HLT/TPCLib/AliHLTTPCFileHandler.cxx

   1 // @(#) $Id$
   2 // Original: AliHLTFileHandler.cxx,v 1.49 2005/06/23 17:46:55 hristov
   3
   4 /**************************************************************************
   5  * This file is property of and copyright by the ALICE HLT Project        *
   6  * ALICE Experiment at CERN, All rights reserved.                         *
   7  *                                                                        *
   8  * Primary Authors: U. Frankenfeld, A. Vestbo, C. Loizides                *
   9  *                  Matthias Richter <Matthias.Richter@ift.uib.no>        *
  10  *                  for The ALICE HLT Project.                            *
  11  *                                                                        *
  12  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
  13  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
  14  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  15  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  16  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  17  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  18  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  19  **************************************************************************/
  20
  21 /** @file   AliHLTTPCFileHandler.cxx
  22     @author U. Frankenfeld, A. Vestbo, C. Loizides, maintained by
  23             Matthias Richter
  24     @date
  25     @brief  file input for the TPC tracking code before migration to the
  26             HLT component framework
  27
  28 // see below for class documentation
  29 // or
  30 // refer to README to build package
  31 // or
  32 // visit http://web.ift.uib.no/~kjeks/doc/alice-hlt
  33                                                                           */
  34 #include <cassert>
  35 #include <TClonesArray.h>
  36 #include <TSystem.h>
  37 #include <TMath.h>
  38
  39 #include <AliRunLoader.h>
  40 #include <TObject.h>
  41 #include <TFile.h>
  42 #include <TTree.h>
  43 #include <AliTPCParamSR.h>
  44 #include <AliTPCDigitsArray.h>
  45 #include <AliTPCClustersArray.h>
  46 #include <AliTPCcluster.h>
  47 #include <AliTPCClustersRow.h>
  48 #include <AliSimDigits.h>
  49 #include "AliCDBManager.h"
  50 #include "AliCDBEntry.h"
  51
  52 #include "AliHLTTPCLogging.h"
  53 #include "AliHLTTPCTransform.h"
  54 #include "AliHLTTPCDigitData.h"
  55 //#include "AliHLTTPCTrackSegmentData.h"
  56 #include "AliHLTTPCSpacePointData.h"
  57 //#include "AliHLTTPCTrackArray.h"
  58 #include "AliHLTTPCFileHandler.h"
  59 #include "AliHLTTPCMapping.h"
  60 #include "AliHLTAltroEncoder.h"
  61
  62 #if __GNUC__ >= 3
  63 using namespace std;
  64 #endif
  65
  66 /**
  67 <pre>
  68 //_____________________________________________________________
  69 // AliHLTTPCFileHandler
  70 //
  71 // The HLT ROOT <-> binary files handling class
  72 //
  73 // This class provides the interface between AliROOT files,
  74 // and HLT binary files. It should be used for converting
  75 // TPC data stored in AliROOT format (outputfile from a simulation),
  76 // into the data format currently used by in the HLT framework.
  77 // This enables the possibility to always use the same data format,
  78 // whether you are using a binary file as an input, or a AliROOT file.
  79 //
  80 // For example on how to create binary files from a AliROOT simulation,
  81 // see example macro exa/Binary.C.
  82 //
  83 // For reading a AliROOT file into HLT format in memory, do the following:
  84 //
  85 // AliHLTTPCFileHandler file;
  86 // file.Init(slice,patch);
  87 // file.SetAliInput("galice.root");
  88 // AliHLTTPCDigitRowData *dataPt = (AliHLTTPCDigitRowData*)file.AliDigits2Memory(nrows,eventnr);
  89 //
  90 // All the data are then stored in memory and accessible via the pointer dataPt.
  91 // Accesing the data is then identical to the example 1) showed in AliHLTTPCMemHandler class.
  92 //
  93 // For converting the data back, and writing it to a new AliROOT file do:
  94 //
  95 // AliHLTTPCFileHandler file;
  96 // file.Init(slice,patch);
  97 // file.SetAliInput("galice.root");
  98 // file.Init(slice,patch,NumberOfRowsInPatch);
  99 // file.AliDigits2RootFile(dataPt,"new_galice.root");
 100 // file.CloseAliInput();
 101 </pre>
 102 */
 103
 104 ClassImp(AliHLTTPCFileHandler)
 105
 106 AliHLTTPCFileHandler::AliHLTTPCFileHandler(Bool_t b)
 107   :
 108   fInAli(NULL),
 109   fUseRunLoader(kFALSE),
 110   fParam(NULL),
 111   fDigits(NULL),
 112   fDigitsTree(NULL),
 113   fMC(NULL),
 114   fIndexCreated(kFALSE),
 115   fUseStaticIndex(b)
 116 {
 117   //Default constructor
 118
 119   for(Int_t i=0;i<AliHLTTPCTransform::GetNSlice();i++)
 120     for(Int_t j=0;j<AliHLTTPCTransform::GetNRows();j++)
 121       fIndex[i][j]=-1;
 122
 123   if(fUseStaticIndex&&!fgStaticIndexCreated) CleanStaticIndex();
 124 }
 125
 126 AliHLTTPCFileHandler::~AliHLTTPCFileHandler()
 127 {
 128   //Destructor
 129   if(fMC) CloseMCOutput();
 130   FreeDigitsTree();
 131   if(fInAli) CloseAliInput();
 132 }
 133
 134 // of course on start up the index is not created
 135 Bool_t AliHLTTPCFileHandler::fgStaticIndexCreated=kFALSE;
 136 Int_t  AliHLTTPCFileHandler::fgStaticIndex[36][159];
 137
 138 void AliHLTTPCFileHandler::CleanStaticIndex()
 139 {
 140   // use this static call to clean static index after
 141   // running over one event
 142   for(Int_t i=0;i<AliHLTTPCTransform::GetNSlice();i++){
 143     for(Int_t j=0;j<AliHLTTPCTransform::GetNRows();j++)
 144       fgStaticIndex[i][j]=-1;
 145   }
 146   fgStaticIndexCreated=kFALSE;
 147 }
 148
 149 Int_t AliHLTTPCFileHandler::SaveStaticIndex(Char_t *prefix,Int_t event)
 150 {
 151   // use this static call to store static index after
 152   if(!fgStaticIndexCreated) return -1;
 153
 154   Char_t fname[1024];
 155   if(prefix)
 156     sprintf(fname,"%s-%d.txt",prefix,event);
 157   else
 158     sprintf(fname,"TPC.Digits.staticindex-%d.txt",event);
 159
 160   ofstream file(fname,ios::trunc);
 161   if(!file.good()) return -1;
 162
 163   for(Int_t i=0;i<AliHLTTPCTransform::GetNSlice();i++){
 164     for(Int_t j=0;j<AliHLTTPCTransform::GetNRows();j++)
 165       file << fgStaticIndex[i][j] << " ";
 166     file << endl;
 167   }
 168   file.close();
 169   return 0;
 170 }
 171
 172 Int_t AliHLTTPCFileHandler::LoadStaticIndex(Char_t *prefix,Int_t event)
 173 {
 174   // use this static call to store static index after
 175   if(fgStaticIndexCreated){
 176       LOG(AliHLTTPCLog::kWarning,"AliHLTTPCFileHandler::LoadStaticIndex","Inxed")
