EMCAL/AliEMCALRecoUtils.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id: AliEMCALRecoUtils.cxx 33808 2009-07-15 09:48:08Z gconesab $ */
  17
  18 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  19 //
  20 // Class AliEMCALRecoUtils
  21 // Some utilities to recalculate the cluster position or energy linearity
  22 //
  23 //
  24 // Author:  Gustavo Conesa (LPSC- Grenoble)
  25 //          Track matching part: Rongrong Ma (Yale)
  26
  27 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  28 // --- standard c ---
  29
  30 // standard C++ includes
  31 //#include <Riostream.h>
  32
  33 // ROOT includes
  34 #include <TGeoManager.h>
  35 #include <TGeoMatrix.h>
  36 #include <TGeoBBox.h>
  37 #include <TH2F.h>
  38 #include <TArrayI.h>
  39 #include <TArrayF.h>
  40 #include <TObjArray.h>
  41
  42 // STEER includes
  43 #include "AliVCluster.h"
  44 #include "AliVCaloCells.h"
  45 #include "AliLog.h"
  46 #include "AliPID.h"
  47 #include "AliESDEvent.h"
  48 #include "AliAODEvent.h"
  49 #include "AliESDtrack.h"
  50 #include "AliAODTrack.h"
  51 #include "AliExternalTrackParam.h"
  52 #include "AliESDfriendTrack.h"
  53 #include "AliTrackerBase.h"
  54
  55 // EMCAL includes
  56 #include "AliEMCALRecoUtils.h"
  57 #include "AliEMCALGeometry.h"
  58 #include "AliTrackerBase.h"
  59 #include "AliEMCALPIDUtils.h"
  60
  61
  62 ClassImp(AliEMCALRecoUtils)
  63
  64 //_____________________________________
  65 AliEMCALRecoUtils::AliEMCALRecoUtils():
  66   fParticleType(0),                       fPosAlgo(0),                            fW0(0),
  67   fNonLinearityFunction(0),               fNonLinearThreshold(0),
  68   fSmearClusterEnergy(kFALSE),            fRandom(),
  69   fCellsRecalibrated(kFALSE),             fRecalibration(kFALSE),                 fEMCALRecalibrationFactors(),
  70   fTimeRecalibration(kFALSE),             fEMCALTimeRecalibrationFactors(),       fUseRunCorrectionFactors(kFALSE),
  71   fRemoveBadChannels(kFALSE),             fRecalDistToBadChannels(kFALSE),        fEMCALBadChannelMap(),
  72   fNCellsFromEMCALBorder(0),              fNoEMCALBorderAtEta0(kTRUE),
  73   fRejectExoticCluster(kFALSE),           fRejectExoticCells(kFALSE),
  74   fExoticCellFraction(0),                 fExoticCellDiffTime(0),                 fExoticCellMinAmplitude(0),
  75   fPIDUtils(),                            fAODFilterMask(0),
  76   fMatchedTrackIndex(0x0),                fMatchedClusterIndex(0x0),
  77   fResidualEta(0x0), fResidualPhi(0x0),   fCutEtaPhiSum(kFALSE),                  fCutEtaPhiSeparate(kFALSE),
  78   fCutR(0),                               fCutEta(0),                             fCutPhi(0),
  79   fClusterWindow(0),                      fMass(0),
  80   fStepSurface(0),                        fStepCluster(0),
  81   fTrackCutsType(0),                      fCutMinTrackPt(0),                      fCutMinNClusterTPC(0),
  82   fCutMinNClusterITS(0),                  fCutMaxChi2PerClusterTPC(0),            fCutMaxChi2PerClusterITS(0),
  83   fCutRequireTPCRefit(kFALSE),            fCutRequireITSRefit(kFALSE),            fCutAcceptKinkDaughters(kFALSE),
  84   fCutMaxDCAToVertexXY(0),                fCutMaxDCAToVertexZ(0),                 fCutDCAToVertex2D(kFALSE)
  85 {
  86 //
  87   // Constructor.
  88   // Initialize all constant values which have to be used
  89   // during Reco algorithm execution
  90   //
  91
  92   // Init parameters
  93   InitParameters();
  94
  95   //Track matching
  96   fMatchedTrackIndex     = new TArrayI();
  97   fMatchedClusterIndex   = new TArrayI();
  98   fResidualPhi           = new TArrayF();
  99   fResidualEta           = new TArrayF();
 100   fPIDUtils              = new AliEMCALPIDUtils();
 101
 102   InitTrackCuts();
 103 }
 104
 105 //______________________________________________________________________
 106 AliEMCALRecoUtils::AliEMCALRecoUtils(const AliEMCALRecoUtils & reco)
 107 : TNamed(reco),
 108   fParticleType(reco.fParticleType),                         fPosAlgo(reco.fPosAlgo),     fW0(reco.fW0),
 109   fNonLinearityFunction(reco.fNonLinearityFunction),         fNonLinearThreshold(reco.fNonLinearThreshold),
 110   fSmearClusterEnergy(reco.fSmearClusterEnergy),             fRandom(),
 111   fCellsRecalibrated(reco.fCellsRecalibrated),
 112   fRecalibration(reco.fRecalibration),                       fEMCALRecalibrationFactors(reco.fEMCALRecalibrationFactors),
 113   fTimeRecalibration(reco.fTimeRecalibration),               fEMCALTimeRecalibrationFactors(reco.fEMCALTimeRecalibrationFactors),
 114   fUseRunCorrectionFactors(reco.fUseRunCorrectionFactors),
 115   fRemoveBadChannels(reco.fRemoveBadChannels),               fRecalDistToBadChannels(reco.fRecalDistToBadChannels),
 116   fEMCALBadChannelMap(reco.fEMCALBadChannelMap),
 117   fNCellsFromEMCALBorder(reco.fNCellsFromEMCALBorder),       fNoEMCALBorderAtEta0(reco.fNoEMCALBorderAtEta0),
 118   fRejectExoticCluster(reco.fRejectExoticCluster),           fRejectExoticCells(reco.fRejectExoticCells),
 119   fExoticCellFraction(reco.fExoticCellFraction),             fExoticCellDiffTime(reco.fExoticCellDiffTime),
 120   fExoticCellMinAmplitude(reco.fExoticCellMinAmplitude),
 121   fPIDUtils(reco.fPIDUtils),                                 fAODFilterMask(reco.fAODFilterMask),
 122   fMatchedTrackIndex(  reco.fMatchedTrackIndex?  new TArrayI(*reco.fMatchedTrackIndex):0x0),
 123   fMatchedClusterIndex(reco.fMatchedClusterIndex?new TArrayI(*reco.fMatchedClusterIndex):0x0),
 124   fResidualEta(        reco.fResidualEta?        new TArrayF(*reco.fResidualEta):0x0),
 125   fResidualPhi(        reco.fResidualPhi?        new TArrayF(*reco.fResidualPhi):0x0),
 126   fCutEtaPhiSum(reco.fCutEtaPhiSum),                         fCutEtaPhiSeparate(reco.fCutEtaPhiSeparate),
 127   fCutR(reco.fCutR),        fCutEta(reco.fCutEta),           fCutPhi(reco.fCutPhi),
 128   fClusterWindow(reco.fClusterWindow),
 129   fMass(reco.fMass),        fStepSurface(reco.fStepSurface), fStepCluster(reco.fStepCluster),
 130   fTrackCutsType(reco.fTrackCutsType),                       fCutMinTrackPt(reco.fCutMinTrackPt),
 131   fCutMinNClusterTPC(reco.fCutMinNClusterTPC),               fCutMinNClusterITS(reco.fCutMinNClusterITS),
 132   fCutMaxChi2PerClusterTPC(reco.fCutMaxChi2PerClusterTPC),   fCutMaxChi2PerClusterITS(reco.fCutMaxChi2PerClusterITS),
 133   fCutRequireTPCRefit(reco.fCutRequireTPCRefit),             fCutRequireITSRefit(reco.fCutRequireITSRefit),
 134   fCutAcceptKinkDaughters(reco.fCutAcceptKinkDaughters),     fCutMaxDCAToVertexXY(reco.fCutMaxDCAToVertexXY),
 135   fCutMaxDCAToVertexZ(reco.fCutMaxDCAToVertexZ),             fCutDCAToVertex2D(reco.fCutDCAToVertex2D)
 136 {
 137   //Copy ctor
 138
 139   for(Int_t i = 0; i < 15 ; i++) { fMisalRotShift[i]      = reco.fMisalRotShift[i]      ;
 140                                    fMisalTransShift[i]    = reco.fMisalTransShift[i]    ; }
 141   for(Int_t i = 0; i < 7  ; i++) { fNonLinearityParams[i] = reco.fNonLinearityParams[i] ; }
 142   for(Int_t i = 0; i < 3  ; i++) { fSmearClusterParam[i]  = reco.fSmearClusterParam[i]  ; }
 143
 144 }
 145
 146
 147 //______________________________________________________________________
 148 AliEMCALRecoUtils & AliEMCALRecoUtils::operator = (const AliEMCALRecoUtils & reco)
 149 {
 150   //Assignment operator
 151
 152   if(this == &reco)return *this;
 153   ((TNamed *)this)->operator=(reco);
 154
 155   for(Int_t i = 0; i < 15 ; i++) { fMisalTransShift[i]    = reco.fMisalTransShift[i]    ;
 156                                    fMisalRotShift[i]      = reco.fMisalRotShift[i]      ; }
 157   for(Int_t i = 0; i < 7  ; i++) { fNonLinearityParams[i] = reco.fNonLinearityParams[i] ; }
 158   for(Int_t i = 0; i < 3  ; i++) { fSmearClusterParam[i]  = reco.fSmearClusterParam[i]  ; }
 159
 160   fParticleType              = reco.fParticleType;
 161   fPosAlgo                   = reco.fPosAlgo;
 162   fW0                        = reco.fW0;
 163
 164   fNonLinearityFunction      = reco.fNonLinearityFunction;
 165   fNonLinearThreshold        = reco.fNonLinearThreshold;
 166   fSmearClusterEnergy        = reco.fSmearClusterEnergy;
 167
 168   fCellsRecalibrated         = reco.fCellsRecalibrated;
 169   fRecalibration             = reco.fRecalibration;
 170   fEMCALRecalibrationFactors = reco.fEMCALRecalibrationFactors;
 171
 172   fTimeRecalibration             = reco.fTimeRecalibration;
 173   fEMCALTimeRecalibrationFactors = reco.fEMCALTimeRecalibrationFactors;
 174
 175   fUseRunCorrectionFactors   = reco.fUseRunCorrectionFactors;
 176
 177   fRemoveBadChannels         = reco.fRemoveBadChannels;
 178   fRecalDistToBadChannels    = reco.fRecalDistToBadChannels;
 179   fEMCALBadChannelMap        = reco.fEMCALBadChannelMap;
 180
 181   fNCellsFromEMCALBorder     = reco.fNCellsFromEMCALBorder;
 182   fNoEMCALBorderAtEta0       = reco.fNoEMCALBorderAtEta0;
 183
 184   fRejectExoticCluster       = reco.fRejectExoticCluster;
 185   fRejectExoticCells         = reco.fRejectExoticCells;
 186   fExoticCellFraction        = reco.fExoticCellFraction;
 187   fExoticCellDiffTime        = reco.fExoticCellDiffTime;
 188   fExoticCellMinAmplitude    = reco.fExoticCellMinAmplitude;
 189
 190   fPIDUtils                  = reco.fPIDUtils;
 191
 192   fAODFilterMask             = reco.fAODFilterMask;
 193
 194   fCutEtaPhiSum              = reco.fCutEtaPhiSum;
 195   fCutEtaPhiSeparate         = reco.fCutEtaPhiSeparate;
 196   fCutR                      = reco.fCutR;
 197   fCutEta                    = reco.fCutEta;
 198   fCutPhi                    = reco.fCutPhi;
 199   fClusterWindow             = reco.fClusterWindow;
 200   fMass                      = reco.fMass;
 201   fStepSurface               = reco.fStepSurface;
 202   fStepCluster               = reco.fStepCluster;
 203
 204   fTrackCutsType             = reco.fTrackCutsType;
 205   fCutMinTrackPt             = reco.fCutMinTrackPt;
 206   fCutMinNClusterTPC         = reco.fCutMinNClusterTPC;
 207   fCutMinNClusterITS         = reco.fCutMinNClusterITS;
 208   fCutMaxChi2PerClusterTPC   = reco.fCutMaxChi2PerClusterTPC;
 209   fCutMaxChi2PerClusterITS   = reco.fCutMaxChi2PerClusterITS;
 210   fCutRequireTPCRefit        = reco.fCutRequireTPCRefit;
 211   fCutRequireITSRefit        = reco.fCutRequireITSRefit;
 212   fCutAcceptKinkDaughters    = reco.fCutAcceptKinkDaughters;
 213   fCutMaxDCAToVertexXY       = reco.fCutMaxDCAToVertexXY;
 214   fCutMaxDCAToVertexZ        = reco.fCutMaxDCAToVertexZ;
 215   fCutDCAToVertex2D          = reco.fCutDCAToVertex2D;
 216
 217   if(reco.fResidualEta)
 218   {
 219     // assign or copy construct
 220     if(fResidualEta)
 221     {
 222       *fResidualEta = *reco.fResidualEta;
 223     }
 224     else
 225     {
 226       fResidualEta = new TArrayF(*reco.fResidualEta);
 227     }
 228   }
 229   else
 230   {
 231     if(fResidualEta)delete fResidualEta;
 232     fResidualEta = 0;
 233   }
 234
 235   if(reco.fResidualPhi)
 236   {
 237     // assign or copy construct
 238     if(fResidualPhi)
 239     {
 240       *fResidualPhi = *reco.fResidualPhi;
 241     }
 242     else
 243     {
 244       fResidualPhi = new TArrayF(*reco.fResidualPhi);
 245     }
 246   }
 247   else
 248   {
 249     if(fResidualPhi)delete fResidualPhi;
 250     fResidualPhi = 0;
 251   }
 252
 253   if(reco.fMatchedTrackIndex)
 254   {
 255     // assign or copy construct
 256     if(fMatchedTrackIndex)
 257     {
 258       *fMatchedTrackIndex = *reco.fMatchedTrackIndex;
 259     }
 260     else
 261     {
 262       fMatchedTrackIndex = new TArrayI(*reco.fMatchedTrackIndex);
 263     }
 264   }
 265   else
 266   {
 267     if(fMatchedTrackIndex)delete fMatchedTrackIndex;
 268     fMatchedTrackIndex = 0;
 269   }
 270
 271   if(reco.fMatchedClusterIndex)
 272   {
 273     // assign or copy construct
 274     if(fMatchedClusterIndex)
 275     {
 276       *fMatchedClusterIndex = *reco.fMatchedClusterIndex;
 277     }
 278     else
 279     {
 280       fMatchedClusterIndex = new TArrayI(*reco.fMatchedClusterIndex);
 281     }
 282   }
 283   else
 284   {
 285     if(fMatchedClusterIndex)delete fMatchedClusterIndex;
 286     fMatchedClusterIndex = 0;
 287   }
 288
 289   return *this;
 290 }
 291
 292
 293 //_____________________________________
 294 AliEMCALRecoUtils::~AliEMCALRecoUtils()
 295 {
 296   //Destructor.
