EMCAL/AliEMCALJetFinderAlgoOmni.cxx

   1
   2 //THIS Also includes summing ALL cells in the jetcone towards the jet energy NOT just those above threshold!!!!!
   3
   4
   5 /**************************************************************************
   6  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   7  *                                                                        *
   8  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   9  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
  10  *                                                                        *
  11  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
  12  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
  13  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  14  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  15  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  16  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  17  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  18  **************************************************************************/
  19
  20 /*
  21
  22 $Log$
  23 Revision 1.6  2003/10/28 13:54:30  schutz
  24 Compilation warnings fixed
  25
  26 Revision 1.5  2003/09/23 13:31:41  mhorner
  27 Changed coordinate system
  28
  29 Revision 1.4  2003/09/19 13:16:20  mhorner
  30 Added additional jet energy info
  31
  32
  33 Revision 1.3  2003/09/04 12:49:56  mhorner
  34 Changed hadron correction and added saving EMCAL and track contributions
  35
  36 */
  37
  38
  39 //*--Author: Sarah Blyth (LBL)
  40 //*--Based on UA1 jet algorithm from LUND JETSET called from EMC-erj
  41
  42 #include "TTask.h"
  43 #include "AliEMCALJetFinderInput.h"
  44 #include "AliEMCALJetFinderOutput.h"
  45 #include "AliEMCALJetFinderAlgo.h"
  46 #include "AliEMCALJetFinderAlgoOmni.h"
  47 #include "AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit.h"
  48 #include "AliEMCALGeometry.h"
  49 #include "AliEMCAL.h"
  50 #include "AliEMCALDigit.h"
  51 #include "TParticle.h"
  52 #include "AliRun.h"
  53 #include "AliEMCALJet.h"
  54 #include "TMath.h"
  55
  56
  57 ClassImp(AliEMCALJetFinderAlgoOmni)
  58
  59   AliEMCALJetFinderAlgoOmni::AliEMCALJetFinderAlgoOmni()
  60 {
  61   //Default constructor
  62 if (fDebug>0) Info("AliEMCALJetFinderAlgoOmni","Beginning Default Constructor");
  63
  64   fNumIter           = 0;
  65   fNumUnits          = 13824;     //Number of towers in EMCAL
  66   fESeed             = 5.0;       //Default value
  67   fConeRad           = 0.3;       //Default value
  68   fJetEMin           = 10.0;      //Default value
  69   fEtMin             = 0.0;      //Default value
  70   fMinMove           = 0.05;      //From original UA1 JetFinder
  71   fMaxMove           = 0.15;      //From original UA1 JetFinder
  72   fBGMaxMove         = 0.035;     //From original UA1 JetFinder
  73   fPtCut             = 0;
  74   fHadCorr           = 0;
  75   fEBGTotal          = 1.0;       //Set to 1 so that no div by zero in first FindJets() loop
  76   fEBGTotalOld       = 0.0;
  77   fEBGAve            = 0.0;
  78   fEnergy            = 0.0;
  79   fJetEta            = 0.0;
  80   fJetPhi            = 0.0;
  81   fEtaInit           = 0.0;
  82   fPhiInit           = 0.0;
  83   fEtaB              = 0.0;
  84   fPhiB              = 0.0;
  85   fJetESum           = 0.0;
  86   fJetEtaSum         = 0.0;
  87   fJetPhiSum         = 0.0;
  88   fDEta              = 0.0;
  89   fDPhi              = 0.0;
  90   fDistP             = 0.0;
  91   fDistI             = 0.0;
  92   fTempE             = 0.0;
  93   fRad               = 2.0;      //Set to 2 to start
  94   fNumInCone         = 0;
  95   fNumJets           = 0;
  96   fArrayInitialised  = 0;        //Set to FALSE to start
  97   fBGType            = kRatio;   //Set Ratio method as default BG subtraction method
  98   fBGPar             = -1.0;      //Set to 1 to start
  99 }
 100
 101  AliEMCALJetFinderAlgoOmni::~AliEMCALJetFinderAlgoOmni()
 102    {
 103      //Destructor
 104      if (fDebug>0) Info("AliEMCALJetFinderAlgoOmni","Beginning Destructor");
 105      delete[] fUnit;
 106      delete[] fUnitNoCuts;
 107    }
 108
 109  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::SetJetFindingParameters
