EMCAL/AliEMCALJetFinderAlgoOmni.cxx

   1
   2 //THIS Also includes summing ALL cells in the jetcone towards the jet energy NOT just those above threshold!!!!!
   3
   4
   5 /**************************************************************************
   6  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   7  *                                                                        *
   8  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   9  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
  10  *                                                                        *
  11  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
  12  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
  13  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  14  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  15  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  16  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  17  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  18  **************************************************************************/
  19
  20 /*
  21
  22 $Log$
  23
  24
  25
  26 */
  27
  28
  29 //*--Author: Sarah Blyth (LBL)
  30 //*--Based on UA1 jet algorithm from LUND JETSET called from EMC-erj
  31
  32 #include "TTask.h"
  33 #include "AliEMCALJetFinderInput.h"
  34 #include "AliEMCALJetFinderOutput.h"
  35 #include "AliEMCALJetFinderAlgo.h"
  36 #include "AliEMCALJetFinderAlgoOmni.h"
  37 #include "AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit.h"
  38 #include "AliEMCALGeometry.h"
  39 #include "AliEMCAL.h"
  40 #include "AliEMCALGetter.h"
  41 #include "AliEMCALDigit.h"
  42 #include "TParticle.h"
  43 #include "AliRun.h"
  44 #include "AliEMCALJet.h"
  45 #include "TMath.h"
  46
  47
  48 ClassImp(AliEMCALJetFinderAlgoOmni)
  49
  50   AliEMCALJetFinderAlgoOmni::AliEMCALJetFinderAlgoOmni()
  51 {
  52   //Default constructor
  53 if (fDebug>0) Info("AliEMCALJetFinderAlgoOmni","Beginning Default Constructor");
  54
  55   fNumIter           = 0;
  56   fNumUnits          = 13824;     //Number of towers in EMCAL
  57   fESeed             = 5.0;       //Default value
  58   fConeRad           = 0.3;       //Default value
  59   fJetEMin           = 10.0;      //Default value
  60   fEtMin             = 0.28;      //Default value
  61   fMinMove           = 0.05;      //From original UA1 JetFinder
  62   fMaxMove           = 0.15;      //From original UA1 JetFinder
  63   fBGMaxMove         = 0.035;     //From original UA1 JetFinder
  64   fPtCut             = 0;
  65   fHadCorr           = 0;
  66   fEBGTotal          = 1.0;       //Set to 1 so that no div by zero in first FindJets() loop
  67   fEBGTotalOld       = 0.0;
  68   fEBGAve            = 0.0;
  69   fEnergy            = 0.0;
  70   fJetEta            = 0.0;
  71   fJetPhi            = 0.0;
  72   fEtaInit           = 0.0;
  73   fPhiInit           = 0.0;
  74   fEtaB              = 0.0;
  75   fPhiB              = 0.0;
  76   fJetESum           = 0.0;
  77   fJetEtaSum         = 0.0;
  78   fJetPhiSum         = 0.0;
  79   fDEta              = 0.0;
  80   fDPhi              = 0.0;
  81   fDistP             = 0.0;
  82   fDistI             = 0.0;
  83   fTempE             = 0.0;
  84   fRad               = 2.0;      //Set to 2 to start
  85   fNumInCone         = 0;
  86   fNumJets           = 0;
  87   fArrayInitialised  = 0;        //Set to FALSE to start
  88   fBGType            = kRatio;   //Set Ratio method as default BG subtraction method
  89   fBGPar             = -1.0;      //Set to 1 to start
  90 }
  91
  92  AliEMCALJetFinderAlgoOmni::~AliEMCALJetFinderAlgoOmni()
  93    {
  94      //Destructor
  95      if (fDebug>0) Info("AliEMCALJetFinderAlgoOmni","Beginning Destructor");