 297
 298   if(fEMCALRecalibrationFactors)
 299   {
 300     fEMCALRecalibrationFactors->Clear();
 301     delete fEMCALRecalibrationFactors;
 302   }
 303
 304   if(fEMCALTimeRecalibrationFactors)
 305   {
 306     fEMCALTimeRecalibrationFactors->Clear();
 307     delete fEMCALTimeRecalibrationFactors;
 308   }
 309
 310   if(fEMCALBadChannelMap)
 311   {
 312     fEMCALBadChannelMap->Clear();
 313     delete fEMCALBadChannelMap;
 314   }
 315
 316   delete fMatchedTrackIndex   ;
 317   delete fMatchedClusterIndex ;
 318   delete fResidualEta         ;
 319   delete fResidualPhi         ;
 320   delete fPIDUtils            ;
 321
 322   InitTrackCuts();
 323 }
 324
 325 //_______________________________________________________________________________
 326 Bool_t AliEMCALRecoUtils::AcceptCalibrateCell(const Int_t absID, const Int_t bc,
 327                                               Float_t  & amp,    Double_t & time,
 328                                               AliVCaloCells* cells)
 329 {
 330   // Reject cell if criteria not passed and calibrate it
 331
 332   AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
 333
 334   if(absID < 0 || absID >= 24*48*geom->GetNumberOfSuperModules()) return kFALSE;
 335
 336   Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 337
 338   if(!geom->GetCellIndex(absID,imod,iTower,iIphi,iIeta))
 339   {
 340     // cell absID does not exist
 341     amp=0; time = 1.e9;
 342     return kFALSE;
 343   }
 344
 345   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 346
 347   // Do not include bad channels found in analysis,
 348   if( IsBadChannelsRemovalSwitchedOn() && GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi))
 349   {
 350     return kFALSE;
 351   }
 352
 353   //Recalibrate energy
 354   amp  = cells->GetCellAmplitude(absID);
 355   if(!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn())
 356     amp *= GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi);
 357
 358
 359   // Recalibrate time
 360   time = cells->GetCellTime(absID);
 361
 362   RecalibrateCellTime(absID,bc,time);
 363
 364   return kTRUE;
 365 }
 366
 367 //_____________________________________________________________________________
 368 Bool_t AliEMCALRecoUtils::CheckCellFiducialRegion(const AliEMCALGeometry* geom,
 369                                                   const AliVCluster* cluster,
 370                                                   AliVCaloCells* cells)
 371 {
 372   // Given the list of AbsId of the cluster, get the maximum cell and
 373   // check if there are fNCellsFromBorder from the calorimeter border
 374
 375   if(!cluster)
 376   {
 377     AliInfo("Cluster pointer null!");
 378     return kFALSE;
 379   }
 380
 381   //If the distance to the border is 0 or negative just exit accept all clusters
 382   if(cells->GetType()==AliVCaloCells::kEMCALCell && fNCellsFromEMCALBorder <= 0 ) return kTRUE;
 383
 384   Int_t absIdMax  = -1, iSM =-1, ieta = -1, iphi = -1;
 385   Bool_t shared = kFALSE;
 386   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absIdMax,  iSM, ieta, iphi, shared);
 387
 388   AliDebug(2,Form("Cluster Max AbsId %d, Cell Energy %2.2f, Cluster Energy %2.2f, Ncells from border %d, EMCAL eta=0 %d\n",
 389                   absIdMax, cells->GetCellAmplitude(absIdMax), cluster->E(), fNCellsFromEMCALBorder, fNoEMCALBorderAtEta0));
 390
 391   if(absIdMax==-1) return kFALSE;
 392
 393   //Check if the cell is close to the borders:
 394   Bool_t okrow = kFALSE;
 395   Bool_t okcol = kFALSE;
 396
 397   if(iSM < 0 || iphi < 0 || ieta < 0 )
 398   {
 399     AliFatal(Form("Negative value for super module: %d, or cell ieta: %d, or cell iphi: %d, check EMCAL geometry name\n",
 400                   iSM,ieta,iphi));
 401   }
 402
 403   //Check rows/phi
 404   if(iSM < 10)
 405   {
 406     if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < 24-fNCellsFromEMCALBorder) okrow =kTRUE;
 407   }
 408   else if (iSM >=10 && ( ( geom->GetEMCGeometry()->GetGeoName()).Contains("12SMV1")))
 409   {
 410     if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < 8-fNCellsFromEMCALBorder) okrow =kTRUE; //1/3 sm case
 411   }
 412   else
 413   {
 414     if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < 12-fNCellsFromEMCALBorder) okrow =kTRUE; // half SM case
 415   }
 416
 417   //Check columns/eta
 418   if(!fNoEMCALBorderAtEta0)
 419   {
 420     if(ieta  > fNCellsFromEMCALBorder && ieta < 48-fNCellsFromEMCALBorder) okcol =kTRUE;
 421   }
 422   else
 423   {
 424     if(iSM%2==0)
 425     {
 426       if(ieta >= fNCellsFromEMCALBorder)     okcol = kTRUE;
 427     }
 428     else
 429     {
 430       if(ieta <  48-fNCellsFromEMCALBorder)  okcol = kTRUE;
 431     }
 432   }//eta 0 not checked
 433
 434   AliDebug(2,Form("EMCAL Cluster in %d cells fiducial volume: ieta %d, iphi %d, SM %d:  column? %d, row? %d\nq",
 435                   fNCellsFromEMCALBorder, ieta, iphi, iSM, okcol, okrow));
 436
 437   if (okcol && okrow)
 438   {
 439     //printf("Accept\n");
 440     return kTRUE;
 441   }
 442   else
 443   {
 444     //printf("Reject\n");
 445     AliDebug(2,Form("Reject cluster in border, max cell : ieta %d, iphi %d, SM %d\n",ieta, iphi, iSM));
 446     return kFALSE;
 447   }
 448
 449 }
 450
 451
 452 //_______________________________________________________________________________
 453 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ClusterContainsBadChannel(const AliEMCALGeometry* geom,
 454                                                     const UShort_t* cellList,
 455                                                     const Int_t nCells)
 456 {
 457   // Check that in the cluster cells, there is no bad channel of those stored
 458   // in fEMCALBadChannelMap or fPHOSBadChannelMap
 459
 460   if(!fRemoveBadChannels)  return kFALSE;
 461   if(!fEMCALBadChannelMap) return kFALSE;
 462
 463   Int_t icol = -1;
 464   Int_t irow = -1;
 465   Int_t imod = -1;
 466   for(Int_t iCell = 0; iCell<nCells; iCell++)
 467   {
 468     //Get the column and row
 469     Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 470     geom->GetCellIndex(cellList[iCell],imod,iTower,iIphi,iIeta);
 471     if(fEMCALBadChannelMap->GetEntries() <= imod) continue;
 472     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);
 473     if(GetEMCALChannelStatus(imod, icol, irow))
 474     {
 475       AliDebug(2,Form("Cluster with bad channel: SM %d, col %d, row %d\n",imod, icol, irow));
 476       return kTRUE;
 477     }
 478
 479   }// cell cluster loop
 480
 481   return kFALSE;
 482 }
 483
 484
 485 //___________________________________________________________________________
 486 Float_t AliEMCALRecoUtils::GetECross(const Int_t absID, const Double_t tcell,
 487                                      AliVCaloCells* cells, const Int_t bc)
 488 {
 489   //Calculate the energy in the cross around the energy given cell
 490
 491   AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
 492
 493   Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 494   geom->GetCellIndex(absID,imod,iTower,iIphi,iIeta);
 495   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 496
 497   //Get close cells index, energy and time, not in corners
 498
 499   Int_t absID1 = -1;
 500   Int_t absID2 = -1;
 501
 502   if( iphi < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows-1) absID1 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi+1, ieta);
 503   if( iphi > 0 )                                absID2 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi-1, ieta);
 504
 505   // In case of cell in eta = 0 border, depending on SM shift the cross cell index
 506
 507   Int_t absID3 = -1;
 508   Int_t absID4 = -1;
 509
 510   if     ( ieta == AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1 && !(imod%2) )
 511   {
 512     absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod+1, iphi, 0);
 513     absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod,   iphi, ieta-1);
 514   }
 515   else if( ieta == 0 && imod%2 )
 516   {
 517     absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod,   iphi, ieta+1);
 518     absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod-1, iphi, AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1);
 519   }
 520   else
 521   {
 522     if( ieta < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1 )
 523       absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi, ieta+1);
 524     if( ieta > 0 )
 525       absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi, ieta-1);
 526   }
 527
 528   //printf("IMOD %d, AbsId %d, a %d, b %d, c %d e %d \n",imod,absID,absID1,absID2,absID3,absID4);
 529
 530   Float_t  ecell1  = 0, ecell2  = 0, ecell3  = 0, ecell4  = 0;
 531   Double_t tcell1  = 0, tcell2  = 0, tcell3  = 0, tcell4  = 0;
 532   Bool_t   accept1 = 0, accept2 = 0, accept3 = 0, accept4 = 0;
 533
 534   accept1 = AcceptCalibrateCell(absID1,bc, ecell1,tcell1,cells);
 535   accept2 = AcceptCalibrateCell(absID2,bc, ecell2,tcell2,cells);
 536   accept3 = AcceptCalibrateCell(absID3,bc, ecell3,tcell3,cells);
 537   accept4 = AcceptCalibrateCell(absID4,bc, ecell4,tcell4,cells);
 538
 539   /*
 540    printf("Cell absID %d \n",absID);
 541    printf("\t  accept1 %d, accept2 %d, accept3 %d, accept4 %d\n",
 542    accept1,accept2,accept3,accept4);
 543    printf("\t id %d: id1 %d, id2 %d, id3 %d, id4 %d\n",
 544    absID,absID1,absID2,absID3,absID4);
 545    printf("\t e %f: e1 %f, e2 %f, e3 %f, e4 %f\n",
 546    ecell,ecell1,ecell2,ecell3,ecell4);
 547    printf("\t t %f: t1 %f, t2 %f, t3 %f, t4 %f;\n dt1 %f, dt2 %f, dt3 %f, dt4 %f\n",
 548    tcell*1.e9,tcell1*1.e9,tcell2*1.e9,tcell3*1.e9,tcell4*1.e9,
 549    TMath::Abs(tcell-tcell1)*1.e9, TMath::Abs(tcell-tcell2)*1.e9, TMath::Abs(tcell-tcell3)*1.e9, TMath::Abs(tcell-tcell4)*1.e9);
 550    */
 551
 552   if(TMath::Abs(tcell-tcell1)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell1 = 0 ;
 553   if(TMath::Abs(tcell-tcell2)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell2 = 0 ;
 554   if(TMath::Abs(tcell-tcell3)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell3 = 0 ;
 555   if(TMath::Abs(tcell-tcell4)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell4 = 0 ;
 556
 557   return ecell1+ecell2+ecell3+ecell4;
 558
 559 }
 560
 561 //_____________________________________________________________________________________________
 562 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsExoticCell(const Int_t absID, AliVCaloCells* cells, const Int_t bc)
 563 {
 564   // Look to cell neighbourhood and reject if it seems exotic
 565   // Do before recalibrating the cells
 566
 567   if(!fRejectExoticCells) return kFALSE;
 568
 569   Float_t  ecell  = 0;
 570   Double_t tcell  = 0;
 571   Bool_t   accept = AcceptCalibrateCell(absID, bc, ecell ,tcell ,cells);
 572
 573   if(!accept) return kTRUE; // reject this cell
 574
 575   if(ecell < fExoticCellMinAmplitude) return kFALSE; // do not reject low energy cells
 576
 577   Float_t eCross = GetECross(absID,tcell,cells,bc);
 578
 579   if(1-eCross/ecell > fExoticCellFraction)
 580   {
 581     AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::IsExoticCell() - EXOTIC CELL id %d, eCell %f, eCross %f, 1-eCross/eCell %f\n",
 582                     absID,ecell,eCross,1-eCross/ecell));
 583     return kTRUE;
 584   }
 585
 586   return kFALSE;
 587 }
 588
