EMCAL/AliEMCALRecoUtils.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id: AliEMCALRecoUtils.cxx 33808 2009-07-15 09:48:08Z gconesab $ */
  17
  18 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  19 //
  20 // Class AliEMCALRecoUtils
  21 // Some utilities to recalculate the cluster position or energy linearity
  22 //
  23 //
  24 // Author:  Gustavo Conesa (LPSC- Grenoble)
  25 //          Track matching part: Rongrong Ma (Yale)
  26
  27 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  28 // --- standard c ---
  29
  30 // standard C++ includes
  31 //#include <Riostream.h>
  32
  33 // ROOT includes
  34 #include <TGeoManager.h>
  35 #include <TGeoMatrix.h>
  36 #include <TGeoBBox.h>
  37 #include <TH2F.h>
  38 #include <TArrayI.h>
  39 #include <TArrayF.h>
  40 #include <TObjArray.h>
  41
  42 // STEER includes
  43 #include "AliVCluster.h"
  44 #include "AliVCaloCells.h"
  45 #include "AliLog.h"
  46 #include "AliPID.h"
  47 #include "AliESDEvent.h"
  48 #include "AliAODEvent.h"
  49 #include "AliESDtrack.h"
  50 #include "AliAODTrack.h"
  51 #include "AliExternalTrackParam.h"
  52 #include "AliESDfriendTrack.h"
  53 #include "AliTrackerBase.h"
  54
  55 // EMCAL includes
  56 #include "AliEMCALRecoUtils.h"
  57 #include "AliEMCALGeometry.h"
  58 #include "AliTrackerBase.h"
  59 #include "AliEMCALPIDUtils.h"
  60
  61
  62 ClassImp(AliEMCALRecoUtils)
  63
  64 //_____________________________________
  65 AliEMCALRecoUtils::AliEMCALRecoUtils():
  66   fParticleType(0),                       fPosAlgo(0),                            fW0(0),
  67   fNonLinearityFunction(0),               fNonLinearThreshold(0),
  68   fSmearClusterEnergy(kFALSE),            fRandom(),
  69   fCellsRecalibrated(kFALSE),             fRecalibration(kFALSE),                 fEMCALRecalibrationFactors(),
  70   fTimeRecalibration(kFALSE),             fEMCALTimeRecalibrationFactors(),       fUseRunCorrectionFactors(kFALSE),
  71   fRemoveBadChannels(kFALSE),             fRecalDistToBadChannels(kFALSE),        fEMCALBadChannelMap(),
  72   fNCellsFromEMCALBorder(0),              fNoEMCALBorderAtEta0(kTRUE),
  73   fRejectExoticCluster(kFALSE),           fRejectExoticCells(kFALSE),
  74   fExoticCellFraction(0),                 fExoticCellDiffTime(0),                 fExoticCellMinAmplitude(0),
  75   fPIDUtils(),                            fAODFilterMask(0),
  76   fMatchedTrackIndex(0x0),                fMatchedClusterIndex(0x0),
  77   fResidualEta(0x0), fResidualPhi(0x0),   fCutEtaPhiSum(kFALSE),                  fCutEtaPhiSeparate(kFALSE),
  78   fCutR(0),                               fCutEta(0),                             fCutPhi(0),
  79   fClusterWindow(0),                      fMass(0),
  80   fStepSurface(0),                        fStepCluster(0),
  81   fTrackCutsType(0),                      fCutMinTrackPt(0),                      fCutMinNClusterTPC(0),
  82   fCutMinNClusterITS(0),                  fCutMaxChi2PerClusterTPC(0),            fCutMaxChi2PerClusterITS(0),
  83   fCutRequireTPCRefit(kFALSE),            fCutRequireITSRefit(kFALSE),            fCutAcceptKinkDaughters(kFALSE),
  84   fCutMaxDCAToVertexXY(0),                fCutMaxDCAToVertexZ(0),                 fCutDCAToVertex2D(kFALSE)
  85 {
  86 //
  87   // Constructor.
  88   // Initialize all constant values which have to be used
  89   // during Reco algorithm execution
  90   //
  91
  92   // Init parameters
  93   InitParameters();
  94
  95   //Track matching
  96   fMatchedTrackIndex     = new TArrayI();
  97   fMatchedClusterIndex   = new TArrayI();
  98   fResidualPhi           = new TArrayF();
  99   fResidualEta           = new TArrayF();
 100   fPIDUtils              = new AliEMCALPIDUtils();
 101
 102   InitTrackCuts();
 103 }
 104
 105 //______________________________________________________________________
 106 AliEMCALRecoUtils::AliEMCALRecoUtils(const AliEMCALRecoUtils & reco)
 107 : TNamed(reco),
 108   fParticleType(reco.fParticleType),                         fPosAlgo(reco.fPosAlgo),     fW0(reco.fW0),
 109   fNonLinearityFunction(reco.fNonLinearityFunction),         fNonLinearThreshold(reco.fNonLinearThreshold),
 110   fSmearClusterEnergy(reco.fSmearClusterEnergy),             fRandom(),
 111   fCellsRecalibrated(reco.fCellsRecalibrated),
 112   fRecalibration(reco.fRecalibration),                       fEMCALRecalibrationFactors(reco.fEMCALRecalibrationFactors),
 113   fTimeRecalibration(reco.fTimeRecalibration),               fEMCALTimeRecalibrationFactors(reco.fEMCALTimeRecalibrationFactors),
 114   fUseRunCorrectionFactors(reco.fUseRunCorrectionFactors),
 115   fRemoveBadChannels(reco.fRemoveBadChannels),               fRecalDistToBadChannels(reco.fRecalDistToBadChannels),
 116   fEMCALBadChannelMap(reco.fEMCALBadChannelMap),
 117   fNCellsFromEMCALBorder(reco.fNCellsFromEMCALBorder),       fNoEMCALBorderAtEta0(reco.fNoEMCALBorderAtEta0),
 118   fRejectExoticCluster(reco.fRejectExoticCluster),           fRejectExoticCells(reco.fRejectExoticCells),
 119   fExoticCellFraction(reco.fExoticCellFraction),             fExoticCellDiffTime(reco.fExoticCellDiffTime),
 120   fExoticCellMinAmplitude(reco.fExoticCellMinAmplitude),
 121   fPIDUtils(reco.fPIDUtils),                                 fAODFilterMask(reco.fAODFilterMask),
 122   fMatchedTrackIndex(  reco.fMatchedTrackIndex?  new TArrayI(*reco.fMatchedTrackIndex):0x0),
 123   fMatchedClusterIndex(reco.fMatchedClusterIndex?new TArrayI(*reco.fMatchedClusterIndex):0x0),
 124   fResidualEta(        reco.fResidualEta?        new TArrayF(*reco.fResidualEta):0x0),
 125   fResidualPhi(        reco.fResidualPhi?        new TArrayF(*reco.fResidualPhi):0x0),
 126   fCutEtaPhiSum(reco.fCutEtaPhiSum),                         fCutEtaPhiSeparate(reco.fCutEtaPhiSeparate),
 127   fCutR(reco.fCutR),        fCutEta(reco.fCutEta),           fCutPhi(reco.fCutPhi),
 128   fClusterWindow(reco.fClusterWindow),
 129   fMass(reco.fMass),        fStepSurface(reco.fStepSurface), fStepCluster(reco.fStepCluster),
 130   fTrackCutsType(reco.fTrackCutsType),                       fCutMinTrackPt(reco.fCutMinTrackPt),
 131   fCutMinNClusterTPC(reco.fCutMinNClusterTPC),               fCutMinNClusterITS(reco.fCutMinNClusterITS),
 132   fCutMaxChi2PerClusterTPC(reco.fCutMaxChi2PerClusterTPC),   fCutMaxChi2PerClusterITS(reco.fCutMaxChi2PerClusterITS),
 133   fCutRequireTPCRefit(reco.fCutRequireTPCRefit),             fCutRequireITSRefit(reco.fCutRequireITSRefit),
 134   fCutAcceptKinkDaughters(reco.fCutAcceptKinkDaughters),     fCutMaxDCAToVertexXY(reco.fCutMaxDCAToVertexXY),
 135   fCutMaxDCAToVertexZ(reco.fCutMaxDCAToVertexZ),             fCutDCAToVertex2D(reco.fCutDCAToVertex2D)
 136 {
 137   //Copy ctor
 138
 139   for(Int_t i = 0; i < 15 ; i++) { fMisalRotShift[i]      = reco.fMisalRotShift[i]      ;
 140                                    fMisalTransShift[i]    = reco.fMisalTransShift[i]    ; }
 141   for(Int_t i = 0; i < 7  ; i++) { fNonLinearityParams[i] = reco.fNonLinearityParams[i] ; }
 142   for(Int_t i = 0; i < 3  ; i++) { fSmearClusterParam[i]  = reco.fSmearClusterParam[i]  ; }
 143
 144 }
 145
 146
 147 //______________________________________________________________________
 148 AliEMCALRecoUtils & AliEMCALRecoUtils::operator = (const AliEMCALRecoUtils & reco)
 149 {
 150   //Assignment operator
 151
 152   if(this == &reco)return *this;
 153   ((TNamed *)this)->operator=(reco);
 154
 155   for(Int_t i = 0; i < 15 ; i++) { fMisalTransShift[i]    = reco.fMisalTransShift[i]    ;
 156                                    fMisalRotShift[i]      = reco.fMisalRotShift[i]      ; }
 157   for(Int_t i = 0; i < 7  ; i++) { fNonLinearityParams[i] = reco.fNonLinearityParams[i] ; }
 158   for(Int_t i = 0; i < 3  ; i++) { fSmearClusterParam[i]  = reco.fSmearClusterParam[i]  ; }
 159
 160   fParticleType              = reco.fParticleType;
 161   fPosAlgo                   = reco.fPosAlgo;
 162   fW0                        = reco.fW0;
 163
 164   fNonLinearityFunction      = reco.fNonLinearityFunction;
 165   fNonLinearThreshold        = reco.fNonLinearThreshold;
 166   fSmearClusterEnergy        = reco.fSmearClusterEnergy;
 167
 168   fCellsRecalibrated         = reco.fCellsRecalibrated;
 169   fRecalibration             = reco.fRecalibration;
 170   fEMCALRecalibrationFactors = reco.fEMCALRecalibrationFactors;
 171
 172   fTimeRecalibration             = reco.fTimeRecalibration;
 173   fEMCALTimeRecalibrationFactors = reco.fEMCALTimeRecalibrationFactors;
 174
 175   fUseRunCorrectionFactors   = reco.fUseRunCorrectionFactors;
 176
 177   fRemoveBadChannels         = reco.fRemoveBadChannels;
 178   fRecalDistToBadChannels    = reco.fRecalDistToBadChannels;
 179   fEMCALBadChannelMap        = reco.fEMCALBadChannelMap;
 180
 181   fNCellsFromEMCALBorder     = reco.fNCellsFromEMCALBorder;
 182   fNoEMCALBorderAtEta0       = reco.fNoEMCALBorderAtEta0;
 183
 184   fRejectExoticCluster       = reco.fRejectExoticCluster;
 185   fRejectExoticCells         = reco.fRejectExoticCells;
 186   fExoticCellFraction        = reco.fExoticCellFraction;
 187   fExoticCellDiffTime        = reco.fExoticCellDiffTime;
 188   fExoticCellMinAmplitude    = reco.fExoticCellMinAmplitude;
 189
 190   fPIDUtils                  = reco.fPIDUtils;
 191
 192   fAODFilterMask             = reco.fAODFilterMask;
 193
 194   fCutEtaPhiSum              = reco.fCutEtaPhiSum;
 195   fCutEtaPhiSeparate         = reco.fCutEtaPhiSeparate;
 196   fCutR                      = reco.fCutR;
 197   fCutEta                    = reco.fCutEta;
 198   fCutPhi                    = reco.fCutPhi;
 199   fClusterWindow             = reco.fClusterWindow;
 200   fMass                      = reco.fMass;
 201   fStepSurface               = reco.fStepSurface;
 202   fStepCluster               = reco.fStepCluster;
 203
 204   fTrackCutsType             = reco.fTrackCutsType;
 205   fCutMinTrackPt             = reco.fCutMinTrackPt;
 206   fCutMinNClusterTPC         = reco.fCutMinNClusterTPC;
 207   fCutMinNClusterITS         = reco.fCutMinNClusterITS;
 208   fCutMaxChi2PerClusterTPC   = reco.fCutMaxChi2PerClusterTPC;
 209   fCutMaxChi2PerClusterITS   = reco.fCutMaxChi2PerClusterITS;
 210   fCutRequireTPCRefit        = reco.fCutRequireTPCRefit;
 211   fCutRequireITSRefit        = reco.fCutRequireITSRefit;
 212   fCutAcceptKinkDaughters    = reco.fCutAcceptKinkDaughters;
 213   fCutMaxDCAToVertexXY       = reco.fCutMaxDCAToVertexXY;
 214   fCutMaxDCAToVertexZ        = reco.fCutMaxDCAToVertexZ;
 215   fCutDCAToVertex2D          = reco.fCutDCAToVertex2D;
 216
 217   if(reco.fResidualEta)
 218   {
 219     // assign or copy construct
 220     if(fResidualEta)
 221     {
 222       *fResidualEta = *reco.fResidualEta;
 223     }
 224     else
 225     {
 226       fResidualEta = new TArrayF(*reco.fResidualEta);
 227     }
 228   }
 229   else
 230   {
 231     if(fResidualEta)delete fResidualEta;
 232     fResidualEta = 0;
 233   }
 234
 235   if(reco.fResidualPhi)
 236   {
 237     // assign or copy construct
 238     if(fResidualPhi)
 239     {
 240       *fResidualPhi = *reco.fResidualPhi;
 241     }
 242     else
 243     {
 244       fResidualPhi = new TArrayF(*reco.fResidualPhi);
 245     }
 246   }
 247   else
 248   {
 249     if(fResidualPhi)delete fResidualPhi;
 250     fResidualPhi = 0;
 251   }
 252
 253   if(reco.fMatchedTrackIndex)
 254   {
 255     // assign or copy construct
 256     if(fMatchedTrackIndex)
 257     {
 258       *fMatchedTrackIndex = *reco.fMatchedTrackIndex;
 259     }
 260     else
 261     {
 262       fMatchedTrackIndex = new TArrayI(*reco.fMatchedTrackIndex);
 263     }
 264   }
 265   else
 266   {
 267     if(fMatchedTrackIndex)delete fMatchedTrackIndex;
 268     fMatchedTrackIndex = 0;
 269   }
 270
 271   if(reco.fMatchedClusterIndex)
 272   {
 273     // assign or copy construct
 274     if(fMatchedClusterIndex)
 275     {
 276       *fMatchedClusterIndex = *reco.fMatchedClusterIndex;
 277     }
 278     else
 279     {
 280       fMatchedClusterIndex = new TArrayI(*reco.fMatchedClusterIndex);
 281     }
 282   }
 283   else
 284   {
 285     if(fMatchedClusterIndex)delete fMatchedClusterIndex;
 286     fMatchedClusterIndex = 0;
 287   }
 288
 289   return *this;
 290 }
 291
 292
 293 //_____________________________________
 294 AliEMCALRecoUtils::~AliEMCALRecoUtils()
 295 {
 296   //Destructor.
