EMCAL/AliEMCALReconstructor.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
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  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 //_________________________________________________________________________
  19 //--
  20 //-- Yves Schutz (SUBATECH)
  21 // Reconstruction class. Redesigned from the old AliReconstructionner class and
  22 // derived from STEER/AliReconstructor.
  23 //
  24 //-- Aleksei Pavlinov : added staf for EMCAL jet trigger 9Apr 25, 2008)
  25 //                    : fgDigitsArr should read just once at event
  26
  27 // --- ROOT system ---
  28 #include <TList.h>
  29 #include <TClonesArray.h>
  30 #include <TH2.h>
  31 #include "TGeoManager.h"
  32 #include "TGeoMatrix.h"
  33
  34 // --- Standard library ---
  35
  36 // --- AliRoot header files ---
  37 #include "AliEMCALReconstructor.h"
  38
  39 #include "AliCodeTimer.h"
  40 #include "AliCaloCalibPedestal.h"
  41 #include "AliEMCALCalibData.h"
  42 #include "AliESDEvent.h"
  43 #include "AliESDCaloCluster.h"
  44 #include "AliESDCaloCells.h"
  45 #include "AliESDtrack.h"
  46 #include "AliEMCALLoader.h"
  47 #include "AliEMCALRawUtils.h"
  48 #include "AliEMCALDigit.h"
  49 #include "AliEMCALClusterizerv1.h"
  50 #include "AliEMCALClusterizerNxN.h"
  51 #include "AliEMCALRecPoint.h"
  52 #include "AliEMCALPID.h"
  53 #include "AliEMCALTrigger.h"
  54 #include "AliRawReader.h"
  55 #include "AliCDBEntry.h"
  56 #include "AliCDBManager.h"
  57 #include "AliEMCALGeometry.h"
  58 #include "AliEMCAL.h"
  59 #include "AliESDVZERO.h"
  60 #include "AliCDBManager.h"
  61 #include "AliRunLoader.h"
  62 #include "AliRun.h"
  63 #include "AliEMCALTriggerData.h"
  64 #include "AliEMCALTriggerElectronics.h"
  65 #include "AliEMCALTriggerDCSConfigDB.h"
  66 #include "AliEMCALTriggerDCSConfig.h"
  67 #include "AliEMCALTriggerData.h"
  68 #include "AliEMCALTriggerRawDigit.h"
  69 #include "AliEMCALTriggerPatch.h"
  70 #include "AliEMCALTriggerTypes.h"
  71
  72 ClassImp(AliEMCALReconstructor)
  73
  74 const AliEMCALRecParam*     AliEMCALReconstructor::fgkRecParam        = 0;   // EMCAL rec. parameters
  75 AliEMCALRawUtils*           AliEMCALReconstructor::fgRawUtils         = 0;   // EMCAL raw utilities class
  76 AliEMCALClusterizer*        AliEMCALReconstructor::fgClusterizer      = 0;   // EMCAL clusterizer class
  77 TClonesArray*               AliEMCALReconstructor::fgDigitsArr        = 0;   // list of digits, to be used multiple times
  78 TObjArray*                  AliEMCALReconstructor::fgClustersArr      = 0;   // list of clusters, to be used multiple times
  79 TClonesArray*               AliEMCALReconstructor::fgTriggerDigits    = 0;   // list of trigger digits, to be used multiple times
  80 AliEMCALTriggerElectronics* AliEMCALReconstructor::fgTriggerProcessor = 0x0;
  81 //____________________________________________________________________________
  82 AliEMCALReconstructor::AliEMCALReconstructor()
  83   : fDebug(kFALSE), fList(0), fGeom(0),fCalibData(0),fPedestalData(0),fTriggerData(0x0)
  84 {
  85   // ctor
  86
  87   fgRawUtils = new AliEMCALRawUtils;
  88
  89   //To make sure we match with the geometry in a simulation file,
  90   //let's try to get it first.  If not, take the default geometry
  91   AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Instance();