 177         <<"Static index already created, will overwrite"<<ENDLOG;
 178       CleanStaticIndex();
 179   }
 180
 181   Char_t fname[1024];
 182   if(prefix)
 183     sprintf(fname,"%s-%d.txt",prefix,event);
 184   else
 185     sprintf(fname,"TPC.Digits.staticindex-%d.txt",event);
 186
 187   ifstream file(fname);
 188   if(!file.good()) return -1;
 189
 190   for(Int_t i=0;i<AliHLTTPCTransform::GetNSlice();i++){
 191     for(Int_t j=0;j<AliHLTTPCTransform::GetNRows();j++)
 192       file >> fgStaticIndex[i][j];
 193   }
 194   file.close();
 195
 196   fgStaticIndexCreated=kTRUE;
 197   return 0;
 198 }
 199
 200 void AliHLTTPCFileHandler::FreeDigitsTree()
 201 {
 202   //free digits tree
 203   if (fDigits) {
 204     delete fDigits;
 205   }
 206   fDigits=0;
 207   fDigitsTree=0;
 208
 209   for(Int_t i=0;i<AliHLTTPCTransform::GetNSlice();i++){
 210     for(Int_t j=0;j<AliHLTTPCTransform::GetNRows();j++)
 211       fIndex[i][j]=-1;
 212   }
 213   fIndexCreated=kFALSE;
 214 }
 215
 216 Bool_t AliHLTTPCFileHandler::SetMCOutput(Char_t *name)
 217 {
 218   //set mc input
 219   fMC = fopen(name,"w");
 220   if(!fMC){
 221     LOG(AliHLTTPCLog::kWarning,"AliHLTTPCFileHandler::SetMCOutput","File Open")
 222       <<"Pointer to File = 0x0 "<<ENDLOG;
 223     return kFALSE;
 224   }
 225   return kTRUE;
 226 }
 227
 228 Bool_t AliHLTTPCFileHandler::SetMCOutput(FILE *file)
 229 {
 230   //set mc output
 231   fMC = file;
 232   if(!fMC){
 233     LOG(AliHLTTPCLog::kWarning,"AliHLTTPCFileHandler::SetMCOutput","File Open")
 234       <<"Pointer to File = 0x0 "<<ENDLOG;
 235     return kFALSE;
 236   }
 237   return kTRUE;
 238 }
 239
 240 void AliHLTTPCFileHandler::CloseMCOutput()
 241 {
 242   //close mc output
 243   if(!fMC){
 244     LOG(AliHLTTPCLog::kWarning,"AliHLTTPCFileHandler::CloseMCOutPut","File Close")
 245       <<"Nothing to Close"<<ENDLOG;
 246     return;
 247   }
 248   fclose(fMC);
 249   fMC =0;
 250 }
 251
 252 Bool_t AliHLTTPCFileHandler::SetAliInput()
 253 {
 254   //set ali input
 255
 256   // fParam is in all cases an external object
 257   const char* cdbEntry="TPC/Calib/Parameters";
 258   AliCDBManager* pMan=AliCDBManager::Instance();
 259   if (pMan) {
 260     AliCDBEntry *pEntry = pMan->Get(cdbEntry);
 261     if (pEntry==NULL ||
 262         pEntry->GetObject()==NULL ||
 263         (fParam=dynamic_cast<AliTPCParam*>(pEntry->GetObject()))==NULL) {
 264       LOG(AliHLTTPCLog::kWarning,"AliHLTTPCFileHandler::SetAliInput","File")
 265         <<"can not load AliTPCParam object from OCDB entry " << cdbEntry <<ENDLOG;
 266     }
 267   }
 268   if (!fParam) {
 269   // the old solution until Nov 2008
 270   fInAli->CdGAFile();
 271   fParam = (AliTPCParam*)gFile->Get("75x40_100x60_150x60");
 272   if(!fParam){
 273     LOG(AliHLTTPCLog::kWarning,"AliHLTTPCFileHandler::SetAliInput","File")
 274       <<"No TPC parameters found in \""<<gFile->GetName()
 275       <<"\", creating standard parameters "
 276       <<"which might not be what you want!"<<ENDLOG;
 277     fParam = new AliTPCParamSR;
 278   }
 279   }
 280   if(!fParam){
 281     LOG(AliHLTTPCLog::kError,"AliHLTTPCFileHandler::SetAliInput","File Open")
 282       <<"No AliTPCParam "<<AliHLTTPCTransform::GetParamName()<<" in File "<<gFile->GetName()<<ENDLOG;
 283     return kFALSE;
 284   }
 285
 286   return kTRUE;
 287 }
 288
 289 Bool_t AliHLTTPCFileHandler::SetAliInput(Char_t *name)
 290 {
 291   //Open the AliROOT file with name.
 292   fInAli= AliRunLoader::Open(name);
 293   if(!fInAli){
 294     LOG(AliHLTTPCLog::kWarning,"AliHLTTPCFileHandler::SetAliInput","File Open")
 295     <<"Pointer to fInAli = 0x0 "<<ENDLOG;
 296     return kFALSE;
 297   }
 298   return SetAliInput();
 299 }
 300
 301 Bool_t AliHLTTPCFileHandler::SetAliInput(AliRunLoader *runLoader)
 302 {
 303   //set ali input as runloader
 304   if(!runLoader){
 305     LOG(AliHLTTPCLog::kWarning,"AliHLTTPCFileHandler::SetAliInput","File Open")
 306       <<"invalid agument: pointer to AliRunLoader NULL "<<ENDLOG;
 307     return kFALSE;
 308   }
 309   if (fInAli!=NULL && fInAli!=runLoader) {
 310     LOG(AliHLTTPCLog::kError,"AliHLTTPCFileHandler::SetAliInput","File Open")
 311     <<"Pointer to AliRunLoader already set"<<ENDLOG;
 312     return kFALSE;
 313   }
 314   fInAli=runLoader;
 315   fUseRunLoader = kTRUE;
 316   return SetAliInput();
 317 }
 318
 319 void AliHLTTPCFileHandler::CloseAliInput()
 320 {
 321   //close ali input
 322   if(fUseRunLoader) return;
 323   if(!fInAli){
 324     LOG(AliHLTTPCLog::kWarning,"AliHLTTPCFileHandler::CloseAliInput","RunLoader")
 325       <<"Nothing to Close"<<ENDLOG;
 326     return;
 327   }
 328
 329   delete fInAli;
 330   fInAli = 0;
 331 }
 332
 333 Bool_t AliHLTTPCFileHandler::IsDigit(Int_t event)
 334 {
 335   //Check if there is a TPC digit tree in the current file.
 336   //Return kTRUE if tree was found, and kFALSE if not found.
 337
 338   if(!fInAli){
 339     LOG(AliHLTTPCLog::kWarning,"AliHLTTPCFileHandler::IsDigit","File")
 340     <<"Pointer to fInAli = 0x0 "<<ENDLOG;
 341     return kTRUE;  //maybe you are using binary input which is Digits!
 342   }
 343   AliLoader* tpcLoader = fInAli->GetLoader("TPCLoader");
 344   if(!tpcLoader){
 345     LOG(AliHLTTPCLog::kWarning,"AliHLTTPCFileHandlerNewIO::IsDigit","File")
 346     <<"Pointer to AliLoader for TPC = 0x0 "<<ENDLOG;
 347     return kFALSE;
 348   }
 349   fInAli->GetEvent(event);
 350   tpcLoader->LoadDigits();
 351   TTree *t=tpcLoader->TreeD();
 352   if(t){
 353     LOG(AliHLTTPCLog::kInformational,"AliHLTTPCFileHandlerNewIO::IsDigit","File Type")
 354     <<"Found Digit Tree -> Use Fast Cluster Finder"<<ENDLOG;
 355     return kTRUE;
 356   }
 357   else{
 358     LOG(AliHLTTPCLog::kInformational,"AliHLTTPCFileHandlerNewIO::IsDigit","File Type")
 359     <<"No Digit Tree -> Use Cluster Tree"<<ENDLOG;
 360     return kFALSE;
 361   }
 362 }
 363
 364 ///////////////////////////////////////// Digit IO
 365 Bool_t AliHLTTPCFileHandler::AliDigits2BinaryFile(Int_t event,Bool_t altro)
 366 {
 367   //save alidigits as binary
 368   Bool_t out = kTRUE;
 369   UInt_t nrow;
 370   AliHLTTPCDigitRowData* data = 0;
 371   if(altro)
 372     data = AliAltroDigits2Memory(nrow,event);
 373   else
 374     data = AliDigits2Memory(nrow,event);
 375   out = Memory2BinaryFile(nrow,data);
 376   Free();
 377   return out;
 378 }
 379
 380 Bool_t AliHLTTPCFileHandler::AliDigits2CompBinary(Int_t event,Bool_t altro)
 381 {
 382   //Convert AliROOT TPC data, into HLT data format.
