EMCAL/AliEMCALQADataMakerRec.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15 /*
  16 Based on the QA code for PHOS written by Yves Schutz July 2007
  17
  18 Authors:  J.Klay (Cal Poly) May 2008
  19           S. Salur LBL April 2008
  20
  21 Created one histogram for QA shifter;-- Yaxian Mao: 11/2009
  22 The idea:average counts for all the towers should be flat
  23 Change all existing histograms as experts
  24
  25 Change histograms for DQM shifter: --  Yaxian Mao 04/2010
  26 Calcuate the amplitude ratio from current run and the LED reference, for QAChecker use
  27 Also calculate the ratio of amplitude from LED Monitor system (current/Reference), to check LED system
  28
  29 */
  30
  31 // --- ROOT system ---
  32 #include <TClonesArray.h>
  33 #include <TFile.h>
  34 #include <TH1F.h>
  35 #include <TH1I.h>
  36 #include <TH2F.h>
  37 #include <TLine.h>
  38 #include <TText.h>
  39 #include <TProfile.h>
  40 #include <TProfile2D.h>
  41 #include <TStyle.h>
  42 // --- Standard library ---
  43
  44
  45 // --- AliRoot header files ---
  46 #include "AliDAQ.h"
  47 #include "AliESDCaloCluster.h"
  48 #include "AliESDCaloCells.h"
  49 #include "AliESDEvent.h"
  50 #include "AliLog.h"
  51 #include "AliEMCALQADataMakerRec.h"
  52 #include "AliQAChecker.h"
  53 #include "AliEMCALDigit.h"
  54 #include "AliEMCALRecPoint.h"
  55 #include "AliEMCALRawUtils.h"
  56 #include "AliEMCALReconstructor.h"
  57 #include "AliEMCALRecParam.h"
  58 #include "AliRawReader.h"
  59 #include "AliCaloRawStreamV3.h"
  60 #include "AliEMCALGeoParams.h"
  61 #include "AliRawEventHeaderBase.h"
  62 #include "AliQAManager.h"
  63 #include "AliCDBEntry.h"
  64
  65 #include "AliCaloBunchInfo.h"
  66 #include "AliCaloFitResults.h"
  67 #include "AliCaloRawAnalyzerFastFit.h"
  68 #include "AliCaloRawAnalyzerNN.h"
  69 //#include "AliCaloRawAnalyzerLMS.h"
  70 #include "AliCaloRawAnalyzerKStandard.h"
  71 #include "AliCaloRawAnalyzerPeakFinder.h"
  72 #include "AliCaloRawAnalyzerCrude.h"
  73 #include "AliEMCALGeometry.h"
  74 #include "AliEMCALTriggerSTURawStream.h"
  75
  76 #include "AliCaloRawAnalyzerFactory.h"
  77
  78 using namespace std;
  79
  80 ClassImp(AliEMCALQADataMakerRec)
  81
  82 //____________________________________________________________________________
  83 AliEMCALQADataMakerRec::AliEMCALQADataMakerRec(fitAlgorithm fitAlgo) :
  84   AliQADataMakerRec(AliQAv1::GetDetName(AliQAv1::kEMCAL), "EMCAL Quality Assurance Data Maker"),
  85   fFittingAlgorithm(0),
  86   fRawAnalyzer(0),
  87   fRawAnalyzerTRU(0),
  88         fGeom(0),
  89   fSuperModules(12), // FIXME!!! number of SuperModules; 12 for 2012; update default for later runs
  90   fFirstPedestalSample(0),
  91   fLastPedestalSample(3),
  92   fFirstPedestalSampleTRU(0),
  93   fLastPedestalSampleTRU(3),
  94   fMinSignalLG(0),
  95   fMaxSignalLG(AliEMCALGeoParams::fgkSampleMax),
  96   fMinSignalHG(0),
  97   fMaxSignalHG(AliEMCALGeoParams::fgkSampleMax),
  98   fMinSignalTRU(0),
  99   fMaxSignalTRU(AliEMCALGeoParams::fgkSampleMax),
 100   fMinSignalLGLEDMon(0),
 101   fMaxSignalLGLEDMon(AliEMCALGeoParams::fgkSampleMax),
 102   fMinSignalHGLEDMon(0),
 103   fMaxSignalHGLEDMon(AliEMCALGeoParams::fgkSampleMax),
 104   fCalibRefHistoPro(NULL),
 105   fCalibRefHistoH2F(NULL),
 106   fLEDMonRefHistoPro(NULL),
 107   fHighEmcHistoH2F(NULL)
 108 //  fTextSM(new TText*[fSuperModules]) ,
 109 //  fLineCol(NULL),
 110 //  fLineRow(NULL)
 111
 112 {
 113   // ctor
 114   SetFittingAlgorithm(fitAlgo);
 115
 116   //fRawAnalyzerTRU = new AliCaloRawAnalyzerLMS();
 117
 118   fRawAnalyzerTRU =  ( AliCaloRawAnalyzerKStandard*)AliCaloRawAnalyzerFactory::CreateAnalyzer(kLMS);
 119
 120   fRawAnalyzerTRU->SetFixTau(kTRUE);
 121   fRawAnalyzerTRU->SetTau(2.5); // default for TRU shaper
 122
 123         fGeom = new AliEMCALGeometry("EMCAL_COMPLETE12SMV1", "EMCAL");
 124 //  for (Int_t sm = 0 ; sm < fSuperModules ; sm++){
 125 //    fTextSM[sm] = NULL ;
 126 //  }
 127 }
 128
 129 //____________________________________________________________________________
 130 AliEMCALQADataMakerRec::AliEMCALQADataMakerRec(const AliEMCALQADataMakerRec& qadm) :
 131   AliQADataMakerRec(),
 132   fFittingAlgorithm(0),
 133   fRawAnalyzer(0),
 134   fRawAnalyzerTRU(0),
 135         fGeom(0),
 136   fSuperModules(qadm.GetSuperModules()),
 137   fFirstPedestalSample(qadm.GetFirstPedestalSample()),
 138   fLastPedestalSample(qadm.GetLastPedestalSample()),
 139   fFirstPedestalSampleTRU(qadm.GetFirstPedestalSampleTRU()),
 140   fLastPedestalSampleTRU(qadm.GetLastPedestalSampleTRU()),
 141   fMinSignalLG(qadm.GetMinSignalLG()),
 142   fMaxSignalLG(qadm.GetMaxSignalLG()),
 143   fMinSignalHG(qadm.GetMinSignalHG()),
 144   fMaxSignalHG(qadm.GetMaxSignalHG()),
 145   fMinSignalTRU(qadm.GetMinSignalTRU()),
 146   fMaxSignalTRU(qadm.GetMaxSignalTRU()),
 147   fMinSignalLGLEDMon(qadm.GetMinSignalLGLEDMon()),
 148   fMaxSignalLGLEDMon(qadm.GetMaxSignalLGLEDMon()),
 149   fMinSignalHGLEDMon(qadm.GetMinSignalHGLEDMon()),
 150   fMaxSignalHGLEDMon(qadm.GetMaxSignalHGLEDMon()),
 151   fCalibRefHistoPro(NULL),
 152   fCalibRefHistoH2F(NULL),
 153   fLEDMonRefHistoPro(NULL),
 154   fHighEmcHistoH2F(NULL)
 155 //  fTextSM(new TText*[fSuperModules]) ,
 156 //  fLineCol(NULL),
 157 //  fLineRow(NULL)
 158 {
 159   //copy ctor
 160   SetName((const char*)qadm.GetName()) ;
 161   SetTitle((const char*)qadm.GetTitle());
 162   SetFittingAlgorithm(qadm.GetFittingAlgorithm());
 163
 164   //fRawAnalyzerTRU = new AliCaloRawAnalyzerLMS();
 165   fRawAnalyzerTRU = (AliCaloRawAnalyzerKStandard*)AliCaloRawAnalyzerFactory::CreateAnalyzer(kLMS);
 166   fRawAnalyzerTRU->SetFixTau(kTRUE);
 167   fRawAnalyzerTRU->SetTau(2.5); // default for TRU shaper
 168 //  for (Int_t sm = 0 ; sm < fSuperModules ; sm++){
 169 //    fTextSM[sm] = qadm.fTextSM[sm] ;
 170 //  }
 171 }
 172
 173 //__________________________________________________________________
 174 AliEMCALQADataMakerRec& AliEMCALQADataMakerRec::operator = (const AliEMCALQADataMakerRec& qadm )
 175 {
 176   // Equal operator.
