EMCAL/AliEMCALJetFinderAlgoOmni.cxx

   1
   2 //THIS Also includes summing ALL cells in the jetcone towards the jet energy NOT just those above threshold!!!!!
   3
   4
   5 /**************************************************************************
   6  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   7  *                                                                        *
   8  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   9  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
  10  *                                                                        *
  11  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
  12  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
  13  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  14  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  15  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  16  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  17  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  18  **************************************************************************/
  19
  20 /*
  21
  22 $Log$
  23 Revision 1.9  2004/02/23 20:37:32  mhorner
  24 changed geometry call
  25
  26 Revision 1.8  2004/01/29 23:28:44  mhorner
  27 Jet Finder - hard coded geom parameters removed
  28
  29 Revision 1.7  2004/01/21 22:27:47  mhorner
  30 Cleaning up coding conventions
  31
  32 Revision 1.6  2003/10/28 13:54:30  schutz
  33 Compilation warnings fixed
  34
  35 Revision 1.5  2003/09/23 13:31:41  mhorner
  36 Changed coordinate system
  37
  38 Revision 1.4  2003/09/19 13:16:20  mhorner
  39 Added additional jet energy info
  40
  41
  42 Revision 1.3  2003/09/04 12:49:56  mhorner
  43 Changed hadron correction and added saving EMCAL and track contributions
  44
  45 */
  46
  47
  48 //*--Author: Sarah Blyth (LBL)
  49 //*--Based on UA1 jet algorithm from LUND JETSET called from EMC-erj
  50
  51 #include "TTask.h"
  52 #include "AliEMCALJetFinderInput.h"
  53 #include "AliEMCALJetFinderOutput.h"
  54 #include "AliEMCALJetFinderAlgo.h"
  55 #include "AliEMCALJetFinderAlgoOmni.h"
  56 #include "AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit.h"
  57 #include "AliEMCALGetter.h"
  58 #include "AliEMCALGeometry.h"
  59 #include "AliEMCAL.h"
  60 #include "AliEMCALDigit.h"
  61 #include "TParticle.h"
  62 #include "AliRun.h"
  63 #include "AliEMCALJet.h"
  64 #include "TMath.h"
  65
  66
  67 ClassImp(AliEMCALJetFinderAlgoOmni)
  68
  69   AliEMCALJetFinderAlgoOmni::AliEMCALJetFinderAlgoOmni()
  70 {
  71   //Default constructor
  72 if (fDebug>0) Info("AliEMCALJetFinderAlgoOmni","Beginning Default Constructor");
  73
  74 // AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::Instance() ;
  75 //  AliEMCALGeometry * geom = gime->EMCALGeometry();
  76   AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance("EMCAL_55_25","EMCAL");
  77   fNumIter           = 0;
  78   fNumUnits          = geom->GetNTowers();     //Number of towers in EMCAL
  79   fESeed             = 5.0;       //Default value
  80   fConeRad           = 0.3;       //Default value
  81   fJetEMin           = 10.0;      //Default value
  82   fEtMin             = 0.0;      //Default value
  83   fMinMove           = 0.05;      //From original UA1 JetFinder
  84   fMaxMove           = 0.15;      //From original UA1 JetFinder
  85   fBGMaxMove         = 0.035;     //From original UA1 JetFinder
  86   fPtCut             = 0;
  87   fHadCorr           = 0;
  88   fEBGTotal          = 1.0;       //Set to 1 so that no div by zero in first FindJets() loop
  89   fEBGTotalOld       = 0.0;
  90   fEBGAve            = 0.0;
  91   fEnergy            = 0.0;
  92   fJetEta            = 0.0;
  93   fJetPhi            = 0.0;
  94   fEtaInit           = 0.0;
  95   fPhiInit           = 0.0;
  96   fEtaB              = 0.0;
  97   fPhiB              = 0.0;
  98   fJetESum           = 0.0;
  99   fJetEtaSum         = 0.0;
 100   fJetPhiSum         = 0.0;
 101   fDEta              = 0.0;
 102   fDPhi              = 0.0;
 103   fDistP             = 0.0;
 104   fDistI             = 0.0;
 105   fTempE             = 0.0;
 106   fRad               = 2.0;      //Set to 2 to start
 107   fNumInCone         = 0;
 108   fNumJets           = 0;
 109   fArrayInitialised  = 0;        //Set to FALSE to start
 110   fBGType            = kRatio;   //Set Ratio method as default BG subtraction method
 111   fBGPar             = -1.0;      //Set to 1 to start
 112 }
 113
 114  AliEMCALJetFinderAlgoOmni::~AliEMCALJetFinderAlgoOmni()
 115    {
 116      //Destructor
 117      if (fDebug>0) Info("AliEMCALJetFinderAlgoOmni","Beginning Destructor");
 118      delete[] fUnit;
 119      delete[] fUnitNoCuts;
 120    }
 121
 122  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::SetJetFindingParameters
