EMCAL/AliEMCALRecoUtils.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id: AliEMCALRecoUtils.cxx 33808 2009-07-15 09:48:08Z gconesab $ */
  17
  18 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  19 //
  20 // Class AliEMCALRecoUtils
  21 // Some utilities to recalculate the cluster position or energy linearity
  22 //
  23 //
  24 // Author:  Gustavo Conesa (LPSC- Grenoble)
  25 //          Track matching part: Rongrong Ma (Yale)
  26
  27 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  28 // --- standard c ---
  29
  30 // standard C++ includes
  31 //#include <Riostream.h>
  32
  33 // ROOT includes
  34 #include <TGeoManager.h>
  35 #include <TGeoMatrix.h>
  36 #include <TGeoBBox.h>
  37 #include <TH2F.h>
  38 #include <TArrayI.h>
  39 #include <TArrayF.h>
  40 #include <TObjArray.h>
  41
  42 // STEER includes
  43 #include "AliVCluster.h"
  44 #include "AliVCaloCells.h"
  45 #include "AliLog.h"
  46 #include "AliPID.h"
  47 #include "AliESDEvent.h"
  48 #include "AliAODEvent.h"
  49 #include "AliESDtrack.h"
  50 #include "AliAODTrack.h"
  51 #include "AliExternalTrackParam.h"
  52 #include "AliESDfriendTrack.h"
  53 #include "AliTrackerBase.h"
  54
  55 // EMCAL includes
  56 #include "AliEMCALRecoUtils.h"
  57 #include "AliEMCALGeometry.h"
  58 #include "AliTrackerBase.h"
  59 #include "AliEMCALPIDUtils.h"
  60
  61 ClassImp(AliEMCALRecoUtils)
  62
  63 //_____________________________________
  64 AliEMCALRecoUtils::AliEMCALRecoUtils():
  65   fParticleType(0),                       fPosAlgo(0),                            fW0(0),
  66   fNonLinearityFunction(0),               fNonLinearThreshold(0),
  67   fSmearClusterEnergy(kFALSE),            fRandom(),
  68   fCellsRecalibrated(kFALSE),             fRecalibration(kFALSE),                 fEMCALRecalibrationFactors(),
  69   fTimeRecalibration(kFALSE),             fEMCALTimeRecalibrationFactors(),       fUseRunCorrectionFactors(kFALSE),
  70   fRemoveBadChannels(kFALSE),             fRecalDistToBadChannels(kFALSE),        fEMCALBadChannelMap(),
  71   fNCellsFromEMCALBorder(0),              fNoEMCALBorderAtEta0(kTRUE),
  72   fRejectExoticCluster(kFALSE),           fRejectExoticCells(kFALSE),
  73   fExoticCellFraction(0),                 fExoticCellDiffTime(0),                 fExoticCellMinAmplitude(0),
  74   fPIDUtils(),                            fAODFilterMask(0),
  75   fAODHybridTracks(0),                    fAODTPCOnlyTracks(0),
  76   fMatchedTrackIndex(0x0),                fMatchedClusterIndex(0x0),
  77   fResidualEta(0x0), fResidualPhi(0x0),   fCutEtaPhiSum(kFALSE),                  fCutEtaPhiSeparate(kFALSE),
  78   fCutR(0),                               fCutEta(0),                             fCutPhi(0),
  79   fClusterWindow(0),                      fMass(0),
  80   fStepSurface(0),                        fStepCluster(0),
  81   fITSTrackSA(kFALSE),                    fEMCalSurfaceDistance(430.),
  82   fTrackCutsType(0),                      fCutMinTrackPt(0),                      fCutMinNClusterTPC(0),
  83   fCutMinNClusterITS(0),                  fCutMaxChi2PerClusterTPC(0),            fCutMaxChi2PerClusterITS(0),
  84   fCutRequireTPCRefit(kFALSE),            fCutRequireITSRefit(kFALSE),            fCutAcceptKinkDaughters(kFALSE),
  85   fCutMaxDCAToVertexXY(0),                fCutMaxDCAToVertexZ(0),                 fCutDCAToVertex2D(kFALSE),
  86   fCutRequireITSStandAlone(kFALSE),       fCutRequireITSpureSA(kFALSE)
  87 {
  88 //
  89   // Constructor.
  90   // Initialize all constant values which have to be used
  91   // during Reco algorithm execution
  92   //
  93
  94   // Init parameters
  95   InitParameters();
  96
  97   //Track matching
  98   fMatchedTrackIndex     = new TArrayI();
  99   fMatchedClusterIndex   = new TArrayI();
 100   fResidualPhi           = new TArrayF();
 101   fResidualEta           = new TArrayF();
 102   fPIDUtils              = new AliEMCALPIDUtils();
 103
 104 }
 105
 106 //______________________________________________________________________
 107 AliEMCALRecoUtils::AliEMCALRecoUtils(const AliEMCALRecoUtils & reco)
 108 : TNamed(reco),
 109   fParticleType(reco.fParticleType),                         fPosAlgo(reco.fPosAlgo),     fW0(reco.fW0),
 110   fNonLinearityFunction(reco.fNonLinearityFunction),         fNonLinearThreshold(reco.fNonLinearThreshold),
 111   fSmearClusterEnergy(reco.fSmearClusterEnergy),             fRandom(),
 112   fCellsRecalibrated(reco.fCellsRecalibrated),
 113   fRecalibration(reco.fRecalibration),                       fEMCALRecalibrationFactors(reco.fEMCALRecalibrationFactors),
 114   fTimeRecalibration(reco.fTimeRecalibration),               fEMCALTimeRecalibrationFactors(reco.fEMCALTimeRecalibrationFactors),
 115   fUseRunCorrectionFactors(reco.fUseRunCorrectionFactors),
 116   fRemoveBadChannels(reco.fRemoveBadChannels),               fRecalDistToBadChannels(reco.fRecalDistToBadChannels),
 117   fEMCALBadChannelMap(reco.fEMCALBadChannelMap),
 118   fNCellsFromEMCALBorder(reco.fNCellsFromEMCALBorder),       fNoEMCALBorderAtEta0(reco.fNoEMCALBorderAtEta0),
 119   fRejectExoticCluster(reco.fRejectExoticCluster),           fRejectExoticCells(reco.fRejectExoticCells),
 120   fExoticCellFraction(reco.fExoticCellFraction),             fExoticCellDiffTime(reco.fExoticCellDiffTime),
 121   fExoticCellMinAmplitude(reco.fExoticCellMinAmplitude),
 122   fPIDUtils(reco.fPIDUtils),                                 fAODFilterMask(reco.fAODFilterMask),
 123   fAODHybridTracks(reco.fAODHybridTracks),                   fAODTPCOnlyTracks(reco.fAODTPCOnlyTracks),
 124   fMatchedTrackIndex(  reco.fMatchedTrackIndex?  new TArrayI(*reco.fMatchedTrackIndex):0x0),
 125   fMatchedClusterIndex(reco.fMatchedClusterIndex?new TArrayI(*reco.fMatchedClusterIndex):0x0),
 126   fResidualEta(        reco.fResidualEta?        new TArrayF(*reco.fResidualEta):0x0),
 127   fResidualPhi(        reco.fResidualPhi?        new TArrayF(*reco.fResidualPhi):0x0),
 128   fCutEtaPhiSum(reco.fCutEtaPhiSum),                         fCutEtaPhiSeparate(reco.fCutEtaPhiSeparate),
 129   fCutR(reco.fCutR),        fCutEta(reco.fCutEta),           fCutPhi(reco.fCutPhi),
 130   fClusterWindow(reco.fClusterWindow),
 131   fMass(reco.fMass),        fStepSurface(reco.fStepSurface), fStepCluster(reco.fStepCluster),
 132   fITSTrackSA(reco.fITSTrackSA),                             fEMCalSurfaceDistance(430.),
 133   fTrackCutsType(reco.fTrackCutsType),                       fCutMinTrackPt(reco.fCutMinTrackPt),
 134   fCutMinNClusterTPC(reco.fCutMinNClusterTPC),               fCutMinNClusterITS(reco.fCutMinNClusterITS),
 135   fCutMaxChi2PerClusterTPC(reco.fCutMaxChi2PerClusterTPC),   fCutMaxChi2PerClusterITS(reco.fCutMaxChi2PerClusterITS),
 136   fCutRequireTPCRefit(reco.fCutRequireTPCRefit),             fCutRequireITSRefit(reco.fCutRequireITSRefit),
 137   fCutAcceptKinkDaughters(reco.fCutAcceptKinkDaughters),     fCutMaxDCAToVertexXY(reco.fCutMaxDCAToVertexXY),
 138   fCutMaxDCAToVertexZ(reco.fCutMaxDCAToVertexZ),             fCutDCAToVertex2D(reco.fCutDCAToVertex2D),
 139   fCutRequireITSStandAlone(reco.fCutRequireITSStandAlone),   fCutRequireITSpureSA(reco.fCutRequireITSpureSA)
 140 {
 141   //Copy ctor
 142
 143   for(Int_t i = 0; i < 15 ; i++) { fMisalRotShift[i]      = reco.fMisalRotShift[i]      ;
 144                                    fMisalTransShift[i]    = reco.fMisalTransShift[i]    ; }
 145   for(Int_t i = 0; i < 7  ; i++) { fNonLinearityParams[i] = reco.fNonLinearityParams[i] ; }
 146   for(Int_t i = 0; i < 3  ; i++) { fSmearClusterParam[i]  = reco.fSmearClusterParam[i]  ; }
 147
 148 }
 149
 150
 151 //______________________________________________________________________
 152 AliEMCALRecoUtils & AliEMCALRecoUtils::operator = (const AliEMCALRecoUtils & reco)
 153 {
 154   //Assignment operator
 155
 156   if(this == &reco)return *this;
 157   ((TNamed *)this)->operator=(reco);
 158
 159   for(Int_t i = 0; i < 15 ; i++) { fMisalTransShift[i]    = reco.fMisalTransShift[i]    ;
 160                                    fMisalRotShift[i]      = reco.fMisalRotShift[i]      ; }
 161   for(Int_t i = 0; i < 7  ; i++) { fNonLinearityParams[i] = reco.fNonLinearityParams[i] ; }
 162   for(Int_t i = 0; i < 3  ; i++) { fSmearClusterParam[i]  = reco.fSmearClusterParam[i]  ; }
 163
 164   fParticleType              = reco.fParticleType;
 165   fPosAlgo                   = reco.fPosAlgo;
 166   fW0                        = reco.fW0;
 167
 168   fNonLinearityFunction      = reco.fNonLinearityFunction;
 169   fNonLinearThreshold        = reco.fNonLinearThreshold;
 170   fSmearClusterEnergy        = reco.fSmearClusterEnergy;
 171
 172   fCellsRecalibrated         = reco.fCellsRecalibrated;
 173   fRecalibration             = reco.fRecalibration;
 174   fEMCALRecalibrationFactors = reco.fEMCALRecalibrationFactors;
 175
 176   fTimeRecalibration             = reco.fTimeRecalibration;
 177   fEMCALTimeRecalibrationFactors = reco.fEMCALTimeRecalibrationFactors;
 178
 179   fUseRunCorrectionFactors   = reco.fUseRunCorrectionFactors;
 180
 181   fRemoveBadChannels         = reco.fRemoveBadChannels;
 182   fRecalDistToBadChannels    = reco.fRecalDistToBadChannels;
 183   fEMCALBadChannelMap        = reco.fEMCALBadChannelMap;
 184
 185   fNCellsFromEMCALBorder     = reco.fNCellsFromEMCALBorder;
 186   fNoEMCALBorderAtEta0       = reco.fNoEMCALBorderAtEta0;
 187
 188   fRejectExoticCluster       = reco.fRejectExoticCluster;
 189   fRejectExoticCells         = reco.fRejectExoticCells;
 190   fExoticCellFraction        = reco.fExoticCellFraction;
 191   fExoticCellDiffTime        = reco.fExoticCellDiffTime;
 192   fExoticCellMinAmplitude    = reco.fExoticCellMinAmplitude;
 193
 194   fPIDUtils                  = reco.fPIDUtils;
 195
 196   fAODFilterMask             = reco.fAODFilterMask;
 197   fAODHybridTracks           = reco.fAODHybridTracks;
 198   fAODTPCOnlyTracks          = reco.fAODTPCOnlyTracks;
 199
 200   fCutEtaPhiSum              = reco.fCutEtaPhiSum;
 201   fCutEtaPhiSeparate         = reco.fCutEtaPhiSeparate;
 202   fCutR                      = reco.fCutR;
 203   fCutEta                    = reco.fCutEta;
 204   fCutPhi                    = reco.fCutPhi;
 205   fClusterWindow             = reco.fClusterWindow;
 206   fMass                      = reco.fMass;
 207   fStepSurface               = reco.fStepSurface;
 208   fStepCluster               = reco.fStepCluster;
 209   fITSTrackSA                = reco.fITSTrackSA;
 210   fEMCalSurfaceDistance      = reco.fEMCalSurfaceDistance;
 211
 212   fTrackCutsType             = reco.fTrackCutsType;
 213   fCutMinTrackPt             = reco.fCutMinTrackPt;
 214   fCutMinNClusterTPC         = reco.fCutMinNClusterTPC;
 215   fCutMinNClusterITS         = reco.fCutMinNClusterITS;
 216   fCutMaxChi2PerClusterTPC   = reco.fCutMaxChi2PerClusterTPC;
 217   fCutMaxChi2PerClusterITS   = reco.fCutMaxChi2PerClusterITS;
 218   fCutRequireTPCRefit        = reco.fCutRequireTPCRefit;
 219   fCutRequireITSRefit        = reco.fCutRequireITSRefit;
 220   fCutAcceptKinkDaughters    = reco.fCutAcceptKinkDaughters;
 221   fCutMaxDCAToVertexXY       = reco.fCutMaxDCAToVertexXY;
 222   fCutMaxDCAToVertexZ        = reco.fCutMaxDCAToVertexZ;
 223   fCutDCAToVertex2D          = reco.fCutDCAToVertex2D;
 224   fCutRequireITSStandAlone   = reco.fCutRequireITSStandAlone;
 225   fCutRequireITSpureSA       = reco.fCutRequireITSpureSA;
 226   if(reco.fResidualEta)
 227   {
 228     // assign or copy construct
 229     if(fResidualEta)
 230     {
 231       *fResidualEta = *reco.fResidualEta;
 232     }
 233     else
 234     {
 235       fResidualEta = new TArrayF(*reco.fResidualEta);
 236     }
 237   }
 238   else
 239   {
 240     if(fResidualEta)delete fResidualEta;
 241     fResidualEta = 0;
 242   }
 243
 244   if(reco.fResidualPhi)
 245   {
 246     // assign or copy construct
 247     if(fResidualPhi)
 248     {
 249       *fResidualPhi = *reco.fResidualPhi;
 250     }
 251     else
 252     {
 253       fResidualPhi = new TArrayF(*reco.fResidualPhi);
 254     }
 255   }
 256   else
 257   {
 258     if(fResidualPhi)delete fResidualPhi;
 259     fResidualPhi = 0;
 260   }
 261
 262   if(reco.fMatchedTrackIndex)
 263   {
 264     // assign or copy construct
 265     if(fMatchedTrackIndex)
 266     {
 267       *fMatchedTrackIndex = *reco.fMatchedTrackIndex;
 268     }
 269     else
 270     {
 271       fMatchedTrackIndex = new TArrayI(*reco.fMatchedTrackIndex);
 272     }
 273   }
 274   else
 275   {
 276     if(fMatchedTrackIndex)delete fMatchedTrackIndex;
 277     fMatchedTrackIndex = 0;
 278   }
 279
 280   if(reco.fMatchedClusterIndex)
 281   {
 282     // assign or copy construct
 283     if(fMatchedClusterIndex)
 284     {
 285       *fMatchedClusterIndex = *reco.fMatchedClusterIndex;
 286     }
 287     else
 288     {
 289       fMatchedClusterIndex = new TArrayI(*reco.fMatchedClusterIndex);
 290     }
 291   }
 292   else
 293   {
 294     if(fMatchedClusterIndex)delete fMatchedClusterIndex;
 295     fMatchedClusterIndex = 0;
 296   }
 297
 298   return *this;
 299 }
 300
 301
 302 //_____________________________________
 303 AliEMCALRecoUtils::~AliEMCALRecoUtils()
 304 {
 305   //Destructor.
