HLT/TPCLib/comp/AliHLTTPCDataCompressionComponent.cxx

   1 // $Id$
   2 //**************************************************************************
   3 //* This file is property of and copyright by the                          *
   4 //* ALICE Experiment at CERN, All rights reserved.                         *
   5 //*                                                                        *
   6 //* Primary Authors: Matthias Richter <Matthias.Richter@ift.uib.no>        *
   7 //*                  for The ALICE HLT Project.                            *
   8 //*                                                                        *
   9 //* Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
  10 //* documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
  11 //* without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  12 //* copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  13 //* appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  14 //* about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  15 //* provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  16 //**************************************************************************
  17
  18 /// @file   AliHLTTPCDataCompressionComponent.cxx
  19 /// @author Matthias Richter
  20 /// @date   2011-08-08
  21 /// @brief  TPC component for data compression
  22 ///
  23
  24 #include "AliHLTTPCDataCompressionComponent.h"
  25 #include "AliHLTTPCDefinitions.h"
  26 #include "AliHLTTPCTrackGeometry.h"
  27 #include "AliHLTTPCSpacePointContainer.h"
  28 #include "AliHLTTPCHWCFSpacePointContainer.h"
  29 #include "AliHLTGlobalBarrelTrack.h"
  30 #include "AliHLTComponentBenchmark.h"
  31 #include "AliHLTDataDeflaterSimple.h"
  32 #include "AliHLTDataDeflaterHuffman.h"
  33 #include "AliHLTTPCTransform.h"
  34 #include "AliHLTTPCClusterMCData.h"
  35 #include "AliHLTTPCClusterTransformation.h"
  36 #include "AliHLTErrorGuard.h"
  37 #include "AliRawDataHeader.h"
  38 #include "AliCDBManager.h"
  39 #include "AliCDBPath.h"
  40 #include "AliCDBId.h"
  41 #include "AliCDBMetaData.h"
  42 #include "AliCDBEntry.h"
  43 #include "TH1F.h"
  44 #include "TFile.h"
  45 #include <memory>
  46
  47 ClassImp(AliHLTTPCDataCompressionComponent)
  48
  49 AliHLTTPCDataCompressionComponent::AliHLTTPCDataCompressionComponent()
  50   : AliHLTProcessor()
  51   , fMode(0)
  52   , fDeflaterMode(0)
  53   , fVerificationMode(0)
  54   , fMaxDeltaPad(AliHLTTPCDefinitions::GetMaxClusterDeltaPad())
  55   , fMaxDeltaTime(AliHLTTPCDefinitions::GetMaxClusterDeltaTime())
  56   , fRawInputClusters(NULL)
  57   , fInputClusters(NULL)
  58   , fTrackGrid(NULL)
  59   , fSpacePointGrid(NULL)
  60   , fpDataDeflater(NULL)
  61   , fHistoCompFactor(NULL)
  62   , fHistoResidualPad(NULL)
  63   , fHistoResidualTime(NULL)
  64   , fHistoClustersOnTracks(NULL)
  65   , fHistoClusterRatio(NULL)
  66   , fHistoTrackClusterRatio(NULL)
  67   , fHistogramFile()
  68   , fTrainingTableOutput()
  69   , fpBenchmark(NULL)
  70   , fpWrittenAssociatedClusterIds(NULL)
  71   , fDriftTimeFactorA(1.)
  72   , fDriftTimeOffsetA(0.)
  73   , fDriftTimeFactorC(1.)
  74   , fDriftTimeOffsetC(0.)
  75   , fVerbosity(0)
  76 {
  77 }
  78
  79 AliHLTTPCDataCompressionComponent::~AliHLTTPCDataCompressionComponent()
  80 {
  81   /// destructor
  82   if (fpWrittenAssociatedClusterIds) delete fpWrittenAssociatedClusterIds;
  83 }
  84
  85
  86 const char* AliHLTTPCDataCompressionComponent::GetComponentID()
  87 {
  88   /// inherited from AliHLTComponent: id of the component
  89   return "TPCDataCompressor";
  90 }
  91
  92
  93 void AliHLTTPCDataCompressionComponent::GetInputDataTypes( AliHLTComponentDataTypeList& tgtList)
  94 {
  95   /// inherited from AliHLTComponent: list of data types in the vector reference
  96   tgtList.clear();
  97   tgtList.push_back(AliHLTTPCDefinitions::HWClustersDataType());
  98   tgtList.push_back(AliHLTTPCDefinitions::ClustersDataType());
  99   tgtList.push_back(kAliHLTDataTypeTrack|kAliHLTDataOriginTPC);
 100 }
 101
 102 AliHLTComponentDataType AliHLTTPCDataCompressionComponent::GetOutputDataType()
 103 {
 104   /// inherited from AliHLTComponent: output data type of the component.
 105   return kAliHLTMultipleDataType;
 106 }
 107
 108 int AliHLTTPCDataCompressionComponent::GetOutputDataTypes(AliHLTComponentDataTypeList& tgtList)
 109 {
 110   /// inherited from AliHLTComponent: multiple output data types of the component.
 111   tgtList.clear();
 112   tgtList.push_back(AliHLTTPCDefinitions::RawClustersDataType());
 113   tgtList.push_back(AliHLTTPCDefinitions::RemainingClustersCompressedDataType());
 114   tgtList.push_back(AliHLTTPCDefinitions::RemainingClusterIdsDataType());
 115   tgtList.push_back(AliHLTTPCDefinitions::ClusterTracksCompressedDataType());
 116   tgtList.push_back(AliHLTTPCDefinitions::ClusterIdTracksDataType());
 117   return tgtList.size();
 118 }
 119
 120 void AliHLTTPCDataCompressionComponent::GetOutputDataSize( unsigned long& constBase, double& inputMultiplier )
 121 {
 122   /// inherited from AliHLTComponent: output data size estimator
 123   constBase=0;
 124   inputMultiplier=1.;  // there should not be more data than input
 125   inputMultiplier+=.3; // slightly more data when using the old HWCF data with 20 Byte and raw clusters 22 Byte
 126   if (fpWrittenAssociatedClusterIds) inputMultiplier+=.3; // space for optional cluster id array
 127 }
 128
 129 AliHLTComponent* AliHLTTPCDataCompressionComponent::Spawn()
 130 {
 131   /// inherited from AliHLTComponent: spawn function.
