EMCAL/AliEMCALRecoUtils.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id: AliEMCALRecoUtils.cxx | Sun Dec 8 06:56:48 2013 +0100 | Constantin Loizides  $ */
  17
  18 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  19 //
  20 // Class AliEMCALRecoUtils
  21 // Some utilities to recalculate the cluster position or energy linearity
  22 //
  23 //
  24 // Author:  Gustavo Conesa (LPSC- Grenoble)
  25 //          Track matching part: Rongrong Ma (Yale)
  26
  27 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  28 // --- standard c ---
  29
  30 // standard C++ includes
  31 //#include <Riostream.h>
  32
  33 // ROOT includes
  34 #include <TGeoManager.h>
  35 #include <TGeoMatrix.h>
  36 #include <TGeoBBox.h>
  37 #include <TH2F.h>
  38 #include <TArrayI.h>
  39 #include <TArrayF.h>
  40 #include <TObjArray.h>
  41
  42 // STEER includes
  43 #include "AliVCluster.h"
  44 #include "AliVCaloCells.h"
  45 #include "AliLog.h"
  46 #include "AliPID.h"
  47 #include "AliESDEvent.h"
  48 #include "AliAODEvent.h"
  49 #include "AliESDtrack.h"
  50 #include "AliAODTrack.h"
  51 #include "AliExternalTrackParam.h"
  52 #include "AliESDfriendTrack.h"
  53 #include "AliTrackerBase.h"
  54
  55 // EMCAL includes
  56 #include "AliEMCALRecoUtils.h"
  57 #include "AliEMCALGeometry.h"
  58 #include "AliTrackerBase.h"
  59 #include "AliEMCALPIDUtils.h"
  60
  61 ClassImp(AliEMCALRecoUtils)
  62
  63 //_____________________________________
  64 AliEMCALRecoUtils::AliEMCALRecoUtils():
  65   fParticleType(0),                       fPosAlgo(0),                            fW0(0),
  66   fNonLinearityFunction(0),               fNonLinearThreshold(0),
  67   fSmearClusterEnergy(kFALSE),            fRandom(),
  68   fCellsRecalibrated(kFALSE),             fRecalibration(kFALSE),                 fEMCALRecalibrationFactors(),
  69   fTimeRecalibration(kFALSE),             fEMCALTimeRecalibrationFactors(),       fUseRunCorrectionFactors(kFALSE),
  70   fRemoveBadChannels(kFALSE),             fRecalDistToBadChannels(kFALSE),        fEMCALBadChannelMap(),
  71   fNCellsFromEMCALBorder(0),              fNoEMCALBorderAtEta0(kTRUE),
  72   fRejectExoticCluster(kFALSE),           fRejectExoticCells(kFALSE),
  73   fExoticCellFraction(0),                 fExoticCellDiffTime(0),                 fExoticCellMinAmplitude(0),
  74   fPIDUtils(),                            fAODFilterMask(0),
  75   fAODHybridTracks(0),                    fAODTPCOnlyTracks(0),
  76   fMatchedTrackIndex(0x0),                fMatchedClusterIndex(0x0),
  77   fResidualEta(0x0), fResidualPhi(0x0),   fCutEtaPhiSum(kFALSE),                  fCutEtaPhiSeparate(kFALSE),
  78   fCutR(0),                               fCutEta(0),                             fCutPhi(0),
  79   fClusterWindow(0),                      fMass(0),
  80   fStepSurface(0),                        fStepCluster(0),
  81   fITSTrackSA(kFALSE),                    fEMCalSurfaceDistance(440.),
  82   fTrackCutsType(0),                      fCutMinTrackPt(0),                      fCutMinNClusterTPC(0),
  83   fCutMinNClusterITS(0),                  fCutMaxChi2PerClusterTPC(0),            fCutMaxChi2PerClusterITS(0),
  84   fCutRequireTPCRefit(kFALSE),            fCutRequireITSRefit(kFALSE),            fCutAcceptKinkDaughters(kFALSE),
  85   fCutMaxDCAToVertexXY(0),                fCutMaxDCAToVertexZ(0),                 fCutDCAToVertex2D(kFALSE),
  86   fCutRequireITSStandAlone(kFALSE),       fCutRequireITSpureSA(kFALSE)
  87 {
  88 //
  89   // Constructor.
  90   // Initialize all constant values which have to be used
  91   // during Reco algorithm execution
  92   //
  93
  94   // Init parameters
  95   InitParameters();
  96
  97   //Track matching
  98   fMatchedTrackIndex     = new TArrayI();
  99   fMatchedClusterIndex   = new TArrayI();
 100   fResidualPhi           = new TArrayF();
 101   fResidualEta           = new TArrayF();
 102   fPIDUtils              = new AliEMCALPIDUtils();
 103
 104 }
 105
 106 //______________________________________________________________________
 107 AliEMCALRecoUtils::AliEMCALRecoUtils(const AliEMCALRecoUtils & reco)
 108 : TNamed(reco),
 109   fParticleType(reco.fParticleType),                         fPosAlgo(reco.fPosAlgo),     fW0(reco.fW0),
 110   fNonLinearityFunction(reco.fNonLinearityFunction),         fNonLinearThreshold(reco.fNonLinearThreshold),
 111   fSmearClusterEnergy(reco.fSmearClusterEnergy),             fRandom(),
 112   fCellsRecalibrated(reco.fCellsRecalibrated),
 113   fRecalibration(reco.fRecalibration),                       fEMCALRecalibrationFactors(reco.fEMCALRecalibrationFactors),
 114   fTimeRecalibration(reco.fTimeRecalibration),               fEMCALTimeRecalibrationFactors(reco.fEMCALTimeRecalibrationFactors),
 115   fUseRunCorrectionFactors(reco.fUseRunCorrectionFactors),
 116   fRemoveBadChannels(reco.fRemoveBadChannels),               fRecalDistToBadChannels(reco.fRecalDistToBadChannels),
 117   fEMCALBadChannelMap(reco.fEMCALBadChannelMap),
 118   fNCellsFromEMCALBorder(reco.fNCellsFromEMCALBorder),       fNoEMCALBorderAtEta0(reco.fNoEMCALBorderAtEta0),
 119   fRejectExoticCluster(reco.fRejectExoticCluster),           fRejectExoticCells(reco.fRejectExoticCells),
 120   fExoticCellFraction(reco.fExoticCellFraction),             fExoticCellDiffTime(reco.fExoticCellDiffTime),
 121   fExoticCellMinAmplitude(reco.fExoticCellMinAmplitude),
 122   fPIDUtils(reco.fPIDUtils),                                 fAODFilterMask(reco.fAODFilterMask),
 123   fAODHybridTracks(reco.fAODHybridTracks),                   fAODTPCOnlyTracks(reco.fAODTPCOnlyTracks),
 124   fMatchedTrackIndex(  reco.fMatchedTrackIndex?  new TArrayI(*reco.fMatchedTrackIndex):0x0),
 125   fMatchedClusterIndex(reco.fMatchedClusterIndex?new TArrayI(*reco.fMatchedClusterIndex):0x0),
 126   fResidualEta(        reco.fResidualEta?        new TArrayF(*reco.fResidualEta):0x0),
 127   fResidualPhi(        reco.fResidualPhi?        new TArrayF(*reco.fResidualPhi):0x0),
 128   fCutEtaPhiSum(reco.fCutEtaPhiSum),                         fCutEtaPhiSeparate(reco.fCutEtaPhiSeparate),
 129   fCutR(reco.fCutR),        fCutEta(reco.fCutEta),           fCutPhi(reco.fCutPhi),
 130   fClusterWindow(reco.fClusterWindow),
 131   fMass(reco.fMass),        fStepSurface(reco.fStepSurface), fStepCluster(reco.fStepCluster),
 132   fITSTrackSA(reco.fITSTrackSA),                             fEMCalSurfaceDistance(440.),
 133   fTrackCutsType(reco.fTrackCutsType),                       fCutMinTrackPt(reco.fCutMinTrackPt),
 134   fCutMinNClusterTPC(reco.fCutMinNClusterTPC),               fCutMinNClusterITS(reco.fCutMinNClusterITS),
 135   fCutMaxChi2PerClusterTPC(reco.fCutMaxChi2PerClusterTPC),   fCutMaxChi2PerClusterITS(reco.fCutMaxChi2PerClusterITS),
 136   fCutRequireTPCRefit(reco.fCutRequireTPCRefit),             fCutRequireITSRefit(reco.fCutRequireITSRefit),
 137   fCutAcceptKinkDaughters(reco.fCutAcceptKinkDaughters),     fCutMaxDCAToVertexXY(reco.fCutMaxDCAToVertexXY),
 138   fCutMaxDCAToVertexZ(reco.fCutMaxDCAToVertexZ),             fCutDCAToVertex2D(reco.fCutDCAToVertex2D),
 139   fCutRequireITSStandAlone(reco.fCutRequireITSStandAlone),   fCutRequireITSpureSA(reco.fCutRequireITSpureSA)
 140 {
 141   //Copy ctor
 142
 143   for (Int_t i = 0; i < 15 ; i++) { fMisalRotShift[i]      = reco.fMisalRotShift[i]      ;
 144                                     fMisalTransShift[i]    = reco.fMisalTransShift[i]    ; }
 145   for (Int_t i = 0; i < 7  ; i++) { fNonLinearityParams[i] = reco.fNonLinearityParams[i] ; }
 146   for (Int_t i = 0; i < 3  ; i++) { fSmearClusterParam[i]  = reco.fSmearClusterParam[i]  ; }
 147
 148   fUseMassForTracking = reco.fUseMassForTracking;
 149
 150 }
 151
 152
 153 //______________________________________________________________________
 154 AliEMCALRecoUtils & AliEMCALRecoUtils::operator = (const AliEMCALRecoUtils & reco)
 155 {
 156   //Assignment operator
 157
 158   if (this == &reco)return *this;
 159   ((TNamed *)this)->operator=(reco);
 160
 161   for (Int_t i = 0; i < 15 ; i++) { fMisalTransShift[i]    = reco.fMisalTransShift[i]    ;
 162                                    fMisalRotShift[i]      = reco.fMisalRotShift[i]      ; }
 163   for (Int_t i = 0; i < 7  ; i++) { fNonLinearityParams[i] = reco.fNonLinearityParams[i] ; }
 164   for (Int_t i = 0; i < 3  ; i++) { fSmearClusterParam[i]  = reco.fSmearClusterParam[i]  ; }
 165
 166   fParticleType              = reco.fParticleType;
 167   fPosAlgo                   = reco.fPosAlgo;
 168   fW0                        = reco.fW0;
 169
 170   fNonLinearityFunction      = reco.fNonLinearityFunction;
 171   fNonLinearThreshold        = reco.fNonLinearThreshold;
 172   fSmearClusterEnergy        = reco.fSmearClusterEnergy;
 173
 174   fCellsRecalibrated         = reco.fCellsRecalibrated;
 175   fRecalibration             = reco.fRecalibration;
 176   fEMCALRecalibrationFactors = reco.fEMCALRecalibrationFactors;
 177
 178   fTimeRecalibration             = reco.fTimeRecalibration;
 179   fEMCALTimeRecalibrationFactors = reco.fEMCALTimeRecalibrationFactors;
 180
 181   fUseRunCorrectionFactors   = reco.fUseRunCorrectionFactors;
 182
 183   fRemoveBadChannels         = reco.fRemoveBadChannels;
 184   fRecalDistToBadChannels    = reco.fRecalDistToBadChannels;
 185   fEMCALBadChannelMap        = reco.fEMCALBadChannelMap;
 186
 187   fNCellsFromEMCALBorder     = reco.fNCellsFromEMCALBorder;
 188   fNoEMCALBorderAtEta0       = reco.fNoEMCALBorderAtEta0;
 189
 190   fRejectExoticCluster       = reco.fRejectExoticCluster;
 191   fRejectExoticCells         = reco.fRejectExoticCells;
 192   fExoticCellFraction        = reco.fExoticCellFraction;
 193   fExoticCellDiffTime        = reco.fExoticCellDiffTime;
 194   fExoticCellMinAmplitude    = reco.fExoticCellMinAmplitude;
 195
 196   fPIDUtils                  = reco.fPIDUtils;
 197
 198   fAODFilterMask             = reco.fAODFilterMask;
 199   fAODHybridTracks           = reco.fAODHybridTracks;
 200   fAODTPCOnlyTracks          = reco.fAODTPCOnlyTracks;
 201
 202   fCutEtaPhiSum              = reco.fCutEtaPhiSum;
 203   fCutEtaPhiSeparate         = reco.fCutEtaPhiSeparate;
 204   fCutR                      = reco.fCutR;
 205   fCutEta                    = reco.fCutEta;
 206   fCutPhi                    = reco.fCutPhi;
 207   fClusterWindow             = reco.fClusterWindow;
 208   fMass                      = reco.fMass;
 209   fStepSurface               = reco.fStepSurface;
 210   fStepCluster               = reco.fStepCluster;
 211   fITSTrackSA                = reco.fITSTrackSA;
 212   fEMCalSurfaceDistance      = reco.fEMCalSurfaceDistance;
 213
 214   fTrackCutsType             = reco.fTrackCutsType;
 215   fCutMinTrackPt             = reco.fCutMinTrackPt;
 216   fCutMinNClusterTPC         = reco.fCutMinNClusterTPC;
 217   fCutMinNClusterITS         = reco.fCutMinNClusterITS;
 218   fCutMaxChi2PerClusterTPC   = reco.fCutMaxChi2PerClusterTPC;
 219   fCutMaxChi2PerClusterITS   = reco.fCutMaxChi2PerClusterITS;
 220   fCutRequireTPCRefit        = reco.fCutRequireTPCRefit;
 221   fCutRequireITSRefit        = reco.fCutRequireITSRefit;
 222   fCutAcceptKinkDaughters    = reco.fCutAcceptKinkDaughters;
 223   fCutMaxDCAToVertexXY       = reco.fCutMaxDCAToVertexXY;
 224   fCutMaxDCAToVertexZ        = reco.fCutMaxDCAToVertexZ;
 225   fCutDCAToVertex2D          = reco.fCutDCAToVertex2D;
 226   fCutRequireITSStandAlone   = reco.fCutRequireITSStandAlone;
 227   fCutRequireITSpureSA       = reco.fCutRequireITSpureSA;
 228   fUseMassForTracking        = reco.fUseMassForTracking;
 229
 230   if (reco.fResidualEta) {
 231     // assign or copy construct
 232     if (fResidualEta) {
 233       *fResidualEta = *reco.fResidualEta;
 234     } else {
 235       fResidualEta = new TArrayF(*reco.fResidualEta);
 236     }
 237   } else {
 238     if (fResidualEta) delete fResidualEta;
 239     fResidualEta = 0;
 240   }
 241
 242   if (reco.fResidualPhi) {
 243     // assign or copy construct
 244     if (fResidualPhi) {
 245       *fResidualPhi = *reco.fResidualPhi;
 246     } else {
 247       fResidualPhi = new TArrayF(*reco.fResidualPhi);
 248     }
 249   } else {
 250     if (fResidualPhi) delete fResidualPhi;
 251     fResidualPhi = 0;
 252   }
 253
 254   if (reco.fMatchedTrackIndex) {
 255     // assign or copy construct
 256     if (fMatchedTrackIndex) {
 257       *fMatchedTrackIndex = *reco.fMatchedTrackIndex;
 258     } else  {
 259       fMatchedTrackIndex = new TArrayI(*reco.fMatchedTrackIndex);
 260     }
 261   } else {
 262     if (fMatchedTrackIndex) delete fMatchedTrackIndex;
 263     fMatchedTrackIndex = 0;
 264   }
 265
 266   if (reco.fMatchedClusterIndex) {
 267     // assign or copy construct
 268     if (fMatchedClusterIndex) {
 269       *fMatchedClusterIndex = *reco.fMatchedClusterIndex;
 270     } else {
 271       fMatchedClusterIndex = new TArrayI(*reco.fMatchedClusterIndex);
 272     }
 273   } else {
 274     if (fMatchedClusterIndex) delete fMatchedClusterIndex;
 275     fMatchedClusterIndex = 0;
 276   }
 277
 278   return *this;
 279 }
 280
 281 //_____________________________________
 282 AliEMCALRecoUtils::~AliEMCALRecoUtils()
 283 {
 284   //Destructor.