 110                                (Int_t numUnits, Float_t eSeed, Float_t coneRad, Float_t jetEMin, Float_t etMin,
 111                                Float_t minMove, Float_t maxMove, Float_t bgMaxMove)
 112    {
 113      //Sets parameters for the JetFinding algorithm
 114      if (fDebug>1) Info("SetJetFindingParameters","Setting parameters for JetFinding");
 115
 116      SetNumUnits(numUnits);
 117      SetJetESeed(eSeed);
 118      SetConeRad(coneRad);
 119      SetJetEMin(jetEMin);
 120      SetEtMin(etMin);
 121      SetMinMove(minMove);
 122      SetMaxMove(maxMove);
 123      SetBGMaxMove(bgMaxMove);
 124    }
 125
 126  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::SetJetFindingParameters
 127                                (Int_t numUnits, Float_t eSeed, Float_t coneRad, Float_t jetEMin, Float_t etMin)
 128    {
 129      //Sets fewer parameters for the JetFinding algorithm
 130      if (fDebug>1) Info("SetJetFindingParameters","Setting parameters for JetFinding");
 131
 132      SetNumUnits(numUnits);
 133      SetJetESeed(eSeed);
 134      SetConeRad(coneRad);
 135      SetJetEMin(jetEMin);
 136      SetEtMin(etMin);
 137      SetMinMove(fMinMove);
 138      SetMaxMove(fMaxMove);
 139      SetBGMaxMove(fBGMaxMove);
 140    }
 141
 142  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::InitUnitArray()
 143    {
 144      //Initialises unit arrays
 145      if(fArrayInitialised) delete[] fUnit;
 146      fUnit = new AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit[fNumUnits];
 147      fUnitNoCuts = new AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit[fNumUnits];
 148      fArrayInitialised = 1;
 149    }
 150
 151  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FillUnitArray(AliEMCALJetFinderAlgoUA1FillUnitFlagType_t flag)
 152    {
 153            // Fill the unit array
 154      if (fDebug>1) Info("FillUnitArray","Beginning FillUnitArray");
 155          //    AliEMCAL* pEMCAL = (AliEMCAL*) gAlice->GetModule("EMCAL");
 156          //   if (pEMCAL){
 157          //          AliEMCALGeometry* geom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(pEMCAL->GetTitle(), "");
 158          //     }else
 159          //    {
 160      AliEMCALGeometry* geom =  AliEMCALGeometry::GetInstance("EMCAL_5655_21", "");
 161         //    }
 162
 163      AliEMCALJetFinderAlgoUA1FillUnitFlagType_t option = flag;
 164      Int_t         numTracks, numDigits;
 165
 166      //Loops over all elements in the AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit array and
 167      //fills the objects with relevant values from the Data Input object
 168      if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","Filling array with Unit objects");
 169      if (fDebug>15) Info("FillUnitArray","NTracks %i NDigits %i",fInputPointer->GetNTracks(),fInputPointer->GetNDigits());
 170          numTracks = fInputPointer->GetNTracks();
 171          numDigits = fInputPointer->GetNDigits();
 172          TParticle         *myPart;
 173          AliEMCALDigit     *myDigit;
 174
 175          //Fill units with Track info if appropriate
 176          if(option==kFillTracksOnly || option ==kFillAll)
 177            {
 178             for(Int_t j=0; j<numTracks; j++)
 179             {
 180              myPart = fInputPointer->GetTrack(j);
 181              Float_t eta = myPart->Eta();
 182              Float_t  phi = myPart->Phi();
 183              Int_t towerID = geom->TowerIndexFromEtaPhi(eta,180.0/TMath::Pi()*phi);
 184              Float_t  pT = myPart->Pt();
 185              Float_t unitEnergy = fUnit[towerID-1].GetUnitEnergy();
 186              Float_t unitEnergyNoCuts = fUnitNoCuts[towerID-1].GetUnitEnergy();
 187
 188
 189              //OLD WAY:   //Do Hadron Correction
 190               if(fHadCorr != 0)
 191                {
 192                  Double_t   fullP = myPart->P();
 193                  Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
 194                  unitEnergy -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 195                  unitEnergyNoCuts -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 196                  fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy);
 197                  fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts);