 132   return new AliHLTTPCDataCompressionComponent;
 133 }
 134
 135 void AliHLTTPCDataCompressionComponent::GetOCDBObjectDescription(TMap* const targetMap)
 136 {
 137   /// Get a list of OCDB object needed for the particular component
 138   if (!targetMap) return;
 139
 140   targetMap->Add(new TObjString("HLT/ConfigTPC/TPCDataCompressor"),
 141                  new TObjString("component arguments"));
 142   if (fDeflaterMode==2) {
 143     targetMap->Add(new TObjString("HLT/ConfigTPC/TPCDataCompressorHuffmanTables"),
 144                    new TObjString("huffman tables for deflater mode 2"));
 145   }
 146 }
 147
 148 int AliHLTTPCDataCompressionComponent::DoEvent( const AliHLTComponentEventData& /*evtData*/,
 149                                                 const AliHLTComponentBlockData* /*inputBlocks*/,
 150                                                 AliHLTComponentTriggerData& /*trigData*/,
 151                                                 AliHLTUInt8_t* outputPtr,
 152                                                 AliHLTUInt32_t& size,
 153                                                 AliHLTComponentBlockDataList& outputBlocks )
 154 {
 155   /// inherited from AliHLTProcessor: data processing
 156   int iResult=0;
 157   AliHLTUInt32_t capacity=size;
 158   size=0;
 159
 160   if (!IsDataEvent()) return 0;
 161
 162   if (!fRawInputClusters) {
 163     return -ENODEV;
 164   }
 165
 166   if (GetBenchmarkInstance()) {
 167     GetBenchmarkInstance()->StartNewEvent();
 168     GetBenchmarkInstance()->Start(0);
 169   }
 170
 171   // Process an event
 172   // Loop over all input blocks in the event
 173   bool bHaveMC=(GetFirstInputBlock(AliHLTTPCDefinitions::fgkAliHLTDataTypeClusterMCInfo | kAliHLTDataOriginTPC))!=NULL;
 174   if ((bHaveMC || fVerificationMode>0) && fpWrittenAssociatedClusterIds==NULL) {
 175     fpWrittenAssociatedClusterIds=new vector<AliHLTUInt32_t>;
 176   }
 177
 178   const AliHLTComponentBlockData* pDesc=NULL;
 179
 180   AliHLTUInt8_t minSlice=0xFF, maxSlice=0xFF, minPatch=0xFF, maxPatch=0xFF;
 181   AliHLTUInt32_t inputRawClusterSize=0;
 182   AliHLTUInt32_t outputDataSize=0;
 183   int allClusters=0;
 184   int associatedClusters=0;
 185   float bz=GetBz();
 186
 187   /// input track array
 188   vector<AliHLTGlobalBarrelTrack> inputTrackArray;
 189
 190   if (GetBenchmarkInstance()) {
 191     GetBenchmarkInstance()->Start(2);
 192   }
 193
 194   // transformed clusters
 195   if (fMode==10) { // FIXME: condition to be adjusted
 196     for (pDesc=GetFirstInputBlock(AliHLTTPCDefinitions::fgkClustersDataType);
 197          pDesc!=NULL; pDesc=GetNextInputBlock()) {
 198       if (GetBenchmarkInstance()) {
 199         GetBenchmarkInstance()->AddInput(pDesc->fSize);
 200       }
 201       AliHLTUInt8_t slice = 0;
 202       AliHLTUInt8_t patch = 0;
 203       slice = AliHLTTPCDefinitions::GetMinSliceNr( pDesc->fSpecification );
 204       patch = AliHLTTPCDefinitions::GetMinPatchNr( pDesc->fSpecification );
 205       if ( minSlice==0xFF || slice<minSlice )   minSlice = slice;
 206       if ( maxSlice==0xFF || slice>maxSlice )   maxSlice = slice;
 207       if ( minPatch==0xFF || patch<minPatch )   minPatch = patch;
 208       if ( maxPatch==0xFF || patch>maxPatch )   maxPatch = patch;
 209       if (fInputClusters) {
 210         fInputClusters->AddInputBlock(pDesc);
 211       }
 212     }
 213     if (GetBenchmarkInstance()) {
 214       GetBenchmarkInstance()->Stop(2);
 215       GetBenchmarkInstance()->Start(3);
 216     }
 217   }
 218
 219   vector<int> trackindexmap; // stores index for every track id
 220
 221   // track data input
 222   if (fMode==2 || fMode==4) {
 223     for (pDesc=GetFirstInputBlock(kAliHLTDataTypeTrack|kAliHLTDataOriginTPC);
 224          pDesc!=NULL; pDesc=GetNextInputBlock()) {
 225       if (GetBenchmarkInstance()) {
 226         GetBenchmarkInstance()->AddInput(pDesc->fSize);
 227       }
 228       AliHLTUInt8_t slice = 0;
 229       AliHLTUInt8_t patch = 0;
 230       slice = AliHLTTPCDefinitions::GetMinSliceNr( pDesc->fSpecification );
 231       patch = AliHLTTPCDefinitions::GetMinPatchNr( pDesc->fSpecification );
 232       if ( minSlice==0xFF || slice<minSlice )   minSlice = slice;
 233       if ( maxSlice==0xFF || slice>maxSlice )   maxSlice = slice;
 234       if ( minPatch==0xFF || patch<minPatch )   minPatch = patch;
 235       if ( maxPatch==0xFF || patch>maxPatch )   maxPatch = patch;
 236       const AliHLTTracksData* pTracks=reinterpret_cast<const AliHLTTracksData*>(pDesc->fPtr);
 237       if ((iResult=AliHLTGlobalBarrelTrack::ConvertTrackDataArray(pTracks, pDesc->fSize, inputTrackArray))<0) {
 238         return iResult;
 239       }
 240       trackindexmap.resize(inputTrackArray.size(), -1);
 241     }
 242   }
 243
 244   if (GetBenchmarkInstance()) {
 245     GetBenchmarkInstance()->Stop(3);
 246     GetBenchmarkInstance()->Start(4);
 247   }
 248
 249   // processing
 250   int trackindex=0;
 251   for (vector<AliHLTGlobalBarrelTrack>::iterator track=inputTrackArray.begin();
 252        track!=inputTrackArray.end();
 253        track++, trackindex++) {
 254     int trackID=track->GetID();
 255     if (trackID<0) {
 256       // FIXME: error guard
 257       HLTError("invalid track ID");
 258       continue;
 259     }
 260     if (trackID>=(int)trackindexmap.size())
 261       trackindexmap.resize(trackID+1, -1);
 262     trackindexmap[trackID]=trackindex;
 263
 264     if (fVerbosity>0) {
 265       UInt_t nofPoints=track->GetNumberOfPoints();
 266       const UInt_t* points=track->GetPoints();
 267       for (unsigned i=0; i<nofPoints; i++) {
 268         int slice=AliHLTTPCSpacePointData::GetSlice(points[i]);
 269         int partition=AliHLTTPCSpacePointData::GetPatch(points[i]);
 270         int number=AliHLTTPCSpacePointData::GetNumber(points[i]);
 271         HLTInfo("track %d point %d id 0x%08x slice %d partition %d number %d", track->GetID(), i, points[i], slice, partition, number);
 272       }
 273     }
 274
 275     AliHLTTPCTrackGeometry* trackpoints=new AliHLTTPCTrackGeometry;
 276     if (!trackpoints) continue;
 277     HLTDebug("track %d id %d:", trackindex, trackID);
 278
 279     // in order to avoid rounding errors the track points are
 280     // calculated in exactly the same way as in the decoding
 281     // Thats why the track instance can not be used directly
 282     // but a new instance is created from the values in the
 283     // storage format.