 177   this->~AliEMCALQADataMakerRec();
 178   new(this) AliEMCALQADataMakerRec(qadm);
 179 //  fLineCol = NULL;
 180 //  fLineRow = NULL;
 181 //  for (Int_t sm = 0 ; sm < fSuperModules ; sm++){
 182 //    fTextSM[sm] = qadm.fTextSM[sm] ;
 183 //  }
 184   return *this;
 185 }
 186
 187 //____________________________________________________________________________
 188 void AliEMCALQADataMakerRec::EndOfDetectorCycle(AliQAv1::TASKINDEX_t task, TObjArray ** list)
 189 {
 190   //Detector specific actions at end of cycle
 191
 192 //  if(fCycleCounter)
 193 //        GetRawsData(kNEventsPerTower)->Scale(1./fCycleCounter);
 194
 195   // do the QA checking
 196   ResetEventTrigClasses(); // reset triggers list to select all histos
 197   AliQAChecker::Instance()->Run(AliQAv1::kEMCAL, task, list) ;
 198 }
 199
 200 //____________________________________________________________________________
 201 void AliEMCALQADataMakerRec::GetCalibRefFromOCDB()
 202 {
 203   //Get the reference histogram from OCDB
 204   TString sName1("hHighEmcalRawMaxMinusMin") ;
 205   TString sName2("hLowLEDMonEmcalRawMaxMinusMin") ;
 206   sName1.Prepend(Form("%s_", AliRecoParam::GetEventSpecieName(AliRecoParam::kCalib))) ;
 207   sName2.Prepend(Form("%s_", AliRecoParam::GetEventSpecieName(AliRecoParam::kCalib))) ;
 208
 209   TString refStorage(AliQAv1::GetQARefStorage()) ;
 210   if (!refStorage.Contains(AliQAv1::GetLabLocalOCDB()) && !refStorage.Contains(AliQAv1::GetLabAliEnOCDB())) {
 211     AliFatal(Form("%s is not a valid location for reference data", refStorage.Data())) ;
 212   } else {
 213     AliQAManager* manQA = AliQAManager::QAManager(AliQAv1::kRAWS) ;
 214     AliQAv1::SetQARefDataDirName(AliRecoParam::kCalib) ;
 215     if ( ! manQA->GetLock() ) {
 216       manQA->SetDefaultStorage(AliQAv1::GetQARefStorage()) ;
 217       manQA->SetSpecificStorage("*", AliQAv1::GetQARefStorage()) ;
 218       manQA->SetRun(AliCDBManager::Instance()->GetRun()) ;
 219       manQA->SetLock() ;
 220     }
 221     char * detOCDBDir = Form("%s/%s/%s", GetName(), AliQAv1::GetRefOCDBDirName(), AliQAv1::GetRefDataDirName()) ;
 222     AliCDBEntry * entry = manQA->Get(detOCDBDir, manQA->GetRun()) ;
 223     if (entry) {
 224       TList * listDetQAD =static_cast<TList *>(entry->GetObject()) ;
 225       if ( strcmp(listDetQAD->ClassName(), "TList") != 0 ) {
 226         AliError(Form("Expected a Tlist and found a %s for detector %s", listDetQAD->ClassName(), GetName())) ;
 227         listDetQAD = NULL ;
 228       }
 229       TObjArray * dirOCDB= NULL ;
 230       if ( listDetQAD )
 231         dirOCDB = static_cast<TObjArray *>(listDetQAD->FindObject(Form("%s/%s", AliQAv1::GetTaskName(AliQAv1::kRAWS).Data(), AliRecoParam::GetEventSpecieName(AliRecoParam::kCalib)))) ;
 232       if (dirOCDB){
 233         fCalibRefHistoPro = dynamic_cast<TProfile *>(dirOCDB->FindObject(sName1.Data())) ;
 234         fLEDMonRefHistoPro = dynamic_cast<TProfile *>(dirOCDB->FindObject(sName2.Data())) ;
 235       }
 236     }
 237   }
 238
 239   if(fCalibRefHistoPro && fLEDMonRefHistoPro){
 240
 241     //Defining histograms binning, each 2D histogram covers all SMs
 242     Int_t nSMSectors = fSuperModules / 2; // 2 SMs per sector
 243     Int_t nbinsZ = 2*AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
 244     Int_t nbinsPhi = nSMSectors * AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows;
 245
 246     if(!fCalibRefHistoH2F)
 247       fCalibRefHistoH2F =  new TH2F("hCalibRefHisto", "hCalibRefHisto", nbinsZ, -0.5, nbinsZ - 0.5, nbinsPhi, -0.5, nbinsPhi -0.5);
 248     ConvertProfile2H(fCalibRefHistoPro,fCalibRefHistoH2F) ;
 249   } else {
 250     AliFatal(Form("No reference object with name %s or %s found", sName1.Data(), sName2.Data())) ;
 251   }
 252 }
 253 //____________________________________________________________________________
 254 void AliEMCALQADataMakerRec::InitESDs()
 255 {
 256   //Create histograms to controll ESD
 257   const Bool_t expert   = kTRUE ;
 258   const Bool_t image    = kTRUE ;
 259
 260   TH1F * h1 = new TH1F("hESDCaloClusterE",  "ESDs CaloCluster energy in EMCAL;Energy [GeV];Counts",    200, 0., 100.) ;
 261   h1->Sumw2() ;
 262   Add2ESDsList(h1, kESDCaloClusE, !expert, image)  ;
 263
 264   TH1I * h2 = new TH1I("hESDCaloClusterM", "ESDs CaloCluster multiplicity in EMCAL;# of Clusters;Entries", 100, 0,  100) ;
 265   h2->Sumw2() ;
 266   Add2ESDsList(h2, kESDCaloClusM, !expert, image)  ;
 267
 268   TH1F * h3 = new TH1F("hESDCaloCellA",  "ESDs CaloCell amplitude in EMCAL;Energy [GeV];Counts",    500, 0., 50.) ;
 269   h3->Sumw2() ;
 270   Add2ESDsList(h3, kESDCaloCellA, !expert, image)  ;
 271
 272   TH1I * h4 = new TH1I("hESDCaloCellM", "ESDs CaloCell multiplicity in EMCAL;# of Clusters;Entries", 200, 0,  1000) ;
 273   h4->Sumw2() ;
 274   Add2ESDsList(h4, kESDCaloCellM, !expert, image) ;
 275   //
 276   ClonePerTrigClass(AliQAv1::kESDS); // this should be the last line
 277 }
 278
 279 //____________________________________________________________________________
 280 void AliEMCALQADataMakerRec::InitDigits()
 281 {
 282   // create Digits histograms in Digits subdir
 283   const Bool_t expert   = kTRUE ;
 284   const Bool_t image    = kTRUE ;
 285
 286   TH1I * h0 = new TH1I("hEmcalDigits",    "Digits amplitude distribution in EMCAL;Amplitude [ADC counts];Counts",    500, 0, 500) ;
 287   h0->Sumw2() ;
 288   Add2DigitsList(h0, 0, !expert, image) ;
 289   TH1I * h1 = new TH1I("hEmcalDigitsMul", "Digits multiplicity distribution in EMCAL;# of Digits;Entries", 200, 0, 2000) ;
 290   h1->Sumw2() ;
 291   Add2DigitsList(h1, 1, !expert, image) ;
 292   //
 293   ClonePerTrigClass(AliQAv1::kDIGITS); // this should be the last line
 294 }
 295
 296 //____________________________________________________________________________
 297 void AliEMCALQADataMakerRec::InitRecPoints()
 298 {
 299   // create Reconstructed PoInt_ts histograms in RecPoints subdir
 300   const Bool_t expert   = kTRUE ;
 301   const Bool_t image    = kTRUE ;
 302
 303   TH1F* h0 = new TH1F("hEMCALRpE","EMCAL RecPoint energies;Energy [GeV];Counts",200, 0.,20.); //GeV
 304   h0->Sumw2();
 305   Add2RecPointsList(h0,kRecPE, !expert, image);
 306
 307   TH1I* h1 = new TH1I("hEMCALRpM","EMCAL RecPoint multiplicities;# of Clusters;Entries",100,0,100);
 308   h1->Sumw2();
 309   Add2RecPointsList(h1,kRecPM, !expert, image);
 310
 311   TH1I* h2 = new TH1I("hEMCALRpDigM","EMCAL RecPoint Digit Multiplicities;# of Digits;Entries",20,0,20);
 312   h2->Sumw2();
 313   Add2RecPointsList(h2,kRecPDigM, !expert, image);
 314   //