 383   //event specifies the event you want in the aliroot file.
 384
 385   Bool_t out = kTRUE;
 386   UInt_t ndigits=0;
 387   AliHLTTPCDigitRowData *digits=0;
 388   if(altro)
 389     digits = AliAltroDigits2Memory(ndigits,event);
 390   else
 391     digits = AliDigits2Memory(ndigits,event);
 392   out = Memory2CompBinary(ndigits,digits);
 393   Free();
 394   return out;
 395 }
 396
 397 Bool_t AliHLTTPCFileHandler::CreateIndex()
 398 {
 399   //create the access index or copy from static index
 400   fIndexCreated=kFALSE;
 401
 402   if(!fgStaticIndexCreated || !fUseStaticIndex) { //we have to create index
 403     LOG(AliHLTTPCLog::kInformational,"AliHLTTPCFileHandler::CreateIndex","Index")
 404       <<"Starting to create index, this can take a while."<<ENDLOG;
 405
 406     //Int_t lslice,lrow;
 407     for(Int_t n=0; n<fDigitsTree->GetEntries(); n++) {
 408       Int_t sector, row;
 409       Int_t lslice,lrow;
 410       fDigitsTree->GetEvent(n);
 411       fParam->AdjustSectorRow(fDigits->GetID(),sector,row);
 412       if(!AliHLTTPCTransform::Sector2Slice(lslice,lrow,sector,row)){
 413         LOG(AliHLTTPCLog::kError,"AliHLTTPCFileHandler::CreateIndex","Slice/Row")
 414           <<AliHLTTPCLog::kDec<<"Index could not be created. Wrong values "
 415           <<sector<<" "<<row<<ENDLOG;
 416         return kFALSE;
 417       }
 418       // this is just to make sure the same array dimensions are
 419       // used as in the AliHLTTPCTransform class. The check for
 420       // correct bounds is done in AliHLTTPCTransform::Sector2Slice
 421       assert(lslice>=0 && lslice<fgkNSlice);
 422       assert(lrow>=0 && lrow<fgkNRow);
 423       if(fIndex[lslice][lrow]==-1) {
 424         fIndex[lslice][lrow]=n;
 425       }
 426     }
 427     assert(AliHLTTPCTransform::GetNSlice()==fgkNSlice);
 428     assert(AliHLTTPCTransform::GetNRows()==fgkNRow);
 429     if(fUseStaticIndex) { // create static index
 430       for(Int_t islice=0;islice<AliHLTTPCTransform::GetNSlice() && islice<fgkNSlice;islice++){
 431         for(Int_t irow=0;irow<AliHLTTPCTransform::GetNRows() && irow<fgkNRow;irow++)
 432           fgStaticIndex[islice][irow]=fIndex[islice][irow];
 433       }
 434       fgStaticIndexCreated=kTRUE; //remember that index has been created
 435     }
 436
 437   LOG(AliHLTTPCLog::kInformational,"AliHLTTPCFileHandler::CreateIndex","Index")
 438     <<"Index successfully created."<<ENDLOG;
 439
 440   } else if(fUseStaticIndex) { //simply copy static index
 441     for(Int_t islice=0;islice<AliHLTTPCTransform::GetNSlice() && islice<fgkNSlice;islice++){
 442       for(Int_t irow=0;irow<AliHLTTPCTransform::GetNRows() && irow<fgkNRow;irow++)
 443         fIndex[islice][irow]=fgStaticIndex[islice][irow];
 444     }
 445
 446   LOG(AliHLTTPCLog::kInformational,"AliHLTTPCFileHandler::CreateIndex","Index")
 447     <<"Index successfully taken from static copy."<<ENDLOG;
 448   }
 449   fIndexCreated=kTRUE;
 450   return kTRUE;
 451 }
 452
 453 AliHLTTPCDigitRowData * AliHLTTPCFileHandler::AliDigits2Memory(UInt_t & nrow,Int_t event, Byte_t* tgtBuffer, UInt_t *pTgtSize)
 454 {
 455   //Read data from AliROOT file into memory, and store it in the HLT data format
 456   //in the provided buffer or an allocated buffer.
 457   //Returns a pointer to the data.
 458
 459   AliHLTTPCDigitRowData *data = 0;
 460   nrow=0;
 461
 462   if(!fInAli){
 463     LOG(AliHLTTPCLog::kWarning,"AliHLTTPCFileHandler::AliDigits2Memory","File")
 464     <<"No Input avalible: Pointer to fInAli == NULL"<<ENDLOG;
 465     return 0;
 466   }
 467
 468   if(!fDigitsTree)
 469     if(!GetDigitsTree(event)) return 0;
 470
 471   UShort_t dig;
 472   Int_t time,pad,sector,row;
 473   Int_t nrows=0;
 474   Int_t ndigitcount=0;
 475   Int_t entries = (Int_t)fDigitsTree->GetEntries();
 476   if(entries==0) {
 477     LOG(AliHLTTPCLog::kWarning,"AliHLTTPCFileHandler::AliDigits2Memory","ndigits")
 478       <<"No TPC digits (entries==0)!"<<ENDLOG;
 479     nrow = (UInt_t)(fRowMax-fRowMin+1);
 480     UInt_t size = nrow*sizeof(AliHLTTPCDigitRowData);
 481     if (tgtBuffer!=NULL && pTgtSize!=NULL && *pTgtSize>0) {
 482       if (size<=*pTgtSize) {
 483         data=reinterpret_cast<AliHLTTPCDigitRowData*>(tgtBuffer);
 484       } else {
 485       }
 486     } else {
 487       data=reinterpret_cast<AliHLTTPCDigitRowData*>(Allocate(size));
 488     }
 489     AliHLTTPCDigitRowData *tempPt = data;
 490     if (data) {
 491     if (pTgtSize) *pTgtSize=size;
 492     for(Int_t r=fRowMin;r<=fRowMax;r++){
 493       tempPt->fRow = r;
 494       tempPt->fNDigit = 0;
 495       tempPt++;
 496     }
 497     }
 498     return data;
 499   }
 500
 501   Int_t * ndigits = new Int_t[fRowMax+1];
 502   Float_t xyz[3];
 503
 504   // The digits of the current event have been indexed: all digits are organized in
 505   // rows, all digits of one row are stored in a AliSimDigits object (fDigit) which
 506   // are stored in the digit tree.
 507   // The index map relates the AliSimDigits objects in the tree to dedicated pad rows
 508   // in the TPC
 509   // This loop filters the pad rows according to the slice no set via Init
 510   assert(fRowMax<fgkNRow);
 511   for(Int_t r=fRowMin;r<=fRowMax && r<fgkNRow;r++){
 512     Int_t n=fIndex[fSlice][r];
 513     if(n!=-1){ // there is data on that row available
 514       Int_t lslice,lrow;
 515       fDigitsTree->GetEvent(n);
 516       fParam->AdjustSectorRow(fDigits->GetID(),sector,row);
 517       AliHLTTPCTransform::Sector2Slice(lslice,lrow,sector,row);
 518 //       LOG(AliHLTTPCLog::kInformational,"AliHLTTPCFileHandler::AliDigits2Memory","Digits")
 519 //      << "Sector "<<sector<<" Row " << row << " Slice " << lslice << " lrow " << lrow<<ENDLOG;
 520
 521       if(lrow!=r){
 522         LOG(AliHLTTPCLog::kError,"AliHLTTPCFileHandler::AliDigits2Memory","Row")
 523           <<AliHLTTPCLog::kDec<<"Rows in slice " << fSlice << " dont match "<<lrow<<" "<<r<<ENDLOG;
 524         continue;
 525       }
 526
 527       ndigits[lrow] = 0;
 528       for (bool bHaveData=fDigits->First();
 529            bHaveData;
 530            bHaveData=fDigits->Next()) {
 531         time=fDigits->CurrentRow();
 532         pad=fDigits->CurrentColumn();
 533         dig = fDigits->GetDigit(time,pad);
 534         if(dig <= fParam->GetZeroSup()) continue;
 535         if(dig >= AliHLTTPCTransform::GetADCSat())
 536           dig = AliHLTTPCTransform::GetADCSat();
 537
 538         // if we switch to AliTPCTransform, this maybe needs to be
 539         // adjusted as well
 540         AliHLTTPCTransform::Raw2Local(xyz,sector,row,pad,time);
 541         //      if(fParam->GetPadRowRadii(sector,row)<230./250.*fabs(xyz[2]))
 542         //        continue; // why 230???