 285
 286   if (fEMCALRecalibrationFactors) {
 287     fEMCALRecalibrationFactors->Clear();
 288     delete fEMCALRecalibrationFactors;
 289   }
 290
 291   if (fEMCALTimeRecalibrationFactors) {
 292     fEMCALTimeRecalibrationFactors->Clear();
 293     delete fEMCALTimeRecalibrationFactors;
 294   }
 295
 296   if (fEMCALBadChannelMap) {
 297     fEMCALBadChannelMap->Clear();
 298     delete fEMCALBadChannelMap;
 299   }
 300
 301   delete fMatchedTrackIndex   ;
 302   delete fMatchedClusterIndex ;
 303   delete fResidualEta         ;
 304   delete fResidualPhi         ;
 305   delete fPIDUtils            ;
 306
 307   InitTrackCuts();
 308 }
 309
 310 //_______________________________________________________________________________
 311 Bool_t AliEMCALRecoUtils::AcceptCalibrateCell(Int_t absID, Int_t bc,
 312                                               Float_t  & amp,    Double_t & time,
 313                                               AliVCaloCells* cells)
 314 {
 315   // Reject cell if criteria not passed and calibrate it
 316
 317   AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
 318
 319   if (absID < 0 || absID >= 24*48*geom->GetNumberOfSuperModules())
 320     return kFALSE;
 321
 322   Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 323
 324   if (!geom->GetCellIndex(absID,imod,iTower,iIphi,iIeta)) {
 325     // cell absID does not exist
 326     amp=0; time = 1.e9;
 327     return kFALSE;
 328   }
 329
 330   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 331
 332   // Do not include bad channels found in analysis,
 333   if (IsBadChannelsRemovalSwitchedOn() && GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi)) {
 334     return kFALSE;
 335   }
 336
 337   //Recalibrate energy
 338   amp  = cells->GetCellAmplitude(absID);
 339   if (!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn())
 340     amp *= GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi);
 341
 342   // Recalibrate time
 343   time = cells->GetCellTime(absID);
 344
 345   RecalibrateCellTime(absID,bc,time);
 346
 347   return kTRUE;
 348 }
 349
 350 //_____________________________________________________________________________
 351 Bool_t AliEMCALRecoUtils::CheckCellFiducialRegion(const AliEMCALGeometry* geom,
 352                                                   const AliVCluster* cluster,
 353                                                   AliVCaloCells* cells)
 354 {
 355   // Given the list of AbsId of the cluster, get the maximum cell and
 356   // check if there are fNCellsFromBorder from the calorimeter border
 357
 358   if (!cluster)
 359   {
 360     AliInfo("Cluster pointer null!");
 361     return kFALSE;
 362   }
 363
 364   //If the distance to the border is 0 or negative just exit accept all clusters
 365   if (cells->GetType()==AliVCaloCells::kEMCALCell && fNCellsFromEMCALBorder <= 0 )
 366     return kTRUE;
 367
 368   Int_t absIdMax  = -1, iSM =-1, ieta = -1, iphi = -1;
 369   Bool_t shared = kFALSE;
 370   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absIdMax,  iSM, ieta, iphi, shared);
 371
 372   AliDebug(2,Form("Cluster Max AbsId %d, Cell Energy %2.2f, Cluster Energy %2.2f, Ncells from border %d, EMCAL eta=0 %d\n",
 373                   absIdMax, cells->GetCellAmplitude(absIdMax), cluster->E(), fNCellsFromEMCALBorder, fNoEMCALBorderAtEta0));
 374
 375   if (absIdMax==-1) return kFALSE;
 376
 377   //Check if the cell is close to the borders:
 378   Bool_t okrow = kFALSE;
 379   Bool_t okcol = kFALSE;
 380
 381   if (iSM < 0 || iphi < 0 || ieta < 0 ) {
 382     AliFatal(Form("Negative value for super module: %d, or cell ieta: %d, or cell iphi: %d, check EMCAL geometry name\n",
 383                   iSM,ieta,iphi));
 384     return kFALSE; // trick coverity
 385   }
 386
 387   //Check rows/phi
 388   Int_t iPhiLast = 24;
 389    if( geom->GetSMType(iSM) == AliEMCALGeometry::kEMCAL_Half ) iPhiLast /= 2;
 390    else if (  geom->GetSMType(iSM) == AliEMCALGeometry::kEMCAL_3rd ) iPhiLast /= 3;// 1/3 sm case
 391
 392   if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < iPhiLast - fNCellsFromEMCALBorder) okrow = kTRUE;
 393
 394   //Check columns/eta
 395   Int_t iEtaLast = 48;
 396   if(!fNoEMCALBorderAtEta0 || geom->IsDCALSM(iSM)) {// conside inner border
 397      if(  geom->GetSMType(iSM) == AliEMCALGeometry::kDCAL_Standard )  iEtaLast = iEtaLast*2/3;
 398      if(ieta  > fNCellsFromEMCALBorder && ieta < iEtaLast-fNCellsFromEMCALBorder) okcol = kTRUE;
 399   } else {
 400     if (iSM%2==0) {
 401      if (ieta >= fNCellsFromEMCALBorder)     okcol = kTRUE;
 402     } else {
 403      if(ieta <  iEtaLast-fNCellsFromEMCALBorder)  okcol = kTRUE;
 404     }
 405   }//eta 0 not checked
 406
 407   AliDebug(2,Form("EMCAL Cluster in %d cells fiducial volume: ieta %d, iphi %d, SM %d:  column? %d, row? %d\nq",
 408                   fNCellsFromEMCALBorder, ieta, iphi, iSM, okcol, okrow));
 409
 410   if (okcol && okrow) {
 411     //printf("Accept\n");
 412     return kTRUE;
 413   } else  {
 414     //printf("Reject\n");
 415     AliDebug(2,Form("Reject cluster in border, max cell : ieta %d, iphi %d, SM %d\n",ieta, iphi, iSM));
 416     return kFALSE;
 417   }
 418 }
 419
 420 //_______________________________________________________________________________
 421 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ClusterContainsBadChannel(const AliEMCALGeometry* geom,
 422                                                     const UShort_t* cellList,
 423                                                     Int_t nCells)
 424 {
 425   // Check that in the cluster cells, there is no bad channel of those stored
 426   // in fEMCALBadChannelMap or fPHOSBadChannelMap
 427
 428   if (!fRemoveBadChannels)  return kFALSE;
 429   if (!fEMCALBadChannelMap) return kFALSE;
 430
 431   Int_t icol = -1;
 432   Int_t irow = -1;
 433   Int_t imod = -1;
 434   for (Int_t iCell = 0; iCell<nCells; iCell++) {
 435     //Get the column and row
 436     Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 437     geom->GetCellIndex(cellList[iCell],imod,iTower,iIphi,iIeta);
 438     if (fEMCALBadChannelMap->GetEntries() <= imod) continue;
 439     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);
 440     if (GetEMCALChannelStatus(imod, icol, irow)) {
 441       AliDebug(2,Form("Cluster with bad channel: SM %d, col %d, row %d\n",imod, icol, irow));
 442       return kTRUE;
 443     }
 444   }// cell cluster loop
 445
 446   return kFALSE;
 447 }
 448
 449
 450 //___________________________________________________________________________
 451 Float_t AliEMCALRecoUtils::GetECross(Int_t absID, Double_t tcell,
 452                                      AliVCaloCells* cells, Int_t bc)
 453 {
 454   //Calculate the energy in the cross around the energy given cell
 455
 456   AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
 457
 458   Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 459   geom->GetCellIndex(absID,imod,iTower,iIphi,iIeta);
 460   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 461
 462   //Get close cells index, energy and time, not in corners
 463
 464   Int_t absID1 = -1;
 465   Int_t absID2 = -1;
 466
 467   if ( iphi < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows-1) absID1 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi+1, ieta);
 468   if ( iphi > 0 )                                absID2 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi-1, ieta);
 469
 470   // In case of cell in eta = 0 border, depending on SM shift the cross cell index
 471
 472   Int_t absID3 = -1;
 473   Int_t absID4 = -1;
 474
 475   if ( ieta == AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1 && !(imod%2) ) {
 476     absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod+1, iphi, 0);
 477     absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod,   iphi, ieta-1);
 478   } else if ( ieta == 0 && imod%2 ) {
 479     absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod,   iphi, ieta+1);
 480     absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod-1, iphi, AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1);
 481   } else {
 482     if ( ieta < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1 )
 483       absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi, ieta+1);
 484     if ( ieta > 0 )
 485       absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi, ieta-1);
 486   }
 487
 488   //printf("IMOD %d, AbsId %d, a %d, b %d, c %d e %d \n",imod,absID,absID1,absID2,absID3,absID4);
 489
 490   Float_t  ecell1  = 0, ecell2  = 0, ecell3  = 0, ecell4  = 0;
 491   Double_t tcell1  = 0, tcell2  = 0, tcell3  = 0, tcell4  = 0;
 492
 493   AcceptCalibrateCell(absID1,bc, ecell1,tcell1,cells);
 494   AcceptCalibrateCell(absID2,bc, ecell2,tcell2,cells);
 495   AcceptCalibrateCell(absID3,bc, ecell3,tcell3,cells);
 496   AcceptCalibrateCell(absID4,bc, ecell4,tcell4,cells);
 497
 498   if (TMath::Abs(tcell-tcell1)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell1 = 0 ;
 499   if (TMath::Abs(tcell-tcell2)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell2 = 0 ;
 500   if (TMath::Abs(tcell-tcell3)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell3 = 0 ;
 501   if (TMath::Abs(tcell-tcell4)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell4 = 0 ;
 502
 503   return ecell1+ecell2+ecell3+ecell4;
 504 }
 505
 506 //_____________________________________________________________________________________________
 507 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsExoticCell(Int_t absID, AliVCaloCells* cells, Int_t bc)
 508 {
 509   // Look to cell neighbourhood and reject if it seems exotic
 510   // Do before recalibrating the cells
 511
 512   if (!fRejectExoticCells) return kFALSE;
 513
 514   Float_t  ecell  = 0;
 515   Double_t tcell  = 0;
 516   Bool_t   accept = AcceptCalibrateCell(absID, bc, ecell ,tcell ,cells);
 517
 518   if (!accept) return kTRUE; // reject this cell
 519
 520   if (ecell < fExoticCellMinAmplitude) return kFALSE; // do not reject low energy cells
 521
 522   Float_t eCross = GetECross(absID,tcell,cells,bc);
 523
 524   if (1-eCross/ecell > fExoticCellFraction) {
 525     AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::IsExoticCell() - EXOTIC CELL id %d, eCell %f, eCross %f, 1-eCross/eCell %f\n",
 526                     absID,ecell,eCross,1-eCross/ecell));
 527     return kTRUE;
 528   }
 529
 530   return kFALSE;
 531 }
 532
 533 //___________________________________________________________________
 534 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsExoticCluster(const AliVCluster *cluster,
 535                                           AliVCaloCells *cells,
 536                                           Int_t bc)
 537 {
 538   // Check if the cluster highest energy tower is exotic
 539
 540   if (!cluster) {
 541     AliInfo("Cluster pointer null!");
 542     return kFALSE;
 543   }
 544
 545   if (!fRejectExoticCluster) return kFALSE;
 546
 547   // Get highest energy tower
 548   AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
 549   Int_t iSupMod = -1, absId = -1, ieta = -1, iphi = -1;
 550   Bool_t shared = kFALSE;
 551   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absId, iSupMod, ieta, iphi, shared);
 552
 553   return IsExoticCell(absId,cells,bc);
 554 }
 555
 556 //_______________________________________________________________________
 557 Float_t AliEMCALRecoUtils::SmearClusterEnergy(const AliVCluster* cluster)
 558 {
 559   //In case of MC analysis, smear energy to match resolution/calibration in real data
 560
 561   if (!cluster) {
 562     AliInfo("Cluster pointer null!");
 563     return 0;
 564   }
 565
 566   Float_t energy    = cluster->E() ;
 567   Float_t rdmEnergy = energy ;
 568   if (fSmearClusterEnergy) {
 569     rdmEnergy = fRandom.Gaus(energy,fSmearClusterParam[0] * TMath::Sqrt(energy) +
 570                                     fSmearClusterParam[1] * energy +
 571                                     fSmearClusterParam[2] );
 572     AliDebug(2, Form("Energy: original %f, smeared %f\n", energy, rdmEnergy));
 573   }
 574
 575   return rdmEnergy;
 576 }
 577
 578 //____________________________________________________________________________
 579 Float_t AliEMCALRecoUtils::CorrectClusterEnergyLinearity(AliVCluster* cluster)
 580 {
 581   // Correct cluster energy from non linearity functions
 582
 583   if (!cluster) {
 584     AliInfo("Cluster pointer null!");
 585     return 0;
 586   }
 587
 588   Float_t energy = cluster->E();
 589
 590   if (energy < 0.05) {
 591     // Clusters with less than 50 MeV or negative are not possible