 123                                (Int_t numUnits, Float_t eSeed, Float_t coneRad, Float_t jetEMin, Float_t etMin,
 124                                Float_t minMove, Float_t maxMove, Float_t bgMaxMove)
 125    {
 126      //Sets parameters for the JetFinding algorithm
 127      if (fDebug>1) Info("SetJetFindingParameters","Setting parameters for JetFinding");
 128
 129      SetNumUnits(numUnits);
 130      SetJetESeed(eSeed);
 131      SetConeRad(coneRad);
 132      SetJetEMin(jetEMin);
 133      SetEtMin(etMin);
 134      SetMinMove(minMove);
 135      SetMaxMove(maxMove);
 136      SetBGMaxMove(bgMaxMove);
 137    }
 138
 139  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::SetJetFindingParameters
 140                                (Int_t numUnits, Float_t eSeed, Float_t coneRad, Float_t jetEMin, Float_t etMin)
 141    {
 142      //Sets fewer parameters for the JetFinding algorithm
 143      if (fDebug>1) Info("SetJetFindingParameters","Setting parameters for JetFinding");
 144
 145      SetNumUnits(numUnits);
 146      SetJetESeed(eSeed);
 147      SetConeRad(coneRad);
 148      SetJetEMin(jetEMin);
 149      SetEtMin(etMin);
 150      SetMinMove(fMinMove);
 151      SetMaxMove(fMaxMove);
 152      SetBGMaxMove(fBGMaxMove);
 153    }
 154
 155  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::InitUnitArray()
 156    {
 157      //Initialises unit arrays
 158      if(fArrayInitialised) delete[] fUnit;
 159      fUnit = new AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit[fNumUnits];
 160      fUnitNoCuts = new AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit[fNumUnits];
 161      fArrayInitialised = 1;
 162    }
 163
 164  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FillUnitArray(AliEMCALJetFinderAlgoUA1FillUnitFlagType_t flag)
 165    {
 166            // Fill the unit array
 167      if (fDebug>1) Info("FillUnitArray","Beginning FillUnitArray");
 168          //    AliEMCAL* pEMCAL = (AliEMCAL*) gAlice->GetModule("EMCAL");
 169          //   if (pEMCAL){
 170          //          AliEMCALGeometry* geom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(pEMCAL->GetTitle(), "");
 171          //     }else
 172          //    {
 173
 174      AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::Instance() ;
 175      AliEMCALGeometry * geom = gime->EMCALGeometry();
 176
 177         //    }
 178
 179      AliEMCALJetFinderAlgoUA1FillUnitFlagType_t option = flag;
 180      Int_t         numTracks, numDigits;
 181
 182      //Loops over all elements in the AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit array and
 183      //fills the objects with relevant values from the Data Input object
 184      if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","Filling array with Unit objects");
 185      if (fDebug>15) Info("FillUnitArray","NTracks %i NDigits %i",fInputPointer->GetNTracks(),fInputPointer->GetNDigits());
 186          numTracks = fInputPointer->GetNTracks();
 187          numDigits = fInputPointer->GetNDigits();
 188          TParticle         *myPart;
 189          AliEMCALDigit     *myDigit;
 190      if (!fPythiaComparison)
 191      {
 192          //Fill units with Track info if appropriate
 193          if(option==kFillTracksOnly || option ==kFillAll)
 194            {
 195             for(Int_t j=0; j<numTracks; j++)
 196             {
 197              myPart = fInputPointer->GetTrack(j);
 198              Float_t eta = myPart->Eta();
 199              Float_t  phi = myPart->Phi();
 200              Int_t towerID = geom->TowerIndexFromEtaPhi(eta,180.0/TMath::Pi()*phi);
 201              Float_t  pT = myPart->Pt();
 202              Float_t unitEnergy = fUnit[towerID-1].GetUnitEnergy();
 203              Float_t unitEnergyNoCuts = fUnitNoCuts[towerID-1].GetUnitEnergy();
 204
 205
 206              //OLD WAY:   //Do Hadron Correction
 207               if(fHadCorr != 0)
 208                {
 209                  Double_t   fullP = myPart->P();
 210                  Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
 211                  unitEnergy -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 212                  unitEnergyNoCuts -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 213                  fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy);
 214                  fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts);
 215                } //end Hadron Correction loop
 216
 217
 218              /*
 219               //Do Hadron Correction with propagate phi for the track
 220               if(fHadCorr != 0)
 221                 {
 222                   Bool_t curl = 1;
 223                   Float_t deltaPhi;
 224                   TParticlePDG *pdg = myPart->GetPDG();
 225                   if(pdg->Charge() < 0)
 226                     {
 227                       deltaPhi = PropagatePhi(myPart->Pt(), -1.0, curl);