  96      delete[] fUnit;
  97      delete[] fUnitNoCuts;
  98    }
  99
 100  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::SetJetFindingParameters
 101                                (Int_t numUnits, Float_t eSeed, Float_t coneRad, Float_t jetEMin, Float_t etMin,
 102                                Float_t minMove, Float_t maxMove, Float_t bgMaxMove)
 103    {
 104      //Sets parameters for the JetFinding algorithm
 105      if (fDebug>1) Info("SetJetFindingParameters","Setting parameters for JetFinding");
 106
 107      SetNumUnits(numUnits);
 108      SetJetESeed(eSeed);
 109      SetConeRad(coneRad);
 110      SetJetEMin(jetEMin);
 111      SetEtMin(etMin);
 112      SetMinMove(minMove);
 113      SetMaxMove(maxMove);
 114      SetBGMaxMove(bgMaxMove);
 115    }
 116
 117  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::SetJetFindingParameters
 118                                (Int_t numUnits, Float_t eSeed, Float_t coneRad, Float_t jetEMin, Float_t etMin)
 119    {
 120      //Sets fewer parameters for the JetFinding algorithm
 121      if (fDebug>1) Info("SetJetFindingParameters","Setting parameters for JetFinding");
 122
 123      SetNumUnits(numUnits);
 124      SetJetESeed(eSeed);
 125      SetConeRad(coneRad);
 126      SetJetEMin(jetEMin);
 127      SetEtMin(etMin);
 128      SetMinMove(fMinMove);
 129      SetMaxMove(fMaxMove);
 130      SetBGMaxMove(fBGMaxMove);
 131    }
 132
 133  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::InitUnitArray()
 134    {
 135      //Initialises unit arrays
 136      if(fArrayInitialised) delete[] fUnit;
 137      fUnit = new AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit[fNumUnits];
 138      fUnitNoCuts = new AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit[fNumUnits];
 139      fArrayInitialised = 1;
 140    }
 141
 142  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FillUnitArray(AliEMCALJetFinderAlgoUA1FillUnitFlagType_t flag)
 143    {
 144      if (fDebug>1) Info("FillUnitArray","Beginning FillUnitArray");
 145      //     AliEMCAL* pEMCAL = (AliEMCAL*) gAlice->GetModule("EMCAL");
 146
 147          //   if (pEMCAL){
 148          //          AliEMCALGeometry* geom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(pEMCAL->GetTitle(), "");
 149          //     }else
 150          //    {
 151      //AliEMCALGeometry* geom =  AliEMCALGeometry::GetInstance("EMCAL_5655_21", "");
 152      AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGetter::Instance()->EMCALGeometry() ;
 153        //    }
 154
 155      AliEMCALJetFinderAlgoUA1FillUnitFlagType_t option = flag;
 156      Int_t         numTracks, numDigits;
 157
 158      //Loops over all elements in the AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit array and
 159      //fills the objects with relevant values from the Data Input object
 160      if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","Filling array with Unit objects");
 161      if (fDebug>15) Info("FillUnitArray","NTracks %i NDigits %i",fInputPointer->GetNTracks(),fInputPointer->GetNDigits());
 162          numTracks = fInputPointer->GetNTracks();
 163          numDigits = fInputPointer->GetNDigits();
 164          TParticle         *myPart;
 165          AliEMCALDigit     *myDigit;
 166
 167          //Fill units with Track info if appropriate
 168          if(option==kFillTracksOnly || option ==kFillAll)
 169            {
 170             for(Int_t j=0; j<numTracks; j++)
 171             {
 172              myPart = fInputPointer->GetTrack(j);
 173              Float_t eta = myPart->Eta();
 174              Float_t  phi = myPart->Phi();
 175              Int_t towerID = geom->TowerIndexFromEtaPhi(eta,180.0/TMath::Pi()*phi);
