EMCAL/AliEMCALRecoUtils.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id: AliEMCALRecoUtils.cxx 33808 2009-07-15 09:48:08Z gconesab $ */
  17
  18 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  19 //
  20 // Class AliEMCALRecoUtils
  21 // Some utilities to recalculate the cluster position or energy linearity
  22 //
  23 //
  24 // Author:  Gustavo Conesa (LPSC- Grenoble)
  25 //          Track matching part: Rongrong Ma (Yale)
  26
  27 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  28 // --- standard c ---
  29
  30 // standard C++ includes
  31 //#include <Riostream.h>
  32
  33 // ROOT includes
  34 #include <TGeoManager.h>
  35 #include <TGeoMatrix.h>
  36 #include <TGeoBBox.h>
  37 #include <TH2F.h>
  38 #include <TArrayI.h>
  39 #include <TArrayF.h>
  40 #include <TObjArray.h>
  41
  42 // STEER includes
  43 #include "AliVCluster.h"
  44 #include "AliVCaloCells.h"
  45 #include "AliVEvent.h"
  46 #include "AliLog.h"
  47 #include "AliPID.h"
  48 #include "AliESDEvent.h"
  49 #include "AliAODEvent.h"
  50 #include "AliESDtrack.h"
  51 #include "AliAODTrack.h"
  52 #include "AliExternalTrackParam.h"
  53 #include "AliESDfriendTrack.h"
  54 #include "AliTrackerBase.h"
  55
  56 // EMCAL includes
  57 #include "AliEMCALRecoUtils.h"
  58 #include "AliEMCALGeometry.h"
  59 #include "AliEMCALTrack.h"
  60 #include "AliEMCALCalibTimeDepCorrection.h" // Run dependent
  61 #include "AliEMCALPIDUtils.h"
  62
  63 ClassImp(AliEMCALRecoUtils)
  64
  65 //______________________________________________
  66 AliEMCALRecoUtils::AliEMCALRecoUtils():
  67   fParticleType(kPhoton),                 fPosAlgo(kUnchanged),                   fW0(4.),
  68   fNonLinearityFunction(kNoCorrection),   fNonLinearThreshold(30),
  69   fSmearClusterEnergy(kFALSE),            fRandom(),
  70   fCellsRecalibrated(kFALSE),             fRecalibration(kFALSE),                 fEMCALRecalibrationFactors(),
  71   fTimeRecalibration(kFALSE),             fEMCALTimeRecalibrationFactors(),
  72   fUseRunCorrectionFactors(kFALSE),       fRunCorrectionFactorsSet(kFALSE),
  73   fRemoveBadChannels(kFALSE),             fRecalDistToBadChannels(kFALSE),        fEMCALBadChannelMap(),
  74   fNCellsFromEMCALBorder(0),              fNoEMCALBorderAtEta0(kTRUE),
  75   fRejectExoticCluster(kFALSE),           fPIDUtils(),                            fAODFilterMask(32),
  76   fMatchedTrackIndex(0x0),                fMatchedClusterIndex(0x0),
  77   fResidualEta(0x0), fResidualPhi(0x0),   fCutEtaPhiSum(kTRUE),                   fCutEtaPhiSeparate(kFALSE),
  78   fCutR(0.1),                             fCutEta(0.02),                          fCutPhi(0.04),
  79   fMass(0.139),                           fStep(50),
  80   fTrackCutsType(kTPCOnlyCut),            fCutMinTrackPt(0),                      fCutMinNClusterTPC(-1),
  81   fCutMinNClusterITS(-1),                 fCutMaxChi2PerClusterTPC(1e10),         fCutMaxChi2PerClusterITS(1e10),
  82   fCutRequireTPCRefit(kFALSE),            fCutRequireITSRefit(kFALSE),            fCutAcceptKinkDaughters(kFALSE),
  83   fCutMaxDCAToVertexXY(1e10),             fCutMaxDCAToVertexZ(1e10),              fCutDCAToVertex2D(kFALSE)
  84 {
  85 //
  86   // Constructor.
  87   // Initialize all constant values which have to be used
  88   // during Reco algorithm execution
  89   //
  90
  91   //Misalignment matrices
  92   for(Int_t i = 0; i < 15 ; i++) {
  93       fMisalTransShift[i] = 0.;
  94       fMisalRotShift[i]   = 0.;
  95   }
  96
  97   //Non linearity
  98   for(Int_t i = 0; i < 7  ; i++) fNonLinearityParams[i] = 0.;
  99
 100   //For kBeamTestCorrected case, but default is no correction
 101   fNonLinearityParams[0] =  0.99078;
 102   fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
 103   fNonLinearityParams[2] =  0.655166;
 104   fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
 105   fNonLinearityParams[4] =  163.282;
 106   fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
 107   fNonLinearityParams[6] =  0.978;
 108
 109   //For kPi0GammaGamma case
 110   //fNonLinearityParams[0] = 0.1457/0.1349766/1.038;
 111   //fNonLinearityParams[1] = -0.02024/0.1349766/1.038;
 112   //fNonLinearityParams[2] = 1.046;
 113
 114   //Cluster energy smearing
 115   fSmearClusterEnergy   = kFALSE;
 116   fSmearClusterParam[0] = 0.07; // * sqrt E term
 117   fSmearClusterParam[1] = 0.00; // * E term
 118   fSmearClusterParam[2] = 0.00; // constant
 119
 120   //Track matching
 121   fMatchedTrackIndex     = new TArrayI();
 122   fMatchedClusterIndex   = new TArrayI();
 123   fResidualPhi           = new TArrayF();
 124   fResidualEta           = new TArrayF();
 125   fPIDUtils              = new AliEMCALPIDUtils();
 126
 127   InitTrackCuts();
 128 }
 129
 130 //______________________________________________________________________
 131 AliEMCALRecoUtils::AliEMCALRecoUtils(const AliEMCALRecoUtils & reco)
 132 : TNamed(reco),
 133   fParticleType(reco.fParticleType),                         fPosAlgo(reco.fPosAlgo),     fW0(reco.fW0),
 134   fNonLinearityFunction(reco.fNonLinearityFunction),         fNonLinearThreshold(reco.fNonLinearThreshold),
 135   fSmearClusterEnergy(reco.fSmearClusterEnergy),             fRandom(),
 136   fCellsRecalibrated(reco.fCellsRecalibrated),
 137   fRecalibration(reco.fRecalibration),                       fEMCALRecalibrationFactors(reco.fEMCALRecalibrationFactors),
 138   fTimeRecalibration(reco.fTimeRecalibration),               fEMCALTimeRecalibrationFactors(reco.fEMCALTimeRecalibrationFactors),
 139   fUseRunCorrectionFactors(reco.fUseRunCorrectionFactors),   fRunCorrectionFactorsSet(reco.fRunCorrectionFactorsSet),
 140   fRemoveBadChannels(reco.fRemoveBadChannels),               fRecalDistToBadChannels(reco.fRecalDistToBadChannels),
 141   fEMCALBadChannelMap(reco.fEMCALBadChannelMap),
 142   fNCellsFromEMCALBorder(reco.fNCellsFromEMCALBorder),       fNoEMCALBorderAtEta0(reco.fNoEMCALBorderAtEta0),
 143   fRejectExoticCluster(reco.fRejectExoticCluster),           fPIDUtils(reco.fPIDUtils),
 144   fAODFilterMask(reco.fAODFilterMask),
 145   fMatchedTrackIndex(  reco.fMatchedTrackIndex?  new TArrayI(*reco.fMatchedTrackIndex):0x0),
 146   fMatchedClusterIndex(reco.fMatchedClusterIndex?new TArrayI(*reco.fMatchedClusterIndex):0x0),
 147   fResidualEta(        reco.fResidualEta?        new TArrayF(*reco.fResidualEta):0x0),
 148   fResidualPhi(        reco.fResidualPhi?        new TArrayF(*reco.fResidualPhi):0x0),
 149   fCutEtaPhiSum(reco.fCutEtaPhiSum),                         fCutEtaPhiSeparate(reco.fCutEtaPhiSeparate),
 150   fCutR(reco.fCutR),        fCutEta(reco.fCutEta),           fCutPhi(reco.fCutPhi),
 151   fMass(reco.fMass),        fStep(reco.fStep),
 152   fTrackCutsType(reco.fTrackCutsType),                       fCutMinTrackPt(reco.fCutMinTrackPt),
 153   fCutMinNClusterTPC(reco.fCutMinNClusterTPC),               fCutMinNClusterITS(reco.fCutMinNClusterITS),
 154   fCutMaxChi2PerClusterTPC(reco.fCutMaxChi2PerClusterTPC),   fCutMaxChi2PerClusterITS(reco.fCutMaxChi2PerClusterITS),
 155   fCutRequireTPCRefit(reco.fCutRequireTPCRefit),             fCutRequireITSRefit(reco.fCutRequireITSRefit),
 156   fCutAcceptKinkDaughters(reco.fCutAcceptKinkDaughters),     fCutMaxDCAToVertexXY(reco.fCutMaxDCAToVertexXY),
 157   fCutMaxDCAToVertexZ(reco.fCutMaxDCAToVertexZ),             fCutDCAToVertex2D(reco.fCutDCAToVertex2D)
 158 {
 159   //Copy ctor
 160
 161   for(Int_t i = 0; i < 15 ; i++) { fMisalRotShift[i]      = reco.fMisalRotShift[i]      ;
 162                                    fMisalTransShift[i]    = reco.fMisalTransShift[i]    ; }
 163   for(Int_t i = 0; i < 7  ; i++) { fNonLinearityParams[i] = reco.fNonLinearityParams[i] ; }
 164   for(Int_t i = 0; i < 3  ; i++) { fSmearClusterParam[i]  = reco.fSmearClusterParam[i]  ; }
 165
 166 }
 167
 168
 169 //______________________________________________________________________
 170 AliEMCALRecoUtils & AliEMCALRecoUtils::operator = (const AliEMCALRecoUtils & reco)
 171 {
 172   //Assignment operator
 173
 174   if(this == &reco)return *this;
 175   ((TNamed *)this)->operator=(reco);
 176
 177   for(Int_t i = 0; i < 15 ; i++) { fMisalTransShift[i]    = reco.fMisalTransShift[i]    ;
 178                                    fMisalRotShift[i]      = reco.fMisalRotShift[i]      ; }
 179   for(Int_t i = 0; i < 7  ; i++) { fNonLinearityParams[i] = reco.fNonLinearityParams[i] ; }
 180   for(Int_t i = 0; i < 3  ; i++) { fSmearClusterParam[i]  = reco.fSmearClusterParam[i]  ; }
 181
 182   fParticleType              = reco.fParticleType;
 183   fPosAlgo                   = reco.fPosAlgo;
 184   fW0                        = reco.fW0;
 185
 186   fNonLinearityFunction      = reco.fNonLinearityFunction;
 187   fNonLinearThreshold        = reco.fNonLinearThreshold;
 188   fSmearClusterEnergy        = reco.fSmearClusterEnergy;
 189
 190   fCellsRecalibrated         = reco.fCellsRecalibrated;
 191   fRecalibration             = reco.fRecalibration;
 192   fEMCALRecalibrationFactors = reco.fEMCALRecalibrationFactors;
 193