 543
 544         ndigits[lrow]++; //for this row only
 545         ndigitcount++;   //total number of digits to be published
 546
 547       }
 548       //cout << lrow << " " << ndigits[lrow] << " - " << ndigitcount << endl;
 549     }
 550     //see comment below//nrows++;
 551   }
 552   // Matthias 05.11.2007
 553   // The question is whether we should always return a AliHLTTPCDigitRowData
 554   // for each row, even the empty ones or only for the ones filled with data.
 555   // the AliHLTTPCDigitReaderUnpacked as the counnterpart so far assumes
 556   // empty RawData structs for empty rows. But some of the code here implies
 557   // the latter approach, e.g. the count of nrows in the loop above (now
 558   // commented). At least the two loops were not consistent, it's fixed now.
 559   nrows=fRowMax-fRowMin+1;
 560
 561   UInt_t bufferSize = sizeof(AliHLTTPCDigitData)*ndigitcount
 562     + nrows*sizeof(AliHLTTPCDigitRowData);
 563
 564   LOG(AliHLTTPCLog::kDebug,"AliHLTTPCFileHandler::AliDigits2Memory","Digits")
 565     << "Found "<<ndigitcount<<" Digits in " << nrows << " rows out of [" << fRowMin << "," << fRowMax <<"]"<<ENDLOG;
 566
 567   if (tgtBuffer!=NULL && pTgtSize!=NULL && *pTgtSize>0) {
 568     if (bufferSize<=*pTgtSize) {
 569       data=reinterpret_cast<AliHLTTPCDigitRowData*>(tgtBuffer);
 570     } else {
 571     }
 572   } else if (bufferSize>0) {
 573     data=reinterpret_cast<AliHLTTPCDigitRowData*>(Allocate(bufferSize));
 574   }
 575   if (pTgtSize) *pTgtSize=bufferSize;
 576   if (data==NULL) {
 577     delete [] ndigits;
 578     return NULL;
 579   }
 580   nrow = (UInt_t)nrows;
 581   AliHLTTPCDigitRowData *tempPt = data;
 582   memset(data, 0, bufferSize);
 583
 584   for(Int_t r=fRowMin;r<=fRowMax && r<fgkNRow;r++){
 585     Int_t n=fIndex[fSlice][r];
 586
 587     AliHLTTPCTransform::Slice2Sector(fSlice,r,sector,row);
 588     tempPt->fRow = row;
 589     tempPt->fNDigit = 0;
 590
 591     if(n!=-1){//data on that row
 592       Int_t lslice,lrow;
 593       fDigitsTree->GetEvent(n);
 594       fParam->AdjustSectorRow(fDigits->GetID(),sector,row);
 595       AliHLTTPCTransform::Sector2Slice(lslice,lrow,sector,row);
 596       if(lrow!=r){
 597         LOG(AliHLTTPCLog::kError,"AliHLTTPCFileHandler::AliDigits2Memory","Row")
 598           <<AliHLTTPCLog::kDec<<"Rows on slice " << fSlice << " dont match "<<lrow<<" "<<r<<ENDLOG;
 599         continue;
 600       }
 601
 602       // set the correct row no and digit count
 603       tempPt->fRow = row;
 604       tempPt->fNDigit = ndigits[lrow];
 605
 606       Int_t localcount=0;
 607       for (bool bHaveData=fDigits->First();
 608            bHaveData;
 609            bHaveData=fDigits->Next()) {
 610         time=fDigits->CurrentRow();
 611         pad=fDigits->CurrentColumn();
 612         dig = fDigits->GetDigit(time,pad);
 613         if (dig <= fParam->GetZeroSup()) continue;
 614         if(dig >= AliHLTTPCTransform::GetADCSat())
 615           dig = AliHLTTPCTransform::GetADCSat();
 616
 617         //Exclude data outside cone:
 618         AliHLTTPCTransform::Raw2Local(xyz,sector,row,pad,time);
 619         //      if(fParam->GetPadRowRadii(sector,row)<230./250.*fabs(xyz[2]))
 620         //        continue; // why 230???
 621
 622         if(localcount >= ndigits[lrow])
 623           LOG(AliHLTTPCLog::kFatal,"AliHLTTPCFileHandler::AliDigits2Binary","Memory")
 624             <<AliHLTTPCLog::kDec<<"Mismatch: localcount "<<localcount<<" ndigits "
 625             <<ndigits[lrow]<<ENDLOG;
 626
 627         tempPt->fDigitData[localcount].fCharge=dig;
 628         tempPt->fDigitData[localcount].fPad=pad;
 629         tempPt->fDigitData[localcount].fTime=time;
 630         tempPt->fDigitData[localcount].fTrackID[0] = fDigits->GetTrackID(time,pad,0);
 631         tempPt->fDigitData[localcount].fTrackID[1] = fDigits->GetTrackID(time,pad,1);
 632         tempPt->fDigitData[localcount].fTrackID[2] = fDigits->GetTrackID(time,pad,2);
 633         localcount++;
 634       }
 635     }
 636
 637     Byte_t *tmp = (Byte_t*)tempPt;
 638     Int_t blockSize = sizeof(AliHLTTPCDigitRowData)
 639       + tempPt->fNDigit*sizeof(AliHLTTPCDigitData);
 640     tmp += blockSize;
 641     tempPt = (AliHLTTPCDigitRowData*)tmp;
 642   }
 643   assert((Byte_t*)tempPt==((Byte_t*)data)+bufferSize);
 644   delete [] ndigits;
 645   return data;
 646 }
 647
 648 int AliHLTTPCFileHandler::AliDigits2Altro(Int_t event, Byte_t* tgtBuffer, UInt_t tgtSize)
 649 {
 650   //Read data from AliROOT file into memory, and store it in the ALTRO data format
 651   //in the provided buffer
 652   //Returns: size of the encoded data in bytes
 653   int iResult=0;
 654
 655   if(!fInAli){
 656     LOG(AliHLTTPCLog::kWarning,"AliHLTTPCFileHandler::AliDigits2Altro","File")
 657     <<"No Input avalible: Pointer to fInAli == NULL"<<ENDLOG;
 658     return 0;
 659   }
 660
 661   if (!tgtBuffer) {
 662     return -EINVAL;
 663   }
 664
 665   if(!fDigitsTree)
 666     if(!GetDigitsTree(event)) return 0;
 667
 668   UShort_t dig;
 669   Int_t time=0;
 670   Int_t pad=0;
 671   Int_t sector=0;
 672
 673   AliHLTTPCMapping mapper(fPatch);
 674   AliHLTAltroEncoder encoder;
 675   encoder.SetBuffer(tgtBuffer, tgtSize);
 676
 677   // The digits of the current event have been indexed: all digits are organized in
 678   // rows, all digits of one row are stored in a AliSimDigits object (fDigit) which
 679   // are stored in the digit tree.