 176              Float_t  pT = myPart->Pt();
 177              Float_t unitEnergy = fUnit[towerID-1].GetUnitEnergy();
 178              Float_t unitEnergyNoCuts = fUnitNoCuts[towerID-1].GetUnitEnergy();
 179
 180              /*
 181              //OLD WAY:              //Do Hadron Correction
 182               if(fHadCorr != 0)
 183                {
 184                  Double_t   fullP = myPart->P();
 185                  Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
 186                  unitEnergy -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 187                  fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy);
 188                } //end Hadron Correction loop
 189              */
 190
 191               //Do Hadron Correction with propagate phi for the track
 192               if(fHadCorr != 0)
 193                 {
 194                   Bool_t curl = 1;
 195                   Float_t deltaPhi;
 196                   TParticlePDG *pdg = myPart->GetPDG();
 197                   if(pdg->Charge() < 0)
 198                     {
 199                       deltaPhi = PropagatePhi(myPart->Pt(), -1.0, curl);
 200                     }
 201                   else{
 202                     deltaPhi = PropagatePhi(myPart->Pt(), 1.0, curl);
 203                   }
 204                   phi += deltaPhi;
 205                   //Get new tower id for cell that track would curve into
 206                   Int_t towerID2;
 207                   if(phi<(1.0/3.0)*TMath::Pi() || phi>TMath::Pi())
 208                     {
 209                       towerID2 = -1;
 210                     }
 211                   else{
 212                       towerID2 = geom->TowerIndexFromEtaPhi(eta,180.0/TMath::Pi()*phi);
 213                     }
 214
 215                   if(towerID2 != -1)
 216                     {
 217                       //Find unit energy of new tower
 218                       Float_t unitEnergy2 = fUnit[towerID2-1].GetUnitEnergy();
 219                       Float_t unitEnergy2NoCuts = fUnitNoCuts[towerID2-1].GetUnitEnergy();
 220                       Double_t   fullP = myPart->P();
 221                       Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
 222                       unitEnergy2 -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 223                       unitEnergy2NoCuts -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 224                       fUnit[towerID2-1].SetUnitEnergy(unitEnergy2);
 225                       fUnitNoCuts[towerID2-1].SetUnitEnergy(unitEnergy2NoCuts);
 226                     }//end if for towerID2
 227                 }//end Hadron Correction loop
 228
 229               fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts + pT);
 230              //Do Pt cut on tracks
 231              if(fPtCut != 0 && pT < fPtCut) continue;
 232
 233              fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy+pT);
 234
 235              }//end tracks loop
 236            }//end Tracks condition
 237
 238
 239          //Fill units with Digit info if appropriate
 240          if(option ==kFillDigitsOnly || option ==kFillAll)
 241            {
 242             for(Int_t k=0; k<numDigits; k++)
 243             {
 244              myDigit = fInputPointer->GetDigit(k);
 245              if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","getting digits %i %i numdigits",k,numDigits );
 246              Int_t towerID = myDigit->GetId();
 247              Int_t amplitude = myDigit->GetAmp();     //Gets the integer valued amplitude of the digit
 248              Float_t amp = (Float_t)amplitude;        //Need to typecast to Float_t before doing real energy conversion
