EMCAL/AliEMCALJetFinderAlgoOmni.cxx

   1
   2 //THIS Also includes summing ALL cells in the jetcone towards the jet energy NOT just those above threshold!!!!!
   3
   4
   5 /**************************************************************************
   6  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   7  *                                                                        *
   8  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   9  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
  10  *                                                                        *
  11  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
  12  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
  13  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  14  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  15  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  16  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  17  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  18  **************************************************************************/
  19
  20 /*
  21
  22 $Log$
  23 Revision 1.11  2004/03/09 17:06:38  mhorner
  24 Made more robust
  25
  26 Revision 1.10  2004/03/06 01:56:09  mhorner
  27 Pythai comp code
  28
  29 Revision 1.9  2004/02/23 20:37:32  mhorner
  30 changed geometry call
  31
  32 Revision 1.8  2004/01/29 23:28:44  mhorner
  33 Jet Finder - hard coded geom parameters removed
  34
  35 Revision 1.7  2004/01/21 22:27:47  mhorner
  36 Cleaning up coding conventions
  37
  38 Revision 1.6  2003/10/28 13:54:30  schutz
  39 Compilation warnings fixed
  40
  41 Revision 1.5  2003/09/23 13:31:41  mhorner
  42 Changed coordinate system
  43
  44 Revision 1.4  2003/09/19 13:16:20  mhorner
  45 Added additional jet energy info
  46
  47
  48 Revision 1.3  2003/09/04 12:49:56  mhorner
  49 Changed hadron correction and added saving EMCAL and track contributions
  50
  51 */
  52
  53
  54 //*--Author: Sarah Blyth (LBL)
  55 //*--Based on UA1 jet algorithm from LUND JETSET called from EMC-erj
  56
  57 #include "TTask.h"
  58 #include "AliEMCALJetFinderInput.h"
  59 #include "AliEMCALJetFinderOutput.h"
  60 #include "AliEMCALJetFinderAlgo.h"
  61 #include "AliEMCALJetFinderAlgoOmni.h"
  62 #include "AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit.h"
  63 #include "AliEMCALGetter.h"
  64 #include "AliEMCALGeometry.h"
  65 #include "AliEMCAL.h"
  66 #include "AliEMCALDigit.h"
  67 #include "TParticle.h"
  68 #include "AliRun.h"
  69 #include "AliEMCALJet.h"
  70 #include "TMath.h"
  71
  72
  73 ClassImp(AliEMCALJetFinderAlgoOmni)
  74
  75   AliEMCALJetFinderAlgoOmni::AliEMCALJetFinderAlgoOmni()
  76 {
  77   //Default constructor
  78 if (fDebug>0) Info("AliEMCALJetFinderAlgoOmni","Beginning Default Constructor");
  79
  80 // AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::Instance() ;
  81 //  AliEMCALGeometry * geom = gime->EMCALGeometry();
  82   AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance("EMCAL_55_25","EMCAL");
  83   fNumIter           = 0;
  84   fNumUnits          = geom->GetNTowers();     //Number of towers in EMCAL
  85   fESeed             = 5.0;       //Default value
  86   fConeRad           = 0.3;       //Default value
  87   fJetEMin           = 10.0;      //Default value
  88   fEtMin             = 0.0;      //Default value
  89   fMinMove           = 0.05;      //From original UA1 JetFinder
  90   fMaxMove           = 0.15;      //From original UA1 JetFinder
  91   fBGMaxMove         = 0.035;     //From original UA1 JetFinder
  92   fPtCut             = 0;
  93   fHadCorr           = 0;
  94   fEBGTotal          = 1.0;       //Set to 1 so that no div by zero in first FindJets() loop
  95   fEBGTotalOld       = 0.0;
  96   fEBGAve            = 0.0;
  97   fEnergy            = 0.0;
  98   fJetEta            = 0.0;
  99   fJetPhi            = 0.0;
 100   fEtaInit           = 0.0;
 101   fPhiInit           = 0.0;
 102   fEtaB              = 0.0;
 103   fPhiB              = 0.0;
 104   fJetESum           = 0.0;
 105   fJetEtaSum         = 0.0;
 106   fJetPhiSum         = 0.0;
 107   fDEta              = 0.0;
 108   fDPhi              = 0.0;
 109   fDistP             = 0.0;
 110   fDistI             = 0.0;
 111   fTempE             = 0.0;
 112   fRad               = 2.0;      //Set to 2 to start
 113   fNumInCone         = 0;
 114   fNumJets           = 0;
 115   fArrayInitialised  = 0;        //Set to FALSE to start
 116   fBGType            = kRatio;   //Set Ratio method as default BG subtraction method
 117   fBGPar             = -1.0;      //Set to 1 to start
 118 }
 119
 120  AliEMCALJetFinderAlgoOmni::~AliEMCALJetFinderAlgoOmni()
 121    {
 122      //Destructor
 123      if (fDebug>0) Info("AliEMCALJetFinderAlgoOmni","Beginning Destructor");
 124      delete[] fUnit;
 125      delete[] fUnitNoCuts;
 126    }
 127
 128  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::SetJetFindingParameters