 680   // The index map relates the AliSimDigits objects in the tree to dedicated pad rows
 681   // in the TPC
 682   // This loop filters the pad rows according to the slice no set via Init
 683
 684   assert(fRowMax<fgkNRow);
 685   for(Int_t r=fRowMin;r<=fRowMax && r<fgkNRow && iResult>=0;r++){
 686     Int_t n=fIndex[fSlice][r];
 687
 688     Int_t row=0;
 689     Int_t rowOffset=0;
 690     AliHLTTPCTransform::Slice2Sector(fSlice,r,sector,row);
 691     AliHLTTPCTransform::Slice2Sector(fSlice,AliHLTTPCTransform::GetFirstRow(fPatch),sector,rowOffset);
 692
 693     if(n!=-1){//data on that row
 694       Int_t lslice,lrow;
 695       fDigitsTree->GetEvent(n);
 696       fParam->AdjustSectorRow(fDigits->GetID(),sector,row);
 697       AliHLTTPCTransform::Sector2Slice(lslice,lrow,sector,row);
 698       if(lrow!=r){
 699         LOG(AliHLTTPCLog::kError,"AliHLTTPCFileHandler::AliDigits2Altro","Row")
 700           <<AliHLTTPCLog::kDec<<"Rows on slice " << fSlice << " dont match "<<lrow<<" "<<r<<ENDLOG;
 701         continue;
 702       }
 703
 704       Int_t channelAddress=-1;
 705       fDigits->First();
 706       do {
 707         time=fDigits->CurrentRow();
 708         pad=fDigits->CurrentColumn();
 709         dig = fDigits->GetDigit(time,pad);
 710         if (dig <= fParam->GetZeroSup()) continue;
 711         if(dig >= AliHLTTPCTransform::GetADCSat())
 712           dig = AliHLTTPCTransform::GetADCSat();
 713
 714         channelAddress=mapper.GetHwAddress(row-rowOffset, pad);
 715         iResult=encoder.AddChannelSignal(dig, time, channelAddress);
 716       } while (fDigits->Next() && iResult>=0);
 717       if (iResult>=0 && channelAddress>=0) {
 718         iResult=encoder.SetChannel(channelAddress);
 719       }
 720     }
 721   }
 722
 723   if (iResult>=0) {
 724     iResult=(encoder.GetTotal40bitWords()*5)/4;
 725   }
 726
 727   return iResult;
 728 }
 729
 730 AliHLTTPCDigitRowData * AliHLTTPCFileHandler::AliAltroDigits2Memory(UInt_t & nrow,Int_t event,Bool_t eventmerge)
 731 {
 732   //Read data from AliROOT file into memory, and store it in the HLT data format.
 733   //Returns a pointer to the data.
 734   //This functions filter out single timebins, which is noise. The timebins which
 735   //are removed are timebins which have the 4 zero neighbours;
 736   //(pad-1,time),(pad+1,time),(pad,time-1),(pad,time+1).
 737
 738   AliHLTTPCDigitRowData *data = 0;
 739   nrow=0;
 740
 741   if(!fInAli){
 742     LOG(AliHLTTPCLog::kWarning,"AliHLTTPCFileHandler::AliAltroDigits2Memory","File")
 743     <<"No Input avalible: Pointer to TFile == NULL"<<ENDLOG;
 744     return 0;
 745   }
 746   if(eventmerge == kTRUE && event >= 1024)
 747     {
 748       LOG(AliHLTTPCLog::kError,"AliHLTTPCFileHandler::AliAltroDigits2Memory","TrackIDs")
 749         <<"Too many events if you want to merge!"<<ENDLOG;
 750       return 0;
 751     }
 752   delete fDigits;
 753   fDigits=0;
 754   /* Dont understand why we have to do
 755      reload the tree, but otherwise the code crashes */
 756   fDigitsTree=0;
 757   if(!GetDigitsTree(event)) return 0;
 758
 759   UShort_t dig;
 760   Int_t time,pad,sector,row;
 761   Int_t nrows=0;
 762   Int_t ndigitcount=0;
 763   Int_t entries = (Int_t)fDigitsTree->GetEntries();
 764   if(entries==0) {
 765     LOG(AliHLTTPCLog::kWarning,"AliHLTTPCFileHandler::AliAltroDigits2Memory","ndigits")
 766       <<"No TPC digits (entries==0)!"<<ENDLOG;
 767     nrow = (UInt_t)(fRowMax-fRowMin+1);
 768     Int_t size = nrow*sizeof(AliHLTTPCDigitRowData);
 769     data=(AliHLTTPCDigitRowData*) Allocate(size);
 770     AliHLTTPCDigitRowData *tempPt = data;
 771     for(Int_t r=fRowMin;r<=fRowMax;r++){
 772       tempPt->fRow = r;
 773       tempPt->fNDigit = 0;
 774       tempPt++;
 775     }
 776     return data;
 777   }
 778   Int_t * ndigits = new Int_t[fRowMax+1];
 779   Int_t lslice,lrow;
 780   Int_t zerosupval=AliHLTTPCTransform::GetZeroSup();
 781   Float_t xyz[3];
 782
 783   for(Int_t r=fRowMin;r<=fRowMax && r<fgkNRow;r++){
 784     Int_t n=fIndex[fSlice][r];
 785
 786     ndigits[r] = 0;
 787
 788     if(n!=-1){//data on that row
 789       fDigitsTree->GetEvent(n);
 790       fParam->AdjustSectorRow(fDigits->GetID(),sector,row);
 791       AliHLTTPCTransform::Sector2Slice(lslice,lrow,sector,row);
 792       //cout << lslice << " " << fSlice << " " << lrow << " " << r << " " << sector << " " << row << endl;
 793       if((lslice!=fSlice)||(lrow!=r)){
 794         LOG(AliHLTTPCLog::kError,"AliHLTTPCFileHandler::AliAltroDigits2Memory","Row")
 795           <<AliHLTTPCLog::kDec<<"Rows on slice " << fSlice << " dont match "<<lrow<<" "<<r<<ENDLOG;
 796         continue;
 797       }
 798
 799       fDigits->ExpandBuffer();
 800       fDigits->ExpandTrackBuffer();
 801       for(Int_t i=0; i<fDigits->GetNCols(); i++){
 802         for(Int_t j=0; j<fDigits->GetNRows(); j++){
 803           pad=i;
 804           time=j;
 805           dig = fDigits->GetDigitFast(time,pad);
 806           if(dig <= zerosupval) continue;
 807           if(dig >= AliHLTTPCTransform::GetADCSat())
 808             dig = AliHLTTPCTransform::GetADCSat();
 809
 810           //Check for single timebins, and remove them because they are noise for sure.