 297
 298   if(fEMCALRecalibrationFactors)
 299   {
 300     fEMCALRecalibrationFactors->Clear();
 301     delete fEMCALRecalibrationFactors;
 302   }
 303
 304   if(fEMCALTimeRecalibrationFactors)
 305   {
 306     fEMCALTimeRecalibrationFactors->Clear();
 307     delete fEMCALTimeRecalibrationFactors;
 308   }
 309
 310   if(fEMCALBadChannelMap)
 311   {
 312     fEMCALBadChannelMap->Clear();
 313     delete fEMCALBadChannelMap;
 314   }
 315
 316   delete fMatchedTrackIndex   ;
 317   delete fMatchedClusterIndex ;
 318   delete fResidualEta         ;
 319   delete fResidualPhi         ;
 320   delete fPIDUtils            ;
 321
 322   InitTrackCuts();
 323 }
 324
 325 //_______________________________________________________________________________
 326 Bool_t AliEMCALRecoUtils::AcceptCalibrateCell(const Int_t absID, const Int_t bc,
 327                                               Float_t  & amp,    Double_t & time,
 328                                               AliVCaloCells* cells)
 329 {
 330   // Reject cell if criteria not passed and calibrate it
 331
 332   AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
 333
 334   if(absID < 0 || absID >= 24*48*geom->GetNumberOfSuperModules()) return kFALSE;
 335
 336   Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 337
 338   if(!geom->GetCellIndex(absID,imod,iTower,iIphi,iIeta))
 339   {
 340     // cell absID does not exist
 341     amp=0; time = 1.e9;
 342     return kFALSE;
 343   }
 344
 345   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 346
 347   // Do not include bad channels found in analysis,
 348   if( IsBadChannelsRemovalSwitchedOn() && GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi))
 349   {
 350     return kFALSE;
 351   }
 352
 353   //Recalibrate energy
 354   amp  = cells->GetCellAmplitude(absID);
 355   if(!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn())
 356     amp *= GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi);
 357
 358
 359   // Recalibrate time
 360   time = cells->GetCellTime(absID);
 361
 362   RecalibrateCellTime(absID,bc,time);
 363
 364   return kTRUE;
 365 }
 366
 367 //_____________________________________________________________________________
 368 Bool_t AliEMCALRecoUtils::CheckCellFiducialRegion(const AliEMCALGeometry* geom,
 369                                                   const AliVCluster* cluster,
 370                                                   AliVCaloCells* cells)
 371 {
 372   // Given the list of AbsId of the cluster, get the maximum cell and
 373   // check if there are fNCellsFromBorder from the calorimeter border
 374
 375   if(!cluster)
 376   {
 377     AliInfo("Cluster pointer null!");
 378     return kFALSE;
 379   }
 380
 381   //If the distance to the border is 0 or negative just exit accept all clusters
 382   if(cells->GetType()==AliVCaloCells::kEMCALCell && fNCellsFromEMCALBorder <= 0 ) return kTRUE;
 383
 384   Int_t absIdMax  = -1, iSM =-1, ieta = -1, iphi = -1;
 385   Bool_t shared = kFALSE;
 386   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absIdMax,  iSM, ieta, iphi, shared);
 387
 388   AliDebug(2,Form("Cluster Max AbsId %d, Cell Energy %2.2f, Cluster Energy %2.2f, Ncells from border %d, EMCAL eta=0 %d\n",
 389                   absIdMax, cells->GetCellAmplitude(absIdMax), cluster->E(), fNCellsFromEMCALBorder, fNoEMCALBorderAtEta0));
 390
 391   if(absIdMax==-1) return kFALSE;
 392
 393   //Check if the cell is close to the borders:
 394   Bool_t okrow = kFALSE;
 395   Bool_t okcol = kFALSE;
 396
 397   if(iSM < 0 || iphi < 0 || ieta < 0 )
 398   {
 399     AliFatal(Form("Negative value for super module: %d, or cell ieta: %d, or cell iphi: %d, check EMCAL geometry name\n",
 400                   iSM,ieta,iphi));
 401   }
 402
 403   //Check rows/phi
 404   if(iSM < 10)
 405   {
 406     if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < 24-fNCellsFromEMCALBorder) okrow =kTRUE;
 407   }
 408   else if (iSM >=10 && ( ( geom->GetEMCGeometry()->GetGeoName()).Contains("12SMV1")))
 409   {
 410     if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < 8-fNCellsFromEMCALBorder) okrow =kTRUE; //1/3 sm case
 411   }
 412   else
 413   {
 414     if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < 12-fNCellsFromEMCALBorder) okrow =kTRUE; // half SM case
 415   }
 416
 417   //Check columns/eta
 418   if(!fNoEMCALBorderAtEta0)
 419   {
 420     if(ieta  > fNCellsFromEMCALBorder && ieta < 48-fNCellsFromEMCALBorder) okcol =kTRUE;
 421   }
 422   else
 423   {
 424     if(iSM%2==0)
 425     {
 426       if(ieta >= fNCellsFromEMCALBorder)     okcol = kTRUE;
 427     }
 428     else
 429     {
 430       if(ieta <  48-fNCellsFromEMCALBorder)  okcol = kTRUE;
 431     }
 432   }//eta 0 not checked
 433
 434   AliDebug(2,Form("EMCAL Cluster in %d cells fiducial volume: ieta %d, iphi %d, SM %d:  column? %d, row? %d\nq",
 435                   fNCellsFromEMCALBorder, ieta, iphi, iSM, okcol, okrow));
 436
 437   if (okcol && okrow)
 438   {
 439     //printf("Accept\n");
 440     return kTRUE;
 441   }
 442   else
 443   {
 444     //printf("Reject\n");
 445     AliDebug(2,Form("Reject cluster in border, max cell : ieta %d, iphi %d, SM %d\n",ieta, iphi, iSM));
 446     return kFALSE;
 447   }
 448
 449 }
 450
 451
 452 //_______________________________________________________________________________
 453 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ClusterContainsBadChannel(const AliEMCALGeometry* geom,
 454                                                     const UShort_t* cellList,
 455                                                     const Int_t nCells)
 456 {
 457   // Check that in the cluster cells, there is no bad channel of those stored
 458   // in fEMCALBadChannelMap or fPHOSBadChannelMap
 459
 460   if(!fRemoveBadChannels)  return kFALSE;
 461   if(!fEMCALBadChannelMap) return kFALSE;
 462
 463   Int_t icol = -1;
 464   Int_t irow = -1;
 465   Int_t imod = -1;
 466   for(Int_t iCell = 0; iCell<nCells; iCell++)
 467   {
 468     //Get the column and row
 469     Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 470     geom->GetCellIndex(cellList[iCell],imod,iTower,iIphi,iIeta);
 471     if(fEMCALBadChannelMap->GetEntries() <= imod) continue;
 472     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);
 473     if(GetEMCALChannelStatus(imod, icol, irow))
 474     {
 475       AliDebug(2,Form("Cluster with bad channel: SM %d, col %d, row %d\n",imod, icol, irow));
 476       return kTRUE;
 477     }
 478
 479   }// cell cluster loop
 480
 481   return kFALSE;
 482 }
 483
 484
 485 //___________________________________________________________________________
 486 Float_t AliEMCALRecoUtils::GetECross(const Int_t absID, const Double_t tcell,
 487                                      AliVCaloCells* cells, const Int_t bc)
 488 {
 489   //Calculate the energy in the cross around the energy given cell
 490
 491   AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
 492
 493   Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 494   geom->GetCellIndex(absID,imod,iTower,iIphi,iIeta);
 495   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 496
 497   //Get close cells index, energy and time, not in corners
 498
 499   Int_t absID1 = -1;
 500   Int_t absID2 = -1;
 501
 502   if( iphi < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows-1) absID1 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi+1, ieta);
 503   if( iphi > 0 )                                absID2 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi-1, ieta);
 504
 505   // In case of cell in eta = 0 border, depending on SM shift the cross cell index
 506
 507   Int_t absID3 = -1;
 508   Int_t absID4 = -1;
 509
 510   if     ( ieta == AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1 && !(imod%2) )
 511   {
 512     absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod+1, iphi, 0);
 513     absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod,   iphi, ieta-1);
 514   }
 515   else if( ieta == 0 && imod%2 )
 516   {
 517     absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod,   iphi, ieta+1);
 518     absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod-1, iphi, AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1);
 519   }
 520   else
 521   {
 522     if( ieta < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1 )
 523       absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi, ieta+1);
 524     if( ieta > 0 )
 525       absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi, ieta-1);
 526   }
 527
 528   //printf("IMOD %d, AbsId %d, a %d, b %d, c %d e %d \n",imod,absID,absID1,absID2,absID3,absID4);
 529
 530   Float_t  ecell1  = 0, ecell2  = 0, ecell3  = 0, ecell4  = 0;
 531   Double_t tcell1  = 0, tcell2  = 0, tcell3  = 0, tcell4  = 0;
 532   Bool_t   accept1 = 0, accept2 = 0, accept3 = 0, accept4 = 0;
 533
 534   accept1 = AcceptCalibrateCell(absID1,bc, ecell1,tcell1,cells);
 535   accept2 = AcceptCalibrateCell(absID2,bc, ecell2,tcell2,cells);
 536   accept3 = AcceptCalibrateCell(absID3,bc, ecell3,tcell3,cells);
 537   accept4 = AcceptCalibrateCell(absID4,bc, ecell4,tcell4,cells);
 538
 539   /*
 540    printf("Cell absID %d \n",absID);
 541    printf("\t  accept1 %d, accept2 %d, accept3 %d, accept4 %d\n",
 542    accept1,accept2,accept3,accept4);
 543    printf("\t id %d: id1 %d, id2 %d, id3 %d, id4 %d\n",
 544    absID,absID1,absID2,absID3,absID4);
 545    printf("\t e %f: e1 %f, e2 %f, e3 %f, e4 %f\n",
 546    ecell,ecell1,ecell2,ecell3,ecell4);
 547    printf("\t t %f: t1 %f, t2 %f, t3 %f, t4 %f;\n dt1 %f, dt2 %f, dt3 %f, dt4 %f\n",
 548    tcell*1.e9,tcell1*1.e9,tcell2*1.e9,tcell3*1.e9,tcell4*1.e9,
 549    TMath::Abs(tcell-tcell1)*1.e9, TMath::Abs(tcell-tcell2)*1.e9, TMath::Abs(tcell-tcell3)*1.e9, TMath::Abs(tcell-tcell4)*1.e9);
 550    */
 551
 552   if(TMath::Abs(tcell-tcell1)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell1 = 0 ;
 553   if(TMath::Abs(tcell-tcell2)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell2 = 0 ;
 554   if(TMath::Abs(tcell-tcell3)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell3 = 0 ;
 555   if(TMath::Abs(tcell-tcell4)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell4 = 0 ;
 556
 557   return ecell1+ecell2+ecell3+ecell4;
 558
 559 }
 560
 561 //_____________________________________________________________________________________________
 562 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsExoticCell(const Int_t absID, AliVCaloCells* cells, const Int_t bc)
 563 {
 564   // Look to cell neighbourhood and reject if it seems exotic
 565   // Do before recalibrating the cells
 566
 567   if(!fRejectExoticCells) return kFALSE;
 568
 569   Float_t  ecell  = 0;
 570   Double_t tcell  = 0;
 571   Bool_t   accept = AcceptCalibrateCell(absID, bc, ecell ,tcell ,cells);
 572
 573   if(!accept) return kTRUE; // reject this cell
 574
 575   if(ecell < fExoticCellMinAmplitude) return kFALSE; // do not reject low energy cells
 576
 577   Float_t eCross = GetECross(absID,tcell,cells,bc);
 578
 579   if(1-eCross/ecell > fExoticCellFraction)
 580   {
 581     AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::IsExoticCell() - EXOTIC CELL id %d, eCell %f, eCross %f, 1-eCross/eCell %f\n",
 582                     absID,ecell,eCross,1-eCross/ecell));
 583     return kTRUE;
 584   }
 585
 586   return kFALSE;
 587 }
 588
 589 //___________________________________________________________________