 589 //___________________________________________________________________
 590 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsExoticCluster(const AliVCluster *cluster,
 591                                           AliVCaloCells *cells,
 592                                           const Int_t bc)
 593 {
 594   // Check if the cluster highest energy tower is exotic
 595
 596   if(!cluster)
 597   {
 598     AliInfo("Cluster pointer null!");
 599     return kFALSE;
 600   }
 601
 602   if(!fRejectExoticCluster) return kFALSE;
 603
 604   // Get highest energy tower
 605   AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
 606   Int_t iSupMod = -1, absId = -1, ieta = -1, iphi = -1;
 607   Bool_t shared = kFALSE;
 608   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absId, iSupMod, ieta, iphi, shared);
 609
 610   return IsExoticCell(absId,cells,bc);
 611
 612 }
 613
 614 //_______________________________________________________________________
 615 Float_t AliEMCALRecoUtils::SmearClusterEnergy(const AliVCluster* cluster)
 616 {
 617   //In case of MC analysis, smear energy to match resolution/calibration in real data
 618
 619   if(!cluster)
 620   {
 621     AliInfo("Cluster pointer null!");
 622     return 0;
 623   }
 624
 625   Float_t energy    = cluster->E() ;
 626   Float_t rdmEnergy = energy ;
 627   if(fSmearClusterEnergy)
 628   {
 629     rdmEnergy = fRandom.Gaus(energy,fSmearClusterParam[0] * TMath::Sqrt(energy) +
 630                                     fSmearClusterParam[1] * energy +
 631                                     fSmearClusterParam[2] );
 632     AliDebug(2, Form("Energy: original %f, smeared %f\n", energy, rdmEnergy));
 633   }
 634
 635   return rdmEnergy;
 636 }
 637
 638 //____________________________________________________________________________
 639 Float_t AliEMCALRecoUtils::CorrectClusterEnergyLinearity(AliVCluster* cluster)
 640 {
 641   // Correct cluster energy from non linearity functions
 642
 643   if(!cluster)
 644   {
 645     AliInfo("Cluster pointer null!");
 646     return 0;
 647   }
 648
 649   Float_t energy = cluster->E();
 650
 651   switch (fNonLinearityFunction)
 652   {
 653
 654     case kPi0MC:
 655     {
 656       //Non-Linearity correction (from MC with function ([0]*exp(-[1]/E))+(([2]/([3]*2.*TMath::Pi())*exp(-(E-[4])^2/(2.*[3]^2)))))
 657       //fNonLinearityParams[0] = 1.014;
 658       //fNonLinearityParams[1] =-0.03329;
 659       //fNonLinearityParams[2] =-0.3853;
 660       //fNonLinearityParams[3] = 0.5423;
 661       //fNonLinearityParams[4] =-0.4335;
 662        energy *= (fNonLinearityParams[0]*exp(-fNonLinearityParams[1]/energy))+
 663                   ((fNonLinearityParams[2]/(fNonLinearityParams[3]*2.*TMath::Pi())*
 664                     exp(-(energy-fNonLinearityParams[4])*(energy-fNonLinearityParams[4])/(2.*fNonLinearityParams[3]*fNonLinearityParams[3]))));
 665       break;
 666     }
 667
 668     case kPi0MCv2:
 669     {
 670       //Non-Linearity correction (from MC with function [0]/((x+[1])^[2]))+1;
 671       //fNonLinearityParams[0] = 3.11111e-02;
 672       //fNonLinearityParams[1] =-5.71666e-02;
 673       //fNonLinearityParams[2] = 5.67995e-01;
 674
 675       energy *= fNonLinearityParams[0]/TMath::Power(energy+fNonLinearityParams[1],fNonLinearityParams[2])+1;
 676       break;
 677     }
 678
 679     case kPi0MCv3:
 680     {
 681       //Same as beam test corrected, change parameters
 682       //fNonLinearityParams[0] =  9.81039e-01
 683       //fNonLinearityParams[1] =  1.13508e-01;
 684       //fNonLinearityParams[2] =  1.00173e+00;
 685       //fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
 686       //fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
 687       //fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
 688       //fNonLinearityParams[6] =  1;
 689       energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
 690
 691       break;
 692     }
 693
 694
 695     case kPi0GammaGamma:
 696     {
 697       //Non-Linearity correction (from Olga Data with function p0+p1*exp(-p2*E))
 698       //fNonLinearityParams[0] = 1.04;
 699       //fNonLinearityParams[1] = -0.1445;
 700       //fNonLinearityParams[2] = 1.046;
 701       energy /= (fNonLinearityParams[0]+fNonLinearityParams[1]*exp(-fNonLinearityParams[2]*energy)); //Olga function
 702       break;
 703     }
 704
 705     case kPi0GammaConversion:
 706     {
 707       //Non-Linearity correction (Nicolas from Dimitri Data with function C*[1-a*exp(-b*E)])
 708       //fNonLinearityParams[0] = 0.139393/0.1349766;
 709       //fNonLinearityParams[1] = 0.0566186;
 710       //fNonLinearityParams[2] = 0.982133;
 711       energy /= fNonLinearityParams[0]*(1-fNonLinearityParams[1]*exp(-fNonLinearityParams[2]*energy));
 712
 713       break;
 714     }
 715
 716     case kBeamTest:
 717     {
 718       //From beam test, Alexei's results, for different ZS thresholds
 719       //                        th=30 MeV; th = 45 MeV; th = 75 MeV
 720       //fNonLinearityParams[0] = 1.007;      1.003;      1.002
 721       //fNonLinearityParams[1] = 0.894;      0.719;      0.797
 722       //fNonLinearityParams[2] = 0.246;      0.334;      0.358
 723       //Rescale the param[0] with 1.03
 724       energy /= fNonLinearityParams[0]/(1+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]));
 725
 726       break;
 727     }
 728
 729     case kBeamTestCorrected:
 730     {
 731       //From beam test, corrected for material between beam and EMCAL
 732       //fNonLinearityParams[0] =  0.99078
 733       //fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
 734       //fNonLinearityParams[2] =  0.655166;
 735       //fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
 736       //fNonLinearityParams[4] =  163.282;
 737       //fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
 738       //fNonLinearityParams[6] =  0.978;
 739         energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
 740
 741       break;
 742     }
 743
 744     case kNoCorrection:
 745       AliDebug(2,"No correction on the energy\n");
 746       break;
 747
 748   }
 749
 750   return energy;
 751 }
 752
 753 //__________________________________________________
 754 void AliEMCALRecoUtils::InitNonLinearityParam()
 755 {
 756   //Initialising Non Linearity Parameters
 757
 758   if(fNonLinearityFunction == kPi0MC)
 759   {
 760     fNonLinearityParams[0] = 1.014;
 761     fNonLinearityParams[1] = -0.03329;
 762     fNonLinearityParams[2] = -0.3853;
 763     fNonLinearityParams[3] = 0.5423;
 764     fNonLinearityParams[4] = -0.4335;
 765   }
 766
 767   if(fNonLinearityFunction == kPi0MCv2)
 768   {
 769     fNonLinearityParams[0] = 3.11111e-02;
 770     fNonLinearityParams[1] =-5.71666e-02;
 771     fNonLinearityParams[2] = 5.67995e-01;
 772   }
 773
 774   if(fNonLinearityFunction == kPi0MCv3)
 775   {
 776     fNonLinearityParams[0] =  9.81039e-01;
 777     fNonLinearityParams[1] =  1.13508e-01;
 778     fNonLinearityParams[2] =  1.00173e+00;
 779     fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
 780     fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
 781     fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
 782     fNonLinearityParams[6] =  1;
 783   }
 784
 785   if(fNonLinearityFunction == kPi0GammaGamma)
 786   {
 787     fNonLinearityParams[0] = 1.04;
 788     fNonLinearityParams[1] = -0.1445;
 789     fNonLinearityParams[2] = 1.046;
 790   }
 791
 792   if(fNonLinearityFunction == kPi0GammaConversion)
 793   {
 794     fNonLinearityParams[0] = 0.139393;
 795     fNonLinearityParams[1] = 0.0566186;
 796     fNonLinearityParams[2] = 0.982133;
 797   }
 798
 799   if(fNonLinearityFunction == kBeamTest)
 800   {
 801     if(fNonLinearThreshold == 30)
 802     {
 803       fNonLinearityParams[0] = 1.007;
 804       fNonLinearityParams[1] = 0.894;
 805       fNonLinearityParams[2] = 0.246;
 806     }
 807     if(fNonLinearThreshold == 45)
 808     {
 809       fNonLinearityParams[0] = 1.003;
 810       fNonLinearityParams[1] = 0.719;
 811       fNonLinearityParams[2] = 0.334;
 812     }
 813     if(fNonLinearThreshold == 75)
 814     {
 815       fNonLinearityParams[0] = 1.002;
 816       fNonLinearityParams[1] = 0.797;
 817       fNonLinearityParams[2] = 0.358;
 818     }
 819   }
 820
 821   if(fNonLinearityFunction == kBeamTestCorrected)
 822   {
 823     fNonLinearityParams[0] =  0.99078;
 824     fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
 825     fNonLinearityParams[2] =  0.655166;
 826     fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
 827     fNonLinearityParams[4] =  163.282;
 828     fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
 829     fNonLinearityParams[6] =  0.978;
 830   }
 831 }
 832
 833 //_________________________________________________________
 834 Float_t  AliEMCALRecoUtils::GetDepth(const Float_t energy,
 835                                      const Int_t iParticle,
 836                                      const Int_t iSM) const
 837 {
 838   //Calculate shower depth for a given cluster energy and particle type
 839
 840   // parameters
 841   Float_t x0    = 1.31;
 842   Float_t ecr   = 8;
 843   Float_t depth = 0;
 844
 845   switch ( iParticle )
 846   {
 847     case kPhoton:
 848       depth = x0 * (TMath::Log(energy*1000/ ecr) + 0.5); //Multiply energy by 1000 to transform to MeV
 849       break;
 850
 851     case kElectron:
 852       depth = x0 * (TMath::Log(energy*1000/ ecr) - 0.5); //Multiply energy by 1000 to transform to MeV
 853       break;
 854
 855     case kHadron:
 856       // hadron
 857       // boxes anc. here
 858       if(gGeoManager)
 859       {
 860         gGeoManager->cd("ALIC_1/XEN1_1");
 861         TGeoNode        *geoXEn1    = gGeoManager->GetCurrentNode();
 862         TGeoNodeMatrix  *geoSM      = dynamic_cast<TGeoNodeMatrix *>(geoXEn1->GetDaughter(iSM));
 863         if(geoSM)
 864         {
 865           TGeoVolume      *geoSMVol   = geoSM->GetVolume();
 866           TGeoShape       *geoSMShape = geoSMVol->GetShape();
 867           TGeoBBox        *geoBox     = dynamic_cast<TGeoBBox *>(geoSMShape);
 868           if(geoBox) depth = 0.5 * geoBox->GetDX()*2 ;
 869           else AliFatal("Null GEANT box");
 870         }
 871         else AliFatal("NULL  GEANT node matrix");
 872       }
 873       else
 874       {//electron
 875         depth = x0 * (TMath::Log(energy*1000 / ecr)  - 0.5); //Multiply energy by 1000 to transform to MeV
 876       }
 877
 878       break;
 879
 880     default://photon
 881       depth = x0 * (TMath::Log(energy*1000 / ecr) + 0.5); //Multiply energy by 1000 to transform to MeV
 882   }
 883
 884   return depth;
 885 }
 886
 887 //____________________________________________________________________
 888 void AliEMCALRecoUtils::GetMaxEnergyCell(const AliEMCALGeometry *geom,
 889                                          AliVCaloCells* cells,
 890                                          const AliVCluster* clu,
 891                                          Int_t  & absId,
 892                                          Int_t  & iSupMod,
 893                                          Int_t  & ieta,
 894                                          Int_t  & iphi,
 895                                          Bool_t & shared)
 896 {
 897   //For a given CaloCluster gets the absId of the cell
 898   //with maximum energy deposit.
