EMCAL/AliEMCALReconstructor.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 //_________________________________________________________________________
  19 //--
  20 //-- Yves Schutz (SUBATECH)
  21 // Reconstruction class. Redesigned from the old AliReconstructionner class and
  22 // derived from STEER/AliReconstructor.
  23 //
  24
  25
  26 // --- ROOT system ---
  27 #include <TClonesArray.h>
  28 #include "TGeoManager.h"
  29 #include "TGeoMatrix.h"
  30
  31 // --- Standard library ---
  32
  33 // --- AliRoot header files ---
  34 #include "AliEMCALReconstructor.h"
  35
  36 #include "AliCodeTimer.h"
  37 #include "AliCaloCalibPedestal.h"
  38 #include "AliEMCALCalibData.h"
  39 #include "AliESDEvent.h"
  40 #include "AliESDCaloCluster.h"
  41 #include "AliESDCaloCells.h"
  42 #include "AliESDtrack.h"
  43 #include "AliEMCALLoader.h"
  44 #include "AliEMCALRawUtils.h"
  45 #include "AliEMCALDigit.h"
  46 #include "AliEMCALClusterizerv1.h"
  47 #include "AliEMCALClusterizerv2.h"
  48 #include "AliEMCALClusterizerNxN.h"
  49 #include "AliEMCALRecPoint.h"
  50 #include "AliEMCALPID.h"
  51 #include "AliEMCALRecoUtils.h"
  52 #include "AliRawReader.h"
  53 #include "AliCDBEntry.h"
  54 #include "AliCDBManager.h"
  55 #include "AliEMCALGeometry.h"
  56 #include "AliEMCAL.h"
  57 #include "AliESDVZERO.h"
  58 #include "AliCDBManager.h"
  59 #include "AliRunLoader.h"
  60 #include "AliRun.h"
  61 #include "AliEMCALTriggerData.h"
  62 #include "AliEMCALTriggerElectronics.h"
  63 #include "AliEMCALTriggerDCSConfigDB.h"
  64 #include "AliEMCALTriggerDCSConfig.h"
  65 #include "AliEMCALTriggerData.h"
  66 #include "AliEMCALTriggerRawDigit.h"
  67 #include "AliEMCALTriggerPatch.h"
  68 #include "AliEMCALTriggerTypes.h"
  69
  70 ClassImp(AliEMCALReconstructor)
  71
  72 const AliEMCALRecParam*     AliEMCALReconstructor::fgkRecParam        = 0;   // EMCAL rec. parameters
  73 AliEMCALRawUtils*           AliEMCALReconstructor::fgRawUtils         = 0;   // EMCAL raw utilities class
  74 AliEMCALClusterizer*        AliEMCALReconstructor::fgClusterizer      = 0;   // EMCAL clusterizer class
  75 TClonesArray*               AliEMCALReconstructor::fgDigitsArr        = 0;   // list of digits, to be used multiple times
  76 TObjArray*                  AliEMCALReconstructor::fgClustersArr      = 0;   // list of clusters, to be used multiple times
  77 TClonesArray*               AliEMCALReconstructor::fgTriggerDigits    = 0;   // list of trigger digits, to be used multiple times
  78 AliEMCALTriggerElectronics* AliEMCALReconstructor::fgTriggerProcessor = 0x0;
  79 //____________________________________________________________________________
  80 AliEMCALReconstructor::AliEMCALReconstructor()
  81   : fGeom(0),fCalibData(0),fPedestalData(0),fTriggerData(0x0), fMatches(0x0)
  82 {
  83   // ctor
  84
  85   // AliDebug(2, "Mark.");
  86
  87   fgRawUtils = new AliEMCALRawUtils;
  88
  89   //To make sure we match with the geometry in a simulation file,
  90   //let's try to get it first.  If not, take the default geometry
  91   AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Instance();
  92   if (rl->GetAliRun()){
  93     AliEMCAL * emcal = dynamic_cast<AliEMCAL*>(rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"));
  94     if(emcal) fGeom = emcal->GetGeometry();
  95   }
  96
  97   if(!fGeom) {
  98     AliInfo(Form("Using default geometry in reconstruction"));
  99     fGeom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(AliEMCALGeometry::GetDefaultGeometryName());
 100   }
 101
 102   //Get calibration parameters
 103   if(!fCalibData)
 104     {
 105       AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 106       AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Data");
 107       if (entry) fCalibData =  (AliEMCALCalibData*) entry->GetObject();
 108     }
 109
 110   if(!fCalibData)
 111     AliFatal("Calibration parameters not found in CDB!");
 112
 113   //Get calibration parameters
 114   if(!fPedestalData)
 115     {
 116       AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 117       AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Pedestals");
 118       if (entry) fPedestalData =  (AliCaloCalibPedestal*) entry->GetObject();
 119     }
 120
 121   if(!fPedestalData)
 122     AliFatal("Dead map not found in CDB!");
 123
 124   if(!fGeom) AliFatal(Form("Could not get geometry!"));
 125
 126   AliEMCALTriggerDCSConfigDB* dcsConfigDB = AliEMCALTriggerDCSConfigDB::Instance();
 127
 128   const AliEMCALTriggerDCSConfig* dcsConfig = dcsConfigDB->GetTriggerDCSConfig();
 129
 130   if (!dcsConfig) AliFatal("No Trigger DCS Configuration from OCDB!");