 194   fTimeRecalibration             = reco.fTimeRecalibration;
 195   fEMCALTimeRecalibrationFactors = reco.fEMCALTimeRecalibrationFactors;
 196
 197   fUseRunCorrectionFactors   = reco.fUseRunCorrectionFactors;
 198   fRunCorrectionFactorsSet   = reco.fRunCorrectionFactorsSet;
 199
 200   fRemoveBadChannels         = reco.fRemoveBadChannels;
 201   fRecalDistToBadChannels    = reco.fRecalDistToBadChannels;
 202   fEMCALBadChannelMap        = reco.fEMCALBadChannelMap;
 203
 204   fNCellsFromEMCALBorder     = reco.fNCellsFromEMCALBorder;
 205   fNoEMCALBorderAtEta0       = reco.fNoEMCALBorderAtEta0;
 206   fRejectExoticCluster       = reco.fRejectExoticCluster;
 207
 208   fPIDUtils                  = reco.fPIDUtils;
 209
 210   fAODFilterMask             = reco.fAODFilterMask;
 211
 212   fCutEtaPhiSum              = reco.fCutEtaPhiSum;
 213   fCutEtaPhiSeparate         = reco.fCutEtaPhiSeparate;
 214   fCutR                      = reco.fCutR;
 215   fCutEta                    = reco.fCutEta;
 216   fCutPhi                    = reco.fCutPhi;
 217   fMass                      = reco.fMass;
 218   fStep                      = reco.fStep;
 219   fRejectExoticCluster       = reco.fRejectExoticCluster;
 220
 221   fTrackCutsType             = reco.fTrackCutsType;
 222   fCutMinTrackPt             = reco.fCutMinTrackPt;
 223   fCutMinNClusterTPC         = reco.fCutMinNClusterTPC;
 224   fCutMinNClusterITS         = reco.fCutMinNClusterITS;
 225   fCutMaxChi2PerClusterTPC   = reco.fCutMaxChi2PerClusterTPC;
 226   fCutMaxChi2PerClusterITS   = reco.fCutMaxChi2PerClusterITS;
 227   fCutRequireTPCRefit        = reco.fCutRequireTPCRefit;
 228   fCutRequireITSRefit        = reco.fCutRequireITSRefit;
 229   fCutAcceptKinkDaughters    = reco.fCutAcceptKinkDaughters;
 230   fCutMaxDCAToVertexXY       = reco.fCutMaxDCAToVertexXY;
 231   fCutMaxDCAToVertexZ        = reco.fCutMaxDCAToVertexZ;
 232   fCutDCAToVertex2D          = reco.fCutDCAToVertex2D;
 233
 234   if(reco.fResidualEta){
 235     // assign or copy construct
 236     if(fResidualEta){
 237       *fResidualEta = *reco.fResidualEta;
 238     }
 239     else fResidualEta = new TArrayF(*reco.fResidualEta);
 240   }
 241   else{
 242     if(fResidualEta)delete fResidualEta;
 243     fResidualEta = 0;
 244   }
 245
 246   if(reco.fResidualPhi){
 247     // assign or copy construct
 248     if(fResidualPhi){
 249       *fResidualPhi = *reco.fResidualPhi;
 250     }
 251     else fResidualPhi = new TArrayF(*reco.fResidualPhi);
 252   }
 253   else{
 254     if(fResidualPhi)delete fResidualPhi;
 255     fResidualPhi = 0;
 256   }
 257
 258   if(reco.fMatchedTrackIndex){
 259     // assign or copy construct
 260     if(fMatchedTrackIndex){
 261       *fMatchedTrackIndex = *reco.fMatchedTrackIndex;
 262     }
 263     else fMatchedTrackIndex = new TArrayI(*reco.fMatchedTrackIndex);
 264   }
 265   else{
 266     if(fMatchedTrackIndex)delete fMatchedTrackIndex;
 267     fMatchedTrackIndex = 0;
 268   }
 269
 270   if(reco.fMatchedClusterIndex){
 271     // assign or copy construct
 272     if(fMatchedClusterIndex){
 273       *fMatchedClusterIndex = *reco.fMatchedClusterIndex;
 274     }
 275     else fMatchedClusterIndex = new TArrayI(*reco.fMatchedClusterIndex);
 276   }
 277   else{
 278     if(fMatchedClusterIndex)delete fMatchedClusterIndex;
 279     fMatchedClusterIndex = 0;
 280   }
 281
 282   return *this;
 283 }
 284
 285
 286 //__________________________________________________
 287 AliEMCALRecoUtils::~AliEMCALRecoUtils()
 288 {
 289   //Destructor.
 290
 291         if(fEMCALRecalibrationFactors) {
 292                 fEMCALRecalibrationFactors->Clear();
 293                 delete  fEMCALRecalibrationFactors;
 294         }
 295
 296   if(fEMCALTimeRecalibrationFactors) {
 297                 fEMCALTimeRecalibrationFactors->Clear();
 298                 delete  fEMCALTimeRecalibrationFactors;
 299         }
 300
 301   if(fEMCALBadChannelMap) {
 302                 fEMCALBadChannelMap->Clear();
 303                 delete  fEMCALBadChannelMap;
 304         }
 305
 306   delete fMatchedTrackIndex   ;
 307   delete fMatchedClusterIndex ;
 308   delete fResidualEta         ;
 309   delete fResidualPhi         ;
 310
 311 }
 312
 313 //_______________________________________________________________
 314 Bool_t AliEMCALRecoUtils::CheckCellFiducialRegion(AliEMCALGeometry* geom, AliVCluster* cluster, AliVCaloCells* cells)
 315 {
 316         // Given the list of AbsId of the cluster, get the maximum cell and
 317         // check if there are fNCellsFromBorder from the calorimeter border
 318
 319   if(!cluster){
 320     AliInfo("Cluster pointer null!");
 321     return kFALSE;
 322   }
 323
 324   //If the distance to the border is 0 or negative just exit accept all clusters
 325         if(cells->GetType()==AliVCaloCells::kEMCALCell && fNCellsFromEMCALBorder <= 0 ) return kTRUE;
 326
 327   Int_t absIdMax        = -1, iSM =-1, ieta = -1, iphi = -1;
 328   Bool_t shared = kFALSE;
 329   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absIdMax,  iSM, ieta, iphi, shared);
 330
 331   AliDebug(2,Form("Cluster Max AbsId %d, Cell Energy %2.2f, Cluster Energy %2.2f, Ncells from border %d, EMCAL eta=0 %d\n",
 332            absIdMax, cells->GetCellAmplitude(absIdMax), cluster->E(), fNCellsFromEMCALBorder, fNoEMCALBorderAtEta0));
 333
 334         if(absIdMax==-1) return kFALSE;
 335
 336         //Check if the cell is close to the borders:
 337         Bool_t okrow = kFALSE;
 338         Bool_t okcol = kFALSE;
 339
 340   if(iSM < 0 || iphi < 0 || ieta < 0 ) {
 341     AliFatal(Form("Negative value for super module: %d, or cell ieta: %d, or cell iphi: %d, check EMCAL geometry name\n",
 342                   iSM,ieta,iphi));
 343   }
 344
 345   //Check rows/phi
 346   if(iSM < 10){
 347     if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < 24-fNCellsFromEMCALBorder) okrow =kTRUE;
 348   }
 349   else{
 350     if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < 12-fNCellsFromEMCALBorder) okrow =kTRUE;
 351   }
 352
 353   //Check columns/eta
 354   if(!fNoEMCALBorderAtEta0){
 355     if(ieta  > fNCellsFromEMCALBorder && ieta < 48-fNCellsFromEMCALBorder) okcol =kTRUE;
 356   }
 357   else{
 358     if(iSM%2==0){
 359       if(ieta >= fNCellsFromEMCALBorder)     okcol = kTRUE;
 360     }
 361     else {
 362       if(ieta <  48-fNCellsFromEMCALBorder)  okcol = kTRUE;
 363     }
 364   }//eta 0 not checked
 365
 366   AliDebug(2,Form("EMCAL Cluster in %d cells fiducial volume: ieta %d, iphi %d, SM %d:  column? %d, row? %d\nq",
 367            fNCellsFromEMCALBorder, ieta, iphi, iSM, okcol, okrow));
 368
 369         if (okcol && okrow) {
 370     //printf("Accept\n");
 371     return kTRUE;
 372   }
 373         else  {
 374     //printf("Reject\n");
 375     AliDebug(2,Form("Reject cluster in border, max cell : ieta %d, iphi %d, SM %d\n",ieta, iphi, iSM));
 376     return kFALSE;
 377   }
 378
 379 }
 380
 381
 382 //_________________________________________________________________________________________________________
 383 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ClusterContainsBadChannel(AliEMCALGeometry* geom, UShort_t* cellList, const Int_t nCells){
 384         // Check that in the cluster cells, there is no bad channel of those stored
 385         // in fEMCALBadChannelMap or fPHOSBadChannelMap
 386
 387         if(!fRemoveBadChannels)  return kFALSE;
 388         if(!fEMCALBadChannelMap) return kFALSE;
 389
 390         Int_t icol = -1;
 391         Int_t irow = -1;
 392         Int_t imod = -1;
 393         for(Int_t iCell = 0; iCell<nCells; iCell++){
 394
 395                 //Get the column and row
 396     Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 397     geom->GetCellIndex(cellList[iCell],imod,iTower,iIphi,iIeta);
 398     if(fEMCALBadChannelMap->GetEntries() <= imod) continue;
 399     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);
 400     if(GetEMCALChannelStatus(imod, icol, irow)){
 401       AliDebug(2,Form("Cluster with bad channel: SM %d, col %d, row %d\n",imod, icol, irow));
 402       return kTRUE;
 403     }
 404
 405         }// cell cluster loop
 406
 407         return kFALSE;
 408
 409 }
 410
 411 //_________________________________________________
 412 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsExoticCluster(AliVCluster *cluster) const {
 413   // Check if the cluster has high energy  but small number of cells
 414   // The criteria comes from Gustavo's study
 415   //
 416
 417   if(!cluster){
 418     AliInfo("Cluster pointer null!");
 419     return kFALSE;
 420   }
 421
 422   Int_t nc = cluster->GetNCells() ;
 423
 424   if      ( nc > 8 )                   return kFALSE ; // Good cluster, needed for 3x3 clusterizer
 425   else if ( nc < 1 + cluster->E()/3. ) return kTRUE  ; // Bad cluster
 426   else                                 return kFALSE ; // Good cluster
 427
 428 }
 429
 430 //__________________________________________________
 431 Float_t AliEMCALRecoUtils::SmearClusterEnergy(AliVCluster* cluster) {
 432