 129                                (Int_t numUnits, Float_t eSeed, Float_t coneRad, Float_t jetEMin, Float_t etMin,
 130                                Float_t minMove, Float_t maxMove, Float_t bgMaxMove)
 131    {
 132      //Sets parameters for the JetFinding algorithm
 133      if (fDebug>1) Info("SetJetFindingParameters","Setting parameters for JetFinding");
 134
 135      SetNumUnits(numUnits);
 136      SetJetESeed(eSeed);
 137      SetConeRad(coneRad);
 138      SetJetEMin(jetEMin);
 139      SetEtMin(etMin);
 140      SetMinMove(minMove);
 141      SetMaxMove(maxMove);
 142      SetBGMaxMove(bgMaxMove);
 143    }
 144
 145  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::SetJetFindingParameters
 146                                (Int_t numUnits, Float_t eSeed, Float_t coneRad, Float_t jetEMin, Float_t etMin)
 147    {
 148      //Sets fewer parameters for the JetFinding algorithm
 149      if (fDebug>1) Info("SetJetFindingParameters","Setting parameters for JetFinding");
 150
 151      SetNumUnits(numUnits);
 152      SetJetESeed(eSeed);
 153      SetConeRad(coneRad);
 154      SetJetEMin(jetEMin);
 155      SetEtMin(etMin);
 156      SetMinMove(fMinMove);
 157      SetMaxMove(fMaxMove);
 158      SetBGMaxMove(fBGMaxMove);
 159    }
 160
 161  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::InitUnitArray()
 162    {
 163      //Initialises unit arrays
 164      if(fArrayInitialised) delete[] fUnit;
 165      fUnit = new AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit[fNumUnits];
 166      fUnitNoCuts = new AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit[fNumUnits];
 167      fArrayInitialised = 1;
 168    }
 169
 170  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FillUnitArray(AliEMCALJetFinderAlgoUA1FillUnitFlagType_t flag)
 171    {
 172            // Fill the unit array
 173      if (fDebug>1) Info("FillUnitArray","Beginning FillUnitArray");
 174          //    AliEMCAL* pEMCAL = (AliEMCAL*) gAlice->GetModule("EMCAL");
 175          //   if (pEMCAL){
 176          //          AliEMCALGeometry* geom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(pEMCAL->GetTitle(), "");
 177          //     }else
 178          //    {
 179
 180      AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::Instance() ;
 181      AliEMCALGeometry * geom = gime->EMCALGeometry();
 182
 183         //    }
 184
 185      AliEMCALJetFinderAlgoUA1FillUnitFlagType_t option = flag;
 186      Int_t         numTracks, numDigits;
 187
 188      //Loops over all elements in the AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit array and
 189      //fills the objects with relevant values from the Data Input object
 190      if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","Filling array with Unit objects");
 191      if (fDebug>15) Info("FillUnitArray","NTracks %i NDigits %i",fInputPointer->GetNTracks(),fInputPointer->GetNDigits());
 192          numTracks = fInputPointer->GetNTracks();
 193          numDigits = fInputPointer->GetNDigits();
 194          TParticle         *myPart;
 195          AliEMCALDigit     *myDigit;
 196      if (!fPythiaComparison)
 197      {
 198          //Fill units with Track info if appropriate
 199          if(option==kFillTracksOnly || option ==kFillAll)
 200            {
 201             for(Int_t j=0; j<numTracks; j++)
 202             {
 203              myPart = fInputPointer->GetTrack(j);
 204              Float_t eta = myPart->Eta();
 205              Float_t  phi = myPart->Phi();
 206              Int_t towerID = geom->TowerIndexFromEtaPhi(eta,180.0/TMath::Pi()*phi);
 207              Float_t  pT = myPart->Pt();
 208              Float_t unitEnergy = fUnit[towerID-1].GetUnitEnergy();
 209              Float_t unitEnergyNoCuts = fUnitNoCuts[towerID-1].GetUnitEnergy();
 210
 211
 212              //OLD WAY:   //Do Hadron Correction
 213               if(fHadCorr != 0)
 214                {
 215                  Double_t   fullP = myPart->P();
 216                  Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
 217                  unitEnergy -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 218                  unitEnergyNoCuts -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 219                  fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy);
 220                  fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts);
 221                } //end Hadron Correction loop
 222
 223
 224              /*
 225               //Do Hadron Correction with propagate phi for the track
 226               if(fHadCorr != 0)
 227                 {
 228                   Bool_t curl = 1;
 229                   Float_t deltaPhi;
 230                   TParticlePDG *pdg = myPart->GetPDG();
 231                   if(pdg->Charge() < 0)
 232                     {
 233                       deltaPhi = PropagatePhi(myPart->Pt(), -1.0, curl);
 234                     }