 131   fgTriggerProcessor = new AliEMCALTriggerElectronics( dcsConfig );
 132
 133   fTriggerData = new AliEMCALTriggerData();
 134
 135   //Init temporary list of digits
 136   fgDigitsArr     = new TClonesArray("AliEMCALDigit",1000);
 137   fgClustersArr   = new TObjArray(1000);
 138
 139   const int kNTRU = fGeom->GetNTotalTRU();
 140   fgTriggerDigits = new TClonesArray("AliEMCALTriggerRawDigit", kNTRU * 96);
 141
 142   //Track matching
 143   fMatches = new TList();
 144   fMatches->SetOwner(kTRUE);
 145 }
 146
 147 //____________________________________________________________________________
 148 AliEMCALReconstructor::~AliEMCALReconstructor()
 149 {
 150   // dtor
 151
 152   //AliDebug(2, "Mark.");
 153
 154   if(fGeom)              delete fGeom;
 155
 156   //No need to delete, recovered from OCDB
 157   //if(fCalibData)         delete fCalibData;
 158   //if(fPedestalData)      delete fPedestalData;
 159
 160   if(fgDigitsArr){
 161     fgDigitsArr->Clear("C");
 162     delete fgDigitsArr;
 163   }
 164
 165   if(fgClustersArr){
 166     fgClustersArr->Clear();
 167     delete fgClustersArr;
 168   }
 169
 170   if(fgTriggerDigits){
 171     fgTriggerDigits->Clear();
 172     delete fgTriggerDigits;
 173   }
 174
 175   if(fgRawUtils)         delete fgRawUtils;
 176   if(fgClusterizer)      delete fgClusterizer;
 177   if(fgTriggerProcessor) delete fgTriggerProcessor;
 178
 179   if(fMatches) { fMatches->Delete(); delete fMatches; fMatches = 0;}
 180
 181   AliCodeTimer::Instance()->Print();
 182 }
 183
 184 //____________________________________________________________________________
 185 void AliEMCALReconstructor::InitClusterizer() const
 186 {
 187   //Init the clusterizer with geometry and calibration pointers, avoid doing it twice.
 188   Int_t clusterizerType = -1;
 189   Int_t eventType = -1;
 190   if(GetRecParam()) {
 191     clusterizerType = GetRecParam()->GetClusterizerFlag();
 192     eventType       = GetRecParam()->GetEventSpecie();
 193   }
 194   else{
 195     AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 196       AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/RecoParam");
 197     //Get The reco param for the default event specie
 198     if (entry) {
 199       AliEMCALRecParam *recParam  = (AliEMCALRecParam*)((TObjArray *) entry->GetObject())->At(0);
 200       if(recParam) clusterizerType = recParam->GetClusterizerFlag();
 201     }
 202   }
 203
 204   //Check if clusterizer previously set corresponds to what is needed for this event type
 205   if(fgClusterizer){
 206     if(eventType!=AliRecoParam::kCalib){
 207       //printf("ReCreate clusterizer? Clusterizer set <%d>, Clusterizer in use <%s>\n",
 208       //     clusterizerType, fgClusterizer->Version());
 209
 210       if     (clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1  && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-v1"))  return;
 211
 212       else if(clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerNxN && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-NxN")) return;
 213
 214       else if(clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerv2  && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-v2"))  return;
 215
 216       //Need to create new clusterizer, the one set previously is not the correct one
 217       delete fgClusterizer;
 218     }
 219     else return;
 220   }
 221
 222   if      (clusterizerType  == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1)
 223     {
 224       fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerv1 (fGeom, fCalibData,fPedestalData);
 225     }
 226   else if (clusterizerType  == AliEMCALRecParam::kClusterizerNxN)
 227     {
 228       fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerNxN(fGeom, fCalibData,fPedestalData);
 229     }
 230   else if (clusterizerType  == AliEMCALRecParam::kClusterizerv2)
 231   {
 232     fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerv2   (fGeom, fCalibData,fPedestalData);
 233   }
 234   else
 235   {
 236     AliFatal(Form("Unknown clusterizer %d ", clusterizerType));
 237   }
 238 }
 239
 240 //____________________________________________________________________________
 241 void AliEMCALReconstructor::Reconstruct(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree) const
 242 {
 243   // method called by AliReconstruction;
 244   // Only the clusterization is performed,; the rest of the reconstruction is done in FillESD because the track
 245   // segment maker needs access to the AliESD object to retrieve the tracks reconstructed by
 246   // the global tracking.