 198                } //end Hadron Correction loop
 199
 200
 201              /*
 202               //Do Hadron Correction with propagate phi for the track
 203               if(fHadCorr != 0)
 204                 {
 205                   Bool_t curl = 1;
 206                   Float_t deltaPhi;
 207                   TParticlePDG *pdg = myPart->GetPDG();
 208                   if(pdg->Charge() < 0)
 209                     {
 210                       deltaPhi = PropagatePhi(myPart->Pt(), -1.0, curl);
 211                     }
 212                   else{
 213                     deltaPhi = PropagatePhi(myPart->Pt(), 1.0, curl);
 214                   }
 215                   phi += deltaPhi;
 216                   //Get new tower id for cell that track would curve into
 217                   Int_t towerID2;
 218                   if(phi>(TMath::Pi()/180.0)*geom->GetArm1PhiMax() || phi<(TMath::Pi()/180.0)*geom->GetArm1PhiMin())
 219                     {
 220                       towerID2 = -1;
 221                     }
 222                   else{
 223                       towerID2 = geom->TowerIndexFromEtaPhi(eta,180.0/TMath::Pi()*phi);
 224                     }
 225
 226                   if(towerID2 != -1)
 227                     {
 228                       //Find unit energy of new tower
 229                       Float_t unitEnergy2 = fUnit[towerID2-1].GetUnitEnergy();
 230                       Float_t unitEnergy2NoCuts = fUnitNoCuts[towerID2-1].GetUnitEnergy();
 231                       Double_t   fullP = myPart->P();
 232                       Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
 233                       unitEnergy2 -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 234                       unitEnergy2NoCuts -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 235                       fUnit[towerID2-1].SetUnitEnergy(unitEnergy2);
 236                       fUnitNoCuts[towerID2-1].SetUnitEnergy(unitEnergy2NoCuts);
 237                     }//end if for towerID2
 238                 }//end Hadron Correction loop
 239              */
 240
 241               fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts + pT);
 242              //Do Pt cut on tracks
 243              if(fPtCut != 0 && pT < fPtCut) continue;
 244
 245              fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy+pT);
 246
 247              }//end tracks loop
 248            }//end Tracks condition
 249
 250
 251          //Fill units with Digit info if appropriate
 252          if(option ==kFillDigitsOnly || option ==kFillAll)
 253            {
 254             for(Int_t k=0; k<numDigits; k++)
 255             {
 256              myDigit = fInputPointer->GetDigit(k);
 257              if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","getting digits %i %i numdigits",k,numDigits );
 258              Int_t towerID = myDigit->GetId();
 259              Int_t amplitude = myDigit->GetAmp();     //Gets the integer valued amplitude of the digit
 260              Float_t amp = (Float_t)amplitude;        //Need to typecast to Float_t before doing real energy conversion
 261              Float_t digitEnergy = amp/10000000.0;    //Factor of 10 million needed to convert!
 262              Float_t unitEnergy = fUnit[towerID-1].GetUnitEnergy() + digitEnergy;
 263              Float_t unitEnergyNoCuts = fUnitNoCuts[towerID-1].GetUnitEnergy() + digitEnergy;
 264              fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy);
 265              fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts);
 266             }//end digits loop
 267            }//end digits condition
 268
 269          //Set all unit flags, Eta, Phi
 270          for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 271            {
 272              if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","Setting all units outside jets");
 273              //Set all units to be outside a jet initially
 274              fUnit[i].SetUnitFlag(kOutJet);
 275              fUnit[i].SetUnitID(i+1);
 276              Float_t eta;
 277              Float_t phi;
 278              geom->EtaPhiFromIndex(fUnit[i].GetUnitID(), eta, phi);
 279              fUnit[i].SetUnitEta(eta);
 280              fUnit[i].SetUnitPhi(phi*TMath::Pi()/180.0);