 306
 307   if(fEMCALRecalibrationFactors)
 308   {
 309     fEMCALRecalibrationFactors->Clear();
 310     delete fEMCALRecalibrationFactors;
 311   }
 312
 313   if(fEMCALTimeRecalibrationFactors)
 314   {
 315     fEMCALTimeRecalibrationFactors->Clear();
 316     delete fEMCALTimeRecalibrationFactors;
 317   }
 318
 319   if(fEMCALBadChannelMap)
 320   {
 321     fEMCALBadChannelMap->Clear();
 322     delete fEMCALBadChannelMap;
 323   }
 324
 325   delete fMatchedTrackIndex   ;
 326   delete fMatchedClusterIndex ;
 327   delete fResidualEta         ;
 328   delete fResidualPhi         ;
 329   delete fPIDUtils            ;
 330
 331   InitTrackCuts();
 332 }
 333
 334 //_______________________________________________________________________________
 335 Bool_t AliEMCALRecoUtils::AcceptCalibrateCell(const Int_t absID, const Int_t bc,
 336                                               Float_t  & amp,    Double_t & time,
 337                                               AliVCaloCells* cells)
 338 {
 339   // Reject cell if criteria not passed and calibrate it
 340
 341   AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
 342
 343   if(absID < 0 || absID >= 24*48*geom->GetNumberOfSuperModules()) return kFALSE;
 344
 345   Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 346
 347   if(!geom->GetCellIndex(absID,imod,iTower,iIphi,iIeta))
 348   {
 349     // cell absID does not exist
 350     amp=0; time = 1.e9;
 351     return kFALSE;
 352   }
 353
 354   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 355
 356   // Do not include bad channels found in analysis,
 357   if( IsBadChannelsRemovalSwitchedOn() && GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi))
 358   {
 359     return kFALSE;
 360   }
 361
 362   //Recalibrate energy
 363   amp  = cells->GetCellAmplitude(absID);
 364   if(!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn())
 365     amp *= GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi);
 366
 367
 368   // Recalibrate time
 369   time = cells->GetCellTime(absID);
 370
 371   RecalibrateCellTime(absID,bc,time);
 372
 373   return kTRUE;
 374 }
 375
 376 //_____________________________________________________________________________
 377 Bool_t AliEMCALRecoUtils::CheckCellFiducialRegion(const AliEMCALGeometry* geom,
 378                                                   const AliVCluster* cluster,
 379                                                   AliVCaloCells* cells)
 380 {
 381   // Given the list of AbsId of the cluster, get the maximum cell and
 382   // check if there are fNCellsFromBorder from the calorimeter border
 383
 384   if(!cluster)
 385   {
 386     AliInfo("Cluster pointer null!");
 387     return kFALSE;
 388   }
 389
 390   //If the distance to the border is 0 or negative just exit accept all clusters
 391   if(cells->GetType()==AliVCaloCells::kEMCALCell && fNCellsFromEMCALBorder <= 0 ) return kTRUE;
 392
 393   Int_t absIdMax  = -1, iSM =-1, ieta = -1, iphi = -1;
 394   Bool_t shared = kFALSE;
 395   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absIdMax,  iSM, ieta, iphi, shared);
 396
 397   AliDebug(2,Form("Cluster Max AbsId %d, Cell Energy %2.2f, Cluster Energy %2.2f, Ncells from border %d, EMCAL eta=0 %d\n",
 398                   absIdMax, cells->GetCellAmplitude(absIdMax), cluster->E(), fNCellsFromEMCALBorder, fNoEMCALBorderAtEta0));
 399
 400   if(absIdMax==-1) return kFALSE;
 401
 402   //Check if the cell is close to the borders:
 403   Bool_t okrow = kFALSE;
 404   Bool_t okcol = kFALSE;
 405
 406   if(iSM < 0 || iphi < 0 || ieta < 0 )
 407   {
 408     AliFatal(Form("Negative value for super module: %d, or cell ieta: %d, or cell iphi: %d, check EMCAL geometry name\n",
 409                   iSM,ieta,iphi));
 410   }
 411
 412   //Check rows/phi
 413   if(iSM < 10)
 414   {
 415     if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < 24-fNCellsFromEMCALBorder) okrow =kTRUE;
 416   }
 417   else if (iSM >=10 && ( ( geom->GetEMCGeometry()->GetGeoName()).Contains("12SMV1")))
 418   {
 419     if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < 8-fNCellsFromEMCALBorder) okrow =kTRUE; //1/3 sm case
 420   }
 421   else
 422   {
 423     if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < 12-fNCellsFromEMCALBorder) okrow =kTRUE; // half SM case
 424   }
 425
 426   //Check columns/eta
 427   if(!fNoEMCALBorderAtEta0)
 428   {
 429     if(ieta  > fNCellsFromEMCALBorder && ieta < 48-fNCellsFromEMCALBorder) okcol =kTRUE;
 430   }
 431   else
 432   {
 433     if(iSM%2==0)
 434     {
 435       if(ieta >= fNCellsFromEMCALBorder)     okcol = kTRUE;
 436     }
 437     else
 438     {
 439       if(ieta <  48-fNCellsFromEMCALBorder)  okcol = kTRUE;
 440     }
 441   }//eta 0 not checked
 442
 443   AliDebug(2,Form("EMCAL Cluster in %d cells fiducial volume: ieta %d, iphi %d, SM %d:  column? %d, row? %d\nq",
 444                   fNCellsFromEMCALBorder, ieta, iphi, iSM, okcol, okrow));
 445
 446   if (okcol && okrow)
 447   {
 448     //printf("Accept\n");
 449     return kTRUE;
 450   }
 451   else
 452   {
 453     //printf("Reject\n");
 454     AliDebug(2,Form("Reject cluster in border, max cell : ieta %d, iphi %d, SM %d\n",ieta, iphi, iSM));
 455     return kFALSE;
 456   }
 457
 458 }
 459
 460
 461 //_______________________________________________________________________________
 462 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ClusterContainsBadChannel(const AliEMCALGeometry* geom,
 463                                                     const UShort_t* cellList,
 464                                                     const Int_t nCells)
 465 {
 466   // Check that in the cluster cells, there is no bad channel of those stored
 467   // in fEMCALBadChannelMap or fPHOSBadChannelMap
 468
 469   if(!fRemoveBadChannels)  return kFALSE;
 470   if(!fEMCALBadChannelMap) return kFALSE;
 471
 472   Int_t icol = -1;
 473   Int_t irow = -1;
 474   Int_t imod = -1;
 475   for(Int_t iCell = 0; iCell<nCells; iCell++)
 476   {
 477     //Get the column and row
 478     Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 479     geom->GetCellIndex(cellList[iCell],imod,iTower,iIphi,iIeta);
 480     if(fEMCALBadChannelMap->GetEntries() <= imod) continue;
 481     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);
 482     if(GetEMCALChannelStatus(imod, icol, irow))
 483     {
 484       AliDebug(2,Form("Cluster with bad channel: SM %d, col %d, row %d\n",imod, icol, irow));
 485       return kTRUE;
 486     }
 487
 488   }// cell cluster loop
 489
 490   return kFALSE;
 491 }
 492
 493
 494 //___________________________________________________________________________
 495 Float_t AliEMCALRecoUtils::GetECross(const Int_t absID, const Double_t tcell,
 496                                      AliVCaloCells* cells, const Int_t bc)
 497 {
 498   //Calculate the energy in the cross around the energy given cell
 499
 500   AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
 501
 502   Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 503   geom->GetCellIndex(absID,imod,iTower,iIphi,iIeta);
 504   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 505
 506   //Get close cells index, energy and time, not in corners
 507
 508   Int_t absID1 = -1;
 509   Int_t absID2 = -1;
 510
 511   if( iphi < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows-1) absID1 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi+1, ieta);
 512   if( iphi > 0 )                                absID2 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi-1, ieta);
 513
 514   // In case of cell in eta = 0 border, depending on SM shift the cross cell index
 515
 516   Int_t absID3 = -1;
 517   Int_t absID4 = -1;
 518
 519   if     ( ieta == AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1 && !(imod%2) )
 520   {
 521     absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod+1, iphi, 0);
 522     absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod,   iphi, ieta-1);
 523   }
 524   else if( ieta == 0 && imod%2 )
 525   {
 526     absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod,   iphi, ieta+1);
 527     absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod-1, iphi, AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1);
 528   }
 529   else
 530   {
 531     if( ieta < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1 )
 532       absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi, ieta+1);
 533     if( ieta > 0 )
 534       absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi, ieta-1);
 535   }
 536
 537   //printf("IMOD %d, AbsId %d, a %d, b %d, c %d e %d \n",imod,absID,absID1,absID2,absID3,absID4);
 538
 539   Float_t  ecell1  = 0, ecell2  = 0, ecell3  = 0, ecell4  = 0;
 540   Double_t tcell1  = 0, tcell2  = 0, tcell3  = 0, tcell4  = 0;
 541   Bool_t   accept1 = 0, accept2 = 0, accept3 = 0, accept4 = 0;
 542
 543   accept1 = AcceptCalibrateCell(absID1,bc, ecell1,tcell1,cells);
 544   accept2 = AcceptCalibrateCell(absID2,bc, ecell2,tcell2,cells);
 545   accept3 = AcceptCalibrateCell(absID3,bc, ecell3,tcell3,cells);
 546   accept4 = AcceptCalibrateCell(absID4,bc, ecell4,tcell4,cells);
 547
 548   /*
 549    printf("Cell absID %d \n",absID);
 550    printf("\t  accept1 %d, accept2 %d, accept3 %d, accept4 %d\n",
 551    accept1,accept2,accept3,accept4);
 552    printf("\t id %d: id1 %d, id2 %d, id3 %d, id4 %d\n",
 553    absID,absID1,absID2,absID3,absID4);
 554    printf("\t e %f: e1 %f, e2 %f, e3 %f, e4 %f\n",
 555    ecell,ecell1,ecell2,ecell3,ecell4);
 556    printf("\t t %f: t1 %f, t2 %f, t3 %f, t4 %f;\n dt1 %f, dt2 %f, dt3 %f, dt4 %f\n",
 557    tcell*1.e9,tcell1*1.e9,tcell2*1.e9,tcell3*1.e9,tcell4*1.e9,
 558    TMath::Abs(tcell-tcell1)*1.e9, TMath::Abs(tcell-tcell2)*1.e9, TMath::Abs(tcell-tcell3)*1.e9, TMath::Abs(tcell-tcell4)*1.e9);
 559    */
 560
 561   if(TMath::Abs(tcell-tcell1)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell1 = 0 ;
 562   if(TMath::Abs(tcell-tcell2)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell2 = 0 ;
 563   if(TMath::Abs(tcell-tcell3)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell3 = 0 ;
 564   if(TMath::Abs(tcell-tcell4)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell4 = 0 ;
 565
 566   return ecell1+ecell2+ecell3+ecell4;
 567
 568 }
 569
 570 //_____________________________________________________________________________________________
 571 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsExoticCell(const Int_t absID, AliVCaloCells* cells, const Int_t bc)
 572 {
 573   // Look to cell neighbourhood and reject if it seems exotic
 574   // Do before recalibrating the cells
 575
 576   if(!fRejectExoticCells) return kFALSE;
 577
 578   Float_t  ecell  = 0;
 579   Double_t tcell  = 0;
 580   Bool_t   accept = AcceptCalibrateCell(absID, bc, ecell ,tcell ,cells);
 581
 582   if(!accept) return kTRUE; // reject this cell
 583
 584   if(ecell < fExoticCellMinAmplitude) return kFALSE; // do not reject low energy cells
 585
 586   Float_t eCross = GetECross(absID,tcell,cells,bc);
 587
 588   if(1-eCross/ecell > fExoticCellFraction)
 589   {
 590     AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::IsExoticCell() - EXOTIC CELL id %d, eCell %f, eCross %f, 1-eCross/eCell %f\n",
 591                     absID,ecell,eCross,1-eCross/ecell));
 592     return kTRUE;
 593   }
 594
 595   return kFALSE;
 596 }
 597
 598 //___________________________________________________________________
 599 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsExoticCluster(const AliVCluster *cluster,