 592     AliInfo(Form("Too Low Cluster energy!, E = %f < 0.05 GeV",energy));
 593     return 0;
 594   }
 595
 596   switch (fNonLinearityFunction)
 597   {
 598     case kPi0MC:
 599     {
 600       //Non-Linearity correction (from MC with function ([0]*exp(-[1]/E))+(([2]/([3]*2.*TMath::Pi())*exp(-(E-[4])^2/(2.*[3]^2)))))
 601       //fNonLinearityParams[0] = 1.014;
 602       //fNonLinearityParams[1] =-0.03329;
 603       //fNonLinearityParams[2] =-0.3853;
 604       //fNonLinearityParams[3] = 0.5423;
 605       //fNonLinearityParams[4] =-0.4335;
 606        energy *= (fNonLinearityParams[0]*exp(-fNonLinearityParams[1]/energy))+
 607                   ((fNonLinearityParams[2]/(fNonLinearityParams[3]*2.*TMath::Pi())*
 608                     exp(-(energy-fNonLinearityParams[4])*(energy-fNonLinearityParams[4])/(2.*fNonLinearityParams[3]*fNonLinearityParams[3]))));
 609       break;
 610     }
 611
 612     case kPi0MCv2:
 613     {
 614       //Non-Linearity correction (from MC with function [0]/((x+[1])^[2]))+1;
 615       //fNonLinearityParams[0] = 3.11111e-02;
 616       //fNonLinearityParams[1] =-5.71666e-02;
 617       //fNonLinearityParams[2] = 5.67995e-01;
 618
 619       energy *= fNonLinearityParams[0]/TMath::Power(energy+fNonLinearityParams[1],fNonLinearityParams[2])+1;
 620       break;
 621     }
 622
 623     case kPi0MCv3:
 624     {
 625       //Same as beam test corrected, change parameters
 626       //fNonLinearityParams[0] =  9.81039e-01
 627       //fNonLinearityParams[1] =  1.13508e-01;
 628       //fNonLinearityParams[2] =  1.00173e+00;
 629       //fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
 630       //fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
 631       //fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
 632       //fNonLinearityParams[6] =  1;
 633       energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
 634
 635       break;
 636     }
 637
 638
 639     case kPi0GammaGamma:
 640     {
 641       //Non-Linearity correction (from Olga Data with function p0+p1*exp(-p2*E))
 642       //fNonLinearityParams[0] = 1.04;
 643       //fNonLinearityParams[1] = -0.1445;
 644       //fNonLinearityParams[2] = 1.046;
 645       energy /= (fNonLinearityParams[0]+fNonLinearityParams[1]*exp(-fNonLinearityParams[2]*energy)); //Olga function
 646       break;
 647     }
 648
 649     case kPi0GammaConversion:
 650     {
 651       //Non-Linearity correction (Nicolas from Dimitri Data with function C*[1-a*exp(-b*E)])
 652       //fNonLinearityParams[0] = 0.139393/0.1349766;
 653       //fNonLinearityParams[1] = 0.0566186;
 654       //fNonLinearityParams[2] = 0.982133;
 655       energy /= fNonLinearityParams[0]*(1-fNonLinearityParams[1]*exp(-fNonLinearityParams[2]*energy));
 656
 657       break;
 658     }
 659
 660     case kBeamTest:
 661     {
 662       //From beam test, Alexei's results, for different ZS thresholds
 663       //                        th=30 MeV; th = 45 MeV; th = 75 MeV
 664       //fNonLinearityParams[0] = 1.007;      1.003;      1.002
 665       //fNonLinearityParams[1] = 0.894;      0.719;      0.797
 666       //fNonLinearityParams[2] = 0.246;      0.334;      0.358
 667       //Rescale the param[0] with 1.03
 668       energy /= fNonLinearityParams[0]/(1+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]));
 669
 670       break;
 671     }
 672
 673     case kBeamTestCorrected:
 674     {
 675       //From beam test, corrected for material between beam and EMCAL
 676       //fNonLinearityParams[0] =  0.99078
 677       //fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
 678       //fNonLinearityParams[2] =  0.655166;
 679       //fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
 680       //fNonLinearityParams[4] =  163.282;
 681       //fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
 682       //fNonLinearityParams[6] =  0.978;
 683         energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
 684
 685       break;
 686     }
 687
 688     case kBeamTestCorrectedv2:
 689     {
 690       //From beam test, corrected for material between beam and EMCAL
 691       //fNonLinearityParams[0] =  0.983504;
 692       //fNonLinearityParams[1] =  0.210106;
 693       //fNonLinearityParams[2] =  0.897274;
 694       //fNonLinearityParams[3] =  0.0829064;
 695       //fNonLinearityParams[4] =  152.299;
 696       //fNonLinearityParams[5] =  31.5028;
 697       //fNonLinearityParams[6] =  0.968;
 698       energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
 699
 700       break;
 701     }
 702
 703     case kSDMv5:
 704     {
 705       //Based on fit to the MC/data using kNoCorrection on the data - utilizes symmetric decay method and kPi0MCv5(MC) - 28 Oct 2013
 706       //fNonLinearityParams[0] =  1.0;
 707       //fNonLinearityParams[1] =  6.64778e-02;
 708       //fNonLinearityParams[2] =  1.570;
 709       //fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
 710       //fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
 711       //fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
 712       //fNonLinearityParams[6] =  1.01286;
 713       energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5])))) * (0.964 + exp(-3.132-0.435*energy*2.0));
 714
 715       break;
 716     }
 717
 718     case kPi0MCv5:
 719     {
 720       //Based on comparing MC truth information to the reconstructed energy of clusters.
 721       //fNonLinearityParams[0] =  1.0;
 722       //fNonLinearityParams[1] =  6.64778e-02;
 723       //fNonLinearityParams[2] =  1.570;
 724       //fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
 725       //fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
 726       //fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
 727       //fNonLinearityParams[6] =  1.01286;
 728       energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
 729
 730       break;
 731     }
 732
 733     case kNoCorrection:
 734       AliDebug(2,"No correction on the energy\n");
 735       break;
 736
 737   }
 738
 739   return energy;
 740 }
 741
 742 //__________________________________________________
 743 void AliEMCALRecoUtils::InitNonLinearityParam()
 744 {
 745   //Initialising Non Linearity Parameters
 746
 747   if (fNonLinearityFunction == kPi0MC) {
 748     fNonLinearityParams[0] = 1.014;
 749     fNonLinearityParams[1] = -0.03329;
 750     fNonLinearityParams[2] = -0.3853;
 751     fNonLinearityParams[3] = 0.5423;
 752     fNonLinearityParams[4] = -0.4335;
 753   }
 754
 755   if (fNonLinearityFunction == kPi0MCv2) {
 756     fNonLinearityParams[0] = 3.11111e-02;
 757     fNonLinearityParams[1] =-5.71666e-02;
 758     fNonLinearityParams[2] = 5.67995e-01;
 759   }
 760
 761   if (fNonLinearityFunction == kPi0MCv3) {
 762     fNonLinearityParams[0] =  9.81039e-01;
 763     fNonLinearityParams[1] =  1.13508e-01;
 764     fNonLinearityParams[2] =  1.00173e+00;
 765     fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
 766     fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
 767     fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
 768     fNonLinearityParams[6] =  1;
 769   }
 770
 771   if (fNonLinearityFunction == kPi0GammaGamma) {
 772     fNonLinearityParams[0] = 1.04;
 773     fNonLinearityParams[1] = -0.1445;
 774     fNonLinearityParams[2] = 1.046;
 775   }
 776
 777   if (fNonLinearityFunction == kPi0GammaConversion) {
 778     fNonLinearityParams[0] = 0.139393;
 779     fNonLinearityParams[1] = 0.0566186;
 780     fNonLinearityParams[2] = 0.982133;
 781   }
 782
 783   if (fNonLinearityFunction == kBeamTest) {
 784     if (fNonLinearThreshold == 30) {
 785       fNonLinearityParams[0] = 1.007;
 786       fNonLinearityParams[1] = 0.894;
 787       fNonLinearityParams[2] = 0.246;
 788     }
 789     if (fNonLinearThreshold == 45) {
 790       fNonLinearityParams[0] = 1.003;
 791       fNonLinearityParams[1] = 0.719;
 792       fNonLinearityParams[2] = 0.334;
 793     }
 794     if (fNonLinearThreshold == 75) {
 795       fNonLinearityParams[0] = 1.002;
 796       fNonLinearityParams[1] = 0.797;
 797       fNonLinearityParams[2] = 0.358;
 798     }
 799   }
 800
 801   if (fNonLinearityFunction == kBeamTestCorrected) {
 802     fNonLinearityParams[0] =  0.99078;
 803     fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
 804     fNonLinearityParams[2] =  0.655166;
 805     fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
 806     fNonLinearityParams[4] =  163.282;
 807     fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
 808     fNonLinearityParams[6] =  0.978;
 809   }
 810
 811   if (fNonLinearityFunction == kBeamTestCorrectedv2) {
 812     fNonLinearityParams[0] =  0.983504;
 813     fNonLinearityParams[1] =  0.210106;
 814     fNonLinearityParams[2] =  0.897274;
 815     fNonLinearityParams[3] =  0.0829064;
 816     fNonLinearityParams[4] =  152.299;
 817     fNonLinearityParams[5] =  31.5028;
 818     fNonLinearityParams[6] =  0.968;
 819   }
 820
 821   if (fNonLinearityFunction == kSDMv5) {
 822     fNonLinearityParams[0] =  1.0;
 823     fNonLinearityParams[1] =  6.64778e-02;
 824     fNonLinearityParams[2] =  1.570;
 825     fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
 826     fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
 827     fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
 828     fNonLinearityParams[6] =  1.01286;
 829   }
 830
 831   if (fNonLinearityFunction == kPi0MCv5) {
 832     fNonLinearityParams[0] =  1.0;
 833     fNonLinearityParams[1] =  6.64778e-02;
 834     fNonLinearityParams[2] =  1.570;
 835     fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
 836     fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
 837     fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
 838     fNonLinearityParams[6] =  1.01286;
 839   }
 840
 841 }
 842
 843 //_________________________________________________________
 844 Float_t  AliEMCALRecoUtils::GetDepth(Float_t energy,
 845                                      Int_t iParticle,
 846                                      Int_t iSM) const
 847 {
 848   //Calculate shower depth for a given cluster energy and particle type
 849
 850   // parameters
 851   Float_t x0    = 1.31;
 852   Float_t ecr   = 8;
 853   Float_t depth = 0;
 854   Float_t arg   = energy*1000/ ecr; //Multiply energy by 1000 to transform to MeV
 855
 856   switch ( iParticle )
 857   {
 858     case kPhoton:
 859       if (arg < 1)
 860         depth = 0;
 861       else
 862         depth = x0 * (TMath::Log(arg) + 0.5);
 863       break;
 864
 865     case kElectron:
 866       if (arg < 1)
 867         depth = 0;
 868       else
 869         depth = x0 * (TMath::Log(arg) - 0.5);
 870       break;
 871
 872     case kHadron:
 873       // hadron
 874       // boxes anc. here
 875       if (gGeoManager) {
 876         gGeoManager->cd("ALIC_1/XEN1_1");
 877         TGeoNode        *geoXEn1    = gGeoManager->GetCurrentNode();
 878         TGeoNodeMatrix  *geoSM      = dynamic_cast<TGeoNodeMatrix *>(geoXEn1->GetDaughter(iSM));
 879         if (geoSM) {
 880           TGeoVolume      *geoSMVol   = geoSM->GetVolume();
 881           TGeoShape       *geoSMShape = geoSMVol->GetShape();
 882           TGeoBBox        *geoBox     = dynamic_cast<TGeoBBox *>(geoSMShape);
 883           if (geoBox) depth = 0.5 * geoBox->GetDX()*2 ;
 884           else AliFatal("Null GEANT box");
 885         }
 886         else AliFatal("NULL  GEANT node matrix");
 887       }
 888       else
 889       {//electron
 890         if (arg < 1)
 891           depth = 0;
 892         else
 893           depth = x0 * (TMath::Log(arg) - 0.5);
 894       }
 895
 896       break;
 897
 898     default://photon
 899       if (arg < 1)
 900         depth = 0;
 901       else
 902         depth = x0 * (TMath::Log(arg) + 0.5);
 903   }
 904
 905   return depth;
 906 }
 907
 908 //____________________________________________________________________
 909 void AliEMCALRecoUtils::GetMaxEnergyCell(const AliEMCALGeometry *geom,
 910                                          AliVCaloCells* cells,
 911                                          const AliVCluster* clu,
 912                                          Int_t  & absId,
 913                                          Int_t  & iSupMod,
 914                                          Int_t  & ieta,
 915                                          Int_t  & iphi,
 916                                          Bool_t & shared)
 917 {
 918   //For a given CaloCluster gets the absId of the cell
 919   //with maximum energy deposit.