 281              //Set all units to be outside a jet initially
 282              fUnitNoCuts[i].SetUnitFlag(kOutJet);
 283              fUnitNoCuts[i].SetUnitID(i+1);
 284              eta = 0.0;
 285              phi = 0.0;
 286              geom->EtaPhiFromIndex(fUnitNoCuts[i].GetUnitID(), eta, phi);
 287              fUnitNoCuts[i].SetUnitEta(eta);
 288              fUnitNoCuts[i].SetUnitPhi(phi*TMath::Pi()/180.0);
 289              //      if(i>13000) cout<<"!!!!!!!!!!!!!!!!!For unit0, eta="<<eta<<" and phi="<<phi*TMath::Pi()/180.0<<" and ID="<<fUnit[i].GetUnitID()<<endl;
 290              //  if(fUnit[i].GetUnitEnergy()>0) cout<<"Unit ID "<<fUnit[i].GetUnitID() <<"with eta="<<eta<<" and phi="<<phi*TMath::Pi()/180.0<<" has energy="<<fUnit[i].GetUnitEnergy()<<endl;
 291            }//end loop over all units in array (same as all towers in EMCAL)
 292    }
 293
 294
 295  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::Sort(AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit *unit, Int_t length)
 296  {
 297    //Calls the recursive quicksort method to sort unit objects in decending order of Energy
 298    if (fDebug>1) Info("Sort","Sorting Unit objects");
 299    QS(unit, 0, length-1);
 300  }
 301
 302
 303  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::QS(AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit *unit, Int_t left, Int_t right)
 304  {
 305   //Sorts the AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit objects in decending order of Energy
 306    if (fDebug>111) Info("QS","QuickSorting Unit objects");
 307
 308    Int_t    i;
 309    Int_t    j;
 310    AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit  unitFirst;
 311    AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit  unitSecond;
 312
 313    i = left;
 314    j = right;
 315    unitFirst = unit[(left+right)/2];
 316
 317  do
 318   {
 319     while( (unit[i].GetUnitEnergy() > unitFirst.GetUnitEnergy()) && (i < right)) i++;
 320     while( (unitFirst.GetUnitEnergy() > unit[j].GetUnitEnergy()) && (j > left)) j--;
 321
 322     if(i <= j)
 323       {
 324         unitSecond = unit[i];
 325         unit[i] = unit[j];
 326         unit[j] = unitSecond;
 327         i++;
 328         j--;
 329       }//end if
 330   }while(i <= j);
 331
 332  if(left < j) QS(unit, left, j);
 333  if(i < right) QS(unit, i, right);
 334  }
 335
 336
 337  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindBG()
 338  {
 339    if(fBGType == kRatio) RatioBG();
 340    else if(fBGType == kCone) ConeBG();
 341    else if(fBGType == kConstant) ConstantBG();
 342  }
 343
 344  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::RatioBG()
 345    {
 346      //Finds the background energy for the iteration
 347      //using the Ratio method
 348      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 349      //Store BGEperCell from previous iteration!
 350      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 351      fEBGTotal          = 0.0;
 352      Int_t numCone      = 0;
 353
 354      //If user has not set fBGPar, set it to the default
 355      //for TPC = 90% efficiency, PtCut = 2GeV/c, timecut = 30ns
 356      if(fBGPar == -1) fBGPar = 0.4685;
 357
 358      //Loop over all unit objects in the Unit array and link to same
 359      //unit ID in NoCuts Unit array
 360      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 361        {
 362          if(fUnit[i].GetUnitFlag() != kInJet)
 363            {
 364              Int_t id = fUnit[i].GetUnitID();
 365              fEBGTotal += fUnitNoCuts[id-1].GetUnitEnergy();
 366            }
 367          else numCone++;
 368        }//end for
 369
 370      fEBGTotal *= fBGPar;
 371      fEBGAve = fEBGTotal / (fNumUnits - numCone);
 372      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 373
 374      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 375        {
 376          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 377        }//end for
 378    }
 379
 380  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::ConeBG()
 381    {
 382      //Finds the background energy for the iteration
 383      //using all energy not contained inside a jet
 384      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 385      //Store old value of BGEperCell!