 235                   else{
 236                     deltaPhi = PropagatePhi(myPart->Pt(), 1.0, curl);
 237                   }
 238                   phi += deltaPhi;
 239                   //Get new tower id for cell that track would curve into
 240                   Int_t towerID2;
 241                   if(phi>(TMath::Pi()/180.0)*geom->GetArm1PhiMax() || phi<(TMath::Pi()/180.0)*geom->GetArm1PhiMin())
 242                     {
 243                       towerID2 = -1;
 244                     }
 245                   else{
 246                       towerID2 = geom->TowerIndexFromEtaPhi(eta,180.0/TMath::Pi()*phi);
 247                     }
 248
 249                   if(towerID2 != -1)
 250                     {
 251                       //Find unit energy of new tower
 252                       Float_t unitEnergy2 = fUnit[towerID2-1].GetUnitEnergy();
 253                       Float_t unitEnergy2NoCuts = fUnitNoCuts[towerID2-1].GetUnitEnergy();
 254                       Double_t   fullP = myPart->P();
 255                       Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
 256                       unitEnergy2 -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 257                       unitEnergy2NoCuts -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 258                       fUnit[towerID2-1].SetUnitEnergy(unitEnergy2);
 259                       fUnitNoCuts[towerID2-1].SetUnitEnergy(unitEnergy2NoCuts);
 260                     }//end if for towerID2
 261                 }//end Hadron Correction loop
 262              */
 263
 264               fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts + pT);
 265              //Do Pt cut on tracks
 266              if(fPtCut != 0 && pT < fPtCut) continue;
 267
 268              fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy+pT);
 269
 270              }//end tracks loop
 271            }//end Tracks condition
 272
 273
 274          //Fill units with Digit info if appropriate
 275          if(option ==kFillDigitsOnly || option ==kFillAll)
 276            {
 277             for(Int_t k=0; k<numDigits; k++)
 278             {
 279              myDigit = fInputPointer->GetDigit(k);
 280              if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","getting digits %i %i numdigits",k,numDigits );
 281              Int_t towerID = myDigit->GetId();
 282              Int_t amplitude = myDigit->GetAmp();     //Gets the integer valued amplitude of the digit
 283              Float_t amp = (Float_t)amplitude;        //Need to typecast to Float_t before doing real energy conversion
 284              Float_t digitEnergy = amp/10000000.0;    //Factor of 10 million needed to convert!
 285              Float_t unitEnergy = fUnit[towerID-1].GetUnitEnergy() + digitEnergy;
 286              Float_t unitEnergyNoCuts = fUnitNoCuts[towerID-1].GetUnitEnergy() + digitEnergy;
 287              fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy);
 288              fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts);
 289             }//end digits loop
 290            }//end digits condition
 291
 292          //Set all unit flags, Eta, Phi
 293          for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 294            {
 295              if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","Setting all units outside jets");
 296              //Set all units to be outside a jet initially
 297              fUnit[i].SetUnitFlag(kOutJet);
 298              fUnit[i].SetUnitID(i+1);
 299              Float_t eta;
 300              Float_t phi;
 301              geom->EtaPhiFromIndex(fUnit[i].GetUnitID(), eta, phi);
 302              fUnit[i].SetUnitEta(eta);
 303              fUnit[i].SetUnitPhi(phi*TMath::Pi()/180.0);
 304              //Set all units to be outside a jet initially
 305              fUnitNoCuts[i].SetUnitFlag(kOutJet);
 306              fUnitNoCuts[i].SetUnitID(i+1);
 307              eta = 0.0;
 308              phi = 0.0;
 309              geom->EtaPhiFromIndex(fUnitNoCuts[i].GetUnitID(), eta, phi);
 310              fUnitNoCuts[i].SetUnitEta(eta);
 311              fUnitNoCuts[i].SetUnitPhi(phi*TMath::Pi()/180.0);
 312              //      if(i>13000) cout<<"!!!!!!!!!!!!!!!!!For unit0, eta="<<eta<<" and phi="<<phi*TMath::Pi()/180.0<<" and ID="<<fUnit[i].GetUnitID()<<endl;
 313              //  if(fUnit[i].GetUnitEnergy()>0) cout<<"Unit ID "<<fUnit[i].GetUnitID() <<"with eta="<<eta<<" and phi="<<phi*TMath::Pi()/180.0<<" has energy="<<fUnit[i].GetUnitEnergy()<<endl;
 314            }//end loop over all units in array (same as all towers in EMCAL)
 315
 316      }
 317      if (fPythiaComparison)
 318      {
 319              for(Int_t j=0; j<numTracks; j++)
 320              {
 321                      myPart = fInputPointer->GetTrack(j);
 322                      fUnit[j].SetUnitID(j);
 323                      fUnit[j].SetUnitFlag(kOutJet);
 324                      fUnit[j].SetUnitEta(myPart->Eta());