 590 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsExoticCluster(const AliVCluster *cluster,
 591                                           AliVCaloCells *cells,
 592                                           const Int_t bc)
 593 {
 594   // Check if the cluster highest energy tower is exotic
 595
 596   if(!cluster)
 597   {
 598     AliInfo("Cluster pointer null!");
 599     return kFALSE;
 600   }
 601
 602   if(!fRejectExoticCluster) return kFALSE;
 603
 604   // Get highest energy tower
 605   AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
 606   Int_t iSupMod = -1, absId = -1, ieta = -1, iphi = -1;
 607   Bool_t shared = kFALSE;
 608   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absId, iSupMod, ieta, iphi, shared);
 609
 610   return IsExoticCell(absId,cells,bc);
 611
 612 }
 613
 614 //_______________________________________________________________________
 615 Float_t AliEMCALRecoUtils::SmearClusterEnergy(const AliVCluster* cluster)
 616 {
 617   //In case of MC analysis, smear energy to match resolution/calibration in real data
 618
 619   if(!cluster)
 620   {
 621     AliInfo("Cluster pointer null!");
 622     return 0;
 623   }
 624
 625   Float_t energy    = cluster->E() ;
 626   Float_t rdmEnergy = energy ;
 627   if(fSmearClusterEnergy)
 628   {
 629     rdmEnergy = fRandom.Gaus(energy,fSmearClusterParam[0] * TMath::Sqrt(energy) +
 630                                     fSmearClusterParam[1] * energy +
 631                                     fSmearClusterParam[2] );
 632     AliDebug(2, Form("Energy: original %f, smeared %f\n", energy, rdmEnergy));
 633   }
 634
 635   return rdmEnergy;
 636 }
 637
 638 //____________________________________________________________________________
 639 Float_t AliEMCALRecoUtils::CorrectClusterEnergyLinearity(AliVCluster* cluster)
 640 {
 641   // Correct cluster energy from non linearity functions
 642
 643   if(!cluster)
 644   {
 645     AliInfo("Cluster pointer null!");
 646     return 0;
 647   }
 648
 649   Float_t energy = cluster->E();
 650
 651   switch (fNonLinearityFunction)
 652   {
 653
 654     case kPi0MC:
 655     {
 656       //Non-Linearity correction (from MC with function ([0]*exp(-[1]/E))+(([2]/([3]*2.*TMath::Pi())*exp(-(E-[4])^2/(2.*[3]^2)))))
 657       //fNonLinearityParams[0] = 1.014;
 658       //fNonLinearityParams[1] =-0.03329;
 659       //fNonLinearityParams[2] =-0.3853;
 660       //fNonLinearityParams[3] = 0.5423;
 661       //fNonLinearityParams[4] =-0.4335;
 662        energy *= (fNonLinearityParams[0]*exp(-fNonLinearityParams[1]/energy))+
 663                   ((fNonLinearityParams[2]/(fNonLinearityParams[3]*2.*TMath::Pi())*
 664                     exp(-(energy-fNonLinearityParams[4])*(energy-fNonLinearityParams[4])/(2.*fNonLinearityParams[3]*fNonLinearityParams[3]))));
 665       break;
 666     }
 667
 668     case kPi0MCv2:
 669     {
 670       //Non-Linearity correction (from MC with function [0]/((x+[1])^[2]))+1;
 671       //fNonLinearityParams[0] = 3.11111e-02;
 672       //fNonLinearityParams[1] =-5.71666e-02;
 673       //fNonLinearityParams[2] = 5.67995e-01;
 674
 675       energy *= fNonLinearityParams[0]/TMath::Power(energy+fNonLinearityParams[1],fNonLinearityParams[2])+1;
 676       break;
 677     }
 678
 679     case kPi0MCv3:
 680     {
 681       //Same as beam test corrected, change parameters
 682       //fNonLinearityParams[0] =  9.81039e-01
 683       //fNonLinearityParams[1] =  1.13508e-01;
 684       //fNonLinearityParams[2] =  1.00173e+00;
 685       //fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
 686       //fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
 687       //fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
 688       //fNonLinearityParams[6] =  1;
 689       energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
 690
 691       break;
 692     }
 693
 694
 695     case kPi0GammaGamma:
 696     {
 697       //Non-Linearity correction (from Olga Data with function p0+p1*exp(-p2*E))
 698       //fNonLinearityParams[0] = 1.04;
 699       //fNonLinearityParams[1] = -0.1445;
 700       //fNonLinearityParams[2] = 1.046;
 701       energy /= (fNonLinearityParams[0]+fNonLinearityParams[1]*exp(-fNonLinearityParams[2]*energy)); //Olga function
 702       break;
 703     }
 704
 705     case kPi0GammaConversion:
 706     {
 707       //Non-Linearity correction (Nicolas from Dimitri Data with function C*[1-a*exp(-b*E)])
 708       //fNonLinearityParams[0] = 0.139393/0.1349766;
 709       //fNonLinearityParams[1] = 0.0566186;
 710       //fNonLinearityParams[2] = 0.982133;
 711       energy /= fNonLinearityParams[0]*(1-fNonLinearityParams[1]*exp(-fNonLinearityParams[2]*energy));
 712
 713       break;
 714     }
 715
 716     case kBeamTest:
 717     {
 718       //From beam test, Alexei's results, for different ZS thresholds
 719       //                        th=30 MeV; th = 45 MeV; th = 75 MeV
 720       //fNonLinearityParams[0] = 1.007;      1.003;      1.002
 721       //fNonLinearityParams[1] = 0.894;      0.719;      0.797
 722       //fNonLinearityParams[2] = 0.246;      0.334;      0.358
 723       //Rescale the param[0] with 1.03
 724       energy /= fNonLinearityParams[0]/(1+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]));
 725
 726       break;
 727     }
 728
 729     case kBeamTestCorrected:
 730     {
 731       //From beam test, corrected for material between beam and EMCAL
 732       //fNonLinearityParams[0] =  0.99078
 733       //fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
 734       //fNonLinearityParams[2] =  0.655166;
 735       //fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
 736       //fNonLinearityParams[4] =  163.282;
 737       //fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
 738       //fNonLinearityParams[6] =  0.978;
 739         energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
 740
 741       break;
 742     }
 743
 744     case kNoCorrection:
 745       AliDebug(2,"No correction on the energy\n");
 746       break;
 747
 748   }
 749
 750   return energy;
 751 }
 752
 753 //__________________________________________________
 754 void AliEMCALRecoUtils::InitNonLinearityParam()
 755 {
 756   //Initialising Non Linearity Parameters
 757
 758   if(fNonLinearityFunction == kPi0MC)
 759   {
 760     fNonLinearityParams[0] = 1.014;
 761     fNonLinearityParams[1] = -0.03329;
 762     fNonLinearityParams[2] = -0.3853;
 763     fNonLinearityParams[3] = 0.5423;
 764     fNonLinearityParams[4] = -0.4335;
 765   }
 766
 767   if(fNonLinearityFunction == kPi0MCv2)
 768   {
 769     fNonLinearityParams[0] = 3.11111e-02;
 770     fNonLinearityParams[1] =-5.71666e-02;
 771     fNonLinearityParams[2] = 5.67995e-01;
 772   }
 773
 774   if(fNonLinearityFunction == kPi0MCv3)
 775   {
 776     fNonLinearityParams[0] =  9.81039e-01;
 777     fNonLinearityParams[1] =  1.13508e-01;
 778     fNonLinearityParams[2] =  1.00173e+00;
 779     fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
 780     fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
 781     fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
 782     fNonLinearityParams[6] =  1;
 783   }
 784
 785   if(fNonLinearityFunction == kPi0GammaGamma)
 786   {
 787     fNonLinearityParams[0] = 1.04;
 788     fNonLinearityParams[1] = -0.1445;
 789     fNonLinearityParams[2] = 1.046;
 790   }
 791
 792   if(fNonLinearityFunction == kPi0GammaConversion)
 793   {
 794     fNonLinearityParams[0] = 0.139393;
 795     fNonLinearityParams[1] = 0.0566186;
 796     fNonLinearityParams[2] = 0.982133;
 797   }
 798
 799   if(fNonLinearityFunction == kBeamTest)
 800   {
 801     if(fNonLinearThreshold == 30)
 802     {
 803       fNonLinearityParams[0] = 1.007;
 804       fNonLinearityParams[1] = 0.894;
 805       fNonLinearityParams[2] = 0.246;
 806     }
 807     if(fNonLinearThreshold == 45)
 808     {
 809       fNonLinearityParams[0] = 1.003;
 810       fNonLinearityParams[1] = 0.719;
 811       fNonLinearityParams[2] = 0.334;
 812     }
 813     if(fNonLinearThreshold == 75)
 814     {
 815       fNonLinearityParams[0] = 1.002;
 816       fNonLinearityParams[1] = 0.797;
 817       fNonLinearityParams[2] = 0.358;
 818     }
 819   }
 820
 821   if(fNonLinearityFunction == kBeamTestCorrected)
 822   {
 823     fNonLinearityParams[0] =  0.99078;
 824     fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
 825     fNonLinearityParams[2] =  0.655166;
 826     fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
 827     fNonLinearityParams[4] =  163.282;
 828     fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
 829     fNonLinearityParams[6] =  0.978;
 830   }
 831 }
 832
 833 //_________________________________________________________
 834 Float_t  AliEMCALRecoUtils::GetDepth(const Float_t energy,
 835                                      const Int_t iParticle,
 836                                      const Int_t iSM) const
 837 {
 838   //Calculate shower depth for a given cluster energy and particle type
 839
 840   // parameters
 841   Float_t x0    = 1.31;
 842   Float_t ecr   = 8;
 843   Float_t depth = 0;
 844   Float_t arg   = energy*1000/ ecr; //Multiply energy by 1000 to transform to MeV
 845
 846   switch ( iParticle )
 847   {
 848     case kPhoton:
 849       if (arg < 1)
 850         depth = 0;
 851       else
 852         depth = x0 * (TMath::Log(arg) + 0.5);
 853       break;
 854
 855     case kElectron:
 856       if (arg < 1)
 857         depth = 0;
 858       else
 859         depth = x0 * (TMath::Log(arg) - 0.5);
 860       break;
 861
 862     case kHadron:
 863       // hadron
 864       // boxes anc. here
 865       if(gGeoManager)
 866       {
 867         gGeoManager->cd("ALIC_1/XEN1_1");
 868         TGeoNode        *geoXEn1    = gGeoManager->GetCurrentNode();
 869         TGeoNodeMatrix  *geoSM      = dynamic_cast<TGeoNodeMatrix *>(geoXEn1->GetDaughter(iSM));
 870         if(geoSM)
 871         {
 872           TGeoVolume      *geoSMVol   = geoSM->GetVolume();
 873           TGeoShape       *geoSMShape = geoSMVol->GetShape();
 874           TGeoBBox        *geoBox     = dynamic_cast<TGeoBBox *>(geoSMShape);
 875           if(geoBox) depth = 0.5 * geoBox->GetDX()*2 ;
 876           else AliFatal("Null GEANT box");
 877         }
 878         else AliFatal("NULL  GEANT node matrix");
 879       }
 880       else
 881       {//electron
 882         if (arg < 1)
 883           depth = 0;
 884         else
 885           depth = x0 * (TMath::Log(arg) - 0.5);
 886       }
 887
 888       break;
 889
 890     default://photon
 891       if (arg < 1)
 892         depth = 0;
 893       else
 894         depth = x0 * (TMath::Log(arg) + 0.5);
 895   }
 896
 897   return depth;
 898 }
 899
 900 //____________________________________________________________________
 901 void AliEMCALRecoUtils::GetMaxEnergyCell(const AliEMCALGeometry *geom,
 902                                          AliVCaloCells* cells,
 903                                          const AliVCluster* clu,
 904                                          Int_t  & absId,
 905                                          Int_t  & iSupMod,
 906                                          Int_t  & ieta,
 907                                          Int_t  & iphi,
 908                                          Bool_t & shared)
 909 {
 910   //For a given CaloCluster gets the absId of the cell
 911   //with maximum energy deposit.