 433   //In case of MC analysis, smear energy to match resolution/calibration in real data
 434
 435   if(!cluster){
 436     AliInfo("Cluster pointer null!");
 437     return 0;
 438   }
 439
 440   Float_t energy    = cluster->E() ;
 441   Float_t rdmEnergy = energy ;
 442   if(fSmearClusterEnergy){
 443     rdmEnergy = fRandom.Gaus(energy,fSmearClusterParam[0] * TMath::Sqrt(energy) +
 444                                     fSmearClusterParam[1] * energy +
 445                                     fSmearClusterParam[2] );
 446     AliDebug(2, Form("Energy: original %f, smeared %f\n", energy, rdmEnergy));
 447   }
 448
 449   return rdmEnergy ;
 450
 451 }
 452
 453 //__________________________________________________
 454 Float_t AliEMCALRecoUtils::CorrectClusterEnergyLinearity(AliVCluster* cluster){
 455 // Correct cluster energy from non linearity functions
 456
 457   if(!cluster){
 458     AliInfo("Cluster pointer null!");
 459     return 0;
 460   }
 461
 462   Float_t energy = cluster->E();
 463
 464   switch (fNonLinearityFunction) {
 465
 466     case kPi0MC:
 467     {
 468       //Non-Linearity correction (from MC with function ([0]*exp(-[1]/E))+(([2]/([3]*2.*TMath::Pi())*exp(-(E-[4])^2/(2.*[3]^2)))))
 469       //Double_t fNonLinearityParams[0] = 1.014;
 470       //Double_t fNonLinearityParams[1] = -0.03329;
 471       //Double_t fNonLinearityParams[2] = -0.3853;
 472       //Double_t fNonLinearityParams[3] = 0.5423;
 473       //Double_t fNonLinearityParams[4] = -0.4335;
 474        energy *= (fNonLinearityParams[0]*exp(-fNonLinearityParams[1]/energy))+
 475                   ((fNonLinearityParams[2]/(fNonLinearityParams[3]*2.*TMath::Pi())*
 476                     exp(-(energy-fNonLinearityParams[4])*(energy-fNonLinearityParams[4])/(2.*fNonLinearityParams[3]*fNonLinearityParams[3]))));
 477       break;
 478     }
 479
 480     case kPi0GammaGamma:
 481     {
 482       //Non-Linearity correction (from Olga Data with function p0+p1*exp(-p2*E))
 483       //Double_t fNonLinearityParams[0] = 1.04;
 484       //Double_t fNonLinearityParams[1] = -0.1445;
 485       //Double_t fNonLinearityParams[2] = 1.046;
 486       energy /= (fNonLinearityParams[0]+fNonLinearityParams[1]*exp(-fNonLinearityParams[2]*energy)); //Olga function
 487       break;
 488     }
 489
 490     case kPi0GammaConversion:
 491     {
 492       //Non-Linearity correction (Nicolas from Dimitri Data with function C*[1-a*exp(-b*E)])
 493       //fNonLinearityParams[0] = 0.139393/0.1349766;
 494       //fNonLinearityParams[1] = 0.0566186;
 495       //fNonLinearityParams[2] = 0.982133;
 496       energy /= fNonLinearityParams[0]*(1-fNonLinearityParams[1]*exp(-fNonLinearityParams[2]*energy));
 497
 498       break;
 499     }
 500
 501     case kBeamTest:
 502     {
 503       //From beam test, Alexei's results, for different ZS thresholds
 504       //                        th=30 MeV; th = 45 MeV; th = 75 MeV
 505       //fNonLinearityParams[0] = 1.007;      1.003;      1.002
 506       //fNonLinearityParams[1] = 0.894;      0.719;      0.797
 507       //fNonLinearityParams[2] = 0.246;      0.334;      0.358
 508       //Rescale the param[0] with 1.03
 509       energy /= fNonLinearityParams[0]/(1+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]));
 510
 511       break;
 512     }
 513
 514     case kBeamTestCorrected:
 515     {
 516       //From beam test, corrected for material between beam and EMCAL
 517       //fNonLinearityParams[0] =  0.99078
 518       //fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
 519       //fNonLinearityParams[2] =  0.655166;
 520       //fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
 521       //fNonLinearityParams[4] =  163.282;
 522       //fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
 523       //fNonLinearityParams[6] =  0.978;
 524         energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
 525
 526       break;
 527     }
 528
 529     case kNoCorrection:
 530       AliDebug(2,"No correction on the energy\n");
 531       break;
 532
 533   }
 534
 535   return energy;
 536
 537 }
 538 //__________________________________________________
 539 void AliEMCALRecoUtils::InitNonLinearityParam()
 540 {
 541         //Initialising Non Linearity Parameters
 542
 543         if(fNonLinearityFunction == kPi0MC)
 544                 {
 545                         fNonLinearityParams[0] = 1.014;
 546       fNonLinearityParams[1] = -0.03329;
 547       fNonLinearityParams[2] = -0.3853;
 548       fNonLinearityParams[3] = 0.5423;
 549       fNonLinearityParams[4] = -0.4335;
 550                 }
 551
 552         if(fNonLinearityFunction == kPi0GammaGamma)
 553                 {
 554                         fNonLinearityParams[0] = 1.04;
 555                         fNonLinearityParams[1] = -0.1445;
 556                         fNonLinearityParams[2] = 1.046;
 557                 }
 558
 559         if(fNonLinearityFunction == kPi0GammaConversion)
 560                 {
 561       fNonLinearityParams[0] = 0.139393;
 562       fNonLinearityParams[1] = 0.0566186;
 563       fNonLinearityParams[2] = 0.982133;
 564                 }
 565
 566         if(fNonLinearityFunction == kBeamTest)
 567                 {
 568                         if(fNonLinearThreshold == 30)
 569                         {
 570                                 fNonLinearityParams[0] = 1.007;
 571                                 fNonLinearityParams[1] = 0.894;
 572                                 fNonLinearityParams[2] = 0.246;
 573                         }
 574                         if(fNonLinearThreshold == 45)
 575                         {
 576                                 fNonLinearityParams[0] = 1.003;
 577                                 fNonLinearityParams[1] = 0.719;
 578                                 fNonLinearityParams[2] = 0.334;
 579                         }
 580                         if(fNonLinearThreshold == 75)
 581                         {
 582                                 fNonLinearityParams[0] = 1.002;
 583                                 fNonLinearityParams[1] = 0.797;
 584                                 fNonLinearityParams[2] = 0.358;
 585                         }
 586                 }
 587
 588         if(fNonLinearityFunction == kBeamTestCorrected)
 589                 {
 590                         fNonLinearityParams[0] =  0.99078;
 591                         fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
 592                         fNonLinearityParams[2] =  0.655166;
 593                         fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
 594                         fNonLinearityParams[4] =  163.282;
 595                         fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
 596                         fNonLinearityParams[6] =  0.978;
 597                 }
 598 }
 599
 600 //__________________________________________________
 601 Float_t  AliEMCALRecoUtils::GetDepth(const Float_t energy, const Int_t iParticle, const Int_t iSM) const
 602 {
 603   //Calculate shower depth for a given cluster energy and particle type
 604
 605   // parameters
 606   Float_t x0    = 1.31;
 607   Float_t ecr   = 8;
 608   Float_t depth = 0;
 609
 610   switch ( iParticle )
 611   {
 612     case kPhoton:
 613       depth = x0 * (TMath::Log(energy*1000/ ecr) + 0.5); //Multiply energy by 1000 to transform to MeV
 614       break;
 615
 616     case kElectron:
 617       depth = x0 * (TMath::Log(energy*1000/ ecr) - 0.5); //Multiply energy by 1000 to transform to MeV
 618       break;
 619
 620     case kHadron:
 621       // hadron
 622       // boxes anc. here
 623       if(gGeoManager){
 624         gGeoManager->cd("ALIC_1/XEN1_1");
 625         TGeoNode        *geoXEn1    = gGeoManager->GetCurrentNode();
 626         TGeoNodeMatrix  *geoSM      = dynamic_cast<TGeoNodeMatrix *>(geoXEn1->GetDaughter(iSM));
 627         if(geoSM){
 628           TGeoVolume      *geoSMVol   = geoSM->GetVolume();
 629           TGeoShape       *geoSMShape = geoSMVol->GetShape();
 630           TGeoBBox        *geoBox     = dynamic_cast<TGeoBBox *>(geoSMShape);
 631           if(geoBox) depth = 0.5 * geoBox->GetDX()*2 ;
 632           else AliFatal("Null GEANT box");
 633         }else AliFatal("NULL  GEANT node matrix");
 634       }
 635       else{//electron
 636         depth = x0 * (TMath::Log(energy*1000 / ecr)  - 0.5); //Multiply energy by 1000 to transform to MeV
 637       }
 638
 639       break;
 640
 641     default://photon
 642       depth = x0 * (TMath::Log(energy*1000 / ecr) + 0.5); //Multiply energy by 1000 to transform to MeV
 643   }
 644
 645   return depth;
 646
 647 }
 648
 649 //__________________________________________________
 650 void AliEMCALRecoUtils::GetMaxEnergyCell(AliEMCALGeometry *geom, AliVCaloCells* cells, AliVCluster* clu,
 651                                          Int_t & absId,  Int_t& iSupMod, Int_t& ieta, Int_t& iphi, Bool_t &shared)
 652 {
 653   //For a given CaloCluster gets the absId of the cell
 654   //with maximum energy deposit.