 600                                           AliVCaloCells *cells,
 601                                           const Int_t bc)
 602 {
 603   // Check if the cluster highest energy tower is exotic
 604
 605   if(!cluster)
 606   {
 607     AliInfo("Cluster pointer null!");
 608     return kFALSE;
 609   }
 610
 611   if(!fRejectExoticCluster) return kFALSE;
 612
 613   // Get highest energy tower
 614   AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
 615   Int_t iSupMod = -1, absId = -1, ieta = -1, iphi = -1;
 616   Bool_t shared = kFALSE;
 617   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absId, iSupMod, ieta, iphi, shared);
 618
 619   return IsExoticCell(absId,cells,bc);
 620
 621 }
 622
 623 //_______________________________________________________________________
 624 Float_t AliEMCALRecoUtils::SmearClusterEnergy(const AliVCluster* cluster)
 625 {
 626   //In case of MC analysis, smear energy to match resolution/calibration in real data
 627
 628   if(!cluster)
 629   {
 630     AliInfo("Cluster pointer null!");
 631     return 0;
 632   }
 633
 634   Float_t energy    = cluster->E() ;
 635   Float_t rdmEnergy = energy ;
 636   if(fSmearClusterEnergy)
 637   {
 638     rdmEnergy = fRandom.Gaus(energy,fSmearClusterParam[0] * TMath::Sqrt(energy) +
 639                                     fSmearClusterParam[1] * energy +
 640                                     fSmearClusterParam[2] );
 641     AliDebug(2, Form("Energy: original %f, smeared %f\n", energy, rdmEnergy));
 642   }
 643
 644   return rdmEnergy;
 645 }
 646
 647 //____________________________________________________________________________
 648 Float_t AliEMCALRecoUtils::CorrectClusterEnergyLinearity(AliVCluster* cluster)
 649 {
 650   // Correct cluster energy from non linearity functions
 651
 652   if(!cluster)
 653   {
 654     AliInfo("Cluster pointer null!");
 655     return 0;
 656   }
 657
 658   Float_t energy = cluster->E();
 659
 660   if(energy < 0.05)
 661   {
 662     // Clusters with less than 50 MeV or negative are not possible
 663     AliInfo(Form("Too Low Cluster energy!, E = %f < 0.05 GeV",energy));
 664     return 0;
 665   }
 666
 667   switch (fNonLinearityFunction)
 668   {
 669
 670     case kPi0MC:
 671     {
 672       //Non-Linearity correction (from MC with function ([0]*exp(-[1]/E))+(([2]/([3]*2.*TMath::Pi())*exp(-(E-[4])^2/(2.*[3]^2)))))
 673       //fNonLinearityParams[0] = 1.014;
 674       //fNonLinearityParams[1] =-0.03329;
 675       //fNonLinearityParams[2] =-0.3853;
 676       //fNonLinearityParams[3] = 0.5423;
 677       //fNonLinearityParams[4] =-0.4335;
 678        energy *= (fNonLinearityParams[0]*exp(-fNonLinearityParams[1]/energy))+
 679                   ((fNonLinearityParams[2]/(fNonLinearityParams[3]*2.*TMath::Pi())*
 680                     exp(-(energy-fNonLinearityParams[4])*(energy-fNonLinearityParams[4])/(2.*fNonLinearityParams[3]*fNonLinearityParams[3]))));
 681       break;
 682     }
 683
 684     case kPi0MCv2:
 685     {
 686       //Non-Linearity correction (from MC with function [0]/((x+[1])^[2]))+1;
 687       //fNonLinearityParams[0] = 3.11111e-02;
 688       //fNonLinearityParams[1] =-5.71666e-02;
 689       //fNonLinearityParams[2] = 5.67995e-01;
 690
 691       energy *= fNonLinearityParams[0]/TMath::Power(energy+fNonLinearityParams[1],fNonLinearityParams[2])+1;
 692       break;
 693     }
 694
 695     case kPi0MCv3:
 696     {
 697       //Same as beam test corrected, change parameters
 698       //fNonLinearityParams[0] =  9.81039e-01
 699       //fNonLinearityParams[1] =  1.13508e-01;
 700       //fNonLinearityParams[2] =  1.00173e+00;
 701       //fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
 702       //fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
 703       //fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
 704       //fNonLinearityParams[6] =  1;
 705       energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
 706
 707       break;
 708     }
 709
 710
 711     case kPi0GammaGamma:
 712     {
 713       //Non-Linearity correction (from Olga Data with function p0+p1*exp(-p2*E))
 714       //fNonLinearityParams[0] = 1.04;
 715       //fNonLinearityParams[1] = -0.1445;
 716       //fNonLinearityParams[2] = 1.046;
 717       energy /= (fNonLinearityParams[0]+fNonLinearityParams[1]*exp(-fNonLinearityParams[2]*energy)); //Olga function
 718       break;
 719     }
 720
 721     case kPi0GammaConversion:
 722     {
 723       //Non-Linearity correction (Nicolas from Dimitri Data with function C*[1-a*exp(-b*E)])
 724       //fNonLinearityParams[0] = 0.139393/0.1349766;
 725       //fNonLinearityParams[1] = 0.0566186;
 726       //fNonLinearityParams[2] = 0.982133;
 727       energy /= fNonLinearityParams[0]*(1-fNonLinearityParams[1]*exp(-fNonLinearityParams[2]*energy));
 728
 729       break;
 730     }
 731
 732     case kBeamTest:
 733     {
 734       //From beam test, Alexei's results, for different ZS thresholds
 735       //                        th=30 MeV; th = 45 MeV; th = 75 MeV
 736       //fNonLinearityParams[0] = 1.007;      1.003;      1.002
 737       //fNonLinearityParams[1] = 0.894;      0.719;      0.797
 738       //fNonLinearityParams[2] = 0.246;      0.334;      0.358
 739       //Rescale the param[0] with 1.03
 740       energy /= fNonLinearityParams[0]/(1+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]));
 741
 742       break;
 743     }
 744
 745     case kBeamTestCorrected:
 746     {
 747       //From beam test, corrected for material between beam and EMCAL
 748       //fNonLinearityParams[0] =  0.99078
 749       //fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
 750       //fNonLinearityParams[2] =  0.655166;
 751       //fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
 752       //fNonLinearityParams[4] =  163.282;
 753       //fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
 754       //fNonLinearityParams[6] =  0.978;
 755         energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
 756
 757       break;
 758     }
 759
 760     case kNoCorrection:
 761       AliDebug(2,"No correction on the energy\n");
 762       break;
 763
 764   }
 765
 766   return energy;
 767 }
 768
 769 //__________________________________________________
 770 void AliEMCALRecoUtils::InitNonLinearityParam()
 771 {
 772   //Initialising Non Linearity Parameters
 773
 774   if(fNonLinearityFunction == kPi0MC)
 775   {
 776     fNonLinearityParams[0] = 1.014;
 777     fNonLinearityParams[1] = -0.03329;
 778     fNonLinearityParams[2] = -0.3853;
 779     fNonLinearityParams[3] = 0.5423;
 780     fNonLinearityParams[4] = -0.4335;
 781   }
 782
 783   if(fNonLinearityFunction == kPi0MCv2)
 784   {
 785     fNonLinearityParams[0] = 3.11111e-02;
 786     fNonLinearityParams[1] =-5.71666e-02;
 787     fNonLinearityParams[2] = 5.67995e-01;
 788   }
 789
 790   if(fNonLinearityFunction == kPi0MCv3)
 791   {
 792     fNonLinearityParams[0] =  9.81039e-01;
 793     fNonLinearityParams[1] =  1.13508e-01;
 794     fNonLinearityParams[2] =  1.00173e+00;
 795     fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
 796     fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
 797     fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
 798     fNonLinearityParams[6] =  1;
 799   }
 800
 801   if(fNonLinearityFunction == kPi0GammaGamma)
 802   {
 803     fNonLinearityParams[0] = 1.04;
 804     fNonLinearityParams[1] = -0.1445;
 805     fNonLinearityParams[2] = 1.046;
 806   }
 807
 808   if(fNonLinearityFunction == kPi0GammaConversion)
 809   {
 810     fNonLinearityParams[0] = 0.139393;
 811     fNonLinearityParams[1] = 0.0566186;
 812     fNonLinearityParams[2] = 0.982133;
 813   }
 814
 815   if(fNonLinearityFunction == kBeamTest)
 816   {
 817     if(fNonLinearThreshold == 30)
 818     {
 819       fNonLinearityParams[0] = 1.007;
 820       fNonLinearityParams[1] = 0.894;
 821       fNonLinearityParams[2] = 0.246;
 822     }
 823     if(fNonLinearThreshold == 45)
 824     {
 825       fNonLinearityParams[0] = 1.003;
 826       fNonLinearityParams[1] = 0.719;
 827       fNonLinearityParams[2] = 0.334;
 828     }
 829     if(fNonLinearThreshold == 75)
 830     {
 831       fNonLinearityParams[0] = 1.002;
 832       fNonLinearityParams[1] = 0.797;
 833       fNonLinearityParams[2] = 0.358;
 834     }
 835   }
 836
 837   if(fNonLinearityFunction == kBeamTestCorrected)
 838   {
 839     fNonLinearityParams[0] =  0.99078;
 840     fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
 841     fNonLinearityParams[2] =  0.655166;
 842     fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
 843     fNonLinearityParams[4] =  163.282;
 844     fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
 845     fNonLinearityParams[6] =  0.978;
 846   }
 847 }
 848
 849 //_________________________________________________________
 850 Float_t  AliEMCALRecoUtils::GetDepth(const Float_t energy,
 851                                      const Int_t iParticle,
 852                                      const Int_t iSM) const
 853 {
 854   //Calculate shower depth for a given cluster energy and particle type
 855
 856   // parameters
 857   Float_t x0    = 1.31;
 858   Float_t ecr   = 8;
 859   Float_t depth = 0;
 860   Float_t arg   = energy*1000/ ecr; //Multiply energy by 1000 to transform to MeV
 861
 862   switch ( iParticle )
 863   {
 864     case kPhoton:
 865       if (arg < 1)
 866         depth = 0;
 867       else
 868         depth = x0 * (TMath::Log(arg) + 0.5);
 869       break;
 870
 871     case kElectron:
 872       if (arg < 1)
 873         depth = 0;
 874       else
 875         depth = x0 * (TMath::Log(arg) - 0.5);
 876       break;
 877
 878     case kHadron:
 879       // hadron
 880       // boxes anc. here
 881       if(gGeoManager)
 882       {
 883         gGeoManager->cd("ALIC_1/XEN1_1");
 884         TGeoNode        *geoXEn1    = gGeoManager->GetCurrentNode();
 885         TGeoNodeMatrix  *geoSM      = dynamic_cast<TGeoNodeMatrix *>(geoXEn1->GetDaughter(iSM));
 886         if(geoSM)
 887         {
 888           TGeoVolume      *geoSMVol   = geoSM->GetVolume();
 889           TGeoShape       *geoSMShape = geoSMVol->GetShape();
 890           TGeoBBox        *geoBox     = dynamic_cast<TGeoBBox *>(geoSMShape);
 891           if(geoBox) depth = 0.5 * geoBox->GetDX()*2 ;
 892           else AliFatal("Null GEANT box");
 893         }
 894         else AliFatal("NULL  GEANT node matrix");
 895       }
 896       else
 897       {//electron
 898         if (arg < 1)
 899           depth = 0;
 900         else
 901           depth = x0 * (TMath::Log(arg) - 0.5);
 902       }
 903
 904       break;
 905
 906     default://photon
 907       if (arg < 1)
 908         depth = 0;
 909       else
 910         depth = x0 * (TMath::Log(arg) + 0.5);
 911   }
 912
 913   return depth;
 914 }
 915
 916 //____________________________________________________________________
 917 void AliEMCALRecoUtils::GetMaxEnergyCell(const AliEMCALGeometry *geom,
 918                                          AliVCaloCells* cells,
 919                                          const AliVCluster* clu,
 920                                          Int_t  & absId,
 921                                          Int_t  & iSupMod,
 922                                          Int_t  & ieta,
 923                                          Int_t  & iphi,
 924                                          Bool_t & shared)
 925 {
 926   //For a given CaloCluster gets the absId of the cell
 927   //with maximum energy deposit.