 899
 900   Double_t eMax        = -1.;
 901   Double_t eCell       = -1.;
 902   Float_t  fraction    = 1.;
 903   Float_t  recalFactor = 1.;
 904   Int_t    cellAbsId   = -1 ;
 905
 906   Int_t iTower  = -1;
 907   Int_t iIphi   = -1;
 908   Int_t iIeta   = -1;
 909   Int_t iSupMod0= -1;
 910
 911   if(!clu)
 912   {
 913     AliInfo("Cluster pointer null!");
 914     absId=-1; iSupMod0=-1, ieta = -1; iphi = -1; shared = -1;
 915     return;
 916   }
 917
 918   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++)
 919   {
 920     cellAbsId = clu->GetCellAbsId(iDig);
 921     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
 922     //printf("a Cell %d, id, %d, amp %f, fraction %f\n",iDig,cellAbsId,cells->GetCellAmplitude(cellAbsId),fraction);
 923     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
 924     geom->GetCellIndex(cellAbsId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
 925     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 926     if     (iDig==0)
 927     {
 928       iSupMod0=iSupMod;
 929     }
 930     else if(iSupMod0!=iSupMod)
 931     {
 932       shared = kTRUE;
 933       //printf("AliEMCALRecoUtils::GetMaxEnergyCell() - SHARED CLUSTER\n");
 934     }
 935     if(!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn())
 936     {
 937       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
 938     }
 939     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cellAbsId)*fraction*recalFactor;
 940     //printf("b Cell %d, id, %d, amp %f, fraction %f\n",iDig,cellAbsId,eCell,fraction);
 941     if(eCell > eMax)
 942     {
 943       eMax  = eCell;
 944       absId = cellAbsId;
 945       //printf("\t new max: cell %d, e %f, ecell %f\n",maxId, eMax,eCell);
 946     }
 947   }// cell loop
 948
 949   //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
 950   geom->GetCellIndex(absId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
 951   //Gives SuperModule and Tower numbers
 952   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,
 953                                          iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 954   //printf("Max id %d, iSM %d, col %d, row %d\n",absId,iSupMod,ieta,iphi);
 955   //printf("Max end---\n");
 956 }
 957
 958 //______________________________________
 959 void AliEMCALRecoUtils::InitParameters()
 960 {
 961   // Initialize data members with default values
 962
 963   fParticleType = kPhoton;
 964   fPosAlgo      = kUnchanged;
 965   fW0           = 4.5;
 966
 967   fNonLinearityFunction = kNoCorrection;
 968   fNonLinearThreshold   = 30;
 969
 970   fExoticCellFraction     = 0.97;
 971   fExoticCellDiffTime     = 1e6;
 972   fExoticCellMinAmplitude = 0.5;
 973
 974   fAODFilterMask = 32;
 975
 976   fCutEtaPhiSum      = kTRUE;
 977   fCutEtaPhiSeparate = kFALSE;
 978
 979   fCutR   = 0.05;
 980   fCutEta = 0.025;
 981   fCutPhi = 0.05;
 982
 983   fClusterWindow = 100;
 984   fMass          = 0.139;
 985
 986   fStepSurface   = 20.;
 987   fStepCluster   = 5.;
 988   fTrackCutsType = kLooseCut;
 989
 990   fCutMinTrackPt     = 0;
 991   fCutMinNClusterTPC = -1;
 992   fCutMinNClusterITS = -1;
 993
 994   fCutMaxChi2PerClusterTPC  = 1e10;
 995   fCutMaxChi2PerClusterITS  = 1e10;
 996
 997   fCutRequireTPCRefit     = kFALSE;
 998   fCutRequireITSRefit     = kFALSE;
 999   fCutAcceptKinkDaughters = kFALSE;
1000
1001   fCutMaxDCAToVertexXY = 1e10;
1002   fCutMaxDCAToVertexZ  = 1e10;
1003   fCutDCAToVertex2D    = kFALSE;
1004
1005
1006   //Misalignment matrices
1007   for(Int_t i = 0; i < 15 ; i++)
1008   {
1009     fMisalTransShift[i] = 0.;
1010     fMisalRotShift[i]   = 0.;
1011   }
1012
1013   //Non linearity
1014   for(Int_t i = 0; i < 7  ; i++) fNonLinearityParams[i] = 0.;
1015
1016   //For kBeamTestCorrected case, but default is no correction
1017   fNonLinearityParams[0] =  0.99078;
1018   fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
1019   fNonLinearityParams[2] =  0.655166;
1020   fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
1021   fNonLinearityParams[4] =  163.282;
1022   fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
1023   fNonLinearityParams[6] =  0.978;
1024
1025   //For kPi0GammaGamma case
1026   //fNonLinearityParams[0] = 0.1457/0.1349766/1.038;
1027   //fNonLinearityParams[1] = -0.02024/0.1349766/1.038;
1028   //fNonLinearityParams[2] = 1.046;
1029
1030   //Cluster energy smearing
1031   fSmearClusterEnergy   = kFALSE;
1032   fSmearClusterParam[0] = 0.07; // * sqrt E term
1033   fSmearClusterParam[1] = 0.00; // * E term
1034   fSmearClusterParam[2] = 0.00; // constant
1035 }
1036
1037 //_____________________________________________________
1038 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()
1039 {
1040   //Init EMCAL recalibration factors
1041   AliDebug(2,"AliCalorimeterUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()");
1042   //In order to avoid rewriting the same histograms
1043   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1044   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1045
1046   fEMCALRecalibrationFactors = new TObjArray(12);
1047   for (int i = 0; i < 12; i++)
1048     fEMCALRecalibrationFactors->Add(new TH2F(Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i),
1049                                              Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i),  48, 0, 48, 24, 0, 24));
1050   //Init the histograms with 1
1051   for (Int_t sm = 0; sm < 12; sm++)
1052   {
1053     for (Int_t i = 0; i < 48; i++)
1054     {
1055       for (Int_t j = 0; j < 24; j++)
1056       {
1057         SetEMCALChannelRecalibrationFactor(sm,i,j,1.);
1058       }
1059     }
1060   }
1061
1062   fEMCALRecalibrationFactors->SetOwner(kTRUE);
1063   fEMCALRecalibrationFactors->Compress();
1064
1065   //In order to avoid rewriting the same histograms
1066   TH1::AddDirectory(oldStatus);
1067 }
1068
1069 //_________________________________________________________
1070 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALTimeRecalibrationFactors()
1071 {
1072   //Init EMCAL recalibration factors
1073   AliDebug(2,"AliCalorimeterUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()");
1074   //In order to avoid rewriting the same histograms
1075   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1076   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1077
1078   fEMCALTimeRecalibrationFactors = new TObjArray(4);
1079   for (int i = 0; i < 4; i++)
1080     fEMCALTimeRecalibrationFactors->Add(new TH1F(Form("hAllTimeAvBC%d",i),
1081                                                  Form("hAllTimeAvBC%d",i),
1082                                                  48*24*12,0.,48*24*12)          );
1083   //Init the histograms with 1
1084   for (Int_t bc = 0; bc < 4; bc++)
1085   {
1086     for (Int_t i = 0; i < 48*24*12; i++)
1087       SetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(bc,i,0.);
1088   }
1089
1090   fEMCALTimeRecalibrationFactors->SetOwner(kTRUE);
1091   fEMCALTimeRecalibrationFactors->Compress();
1092
1093   //In order to avoid rewriting the same histograms
1094   TH1::AddDirectory(oldStatus);
1095 }
1096
1097 //____________________________________________________
1098 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALBadChannelStatusMap()
1099 {
1100   //Init EMCAL bad channels map
1101   AliDebug(2,"AliEMCALRecoUtils::InitEMCALBadChannelStatusMap()");
1102   //In order to avoid rewriting the same histograms
1103   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1104   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1105
1106   fEMCALBadChannelMap = new TObjArray(12);
1107   //TH2F * hTemp = new  TH2I("EMCALBadChannelMap","EMCAL SuperModule bad channel map", 48, 0, 48, 24, 0, 24);
1108   for (int i = 0; i < 12; i++)
1109   {
1110     fEMCALBadChannelMap->Add(new TH2I(Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i),Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i), 48, 0, 48, 24, 0, 24));
1111   }
1112
1113   fEMCALBadChannelMap->SetOwner(kTRUE);
1114   fEMCALBadChannelMap->Compress();
1115
1116   //In order to avoid rewriting the same histograms
1117   TH1::AddDirectory(oldStatus);
1118 }
1119
1120 //____________________________________________________________________________
1121 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy(const AliEMCALGeometry* geom,
1122                                                  AliVCluster * cluster,
1123                                                  AliVCaloCells * cells,
1124                                                  const Int_t bc)
1125 {
1126   // Recalibrate the cluster energy and Time, considering the recalibration map
1127   // and the energy of the cells and time that compose the cluster.
1128   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1129
1130   if(!cluster)
1131   {
1132     AliInfo("Cluster pointer null!");
1133     return;
1134   }
1135
1136   //Get the cluster number of cells and list of absId, check what kind of cluster do we have.
1137   UShort_t * index    = cluster->GetCellsAbsId() ;
1138   Double_t * fraction = cluster->GetCellsAmplitudeFraction() ;
1139   Int_t ncells = cluster->GetNCells();
1140
1141   //Initialize some used variables
1142   Float_t energy = 0;
1143   Int_t   absId  =-1;
1144   Int_t   icol   =-1, irow =-1, imod=1;
1145   Float_t factor = 1, frac = 0;
1146   Int_t   absIdMax = -1;
1147   Float_t emax     = 0;
1148
1149   //Loop on the cells, get the cell amplitude and recalibration factor, multiply and and to the new energy
1150   for(Int_t icell = 0; icell < ncells; icell++)
1151   {
1152     absId = index[icell];
1153     frac =  fraction[icell];
1154     if(frac < 1e-5) frac = 1; //in case of EMCAL, this is set as 0 since unfolding is off
1155
1156     if(!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn())
1157     {
1158       // Energy
1159       Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
1160       geom->GetCellIndex(absId,imod,iTower,iIphi,iIeta);
1161       if(fEMCALRecalibrationFactors->GetEntries() <= imod) continue;
1162       geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);
1163       factor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,icol,irow);
1164
1165       AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - recalibrate cell: module %d, col %d, row %d, cell fraction %f,recalibration factor %f, cell energy %f\n",
1166                       imod,icol,irow,frac,factor,cells->GetCellAmplitude(absId)));
1167
1168     }
1169
1170     energy += cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac;
1171
1172     if(emax < cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac)
1173     {
1174       emax     = cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac;
1175       absIdMax = absId;
1176     }
1177   }
1178
1179   AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - Energy before %f, after %f \n",cluster->E(),energy));
1180
1181   cluster->SetE(energy);
1182
1183   // Recalculate time of cluster
1184   Double_t timeorg = cluster->GetTOF();
1185
1186   Double_t time = cells->GetCellTime(absIdMax);
1187   if(!fCellsRecalibrated && IsTimeRecalibrationOn())
1188     RecalibrateCellTime(absIdMax,bc,time);
1189
1190   cluster->SetTOF(time);
1191
1192   AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - Time before %f, after %f \n",timeorg,cluster->GetTOF()));
1193 }
1194
1195 //_____________________________________________________________
1196 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateCells(AliVCaloCells * cells,
1197                                          const Int_t bc)
1198 {
1199   // Recalibrate the cells time and energy, considering the recalibration map and the energy
1200   // of the cells that compose the cluster.