 228                     }
 229                   else{
 230                     deltaPhi = PropagatePhi(myPart->Pt(), 1.0, curl);
 231                   }
 232                   phi += deltaPhi;
 233                   //Get new tower id for cell that track would curve into
 234                   Int_t towerID2;
 235                   if(phi>(TMath::Pi()/180.0)*geom->GetArm1PhiMax() || phi<(TMath::Pi()/180.0)*geom->GetArm1PhiMin())
 236                     {
 237                       towerID2 = -1;
 238                     }
 239                   else{
 240                       towerID2 = geom->TowerIndexFromEtaPhi(eta,180.0/TMath::Pi()*phi);
 241                     }
 242
 243                   if(towerID2 != -1)
 244                     {
 245                       //Find unit energy of new tower
 246                       Float_t unitEnergy2 = fUnit[towerID2-1].GetUnitEnergy();
 247                       Float_t unitEnergy2NoCuts = fUnitNoCuts[towerID2-1].GetUnitEnergy();
 248                       Double_t   fullP = myPart->P();
 249                       Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
 250                       unitEnergy2 -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 251                       unitEnergy2NoCuts -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 252                       fUnit[towerID2-1].SetUnitEnergy(unitEnergy2);
 253                       fUnitNoCuts[towerID2-1].SetUnitEnergy(unitEnergy2NoCuts);
 254                     }//end if for towerID2
 255                 }//end Hadron Correction loop
 256              */
 257
 258               fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts + pT);
 259              //Do Pt cut on tracks
 260              if(fPtCut != 0 && pT < fPtCut) continue;
 261
 262              fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy+pT);
 263
 264              }//end tracks loop
 265            }//end Tracks condition
 266
 267
 268          //Fill units with Digit info if appropriate
 269          if(option ==kFillDigitsOnly || option ==kFillAll)
 270            {
 271             for(Int_t k=0; k<numDigits; k++)
 272             {
 273              myDigit = fInputPointer->GetDigit(k);
 274              if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","getting digits %i %i numdigits",k,numDigits );
 275              Int_t towerID = myDigit->GetId();
 276              Int_t amplitude = myDigit->GetAmp();     //Gets the integer valued amplitude of the digit
 277              Float_t amp = (Float_t)amplitude;        //Need to typecast to Float_t before doing real energy conversion
 278              Float_t digitEnergy = amp/10000000.0;    //Factor of 10 million needed to convert!
 279              Float_t unitEnergy = fUnit[towerID-1].GetUnitEnergy() + digitEnergy;
 280              Float_t unitEnergyNoCuts = fUnitNoCuts[towerID-1].GetUnitEnergy() + digitEnergy;
 281              fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy);
 282              fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts);
 283             }//end digits loop
 284            }//end digits condition
 285
 286          //Set all unit flags, Eta, Phi
 287          for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 288            {
 289              if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","Setting all units outside jets");
 290              //Set all units to be outside a jet initially
 291              fUnit[i].SetUnitFlag(kOutJet);
 292              fUnit[i].SetUnitID(i+1);
 293              Float_t eta;
 294              Float_t phi;
 295              geom->EtaPhiFromIndex(fUnit[i].GetUnitID(), eta, phi);
 296              fUnit[i].SetUnitEta(eta);
 297              fUnit[i].SetUnitPhi(phi*TMath::Pi()/180.0);
 298              //Set all units to be outside a jet initially
 299              fUnitNoCuts[i].SetUnitFlag(kOutJet);
 300              fUnitNoCuts[i].SetUnitID(i+1);
 301              eta = 0.0;
 302              phi = 0.0;
 303              geom->EtaPhiFromIndex(fUnitNoCuts[i].GetUnitID(), eta, phi);
 304              fUnitNoCuts[i].SetUnitEta(eta);
 305              fUnitNoCuts[i].SetUnitPhi(phi*TMath::Pi()/180.0);
 306              //      if(i>13000) cout<<"!!!!!!!!!!!!!!!!!For unit0, eta="<<eta<<" and phi="<<phi*TMath::Pi()/180.0<<" and ID="<<fUnit[i].GetUnitID()<<endl;
 307              //  if(fUnit[i].GetUnitEnergy()>0) cout<<"Unit ID "<<fUnit[i].GetUnitID() <<"with eta="<<eta<<" and phi="<<phi*TMath::Pi()/180.0<<" has energy="<<fUnit[i].GetUnitEnergy()<<endl;
 308            }//end loop over all units in array (same as all towers in EMCAL)
 309
 310      }
 311      if (fPythiaComparison)
 312      {
 313              for(Int_t j=0; j<numTracks; j++)
 314              {
 315                      myPart = fInputPointer->GetTrack(j);