  92   if (rl->GetAliRun()){
  93     AliEMCAL * emcal = dynamic_cast<AliEMCAL*>(rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"));
  94     if(emcal) fGeom = emcal->GetGeometry();
  95   }
  96
  97   if(!fGeom) {
  98     AliInfo(Form("Using default geometry in reconstruction"));
  99     fGeom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(AliEMCALGeometry::GetDefaultGeometryName());
 100   }
 101
 102   //Get calibration parameters
 103   if(!fCalibData)
 104     {
 105                 AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 106                 AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Data");
 107                 if (entry) fCalibData =  (AliEMCALCalibData*) entry->GetObject();
 108     }
 109
 110   if(!fCalibData)
 111                 AliFatal("Calibration parameters not found in CDB!");
 112
 113   //Get calibration parameters
 114   if(!fPedestalData)
 115     {
 116       AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 117       AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Pedestals");
 118       if (entry) fPedestalData =  (AliCaloCalibPedestal*) entry->GetObject();
 119     }
 120
 121   if(!fPedestalData)
 122     AliFatal("Dead map not found in CDB!");
 123
 124   if(!fGeom) AliFatal(Form("Could not get geometry!"));
 125
 126   AliEMCALTriggerDCSConfigDB* dcsConfigDB = AliEMCALTriggerDCSConfigDB::Instance();
 127
 128   const AliEMCALTriggerDCSConfig* dcsConfig = dcsConfigDB->GetTriggerDCSConfig();
 129
 130   if (!dcsConfig) AliFatal("No Trigger DCS Configuration from OCDB!");
 131   fgTriggerProcessor = new AliEMCALTriggerElectronics( dcsConfig );
 132
 133   fTriggerData = new AliEMCALTriggerData();
 134
 135   //Init temporary list of digits
 136   fgDigitsArr     = new TClonesArray("AliEMCALDigit",1000);
 137   fgClustersArr   = new TObjArray(1000);
 138   fgTriggerDigits = new TClonesArray("AliEMCALTriggerRawDigit",1000);
 139 }
 140
 141 //____________________________________________________________________________
 142 AliEMCALReconstructor::~AliEMCALReconstructor()
 143 {
 144   // dtor
 145
 146   if(fGeom)              delete fGeom;
 147
 148   //No need to delete, recovered from OCDB
 149   //if(fCalibData)         delete fCalibData;
 150   //if(fPedestalData)      delete fPedestalData;
 151
 152   if(fgDigitsArr){
 153     fgDigitsArr->Clear("C");
 154     delete fgDigitsArr;
 155   }
 156
 157   if(fgClustersArr){
 158     fgClustersArr->Clear();
 159     delete fgClustersArr;
 160   }
 161
 162   if(fgTriggerDigits){
 163     fgTriggerDigits->Clear("C");
 164     delete fgTriggerDigits;
 165   }
 166
 167   if(fgRawUtils)         delete fgRawUtils;
 168   if(fgClusterizer)      delete fgClusterizer;
 169   if(fgTriggerProcessor) delete fgTriggerProcessor;
 170
 171   AliCodeTimer::Instance()->Print();
 172 }
 173
 174 // //____________________________________________________________________________
 175 // void AliEMCALReconstructor::Init()
 176 // {
 177 //   // Trigger hists - Oct 24, 2007
 178 //    fList = AliEMCALHistoUtilities::GetTriggersListOfHists(kTRUE);
 179 // }
 180
 181 //____________________________________________________________________________
 182 void AliEMCALReconstructor::InitClusterizer() const
 183 {
 184   //Init the clusterizer with geometry and calibration pointers, avoid doing it twice.