 247   // Works on the current event.
 248
 249   AliCodeTimerAuto("",0)
 250
 251   //Get input digits and put them in fgDigitsArr, clear the list before
 252   ReadDigitsArrayFromTree(digitsTree);
 253
 254   InitClusterizer();
 255
 256   fgClusterizer->InitParameters();
 257   fgClusterizer->SetOutput(clustersTree);
 258
 259   //Skip clusterization of LED events
 260   if (GetRecParam()->GetEventSpecie()!=AliRecoParam::kCalib){
 261
 262     if(fgDigitsArr && fgDigitsArr->GetEntries()) {
 263
 264       fgClusterizer->SetInput(digitsTree);
 265
 266       //fgClusterizer->Digits2Clusters("deb all") ; //For debugging
 267       fgClusterizer->Digits2Clusters("");
 268
 269       fgClusterizer->Clear();
 270
 271     }//digits array exists and has somethind
 272   }//not a LED event
 273
 274   clustersTree->Fill();
 275
 276   // Deleting the recpoints at the end of the reconstruction call
 277   fgClusterizer->DeleteRecPoints();
 278 }
 279
 280 //____________________________________________________________________________
 281 void AliEMCALReconstructor::ConvertDigits(AliRawReader* rawReader, TTree* digitsTree) const
 282
 283 {
 284   // Conversion from raw data to
 285   // EMCAL digits.
 286   // Works on a single-event basis
 287
 288   rawReader->Reset() ;
 289
 290   fTriggerData->SetMode(1);
 291
 292   if(fgDigitsArr) fgDigitsArr->Clear("C");
 293
 294   const int kNTRU = fGeom->GetNTotalTRU();
 295   TClonesArray *digitsTrg = new TClonesArray("AliEMCALTriggerRawDigit", kNTRU * 96);
 296
 297   Int_t bufsize = 32000;
 298   digitsTree->Branch("EMCAL", &fgDigitsArr, bufsize);
 299   digitsTree->Branch("EMTRG", &digitsTrg, bufsize);
 300
 301   //Skip calibration events do the rest
 302   Bool_t doFit = kTRUE;
 303   if ( !(GetRecParam()->FitLEDEvents()) && GetRecParam()->GetEventSpecie()==AliRecoParam::kCalib) doFit = kFALSE;
 304   if (doFit){
 305     //must be done here because, in constructor, option is not yet known
 306     fgRawUtils->SetOption(GetOption());
 307
 308     //  fgRawUtils->SetRawFormatHighLowGainFactor(GetRecParam()->GetHighLowGainFactor());
 309
 310     //   fgRawUtils->SetRawFormatOrder(GetRecParam()->GetOrderParameter());
 311     //    fgRawUtils->SetRawFormatTau(GetRecParam()->GetTau());
 312     fgRawUtils->SetNoiseThreshold(GetRecParam()->GetNoiseThreshold());
 313     fgRawUtils->SetNPedSamples(GetRecParam()->GetNPedSamples());
 314     fgRawUtils->SetRemoveBadChannels(GetRecParam()->GetRemoveBadChannels());
 315     if (!fgRawUtils->GetFittingAlgorithm()) fgRawUtils->SetFittingAlgorithm(GetRecParam()->GetFittingAlgorithm());
 316     fgRawUtils->SetFALTROUsage(GetRecParam()->UseFALTRO());
 317     //  fgRawUtils->SetFALTROUsage(0);
 318
 319     //fgRawUtils->SetTimeMin(GetRecParam()->GetTimeMin());
 320     //fgRawUtils->SetTimeMax(GetRecParam()->GetTimeMax());
 321
 322     //  fgRawUtils->SetTimeMin(-99999 );
 323     //  fgRawUtils->SetTimeMax( 99999 );
 324
 325     fgRawUtils->Raw2Digits(rawReader,fgDigitsArr,fPedestalData,digitsTrg,fTriggerData);
 326
 327   }//skip calibration event
 328   else{
 329     AliDebug(1," Calibration Event, skip!");
 330   }
 331
 332   digitsTree->Fill();
 333   digitsTrg->Delete();
 334   delete digitsTrg;
 335
 336 }
 337
 338
 339 //____________________________________________________________________________
 340 void AliEMCALReconstructor::FillESD(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree,
 341                                     AliESDEvent* esd) const
 342 {
 343   // Called by AliReconstruct after Reconstruct() and global tracking and vertexing
 344   // and V0
 345   // Works on the current event