 655
 656   Double_t eMax        = -1.;
 657   Double_t eCell       = -1.;
 658   Float_t  fraction    = 1.;
 659   Float_t  recalFactor = 1.;
 660   Int_t    cellAbsId   = -1 ;
 661
 662   Int_t iTower  = -1;
 663   Int_t iIphi   = -1;
 664   Int_t iIeta   = -1;
 665   Int_t iSupMod0= -1;
 666
 667   if(!clu){
 668     AliInfo("Cluster pointer null!");
 669     absId=-1; iSupMod0=-1, ieta = -1; iphi = -1; shared = -1;
 670     return;
 671   }
 672
 673   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++) {
 674     cellAbsId = clu->GetCellAbsId(iDig);
 675     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
 676     //printf("a Cell %d, id, %d, amp %f, fraction %f\n",iDig,cellAbsId,cells->GetCellAmplitude(cellAbsId),fraction);
 677     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
 678     geom->GetCellIndex(cellAbsId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
 679     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 680     if(iDig==0) iSupMod0=iSupMod;
 681     else if(iSupMod0!=iSupMod) {
 682       shared = kTRUE;
 683       //printf("AliEMCALRecoUtils::GetMaxEnergyCell() - SHARED CLUSTER\n");
 684     }
 685     if(IsRecalibrationOn()) {
 686       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
 687     }
 688     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cellAbsId)*fraction*recalFactor;
 689     //printf("b Cell %d, id, %d, amp %f, fraction %f\n",iDig,cellAbsId,eCell,fraction);
 690     if(eCell > eMax)  {
 691       eMax  = eCell;
 692       absId = cellAbsId;
 693       //printf("\t new max: cell %d, e %f, ecell %f\n",maxId, eMax,eCell);
 694     }
 695   }// cell loop
 696
 697   //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
 698   geom->GetCellIndex(absId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
 699   //Gives SuperModule and Tower numbers
 700   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,
 701                                          iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 702   //printf("Max id %d, iSM %d, col %d, row %d\n",absId,iSupMod,ieta,iphi);
 703   //printf("Max end---\n");
 704
 705 }
 706
 707 //________________________________________________________________
 708 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALRecalibrationFactors(){
 709         //Init EMCAL recalibration factors
 710         AliDebug(2,"AliCalorimeterUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()");
 711         //In order to avoid rewriting the same histograms
 712         Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
 713         TH1::AddDirectory(kFALSE);
 714
 715         fEMCALRecalibrationFactors = new TObjArray(10);
 716         for (int i = 0; i < 10; i++) fEMCALRecalibrationFactors->Add(new TH2F(Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i),Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i),  48, 0, 48, 24, 0, 24));
 717         //Init the histograms with 1
 718         for (Int_t sm = 0; sm < 10; sm++) {
 719                 for (Int_t i = 0; i < 48; i++) {
 720                         for (Int_t j = 0; j < 24; j++) {
 721                                 SetEMCALChannelRecalibrationFactor(sm,i,j,1.);
 722                         }
 723                 }
 724         }
 725         fEMCALRecalibrationFactors->SetOwner(kTRUE);
 726         fEMCALRecalibrationFactors->Compress();
 727
 728         //In order to avoid rewriting the same histograms
 729         TH1::AddDirectory(oldStatus);
 730 }
 731
 732 //________________________________________________________________
 733 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALTimeRecalibrationFactors(){
 734         //Init EMCAL recalibration factors
 735         AliDebug(2,"AliCalorimeterUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()");
 736         //In order to avoid rewriting the same histograms
 737         Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
 738         TH1::AddDirectory(kFALSE);
 739
 740         fEMCALTimeRecalibrationFactors = new TObjArray(4);
 741         for (int i = 0; i < 4; i++)
 742     fEMCALTimeRecalibrationFactors->Add(new TH1F(Form("hAllTimeAvBC%d",i),
 743                                                  Form("hAllTimeAvBC%d",i),
 744                                                  11521,0.,11521)          );
 745         //Init the histograms with 1
 746         for (Int_t bc = 0; bc < 4; bc++) {
 747
 748       SetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(bc,0.);
 749   }
 750
 751         fEMCALTimeRecalibrationFactors->SetOwner(kTRUE);
 752         fEMCALTimeRecalibrationFactors->Compress();
 753
 754         //In order to avoid rewriting the same histograms
 755         TH1::AddDirectory(oldStatus);
 756 }
 757
 758 //________________________________________________________________
 759 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALBadChannelStatusMap(){
 760         //Init EMCAL bad channels map
 761         AliDebug(2,"AliEMCALRecoUtils::InitEMCALBadChannelStatusMap()");
 762         //In order to avoid rewriting the same histograms
 763         Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
 764         TH1::AddDirectory(kFALSE);
 765
 766         fEMCALBadChannelMap = new TObjArray(10);
 767         //TH2F * hTemp = new  TH2I("EMCALBadChannelMap","EMCAL SuperModule bad channel map", 48, 0, 48, 24, 0, 24);
 768         for (int i = 0; i < 10; i++) {
 769                 fEMCALBadChannelMap->Add(new TH2I(Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i),Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i), 48, 0, 48, 24, 0, 24));
 770         }
 771
 772         fEMCALBadChannelMap->SetOwner(kTRUE);
 773         fEMCALBadChannelMap->Compress();
 774
 775         //In order to avoid rewriting the same histograms
 776         TH1::AddDirectory(oldStatus);
 777 }
 778
 779 //________________________________________________________________
 780 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy(AliEMCALGeometry* geom, AliVCluster * cluster, AliVCaloCells * cells, const Int_t bc){
 781         // Recalibrate the cluster energy and Time, considering the recalibration map
 782   // and the energy of the cells and time that compose the cluster.
 783   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
 784
 785   if(!cluster){
 786     AliInfo("Cluster pointer null!");
 787     return;
 788   }
 789
 790         //Get the cluster number of cells and list of absId, check what kind of cluster do we have.
 791         UShort_t * index    = cluster->GetCellsAbsId() ;
 792         Double_t * fraction = cluster->GetCellsAmplitudeFraction() ;
 793         Int_t ncells = cluster->GetNCells();
 794
 795         //Initialize some used variables
 796         Float_t energy = 0;
 797         Int_t   absId  =-1;
 798   Int_t   icol   =-1, irow =-1, imod=1;
 799         Float_t factor = 1, frac = 0;
 800   Int_t   absIdMax = -1;
 801   Float_t emax     = 0;
 802
 803         //Loop on the cells, get the cell amplitude and recalibration factor, multiply and and to the new energy
 804         for(Int_t icell = 0; icell < ncells; icell++){
 805                 absId = index[icell];
 806                 frac =  fraction[icell];
 807                 if(frac < 1e-5) frac = 1; //in case of EMCAL, this is set as 0 since unfolding is off
 808
 809     if(!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn()){
 810
 811       // Energy
 812       Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 813       geom->GetCellIndex(absId,imod,iTower,iIphi,iIeta);
 814       if(fEMCALRecalibrationFactors->GetEntries() <= imod) continue;
 815       geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);
 816       factor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,icol,irow);
 817
 818       AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - recalibrate cell: module %d, col %d, row %d, cell fraction %f,recalibration factor %f, cell energy %f\n",
 819                       imod,icol,irow,frac,factor,cells->GetCellAmplitude(absId)));
 820
 821     }
 822
 823                 energy += cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac;
 824
 825     if(emax < cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac){
 826       emax     = cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac;
 827       absIdMax = absId;
 828     }
 829
 830         }
 831
 832   cluster->SetE(energy);
 833
 834   AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - Energy before %f, after %f\n",cluster->E(),energy));
 835
 836         // Recalculate time of cluster only for ESDs
 837   if(!strcmp("AliESDCaloCluster",Form("%s",cluster->ClassName()))){
 838
 839     // Time
 840     Double_t weightedTime = 0;
 841     Double_t weight       = 0;
 842     Double_t weightTot    = 0;
 843     Double_t maxcellTime  = 0;
 844     for(Int_t icell = 0; icell < ncells; icell++){
 845       absId = index[icell];
 846       frac =  fraction[icell];
 847       if(frac < 1e-5) frac = 1; //in case of EMCAL, this is set as 0 since unfolding is off
 848
 849       Double_t celltime = cells->GetCellTime(absId);
 850       RecalibrateCellTime(absId, bc, celltime);
 851       if(absId == absIdMax) maxcellTime = celltime;
 852
 853       if(!fCellsRecalibrated){
 854
 855         Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 856         geom->GetCellIndex(absId,imod,iTower,iIphi,iIeta);
 857         if(fEMCALRecalibrationFactors->GetEntries() <= imod) continue;
 858         geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);
 859         factor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,icol,irow);
 860
 861         AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - recalibrate cell: module %d, col %d, row %d, cell fraction %f,recalibration factor %f, cell energy %f\n",
 862                         imod,icol,irow,frac,factor,cells->GetCellTime(absId)));
 863
 864       }
 865
 866       weight        = GetCellWeight(cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac , energy );
 867       weightTot    += weight;
 868       weightedTime += celltime * weight;
 869
 870     }
 871
 872     if(weightTot > 0)
 873       cluster->SetTOF(weightedTime/weightTot);
 874     else
 875       cluster->SetTOF(maxcellTime);
 876
 877   }
 878 }
 879
 880 //________________________________________________________________
 881 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateCells(AliEMCALGeometry* geom, AliVCaloCells * cells, Int_t bc){
 882         // Recalibrate the cells time and energy, considering the recalibration map and the energy
 883   // of the cells that compose the cluster.