 316                      fUnit[j].SetUnitID(j);
 317                      fUnit[j].SetUnitFlag(kOutJet);
 318                      fUnit[j].SetUnitEta(myPart->Eta());
 319                      fUnit[j].SetUnitPhi(myPart->Phi());
 320                      fUnit[j].SetUnitEnergy(myPart->Energy()*TMath::Sin(myPart->Theta()));
 321                      fUnitNoCuts[j].SetUnitID(j);
 322                      fUnitNoCuts[j].SetUnitFlag(kOutJet);
 323                      fUnitNoCuts[j].SetUnitEta(myPart->Eta());
 324                      fUnitNoCuts[j].SetUnitPhi(myPart->Phi());
 325                      fUnitNoCuts[j].SetUnitEnergy(myPart->Energy()*TMath::Sin(myPart->Theta()));
 326              }
 327              for(Int_t k=numTracks; k < fNumUnits; k++)
 328              {
 329                      fUnit[k].SetUnitID(k);
 330                      fUnit[k].SetUnitFlag(kOutJet);
 331                      fUnit[k].SetUnitEta(0.0);
 332                      fUnit[k].SetUnitPhi(0.0);
 333                      fUnit[k].SetUnitEnergy(0.0);
 334                      fUnitNoCuts[k].SetUnitID(k);
 335                      fUnitNoCuts[k].SetUnitFlag(kOutJet);
 336                      fUnitNoCuts[k].SetUnitEta(0.0);
 337                      fUnitNoCuts[k].SetUnitPhi(0.0);
 338                      fUnitNoCuts[k].SetUnitEnergy(0.0);
 339              }
 340      }
 341
 342
 343
 344    }
 345
 346
 347  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::Sort(AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit *unit, Int_t length)
 348  {
 349    //Calls the recursive quicksort method to sort unit objects in decending order of Energy
 350    if (fDebug>1) Info("Sort","Sorting Unit objects");
 351    QS(unit, 0, length-1);
 352  }
 353
 354
 355  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::QS(AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit *unit, Int_t left, Int_t right)
 356  {
 357   //Sorts the AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit objects in decending order of Energy
 358    if (fDebug>111) Info("QS","QuickSorting Unit objects");
 359
 360    Int_t    i;
 361    Int_t    j;
 362    AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit  unitFirst;
 363    AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit  unitSecond;
 364
 365    i = left;
 366    j = right;
 367    unitFirst = unit[(left+right)/2];
 368
 369  do
 370   {
 371     while( (unit[i].GetUnitEnergy() > unitFirst.GetUnitEnergy()) && (i < right)) i++;
 372     while( (unitFirst.GetUnitEnergy() > unit[j].GetUnitEnergy()) && (j > left)) j--;
 373
 374     if(i <= j)
 375       {
 376         unitSecond = unit[i];
 377         unit[i] = unit[j];
 378         unit[j] = unitSecond;
 379         i++;
 380         j--;
 381       }//end if
 382   }while(i <= j);
 383
 384  if(left < j) QS(unit, left, j);
 385  if(i < right) QS(unit, i, right);
 386  }
 387
 388
 389  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindBG()
 390  {
 391    if(fBGType == kRatio) RatioBG();
 392    else if(fBGType == kCone) ConeBG();
 393    else if(fBGType == kConstant) ConstantBG();
 394  }
 395
 396  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::RatioBG()
 397    {
 398      //Finds the background energy for the iteration
 399      //using the Ratio method
 400      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 401      //Store BGEperCell from previous iteration!
 402      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 403      fEBGTotal          = 0.0;
 404      Int_t numCone      = 0;
 405
 406      //If user has not set fBGPar, set it to the default
 407      //for TPC = 90% efficiency, PtCut = 2GeV/c, timecut = 30ns
 408      if(fBGPar == -1) fBGPar = 0.4685;
 409
 410      //Loop over all unit objects in the Unit array and link to same
 411      //unit ID in NoCuts Unit array
 412      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 413        {
 414          if(fUnit[i].GetUnitFlag() != kInJet)
 415            {
 416              Int_t id = fUnit[i].GetUnitID();
 417              fEBGTotal += fUnitNoCuts[id-1].GetUnitEnergy();
 418            }
 419          else numCone++;
 420        }//end for
 421
 422      fEBGTotal *= fBGPar;
 423      fEBGAve = fEBGTotal / (fNumUnits - numCone);
 424      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 425
 426      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 427        {
 428          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 429        }//end for
 430    }
 431
 432  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::ConeBG()
 433    {
 434      //Finds the background energy for the iteration
 435      //using all energy not contained inside a jet
 436      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 437      //Store old value of BGEperCell!