 315   ClonePerTrigClass(AliQAv1::kRECPOINTS); // this should be the last line
 316 }
 317
 318 //____________________________________________________________________________
 319 void AliEMCALQADataMakerRec::InitRaws()
 320 {
 321   // create Raws histograms in Raws subdir
 322   const Bool_t expert   = kTRUE ;
 323   const Bool_t saveCorr = kTRUE ;
 324   const Bool_t image    = kTRUE ;
 325   const Option_t *profileOption = "s";
 326
 327   Int_t nTowersPerSM = AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows * AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; // number of towers in a SuperModule; 24x48
 328   Int_t nTot = fSuperModules * nTowersPerSM; // max number of towers in all SuperModules
 329
 330   //Defining histograms binning, each 2D histogram covers all SMs
 331   Int_t nSMSectors = fSuperModules / 2; // 2 SMs per sector
 332   Int_t nbinsZ = 2*AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
 333   Int_t nbinsPhi = nSMSectors * AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows;
 334
 335   Int_t nTRUCols = 2*AliEMCALGeoParams::fgkEMCALTRUCols; //total TRU columns for 2D TRU histos
 336   Int_t nTRURows = nSMSectors*AliEMCALGeoParams::fgkEMCALTRUsPerSM*AliEMCALGeoParams::fgkEMCALTRURows; //total TRU rows for 2D TRU histos
 337    // counter info: number of channels per event (bins are SM index)
 338   TProfile * h0 = new TProfile("hLowEmcalSupermodules", "Low Gain EMC: # of towers vs SuperMod;SM Id;# of towers",
 339                                fSuperModules, -0.5, fSuperModules-0.5, profileOption) ;
 340   Add2RawsList(h0, kNsmodLG, expert, !image, !saveCorr) ;
 341   TProfile * h1 = new TProfile("hHighEmcalSupermodules", "High Gain EMC: # of towers vs SuperMod;SM Id;# of towers",
 342                                fSuperModules, -0.5, fSuperModules-0.5, profileOption) ;
 343   Add2RawsList(h1, kNsmodHG, expert, !image, !saveCorr) ;
 344
 345   // where did max sample occur? (bins are towers)
 346   TProfile * h2 = new TProfile("hLowEmcalRawtime", "Low Gain EMC: Time at Max vs towerId;Tower Id;Time [ticks]",
 347                                nTot, -0.5, nTot-0.5, profileOption) ;
 348   Add2RawsList(h2, kTimeLG, expert, !image, !saveCorr) ;
 349   TProfile * h3 = new TProfile("hHighEmcalRawtime", "High Gain EMC: Time at Max vs towerId;Tower Id;Time [ticks]",
 350                                nTot, -0.5, nTot-0.5, profileOption) ;
 351   Add2RawsList(h3, kTimeHG, expert, !image, !saveCorr) ;
 352
 353   // how much above pedestal was the max sample?  (bins are towers)
 354   TProfile * h4 = new TProfile("hLowEmcalRawMaxMinusMin", "Low Gain EMC: Max - Min vs towerId;Tower Id;Max-Min [ADC counts]",
 355                                nTot, -0.5, nTot-0.5, profileOption) ;
 356   Add2RawsList(h4, kSigLG, expert, !image, !saveCorr) ;
 357   TProfile * h5 = new TProfile("hHighEmcalRawMaxMinusMin", "High Gain EMC: Max - Min vs towerId;Tower Id;Max-Min [ADC counts]",
 358                                nTot, -0.5, nTot-0.5, profileOption) ;
 359   Add2RawsList(h5, kSigHG, expert, !image, !saveCorr) ;
 360
 361   // total counter: channels per event
 362   TH1I * h6 = new TH1I("hLowNtot", "Low Gain EMC: Total Number of found towers;# of Towers;Counts", 200, 0, nTot) ;
 363   h6->Sumw2() ;
 364   Add2RawsList(h6, kNtotLG, expert, !image, !saveCorr) ;
 365   TH1I * h7 = new TH1I("hHighNtot", "High Gain EMC: Total Number of found towers;# of Towers;Counts", 200,0, nTot) ;
 366   h7->Sumw2() ;
 367   Add2RawsList(h7, kNtotHG, expert, !image, !saveCorr) ;
 368
 369   // pedestal (bins are towers)
 370   TProfile * h8 = new TProfile("hLowEmcalRawPed", "Low Gain EMC: Pedestal vs towerId;Tower Id;Pedestal [ADC counts]",
 371                                nTot, -0.5, nTot-0.5, profileOption) ;
 372   Add2RawsList(h8, kPedLG, expert, !image, !saveCorr) ;
 373   TProfile * h9 = new TProfile("hHighEmcalRawPed", "High Gain EMC: Pedestal vs towerId;Tower Id;Pedestal [ADC counts]",
 374                                nTot, -0.5, nTot-0.5, profileOption) ;
 375   Add2RawsList(h9, kPedHG, expert, !image, !saveCorr) ;
 376
 377
 378   // now repeat the same for TRU and LEDMon data
 379   Int_t nTot2x2 = fSuperModules * AliEMCALGeoParams::fgkEMCALTRUsPerSM * AliEMCALGeoParams::fgkEMCAL2x2PerTRU; // max number of TRU channels for all SuperModules
 380
 381   // counter info: number of channels per event (bins are SM index)
 382   TProfile * hT0 = new TProfile("hTRUEmcalSupermodules", "TRU EMC: # of TRU channels vs SuperMod;SM Id;# of TRU channels",
 383                                 fSuperModules, -0.5, fSuperModules-0.5, profileOption) ;
 384   Add2RawsList(hT0, kNsmodTRU, expert, !image, !saveCorr) ;
 385
 386   // how much above pedestal was the max sample?  (bins are TRU channels)
 387   TProfile * hT1 = new TProfile("hTRUEmcalRawMaxMinusMin", "TRU EMC: Max - Min vs 2x2Id;2x2 Id;Max-Min [ADC counts]",
 388                                 nTot2x2, -0.5, nTot2x2-0.5, profileOption) ;
 389   Add2RawsList(hT1, kSigTRU, expert, !image, !saveCorr) ;
 390
 391   // total counter: channels per event
 392   TH1I * hT2 = new TH1I("hTRUNtot", "TRU EMC: Total Number of found TRU channels;# of TRU Channels;Counts", 200, 0, nTot2x2) ;
 393   hT2->Sumw2() ;
 394   Add2RawsList(hT2, kNtotTRU, expert, !image, !saveCorr) ;
 395
 396   // L0 trigger hits: # of hits (bins are TRU channels)
 397   TH2I * hT3 = new TH2I("hTRUEmcalL0hits", "L0 trigger hits: Total number of 2x2 L0 generated",  nTRUCols, -0.5, nTRUCols - 0.5, nTRURows, -0.5, nTRURows-0.5);
 398   hT3->SetOption("COLZ");
 399   //hT3->Sumw2();
 400   Add2RawsList(hT3, kNL0TRU, expert, image, !saveCorr);
 401
 402   // L0 trigger hits: average time (bins are TRU channels)
 403   TProfile2D * hT4 = new TProfile2D("hTRUEmcalL0hitsAvgTime", "L0 trigger hits: average time bin", nTRUCols, -0.5, nTRUCols - 0.5, nTRURows, -0.5, nTRURows-0.5, profileOption);
 404   hT4->SetOption("COLZ");
 405   Add2RawsList(hT4, kTimeL0TRU, expert, image, !saveCorr);
 406
 407   // L0 trigger hits: first in the event (bins are TRU channels)
 408   TH1I * hT5 = new TH1I("hTRUEmcalL0hitsFirst", "L0 trigger hits: First hit in the event", nTot2x2, -0.5, nTot2x2);
 409   hT5->Sumw2();
 410   Add2RawsList(hT5, kNL0FirstTRU, expert, !image, !saveCorr);
 411
 412   // L0 trigger hits: average time of first hit in the event (bins are TRU channels)
 413   TProfile * hT6 = new TProfile("hTRUEmcalL0hitsFirstAvgTime", "L0 trigger hits: average time of first hit", nTot2x2, -0.5, nTot2x2, profileOption);
 414   Add2RawsList(hT6, kTimeL0FirstTRU, expert, !image, !saveCorr);
 415
 416   // and also LED Mon..