 884   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
 885
 886   if(!IsRecalibrationOn()) return;
 887
 888   if(!cells){
 889     AliInfo("Cells pointer null!");
 890     return;
 891   }
 892
 893   fCellsRecalibrated = kTRUE;
 894
 895   Int_t absId  =-1;
 896   Int_t icol   =-1, irow  =-1, imod  = 1;
 897   Int_t iTower =-1, iIeta =-1, iIphi =-1;
 898
 899   Int_t nEMcell = cells->GetNumberOfCells() ;
 900
 901   for (Int_t iCell = 0; iCell < nEMcell; iCell++) {
 902
 903     absId = cells->GetCellNumber(iCell);
 904
 905     // Energy
 906     Float_t factor = 1;
 907     if(IsRecalibrationOn()){
 908       geom->GetCellIndex(absId,imod,iTower,iIphi,iIeta);
 909       if(fEMCALRecalibrationFactors->GetEntries() <= imod) continue;
 910       geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);
 911       factor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,icol,irow);
 912                 }
 913
 914     Float_t cellE      = cells->GetAmplitude(iCell) * factor ;
 915
 916     //Time
 917     Double_t celltime = cells->GetCellTime(absId);
 918     RecalibrateCellTime(absId, bc, celltime);
 919
 920     //Set new values
 921     cells->SetCell(iCell,cells->GetCellNumber(iCell),cellE, celltime);
 922
 923   }
 924
 925 }
 926
 927 //________________________________________________________________
 928 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateCellTime(const Int_t absId, const Int_t bc, Double_t & celltime){
 929         // Recalibrate time of cell with absID  considering the recalibration map
 930   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
 931
 932   if(!fCellsRecalibrated && IsTimeRecalibrationOn()){
 933 //    printf("cell time org %g, ",celltime);
 934
 935     Double_t timeBCoffset = 0.;
 936     if( bc%4 ==0 || bc%4==1) timeBCoffset = 100.*1.e-9; //in ns
 937
 938     Double_t celloffset = GetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(bc%4,absId)*1.e-9;
 939
 940 //    printf("absId %d, time %f bc %d-%d: bc0 %f, bc1 %f, bc2 %f, bc3 %f \n", absId, celltime*1.e9,bc, bc%4,
 941 //           GetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(0,absId),GetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(1,absId),
 942 //           GetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(2,absId),GetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(3,absId));
 943
 944     celltime -= timeBCoffset ;
 945     celltime -= celloffset   ;
 946 //    printf("new %g\n",celltime);
 947   }
 948
 949 }
 950
 951 //__________________________________________________
 952 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPosition(AliEMCALGeometry *geom, AliVCaloCells* cells, AliVCluster* clu)
 953 {
 954   //For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
 955
 956   if(!clu){
 957     AliInfo("Cluster pointer null!");
 958     return;
 959   }
 960
 961   if     (fPosAlgo==kPosTowerGlobal) RecalculateClusterPositionFromTowerGlobal( geom, cells, clu);
 962   else if(fPosAlgo==kPosTowerIndex)  RecalculateClusterPositionFromTowerIndex ( geom, cells, clu);
 963   else   AliDebug(2,"Algorithm to recalculate position not selected, do nothing.");
 964
 965 }
 966
 967 //__________________________________________________
 968 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPositionFromTowerGlobal(AliEMCALGeometry *geom, AliVCaloCells* cells, AliVCluster* clu)
 969 {
 970   // For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
 971   // The algorithm is a copy of what is done in AliEMCALRecPoint
 972
 973   Double_t eCell       = 0.;
 974   Float_t  fraction    = 1.;
 975   Float_t  recalFactor = 1.;
 976
 977   Int_t    absId   = -1;
 978   Int_t    iTower  = -1, iIphi  = -1, iIeta  = -1;
 979   Int_t    iSupModMax = -1, iSM=-1, iphi   = -1, ieta   = -1;
 980   Float_t  weight = 0.,  totalWeight=0.;
 981   Float_t  newPos[3] = {0,0,0};
 982   Double_t pLocal[3], pGlobal[3];
 983   Bool_t shared = kFALSE;
 984
 985   Float_t  clEnergy = clu->E(); //Energy already recalibrated previously
 986   GetMaxEnergyCell(geom, cells, clu, absId,  iSupModMax, ieta, iphi,shared);
 987   Double_t depth = GetDepth(clEnergy,fParticleType,iSupModMax) ;
 988
 989   //printf("** Cluster energy %f, ncells %d, depth %f\n",clEnergy,clu->GetNCells(),depth);
 990
 991   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++) {
 992
 993       absId = clu->GetCellAbsId(iDig);
 994       fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
 995       if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
 996
 997     if(!fCellsRecalibrated){
 998
 999       geom->GetCellIndex(absId,iSM,iTower,iIphi,iIeta);
1000       geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSM,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
1001
1002       if(IsRecalibrationOn()) {
1003         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSM,ieta,iphi);
1004       }
1005     }
1006
1007     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId)*fraction*recalFactor;
1008
1009     weight = GetCellWeight(eCell,clEnergy);
1010     totalWeight += weight;
1011
1012     geom->RelPosCellInSModule(absId,depth,pLocal[0],pLocal[1],pLocal[2]);
1013     //printf("pLocal (%f,%f,%f), SM %d, absId %d\n",pLocal[0],pLocal[1],pLocal[2],iSupModMax,absId);
1014     geom->GetGlobal(pLocal,pGlobal,iSupModMax);
1015     //printf("pLocal (%f,%f,%f)\n",pGlobal[0],pGlobal[1],pGlobal[2]);
1016
1017     for(int i=0; i<3; i++ ) newPos[i] += (weight*pGlobal[i]);
1018
1019   }// cell loop
1020
1021   if(totalWeight>0){
1022     for(int i=0; i<3; i++ )    newPos[i] /= totalWeight;
1023   }
1024
1025   //Float_t pos[]={0,0,0};
1026   //clu->GetPosition(pos);
1027   //printf("OldPos  : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",pos[0],pos[1],pos[2]);
1028   //printf("NewPos  : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",newPos[0],newPos[1],newPos[2]);
1029
1030         if(iSupModMax > 1) {//sector 1
1031           newPos[0] +=fMisalTransShift[3];//-=3.093;
1032           newPos[1] +=fMisalTransShift[4];//+=6.82;
1033           newPos[2] +=fMisalTransShift[5];//+=1.635;
1034     //printf("   +    : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",fMisalTransShift[3],fMisalTransShift[4],fMisalTransShift[5]);
1035
1036         }
1037         else {//sector 0
1038           newPos[0] +=fMisalTransShift[0];//+=1.134;
1039           newPos[1] +=fMisalTransShift[1];//+=8.2;
1040           newPos[2] +=fMisalTransShift[2];//+=1.197;
1041     //printf("   +    : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",fMisalTransShift[0],fMisalTransShift[1],fMisalTransShift[2]);
1042
1043         }
1044   //printf("NewPos : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",newPos[0],newPos[1],newPos[2]);
1045
1046   clu->SetPosition(newPos);
1047
1048 }
1049
1050 //__________________________________________________
1051 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPositionFromTowerIndex(AliEMCALGeometry *geom, AliVCaloCells* cells, AliVCluster* clu)
1052 {
1053   // For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1054   // The algorithm works with the tower indeces, averages the indeces and from them it calculates the global position
1055
1056   Double_t eCell       = 1.;
1057   Float_t  fraction    = 1.;
1058   Float_t  recalFactor = 1.;
1059
1060   Int_t absId   = -1;
1061   Int_t iTower  = -1;
1062   Int_t iIphi   = -1, iIeta   = -1;
1063         Int_t iSupMod = -1, iSupModMax = -1;
1064   Int_t iphi = -1, ieta =-1;
1065   Bool_t shared = kFALSE;
1066
1067   Float_t clEnergy = clu->E(); //Energy already recalibrated previously.
1068   GetMaxEnergyCell(geom, cells, clu, absId,  iSupModMax, ieta, iphi,shared);
1069   Float_t  depth = GetDepth(clEnergy,fParticleType,iSupMod) ;
1070
1071   Float_t weight = 0., weightedCol = 0., weightedRow = 0., totalWeight=0.;
1072   Bool_t areInSameSM = kTRUE; //exclude clusters with cells in different SMs for now
1073   Int_t startingSM = -1;
1074
1075   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++) {
1076     absId = clu->GetCellAbsId(iDig);
1077     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
1078     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1079
1080     if     (iDig==0)  startingSM = iSupMod;
1081     else if(iSupMod != startingSM) areInSameSM = kFALSE;
1082
1083     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId);
1084
1085     geom->GetCellIndex(absId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1086     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
1087
1088     if(!fCellsRecalibrated){
1089
1090       if(IsRecalibrationOn()) {
1091
1092         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1093
1094       }
1095     }
1096
1097     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId)*fraction*recalFactor;
1098
1099     weight = GetCellWeight(eCell,clEnergy);
1100     if(weight < 0) weight = 0;
1101     totalWeight += weight;
1102     weightedCol += ieta*weight;
1103     weightedRow += iphi*weight;
1104
1105     //printf("Max cell? cell %d, amplitude org %f, fraction %f, recalibration %f, amplitude new %f \n",cellAbsId, cells->GetCellAmplitude(cellAbsId), fraction, recalFactor, eCell) ;
1106
1107     }// cell loop
1108
1109   Float_t xyzNew[]={0.,0.,0.};
1110   if(areInSameSM == kTRUE) {
1111     //printf("In Same SM\n");
1112     weightedCol = weightedCol/totalWeight;
1113     weightedRow = weightedRow/totalWeight;
1114     geom->RecalculateTowerPosition(weightedRow, weightedCol, iSupModMax, depth, fMisalTransShift, fMisalRotShift, xyzNew);
1115   }
1116   else {
1117     //printf("In Different SM\n");
1118     geom->RecalculateTowerPosition(iphi,        ieta,        iSupModMax, depth, fMisalTransShift, fMisalRotShift, xyzNew);
1119   }
1120
1121   clu->SetPosition(xyzNew);
1122
1123 }
1124
1125 //____________________________________________________________________________
1126 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterDistanceToBadChannel(AliEMCALGeometry * geom, AliVCaloCells* cells, AliVCluster * cluster){
1127
1128   //re-evaluate distance to bad channel with updated bad map
1129
1130   if(!fRecalDistToBadChannels) return;
1131
1132   if(!cluster){
1133     AliInfo("Cluster pointer null!");
1134     return;
1135   }
1136
1137         //Get channels map of the supermodule where the cluster is.
1138   Int_t absIdMax        = -1, iSupMod =-1, icolM = -1, irowM = -1;
1139   Bool_t shared = kFALSE;
1140   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absIdMax,  iSupMod, icolM, irowM, shared);
1141   TH2D* hMap  = (TH2D*)fEMCALBadChannelMap->At(iSupMod);
1142
1143   Int_t dRrow, dRcol;
1144         Float_t  minDist = 10000.;
1145         Float_t  dist    = 0.;
1146
1147   //Loop on tower status map
1148         for(Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++){
1149                 for(Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++){
1150                         //Check if tower is bad.
1151                         if(hMap->GetBinContent(icol,irow)==0) continue;
1152       //printf("AliEMCALRecoUtils::RecalculateDistanceToBadChannels() - \n \t Bad channel in SM %d, col %d, row %d, \n \t Cluster max in col %d, row %d\n",
1153       //       iSupMod,icol, irow, icolM,irowM);
1154
1155       dRrow=TMath::Abs(irowM-irow);
1156       dRcol=TMath::Abs(icolM-icol);
1157       dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dRcol*dRcol);
1158                         if(dist < minDist){
1159         //printf("MIN DISTANCE TO BAD %2.2f\n",dist);
1160         minDist = dist;
1161       }
1162
1163                 }
1164         }
1165
1166         //In case the cluster is shared by 2 SuperModules, need to check the map of the second Super Module
1167         if (shared) {
1168                 TH2D* hMap2 = 0;
1169                 Int_t iSupMod2 = -1;
1170
1171                 //The only possible combinations are (0,1), (2,3) ... (8,9)
1172                 if(iSupMod%2) iSupMod2 = iSupMod-1;
1173                 else          iSupMod2 = iSupMod+1;
1174                 hMap2  = (TH2D*)fEMCALBadChannelMap->At(iSupMod2);
1175
1176                 //Loop on tower status map of second super module
1177                 for(Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++){
1178                         for(Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++){
1179                                 //Check if tower is bad.