 811           if(i>0 && i<fDigits->GetNCols()-1 && j>0 && j<fDigits->GetNRows()-1)
 812             if(fDigits->GetDigitFast(time,pad-1)<=zerosupval &&
 813                fDigits->GetDigitFast(time-1,pad)<=zerosupval &&
 814                fDigits->GetDigitFast(time+1,pad)<=zerosupval &&
 815                fDigits->GetDigitFast(time,pad+1)<=zerosupval)
 816               continue;
 817
 818           //Boundaries:
 819           if(i==0) //pad==0
 820             {
 821               if(j < fDigits->GetNRows()-1 && j > 0)
 822                 {
 823                   if(fDigits->GetDigitFast(time-1,pad)<=zerosupval &&
 824                      fDigits->GetDigitFast(time+1,pad)<=zerosupval &&
 825                      fDigits->GetDigitFast(time,pad+1)<=zerosupval)
 826                     continue;
 827                 }
 828               else if(j > 0)
 829                 {
 830                   if(fDigits->GetDigitFast(time-1,pad)<=zerosupval &&
 831                      fDigits->GetDigitFast(time,pad+1)<=zerosupval)
 832                     continue;
 833                 }
 834             }
 835           if(j==0)
 836             {
 837               if(i < fDigits->GetNCols()-1 && i > 0)
 838                 {
 839                   if(fDigits->GetDigitFast(time,pad-1)<=zerosupval &&
 840                      fDigits->GetDigitFast(time,pad+1)<=zerosupval &&
 841                      fDigits->GetDigitFast(time+1,pad)<=zerosupval)
 842                     continue;
 843                 }
 844               else if(i > 0)
 845                 {
 846                   if(fDigits->GetDigitFast(time,pad-1)<=zerosupval &&
 847                      fDigits->GetDigitFast(time+1,pad)<=zerosupval)
 848                     continue;
 849                 }
 850             }
 851
 852           if(i==fDigits->GetNCols()-1)
 853             {
 854               if(j>0 && j<fDigits->GetNRows()-1)
 855                 {
 856                   if(fDigits->GetDigitFast(time-1,pad)<=zerosupval &&
 857                      fDigits->GetDigitFast(time+1,pad)<=zerosupval &&
 858                      fDigits->GetDigitFast(time,pad-1)<=zerosupval)
 859                     continue;
 860                 }
 861               else if(j==0 && j<fDigits->GetNRows()-1)
 862                 {
 863                   if(fDigits->GetDigitFast(time+1,pad)<=zerosupval &&
 864                      fDigits->GetDigitFast(time,pad-1)<=zerosupval)
 865                     continue;
 866                 }
 867               else
 868                 {
 869                   if(fDigits->GetDigitFast(time-1,pad)<=zerosupval &&
 870                      fDigits->GetDigitFast(time,pad-1)<=zerosupval)
 871                     continue;
 872                 }
 873             }
 874
 875           if(j==fDigits->GetNRows()-1)
 876             {
 877               if(i>0 && i<fDigits->GetNCols()-1)
 878                 {
 879                   if(fDigits->GetDigitFast(time,pad-1)<=zerosupval &&
 880                      fDigits->GetDigitFast(time,pad+1)<=zerosupval &&
 881                      fDigits->GetDigitFast(time-1,pad)<=zerosupval)
 882                     continue;
 883                 }
 884               else if(i==0 && fDigits->GetNCols()-1)
 885                 {
 886                   if(fDigits->GetDigitFast(time,pad+1)<=zerosupval &&
 887                      fDigits->GetDigitFast(time-1,pad)<=zerosupval)
 888                     continue;
 889                 }
 890               else
 891                 {
 892                   if(fDigits->GetDigitFast(time,pad-1)<=zerosupval &&
 893                      fDigits->GetDigitFast(time-1,pad)<=zerosupval)
 894                     continue;
 895                 }
 896             }
 897
 898           AliHLTTPCTransform::Raw2Local(xyz,sector,row,pad,time);
 899           //      if(fParam->GetPadRowRadii(sector,row)<230./250.*fabs(xyz[2]))
 900           //      continue;
 901
 902           ndigits[lrow]++; //for this row only
 903           ndigitcount++;   //total number of digits to be published
 904         }
 905       }
 906     }
 907     nrows++;
 908   }
 909
 910   Int_t size = sizeof(AliHLTTPCDigitData)*ndigitcount
 911     + nrows*sizeof(AliHLTTPCDigitRowData);
 912
 913   LOG(AliHLTTPCLog::kDebug,"AliHLTTPCFileHandler::AliAltroDigits2Memory","Digits")
 914     <<AliHLTTPCLog::kDec<<"Found "<<ndigitcount<<" Digits"<<ENDLOG;
 915
 916   data=(AliHLTTPCDigitRowData*) Allocate(size);
 917   nrow = (UInt_t)nrows;
 918   AliHLTTPCDigitRowData *tempPt = data;
 919
 920   for(Int_t r=fRowMin;r<=fRowMax;r++){
 921     Int_t n=fIndex[fSlice][r];
 922     tempPt->fRow = r;
 923     tempPt->fNDigit = 0;
 924     if(n!=-1){ //no data on that row
 925       fDigitsTree->GetEvent(n);
 926       fParam->AdjustSectorRow(fDigits->GetID(),sector,row);
 927       AliHLTTPCTransform::Sector2Slice(lslice,lrow,sector,row);
 928
 929       if(lrow!=r){
 930         LOG(AliHLTTPCLog::kError,"AliHLTTPCFileHandler::AliAltroDigits2Memory","Row")
 931           <<AliHLTTPCLog::kDec<<"Rows on slice " << fSlice << " dont match "<<lrow<<" "<<r<<ENDLOG;
 932         continue;
 933       }
 934
 935       tempPt->fNDigit = ndigits[lrow];
 936
 937       Int_t localcount=0;
 938       fDigits->ExpandBuffer();
 939       fDigits->ExpandTrackBuffer();
 940       for(Int_t i=0; i<fDigits->GetNCols(); i++){
 941         for(Int_t j=0; j<fDigits->GetNRows(); j++){
 942           pad=i;
 943           time=j;
 944           dig = fDigits->GetDigitFast(time,pad);
 945           if(dig <= zerosupval) continue;
 946           if(dig >= AliHLTTPCTransform::GetADCSat())
 947             dig = AliHLTTPCTransform::GetADCSat();
 948
 949           //Check for single timebins, and remove them because they are noise for sure.
 950           if(i>0 && i<fDigits->GetNCols()-1 && j>0 && j<fDigits->GetNRows()-1)
 951             if(fDigits->GetDigitFast(time,pad-1)<=zerosupval &&
 952                fDigits->GetDigitFast(time-1,pad)<=zerosupval &&
 953                fDigits->GetDigitFast(time+1,pad)<=zerosupval &&
 954                fDigits->GetDigitFast(time,pad+1)<=zerosupval)
 955               continue;
 956
 957           //Boundaries:
 958           if(i==0) //pad ==0
 959             {
 960               if(j < fDigits->GetNRows()-1 && j > 0)
 961                 {
 962                   if(fDigits->GetDigitFast(time-1,pad)<=zerosupval &&
 963                      fDigits->GetDigitFast(time+1,pad)<=zerosupval &&
 964                      fDigits->GetDigitFast(time,pad+1)<=zerosupval)
 965                     continue;
 966                 }
 967               else if(j > 0)
 968                 {
 969                   if(fDigits->GetDigitFast(time-1,pad)<=zerosupval &&
 970                      fDigits->GetDigitFast(time,pad+1)<=zerosupval)
 971                     continue;
 972                 }
 973             }
 974           if(j==0)
 975             {
 976               if(i < fDigits->GetNCols()-1 && i > 0)
 977                 {
 978                   if(fDigits->GetDigitFast(time,pad-1)<=zerosupval &&
 979                      fDigits->GetDigitFast(time,pad+1)<=zerosupval &&
 980                      fDigits->GetDigitFast(time+1,pad)<=zerosupval)
 981                     continue;
 982                 }
 983               else if(i > 0)
 984                 {
 985                   if(fDigits->GetDigitFast(time,pad-1)<=zerosupval &&
 986                      fDigits->GetDigitFast(time+1,pad)<=zerosupval)
 987                     continue;
 988                 }
 989             }
 990
 991           if(i == fDigits->GetNCols()-1)
 992             {
 993               if(j>0 && j<fDigits->GetNRows()-1)
 994                 {
 995                   if(fDigits->GetDigitFast(time-1,pad)<=zerosupval &&
 996                      fDigits->GetDigitFast(time+1,pad)<=zerosupval &&
 997                      fDigits->GetDigitFast(time,pad-1)<=zerosupval)
 998                     continue;
 999                 }
1000               else if(j==0 && j<fDigits->GetNRows()-1)
1001                 {
1002                   if(fDigits->GetDigitFast(time+1,pad)<=zerosupval &&
1003                      fDigits->GetDigitFast(time,pad-1)<=zerosupval)
1004                     continue;
1005                 }
1006               else
1007                 {
1008                   if(fDigits->GetDigitFast(time-1,pad)<=zerosupval &&
1009                      fDigits->GetDigitFast(time,pad-1)<=zerosupval)
1010                     continue;
1011                 }
1012             }
1013           if(j==fDigits->GetNRows()-1)
1014             {
1015               if(i>0 && i<fDigits->GetNCols()-1)
1016                 {
1017                   if(fDigits->GetDigitFast(time,pad-1)<=zerosupval &&
1018                      fDigits->GetDigitFast(time,pad+1)<=zerosupval &&
1019                      fDigits->GetDigitFast(time-1,pad)<=zerosupval)
1020                     continue;
1021                 }
1022               else if(i==0 && fDigits->GetNCols()-1)
1023                 {
1024                   if(fDigits->GetDigitFast(time,pad+1)<=zerosupval &&
1025                      fDigits->GetDigitFast(time-1,pad)<=zerosupval)
1026                     continue;
1027                 }
1028               else
1029                 {
1030                   if(fDigits->GetDigitFast(time,pad-1)<=zerosupval &&
1031                      fDigits->GetDigitFast(time-1,pad)<=zerosupval)
1032                     continue;
1033                 }
1034             }
1035
1036           AliHLTTPCTransform::Raw2Local(xyz,sector,row,pad,time);
1037           //      if(fParam->GetPadRowRadii(sector,row)<230./250.*fabs(xyz[2]))
1038           //        continue;
1039
1040           if(localcount >= ndigits[lrow])
1041             LOG(AliHLTTPCLog::kFatal,"AliHLTTPCFileHandler::AliAltroDigits2Binary","Memory")
1042               <<AliHLTTPCLog::kDec<<"Mismatch: localcount "<<localcount<<" ndigits "
1043               <<ndigits[lrow]<<ENDLOG;
1044
1045           tempPt->fDigitData[localcount].fCharge=dig;
1046           tempPt->fDigitData[localcount].fPad=pad;
1047           tempPt->fDigitData[localcount].fTime=time;
1048           tempPt->fDigitData[localcount].fTrackID[0] = (fDigits->GetTrackIDFast(time,pad,0)-2);
1049           tempPt->fDigitData[localcount].fTrackID[1] = (fDigits->GetTrackIDFast(time,pad,1)-2);
1050           tempPt->fDigitData[localcount].fTrackID[2] = (fDigits->GetTrackIDFast(time,pad,2)-2);
1051           if(eventmerge == kTRUE) //careful track mc info will be touched
1052             {//Event are going to be merged, so event number is stored in the upper 10 bits.