 920
 921   Double_t eMax        = -1.;
 922   Double_t eCell       = -1.;
 923   Float_t  fraction    = 1.;
 924   Float_t  recalFactor = 1.;
 925   Int_t    cellAbsId   = -1 ;
 926
 927   Int_t iTower  = -1;
 928   Int_t iIphi   = -1;
 929   Int_t iIeta   = -1;
 930   Int_t iSupMod0= -1;
 931
 932   if (!clu) {
 933     AliInfo("Cluster pointer null!");
 934     absId=-1; iSupMod0=-1, ieta = -1; iphi = -1; shared = -1;
 935     return;
 936   }
 937
 938   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++) {
 939     cellAbsId = clu->GetCellAbsId(iDig);
 940     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
 941     //printf("a Cell %d, id, %d, amp %f, fraction %f\n",iDig,cellAbsId,cells->GetCellAmplitude(cellAbsId),fraction);
 942     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
 943     geom->GetCellIndex(cellAbsId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
 944     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 945     if (iDig==0) {
 946       iSupMod0=iSupMod;
 947     } else if (iSupMod0!=iSupMod)  {
 948       shared = kTRUE;
 949       //printf("AliEMCALRecoUtils::GetMaxEnergyCell() - SHARED CLUSTER\n");
 950     }
 951     if (!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn()) {
 952       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
 953     }
 954     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cellAbsId)*fraction*recalFactor;
 955     //printf("b Cell %d, id, %d, amp %f, fraction %f\n",iDig,cellAbsId,eCell,fraction);
 956     if (eCell > eMax) {
 957       eMax  = eCell;
 958       absId = cellAbsId;
 959       //printf("\t new max: cell %d, e %f, ecell %f\n",maxId, eMax,eCell);
 960     }
 961   }// cell loop
 962
 963   //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
 964   geom->GetCellIndex(absId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
 965   //Gives SuperModule and Tower numbers
 966   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,
 967                                          iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 968   //printf("Max id %d, iSM %d, col %d, row %d\n",absId,iSupMod,ieta,iphi);
 969   //printf("Max end---\n");
 970 }
 971
 972 //______________________________________
 973 void AliEMCALRecoUtils::InitParameters()
 974 {
 975   // Initialize data members with default values
 976
 977   fParticleType = kPhoton;
 978   fPosAlgo      = kUnchanged;
 979   fW0           = 4.5;
 980
 981   fNonLinearityFunction = kNoCorrection;
 982   fNonLinearThreshold   = 30;
 983
 984   fExoticCellFraction     = 0.97;
 985   fExoticCellDiffTime     = 1e6;
 986   fExoticCellMinAmplitude = 0.5;
 987
 988   fAODFilterMask    = 128;
 989   fAODHybridTracks  = kFALSE;
 990   fAODTPCOnlyTracks = kTRUE;
 991
 992   fCutEtaPhiSum      = kTRUE;
 993   fCutEtaPhiSeparate = kFALSE;
 994
 995   fCutR   = 0.05;
 996   fCutEta = 0.025;
 997   fCutPhi = 0.05;
 998
 999   fClusterWindow = 100;
1000   fMass          = 0.139;
1001
1002   fStepSurface   = 20.;
1003   fStepCluster   = 5.;
1004   fTrackCutsType = kLooseCut;
1005
1006   fCutMinTrackPt     = 0;
1007   fCutMinNClusterTPC = -1;
1008   fCutMinNClusterITS = -1;
1009
1010   fCutMaxChi2PerClusterTPC  = 1e10;
1011   fCutMaxChi2PerClusterITS  = 1e10;
1012
1013   fCutRequireTPCRefit     = kFALSE;
1014   fCutRequireITSRefit     = kFALSE;
1015   fCutAcceptKinkDaughters = kFALSE;
1016
1017   fCutMaxDCAToVertexXY = 1e10;
1018   fCutMaxDCAToVertexZ  = 1e10;
1019   fCutDCAToVertex2D    = kFALSE;
1020
1021   fCutRequireITSStandAlone = kFALSE; //Marcel
1022   fCutRequireITSpureSA     = kFALSE; //Marcel
1023
1024   fUseMassForTracking      = kFALSE;
1025
1026   //Misalignment matrices
1027   for (Int_t i = 0; i < 15 ; i++)
1028   {
1029     fMisalTransShift[i] = 0.;
1030     fMisalRotShift[i]   = 0.;
1031   }
1032
1033   //Non linearity
1034   for (Int_t i = 0; i < 7  ; i++) fNonLinearityParams[i] = 0.;
1035
1036   //For kBeamTestCorrectedv2 case, but default is no correction
1037   fNonLinearityParams[0] =  0.983504;
1038   fNonLinearityParams[1] =  0.210106;
1039   fNonLinearityParams[2] =  0.897274;
1040   fNonLinearityParams[3] =  0.0829064;
1041   fNonLinearityParams[4] =  152.299;
1042   fNonLinearityParams[5] =  31.5028;
1043   fNonLinearityParams[6] =  0.968;
1044
1045   //Cluster energy smearing
1046   fSmearClusterEnergy   = kFALSE;
1047   fSmearClusterParam[0] = 0.07; // * sqrt E term
1048   fSmearClusterParam[1] = 0.00; // * E term
1049   fSmearClusterParam[2] = 0.00; // constant
1050 }
1051
1052 //_____________________________________________________
1053 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()
1054 {
1055   //Init EMCAL recalibration factors
1056   AliDebug(2,"AliCalorimeterUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()");
1057   //In order to avoid rewriting the same histograms
1058   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1059   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1060
1061   fEMCALRecalibrationFactors = new TObjArray(12);
1062   for (int i = 0; i < 12; i++)
1063     fEMCALRecalibrationFactors->Add(new TH2F(Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i),
1064                                              Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i),  48, 0, 48, 24, 0, 24));
1065   //Init the histograms with 1
1066   for (Int_t sm = 0; sm < 12; sm++)
1067   {
1068     for (Int_t i = 0; i < 48; i++)
1069     {
1070       for (Int_t j = 0; j < 24; j++)
1071       {
1072         SetEMCALChannelRecalibrationFactor(sm,i,j,1.);
1073       }
1074     }
1075   }
1076
1077   fEMCALRecalibrationFactors->SetOwner(kTRUE);
1078   fEMCALRecalibrationFactors->Compress();
1079
1080   //In order to avoid rewriting the same histograms
1081   TH1::AddDirectory(oldStatus);
1082 }
1083
1084 //_________________________________________________________
1085 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALTimeRecalibrationFactors()
1086 {
1087   //Init EMCAL recalibration factors
1088   AliDebug(2,"AliCalorimeterUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()");
1089   //In order to avoid rewriting the same histograms
1090   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1091   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1092
1093   fEMCALTimeRecalibrationFactors = new TObjArray(4);
1094   for (int i = 0; i < 4; i++)
1095     fEMCALTimeRecalibrationFactors->Add(new TH1F(Form("hAllTimeAvBC%d",i),
1096                                                  Form("hAllTimeAvBC%d",i),
1097                                                  48*24*12,0.,48*24*12)          );
1098   //Init the histograms with 1
1099   for (Int_t bc = 0; bc < 4; bc++)
1100   {
1101     for (Int_t i = 0; i < 48*24*12; i++)
1102       SetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(bc,i,0.);
1103   }
1104
1105   fEMCALTimeRecalibrationFactors->SetOwner(kTRUE);
1106   fEMCALTimeRecalibrationFactors->Compress();
1107
1108   //In order to avoid rewriting the same histograms
1109   TH1::AddDirectory(oldStatus);
1110 }
1111
1112 //____________________________________________________
1113 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALBadChannelStatusMap()
1114 {
1115   //Init EMCAL bad channels map
1116   AliDebug(2,"AliEMCALRecoUtils::InitEMCALBadChannelStatusMap()");
1117   //In order to avoid rewriting the same histograms
1118   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1119   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1120
1121   fEMCALBadChannelMap = new TObjArray(12);
1122   //TH2F * hTemp = new  TH2I("EMCALBadChannelMap","EMCAL SuperModule bad channel map", 48, 0, 48, 24, 0, 24);
1123   for (int i = 0; i < 12; i++)
1124   {
1125     fEMCALBadChannelMap->Add(new TH2I(Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i),Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i), 48, 0, 48, 24, 0, 24));
1126   }
1127
1128   fEMCALBadChannelMap->SetOwner(kTRUE);
1129   fEMCALBadChannelMap->Compress();
1130
1131   //In order to avoid rewriting the same histograms
1132   TH1::AddDirectory(oldStatus);
1133 }
1134
1135 //____________________________________________________________________________
1136 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy(const AliEMCALGeometry* geom,
1137                                                  AliVCluster * cluster,
1138                                                  AliVCaloCells * cells,
1139                                                  Int_t bc)
1140 {
1141   // Recalibrate the cluster energy and Time, considering the recalibration map
1142   // and the energy of the cells and time that compose the cluster.
1143   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1144
1145   if (!cluster) {
1146     AliInfo("Cluster pointer null!");
1147     return;
1148   }
1149
1150   //Get the cluster number of cells and list of absId, check what kind of cluster do we have.
1151   UShort_t * index    = cluster->GetCellsAbsId() ;
1152   Double_t * fraction = cluster->GetCellsAmplitudeFraction() ;
1153   Int_t ncells = cluster->GetNCells();
1154
1155   //Initialize some used variables
1156   Float_t energy = 0;
1157   Int_t   absId  =-1;
1158   Int_t   icol   =-1, irow =-1, imod=1;
1159   Float_t factor = 1, frac = 0;
1160   Int_t   absIdMax = -1;
1161   Float_t emax     = 0;
1162
1163   //Loop on the cells, get the cell amplitude and recalibration factor, multiply and and to the new energy
1164   for (Int_t icell = 0; icell < ncells; icell++)
1165   {
1166     absId = index[icell];
1167     frac =  fraction[icell];
1168     if (frac < 1e-5) frac = 1; //in case of EMCAL, this is set as 0 since unfolding is off
1169
1170     if (!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn()) {
1171       // Energy
1172       Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
1173       geom->GetCellIndex(absId,imod,iTower,iIphi,iIeta);
1174       if (fEMCALRecalibrationFactors->GetEntries() <= imod)
1175         continue;
1176       geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);
1177       factor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,icol,irow);
1178
1179       AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - recalibrate cell: module %d, col %d, row %d, cell fraction %f,recalibration factor %f, cell energy %f\n",
1180                       imod,icol,irow,frac,factor,cells->GetCellAmplitude(absId)));
1181
1182     }
1183
1184     energy += cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac;
1185
1186     if (emax < cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac) {
1187       emax     = cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac;
1188       absIdMax = absId;
1189     }
1190   }
1191
1192   AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - Energy before %f, after %f \n",cluster->E(),energy));
1193
1194   cluster->SetE(energy);
1195
1196   // Recalculate time of cluster
1197   Double_t timeorg = cluster->GetTOF();
1198
1199   Double_t time = cells->GetCellTime(absIdMax);
1200   if (!fCellsRecalibrated && IsTimeRecalibrationOn())
1201     RecalibrateCellTime(absIdMax,bc,time);
1202
1203   cluster->SetTOF(time);
1204
1205   AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - Time before %f, after %f \n",timeorg,cluster->GetTOF()));
1206 }
1207
1208 //_____________________________________________________________
1209 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateCells(AliVCaloCells * cells,
1210                                          Int_t bc)
1211 {
1212   // Recalibrate the cells time and energy, considering the recalibration map and the energy
1213   // of the cells that compose the cluster.
1214   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1215
1216   if (!IsRecalibrationOn() && !IsTimeRecalibrationOn() && !IsBadChannelsRemovalSwitchedOn())
1217     return;
1218
1219   if (!cells) {
1220     AliInfo("Cells pointer null!");
1221     return;
1222   }
1223
1224   Short_t  absId  =-1;
1225   Bool_t   accept = kFALSE;
1226   Float_t  ecell  = 0;
1227   Double_t tcell  = 0;
1228   Double_t ecellin = 0;
1229   Double_t tcellin = 0;
1230   Int_t  mclabel = -1;
1231   Double_t efrac = 0;
1232
1233   Int_t nEMcell  = cells->GetNumberOfCells() ;
1234   for (Int_t iCell = 0; iCell < nEMcell; iCell++)
1235   {
1236     cells->GetCell( iCell, absId, ecellin, tcellin, mclabel, efrac );
1237
1238     accept = AcceptCalibrateCell(absId, bc, ecell ,tcell ,cells);
1239     if (!accept) {
1240       ecell = 0;
1241       tcell = -1;
1242     }
1243
1244     //Set new values
1245     cells->SetCell(iCell,absId,ecell, tcell, mclabel, efrac);
1246   }
1247
1248   fCellsRecalibrated = kTRUE;
1249 }
1250
1251 //_______________________________________________________________________________________________________
1252 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateCellTime(Int_t absId, Int_t bc, Double_t & celltime) const
1253 {
1254   // Recalibrate time of cell with absID  considering the recalibration map
1255   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1256
1257   if (!fCellsRecalibrated && IsTimeRecalibrationOn() && bc >= 0) {
1258     celltime -= GetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(bc%4,absId)*1.e-9;    ;
1259   }
1260 }
1261
1262 //______________________________________________________________________________
1263 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPosition(const AliEMCALGeometry *geom,
1264                                                    AliVCaloCells* cells,
1265                                                    AliVCluster* clu)
1266 {
1267   //For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1268
1269   if (!clu) {
1270     AliInfo("Cluster pointer null!");
1271     return;
1272   }
1273
1274   if      (fPosAlgo==kPosTowerGlobal) RecalculateClusterPositionFromTowerGlobal( geom, cells, clu);
1275   else if (fPosAlgo==kPosTowerIndex)  RecalculateClusterPositionFromTowerIndex ( geom, cells, clu);
1276   else    AliDebug(2,"Algorithm to recalculate position not selected, do nothing.");
1277 }
1278
1279 //_____________________________________________________________________________________________
1280 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPositionFromTowerGlobal(const AliEMCALGeometry *geom,
1281                                                                   AliVCaloCells* cells,
1282                                                                   AliVCluster* clu)
1283 {
1284   // For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1285   // The algorithm is a copy of what is done in AliEMCALRecPoint
1286
1287   Double_t eCell       = 0.;
1288   Float_t  fraction    = 1.;
1289   Float_t  recalFactor = 1.;
1290
1291   Int_t    absId   = -1;
1292   Int_t    iTower  = -1, iIphi  = -1, iIeta  = -1;
1293   Int_t    iSupModMax = -1, iSM=-1, iphi   = -1, ieta   = -1;
1294   Float_t  weight = 0.,  totalWeight=0.;
1295   Float_t  newPos[3] = {0,0,0};
1296   Double_t pLocal[3], pGlobal[3];
1297   Bool_t shared = kFALSE;
1298
1299   Float_t  clEnergy = clu->E(); //Energy already recalibrated previously
1300   if (clEnergy <= 0)
1301     return;
1302   GetMaxEnergyCell(geom, cells, clu, absId,  iSupModMax, ieta, iphi,shared);
1303   Double_t depth = GetDepth(clEnergy,fParticleType,iSupModMax) ;
1304
1305   //printf("** Cluster energy %f, ncells %d, depth %f\n",clEnergy,clu->GetNCells(),depth);
1306
1307   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++)
1308   {
1309     absId = clu->GetCellAbsId(iDig);
1310     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
1311     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1312
1313     if (!fCellsRecalibrated) {
1314       geom->GetCellIndex(absId,iSM,iTower,iIphi,iIeta);
1315       geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSM,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
1316       if (IsRecalibrationOn()) {
1317         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSM,ieta,iphi);
1318       }
1319     }
1320
1321     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId)*fraction*recalFactor;
1322
1323     weight = GetCellWeight(eCell,clEnergy);
1324     totalWeight += weight;
1325
1326     geom->RelPosCellInSModule(absId,depth,pLocal[0],pLocal[1],pLocal[2]);
1327     //printf("pLocal (%f,%f,%f), SM %d, absId %d\n",pLocal[0],pLocal[1],pLocal[2],iSupModMax,absId);
1328     geom->GetGlobal(pLocal,pGlobal,iSupModMax);
1329     //printf("pLocal (%f,%f,%f)\n",pGlobal[0],pGlobal[1],pGlobal[2]);
1330
1331     for (int i=0; i<3; i++ ) newPos[i] += (weight*pGlobal[i]);
1332   }// cell loop
1333
1334   if (totalWeight>0) {
1335     for (int i=0; i<3; i++ )    newPos[i] /= totalWeight;
1336   }
1337
1338   //Float_t pos[]={0,0,0};
1339   //clu->GetPosition(pos);
1340   //printf("OldPos  : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",pos[0],pos[1],pos[2]);
1341   //printf("NewPos  : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",newPos[0],newPos[1],newPos[2]);
1342
1343   if (iSupModMax > 1) { //sector 1
1344     newPos[0] +=fMisalTransShift[3];//-=3.093;
1345     newPos[1] +=fMisalTransShift[4];//+=6.82;
1346     newPos[2] +=fMisalTransShift[5];//+=1.635;
1347     //printf("   +    : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",fMisalTransShift[3],fMisalTransShift[4],fMisalTransShift[5]);
1348   } else { //sector 0
1349     newPos[0] +=fMisalTransShift[0];//+=1.134;
1350     newPos[1] +=fMisalTransShift[1];//+=8.2;
1351     newPos[2] +=fMisalTransShift[2];//+=1.197;
1352     //printf("   +    : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",fMisalTransShift[0],fMisalTransShift[1],fMisalTransShift[2]);
1353   }
1354   //printf("NewPos : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",newPos[0],newPos[1],newPos[2]);
1355
1356   clu->SetPosition(newPos);
1357 }
1358
1359 //____________________________________________________________________________________________
1360 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPositionFromTowerIndex(const AliEMCALGeometry *geom,
1361                                                                  AliVCaloCells* cells,
1362                                                                  AliVCluster* clu)
1363 {
1364   // For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1365   // The algorithm works with the tower indeces, averages the indeces and from them it calculates the global position