 417   // LEDMon has both high and low gain channels, just as regular FEE/towers
 418   Int_t nTotLEDMon = fSuperModules * AliEMCALGeoParams::fgkEMCALLEDRefs; // max number of LEDMon channels for all SuperModules
 419
 420   // counter info: number of channels per event (bins are SM index)
 421   TProfile * hL0 = new TProfile("hLowLEDMonEmcalSupermodules", "LowLEDMon Gain EMC: # of strips vs SuperMod;SM Id;# of strips",
 422                                fSuperModules, -0.5, fSuperModules-0.5, profileOption) ;
 423   Add2RawsList(hL0, kNsmodLGLEDMon, expert, !image, !saveCorr) ;
 424   TProfile * hL1 = new TProfile("hHighLEDMonEmcalSupermodules", "HighLEDMon Gain EMC: # of strips vs SuperMod;SM Id;# of strips",
 425                                fSuperModules, -0.5, fSuperModules-0.5, profileOption) ;
 426   Add2RawsList(hL1, kNsmodHGLEDMon, expert, !image, !saveCorr) ;
 427
 428   // where did max sample occur? (bins are strips)
 429   TProfile * hL2 = new TProfile("hLowLEDMonEmcalRawtime", "LowLEDMon Gain EMC: Time at Max vs stripId;Strip Id;Time [ticks]",
 430                                nTotLEDMon, -0.5, nTotLEDMon-0.5, profileOption) ;
 431   Add2RawsList(hL2, kTimeLGLEDMon, expert, !image, !saveCorr) ;
 432   TProfile * hL3 = new TProfile("hHighLEDMonEmcalRawtime", "HighLEDMon Gain EMC: Time at Max vs stripId;Strip Id;Time [ticks]",
 433                                nTotLEDMon, -0.5, nTotLEDMon-0.5, profileOption) ;
 434   Add2RawsList(hL3, kTimeHGLEDMon, expert, !image, !saveCorr) ;
 435
 436   // how much above pedestal was the max sample?  (bins are strips)
 437   TProfile * hL4 = new TProfile("hLowLEDMonEmcalRawMaxMinusMin", "LowLEDMon Gain EMC: Max - Min vs stripId;Strip Id;Max-Min [ADC counts]",
 438                                nTotLEDMon, -0.5, nTotLEDMon-0.5, profileOption) ;
 439   Add2RawsList(hL4, kSigLGLEDMon, expert, !image, !saveCorr) ;
 440   TProfile * hL5 = new TProfile("hHighLEDMonEmcalRawMaxMinusMin", "HighLEDMon Gain EMC: Max - Min vs stripId;Strip Id;Max-Min [ADC counts]",
 441                                nTotLEDMon, -0.5, nTotLEDMon-0.5, profileOption) ;
 442   Add2RawsList(hL5, kSigHGLEDMon, expert, !image, !saveCorr) ;
 443
 444     // total counter: channels per event
 445   TH1I * hL6 = new TH1I("hLowLEDMonNtot", "LowLEDMon Gain EMC: Total Number of found strips;# of Strips;Counts", 200, 0, nTotLEDMon) ;
 446   hL6->Sumw2() ;
 447   Add2RawsList(hL6, kNtotLGLEDMon, expert, !image, !saveCorr) ;
 448   TH1I * hL7 = new TH1I("hHighLEDMonNtot", "HighLEDMon Gain EMC: Total Number of found strips;# of Strips;Counts", 200,0, nTotLEDMon) ;
 449   hL7->Sumw2() ;
 450   Add2RawsList(hL7, kNtotHGLEDMon, expert, !image, !saveCorr) ;
 451
 452   // pedestal (bins are strips)
 453   TProfile * hL8 = new TProfile("hLowLEDMonEmcalRawPed", "LowLEDMon Gain EMC: Pedestal vs stripId;Strip Id;Pedestal [ADC counts]",
 454                                nTotLEDMon, -0.5, nTotLEDMon-0.5, profileOption) ;
 455   Add2RawsList(hL8, kPedLGLEDMon, expert, !image, !saveCorr) ;
 456   TProfile * hL9 = new TProfile("hHighLEDMonEmcalRawPed", "HighLEDMon Gain EMC: Pedestal vs stripId;Strip Id;Pedestal [ADC counts]",
 457                                nTotLEDMon, -0.5, nTotLEDMon-0.5, profileOption) ;
 458   Add2RawsList(hL9, kPedHGLEDMon, expert, !image, !saveCorr) ;
 459
 460   //temp 2D amplitude histogram for the current run
 461   fHighEmcHistoH2F = new TH2F("h2DHighEC2", "High Gain EMC:Max - Min [ADC counts]", nbinsZ, -0.5 , nbinsZ-0.5, nbinsPhi, -0.5, nbinsPhi-0.5);
 462    fHighEmcHistoH2F->SetDirectory(0) ; // this histo must be memory resident
 463   //add ratio histograms: to comapre the current run with the reference data
 464   TH2F * h15 = new TH2F("h2DRatioAmp", "High Gain Ratio to Reference:Amplitude_{current run}/Amplitude_{reference run}", nbinsZ, -0.5 , nbinsZ-0.5,
 465                         nbinsPhi, -0.5, nbinsPhi-0.5);
 466   //settings for display in amore
 467   h15->SetTitle("Amplitude_{current run}/Amplitude_{reference run}");
 468   h15->SetMaximum(2.0);
 469   h15->SetMinimum(0.1);
 470   h15->SetOption("COLZ");
 471   gStyle->SetOptStat(0);
 472   Int_t color[] = {4,3,2} ;
 473   gStyle->SetPalette(3,color);
 474   h15->GetZaxis()->SetNdivisions(3);
 475   h15->UseCurrentStyle();
 476   h15->SetDirectory(0);
 477   Add2RawsList(h15, k2DRatioAmp, expert, image, !saveCorr) ;
 478
 479   TH1F * h16 = new TH1F("hRatioDist", "Amplitude_{current run}/Amplitude_{reference run} ratio distribution", nTot, 0., 2.);
 480   // h16->SetMinimum(0.1);
 481   // h16->SetMaximum(100.);
 482   gStyle->SetOptStat(0);
 483   h16->UseCurrentStyle();
 484   h16->SetDirectory(0);
 485   Add2RawsList(h16, kRatioDist, !expert, image, !saveCorr) ;
 486
 487   //add two histograms for shifter from the LED monitor system: comapre LED monitor with the reference run
 488   //to be used for decision whether we need to change reference data
 489   TH1F * hL10 = new TH1F("hMaxMinusMinLEDMonRatio", "LEDMon amplitude, Ratio to reference run", nTotLEDMon, -0.5, nTotLEDMon-0.5) ;
 490   //settings for display in amore
 491   hL10->SetTitle("Amplitude_{LEDMon current}/Amplitude_{LEDMon reference}");
 492   hL10->SetMaximum(2.0);
 493   hL10->SetMinimum(0.1);
 494   gStyle->SetOptStat(0);
 495   hL10->UseCurrentStyle();
 496   hL10->SetDirectory(0);
 497 //  hL10->SetOption("E");
 498   Add2RawsList(hL10, kLEDMonRatio, expert, image, !saveCorr) ;
 499
 500   TH1F * hL11 = new TH1F("hMaxMinusMinLEDMonRatioDist", "LEDMon amplitude, Ratio distribution", nTotLEDMon, 0, 2);
 501   // hL11->SetMinimum(0.1) ;
 502   gStyle->SetOptStat(0);
 503   hL11->UseCurrentStyle();
 504   hL11->SetDirectory(0);
 505   Add2RawsList(hL11, kLEDMonRatioDist, expert, image, !saveCorr) ;
 506
 507   GetCalibRefFromOCDB();
 508
 509
 510         //STU histgrams
 511
 512  //histos
 513  Int_t nSTUCols = AliEMCALGeoParams::fgkEMCALSTUCols;
 514  Int_t nSTURows = AliEMCALGeoParams::fgkEMCALSTURows;
 515 //              kAmpL1, kGL1, kJL1,
 516 //              kGL1V0, kJL1V0, kSTUTRU
 517
 518  TProfile2D *hS0 = new TProfile2D("hL1Amp", "Mean STU signal per Row and Column", nSTUCols, -0.5, nSTUCols-0.5, nSTURows, -0.5, nSTURows-0.5);
 519  Add2RawsList(hS0, kAmpL1, expert, !image, !saveCorr) ;
 520
 521  TH2F *hS1 = new TH2F("hL1Gamma", "L1 Gamma patch position (FastOR top-left)", nSTUCols, -0.50, nSTUCols-0.5, nSTURows + 5, -0.5, nSTURows-0.5 + 5); //+5 for better visible error box
 522  Add2RawsList(hS1, kGL1, !expert, image, !saveCorr) ;
 523
 524  TH2F *hS2 = new TH2F("hL1Jet", "L1 Jet patch position (FastOR top-left)", 12, -0.5, nSTUCols-0.5, 16, 0, nSTURows-0.5);
 525  Add2RawsList(hS2, kJL1, !expert, image, !saveCorr) ;
 526
 527  TH2I *hS3 = new TH2I("hL1GV0", "L1 Gamma patch amplitude versus V0 signal", 500, 0, 50000, 1500, 0, 1500);
 528  Add2RawsList(hS3, kGL1V0, expert, image, !saveCorr) ;
 529
 530  TH2I *hS4 = new TH2I("hL1JV0", "L1 Jet patch amplitude versus V0 signal", 500, 0, 50000, 1000, 0, 1000);
 531  Add2RawsList(hS4, kJL1V0, expert, !image, !saveCorr) ;
 532
 533  TH1I *hS5 = new TH1I("hFrameR","Link between TRU and STU", 32, 0, 32);
 534  Add2RawsList(hS5, kSTUTRU, !expert, image, !saveCorr) ;
 535
 536  hS0->SetOption("COLZ");
 537  hS1->SetOption("COLZ");
 538  hS2->SetOption("COLZ");
 539  hS3->SetOption("COLZ");
 540  hS4->SetOption("COLZ");
 541
 542   //
 543   ClonePerTrigClass(AliQAv1::kRAWS); // this should be the last line
 544 }
 545
 546 //____________________________________________________________________________
 547 void AliEMCALQADataMakerRec::MakeESDs(AliESDEvent * esd)
 548 {
 549   // make QA data from ESDs
 550
 551   Int_t nTot = 0 ;
 552   for ( Int_t index = 0; index < esd->GetNumberOfCaloClusters() ; index++ ) {
 553     AliESDCaloCluster * clu = esd->GetCaloCluster(index) ;
 554     if( clu->IsEMCAL() ) {
 555       FillESDsData(kESDCaloClusE,clu->E()) ;
 556       nTot++ ;
 557     }
 558   }
 559   FillESDsData(kESDCaloClusM,nTot) ;
 560
 561   //fill calo cells
 562   AliESDCaloCells* cells = esd->GetEMCALCells();
 563   FillESDsData(kESDCaloCellM,cells->GetNumberOfCells()) ;
 564
 565   for ( Int_t index = 0; index < cells->GetNumberOfCells() ; index++ ) {
 566     FillESDsData(kESDCaloCellA,cells->GetAmplitude(index)) ;
 567   }
 568   //
 569   IncEvCountCycleESDs();
 570   IncEvCountTotalESDs();
 571 }
 572
 573 //____________________________________________________________________________
 574 void AliEMCALQADataMakerRec::MakeRaws(AliRawReader* rawReader)
 575 {
 576   // Check that all the reference histograms exist before we try to use them - otherwise call InitRaws
 577   // RS: Attention: the counters are increments after custom modification of eventSpecie
 578   if (!fCalibRefHistoPro || !fCalibRefHistoH2F || !fLEDMonRefHistoPro || !fHighEmcHistoH2F) {