 249              Float_t digitEnergy = amp/10000000.0;    //Factor of 10 million needed to convert!
 250              Float_t unitEnergy = fUnit[towerID-1].GetUnitEnergy() + digitEnergy;
 251              Float_t unitEnergyNoCuts = fUnitNoCuts[towerID-1].GetUnitEnergy() + digitEnergy;
 252              fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy);
 253              fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts);
 254             }//end digits loop
 255            }//end digits condition
 256
 257          //Set all unit flags, Eta, Phi
 258          for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 259            {
 260              if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","Setting all units outside jets");
 261              fUnit[i].SetUnitFlag(kOutJet);           //Set all units to be outside a jet initially
 262              fUnit[i].SetUnitID(i+1);
 263              Float_t eta;
 264              Float_t phi;
 265              geom->EtaPhiFromIndex(fUnit[i].GetUnitID(), eta, phi);
 266              fUnit[i].SetUnitEta(eta);
 267              fUnit[i].SetUnitPhi(phi*TMath::Pi()/180.0);
 268
 269              fUnitNoCuts[i].SetUnitFlag(kOutJet);           //Set all units to be outside a jet initially
 270              fUnitNoCuts[i].SetUnitID(i+1);
 271              eta = 0.0;
 272              phi = 0.0;
 273              geom->EtaPhiFromIndex(fUnitNoCuts[i].GetUnitID(), eta, phi);
 274              fUnitNoCuts[i].SetUnitEta(eta);
 275              fUnitNoCuts[i].SetUnitPhi(phi*TMath::Pi()/180.0);
 276              //      if(i>13000) cout<<"!!!!!!!!!!!!!!!!!For unit0, eta="<<eta<<" and phi="<<phi*TMath::Pi()/180.0<<" and ID="<<fUnit[i].GetUnitID()<<endl;
 277              //  if(fUnit[i].GetUnitEnergy()>0) cout<<"Unit ID "<<fUnit[i].GetUnitID() <<"with eta="<<eta<<" and phi="<<phi*TMath::Pi()/180.0<<" has energy="<<fUnit[i].GetUnitEnergy()<<endl;
 278            }//end loop over all units in array (same as all towers in EMCAL)
 279    }
 280
 281
 282  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::Sort(AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit *unit, Int_t length)
 283  {
 284    //Calls the recursive quicksort method to sort unit objects in decending order of Energy
 285    if (fDebug>1) Info("Sort","Sorting Unit objects");
 286    QS(unit, 0, length-1);
 287  }
 288
 289
 290  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::QS(AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit *unit, Int_t left, Int_t right)
 291  {
 292   //Sorts the AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit objects in decending order of Energy
 293    if (fDebug>111) Info("QS","QuickSorting Unit objects");
 294
 295    Int_t    i;
 296    Int_t    j;
 297    AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit  unitFirst;
 298    AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit  unitSecond;
 299
 300    i = left;
 301    j = right;
 302    unitFirst = unit[(left+right)/2];
 303
 304  do
 305   {
 306     while( (unit[i].GetUnitEnergy() > unitFirst.GetUnitEnergy()) && (i < right)) i++;
 307     while( (unitFirst.GetUnitEnergy() > unit[j].GetUnitEnergy()) && (j > left)) j--;
 308
 309     if(i <= j)
 310       {
 311         unitSecond = unit[i];
 312         unit[i] = unit[j];
 313         unit[j] = unitSecond;
 314         i++;
 315         j--;
 316       }//end if
 317   }while(i <= j);
 318
 319  if(left < j) QS(unit, left, j);
 320  if(i < right) QS(unit, i, right);
 321  }
 322
 323
 324  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindBG()
 325  {
 326    if(fBGType == kRatio) RatioBG();
 327    else if(fBGType == kCone) ConeBG();
 328    else if(fBGType == kConstant) ConstantBG();
 329  }
 330
 331  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::RatioBG()
 332    {
 333      //Finds the background energy for the iteration
 334      //using the Ratio method
 335      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 336      //Store BGEperCell from previous iteration!
 337      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 338      fEBGTotal          = 0.0;
 339      Int_t numCone      = 0;
 340
 341      //If user has not set fBGPar, set it to the default
 342      //for TPC = 90% efficiency, PtCut = 2GeV/c, timecut = 30ns
 343      if(fBGPar == -1) fBGPar = 0.4685;
 344
 345      //Loop over all unit objects in the Unit array and link to same
 346      //unit ID in NoCuts Unit array
 347      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 348        {
 349          if(fUnit[i].GetUnitFlag() != kInJet)
 350            {
 351              Int_t id = fUnit[i].GetUnitID();
 352              fEBGTotal += fUnitNoCuts[id-1].GetUnitEnergy();
 353            }
 354          else numCone++;
 355        }//end for
 356
 357      fEBGTotal *= fBGPar;
 358      fEBGAve = fEBGTotal / (fNumUnits - numCone);
 359      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 360
 361      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 362        {
 363          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 364        }//end for
 365    }
 366
 367  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::ConeBG()
 368    {
 369      //Finds the background energy for the iteration
 370      //using all energy not contained inside a jet
 371      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 372      //Store old value of BGEperCell!