1366
1367   Double_t eCell       = 1.;
1368   Float_t  fraction    = 1.;
1369   Float_t  recalFactor = 1.;
1370
1371   Int_t absId   = -1;
1372   Int_t iTower  = -1;
1373   Int_t iIphi   = -1, iIeta   = -1;
1374   Int_t iSupMod = -1, iSupModMax = -1;
1375   Int_t iphi = -1, ieta =-1;
1376   Bool_t shared = kFALSE;
1377
1378   Float_t clEnergy = clu->E(); //Energy already recalibrated previously.
1379
1380   if (clEnergy <= 0)
1381     return;
1382   GetMaxEnergyCell(geom, cells, clu, absId,  iSupModMax, ieta, iphi,shared);
1383   Float_t  depth = GetDepth(clEnergy,fParticleType,iSupMod) ;
1384
1385   Float_t weight = 0., weightedCol = 0., weightedRow = 0., totalWeight=0.;
1386   Bool_t areInSameSM = kTRUE; //exclude clusters with cells in different SMs for now
1387   Int_t startingSM = -1;
1388
1389   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++)
1390   {
1391     absId = clu->GetCellAbsId(iDig);
1392     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
1393     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1394
1395     if      (iDig==0)  startingSM = iSupMod;
1396     else if (iSupMod != startingSM) areInSameSM = kFALSE;
1397
1398     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId);
1399
1400     geom->GetCellIndex(absId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1401     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
1402
1403     if (!fCellsRecalibrated)
1404     {
1405       if (IsRecalibrationOn()) {
1406         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1407       }
1408     }
1409
1410     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId)*fraction*recalFactor;
1411
1412     weight = GetCellWeight(eCell,clEnergy);
1413     if (weight < 0) weight = 0;
1414     totalWeight += weight;
1415     weightedCol += ieta*weight;
1416     weightedRow += iphi*weight;
1417
1418     //printf("Max cell? cell %d, amplitude org %f, fraction %f, recalibration %f, amplitude new %f \n",cellAbsId, cells->GetCellAmplitude(cellAbsId), fraction, recalFactor, eCell) ;
1419   }// cell loop
1420
1421   Float_t xyzNew[]={0.,0.,0.};
1422   if (areInSameSM == kTRUE) {
1423     //printf("In Same SM\n");
1424     weightedCol = weightedCol/totalWeight;
1425     weightedRow = weightedRow/totalWeight;
1426     geom->RecalculateTowerPosition(weightedRow, weightedCol, iSupModMax, depth, fMisalTransShift, fMisalRotShift, xyzNew);
1427   }
1428   else
1429   {
1430     //printf("In Different SM\n");
1431     geom->RecalculateTowerPosition(iphi,        ieta,        iSupModMax, depth, fMisalTransShift, fMisalRotShift, xyzNew);
1432   }
1433
1434   clu->SetPosition(xyzNew);
1435 }
1436
1437 //___________________________________________________________________________________________
1438 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterDistanceToBadChannel(const AliEMCALGeometry * geom,
1439                                                                AliVCaloCells* cells,
1440                                                                AliVCluster * cluster)
1441 {
1442   //re-evaluate distance to bad channel with updated bad map
1443
1444   if (!fRecalDistToBadChannels) return;
1445
1446   if (!cluster)
1447   {
1448     AliInfo("Cluster pointer null!");
1449     return;
1450   }
1451
1452   //Get channels map of the supermodule where the cluster is.
1453   Int_t absIdMax  = -1, iSupMod =-1, icolM = -1, irowM = -1;
1454   Bool_t shared = kFALSE;
1455   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absIdMax,  iSupMod, icolM, irowM, shared);
1456   TH2D* hMap  = (TH2D*)fEMCALBadChannelMap->At(iSupMod);
1457
1458   Int_t dRrow, dRcol;
1459   Float_t  minDist = 10000.;
1460   Float_t  dist    = 0.;
1461
1462   //Loop on tower status map
1463   for (Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++)
1464   {
1465     for (Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++)
1466     {
1467       //Check if tower is bad.
1468       if (hMap->GetBinContent(icol,irow)==0) continue;
1469       //printf("AliEMCALRecoUtils::RecalculateDistanceToBadChannels() - \n \t Bad channel in SM %d, col %d, row %d, \n \t Cluster max in col %d, row %d\n",
1470       //       iSupMod,icol, irow, icolM,irowM);
1471
1472       dRrow=TMath::Abs(irowM-irow);
1473       dRcol=TMath::Abs(icolM-icol);
1474       dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dRcol*dRcol);
1475       if (dist < minDist)
1476       {
1477         //printf("MIN DISTANCE TO BAD %2.2f\n",dist);
1478         minDist = dist;
1479       }
1480     }
1481   }
1482
1483   //In case the cluster is shared by 2 SuperModules, need to check the map of the second Super Module
1484   if (shared)
1485   {
1486     TH2D* hMap2 = 0;
1487     Int_t iSupMod2 = -1;
1488
1489     //The only possible combinations are (0,1), (2,3) ... (8,9)
1490     if (iSupMod%2) iSupMod2 = iSupMod-1;
1491     else           iSupMod2 = iSupMod+1;
1492     hMap2  = (TH2D*)fEMCALBadChannelMap->At(iSupMod2);
1493
1494     //Loop on tower status map of second super module
1495     for (Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++)
1496     {
1497       for (Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++)
1498       {
1499         //Check if tower is bad.
1500         if (hMap2->GetBinContent(icol,irow)==0)
1501           continue;
1502         //printf("AliEMCALRecoUtils::RecalculateDistanceToBadChannels(shared) - \n \t Bad channel in SM %d, col %d, row %d \n \t Cluster max in SM %d, col %d, row %d\n",
1503         //     iSupMod2,icol, irow,iSupMod,icolM,irowM);
1504         dRrow=TMath::Abs(irow-irowM);
1505
1506         if (iSupMod%2) {
1507           dRcol=TMath::Abs(icol-(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icolM));
1508         } else {
1509           dRcol=TMath::Abs(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icol-icolM);
1510         }
1511
1512         dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dRcol*dRcol);
1513         if (dist < minDist) minDist = dist;
1514       }
1515     }
1516   }// shared cluster in 2 SuperModules
1517
1518   AliDebug(2,Form("Max cluster cell (SM,col,row)=(%d %d %d) - Distance to Bad Channel %2.2f",iSupMod, icolM, irowM, minDist));
1519   cluster->SetDistanceToBadChannel(minDist);
1520 }
1521
1522 //__________________________________________________________________
1523 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPID(AliVCluster * cluster)
1524 {
1525   //re-evaluate identification parameters with bayesian
1526
1527   if (!cluster) {
1528     AliInfo("Cluster pointer null!");
1529     return;
1530   }
1531
1532   if (cluster->GetM02() != 0)
1533     fPIDUtils->ComputePID(cluster->E(),cluster->GetM02());
1534
1535   Float_t pidlist[AliPID::kSPECIESCN+1];
1536   for (Int_t i = 0; i < AliPID::kSPECIESCN+1; i++) pidlist[i] = fPIDUtils->GetPIDFinal(i);
1537
1538   cluster->SetPID(pidlist);
1539 }
1540
1541 //___________________________________________________________________________________________________________________
1542 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(const AliEMCALGeometry * geom,
1543                                                                 AliVCaloCells* cells,
1544                                                                 AliVCluster * cluster,
1545                                                                 Float_t & l0,   Float_t & l1,
1546                                                                 Float_t & disp, Float_t & dEta, Float_t & dPhi,
1547                                                                 Float_t & sEta, Float_t & sPhi, Float_t & sEtaPhi)
1548 {
1549   // Calculates new center of gravity in the local EMCAL-module coordinates
1550   // and tranfers into global ALICE coordinates
1551   // Calculates Dispersion and main axis
1552
1553   if (!cluster) {
1554     AliInfo("Cluster pointer null!");
1555     return;
1556   }
1557
1558   Double_t eCell       = 0.;
1559   Float_t  fraction    = 1.;
1560   Float_t  recalFactor = 1.;
1561
1562   Int_t    iSupMod = -1;
1563   Int_t    iTower  = -1;
1564   Int_t    iIphi   = -1;
1565   Int_t    iIeta   = -1;
1566   Int_t    iphi    = -1;
1567   Int_t    ieta    = -1;
1568   Double_t etai    = -1.;
1569   Double_t phii    = -1.;
1570
1571   Int_t    nstat   = 0 ;
1572   Float_t  wtot    = 0.;
1573   Double_t w       = 0.;
1574   Double_t etaMean = 0.;
1575   Double_t phiMean = 0.;
1576
1577   //Loop on cells, calculate the cluster energy, in case a cut on cell energy is added
1578   // and to check if the cluster is between 2 SM in eta
1579   Int_t   iSM0   = -1;
1580   Bool_t  shared = kFALSE;
1581   Float_t energy = 0;
1582
1583   for (Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++)
1584   {
1585     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1586     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1587     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1588
1589     //Check if there are cells of different SM
1590     if      (iDigit == 0   ) iSM0 = iSupMod;
1591     else if (iSupMod!= iSM0) shared = kTRUE;
1592
1593     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1594     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1595     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1596
1597     if (IsRecalibrationOn()) {
1598       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1599     }
1600
1601     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1602
1603     energy += eCell;
1604
1605   }//cell loop
1606
1607   //Loop on cells
1608   for (Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++)
1609   {
1610     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1611     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1612     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1613
1614     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1615     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1616     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1617
1618     if (!fCellsRecalibrated) {
1619       if (IsRecalibrationOn()) {
1620         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1621       }
1622     }
1623
1624     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1625
1626     // In case of a shared cluster, index of SM in C side, columns start at 48 and ends at 48*2
1627     // C Side impair SM, nSupMod%2=1; A side pair SM, nSupMod%2=0
1628     if (shared && iSupMod%2) ieta+=AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
1629
1630     if (cluster->E() > 0 && eCell > 0) {
1631       w  = GetCellWeight(eCell,cluster->E());
1632
1633       etai=(Double_t)ieta;
1634       phii=(Double_t)iphi;
1635
1636       if (w > 0.0) {
1637         wtot += w ;
1638         nstat++;
1639         //Shower shape
1640         sEta     += w * etai * etai ;
1641         etaMean  += w * etai ;
1642         sPhi     += w * phii * phii ;
1643         phiMean  += w * phii ;
1644         sEtaPhi  += w * etai * phii ;
1645       }
1646     } else
1647       AliError(Form("Wrong energy %f and/or amplitude %f\n", eCell, cluster->E()));
1648   }//cell loop
1649
1650   //Normalize to the weight
1651   if (wtot > 0) {
1652     etaMean /= wtot ;
1653     phiMean /= wtot ;
1654   } else
1655     AliError(Form("Wrong weight %f\n", wtot));
1656
1657   //Calculate dispersion
1658   for (Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++)
1659   {
1660     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1661     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1662     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1663
1664     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1665     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1666     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1667     if (IsRecalibrationOn()) {
1668       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1669     }
1670     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1671
1672     // In case of a shared cluster, index of SM in C side, columns start at 48 and ends at 48*2
1673     // C Side impair SM, nSupMod%2=1; A side pair SM, nSupMod%2=0
1674     if (shared && iSupMod%2) ieta+=AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
1675
1676     if (cluster->E() > 0 && eCell > 0) {
1677       w  = GetCellWeight(eCell,cluster->E());
1678
1679       etai=(Double_t)ieta;
1680       phii=(Double_t)iphi;
1681       if (w > 0.0) {
1682         disp +=  w *((etai-etaMean)*(etai-etaMean)+(phii-phiMean)*(phii-phiMean));
1683         dEta +=  w * (etai-etaMean)*(etai-etaMean) ;
1684         dPhi +=  w * (phii-phiMean)*(phii-phiMean) ;
1685       }
1686     } else
1687       AliError(Form("Wrong energy %f and/or amplitude %f\n", eCell, cluster->E()));
1688   }// cell loop
1689
1690   //Normalize to the weigth and set shower shape parameters
1691   if (wtot > 0 && nstat > 1) {
1692     disp    /= wtot ;
1693     dEta    /= wtot ;
1694     dPhi    /= wtot ;
1695     sEta    /= wtot ;
1696     sPhi    /= wtot ;
1697     sEtaPhi /= wtot ;
1698
1699     sEta    -= etaMean * etaMean ;
1700     sPhi    -= phiMean * phiMean ;
1701     sEtaPhi -= etaMean * phiMean ;
1702
1703     l0 = (0.5 * (sEta + sPhi) + TMath::Sqrt( 0.25 * (sEta - sPhi) * (sEta - sPhi) + sEtaPhi * sEtaPhi ));
1704     l1 = (0.5 * (sEta + sPhi) - TMath::Sqrt( 0.25 * (sEta - sPhi) * (sEta - sPhi) + sEtaPhi * sEtaPhi ));