 912
 913   Double_t eMax        = -1.;
 914   Double_t eCell       = -1.;
 915   Float_t  fraction    = 1.;
 916   Float_t  recalFactor = 1.;
 917   Int_t    cellAbsId   = -1 ;
 918
 919   Int_t iTower  = -1;
 920   Int_t iIphi   = -1;
 921   Int_t iIeta   = -1;
 922   Int_t iSupMod0= -1;
 923
 924   if(!clu)
 925   {
 926     AliInfo("Cluster pointer null!");
 927     absId=-1; iSupMod0=-1, ieta = -1; iphi = -1; shared = -1;
 928     return;
 929   }
 930
 931   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++)
 932   {
 933     cellAbsId = clu->GetCellAbsId(iDig);
 934     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
 935     //printf("a Cell %d, id, %d, amp %f, fraction %f\n",iDig,cellAbsId,cells->GetCellAmplitude(cellAbsId),fraction);
 936     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
 937     geom->GetCellIndex(cellAbsId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
 938     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 939     if     (iDig==0)
 940     {
 941       iSupMod0=iSupMod;
 942     }
 943     else if(iSupMod0!=iSupMod)
 944     {
 945       shared = kTRUE;
 946       //printf("AliEMCALRecoUtils::GetMaxEnergyCell() - SHARED CLUSTER\n");
 947     }
 948     if(!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn())
 949     {
 950       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
 951     }
 952     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cellAbsId)*fraction*recalFactor;
 953     //printf("b Cell %d, id, %d, amp %f, fraction %f\n",iDig,cellAbsId,eCell,fraction);
 954     if(eCell > eMax)
 955     {
 956       eMax  = eCell;
 957       absId = cellAbsId;
 958       //printf("\t new max: cell %d, e %f, ecell %f\n",maxId, eMax,eCell);
 959     }
 960   }// cell loop
 961
 962   //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
 963   geom->GetCellIndex(absId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
 964   //Gives SuperModule and Tower numbers
 965   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,
 966                                          iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 967   //printf("Max id %d, iSM %d, col %d, row %d\n",absId,iSupMod,ieta,iphi);
 968   //printf("Max end---\n");
 969 }
 970
 971 //______________________________________
 972 void AliEMCALRecoUtils::InitParameters()
 973 {
 974   // Initialize data members with default values
 975
 976   fParticleType = kPhoton;
 977   fPosAlgo      = kUnchanged;
 978   fW0           = 4.5;
 979
 980   fNonLinearityFunction = kNoCorrection;
 981   fNonLinearThreshold   = 30;
 982
 983   fExoticCellFraction     = 0.97;
 984   fExoticCellDiffTime     = 1e6;
 985   fExoticCellMinAmplitude = 0.5;
 986
 987   fAODFilterMask = 32;
 988
 989   fCutEtaPhiSum      = kTRUE;
 990   fCutEtaPhiSeparate = kFALSE;
 991
 992   fCutR   = 0.05;
 993   fCutEta = 0.025;
 994   fCutPhi = 0.05;
 995
 996   fClusterWindow = 100;
 997   fMass          = 0.139;
 998
 999   fStepSurface   = 20.;
1000   fStepCluster   = 5.;
1001   fTrackCutsType = kLooseCut;
1002
1003   fCutMinTrackPt     = 0;
1004   fCutMinNClusterTPC = -1;
1005   fCutMinNClusterITS = -1;
1006
1007   fCutMaxChi2PerClusterTPC  = 1e10;
1008   fCutMaxChi2PerClusterITS  = 1e10;
1009
1010   fCutRequireTPCRefit     = kFALSE;
1011   fCutRequireITSRefit     = kFALSE;
1012   fCutAcceptKinkDaughters = kFALSE;
1013
1014   fCutMaxDCAToVertexXY = 1e10;
1015   fCutMaxDCAToVertexZ  = 1e10;
1016   fCutDCAToVertex2D    = kFALSE;
1017
1018
1019   //Misalignment matrices
1020   for(Int_t i = 0; i < 15 ; i++)
1021   {
1022     fMisalTransShift[i] = 0.;
1023     fMisalRotShift[i]   = 0.;
1024   }
1025
1026   //Non linearity
1027   for(Int_t i = 0; i < 7  ; i++) fNonLinearityParams[i] = 0.;
1028
1029   //For kBeamTestCorrected case, but default is no correction
1030   fNonLinearityParams[0] =  0.99078;
1031   fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
1032   fNonLinearityParams[2] =  0.655166;
1033   fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
1034   fNonLinearityParams[4] =  163.282;
1035   fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
1036   fNonLinearityParams[6] =  0.978;
1037
1038   //For kPi0GammaGamma case
1039   //fNonLinearityParams[0] = 0.1457/0.1349766/1.038;
1040   //fNonLinearityParams[1] = -0.02024/0.1349766/1.038;
1041   //fNonLinearityParams[2] = 1.046;
1042
1043   //Cluster energy smearing
1044   fSmearClusterEnergy   = kFALSE;
1045   fSmearClusterParam[0] = 0.07; // * sqrt E term
1046   fSmearClusterParam[1] = 0.00; // * E term
1047   fSmearClusterParam[2] = 0.00; // constant
1048 }
1049
1050 //_____________________________________________________
1051 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()
1052 {
1053   //Init EMCAL recalibration factors
1054   AliDebug(2,"AliCalorimeterUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()");
1055   //In order to avoid rewriting the same histograms
1056   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1057   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1058
1059   fEMCALRecalibrationFactors = new TObjArray(12);
1060   for (int i = 0; i < 12; i++)
1061     fEMCALRecalibrationFactors->Add(new TH2F(Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i),
1062                                              Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i),  48, 0, 48, 24, 0, 24));
1063   //Init the histograms with 1
1064   for (Int_t sm = 0; sm < 12; sm++)
1065   {
1066     for (Int_t i = 0; i < 48; i++)
1067     {
1068       for (Int_t j = 0; j < 24; j++)
1069       {
1070         SetEMCALChannelRecalibrationFactor(sm,i,j,1.);
1071       }
1072     }
1073   }
1074
1075   fEMCALRecalibrationFactors->SetOwner(kTRUE);
1076   fEMCALRecalibrationFactors->Compress();
1077
1078   //In order to avoid rewriting the same histograms
1079   TH1::AddDirectory(oldStatus);
1080 }
1081
1082 //_________________________________________________________
1083 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALTimeRecalibrationFactors()
1084 {
1085   //Init EMCAL recalibration factors
1086   AliDebug(2,"AliCalorimeterUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()");
1087   //In order to avoid rewriting the same histograms
1088   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1089   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1090
1091   fEMCALTimeRecalibrationFactors = new TObjArray(4);
1092   for (int i = 0; i < 4; i++)
1093     fEMCALTimeRecalibrationFactors->Add(new TH1F(Form("hAllTimeAvBC%d",i),
1094                                                  Form("hAllTimeAvBC%d",i),
1095                                                  48*24*12,0.,48*24*12)          );
1096   //Init the histograms with 1
1097   for (Int_t bc = 0; bc < 4; bc++)
1098   {
1099     for (Int_t i = 0; i < 48*24*12; i++)
1100       SetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(bc,i,0.);
1101   }
1102
1103   fEMCALTimeRecalibrationFactors->SetOwner(kTRUE);
1104   fEMCALTimeRecalibrationFactors->Compress();
1105
1106   //In order to avoid rewriting the same histograms
1107   TH1::AddDirectory(oldStatus);
1108 }
1109
1110 //____________________________________________________
1111 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALBadChannelStatusMap()
1112 {
1113   //Init EMCAL bad channels map
1114   AliDebug(2,"AliEMCALRecoUtils::InitEMCALBadChannelStatusMap()");
1115   //In order to avoid rewriting the same histograms
1116   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1117   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1118
1119   fEMCALBadChannelMap = new TObjArray(12);
1120   //TH2F * hTemp = new  TH2I("EMCALBadChannelMap","EMCAL SuperModule bad channel map", 48, 0, 48, 24, 0, 24);
1121   for (int i = 0; i < 12; i++)
1122   {
1123     fEMCALBadChannelMap->Add(new TH2I(Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i),Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i), 48, 0, 48, 24, 0, 24));
1124   }
1125
1126   fEMCALBadChannelMap->SetOwner(kTRUE);
1127   fEMCALBadChannelMap->Compress();
1128
1129   //In order to avoid rewriting the same histograms
1130   TH1::AddDirectory(oldStatus);
1131 }
1132
1133 //____________________________________________________________________________
1134 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy(const AliEMCALGeometry* geom,
1135                                                  AliVCluster * cluster,
1136                                                  AliVCaloCells * cells,
1137                                                  const Int_t bc)
1138 {
1139   // Recalibrate the cluster energy and Time, considering the recalibration map
1140   // and the energy of the cells and time that compose the cluster.
1141   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1142
1143   if(!cluster)
1144   {
1145     AliInfo("Cluster pointer null!");
1146     return;
1147   }
1148
1149   //Get the cluster number of cells and list of absId, check what kind of cluster do we have.
1150   UShort_t * index    = cluster->GetCellsAbsId() ;
1151   Double_t * fraction = cluster->GetCellsAmplitudeFraction() ;
1152   Int_t ncells = cluster->GetNCells();
1153
1154   //Initialize some used variables
1155   Float_t energy = 0;
1156   Int_t   absId  =-1;
1157   Int_t   icol   =-1, irow =-1, imod=1;
1158   Float_t factor = 1, frac = 0;
1159   Int_t   absIdMax = -1;
1160   Float_t emax     = 0;
1161
1162   //Loop on the cells, get the cell amplitude and recalibration factor, multiply and and to the new energy
1163   for(Int_t icell = 0; icell < ncells; icell++)
1164   {
1165     absId = index[icell];
1166     frac =  fraction[icell];
1167     if(frac < 1e-5) frac = 1; //in case of EMCAL, this is set as 0 since unfolding is off
1168
1169     if(!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn())
1170     {
1171       // Energy
1172       Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
1173       geom->GetCellIndex(absId,imod,iTower,iIphi,iIeta);
1174       if(fEMCALRecalibrationFactors->GetEntries() <= imod) continue;
1175       geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);
1176       factor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,icol,irow);
1177
1178       AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - recalibrate cell: module %d, col %d, row %d, cell fraction %f,recalibration factor %f, cell energy %f\n",
1179                       imod,icol,irow,frac,factor,cells->GetCellAmplitude(absId)));
1180
1181     }
1182
1183     energy += cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac;
1184
1185     if(emax < cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac)
1186     {
1187       emax     = cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac;
1188       absIdMax = absId;
1189     }
1190   }
1191
1192   AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - Energy before %f, after %f \n",cluster->E(),energy));
1193
1194   cluster->SetE(energy);
1195
1196   // Recalculate time of cluster
1197   Double_t timeorg = cluster->GetTOF();
1198
1199   Double_t time = cells->GetCellTime(absIdMax);
1200   if(!fCellsRecalibrated && IsTimeRecalibrationOn())
1201     RecalibrateCellTime(absIdMax,bc,time);
1202
1203   cluster->SetTOF(time);
1204
1205   AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - Time before %f, after %f \n",timeorg,cluster->GetTOF()));
1206 }
1207
1208 //_____________________________________________________________
1209 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateCells(AliVCaloCells * cells,
1210                                          const Int_t bc)
1211 {
1212   // Recalibrate the cells time and energy, considering the recalibration map and the energy
1213   // of the cells that compose the cluster.