 579     InitRaws();
 580   }
 581
 582   // make sure EMCal was readout during the event
 583   Int_t emcID = AliDAQ::DetectorID("EMCAL"); // bit 18..
 584   const UInt_t *detPattern = rawReader->GetDetectorPattern();
 585   UInt_t emcInReadout = ( ((1 << emcID) & detPattern[0]) >> emcID);
 586   if (! emcInReadout) return; // no poInt_t in looking at this event, if no EMCal data
 587
 588   // setup
 589   rawReader->Reset() ;
 590   AliCaloRawStreamV3 in(rawReader,"EMCAL");
 591   rawReader->Select("EMCAL", 0, AliEMCALGeoParams::fgkLastAltroDDL) ; //select EMCAL DDL's
 592
 593   AliRecoParam::EventSpecie_t saveSpecie = fEventSpecie ;
 594   if (rawReader->GetType() == AliRawEventHeaderBase::kCalibrationEvent) {
 595     SetEventSpecie(AliRecoParam::kCalib) ;
 596   }
 597
 598   const Int_t nTowersPerSM = AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows * AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; // number of towers in a SuperModule; 24x48
 599   const Int_t nRows        = AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; // number of rows per SuperModule
 600   const Int_t nStripsPerSM = AliEMCALGeoParams::fgkEMCALLEDRefs; // number of strips per SuperModule
 601   const Int_t n2x2PerSM    = AliEMCALGeoParams::fgkEMCALTRUsPerSM * AliEMCALGeoParams::fgkEMCAL2x2PerTRU; // number of TRU 2x2's per SuperModule
 602   const Int_t n2x2PerTRU   = AliEMCALGeoParams::fgkEMCAL2x2PerTRU;
 603   const Int_t nTot2x2      = fSuperModules * n2x2PerSM; // total TRU channel
 604
 605   // SM counters; decl. should be safe, assuming we don't get more than expected SuperModules..
 606   Int_t nTotalSMLG[AliEMCALGeoParams::fgkEMCALModules]       = {0};
 607   Int_t nTotalSMHG[AliEMCALGeoParams::fgkEMCALModules]       = {0};
 608   Int_t nTotalSMTRU[AliEMCALGeoParams::fgkEMCALModules]      = {0};
 609   Int_t nTotalSMLGLEDMon[AliEMCALGeoParams::fgkEMCALModules] = {0};
 610   Int_t nTotalSMHGLEDMon[AliEMCALGeoParams::fgkEMCALModules] = {0};
 611
 612   const Int_t nTRUL0ChannelBits = 10; // used for L0 trigger bits checks
 613         int firstL0TimeBin = 999;
 614   int triggers[nTot2x2][24]; //auxiliary array for L0 trigger - TODO remove hardcoded 24
 615         memset(triggers, 0, sizeof(int) * 24 * nTot2x2);
 616
 617   Int_t iSM = 0; // SuperModule index
 618   // start loop over input stream
 619   while (in.NextDDL()) {
 620     Int_t iRCU = in.GetDDLNumber() % 2; // RCU0 or RCU1, within SuperModule
 621     Int_t iDDL = in.GetDDLNumber();
 622     fRawAnalyzer->SetIsZeroSuppressed( in.GetZeroSupp() );
 623
 624     while (in.NextChannel()) {
 625       Int_t iBranch = in.GetBranch();
 626
 627       iSM = in.GetModule(); // SuperModule
 628       //prInt_tf("iSM %d DDL %d", iSM, in.GetDDLNumber());
 629       if (iSM>=0 && iSM<fSuperModules) { // valid module reading
 630
 631         Int_t nsamples = 0;
 632         vector<AliCaloBunchInfo> bunchlist;
 633         while (in.NextBunch()) {
 634           nsamples += in.GetBunchLength();
 635           bunchlist.push_back( AliCaloBunchInfo(in.GetStartTimeBin(), in.GetBunchLength(), in.GetSignals() ) );
 636         }
 637
 638         if (nsamples > 0) { // this check is needed for when we have zero-supp. on, but not sparse readout
 639           Float_t time = 0.;
 640           Float_t amp  = 0.;
 641           // indices for pedestal calc.
 642           Int_t firstPedSample = 0;
 643           Int_t lastPedSample  = 0;
 644           bool isTRUL0IdData   = false;
 645
 646           if (! in.IsTRUData() ) { // high gain, low gain, LED Mon data - all have the same shaper/sampling
 647             AliCaloFitResults fitResults = fRawAnalyzer->Evaluate( bunchlist, in.GetAltroCFG1(), in.GetAltroCFG2());
 648             amp  = fitResults.GetAmp();
 649             time = fitResults.GetTof();
 650             firstPedSample = fFirstPedestalSample;
 651             lastPedSample  = fLastPedestalSample;
 652           }
 653           else { // TRU data is special, needs its own analyzer
 654             AliCaloFitResults fitResults = fRawAnalyzerTRU->Evaluate( bunchlist, in.GetAltroCFG1(), in.GetAltroCFG2());
 655             amp  = fitResults.GetAmp();
 656             time = fitResults.GetTof();
 657             firstPedSample = fFirstPedestalSampleTRU;
 658             lastPedSample  = fLastPedestalSampleTRU;
 659             if (in.GetColumn() >= n2x2PerTRU) {
 660               isTRUL0IdData = true;
 661             }
 662           }
 663
 664           // pedestal samples
 665           Int_t nPed = 0;
 666           vector<Int_t> pedSamples;
 667
 668           // select earliest bunch
 669           unsigned int bunchIndex = 0;
 670           unsigned int startBin = bunchlist.at(0).GetStartBin();
 671           if (bunchlist.size() > 0) {
 672             for(unsigned int ui=1; ui < bunchlist.size(); ui++ ) {
 673               if (startBin > bunchlist.at(ui).GetStartBin() ) {
 674                 startBin = bunchlist.at(ui).GetStartBin();
 675                 bunchIndex = ui;
 676               }
 677             }
 678           }
 679
 680           // check bunch for entries in the pedestal sample range
 681           Int_t bunchLength = bunchlist.at(bunchIndex).GetLength();
 682           const UShort_t *sig = bunchlist.at(bunchIndex).GetData();
 683           Int_t timebin = 0;
 684
 685           if (! isTRUL0IdData) { // regular data, can look at pedestals
 686             for (Int_t i = 0; i<bunchLength; i++) {
 687               timebin = startBin--;
 688               if ( firstPedSample<=timebin && timebin<=lastPedSample ) {
 689                 pedSamples.push_back( sig[i] );
 690                 nPed++;
 691               }
 692             } // i
 693           }
 694           else { // TRU L0 Id Data
 695             // which TRU the channel belongs to?