 928
 929   Double_t eMax        = -1.;
 930   Double_t eCell       = -1.;
 931   Float_t  fraction    = 1.;
 932   Float_t  recalFactor = 1.;
 933   Int_t    cellAbsId   = -1 ;
 934
 935   Int_t iTower  = -1;
 936   Int_t iIphi   = -1;
 937   Int_t iIeta   = -1;
 938   Int_t iSupMod0= -1;
 939
 940   if(!clu)
 941   {
 942     AliInfo("Cluster pointer null!");
 943     absId=-1; iSupMod0=-1, ieta = -1; iphi = -1; shared = -1;
 944     return;
 945   }
 946
 947   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++)
 948   {
 949     cellAbsId = clu->GetCellAbsId(iDig);
 950     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
 951     //printf("a Cell %d, id, %d, amp %f, fraction %f\n",iDig,cellAbsId,cells->GetCellAmplitude(cellAbsId),fraction);
 952     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
 953     geom->GetCellIndex(cellAbsId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
 954     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 955     if     (iDig==0)
 956     {
 957       iSupMod0=iSupMod;
 958     }
 959     else if(iSupMod0!=iSupMod)
 960     {
 961       shared = kTRUE;
 962       //printf("AliEMCALRecoUtils::GetMaxEnergyCell() - SHARED CLUSTER\n");
 963     }
 964     if(!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn())
 965     {
 966       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
 967     }
 968     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cellAbsId)*fraction*recalFactor;
 969     //printf("b Cell %d, id, %d, amp %f, fraction %f\n",iDig,cellAbsId,eCell,fraction);
 970     if(eCell > eMax)
 971     {
 972       eMax  = eCell;
 973       absId = cellAbsId;
 974       //printf("\t new max: cell %d, e %f, ecell %f\n",maxId, eMax,eCell);
 975     }
 976   }// cell loop
 977
 978   //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
 979   geom->GetCellIndex(absId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
 980   //Gives SuperModule and Tower numbers
 981   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,
 982                                          iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 983   //printf("Max id %d, iSM %d, col %d, row %d\n",absId,iSupMod,ieta,iphi);
 984   //printf("Max end---\n");
 985 }
 986
 987 //______________________________________
 988 void AliEMCALRecoUtils::InitParameters()
 989 {
 990   // Initialize data members with default values
 991
 992   fParticleType = kPhoton;
 993   fPosAlgo      = kUnchanged;
 994   fW0           = 4.5;
 995
 996   fNonLinearityFunction = kNoCorrection;
 997   fNonLinearThreshold   = 30;
 998
 999   fExoticCellFraction     = 0.97;
1000   fExoticCellDiffTime     = 1e6;
1001   fExoticCellMinAmplitude = 0.5;
1002
1003   fAODFilterMask    = 128;
1004   fAODHybridTracks  = kFALSE;
1005   fAODTPCOnlyTracks = kTRUE;
1006
1007   fCutEtaPhiSum      = kTRUE;
1008   fCutEtaPhiSeparate = kFALSE;
1009
1010   fCutR   = 0.05;
1011   fCutEta = 0.025;
1012   fCutPhi = 0.05;
1013
1014   fClusterWindow = 100;
1015   fMass          = 0.139;
1016
1017   fStepSurface   = 20.;
1018   fStepCluster   = 5.;
1019   fTrackCutsType = kLooseCut;
1020
1021   fCutMinTrackPt     = 0;
1022   fCutMinNClusterTPC = -1;
1023   fCutMinNClusterITS = -1;
1024
1025   fCutMaxChi2PerClusterTPC  = 1e10;
1026   fCutMaxChi2PerClusterITS  = 1e10;
1027
1028   fCutRequireTPCRefit     = kFALSE;
1029   fCutRequireITSRefit     = kFALSE;
1030   fCutAcceptKinkDaughters = kFALSE;
1031
1032   fCutMaxDCAToVertexXY = 1e10;
1033   fCutMaxDCAToVertexZ  = 1e10;
1034   fCutDCAToVertex2D    = kFALSE;
1035
1036   fCutRequireITSStandAlone = kFALSE; //MARCEL
1037   fCutRequireITSpureSA     = kFALSE; //Marcel
1038
1039   //Misalignment matrices
1040   for(Int_t i = 0; i < 15 ; i++)
1041   {
1042     fMisalTransShift[i] = 0.;
1043     fMisalRotShift[i]   = 0.;
1044   }
1045
1046   //Non linearity
1047   for(Int_t i = 0; i < 7  ; i++) fNonLinearityParams[i] = 0.;
1048
1049   //For kBeamTestCorrected case, but default is no correction
1050   fNonLinearityParams[0] =  0.99078;
1051   fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
1052   fNonLinearityParams[2] =  0.655166;
1053   fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
1054   fNonLinearityParams[4] =  163.282;
1055   fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
1056   fNonLinearityParams[6] =  0.978;
1057
1058   //For kPi0GammaGamma case
1059   //fNonLinearityParams[0] = 0.1457/0.1349766/1.038;
1060   //fNonLinearityParams[1] = -0.02024/0.1349766/1.038;
1061   //fNonLinearityParams[2] = 1.046;
1062
1063   //Cluster energy smearing
1064   fSmearClusterEnergy   = kFALSE;
1065   fSmearClusterParam[0] = 0.07; // * sqrt E term
1066   fSmearClusterParam[1] = 0.00; // * E term
1067   fSmearClusterParam[2] = 0.00; // constant
1068 }
1069
1070 //_____________________________________________________
1071 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()
1072 {
1073   //Init EMCAL recalibration factors
1074   AliDebug(2,"AliCalorimeterUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()");
1075   //In order to avoid rewriting the same histograms
1076   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1077   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1078
1079   fEMCALRecalibrationFactors = new TObjArray(12);
1080   for (int i = 0; i < 12; i++)
1081     fEMCALRecalibrationFactors->Add(new TH2F(Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i),
1082                                              Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i),  48, 0, 48, 24, 0, 24));
1083   //Init the histograms with 1
1084   for (Int_t sm = 0; sm < 12; sm++)
1085   {
1086     for (Int_t i = 0; i < 48; i++)
1087     {
1088       for (Int_t j = 0; j < 24; j++)
1089       {
1090         SetEMCALChannelRecalibrationFactor(sm,i,j,1.);
1091       }
1092     }
1093   }
1094
1095   fEMCALRecalibrationFactors->SetOwner(kTRUE);
1096   fEMCALRecalibrationFactors->Compress();
1097
1098   //In order to avoid rewriting the same histograms
1099   TH1::AddDirectory(oldStatus);
1100 }
1101
1102 //_________________________________________________________
1103 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALTimeRecalibrationFactors()
1104 {
1105   //Init EMCAL recalibration factors
1106   AliDebug(2,"AliCalorimeterUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()");
1107   //In order to avoid rewriting the same histograms
1108   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1109   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1110
1111   fEMCALTimeRecalibrationFactors = new TObjArray(4);
1112   for (int i = 0; i < 4; i++)
1113     fEMCALTimeRecalibrationFactors->Add(new TH1F(Form("hAllTimeAvBC%d",i),
1114                                                  Form("hAllTimeAvBC%d",i),
1115                                                  48*24*12,0.,48*24*12)          );
1116   //Init the histograms with 1
1117   for (Int_t bc = 0; bc < 4; bc++)
1118   {
1119     for (Int_t i = 0; i < 48*24*12; i++)
1120       SetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(bc,i,0.);
1121   }
1122
1123   fEMCALTimeRecalibrationFactors->SetOwner(kTRUE);
1124   fEMCALTimeRecalibrationFactors->Compress();
1125
1126   //In order to avoid rewriting the same histograms
1127   TH1::AddDirectory(oldStatus);
1128 }
1129
1130 //____________________________________________________
1131 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALBadChannelStatusMap()
1132 {
1133   //Init EMCAL bad channels map
1134   AliDebug(2,"AliEMCALRecoUtils::InitEMCALBadChannelStatusMap()");
1135   //In order to avoid rewriting the same histograms
1136   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1137   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1138
1139   fEMCALBadChannelMap = new TObjArray(12);
1140   //TH2F * hTemp = new  TH2I("EMCALBadChannelMap","EMCAL SuperModule bad channel map", 48, 0, 48, 24, 0, 24);
1141   for (int i = 0; i < 12; i++)
1142   {
1143     fEMCALBadChannelMap->Add(new TH2I(Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i),Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i), 48, 0, 48, 24, 0, 24));
1144   }
1145
1146   fEMCALBadChannelMap->SetOwner(kTRUE);
1147   fEMCALBadChannelMap->Compress();
1148
1149   //In order to avoid rewriting the same histograms
1150   TH1::AddDirectory(oldStatus);
1151 }
1152
1153 //____________________________________________________________________________
1154 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy(const AliEMCALGeometry* geom,
1155                                                  AliVCluster * cluster,
1156                                                  AliVCaloCells * cells,
1157                                                  const Int_t bc)
1158 {
1159   // Recalibrate the cluster energy and Time, considering the recalibration map
1160   // and the energy of the cells and time that compose the cluster.
1161   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1162
1163   if(!cluster)
1164   {
1165     AliInfo("Cluster pointer null!");
1166     return;
1167   }
1168
1169   //Get the cluster number of cells and list of absId, check what kind of cluster do we have.
1170   UShort_t * index    = cluster->GetCellsAbsId() ;
1171   Double_t * fraction = cluster->GetCellsAmplitudeFraction() ;
1172   Int_t ncells = cluster->GetNCells();
1173
1174   //Initialize some used variables
1175   Float_t energy = 0;
1176   Int_t   absId  =-1;
1177   Int_t   icol   =-1, irow =-1, imod=1;
1178   Float_t factor = 1, frac = 0;
1179   Int_t   absIdMax = -1;
1180   Float_t emax     = 0;
1181
1182   //Loop on the cells, get the cell amplitude and recalibration factor, multiply and and to the new energy
1183   for(Int_t icell = 0; icell < ncells; icell++)
1184   {
1185     absId = index[icell];
1186     frac =  fraction[icell];
1187     if(frac < 1e-5) frac = 1; //in case of EMCAL, this is set as 0 since unfolding is off
1188
1189     if(!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn())
1190     {
1191       // Energy
1192       Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
1193       geom->GetCellIndex(absId,imod,iTower,iIphi,iIeta);
1194       if(fEMCALRecalibrationFactors->GetEntries() <= imod) continue;
1195       geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);
1196       factor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,icol,irow);
1197
1198       AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - recalibrate cell: module %d, col %d, row %d, cell fraction %f,recalibration factor %f, cell energy %f\n",
1199                       imod,icol,irow,frac,factor,cells->GetCellAmplitude(absId)));
1200
1201     }
1202
1203     energy += cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac;
1204
1205     if(emax < cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac)
1206     {
1207       emax     = cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac;
1208       absIdMax = absId;
1209     }
1210   }
1211
1212   AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - Energy before %f, after %f \n",cluster->E(),energy));
1213
1214   cluster->SetE(energy);
1215
1216   // Recalculate time of cluster
1217   Double_t timeorg = cluster->GetTOF();
1218
1219   Double_t time = cells->GetCellTime(absIdMax);
1220   if(!fCellsRecalibrated && IsTimeRecalibrationOn())
1221     RecalibrateCellTime(absIdMax,bc,time);
1222
1223   cluster->SetTOF(time);
1224
1225   AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - Time before %f, after %f \n",timeorg,cluster->GetTOF()));
1226 }
1227
1228 //_____________________________________________________________
1229 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateCells(AliVCaloCells * cells,
1230                                          const Int_t bc)
1231 {
1232   // Recalibrate the cells time and energy, considering the recalibration map and the energy
1233   // of the cells that compose the cluster.