 185   Int_t clusterizerType = -1;
 186   Int_t eventType = -1;
 187   if(GetRecParam()) {
 188     clusterizerType = GetRecParam()->GetClusterizerFlag();
 189     eventType       = GetRecParam()->GetEventSpecie();
 190   }
 191   else{
 192     AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 193     AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/RecoParam");
 194     //Get The reco param for the default event specie
 195     if (entry) {
 196       AliEMCALRecParam *recParam  = (AliEMCALRecParam*)((TObjArray *) entry->GetObject())->At(0);
 197       if(recParam) clusterizerType = recParam->GetClusterizerFlag();
 198     }
 199   }
 200
 201   //Check if clusterizer previously set corresponds to what is needed for this event type
 202   if(fgClusterizer){
 203     if(eventType!=AliRecoParam::kCalib){
 204       //printf("ReCreate clusterizer? Clusterizer set <%d>, Clusterizer in use <%s>\n",
 205         //     clusterizerType, fgClusterizer->Version());
 206
 207       if     (clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1 && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-v1")) return;
 208
 209       else if(clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerNxN && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-NxN")) return;
 210
 211       //Need to create new clusterizer, the one set previously is not the correct one
 212       delete fgClusterizer;
 213     }
 214     else return;
 215   }
 216
 217   if (clusterizerType  == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1)
 218   {
 219     fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerv1(fGeom, fCalibData,fPedestalData);
 220   }
 221   else
 222   {
 223     fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerNxN(fGeom, fCalibData,fPedestalData);
 224   }
 225 }
 226
 227 //____________________________________________________________________________
 228 void AliEMCALReconstructor::Reconstruct(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree) const
 229 {
 230   // method called by AliReconstruction;
 231   // Only the clusterization is performed,; the rest of the reconstruction is done in FillESD because the track
 232   // segment maker needs access to the AliESD object to retrieve the tracks reconstructed by
 233   // the global tracking.
 234   // Works on the current event.
 235
 236   AliCodeTimerAuto("",0)
 237
 238   ReadDigitsArrayFromTree(digitsTree);
 239
 240   InitClusterizer();
 241
 242   fgClusterizer->InitParameters();
 243   fgClusterizer->SetOutput(clustersTree);
 244
 245   //Skip clusterization of LED events
 246   if (GetRecParam()->GetEventSpecie()!=AliRecoParam::kCalib){
 247
 248                 if(fgDigitsArr && fgDigitsArr->GetEntries()) {
 249
 250                   fgClusterizer->SetInput(digitsTree);
 251
 252                   if(Debug())
 253                           fgClusterizer->Digits2Clusters("deb all") ;
 254                   else
 255                           fgClusterizer->Digits2Clusters("");
 256
 257                   fgClusterizer->Clear();
 258
 259           }//digits array exists and has somethind
 260   }//not a LED event
 261
 262   clustersTree->Fill();
 263 }
 264
 265 //____________________________________________________________________________
 266 void AliEMCALReconstructor::ConvertDigits(AliRawReader* rawReader, TTree* digitsTree) const
 267
 268 {
 269   // Conversion from raw data to
 270   // EMCAL digits.