1180                                 if(hMap2->GetBinContent(icol,irow)==0) continue;
1181                                 //printf("AliEMCALRecoUtils::RecalculateDistanceToBadChannels(shared) - \n \t Bad channel in SM %d, col %d, row %d \n \t Cluster max in SM %d, col %d, row %d\n",
1182           //     iSupMod2,icol, irow,iSupMod,icolM,irowM);
1183
1184         dRrow=TMath::Abs(irow-irowM);
1185
1186         if(iSupMod%2) {
1187                                   dRcol=TMath::Abs(icol-(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icolM));
1188                                 }
1189         else {
1190           dRcol=TMath::Abs(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icol-icolM);
1191                                 }
1192
1193                                 dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dRcol*dRcol);
1194         if(dist < minDist) minDist = dist;
1195
1196                         }
1197                 }
1198
1199         }// shared cluster in 2 SuperModules
1200
1201   AliDebug(2,Form("Max cluster cell (SM,col,row)=(%d %d %d) - Distance to Bad Channel %2.2f",iSupMod, icolM, irowM, minDist));
1202   cluster->SetDistanceToBadChannel(minDist);
1203
1204 }
1205
1206 //____________________________________________________________________________
1207 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPID(AliVCluster * cluster){
1208
1209   //re-evaluate identification parameters with bayesian
1210
1211   if(!cluster){
1212     AliInfo("Cluster pointer null!");
1213     return;
1214   }
1215
1216         if ( cluster->GetM02() != 0)
1217     fPIDUtils->ComputePID(cluster->E(),cluster->GetM02());
1218
1219   Float_t pidlist[AliPID::kSPECIESN+1];
1220         for(Int_t i = 0; i < AliPID::kSPECIESN+1; i++) pidlist[i] = fPIDUtils->GetPIDFinal(i);
1221
1222   cluster->SetPID(pidlist);
1223
1224 }
1225
1226 //____________________________________________________________________________
1227 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(AliEMCALGeometry * geom, AliVCaloCells* cells, AliVCluster * cluster)
1228 {
1229   // Calculates new center of gravity in the local EMCAL-module coordinates
1230   // and tranfers into global ALICE coordinates
1231   // Calculates Dispersion and main axis
1232
1233   if(!cluster){
1234     AliInfo("Cluster pointer null!");
1235     return;
1236   }
1237
1238   Int_t nstat  = 0;
1239   Float_t wtot = 0. ;
1240   Double_t eCell       = 0.;
1241   Float_t  fraction    = 1.;
1242   Float_t  recalFactor = 1.;
1243
1244   Int_t iSupMod = -1;
1245   Int_t iTower  = -1;
1246   Int_t iIphi   = -1;
1247   Int_t iIeta   = -1;
1248   Int_t iphi    = -1;
1249   Int_t ieta    = -1;
1250   Double_t etai = -1.;
1251   Double_t phii = -1.;
1252
1253   Double_t w     = 0.;
1254   Double_t d     = 0.;
1255   Double_t dxx   = 0.;
1256   Double_t dzz   = 0.;
1257   Double_t dxz   = 0.;
1258   Double_t xmean = 0.;
1259   Double_t zmean = 0.;
1260
1261   //Loop on cells
1262   for(Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++) {
1263
1264     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1265     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1266     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1267
1268     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1269     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1270     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1271
1272     if(!fCellsRecalibrated){
1273
1274       if(IsRecalibrationOn()) {
1275         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1276       }
1277
1278     }
1279
1280     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1281
1282     if(cluster->E() > 0 && eCell > 0){
1283
1284       w  = GetCellWeight(eCell,cluster->E());
1285
1286       etai=(Double_t)ieta;
1287       phii=(Double_t)iphi;
1288       if(w > 0.0) {
1289         wtot += w ;
1290         nstat++;
1291         //Shower shape
1292         dxx  += w * etai * etai ;
1293         xmean+= w * etai ;
1294         dzz  += w * phii * phii ;
1295         zmean+= w * phii ;
1296         dxz  += w * etai * phii ;
1297       }
1298     }
1299     else
1300       AliError(Form("Wrong energy %f and/or amplitude %f\n", eCell, cluster->E()));
1301   }//cell loop
1302
1303   //Normalize to the weight
1304   if (wtot > 0) {
1305     xmean /= wtot ;
1306     zmean /= wtot ;
1307   }
1308   else
1309     AliError(Form("Wrong weight %f\n", wtot));
1310
1311   //Calculate dispersion
1312   for(Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++) {
1313
1314     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1315     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1316     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1317
1318     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1319     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1320     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1321     if(IsRecalibrationOn()) {
1322       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1323     }
1324     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1325
1326     if(cluster->E() > 0 && eCell > 0){
1327
1328       w  = GetCellWeight(eCell,cluster->E());
1329
1330       etai=(Double_t)ieta;
1331       phii=(Double_t)iphi;
1332       if(w > 0.0)  d +=  w*((etai-xmean)*(etai-xmean)+(phii-zmean)*(phii-zmean));
1333     }
1334     else
1335       AliError(Form("Wrong energy %f and/or amplitude %f\n", eCell, cluster->E()));
1336   }// cell loop
1337
1338   //Normalize to the weigth and set shower shape parameters
1339   if (wtot > 0 && nstat > 1) {
1340     d /= wtot ;
1341     dxx /= wtot ;
1342     dzz /= wtot ;
1343     dxz /= wtot ;
1344     dxx -= xmean * xmean ;
1345     dzz -= zmean * zmean ;
1346     dxz -= xmean * zmean ;
1347     cluster->SetM02(0.5 * (dxx + dzz) + TMath::Sqrt( 0.25 * (dxx - dzz) * (dxx - dzz) + dxz * dxz ));
1348     cluster->SetM20(0.5 * (dxx + dzz) - TMath::Sqrt( 0.25 * (dxx - dzz) * (dxx - dzz) + dxz * dxz ));
1349   }
1350   else{
1351     d=0. ;
1352     cluster->SetM20(0.) ;
1353     cluster->SetM02(0.) ;
1354   }
1355
1356   if (d>=0)
1357     cluster->SetDispersion(TMath::Sqrt(d)) ;
1358   else
1359     cluster->SetDispersion(0) ;
1360 }
1361
1362 //____________________________________________________________________________
1363 void AliEMCALRecoUtils::FindMatches(AliVEvent *event,TObjArray * clusterArr,  AliEMCALGeometry *geom)
1364 {
1365   //This function should be called before the cluster loop
1366   //Before call this function, please recalculate the cluster positions
1367   //Given the input event, loop over all the tracks, select the closest cluster as matched with fCutR
1368   //Store matched cluster indexes and residuals
1369
1370   fMatchedTrackIndex->Reset();
1371   fMatchedClusterIndex->Reset();
1372   fResidualPhi->Reset();
1373   fResidualEta->Reset();
1374
1375   fMatchedTrackIndex->Set(500);
1376   fMatchedClusterIndex->Set(500);
1377   fResidualPhi->Set(500);
1378   fResidualEta->Set(500);
1379
1380   AliESDEvent* esdevent = dynamic_cast<AliESDEvent*> (event);
1381   AliAODEvent* aodevent = dynamic_cast<AliAODEvent*> (event);
1382
1383   Int_t    matched=0;
1384   Double_t cv[21];
1385   for (Int_t i=0; i<21;i++) cv[i]=0;
1386   for(Int_t itr=0; itr<event->GetNumberOfTracks(); itr++)
1387   {
1388     AliExternalTrackParam *trackParam = 0;
1389
1390     //If the input event is ESD, the starting point for extrapolation is TPCOut, if available, or TPCInner
1391     if(esdevent)
1392     {
1393       AliESDtrack *esdTrack = esdevent->GetTrack(itr);
1394       if(!esdTrack || !IsAccepted(esdTrack)) continue;
1395       if(esdTrack->Pt()<fCutMinTrackPt) continue;
1396       trackParam =  const_cast<AliExternalTrackParam*>(esdTrack->GetInnerParam());
1397     }
1398
1399     //If the input event is AOD, the starting point for extrapolation is at vertex
1400     //AOD tracks are selected according to its bit.
1401     else if(aodevent)
1402     {
1403       AliAODTrack *aodTrack = aodevent->GetTrack(itr);
1404       if(!aodTrack) continue;
1405       if(!aodTrack->TestFilterMask(fAODFilterMask)) continue; //Select AOD tracks that fulfill GetStandardITSTPCTrackCuts2010()
1406       if(aodTrack->Pt()<fCutMinTrackPt) continue;
1407       Double_t pos[3],mom[3];
1408       aodTrack->GetXYZ(pos);
1409       aodTrack->GetPxPyPz(mom);
1410       AliDebug(5,Form("aod track: i=%d | pos=(%5.4f,%5.4f,%5.4f) | mom=(%5.4f,%5.4f,%5.4f) | charge=%d\n",itr,pos[0],pos[1],pos[2],mom[0],mom[1],mom[2],aodTrack->Charge()));
1411       trackParam= new AliExternalTrackParam(pos,mom,cv,aodTrack->Charge());
1412     }
1413
1414     //Return if the input data is not "AOD" or "ESD"
1415     else
1416     {
1417       printf("Wrong input data type! Should be \"AOD\" or \"ESD\"\n");
1418       return;
1419     }
1420
1421     if(!trackParam) continue;
1422
1423     Float_t dRMax = fCutR, dEtaMax=fCutEta, dPhiMax=fCutPhi;
1424     Int_t index = -1;
1425     if(!clusterArr){// get clusters from event
1426       for(Int_t icl=0; icl<event->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
1427       {
1428         AliVCluster *cluster = (AliVCluster*) event->GetCaloCluster(icl);
1429         if(geom && !IsGoodCluster(cluster,geom,(AliVCaloCells*)event->GetEMCALCells())) continue;
1430         AliExternalTrackParam trkPamTmp(*trackParam);//Retrieve the starting point every time before the extrapolation
1431         Float_t tmpEta=-999, tmpPhi=-999;
1432         if(!ExtrapolateTrackToCluster(&trkPamTmp, cluster, tmpEta, tmpPhi)) continue;
1433         if(fCutEtaPhiSum)
1434         {
1435           Float_t tmpR=TMath::Sqrt(tmpEta*tmpEta + tmpPhi*tmpPhi);
1436           if(tmpR<dRMax)
1437           {
1438             dRMax=tmpR;
1439             dEtaMax=tmpEta;
1440             dPhiMax=tmpPhi;
1441             index=icl;
1442           }
1443         }
1444         else if(fCutEtaPhiSeparate)
1445         {
1446           if(TMath::Abs(tmpEta)<TMath::Abs(dEtaMax) && TMath::Abs(tmpPhi)<TMath::Abs(dPhiMax))
1447           {
1448             dEtaMax = tmpEta;
1449             dPhiMax = tmpPhi;
1450             index=icl;
1451           }
1452         }
1453         else
1454         {
1455           printf("Error: please specify your cut criteria\n");
1456           printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
1457           printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
1458           if(aodevent && trackParam) delete trackParam;
1459           return;
1460         }
1461       }//cluster loop
1462     }
1463     else { // external cluster array, not from ESD event
1464       for(Int_t icl=0; icl<clusterArr->GetEntriesFast(); icl++)
1465       {
1466         AliVCluster *cluster = dynamic_cast<AliVCluster*> (clusterArr->At(icl)) ;
1467         if(!cluster){
1468           AliInfo("Cluster not found!!!");
1469           continue;
1470         }
1471         if(!cluster->IsEMCAL()) continue;
1472         AliExternalTrackParam trkPamTmp (*trackParam);//Retrieve the starting point every time before the extrapolation
1473         Float_t tmpEta=-999, tmpPhi=-999;
1474         if(!ExtrapolateTrackToCluster(&trkPamTmp, cluster, tmpEta, tmpPhi)) continue;