1201   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1202
1203   if(!IsRecalibrationOn() && !IsTimeRecalibrationOn()) return;
1204
1205   if(!cells)
1206   {
1207     AliInfo("Cells pointer null!");
1208     return;
1209   }
1210
1211   Short_t  absId  =-1;
1212   Bool_t   accept = kFALSE;
1213   Float_t  ecell  = 0;
1214   Double_t tcell  = 0;
1215   Double_t ecellin = 0;
1216   Double_t tcellin = 0;
1217   Short_t  mclabel = -1;
1218   Double_t efrac = 0;
1219
1220   Int_t nEMcell  = cells->GetNumberOfCells() ;
1221   for (Int_t iCell = 0; iCell < nEMcell; iCell++)
1222   {
1223     cells->GetCell( iCell, absId, ecellin, tcellin, mclabel, efrac );
1224
1225     accept = AcceptCalibrateCell(absId, bc, ecell ,tcell ,cells);
1226     if(!accept)
1227     {
1228       ecell = 0;
1229       tcell = -1;
1230     }
1231
1232     //Set new values
1233     cells->SetCell(iCell,absId,ecell, tcell, mclabel, efrac);
1234   }
1235
1236   fCellsRecalibrated = kTRUE;
1237 }
1238
1239 //_______________________________________________________________________________________________________
1240 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateCellTime(const Int_t absId, const Int_t bc, Double_t & celltime) const
1241 {
1242   // Recalibrate time of cell with absID  considering the recalibration map
1243   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1244
1245   if(!fCellsRecalibrated && IsTimeRecalibrationOn() && bc >= 0)
1246   {
1247     celltime -= GetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(bc%4,absId)*1.e-9;    ;
1248   }
1249 }
1250
1251 //______________________________________________________________________________
1252 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPosition(const AliEMCALGeometry *geom,
1253                                                    AliVCaloCells* cells,
1254                                                    AliVCluster* clu)
1255 {
1256   //For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1257
1258   if(!clu)
1259   {
1260     AliInfo("Cluster pointer null!");
1261     return;
1262   }
1263
1264   if     (fPosAlgo==kPosTowerGlobal) RecalculateClusterPositionFromTowerGlobal( geom, cells, clu);
1265   else if(fPosAlgo==kPosTowerIndex)  RecalculateClusterPositionFromTowerIndex ( geom, cells, clu);
1266   else   AliDebug(2,"Algorithm to recalculate position not selected, do nothing.");
1267 }
1268
1269 //_____________________________________________________________________________________________
1270 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPositionFromTowerGlobal(const AliEMCALGeometry *geom,
1271                                                                   AliVCaloCells* cells,
1272                                                                   AliVCluster* clu)
1273 {
1274   // For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1275   // The algorithm is a copy of what is done in AliEMCALRecPoint
1276
1277   Double_t eCell       = 0.;
1278   Float_t  fraction    = 1.;
1279   Float_t  recalFactor = 1.;
1280
1281   Int_t    absId   = -1;
1282   Int_t    iTower  = -1, iIphi  = -1, iIeta  = -1;
1283   Int_t    iSupModMax = -1, iSM=-1, iphi   = -1, ieta   = -1;
1284   Float_t  weight = 0.,  totalWeight=0.;
1285   Float_t  newPos[3] = {0,0,0};
1286   Double_t pLocal[3], pGlobal[3];
1287   Bool_t shared = kFALSE;
1288
1289   Float_t  clEnergy = clu->E(); //Energy already recalibrated previously
1290   GetMaxEnergyCell(geom, cells, clu, absId,  iSupModMax, ieta, iphi,shared);
1291   Double_t depth = GetDepth(clEnergy,fParticleType,iSupModMax) ;
1292
1293   //printf("** Cluster energy %f, ncells %d, depth %f\n",clEnergy,clu->GetNCells(),depth);
1294
1295   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++)
1296   {
1297     absId = clu->GetCellAbsId(iDig);
1298     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
1299     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1300
1301     if (!fCellsRecalibrated)
1302     {
1303       geom->GetCellIndex(absId,iSM,iTower,iIphi,iIeta);
1304       geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSM,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
1305
1306       if(IsRecalibrationOn())
1307       {
1308         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSM,ieta,iphi);
1309       }
1310     }
1311
1312     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId)*fraction*recalFactor;
1313
1314     weight = GetCellWeight(eCell,clEnergy);
1315     totalWeight += weight;
1316
1317     geom->RelPosCellInSModule(absId,depth,pLocal[0],pLocal[1],pLocal[2]);
1318     //printf("pLocal (%f,%f,%f), SM %d, absId %d\n",pLocal[0],pLocal[1],pLocal[2],iSupModMax,absId);
1319     geom->GetGlobal(pLocal,pGlobal,iSupModMax);
1320     //printf("pLocal (%f,%f,%f)\n",pGlobal[0],pGlobal[1],pGlobal[2]);
1321
1322     for(int i=0; i<3; i++ ) newPos[i] += (weight*pGlobal[i]);
1323   }// cell loop
1324
1325   if(totalWeight>0)
1326   {
1327     for(int i=0; i<3; i++ )    newPos[i] /= totalWeight;
1328   }
1329
1330   //Float_t pos[]={0,0,0};
1331   //clu->GetPosition(pos);
1332   //printf("OldPos  : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",pos[0],pos[1],pos[2]);
1333   //printf("NewPos  : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",newPos[0],newPos[1],newPos[2]);
1334
1335   if(iSupModMax > 1) //sector 1
1336   {
1337     newPos[0] +=fMisalTransShift[3];//-=3.093;
1338     newPos[1] +=fMisalTransShift[4];//+=6.82;
1339     newPos[2] +=fMisalTransShift[5];//+=1.635;
1340     //printf("   +    : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",fMisalTransShift[3],fMisalTransShift[4],fMisalTransShift[5]);
1341   } else //sector 0
1342   {
1343     newPos[0] +=fMisalTransShift[0];//+=1.134;
1344     newPos[1] +=fMisalTransShift[1];//+=8.2;
1345     newPos[2] +=fMisalTransShift[2];//+=1.197;
1346     //printf("   +    : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",fMisalTransShift[0],fMisalTransShift[1],fMisalTransShift[2]);
1347   }
1348   //printf("NewPos : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",newPos[0],newPos[1],newPos[2]);
1349
1350   clu->SetPosition(newPos);
1351 }
1352
1353 //____________________________________________________________________________________________
1354 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPositionFromTowerIndex(const AliEMCALGeometry *geom,
1355                                                                  AliVCaloCells* cells,
1356                                                                  AliVCluster* clu)
1357 {
1358   // For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1359   // The algorithm works with the tower indeces, averages the indeces and from them it calculates the global position
1360
1361   Double_t eCell       = 1.;
1362   Float_t  fraction    = 1.;
1363   Float_t  recalFactor = 1.;
1364
1365   Int_t absId   = -1;
1366   Int_t iTower  = -1;
1367   Int_t iIphi   = -1, iIeta   = -1;
1368   Int_t iSupMod = -1, iSupModMax = -1;
1369   Int_t iphi = -1, ieta =-1;
1370   Bool_t shared = kFALSE;
1371
1372   Float_t clEnergy = clu->E(); //Energy already recalibrated previously.
1373   GetMaxEnergyCell(geom, cells, clu, absId,  iSupModMax, ieta, iphi,shared);
1374   Float_t  depth = GetDepth(clEnergy,fParticleType,iSupMod) ;
1375
1376   Float_t weight = 0., weightedCol = 0., weightedRow = 0., totalWeight=0.;
1377   Bool_t areInSameSM = kTRUE; //exclude clusters with cells in different SMs for now
1378   Int_t startingSM = -1;
1379
1380   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++)
1381   {
1382     absId = clu->GetCellAbsId(iDig);
1383     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
1384     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1385
1386     if     (iDig==0)  startingSM = iSupMod;
1387     else if(iSupMod != startingSM) areInSameSM = kFALSE;
1388
1389     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId);
1390
1391     geom->GetCellIndex(absId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1392     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
1393
1394     if (!fCellsRecalibrated)
1395     {
1396       if(IsRecalibrationOn())
1397       {
1398         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1399       }
1400     }
1401
1402     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId)*fraction*recalFactor;
1403
1404     weight = GetCellWeight(eCell,clEnergy);
1405     if(weight < 0) weight = 0;
1406     totalWeight += weight;
1407     weightedCol += ieta*weight;
1408     weightedRow += iphi*weight;
1409
1410     //printf("Max cell? cell %d, amplitude org %f, fraction %f, recalibration %f, amplitude new %f \n",cellAbsId, cells->GetCellAmplitude(cellAbsId), fraction, recalFactor, eCell) ;
1411   }// cell loop
1412
1413   Float_t xyzNew[]={0.,0.,0.};
1414   if(areInSameSM == kTRUE)
1415   {
1416     //printf("In Same SM\n");
1417     weightedCol = weightedCol/totalWeight;
1418     weightedRow = weightedRow/totalWeight;
1419     geom->RecalculateTowerPosition(weightedRow, weightedCol, iSupModMax, depth, fMisalTransShift, fMisalRotShift, xyzNew);
1420   }
1421   else
1422   {
1423     //printf("In Different SM\n");
1424     geom->RecalculateTowerPosition(iphi,        ieta,        iSupModMax, depth, fMisalTransShift, fMisalRotShift, xyzNew);
1425   }
1426
1427   clu->SetPosition(xyzNew);
1428 }
1429
1430 //___________________________________________________________________________________________
1431 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterDistanceToBadChannel(const AliEMCALGeometry * geom,
1432                                                                AliVCaloCells* cells,
1433                                                                AliVCluster * cluster)
1434 {
1435   //re-evaluate distance to bad channel with updated bad map
1436
1437   if(!fRecalDistToBadChannels) return;
1438
1439   if(!cluster)
1440   {
1441     AliInfo("Cluster pointer null!");
1442     return;
1443   }
1444
1445   //Get channels map of the supermodule where the cluster is.
1446   Int_t absIdMax  = -1, iSupMod =-1, icolM = -1, irowM = -1;
1447   Bool_t shared = kFALSE;
1448   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absIdMax,  iSupMod, icolM, irowM, shared);
1449   TH2D* hMap  = (TH2D*)fEMCALBadChannelMap->At(iSupMod);
1450
1451   Int_t dRrow, dRcol;
1452   Float_t  minDist = 10000.;
1453   Float_t  dist    = 0.;
1454
1455   //Loop on tower status map
1456   for(Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++)
1457   {
1458     for(Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++)
1459     {
1460       //Check if tower is bad.
1461       if(hMap->GetBinContent(icol,irow)==0) continue;
1462       //printf("AliEMCALRecoUtils::RecalculateDistanceToBadChannels() - \n \t Bad channel in SM %d, col %d, row %d, \n \t Cluster max in col %d, row %d\n",
1463       //       iSupMod,icol, irow, icolM,irowM);
1464
1465       dRrow=TMath::Abs(irowM-irow);
1466       dRcol=TMath::Abs(icolM-icol);
1467       dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dRcol*dRcol);
1468       if(dist < minDist)
1469       {
1470         //printf("MIN DISTANCE TO BAD %2.2f\n",dist);
1471         minDist = dist;
1472       }
1473     }
1474   }
1475
1476   //In case the cluster is shared by 2 SuperModules, need to check the map of the second Super Module
1477   if (shared)
1478   {
1479     TH2D* hMap2 = 0;
1480     Int_t iSupMod2 = -1;
1481
1482     //The only possible combinations are (0,1), (2,3) ... (8,9)
1483     if(iSupMod%2) iSupMod2 = iSupMod-1;
1484     else          iSupMod2 = iSupMod+1;
1485     hMap2  = (TH2D*)fEMCALBadChannelMap->At(iSupMod2);
1486
1487     //Loop on tower status map of second super module
1488     for(Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++)
1489     {
1490       for(Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++)
1491       {
1492         //Check if tower is bad.