 284     // think about moving that to some common code used by
 285     // both compression and decoding
 286     AliHLTExternalTrackParam param;
 287     memset(&param, 0, sizeof(param));
 288     float alpha=track->GetAlpha();
 289     while (alpha<0.) alpha+=TMath::TwoPi();
 290     while (alpha>TMath::TwoPi()) alpha-=TMath::TwoPi();
 291     AliHLTUInt8_t tSlice=AliHLTUInt8_t(9*alpha/TMath::Pi());
 292     param.fAlpha   =( tSlice + 0.5 ) * TMath::Pi() / 9.0;
 293     if (param.fAlpha>TMath::TwoPi()) param.fAlpha-=TMath::TwoPi();
 294     param.fX       = track->GetX();
 295     param.fY       = track->GetY();
 296     param.fZ       = track->GetZ();
 297     param.fSinPsi  = track->GetSnp();
 298     param.fTgl     = track->GetTgl();
 299     param.fq1Pt    = track->GetSigned1Pt();
 300     AliHLTGlobalBarrelTrack ctrack(param);
 301     ctrack.CalculateHelixParams(bz);
 302     trackpoints->InitDriftTimeTransformation(fDriftTimeFactorA, fDriftTimeOffsetA, fDriftTimeFactorC, fDriftTimeOffsetC);
 303     trackpoints->SetTrackId(trackID);
 304     trackpoints->CalculateTrackPoints(ctrack);
 305     trackpoints->RegisterTrackPoints(fTrackGrid);
 306     track->SetTrackGeometry(trackpoints);
 307   }
 308
 309   for (vector<AliHLTGlobalBarrelTrack>::const_iterator track=inputTrackArray.begin();
 310        track!=inputTrackArray.end();
 311        track++) {
 312     AliHLTTrackGeometry* trackpoints=track->GetTrackGeometry();
 313     if (!trackpoints) continue;
 314     trackpoints->FillTrackPoints(fTrackGrid);
 315   }
 316   if (fVerbosity>0) {
 317     fTrackGrid->Print();
 318   }
 319
 320   if (GetBenchmarkInstance()) {
 321     GetBenchmarkInstance()->Stop(4);
 322     GetBenchmarkInstance()->Start(5);
 323   }
 324
 325   // loop over raw cluster blocks, assign to tracks and write
 326   // unassigned clusters
 327   for (pDesc=GetFirstInputBlock(AliHLTTPCDefinitions::fgkHWClustersDataType);
 328        pDesc!=NULL; pDesc=GetNextInputBlock()) {
 329     if (pDesc->fSize<=sizeof(AliRawDataHeader)) continue;
 330     if (GetBenchmarkInstance()) {
 331       GetBenchmarkInstance()->Start(1);
 332       GetBenchmarkInstance()->AddInput(pDesc->fSize);
 333     }
 334     AliHLTUInt8_t slice = 0;
 335     AliHLTUInt8_t patch = 0;
 336     slice = AliHLTTPCDefinitions::GetMinSliceNr( pDesc->fSpecification );
 337     patch = AliHLTTPCDefinitions::GetMinPatchNr( pDesc->fSpecification );
 338     if ( minSlice==0xFF || slice<minSlice )     minSlice = slice;
 339     if ( maxSlice==0xFF || slice>maxSlice )     maxSlice = slice;
 340     if ( minPatch==0xFF || patch<minPatch )     minPatch = patch;
 341     if ( maxPatch==0xFF || patch>maxPatch )     maxPatch = patch;
 342     inputRawClusterSize+=pDesc->fSize;
 343
 344     // add the data and populate the index grid
 345     fRawInputClusters->AddInputBlock(pDesc);
 346     fRawInputClusters->PopulateAccessGrid(fSpacePointGrid, pDesc->fSpecification);
 347     if (fVerbosity>0 && fSpacePointGrid->GetNumberOfSpacePoints()>0) {
 348       HLTInfo("index grid slice %d partition %d", slice, patch);
 349       fSpacePointGrid->Print();
 350       for (AliHLTSpacePointContainer::AliHLTSpacePointPropertyGrid::iterator& cl=fSpacePointGrid->begin();
 351            cl!=fSpacePointGrid->end(); cl++) {
 352         AliHLTUInt32_t id=cl.Data().fId;
 353         float row=fRawInputClusters->GetX(id);
 354         float pad=fRawInputClusters->GetY(id);
 355         float time=fRawInputClusters->GetZ(id);
 356         HLTInfo("    cluster id 0x%08x: row %f  pad %f  time %f", id, row, pad, time);
 357       }
 358     }
 359     if (GetBenchmarkInstance()) {
 360       GetBenchmarkInstance()->Stop(1);
 361       GetBenchmarkInstance()->Start(4);
 362     }
 363
 364     // process the clusters per padrow and check the track grid
 365     // for tracks crossing that particular padrow
 366     if (GetBenchmarkInstance()) {
 367       GetBenchmarkInstance()->Stop(4);
 368       GetBenchmarkInstance()->Start(5);
 369     }
 370     allClusters+=fSpacePointGrid->GetNumberOfSpacePoints();
 371     iResult=ProcessTrackClusters(&inputTrackArray[0], inputTrackArray.size(), fTrackGrid, trackindexmap, fSpacePointGrid, fRawInputClusters, slice, patch);
 372     int assignedInThisPartition=0;
 373     if (iResult>=0) {
 374       assignedInThisPartition=iResult;
 375       associatedClusters+=iResult;
 376     }
 377     iResult=ProcessRemainingClusters(&inputTrackArray[0], inputTrackArray.size(), fTrackGrid, trackindexmap, fSpacePointGrid, fRawInputClusters, slice, patch);
 378     if (iResult>=0) {
 379       if (fSpacePointGrid->GetNumberOfSpacePoints()>0) {
 380         if (fVerbosity>0) HLTInfo("associated %d (%d) of %d clusters in slice %d partition %d", iResult+assignedInThisPartition, assignedInThisPartition, fSpacePointGrid->GetNumberOfSpacePoints(), slice, patch);
 381       }
 382       associatedClusters+=iResult;
 383     }
 384
 385     // write all remaining clusters not yet assigned to tracks
 386     // the index grid is used to write sorted in padrow
 387     // FIXME: decoder index instead of data specification to be used
 388     // use an external access grid to reduce allocated memory
 389     // set to NULL after writing the clusters
 390     const char* writeoptions="";
 391     if (fpWrittenAssociatedClusterIds) {
 392       writeoptions="write-cluster-ids";
 393     }
 394     fRawInputClusters->SetSpacePointPropertyGrid(pDesc->fSpecification, fSpacePointGrid);
 395     iResult=fRawInputClusters->Write(outputPtr+size, capacity-size, outputBlocks, fpDataDeflater, writeoptions);
 396     fRawInputClusters->SetSpacePointPropertyGrid(pDesc->fSpecification, NULL);
 397     if (iResult>=0) {
 398       size+=iResult;
 399       outputDataSize+=iResult;
 400       // the size of the optional cluster id array must be subtracted
 401       if (fpWrittenAssociatedClusterIds && outputBlocks.size()>0 &&
 402           outputBlocks.back().fDataType==AliHLTTPCDefinitions::RemainingClusterIdsDataType()) {
 403         outputDataSize-=outputBlocks.back().fSize;
 404       }
 405       if (GetBenchmarkInstance()) GetBenchmarkInstance()->AddOutput(iResult);
 406     }
 407     if (GetBenchmarkInstance()) {
 408       GetBenchmarkInstance()->Stop(5);
 409     }
 410
 411     fSpacePointGrid->Clear();
 412   }
 413   if (fHistoClusterRatio && allClusters>0) {
 414     if (fVerbosity>0) HLTInfo("associated %d of %d clusters to tracks", associatedClusters, allClusters);
 415     float ratio=associatedClusters; ratio/=allClusters;
 416     fHistoClusterRatio->Fill(ratio);
 417   }
 418
 419   // output of track model clusters
 420   if (iResult>=0) do {
 421     AliHLTUInt32_t tracksBufferOffset=sizeof(AliHLTTPCTrackModelBlock);