1234   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1235
1236   if(!IsRecalibrationOn() && !IsTimeRecalibrationOn() && !IsBadChannelsRemovalSwitchedOn()) return;
1237
1238   if(!cells)
1239   {
1240     AliInfo("Cells pointer null!");
1241     return;
1242   }
1243
1244   Short_t  absId  =-1;
1245   Bool_t   accept = kFALSE;
1246   Float_t  ecell  = 0;
1247   Double_t tcell  = 0;
1248   Double_t ecellin = 0;
1249   Double_t tcellin = 0;
1250   Int_t  mclabel = -1;
1251   Double_t efrac = 0;
1252
1253   Int_t nEMcell  = cells->GetNumberOfCells() ;
1254   for (Int_t iCell = 0; iCell < nEMcell; iCell++)
1255   {
1256     cells->GetCell( iCell, absId, ecellin, tcellin, mclabel, efrac );
1257
1258     accept = AcceptCalibrateCell(absId, bc, ecell ,tcell ,cells);
1259     if(!accept)
1260     {
1261       ecell = 0;
1262       tcell = -1;
1263     }
1264
1265     //Set new values
1266     cells->SetCell(iCell,absId,ecell, tcell, mclabel, efrac);
1267   }
1268
1269   fCellsRecalibrated = kTRUE;
1270 }
1271
1272 //_______________________________________________________________________________________________________
1273 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateCellTime(const Int_t absId, const Int_t bc, Double_t & celltime) const
1274 {
1275   // Recalibrate time of cell with absID  considering the recalibration map
1276   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1277
1278   if(!fCellsRecalibrated && IsTimeRecalibrationOn() && bc >= 0)
1279   {
1280     celltime -= GetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(bc%4,absId)*1.e-9;    ;
1281   }
1282 }
1283
1284 //______________________________________________________________________________
1285 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPosition(const AliEMCALGeometry *geom,
1286                                                    AliVCaloCells* cells,
1287                                                    AliVCluster* clu)
1288 {
1289   //For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1290
1291   if(!clu)
1292   {
1293     AliInfo("Cluster pointer null!");
1294     return;
1295   }
1296
1297   if     (fPosAlgo==kPosTowerGlobal) RecalculateClusterPositionFromTowerGlobal( geom, cells, clu);
1298   else if(fPosAlgo==kPosTowerIndex)  RecalculateClusterPositionFromTowerIndex ( geom, cells, clu);
1299   else   AliDebug(2,"Algorithm to recalculate position not selected, do nothing.");
1300 }
1301
1302 //_____________________________________________________________________________________________
1303 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPositionFromTowerGlobal(const AliEMCALGeometry *geom,
1304                                                                   AliVCaloCells* cells,
1305                                                                   AliVCluster* clu)
1306 {
1307   // For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1308   // The algorithm is a copy of what is done in AliEMCALRecPoint
1309
1310   Double_t eCell       = 0.;
1311   Float_t  fraction    = 1.;
1312   Float_t  recalFactor = 1.;
1313
1314   Int_t    absId   = -1;
1315   Int_t    iTower  = -1, iIphi  = -1, iIeta  = -1;
1316   Int_t    iSupModMax = -1, iSM=-1, iphi   = -1, ieta   = -1;
1317   Float_t  weight = 0.,  totalWeight=0.;
1318   Float_t  newPos[3] = {0,0,0};
1319   Double_t pLocal[3], pGlobal[3];
1320   Bool_t shared = kFALSE;
1321
1322   Float_t  clEnergy = clu->E(); //Energy already recalibrated previously
1323   if (clEnergy <= 0)
1324     return;
1325   GetMaxEnergyCell(geom, cells, clu, absId,  iSupModMax, ieta, iphi,shared);
1326   Double_t depth = GetDepth(clEnergy,fParticleType,iSupModMax) ;
1327
1328   //printf("** Cluster energy %f, ncells %d, depth %f\n",clEnergy,clu->GetNCells(),depth);
1329
1330   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++)
1331   {
1332     absId = clu->GetCellAbsId(iDig);
1333     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
1334     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1335
1336     if (!fCellsRecalibrated)
1337     {
1338       geom->GetCellIndex(absId,iSM,iTower,iIphi,iIeta);
1339       geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSM,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
1340
1341       if(IsRecalibrationOn())
1342       {
1343         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSM,ieta,iphi);
1344       }
1345     }
1346
1347     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId)*fraction*recalFactor;
1348
1349     weight = GetCellWeight(eCell,clEnergy);
1350     totalWeight += weight;
1351
1352     geom->RelPosCellInSModule(absId,depth,pLocal[0],pLocal[1],pLocal[2]);
1353     //printf("pLocal (%f,%f,%f), SM %d, absId %d\n",pLocal[0],pLocal[1],pLocal[2],iSupModMax,absId);
1354     geom->GetGlobal(pLocal,pGlobal,iSupModMax);
1355     //printf("pLocal (%f,%f,%f)\n",pGlobal[0],pGlobal[1],pGlobal[2]);
1356
1357     for(int i=0; i<3; i++ ) newPos[i] += (weight*pGlobal[i]);
1358   }// cell loop
1359
1360   if(totalWeight>0)
1361   {
1362     for(int i=0; i<3; i++ )    newPos[i] /= totalWeight;
1363   }
1364
1365   //Float_t pos[]={0,0,0};
1366   //clu->GetPosition(pos);
1367   //printf("OldPos  : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",pos[0],pos[1],pos[2]);
1368   //printf("NewPos  : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",newPos[0],newPos[1],newPos[2]);
1369
1370   if(iSupModMax > 1) //sector 1
1371   {
1372     newPos[0] +=fMisalTransShift[3];//-=3.093;
1373     newPos[1] +=fMisalTransShift[4];//+=6.82;
1374     newPos[2] +=fMisalTransShift[5];//+=1.635;
1375     //printf("   +    : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",fMisalTransShift[3],fMisalTransShift[4],fMisalTransShift[5]);
1376   } else //sector 0
1377   {
1378     newPos[0] +=fMisalTransShift[0];//+=1.134;
1379     newPos[1] +=fMisalTransShift[1];//+=8.2;
1380     newPos[2] +=fMisalTransShift[2];//+=1.197;
1381     //printf("   +    : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",fMisalTransShift[0],fMisalTransShift[1],fMisalTransShift[2]);
1382   }
1383   //printf("NewPos : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",newPos[0],newPos[1],newPos[2]);
1384
1385   clu->SetPosition(newPos);
1386 }
1387
1388 //____________________________________________________________________________________________
1389 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPositionFromTowerIndex(const AliEMCALGeometry *geom,
1390                                                                  AliVCaloCells* cells,
1391                                                                  AliVCluster* clu)
1392 {
1393   // For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1394   // The algorithm works with the tower indeces, averages the indeces and from them it calculates the global position
1395
1396   Double_t eCell       = 1.;
1397   Float_t  fraction    = 1.;
1398   Float_t  recalFactor = 1.;
1399
1400   Int_t absId   = -1;
1401   Int_t iTower  = -1;
1402   Int_t iIphi   = -1, iIeta   = -1;
1403   Int_t iSupMod = -1, iSupModMax = -1;
1404   Int_t iphi = -1, ieta =-1;
1405   Bool_t shared = kFALSE;
1406
1407   Float_t clEnergy = clu->E(); //Energy already recalibrated previously.
1408
1409   if (clEnergy <= 0)
1410     return;
1411   GetMaxEnergyCell(geom, cells, clu, absId,  iSupModMax, ieta, iphi,shared);
1412   Float_t  depth = GetDepth(clEnergy,fParticleType,iSupMod) ;
1413
1414   Float_t weight = 0., weightedCol = 0., weightedRow = 0., totalWeight=0.;
1415   Bool_t areInSameSM = kTRUE; //exclude clusters with cells in different SMs for now
1416   Int_t startingSM = -1;
1417
1418   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++)
1419   {
1420     absId = clu->GetCellAbsId(iDig);
1421     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
1422     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1423
1424     if     (iDig==0)  startingSM = iSupMod;
1425     else if(iSupMod != startingSM) areInSameSM = kFALSE;
1426
1427     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId);
1428
1429     geom->GetCellIndex(absId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1430     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
1431
1432     if (!fCellsRecalibrated)
1433     {
1434       if(IsRecalibrationOn())
1435       {
1436         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1437       }
1438     }
1439
1440     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId)*fraction*recalFactor;
1441
1442     weight = GetCellWeight(eCell,clEnergy);
1443     if(weight < 0) weight = 0;
1444     totalWeight += weight;
1445     weightedCol += ieta*weight;
1446     weightedRow += iphi*weight;
1447
1448     //printf("Max cell? cell %d, amplitude org %f, fraction %f, recalibration %f, amplitude new %f \n",cellAbsId, cells->GetCellAmplitude(cellAbsId), fraction, recalFactor, eCell) ;
1449   }// cell loop
1450
1451   Float_t xyzNew[]={0.,0.,0.};
1452   if(areInSameSM == kTRUE)
1453   {
1454     //printf("In Same SM\n");
1455     weightedCol = weightedCol/totalWeight;
1456     weightedRow = weightedRow/totalWeight;
1457     geom->RecalculateTowerPosition(weightedRow, weightedCol, iSupModMax, depth, fMisalTransShift, fMisalRotShift, xyzNew);
1458   }
1459   else
1460   {
1461     //printf("In Different SM\n");
1462     geom->RecalculateTowerPosition(iphi,        ieta,        iSupModMax, depth, fMisalTransShift, fMisalRotShift, xyzNew);
1463   }
1464
1465   clu->SetPosition(xyzNew);
1466 }
1467
1468 //___________________________________________________________________________________________
1469 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterDistanceToBadChannel(const AliEMCALGeometry * geom,
1470                                                                AliVCaloCells* cells,
1471                                                                AliVCluster * cluster)
1472 {
1473   //re-evaluate distance to bad channel with updated bad map
1474
1475   if(!fRecalDistToBadChannels) return;
1476
1477   if(!cluster)
1478   {
1479     AliInfo("Cluster pointer null!");
1480     return;
1481   }
1482
1483   //Get channels map of the supermodule where the cluster is.
1484   Int_t absIdMax  = -1, iSupMod =-1, icolM = -1, irowM = -1;
1485   Bool_t shared = kFALSE;
1486   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absIdMax,  iSupMod, icolM, irowM, shared);
1487   TH2D* hMap  = (TH2D*)fEMCALBadChannelMap->At(iSupMod);
1488
1489   Int_t dRrow, dRcol;
1490   Float_t  minDist = 10000.;
1491   Float_t  dist    = 0.;
1492
1493   //Loop on tower status map
1494   for(Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++)
1495   {
1496     for(Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++)
1497     {
1498       //Check if tower is bad.
1499       if(hMap->GetBinContent(icol,irow)==0) continue;
1500       //printf("AliEMCALRecoUtils::RecalculateDistanceToBadChannels() - \n \t Bad channel in SM %d, col %d, row %d, \n \t Cluster max in col %d, row %d\n",
1501       //       iSupMod,icol, irow, icolM,irowM);
1502
1503       dRrow=TMath::Abs(irowM-irow);
1504       dRcol=TMath::Abs(icolM-icol);
1505       dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dRcol*dRcol);
1506       if(dist < minDist)
1507       {
1508         //printf("MIN DISTANCE TO BAD %2.2f\n",dist);
1509         minDist = dist;
1510       }
1511     }
1512   }
1513
1514   //In case the cluster is shared by 2 SuperModules, need to check the map of the second Super Module
1515   if (shared)
1516   {
1517     TH2D* hMap2 = 0;
1518     Int_t iSupMod2 = -1;
1519
1520     //The only possible combinations are (0,1), (2,3) ... (8,9)
1521     if(iSupMod%2) iSupMod2 = iSupMod-1;
1522     else          iSupMod2 = iSupMod+1;
1523     hMap2  = (TH2D*)fEMCALBadChannelMap->At(iSupMod2);
1524
1525     //Loop on tower status map of second super module
1526     for(Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++)
1527     {
1528       for(Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++)
1529       {
1530         //Check if tower is bad.
1531         if(hMap2->GetBinContent(icol,irow)==0) continue;
1532         //printf("AliEMCALRecoUtils::RecalculateDistanceToBadChannels(shared) - \n \t Bad channel in SM %d, col %d, row %d \n \t Cluster max in SM %d, col %d, row %d\n",
1533         //     iSupMod2,icol, irow,iSupMod,icolM,irowM);
1534         dRrow=TMath::Abs(irow-irowM);
1535
1536         if(iSupMod%2)
1537         {
1538           dRcol=TMath::Abs(icol-(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icolM));
1539         } else
1540         {
1541           dRcol=TMath::Abs(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icol-icolM);
1542         }
1543
1544         dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dRcol*dRcol);
1545         if(dist < minDist) minDist = dist;
1546       }
1547     }
1548   }// shared cluster in 2 SuperModules
1549
1550   AliDebug(2,Form("Max cluster cell (SM,col,row)=(%d %d %d) - Distance to Bad Channel %2.2f",iSupMod, icolM, irowM, minDist));
1551   cluster->SetDistanceToBadChannel(minDist);
1552 }
1553
1554 //__________________________________________________________________
1555 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPID(AliVCluster * cluster)
1556 {
1557   //re-evaluate identification parameters with bayesian
1558
1559   if(!cluster)
1560   {
1561     AliInfo("Cluster pointer null!");
1562     return;
1563   }
1564
1565   if ( cluster->GetM02() != 0)
1566     fPIDUtils->ComputePID(cluster->E(),cluster->GetM02());
1567
1568   Float_t pidlist[AliPID::kSPECIESCN+1];
1569   for(Int_t i = 0; i < AliPID::kSPECIESCN+1; i++) pidlist[i] = fPIDUtils->GetPIDFinal(i);
1570
1571   cluster->SetPID(pidlist);
1572 }
1573
1574 //___________________________________________________________________________________________________________________
1575 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(const AliEMCALGeometry * geom,
1576                                                                 AliVCaloCells* cells,
1577                                                                 AliVCluster * cluster,
1578                                                                 Float_t & l0,   Float_t & l1,
1579                                                                 Float_t & disp, Float_t & dEta, Float_t & dPhi,
1580                                                                 Float_t & sEta, Float_t & sPhi, Float_t & sEtaPhi)
1581 {
1582   // Calculates new center of gravity in the local EMCAL-module coordinates
1583   // and tranfers into global ALICE coordinates
1584   // Calculates Dispersion and main axis
1585
1586   if(!cluster)
1587   {
1588     AliInfo("Cluster pointer null!");
1589     return;
1590   }
1591
1592   Double_t eCell       = 0.;
1593   Float_t  fraction    = 1.;
1594   Float_t  recalFactor = 1.;
1595
1596   Int_t    iSupMod = -1;
1597   Int_t    iTower  = -1;
1598   Int_t    iIphi   = -1;
1599   Int_t    iIeta   = -1;
1600   Int_t    iphi    = -1;
1601   Int_t    ieta    = -1;
1602   Double_t etai    = -1.;