 373      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 374      fEBGTotal          = 0.0;
 375      Int_t numCone      = 0;
 376
 377      //Loop over all unit objects in the array and sum the energy of those not in a jet
 378      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 379        {
 380          if(fUnit[i].GetUnitFlag() != kInJet)
 381            fEBGTotal += fUnit[i].GetUnitEnergy();
 382          else numCone++;
 383        }//end for
 384
 385      fEBGAve = fEBGTotal / (fNumUnits - numCone);
 386      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 387
 388      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 389        {
 390          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 391        }//end for
 392    }
 393
 394  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::ConstantBG()
 395    {
 396      //Finds the background energy for the iteration
 397      //using all energy not contained inside a jet
 398      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 399
 400      //If user has not set fBGPar, set it to the default
 401      //for TPC = 90% efficiency, PtCut = 2GeV/c, timecut = 30ns
 402      if(fBGPar == -1) fBGPar = 0.03378;
 403
 404      fEBGAve = fBGPar;
 405      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 406
 407      fEBGTotal          = 0.0;
 408      Int_t numCone      = 0;
 409      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 410        {
 411          if(fUnit[count].GetUnitFlag() == kInJet)
 412            {
 413              numCone++;
 414            }
 415          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 416        }//end for
 417      fEBGTotal = fEBGAve * (fNumUnits-numCone);
 418      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 419    }
 420
 421  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJetEtaPhi(Int_t counter)
 422    {
 423      //Finds the eta and phi of the jet axis
 424      if (fDebug>10) Info("FindJetEtaPhi","Finding Jet Eta and Phi");
 425
 426      fDEta = fUnit[counter].GetUnitEta() - fEtaInit;
 427      fDPhi = fUnit[counter].GetUnitPhi() - fPhiInit;
 428
 429      fEnergy = fUnit[counter].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 430      fJetEtaSum += fEnergy * fDEta;
 431      fJetPhiSum += fEnergy * fDPhi;
 432      fJetESum += fEnergy;
 433      fJetEta = fEtaInit + (fJetEtaSum / fJetESum);
 434      fJetPhi = fPhiInit + (fJetPhiSum / fJetESum);
 435    }
 436
 437
 438  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJetEnergy()
 439    {
 440      //Finds the energy of the jet after the final axis has been found
 441      if (fDebug>1) Info("FindJetEnergy","Finding Jet Energy");
 442
 443      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 444        {
 445          //Loop over all unit objects in the array and find if within cone radius
 446          Float_t dEta = fUnit[i].GetUnitEta() - fJetEta;
 447          Float_t dPhi = fUnit[i].GetUnitPhi() - fJetPhi;
 448          Float_t rad = TMath::Sqrt( (dEta*dEta) + (dPhi*dPhi) );
 449
 450          if(fUnit[i].GetUnitFlag()==kOutJet && rad<= fConeRad)
 451            {
 452              fUnit[i].SetUnitFlag(kInCurrentJet);
 453              Float_t energy = fUnit[i].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 454              fJetESum += energy;
 455              fJetEtaSum += energy * dEta;
 456              fJetPhiSum += energy * dPhi;
 457              fNumInCone++;                     //Increment the number of cells in the jet cone
 458            }//end if
 459        }//end for
 460    }
 461
 462
 463  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::StoreJetInfo()
 464    {
 465      //Stores the resulting jet information in appropriate storage structure (TO BE DECIDED!!!!)