 422     if (capacity-size<tracksBufferOffset) {
 423       iResult=-ENOSPC;
 424       break;
 425     }
 426     if (fpWrittenAssociatedClusterIds) fpWrittenAssociatedClusterIds->clear();
 427     AliHLTTPCTrackModelBlock* trackModelBlock=reinterpret_cast<AliHLTTPCTrackModelBlock*>(outputPtr+size);
 428     trackModelBlock->fVersion=1;
 429     trackModelBlock->fDeflaterMode=fpDataDeflater?fpDataDeflater->GetDeflaterVersion():0;
 430     trackModelBlock->fTrackCount=inputTrackArray.size();
 431     trackModelBlock->fClusterCount=0;
 432     trackModelBlock->fGlobalParameterCnt=5;
 433     tracksBufferOffset+=trackModelBlock->fGlobalParameterCnt*sizeof(trackModelBlock->fGlobalParameters);
 434     if (capacity-size<tracksBufferOffset) {
 435       iResult=-ENOSPC;
 436       break;
 437     }
 438
 439     AliHLTUInt32_t parameterIndex=0;
 440     trackModelBlock->fGlobalParameters[parameterIndex++]=bz;
 441     trackModelBlock->fGlobalParameters[parameterIndex++]=fDriftTimeFactorA;
 442     trackModelBlock->fGlobalParameters[parameterIndex++]=fDriftTimeOffsetA;
 443     trackModelBlock->fGlobalParameters[parameterIndex++]=fDriftTimeFactorC;
 444     trackModelBlock->fGlobalParameters[parameterIndex++]=fDriftTimeOffsetC;
 445     if (parameterIndex!=trackModelBlock->fGlobalParameterCnt) {
 446       HLTError("internal error, size of parameter array has changed without providing all values");
 447       iResult=-EFAULT;
 448       break;
 449     }
 450
 451     if (trackindexmap.size()>0) {// condition for track model compression
 452     iResult=WriteTrackClusters(inputTrackArray, fRawInputClusters, fpDataDeflater, outputPtr+size+tracksBufferOffset, capacity-size-tracksBufferOffset);
 453     if (iResult>=0) {
 454       AliHLTComponent_BlockData bd;
 455       FillBlockData(bd);
 456       bd.fOffset        = size;
 457       bd.fSize          = tracksBufferOffset+iResult;
 458       bd.fDataType      = AliHLTTPCDefinitions::ClusterTracksCompressedDataType();
 459       bd.fSpecification = AliHLTTPCDefinitions::EncodeDataSpecification(minSlice, maxSlice, minPatch, maxPatch);
 460       outputBlocks.push_back(bd);
 461       size += bd.fSize;
 462       outputDataSize+=bd.fSize;
 463       HLTBenchmark("track data block of %d tracks: size %d", inputTrackArray.size(), bd.fSize);
 464
 465       if (fpWrittenAssociatedClusterIds && fpWrittenAssociatedClusterIds->size()>0) {
 466         AliHLTComponent::FillBlockData(bd);
 467         bd.fOffset        = size;
 468         bd.fSize        = fpWrittenAssociatedClusterIds->size()*sizeof(vector<AliHLTUInt32_t>::value_type);
 469         if (capacity-size>bd.fSize) {
 470           memcpy(outputPtr+bd.fOffset, &(*fpWrittenAssociatedClusterIds)[0], bd.fSize);
 471           bd.fDataType    = AliHLTTPCDefinitions::ClusterIdTracksDataType();
 472           bd.fSpecification = AliHLTTPCDefinitions::EncodeDataSpecification(minSlice, maxSlice, minPatch, maxPatch);
 473           outputBlocks.push_back(bd);
 474           size += bd.fSize;
 475         } else {
 476           iResult=-ENOSPC;
 477         }
 478
 479         fpWrittenAssociatedClusterIds->clear();
 480       }
 481     }
 482     }
 483   } while (0);
 484
 485   fRawInputClusters->Clear();
 486
 487   float compressionFactor=(float)inputRawClusterSize;
 488   if ((outputDataSize)>0) compressionFactor/=outputDataSize;
 489   else compressionFactor=0.;
 490   if (fHistoCompFactor) fHistoCompFactor->Fill(compressionFactor);
 491
 492   if (GetBenchmarkInstance() && allClusters>0) {
 493     GetBenchmarkInstance()->Stop(0);
 494     if (fDeflaterMode!=3) {
 495       HLTBenchmark("%s - compression factor %.2f", GetBenchmarkInstance()->GetStatistics(), compressionFactor);
 496     } else {
 497       HLTBenchmark("%s", GetBenchmarkInstance()->GetStatistics());
 498     }
 499   }
 500
 501   if (fInputClusters) {
 502     fInputClusters->Clear();
 503   }
 504   if (fRawInputClusters) {
 505     fRawInputClusters->Clear();
 506   }
 507   if (fTrackGrid) {
 508     fTrackGrid->Clear();
 509   }
 510
 511   // forward MC labels
 512   for (pDesc=GetFirstInputBlock(AliHLTTPCDefinitions::fgkAliHLTDataTypeClusterMCInfo | kAliHLTDataOriginTPC);
 513        pDesc!=NULL; pDesc=GetNextInputBlock()) {
 514     outputBlocks.push_back(*pDesc);
 515   }
 516
 517   return iResult;
 518 }
 519
 520 int AliHLTTPCDataCompressionComponent::ProcessTrackClusters(AliHLTGlobalBarrelTrack* pTracks, unsigned nofTracks,
 521                                                             AliHLTTrackGeometry::AliHLTTrackGrid* pTrackIndex,
 522                                                             const vector<int>& trackIndexMap,
 523                                                             AliHLTSpacePointContainer::AliHLTSpacePointPropertyGrid* pClusterIndex,
 524                                                             AliHLTSpacePointContainer* pClusters,
 525                                                             int slice, int partition) const
 526 {
 527   // process to assigned track clusters
 528   int iResult=0;
 529   int assignedClusters=0;
 530   if (!pTracks || nofTracks==0) return 0;
 531
 532   vector<int> processedTracks(nofTracks, -1);
 533   for (AliHLTTrackGeometry::AliHLTTrackGrid::iterator& trackId=pTrackIndex->begin(slice, partition, -1);
 534        trackId!=pTrackIndex->end(); trackId++) {
 535     if (trackId.Data()>=trackIndexMap.size()) {
 536       HLTError("can not find track id %d in index map of size %d", trackId.Data(), trackIndexMap.size());
 537       continue;
 538     }
 539     int trackindex=trackIndexMap[trackId.Data()];
 540     if (trackindex<0 || trackindex>=(int)nofTracks) {
 541       HLTError("invalid index %d found for track id %d", trackindex, trackId.Data());
 542       continue;
 543     }
 544     if (processedTracks[trackindex]>0) continue;
 545     processedTracks[trackindex]=1;
 546     AliHLTGlobalBarrelTrack& track=pTracks[trackindex];
 547     if (!track.GetTrackGeometry()) {
 548       HLTError("can not find track geometry for track %d", trackId.Data());
 549       continue;
 550     }
 551     AliHLTTPCTrackGeometry* pTrackPoints=dynamic_cast<AliHLTTPCTrackGeometry*>(track.GetTrackGeometry());
 552     if (!pTrackPoints) {
 553       HLTError("invalid track geometry type for track %d, expecting AliHLTTPCTrackGeometry", trackId.Data());
 554       continue;
 555     }
 556
 557     UInt_t nofTrackPoints=track.GetNumberOfPoints();
 558     const UInt_t* trackPoints=track.GetPoints();
 559     for (unsigned i=0; i<nofTrackPoints; i++) {
 560       const AliHLTUInt32_t& clusterId=trackPoints[i];
 561       if (AliHLTTPCSpacePointData::GetSlice(clusterId)!=(unsigned)slice ||