1493         if(hMap2->GetBinContent(icol,irow)==0) continue;
1494         //printf("AliEMCALRecoUtils::RecalculateDistanceToBadChannels(shared) - \n \t Bad channel in SM %d, col %d, row %d \n \t Cluster max in SM %d, col %d, row %d\n",
1495         //     iSupMod2,icol, irow,iSupMod,icolM,irowM);
1496         dRrow=TMath::Abs(irow-irowM);
1497
1498         if(iSupMod%2)
1499         {
1500           dRcol=TMath::Abs(icol-(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icolM));
1501         } else
1502         {
1503           dRcol=TMath::Abs(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icol-icolM);
1504         }
1505
1506         dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dRcol*dRcol);
1507         if(dist < minDist) minDist = dist;
1508       }
1509     }
1510   }// shared cluster in 2 SuperModules
1511
1512   AliDebug(2,Form("Max cluster cell (SM,col,row)=(%d %d %d) - Distance to Bad Channel %2.2f",iSupMod, icolM, irowM, minDist));
1513   cluster->SetDistanceToBadChannel(minDist);
1514 }
1515
1516 //__________________________________________________________________
1517 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPID(AliVCluster * cluster)
1518 {
1519   //re-evaluate identification parameters with bayesian
1520
1521   if(!cluster)
1522   {
1523     AliInfo("Cluster pointer null!");
1524     return;
1525   }
1526
1527   if ( cluster->GetM02() != 0)
1528     fPIDUtils->ComputePID(cluster->E(),cluster->GetM02());
1529
1530   Float_t pidlist[AliPID::kSPECIESCN+1];
1531   for(Int_t i = 0; i < AliPID::kSPECIESCN+1; i++) pidlist[i] = fPIDUtils->GetPIDFinal(i);
1532
1533   cluster->SetPID(pidlist);
1534 }
1535
1536 //___________________________________________________________________________________________________________________
1537 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(const AliEMCALGeometry * geom,
1538                                                                 AliVCaloCells* cells,
1539                                                                 AliVCluster * cluster,
1540                                                                 Float_t & l0,   Float_t & l1,
1541                                                                 Float_t & disp, Float_t & dEta, Float_t & dPhi,
1542                                                                 Float_t & sEta, Float_t & sPhi, Float_t & sEtaPhi)
1543 {
1544   // Calculates new center of gravity in the local EMCAL-module coordinates
1545   // and tranfers into global ALICE coordinates
1546   // Calculates Dispersion and main axis
1547
1548   if(!cluster)
1549   {
1550     AliInfo("Cluster pointer null!");
1551     return;
1552   }
1553
1554   Double_t eCell       = 0.;
1555   Float_t  fraction    = 1.;
1556   Float_t  recalFactor = 1.;
1557
1558   Int_t    iSupMod = -1;
1559   Int_t    iTower  = -1;
1560   Int_t    iIphi   = -1;
1561   Int_t    iIeta   = -1;
1562   Int_t    iphi    = -1;
1563   Int_t    ieta    = -1;
1564   Double_t etai    = -1.;
1565   Double_t phii    = -1.;
1566
1567   Int_t    nstat   = 0 ;
1568   Float_t  wtot    = 0.;
1569   Double_t w       = 0.;
1570   Double_t etaMean = 0.;
1571   Double_t phiMean = 0.;
1572
1573   //Loop on cells
1574   for(Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++)
1575   {
1576     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1577     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1578     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1579
1580     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1581     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1582     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1583
1584     if (!fCellsRecalibrated)
1585     {
1586       if(IsRecalibrationOn())
1587       {
1588         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1589       }
1590     }
1591
1592     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1593
1594     if(cluster->E() > 0 && eCell > 0)
1595     {
1596       w  = GetCellWeight(eCell,cluster->E());
1597
1598       etai=(Double_t)ieta;
1599       phii=(Double_t)iphi;
1600
1601       if(w > 0.0)
1602       {
1603         wtot += w ;
1604         nstat++;
1605         //Shower shape
1606         sEta     += w * etai * etai ;
1607         etaMean  += w * etai ;
1608         sPhi     += w * phii * phii ;
1609         phiMean  += w * phii ;
1610         sEtaPhi  += w * etai * phii ;
1611       }
1612     }
1613     else
1614       AliError(Form("Wrong energy %f and/or amplitude %f\n", eCell, cluster->E()));
1615   }//cell loop
1616
1617   //Normalize to the weight
1618   if (wtot > 0)
1619   {
1620     etaMean /= wtot ;
1621     phiMean /= wtot ;
1622   }
1623   else
1624     AliError(Form("Wrong weight %f\n", wtot));
1625
1626   //Calculate dispersion
1627   for(Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++)
1628   {
1629     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1630     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1631     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1632
1633     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1634     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1635     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1636     if (IsRecalibrationOn())
1637     {
1638       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1639     }
1640     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1641
1642     if(cluster->E() > 0 && eCell > 0)
1643     {
1644       w  = GetCellWeight(eCell,cluster->E());
1645
1646       etai=(Double_t)ieta;
1647       phii=(Double_t)iphi;
1648       if(w > 0.0)
1649       {
1650         disp +=  w *((etai-etaMean)*(etai-etaMean)+(phii-phiMean)*(phii-phiMean));
1651         dEta +=  w * (etai-etaMean)*(etai-etaMean) ;
1652         dPhi +=  w * (phii-phiMean)*(phii-phiMean) ;
1653       }
1654     }
1655     else
1656       AliError(Form("Wrong energy %f and/or amplitude %f\n", eCell, cluster->E()));
1657   }// cell loop
1658
1659   //Normalize to the weigth and set shower shape parameters
1660   if (wtot > 0 && nstat > 1)
1661   {
1662     disp    /= wtot ;
1663     dEta    /= wtot ;
1664     dPhi    /= wtot ;
1665     sEta    /= wtot ;
1666     sPhi    /= wtot ;
1667     sEtaPhi /= wtot ;
1668
1669     sEta    -= etaMean * etaMean ;
1670     sPhi    -= phiMean * phiMean ;
1671     sEtaPhi -= etaMean * phiMean ;
1672
1673     l0 = (0.5 * (sEta + sPhi) + TMath::Sqrt( 0.25 * (sEta - sPhi) * (sEta - sPhi) + sEtaPhi * sEtaPhi ));
1674     l1 = (0.5 * (sEta + sPhi) - TMath::Sqrt( 0.25 * (sEta - sPhi) * (sEta - sPhi) + sEtaPhi * sEtaPhi ));
1675   }
1676   else
1677   {
1678     l0   = 0. ;
1679     l1   = 0. ;
1680     dEta = 0. ; dPhi = 0. ; disp    = 0. ;
1681     sEta = 0. ; sPhi = 0. ; sEtaPhi = 0. ;
1682   }
1683
1684 }
1685
1686 //____________________________________________________________________________________________
1687 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(const AliEMCALGeometry * geom,
1688                                                                 AliVCaloCells* cells,
1689                                                                 AliVCluster * cluster)
1690 {
1691   // Calculates new center of gravity in the local EMCAL-module coordinates
1692   // and tranfers into global ALICE coordinates
1693   // Calculates Dispersion and main axis and puts them into the cluster
1694
1695   Float_t l0   = 0., l1   = 0.;
1696   Float_t disp = 0., dEta = 0., dPhi    = 0.;
1697   Float_t sEta = 0., sPhi = 0., sEtaPhi = 0.;
1698
1699   AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(geom,cells,cluster,l0,l1,disp,
1700                                                              dEta, dPhi, sEta, sPhi, sEtaPhi);
1701
1702   cluster->SetM02(l0);
1703   cluster->SetM20(l1);
1704   if(disp > 0. ) cluster->SetDispersion(TMath::Sqrt(disp)) ;
1705
1706 }
1707
1708 //____________________________________________________________________________
1709 void AliEMCALRecoUtils::FindMatches(AliVEvent *event,
1710                                     TObjArray * clusterArr,
1711                                     const AliEMCALGeometry *geom)
1712 {
1713   //This function should be called before the cluster loop
1714   //Before call this function, please recalculate the cluster positions
1715   //Given the input event, loop over all the tracks, select the closest cluster as matched with fCutR
1716   //Store matched cluster indexes and residuals
1717
1718   fMatchedTrackIndex  ->Reset();
1719   fMatchedClusterIndex->Reset();
1720   fResidualPhi->Reset();
1721   fResidualEta->Reset();
1722
1723   fMatchedTrackIndex  ->Set(1000);
1724   fMatchedClusterIndex->Set(1000);
1725   fResidualPhi->Set(1000);
1726   fResidualEta->Set(1000);
1727
1728   AliESDEvent* esdevent = dynamic_cast<AliESDEvent*> (event);
1729   AliAODEvent* aodevent = dynamic_cast<AliAODEvent*> (event);
1730
1731   // init the magnetic field if not already on
1732   if(!TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField())
1733   {
1734     AliInfo("Init the magnetic field\n");
1735     if     (esdevent)
1736     {
1737       esdevent->InitMagneticField();
1738     }
1739     else if(aodevent)
1740     {
1741       Double_t curSol = 30000*aodevent->GetMagneticField()/5.00668;
1742       Double_t curDip = 6000 *aodevent->GetMuonMagFieldScale();
1743       AliMagF *field  = AliMagF::CreateFieldMap(curSol,curDip);
1744       TGeoGlobalMagField::Instance()->SetField(field);
1745     }
1746     else
1747     {
1748       AliInfo("Mag Field not initialized, null esd/aod evetn pointers");
1749     }
1750
1751   } // Init mag field
1752
1753   TObjArray *clusterArray = 0x0;
1754   if(!clusterArr)
1755     {
1756       clusterArray = new TObjArray(event->GetNumberOfCaloClusters());
1757       for(Int_t icl=0; icl<event->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
1758   {
1759     AliVCluster *cluster = (AliVCluster*) event->GetCaloCluster(icl);
1760     if(geom && !IsGoodCluster(cluster,geom,(AliVCaloCells*)event->GetEMCALCells())) continue;
1761     clusterArray->AddAt(cluster,icl);
1762   }
1763     }
1764
1765   Int_t    matched=0;
1766   Double_t cv[21];
1767   for (Int_t i=0; i<21;i++) cv[i]=0;
1768   for(Int_t itr=0; itr<event->GetNumberOfTracks(); itr++)
1769   {
1770     AliExternalTrackParam *trackParam = 0;
1771
1772     //If the input event is ESD, the starting point for extrapolation is TPCOut, if available, or TPCInner
1773     AliESDtrack *esdTrack = 0;
1774     AliAODTrack *aodTrack = 0;
1775     if(esdevent)
1776     {
1777       esdTrack = esdevent->GetTrack(itr);
1778       if(!esdTrack) continue;
1779       if(!IsAccepted(esdTrack)) continue;
1780       if(esdTrack->Pt()<fCutMinTrackPt) continue;
1781       Double_t phi = esdTrack->Phi()*TMath::RadToDeg();
1782       if(TMath::Abs(esdTrack->Eta())>0.8 || phi <= 20 || phi >= 240 ) continue;
1783       trackParam =  const_cast<AliExternalTrackParam*>(esdTrack->GetInnerParam());
1784     }
1785
1786     //If the input event is AOD, the starting point for extrapolation is at vertex
1787     //AOD tracks are selected according to its filterbit.
1788     else if(aodevent)
1789     {
1790       aodTrack = aodevent->GetTrack(itr);
1791       if(!aodTrack) continue;
1792       if(!aodTrack->TestFilterMask(fAODFilterMask)) continue; //Select AOD tracks that fulfill GetStandardITSTPCTrackCuts2010()
1793       if(aodTrack->Pt()<fCutMinTrackPt) continue;
1794       Double_t phi = aodTrack->Phi()*TMath::RadToDeg();
1795       if(TMath::Abs(aodTrack->Eta())>0.8 || phi <= 20 || phi >= 240 ) continue;
1796       Double_t pos[3],mom[3];
1797       aodTrack->GetXYZ(pos);
1798       aodTrack->GetPxPyPz(mom);
1799       AliDebug(5,Form("aod track: i=%d | pos=(%5.4f,%5.4f,%5.4f) | mom=(%5.4f,%5.4f,%5.4f) | charge=%d\n",itr,pos[0],pos[1],pos[2],mom[0],mom[1],mom[2],aodTrack->Charge()));
1800       trackParam= new AliExternalTrackParam(pos,mom,cv,aodTrack->Charge());
1801     }
1802
1803     //Return if the input data is not "AOD" or "ESD"
1804     else
1805     {
1806       printf("Wrong input data type! Should be \"AOD\" or \"ESD\"\n");
1807       if(clusterArray)
1808   {
1809     clusterArray->Clear();
1810     delete clusterArray;
1811   }
1812       return;
1813     }
1814
1815     if(!trackParam) continue;
1816
1817     //Extrapolate the track to EMCal surface
1818     AliExternalTrackParam emcalParam(*trackParam);
1819     Float_t eta, phi;
1820     if(!ExtrapolateTrackToEMCalSurface(&emcalParam, 430., fMass, fStepSurface, eta, phi))
1821       {
1822   if(aodevent && trackParam) delete trackParam;
1823   continue;
1824       }
1825
1826 //    if(esdevent)
1827 //      {
1828 //  esdTrack->SetOuterParam(&emcalParam,AliExternalTrackParam::kMultSec);
1829 //      }
1830
1831     if(TMath::Abs(eta)>0.75 || (phi) < 70*TMath::DegToRad() || (phi) > 190*TMath::DegToRad())
1832       {
1833   if(aodevent && trackParam) delete trackParam;
1834   continue;
1835       }
1836
1837
1838     //Find matched clusters
1839     Int_t index = -1;
1840     Float_t dEta = -999, dPhi = -999;
1841     if(!clusterArr)
1842       {
1843   index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArray, dEta, dPhi);
1844       }
1845     else
1846       {
1847   index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArr, dEta, dPhi);
1848       }
1849
1850     if(index>-1)
1851     {
1852       fMatchedTrackIndex   ->AddAt(itr,matched);
1853       fMatchedClusterIndex ->AddAt(index,matched);
1854       fResidualEta         ->AddAt(dEta,matched);
1855       fResidualPhi         ->AddAt(dPhi,matched);
1856       matched++;
1857     }
1858     if(aodevent && trackParam) delete trackParam;
1859   }//track loop
1860
1861   if(clusterArray)
1862     {
1863       clusterArray->Clear();
1864       delete clusterArray;
1865     }
1866
1867   AliDebug(2,Form("Number of matched pairs = %d !\n",matched));
1868
1869   fMatchedTrackIndex   ->Set(matched);
1870   fMatchedClusterIndex ->Set(matched);
1871   fResidualPhi         ->Set(matched);
1872   fResidualEta         ->Set(matched);
1873 }
1874
1875 //________________________________________________________________________________
1876 Int_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedClusterInEvent(const AliESDtrack *track,
1877                                                    const AliVEvent *event,
1878                                                    const AliEMCALGeometry *geom,
1879                                                    Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
1880 {
1881   //