 271   // Works on a single-event basis
 272
 273   rawReader->Reset() ;
 274
 275   fTriggerData->SetMode(1);
 276
 277   if(fgDigitsArr) fgDigitsArr->Clear("C");
 278
 279   TClonesArray *digitsTrg = new TClonesArray("AliEMCALTriggerRawDigit", 32 * 96);
 280
 281   Int_t bufsize = 32000;
 282   digitsTree->Branch("EMCAL", &fgDigitsArr, bufsize);
 283   digitsTree->Branch("EMTRG", &digitsTrg, bufsize);
 284
 285   //Skip calibration events do the rest
 286   Bool_t doFit = kTRUE;
 287   if ( !(GetRecParam()->FitLEDEvents()) && GetRecParam()->GetEventSpecie()==AliRecoParam::kCalib) doFit = kFALSE;
 288   if (doFit){
 289           //must be done here because, in constructor, option is not yet known
 290           fgRawUtils->SetOption(GetOption());
 291
 292           fgRawUtils->SetRawFormatHighLowGainFactor(GetRecParam()->GetHighLowGainFactor());
 293           fgRawUtils->SetRawFormatOrder(GetRecParam()->GetOrderParameter());
 294           fgRawUtils->SetRawFormatTau(GetRecParam()->GetTau());
 295           fgRawUtils->SetNoiseThreshold(GetRecParam()->GetNoiseThreshold());
 296           fgRawUtils->SetNPedSamples(GetRecParam()->GetNPedSamples());
 297           fgRawUtils->SetRemoveBadChannels(GetRecParam()->GetRemoveBadChannels());
 298           fgRawUtils->SetFittingAlgorithm(GetRecParam()->GetFittingAlgorithm());
 299           fgRawUtils->SetFALTROUsage(GetRecParam()->UseFALTRO());
 300           fgRawUtils->SetTimeMin(GetRecParam()->GetTimeMin());
 301           fgRawUtils->SetTimeMax(GetRecParam()->GetTimeMax());
 302
 303           fgRawUtils->Raw2Digits(rawReader,fgDigitsArr,fPedestalData,digitsTrg,fTriggerData);
 304   }//skip calibration event
 305   else{
 306         AliDebug(1," Calibration Event, skip!");
 307   }
 308
 309   digitsTree->Fill();
 310   digitsTrg->Delete();
 311   delete digitsTrg;
 312
 313 }
 314
 315
 316 //____________________________________________________________________________
 317 void AliEMCALReconstructor::FillESD(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree,
 318                                     AliESDEvent* esd) const
 319 {
 320   // Called by AliReconstruct after Reconstruct() and global tracking and vertexing
 321   // and V0
 322   // Works on the current event
 323   // printf(" ## AliEMCALReconstructor::FillESD() is started ### \n ");
 324   //return;
 325
 326   //########################################
 327   // Trigger
 328   //########################################
 329
 330    Int_t v0M[2] = {0, 0};
 331
 332    AliESDVZERO* esdV0 = esd->GetVZEROData();
 333
 334    if (esdV0)
 335    {
 336           for (Int_t i = 0; i < 32; i++)
 337           {
 338                   v0M[0] += (Int_t)esdV0->GetAdcV0C(i);
 339                   v0M[1] += (Int_t)esdV0->GetAdcV0A(i);
 340           }
 341    }
 342    else
 343    {
 344           AliWarning("Cannot retrieve V0 ESD! Run w/ null V0 charges");
 345    }
 346
 347    if (fgTriggerDigits) fgTriggerDigits->Clear("C");
 348
 349    TBranch *branchtrg = digitsTree->GetBranch("EMTRG");
 350
 351    if (!branchtrg)
 352    {
 353           AliError("Can't get the branch with the EMCAL trigger digits!");
 354           return;
 355    }
 356
 357    branchtrg->SetAddress(&fgTriggerDigits);
 358    branchtrg->GetEntry(0);
 359
 360    // Note: fgTriggerProcessor reset done at the end of this method
 361    fgTriggerProcessor->Digits2Trigger(fgTriggerDigits, v0M, fTriggerData);
 362
 363    // Fill ESD
 364    AliESDCaloTrigger* trgESD = esd->GetCaloTrigger("EMCAL");