 325                      fUnit[j].SetUnitPhi(myPart->Phi());
 326                      if (myPart->Energy()*TMath::Sin(myPart->Theta()) > fPtCut)
 327                      {
 328                              fUnit[j].SetUnitEnergy(myPart->Energy()*TMath::Sin(myPart->Theta()));
 329                      }else
 330                      {
 331                              fUnit[j].SetUnitEnergy(0.00);
 332                      }
 333                      fUnitNoCuts[j].SetUnitID(j);
 334                      fUnitNoCuts[j].SetUnitFlag(kOutJet);
 335                      fUnitNoCuts[j].SetUnitEta(myPart->Eta());
 336                      fUnitNoCuts[j].SetUnitPhi(myPart->Phi());
 337                      fUnitNoCuts[j].SetUnitEnergy(myPart->Energy()*TMath::Sin(myPart->Theta()));
 338              }
 339              for(Int_t k=numTracks; k < fNumUnits; k++)
 340              {
 341                      fUnit[k].SetUnitID(k);
 342                      fUnit[k].SetUnitFlag(kBelowMinEt);
 343                      fUnit[k].SetUnitEta(0.0);
 344                      fUnit[k].SetUnitPhi(0.0);
 345                      fUnit[k].SetUnitEnergy(0.0);
 346                      fUnitNoCuts[k].SetUnitID(k);
 347                      fUnitNoCuts[k].SetUnitFlag(kBelowMinEt);
 348                      fUnitNoCuts[k].SetUnitEta(0.0);
 349                      fUnitNoCuts[k].SetUnitPhi(0.0);
 350                      fUnitNoCuts[k].SetUnitEnergy(0.0);
 351              }
 352      }
 353
 354
 355
 356    }
 357
 358
 359  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::Sort(AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit *unit, Int_t length)
 360  {
 361    //Calls the recursive quicksort method to sort unit objects in decending order of Energy
 362    if (fDebug>1) Info("Sort","Sorting Unit objects");
 363    QS(unit, 0, length-1);
 364  }
 365
 366
 367  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::QS(AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit *unit, Int_t left, Int_t right)
 368  {
 369   //Sorts the AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit objects in decending order of Energy
 370    if (fDebug>111) Info("QS","QuickSorting Unit objects");
 371
 372    Int_t    i;
 373    Int_t    j;
 374    AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit  unitFirst;
 375    AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit  unitSecond;
 376
 377    i = left;
 378    j = right;
 379    unitFirst = unit[(left+right)/2];
 380
 381  do
 382   {
 383     while( (unit[i].GetUnitEnergy() > unitFirst.GetUnitEnergy()) && (i < right)) i++;
 384     while( (unitFirst.GetUnitEnergy() > unit[j].GetUnitEnergy()) && (j > left)) j--;
 385
 386     if(i <= j)
 387       {
 388         unitSecond = unit[i];
 389         unit[i] = unit[j];
 390         unit[j] = unitSecond;
 391         i++;
 392         j--;
 393       }//end if
 394   }while(i <= j);
 395
 396  if(left < j) QS(unit, left, j);
 397  if(i < right) QS(unit, i, right);
 398  }
 399
 400
 401  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindBG()
 402  {
 403    if(fBGType == kRatio) RatioBG();
 404    else if(fBGType == kCone) ConeBG();
 405    else if(fBGType == kConstant) ConstantBG();
 406  }
 407
 408  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::RatioBG()
 409    {
 410      //Finds the background energy for the iteration
 411      //using the Ratio method
 412      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 413      //Store BGEperCell from previous iteration!
 414      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 415      fEBGTotal          = 0.0;
 416      Int_t numCone      = 0;
 417
 418      //If user has not set fBGPar, set it to the default
 419      //for TPC = 90% efficiency, PtCut = 2GeV/c, timecut = 30ns
 420      if(fBGPar == -1) fBGPar = 0.4685;
 421
 422      //Loop over all unit objects in the Unit array and link to same
 423      //unit ID in NoCuts Unit array
 424      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 425        {
 426          if(fUnit[i].GetUnitFlag() != kInJet)
 427            {
 428              Int_t id = fUnit[i].GetUnitID();
 429              fEBGTotal += fUnitNoCuts[id-1].GetUnitEnergy();
 430            }
 431          else numCone++;
 432        }//end for
 433
 434      fEBGTotal *= fBGPar;
 435      fEBGAve = fEBGTotal / (fNumUnits - numCone);
 436      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 437
 438      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 439        {
 440          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 441        }//end for
 442    }
 443
 444  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::ConeBG()
 445    {
 446      //Finds the background energy for the iteration
 447      //using all energy not contained inside a jet
 448      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 449      //Store old value of BGEperCell!