1705   } else {
1706     l0   = 0. ;
1707     l1   = 0. ;
1708     dEta = 0. ; dPhi = 0. ; disp    = 0. ;
1709     sEta = 0. ; sPhi = 0. ; sEtaPhi = 0. ;
1710   }
1711 }
1712
1713 //____________________________________________________________________________________________
1714 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(const AliEMCALGeometry * geom,
1715                                                                 AliVCaloCells* cells,
1716                                                                 AliVCluster * cluster)
1717 {
1718   // Calculates new center of gravity in the local EMCAL-module coordinates
1719   // and tranfers into global ALICE coordinates
1720   // Calculates Dispersion and main axis and puts them into the cluster
1721
1722   Float_t l0   = 0., l1   = 0.;
1723   Float_t disp = 0., dEta = 0., dPhi    = 0.;
1724   Float_t sEta = 0., sPhi = 0., sEtaPhi = 0.;
1725
1726   AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(geom,cells,cluster,l0,l1,disp,
1727                                                              dEta, dPhi, sEta, sPhi, sEtaPhi);
1728
1729   cluster->SetM02(l0);
1730   cluster->SetM20(l1);
1731   if (disp > 0. ) cluster->SetDispersion(TMath::Sqrt(disp)) ;
1732
1733 }
1734
1735 //____________________________________________________________________________
1736 void AliEMCALRecoUtils::FindMatches(AliVEvent *event,
1737                                     TObjArray * clusterArr,
1738                                     const AliEMCALGeometry *geom)
1739 {
1740   //This function should be called before the cluster loop
1741   //Before call this function, please recalculate the cluster positions
1742   //Given the input event, loop over all the tracks, select the closest cluster as matched with fCutR
1743   //Store matched cluster indexes and residuals
1744
1745   fMatchedTrackIndex  ->Reset();
1746   fMatchedClusterIndex->Reset();
1747   fResidualPhi->Reset();
1748   fResidualEta->Reset();
1749
1750   fMatchedTrackIndex  ->Set(1000);
1751   fMatchedClusterIndex->Set(1000);
1752   fResidualPhi->Set(1000);
1753   fResidualEta->Set(1000);
1754
1755   AliESDEvent* esdevent = dynamic_cast<AliESDEvent*> (event);
1756   AliAODEvent* aodevent = dynamic_cast<AliAODEvent*> (event);
1757
1758   // init the magnetic field if not already on
1759   if (!TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField()) {
1760     if (!event->InitMagneticField())
1761     {
1762       AliInfo("Mag Field not initialized, null esd/aod evetn pointers");
1763     }
1764   } // Init mag field
1765
1766   if (esdevent) {
1767     UInt_t mask1 = esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInDAQ();
1768     UInt_t mask2 = esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInReco();
1769     Bool_t desc1 = (mask1 >> 3) & 0x1;
1770     Bool_t desc2 = (mask2 >> 3) & 0x1;
1771     if (desc1==0 || desc2==0) {
1772 //       AliError(Form("TPC not in DAQ/RECO: %u (%u)/%u (%u)",
1773 //       mask1, esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInReco(),
1774 //       mask2, esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInDAQ()));
1775       fITSTrackSA=kTRUE;
1776     }
1777   }
1778
1779   TObjArray *clusterArray = 0x0;
1780   if (!clusterArr) {
1781     clusterArray = new TObjArray(event->GetNumberOfCaloClusters());
1782     for (Int_t icl=0; icl<event->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
1783     {
1784       AliVCluster *cluster = (AliVCluster*) event->GetCaloCluster(icl);
1785       if (geom && !IsGoodCluster(cluster,geom,(AliVCaloCells*)event->GetEMCALCells()))
1786         continue;
1787       clusterArray->AddAt(cluster,icl);
1788     }
1789   }
1790
1791   Int_t    matched=0;
1792   Double_t cv[21];
1793   for (Int_t i=0; i<21;i++) cv[i]=0;
1794   for (Int_t itr=0; itr<event->GetNumberOfTracks(); itr++)
1795   {
1796     AliExternalTrackParam *trackParam = 0;
1797
1798     //If the input event is ESD, the starting point for extrapolation is TPCOut, if available, or TPCInner
1799     AliESDtrack *esdTrack = 0;
1800     AliAODTrack *aodTrack = 0;
1801     if (esdevent) {
1802       esdTrack = esdevent->GetTrack(itr);
1803       if (!esdTrack) continue;
1804       if (!IsAccepted(esdTrack)) continue;
1805       if (esdTrack->Pt()<fCutMinTrackPt) continue;
1806       Double_t phi = esdTrack->Phi()*TMath::RadToDeg();
1807       if (TMath::Abs(esdTrack->Eta())>0.9 || phi <= 10 || phi >= 250 ) continue;
1808       if (!fITSTrackSA)
1809         trackParam =  const_cast<AliExternalTrackParam*>(esdTrack->GetInnerParam());  // if TPC Available
1810       else
1811         trackParam =  new AliExternalTrackParam(*esdTrack); // If ITS Track Standing alone
1812     }
1813
1814     //If the input event is AOD, the starting point for extrapolation is at vertex
1815     //AOD tracks are selected according to its filterbit.
1816     else if (aodevent) {
1817       aodTrack = dynamic_cast<AliAODTrack*>(aodevent->GetTrack(itr));
1818       if(!aodTrack) AliFatal("Not a standard AOD");
1819       if (!aodTrack) continue;
1820
1821       if (fAODTPCOnlyTracks) { // Match with TPC only tracks, default from May 2013, before filter bit 32
1822         //printf("Match with TPC only tracks, accept? %d, test bit 128 <%d> \n", aodTrack->IsTPCOnly(), aodTrack->TestFilterMask(128));
1823         if (!aodTrack->IsTPCConstrained()) continue ;
1824       } else if (fAODHybridTracks) { // Match with hybrid tracks
1825         //printf("Match with Hybrid tracks, accept? %d \n", aodTrack->IsHybridGlobalConstrainedGlobal());
1826         if (!aodTrack->IsHybridGlobalConstrainedGlobal()) continue ;
1827       } else { // Match with tracks on a mask
1828         //printf("Match with tracks having filter bit mask %d, accept? %d \n",fAODFilterMask,aodTrack->TestFilterMask(fAODFilterMask));
1829         if (!aodTrack->TestFilterMask(fAODFilterMask) ) continue; //Select AOD tracks
1830       }
1831
1832       if (aodTrack->Pt()<fCutMinTrackPt) continue;
1833
1834       Double_t phi = aodTrack->Phi()*TMath::RadToDeg();
1835       if (TMath::Abs(aodTrack->Eta())>0.9 || phi <= 10 || phi >= 250 )
1836         continue;
1837       Double_t pos[3],mom[3];
1838       aodTrack->GetXYZ(pos);
1839       aodTrack->GetPxPyPz(mom);
1840       AliDebug(5,Form("aod track: i=%d | pos=(%5.4f,%5.4f,%5.4f) | mom=(%5.4f,%5.4f,%5.4f) | charge=%d\n",itr,pos[0],pos[1],pos[2],mom[0],mom[1],mom[2],aodTrack->Charge()));
1841
1842       trackParam= new AliExternalTrackParam(pos,mom,cv,aodTrack->Charge());
1843     }
1844
1845     //Return if the input data is not "AOD" or "ESD"
1846     else {
1847       printf("Wrong input data type! Should be \"AOD\" or \"ESD\"\n");
1848       if (clusterArray) {
1849         clusterArray->Clear();
1850         delete clusterArray;
1851       }
1852       return;
1853     }
1854
1855     if (!trackParam) continue;
1856
1857     //Extrapolate the track to EMCal surface
1858     AliExternalTrackParam emcalParam(*trackParam);
1859     Float_t eta, phi, pt;
1860     if (!ExtrapolateTrackToEMCalSurface(&emcalParam, fEMCalSurfaceDistance, fMass, fStepSurface, eta, phi, pt)) {
1861       if (aodevent && trackParam) delete trackParam;
1862       if (fITSTrackSA && trackParam) delete trackParam;
1863       continue;
1864     }
1865
1866     if (TMath::Abs(eta)>0.75 || (phi) < 70*TMath::DegToRad() || (phi) > 190*TMath::DegToRad()) {
1867       if (aodevent && trackParam) delete trackParam;
1868       if (fITSTrackSA && trackParam) delete trackParam;
1869       continue;
1870     }
1871
1872     //Find matched clusters
1873     Int_t index = -1;
1874     Float_t dEta = -999, dPhi = -999;
1875     if (!clusterArr) {
1876       index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArray, dEta, dPhi);
1877     } else {
1878       index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArr, dEta, dPhi);
1879     }
1880
1881     if (index>-1) {
1882       fMatchedTrackIndex   ->AddAt(itr,matched);
1883       fMatchedClusterIndex ->AddAt(index,matched);
1884       fResidualEta         ->AddAt(dEta,matched);
1885       fResidualPhi         ->AddAt(dPhi,matched);
1886       matched++;
1887     }
1888     if (aodevent && trackParam) delete trackParam;
1889     if (fITSTrackSA && trackParam) delete trackParam;
1890   }//track loop
1891
1892   if (clusterArray) {
1893     clusterArray->Clear();
1894     delete clusterArray;
1895   }
1896
1897   AliDebug(2,Form("Number of matched pairs = %d !\n",matched));
1898
1899   fMatchedTrackIndex   ->Set(matched);
1900   fMatchedClusterIndex ->Set(matched);
1901   fResidualPhi         ->Set(matched);
1902   fResidualEta         ->Set(matched);
1903 }
1904
1905 //________________________________________________________________________________
1906 Int_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedClusterInEvent(const AliESDtrack *track,
1907                                                    const AliVEvent *event,
1908                                                    const AliEMCALGeometry *geom,
1909                                                    Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
1910 {
1911   //
1912   // This function returns the index of matched cluster to input track
1913   // Returns -1 if no match is found
1914   Int_t index = -1;
1915   Double_t phiV = track->Phi()*TMath::RadToDeg();
1916   if (TMath::Abs(track->Eta())>0.9 || phiV <= 10 || phiV >= 250 ) return index;
1917   AliExternalTrackParam *trackParam = 0;
1918   if (!fITSTrackSA)
1919     trackParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(track->GetInnerParam());  // If TPC
1920   else
1921     trackParam = new AliExternalTrackParam(*track);
1922
1923   if (!trackParam) return index;
1924   AliExternalTrackParam emcalParam(*trackParam);
1925   Float_t eta, phi, pt;
1926
1927   if (!ExtrapolateTrackToEMCalSurface(&emcalParam, fEMCalSurfaceDistance, fMass, fStepSurface, eta, phi, pt))   {
1928     if (fITSTrackSA) delete trackParam;
1929     return index;
1930   }
1931   if (TMath::Abs(eta)>0.75 || (phi) < 70*TMath::DegToRad() || (phi) > 190*TMath::DegToRad()) {
1932     if (fITSTrackSA) delete trackParam;
1933     return index;
1934   }
1935
1936   TObjArray *clusterArr = new TObjArray(event->GetNumberOfCaloClusters());
1937
1938   for (Int_t icl=0; icl<event->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
1939   {
1940     AliVCluster *cluster = (AliVCluster*) event->GetCaloCluster(icl);
1941     if (geom && !IsGoodCluster(cluster,geom,(AliVCaloCells*)event->GetEMCALCells())) continue;
1942     clusterArr->AddAt(cluster,icl);
1943   }
1944
1945   index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArr, dEta, dPhi);
1946   clusterArr->Clear();
1947   delete clusterArr;
1948   if (fITSTrackSA) delete trackParam;
1949
1950   return index;
1951 }
1952
1953 //_______________________________________________________________________________________________
1954 Int_t  AliEMCALRecoUtils::FindMatchedClusterInClusterArr(const AliExternalTrackParam *emcalParam,
1955                                                          AliExternalTrackParam *trkParam,
1956                                                          const TObjArray * clusterArr,
1957                                                          Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
1958 {
1959   // Find matched cluster in array
1960
1961   dEta=-999, dPhi=-999;
1962   Float_t dRMax = fCutR, dEtaMax=fCutEta, dPhiMax=fCutPhi;
1963   Int_t index = -1;
1964   Float_t tmpEta=-999, tmpPhi=-999;
1965
1966   Double_t exPos[3] = {0.,0.,0.};
1967   if (!emcalParam->GetXYZ(exPos)) return index;
1968
1969   Float_t clsPos[3] = {0.,0.,0.};
1970   for (Int_t icl=0; icl<clusterArr->GetEntriesFast(); icl++)
1971   {
1972     AliVCluster *cluster = dynamic_cast<AliVCluster*> (clusterArr->At(icl)) ;
1973     if (!cluster || !cluster->IsEMCAL()) continue;
1974     cluster->GetPosition(clsPos);
1975     Double_t dR = TMath::Sqrt(TMath::Power(exPos[0]-clsPos[0],2)+TMath::Power(exPos[1]-clsPos[1],2)+TMath::Power(exPos[2]-clsPos[2],2));
1976     if (dR > fClusterWindow) continue;
1977
1978     AliExternalTrackParam trkPamTmp (*trkParam);//Retrieve the starting point every time before the extrapolation
1979     if (!ExtrapolateTrackToCluster(&trkPamTmp, cluster, fMass, fStepCluster, tmpEta, tmpPhi)) continue;
1980     if (fCutEtaPhiSum) {
1981       Float_t tmpR=TMath::Sqrt(tmpEta*tmpEta + tmpPhi*tmpPhi);
1982       if (tmpR<dRMax) {
1983         dRMax=tmpR;
1984         dEtaMax=tmpEta;
1985         dPhiMax=tmpPhi;
1986         index=icl;
1987       }
1988     } else if (fCutEtaPhiSeparate) {
1989       if (TMath::Abs(tmpEta)<TMath::Abs(dEtaMax) && TMath::Abs(tmpPhi)<TMath::Abs(dPhiMax)) {
1990         dEtaMax = tmpEta;
1991         dPhiMax = tmpPhi;
1992         index=icl;
1993       }
1994     } else {
1995       printf("Error: please specify your cut criteria\n");
1996       printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
1997       printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
1998       return index;
1999     }
2000   }
2001
2002   dEta=dEtaMax;
2003   dPhi=dPhiMax;
2004
2005   return index;
2006 }
2007
2008 //------------------------------------------------------------------------------------
2009 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToEMCalSurface(AliVTrack *track,