 696             Int_t iTRUId = in.GetModule()*3 + (iRCU*in.GetBranch() + iRCU);
 697
 698             for (Int_t i = 0; i< bunchLength; i++) {
 699               for( Int_t j = 0; j < nTRUL0ChannelBits; j++ ){
 700                 // check if the bit j is 1
 701                 if( (sig[i] & ( 1 << j )) > 0 ){
 702                   Int_t iTRUIdInSM = (in.GetColumn() - n2x2PerTRU)*nTRUL0ChannelBits+j;
 703                   if(iTRUIdInSM < n2x2PerTRU) {
 704                     Int_t iTRUAbsId = iTRUIdInSM + n2x2PerTRU * iTRUId;
 705                     // Fill the histograms
 706                     Int_t globTRUCol, globTRURow;
 707                     GetTruChannelPosition(globTRURow, globTRUCol, iSM, iDDL, iBranch, iTRUIdInSM );
 708
 709                     FillRawsData(kNL0TRU, globTRUCol, globTRURow);
 710                     FillRawsData(kTimeL0TRU, globTRUCol, globTRURow, startBin);
 711                     triggers[iTRUAbsId][startBin] = 1;
 712
 713                     if((int)startBin < firstL0TimeBin) firstL0TimeBin = startBin;
 714                   }
 715                 }
 716               }
 717               startBin--;
 718             } // i
 719           } // TRU L0 Id data
 720
 721           // fill histograms
 722           if ( in.IsLowGain() || in.IsHighGain() ) { // regular towers
 723             Int_t towerId = iSM*nTowersPerSM + in.GetColumn()*nRows + in.GetRow();
 724             if ( in.IsLowGain() ) {
 725               nTotalSMLG[iSM]++;
 726               if ( (amp > fMinSignalLG) && (amp < fMaxSignalLG) ) {
 727                 FillRawsData(kSigLG,towerId, amp);
 728                 FillRawsData(kTimeLG,towerId, time);
 729               }
 730               if (nPed > 0) {
 731                 for (Int_t i=0; i<nPed; i++) {
 732                   FillRawsData(kPedLG,towerId, pedSamples[i]);
 733                 }
 734               }
 735             } // gain==0
 736             else if ( in.IsHighGain() ) {
 737               nTotalSMHG[iSM]++;
 738               if ( (amp > fMinSignalHG) && (amp < fMaxSignalHG) ) {
 739                 FillRawsData(kSigHG,towerId, amp);
 740                 FillRawsData(kTimeHG,towerId, time);
 741               }
 742               if (nPed > 0) {
 743                 for (Int_t i=0; i<nPed; i++) {
 744                   FillRawsData(kPedHG,towerId, pedSamples[i]);
 745                 }
 746               }
 747             } // gain==1
 748           } // low or high gain
 749           // TRU
 750           else if ( in.IsTRUData() && in.GetColumn()<AliEMCALGeoParams::fgkEMCAL2x2PerTRU) {
 751             // for TRU data, the mapping class holds the TRU Int_ternal 2x2 number (0..95) in the Column var..
 752             Int_t iTRU = (iRCU*in.GetBranch() + iRCU); //TRU0 is from RCU0, TRU1 from RCU1, TRU2 is from branch B on RCU1
 753             Int_t iTRU2x2Id = iSM*n2x2PerSM + iTRU*AliEMCALGeoParams::fgkEMCAL2x2PerTRU
 754               + in.GetColumn();
 755             nTotalSMTRU[iSM]++;
 756             if ( (amp > fMinSignalTRU) && (amp < fMaxSignalTRU) ) {
 757               FillRawsData(kSigTRU,iTRU2x2Id, amp);
 758               //FillRawsData(kTimeTRU,iTRU2x2Id, time);
 759             }
 760             //if (nPed > 0) {
 761               //for (Int_t i=0; i<nPed; i++) {
 762                 //FillRawsData(kPedTRU,iTRU2x2Id, pedSamples[i]);
 763               //}
 764             //}
 765           }
 766           // LED Mon
 767           else if ( in.IsLEDMonData() ) {
 768             // for LED Mon data, the mapping class holds the gain info in the Row variable
 769             // and the Strip number in the Column..
 770             Int_t gain = in.GetRow();
 771             Int_t stripId = iSM*nStripsPerSM + in.GetColumn();
 772
 773             if ( gain == 0 ) {
 774               nTotalSMLGLEDMon[iSM]++;
 775               if ( (amp > fMinSignalLGLEDMon) && (amp < fMaxSignalLGLEDMon) ) {
 776                 FillRawsData(kSigLGLEDMon,stripId, amp);
 777                 FillRawsData(kTimeLGLEDMon,stripId, time);
 778               }
 779               if (nPed > 0) {
 780                 for (Int_t i=0; i<nPed; i++) {
 781                   FillRawsData(kPedLGLEDMon,stripId, pedSamples[i]);
 782                 }
 783               }
 784             } // gain==0
 785             else if ( gain == 1 ) {
 786               nTotalSMHGLEDMon[iSM]++;
 787               if ( (amp > fMinSignalHGLEDMon) && (amp < fMaxSignalHGLEDMon) ) {
 788                 FillRawsData(kSigHGLEDMon,stripId, amp);
 789                 FillRawsData(kTimeHGLEDMon,stripId, time);
 790               }
 791               if (nPed > 0) {
 792                 for (Int_t i=0; i<nPed; i++) {
 793                   FillRawsData(kPedHGLEDMon,stripId, pedSamples[i]);
 794                 }
 795               }
 796             } // low or high gain
 797           } // LEDMon
 798
 799         } // SM index OK
 800
 801       } // nsamples>0 check, some data found for this channel; not only trailer/header
 802     }// end while over channel
 803
 804   }//end while over DDL's, of input stream
 805   //filling some L0 trigger histos
 806   if( firstL0TimeBin < 999 ){
 807     for(Int_t i = 0; i < nTot2x2; i++) {
 808       if( triggers[i][firstL0TimeBin] > 0 ) {
 809         //histo->Fill(i,j);
 810         FillRawsData(kNL0FirstTRU, i);
 811         FillRawsData(kTimeL0FirstTRU, i, firstL0TimeBin);
 812       }
 813     }
 814   }
 815
 816   //calculate the ratio of the amplitude and fill the histograms, only if the events type is Calib
 817   // RS: operation on the group of histos kSigHG,k2DRatioAmp,kRatioDist,kLEDMonRatio,kLEDMonRatio,kSigLGLEDMon
 818   const int hGrp[] = {kSigHG,k2DRatioAmp,kRatioDist,kLEDMonRatio,kLEDMonRatioDist,kSigLGLEDMon};
 819   if ( rawReader->GetType() == AliRawEventHeaderBase::kCalibrationEvent &&
 820        CheckCloningConsistency(fRawsQAList, hGrp, sizeof(hGrp)/sizeof(int)) ) {  // RS converting original code to loop over all matching triggers
 821     int nTrig =IsClonedPerTrigClass(kSigHG,fRawsQAList) ? GetNEventTrigClasses() : 0; // loop over triggers only if histos were cloned
 822     //
 823     for (int itr=-1;itr<nTrig;itr++) { // start from -1 to acknowledge original histos if they were kept
 824       TObjArray* trArr = GetMatchingRawsHistosSet(hGrp, sizeof(hGrp)/sizeof(int) ,itr);
 825       if (!trArr) continue;  // no histos for current trigger
 826       //
 827       Double_t binContent = 0.;
 828       TProfile* prSigHG      = (TProfile *)trArr->At(0); //kSigHG
 829       TH1* th2DRatioAmp      = (TH1*) trArr->At(1); //k2DRatioAmp
 830       TH1* thRatioDist       = (TH1*) trArr->At(2); //kRatioDist
 831       TH1* thLEDMonRatio     = (TH1*) trArr->At(3); //kLEDMonRatio
 832       TH1* thLEDMonRatioDist = (TH1*) trArr->At(4); //kLEDMonRatio
 833       TH1* hSigLGLEDMon      = (TH1*) trArr->At(5); //kSigLGLEDMon