1214   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1215
1216   if(!IsRecalibrationOn() && !IsTimeRecalibrationOn() && !IsBadChannelsRemovalSwitchedOn()) return;
1217
1218   if(!cells)
1219   {
1220     AliInfo("Cells pointer null!");
1221     return;
1222   }
1223
1224   Short_t  absId  =-1;
1225   Bool_t   accept = kFALSE;
1226   Float_t  ecell  = 0;
1227   Double_t tcell  = 0;
1228   Double_t ecellin = 0;
1229   Double_t tcellin = 0;
1230   Short_t  mclabel = -1;
1231   Double_t efrac = 0;
1232
1233   Int_t nEMcell  = cells->GetNumberOfCells() ;
1234   for (Int_t iCell = 0; iCell < nEMcell; iCell++)
1235   {
1236     cells->GetCell( iCell, absId, ecellin, tcellin, mclabel, efrac );
1237
1238     accept = AcceptCalibrateCell(absId, bc, ecell ,tcell ,cells);
1239     if(!accept)
1240     {
1241       ecell = 0;
1242       tcell = -1;
1243     }
1244
1245     //Set new values
1246     cells->SetCell(iCell,absId,ecell, tcell, mclabel, efrac);
1247   }
1248
1249   fCellsRecalibrated = kTRUE;
1250 }
1251
1252 //_______________________________________________________________________________________________________
1253 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateCellTime(const Int_t absId, const Int_t bc, Double_t & celltime) const
1254 {
1255   // Recalibrate time of cell with absID  considering the recalibration map
1256   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1257
1258   if(!fCellsRecalibrated && IsTimeRecalibrationOn() && bc >= 0)
1259   {
1260     celltime -= GetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(bc%4,absId)*1.e-9;    ;
1261   }
1262 }
1263
1264 //______________________________________________________________________________
1265 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPosition(const AliEMCALGeometry *geom,
1266                                                    AliVCaloCells* cells,
1267                                                    AliVCluster* clu)
1268 {
1269   //For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1270
1271   if(!clu)
1272   {
1273     AliInfo("Cluster pointer null!");
1274     return;
1275   }
1276
1277   if     (fPosAlgo==kPosTowerGlobal) RecalculateClusterPositionFromTowerGlobal( geom, cells, clu);
1278   else if(fPosAlgo==kPosTowerIndex)  RecalculateClusterPositionFromTowerIndex ( geom, cells, clu);
1279   else   AliDebug(2,"Algorithm to recalculate position not selected, do nothing.");
1280 }
1281
1282 //_____________________________________________________________________________________________
1283 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPositionFromTowerGlobal(const AliEMCALGeometry *geom,
1284                                                                   AliVCaloCells* cells,
1285                                                                   AliVCluster* clu)
1286 {
1287   // For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1288   // The algorithm is a copy of what is done in AliEMCALRecPoint
1289
1290   Double_t eCell       = 0.;
1291   Float_t  fraction    = 1.;
1292   Float_t  recalFactor = 1.;
1293
1294   Int_t    absId   = -1;
1295   Int_t    iTower  = -1, iIphi  = -1, iIeta  = -1;
1296   Int_t    iSupModMax = -1, iSM=-1, iphi   = -1, ieta   = -1;
1297   Float_t  weight = 0.,  totalWeight=0.;
1298   Float_t  newPos[3] = {0,0,0};
1299   Double_t pLocal[3], pGlobal[3];
1300   Bool_t shared = kFALSE;
1301
1302   Float_t  clEnergy = clu->E(); //Energy already recalibrated previously
1303   if (clEnergy <= 0)
1304     return;
1305   GetMaxEnergyCell(geom, cells, clu, absId,  iSupModMax, ieta, iphi,shared);
1306   Double_t depth = GetDepth(clEnergy,fParticleType,iSupModMax) ;
1307
1308   //printf("** Cluster energy %f, ncells %d, depth %f\n",clEnergy,clu->GetNCells(),depth);
1309
1310   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++)
1311   {
1312     absId = clu->GetCellAbsId(iDig);
1313     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
1314     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1315
1316     if (!fCellsRecalibrated)
1317     {
1318       geom->GetCellIndex(absId,iSM,iTower,iIphi,iIeta);
1319       geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSM,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
1320
1321       if(IsRecalibrationOn())
1322       {
1323         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSM,ieta,iphi);
1324       }
1325     }
1326
1327     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId)*fraction*recalFactor;
1328
1329     weight = GetCellWeight(eCell,clEnergy);
1330     totalWeight += weight;
1331
1332     geom->RelPosCellInSModule(absId,depth,pLocal[0],pLocal[1],pLocal[2]);
1333     //printf("pLocal (%f,%f,%f), SM %d, absId %d\n",pLocal[0],pLocal[1],pLocal[2],iSupModMax,absId);
1334     geom->GetGlobal(pLocal,pGlobal,iSupModMax);
1335     //printf("pLocal (%f,%f,%f)\n",pGlobal[0],pGlobal[1],pGlobal[2]);
1336
1337     for(int i=0; i<3; i++ ) newPos[i] += (weight*pGlobal[i]);
1338   }// cell loop
1339
1340   if(totalWeight>0)
1341   {
1342     for(int i=0; i<3; i++ )    newPos[i] /= totalWeight;
1343   }
1344
1345   //Float_t pos[]={0,0,0};
1346   //clu->GetPosition(pos);
1347   //printf("OldPos  : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",pos[0],pos[1],pos[2]);
1348   //printf("NewPos  : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",newPos[0],newPos[1],newPos[2]);
1349
1350   if(iSupModMax > 1) //sector 1
1351   {
1352     newPos[0] +=fMisalTransShift[3];//-=3.093;
1353     newPos[1] +=fMisalTransShift[4];//+=6.82;
1354     newPos[2] +=fMisalTransShift[5];//+=1.635;
1355     //printf("   +    : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",fMisalTransShift[3],fMisalTransShift[4],fMisalTransShift[5]);
1356   } else //sector 0
1357   {
1358     newPos[0] +=fMisalTransShift[0];//+=1.134;
1359     newPos[1] +=fMisalTransShift[1];//+=8.2;
1360     newPos[2] +=fMisalTransShift[2];//+=1.197;
1361     //printf("   +    : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",fMisalTransShift[0],fMisalTransShift[1],fMisalTransShift[2]);
1362   }
1363   //printf("NewPos : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",newPos[0],newPos[1],newPos[2]);
1364
1365   clu->SetPosition(newPos);
1366 }
1367
1368 //____________________________________________________________________________________________
1369 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPositionFromTowerIndex(const AliEMCALGeometry *geom,
1370                                                                  AliVCaloCells* cells,
1371                                                                  AliVCluster* clu)
1372 {
1373   // For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1374   // The algorithm works with the tower indeces, averages the indeces and from them it calculates the global position
1375
1376   Double_t eCell       = 1.;
1377   Float_t  fraction    = 1.;
1378   Float_t  recalFactor = 1.;
1379
1380   Int_t absId   = -1;
1381   Int_t iTower  = -1;
1382   Int_t iIphi   = -1, iIeta   = -1;
1383   Int_t iSupMod = -1, iSupModMax = -1;
1384   Int_t iphi = -1, ieta =-1;
1385   Bool_t shared = kFALSE;
1386
1387   Float_t clEnergy = clu->E(); //Energy already recalibrated previously.
1388   if (clEnergy <= 0)
1389     return;
1390   GetMaxEnergyCell(geom, cells, clu, absId,  iSupModMax, ieta, iphi,shared);
1391   Float_t  depth = GetDepth(clEnergy,fParticleType,iSupMod) ;
1392
1393   Float_t weight = 0., weightedCol = 0., weightedRow = 0., totalWeight=0.;
1394   Bool_t areInSameSM = kTRUE; //exclude clusters with cells in different SMs for now
1395   Int_t startingSM = -1;
1396
1397   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++)
1398   {
1399     absId = clu->GetCellAbsId(iDig);
1400     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
1401     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1402
1403     if     (iDig==0)  startingSM = iSupMod;
1404     else if(iSupMod != startingSM) areInSameSM = kFALSE;
1405
1406     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId);
1407
1408     geom->GetCellIndex(absId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1409     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
1410
1411     if (!fCellsRecalibrated)
1412     {
1413       if(IsRecalibrationOn())
1414       {
1415         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1416       }
1417     }
1418
1419     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId)*fraction*recalFactor;
1420
1421     weight = GetCellWeight(eCell,clEnergy);
1422     if(weight < 0) weight = 0;
1423     totalWeight += weight;
1424     weightedCol += ieta*weight;
1425     weightedRow += iphi*weight;
1426
1427     //printf("Max cell? cell %d, amplitude org %f, fraction %f, recalibration %f, amplitude new %f \n",cellAbsId, cells->GetCellAmplitude(cellAbsId), fraction, recalFactor, eCell) ;
1428   }// cell loop
1429
1430   Float_t xyzNew[]={0.,0.,0.};
1431   if(areInSameSM == kTRUE)
1432   {
1433     //printf("In Same SM\n");
1434     weightedCol = weightedCol/totalWeight;
1435     weightedRow = weightedRow/totalWeight;
1436     geom->RecalculateTowerPosition(weightedRow, weightedCol, iSupModMax, depth, fMisalTransShift, fMisalRotShift, xyzNew);
1437   }
1438   else
1439   {
1440     //printf("In Different SM\n");
1441     geom->RecalculateTowerPosition(iphi,        ieta,        iSupModMax, depth, fMisalTransShift, fMisalRotShift, xyzNew);
1442   }
1443
1444   clu->SetPosition(xyzNew);
1445 }
1446
1447 //___________________________________________________________________________________________
1448 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterDistanceToBadChannel(const AliEMCALGeometry * geom,
1449                                                                AliVCaloCells* cells,
1450                                                                AliVCluster * cluster)
1451 {
1452   //re-evaluate distance to bad channel with updated bad map
1453
1454   if(!fRecalDistToBadChannels) return;
1455
1456   if(!cluster)
1457   {
1458     AliInfo("Cluster pointer null!");
1459     return;
1460   }
1461
1462   //Get channels map of the supermodule where the cluster is.
1463   Int_t absIdMax  = -1, iSupMod =-1, icolM = -1, irowM = -1;
1464   Bool_t shared = kFALSE;
1465   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absIdMax,  iSupMod, icolM, irowM, shared);
1466   TH2D* hMap  = (TH2D*)fEMCALBadChannelMap->At(iSupMod);
1467
1468   Int_t dRrow, dRcol;
1469   Float_t  minDist = 10000.;
1470   Float_t  dist    = 0.;
1471
1472   //Loop on tower status map
1473   for(Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++)
1474   {
1475     for(Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++)
1476     {
1477       //Check if tower is bad.
1478       if(hMap->GetBinContent(icol,irow)==0) continue;
1479       //printf("AliEMCALRecoUtils::RecalculateDistanceToBadChannels() - \n \t Bad channel in SM %d, col %d, row %d, \n \t Cluster max in col %d, row %d\n",
1480       //       iSupMod,icol, irow, icolM,irowM);
1481
1482       dRrow=TMath::Abs(irowM-irow);
1483       dRcol=TMath::Abs(icolM-icol);
1484       dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dRcol*dRcol);
1485       if(dist < minDist)
1486       {
1487         //printf("MIN DISTANCE TO BAD %2.2f\n",dist);
1488         minDist = dist;
1489       }
1490     }
1491   }
1492
1493   //In case the cluster is shared by 2 SuperModules, need to check the map of the second Super Module
1494   if (shared)
1495   {
1496     TH2D* hMap2 = 0;
1497     Int_t iSupMod2 = -1;
1498
1499     //The only possible combinations are (0,1), (2,3) ... (8,9)
1500     if(iSupMod%2) iSupMod2 = iSupMod-1;
1501     else          iSupMod2 = iSupMod+1;
1502     hMap2  = (TH2D*)fEMCALBadChannelMap->At(iSupMod2);
1503
1504     //Loop on tower status map of second super module
1505     for(Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++)
1506     {
1507       for(Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++)
1508       {
1509         //Check if tower is bad.