 346   // printf(" ## AliEMCALReconstructor::FillESD() is started ### \n ");
 347   //return;
 348
 349   //########################################
 350   // Trigger
 351   //########################################
 352
 353   static int saveOnce = 0;
 354
 355   Int_t v0M[2] = {0, 0};
 356
 357   AliESDVZERO* esdV0 = esd->GetVZEROData();
 358
 359   if (esdV0)
 360     {
 361                 v0M[0] = esdV0->GetTriggerChargeC();
 362                 v0M[1] = esdV0->GetTriggerChargeA();
 363     }
 364   else
 365     {
 366       AliWarning("No V0 ESD! Run trigger processor w/ null V0 charges");
 367     }
 368
 369   if (fgTriggerDigits && fgTriggerDigits->GetEntriesFast()) fgTriggerDigits->Delete();
 370
 371   TBranch *branchtrg = digitsTree->GetBranch("EMTRG");
 372
 373   if (!branchtrg)
 374     {
 375       AliError("Can't get the branch with the EMCAL trigger digits!");
 376       return;
 377     }
 378
 379   branchtrg->SetAddress(&fgTriggerDigits);
 380   branchtrg->GetEntry(0);
 381
 382   // Note: fgTriggerProcessor reset done at the end of this method
 383   fgTriggerProcessor->Digits2Trigger(fgTriggerDigits, v0M, fTriggerData);
 384
 385   // Fill ESD
 386   AliESDCaloTrigger* trgESD = esd->GetCaloTrigger("EMCAL");
 387
 388   if (trgESD)
 389     {
 390       trgESD->Allocate(fgTriggerDigits->GetEntriesFast());
 391
 392       for (Int_t i = 0; i < fgTriggerDigits->GetEntriesFast(); i++)
 393         {
 394           AliEMCALTriggerRawDigit* rdig = (AliEMCALTriggerRawDigit*)fgTriggerDigits->At(i);
 395           if (AliDebugLevel() > 999) rdig->Print("");
 396
 397           Int_t px, py;
 398           if (fGeom->GetPositionInEMCALFromAbsFastORIndex(rdig->GetId(), px, py))
 399             {
 400               Int_t a = -1, t = -1, times[10];
 401
 402               rdig->GetMaximum(a, t);
 403               rdig->GetL0Times(times);
 404
 405               trgESD->Add(px, py, a, t, times, rdig->GetNL0Times(), rdig->GetL1TimeSum(), rdig->GetTriggerBits());
 406             }
 407         }
 408
 409                 for (int i = 0; i < 2; i++) {
 410                         trgESD->SetL1Threshold(2 * i    , fTriggerData->GetL1JetThreshold(  i));
 411                         trgESD->SetL1Threshold(2 * i + 1, fTriggerData->GetL1GammaThreshold(i));
 412                 }
 413
 414       Int_t v0[2];
 415       fTriggerData->GetL1V0(v0);
 416
 417       trgESD->SetL1V0(v0);
 418       trgESD->SetL1FrameMask(fTriggerData->GetL1FrameMask());
 419
 420       if (!saveOnce && fTriggerData->GetL1DataDecoded())
 421         {
 422           int type[15] = {0};
 423           fTriggerData->GetL1TriggerType(type);
 424
 425           esd->SetCaloTriggerType(type);
 426
 427           saveOnce = 1;
 428         }
 429     }
 430
 431   // Resetting
 432   fTriggerData->Reset();
 433
 434   //########################################
 435   //##############Fill CaloCells###############
 436   //########################################
 437
 438   //Get input digits and put them in fgDigitsArr, clear the list before
 439   ReadDigitsArrayFromTree(digitsTree);
 440
 441   Int_t nDigits = fgDigitsArr->GetEntries(), idignew = 0 ;
 442   AliDebug(1,Form("%d digits",nDigits));
 443
 444   AliESDCaloCells &emcCells = *(esd->GetEMCALCells());
 445   emcCells.CreateContainer(nDigits);
 446   emcCells.SetType(AliVCaloCells::kEMCALCell);
 447
 448   Float_t energy = 0;
 449   Float_t time   = 0;
 450   for (Int_t idig = 0 ; idig < nDigits ; idig++)
 451   {
 452     const AliEMCALDigit * dig = (const AliEMCALDigit*)fgDigitsArr->At(idig);
 453     time   = dig->GetTime();      // Time already calibrated in clusterizer