 450      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 451      fEBGTotal          = 0.0;
 452      Int_t numCone      = 0;
 453
 454      //Loop over all unit objects in the array and sum the energy of those not in a jet
 455      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 456        {
 457          if(fUnit[i].GetUnitFlag() != kInJet)
 458            fEBGTotal += fUnit[i].GetUnitEnergy();
 459          else numCone++;
 460        }//end for
 461
 462      fEBGAve = fEBGTotal / (fNumUnits - numCone);
 463      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 464
 465      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 466        {
 467          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 468        }//end for
 469    }
 470
 471  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::ConstantBG()
 472    {
 473      //Finds the background energy for the iteration
 474      //using all energy not contained inside a jet
 475      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 476
 477      //If user has not set fBGPar, set it to the default
 478      //for TPC = 90% efficiency, PtCut = 2GeV/c, timecut = 30ns
 479      if(fBGPar == -1) fBGPar = 0.03378;
 480
 481      fEBGAve = fBGPar;
 482      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 483
 484      fEBGTotal          = 0.0;
 485      Int_t numCone      = 0;
 486      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 487        {
 488          if(fUnit[count].GetUnitFlag() == kInJet)
 489            {
 490              numCone++;
 491            }
 492          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 493        }//end for
 494      fEBGTotal = fEBGAve * (fNumUnits-numCone);
 495      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 496    }
 497
 498  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJetEtaPhi(Int_t counter)
 499    {
 500      //Finds the eta and phi of the jet axis
 501      if (fDebug>10) Info("FindJetEtaPhi","Finding Jet Eta and Phi");
 502
 503      fDEta = fUnit[counter].GetUnitEta() - fEtaInit;
 504      fDPhi = fUnit[counter].GetUnitPhi() - fPhiInit;
 505
 506      fEnergy = fUnit[counter].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 507      fJetEtaSum += fEnergy * fDEta;
 508      fJetPhiSum += fEnergy * fDPhi;
 509      fJetESum += fEnergy;
 510      if (fJetESum >1.0e-7)
 511      {
 512              fJetEta = fEtaInit + (fJetEtaSum / fJetESum);
 513              fJetPhi = fPhiInit + (fJetPhiSum / fJetESum);
 514      }
 515    }
 516
 517
 518  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJetEnergy()
 519    {
 520      //Finds the energy of the jet after the final axis has been found
 521      if (fDebug>1) Info("FindJetEnergy","Finding Jet Energy");
 522
 523      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 524        {
 525          //Loop over all unit objects in the array and find if within cone radius
 526          Float_t dEta = fUnit[i].GetUnitEta() - fJetEta;
 527          Float_t dPhi = fUnit[i].GetUnitPhi() - fJetPhi;
 528          Float_t rad;
 529          if ((dEta*dEta) + (dPhi*dPhi)>1.e-7)
 530          {
 531                  rad = TMath::Sqrt( (dEta*dEta) + (dPhi*dPhi) );
 532          }else
 533          {
 534                  rad=0.0;
 535          }
 536
 537          if(fUnit[i].GetUnitFlag()==kOutJet && rad<= fConeRad)
 538            {
 539              fUnit[i].SetUnitFlag(kInCurrentJet);
 540              Float_t energy = fUnit[i].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 541              fJetESum += energy;
 542              fJetEtaSum += energy * dEta;
 543              fJetPhiSum += energy * dPhi;
 544              fNumInCone++;                     //Increment the number of cells in the jet cone
 545            }//end if
 546        }//end for
 547    }
 548
 549
 550  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::StoreJetInfo()
 551    {
 552      //Stores the resulting jet information in appropriate storage structure (TO BE DECIDED!!!!)