1510         if(hMap2->GetBinContent(icol,irow)==0) continue;
1511         //printf("AliEMCALRecoUtils::RecalculateDistanceToBadChannels(shared) - \n \t Bad channel in SM %d, col %d, row %d \n \t Cluster max in SM %d, col %d, row %d\n",
1512         //     iSupMod2,icol, irow,iSupMod,icolM,irowM);
1513         dRrow=TMath::Abs(irow-irowM);
1514
1515         if(iSupMod%2)
1516         {
1517           dRcol=TMath::Abs(icol-(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icolM));
1518         } else
1519         {
1520           dRcol=TMath::Abs(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icol-icolM);
1521         }
1522
1523         dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dRcol*dRcol);
1524         if(dist < minDist) minDist = dist;
1525       }
1526     }
1527   }// shared cluster in 2 SuperModules
1528
1529   AliDebug(2,Form("Max cluster cell (SM,col,row)=(%d %d %d) - Distance to Bad Channel %2.2f",iSupMod, icolM, irowM, minDist));
1530   cluster->SetDistanceToBadChannel(minDist);
1531 }
1532
1533 //__________________________________________________________________
1534 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPID(AliVCluster * cluster)
1535 {
1536   //re-evaluate identification parameters with bayesian
1537
1538   if(!cluster)
1539   {
1540     AliInfo("Cluster pointer null!");
1541     return;
1542   }
1543
1544   if ( cluster->GetM02() != 0)
1545     fPIDUtils->ComputePID(cluster->E(),cluster->GetM02());
1546
1547   Float_t pidlist[AliPID::kSPECIESCN+1];
1548   for(Int_t i = 0; i < AliPID::kSPECIESCN+1; i++) pidlist[i] = fPIDUtils->GetPIDFinal(i);
1549
1550   cluster->SetPID(pidlist);
1551 }
1552
1553 //___________________________________________________________________________________________________________________
1554 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(const AliEMCALGeometry * geom,
1555                                                                 AliVCaloCells* cells,
1556                                                                 AliVCluster * cluster,
1557                                                                 Float_t & l0,   Float_t & l1,
1558                                                                 Float_t & disp, Float_t & dEta, Float_t & dPhi,
1559                                                                 Float_t & sEta, Float_t & sPhi, Float_t & sEtaPhi)
1560 {
1561   // Calculates new center of gravity in the local EMCAL-module coordinates
1562   // and tranfers into global ALICE coordinates
1563   // Calculates Dispersion and main axis
1564
1565   if(!cluster)
1566   {
1567     AliInfo("Cluster pointer null!");
1568     return;
1569   }
1570
1571   Double_t eCell       = 0.;
1572   Float_t  fraction    = 1.;
1573   Float_t  recalFactor = 1.;
1574
1575   Int_t    iSupMod = -1;
1576   Int_t    iTower  = -1;
1577   Int_t    iIphi   = -1;
1578   Int_t    iIeta   = -1;
1579   Int_t    iphi    = -1;
1580   Int_t    ieta    = -1;
1581   Double_t etai    = -1.;
1582   Double_t phii    = -1.;
1583
1584   Int_t    nstat   = 0 ;
1585   Float_t  wtot    = 0.;
1586   Double_t w       = 0.;
1587   Double_t etaMean = 0.;
1588   Double_t phiMean = 0.;
1589
1590   //Loop on cells
1591   for(Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++)
1592   {
1593     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1594     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1595     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1596
1597     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1598     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1599     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1600
1601     if (!fCellsRecalibrated)
1602     {
1603       if(IsRecalibrationOn())
1604       {
1605         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1606       }
1607     }
1608
1609     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1610
1611     if(cluster->E() > 0 && eCell > 0)
1612     {
1613       w  = GetCellWeight(eCell,cluster->E());
1614
1615       etai=(Double_t)ieta;
1616       phii=(Double_t)iphi;
1617
1618       if(w > 0.0)
1619       {
1620         wtot += w ;
1621         nstat++;
1622         //Shower shape
1623         sEta     += w * etai * etai ;
1624         etaMean  += w * etai ;
1625         sPhi     += w * phii * phii ;
1626         phiMean  += w * phii ;
1627         sEtaPhi  += w * etai * phii ;
1628       }
1629     }
1630     else
1631       AliError(Form("Wrong energy %f and/or amplitude %f\n", eCell, cluster->E()));
1632   }//cell loop
1633
1634   //Normalize to the weight
1635   if (wtot > 0)
1636   {
1637     etaMean /= wtot ;
1638     phiMean /= wtot ;
1639   }
1640   else
1641     AliError(Form("Wrong weight %f\n", wtot));
1642
1643   //Calculate dispersion
1644   for(Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++)
1645   {
1646     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1647     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1648     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1649
1650     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1651     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1652     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1653     if (IsRecalibrationOn())
1654     {
1655       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1656     }
1657     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1658
1659     if(cluster->E() > 0 && eCell > 0)
1660     {
1661       w  = GetCellWeight(eCell,cluster->E());
1662
1663       etai=(Double_t)ieta;
1664       phii=(Double_t)iphi;
1665       if(w > 0.0)
1666       {
1667         disp +=  w *((etai-etaMean)*(etai-etaMean)+(phii-phiMean)*(phii-phiMean));
1668         dEta +=  w * (etai-etaMean)*(etai-etaMean) ;
1669         dPhi +=  w * (phii-phiMean)*(phii-phiMean) ;
1670       }
1671     }
1672     else
1673       AliError(Form("Wrong energy %f and/or amplitude %f\n", eCell, cluster->E()));
1674   }// cell loop
1675
1676   //Normalize to the weigth and set shower shape parameters
1677   if (wtot > 0 && nstat > 1)
1678   {
1679     disp    /= wtot ;
1680     dEta    /= wtot ;
1681     dPhi    /= wtot ;
1682     sEta    /= wtot ;
1683     sPhi    /= wtot ;
1684     sEtaPhi /= wtot ;
1685
1686     sEta    -= etaMean * etaMean ;
1687     sPhi    -= phiMean * phiMean ;
1688     sEtaPhi -= etaMean * phiMean ;
1689
1690     l0 = (0.5 * (sEta + sPhi) + TMath::Sqrt( 0.25 * (sEta - sPhi) * (sEta - sPhi) + sEtaPhi * sEtaPhi ));
1691     l1 = (0.5 * (sEta + sPhi) - TMath::Sqrt( 0.25 * (sEta - sPhi) * (sEta - sPhi) + sEtaPhi * sEtaPhi ));
1692   }
1693   else
1694   {
1695     l0   = 0. ;
1696     l1   = 0. ;
1697     dEta = 0. ; dPhi = 0. ; disp    = 0. ;
1698     sEta = 0. ; sPhi = 0. ; sEtaPhi = 0. ;
1699   }
1700
1701 }
1702
1703 //____________________________________________________________________________________________
1704 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(const AliEMCALGeometry * geom,
1705                                                                 AliVCaloCells* cells,
1706                                                                 AliVCluster * cluster)
1707 {
1708   // Calculates new center of gravity in the local EMCAL-module coordinates
1709   // and tranfers into global ALICE coordinates
1710   // Calculates Dispersion and main axis and puts them into the cluster
1711
1712   Float_t l0   = 0., l1   = 0.;
1713   Float_t disp = 0., dEta = 0., dPhi    = 0.;
1714   Float_t sEta = 0., sPhi = 0., sEtaPhi = 0.;
1715
1716   AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(geom,cells,cluster,l0,l1,disp,
1717                                                              dEta, dPhi, sEta, sPhi, sEtaPhi);
1718
1719   cluster->SetM02(l0);
1720   cluster->SetM20(l1);
1721   if(disp > 0. ) cluster->SetDispersion(TMath::Sqrt(disp)) ;
1722
1723 }
1724
1725 //____________________________________________________________________________
1726 void AliEMCALRecoUtils::FindMatches(AliVEvent *event,
1727                                     TObjArray * clusterArr,
1728                                     const AliEMCALGeometry *geom)
1729 {
1730   //This function should be called before the cluster loop
1731   //Before call this function, please recalculate the cluster positions
1732   //Given the input event, loop over all the tracks, select the closest cluster as matched with fCutR
1733   //Store matched cluster indexes and residuals
1734
1735   fMatchedTrackIndex  ->Reset();
1736   fMatchedClusterIndex->Reset();
1737   fResidualPhi->Reset();
1738   fResidualEta->Reset();
1739
1740   fMatchedTrackIndex  ->Set(1000);
1741   fMatchedClusterIndex->Set(1000);
1742   fResidualPhi->Set(1000);
1743   fResidualEta->Set(1000);
1744
1745   AliESDEvent* esdevent = dynamic_cast<AliESDEvent*> (event);
1746   AliAODEvent* aodevent = dynamic_cast<AliAODEvent*> (event);
1747
1748   // init the magnetic field if not already on
1749   if(!TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField())
1750   {
1751     AliInfo("Init the magnetic field\n");
1752     if     (esdevent)
1753     {
1754       esdevent->InitMagneticField();
1755     }
1756     else if(aodevent)
1757     {
1758       Double_t curSol = 30000*aodevent->GetMagneticField()/5.00668;
1759       Double_t curDip = 6000 *aodevent->GetMuonMagFieldScale();
1760       AliMagF *field  = AliMagF::CreateFieldMap(curSol,curDip);
1761       TGeoGlobalMagField::Instance()->SetField(field);
1762     }
1763     else
1764     {
1765       AliInfo("Mag Field not initialized, null esd/aod evetn pointers");
1766     }
1767
1768   } // Init mag field
1769
1770   TObjArray *clusterArray = 0x0;
1771   if(!clusterArr)
1772     {
1773       clusterArray = new TObjArray(event->GetNumberOfCaloClusters());
1774       for(Int_t icl=0; icl<event->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
1775   {
1776     AliVCluster *cluster = (AliVCluster*) event->GetCaloCluster(icl);
1777     if(geom && !IsGoodCluster(cluster,geom,(AliVCaloCells*)event->GetEMCALCells())) continue;
1778     clusterArray->AddAt(cluster,icl);
1779   }
1780     }
1781
1782   Int_t    matched=0;
1783   Double_t cv[21];
1784   for (Int_t i=0; i<21;i++) cv[i]=0;
1785   for(Int_t itr=0; itr<event->GetNumberOfTracks(); itr++)
1786   {
1787     AliExternalTrackParam *trackParam = 0;
1788
1789     //If the input event is ESD, the starting point for extrapolation is TPCOut, if available, or TPCInner
1790     AliESDtrack *esdTrack = 0;
1791     AliAODTrack *aodTrack = 0;
1792     if(esdevent)
1793     {
1794       esdTrack = esdevent->GetTrack(itr);
1795       if(!esdTrack) continue;
1796       if(!IsAccepted(esdTrack)) continue;
1797       if(esdTrack->Pt()<fCutMinTrackPt) continue;
1798       Double_t phi = esdTrack->Phi()*TMath::RadToDeg();
1799       if(TMath::Abs(esdTrack->Eta())>0.8 || phi <= 20 || phi >= 240 ) continue;
1800       trackParam =  const_cast<AliExternalTrackParam*>(esdTrack->GetInnerParam());
1801     }
1802
1803     //If the input event is AOD, the starting point for extrapolation is at vertex
1804     //AOD tracks are selected according to its filterbit.
1805     else if(aodevent)
1806     {
1807       aodTrack = aodevent->GetTrack(itr);
1808       if(!aodTrack) continue;
1809       if(!aodTrack->TestFilterMask(fAODFilterMask)) continue; //Select AOD tracks that fulfill GetStandardITSTPCTrackCuts2010()
1810       if(aodTrack->Pt()<fCutMinTrackPt) continue;
1811       Double_t phi = aodTrack->Phi()*TMath::RadToDeg();
1812       if(TMath::Abs(aodTrack->Eta())>0.8 || phi <= 20 || phi >= 240 ) continue;
1813       Double_t pos[3],mom[3];
1814       aodTrack->GetXYZ(pos);
1815       aodTrack->GetPxPyPz(mom);
1816       AliDebug(5,Form("aod track: i=%d | pos=(%5.4f,%5.4f,%5.4f) | mom=(%5.4f,%5.4f,%5.4f) | charge=%d\n",itr,pos[0],pos[1],pos[2],mom[0],mom[1],mom[2],aodTrack->Charge()));
1817       trackParam= new AliExternalTrackParam(pos,mom,cv,aodTrack->Charge());
1818     }
1819
1820     //Return if the input data is not "AOD" or "ESD"
1821     else
1822     {
1823       printf("Wrong input data type! Should be \"AOD\" or \"ESD\"\n");
1824       if(clusterArray)
1825   {
1826     clusterArray->Clear();
1827     delete clusterArray;
1828   }
1829       return;
1830     }
1831
1832     if(!trackParam) continue;
1833
1834     //Extrapolate the track to EMCal surface
1835     AliExternalTrackParam emcalParam(*trackParam);
1836     Float_t eta, phi;
1837     if(!ExtrapolateTrackToEMCalSurface(&emcalParam, 430., fMass, fStepSurface, eta, phi))
1838       {
1839   if(aodevent && trackParam) delete trackParam;
1840   continue;
1841       }
1842
1843 //    if(esdevent)
1844 //      {
1845 //  esdTrack->SetOuterParam(&emcalParam,AliExternalTrackParam::kMultSec);
1846 //      }
1847
1848     if(TMath::Abs(eta)>0.75 || (phi) < 70*TMath::DegToRad() || (phi) > 190*TMath::DegToRad())
1849       {
1850   if(aodevent && trackParam) delete trackParam;
1851   continue;
1852       }
1853
1854
1855     //Find matched clusters
1856     Int_t index = -1;
1857     Float_t dEta = -999, dPhi = -999;
1858     if(!clusterArr)
1859       {
1860   index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArray, dEta, dPhi);
1861       }
1862     else
1863       {
1864   index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArr, dEta, dPhi);
1865       }
1866
1867     if(index>-1)
1868     {
1869       fMatchedTrackIndex   ->AddAt(itr,matched);
1870       fMatchedClusterIndex ->AddAt(index,matched);
1871       fResidualEta         ->AddAt(dEta,matched);
1872       fResidualPhi         ->AddAt(dPhi,matched);
1873       matched++;
1874     }
1875     if(aodevent && trackParam) delete trackParam;
1876   }//track loop
1877
1878   if(clusterArray)
1879     {
1880       clusterArray->Clear();
1881       delete clusterArray;
1882     }
1883
1884   AliDebug(2,Form("Number of matched pairs = %d !\n",matched));
1885
1886   fMatchedTrackIndex   ->Set(matched);
1887   fMatchedClusterIndex ->Set(matched);
1888   fResidualPhi         ->Set(matched);
1889   fResidualEta         ->Set(matched);
1890 }
1891
1892 //________________________________________________________________________________
1893 Int_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedClusterInEvent(const AliESDtrack *track,
1894                                                    const AliVEvent *event,
1895                                                    const AliEMCALGeometry *geom,
1896                                                    Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
1897 {
1898   //