 466      if (fDebug>1) Info("StoreJetInfo","Storing Jet Information");
 467
 468      //Store:
 469      //fJetESum is the final jet energy (background has been subtracted)
 470      //fJetEta is the final jet Eta
 471      //fJetPhi is the final jet Phi
 472      //fNumInCone is the final number of cells included in the jet cone
 473      //fEtaInit is the eta of the initiator cell
 474      //fPhiInit is the phi of the initiator cell
 475      fJet.SetEnergy(fJetESum);
 476      fJet.SetEta(fJetEta);
 477      fJet.SetPhi(fJetPhi);
 478
 479       cout<<"For iteration "<<fNumIter <<" and Jet number " <<fNumJets <<endl;
 480       cout<<"The jet energy is: " <<fJetESum <<endl;
 481       cout<<"The jet eta is ---->" <<fJetEta <<endl;
 482       cout<<"The jet phi is ---->" <<fJetPhi <<endl;
 483
 484      Int_t             numberTracks = fInputPointer->GetNTracks();
 485      TParticle         *myP;
 486      Int_t             numTracksInCone = 0;
 487
 488      for(Int_t counter=0; counter<numberTracks; counter++)
 489        {
 490         myP = fInputPointer->GetTrack(counter);
 491         Float_t eta = myP->Eta();
 492         Float_t phi = myP->Phi();
 493         Float_t deta = fJetEta-eta;
 494         Float_t dphi = fJetPhi -phi;
 495         Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
 496         if(rad<=fConeRad) numTracksInCone++;
 497        }//end for
 498
 499      Float_t    *pTArray = new Float_t[numTracksInCone];
 500      Float_t    *etaArray = new Float_t[numTracksInCone];
 501      Float_t    *phiArray = new Float_t[numTracksInCone];
 502      Int_t      *pdgArray = new Int_t[numTracksInCone];
 503      Int_t             index = 0;
 504
 505      for(Int_t counter2=0; counter2<numberTracks; counter2++)
 506        {
 507          myP = fInputPointer->GetTrack(counter2);
 508          Float_t eta = myP->Eta();
 509          Float_t phi = myP->Phi();
 510          Float_t deta = fJetEta-eta;
 511          Float_t dphi = fJetPhi -phi;
 512          Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
 513          if(rad<=fConeRad)
 514            {
 515              pTArray[index] = myP->Pt();
 516              etaArray[index] = eta;
 517              phiArray[index] = phi;
 518              pdgArray[index] = myP->GetPdgCode();
 519              index++;
 520            }//end if
 521        }//end for
 522
 523      fJet.SetTrackList(numTracksInCone,pTArray, etaArray, phiArray, pdgArray);
 524      fOutputObject.AddJet(&fJet);
 525      delete[] pTArray;
 526      delete[] etaArray;
 527      delete[] phiArray;
 528      delete[] pdgArray;
 529    }
 530
 531
 532  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJets()
 533    {
 534      //Runs the complete UA1 JetFinding algorithm to find jets!