1475         if(fCutEtaPhiSum)
1476         {
1477           Float_t tmpR=TMath::Sqrt(tmpEta*tmpEta + tmpPhi*tmpPhi);
1478           if(tmpR<dRMax)
1479           {
1480             dRMax=tmpR;
1481             dEtaMax=tmpEta;
1482             dPhiMax=tmpPhi;
1483             index=icl;
1484           }
1485         }
1486         else if(fCutEtaPhiSeparate)
1487         {
1488           if(TMath::Abs(tmpEta)<TMath::Abs(dEtaMax) && TMath::Abs(tmpPhi)<TMath::Abs(dPhiMax))
1489           {
1490             dEtaMax = tmpEta;
1491             dPhiMax = tmpPhi;
1492             index=icl;
1493           }
1494         }
1495         else
1496         {
1497           printf("Error: please specify your cut criteria\n");
1498           printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
1499           printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
1500           if(aodevent && trackParam) delete trackParam;
1501           return;
1502         }
1503       }//cluster loop
1504     }// external list of clusters
1505
1506     if(index>-1)
1507     {
1508       fMatchedTrackIndex  ->AddAt(itr,matched);
1509       fMatchedClusterIndex->AddAt(index,matched);
1510       fResidualEta          ->AddAt(dEtaMax,matched);
1511       fResidualPhi          ->AddAt(dPhiMax,matched);
1512       matched++;
1513     }
1514     if(aodevent && trackParam) delete trackParam;
1515   }//track loop
1516
1517   AliDebug(2,Form("Number of matched pairs = %d !\n",matched));
1518
1519   fMatchedTrackIndex  ->Set(matched);
1520   fMatchedClusterIndex->Set(matched);
1521   fResidualPhi          ->Set(matched);
1522   fResidualEta          ->Set(matched);
1523 }
1524
1525 //________________________________________________________________________________
1526 Int_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedCluster(AliESDtrack *track, AliVEvent *event, AliEMCALGeometry *geom)
1527 {
1528   //
1529   // This function returns the index of matched cluster to input track
1530   // Returns -1 if no match is found
1531
1532
1533   Float_t dRMax = fCutR, dEtaMax = fCutEta, dPhiMax = fCutPhi;
1534   Int_t index = -1;
1535
1536   AliExternalTrackParam *trackParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(track->GetInnerParam());
1537
1538   if(!trackParam) return index;
1539   for(Int_t icl=0; icl<event->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
1540   {
1541     AliVCluster *cluster = (AliVCluster*) event->GetCaloCluster(icl);
1542     if(geom && !IsGoodCluster(cluster,geom,(AliVCaloCells*)event->GetEMCALCells())) continue;
1543     AliExternalTrackParam trkPamTmp (*trackParam);//Retrieve the starting point every time before the extrapolation
1544     Float_t tmpEta=-999, tmpPhi=-999;
1545     if(!ExtrapolateTrackToCluster(&trkPamTmp, cluster, tmpEta, tmpPhi)) continue;
1546     if(fCutEtaPhiSum)
1547     {
1548       Float_t tmpR=TMath::Sqrt(tmpEta*tmpEta + tmpPhi*tmpPhi);
1549       if(tmpR<dRMax)
1550             {
1551               dRMax=tmpR;
1552               dEtaMax=tmpEta;
1553               dPhiMax=tmpPhi;
1554               index=icl;
1555             }
1556     }
1557     else if(fCutEtaPhiSeparate)
1558     {
1559       if(TMath::Abs(tmpEta)<TMath::Abs(dEtaMax) && TMath::Abs(tmpPhi)<TMath::Abs(dPhiMax))
1560             {
1561               dEtaMax = tmpEta;
1562               dPhiMax = tmpPhi;
1563               index=icl;
1564             }
1565     }
1566     else
1567     {
1568       printf("Error: please specify your cut criteria\n");
1569       printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
1570       printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
1571       return -1;
1572     }
1573   }//cluster loop
1574   return index;
1575 }
1576
1577 //________________________________________________________________________________
1578 Bool_t  AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(AliExternalTrackParam *trkParam, AliVCluster *cluster, Float_t &tmpEta, Float_t &tmpPhi)
1579 {
1580   //
1581   //Return the residual by extrapolating a track to a cluster
1582   //
1583   if(!trkParam || !cluster) return kFALSE;
1584   Float_t clsPos[3];
1585   Double_t trkPos[3];
1586   cluster->GetPosition(clsPos); //Has been recalculated
1587   TVector3 vec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
1588   Double_t alpha =  ((int)(vec.Phi()*TMath::RadToDeg()/20)+0.5)*20*TMath::DegToRad();
1589   vec.RotateZ(-alpha); //Rotate the cluster to the local extrapolation coordinate system
1590   if(!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(trkParam, vec.X(), fMass, fStep,kTRUE, 0.99, -1)) return kFALSE;
1591   trkParam->GetXYZ(trkPos); //Get the extrapolated global position
1592
1593   TVector3 clsPosVec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
1594   TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
1595
1596   // track cluster matching
1597   tmpPhi = clsPosVec.DeltaPhi(trkPosVec); // tmpPhi is between -pi and pi
1598   tmpEta = clsPosVec.Eta()-trkPosVec.Eta();  // track cluster matching
1599
1600   return kTRUE;
1601 }
1602
1603 //________________________________________________________________________________
1604 void AliEMCALRecoUtils::GetMatchedResiduals(Int_t clsIndex, Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
1605 {
1606   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
1607   //Get the residuals dEta and dPhi for this cluster to the closest track
1608   //Works with ESDs and AODs
1609
1610   if( FindMatchedPosForCluster(clsIndex) >= 999 )
1611   {
1612     AliDebug(2,"No matched tracks found!\n");
1613     dEta=999.;
1614     dPhi=999.;
1615     return;
1616   }
1617   dEta = fResidualEta->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
1618   dPhi = fResidualPhi->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
1619 }
1620 //________________________________________________________________________________
1621 void AliEMCALRecoUtils::GetMatchedClusterResiduals(Int_t trkIndex, Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
1622 {
1623   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
1624   //Get the residuals dEta and dPhi for this track to the closest cluster
1625   //Works with ESDs and AODs
1626
1627   if( FindMatchedPosForTrack(trkIndex) >= 999 )
1628   {
1629     AliDebug(2,"No matched cluster found!\n");
1630     dEta=999.;
1631     dPhi=999.;
1632     return;
1633   }
1634   dEta = fResidualEta->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
1635   dPhi = fResidualPhi->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
1636 }
1637
1638 //__________________________________________________________
1639 Int_t AliEMCALRecoUtils::GetMatchedTrackIndex(Int_t clsIndex)
1640 {
1641   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
1642   //Get the index of matched track to this cluster
1643   //Works with ESDs and AODs
1644
1645   if(IsClusterMatched(clsIndex))
1646     return fMatchedTrackIndex->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
1647   else
1648     return -1;
1649 }
1650
1651 //__________________________________________________________
1652 Int_t AliEMCALRecoUtils::GetMatchedClusterIndex(Int_t trkIndex)
1653 {
1654   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
1655   //Get the index of matched cluster to this track
1656   //Works with ESDs and AODs
1657
1658   if(IsTrackMatched(trkIndex))
1659     return fMatchedClusterIndex->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
1660   else
1661     return -1;
1662 }
1663
1664 //__________________________________________________
1665 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsClusterMatched(Int_t clsIndex) const
1666 {
1667   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
1668   //Returns if the cluster has a match
1669   if(FindMatchedPosForCluster(clsIndex) < 999)
1670     return kTRUE;
1671   else
1672     return kFALSE;
1673 }
1674
1675 //__________________________________________________
1676 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsTrackMatched(Int_t trkIndex) const
1677 {
1678   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
1679   //Returns if the track has a match
1680   if(FindMatchedPosForTrack(trkIndex) < 999)
1681     return kTRUE;
1682   else
1683     return kFALSE;
1684 }
1685
1686 //__________________________________________________________
1687 UInt_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedPosForCluster(Int_t clsIndex) const
1688 {
1689   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
1690   //Returns the position of the match in the fMatchedClusterIndex array
1691   Float_t tmpR = fCutR;
1692   UInt_t pos = 999;
1693
1694   for(Int_t i=0; i<fMatchedClusterIndex->GetSize(); i++)
1695   {
1696     if(fMatchedClusterIndex->At(i)==clsIndex)
1697       {
1698         Float_t r = TMath::Sqrt(fResidualEta->At(i)*fResidualEta->At(i) + fResidualPhi->At(i)*fResidualPhi->At(i));
1699         if(r<tmpR)
1700           {
1701             pos=i;
1702             tmpR=r;
1703             AliDebug(3,Form("Matched cluster index: index: %d, dEta: %2.4f, dPhi: %2.4f.\n",fMatchedClusterIndex->At(i),fResidualEta->At(i),fResidualPhi->At(i)));
1704           }
1705       }
1706   }
1707   return pos;
1708 }
1709
1710 //__________________________________________________________
1711 UInt_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedPosForTrack(Int_t trkIndex) const
1712 {
1713   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
1714   //Returns the position of the match in the fMatchedTrackIndex array
1715   Float_t tmpR = fCutR;
1716   UInt_t pos = 999;
1717
1718   for(Int_t i=0; i<fMatchedTrackIndex->GetSize(); i++)
1719   {
1720     if(fMatchedTrackIndex->At(i)==trkIndex)
1721       {
1722         Float_t r = TMath::Sqrt(fResidualEta->At(i)*fResidualEta->At(i) + fResidualPhi->At(i)*fResidualPhi->At(i));
1723         if(r<tmpR)
1724           {
1725             pos=i;
1726             tmpR=r;
1727             AliDebug(3,Form("Matched track index: index: %d, dEta: %2.4f, dPhi: %2.4f.\n",fMatchedTrackIndex->At(i),fResidualEta->At(i),fResidualPhi->At(i)));
1728           }
1729       }
1730   }
1731   return pos;
1732 }
1733
1734 //__________________________________________________________
1735 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsGoodCluster(AliVCluster *cluster, AliEMCALGeometry *geom, AliVCaloCells* cells)
1736 {
1737   // check if the cluster survives some quality cut
1738   //
1739   //
1740   Bool_t isGood=kTRUE;
1741   if(!cluster || !cluster->IsEMCAL()) return kFALSE;
1742   if(ClusterContainsBadChannel(geom,cluster->GetCellsAbsId(),cluster->GetNCells())) return kFALSE;
1743   if(!CheckCellFiducialRegion(geom,cluster,cells)) return kFALSE;
1744   if(fRejectExoticCluster && IsExoticCluster(cluster)) return kFALSE;
1745
1746   return isGood;
1747 }
1748
1749 //__________________________________________________________
1750 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsAccepted(AliESDtrack *esdTrack)
1751 {
1752   // Given a esd track, return whether the track survive all the cuts
1753
1754   // The different quality parameter are first
1755   // retrieved from the track. then it is found out what cuts the
1756   // track did not survive and finally the cuts are imposed.