 365
 366    if (trgESD)
 367    {
 368           trgESD->Allocate(fgTriggerDigits->GetEntriesFast());
 369
 370           for (Int_t i = 0; i < fgTriggerDigits->GetEntriesFast(); i++)
 371           {
 372                   AliEMCALTriggerRawDigit* rdig = (AliEMCALTriggerRawDigit*)fgTriggerDigits->At(i);
 373
 374                   Int_t px, py;
 375                   if (fGeom->GetPositionInEMCALFromAbsFastORIndex(rdig->GetId(), px, py))
 376                   {
 377                           Int_t a = -1, t = -1, times[10];
 378
 379                           rdig->GetMaximum(a, t);
 380                           rdig->GetL0Times(times);
 381
 382                           trgESD->Add(px, py, a, t, times, rdig->GetNL0Times(), rdig->GetL1TimeSum(), rdig->GetTriggerBits());
 383                   }
 384           }
 385
 386           trgESD->SetL1Threshold(0, fTriggerData->GetL1GammaThreshold());
 387
 388           trgESD->SetL1Threshold(1, fTriggerData->GetL1JetThreshold()  );
 389    }
 390
 391    // Resetting
 392    fTriggerData->Reset();
 393
 394   //########################################
 395   //##############Fill CaloCells###############
 396   //########################################
 397   ReadDigitsArrayFromTree(digitsTree);
 398
 399 //   TClonesArray *digits = new TClonesArray("AliEMCALDigit",1000);
 400 //   TBranch *branchdig = digitsTree->GetBranch("EMCAL");
 401 //   if (!branchdig) {
 402 //     AliError("can't get the branch with the EMCAL digits !");
 403 //     return;
 404 //   }
 405 //   branchdig->SetAddress(&digits);
 406 //   digitsTree->GetEvent(0);
 407   Int_t nDigits = fgDigitsArr->GetEntries(), idignew = 0 ;
 408   AliDebug(1,Form("%d digits",nDigits));
 409
 410   AliESDCaloCells &emcCells = *(esd->GetEMCALCells());
 411   emcCells.CreateContainer(nDigits);
 412   emcCells.SetType(AliVCaloCells::kEMCALCell);
 413   Float_t energy = 0;
 414   for (Int_t idig = 0 ; idig < nDigits ; idig++) {
 415     const AliEMCALDigit * dig = (const AliEMCALDigit*)fgDigitsArr->At(idig);
 416     if(dig->GetAmplitude() > 0 ){
 417           energy = fgClusterizer->Calibrate(dig->GetAmplitude(),dig->GetTime(),dig->GetId()); //TimeR or Time?
 418           if(energy > 0){ //Digits tagged as bad (dead, hot, not alive) are set to 0 in calibrate, remove them
 419                   emcCells.SetCell(idignew,dig->GetId(),energy, dig->GetTime());
 420                   idignew++;
 421           }
 422     }
 423   }
 424   emcCells.SetNumberOfCells(idignew);
 425   emcCells.Sort();
 426
 427   //------------------------------------------------------------
 428   //-----------------CLUSTERS-----------------------------
 429   //------------------------------------------------------------
 430   clustersTree->SetBranchStatus("*",0); //disable all branches
 431   clustersTree->SetBranchStatus("EMCALECARP",1); //Enable only the branch we need
 432   if(fgClustersArr) fgClustersArr->Clear();
 433   TBranch *branch = clustersTree->GetBranch("EMCALECARP");
 434   branch->SetAddress(&fgClustersArr);
 435   branch->GetEntry(0);
 436   //clustersTree->GetEvent(0);
 437
 438   Int_t nClusters = fgClustersArr->GetEntries(),  nClustersNew=0;
 439   AliDebug(1,Form("%d clusters",nClusters));
 440
 441   //######################################################
 442   //#######################TRACK MATCHING###############
 443   //######################################################
 444   //Fill list of integers, each one is index of track to which the cluster belongs.