 386      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 387      fEBGTotal          = 0.0;
 388      Int_t numCone      = 0;
 389
 390      //Loop over all unit objects in the array and sum the energy of those not in a jet
 391      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 392        {
 393          if(fUnit[i].GetUnitFlag() != kInJet)
 394            fEBGTotal += fUnit[i].GetUnitEnergy();
 395          else numCone++;
 396        }//end for
 397
 398      fEBGAve = fEBGTotal / (fNumUnits - numCone);
 399      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 400
 401      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 402        {
 403          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 404        }//end for
 405    }
 406
 407  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::ConstantBG()
 408    {
 409      //Finds the background energy for the iteration
 410      //using all energy not contained inside a jet
 411      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 412
 413      //If user has not set fBGPar, set it to the default
 414      //for TPC = 90% efficiency, PtCut = 2GeV/c, timecut = 30ns
 415      if(fBGPar == -1) fBGPar = 0.03378;
 416
 417      fEBGAve = fBGPar;
 418      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 419
 420      fEBGTotal          = 0.0;
 421      Int_t numCone      = 0;
 422      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 423        {
 424          if(fUnit[count].GetUnitFlag() == kInJet)
 425            {
 426              numCone++;
 427            }
 428          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 429        }//end for
 430      fEBGTotal = fEBGAve * (fNumUnits-numCone);
 431      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 432    }
 433
 434  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJetEtaPhi(Int_t counter)
 435    {
 436      //Finds the eta and phi of the jet axis
 437      if (fDebug>10) Info("FindJetEtaPhi","Finding Jet Eta and Phi");
 438
 439      fDEta = fUnit[counter].GetUnitEta() - fEtaInit;
 440      fDPhi = fUnit[counter].GetUnitPhi() - fPhiInit;
 441
 442      fEnergy = fUnit[counter].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 443      fJetEtaSum += fEnergy * fDEta;
 444      fJetPhiSum += fEnergy * fDPhi;
 445      fJetESum += fEnergy;
 446      fJetEta = fEtaInit + (fJetEtaSum / fJetESum);
 447      fJetPhi = fPhiInit + (fJetPhiSum / fJetESum);
 448    }
 449
 450
 451  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJetEnergy()
 452    {
 453      //Finds the energy of the jet after the final axis has been found
 454      if (fDebug>1) Info("FindJetEnergy","Finding Jet Energy");
 455
 456      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 457        {
 458          //Loop over all unit objects in the array and find if within cone radius
 459          Float_t dEta = fUnit[i].GetUnitEta() - fJetEta;
 460          Float_t dPhi = fUnit[i].GetUnitPhi() - fJetPhi;
 461          Float_t rad = TMath::Sqrt( (dEta*dEta) + (dPhi*dPhi) );
 462
 463          if(fUnit[i].GetUnitFlag()==kOutJet && rad<= fConeRad)
 464            {
 465              fUnit[i].SetUnitFlag(kInCurrentJet);
 466              Float_t energy = fUnit[i].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 467              fJetESum += energy;
 468              fJetEtaSum += energy * dEta;
 469              fJetPhiSum += energy * dPhi;
 470              fNumInCone++;                     //Increment the number of cells in the jet cone
 471            }//end if
 472        }//end for
 473    }
 474
 475
 476  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::StoreJetInfo()
 477    {
 478      //Stores the resulting jet information in appropriate storage structure (TO BE DECIDED!!!!)
 479      if (fDebug>1) Info("StoreJetInfo","Storing Jet Information");
 480      AliEMCALGeometry* geom =  AliEMCALGeometry::GetInstance("EMCAL_5655_21", "");
 481      //Store:
 482      //fJetESum is the final jet energy (background has been subtracted)
 483      //fJetEta is the final jet Eta
 484      //fJetPhi is the final jet Phi
 485      //fNumInCone is the final number of cells included in the jet cone
 486      //fEtaInit is the eta of the initiator cell
 487      //fPhiInit is the phi of the initiator cell
 488      fJet.SetEnergy(fJetESum);
 489      fJet.SetEta(fJetEta);
 490      fJet.SetPhi(fJetPhi);
 491