 553      if (fDebug>1) Info("StoreJetInfo","Storing Jet Information");
 554      AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::Instance() ;
 555      AliEMCALGeometry * geom = gime->EMCALGeometry();
 556      //Store:
 557      //fJetESum is the final jet energy (background has been subtracted)
 558      //fJetEta is the final jet Eta
 559      //fJetPhi is the final jet Phi
 560      //fNumInCone is the final number of cells included in the jet cone
 561      //fEtaInit is the eta of the initiator cell
 562      //fPhiInit is the phi of the initiator cell
 563      fJet.SetEnergy(fJetESum);
 564      fJet.SetEta(fJetEta);
 565      fJet.SetPhi(fJetPhi);
 566
 567       cout<<"For iteration "<<fNumIter <<" and Jet number " <<fNumJets <<endl;
 568       cout<<"The jet energy is: " <<fJetESum <<endl;
 569       cout<<"The jet eta is ---->" <<fJetEta <<endl;
 570       cout<<"The jet phi is ---->" <<fJetPhi <<endl;
 571
 572      Int_t             numberTracks = fInputPointer->GetNTracks();
 573      Int_t             numberDigits = fInputPointer->GetNDigits();
 574      AliEMCALDigit     *myD;
 575      TParticle         *myP;
 576      Int_t             numTracksInCone = 0;
 577      Float_t           trackEnergy = 0.0;
 578      Float_t           trackEnergyPtCut =0.0;
 579      Float_t           emcalEnergy = 0.0;
 580      Float_t           emcalEnergyBGSub = 0.0;
 581
 582      for(Int_t counter=0; counter<numberTracks; counter++)
 583        {
 584         myP = fInputPointer->GetTrack(counter);
 585         Float_t eta = myP->Eta();
 586         Float_t phi = myP->Phi();
 587         Float_t deta = fJetEta-eta;
 588         Float_t dphi = fJetPhi -phi;
 589         Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
 590         if(rad<=fConeRad) numTracksInCone++;
 591        }//end for
 592
 593      Float_t    *pTArray = new Float_t[numTracksInCone];
 594      Float_t    *etaArray = new Float_t[numTracksInCone];
 595      Float_t    *phiArray = new Float_t[numTracksInCone];
 596      Int_t      *pdgArray = new Int_t[numTracksInCone];
 597      Int_t             index = 0;
 598
 599      for(Int_t counter2=0; counter2<numberTracks; counter2++)
 600        {
 601          myP = fInputPointer->GetTrack(counter2);
 602          Float_t eta = myP->Eta();
 603          Float_t phi = myP->Phi();
 604          Float_t deta = fJetEta-eta;
 605          Float_t dphi = fJetPhi -phi;
 606          Float_t rad ;
 607          if ((deta*deta) + (dphi*dphi)>1.e-7)
 608          {
 609                  rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi) );
 610          }else
 611          {
 612                  rad=0.0;
 613          }
 614
 615          if(rad<=fConeRad)
 616            {
 617              pTArray[index] = myP->Pt();
 618              //Calculate track contribution within jetcone
 619              trackEnergy += myP->Pt();
 620              if(myP->Pt() >= fPtCut) trackEnergyPtCut += myP->Pt();
 621              etaArray[index] = eta;
 622              phiArray[index] = phi;
 623              pdgArray[index] = myP->GetPdgCode();
 624              index++;
 625              if(fHadCorr != 0)
 626              {
 627                      Double_t   fullP = myP->P();
 628                      Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
 629                      emcalEnergy -= hCEnergy*TMath::Sin(myP->Theta());
 630                      emcalEnergyBGSub -= hCEnergy*TMath::Sin(myP->Theta());
 631              } //end Hadron Correction loop
 632
 633            }//end if
 634        }//end for
 635
 636      //Loop over digits to find EMCal contribution within jetcone
 637      for(Int_t counter3=0; counter3<numberDigits; counter3++)
 638        {
 639          myD = fInputPointer->GetDigit(counter3);
 640          //GET DIGIT ETA, PHI so that can check if inside R!
 641          Float_t eta = 0.0;
 642          Float_t phi = 0.0;
 643          Int_t iID = myD->GetId();
 644          geom->EtaPhiFromIndex(iID, eta, phi);
 645          Float_t deta = fJetEta-eta;
 646          Float_t dphi = fJetPhi -(TMath::Pi()/180.0)*phi;
 647          //Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
 648          Float_t rad ;
 649          if ((deta*deta) + (dphi*dphi)>1.e-7)
 650          {
 651                  rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi) );
 652          }else
 653          {
 654                  rad=0.0;
 655          }
 656
 657          if(rad<=fConeRad)
 658            {
 659          Int_t amplitude = myD->GetAmp();     //Gets the integer valued amplitude of the digit
 660          Float_t amp = (Float_t)amplitude;        //Need to typecast to Float_t before doing real energy conversion
 661          Float_t digitEnergy = amp/10000000.0;    //Factor of 10 million needed to convert!
 662          emcalEnergy += digitEnergy;
 663          emcalEnergyBGSub += (digitEnergy - fEBGAve);
 664            }//end if
 665        }//end count3 for
 666
 667      //Save in JET object
 668      fJet.SetTrackList(numTracksInCone,pTArray, etaArray, phiArray, pdgArray);
 669      fJet.SetEMCALEnergy(emcalEnergy);
 670      fJet.SetEMCALEnergyBGSub(emcalEnergyBGSub);
 671      fJet.SetTrackEnergy(trackEnergy);
 672      fJet.SetTrackEnergyPtCut(trackEnergyPtCut);
 673      fOutputObject.AddJet(&fJet);
 674      delete[] pTArray;
 675      delete[] etaArray;
 676      delete[] phiArray;
 677      delete[] pdgArray;
 678    }
 679
 680
 681  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJets()
 682    {
 683      //Runs the complete UA1 JetFinding algorithm to find jets!