 445
 446   // step 1 - initialize array of matched track indexes
 447   Int_t *matchedTrack = new Int_t[nClusters];
 448   for (Int_t iclus = 0; iclus < nClusters; iclus++)
 449     matchedTrack[iclus] = -1;  // neg. index --> no matched track
 450
 451   // step 2, change the flag for all matched clusters found in tracks
 452   Int_t iemcalMatch = -1;
 453   Int_t endtpc = esd->GetNumberOfTracks();
 454   for (Int_t itrack = 0; itrack < endtpc; itrack++) {
 455     AliESDtrack * track = esd->GetTrack(itrack) ; // retrieve track
 456     iemcalMatch = track->GetEMCALcluster();
 457     if(iemcalMatch >= 0) matchedTrack[iemcalMatch] = itrack;
 458   }
 459
 460   //########################################
 461   //##############Fill CaloClusters#############
 462   //########################################
 463   for (Int_t iClust = 0 ; iClust < nClusters ; iClust++) {
 464     const AliEMCALRecPoint * clust = (const AliEMCALRecPoint*)fgClustersArr->At(iClust);
 465     //if(clust->GetClusterType()== AliVCluster::kEMCALClusterv1) nRP++; else nPC++;
 466     if (Debug()) clust->Print();
 467     // Get information from EMCAL reconstruction points
 468     Float_t xyz[3];
 469     TVector3 gpos;
 470     clust->GetGlobalPosition(gpos);
 471     for (Int_t ixyz=0; ixyz<3; ixyz++)
 472       xyz[ixyz] = gpos[ixyz];
 473     Float_t elipAxis[2];
 474     clust->GetElipsAxis(elipAxis);
 475        //Create digits lists
 476     Int_t cellMult = clust->GetMultiplicity();
 477     //TArrayS digiList(digitMult);
 478     Float_t *amplFloat = clust->GetEnergiesList();
 479     Int_t   *digitInts = clust->GetAbsId();
 480     TArrayS absIdList(cellMult);
 481     TArrayD fracList(cellMult);
 482
 483     Int_t newCellMult = 0;
 484     for (Int_t iCell=0; iCell<cellMult; iCell++) {
 485       if (amplFloat[iCell] > 0) {
 486       absIdList[newCellMult] = (UShort_t)(digitInts[iCell]);
 487       //Calculate Fraction
 488       if(emcCells.GetCellAmplitude(digitInts[iCell])>0 && GetRecParam()->GetUnfold())
 489         fracList[newCellMult] = amplFloat[iCell]/(emcCells.GetCellAmplitude(digitInts[iCell]));//get cell calibration value
 490       else
 491         fracList[newCellMult] = 0;
 492       newCellMult++;
 493       }
 494     }
 495
 496     absIdList.Set(newCellMult);
 497     fracList.Set(newCellMult);
 498
 499     if(newCellMult > 0) { // accept cluster if it has some digit
 500       nClustersNew++;
 501       //Primaries
 502       Int_t  parentMult  = 0;
 503       Int_t *parentList =  clust->GetParents(parentMult);
 504       // fills the ESDCaloCluster
 505       AliESDCaloCluster * ec = new AliESDCaloCluster() ;
 506       ec->SetType(AliVCluster::kEMCALClusterv1);
 507       ec->SetPosition(xyz);
 508       ec->SetE(clust->GetEnergy());
 509
 510       //Distance to the nearest bad crystal
 511       ec->SetDistanceToBadChannel(clust->GetDistanceToBadTower());
 512
 513       ec->SetNCells(newCellMult);
 514       //Change type of list from short to ushort
 515       UShort_t *newAbsIdList  = new UShort_t[newCellMult];
 516       Double_t *newFracList   = new Double_t[newCellMult];
 517       for(Int_t i = 0; i < newCellMult ; i++) {
 518         newAbsIdList[i]=absIdList[i];
 519         newFracList[i] =fracList[i];
 520       }
 521       ec->SetCellsAbsId(newAbsIdList);
 522       ec->SetCellsAmplitudeFraction(newFracList);
 523       ec->SetDispersion(clust->GetDispersion());
 524       ec->SetChi2(-1); //not yet implemented
 525       ec->SetM02(elipAxis[0]*elipAxis[0]) ;
 526       ec->SetM20(elipAxis[1]*elipAxis[1]) ;