 492       cout<<"For iteration "<<fNumIter <<" and Jet number " <<fNumJets <<endl;
 493       cout<<"The jet energy is: " <<fJetESum <<endl;
 494       cout<<"The jet eta is ---->" <<fJetEta <<endl;
 495       cout<<"The jet phi is ---->" <<fJetPhi <<endl;
 496
 497      Int_t             numberTracks = fInputPointer->GetNTracks();
 498      Int_t             numberDigits = fInputPointer->GetNDigits();
 499      AliEMCALDigit     *myD;
 500      TParticle         *myP;
 501      Int_t             numTracksInCone = 0;
 502      Float_t           trackEnergy = 0.0;
 503      Float_t           trackEnergyPtCut =0.0;
 504      Float_t           emcalEnergy = 0.0;
 505      Float_t           emcalEnergyBGSub = 0.0;
 506
 507      for(Int_t counter=0; counter<numberTracks; counter++)
 508        {
 509         myP = fInputPointer->GetTrack(counter);
 510         Float_t eta = myP->Eta();
 511         Float_t phi = myP->Phi();
 512         Float_t deta = fJetEta-eta;
 513         Float_t dphi = fJetPhi -phi;
 514         Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
 515         if(rad<=fConeRad) numTracksInCone++;
 516        }//end for
 517
 518      Float_t    *pTArray = new Float_t[numTracksInCone];
 519      Float_t    *etaArray = new Float_t[numTracksInCone];
 520      Float_t    *phiArray = new Float_t[numTracksInCone];
 521      Int_t      *pdgArray = new Int_t[numTracksInCone];
 522      Int_t             index = 0;
 523
 524      for(Int_t counter2=0; counter2<numberTracks; counter2++)
 525        {
 526          myP = fInputPointer->GetTrack(counter2);
 527          Float_t eta = myP->Eta();
 528          Float_t phi = myP->Phi();
 529          Float_t deta = fJetEta-eta;
 530          Float_t dphi = fJetPhi -phi;
 531          Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
 532          if(rad<=fConeRad)
 533            {
 534              pTArray[index] = myP->Pt();
 535              //Calculate track contribution within jetcone
 536              trackEnergy += myP->Pt();
 537              if(myP->Pt() >= fPtCut) trackEnergyPtCut += myP->Pt();
 538              etaArray[index] = eta;
 539              phiArray[index] = phi;
 540              pdgArray[index] = myP->GetPdgCode();
 541              index++;
 542              if(fHadCorr != 0)
 543              {
 544                      Double_t   fullP = myP->P();
 545                      Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
 546                      emcalEnergy -= hCEnergy*TMath::Sin(myP->Theta());
 547                      emcalEnergyBGSub -= hCEnergy*TMath::Sin(myP->Theta());
 548              } //end Hadron Correction loop
 549
 550            }//end if
 551        }//end for
 552
 553      //Loop over digits to find EMCal contribution within jetcone
 554      for(Int_t counter3=0; counter3<numberDigits; counter3++)
 555        {
 556          myD = fInputPointer->GetDigit(counter3);
 557          //GET DIGIT ETA, PHI so that can check if inside R!
 558          Float_t eta = 0.0;
 559          Float_t phi = 0.0;
 560          Int_t iID = myD->GetId();
 561          geom->EtaPhiFromIndex(iID, eta, phi);
 562          Float_t deta = fJetEta-eta;
 563          Float_t dphi = fJetPhi -(TMath::Pi()/180.0)*phi;
 564          Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
 565          if(rad<=fConeRad)
 566            {
 567          Int_t amplitude = myD->GetAmp();     //Gets the integer valued amplitude of the digit
 568          Float_t amp = (Float_t)amplitude;        //Need to typecast to Float_t before doing real energy conversion
 569          Float_t digitEnergy = amp/10000000.0;    //Factor of 10 million needed to convert!
 570          emcalEnergy += digitEnergy;
 571          emcalEnergyBGSub += (digitEnergy - fEBGAve);
 572            }//end if
 573        }//end count3 for
 574
 575      //Save in JET object
 576      fJet.SetTrackList(numTracksInCone,pTArray, etaArray, phiArray, pdgArray);
 577      fJet.SetEMCALEnergy(emcalEnergy);
 578      fJet.SetEMCALEnergyBGSub(emcalEnergyBGSub);
 579      fJet.SetTrackEnergy(trackEnergy);
 580      fJet.SetTrackEnergyPtCut(trackEnergyPtCut);
 581      fOutputObject.AddJet(&fJet);
 582      delete[] pTArray;
 583      delete[] etaArray;
 584      delete[] phiArray;
 585      delete[] pdgArray;
 586    }
 587
 588
 589  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJets()
 590    {
 591      //Runs the complete UA1 JetFinding algorithm to find jets!