 684      if (fDebug>1) Info("FindJets","Starting Jet Finding!!!");
 685
 686      //If the array of JetFinderUnit objects has not been initialised then initialise with default settings
 687      if(!fArrayInitialised)
 688       {
 689        InitUnitArray();
 690        FillUnitArray(kFillAll);
 691       }//end if
 692      if (fDebug>1) Info("FindJets","Unit array filled");
 693
 694      //Step 1. Sort the array in descending order of Energy
 695      Sort(fUnit,fNumUnits);
 696
 697      //Step 2. Set the number of iterations and Number of jets found to zero to start
 698      fNumIter = 0;
 699      fNumJets = 0;
 700
 701      //Step 3. Begin the iteration loop to find jets
 702      //Need to iterate the algorithm while number of iterations<2 OR number of iterations<10 AND
 703      //the value of the average background has changed more than specified amount
 704      //Min iterations = 2, Max iterations = 10
 705      //while(fNumIter<2 || (fNumIter <10 && ( (fEBGTotal-fEBGTotalOld)/fEBGTotal) > fBGMaxMove) )
 706
 707      while(fNumIter<2 || (fNumIter <10 && ( fEBGTotal-fEBGTotalOld) > fEBGTotal*fBGMaxMove) )
 708        {
 709         if (fDebug>1) Info("FindJets","Starting BIG iteration ---> %i",fNumIter);
 710
 711          //Step 4. Find the value of the average background energy
 712          FindBG();
 713          fOutputObject.Reset(kResetJets); //Reset output object to store info for new iteration
 714          fNumJets=0;
 715
 716          //Loop over the array of unit objects and flag those with energy below MinCellEt
 717          Int_t numbelow = 0;
 718          for(Int_t j=0; j<fNumUnits; j++)
 719            {
 720              if( (fUnit[j].GetUnitEnergy()-fEBGAve) < fEtMin)
 721                 {
 722                   //          fUnit[j].SetUnitFlag(kBelowMinEt);    TAKING OUT kBelow flag
 723                   numbelow++;
 724                 }//end if
 725            }//end for
 726          //cout<<"THERE WERE "<<numbelow<<" units with E <EtMin!!!!!!!!!!!!!!!"<<endl;
 727
 728          //Do quick check if there are no jets upfront
 729          // if(fUnit[0].GetUnitFlag() == kBelowMinEt)
 730          if( (fUnit[0].GetUnitEnergy()-fEBGAve) < fEtMin)
 731            {
 732             cout <<"There are no jets for this event!" <<endl;
 733             break;
 734            }//end if
 735
 736          //Step 5. Begin with the first jet candidate cell (JET SEED LOOP)
 737          if (fDebug>5) Info("FindJets","Beginning JET SEED LOOP");
 738          for(Int_t count=0; count<fNumUnits; count++)
 739            {
 740
 741 //CHECK CONDITION HERE _ NOT SURE IF SHOULD MAYBE BE: GetUnitEnergy()-fEBGAve >fESeed?????????????????????????????
 742              if(fUnit[count].GetUnitEnergy()>=fESeed && fUnit[count].GetUnitFlag()==kOutJet)
 743                {
 744                  fEnergy = fUnit[count].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 745                  fJetEta = fUnit[count].GetUnitEta();
 746                  fJetPhi = fUnit[count].GetUnitPhi();
 747                  Int_t seedID = fUnit[count].GetUnitID();
 748                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Inside first candidate jet seed loop for time : %i", count);
 749                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate energy %f ",fEnergy);
 750                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate eta %f ", fJetEta);
 751                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate phi %f ", fJetPhi);
 752                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate ID %i", seedID);
 753
 754                  fEtaInit = fJetEta;
 755                  fPhiInit = fJetPhi;
 756                  fEtaB = fJetEta;
 757                  fPhiB = fJetPhi;
 758                  fJetESum = 0.0;
 759                  fJetEtaSum = 0.0;
 760                  fJetPhiSum = 0.0;
 761
 762          //Step 6. Find Jet Eta and Phi
 763                  //Loop over all units in the array to find the ones in the jet cone and determine contrib to Jet eta, phi
 764                  do
 765                    {
 766                      for(Int_t count1=0; count1<fNumUnits; count1++)
 767                        {
 768                          if(fUnit[count1].GetUnitID() == seedID) continue;   //skip unit if the jetseed to avoid doublecounting
 769                          if(fUnit[count1].GetUnitFlag() == kOutJet)
 770                            {
 771                              fDEta = fUnit[count1].GetUnitEta() - fJetEta;
 772                              fDPhi = fUnit[count1].GetUnitPhi() - fJetPhi;
 773                              if ( (fDEta*fDEta) + (fDPhi*fDPhi) >1.e-7)
 774                              {
 775                                      fRad = TMath::Sqrt( (fDEta*fDEta) + (fDPhi*fDPhi) );
 776                              }else