1899   // This function returns the index of matched cluster to input track
1900   // Returns -1 if no match is found
1901   Int_t index = -1;
1902   Double_t phiV = track->Phi()*TMath::RadToDeg();
1903   if(TMath::Abs(track->Eta())>0.8 || phiV <= 20 || phiV >= 240 ) return index;
1904   AliExternalTrackParam *trackParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(track->GetInnerParam());
1905   if(!trackParam) return index;
1906   AliExternalTrackParam emcalParam(*trackParam);
1907   Float_t eta, phi;
1908   if(!ExtrapolateTrackToEMCalSurface(&emcalParam, 430., fMass, fStepSurface, eta, phi)) return index;
1909   if(TMath::Abs(eta)>0.75 || (phi) < 70*TMath::DegToRad() || (phi) > 190*TMath::DegToRad()) return index;
1910
1911   TObjArray *clusterArr = new TObjArray(event->GetNumberOfCaloClusters());
1912
1913   for(Int_t icl=0; icl<event->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
1914   {
1915     AliVCluster *cluster = (AliVCluster*) event->GetCaloCluster(icl);
1916     if(geom && !IsGoodCluster(cluster,geom,(AliVCaloCells*)event->GetEMCALCells())) continue;
1917     clusterArr->AddAt(cluster,icl);
1918   }
1919
1920   index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArr, dEta, dPhi);
1921   clusterArr->Clear();
1922   delete clusterArr;
1923
1924   return index;
1925 }
1926
1927 //_______________________________________________________________________________________________
1928 Int_t  AliEMCALRecoUtils::FindMatchedClusterInClusterArr(const AliExternalTrackParam *emcalParam,
1929                                                          AliExternalTrackParam *trkParam,
1930                                                          const TObjArray * clusterArr,
1931                                                          Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
1932 {
1933   // Find matched cluster in array
1934
1935   dEta=-999, dPhi=-999;
1936   Float_t dRMax = fCutR, dEtaMax=fCutEta, dPhiMax=fCutPhi;
1937   Int_t index = -1;
1938   Float_t tmpEta=-999, tmpPhi=-999;
1939
1940   Double_t exPos[3] = {0.,0.,0.};
1941   if(!emcalParam->GetXYZ(exPos)) return index;
1942
1943   Float_t clsPos[3] = {0.,0.,0.};
1944   for(Int_t icl=0; icl<clusterArr->GetEntriesFast(); icl++)
1945     {
1946       AliVCluster *cluster = dynamic_cast<AliVCluster*> (clusterArr->At(icl)) ;
1947       if(!cluster || !cluster->IsEMCAL()) continue;
1948       cluster->GetPosition(clsPos);
1949       Double_t dR = TMath::Sqrt(TMath::Power(exPos[0]-clsPos[0],2)+TMath::Power(exPos[1]-clsPos[1],2)+TMath::Power(exPos[2]-clsPos[2],2));
1950       if(dR > fClusterWindow) continue;
1951
1952       AliExternalTrackParam trkPamTmp (*trkParam);//Retrieve the starting point every time before the extrapolation
1953       if(!ExtrapolateTrackToCluster(&trkPamTmp, cluster, fMass, fStepCluster, tmpEta, tmpPhi)) continue;
1954       if(fCutEtaPhiSum)
1955         {
1956           Float_t tmpR=TMath::Sqrt(tmpEta*tmpEta + tmpPhi*tmpPhi);
1957           if(tmpR<dRMax)
1958       {
1959         dRMax=tmpR;
1960         dEtaMax=tmpEta;
1961         dPhiMax=tmpPhi;
1962         index=icl;
1963       }
1964         }
1965       else if(fCutEtaPhiSeparate)
1966         {
1967           if(TMath::Abs(tmpEta)<TMath::Abs(dEtaMax) && TMath::Abs(tmpPhi)<TMath::Abs(dPhiMax))
1968       {
1969         dEtaMax = tmpEta;
1970         dPhiMax = tmpPhi;
1971         index=icl;
1972       }
1973         }
1974       else
1975         {
1976           printf("Error: please specify your cut criteria\n");
1977           printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
1978           printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
1979           return index;
1980         }
1981     }
1982
1983   dEta=dEtaMax;
1984   dPhi=dPhiMax;
1985
1986   return index;
1987 }
1988
1989 //------------------------------------------------------------------------------------
1990 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToEMCalSurface(AliExternalTrackParam *trkParam,
1991                                                          const Double_t emcalR,
1992                                                          const Double_t mass,
1993                                                          const Double_t step,
1994                                                          Float_t &eta,
1995                                                          Float_t &phi)
1996 {
1997   //Extrapolate track to EMCAL surface
1998
1999   eta = -999, phi = -999;
2000   if(!trkParam) return kFALSE;
2001   if(!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(trkParam, emcalR, mass, step, kTRUE, 0.8, -1)) return kFALSE;
2002   Double_t trkPos[3] = {0.,0.,0.};
2003   if(!trkParam->GetXYZ(trkPos)) return kFALSE;
2004   TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
2005   eta = trkPosVec.Eta();
2006   phi = trkPosVec.Phi();
2007   if(phi<0)
2008     phi += 2*TMath::Pi();
2009
2010   return kTRUE;
2011 }
2012
2013 //-----------------------------------------------------------------------------------
2014 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToPosition(AliExternalTrackParam *trkParam,
2015                                                      const Float_t *clsPos,
2016                                                      Double_t mass,
2017                                                      Double_t step,
2018                                                      Float_t &tmpEta,
2019                                                      Float_t &tmpPhi)
2020 {
2021   //
2022   //Return the residual by extrapolating a track param to a global position
2023   //
2024   tmpEta = -999;
2025   tmpPhi = -999;
2026   if(!trkParam) return kFALSE;
2027   Double_t trkPos[3] = {0.,0.,0.};
2028   TVector3 vec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
2029   Double_t alpha =  ((int)(vec.Phi()*TMath::RadToDeg()/20)+0.5)*20*TMath::DegToRad();
2030   vec.RotateZ(-alpha); //Rotate the cluster to the local extrapolation coordinate system
2031   if(!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(trkParam, vec.X(), mass, step,kTRUE, 0.8, -1)) return kFALSE;
2032   if(!trkParam->GetXYZ(trkPos)) return kFALSE; //Get the extrapolated global position
2033
2034   TVector3 clsPosVec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
2035   TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
2036
2037   // track cluster matching
2038   tmpPhi = clsPosVec.DeltaPhi(trkPosVec);    // tmpPhi is between -pi and pi
2039   tmpEta = clsPosVec.Eta()-trkPosVec.Eta();
2040
2041   return kTRUE;
2042 }
2043
2044 //----------------------------------------------------------------------------------
2045 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(AliExternalTrackParam *trkParam,
2046                                                     const AliVCluster *cluster,
2047                                                     const Double_t mass,
2048                                                     const Double_t step,
2049                                                     Float_t &tmpEta,
2050                                                     Float_t &tmpPhi)
2051 {
2052   //
2053   //Return the residual by extrapolating a track param to a cluster
2054   //
2055   tmpEta = -999;
2056   tmpPhi = -999;
2057   if(!cluster || !trkParam) return kFALSE;
2058
2059   Float_t clsPos[3] = {0.,0.,0.};
2060   cluster->GetPosition(clsPos);
2061
2062   return ExtrapolateTrackToPosition(trkParam, clsPos, mass, step, tmpEta, tmpPhi);
2063 }
2064
2065 //---------------------------------------------------------------------------------
2066 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(AliExternalTrackParam *trkParam,
2067                                                     const AliVCluster *cluster,
2068                                                     Float_t &tmpEta,
2069                                                     Float_t &tmpPhi)
2070 {
2071   //
2072   //Return the residual by extrapolating a track param to a clusterfStepCluster
2073   //
2074
2075   return ExtrapolateTrackToCluster(trkParam, cluster, fMass, fStepCluster, tmpEta, tmpPhi);
2076 }
2077
2078 //_______________________________________________________________________
2079 void AliEMCALRecoUtils::GetMatchedResiduals(const Int_t clsIndex,
2080                                             Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
2081 {
2082   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2083   //Get the residuals dEta and dPhi for this cluster to the closest track
2084   //Works with ESDs and AODs
2085
2086   if( FindMatchedPosForCluster(clsIndex) >= 999 )
2087   {
2088     AliDebug(2,"No matched tracks found!\n");
2089     dEta=999.;
2090     dPhi=999.;
2091     return;
2092   }
2093   dEta = fResidualEta->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2094   dPhi = fResidualPhi->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2095 }
2096
2097 //______________________________________________________________________________________________
2098 void AliEMCALRecoUtils::GetMatchedClusterResiduals(Int_t trkIndex, Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
2099 {
2100   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2101   //Get the residuals dEta and dPhi for this track to the closest cluster
2102   //Works with ESDs and AODs
2103
2104   if( FindMatchedPosForTrack(trkIndex) >= 999 )
2105   {
2106     AliDebug(2,"No matched cluster found!\n");
2107     dEta=999.;
2108     dPhi=999.;
2109     return;
2110   }
2111   dEta = fResidualEta->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2112   dPhi = fResidualPhi->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2113 }
2114
2115 //__________________________________________________________
2116 Int_t AliEMCALRecoUtils::GetMatchedTrackIndex(Int_t clsIndex)
2117 {
2118   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2119   //Get the index of matched track to this cluster
2120   //Works with ESDs and AODs
2121
2122   if(IsClusterMatched(clsIndex))
2123     return fMatchedTrackIndex->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2124   else
2125     return -1;
2126 }
2127
2128 //__________________________________________________________
2129 Int_t AliEMCALRecoUtils::GetMatchedClusterIndex(Int_t trkIndex)
2130 {
2131   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2132   //Get the index of matched cluster to this track
2133   //Works with ESDs and AODs
2134
2135   if(IsTrackMatched(trkIndex))
2136     return fMatchedClusterIndex->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2137   else
2138     return -1;
2139 }
2140
2141 //______________________________________________________________
2142 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsClusterMatched(Int_t clsIndex) const
2143 {
2144   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2145   //Returns if the cluster has a match
2146   if(FindMatchedPosForCluster(clsIndex) < 999)
2147     return kTRUE;
2148   else
2149     return kFALSE;
2150 }
2151
2152 //____________________________________________________________
2153 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsTrackMatched(Int_t trkIndex) const
2154 {
2155   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2156   //Returns if the track has a match
2157   if(FindMatchedPosForTrack(trkIndex) < 999)
2158     return kTRUE;
2159   else
2160     return kFALSE;
2161 }
2162
2163 //______________________________________________________________________
2164 UInt_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedPosForCluster(Int_t clsIndex) const
2165 {
2166   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2167   //Returns the position of the match in the fMatchedClusterIndex array
2168   Float_t tmpR = fCutR;
2169   UInt_t pos = 999;
2170
2171   for(Int_t i=0; i<fMatchedClusterIndex->GetSize(); i++)
2172   {
2173     if(fMatchedClusterIndex->At(i)==clsIndex)
2174     {
2175       Float_t r = TMath::Sqrt(fResidualEta->At(i)*fResidualEta->At(i) + fResidualPhi->At(i)*fResidualPhi->At(i));
2176       if(r<tmpR)
2177       {
2178         pos=i;
2179         tmpR=r;
2180         AliDebug(3,Form("Matched cluster index: index: %d, dEta: %2.4f, dPhi: %2.4f.\n",
2181                         fMatchedClusterIndex->At(i),fResidualEta->At(i),fResidualPhi->At(i)));
2182       }
2183     }
2184   }
2185   return pos;
2186 }
2187
2188 //____________________________________________________________________
2189 UInt_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedPosForTrack(Int_t trkIndex) const
2190 {
2191   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2192   //Returns the position of the match in the fMatchedTrackIndex array
2193   Float_t tmpR = fCutR;
2194   UInt_t pos = 999;
2195
2196   for(Int_t i=0; i<fMatchedTrackIndex->GetSize(); i++)
2197   {
2198     if(fMatchedTrackIndex->At(i)==trkIndex)
2199     {
2200       Float_t r = TMath::Sqrt(fResidualEta->At(i)*fResidualEta->At(i) + fResidualPhi->At(i)*fResidualPhi->At(i));
2201       if(r<tmpR)
2202       {
2203         pos=i;
2204         tmpR=r;
2205         AliDebug(3,Form("Matched track index: index: %d, dEta: %2.4f, dPhi: %2.4f.\n",
2206                         fMatchedTrackIndex->At(i),fResidualEta->At(i),fResidualPhi->At(i)));
2207       }
2208     }
2209   }
2210   return pos;
2211 }
2212
2213 //__________________________________________________________________________
2214 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsGoodCluster(AliVCluster *cluster,
2215                                         const AliEMCALGeometry *geom,
2216                                         AliVCaloCells* cells,const Int_t bc)
2217 {
2218   // check if the cluster survives some quality cut
2219   //
2220   //
2221   Bool_t isGood=kTRUE;
2222
2223   if(!cluster || !cluster->IsEMCAL())              return kFALSE;
2224
2225   if(ClusterContainsBadChannel(geom,cluster->GetCellsAbsId(),cluster->GetNCells())) return kFALSE;
2226
2227   if(!CheckCellFiducialRegion(geom,cluster,cells)) return kFALSE;
2228
2229   if(IsExoticCluster(cluster, cells,bc))           return kFALSE;
2230
2231   return isGood;
2232 }
2233
2234 //__________________________________________________________
2235 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsAccepted(AliESDtrack *esdTrack)
2236 {
2237   // Given a esd track, return whether the track survive all the cuts
2238
2239   // The different quality parameter are first
2240   // retrieved from the track. then it is found out what cuts the
2241   // track did not survive and finally the cuts are imposed.