 527       ec->SetTOF(clust->GetTime()) ; //time-of-fligh
 528       ec->SetNExMax(clust->GetNExMax());          //number of local maxima
 529       TArrayI arrayTrackMatched(1);// Only one track, temporal solution.
 530       arrayTrackMatched[0]= matchedTrack[iClust];
 531       ec->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
 532
 533       TArrayI arrayParents(parentMult,parentList);
 534       ec->AddLabels(arrayParents);
 535
 536       // add the cluster to the esd object
 537       esd->AddCaloCluster(ec);
 538       delete ec;
 539       delete [] newAbsIdList ;
 540       delete [] newFracList ;
 541    }
 542  } // cycle on clusters
 543
 544  delete [] matchedTrack;
 545
 546  //Fill ESDCaloCluster with PID weights
 547  AliEMCALPID *pid = new AliEMCALPID;
 548  //pid->SetPrintInfo(kTRUE);
 549  pid->SetReconstructor(kTRUE);
 550  pid->RunPID(esd);
 551  delete pid;
 552
 553  //Store EMCAL misalignment matrixes
 554  FillMisalMatrixes(esd) ;
 555
 556 }
 557
 558 //==================================================================================
 559 void AliEMCALReconstructor::FillMisalMatrixes(AliESDEvent* esd)const{
 560         //Store EMCAL matrixes in ESD Header
 561
 562         //Check, if matrixes was already stored
 563         for(Int_t sm = 0 ; sm < fGeom->GetNumberOfSuperModules(); sm++){
 564                 if(esd->GetEMCALMatrix(sm)!=0)
 565                         return ;
 566         }
 567
 568         //Create and store matrixes
 569         if(!gGeoManager){
 570                 AliError("Can not store misal. matrixes: no gGeoManager! \n") ;
 571                 return ;
 572         }
 573         //Note, that owner of copied marixes will be header
 574   const Int_t bufsize = 255;
 575         char path[bufsize] ;
 576         TGeoHMatrix * m = 0x0;
 577         for(Int_t sm = 0; sm < fGeom->GetNumberOfSuperModules(); sm++){
 578                 snprintf(path,bufsize,"/ALIC_1/XEN1_1/SMOD_%d",sm+1) ; //In Geometry modules numbered 1,2,.,5
 579                 if(sm >= 10) snprintf(path,bufsize,"/ALIC_1/XEN1_1/SM10_%d",sm-10+1) ;
 580
 581                 if (gGeoManager->CheckPath(path)){
 582                         gGeoManager->cd(path);
 583                         m = gGeoManager->GetCurrentMatrix() ;
 584 //                      printf("================================================= \n");
 585 //                      printf("AliEMCALReconstructor::FixMisalMatrixes(), sm %d, \n",sm);
 586 //                      m->Print("");
 587                         esd->SetEMCALMatrix(new TGeoHMatrix(*m),sm) ;
 588 //                      printf("================================================= \n");
 589                 }
 590                 else{
 591                         esd->SetEMCALMatrix(NULL,sm) ;
 592                 }
 593         }
 594 }
 595
 596
 597
 598 //__________________________________________________________________________
 599 void AliEMCALReconstructor::ReadDigitsArrayFromTree(TTree *digitsTree) const
 600 {
 601   // See AliEMCALClusterizer::SetInput(TTree *digitsTree);
 602   if(fgDigitsArr) {
 603     // Clear previous digits
 604     fgDigitsArr->Clear("C");
 605     //delete fgDigitsArr;
 606   }
 607   // Read the digits from the input tree
 608   TBranch *branch = digitsTree->GetBranch("EMCAL");
 609   if (!branch) {
 610     AliError("can't get the branch with the EMCAL digits !");
 611     return;
 612   }
 613   fgDigitsArr = new TClonesArray("AliEMCALDigit",100);
 614   branch->SetAddress(&fgDigitsArr);
 615   branch->GetEntry(0);
 616 }
 617
 618