 454     energy = dig->GetAmplitude(); // energy calibrated in clusterizer
 455
 456     if(energy > 0 )
 457     {
 458       fgClusterizer->Calibrate(energy,time,dig->GetId()); //Digits already calibrated in clusterizers
 459
 460       if(energy > 0) //Digits tagged as bad (dead, hot, not alive) are set to 0 in calibrate, remove them
 461       {
 462         // Only for MC
 463         // Get the label of the primary particle that generated the cell
 464         // Assign the particle that deposited more energy
 465         Int_t   nprimaries = dig->GetNprimary() ;
 466         Int_t   digLabel   =-1 ;
 467         Float_t edep       =-1.;
 468         if ( nprimaries > 0 )
 469         {
 470           Int_t jndex ;
 471           for ( jndex = 0 ; jndex < nprimaries ; jndex++ ) { // all primaries in digit
 472
 473             if(edep < dig->GetDEParent(jndex+1))
 474             {
 475               digLabel = dig->GetIparent (jndex+1);
 476               edep     = dig->GetDEParent(jndex+1);
 477             }
 478
 479           } // all primaries in digit
 480         } // select primary label
 481
 482         Bool_t highGain = kFALSE;
 483         if( dig->GetType() == AliEMCALDigit::kHG ) highGain = kTRUE;
 484
 485         emcCells.SetCell(idignew,dig->GetId(),energy, time,digLabel,0.,highGain);
 486         idignew++;
 487       }
 488     }
 489   }
 490
 491   emcCells.SetNumberOfCells(idignew);
 492   emcCells.Sort();
 493
 494   //------------------------------------------------------------
 495   //-----------------CLUSTERS-----------------------------
 496   //------------------------------------------------------------
 497   clustersTree->SetBranchStatus("*",0); //disable all branches
 498   clustersTree->SetBranchStatus("EMCALECARP",1); //Enable only the branch we need
 499   if(fgClustersArr) fgClustersArr->Clear();
 500   TBranch *branch = clustersTree->GetBranch("EMCALECARP");
 501   branch->SetAddress(&fgClustersArr);
 502   branch->GetEntry(0);
 503   //clustersTree->GetEvent(0);
 504
 505   Int_t nClusters = fgClustersArr->GetEntries(),  nClustersNew=0;
 506   AliDebug(1,Form("%d clusters",nClusters));
 507
 508
 509   //########################################
 510   //##############Fill CaloClusters#############
 511   //########################################
 512   for (Int_t iClust = 0 ; iClust < nClusters ; iClust++) {
 513     const AliEMCALRecPoint * clust = (const AliEMCALRecPoint*)fgClustersArr->At(iClust);
 514     if(!clust) continue;
 515     //if(clust->GetClusterType()== AliVCluster::kEMCALClusterv1) nRP++; else nPC++;
 516     // clust->Print(); //For debugging
 517     // Get information from EMCAL reconstruction points
 518     Float_t xyz[3];
 519     TVector3 gpos;
 520     clust->GetGlobalPosition(gpos);
 521     for (Int_t ixyz=0; ixyz<3; ixyz++)
 522       xyz[ixyz] = gpos[ixyz];
 523     Float_t elipAxis[2];
 524     clust->GetElipsAxis(elipAxis);
 525     //Create digits lists
 526     Int_t cellMult = clust->GetMultiplicity();
 527     //TArrayS digiList(digitMult);
 528     Float_t *amplFloat = clust->GetEnergiesList();
 529     Int_t   *digitInts = clust->GetAbsId();
 530     TArrayS absIdList(cellMult);
 531     TArrayD fracList(cellMult);
 532
 533     Int_t newCellMult = 0;
 534     for (Int_t iCell=0; iCell<cellMult; iCell++) {
 535       if (amplFloat[iCell] > 0) {
 536         absIdList[newCellMult] = (UShort_t)(digitInts[iCell]);
 537         //Calculate Fraction
 538         if(emcCells.GetCellAmplitude(digitInts[iCell])>0 && GetRecParam()->GetUnfold()){