 562           AliHLTTPCSpacePointData::GetPatch(clusterId)!=(unsigned)partition) {
 563         // not in the current partition;
 564         continue;
 565       }
 566
 567       int clusterrow=(int)pClusters->GetX(clusterId);
 568       AliHLTUInt32_t pointId=AliHLTTPCSpacePointData::GetID(slice, partition, clusterrow);
 569       AliHLTTrackGeometry::AliHLTTrackPoint* point=pTrackPoints->GetRawTrackPoint(pointId);
 570       if (!point) {
 571         //HLTError("can not find track point slice %d partition %d padrow %d (0x%08x) of track %d", slice, partition, clusterrow, pointId, trackId.Data());
 572         continue;
 573       }
 574       float pad=point->GetU();
 575       float time=point->GetV();
 576
 577       iResult=FindCellClusters(trackId.Data(), clusterrow, pad, time, pClusterIndex, pClusters, point, clusterId);
 578       if (iResult>0) assignedClusters+=iResult;
 579     }
 580   }
 581   return assignedClusters;
 582 }
 583
 584 int AliHLTTPCDataCompressionComponent::ProcessRemainingClusters(AliHLTGlobalBarrelTrack* pTracks, unsigned nofTracks,
 585                                                                 AliHLTTrackGeometry::AliHLTTrackGrid* pTrackIndex,
 586                                                                 const vector<int>& trackIndexMap,
 587                                                                 AliHLTSpacePointContainer::AliHLTSpacePointPropertyGrid* pClusterIndex,
 588                                                                 AliHLTSpacePointContainer* pClusters,
 589                                                                 int slice, int partition) const
 590 {
 591   // assign remaining clusters to tracks
 592   int iResult=0;
 593   int associatedClusters=0;
 594   if (!pTracks || nofTracks==0) return 0;
 595
 596   for (int padrow=0; padrow<AliHLTTPCTransform::GetNRows(partition); padrow++) {
 597     for (AliHLTTrackGeometry::AliHLTTrackGrid::iterator& trackId=pTrackIndex->begin(slice, partition, padrow);
 598          trackId!=pTrackIndex->end(); trackId++) {
 599       if (trackId.Data()>=trackIndexMap.size()) {
 600         HLTError("can not find track id %d in index map of size %d", trackId.Data(), trackIndexMap.size());
 601         continue;
 602       }
 603       int trackindex=trackIndexMap[trackId.Data()];
 604       if (trackindex<0 || trackindex>=(int)nofTracks) {
 605         HLTError("invalid index %d found for track id %d", trackindex, trackId.Data());
 606         continue;
 607       }
 608       AliHLTGlobalBarrelTrack& track=pTracks[trackindex];
 609       if (!track.GetTrackGeometry()) {
 610         HLTError("can not find track geometry for track %d", trackId.Data());
 611         continue;
 612       }
 613       AliHLTTPCTrackGeometry* pTrackPoints=dynamic_cast<AliHLTTPCTrackGeometry*>(track.GetTrackGeometry());
 614       if (!pTrackPoints) {
 615         HLTError("invalid track geometry type for track %d, expecting AliHLTTPCTrackGeometry", trackId.Data());
 616         continue;
 617       }
 618       AliHLTUInt32_t pointId=AliHLTTPCSpacePointData::GetID(slice, partition, padrow);
 619       AliHLTTrackGeometry::AliHLTTrackPoint* point=pTrackPoints->GetRawTrackPoint(pointId);
 620       if (!point) {
 621         //HLTError("can not find track point slice %d partition %d padrow %d (0x%08x) of track %d", slice, partition, padrow, pointId, trackId.Data());
 622         continue;
 623       }
 624       float pad=point->GetU();
 625       float time=point->GetV();
 626
 627       iResult=FindCellClusters(trackId.Data(), padrow, pad, time, pClusterIndex, pClusters, point);
 628       if (iResult>0) associatedClusters+=iResult;
 629       if (fVerbosity>0) {
 630         HLTInfo("trackpoint track %d slice %d partition %d padrow %d: %.3f \t%.3f - associated %d", track.GetID(), slice, partition, padrow, pad, time, iResult);
 631       }
 632     }
 633   }
 634   if (iResult<0) return iResult;
 635   return associatedClusters;
 636 }
 637
 638 int AliHLTTPCDataCompressionComponent::FindCellClusters(int trackId, int padrow, float pad, float time,
 639                                                         AliHLTSpacePointContainer::AliHLTSpacePointPropertyGrid* pClusterIndex,
 640                                                         AliHLTSpacePointContainer* pClusters,
 641                                                         AliHLTTrackGeometry::AliHLTTrackPoint* pTrackPoint,
 642                                                         AliHLTUInt32_t clusterId) const
 643 {
 644   // check index cell for entries and assign to track
 645   int count=0;
 646   // search a 4x4 matrix out of the 9x9 matrix around the cell addressed by
 647   // pad and time
 648   int rowindex=pClusterIndex->GetXIndex((float)padrow);
 649   int padstartindex=pClusterIndex->GetYIndex(pad);
 650   int timestartindex=pClusterIndex->GetZIndex(time);
 651   int cellindex=pClusterIndex->Index(rowindex, padstartindex, timestartindex);
 652   float centerpad=pClusterIndex->GetCenterY(cellindex);
 653   float centertime=pClusterIndex->GetCenterZ(cellindex);
 654   if ((TMath::Abs(centerpad-pad)>fMaxDeltaPad && pad>0.) ||
 655       (TMath::Abs(centertime-time)>fMaxDeltaTime && time>0.)) {
 656     ALIHLTERRORGUARD(20, "invalid pad center calculation, please check dimensions if dimensions of index grid match the maximum possible deviation");
 657   }
 658
 659   int paddirection=1;
 660   int timedirection=1;
 661   if (centerpad>pad) paddirection=-1;
 662   if (centertime>time) timedirection=-1;
 663   for (int padcount=0, padindex=padstartindex; padcount<2; padcount++, padindex+=paddirection) {
 664     if (padindex<0) continue;
 665     if (padindex>=pClusterIndex->GetDimensionY()) break;
 666     for (int timecount=0, timeindex=timestartindex; timecount<2; timecount++, timeindex+=timedirection) {
 667       if (timeindex<0) continue;
 668       if (timeindex>=pClusterIndex->GetDimensionZ()) break;
 669       cellindex=pClusterIndex->Index(rowindex, padindex, timeindex);
 670       float cellpad=pClusterIndex->GetCenterY(cellindex);
 671       float celltime=pClusterIndex->GetCenterZ(cellindex);
 672       for (AliHLTSpacePointContainer::AliHLTSpacePointPropertyGrid::iterator& cl=pClusterIndex->begin((float)padrow, cellpad, celltime);
 673            cl!=pClusterIndex->end(); cl++) {
 674         if (cl.Data().fTrackId>=0) continue;
 675         if (clusterId!=(~(AliHLTUInt32_t)0) && clusterId!=cl.Data().fId) continue;
 676         if (TMath::Abs(padrow-pClusters->GetX(cl.Data().fId))>=1.) {
 677           HLTError("cluster 0x%08x: mismatch on padrow: trackpoint %d  cluster %f", cl.Data().fId, padrow, pClusters->GetX(cl.Data().fId));
 678           continue;
 679         }
 680         float clusterpad=pClusters->GetY(cl.Data().fId);