1882   // This function returns the index of matched cluster to input track
1883   // Returns -1 if no match is found
1884   Int_t index = -1;
1885   Double_t phiV = track->Phi()*TMath::RadToDeg();
1886   if(TMath::Abs(track->Eta())>0.8 || phiV <= 20 || phiV >= 240 ) return index;
1887   AliExternalTrackParam *trackParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(track->GetInnerParam());
1888   if(!trackParam) return index;
1889   AliExternalTrackParam emcalParam(*trackParam);
1890   Float_t eta, phi;
1891   if(!ExtrapolateTrackToEMCalSurface(&emcalParam, 430., fMass, fStepSurface, eta, phi)) return index;
1892   if(TMath::Abs(eta)>0.75 || (phi) < 70*TMath::DegToRad() || (phi) > 190*TMath::DegToRad()) return index;
1893
1894   TObjArray *clusterArr = new TObjArray(event->GetNumberOfCaloClusters());
1895
1896   for(Int_t icl=0; icl<event->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
1897   {
1898     AliVCluster *cluster = (AliVCluster*) event->GetCaloCluster(icl);
1899     if(geom && !IsGoodCluster(cluster,geom,(AliVCaloCells*)event->GetEMCALCells())) continue;
1900     clusterArr->AddAt(cluster,icl);
1901   }
1902
1903   index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArr, dEta, dPhi);
1904   clusterArr->Clear();
1905   delete clusterArr;
1906
1907   return index;
1908 }
1909
1910 //_______________________________________________________________________________________________
1911 Int_t  AliEMCALRecoUtils::FindMatchedClusterInClusterArr(const AliExternalTrackParam *emcalParam,
1912                                                          AliExternalTrackParam *trkParam,
1913                                                          const TObjArray * clusterArr,
1914                                                          Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
1915 {
1916   // Find matched cluster in array
1917
1918   dEta=-999, dPhi=-999;
1919   Float_t dRMax = fCutR, dEtaMax=fCutEta, dPhiMax=fCutPhi;
1920   Int_t index = -1;
1921   Float_t tmpEta=-999, tmpPhi=-999;
1922
1923   Double_t exPos[3] = {0.,0.,0.};
1924   if(!emcalParam->GetXYZ(exPos)) return index;
1925
1926   Float_t clsPos[3] = {0.,0.,0.};
1927   for(Int_t icl=0; icl<clusterArr->GetEntriesFast(); icl++)
1928     {
1929       AliVCluster *cluster = dynamic_cast<AliVCluster*> (clusterArr->At(icl)) ;
1930       if(!cluster || !cluster->IsEMCAL()) continue;
1931       cluster->GetPosition(clsPos);
1932       Double_t dR = TMath::Sqrt(TMath::Power(exPos[0]-clsPos[0],2)+TMath::Power(exPos[1]-clsPos[1],2)+TMath::Power(exPos[2]-clsPos[2],2));
1933       if(dR > fClusterWindow) continue;
1934
1935       AliExternalTrackParam trkPamTmp (*trkParam);//Retrieve the starting point every time before the extrapolation
1936       if(!ExtrapolateTrackToCluster(&trkPamTmp, cluster, fMass, fStepCluster, tmpEta, tmpPhi)) continue;
1937       if(fCutEtaPhiSum)
1938         {
1939           Float_t tmpR=TMath::Sqrt(tmpEta*tmpEta + tmpPhi*tmpPhi);
1940           if(tmpR<dRMax)
1941       {
1942         dRMax=tmpR;
1943         dEtaMax=tmpEta;
1944         dPhiMax=tmpPhi;
1945         index=icl;
1946       }
1947         }
1948       else if(fCutEtaPhiSeparate)
1949         {
1950           if(TMath::Abs(tmpEta)<TMath::Abs(dEtaMax) && TMath::Abs(tmpPhi)<TMath::Abs(dPhiMax))
1951       {
1952         dEtaMax = tmpEta;
1953         dPhiMax = tmpPhi;
1954         index=icl;
1955       }
1956         }
1957       else
1958         {
1959           printf("Error: please specify your cut criteria\n");
1960           printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
1961           printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
1962           return index;
1963         }
1964     }
1965
1966   dEta=dEtaMax;
1967   dPhi=dPhiMax;
1968
1969   return index;
1970 }
1971
1972 //------------------------------------------------------------------------------------
1973 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToEMCalSurface(AliExternalTrackParam *trkParam,
1974                                                          const Double_t emcalR,
1975                                                          const Double_t mass,
1976                                                          const Double_t step,
1977                                                          Float_t &eta,
1978                                                          Float_t &phi)
1979 {
1980   //Extrapolate track to EMCAL surface
1981
1982   eta = -999, phi = -999;
1983   if(!trkParam) return kFALSE;
1984   if(!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(trkParam, emcalR, mass, step, kTRUE, 0.8, -1)) return kFALSE;
1985   Double_t trkPos[3] = {0.,0.,0.};
1986   if(!trkParam->GetXYZ(trkPos)) return kFALSE;
1987   TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
1988   eta = trkPosVec.Eta();
1989   phi = trkPosVec.Phi();
1990   if(phi<0)
1991     phi += 2*TMath::Pi();
1992
1993   return kTRUE;
1994 }
1995
1996 //-----------------------------------------------------------------------------------
1997 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToPosition(AliExternalTrackParam *trkParam,
1998                                                      const Float_t *clsPos,
1999                                                      Double_t mass,
2000                                                      Double_t step,
2001                                                      Float_t &tmpEta,
2002                                                      Float_t &tmpPhi)
2003 {
2004   //
2005   //Return the residual by extrapolating a track param to a global position
2006   //
2007   tmpEta = -999;
2008   tmpPhi = -999;
2009   if(!trkParam) return kFALSE;
2010   Double_t trkPos[3] = {0.,0.,0.};
2011   TVector3 vec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
2012   Double_t alpha =  ((int)(vec.Phi()*TMath::RadToDeg()/20)+0.5)*20*TMath::DegToRad();
2013   vec.RotateZ(-alpha); //Rotate the cluster to the local extrapolation coordinate system
2014   if(!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(trkParam, vec.X(), mass, step,kTRUE, 0.8, -1)) return kFALSE;
2015   if(!trkParam->GetXYZ(trkPos)) return kFALSE; //Get the extrapolated global position
2016
2017   TVector3 clsPosVec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
2018   TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
2019
2020   // track cluster matching
2021   tmpPhi = clsPosVec.DeltaPhi(trkPosVec);    // tmpPhi is between -pi and pi
2022   tmpEta = clsPosVec.Eta()-trkPosVec.Eta();
2023
2024   return kTRUE;
2025 }
2026
2027 //----------------------------------------------------------------------------------
2028 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(AliExternalTrackParam *trkParam,
2029                                                     const AliVCluster *cluster,
2030                                                     const Double_t mass,
2031                                                     const Double_t step,
2032                                                     Float_t &tmpEta,
2033                                                     Float_t &tmpPhi)
2034 {
2035   //
2036   //Return the residual by extrapolating a track param to a cluster
2037   //
2038   tmpEta = -999;
2039   tmpPhi = -999;
2040   if(!cluster || !trkParam) return kFALSE;
2041
2042   Float_t clsPos[3] = {0.,0.,0.};
2043   cluster->GetPosition(clsPos);
2044
2045   return ExtrapolateTrackToPosition(trkParam, clsPos, mass, step, tmpEta, tmpPhi);
2046 }
2047
2048 //---------------------------------------------------------------------------------
2049 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(AliExternalTrackParam *trkParam,
2050                                                     const AliVCluster *cluster,
2051                                                     Float_t &tmpEta,
2052                                                     Float_t &tmpPhi)
2053 {
2054   //
2055   //Return the residual by extrapolating a track param to a clusterfStepCluster
2056   //
2057
2058   return ExtrapolateTrackToCluster(trkParam, cluster, fMass, fStepCluster, tmpEta, tmpPhi);
2059 }
2060
2061 //_______________________________________________________________________
2062 void AliEMCALRecoUtils::GetMatchedResiduals(const Int_t clsIndex,
2063                                             Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
2064 {
2065   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2066   //Get the residuals dEta and dPhi for this cluster to the closest track
2067   //Works with ESDs and AODs
2068
2069   if( FindMatchedPosForCluster(clsIndex) >= 999 )
2070   {
2071     AliDebug(2,"No matched tracks found!\n");
2072     dEta=999.;
2073     dPhi=999.;
2074     return;
2075   }
2076   dEta = fResidualEta->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2077   dPhi = fResidualPhi->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2078 }
2079
2080 //______________________________________________________________________________________________
2081 void AliEMCALRecoUtils::GetMatchedClusterResiduals(Int_t trkIndex, Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
2082 {
2083   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2084   //Get the residuals dEta and dPhi for this track to the closest cluster
2085   //Works with ESDs and AODs
2086
2087   if( FindMatchedPosForTrack(trkIndex) >= 999 )
2088   {
2089     AliDebug(2,"No matched cluster found!\n");
2090     dEta=999.;
2091     dPhi=999.;
2092     return;
2093   }
2094   dEta = fResidualEta->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2095   dPhi = fResidualPhi->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2096 }
2097
2098 //__________________________________________________________
2099 Int_t AliEMCALRecoUtils::GetMatchedTrackIndex(Int_t clsIndex)
2100 {
2101   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2102   //Get the index of matched track to this cluster
2103   //Works with ESDs and AODs
2104
2105   if(IsClusterMatched(clsIndex))
2106     return fMatchedTrackIndex->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2107   else
2108     return -1;
2109 }
2110
2111 //__________________________________________________________
2112 Int_t AliEMCALRecoUtils::GetMatchedClusterIndex(Int_t trkIndex)
2113 {
2114   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2115   //Get the index of matched cluster to this track
2116   //Works with ESDs and AODs
2117
2118   if(IsTrackMatched(trkIndex))
2119     return fMatchedClusterIndex->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2120   else
2121     return -1;
2122 }
2123
2124 //______________________________________________________________
2125 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsClusterMatched(Int_t clsIndex) const
2126 {
2127   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2128   //Returns if the cluster has a match
2129   if(FindMatchedPosForCluster(clsIndex) < 999)
2130     return kTRUE;
2131   else
2132     return kFALSE;
2133 }
2134
2135 //____________________________________________________________
2136 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsTrackMatched(Int_t trkIndex) const
2137 {
2138   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2139   //Returns if the track has a match
2140   if(FindMatchedPosForTrack(trkIndex) < 999)
2141     return kTRUE;
2142   else
2143     return kFALSE;
2144 }
2145
2146 //______________________________________________________________________
2147 UInt_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedPosForCluster(Int_t clsIndex) const
2148 {
2149   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2150   //Returns the position of the match in the fMatchedClusterIndex array
2151   Float_t tmpR = fCutR;
2152   UInt_t pos = 999;
2153
2154   for(Int_t i=0; i<fMatchedClusterIndex->GetSize(); i++)
2155   {
2156     if(fMatchedClusterIndex->At(i)==clsIndex)
2157     {
2158       Float_t r = TMath::Sqrt(fResidualEta->At(i)*fResidualEta->At(i) + fResidualPhi->At(i)*fResidualPhi->At(i));
2159       if(r<tmpR)
2160       {
2161         pos=i;
2162         tmpR=r;
2163         AliDebug(3,Form("Matched cluster index: index: %d, dEta: %2.4f, dPhi: %2.4f.\n",
2164                         fMatchedClusterIndex->At(i),fResidualEta->At(i),fResidualPhi->At(i)));
2165       }
2166     }
2167   }
2168   return pos;
2169 }
2170
2171 //____________________________________________________________________
2172 UInt_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedPosForTrack(Int_t trkIndex) const
2173 {
2174   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2175   //Returns the position of the match in the fMatchedTrackIndex array
2176   Float_t tmpR = fCutR;
2177   UInt_t pos = 999;
2178
2179   for(Int_t i=0; i<fMatchedTrackIndex->GetSize(); i++)
2180   {
2181     if(fMatchedTrackIndex->At(i)==trkIndex)
2182     {
2183       Float_t r = TMath::Sqrt(fResidualEta->At(i)*fResidualEta->At(i) + fResidualPhi->At(i)*fResidualPhi->At(i));
2184       if(r<tmpR)
2185       {
2186         pos=i;
2187         tmpR=r;
2188         AliDebug(3,Form("Matched track index: index: %d, dEta: %2.4f, dPhi: %2.4f.\n",
2189                         fMatchedTrackIndex->At(i),fResidualEta->At(i),fResidualPhi->At(i)));
2190       }
2191     }
2192   }
2193   return pos;
2194 }
2195
2196 //__________________________________________________________________________
2197 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsGoodCluster(AliVCluster *cluster,
2198                                         const AliEMCALGeometry *geom,
2199                                         AliVCaloCells* cells,const Int_t bc)
2200 {
2201   // check if the cluster survives some quality cut
2202   //
2203   //
2204   Bool_t isGood=kTRUE;
2205
2206   if(!cluster || !cluster->IsEMCAL())              return kFALSE;
2207
2208   if(ClusterContainsBadChannel(geom,cluster->GetCellsAbsId(),cluster->GetNCells())) return kFALSE;
2209
2210   if(!CheckCellFiducialRegion(geom,cluster,cells)) return kFALSE;
2211
2212   if(IsExoticCluster(cluster, cells,bc))           return kFALSE;
2213
2214   return isGood;
2215 }
2216
2217 //__________________________________________________________
2218 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsAccepted(AliESDtrack *esdTrack)
2219 {
2220   // Given a esd track, return whether the track survive all the cuts
2221
2222   // The different quality parameter are first
2223   // retrieved from the track. then it is found out what cuts the
2224   // track did not survive and finally the cuts are imposed.