2242
2243   UInt_t status = esdTrack->GetStatus();
2244
2245   Int_t nClustersITS = esdTrack->GetITSclusters(0);
2246   Int_t nClustersTPC = esdTrack->GetTPCclusters(0);
2247
2248   Float_t chi2PerClusterITS = -1;
2249   Float_t chi2PerClusterTPC = -1;
2250   if (nClustersITS!=0)
2251     chi2PerClusterITS = esdTrack->GetITSchi2()/Float_t(nClustersITS);
2252   if (nClustersTPC!=0)
2253     chi2PerClusterTPC = esdTrack->GetTPCchi2()/Float_t(nClustersTPC);
2254
2255
2256   //DCA cuts
2257   if(fTrackCutsType==kGlobalCut)
2258     {
2259       Float_t maxDCAToVertexXYPtDep = 0.0182 + 0.0350/TMath::Power(esdTrack->Pt(),1.01); //This expression comes from AliESDtrackCuts::GetStandardITSTPCTrackCuts2010()
2260       //AliDebug(3,Form("Track pT = %f, DCAtoVertexXY = %f",esdTrack->Pt(),MaxDCAToVertexXYPtDep));
2261       SetMaxDCAToVertexXY(maxDCAToVertexXYPtDep); //Set pT dependent DCA cut to vertex in x-y plane
2262     }
2263
2264
2265   Float_t b[2];
2266   Float_t bCov[3];
2267   esdTrack->GetImpactParameters(b,bCov);
2268   if (bCov[0]<=0 || bCov[2]<=0)
2269   {
2270     AliDebug(1, "Estimated b resolution lower or equal zero!");
2271     bCov[0]=0; bCov[2]=0;
2272   }
2273
2274   Float_t dcaToVertexXY = b[0];
2275   Float_t dcaToVertexZ = b[1];
2276   Float_t dcaToVertex = -1;
2277
2278   if (fCutDCAToVertex2D)
2279     dcaToVertex = TMath::Sqrt(dcaToVertexXY*dcaToVertexXY/fCutMaxDCAToVertexXY/fCutMaxDCAToVertexXY + dcaToVertexZ*dcaToVertexZ/fCutMaxDCAToVertexZ/fCutMaxDCAToVertexZ);
2280   else
2281     dcaToVertex = TMath::Sqrt(dcaToVertexXY*dcaToVertexXY + dcaToVertexZ*dcaToVertexZ);
2282
2283   // cut the track?
2284
2285   Bool_t cuts[kNCuts];
2286   for (Int_t i=0; i<kNCuts; i++) cuts[i]=kFALSE;
2287
2288   // track quality cuts
2289   if (fCutRequireTPCRefit && (status&AliESDtrack::kTPCrefit)==0)
2290     cuts[0]=kTRUE;
2291   if (fCutRequireITSRefit && (status&AliESDtrack::kITSrefit)==0)
2292     cuts[1]=kTRUE;
2293   if (nClustersTPC<fCutMinNClusterTPC)
2294     cuts[2]=kTRUE;
2295   if (nClustersITS<fCutMinNClusterITS)
2296     cuts[3]=kTRUE;
2297   if (chi2PerClusterTPC>fCutMaxChi2PerClusterTPC)
2298     cuts[4]=kTRUE;
2299   if (chi2PerClusterITS>fCutMaxChi2PerClusterITS)
2300     cuts[5]=kTRUE;
2301   if (!fCutAcceptKinkDaughters && esdTrack->GetKinkIndex(0)>0)
2302     cuts[6]=kTRUE;
2303   if (fCutDCAToVertex2D && dcaToVertex > 1)
2304     cuts[7] = kTRUE;
2305   if (!fCutDCAToVertex2D && TMath::Abs(dcaToVertexXY) > fCutMaxDCAToVertexXY)
2306     cuts[8] = kTRUE;
2307   if (!fCutDCAToVertex2D && TMath::Abs(dcaToVertexZ) > fCutMaxDCAToVertexZ)
2308     cuts[9] = kTRUE;
2309
2310   if(fTrackCutsType==kGlobalCut)
2311     {
2312       //Require at least one SPD point + anything else in ITS
2313       if( (esdTrack->HasPointOnITSLayer(0) || esdTrack->HasPointOnITSLayer(1)) == kFALSE)
2314   cuts[10] = kTRUE;
2315     }
2316
2317   Bool_t cut=kFALSE;
2318   for (Int_t i=0; i<kNCuts; i++)
2319     if (cuts[i]) { cut = kTRUE ; }
2320
2321     // cut the track
2322   if (cut)
2323     return kFALSE;
2324   else
2325     return kTRUE;
2326 }
2327
2328 //_____________________________________
2329 void AliEMCALRecoUtils::InitTrackCuts()
2330 {
2331   //Intilize the track cut criteria
2332   //By default these cuts are set according to AliESDtrackCuts::GetStandardTPCOnlyTrackCuts()
2333   //Also you can customize the cuts using the setters
2334
2335   switch (fTrackCutsType)
2336   {
2337     case kTPCOnlyCut:
2338     {
2339       AliInfo(Form("Track cuts for matching: GetStandardTPCOnlyTrackCuts()"));
2340       //TPC
2341       SetMinNClustersTPC(70);
2342       SetMaxChi2PerClusterTPC(4);
2343       SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
2344       SetRequireTPCRefit(kFALSE);
2345
2346       //ITS
2347       SetRequireITSRefit(kFALSE);
2348       SetMaxDCAToVertexZ(3.2);
2349       SetMaxDCAToVertexXY(2.4);
2350       SetDCAToVertex2D(kTRUE);
2351
2352       break;
2353     }
2354
2355     case kGlobalCut:
2356     {
2357       AliInfo(Form("Track cuts for matching: GetStandardITSTPCTrackCuts2010(kTURE)"));
2358       //TPC
2359       SetMinNClustersTPC(70);
2360       SetMaxChi2PerClusterTPC(4);
2361       SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
2362       SetRequireTPCRefit(kTRUE);
2363
2364       //ITS
2365       SetRequireITSRefit(kTRUE);
2366       SetMaxDCAToVertexZ(2);
2367       SetMaxDCAToVertexXY();
2368       SetDCAToVertex2D(kFALSE);
2369
2370       break;
2371     }
2372
2373     case kLooseCut:
2374     {
2375       AliInfo(Form("Track cuts for matching: Loose cut w/o DCA cut"));
2376       SetMinNClustersTPC(50);
2377       SetAcceptKinkDaughters(kTRUE);
2378
2379       break;
2380     }
2381   }
2382 }
2383
2384
2385 //________________________________________________________________________
2386 void AliEMCALRecoUtils::SetClusterMatchedToTrack(const AliVEvent *event)
2387 {
2388   // Checks if tracks are matched to EMC clusters and set the matched EMCAL cluster index to ESD track.
2389
2390   Int_t nTracks = event->GetNumberOfTracks();
2391   for (Int_t iTrack = 0; iTrack < nTracks; ++iTrack)
2392   {
2393     AliVTrack* track = dynamic_cast<AliVTrack*>(event->GetTrack(iTrack));
2394     if (!track)
2395     {
2396       AliWarning(Form("Could not receive track %d", iTrack));
2397       continue;
2398     }
2399
2400     Int_t matchClusIndex = GetMatchedClusterIndex(iTrack);
2401     track->SetEMCALcluster(matchClusIndex); //sets -1 if track not matched within residual
2402     /*the following can be done better if AliVTrack::SetStatus will be there. Patch pending with Andreas/Peter*/
2403     AliESDtrack* esdtrack = dynamic_cast<AliESDtrack*>(track);
2404     if (esdtrack) {
2405       if(matchClusIndex != -1)
2406         esdtrack->SetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2407       else
2408         esdtrack->ResetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2409     } else {
2410       AliAODTrack* aodtrack = dynamic_cast<AliAODTrack*>(track);
2411       if(matchClusIndex != -1)
2412         aodtrack->SetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2413       else
2414         aodtrack->ResetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2415     }
2416
2417   }
2418   AliDebug(2,"Track matched to closest cluster");
2419 }
2420
2421 //_________________________________________________________________________
2422 void AliEMCALRecoUtils::SetTracksMatchedToCluster(const AliVEvent *event)
2423 {
2424   // Checks if EMC clusters are matched to ESD track.
2425   // Adds track indexes of all the tracks matched to a cluster withing residuals in ESDCalocluster.
2426
2427   for (Int_t iClus=0; iClus < event->GetNumberOfCaloClusters(); ++iClus)
2428   {
2429     AliVCluster *cluster = event->GetCaloCluster(iClus);
2430     if (!cluster->IsEMCAL())
2431       continue;
2432
2433     Int_t nTracks = event->GetNumberOfTracks();
2434     TArrayI arrayTrackMatched(nTracks);
2435
2436     // Get the closest track matched to the cluster
2437     Int_t nMatched = 0;
2438     Int_t matchTrackIndex = GetMatchedTrackIndex(iClus);
2439     if (matchTrackIndex != -1)
2440     {
2441       arrayTrackMatched[nMatched] = matchTrackIndex;
2442       nMatched++;
2443     }
2444
2445     // Get all other tracks matched to the cluster
2446     for(Int_t iTrk=0; iTrk<nTracks; ++iTrk)
2447     {
2448       AliVTrack* track = dynamic_cast<AliVTrack*>(event->GetTrack(iTrk));
2449       if(iTrk == matchTrackIndex) continue;
2450       if(track->GetEMCALcluster() == iClus)
2451       {
2452         arrayTrackMatched[nMatched] = iTrk;
2453         ++nMatched;
2454       }
2455     }
2456
2457     //printf("Tender::SetTracksMatchedToCluster - cluster E %f, N matches %d, first match %d\n",cluster->E(),nMatched,arrayTrackMatched[0]);
2458
2459     arrayTrackMatched.Set(nMatched);
2460     AliESDCaloCluster *esdcluster = dynamic_cast<AliESDCaloCluster*>(cluster);
2461     if (esdcluster)
2462       esdcluster->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
2463     else if (nMatched>0) {
2464       AliAODCaloCluster *aodcluster = dynamic_cast<AliAODCaloCluster*>(cluster);
2465       if (aodcluster)
2466         aodcluster->AddTrackMatched(event->GetTrack(arrayTrackMatched.At(0)));
2467     }
2468
2469     Float_t eta= -999, phi = -999;
2470     if (matchTrackIndex != -1)
2471       GetMatchedResiduals(iClus, eta, phi);
2472     cluster->SetTrackDistance(phi, eta);
2473   }
2474
2475   AliDebug(2,"Cluster matched to tracks");
2476 }
2477
2478 //___________________________________________________
2479 void AliEMCALRecoUtils::Print(const Option_t *) const
2480 {
2481   // Print Parameters
2482
2483   printf("AliEMCALRecoUtils Settings: \n");
2484   printf("Misalignment shifts\n");
2485   for(Int_t i=0; i<5; i++) printf("\t sector %d, traslation (x,y,z)=(%f,%f,%f), rotation (x,y,z)=(%f,%f,%f)\n",i,
2486                                   fMisalTransShift[i*3],fMisalTransShift[i*3+1],fMisalTransShift[i*3+2],
2487                                   fMisalRotShift[i*3],  fMisalRotShift[i*3+1],  fMisalRotShift[i*3+2]   );
2488   printf("Non linearity function %d, parameters:\n", fNonLinearityFunction);
2489   for(Int_t i=0; i<6; i++) printf("param[%d]=%f\n",i, fNonLinearityParams[i]);
2490
2491   printf("Position Recalculation option %d, Particle Type %d, fW0 %2.2f, Recalibrate Data %d \n",fPosAlgo,fParticleType,fW0, fRecalibration);
2492
2493   printf("Matching criteria: ");
2494   if(fCutEtaPhiSum)
2495     {
2496       printf("sqrt(dEta^2+dPhi^2)<%4.3f\n",fCutR);
2497     }
2498   else if(fCutEtaPhiSeparate)
2499     {
2500       printf("dEta<%4.3f, dPhi<%4.3f\n",fCutEta,fCutPhi);
2501     }
2502   else
2503     {
2504       printf("Error\n");
2505       printf("please specify your cut criteria\n");
2506       printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
2507       printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
2508     }
2509
2510   printf("Mass hypothesis = %2.3f [GeV/c^2], extrapolation step to surface = %2.2f[cm], step to cluster = %2.2f[cm]\n",fMass,fStepSurface, fStepCluster);
2511   printf("Cluster selection window: dR < %2.0f\n",fClusterWindow);
2512
2513   printf("Track cuts: \n");
2514   printf("Minimum track pT: %1.2f\n",fCutMinTrackPt);
2515   printf("AOD track selection mask: %d\n",fAODFilterMask);
2516   printf("TPCRefit = %d, ITSRefit = %d\n",fCutRequireTPCRefit,fCutRequireITSRefit);
2517   printf("AcceptKinks = %d\n",fCutAcceptKinkDaughters);
2518   printf("MinNCulsterTPC = %d, MinNClusterITS = %d\n",fCutMinNClusterTPC,fCutMinNClusterITS);
2519   printf("MaxChi2TPC = %2.2f, MaxChi2ITS = %2.2f\n",fCutMaxChi2PerClusterTPC,fCutMaxChi2PerClusterITS);
2520   printf("DCSToVertex2D = %d, MaxDCAToVertexXY = %2.2f, MaxDCAToVertexZ = %2.2f\n",fCutDCAToVertex2D,fCutMaxDCAToVertexXY,fCutMaxDCAToVertexZ);
2521 }
2522