp", &fAvgAmp);
 626   fTreeLEDAvgAmpVsTime->SetBranchAddress("fRMS", &fRMS);
 627
 628   //3: fill avg tree by looping over the profiles
 629   for (fRefNum = 0; fRefNum<(fgkMaxRefs*2); fRefNum++) {
 630     if (profileLED[fRefNum]) { // profile was created
 631       if (profileLED[fRefNum]->GetEntries() > 0) { // profile had some entries
 632         for(int it=0; it<numProfBins; it++) {
 633           if (profileLED[fRefNum]->GetBinEntries(it+1) > 0) {
 634             fAvgAmp = profileLED[fRefNum]->GetBinContent(it+1);
 635             fHour = profileLED[fRefNum]->GetBinCenter(it+1);
 636             fRMS = profileLED[fRefNum]->GetBinError(it+1);
 637             fTreeLEDAvgAmpVsTime->Fill();
 638           } // some entries for this bin
 639         } // loop over bins
 640       } // some entries for this profile
 641     } // profile exists
 642   } // loop over all possible channels
 643
 644   // OK, we're done..
 645
 646   return kTRUE;
 647 }