 438      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 439      fEBGTotal          = 0.0;
 440      Int_t numCone      = 0;
 441
 442      //Loop over all unit objects in the array and sum the energy of those not in a jet
 443      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 444        {
 445          if(fUnit[i].GetUnitFlag() != kInJet)
 446            fEBGTotal += fUnit[i].GetUnitEnergy();
 447          else numCone++;
 448        }//end for
 449
 450      fEBGAve = fEBGTotal / (fNumUnits - numCone);
 451      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 452
 453      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 454        {
 455          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 456        }//end for
 457    }
 458
 459  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::ConstantBG()
 460    {
 461      //Finds the background energy for the iteration
 462      //using all energy not contained inside a jet
 463      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 464
 465      //If user has not set fBGPar, set it to the default
 466      //for TPC = 90% efficiency, PtCut = 2GeV/c, timecut = 30ns
 467      if(fBGPar == -1) fBGPar = 0.03378;
 468
 469      fEBGAve = fBGPar;
 470      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 471
 472      fEBGTotal          = 0.0;
 473      Int_t numCone      = 0;
 474      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 475        {
 476          if(fUnit[count].GetUnitFlag() == kInJet)
 477            {
 478              numCone++;
 479            }
 480          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 481        }//end for
 482      fEBGTotal = fEBGAve * (fNumUnits-numCone);
 483      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 484    }
 485
 486  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJetEtaPhi(Int_t counter)
 487    {
 488      //Finds the eta and phi of the jet axis
 489      if (fDebug>10) Info("FindJetEtaPhi","Finding Jet Eta and Phi");
 490
 491      fDEta = fUnit[counter].GetUnitEta() - fEtaInit;
 492      fDPhi = fUnit[counter].GetUnitPhi() - fPhiInit;
 493
 494      fEnergy = fUnit[counter].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 495      fJetEtaSum += fEnergy * fDEta;
 496      fJetPhiSum += fEnergy * fDPhi;
 497      fJetESum += fEnergy;
 498      fJetEta = fEtaInit + (fJetEtaSum / fJetESum);
 499      fJetPhi = fPhiInit + (fJetPhiSum / fJetESum);
 500    }
 501
 502
 503  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJetEnergy()
 504    {
 505      //Finds the energy of the jet after the final axis has been found
 506      if (fDebug>1) Info("FindJetEnergy","Finding Jet Energy");
 507
 508      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 509        {
 510          //Loop over all unit objects in the array and find if within cone radius
 511          Float_t dEta = fUnit[i].GetUnitEta() - fJetEta;
 512          Float_t dPhi = fUnit[i].GetUnitPhi() - fJetPhi;
 513          Float_t rad;
 514          if ((dEta*dEta) + (dPhi*dPhi)>1.e-7)
 515          {
 516                  rad = TMath::Sqrt( (dEta*dEta) + (dPhi*dPhi) );
 517          }else
 518          {
 519                  rad=0.0;
 520          }
 521
 522          if(fUnit[i].GetUnitFlag()==kOutJet && rad<= fConeRad)
 523            {
 524              fUnit[i].SetUnitFlag(kInCurrentJet);
 525              Float_t energy = fUnit[i].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 526              fJetESum += energy;
 527              fJetEtaSum += energy * dEta;
 528              fJetPhiSum += energy * dPhi;
 529              fNumInCone++;                     //Increment the number of cells in the jet cone
 530            }//end if
 531        }//end for
 532    }
 533
 534
 535  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::StoreJetInfo()
 536    {
 537      //Stores the resulting jet information in appropriate storage structure (TO BE DECIDED!!!!)