2225
2226   UInt_t status = esdTrack->GetStatus();
2227
2228   Int_t nClustersITS = esdTrack->GetITSclusters(0);
2229   Int_t nClustersTPC = esdTrack->GetTPCclusters(0);
2230
2231   Float_t chi2PerClusterITS = -1;
2232   Float_t chi2PerClusterTPC = -1;
2233   if (nClustersITS!=0)
2234     chi2PerClusterITS = esdTrack->GetITSchi2()/Float_t(nClustersITS);
2235   if (nClustersTPC!=0)
2236     chi2PerClusterTPC = esdTrack->GetTPCchi2()/Float_t(nClustersTPC);
2237
2238
2239   //DCA cuts
2240   if(fTrackCutsType==kGlobalCut)
2241     {
2242       Float_t maxDCAToVertexXYPtDep = 0.0182 + 0.0350/TMath::Power(esdTrack->Pt(),1.01); //This expression comes from AliESDtrackCuts::GetStandardITSTPCTrackCuts2010()
2243       //AliDebug(3,Form("Track pT = %f, DCAtoVertexXY = %f",esdTrack->Pt(),MaxDCAToVertexXYPtDep));
2244       SetMaxDCAToVertexXY(maxDCAToVertexXYPtDep); //Set pT dependent DCA cut to vertex in x-y plane
2245     }
2246
2247
2248   Float_t b[2];
2249   Float_t bCov[3];
2250   esdTrack->GetImpactParameters(b,bCov);
2251   if (bCov[0]<=0 || bCov[2]<=0)
2252   {
2253     AliDebug(1, "Estimated b resolution lower or equal zero!");
2254     bCov[0]=0; bCov[2]=0;
2255   }
2256
2257   Float_t dcaToVertexXY = b[0];
2258   Float_t dcaToVertexZ = b[1];
2259   Float_t dcaToVertex = -1;
2260
2261   if (fCutDCAToVertex2D)
2262     dcaToVertex = TMath::Sqrt(dcaToVertexXY*dcaToVertexXY/fCutMaxDCAToVertexXY/fCutMaxDCAToVertexXY + dcaToVertexZ*dcaToVertexZ/fCutMaxDCAToVertexZ/fCutMaxDCAToVertexZ);
2263   else
2264     dcaToVertex = TMath::Sqrt(dcaToVertexXY*dcaToVertexXY + dcaToVertexZ*dcaToVertexZ);
2265
2266   // cut the track?
2267
2268   Bool_t cuts[kNCuts];
2269   for (Int_t i=0; i<kNCuts; i++) cuts[i]=kFALSE;
2270
2271   // track quality cuts
2272   if (fCutRequireTPCRefit && (status&AliESDtrack::kTPCrefit)==0)
2273     cuts[0]=kTRUE;
2274   if (fCutRequireITSRefit && (status&AliESDtrack::kITSrefit)==0)
2275     cuts[1]=kTRUE;
2276   if (nClustersTPC<fCutMinNClusterTPC)
2277     cuts[2]=kTRUE;
2278   if (nClustersITS<fCutMinNClusterITS)
2279     cuts[3]=kTRUE;
2280   if (chi2PerClusterTPC>fCutMaxChi2PerClusterTPC)
2281     cuts[4]=kTRUE;
2282   if (chi2PerClusterITS>fCutMaxChi2PerClusterITS)
2283     cuts[5]=kTRUE;
2284   if (!fCutAcceptKinkDaughters && esdTrack->GetKinkIndex(0)>0)
2285     cuts[6]=kTRUE;
2286   if (fCutDCAToVertex2D && dcaToVertex > 1)
2287     cuts[7] = kTRUE;
2288   if (!fCutDCAToVertex2D && TMath::Abs(dcaToVertexXY) > fCutMaxDCAToVertexXY)
2289     cuts[8] = kTRUE;
2290   if (!fCutDCAToVertex2D && TMath::Abs(dcaToVertexZ) > fCutMaxDCAToVertexZ)
2291     cuts[9] = kTRUE;
2292
2293   if(fTrackCutsType==kGlobalCut)
2294     {
2295       //Require at least one SPD point + anything else in ITS
2296       if( (esdTrack->HasPointOnITSLayer(0) || esdTrack->HasPointOnITSLayer(1)) == kFALSE)
2297   cuts[10] = kTRUE;
2298     }
2299
2300   Bool_t cut=kFALSE;
2301   for (Int_t i=0; i<kNCuts; i++)
2302     if (cuts[i]) { cut = kTRUE ; }
2303
2304     // cut the track
2305   if (cut)
2306     return kFALSE;
2307   else
2308     return kTRUE;
2309 }
2310
2311 //_____________________________________
2312 void AliEMCALRecoUtils::InitTrackCuts()
2313 {
2314   //Intilize the track cut criteria
2315   //By default these cuts are set according to AliESDtrackCuts::GetStandardTPCOnlyTrackCuts()
2316   //Also you can customize the cuts using the setters
2317
2318   switch (fTrackCutsType)
2319   {
2320     case kTPCOnlyCut:
2321     {
2322       AliInfo(Form("Track cuts for matching: GetStandardTPCOnlyTrackCuts()"));
2323       //TPC
2324       SetMinNClustersTPC(70);
2325       SetMaxChi2PerClusterTPC(4);
2326       SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
2327       SetRequireTPCRefit(kFALSE);
2328
2329       //ITS
2330       SetRequireITSRefit(kFALSE);
2331       SetMaxDCAToVertexZ(3.2);
2332       SetMaxDCAToVertexXY(2.4);
2333       SetDCAToVertex2D(kTRUE);
2334
2335       break;
2336     }
2337
2338     case kGlobalCut:
2339     {
2340       AliInfo(Form("Track cuts for matching: GetStandardITSTPCTrackCuts2010(kTURE)"));
2341       //TPC
2342       SetMinNClustersTPC(70);
2343       SetMaxChi2PerClusterTPC(4);
2344       SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
2345       SetRequireTPCRefit(kTRUE);
2346
2347       //ITS
2348       SetRequireITSRefit(kTRUE);
2349       SetMaxDCAToVertexZ(2);
2350       SetMaxDCAToVertexXY();
2351       SetDCAToVertex2D(kFALSE);
2352
2353       break;
2354     }
2355
2356     case kLooseCut:
2357     {
2358       AliInfo(Form("Track cuts for matching: Loose cut w/o DCA cut"));
2359       SetMinNClustersTPC(50);
2360       SetAcceptKinkDaughters(kTRUE);
2361
2362       break;
2363     }
2364   }
2365 }
2366
2367
2368 //________________________________________________________________________
2369 void AliEMCALRecoUtils::SetClusterMatchedToTrack(const AliVEvent *event)
2370 {
2371   // Checks if tracks are matched to EMC clusters and set the matched EMCAL cluster index to ESD track.
2372
2373   Int_t nTracks = event->GetNumberOfTracks();
2374   for (Int_t iTrack = 0; iTrack < nTracks; ++iTrack)
2375   {
2376     AliVTrack* track = dynamic_cast<AliVTrack*>(event->GetTrack(iTrack));
2377     if (!track)
2378     {
2379       AliWarning(Form("Could not receive track %d", iTrack));
2380       continue;
2381     }
2382
2383     Int_t matchClusIndex = GetMatchedClusterIndex(iTrack);
2384     track->SetEMCALcluster(matchClusIndex); //sets -1 if track not matched within residual
2385     /*the following can be done better if AliVTrack::SetStatus will be there. Patch pending with Andreas/Peter*/
2386     AliESDtrack* esdtrack = dynamic_cast<AliESDtrack*>(track);
2387     if (esdtrack) {
2388       if(matchClusIndex != -1)
2389         esdtrack->SetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2390       else
2391         esdtrack->ResetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2392     } else {
2393       AliAODTrack* aodtrack = dynamic_cast<AliAODTrack*>(track);
2394       if(matchClusIndex != -1)
2395         aodtrack->SetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2396       else
2397         aodtrack->ResetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2398     }
2399
2400   }
2401   AliDebug(2,"Track matched to closest cluster");
2402 }
2403
2404 //_________________________________________________________________________
2405 void AliEMCALRecoUtils::SetTracksMatchedToCluster(const AliVEvent *event)
2406 {
2407   // Checks if EMC clusters are matched to ESD track.
2408   // Adds track indexes of all the tracks matched to a cluster withing residuals in ESDCalocluster.
2409
2410   for (Int_t iClus=0; iClus < event->GetNumberOfCaloClusters(); ++iClus)
2411   {
2412     AliVCluster *cluster = event->GetCaloCluster(iClus);
2413     if (!cluster->IsEMCAL())
2414       continue;
2415
2416     Int_t nTracks = event->GetNumberOfTracks();
2417     TArrayI arrayTrackMatched(nTracks);
2418
2419     // Get the closest track matched to the cluster
2420     Int_t nMatched = 0;
2421     Int_t matchTrackIndex = GetMatchedTrackIndex(iClus);
2422     if (matchTrackIndex != -1)
2423     {
2424       arrayTrackMatched[nMatched] = matchTrackIndex;
2425       nMatched++;
2426     }
2427
2428     // Get all other tracks matched to the cluster
2429     for(Int_t iTrk=0; iTrk<nTracks; ++iTrk)
2430     {
2431       AliVTrack* track = dynamic_cast<AliVTrack*>(event->GetTrack(iTrk));
2432       if(iTrk == matchTrackIndex) continue;
2433       if(track->GetEMCALcluster() == iClus)
2434       {
2435         arrayTrackMatched[nMatched] = iTrk;
2436         ++nMatched;
2437       }
2438     }
2439
2440     //printf("Tender::SetTracksMatchedToCluster - cluster E %f, N matches %d, first match %d\n",cluster->E(),nMatched,arrayTrackMatched[0]);
2441
2442     arrayTrackMatched.Set(nMatched);
2443     AliESDCaloCluster *esdcluster = dynamic_cast<AliESDCaloCluster*>(cluster);
2444     if (esdcluster)
2445       esdcluster->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
2446     else if (nMatched>0) {
2447       AliAODCaloCluster *aodcluster = dynamic_cast<AliAODCaloCluster*>(cluster);
2448       if (aodcluster)
2449         aodcluster->AddTrackMatched(event->GetTrack(arrayTrackMatched.At(0)));
2450     }
2451
2452     Float_t eta= -999, phi = -999;
2453     if (matchTrackIndex != -1)
2454       GetMatchedResiduals(iClus, eta, phi);
2455     cluster->SetTrackDistance(phi, eta);
2456   }
2457
2458   AliDebug(2,"Cluster matched to tracks");
2459 }
2460
2461 //___________________________________________________
2462 void AliEMCALRecoUtils::Print(const Option_t *) const
2463 {
2464   // Print Parameters
2465
2466   printf("AliEMCALRecoUtils Settings: \n");
2467   printf("Misalignment shifts\n");
2468   for(Int_t i=0; i<5; i++) printf("\t sector %d, traslation (x,y,z)=(%f,%f,%f), rotation (x,y,z)=(%f,%f,%f)\n",i,
2469                                   fMisalTransShift[i*3],fMisalTransShift[i*3+1],fMisalTransShift[i*3+2],
2470                                   fMisalRotShift[i*3],  fMisalRotShift[i*3+1],  fMisalRotShift[i*3+2]   );
2471   printf("Non linearity function %d, parameters:\n", fNonLinearityFunction);
2472   for(Int_t i=0; i<6; i++) printf("param[%d]=%f\n",i, fNonLinearityParams[i]);
2473
2474   printf("Position Recalculation option %d, Particle Type %d, fW0 %2.2f, Recalibrate Data %d \n",fPosAlgo,fParticleType,fW0, fRecalibration);
2475
2476   printf("Matching criteria: ");
2477   if(fCutEtaPhiSum)
2478     {
2479       printf("sqrt(dEta^2+dPhi^2)<%4.3f\n",fCutR);
2480     }
2481   else if(fCutEtaPhiSeparate)
2482     {
2483       printf("dEta<%4.3f, dPhi<%4.3f\n",fCutEta,fCutPhi);
2484     }
2485   else
2486     {
2487       printf("Error\n");
2488       printf("please specify your cut criteria\n");
2489       printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
2490       printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
2491     }
2492
2493   printf("Mass hypothesis = %2.3f [GeV/c^2], extrapolation step to surface = %2.2f[cm], step to cluster = %2.2f[cm]\n",fMass,fStepSurface, fStepCluster);
2494   printf("Cluster selection window: dR < %2.0f\n",fClusterWindow);
2495
2496   printf("Track cuts: \n");
2497   printf("Minimum track pT: %1.2f\n",fCutMinTrackPt);
2498   printf("AOD track selection mask: %d\n",fAODFilterMask);
2499   printf("TPCRefit = %d, ITSRefit = %d\n",fCutRequireTPCRefit,fCutRequireITSRefit);
2500   printf("AcceptKinks = %d\n",fCutAcceptKinkDaughters);
2501   printf("MinNCulsterTPC = %d, MinNClusterITS = %d\n",fCutMinNClusterTPC,fCutMinNClusterITS);
2502   printf("MaxChi2TPC = %2.2f, MaxChi2ITS = %2.2f\n",fCutMaxChi2PerClusterTPC,fCutMaxChi2PerClusterITS);
2503   printf("DCSToVertex2D = %d, MaxDCAToVertexXY = %2.2f, MaxDCAToVertexZ = %2.2f\n",fCutDCAToVertex2D,fCutMaxDCAToVertexXY,fCutMaxDCAToVertexZ);
2504 }
2505