2010                                                          Double_t emcalR, Double_t mass,
2011                                                          Double_t step, Double_t minpt)
2012 {
2013   // Extrapolate track to EMCAL surface
2014
2015   track->SetTrackPhiEtaPtOnEMCal(-999, -999, -999);
2016
2017   if (track->Pt()<minpt)
2018     return kFALSE;
2019
2020   Double_t phi = track->Phi()*TMath::RadToDeg();
2021   if (TMath::Abs(track->Eta())>0.9 || phi <= 10 || phi >= 250)
2022     return kFALSE;
2023
2024   AliESDtrack *esdt = dynamic_cast<AliESDtrack*>(track);
2025   AliAODTrack *aodt = 0;
2026   if (!esdt) {
2027     aodt = dynamic_cast<AliAODTrack*>(track);
2028     if (!aodt)
2029       return kFALSE;
2030   }
2031
2032   // Select the mass hypothesis
2033   if ( mass < 0 )
2034   {
2035     Bool_t onlyTPC = kFALSE;
2036     if ( mass == -99 ) onlyTPC=kTRUE;
2037
2038     if (esdt)
2039     {
2040       if ( fUseMassForTracking ) mass = esdt->GetMassForTracking();
2041       else                       mass = esdt->GetMass(onlyTPC);
2042     }
2043     else
2044     {
2045       if ( fUseMassForTracking ) mass = aodt->GetMassForTracking();
2046       else                       mass = aodt->M();
2047     }
2048   }
2049
2050   AliExternalTrackParam *trackParam = 0;
2051   if (esdt) {
2052     const AliExternalTrackParam *in = esdt->GetInnerParam();
2053     if (!in)
2054       return kFALSE;
2055     trackParam = new AliExternalTrackParam(*in);
2056   } else {
2057     Double_t xyz[3] = {0}, pxpypz[3] = {0}, cv[21] = {0};
2058     aodt->PxPyPz(pxpypz);
2059     aodt->XvYvZv(xyz);
2060     aodt->GetCovarianceXYZPxPyPz(cv);
2061     trackParam = new AliExternalTrackParam(xyz,pxpypz,cv,aodt->Charge());
2062   }
2063   if (!trackParam)
2064     return kFALSE;
2065
2066   Float_t etaout=-999, phiout=-999, ptout=-999;
2067   Bool_t ret = ExtrapolateTrackToEMCalSurface(trackParam,
2068                                               emcalR,
2069                                               mass,
2070                                               step,
2071                                               etaout,
2072                                               phiout,
2073                                               ptout);
2074   delete trackParam;
2075   if (!ret)
2076     return kFALSE;
2077   if (TMath::Abs(etaout)>0.75 || (phiout<70*TMath::DegToRad()) || (phiout>190*TMath::DegToRad()))
2078     return kFALSE;
2079   track->SetTrackPhiEtaPtOnEMCal(phiout, etaout, ptout);
2080   return kTRUE;
2081 }
2082
2083
2084 //------------------------------------------------------------------------------------
2085 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToEMCalSurface(AliExternalTrackParam *trkParam,
2086                                                          Double_t emcalR,
2087                                                          Double_t mass,
2088                                                          Double_t step,
2089                                                          Float_t &eta,
2090                                                          Float_t &phi,
2091                                                          Float_t &pt)
2092 {
2093   //Extrapolate track to EMCAL surface
2094
2095   eta = -999, phi = -999, pt = -999;
2096   if (!trkParam) return kFALSE;
2097   if (!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(trkParam, emcalR, mass, step, kTRUE, 0.8, -1)) return kFALSE;
2098   Double_t trkPos[3] = {0.,0.,0.};
2099   if (!trkParam->GetXYZ(trkPos)) return kFALSE;
2100   TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
2101   eta = trkPosVec.Eta();
2102   phi = trkPosVec.Phi();
2103   pt = trkParam->Pt();
2104   if (phi<0)
2105     phi += 2*TMath::Pi();
2106
2107   return kTRUE;
2108 }
2109
2110 //-----------------------------------------------------------------------------------
2111 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToPosition(AliExternalTrackParam *trkParam,
2112                                                      const Float_t *clsPos,
2113                                                      Double_t mass,
2114                                                      Double_t step,
2115                                                      Float_t &tmpEta,
2116                                                      Float_t &tmpPhi)
2117 {
2118   //
2119   //Return the residual by extrapolating a track param to a global position
2120   //
2121   tmpEta = -999;
2122   tmpPhi = -999;
2123   if (!trkParam) return kFALSE;
2124   Double_t trkPos[3] = {0.,0.,0.};
2125   TVector3 vec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
2126   Double_t alpha =  ((int)(vec.Phi()*TMath::RadToDeg()/20)+0.5)*20*TMath::DegToRad();
2127   vec.RotateZ(-alpha); //Rotate the cluster to the local extrapolation coordinate system
2128   if (!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(trkParam, vec.X(), mass, step,kTRUE, 0.8, -1)) return kFALSE;
2129   if (!trkParam->GetXYZ(trkPos)) return kFALSE; //Get the extrapolated global position
2130
2131   TVector3 clsPosVec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
2132   TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
2133
2134   // track cluster matching
2135   tmpPhi = clsPosVec.DeltaPhi(trkPosVec);    // tmpPhi is between -pi and pi
2136   tmpEta = clsPosVec.Eta()-trkPosVec.Eta();
2137
2138   return kTRUE;
2139 }
2140
2141 //----------------------------------------------------------------------------------
2142 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(AliExternalTrackParam *trkParam,
2143                                                     const AliVCluster *cluster,
2144                                                     Double_t mass,
2145                                                     Double_t step,
2146                                                     Float_t &tmpEta,
2147                                                     Float_t &tmpPhi)
2148 {
2149   //
2150   //Return the residual by extrapolating a track param to a cluster
2151   //
2152   tmpEta = -999;
2153   tmpPhi = -999;
2154   if (!cluster || !trkParam)
2155     return kFALSE;
2156
2157   Float_t clsPos[3] = {0.,0.,0.};
2158   cluster->GetPosition(clsPos);
2159
2160   return ExtrapolateTrackToPosition(trkParam, clsPos, mass, step, tmpEta, tmpPhi);
2161 }
2162
2163 //---------------------------------------------------------------------------------
2164 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(AliExternalTrackParam *trkParam,
2165                                                     const AliVCluster *cluster,
2166                                                     Float_t &tmpEta,
2167                                                     Float_t &tmpPhi)
2168 {
2169   //
2170   //Return the residual by extrapolating a track param to a clusterfStepCluster
2171   //
2172
2173   return ExtrapolateTrackToCluster(trkParam, cluster, fMass, fStepCluster, tmpEta, tmpPhi);
2174 }
2175
2176 //_______________________________________________________________________
2177 void AliEMCALRecoUtils::GetMatchedResiduals(Int_t clsIndex,
2178                                             Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
2179 {
2180   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2181   //Get the residuals dEta and dPhi for this cluster to the closest track
2182   //Works with ESDs and AODs
2183
2184   if (FindMatchedPosForCluster(clsIndex) >= 999) {
2185     AliDebug(2,"No matched tracks found!\n");
2186     dEta=999.;
2187     dPhi=999.;
2188     return;
2189   }
2190   dEta = fResidualEta->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2191   dPhi = fResidualPhi->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2192 }
2193
2194 //______________________________________________________________________________________________
2195 void AliEMCALRecoUtils::GetMatchedClusterResiduals(Int_t trkIndex, Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
2196 {
2197   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2198   //Get the residuals dEta and dPhi for this track to the closest cluster
2199   //Works with ESDs and AODs
2200
2201   if (FindMatchedPosForTrack(trkIndex) >= 999) {
2202     AliDebug(2,"No matched cluster found!\n");
2203     dEta=999.;
2204     dPhi=999.;
2205     return;
2206   }
2207   dEta = fResidualEta->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2208   dPhi = fResidualPhi->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2209 }
2210
2211 //__________________________________________________________
2212 Int_t AliEMCALRecoUtils::GetMatchedTrackIndex(Int_t clsIndex)
2213 {
2214   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2215   //Get the index of matched track to this cluster
2216   //Works with ESDs and AODs
2217
2218   if (IsClusterMatched(clsIndex))
2219     return fMatchedTrackIndex->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2220   else
2221     return -1;
2222 }
2223
2224 //__________________________________________________________
2225 Int_t AliEMCALRecoUtils::GetMatchedClusterIndex(Int_t trkIndex)
2226 {
2227   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2228   //Get the index of matched cluster to this track
2229   //Works with ESDs and AODs
2230
2231   if (IsTrackMatched(trkIndex))
2232     return fMatchedClusterIndex->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2233   else
2234     return -1;
2235 }
2236
2237 //______________________________________________________________
2238 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsClusterMatched(Int_t clsIndex) const
2239 {
2240   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2241   //Returns if the cluster has a match
2242   if (FindMatchedPosForCluster(clsIndex) < 999)
2243     return kTRUE;
2244   else
2245     return kFALSE;
2246 }
2247
2248 //____________________________________________________________
2249 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsTrackMatched(Int_t trkIndex) const
2250 {
2251   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2252   //Returns if the track has a match
2253   if (FindMatchedPosForTrack(trkIndex) < 999)
2254     return kTRUE;
2255   else
2256     return kFALSE;
2257 }
2258
2259 //______________________________________________________________________
2260 UInt_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedPosForCluster(Int_t clsIndex) const
2261 {
2262   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2263   //Returns the position of the match in the fMatchedClusterIndex array
2264   Float_t tmpR = fCutR;
2265   UInt_t pos = 999;
2266
2267   for (Int_t i=0; i<fMatchedClusterIndex->GetSize(); i++)
2268   {
2269     if (fMatchedClusterIndex->At(i)==clsIndex) {
2270       Float_t r = TMath::Sqrt(fResidualEta->At(i)*fResidualEta->At(i) + fResidualPhi->At(i)*fResidualPhi->At(i));
2271       if (r<tmpR) {
2272         pos=i;
2273         tmpR=r;
2274         AliDebug(3,Form("Matched cluster index: index: %d, dEta: %2.4f, dPhi: %2.4f.\n",
2275                         fMatchedClusterIndex->At(i),fResidualEta->At(i),fResidualPhi->At(i)));
2276       }
2277     }
2278   }
2279   return pos;
2280 }
2281
2282 //____________________________________________________________________
2283 UInt_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedPosForTrack(Int_t trkIndex) const
2284 {
2285   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2286   //Returns the position of the match in the fMatchedTrackIndex array
2287   Float_t tmpR = fCutR;
2288   UInt_t pos = 999;
2289
2290   for (Int_t i=0; i<fMatchedTrackIndex->GetSize(); i++)
2291   {
2292     if (fMatchedTrackIndex->At(i)==trkIndex) {
2293       Float_t r = TMath::Sqrt(fResidualEta->At(i)*fResidualEta->At(i) + fResidualPhi->At(i)*fResidualPhi->At(i));
2294       if (r<tmpR) {
2295         pos=i;
2296         tmpR=r;
2297         AliDebug(3,Form("Matched track index: index: %d, dEta: %2.4f, dPhi: %2.4f.\n",
2298                         fMatchedTrackIndex->At(i),fResidualEta->At(i),fResidualPhi->At(i)));
2299       }
2300     }
2301   }
2302   return pos;
2303 }
2304
2305 //__________________________________________________________________________
2306 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsGoodCluster(AliVCluster *cluster,
2307                                         const AliEMCALGeometry *geom,
2308                                         AliVCaloCells* cells, Int_t bc)
2309 {
2310   // check if the cluster survives some quality cut
2311   //
2312   //
2313   Bool_t isGood=kTRUE;
2314
2315   if (!cluster || !cluster->IsEMCAL())              return kFALSE;
2316   if (ClusterContainsBadChannel(geom,cluster->GetCellsAbsId(),cluster->GetNCells())) return kFALSE;
2317   if (!CheckCellFiducialRegion(geom,cluster,cells)) return kFALSE;
2318   if (IsExoticCluster(cluster, cells,bc))           return kFALSE;
2319
2320   return isGood;
2321 }
2322
2323 //__________________________________________________________
2324 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsAccepted(AliESDtrack *esdTrack)
2325 {
2326   // Given a esd track, return whether the track survive all the cuts
2327
2328   // The different quality parameter are first
2329   // retrieved from the track. then it is found out what cuts the
2330   // track did not survive and finally the cuts are imposed.