 538      if (fDebug>1) Info("StoreJetInfo","Storing Jet Information");
 539      AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::Instance() ;
 540      AliEMCALGeometry * geom = gime->EMCALGeometry();
 541      //Store:
 542      //fJetESum is the final jet energy (background has been subtracted)
 543      //fJetEta is the final jet Eta
 544      //fJetPhi is the final jet Phi
 545      //fNumInCone is the final number of cells included in the jet cone
 546      //fEtaInit is the eta of the initiator cell
 547      //fPhiInit is the phi of the initiator cell
 548      fJet.SetEnergy(fJetESum);
 549      fJet.SetEta(fJetEta);
 550      fJet.SetPhi(fJetPhi);
 551
 552       cout<<"For iteration "<<fNumIter <<" and Jet number " <<fNumJets <<endl;
 553       cout<<"The jet energy is: " <<fJetESum <<endl;
 554       cout<<"The jet eta is ---->" <<fJetEta <<endl;
 555       cout<<"The jet phi is ---->" <<fJetPhi <<endl;
 556
 557      Int_t             numberTracks = fInputPointer->GetNTracks();
 558      Int_t             numberDigits = fInputPointer->GetNDigits();
 559      AliEMCALDigit     *myD;
 560      TParticle         *myP;
 561      Int_t             numTracksInCone = 0;
 562      Float_t           trackEnergy = 0.0;
 563      Float_t           trackEnergyPtCut =0.0;
 564      Float_t           emcalEnergy = 0.0;
 565      Float_t           emcalEnergyBGSub = 0.0;
 566
 567      for(Int_t counter=0; counter<numberTracks; counter++)
 568        {
 569         myP = fInputPointer->GetTrack(counter);
 570         Float_t eta = myP->Eta();
 571         Float_t phi = myP->Phi();
 572         Float_t deta = fJetEta-eta;
 573         Float_t dphi = fJetPhi -phi;
 574         Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
 575         if(rad<=fConeRad) numTracksInCone++;
 576        }//end for
 577
 578      Float_t    *pTArray = new Float_t[numTracksInCone];
 579      Float_t    *etaArray = new Float_t[numTracksInCone];
 580      Float_t    *phiArray = new Float_t[numTracksInCone];
 581      Int_t      *pdgArray = new Int_t[numTracksInCone];
 582      Int_t             index = 0;
 583
 584      for(Int_t counter2=0; counter2<numberTracks; counter2++)
 585        {
 586          myP = fInputPointer->GetTrack(counter2);
 587          Float_t eta = myP->Eta();
 588          Float_t phi = myP->Phi();
 589          Float_t deta = fJetEta-eta;
 590          Float_t dphi = fJetPhi -phi;
 591          Float_t rad ;
 592          if ((deta*deta) + (dphi*dphi)>1.e-7)
 593          {
 594                  rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi) );
 595          }else
 596          {
 597                  rad=0.0;
 598          }
 599
 600          if(rad<=fConeRad)
 601            {
 602              pTArray[index] = myP->Pt();
 603              //Calculate track contribution within jetcone
 604              trackEnergy += myP->Pt();
 605              if(myP->Pt() >= fPtCut) trackEnergyPtCut += myP->Pt();
 606              etaArray[index] = eta;
 607              phiArray[index] = phi;
 608              pdgArray[index] = myP->GetPdgCode();
 609              index++;
 610              if(fHadCorr != 0)
 611              {
 612                      Double_t   fullP = myP->P();
 613                      Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
 614                      emcalEnergy -= hCEnergy*TMath::Sin(myP->Theta());
 615                      emcalEnergyBGSub -= hCEnergy*TMath::Sin(myP->Theta());
 616              } //end Hadron Correction loop
 617
 618            }//end if
 619        }//end for
 620
 621      //Loop over digits to find EMCal contribution within jetcone
 622      for(Int_t counter3=0; counter3<numberDigits; counter3++)
 623        {
 624          myD = fInputPointer->GetDigit(counter3);
 625          //GET DIGIT ETA, PHI so that can check if inside R!
 626          Float_t eta = 0.0;
 627          Float_t phi = 0.0;
 628          Int_t iID = myD->GetId();
 629          geom->EtaPhiFromIndex(iID, eta, phi);
 630          Float_t deta = fJetEta-eta;
 631          Float_t dphi = fJetPhi -(TMath::Pi()/180.0)*phi;
 632          //Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
 633          Float_t rad ;
 634          if ((deta*deta) + (dphi*dphi)>1.e-7)
 635          {
 636                  rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi) );
 637          }else
 638          {
 639                  rad=0.0;
 640          }
 641
 642          if(rad<=fConeRad)
 643            {
 644          Int_t amplitude = myD->GetAmp();     //Gets the integer valued amplitude of the digit
 645          Float_t amp = (Float_t)amplitude;        //Need to typecast to Float_t before doing real energy conversion
 646          Float_t digitEnergy = amp/10000000.0;    //Factor of 10 million needed to convert!
 647          emcalEnergy += digitEnergy;
 648          emcalEnergyBGSub += (digitEnergy - fEBGAve);
 649            }//end if
 650        }//end count3 for
 651
 652      //Save in JET object
 653      fJet.SetTrackList(numTracksInCone,pTArray, etaArray, phiArray, pdgArray);
 654      fJet.SetEMCALEnergy(emcalEnergy);
 655      fJet.SetEMCALEnergyBGSub(emcalEnergyBGSub);
 656      fJet.SetTrackEnergy(trackEnergy);
 657      fJet.SetTrackEnergyPtCut(trackEnergyPtCut);
 658      fOutputObject.AddJet(&fJet);
 659      delete[] pTArray;
 660      delete[] etaArray;
 661      delete[] phiArray;
 662      delete[] pdgArray;
 663    }
 664
 665
 666  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJets()
 667    {
 668      //Runs the complete UA1 JetFinding algorithm to find jets!