1757
1758   UInt_t status = esdTrack->GetStatus();
1759
1760   Int_t nClustersITS = esdTrack->GetITSclusters(0);
1761   Int_t nClustersTPC = esdTrack->GetTPCclusters(0);
1762
1763   Float_t chi2PerClusterITS = -1;
1764   Float_t chi2PerClusterTPC = -1;
1765   if (nClustersITS!=0)
1766     chi2PerClusterITS = esdTrack->GetITSchi2()/Float_t(nClustersITS);
1767   if (nClustersTPC!=0)
1768     chi2PerClusterTPC = esdTrack->GetTPCchi2()/Float_t(nClustersTPC);
1769
1770
1771   //DCA cuts
1772   Float_t maxDCAToVertexXYPtDep = 0.0182 + 0.0350/TMath::Power(esdTrack->Pt(),1.01); //This expression comes from AliESDtrackCuts::GetStandardITSTPCTrackCuts2010()
1773   //AliDebug(3,Form("Track pT = %f, DCAtoVertexXY = %f",esdTrack->Pt(),MaxDCAToVertexXYPtDep));
1774   SetMaxDCAToVertexXY(maxDCAToVertexXYPtDep); //Set pT dependent DCA cut to vertex in x-y plane
1775
1776
1777   Float_t b[2];
1778   Float_t bCov[3];
1779   esdTrack->GetImpactParameters(b,bCov);
1780   if (bCov[0]<=0 || bCov[2]<=0) {
1781     AliDebug(1, "Estimated b resolution lower or equal zero!");
1782     bCov[0]=0; bCov[2]=0;
1783   }
1784
1785   Float_t dcaToVertexXY = b[0];
1786   Float_t dcaToVertexZ = b[1];
1787   Float_t dcaToVertex = -1;
1788
1789   if (fCutDCAToVertex2D)
1790     dcaToVertex = TMath::Sqrt(dcaToVertexXY*dcaToVertexXY/fCutMaxDCAToVertexXY/fCutMaxDCAToVertexXY + dcaToVertexZ*dcaToVertexZ/fCutMaxDCAToVertexZ/fCutMaxDCAToVertexZ);
1791   else
1792     dcaToVertex = TMath::Sqrt(dcaToVertexXY*dcaToVertexXY + dcaToVertexZ*dcaToVertexZ);
1793
1794   // cut the track?
1795
1796   Bool_t cuts[kNCuts];
1797   for (Int_t i=0; i<kNCuts; i++) cuts[i]=kFALSE;
1798
1799   // track quality cuts
1800   if (fCutRequireTPCRefit && (status&AliESDtrack::kTPCrefit)==0)
1801     cuts[0]=kTRUE;
1802   if (fCutRequireITSRefit && (status&AliESDtrack::kITSrefit)==0)
1803     cuts[1]=kTRUE;
1804   if (nClustersTPC<fCutMinNClusterTPC)
1805     cuts[2]=kTRUE;
1806   if (nClustersITS<fCutMinNClusterITS)
1807     cuts[3]=kTRUE;
1808   if (chi2PerClusterTPC>fCutMaxChi2PerClusterTPC)
1809     cuts[4]=kTRUE;
1810   if (chi2PerClusterITS>fCutMaxChi2PerClusterITS)
1811     cuts[5]=kTRUE;
1812   if (!fCutAcceptKinkDaughters && esdTrack->GetKinkIndex(0)>0)
1813     cuts[6]=kTRUE;
1814   if (fCutDCAToVertex2D && dcaToVertex > 1)
1815     cuts[7] = kTRUE;
1816   if (!fCutDCAToVertex2D && TMath::Abs(dcaToVertexXY) > fCutMaxDCAToVertexXY)
1817     cuts[8] = kTRUE;
1818   if (!fCutDCAToVertex2D && TMath::Abs(dcaToVertexZ) > fCutMaxDCAToVertexZ)
1819     cuts[9] = kTRUE;
1820
1821   //Require at least one SPD point + anything else in ITS
1822   if( (esdTrack->HasPointOnITSLayer(0) || esdTrack->HasPointOnITSLayer(1)) == kFALSE)
1823     cuts[10] = kTRUE;
1824
1825   Bool_t cut=kFALSE;
1826   for (Int_t i=0; i<kNCuts; i++)
1827     if (cuts[i]) {cut = kTRUE;}
1828
1829     // cut the track
1830   if (cut)
1831     return kFALSE;
1832   else
1833     return kTRUE;
1834 }
1835 //__________________________________________________
1836 void AliEMCALRecoUtils::InitTrackCuts()
1837 {
1838   //Intilize the track cut criteria
1839   //By default these cuts are set according to AliESDtrackCuts::GetStandardTPCOnlyTrackCuts()
1840   //Also you can customize the cuts using the setters
1841
1842   switch (fTrackCutsType)
1843     {
1844     case kTPCOnlyCut:
1845       {
1846         AliInfo(Form("Track cuts for matching: GetStandardTPCOnlyTrackCuts()"));
1847         //TPC
1848         SetMinNClustersTPC(70);
1849         SetMaxChi2PerClusterTPC(4);
1850         SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
1851         SetRequireTPCRefit(kFALSE);
1852
1853         //ITS
1854         SetRequireITSRefit(kFALSE);
1855         SetMaxDCAToVertexZ(3.2);
1856         SetMaxDCAToVertexXY(2.4);
1857         SetDCAToVertex2D(kTRUE);
1858
1859         break;
1860       }
1861
1862     case kGlobalCut:
1863       {
1864         AliInfo(Form("Track cuts for matching: GetStandardITSTPCTrackCuts2010(kTURE)"));
1865         //TPC
1866         SetMinNClustersTPC(70);
1867         SetMaxChi2PerClusterTPC(4);
1868         SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
1869         SetRequireTPCRefit(kTRUE);
1870
1871         //ITS
1872         SetRequireITSRefit(kTRUE);
1873         SetMaxDCAToVertexZ(2);
1874         SetMaxDCAToVertexXY();
1875         SetDCAToVertex2D(kFALSE);
1876
1877         break;
1878       }
1879
1880     case kLooseCut:
1881       {
1882         AliInfo(Form("Track cuts for matching: Loose cut w/o DCA cut"));
1883         SetMinNClustersTPC(50);
1884         SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
1885
1886         break;
1887       }
1888     }
1889 }
1890
1891 //___________________________________________________
1892 void AliEMCALRecoUtils::Print(const Option_t *) const
1893 {
1894   // Print Parameters
1895
1896   printf("AliEMCALRecoUtils Settings: \n");
1897   printf("Misalignment shifts\n");
1898   for(Int_t i=0; i<5; i++) printf("\t sector %d, traslation (x,y,z)=(%f,%f,%f), rotation (x,y,z)=(%f,%f,%f)\n",i,
1899                                   fMisalTransShift[i*3],fMisalTransShift[i*3+1],fMisalTransShift[i*3+2],
1900                                   fMisalRotShift[i*3],  fMisalRotShift[i*3+1],  fMisalRotShift[i*3+2]   );
1901   printf("Non linearity function %d, parameters:\n", fNonLinearityFunction);
1902   for(Int_t i=0; i<6; i++) printf("param[%d]=%f\n",i, fNonLinearityParams[i]);
1903
1904   printf("Position Recalculation option %d, Particle Type %d, fW0 %2.2f, Recalibrate Data %d \n",fPosAlgo,fParticleType,fW0, fRecalibration);
1905
1906   printf("Matching criteria: ");
1907   if(fCutEtaPhiSum)
1908     {
1909       printf("sqrt(dEta^2+dPhi^2)<%2.2f\n",fCutR);
1910     }
1911   else if(fCutEtaPhiSeparate)
1912     {
1913       printf("dEta<%2.2f, dPhi<%2.2f\n",fCutEta,fCutPhi);
1914     }
1915   else
1916     {
1917       printf("Error\n");
1918       printf("please specify your cut criteria\n");
1919       printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
1920       printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
1921     }
1922
1923   printf("Mass hypothesis = %2.3f [GeV/c^2], extrapolation step = %2.2f[cm]\n",fMass,fStep);
1924
1925   printf("Track cuts: \n");
1926   printf("Minimum track pT: %1.2f\n",fCutMinTrackPt);
1927   printf("AOD track selection mask: %d\n",fAODFilterMask);
1928   printf("TPCRefit = %d, ITSRefit = %d\n",fCutRequireTPCRefit,fCutRequireITSRefit);
1929   printf("AcceptKinks = %d\n",fCutAcceptKinkDaughters);
1930   printf("MinNCulsterTPC = %d, MinNClusterITS = %d\n",fCutMinNClusterTPC,fCutMinNClusterITS);
1931   printf("MaxChi2TPC = %2.2f, MaxChi2ITS = %2.2f\n",fCutMaxChi2PerClusterTPC,fCutMaxChi2PerClusterITS);
1932   printf("DCSToVertex2D = %d, MaxDCAToVertexXY = %2.2f, MaxDCAToVertexZ = %2.2f\n",fCutDCAToVertex2D,fCutMaxDCAToVertexXY,fCutMaxDCAToVertexZ);
1933
1934 }
1935
1936 //_____________________________________________________________________
1937 void AliEMCALRecoUtils::SetRunDependentCorrections(Int_t runnumber){
1938   //Get EMCAL time dependent corrections from file and put them in the recalibration histograms
1939   //Do it only once and only if it is requested
1940
1941   if(!fUseRunCorrectionFactors) return;
1942   if(fRunCorrectionFactorsSet)  return;
1943
1944   AliInfo(Form("AliEMCALRecoUtils::GetRunDependentCorrections() - Get Correction Factors for Run number %d\n",runnumber));
1945
1946   AliEMCALCalibTimeDepCorrection  *corr =  new AliEMCALCalibTimeDepCorrection();
1947   corr->ReadRootInfo(Form("CorrectionFiles/Run%d_Correction.root",runnumber));
1948
1949   SwitchOnRecalibration();
1950   for(Int_t ism = 0; ism < 4; ism++){
1951     for(Int_t icol = 0; icol < 48; icol++){
1952       for(Int_t irow = 0; irow < 24; irow++){
1953         Float_t orgRecalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactors(ism)->GetBinContent(icol,irow);
1954         Float_t newRecalFactor = orgRecalFactor*corr->GetCorrection(ism, icol,irow,0);
1955         GetEMCALChannelRecalibrationFactors(ism)->SetBinContent(icol,irow,newRecalFactor);
1956         //printf("ism %d, icol %d, irow %d, corrections : org %f, time dep %f, final %f (org*time %f)\n",ism, icol, irow,
1957         //        orgRecalFactor, corr->GetCorrection(ism, icol,irow,0),
1958         //       (GetEMCALChannelRecalibrationFactors(ism))->GetBinContent(icol,irow),newRecalFactor);
1959       }
1960     }
1961   }
1962    fRunCorrectionFactorsSet = kTRUE;
1963 }
1964