1603   Double_t phii    = -1.;
1604
1605   Int_t    nstat   = 0 ;
1606   Float_t  wtot    = 0.;
1607   Double_t w       = 0.;
1608   Double_t etaMean = 0.;
1609   Double_t phiMean = 0.;
1610
1611   //Loop on cells, calculate the cluster energy, in case a cut on cell energy is added
1612   // and to check if the cluster is between 2 SM in eta
1613   Int_t   iSM0   = -1;
1614   Bool_t  shared = kFALSE;
1615   Float_t energy = 0;
1616
1617   for(Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++)
1618   {
1619     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1620     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1621     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1622
1623     //Check if there are cells of different SM
1624     if     (iDigit == 0   ) iSM0 = iSupMod;
1625     else if(iSupMod!= iSM0) shared = kTRUE;
1626
1627     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1628     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1629     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1630
1631     if(IsRecalibrationOn())
1632     {
1633       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1634     }
1635
1636     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1637
1638     energy += eCell;
1639
1640   }//cell loop
1641
1642   //Loop on cells
1643   for(Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++)
1644   {
1645     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1646     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1647     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1648
1649     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1650     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1651     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1652
1653     if (!fCellsRecalibrated)
1654     {
1655       if(IsRecalibrationOn())
1656       {
1657         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1658       }
1659     }
1660
1661     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1662
1663     // In case of a shared cluster, index of SM in C side, columns start at 48 and ends at 48*2
1664     // C Side impair SM, nSupMod%2=1; A side pair SM, nSupMod%2=0
1665     if(shared && iSupMod%2) ieta+=AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
1666
1667     if(cluster->E() > 0 && eCell > 0)
1668     {
1669       w  = GetCellWeight(eCell,cluster->E());
1670
1671       etai=(Double_t)ieta;
1672       phii=(Double_t)iphi;
1673
1674       if(w > 0.0)
1675       {
1676         wtot += w ;
1677         nstat++;
1678         //Shower shape
1679         sEta     += w * etai * etai ;
1680         etaMean  += w * etai ;
1681         sPhi     += w * phii * phii ;
1682         phiMean  += w * phii ;
1683         sEtaPhi  += w * etai * phii ;
1684       }
1685     }
1686     else
1687       AliError(Form("Wrong energy %f and/or amplitude %f\n", eCell, cluster->E()));
1688   }//cell loop
1689
1690   //Normalize to the weight
1691   if (wtot > 0)
1692   {
1693     etaMean /= wtot ;
1694     phiMean /= wtot ;
1695   }
1696   else
1697     AliError(Form("Wrong weight %f\n", wtot));
1698
1699   //Calculate dispersion
1700   for(Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++)
1701   {
1702     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1703     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1704     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1705
1706     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1707     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1708     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1709     if (IsRecalibrationOn())
1710     {
1711       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1712     }
1713     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1714
1715     // In case of a shared cluster, index of SM in C side, columns start at 48 and ends at 48*2
1716     // C Side impair SM, nSupMod%2=1; A side pair SM, nSupMod%2=0
1717     if(shared && iSupMod%2) ieta+=AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
1718
1719     if(cluster->E() > 0 && eCell > 0)
1720     {
1721       w  = GetCellWeight(eCell,cluster->E());
1722
1723       etai=(Double_t)ieta;
1724       phii=(Double_t)iphi;
1725       if(w > 0.0)
1726       {
1727         disp +=  w *((etai-etaMean)*(etai-etaMean)+(phii-phiMean)*(phii-phiMean));
1728         dEta +=  w * (etai-etaMean)*(etai-etaMean) ;
1729         dPhi +=  w * (phii-phiMean)*(phii-phiMean) ;
1730       }
1731     }
1732     else
1733       AliError(Form("Wrong energy %f and/or amplitude %f\n", eCell, cluster->E()));
1734   }// cell loop
1735
1736   //Normalize to the weigth and set shower shape parameters
1737   if (wtot > 0 && nstat > 1)
1738   {
1739     disp    /= wtot ;
1740     dEta    /= wtot ;
1741     dPhi    /= wtot ;
1742     sEta    /= wtot ;
1743     sPhi    /= wtot ;
1744     sEtaPhi /= wtot ;
1745
1746     sEta    -= etaMean * etaMean ;
1747     sPhi    -= phiMean * phiMean ;
1748     sEtaPhi -= etaMean * phiMean ;
1749
1750     l0 = (0.5 * (sEta + sPhi) + TMath::Sqrt( 0.25 * (sEta - sPhi) * (sEta - sPhi) + sEtaPhi * sEtaPhi ));
1751     l1 = (0.5 * (sEta + sPhi) - TMath::Sqrt( 0.25 * (sEta - sPhi) * (sEta - sPhi) + sEtaPhi * sEtaPhi ));
1752   }
1753   else
1754   {
1755     l0   = 0. ;
1756     l1   = 0. ;
1757     dEta = 0. ; dPhi = 0. ; disp    = 0. ;
1758     sEta = 0. ; sPhi = 0. ; sEtaPhi = 0. ;
1759   }
1760
1761 }
1762
1763 //____________________________________________________________________________________________
1764 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(const AliEMCALGeometry * geom,
1765                                                                 AliVCaloCells* cells,
1766                                                                 AliVCluster * cluster)
1767 {
1768   // Calculates new center of gravity in the local EMCAL-module coordinates
1769   // and tranfers into global ALICE coordinates
1770   // Calculates Dispersion and main axis and puts them into the cluster
1771
1772   Float_t l0   = 0., l1   = 0.;
1773   Float_t disp = 0., dEta = 0., dPhi    = 0.;
1774   Float_t sEta = 0., sPhi = 0., sEtaPhi = 0.;
1775
1776   AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(geom,cells,cluster,l0,l1,disp,
1777                                                              dEta, dPhi, sEta, sPhi, sEtaPhi);
1778
1779   cluster->SetM02(l0);
1780   cluster->SetM20(l1);
1781   if(disp > 0. ) cluster->SetDispersion(TMath::Sqrt(disp)) ;
1782
1783 }
1784
1785 //____________________________________________________________________________
1786 void AliEMCALRecoUtils::FindMatches(AliVEvent *event,
1787                                     TObjArray * clusterArr,
1788                                     const AliEMCALGeometry *geom)
1789 {
1790   //This function should be called before the cluster loop
1791   //Before call this function, please recalculate the cluster positions
1792   //Given the input event, loop over all the tracks, select the closest cluster as matched with fCutR
1793   //Store matched cluster indexes and residuals
1794
1795   fMatchedTrackIndex  ->Reset();
1796   fMatchedClusterIndex->Reset();
1797   fResidualPhi->Reset();
1798   fResidualEta->Reset();
1799
1800   fMatchedTrackIndex  ->Set(1000);
1801   fMatchedClusterIndex->Set(1000);
1802   fResidualPhi->Set(1000);
1803   fResidualEta->Set(1000);
1804
1805   AliESDEvent* esdevent = dynamic_cast<AliESDEvent*> (event);
1806   AliAODEvent* aodevent = dynamic_cast<AliAODEvent*> (event);
1807
1808   // init the magnetic field if not already on
1809   if(!TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField())
1810   {
1811     AliInfo("Init the magnetic field\n");
1812     if     (esdevent)
1813     {
1814       esdevent->InitMagneticField();
1815     }
1816     else if(aodevent)
1817     {
1818       Double_t curSol = 30000*aodevent->GetMagneticField()/5.00668;
1819       Double_t curDip = 6000 *aodevent->GetMuonMagFieldScale();
1820       AliMagF *field  = AliMagF::CreateFieldMap(curSol,curDip);
1821       TGeoGlobalMagField::Instance()->SetField(field);
1822     }
1823     else
1824     {
1825       AliInfo("Mag Field not initialized, null esd/aod evetn pointers");
1826     }
1827
1828   } // Init mag field
1829
1830   if (esdevent) {
1831     UInt_t mask1 = esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInDAQ();
1832     UInt_t mask2 = esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInReco();
1833     Bool_t desc1 = (mask1 >> 3) & 0x1;
1834     Bool_t desc2 = (mask2 >> 3) & 0x1;
1835     if (desc1==0 || desc2==0) {
1836 //       AliError(Form("TPC not in DAQ/RECO: %u (%u)/%u (%u)",
1837 //       mask1, esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInReco(),
1838 //       mask2, esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInDAQ()));
1839       fITSTrackSA=kTRUE;
1840     }
1841   }
1842
1843   TObjArray *clusterArray = 0x0;
1844   if(!clusterArr)
1845     {
1846       clusterArray = new TObjArray(event->GetNumberOfCaloClusters());
1847       for(Int_t icl=0; icl<event->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
1848   {
1849     AliVCluster *cluster = (AliVCluster*) event->GetCaloCluster(icl);
1850     if(geom && !IsGoodCluster(cluster,geom,(AliVCaloCells*)event->GetEMCALCells())) continue;
1851     clusterArray->AddAt(cluster,icl);
1852   }
1853     }
1854
1855   Int_t    matched=0;
1856   Double_t cv[21];
1857   for (Int_t i=0; i<21;i++) cv[i]=0;
1858   for(Int_t itr=0; itr<event->GetNumberOfTracks(); itr++)
1859   {
1860     AliExternalTrackParam *trackParam = 0;
1861
1862     //If the input event is ESD, the starting point for extrapolation is TPCOut, if available, or TPCInner
1863     AliESDtrack *esdTrack = 0;
1864     AliAODTrack *aodTrack = 0;
1865     if(esdevent)
1866     {
1867       esdTrack = esdevent->GetTrack(itr);
1868       if(!esdTrack) continue;
1869       if(!IsAccepted(esdTrack)) continue;
1870       if(esdTrack->Pt()<fCutMinTrackPt) continue;
1871       Double_t phi = esdTrack->Phi()*TMath::RadToDeg();
1872       if(TMath::Abs(esdTrack->Eta())>0.8 || phi <= 20 || phi >= 240 ) continue;
1873       if(!fITSTrackSA)
1874         trackParam =  const_cast<AliExternalTrackParam*>(esdTrack->GetInnerParam());  // if TPC Available
1875       else
1876         trackParam =  new AliExternalTrackParam(*esdTrack); // If ITS Track Standing alone
1877     }
1878
1879     //If the input event is AOD, the starting point for extrapolation is at vertex
1880     //AOD tracks are selected according to its filterbit.
1881     else if(aodevent)
1882     {
1883       aodTrack = aodevent->GetTrack(itr);
1884       if(!aodTrack) continue;
1885
1886       if(fAODTPCOnlyTracks) // Match with TPC only tracks, default from May 2013, before filter bit 32
1887       {
1888         //printf("Match with TPC only tracks, accept? %d, test bit 128 <%d> \n", aodTrack->IsTPCOnly(), aodTrack->TestFilterMask(128));
1889         if(!aodTrack->IsTPCOnly()) continue ;
1890       }
1891       else if(fAODHybridTracks) // Match with hybrid tracks
1892       {
1893         //printf("Match with Hybrid tracks, accept? %d \n", aodTrack->IsHybridGlobalConstrainedGlobal());
1894         if(!aodTrack->IsHybridGlobalConstrainedGlobal()) continue ;
1895       }
1896       else // Match with tracks on a mask
1897       {
1898         //printf("Match with tracks having filter bit mask %d, accept? %d \n",fAODFilterMask,aodTrack->TestFilterMask(fAODFilterMask));
1899         if(!aodTrack->TestFilterMask(fAODFilterMask) ) continue; //Select AOD tracks
1900       }
1901
1902       if(aodTrack->Pt()<fCutMinTrackPt) continue;
1903
1904       Double_t phi = aodTrack->Phi()*TMath::RadToDeg();
1905       if(TMath::Abs(aodTrack->Eta())>0.8 || phi <= 20 || phi >= 240 ) continue;
1906       Double_t pos[3],mom[3];
1907       aodTrack->GetXYZ(pos);
1908       aodTrack->GetPxPyPz(mom);
1909       AliDebug(5,Form("aod track: i=%d | pos=(%5.4f,%5.4f,%5.4f) | mom=(%5.4f,%5.4f,%5.4f) | charge=%d\n",itr,pos[0],pos[1],pos[2],mom[0],mom[1],mom[2],aodTrack->Charge()));
1910
1911       trackParam= new AliExternalTrackParam(pos,mom,cv,aodTrack->Charge());
1912     }
1913
1914     //Return if the input data is not "AOD" or "ESD"
1915     else
1916     {
1917       printf("Wrong input data type! Should be \"AOD\" or \"ESD\"\n");
1918       if(clusterArray)
1919   {
1920     clusterArray->Clear();
1921     delete clusterArray;
1922   }
1923       return;
1924     }
1925
1926     if(!trackParam) continue;
1927
1928     //Extrapolate the track to EMCal surface
1929     AliExternalTrackParam emcalParam(*trackParam);
1930     Float_t eta, phi, pt;
1931     if(!ExtrapolateTrackToEMCalSurface(&emcalParam, fEMCalSurfaceDistance, fMass, fStepSurface, eta, phi, pt))
1932       {
1933   if(aodevent && trackParam) delete trackParam;
1934   if(fITSTrackSA && trackParam) delete trackParam;
1935   continue;
1936       }
1937
1938 //    if(esdevent)
1939 //      {
1940 //  esdTrack->SetOuterParam(&emcalParam,AliExternalTrackParam::kMultSec);
1941 //      }
1942
1943     if(TMath::Abs(eta)>0.75 || (phi) < 70*TMath::DegToRad() || (phi) > 190*TMath::DegToRad())
1944       {
1945   if(aodevent && trackParam) delete trackParam;
1946   if(fITSTrackSA && trackParam) delete trackParam;
1947   continue;
1948       }
1949
1950
1951     //Find matched clusters
1952     Int_t index = -1;
1953     Float_t dEta = -999, dPhi = -999;
1954     if(!clusterArr)
1955       {
1956   index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArray, dEta, dPhi);
1957       }
1958     else
1959       {
1960   index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArr, dEta, dPhi);
1961       }
1962
1963     if(index>-1)
1964     {
1965       fMatchedTrackIndex   ->AddAt(itr,matched);
1966       fMatchedClusterIndex ->AddAt(index,matched);
1967       fResidualEta         ->AddAt(dEta,matched);
1968       fResidualPhi         ->AddAt(dPhi,matched);
1969       matched++;
1970     }
1971     if(aodevent && trackParam) delete trackParam;
1972     if(fITSTrackSA && trackParam) delete trackParam;
1973   }//track loop
1974
1975   if(clusterArray)
1976     {
1977       clusterArray->Clear();
1978       delete clusterArray;
1979     }
1980
1981   AliDebug(2,Form("Number of matched pairs = %d !\n",matched));
1982
1983   fMatchedTrackIndex   ->Set(matched);
1984   fMatchedClusterIndex ->Set(matched);
1985   fResidualPhi         ->Set(matched);
1986   fResidualEta         ->Set(matched);
1987 }
1988
1989 //________________________________________________________________________________
1990 Int_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedClusterInEvent(const AliESDtrack *track,
1991                                                    const AliVEvent *event,
1992                                                    const AliEMCALGeometry *geom,
1993                                                    Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
1994 {
1995   //