 669      if (fDebug>1) Info("FindJets","Starting Jet Finding!!!");
 670
 671      //If the array of JetFinderUnit objects has not been initialised then initialise with default settings
 672      if(!fArrayInitialised)
 673       {
 674        InitUnitArray();
 675        FillUnitArray(kFillAll);
 676       }//end if
 677      if (fDebug>1) Info("FindJets","Unit array filled");
 678
 679      //Step 1. Sort the array in descending order of Energy
 680      Sort(fUnit,fNumUnits);
 681
 682      //Step 2. Set the number of iterations and Number of jets found to zero to start
 683      fNumIter = 0;
 684      fNumJets = 0;
 685
 686      //Step 3. Begin the iteration loop to find jets
 687      //Need to iterate the algorithm while number of iterations<2 OR number of iterations<10 AND
 688      //the value of the average background has changed more than specified amount
 689      //Min iterations = 2, Max iterations = 10
 690      //while(fNumIter<2 || (fNumIter <10 && ( (fEBGTotal-fEBGTotalOld)/fEBGTotal) > fBGMaxMove) )
 691
 692      while(fNumIter<2 || (fNumIter <10 && ( fEBGTotal-fEBGTotalOld) > fEBGTotal*fBGMaxMove) )
 693        {
 694         if (fDebug>1) Info("FindJets","Starting BIG iteration ---> %i",fNumIter);
 695
 696          //Step 4. Find the value of the average background energy
 697          FindBG();
 698          fOutputObject.Reset(kResetJets); //Reset output object to store info for new iteration
 699          fNumJets=0;
 700
 701          //Loop over the array of unit objects and flag those with energy below MinCellEt
 702          Int_t numbelow = 0;
 703          for(Int_t j=0; j<fNumUnits; j++)
 704            {
 705              if( (fUnit[j].GetUnitEnergy()-fEBGAve) < fEtMin)
 706                 {
 707                   //          fUnit[j].SetUnitFlag(kBelowMinEt);    TAKING OUT kBelow flag
 708                   numbelow++;
 709                 }//end if
 710            }//end for
 711          //cout<<"THERE WERE "<<numbelow<<" units with E <EtMin!!!!!!!!!!!!!!!"<<endl;
 712
 713          //Do quick check if there are no jets upfront
 714          // if(fUnit[0].GetUnitFlag() == kBelowMinEt)
 715          if( (fUnit[0].GetUnitEnergy()-fEBGAve) < fEtMin)
 716            {
 717             cout <<"There are no jets for this event!" <<endl;
 718             break;
 719            }//end if
 720
 721          //Step 5. Begin with the first jet candidate cell (JET SEED LOOP)
 722          if (fDebug>5) Info("FindJets","Beginning JET SEED LOOP");
 723          for(Int_t count=0; count<fNumUnits; count++)
 724            {
 725
 726 //CHECK CONDITION HERE _ NOT SURE IF SHOULD MAYBE BE: GetUnitEnergy()-fEBGAve >fESeed?????????????????????????????
 727              if(fUnit[count].GetUnitEnergy()>=fESeed && fUnit[count].GetUnitFlag()==kOutJet)
 728                {
 729                  fEnergy = fUnit[count].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 730                  fJetEta = fUnit[count].GetUnitEta();
 731                  fJetPhi = fUnit[count].GetUnitPhi();
 732                  Int_t seedID = fUnit[count].GetUnitID();
 733                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Inside first candidate jet seed loop for time : %i", count);
 734                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate energy %f ",fEnergy);
 735                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate eta %f ", fJetEta);
 736                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate phi %f ", fJetPhi);
 737                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate ID %i", seedID);
 738
 739                  fEtaInit = fJetEta;
 740                  fPhiInit = fJetPhi;
 741                  fEtaB = fJetEta;
 742                  fPhiB = fJetPhi;
 743                  fJetESum = 0.0;
 744                  fJetEtaSum = 0.0;
 745                  fJetPhiSum = 0.0;
 746
 747          //Step 6. Find Jet Eta and Phi
 748                  //Loop over all units in the array to find the ones in the jet cone and determine contrib to Jet eta, phi
 749                  do
 750                    {
 751                      for(Int_t count1=0; count1<fNumUnits; count1++)
 752                        {
 753                          if(fUnit[count1].GetUnitID() == seedID) continue;   //skip unit if the jetseed to avoid doublecounting
 754                          if(fUnit[count1].GetUnitFlag() == kOutJet)
 755                            {
 756                              fDEta = fUnit[count1].GetUnitEta() - fJetEta;
 757                              fDPhi = fUnit[count1].GetUnitPhi() - fJetPhi;
 758                              if ( (fDEta*fDEta) + (fDPhi*fDPhi) >1.e-7)
 759                              {
 760                                      fRad = TMath::Sqrt( (fDEta*fDEta) + (fDPhi*fDPhi) );
 761                              }else