 834       th2DRatioAmp->Reset("ICE");
 835       thRatioDist->Reset("ICE");
 836       thLEDMonRatio->Reset("ICE");
 837       thLEDMonRatioDist->Reset("ICE");
 838       th2DRatioAmp->ResetStats();
 839       thRatioDist->ResetStats();
 840       thLEDMonRatio->ResetStats();
 841       thLEDMonRatioDist->ResetStats();
 842       ConvertProfile2H(prSigHG, fHighEmcHistoH2F);
 843       //
 844       for(Int_t ix = 1; ix <= fHighEmcHistoH2F->GetNbinsX(); ix++) {
 845         for(Int_t iy = 1; iy <= fHighEmcHistoH2F->GetNbinsY(); iy++) {
 846           if(fCalibRefHistoH2F->GetBinContent(ix, iy))
 847             binContent = fHighEmcHistoH2F->GetBinContent(ix, iy)/fCalibRefHistoH2F->GetBinContent(ix, iy);
 848           th2DRatioAmp->SetBinContent(ix, iy, binContent);
 849           thRatioDist->Fill(binContent);
 850         }
 851       }
 852       //
 853       //Now for LED monitor system, to calculate the ratio as well
 854       Double_t binError = 0. ;
 855       // for the binError, we add the relative errors, squared
 856       Double_t relativeErrorSqr = 0. ;
 857       //
 858       for(int ib = 1; ib <= fLEDMonRefHistoPro->GetNbinsX(); ib++) {
 859         //
 860         if(fLEDMonRefHistoPro->GetBinContent(ib) != 0) {
 861           binContent = hSigLGLEDMon->GetBinContent(ib) / fLEDMonRefHistoPro->GetBinContent(ib);
 862
 863           relativeErrorSqr = TMath::Power( (fLEDMonRefHistoPro->GetBinError(ib) / fLEDMonRefHistoPro->GetBinContent(ib)), 2);
 864           if( hSigLGLEDMon->GetBinContent(ib) != 0) {
 865             relativeErrorSqr += TMath::Power( (hSigLGLEDMon->GetBinError(ib)/hSigLGLEDMon->GetBinContent(ib)), 2);
 866           }
 867         }
 868         else { // ref. run info is zero
 869           binContent = -1;
 870           relativeErrorSqr = 1;
 871         }
 872         thLEDMonRatio->SetBinContent(ib, binContent);
 873
 874         binError = sqrt(relativeErrorSqr) * binContent;
 875         thLEDMonRatio->SetBinError(ib, binError);
 876         thLEDMonRatioDist->Fill(thLEDMonRatio->GetBinContent(ib));
 877       }
 878     } // loop over eventual trigger clones
 879   }
 880   // let's also fill the SM and event counter histograms
 881   Int_t nTotalHG = 0;
 882   Int_t nTotalLG = 0;
 883   Int_t nTotalTRU = 0;
 884   Int_t nTotalHGLEDMon = 0;
 885   Int_t nTotalLGLEDMon = 0;
 886   for (iSM=0; iSM<fSuperModules; iSM++) {
 887     nTotalLG += nTotalSMLG[iSM];
 888     nTotalHG += nTotalSMHG[iSM];
 889     nTotalTRU += nTotalSMTRU[iSM];
 890     nTotalLGLEDMon += nTotalSMLGLEDMon[iSM];
 891     nTotalHGLEDMon += nTotalSMHGLEDMon[iSM];
 892     FillRawsData(kNsmodLG,iSM, nTotalSMLG[iSM]);
 893     FillRawsData(kNsmodHG,iSM, nTotalSMHG[iSM]);
 894     FillRawsData(kNsmodTRU,iSM, nTotalSMTRU[iSM]);
 895     FillRawsData(kNsmodLGLEDMon,iSM, nTotalSMLGLEDMon[iSM]);
 896     FillRawsData(kNsmodHGLEDMon,iSM, nTotalSMHGLEDMon[iSM]);
 897   }
 898
 899   FillRawsData(kNtotLG,nTotalLG);
 900   FillRawsData(kNtotHG,nTotalHG);
 901   FillRawsData(kNtotTRU,nTotalTRU);
 902   FillRawsData(kNtotLGLEDMon,nTotalLGLEDMon);
 903   FillRawsData(kNtotHGLEDMon,nTotalHGLEDMon);
 904
 905   IncEvCountCycleESDs();
 906   IncEvCountTotalESDs();
 907   SetEventSpecie(saveSpecie) ;
 908
 909         MakeRawsSTU(rawReader);
 910
 911   // just in case the next rawreader consumer forgets to reset; let's do it here again..
 912   rawReader->Reset() ;
 913   return;
 914 }
 915
 916 //____________________________________________________________________________
 917 void AliEMCALQADataMakerRec::MakeDigits()
 918 {
 919   // makes data from Digits
 920   FillDigitsData(1,fDigitsArray->GetEntriesFast()) ;
 921   TIter next(fDigitsArray) ;
 922   AliEMCALDigit * digit ;
 923   while ( (digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(next())) ) {
 924     FillDigitsData(0, digit->GetAmplitude()) ;
 925   }
 926   //
 927 }
 928
 929 //____________________________________________________________________________
 930 void AliEMCALQADataMakerRec::MakeDigits(TTree * digitTree)
 931 {
 932   // makes data from Digit Tree
 933   // RS: Attention: the counters are increments in the MakeDigits()
 934   if (fDigitsArray)
 935     fDigitsArray->Clear("C") ;
 936   else
 937     fDigitsArray = new TClonesArray("AliEMCALDigit", 1000) ;
 938
 939   TBranch * branch = digitTree->GetBranch("EMCAL") ;
 940   if ( ! branch ) { AliWarning("EMCAL branch in Digit Tree not found"); return; }
 941   //
 942   branch->SetAddress(&fDigitsArray) ;
 943   branch->GetEntry(0) ;
 944   MakeDigits() ;
 945   //
 946   IncEvCountCycleDigits();
 947   IncEvCountTotalDigits();
 948   //
 949 }
 950
 951 //____________________________________________________________________________
 952 void AliEMCALQADataMakerRec::MakeRecPoints(TTree * clustersTree)
 953 {
 954   // makes data from RecPoints
 955   TBranch *emcbranch = clustersTree->GetBranch("EMCALECARP");
 956   if (!emcbranch) {
 957     AliError("can't get the branch with the EMCAL clusters !");
 958     return;
 959   }
 960
 961   TObjArray * emcRecPoints = new TObjArray(100) ;
 962   emcbranch->SetAddress(&emcRecPoints);
 963   emcbranch->GetEntry(0);
 964
 965   FillRecPointsData(kRecPM,emcRecPoints->GetEntriesFast()) ;
 966   TIter next(emcRecPoints) ;
 967   AliEMCALRecPoint * rp ;
 968   while ( (rp = dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(next())) ) {
 969     FillRecPointsData(kRecPE,rp->GetEnergy()) ;
 970     FillRecPointsData(kRecPDigM,rp->GetMultiplicity());
 971   }
 972   emcRecPoints->Delete();
 973   delete emcRecPoints;
 974   IncEvCountCycleRecPoints();
 975   IncEvCountTotalRecPoints();
 976 }
 977
 978 //____________________________________________________________________________
 979 void AliEMCALQADataMakerRec::StartOfDetectorCycle()
 980 {
 981   //Detector specific actions at start of cycle
 982
 983 }
 984
 985 //____________________________________________________________________________
 986 void AliEMCALQADataMakerRec::SetFittingAlgorithm(Int_t fitAlgo)
 987 {
 988   //Set fitting algorithm and initialize it if this same algorithm was not set before.
 989   //printf("**** Set Algorithm , number %d ****\n",fitAlgo);
 990
 991
 992   fRawAnalyzer =  AliCaloRawAnalyzerFactory::CreateAnalyzer(fitAlgo);
 993   fFittingAlgorithm = fitAlgo;
 994
 995   /*
 996   if(fitAlgo == fFittingAlgorithm && fRawAnalyzer) {
 997     //Do nothing, this same algorithm already set before.
 998     //printf("**** Algorithm already set before, number %d, %s ****\n",fitAlgo, fRawAnalyzer->GetName());
 999     return;
1000   }
1001   //Initialize the requested algorithm
1002   if(fitAlgo != fFittingAlgorithm || !fRawAnalyzer) {
1003     //printf("**** Init Algorithm , number %d ****\n",fitAlgo);
1004
1005     fFittingAlgorithm = fitAlgo;
1006     if (fRawAnalyzer) delete fRawAnalyzer;  // delete prev. analyzer if existed.