 681         float clustertime=pClusters->GetZ(cl.Data().fId);
 682         if (TMath::Abs(clusterpad-pad)<fMaxDeltaPad &&
 683             TMath::Abs(clustertime-time)<fMaxDeltaTime) {
 684           // add this cluster to the track point and mark in the index grid
 685           cl.Data().fTrackId=trackId;
 686           pTrackPoint->AddAssociatedSpacePoint(cl.Data().fId, clusterpad-pad, clustertime-time);
 687           count++;
 688         }
 689         if (clusterId!=(~(AliHLTUInt32_t)0)) break;
 690       }
 691     }
 692   }
 693   return count;
 694 }
 695
 696 int AliHLTTPCDataCompressionComponent::WriteTrackClusters(const vector<AliHLTGlobalBarrelTrack>& tracks,
 697                                                           AliHLTSpacePointContainer* pSpacePoints,
 698                                                           AliHLTDataDeflater* pDeflater,
 699                                                           AliHLTUInt8_t* outputPtr,
 700                                                           AliHLTUInt32_t capacity) const
 701 {
 702   // write the track data block including all associated clusters
 703   AliHLTUInt32_t size=0;
 704   for (vector<AliHLTGlobalBarrelTrack>::const_iterator track=tracks.begin();
 705        track!=tracks.end();
 706        track++) {
 707     if (!track->GetTrackGeometry()) {
 708       HLTError("can not find track geometry for track %d", track->GetID());
 709       return -EBADF;
 710     }
 711     AliHLTTPCTrackGeometry* pTrackPoints=dynamic_cast<AliHLTTPCTrackGeometry*>(track->GetTrackGeometry());
 712     if (!pTrackPoints) {
 713       HLTError("invalid track geometry type for track %d, expecting AliHLTTPCTrackGeometry", track->GetID());
 714       return -EBADF;
 715     }
 716
 717     int result=pTrackPoints->Write(*track, pSpacePoints, pDeflater, outputPtr+size, capacity-size, fpWrittenAssociatedClusterIds);
 718     if (result<0) return result;
 719     size+=result;
 720
 721     UInt_t nofTrackPoints=track->GetNumberOfPoints();
 722     const UInt_t* trackPoints=track->GetPoints();
 723
 724     int assignedPoints=0;
 725     int assignedTrackPoints=0;
 726     const vector<AliHLTTrackGeometry::AliHLTTrackPoint>& rawPoints=pTrackPoints->GetRawPoints();
 727     for (vector<AliHLTTrackGeometry::AliHLTTrackPoint>::const_iterator point=rawPoints.begin();
 728          point!=rawPoints.end(); point++) {
 729       const vector<AliHLTTrackGeometry::AliHLTTrackSpacepoint>& spacePoints=point->GetSpacepoints();
 730       for (vector<AliHLTTrackGeometry::AliHLTTrackSpacepoint>::const_iterator spacePoint=spacePoints.begin();
 731            spacePoint!=spacePoints.end(); spacePoint++) {
 732         float dpad=spacePoint->GetResidual(0);
 733         float dtime=spacePoint->GetResidual(1);
 734         if (dpad>-1000 && dtime>-1000 && fHistoResidualPad && fHistoResidualTime) {
 735           fHistoResidualPad->Fill(dpad);
 736           fHistoResidualTime->Fill(dtime);
 737         }
 738         assignedPoints++;
 739         for (unsigned i=0; i<nofTrackPoints; i++) {
 740           if (trackPoints[i]==spacePoint->fId) {
 741             assignedTrackPoints++;
 742             break;
 743           }
 744         }
 745       }
 746     }
 747     if (fHistoClustersOnTracks) {
 748       fHistoClustersOnTracks->Fill(assignedPoints);
 749     }
 750     if (fHistoTrackClusterRatio && nofTrackPoints>0) {
 751       float ratio=assignedTrackPoints; ratio/=nofTrackPoints;
 752       fHistoTrackClusterRatio->Fill(ratio);
 753     }
 754   }
 755   return size;
 756 }
 757
 758 int AliHLTTPCDataCompressionComponent::DoInit( int argc, const char** argv )
 759 {
 760   /// inherited from AliHLTComponent: component initialisation and argument scan.
 761   int iResult=0;
 762
 763   // component configuration
 764   //Stage 1: default initialization.
 765   //Default values.
 766
 767   //Stage 2: OCDB.
 768   TString cdbPath("HLT/ConfigTPC/");
 769   cdbPath += GetComponentID();
 770   //
 771   iResult = ConfigureFromCDBTObjString(cdbPath);
 772   if (iResult < 0)
 773     return iResult;
 774
 775   //Stage 3: command line arguments.
 776   if (argc && (iResult = ConfigureFromArgumentString(argc, argv)) < 0)
 777     return iResult;
 778
 779   std::auto_ptr<AliHLTComponentBenchmark> benchmark(new AliHLTComponentBenchmark);
 780   if (benchmark.get()) {
 781     benchmark->SetTimer(0,"total");
 782     benchmark->SetTimer(1,"rawclusterinput");
 783     benchmark->SetTimer(2,"clusterinput");
 784     benchmark->SetTimer(3,"trackinput");
 785     benchmark->SetTimer(4,"processing");
 786     benchmark->SetTimer(5,"output");
 787   } else {
 788     return -ENOMEM;
 789   }
 790
 791   unsigned spacePointContainerMode=0;
 792   if (fMode==2 || fMode==4) {
 793     // initialize map data for cluster access in the track association loop
 794     spacePointContainerMode|=AliHLTTPCHWCFSpacePointContainer::kModeCreateMap;
 795   }
 796   if (fMode==3 || fMode==4) {
 797     // optimized storage format: differential pad and time storage
 798     spacePointContainerMode|=AliHLTTPCHWCFSpacePointContainer::kModeDifferentialPadTime;
 799   }
 800   std::auto_ptr<AliHLTTPCHWCFSpacePointContainer> rawInputClusters(new AliHLTTPCHWCFSpacePointContainer(spacePointContainerMode));
 801   std::auto_ptr<AliHLTTPCSpacePointContainer> inputClusters(new AliHLTTPCSpacePointContainer);
 802
 803   std::auto_ptr<TH1F> histoCompFactor(new TH1F("CompressionFactor",
 804                                                "HLT TPC data compression factor",
 805                                                100, 0., 10.));
 806   std::auto_ptr<TH1F> histoResidualPad(new TH1F("PadResidual",
 807                                                 "HLT TPC pad residual",
 808                                                 100, -fMaxDeltaPad, fMaxDeltaPad));
 809   std::auto_ptr<TH1F> histoResidualTime(new TH1F("TimeResidual",
 810                                                  "HLT TPC time residual",
 811                                                  100, -fMaxDeltaTime, fMaxDeltaTime));
 812   std::auto_ptr<TH1F> histoClustersOnTracks(new TH1F("ClustersOnTracks",
 813                                                  "Clusters in track model compression",
 814                                                  200, 0., 600));
 815   std::auto_ptr<TH1F> histoClusterRatio(new TH1F("ClusterRatio",
 816                                                  "Fraction of clusters in track model compression",
 817                                                  100, 0., 1.));
 818   std::auto_ptr<TH1F> histoTrackClusterRatio(new TH1F("UsedTrackClusters",
 819                                                  "Fraction of track clusters in track model compression",