 777                              {
 778                                      fRad=0.000;
 779                              }
 780                              if(fRad <= fConeRad)
 781                                {
 782                                  FindJetEtaPhi(count1);
 783                                }//end if
 784                            }//end if
 785                        }//end for (Jet Eta, Phi LOOP)
 786
 787                       //Find the distance cone centre moved from previous cone centre
 788                       if (fDebug>10) Info("FindJets","Checking if cone move small enough");
 789                       if (((fJetEta-fEtaB)*(fJetEta-fEtaB)) + ((fJetPhi-fPhiB)*(fJetPhi-fPhiB))  >1.e-7)
 790                       {
 791                               fDistP = TMath::Sqrt( ((fJetEta-fEtaB)*(fJetEta-fEtaB)) + ((fJetPhi-fPhiB)*(fJetPhi-fPhiB)) );
 792                       }else
 793                       {
 794                               fDistP = 0.00;
 795                       }
 796                       //     if(fDistP <= fMinMove) break;
 797
 798
 799                       //Find the distance cone centre is from initiator cell
 800                       if (fDebug>10) Info("FindJets","Checking if cone move too large");
 801                       if ( ((fJetEtaSum)*(fJetEtaSum))+((fJetPhiSum)*(fJetPhiSum)) >1.e-7)
 802                       {
 803                               fDistI = TMath::Sqrt( ((fJetEtaSum/fJetESum)*(fJetEtaSum/fJetESum)) + ((fJetPhiSum/fJetESum)*
 804                                                                                                     (fJetPhiSum/fJetESum)));
 805                       }else
 806                       {
 807                               fDistI = 0.00;
 808                       }
 809
 810                       if(fDistP>fMinMove && fDistI<fMaxMove)
 811                         {
 812                           fEtaB = fJetEta;
 813                           fPhiB = fJetPhi;
 814                         }//end if
 815
 816                    }while(fDistP>fMinMove && fDistI<fMaxMove);
 817
 818                  fJetEta = fEtaB;
 819                  fJetPhi = fPhiB;
 820
 821
 822        //Step 7. Find the Jet Energy
 823                  if (fDebug>1) Info("FindJets","Looking for Jet energy");
 824                  fJetESum = 0.0;
 825                  fJetEtaSum = 0.0;
 826                  fJetPhiSum = 0.0;
 827                  fNumInCone = 0;
 828                  FindJetEnergy();
 829
 830                  //cout<<"Number of cells in jet cone is: "<<fNumInCone<<endl;
 831
 832        //Step 8. Check if the jet is a valid jet
 833                  //Check if cluster energy is above Min allowed to be a jet
 834 //DID NOT DO THE COSH COMPARISON HERE -> NEED TO CHECK WHICH COMPARISON IS BEST!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 835                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Checking cluster is valid jet");
 836                  if(fJetESum < fJetEMin)
 837                    {
 838                      for(Int_t count2=0; count2<fNumUnits; count2++)
 839                        {
 840                          if(fUnit[count2].GetUnitFlag()==kInCurrentJet || fUnit[count2].GetUnitFlag()==kOutJet)
 841                            fUnit[count2].SetUnitFlag(kOutJet);
 842                        }//end for
 843                    if (fDebug>10) Info("FindJets","NOT a valid jet cell");
 844                   }else
 845                     {
 846                      for(Int_t count2=0; count2<fNumUnits; count2++)
 847                        {
 848                          if(fUnit[count2].GetUnitFlag()==kInCurrentJet)
 849                            {
 850                              //      cout<<"Setting unit #"<<count2 <<" to be officially in a jet!"<<endl;
 851                            fUnit[count2].SetUnitFlag(kInJet);
 852                            }
 853                        }//end for
 854
 855  //NEED TO CHECK FINAL WEIRD ITERATION OF ETA AND PHI CHANGES!!!!!!!!!
 856                      //  fJetPhi += fJetPhiSum/fJetESum;        //CHECK!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 857                      //  fJetEta += fJetEtaSum/fJetESum;        //CHECK!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 858
 859                      fNumJets++;              //Incrementing number of jets found
 860                      StoreJetInfo();          //Storing jet info
 861
 862                  }//end if (check cluster above Min Jet Energy)
 863                }//end if (Jet Seed condition)
 864            }//end (JET SEED LOOP)
 865
 866 if (fDebug>5) Info("FindJets","End of BIG iteration number %i",fNumIter);
 867 // this->Dump();
 868          fNumIter++;
 869        }//end 10 iteration WHILE LOOP
 870  }
 871
 872
 873
 874
 875
 876
 877
 878
 879
 880
 881