 539           fracList[newCellMult] = amplFloat[iCell]/(emcCells.GetCellAmplitude(digitInts[iCell]));//get cell calibration value
 540
 541         }
 542         else{
 543           fracList[newCellMult] = 0;
 544         }
 545         newCellMult++;
 546       }
 547     }
 548
 549     absIdList.Set(newCellMult);
 550     fracList.Set(newCellMult);
 551
 552     if(newCellMult > 0) { // accept cluster if it has some digit
 553       nClustersNew++;
 554       //Primaries
 555       Int_t  parentMult  = 0;
 556       Int_t *parentList =  clust->GetParents(parentMult);
 557       // fills the ESDCaloCluster
 558       AliESDCaloCluster * ec = new AliESDCaloCluster() ;
 559       ec->SetType(AliVCluster::kEMCALClusterv1);
 560       ec->SetPosition(xyz);
 561       ec->SetE(clust->GetEnergy());
 562
 563       //Distance to the nearest bad crystal
 564       ec->SetDistanceToBadChannel(clust->GetDistanceToBadTower());
 565
 566       ec->SetNCells(newCellMult);
 567       //Change type of list from short to ushort
 568       UShort_t *newAbsIdList  = new UShort_t[newCellMult];
 569       Double_t *newFracList   = new Double_t[newCellMult];
 570       for(Int_t i = 0; i < newCellMult ; i++) {
 571         newAbsIdList[i]=absIdList[i];
 572         newFracList[i] =fracList[i];
 573       }
 574       ec->SetCellsAbsId(newAbsIdList);
 575       ec->SetCellsAmplitudeFraction(newFracList);
 576       ec->SetDispersion(clust->GetDispersion());
 577       ec->SetChi2(-1); //not yet implemented
 578       ec->SetM02(elipAxis[0]*elipAxis[0]) ;
 579       ec->SetM20(elipAxis[1]*elipAxis[1]) ;
 580       ec->SetTOF(clust->GetTime()) ; //time-of-fligh
 581       ec->SetNExMax(clust->GetNExMax());          //number of local maxima
 582
 583
 584       TArrayI arrayParents(parentMult,parentList);
 585       ec->AddLabels(arrayParents);
 586       //
 587       //Track matching
 588       //
 589       fMatches->Clear();
 590       Int_t nTracks = esd->GetNumberOfTracks();
 591       for (Int_t itrack = 0; itrack < nTracks; itrack++)
 592         {
 593           AliESDtrack * track = esd->GetTrack(itrack) ; // retrieve track
 594           if(track->GetEMCALcluster()==iClust)
 595             {
 596               Float_t dEta=-999, dPhi=-999;
 597               Bool_t isMatch =  CalculateResidual(track, ec, dEta, dPhi);
 598               if(!isMatch)
 599                 {
 600                   // AliDebug(10, "Not good");
 601                   continue;
 602                 }
 603               AliEMCALMatch *match = new AliEMCALMatch();
 604               match->SetIndexT(itrack);
 605               match->SetDistance(TMath::Sqrt(dEta*dEta+dPhi*dPhi));
 606               match->SetdEta(dEta);
 607               match->SetdPhi(dPhi);
 608               fMatches->Add(match);
 609             }
 610         }
 611       fMatches->Sort(kSortAscending); //Sort matched tracks from closest to furthest
 612       Int_t nMatch = fMatches->GetEntries();
 613       TArrayI arrayTrackMatched(nMatch);
 614       for(Int_t imatch=0; imatch<nMatch; imatch++)
 615         {
 616           AliEMCALMatch *match = (AliEMCALMatch*)fMatches->At(imatch);
 617           arrayTrackMatched[imatch] = match->GetIndexT();
 618           if(imatch==0)
 619             {
 620               ec->SetTrackDistance(match->GetdPhi(), match->GetdEta());
 621             }
 622         }
 623       ec->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
 624
 625       //add the cluster to the esd object
 626       esd->AddCaloCluster(ec);
 627
 628       delete ec;
 629       delete [] newAbsIdList ;
 630       delete [] newFracList ;
 631     }
 632   } // cycle on clusters
 633
 634   //