 820                                                  100, 0., 1.));
 821
 822   // track grid: 36 slices, each 6 partitions with max 33 rows
 823   fTrackGrid=new AliHLTTrackGeometry::AliHLTTrackGrid(36, 1, 6, 1, 33, 1, 20000);
 824   fSpacePointGrid=AliHLTTPCHWCFSpacePointContainer::AllocateIndexGrid();
 825
 826   if (!rawInputClusters.get() ||
 827       !inputClusters.get() ||
 828       !fTrackGrid ||
 829       !fSpacePointGrid) {
 830     if (fTrackGrid) delete fTrackGrid; fTrackGrid=NULL;
 831     if (fSpacePointGrid) delete fSpacePointGrid; fSpacePointGrid=NULL;
 832     return -ENOMEM;
 833   }
 834
 835   if (fDeflaterMode>0 && (iResult=InitDeflater(fDeflaterMode))<0)
 836     return iResult;
 837
 838   fpBenchmark=benchmark.release();
 839   fRawInputClusters=rawInputClusters.release();
 840   fInputClusters=inputClusters.release();
 841
 842   // initialize the histograms if stored at the end
 843   // condition might be extended
 844   if (!fHistogramFile.IsNull()) {
 845     fHistoCompFactor=histoCompFactor.release();
 846     fHistoResidualPad=histoResidualPad.release();
 847     fHistoResidualTime=histoResidualTime.release();
 848     fHistoClustersOnTracks=histoClustersOnTracks.release();
 849     fHistoClusterRatio=histoClusterRatio.release();
 850     fHistoTrackClusterRatio=histoTrackClusterRatio.release();
 851   }
 852
 853   if (iResult>=0 && (iResult=InitDriftTimeTransformation())<0) return iResult;
 854
 855   return iResult;
 856 }
 857
 858 int AliHLTTPCDataCompressionComponent::InitDeflater(int mode)
 859 {
 860   /// init the data deflater
 861   int iResult=0;
 862   if (mode==2 || mode==3) {
 863     // huffman deflater
 864     std::auto_ptr<AliHLTDataDeflaterHuffman> deflater(new AliHLTDataDeflaterHuffman(mode==3));
 865     if (!deflater.get()) return -ENOMEM;
 866
 867     if (!deflater->IsTrainingMode()) {
 868       TString cdbPath("HLT/ConfigTPC/");
 869       cdbPath += GetComponentID();
 870       cdbPath += "HuffmanTables";
 871       TObject* pConf=LoadAndExtractOCDBObject(cdbPath);
 872       if (!pConf) return -ENOENT;
 873       if (dynamic_cast<TList*>(pConf)==NULL) {
 874         HLTError("huffman table configuration object of inconsistent type");
 875         return -EINVAL;
 876       }
 877       iResult=deflater->InitDecoders(dynamic_cast<TList*>(pConf));
 878       if (iResult<0) return iResult;
 879     }
 880
 881     if (!fHistogramFile.IsNull())
 882       deflater->EnableStatistics();
 883
 884     unsigned nofParameters=AliHLTTPCDefinitions::GetNumberOfClusterParameterDefinitions();
 885     unsigned p=0;
 886     for (; p<nofParameters; p++) {
 887       const AliHLTTPCDefinitions::AliClusterParameter& parameter=AliHLTTPCDefinitions::fgkClusterParameterDefinitions[p];
 888       // use the pad/time length as reference for the calculation of ratio for residuals
 889       unsigned refLength=0;
 890       unsigned refLengthPad=0;
 891       unsigned refLengthTime=0;
 892       if (parameter.fId==AliHLTTPCDefinitions::kPad)               refLengthPad=parameter.fBitLength;
 893       else if (parameter.fId==AliHLTTPCDefinitions::kTime)         refLengthTime=parameter.fBitLength;
 894       else if (parameter.fId==AliHLTTPCDefinitions::kResidualPad)  refLength=refLengthPad;
 895       else if (parameter.fId==AliHLTTPCDefinitions::kResidualTime) refLength=refLengthTime;
 896
 897       if (deflater->AddParameterDefinition(parameter.fName,
 898                                            parameter.fBitLength,
 899                                            refLength)!=(int)parameter.fId) {
 900         // for performance reason the parameter id is simply used as index in the array of
 901         // definitions, the position must match the id
 902         HLTFatal("mismatch between parameter id and position in array for parameter %s, rearrange definitions!", parameter.fName);
 903         return -EFAULT;
 904       }
 905     }
 906     fpDataDeflater=deflater.release();
 907     return 0;
 908   }
 909   if (mode==1) {
 910     std::auto_ptr<AliHLTDataDeflaterSimple> deflater(new AliHLTDataDeflaterSimple);
 911     if (!deflater.get()) return -ENOMEM;
 912
 913     if (!fHistogramFile.IsNull())
 914       deflater->EnableStatistics();
 915
 916     unsigned nofParameters=AliHLTTPCDefinitions::GetNumberOfClusterParameterDefinitions();
 917     unsigned p=0;
 918     for (; p<nofParameters; p++) {
 919       const AliHLTTPCDefinitions::AliClusterParameter& parameter=AliHLTTPCDefinitions::fgkClusterParameterDefinitions[p];
 920       if (deflater->AddParameterDefinition(parameter.fName,
 921                                            parameter.fBitLength,
 922                                            parameter.fOptional)!=(int)parameter.fId) {
 923         // for performance reason the parameter id is simply used as index in the array of
 924         // definitions, the position must match the id
 925         HLTFatal("mismatch between parameter id and position in array for parameter %s, rearrange definitions!", parameter.fName);
 926         return -EFAULT;
 927       }
 928     }
 929     fpDataDeflater=deflater.release();
 930     return 0;
 931   }
 932   HLTError("invalid deflater mode %d, allowed 1=simple 2=huffman", mode);
 933   return -EINVAL;
 934 }
 935
 936 int AliHLTTPCDataCompressionComponent::DoDeinit()
 937 {
 938   /// inherited from AliHLTComponent: component cleanup
 939   int iResult=0;
 940   if (fpBenchmark) delete fpBenchmark; fpBenchmark=NULL;
 941   if (fRawInputClusters) delete fRawInputClusters; fRawInputClusters=NULL;
 942   if (fInputClusters) delete fInputClusters; fInputClusters=NULL;
 943   if (!fHistogramFile.IsNull()) {
 944     TFile out(fHistogramFile, "RECREATE");
 945     if (!out.IsZombie()) {
 946       out.cd();
 947       if (fHistoCompFactor) fHistoCompFactor->Write();
 948       if (fHistoResidualPad) fHistoResidualPad->Write();
 949       if (fHistoResidualTime) fHistoResidualTime->Write();
 950       if (fHistoClusterRatio) fHistoClusterRatio->Write();
 951       if (fHistoClustersOnTracks) fHistoClustersOnTracks->Write();
 952       if (fHistoTrackClusterRatio) fHistoTrackClusterRatio->Write();
 953       out.Close();
 954     }
 955   }
 956   if (fHistoCompFactor) delete fHistoCompFactor;
 957   fHistoCompFactor=NULL;
 958   if (fHistoResidualPad) delete fHistoResidualPad;
 959   fHistoResidualPad=NULL;
 960   if (fHistoResidualTime) delete fHistoResidualTime;
 961   fHistoResidualTime=NULL;
 962   if (fHistoClustersOnTracks) delete fHistoClustersOnTracks;
 963   fHistoClustersOnTracks=NULL;
 964   if (fHistoClusterRatio) delete fHistoClusterRatio;
 965   fHistoClusterRatio=NULL;
 966   if (fHistoTrackClusterRatio) delete fHistoTrackClusterRatio;