 592      if (fDebug>1) Info("FindJets","Starting Jet Finding!!!");
 593
 594      //If the array of JetFinderUnit objects has not been initialised then initialise with default settings
 595      if(!fArrayInitialised)
 596       {
 597        InitUnitArray();
 598        FillUnitArray(kFillAll);
 599       }//end if
 600      if (fDebug>1) Info("FindJets","Unit array filled");
 601
 602      //Step 1. Sort the array in descending order of Energy
 603      Sort(fUnit,fNumUnits);
 604
 605      //Step 2. Set the number of iterations and Number of jets found to zero to start
 606      fNumIter = 0;
 607      fNumJets = 0;
 608
 609      //Step 3. Begin the iteration loop to find jets
 610      //Need to iterate the algorithm while number of iterations<2 OR number of iterations<10 AND
 611      //the value of the average background has changed more than specified amount
 612      //Min iterations = 2, Max iterations = 10
 613      //while(fNumIter<2 || (fNumIter <10 && ( (fEBGTotal-fEBGTotalOld)/fEBGTotal) > fBGMaxMove) )
 614
 615      while(fNumIter<2 || (fNumIter <10 && ( fEBGTotal-fEBGTotalOld) > fEBGTotal*fBGMaxMove) )
 616        {
 617         if (fDebug>1) Info("FindJets","Starting BIG iteration ---> %i",fNumIter);
 618
 619          //Step 4. Find the value of the average background energy
 620          FindBG();
 621          fOutputObject.Reset(kResetJets); //Reset output object to store info for new iteration
 622          fNumJets=0;
 623
 624          //Loop over the array of unit objects and flag those with energy below MinCellEt
 625          Int_t numbelow = 0;
 626          for(Int_t j=0; j<fNumUnits; j++)
 627            {
 628              if( (fUnit[j].GetUnitEnergy()-fEBGAve) < fEtMin)
 629                 {
 630                   //          fUnit[j].SetUnitFlag(kBelowMinEt);    TAKING OUT kBelow flag
 631                   numbelow++;
 632                 }//end if
 633            }//end for
 634          //cout<<"THERE WERE "<<numbelow<<" units with E <EtMin!!!!!!!!!!!!!!!"<<endl;
 635
 636          //Do quick check if there are no jets upfront
 637          // if(fUnit[0].GetUnitFlag() == kBelowMinEt)
 638          if( (fUnit[0].GetUnitEnergy()-fEBGAve) < fEtMin)
 639            {
 640             cout <<"There are no jets for this event!" <<endl;
 641             break;
 642            }//end if
 643
 644          //Step 5. Begin with the first jet candidate cell (JET SEED LOOP)
 645          if (fDebug>5) Info("FindJets","Beginning JET SEED LOOP");
 646          for(Int_t count=0; count<fNumUnits; count++)
 647            {
 648
 649 //CHECK CONDITION HERE _ NOT SURE IF SHOULD MAYBE BE: GetUnitEnergy()-fEBGAve >fESeed?????????????????????????????
 650              if(fUnit[count].GetUnitEnergy()>=fESeed && fUnit[count].GetUnitFlag()==kOutJet)
 651                {
 652                  fEnergy = fUnit[count].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 653                  fJetEta = fUnit[count].GetUnitEta();
 654                  fJetPhi = fUnit[count].GetUnitPhi();
 655                  Int_t seedID = fUnit[count].GetUnitID();
 656                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Inside first candidate jet seed loop for time : %i", count);
 657                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate energy %f ",fEnergy);
 658                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate eta %f ", fJetEta);
 659                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate phi %f ", fJetPhi);
 660                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate ID %i", seedID);
 661
 662                  fEtaInit = fJetEta;
 663                  fPhiInit = fJetPhi;
 664                  fEtaB = fJetEta;
 665                  fPhiB = fJetPhi;
 666                  fJetESum = 0.0;
 667                  fJetEtaSum = 0.0;
 668                  fJetPhiSum = 0.0;
 669
 670          //Step 6. Find Jet Eta and Phi
 671                  //Loop over all units in the array to find the ones in the jet cone and determine contrib to Jet eta, phi
 672                  do
 673                    {
 674                      for(Int_t count1=0; count1<fNumUnits; count1++)
 675                        {
 676                          if(fUnit[count1].GetUnitID() == seedID) continue;   //skip unit if the jetseed to avoid doublecounting
 677                          if(fUnit[count1].GetUnitFlag() == kOutJet)