 535      if (fDebug>1) Info("FindJets","Starting Jet Finding!!!");
 536
 537      //If the array of JetFinderUnit objects has not been initialised then initialise with default settings
 538      if(!fArrayInitialised)
 539       {
 540        InitUnitArray();
 541        FillUnitArray(kFillAll);
 542       }//end if
 543      if (fDebug>1) Info("FindJets","Unit array filled");
 544
 545      //Step 1. Sort the array in descending order of Energy
 546      Sort(fUnit,fNumUnits);
 547
 548      //Step 2. Set the number of iterations and Number of jets found to zero to start
 549      fNumIter = 0;
 550      fNumJets = 0;
 551
 552      //Step 3. Begin the iteration loop to find jets
 553      //Need to iterate the algorithm while number of iterations<2 OR number of iterations<10 AND
 554      //the value of the average background has changed more than specified amount
 555      //Min iterations = 2, Max iterations = 10
 556      //while(fNumIter<2 || (fNumIter <10 && ( (fEBGTotal-fEBGTotalOld)/fEBGTotal) > fBGMaxMove) )
 557
 558      while(fNumIter<2 || (fNumIter <10 && ( fEBGTotal-fEBGTotalOld) > fEBGTotal*fBGMaxMove) )
 559        {
 560         if (fDebug>1) Info("FindJets","Starting BIG iteration ---> %i",fNumIter);
 561
 562          //Step 4. Find the value of the average background energy
 563          FindBG();
 564          fOutputObject.Reset(kResetJets); //Reset output object to store info for new iteration
 565          fNumJets=0;
 566
 567          //Loop over the array of unit objects and flag those with energy below MinCellEt
 568          Int_t numbelow = 0;
 569          for(Int_t j=0; j<fNumUnits; j++)
 570            {
 571              if( (fUnit[j].GetUnitEnergy()-fEBGAve) < fEtMin)
 572                 {
 573                   //          fUnit[j].SetUnitFlag(kBelowMinEt);    TAKING OUT kBelow flag
 574                   numbelow++;
 575                 }//end if
 576            }//end for
 577          //cout<<"THERE WERE "<<numbelow<<" units with E <EtMin!!!!!!!!!!!!!!!"<<endl;
 578
 579          //Do quick check if there are no jets upfront
 580          // if(fUnit[0].GetUnitFlag() == kBelowMinEt)
 581          if( (fUnit[0].GetUnitEnergy()-fEBGAve) < fEtMin)
 582            {
 583             cout <<"There are no jets for this event!" <<endl;
 584             break;
 585            }//end if
 586
 587          //Step 5. Begin with the first jet candidate cell (JET SEED LOOP)
 588          if (fDebug>5) Info("FindJets","Beginning JET SEED LOOP");
 589          for(Int_t count=0; count<fNumUnits; count++)
 590            {
 591
 592 //CHECK CONDITION HERE _ NOT SURE IF SHOULD MAYBE BE: GetUnitEnergy()-fEBGAve >fESeed?????????????????????????????
 593              if(fUnit[count].GetUnitEnergy()>=fESeed && fUnit[count].GetUnitFlag()==kOutJet)
 594                {
 595                  fEnergy = fUnit[count].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 596                  fJetEta = fUnit[count].GetUnitEta();
 597                  fJetPhi = fUnit[count].GetUnitPhi();
 598                  Int_t seedID = fUnit[count].GetUnitID();
 599                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Inside first candidate jet seed loop for time : %i", count);
 600                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate energy %f ",fEnergy);
 601                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate eta %f ", fJetEta);
 602                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate phi %f ", fJetPhi);
 603                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate ID %i", seedID);
 604
 605                  fEtaInit = fJetEta;
 606                  fPhiInit = fJetPhi;
 607                  fEtaB = fJetEta;
 608                  fPhiB = fJetPhi;
 609                  fJetESum = 0.0;
 610                  fJetEtaSum = 0.0;
 611                  fJetPhiSum = 0.0;
 612
 613          //Step 6. Find Jet Eta and Phi
 614                  //Loop over all units in the array to find the ones in the jet cone and determine contrib to Jet eta, phi
 615                  do
 616                    {
 617                      for(Int_t count1=0; count1<fNumUnits; count1++)
 618                        {
 619                          if(fUnit[count1].GetUnitID() == seedID) continue;   //skip unit if the jetseed to avoid doublecounting
 620                          if(fUnit[count1].GetUnitFlag() == kOutJet)