1053               tempPt->fDigitData[localcount].fTrackID[0] += 128; //leave some room
1054               tempPt->fDigitData[localcount].fTrackID[1] += 128; //for neg. numbers
1055               tempPt->fDigitData[localcount].fTrackID[2] += 128;
1056               tempPt->fDigitData[localcount].fTrackID[0] += ((event&0x3ff)<<22);
1057               tempPt->fDigitData[localcount].fTrackID[1] += ((event&0x3ff)<<22);
1058               tempPt->fDigitData[localcount].fTrackID[2] += ((event&0x3ff)<<22);
1059             }
1060           localcount++;
1061         }
1062       }
1063     }
1064     Byte_t *tmp = (Byte_t*)tempPt;
1065     tmp += sizeof(AliHLTTPCDigitRowData)
1066       + ndigits[r]*sizeof(AliHLTTPCDigitData);
1067     tempPt = (AliHLTTPCDigitRowData*)tmp;
1068   }
1069   delete [] ndigits;
1070   return data;
1071 }
1072
1073 Bool_t AliHLTTPCFileHandler::GetDigitsTree(Int_t event)
1074 {
1075   //Connects to the TPC digit tree in the AliROOT file.
1076   AliLoader* tpcLoader = fInAli->GetLoader("TPCLoader");
1077   if(!tpcLoader){
1078     LOG(AliHLTTPCLog::kWarning,"AliHLTTPCFileHandler::GetDigitsTree","File")
1079     <<"Pointer to AliLoader for TPC = 0x0 "<<ENDLOG;
1080     return kFALSE;
1081   }
1082   fInAli->GetEvent(event);
1083   tpcLoader->LoadDigits();
1084   fDigitsTree = tpcLoader->TreeD();
1085   if(!fDigitsTree)
1086     {
1087       LOG(AliHLTTPCLog::kError,"AliHLTTPCFileHandler::GetDigitsTree","Digits Tree")
1088         <<AliHLTTPCLog::kHex<<"Error getting digitstree "<<(void*)fDigitsTree<<ENDLOG;
1089       return kFALSE;
1090     }
1091   fDigitsTree->GetBranch("Segment")->SetAddress(&fDigits);
1092
1093   if(!fIndexCreated) return CreateIndex();
1094   else return kTRUE;
1095 }
1096
1097 void AliHLTTPCFileHandler::AliDigits2RootFile(AliHLTTPCDigitRowData *rowPt,Char_t *newDigitsfile)
1098 {
1099   //Write the data stored in rowPt, into a new AliROOT file.
1100   //The data is stored in the AliROOT format
1101   //This is specially a nice thing if you have modified data, and wants to run it
1102   //through the offline reconstruction chain.
1103   //The arguments is a pointer to the data, and the name of the new AliROOT file.
1104   //Remember to pass the original AliROOT file (the one that contains the original
1105   //simulated data) to this object, in order to retrieve the MC id's of the digits.
1106
1107   if(!fInAli)
1108     {
1109       LOG(AliHLTTPCLog::kError,"AliHLTTPCFileHandler::AliDigits2RootFile","File")
1110         <<"No rootfile "<<ENDLOG;
1111       return;
1112     }
1113   if(!fParam)
1114     {
1115       LOG(AliHLTTPCLog::kError,"AliHLTTPCFileHandler::AliDigits2RootFile","File")
1116         <<"No parameter object. Run on rootfile "<<ENDLOG;
1117       return;
1118     }
1119
1120   //Get the original digitstree:
1121   AliLoader* tpcLoader = fInAli->GetLoader("TPCLoader");
1122   if(!tpcLoader){
1123     LOG(AliHLTTPCLog::kWarning,"AliHLTTPCFileHandler::AliDigits2RootFile","File")
1124     <<"Pointer to AliLoader for TPC = 0x0 "<<ENDLOG;
1125     return;
1126   }
1127   tpcLoader->LoadDigits();
1128   TTree *treeD=tpcLoader->TreeD();
1129
1130   AliTPCDigitsArray *oldArray = new AliTPCDigitsArray();
1131   oldArray->Setup(fParam);
1132   oldArray->SetClass("AliSimDigits");
1133
1134   Bool_t ok = oldArray->ConnectTree(treeD);
1135   if(!ok)
1136     {
1137       LOG(AliHLTTPCLog::kError,"AliHLTTPCFileHandler::AliDigits2RootFile","File")
1138         << "No digits tree object" << ENDLOG;
1139       return;
1140     }
1141
1142   tpcLoader->SetDigitsFileName(newDigitsfile);
1143   tpcLoader->MakeDigitsContainer();
1144
1145   //setup a new one, or connect it to the existing one:
1146   AliTPCDigitsArray *arr = new AliTPCDigitsArray();
1147   arr->SetClass("AliSimDigits");
1148   arr->Setup(fParam);
1149   arr->MakeTree(tpcLoader->TreeD());
1150
1151   Int_t digcounter=0,trackID[3];
1152
1153   for(Int_t i=fRowMin; i<=fRowMax; i++)
1154     {
1155
1156       if((Int_t)rowPt->fRow != i)
1157         LOG(AliHLTTPCLog::kWarning,"AliHLTTPCFileHandler::AliDigits2RootFile","Data")
1158           <<"Mismatching row numbering "<<(Int_t)rowPt->fRow<<" "<<i<<ENDLOG;
1159
1160       Int_t sector,row;
1161       AliHLTTPCTransform::Slice2Sector(fSlice,i,sector,row);
1162
1163       AliSimDigits *oldDig = (AliSimDigits*)oldArray->LoadRow(sector,row);
1164       AliSimDigits * dig = (AliSimDigits*)arr->CreateRow(sector,row);
1165       oldDig->ExpandBuffer();
1166       oldDig->ExpandTrackBuffer();
1167       dig->ExpandBuffer();
1168       dig->ExpandTrackBuffer();
1169
1170       if(!oldDig)
1171         LOG(AliHLTTPCLog::kWarning,"AliHLTTPCFileHandler::AliDigits2RootFile","Data")
1172           <<"No padrow " << sector << " " << row <<ENDLOG;
1173
1174       AliHLTTPCDigitData *digPt = rowPt->fDigitData;
1175       digcounter=0;
1176       for(UInt_t j=0; j<rowPt->fNDigit; j++)
1177         {
1178           Short_t charge = (Short_t)digPt[j].fCharge;
1179           Int_t pad = (Int_t)digPt[j].fPad;
1180           Int_t time = (Int_t)digPt[j].fTime;
1181
1182           if(charge == 0) //Only write the digits that has not been removed
1183             {
1184               LOG(AliHLTTPCLog::kWarning,"AliHLTTPCFileHandler::AliDigits2RootFile","Data")
1185                 <<"Zero charge" <<ENDLOG;
1186               continue;
1187             }
1188
1189           digcounter++;
1190
1191           //Tricks to get and set the correct track id's.