 635   //Reset the index of matched cluster for tracks
 636   //to the one in CaloCluster array
 637   Int_t ncls = esd->GetNumberOfCaloClusters();
 638   for(Int_t icl=0; icl<ncls; icl++)
 639     {
 640       AliESDCaloCluster *cluster = esd->GetCaloCluster(icl);
 641       if(!cluster || !cluster->IsEMCAL()) continue;
 642       TArrayI *trackIndex = cluster->GetTracksMatched();
 643       for(Int_t itr=0; itr<trackIndex->GetSize(); itr++)
 644         {
 645           AliESDtrack *track = esd->GetTrack(trackIndex->At(itr));
 646           track->SetEMCALcluster(cluster->GetID());
 647         }
 648     }
 649
 650
 651   //Fill ESDCaloCluster with PID weights
 652   AliEMCALPID *pid = new AliEMCALPID;
 653   //pid->SetPrintInfo(kTRUE);
 654   pid->SetReconstructor(kTRUE);
 655   pid->RunPID(esd);
 656   delete pid;
 657
 658   //Store EMCAL misalignment matrixes
 659   FillMisalMatrixes(esd) ;
 660
 661 }
 662
 663 //==================================================================================
 664 void AliEMCALReconstructor::FillMisalMatrixes(AliESDEvent* esd)const{
 665   //Store EMCAL matrixes in ESD Header
 666
 667   //Check, if matrixes was already stored
 668   for(Int_t sm = 0 ; sm < fGeom->GetNumberOfSuperModules(); sm++){
 669     if(esd->GetEMCALMatrix(sm)!=0)
 670       return ;
 671   }
 672
 673   //Create and store matrixes
 674   if(!gGeoManager){
 675     AliError("Can not store misal. matrixes: no gGeoManager! \n") ;
 676     return ;
 677   }
 678   //Note, that owner of copied marixes will be header
 679   const Int_t bufsize = 255;
 680   char path[bufsize] ;
 681   TGeoHMatrix * m = 0x0;
 682   Int_t tmpType = -1;
 683   Int_t SMOrder = 0;
 684   TString SMName;
 685   for(Int_t sm = 0; sm < fGeom->GetNumberOfSuperModules(); sm++){
 686     if(fGeom->GetSMType(sm) == AliEMCALGeometry::kEMCAL_Standard )      SMName = "SMOD";
 687     else if(fGeom->GetSMType(sm) == AliEMCALGeometry::kEMCAL_Half )     SMName = "SM10";
 688     else if(fGeom->GetSMType(sm) == AliEMCALGeometry::kEMCAL_3rd )      SMName = "SM3rd";
 689     else if( fGeom->GetSMType(sm) == AliEMCALGeometry::kDCAL_Standard ) SMName = "DCSM";
 690     else if( fGeom->GetSMType(sm) == AliEMCALGeometry::kDCAL_Ext )      SMName = "DCEXT";
 691     else AliError("Unkown SM Type!!");
 692
 693     if(fGeom->GetSMType(sm) == tmpType) {
 694       SMOrder++;
 695     } else {
 696       tmpType = fGeom->GetSMType(sm);
 697       SMOrder = 1;
 698     }
 699     snprintf(path,bufsize,"/ALIC_1/XEN1_1/%s_%d", SMName.Data(), SMOrder) ;
 700
 701     if (gGeoManager->CheckPath(path)){
 702       gGeoManager->cd(path);
 703       m = gGeoManager->GetCurrentMatrix() ;
 704       //                        printf("================================================= \n");
 705       //                        printf("AliEMCALReconstructor::FixMisalMatrixes(), sm %d, \n",sm);
 706       //                        m->Print("");
 707       esd->SetEMCALMatrix(new TGeoHMatrix(*m),sm) ;
 708       //                        printf("================================================= \n");
 709     }
 710     else{
 711       esd->SetEMCALMatrix(NULL,sm) ;
 712     }
 713   }
 714 }
 715
 716 //__________________________________________________________________________
 717 void AliEMCALReconstructor::ReadDigitsArrayFromTree(TTree *digitsTree) const
 718 {
 719   // Read the digits from the input tree
 720   // See AliEMCALClusterizer::SetInput(TTree *digitsTree);
 721
 722   // Clear previous digits in the list
 723   if(fgDigitsArr){
 724     fgDigitsArr->Clear("C");
 725   }
 726   else{
 727     // It should not happen, but just in case ...