2331
2332   UInt_t status = esdTrack->GetStatus();
2333
2334   Int_t nClustersITS = esdTrack->GetITSclusters(0);
2335   Int_t nClustersTPC = esdTrack->GetTPCclusters(0);
2336
2337   Float_t chi2PerClusterITS = -1;
2338   Float_t chi2PerClusterTPC = -1;
2339   if (nClustersITS!=0)
2340     chi2PerClusterITS = esdTrack->GetITSchi2()/Float_t(nClustersITS);
2341   if (nClustersTPC!=0)
2342     chi2PerClusterTPC = esdTrack->GetTPCchi2()/Float_t(nClustersTPC);
2343
2344
2345   //DCA cuts
2346   if (fTrackCutsType==kGlobalCut) {
2347     Float_t maxDCAToVertexXYPtDep = 0.0182 + 0.0350/TMath::Power(esdTrack->Pt(),1.01); //This expression comes from AliESDtrackCuts::GetStandardITSTPCTrackCuts2010()
2348     //AliDebug(3,Form("Track pT = %f, DCAtoVertexXY = %f",esdTrack->Pt(),MaxDCAToVertexXYPtDep));
2349     SetMaxDCAToVertexXY(maxDCAToVertexXYPtDep); //Set pT dependent DCA cut to vertex in x-y plane
2350   }
2351
2352   Float_t b[2];
2353   Float_t bCov[3];
2354   esdTrack->GetImpactParameters(b,bCov);
2355   if (bCov[0]<=0 || bCov[2]<=0) {
2356     AliDebug(1, "Estimated b resolution lower or equal zero!");
2357     bCov[0]=0; bCov[2]=0;
2358   }
2359
2360   Float_t dcaToVertexXY = b[0];
2361   Float_t dcaToVertexZ = b[1];
2362   Float_t dcaToVertex = -1;
2363
2364   if (fCutDCAToVertex2D)
2365     dcaToVertex = TMath::Sqrt(dcaToVertexXY*dcaToVertexXY/fCutMaxDCAToVertexXY/fCutMaxDCAToVertexXY + dcaToVertexZ*dcaToVertexZ/fCutMaxDCAToVertexZ/fCutMaxDCAToVertexZ);
2366   else
2367     dcaToVertex = TMath::Sqrt(dcaToVertexXY*dcaToVertexXY + dcaToVertexZ*dcaToVertexZ);
2368
2369   // cut the track?
2370
2371   Bool_t cuts[kNCuts];
2372   for (Int_t i=0; i<kNCuts; i++) cuts[i]=kFALSE;
2373
2374   // track quality cuts
2375   if (fCutRequireTPCRefit && (status&AliESDtrack::kTPCrefit)==0)
2376     cuts[0]=kTRUE;
2377   if (fCutRequireITSRefit && (status&AliESDtrack::kITSrefit)==0)
2378     cuts[1]=kTRUE;
2379   if (nClustersTPC<fCutMinNClusterTPC)
2380     cuts[2]=kTRUE;
2381   if (nClustersITS<fCutMinNClusterITS)
2382     cuts[3]=kTRUE;
2383   if (chi2PerClusterTPC>fCutMaxChi2PerClusterTPC)
2384     cuts[4]=kTRUE;
2385   if (chi2PerClusterITS>fCutMaxChi2PerClusterITS)
2386     cuts[5]=kTRUE;
2387   if (!fCutAcceptKinkDaughters && esdTrack->GetKinkIndex(0)>0)
2388     cuts[6]=kTRUE;
2389   if (fCutDCAToVertex2D && dcaToVertex > 1)
2390     cuts[7] = kTRUE;
2391   if (!fCutDCAToVertex2D && TMath::Abs(dcaToVertexXY) > fCutMaxDCAToVertexXY)
2392     cuts[8] = kTRUE;
2393   if (!fCutDCAToVertex2D && TMath::Abs(dcaToVertexZ) > fCutMaxDCAToVertexZ)
2394     cuts[9] = kTRUE;
2395
2396   if (fTrackCutsType==kGlobalCut) {
2397     //Require at least one SPD point + anything else in ITS
2398     if ( (esdTrack->HasPointOnITSLayer(0) || esdTrack->HasPointOnITSLayer(1)) == kFALSE)
2399       cuts[10] = kTRUE;
2400   }
2401
2402   // ITS
2403   if (fCutRequireITSStandAlone || fCutRequireITSpureSA) {
2404     if ((status & AliESDtrack::kITSin) == 0 || (status & AliESDtrack::kTPCin)) {
2405       // TPC tracks
2406       cuts[11] = kTRUE;
2407     } else {
2408       // ITS standalone tracks
2409       if (fCutRequireITSStandAlone && !fCutRequireITSpureSA) {
2410         if (status & AliESDtrack::kITSpureSA) cuts[11] = kTRUE;
2411       } else if (fCutRequireITSpureSA) {
2412         if (!(status & AliESDtrack::kITSpureSA)) cuts[11] = kTRUE;
2413       }
2414     }
2415   }
2416
2417   Bool_t cut=kFALSE;
2418   for (Int_t i=0; i<kNCuts; i++)
2419     if (cuts[i]) { cut = kTRUE ; }
2420
2421     // cut the track
2422   if (cut)
2423     return kFALSE;
2424   else
2425     return kTRUE;
2426 }
2427
2428 //_____________________________________
2429 void AliEMCALRecoUtils::InitTrackCuts()
2430 {
2431   //Intilize the track cut criteria
2432   //By default these cuts are set according to AliESDtrackCuts::GetStandardTPCOnlyTrackCuts()
2433   //Also you can customize the cuts using the setters
2434
2435   switch (fTrackCutsType)
2436   {
2437     case kTPCOnlyCut:
2438     {
2439       AliInfo(Form("Track cuts for matching: GetStandardTPCOnlyTrackCuts()"));
2440       //TPC
2441       SetMinNClustersTPC(70);
2442       SetMaxChi2PerClusterTPC(4);
2443       SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
2444       SetRequireTPCRefit(kFALSE);
2445
2446       //ITS
2447       SetRequireITSRefit(kFALSE);
2448       SetMaxDCAToVertexZ(3.2);
2449       SetMaxDCAToVertexXY(2.4);
2450       SetDCAToVertex2D(kTRUE);
2451
2452       break;
2453     }
2454
2455     case kGlobalCut:
2456     {
2457       AliInfo(Form("Track cuts for matching: GetStandardITSTPCTrackCuts2010(kTURE)"));
2458       //TPC
2459       SetMinNClustersTPC(70);
2460       SetMaxChi2PerClusterTPC(4);
2461       SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
2462       SetRequireTPCRefit(kTRUE);
2463
2464       //ITS
2465       SetRequireITSRefit(kTRUE);
2466       SetMaxDCAToVertexZ(2);
2467       SetMaxDCAToVertexXY();
2468       SetDCAToVertex2D(kFALSE);
2469
2470       break;
2471     }
2472
2473     case kLooseCut:
2474     {
2475       AliInfo(Form("Track cuts for matching: Loose cut w/o DCA cut"));
2476       SetMinNClustersTPC(50);
2477       SetAcceptKinkDaughters(kTRUE);
2478
2479       break;
2480     }
2481
2482     case kITSStandAlone:
2483     {
2484       AliInfo(Form("Track cuts for matching: ITS Stand Alone tracks cut w/o DCA cut"));
2485       SetRequireITSRefit(kTRUE);
2486       SetRequireITSStandAlone(kTRUE);
2487       SetITSTrackSA(kTRUE);
2488       break;
2489     }
2490
2491   }
2492 }
2493
2494
2495 //________________________________________________________________________
2496 void AliEMCALRecoUtils::SetClusterMatchedToTrack(const AliVEvent *event)
2497 {
2498   // Checks if tracks are matched to EMC clusters and set the matched EMCAL cluster index to ESD track.
2499
2500   Int_t nTracks = event->GetNumberOfTracks();
2501   for (Int_t iTrack = 0; iTrack < nTracks; ++iTrack)
2502   {
2503     AliVTrack* track = dynamic_cast<AliVTrack*>(event->GetTrack(iTrack));
2504     if (!track)
2505     {
2506       AliWarning(Form("Could not receive track %d", iTrack));
2507       continue;
2508     }
2509
2510     Int_t matchClusIndex = GetMatchedClusterIndex(iTrack);
2511     track->SetEMCALcluster(matchClusIndex); //sets -1 if track not matched within residual
2512     /*the following can be done better if AliVTrack::SetStatus will be there. Patch pending with Andreas/Peter*/
2513     AliESDtrack* esdtrack = dynamic_cast<AliESDtrack*>(track);
2514     if (esdtrack) {
2515       if (matchClusIndex != -1)
2516         esdtrack->SetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2517       else
2518         esdtrack->ResetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2519     } else {
2520       AliAODTrack* aodtrack = dynamic_cast<AliAODTrack*>(track);
2521       if (matchClusIndex != -1)
2522         aodtrack->SetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2523       else
2524         aodtrack->ResetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2525     }
2526   }
2527   AliDebug(2,"Track matched to closest cluster");
2528 }
2529
2530 //_________________________________________________________________________
2531 void AliEMCALRecoUtils::SetTracksMatchedToCluster(const AliVEvent *event)
2532 {
2533   // Checks if EMC clusters are matched to ESD track.
2534   // Adds track indexes of all the tracks matched to a cluster withing residuals in ESDCalocluster.
2535
2536   for (Int_t iClus=0; iClus < event->GetNumberOfCaloClusters(); ++iClus)
2537   {
2538     AliVCluster *cluster = event->GetCaloCluster(iClus);
2539     if (!cluster->IsEMCAL())
2540       continue;
2541
2542     Int_t nTracks = event->GetNumberOfTracks();
2543     TArrayI arrayTrackMatched(nTracks);
2544
2545     // Get the closest track matched to the cluster
2546     Int_t nMatched = 0;
2547     Int_t matchTrackIndex = GetMatchedTrackIndex(iClus);
2548     if (matchTrackIndex != -1)
2549     {
2550       arrayTrackMatched[nMatched] = matchTrackIndex;
2551       nMatched++;
2552     }
2553
2554     // Get all other tracks matched to the cluster
2555     for (Int_t iTrk=0; iTrk<nTracks; ++iTrk)
2556     {
2557       AliVTrack* track = dynamic_cast<AliVTrack*>(event->GetTrack(iTrk));
2558
2559       if( !track ) continue;
2560
2561       if ( iTrk == matchTrackIndex ) continue;
2562
2563       if ( track->GetEMCALcluster() == iClus )
2564       {
2565         arrayTrackMatched[nMatched] = iTrk;
2566         ++nMatched;
2567       }
2568     }
2569
2570     //printf("Tender::SetTracksMatchedToCluster - cluster E %f, N matches %d, first match %d\n",cluster->E(),nMatched,arrayTrackMatched[0]);
2571
2572     arrayTrackMatched.Set(nMatched);
2573     AliESDCaloCluster *esdcluster = dynamic_cast<AliESDCaloCluster*>(cluster);
2574     if (esdcluster)
2575       esdcluster->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
2576     else if (nMatched>0) {
2577       AliAODCaloCluster *aodcluster = dynamic_cast<AliAODCaloCluster*>(cluster);
2578       if (aodcluster)
2579         aodcluster->AddTrackMatched(event->GetTrack(arrayTrackMatched.At(0)));
2580     }
2581
2582     Float_t eta= -999, phi = -999;
2583     if (matchTrackIndex != -1)
2584       GetMatchedResiduals(iClus, eta, phi);
2585     cluster->SetTrackDistance(phi, eta);
2586   }
2587
2588   AliDebug(2,"Cluster matched to tracks");
2589 }
2590
2591 //___________________________________________________
2592 void AliEMCALRecoUtils::Print(const Option_t *) const
2593 {
2594   // Print Parameters
2595
2596   printf("AliEMCALRecoUtils Settings: \n");
2597   printf("Misalignment shifts\n");
2598   for (Int_t i=0; i<5; i++) printf("\t sector %d, traslation (x,y,z)=(%f,%f,%f), rotation (x,y,z)=(%f,%f,%f)\n",i,
2599                                   fMisalTransShift[i*3],fMisalTransShift[i*3+1],fMisalTransShift[i*3+2],
2600                                   fMisalRotShift[i*3],  fMisalRotShift[i*3+1],  fMisalRotShift[i*3+2]   );
2601   printf("Non linearity function %d, parameters:\n", fNonLinearityFunction);
2602   for (Int_t i=0; i<6; i++) printf("param[%d]=%f\n",i, fNonLinearityParams[i]);
2603
2604   printf("Position Recalculation option %d, Particle Type %d, fW0 %2.2f, Recalibrate Data %d \n",fPosAlgo,fParticleType,fW0, fRecalibration);
2605
2606   printf("Matching criteria: ");
2607   if (fCutEtaPhiSum) {
2608     printf("sqrt(dEta^2+dPhi^2)<%4.3f\n",fCutR);
2609   } else if (fCutEtaPhiSeparate) {
2610     printf("dEta<%4.3f, dPhi<%4.3f\n",fCutEta,fCutPhi);
2611   } else {
2612     printf("Error\n");
2613     printf("please specify your cut criteria\n");
2614     printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
2615     printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
2616   }
2617
2618   printf("Mass hypothesis = %2.3f [GeV/c^2], extrapolation step to surface = %2.2f[cm], step to cluster = %2.2f[cm]\n",fMass,fStepSurface, fStepCluster);
2619   printf("Cluster selection window: dR < %2.0f\n",fClusterWindow);
2620
2621   printf("Track cuts: \n");
2622   printf("Minimum track pT: %1.2f\n",fCutMinTrackPt);
2623   printf("AOD track selection: tpc only %d, or hybrid %d, or mask: %d\n",fAODTPCOnlyTracks,fAODHybridTracks, fAODFilterMask);
2624   printf("TPCRefit = %d, ITSRefit = %d\n",fCutRequireTPCRefit,fCutRequireITSRefit);
2625   printf("AcceptKinks = %d\n",fCutAcceptKinkDaughters);
2626   printf("MinNCulsterTPC = %d, MinNClusterITS = %d\n",fCutMinNClusterTPC,fCutMinNClusterITS);
2627   printf("MaxChi2TPC = %2.2f, MaxChi2ITS = %2.2f\n",fCutMaxChi2PerClusterTPC,fCutMaxChi2PerClusterITS);
2628   printf("DCSToVertex2D = %d, MaxDCAToVertexXY = %2.2f, MaxDCAToVertexZ = %2.2f\n",fCutDCAToVertex2D,fCutMaxDCAToVertexXY,fCutMaxDCAToVertexZ);
2629 }