1996   // This function returns the index of matched cluster to input track
1997   // Returns -1 if no match is found
1998   Int_t index = -1;
1999   Double_t phiV = track->Phi()*TMath::RadToDeg();
2000   if(TMath::Abs(track->Eta())>0.8 || phiV <= 20 || phiV >= 240 ) return index;
2001   AliExternalTrackParam *trackParam = 0;
2002   if(!fITSTrackSA)
2003     trackParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(track->GetInnerParam());  // If TPC
2004   else
2005     trackParam = new AliExternalTrackParam(*track);
2006
2007   if(!trackParam) return index;
2008   AliExternalTrackParam emcalParam(*trackParam);
2009   Float_t eta, phi, pt;
2010
2011   if(!ExtrapolateTrackToEMCalSurface(&emcalParam, fEMCalSurfaceDistance, fMass, fStepSurface, eta, phi, pt))    {
2012         if(fITSTrackSA) delete trackParam;
2013         return index;
2014   }
2015   if(TMath::Abs(eta)>0.75 || (phi) < 70*TMath::DegToRad() || (phi) > 190*TMath::DegToRad()){
2016         if(fITSTrackSA) delete trackParam;
2017         return index;
2018   }
2019
2020   TObjArray *clusterArr = new TObjArray(event->GetNumberOfCaloClusters());
2021
2022   for(Int_t icl=0; icl<event->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
2023   {
2024     AliVCluster *cluster = (AliVCluster*) event->GetCaloCluster(icl);
2025     if(geom && !IsGoodCluster(cluster,geom,(AliVCaloCells*)event->GetEMCALCells())) continue;
2026     clusterArr->AddAt(cluster,icl);
2027   }
2028
2029   index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArr, dEta, dPhi);
2030   clusterArr->Clear();
2031   delete clusterArr;
2032   if(fITSTrackSA) delete trackParam;
2033
2034   return index;
2035 }
2036
2037 //_______________________________________________________________________________________________
2038 Int_t  AliEMCALRecoUtils::FindMatchedClusterInClusterArr(const AliExternalTrackParam *emcalParam,
2039                                                          AliExternalTrackParam *trkParam,
2040                                                          const TObjArray * clusterArr,
2041                                                          Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
2042 {
2043   // Find matched cluster in array
2044
2045   dEta=-999, dPhi=-999;
2046   Float_t dRMax = fCutR, dEtaMax=fCutEta, dPhiMax=fCutPhi;
2047   Int_t index = -1;
2048   Float_t tmpEta=-999, tmpPhi=-999;
2049
2050   Double_t exPos[3] = {0.,0.,0.};
2051   if(!emcalParam->GetXYZ(exPos)) return index;
2052
2053   Float_t clsPos[3] = {0.,0.,0.};
2054   for(Int_t icl=0; icl<clusterArr->GetEntriesFast(); icl++)
2055     {
2056       AliVCluster *cluster = dynamic_cast<AliVCluster*> (clusterArr->At(icl)) ;
2057       if(!cluster || !cluster->IsEMCAL()) continue;
2058       cluster->GetPosition(clsPos);
2059       Double_t dR = TMath::Sqrt(TMath::Power(exPos[0]-clsPos[0],2)+TMath::Power(exPos[1]-clsPos[1],2)+TMath::Power(exPos[2]-clsPos[2],2));
2060       if(dR > fClusterWindow) continue;
2061
2062       AliExternalTrackParam trkPamTmp (*trkParam);//Retrieve the starting point every time before the extrapolation
2063       if(!ExtrapolateTrackToCluster(&trkPamTmp, cluster, fMass, fStepCluster, tmpEta, tmpPhi)) continue;
2064       if(fCutEtaPhiSum)
2065         {
2066           Float_t tmpR=TMath::Sqrt(tmpEta*tmpEta + tmpPhi*tmpPhi);
2067           if(tmpR<dRMax)
2068       {
2069         dRMax=tmpR;
2070         dEtaMax=tmpEta;
2071         dPhiMax=tmpPhi;
2072         index=icl;
2073       }
2074         }
2075       else if(fCutEtaPhiSeparate)
2076         {
2077           if(TMath::Abs(tmpEta)<TMath::Abs(dEtaMax) && TMath::Abs(tmpPhi)<TMath::Abs(dPhiMax))
2078       {
2079         dEtaMax = tmpEta;
2080         dPhiMax = tmpPhi;
2081         index=icl;
2082       }
2083         }
2084       else
2085         {
2086           printf("Error: please specify your cut criteria\n");
2087           printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
2088           printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
2089           return index;
2090         }
2091     }
2092
2093   dEta=dEtaMax;
2094   dPhi=dPhiMax;
2095
2096   return index;
2097 }
2098
2099 //------------------------------------------------------------------------------------
2100 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToEMCalSurface(AliExternalTrackParam *trkParam,
2101                                                          const Double_t emcalR,
2102                                                          const Double_t mass,
2103                                                          const Double_t step,
2104                                                          Float_t &eta,
2105                                                          Float_t &phi,
2106                                                          Float_t &pt)
2107 {
2108   //Extrapolate track to EMCAL surface
2109
2110   eta = -999, phi = -999, pt = -999;
2111   if(!trkParam) return kFALSE;
2112   if(!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(trkParam, emcalR, mass, step, kTRUE, 0.8, -1)) return kFALSE;
2113   Double_t trkPos[3] = {0.,0.,0.};
2114   if(!trkParam->GetXYZ(trkPos)) return kFALSE;
2115   TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
2116   eta = trkPosVec.Eta();
2117   phi = trkPosVec.Phi();
2118   pt = trkParam->Pt();
2119   if(phi<0)
2120     phi += 2*TMath::Pi();
2121
2122   return kTRUE;
2123 }
2124
2125 //-----------------------------------------------------------------------------------
2126 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToPosition(AliExternalTrackParam *trkParam,
2127                                                      const Float_t *clsPos,
2128                                                      Double_t mass,
2129                                                      Double_t step,
2130                                                      Float_t &tmpEta,
2131                                                      Float_t &tmpPhi)
2132 {
2133   //
2134   //Return the residual by extrapolating a track param to a global position
2135   //
2136   tmpEta = -999;
2137   tmpPhi = -999;
2138   if(!trkParam) return kFALSE;
2139   Double_t trkPos[3] = {0.,0.,0.};
2140   TVector3 vec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
2141   Double_t alpha =  ((int)(vec.Phi()*TMath::RadToDeg()/20)+0.5)*20*TMath::DegToRad();
2142   vec.RotateZ(-alpha); //Rotate the cluster to the local extrapolation coordinate system
2143   if(!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(trkParam, vec.X(), mass, step,kTRUE, 0.8, -1)) return kFALSE;
2144   if(!trkParam->GetXYZ(trkPos)) return kFALSE; //Get the extrapolated global position
2145
2146   TVector3 clsPosVec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
2147   TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
2148
2149   // track cluster matching
2150   tmpPhi = clsPosVec.DeltaPhi(trkPosVec);    // tmpPhi is between -pi and pi
2151   tmpEta = clsPosVec.Eta()-trkPosVec.Eta();
2152
2153   return kTRUE;
2154 }
2155
2156 //----------------------------------------------------------------------------------
2157 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(AliExternalTrackParam *trkParam,
2158                                                     const AliVCluster *cluster,
2159                                                     const Double_t mass,
2160                                                     const Double_t step,
2161                                                     Float_t &tmpEta,
2162                                                     Float_t &tmpPhi)
2163 {
2164   //
2165   //Return the residual by extrapolating a track param to a cluster
2166   //
2167   tmpEta = -999;
2168   tmpPhi = -999;
2169   if(!cluster || !trkParam) return kFALSE;
2170
2171   Float_t clsPos[3] = {0.,0.,0.};
2172   cluster->GetPosition(clsPos);
2173
2174   return ExtrapolateTrackToPosition(trkParam, clsPos, mass, step, tmpEta, tmpPhi);
2175 }
2176
2177 //---------------------------------------------------------------------------------
2178 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(AliExternalTrackParam *trkParam,
2179                                                     const AliVCluster *cluster,
2180                                                     Float_t &tmpEta,
2181                                                     Float_t &tmpPhi)
2182 {
2183   //
2184   //Return the residual by extrapolating a track param to a clusterfStepCluster
2185   //
2186
2187   return ExtrapolateTrackToCluster(trkParam, cluster, fMass, fStepCluster, tmpEta, tmpPhi);
2188 }
2189
2190 //_______________________________________________________________________
2191 void AliEMCALRecoUtils::GetMatchedResiduals(const Int_t clsIndex,
2192                                             Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
2193 {
2194   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2195   //Get the residuals dEta and dPhi for this cluster to the closest track
2196   //Works with ESDs and AODs
2197
2198   if( FindMatchedPosForCluster(clsIndex) >= 999 )
2199   {
2200     AliDebug(2,"No matched tracks found!\n");
2201     dEta=999.;
2202     dPhi=999.;
2203     return;
2204   }
2205   dEta = fResidualEta->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2206   dPhi = fResidualPhi->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2207 }
2208
2209 //______________________________________________________________________________________________
2210 void AliEMCALRecoUtils::GetMatchedClusterResiduals(Int_t trkIndex, Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
2211 {
2212   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2213   //Get the residuals dEta and dPhi for this track to the closest cluster
2214   //Works with ESDs and AODs
2215
2216   if( FindMatchedPosForTrack(trkIndex) >= 999 )
2217   {
2218     AliDebug(2,"No matched cluster found!\n");
2219     dEta=999.;
2220     dPhi=999.;
2221     return;
2222   }
2223   dEta = fResidualEta->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2224   dPhi = fResidualPhi->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2225 }
2226
2227 //__________________________________________________________
2228 Int_t AliEMCALRecoUtils::GetMatchedTrackIndex(Int_t clsIndex)
2229 {
2230   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2231   //Get the index of matched track to this cluster
2232   //Works with ESDs and AODs
2233
2234   if(IsClusterMatched(clsIndex))
2235     return fMatchedTrackIndex->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2236   else
2237     return -1;
2238 }
2239
2240 //__________________________________________________________
2241 Int_t AliEMCALRecoUtils::GetMatchedClusterIndex(Int_t trkIndex)
2242 {
2243   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2244   //Get the index of matched cluster to this track
2245   //Works with ESDs and AODs
2246
2247   if(IsTrackMatched(trkIndex))
2248     return fMatchedClusterIndex->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2249   else
2250     return -1;
2251 }
2252
2253 //______________________________________________________________
2254 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsClusterMatched(Int_t clsIndex) const
2255 {
2256   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2257   //Returns if the cluster has a match
2258   if(FindMatchedPosForCluster(clsIndex) < 999)
2259     return kTRUE;
2260   else
2261     return kFALSE;
2262 }
2263
2264 //____________________________________________________________
2265 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsTrackMatched(Int_t trkIndex) const
2266 {
2267   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2268   //Returns if the track has a match
2269   if(FindMatchedPosForTrack(trkIndex) < 999)
2270     return kTRUE;
2271   else
2272     return kFALSE;
2273 }
2274
2275 //______________________________________________________________________
2276 UInt_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedPosForCluster(Int_t clsIndex) const
2277 {
2278   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2279   //Returns the position of the match in the fMatchedClusterIndex array
2280   Float_t tmpR = fCutR;
2281   UInt_t pos = 999;
2282
2283   for(Int_t i=0; i<fMatchedClusterIndex->GetSize(); i++)
2284   {
2285     if(fMatchedClusterIndex->At(i)==clsIndex)
2286     {
2287       Float_t r = TMath::Sqrt(fResidualEta->At(i)*fResidualEta->At(i) + fResidualPhi->At(i)*fResidualPhi->At(i));
2288       if(r<tmpR)
2289       {
2290         pos=i;
2291         tmpR=r;
2292         AliDebug(3,Form("Matched cluster index: index: %d, dEta: %2.4f, dPhi: %2.4f.\n",
2293                         fMatchedClusterIndex->At(i),fResidualEta->At(i),fResidualPhi->At(i)));
2294       }
2295     }
2296   }
2297   return pos;
2298 }
2299
2300 //____________________________________________________________________
2301 UInt_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedPosForTrack(Int_t trkIndex) const
2302 {
2303   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2304   //Returns the position of the match in the fMatchedTrackIndex array
2305   Float_t tmpR = fCutR;
2306   UInt_t pos = 999;
2307
2308   for(Int_t i=0; i<fMatchedTrackIndex->GetSize(); i++)
2309   {
2310     if(fMatchedTrackIndex->At(i)==trkIndex)
2311     {
2312       Float_t r = TMath::Sqrt(fResidualEta->At(i)*fResidualEta->At(i) + fResidualPhi->At(i)*fResidualPhi->At(i));
2313       if(r<tmpR)
2314       {
2315         pos=i;
2316         tmpR=r;
2317         AliDebug(3,Form("Matched track index: index: %d, dEta: %2.4f, dPhi: %2.4f.\n",
2318                         fMatchedTrackIndex->At(i),fResidualEta->At(i),fResidualPhi->At(i)));
2319       }
2320     }
2321   }
2322   return pos;
2323 }
2324
2325 //__________________________________________________________________________
2326 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsGoodCluster(AliVCluster *cluster,
2327                                         const AliEMCALGeometry *geom,
2328                                         AliVCaloCells* cells,const Int_t bc)
2329 {
2330   // check if the cluster survives some quality cut
2331   //
2332   //
2333   Bool_t isGood=kTRUE;
2334
2335   if(!cluster || !cluster->IsEMCAL())              return kFALSE;
2336
2337   if(ClusterContainsBadChannel(geom,cluster->GetCellsAbsId(),cluster->GetNCells())) return kFALSE;
2338
2339   if(!CheckCellFiducialRegion(geom,cluster,cells)) return kFALSE;
2340
2341   if(IsExoticCluster(cluster, cells,bc))           return kFALSE;
2342
2343   return isGood;
2344 }
2345
2346 //__________________________________________________________
2347 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsAccepted(AliESDtrack *esdTrack)
2348 {
2349   // Given a esd track, return whether the track survive all the cuts
2350
2351   // The different quality parameter are first
2352   // retrieved from the track. then it is found out what cuts the
2353   // track did not survive and finally the cuts are imposed.