 621                            {
 622                              fDEta = fUnit[count1].GetUnitEta() - fJetEta;
 623                              fDPhi = fUnit[count1].GetUnitPhi() - fJetPhi;
 624                              fRad = TMath::Sqrt( (fDEta*fDEta) + (fDPhi*fDPhi) );
 625                              if(fRad <= fConeRad)
 626                                {
 627                                  FindJetEtaPhi(count1);
 628                                }//end if
 629                            }//end if
 630                        }//end for (Jet Eta, Phi LOOP)
 631
 632                       //Find the distance cone centre moved from previous cone centre
 633                       if (fDebug>10) Info("FindJets","Checking if cone move small enough");
 634                       fDistP = TMath::Sqrt( ((fJetEta-fEtaB)*(fJetEta-fEtaB)) + ((fJetPhi-fPhiB)*(fJetPhi-fPhiB)) );
 635                       //     if(fDistP <= fMinMove) break;
 636
 637
 638                       //Find the distance cone centre is from initiator cell
 639                       if (fDebug>10) Info("FindJets","Checking if cone move too large");
 640                       fDistI = TMath::Sqrt( ((fJetEtaSum/fJetESum)*(fJetEtaSum/fJetESum)) + ((fJetPhiSum/fJetESum)*
 641                                                                                                     (fJetPhiSum/fJetESum)));
 642
 643                       if(fDistP>fMinMove && fDistI<fMaxMove)
 644                         {
 645                           fEtaB = fJetEta;
 646                           fPhiB = fJetPhi;
 647                         }//end if
 648
 649                    }while(fDistP>fMinMove && fDistI<fMaxMove);
 650
 651                  fJetEta = fEtaB;
 652                  fJetPhi = fPhiB;
 653
 654
 655        //Step 7. Find the Jet Energy
 656                  if (fDebug>1) Info("FindJets","Looking for Jet energy");
 657                  fJetESum = 0.0;
 658                  fJetEtaSum = 0.0;
 659                  fJetPhiSum = 0.0;
 660                  fNumInCone = 0;
 661                  FindJetEnergy();
 662
 663                  //cout<<"Number of cells in jet cone is: "<<fNumInCone<<endl;
 664
 665        //Step 8. Check if the jet is a valid jet
 666                  //Check if cluster energy is above Min allowed to be a jet
 667 //DID NOT DO THE COSH COMPARISON HERE -> NEED TO CHECK WHICH COMPARISON IS BEST!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 668                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Checking cluster is valid jet");
 669                  if(fJetESum < fJetEMin)
 670                    {
 671                      for(Int_t count2=0; count2<fNumUnits; count2++)
 672                        {
 673                          if(fUnit[count2].GetUnitFlag()==kInCurrentJet || fUnit[count2].GetUnitFlag()==kOutJet)
 674                            fUnit[count2].SetUnitFlag(kOutJet);
 675                        }//end for
 676                    if (fDebug>10) Info("FindJets","NOT a valid jet cell");
 677                   }else
 678                     {
 679                      for(Int_t count2=0; count2<fNumUnits; count2++)
 680                        {
 681                          if(fUnit[count2].GetUnitFlag()==kInCurrentJet)
 682                            {
 683                              //      cout<<"Setting unit #"<<count2 <<" to be officially in a jet!"<<endl;
 684                            fUnit[count2].SetUnitFlag(kInJet);
 685                            }
 686                        }//end for
 687
 688  //NEED TO CHECK FINAL WEIRD ITERATION OF ETA AND PHI CHANGES!!!!!!!!!
 689                      //  fJetPhi += fJetPhiSum/fJetESum;        //CHECK!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 690                      //  fJetEta += fJetEtaSum/fJetESum;        //CHECK!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 691
 692                      fNumJets++;              //Incrementing number of jets found
 693                      StoreJetInfo();          //Storing jet info
 694
 695                  }//end if (check cluster above Min Jet Energy)
 696                }//end if (Jet Seed condition)
 697            }//end (JET SEED LOOP)
 698
 699 if (fDebug>5) Info("FindJets","End of BIG iteration number %i",fNumIter);
 700 // this->Dump();
 701          fNumIter++;
 702        }//end 10 iteration WHILE LOOP
 703  }
 704
 705
 706
 707
 708
 709
 710
 711
 712
 713
 714