 967   fHistoTrackClusterRatio=NULL;
 968
 969   if (fpDataDeflater) {
 970     if (!fHistogramFile.IsNull()) {
 971       TString filename=fHistogramFile;
 972       filename.ReplaceAll(".root", "-deflater.root");
 973       fpDataDeflater->SaveAs(filename);
 974     }
 975     if (fDeflaterMode==3) {
 976       if (fTrainingTableOutput.IsNull()) {
 977         fTrainingTableOutput=GetComponentID();
 978         fTrainingTableOutput+="-huffman.root";
 979       }
 980       // TODO: currently, the code tables are also calculated in FindObject
 981       // check if a different function is more appropriate
 982       TObject* pConf=fpDataDeflater->FindObject("DeflaterConfiguration");
 983       if (pConf) {
 984         TString cdbEntryPath("HLT/ConfigTPC/");
 985         cdbEntryPath += GetComponentID();
 986         cdbEntryPath += "HuffmanTables";
 987         AliCDBPath cdbPath(cdbEntryPath);
 988         AliCDBId cdbId(cdbPath, AliCDBManager::Instance()->GetRun(), AliCDBRunRange::Infinity(), 0, 0);
 989         AliCDBMetaData* cdbMetaData=new AliCDBMetaData;
 990         cdbMetaData->SetResponsible("ALICE HLT Matthias.Richter@cern.ch");
 991         cdbMetaData->SetComment("Huffman encoder configuration");
 992         AliCDBEntry* entry=new AliCDBEntry(pConf, cdbId, cdbMetaData, kTRUE);
 993
 994         entry->SaveAs(fTrainingTableOutput);
 995         // this is a small memory leak
 996         // seg fault in ROOT object handling if the two objects are deleted
 997         // investigate later
 998         //delete entry;
 999         //delete cdbMetaData;
1000       }
1001     }
1002     delete fpDataDeflater;
1003   }
1004   fpDataDeflater=NULL;
1005
1006
1007   if (fTrackGrid) delete fTrackGrid; fTrackGrid=NULL;
1008   if (fSpacePointGrid) delete fSpacePointGrid; fSpacePointGrid=NULL;
1009
1010   return iResult;
1011 }
1012
1013 int AliHLTTPCDataCompressionComponent::ScanConfigurationArgument(int argc, const char** argv)
1014 {
1015   /// inherited from AliHLTComponent: argument scan
1016   int iResult=0;
1017   if (argc<1) return 0;
1018   int bMissingParam=0;
1019   int i=0;
1020   TString argument=argv[i];
1021
1022   do {
1023     // -mode
1024     if (argument.CompareTo("-mode")==0) {
1025       if ((bMissingParam=(++i>=argc))) break;
1026       TString parameter=argv[i];
1027       if (parameter.IsDigit()) {
1028         fMode=parameter.Atoi();
1029         return 2;
1030       } else {
1031         HLTError("invalid parameter for argument %s, expecting number instead of %s", argument.Data(), parameter.Data());
1032         return -EPROTO;
1033       }
1034     }
1035
1036     // -deflater-mode
1037     if (argument.CompareTo("-deflater-mode")==0) {
1038       if ((bMissingParam=(++i>=argc))) break;
1039       TString parameter=argv[i];
1040       if (parameter.IsDigit()) {
1041         fDeflaterMode=parameter.Atoi();
1042         return 2;
1043       } else {
1044         HLTError("invalid parameter for argument %s, expecting number instead of %s", argument.Data(), parameter.Data());
1045         return -EPROTO;
1046       }
1047     }
1048
1049     // -histogram-file
1050     if (argument.CompareTo("-histogram-file")==0) {
1051       if ((bMissingParam=(++i>=argc))) break;
1052       fHistogramFile=argv[i++];
1053       return 2;
1054     }
1055     // -save-histogram-table
1056     if (argument.CompareTo("-save-huffman-table")==0) {
1057       if ((bMissingParam=(++i>=argc))) break;
1058       fTrainingTableOutput=argv[i++];
1059       return 2;
1060     }
1061     // -cluster-verification
1062     if (argument.CompareTo("-cluster-verification")==0) {
1063       if ((bMissingParam=(++i>=argc))) break;
1064       TString parameter=argv[i];
1065       if (parameter.IsDigit()) {
1066         fVerificationMode=parameter.Atoi();
1067         return 2;
1068       } else {
1069         HLTError("invalid parameter for argument %s, expecting number instead of %s", argument.Data(), parameter.Data());
1070         return -EPROTO;
1071       }
1072     }
1073   } while (0); // using do-while only to have break available
1074
1075   if (bMissingParam) {
1076     HLTError("missing parameter for argument %s", argument.Data());
1077     iResult=-EPROTO;
1078   }
1079
1080   return iResult;
1081 }
1082
1083 int AliHLTTPCDataCompressionComponent::InitDriftTimeTransformation()
1084 {
1085   /// calculate correction factor and offset for a linear approximation of the
1086   /// drift time transformation, separately for A and C side
1087   int iResult=0;
1088   AliHLTTPCClusterTransformation transform;
1089   if ((iResult=transform.Init( GetBz(), GetTimeStamp()))<0) {
1090     HLTError("failed to init AliHLTTPCClusterTransformation: %d", iResult);
1091     return iResult;
1092   }
1093
1094   if ((iResult=CalculateDriftTimeTransformation(transform, 0, 0, fDriftTimeFactorA, fDriftTimeOffsetA))<0) return iResult;
1095   if (fVerbosity>0) HLTInfo("drift time transformation A side: m=%f n=%f", fDriftTimeFactorA, fDriftTimeOffsetA);
1096   if ((iResult=CalculateDriftTimeTransformation(transform, 18, 0, fDriftTimeFactorC, fDriftTimeOffsetC))<0) return iResult;
1097   if (fVerbosity>0) HLTInfo("drift time transformation C side: m=%f n=%f", fDriftTimeFactorC, fDriftTimeOffsetC);
1098
1099   return 0;
1100 }
1101
1102 int AliHLTTPCDataCompressionComponent::CalculateDriftTimeTransformation(AliHLTTPCClusterTransformation& transform,
1103                                                                         int slice, int padrow,
1104                                                                         float& m, float& n) const
1105 {
1106   /// calculate correction factor and offset for a linear approximation of the
1107   /// drift time transformation by just probing the range of timebins with
1108   /// AliHLTTPCClusterTransformation
1109   const int nofSteps=100;
1110   vector<float> zvalues;
1111
1112   int nofTimebins=AliHLTTPCTransform::GetNTimeBins();
1113   int stepWidth=nofTimebins/nofSteps;
1114   int time=0;
1115   int count=0;
1116   float meanT=0.;
1117   float meanZ=0.;
1118   for (time=0; time<nofTimebins; time+=stepWidth, count++) {
1119     Float_t xyz[3];
1120     transform.Transform(slice, padrow, 0, time, xyz);
1121     zvalues.push_back(xyz[2]);
1122     meanT+=time;
1123     meanZ+=xyz[2];
1124   }
1125   if (count==0) count=1;
1126   meanT/=count;
1127   meanZ/=count;
1128   float sumTZ=.0;
1129   float sumT2=.0;
1130   time=0;
1131   for (vector<float>::const_iterator z=zvalues.begin();
1132        z!=zvalues.end(); z++, time+=stepWidth) {
1133     sumTZ+=(time-meanT)*((*z)-meanZ);
1134     sumT2+=(time-meanT)*(time-meanT);
1135   }
1136   m=sumTZ/sumT2;
1137   n=meanZ-m*meanT;
1138
1139   return 0;
1140 }