2354
2355   UInt_t status = esdTrack->GetStatus();
2356
2357   Int_t nClustersITS = esdTrack->GetITSclusters(0);
2358   Int_t nClustersTPC = esdTrack->GetTPCclusters(0);
2359
2360   Float_t chi2PerClusterITS = -1;
2361   Float_t chi2PerClusterTPC = -1;
2362   if (nClustersITS!=0)
2363     chi2PerClusterITS = esdTrack->GetITSchi2()/Float_t(nClustersITS);
2364   if (nClustersTPC!=0)
2365     chi2PerClusterTPC = esdTrack->GetTPCchi2()/Float_t(nClustersTPC);
2366
2367
2368   //DCA cuts
2369   if(fTrackCutsType==kGlobalCut)
2370     {
2371       Float_t maxDCAToVertexXYPtDep = 0.0182 + 0.0350/TMath::Power(esdTrack->Pt(),1.01); //This expression comes from AliESDtrackCuts::GetStandardITSTPCTrackCuts2010()
2372       //AliDebug(3,Form("Track pT = %f, DCAtoVertexXY = %f",esdTrack->Pt(),MaxDCAToVertexXYPtDep));
2373       SetMaxDCAToVertexXY(maxDCAToVertexXYPtDep); //Set pT dependent DCA cut to vertex in x-y plane
2374     }
2375
2376
2377   Float_t b[2];
2378   Float_t bCov[3];
2379   esdTrack->GetImpactParameters(b,bCov);
2380   if (bCov[0]<=0 || bCov[2]<=0)
2381   {
2382     AliDebug(1, "Estimated b resolution lower or equal zero!");
2383     bCov[0]=0; bCov[2]=0;
2384   }
2385
2386   Float_t dcaToVertexXY = b[0];
2387   Float_t dcaToVertexZ = b[1];
2388   Float_t dcaToVertex = -1;
2389
2390   if (fCutDCAToVertex2D)
2391     dcaToVertex = TMath::Sqrt(dcaToVertexXY*dcaToVertexXY/fCutMaxDCAToVertexXY/fCutMaxDCAToVertexXY + dcaToVertexZ*dcaToVertexZ/fCutMaxDCAToVertexZ/fCutMaxDCAToVertexZ);
2392   else
2393     dcaToVertex = TMath::Sqrt(dcaToVertexXY*dcaToVertexXY + dcaToVertexZ*dcaToVertexZ);
2394
2395   // cut the track?
2396
2397   Bool_t cuts[kNCuts];
2398   for (Int_t i=0; i<kNCuts; i++) cuts[i]=kFALSE;
2399
2400   // track quality cuts
2401   if (fCutRequireTPCRefit && (status&AliESDtrack::kTPCrefit)==0)
2402     cuts[0]=kTRUE;
2403   if (fCutRequireITSRefit && (status&AliESDtrack::kITSrefit)==0)
2404     cuts[1]=kTRUE;
2405   if (nClustersTPC<fCutMinNClusterTPC)
2406     cuts[2]=kTRUE;
2407   if (nClustersITS<fCutMinNClusterITS)
2408     cuts[3]=kTRUE;
2409   if (chi2PerClusterTPC>fCutMaxChi2PerClusterTPC)
2410     cuts[4]=kTRUE;
2411   if (chi2PerClusterITS>fCutMaxChi2PerClusterITS)
2412     cuts[5]=kTRUE;
2413   if (!fCutAcceptKinkDaughters && esdTrack->GetKinkIndex(0)>0)
2414     cuts[6]=kTRUE;
2415   if (fCutDCAToVertex2D && dcaToVertex > 1)
2416     cuts[7] = kTRUE;
2417   if (!fCutDCAToVertex2D && TMath::Abs(dcaToVertexXY) > fCutMaxDCAToVertexXY)
2418     cuts[8] = kTRUE;
2419   if (!fCutDCAToVertex2D && TMath::Abs(dcaToVertexZ) > fCutMaxDCAToVertexZ)
2420     cuts[9] = kTRUE;
2421
2422   if(fTrackCutsType==kGlobalCut)
2423     {
2424       //Require at least one SPD point + anything else in ITS
2425       if( (esdTrack->HasPointOnITSLayer(0) || esdTrack->HasPointOnITSLayer(1)) == kFALSE)
2426   cuts[10] = kTRUE;
2427     }
2428
2429       // ITS
2430   if(fCutRequireITSStandAlone || fCutRequireITSpureSA){
2431     if ((status & AliESDtrack::kITSin) == 0 || (status & AliESDtrack::kTPCin)){
2432       // TPC tracks
2433       cuts[11] = kTRUE;
2434     }else{
2435       // ITS standalone tracks
2436       if(fCutRequireITSStandAlone && !fCutRequireITSpureSA){
2437         if(status & AliESDtrack::kITSpureSA) cuts[11] = kTRUE;
2438       }else if(fCutRequireITSpureSA){
2439         if(!(status & AliESDtrack::kITSpureSA)) cuts[11] = kTRUE;
2440       }
2441     }
2442   }
2443
2444   Bool_t cut=kFALSE;
2445   for (Int_t i=0; i<kNCuts; i++)
2446     if (cuts[i]) { cut = kTRUE ; }
2447
2448     // cut the track
2449   if (cut)
2450     return kFALSE;
2451   else
2452     return kTRUE;
2453 }
2454
2455 //_____________________________________
2456 void AliEMCALRecoUtils::InitTrackCuts()
2457 {
2458   //Intilize the track cut criteria
2459   //By default these cuts are set according to AliESDtrackCuts::GetStandardTPCOnlyTrackCuts()
2460   //Also you can customize the cuts using the setters
2461
2462   switch (fTrackCutsType)
2463   {
2464     case kTPCOnlyCut:
2465     {
2466       AliInfo(Form("Track cuts for matching: GetStandardTPCOnlyTrackCuts()"));
2467       //TPC
2468       SetMinNClustersTPC(70);
2469       SetMaxChi2PerClusterTPC(4);
2470       SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
2471       SetRequireTPCRefit(kFALSE);
2472
2473       //ITS
2474       SetRequireITSRefit(kFALSE);
2475       SetMaxDCAToVertexZ(3.2);
2476       SetMaxDCAToVertexXY(2.4);
2477       SetDCAToVertex2D(kTRUE);
2478
2479       break;
2480     }
2481
2482     case kGlobalCut:
2483     {
2484       AliInfo(Form("Track cuts for matching: GetStandardITSTPCTrackCuts2010(kTURE)"));
2485       //TPC
2486       SetMinNClustersTPC(70);
2487       SetMaxChi2PerClusterTPC(4);
2488       SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
2489       SetRequireTPCRefit(kTRUE);
2490
2491       //ITS
2492       SetRequireITSRefit(kTRUE);
2493       SetMaxDCAToVertexZ(2);
2494       SetMaxDCAToVertexXY();
2495       SetDCAToVertex2D(kFALSE);
2496
2497       break;
2498     }
2499
2500     case kLooseCut:
2501     {
2502       AliInfo(Form("Track cuts for matching: Loose cut w/o DCA cut"));
2503       SetMinNClustersTPC(50);
2504       SetAcceptKinkDaughters(kTRUE);
2505
2506       break;
2507     }
2508
2509     case kITSStandAlone:
2510     {
2511       AliInfo(Form("Track cuts for matching: ITS Stand Alone tracks cut w/o DCA cut"));
2512       SetRequireITSRefit(kTRUE);
2513       SetRequireITSStandAlone(kTRUE);
2514       SetITSTrackSA(kTRUE);
2515       break;
2516     }
2517
2518   }
2519 }
2520
2521
2522 //________________________________________________________________________
2523 void AliEMCALRecoUtils::SetClusterMatchedToTrack(const AliVEvent *event)
2524 {
2525   // Checks if tracks are matched to EMC clusters and set the matched EMCAL cluster index to ESD track.
2526
2527   Int_t nTracks = event->GetNumberOfTracks();
2528   for (Int_t iTrack = 0; iTrack < nTracks; ++iTrack)
2529   {
2530     AliVTrack* track = dynamic_cast<AliVTrack*>(event->GetTrack(iTrack));
2531     if (!track)
2532     {
2533       AliWarning(Form("Could not receive track %d", iTrack));
2534       continue;
2535     }
2536
2537     Int_t matchClusIndex = GetMatchedClusterIndex(iTrack);
2538     track->SetEMCALcluster(matchClusIndex); //sets -1 if track not matched within residual
2539     /*the following can be done better if AliVTrack::SetStatus will be there. Patch pending with Andreas/Peter*/
2540     AliESDtrack* esdtrack = dynamic_cast<AliESDtrack*>(track);
2541     if (esdtrack) {
2542       if(matchClusIndex != -1)
2543         esdtrack->SetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2544       else
2545         esdtrack->ResetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2546     } else {
2547       AliAODTrack* aodtrack = dynamic_cast<AliAODTrack*>(track);
2548       if(matchClusIndex != -1)
2549         aodtrack->SetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2550       else
2551         aodtrack->ResetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2552     }
2553
2554   }
2555   AliDebug(2,"Track matched to closest cluster");
2556 }
2557
2558 //_________________________________________________________________________
2559 void AliEMCALRecoUtils::SetTracksMatchedToCluster(const AliVEvent *event)
2560 {
2561   // Checks if EMC clusters are matched to ESD track.
2562   // Adds track indexes of all the tracks matched to a cluster withing residuals in ESDCalocluster.
2563
2564   for (Int_t iClus=0; iClus < event->GetNumberOfCaloClusters(); ++iClus)
2565   {
2566     AliVCluster *cluster = event->GetCaloCluster(iClus);
2567     if (!cluster->IsEMCAL())
2568       continue;
2569
2570     Int_t nTracks = event->GetNumberOfTracks();
2571     TArrayI arrayTrackMatched(nTracks);
2572
2573     // Get the closest track matched to the cluster
2574     Int_t nMatched = 0;
2575     Int_t matchTrackIndex = GetMatchedTrackIndex(iClus);
2576     if (matchTrackIndex != -1)
2577     {
2578       arrayTrackMatched[nMatched] = matchTrackIndex;
2579       nMatched++;
2580     }
2581
2582     // Get all other tracks matched to the cluster
2583     for(Int_t iTrk=0; iTrk<nTracks; ++iTrk)
2584     {
2585       AliVTrack* track = dynamic_cast<AliVTrack*>(event->GetTrack(iTrk));
2586       if(iTrk == matchTrackIndex) continue;
2587       if(track->GetEMCALcluster() == iClus)
2588       {
2589         arrayTrackMatched[nMatched] = iTrk;
2590         ++nMatched;
2591       }
2592     }
2593
2594     //printf("Tender::SetTracksMatchedToCluster - cluster E %f, N matches %d, first match %d\n",cluster->E(),nMatched,arrayTrackMatched[0]);
2595
2596     arrayTrackMatched.Set(nMatched);
2597     AliESDCaloCluster *esdcluster = dynamic_cast<AliESDCaloCluster*>(cluster);
2598     if (esdcluster)
2599       esdcluster->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
2600     else if (nMatched>0) {
2601       AliAODCaloCluster *aodcluster = dynamic_cast<AliAODCaloCluster*>(cluster);
2602       if (aodcluster)
2603         aodcluster->AddTrackMatched(event->GetTrack(arrayTrackMatched.At(0)));
2604     }
2605
2606     Float_t eta= -999, phi = -999;
2607     if (matchTrackIndex != -1)
2608       GetMatchedResiduals(iClus, eta, phi);
2609     cluster->SetTrackDistance(phi, eta);
2610   }
2611
2612   AliDebug(2,"Cluster matched to tracks");
2613 }
2614
2615 //___________________________________________________
2616 void AliEMCALRecoUtils::Print(const Option_t *) const
2617 {
2618   // Print Parameters
2619
2620   printf("AliEMCALRecoUtils Settings: \n");
2621   printf("Misalignment shifts\n");
2622   for(Int_t i=0; i<5; i++) printf("\t sector %d, traslation (x,y,z)=(%f,%f,%f), rotation (x,y,z)=(%f,%f,%f)\n",i,
2623                                   fMisalTransShift[i*3],fMisalTransShift[i*3+1],fMisalTransShift[i*3+2],
2624                                   fMisalRotShift[i*3],  fMisalRotShift[i*3+1],  fMisalRotShift[i*3+2]   );
2625   printf("Non linearity function %d, parameters:\n", fNonLinearityFunction);
2626   for(Int_t i=0; i<6; i++) printf("param[%d]=%f\n",i, fNonLinearityParams[i]);
2627
2628   printf("Position Recalculation option %d, Particle Type %d, fW0 %2.2f, Recalibrate Data %d \n",fPosAlgo,fParticleType,fW0, fRecalibration);
2629
2630   printf("Matching criteria: ");
2631   if(fCutEtaPhiSum)
2632     {
2633       printf("sqrt(dEta^2+dPhi^2)<%4.3f\n",fCutR);
2634     }
2635   else if(fCutEtaPhiSeparate)
2636     {
2637       printf("dEta<%4.3f, dPhi<%4.3f\n",fCutEta,fCutPhi);
2638     }
2639   else
2640     {
2641       printf("Error\n");
2642       printf("please specify your cut criteria\n");
2643       printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
2644       printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
2645     }
2646
2647   printf("Mass hypothesis = %2.3f [GeV/c^2], extrapolation step to surface = %2.2f[cm], step to cluster = %2.2f[cm]\n",fMass,fStepSurface, fStepCluster);
2648   printf("Cluster selection window: dR < %2.0f\n",fClusterWindow);
2649
2650   printf("Track cuts: \n");
2651   printf("Minimum track pT: %1.2f\n",fCutMinTrackPt);
2652   printf("AOD track selection: tpc only %d, or hybrid %d, or mask: %d\n",fAODTPCOnlyTracks,fAODHybridTracks, fAODFilterMask);
2653   printf("TPCRefit = %d, ITSRefit = %d\n",fCutRequireTPCRefit,fCutRequireITSRefit);
2654   printf("AcceptKinks = %d\n",fCutAcceptKinkDaughters);
2655   printf("MinNCulsterTPC = %d, MinNClusterITS = %d\n",fCutMinNClusterTPC,fCutMinNClusterITS);
2656   printf("MaxChi2TPC = %2.2f, MaxChi2ITS = %2.2f\n",fCutMaxChi2PerClusterTPC,fCutMaxChi2PerClusterITS);
2657   printf("DCSToVertex2D = %d, MaxDCAToVertexXY = %2.2f, MaxDCAToVertexZ = %2.2f\n",fCutDCAToVertex2D,fCutMaxDCAToVertexXY,fCutMaxDCAToVertexZ);
2658 }
2659