1007
1008     if (fitAlgo == kFastFit) {
1009       fRawAnalyzer = new AliCaloRawAnalyzerFastFit();
1010     }
1011     else if (fitAlgo == kNeuralNet) {
1012       fRawAnalyzer = new AliCaloRawAnalyzerNN();
1013     }
1014     else if (fitAlgo == kLMS) {
1015       fRawAnalyzer = new AliCaloRawAnalyzerLMS();
1016     }
1017     else if (fitAlgo == kPeakFinder) {
1018       fRawAnalyzer = new AliCaloRawAnalyzerPeakFinder();
1019     }
1020     else if (fitAlgo == kCrude) {
1021       fRawAnalyzer = new AliCaloRawAnalyzerCrude();
1022     }
1023     else {
1024       AliWarning("EMCAL QA invalid fit algorithm choice") ;
1025     }
1026
1027   }
1028   return;
1029   */
1030 }
1031
1032 //_____________________________________________________________________________________
1033 void AliEMCALQADataMakerRec::ConvertProfile2H(TProfile * p, TH2 * histo)
1034 {
1035   // reset histogram
1036   histo->Reset("ICE") ;
1037   histo->ResetStats();
1038
1039   Int_t nbinsProf = p->GetNbinsX();
1040
1041   // loop through the TProfile p and fill the TH2F histo
1042   Int_t row = 0;
1043   Int_t col = 0;
1044   Double_t binContent = 0;
1045   Int_t towerNum = 0; // global tower Id
1046   //  i = 0; // tower Id within SuperModule
1047   Int_t iSM = 0; // SuperModule index
1048   Int_t iSMSide = 0; // 0=A, 1=C side
1049   Int_t iSMSector = 0; // 2 SM's per sector
1050
1051   // indices for 2D plots
1052   Int_t col2d = 0;
1053   Int_t row2d = 0;
1054
1055   for (Int_t ibin = 1; ibin <= nbinsProf; ibin++) {
1056     towerNum = (Int_t) p->GetBinCenter(ibin);
1057     binContent = p->GetBinContent(ibin);
1058
1059     // figure out what the tower indices are: col, row within a SuperModule
1060     iSM = towerNum/(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows * AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols);
1061     col = (towerNum/AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows) % (AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols);
1062     row = towerNum % (AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows);
1063
1064     //DecodeTowerNum(towerNum, &SM, &col, &row);
1065     // then we calculate what the global 2D coord are, based on which SM
1066     // we are in
1067     iSMSector = iSM / 2;
1068     iSMSide = iSM % 2;
1069
1070     if (iSMSide == 1) { // C side, shown to the right
1071       col2d = col + AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
1072     }
1073     else { // A side, shown to the left
1074       col2d = col;
1075     }
1076
1077     row2d = row + iSMSector * AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows;
1078
1079     histo->SetBinContent(col2d+1, row2d+1, binContent);
1080   }
1081 }
1082 //____________________________________________________________________________
1083 void AliEMCALQADataMakerRec::GetTruChannelPosition( Int_t &globRow, Int_t &globColumn, Int_t module, Int_t ddl, Int_t branch, Int_t column ) const
1084 { // from local to global indices
1085   Int_t mrow;
1086   Int_t mcol;
1087   Int_t trow;
1088   Int_t tcol;
1089   Int_t drow;
1090   Int_t rcu;
1091   // RCU 0 or 1
1092   rcu = ddl % 2;
1093
1094   // 12 rows of 2x2s in a module (3 TRUs by 4 rows)
1095   mrow = (module/2) * 12;
1096   // 24 columns per module, odd module numbers increased by 24
1097   mcol = (module%2) * 24;
1098
1099   // position within TRU coordinates
1100   tcol = column / 4;
1101   trow = column % 4;
1102
1103   //.combine
1104   if( module%2 == 0 ){   // A side
1105     // mirror rows
1106     trow = 3 - trow;
1107
1108     // TRU in module row addition
1109     drow = (rcu*branch+rcu) * 4;
1110
1111   }
1112   else{   // C side
1113     // mirror columns
1114     tcol = 23 - tcol;
1115
1116     // TRU in module row addition
1117     drow = (2 - (rcu*branch+rcu)) * 4;
1118   }
1119
1120   // output global row/collumn position (0,0 = SMA0, phi = 0, |eta| = max)
1121   globRow = mrow + drow + trow;
1122   globColumn = mcol + tcol;
1123   return;
1124
1125 }
1126 //____________________________________________________________________________
1127 void AliEMCALQADataMakerRec::MakeRawsSTU(AliRawReader* rawReader)
1128 { // STU specifics
1129   AliEMCALTriggerSTURawStream* inSTU = new AliEMCALTriggerSTURawStream(rawReader);
1130
1131   rawReader->Reset();
1132   rawReader->Select("EMCAL", 44);
1133
1134   //L1 segmentation
1135   Int_t sizeL1gsubr = 1;
1136   Int_t sizeL1gpatch = 2;
1137   Int_t sizeL1jsubr = 4;
1138
1139   Int_t iEMCALtrig[AliEMCALGeoParams::fgkEMCALSTUCols][AliEMCALGeoParams::fgkEMCALSTURows];
1140   memset(iEMCALtrig, 0, sizeof(int) * AliEMCALGeoParams::fgkEMCALSTUCols * AliEMCALGeoParams::fgkEMCALSTURows);
1141
1142   if (inSTU->ReadPayLoad())
1143     {
1144       //Fw version (use in case of change in L1 jet
1145       Int_t fw = inSTU->GetFwVersion();
1146       Int_t sizeL1jpatch = 2+(fw >> 16);
1147
1148       //To check link
1149       Int_t mask = inSTU->GetFrameReceived() ^ inSTU->GetRegionEnable();
1150
1151       for (int i = 0; i < 32; i++)
1152         {
1153                 if (!((mask >> i) &  0x1)) FillRawsData(kSTUTRU, i);
1154         }
1155
1156       //V0 signal in STU
1157       Int_t iV0Sig = inSTU->GetV0A()+inSTU->GetV0C();
1158
1159       //FastOR amplitude receive from TRU
1160       for (Int_t i = 0; i < 32; i++)
1161         {
1162           UInt_t adc[96];
1163           for (Int_t j = 0; j < 96; j++) adc[j] = 0;
1164
1165           inSTU->GetADC(i, adc);
1166
1167           Int_t iTRU = fGeom->GetTRUIndexFromSTUIndex(i);
1168
1169           for (Int_t j = 0; j < 96; j++)
1170             {
1171               Int_t idx;
1172               fGeom->GetAbsFastORIndexFromTRU(iTRU, j, idx);
1173
1174               Int_t px, py;
1175               fGeom->GetPositionInEMCALFromAbsFastORIndex(idx, px, py);
1176
1177               iEMCALtrig[px][py] = adc[j];
1178             }
1179         }
1180
1181       //L1 Gamma patches
1182       Int_t iTRUSTU, x, y;
1183       for (Int_t i = 0; i < inSTU->GetNL1GammaPatch(0); i++)
1184         {
1185           if (inSTU->GetL1GammaPatch(i, 0, iTRUSTU, x, y)) // col (0..23), row (0..3)
1186             {
1187               Int_t iTRU;
1188               iTRU = fGeom->GetTRUIndexFromSTUIndex(iTRUSTU);
1189
1190               Int_t etaG = 23-x, phiG = y + 4 * int(iTRU/2); //position in EMCal
1191               if (iTRU%2) etaG += 24; //C-side
1192
1193               etaG = etaG - sizeL1gsubr * sizeL1gpatch + 1;
1194
1195               //Position of patch L1G (bottom-left FastOR of the patch)
1196               FillRawsData(kGL1, etaG, phiG);
1197
1198               //loop to sum amplitude of FOR in the gamma patch
1199               Int_t iL1GPatchAmp = 0;
1200               for (Int_t L1Gx = 0; L1Gx < sizeL1gpatch; L1Gx ++)
1201                 {
1202                   for (Int_t L1Gy = 0; L1Gy < sizeL1gpatch; L1Gy ++)
1203                     {
1204                       if (etaG+L1Gx < 48 && phiG+L1Gy < 64) iL1GPatchAmp += iEMCALtrig[etaG+L1Gx][phiG+L1Gy];
1205                       //cout << iEMCALtrig[etaG+L1Gx][phiG+L1Gy] << endl;
1206                     }
1207                 }
1208
1209               //if (iL1GPatchAmp > 500) cout << "L1G amp =" << iL1GPatchAmp << endl;
1210               FillRawsData(kGL1V0, iV0Sig, iL1GPatchAmp);
1211
1212             }
1213         }
1214
1215       //L1 Jet patches
1216       for (Int_t i = 0; i < inSTU->GetNL1JetPatch(0); i++)
1217         {
1218           if (inSTU->GetL1JetPatch(i, 0, x, y)) // col (0,15), row (0,11)
1219             {
1220
1221               Int_t etaJ = sizeL1jsubr * (11-y-sizeL1jpatch + 1);
1222               Int_t phiJ = sizeL1jsubr * (15-x-sizeL1jpatch + 1);
1223
1224               //position of patch L1J (FOR bottom-left)
1225               FillRawsData(kJL1, etaJ, phiJ);
1226
1227               //loop the sum aplitude of FOR in the jet patch
1228               Int_t iL1JPatchAmp = 0;
1229               for (Int_t L1Jx = 0; L1Jx < sizeL1jpatch*4; L1Jx ++)
1230                 {
1231                   for (Int_t L1Jy = 0; L1Jy < sizeL1jpatch*4; L1Jy ++)
1232                     {
1233                       if (etaJ+L1Jx < 48 && phiJ+L1Jy < 64) iL1JPatchAmp += iEMCALtrig[etaJ+L1Jx][phiJ+L1Jy];
1234                     }
1235                 }
1236
1237               //cout << "L1J amp =" << iL1JPatchAmp << endl;
1238               FillRawsData(kJL1V0, iV0Sig, iL1JPatchAmp);
1239             }
1240         }
1241     }
1242
1243   //Fill FOR amplitude histo
1244   for (Int_t i = 0; i < 48; i++)
1245     {
1246       for (Int_t j = 0; j < 60; j++)
1247         {
1248           if (iEMCALtrig[i][j] != 0) FillRawsData(kAmpL1, i, j, iEMCALtrig[i][j]);
1249         }
1250     }
1251
1252   delete inSTU;
1253   return;
1254 }
1255
1256