 728     fgDigitsArr = new TClonesArray("AliEMCALDigit",100);
 729   }
 730
 731   // Read the digits from the input tree
 732   TBranch *branch = digitsTree->GetBranch("EMCAL");
 733   if (!branch) {
 734     AliError("can't get the branch with the EMCAL digits !");
 735     return;
 736   }
 737
 738   branch->SetAddress(&fgDigitsArr);
 739   branch->GetEntry(0);
 740 }
 741
 742 //==================================================================================
 743 Bool_t AliEMCALReconstructor::CalculateResidual(AliESDtrack *track, AliESDCaloCluster *cluster, Float_t &dEta, Float_t &dPhi)const
 744 {
 745   //
 746   // calculate the residual between track and cluster
 747   //
 748
 749   // If the esdFriend is available, use the TPCOuter point as the starting point of extrapolation
 750   // Otherwise use the TPCInner point
 751
 752   dEta = -999, dPhi = -999;
 753   Bool_t ITSTrackSA = 0;
 754
 755   AliExternalTrackParam *trkParam = 0;
 756
 757   const AliESDfriendTrack*  friendTrack = track->GetFriendTrack();
 758   if(friendTrack && friendTrack->GetTPCOut())
 759     trkParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(friendTrack->GetTPCOut());
 760   else if(track->GetInnerParam())
 761     trkParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(track->GetInnerParam());
 762   else{
 763     trkParam = new AliExternalTrackParam(*track); //If there is ITSSa track
 764     ITSTrackSA = 1;
 765   }
 766   if(!trkParam) return kFALSE;
 767
 768   AliExternalTrackParam trkParamTmp (*trkParam);
 769   if(!AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(&trkParamTmp, cluster, track->GetMass(kTRUE), GetRecParam()->GetExtrapolateStep(), dEta, dPhi)){
 770         if(ITSTrackSA) delete trkParam;
 771         return kFALSE;
 772   }
 773
 774   if(ITSTrackSA) delete trkParam;
 775   return kTRUE;
 776 }
 777
 778 //
 779 //==================================================================================
 780 //
 781 AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch::AliEMCALMatch()
 782   : TObject(),
 783     fIndexT(-1),
 784     fDistance(-999.),
 785     fdEta(-999.),
 786     fdPhi(-999.)
 787 {
 788   //default constructor
 789
 790 }
 791
 792 //
 793 //==================================================================================
 794 //
 795 AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch::AliEMCALMatch(const AliEMCALMatch& copy)
 796   : TObject(),
 797     fIndexT(copy.fIndexT),
 798     fDistance(copy.fDistance),
 799     fdEta(copy.fdEta),
 800     fdPhi(copy.fdPhi)
 801 {
 802   //copy ctor
 803 }
 804 //_____________________________________________________________________
 805 AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch& AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch::AliEMCALMatch::operator = (const AliEMCALMatch &source)
 806 { // assignment operator; use copy ctor
 807   if (&source == this) return *this;
 808
 809   new (this) AliEMCALMatch(source);
 810   return *this;
 811 }
 812 //
 813 //==================================================================================
 814 //
 815 Int_t AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch::Compare(const TObject *obj) const
 816 {
 817   //
 818   // Compare wrt the residual
 819   //
 820
 821   AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch *that = (AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch*)obj;
 822
 823   Double_t thisDist = fDistance;//fDistance;
 824   Double_t thatDist = that->fDistance;//that->GetDistance();
 825
 826   if (thisDist > thatDist) return 1;
 827   else if (thisDist < thatDist) return -1;
 828   return 0;
 829 }