1192           for(Int_t track=0; track<3; track++)
1193             {
1194               Int_t label = oldDig->GetTrackIDFast(time,pad,track);
1195               if(label > 1)
1196                 trackID[track] = label - 2;
1197               else if(label==0)
1198                 trackID[track] = -2;
1199               else
1200                 trackID[track] = -1;
1201             }
1202
1203           dig->SetDigitFast(charge,time,pad);
1204
1205           for(Int_t track=0; track<3; track++)
1206             ((AliSimDigits*)dig)->SetTrackIDFast(trackID[track],time,pad,track);
1207
1208         }
1209       //cout<<"Wrote "<<digcounter<<" on row "<<i<<endl;
1210       UpdateRowPointer(rowPt);
1211       arr->StoreRow(sector,row);
1212       arr->ClearRow(sector,row);
1213       oldArray->ClearRow(sector,row);
1214     }
1215
1216   char treeName[100];
1217   sprintf(treeName,"TreeD_%s_0",fParam->GetTitle());
1218
1219   arr->GetTree()->SetName(treeName);
1220   arr->GetTree()->AutoSave();
1221   tpcLoader->WriteDigits("OVERWRITE");
1222   delete arr;
1223   delete oldArray;
1224 }
1225
1226 ///////////////////////////////////////// Point IO
1227 Bool_t AliHLTTPCFileHandler::AliPoints2Binary(Int_t eventn)
1228 {
1229   //points to binary
1230   Bool_t out = kTRUE;
1231   UInt_t npoint;
1232   AliHLTTPCSpacePointData *data = AliPoints2Memory(npoint,eventn);
1233   out = Memory2Binary(npoint,data);
1234   Free();
1235   return out;
1236 }
1237
1238 AliHLTTPCSpacePointData * AliHLTTPCFileHandler::AliPoints2Memory(UInt_t & npoint,Int_t eventn)
1239 {
1240   //points to memory
1241   AliHLTTPCSpacePointData *data = 0;
1242   npoint=0;
1243   if(!fInAli){
1244     LOG(AliHLTTPCLog::kWarning,"AliHLTTPCFileHandler::AliPoints2Memory","File")
1245     <<"No Input avalible: no object fInAli"<<ENDLOG;
1246     return 0;
1247   }
1248
1249   TDirectory *savedir = gDirectory;
1250   AliLoader* tpcLoader = fInAli->GetLoader("TPCLoader");
1251   if(!tpcLoader){
1252     LOG(AliHLTTPCLog::kWarning,"AliHLTTPCFileHandler::AliPoints2Memory","File")
1253     <<"Pointer to AliLoader for TPC = 0x0 "<<ENDLOG;
1254     return 0;
1255   }
1256   fInAli->GetEvent(eventn);
1257   tpcLoader->LoadRecPoints();
1258
1259   AliTPCClustersArray carray;
1260   carray.Setup(fParam);
1261   carray.SetClusterType("AliTPCcluster");
1262   Bool_t clusterok = carray.ConnectTree(tpcLoader->TreeR());
1263
1264   if(!clusterok) return 0;
1265
1266   AliTPCClustersRow ** clusterrow =
1267                new AliTPCClustersRow*[ (int)carray.GetTree()->GetEntries()];
1268   Int_t *rows = new int[ (int)carray.GetTree()->GetEntries()];
1269   Int_t *sects = new int[  (int)carray.GetTree()->GetEntries()];
1270   Int_t sum=0;
1271
1272   Int_t lslice,lrow;
1273   for(Int_t i=0; i<carray.GetTree()->GetEntries(); i++){
1274     AliSegmentID *s = carray.LoadEntry(i);
1275     Int_t sector,row;
1276     fParam->AdjustSectorRow(s->GetID(),sector,row);
1277     rows[i] = row;
1278     sects[i] = sector;
1279     clusterrow[i] = 0;
1280     AliHLTTPCTransform::Sector2Slice(lslice,lrow,sector,row);
1281     if(fSlice != lslice || lrow<fRowMin || lrow>fRowMax) continue;
1282     clusterrow[i] = carray.GetRow(sector,row);
1283     if(clusterrow[i])
1284       sum+=clusterrow[i]->GetArray()->GetEntriesFast();
1285   }
1286   UInt_t size = sum*sizeof(AliHLTTPCSpacePointData);
1287
1288   LOG(AliHLTTPCLog::kDebug,"AliHLTTPCFileHandler::AliPoints2Memory","File")
1289   <<AliHLTTPCLog::kDec<<"Found "<<sum<<" SpacePoints"<<ENDLOG;
1290
1291   data = (AliHLTTPCSpacePointData *) Allocate(size);
1292   npoint = sum;
1293   UInt_t n=0;
1294   Int_t pat=fPatch;
1295   if(fPatch==-1)
1296     pat=0;
1297   for(Int_t i=0; i<carray.GetTree()->GetEntries(); i++){
1298     if(!clusterrow[i]) continue;
1299     Int_t row = rows[i];
1300     Int_t sector = sects[i];
1301     AliHLTTPCTransform::Sector2Slice(lslice,lrow,sector,row);
1302     Int_t entriesInRow = clusterrow[i]->GetArray()->GetEntriesFast();
1303     for(Int_t j = 0;j<entriesInRow;j++){
1304       AliTPCcluster *c = (AliTPCcluster*)(*clusterrow[i])[j];
1305       data[n].fZ = c->GetZ();
1306       data[n].fY = c->GetY();
1307       data[n].fX = fParam->GetPadRowRadii(sector,row);
1308       data[n].fCharge = (UInt_t)c->GetQ();
1309       data[n].fID = n+((fSlice&0x7f)<<25)+((pat&0x7)<<22);//uli
1310       data[n].fPadRow = lrow;
1311       data[n].fSigmaY2 = c->GetSigmaY2();
1312       data[n].fSigmaZ2 = c->GetSigmaZ2();
1313 #ifdef do_mc
1314       data[n].fTrackID[0] = c->GetLabel(0);
1315       data[n].fTrackID[1] = c->GetLabel(1);
1316       data[n].fTrackID[2] = c->GetLabel(2);
1317 #endif
1318       if(fMC) fprintf(fMC,"%d %d\n",data[n].fID,c->GetLabel(0));
1319       n++;
1320     }
1321   }
1322   for(Int_t i=0;i<carray.GetTree()->GetEntries();i++){
1323     Int_t row = rows[i];
1324     Int_t sector = sects[i];
1325     if(carray.GetRow(sector,row))
1326       carray.ClearRow(sector,row);
1327   }
1328
1329   delete [] clusterrow;
1330   delete [] rows;
1331   delete [] sects;
1332   savedir->cd();
1333
1334   return data;
1335 }
1336