 762                              {
 763                                      fRad=0.000;
 764                              }
 765                              if(fRad <= fConeRad)
 766                                {
 767                                  FindJetEtaPhi(count1);
 768                                }//end if
 769                            }//end if
 770                        }//end for (Jet Eta, Phi LOOP)
 771
 772                       //Find the distance cone centre moved from previous cone centre
 773                       if (fDebug>10) Info("FindJets","Checking if cone move small enough");
 774                       if (((fJetEta-fEtaB)*(fJetEta-fEtaB)) + ((fJetPhi-fPhiB)*(fJetPhi-fPhiB))  >1.e-7)
 775                       {
 776                               fDistP = TMath::Sqrt( ((fJetEta-fEtaB)*(fJetEta-fEtaB)) + ((fJetPhi-fPhiB)*(fJetPhi-fPhiB)) );
 777                       }else
 778                       {
 779                               fDistP = 0.00;
 780                       }
 781                       //     if(fDistP <= fMinMove) break;
 782
 783
 784                       //Find the distance cone centre is from initiator cell
 785                       if (fDebug>10) Info("FindJets","Checking if cone move too large");
 786                       if ( ((fJetEtaSum)*(fJetEtaSum))+((fJetPhiSum)*(fJetPhiSum)) >1.e-4)
 787                       {
 788                               fDistI = TMath::Sqrt( ((fJetEtaSum/fJetESum)*(fJetEtaSum/fJetESum)) + ((fJetPhiSum/fJetESum)*
 789                                                                                                     (fJetPhiSum/fJetESum)));
 790                       }else
 791                       {
 792                               fDistI = 0.00;
 793                       }
 794
 795                       if(fDistP>fMinMove && fDistI<fMaxMove)
 796                         {
 797                           fEtaB = fJetEta;
 798                           fPhiB = fJetPhi;
 799                         }//end if
 800
 801                    }while(fDistP>fMinMove && fDistI<fMaxMove);
 802
 803                  fJetEta = fEtaB;
 804                  fJetPhi = fPhiB;
 805
 806
 807        //Step 7. Find the Jet Energy
 808                  if (fDebug>1) Info("FindJets","Looking for Jet energy");
 809                  fJetESum = 0.0;
 810                  fJetEtaSum = 0.0;
 811                  fJetPhiSum = 0.0;
 812                  fNumInCone = 0;
 813                  FindJetEnergy();
 814
 815                  //cout<<"Number of cells in jet cone is: "<<fNumInCone<<endl;
 816
 817        //Step 8. Check if the jet is a valid jet
 818                  //Check if cluster energy is above Min allowed to be a jet
 819 //DID NOT DO THE COSH COMPARISON HERE -> NEED TO CHECK WHICH COMPARISON IS BEST!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 820                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Checking cluster is valid jet");
 821                  if(fJetESum < fJetEMin)
 822                    {
 823                      for(Int_t count2=0; count2<fNumUnits; count2++)
 824                        {
 825                          if(fUnit[count2].GetUnitFlag()==kInCurrentJet || fUnit[count2].GetUnitFlag()==kOutJet)
 826                            fUnit[count2].SetUnitFlag(kOutJet);
 827                        }//end for
 828                    if (fDebug>10) Info("FindJets","NOT a valid jet cell");
 829                   }else
 830                     {
 831                      for(Int_t count2=0; count2<fNumUnits; count2++)
 832                        {
 833                          if(fUnit[count2].GetUnitFlag()==kInCurrentJet)
 834                            {
 835                              //      cout<<"Setting unit #"<<count2 <<" to be officially in a jet!"<<endl;
 836                            fUnit[count2].SetUnitFlag(kInJet);
 837                            }
 838                        }//end for
 839
 840  //NEED TO CHECK FINAL WEIRD ITERATION OF ETA AND PHI CHANGES!!!!!!!!!
 841                      //  fJetPhi += fJetPhiSum/fJetESum;        //CHECK!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 842                      //  fJetEta += fJetEtaSum/fJetESum;        //CHECK!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 843
 844                      fNumJets++;              //Incrementing number of jets found
 845                      StoreJetInfo();          //Storing jet info
 846
 847                  }//end if (check cluster above Min Jet Energy)
 848                }//end if (Jet Seed condition)
 849            }//end (JET SEED LOOP)
 850
 851 if (fDebug>5) Info("FindJets","End of BIG iteration number %i",fNumIter);
 852 // this->Dump();
 853          fNumIter++;
 854        }//end 10 iteration WHILE LOOP
 855  }
 856
 857
 858
 859
 860
 861
 862
 863
 864
 865
 866