 678                            {
 679                              fDEta = fUnit[count1].GetUnitEta() - fJetEta;
 680                              fDPhi = fUnit[count1].GetUnitPhi() - fJetPhi;
 681                              fRad = TMath::Sqrt( (fDEta*fDEta) + (fDPhi*fDPhi) );
 682                              if(fRad <= fConeRad)
 683                                {
 684                                  FindJetEtaPhi(count1);
 685                                }//end if
 686                            }//end if
 687                        }//end for (Jet Eta, Phi LOOP)
 688
 689                       //Find the distance cone centre moved from previous cone centre
 690                       if (fDebug>10) Info("FindJets","Checking if cone move small enough");
 691                       fDistP = TMath::Sqrt( ((fJetEta-fEtaB)*(fJetEta-fEtaB)) + ((fJetPhi-fPhiB)*(fJetPhi-fPhiB)) );
 692                       //     if(fDistP <= fMinMove) break;
 693
 694
 695                       //Find the distance cone centre is from initiator cell
 696                       if (fDebug>10) Info("FindJets","Checking if cone move too large");
 697                       fDistI = TMath::Sqrt( ((fJetEtaSum/fJetESum)*(fJetEtaSum/fJetESum)) + ((fJetPhiSum/fJetESum)*
 698                                                                                                     (fJetPhiSum/fJetESum)));
 699
 700                       if(fDistP>fMinMove && fDistI<fMaxMove)
 701                         {
 702                           fEtaB = fJetEta;
 703                           fPhiB = fJetPhi;
 704                         }//end if
 705
 706                    }while(fDistP>fMinMove && fDistI<fMaxMove);
 707
 708                  fJetEta = fEtaB;
 709                  fJetPhi = fPhiB;
 710
 711
 712        //Step 7. Find the Jet Energy
 713                  if (fDebug>1) Info("FindJets","Looking for Jet energy");
 714                  fJetESum = 0.0;
 715                  fJetEtaSum = 0.0;
 716                  fJetPhiSum = 0.0;
 717                  fNumInCone = 0;
 718                  FindJetEnergy();
 719
 720                  //cout<<"Number of cells in jet cone is: "<<fNumInCone<<endl;
 721
 722        //Step 8. Check if the jet is a valid jet
 723                  //Check if cluster energy is above Min allowed to be a jet
 724 //DID NOT DO THE COSH COMPARISON HERE -> NEED TO CHECK WHICH COMPARISON IS BEST!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 725                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Checking cluster is valid jet");
 726                  if(fJetESum < fJetEMin)
 727                    {
 728                      for(Int_t count2=0; count2<fNumUnits; count2++)
 729                        {
 730                          if(fUnit[count2].GetUnitFlag()==kInCurrentJet || fUnit[count2].GetUnitFlag()==kOutJet)
 731                            fUnit[count2].SetUnitFlag(kOutJet);
 732                        }//end for
 733                    if (fDebug>10) Info("FindJets","NOT a valid jet cell");
 734                   }else
 735                     {
 736                      for(Int_t count2=0; count2<fNumUnits; count2++)
 737                        {
 738                          if(fUnit[count2].GetUnitFlag()==kInCurrentJet)
 739                            {
 740                              //      cout<<"Setting unit #"<<count2 <<" to be officially in a jet!"<<endl;
 741                            fUnit[count2].SetUnitFlag(kInJet);
 742                            }
 743                        }//end for
 744
 745  //NEED TO CHECK FINAL WEIRD ITERATION OF ETA AND PHI CHANGES!!!!!!!!!
 746                      //  fJetPhi += fJetPhiSum/fJetESum;        //CHECK!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 747                      //  fJetEta += fJetEtaSum/fJetESum;        //CHECK!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 748
 749                      fNumJets++;              //Incrementing number of jets found
 750                      StoreJetInfo();          //Storing jet info
 751
 752                  }//end if (check cluster above Min Jet Energy)
 753                }//end if (Jet Seed condition)
 754            }//end (JET SEED LOOP)
 755
 756 if (fDebug>5) Info("FindJets","End of BIG iteration number %i",fNumIter);
 757 // this->Dump();
 758          fNumIter++;
 759        }//end 10 iteration WHILE LOOP
 760  }
 761
 762
 763
 764
 765
 766
 767
 768
 769
 770
 771