HLT/src/AliHLTFileHandler.cxx

   1 // @(#) $Id$
   2
   3 // Author: Uli Frankenfeld <mailto:franken@fi.uib.no>, Anders Vestbo <mailto:vestbo$fi.uib.no>, C. Loizides <mailto:loizides@ikf.uni-frankfurt.de>
   4 //*-- Copyright &copy ALICE HLT Group
   5
   6 #include "AliHLTStandardIncludes.h"
   7 #include <TClonesArray.h>
   8 #include <TSystem.h>
   9 #include <TMath.h>
  10
  11 #ifdef use_newio
  12 #include <AliRunLoader.h>
  13 #endif
  14 #include <AliTPCParamSR.h>
  15 #include <AliTPCDigitsArray.h>
  16 #include <AliTPCClustersArray.h>
  17 #include <AliTPCcluster.h>
  18 #include <AliTPCClustersRow.h>
  19 #include <AliSimDigits.h>
  20
  21 #include "AliHLTLogging.h"
  22 #include "AliHLTTransform.h"
  23 #include "AliHLTMemHandler.h"
  24 #include "AliHLTDigitData.h"
  25 #include "AliHLTTrackSegmentData.h"
  26 #include "AliHLTSpacePointData.h"
  27 #include "AliHLTTrackArray.h"
  28 #include "AliHLTFileHandler.h"
  29
  30 #if __GNUC__ >= 3
  31 using namespace std;
  32 #endif
  33
  34 /** \class AliHLTFileHandler
  35 <pre>
  36 //_____________________________________________________________
  37 // AliHLTFileHandler
  38 //
  39 // The HLT ROOT <-> binary files handling class
  40 //
  41 // This class provides the interface between AliROOT files,
  42 // and HLT binary files. It should be used for converting
  43 // TPC data stored in AliROOT format (outputfile from a simulation),
  44 // into the data format currently used by in the HLT framework.
  45 // This enables the possibility to always use the same data format,
  46 // whether you are using a binary file as an input, or a AliROOT file.
  47 //
  48 // For example on how to create binary files from a AliROOT simulation,
  49 // see example macro exa/Binary.C.
  50 //
  51 // For reading a AliROOT file into HLT format in memory, do the following:
  52 //
  53 // AliHLTFileHandler file;
  54 // file.Init(slice,patch);
  55 // file.SetAliInput("galice.root");
  56 // AliHLTDigitRowData *dataPt = (AliHLTDigitRowData*)file.AliDigits2Memory(nrows,eventnr);
  57 //
  58 // All the data are then stored in memory and accessible via the pointer dataPt.
  59 // Accesing the data is then identical to the example 1) showed in AliHLTMemHandler class.
  60 //
  61 // For converting the data back, and writing it to a new AliROOT file do:
  62 //
  63 // AliHLTFileHandler file;
  64 // file.Init(slice,patch);
  65 // file.SetAliInput("galice.root");
  66 // file.Init(slice,patch,NumberOfRowsInPatch);
  67 // file.AliDigits2RootFile(dataPt,"new_galice.root");
  68 // file.CloseAliInput();
  69 </pre>
  70 */
  71
  72 ClassImp(AliHLTFileHandler)
  73
  74 // of course on start up the index is not created
  75 Bool_t AliHLTFileHandler::fgStaticIndexCreated=kFALSE;
  76 Int_t  AliHLTFileHandler::fgStaticIndex[36][159];
  77
  78 void AliHLTFileHandler::CleanStaticIndex()
  79 {
  80   // use this static call to clean static index after
  81   // running over one event
  82   for(Int_t i=0;i<AliHLTTransform::GetNSlice();i++){
  83     for(Int_t j=0;j<AliHLTTransform::GetNRows();j++)
  84       fgStaticIndex[i][j]=-1;
  85   }
  86   fgStaticIndexCreated=kFALSE;
  87 }
  88
  89 Int_t AliHLTFileHandler::SaveStaticIndex(Char_t *prefix,Int_t event)
  90 {
  91   // use this static call to store static index after
  92   if(!fgStaticIndexCreated) return -1;
  93
  94   Char_t fname[1024];
  95   if(prefix)
  96     sprintf(fname,"%s-%d.txt",prefix,event);
  97   else
  98     sprintf(fname,"TPC.Digits.staticindex-%d.txt",event);
  99
 100   ofstream file(fname,ios::trunc);
 101   if(!file.good()) return -1;
 102
 103   for(Int_t i=0;i<AliHLTTransform::GetNSlice();i++){
 104     for(Int_t j=0;j<AliHLTTransform::GetNRows();j++)
 105       file << fgStaticIndex[i][j] << " ";
 106     file << endl;
 107   }
 108   file.close();
 109   return 0;
 110 }
 111
 112 Int_t AliHLTFileHandler::LoadStaticIndex(Char_t *prefix,Int_t event)
 113 {
 114   // use this static call to store static index after
 115   if(fgStaticIndexCreated){
 116       LOG(AliHLTLog::kWarning,"AliHLTFileHandler::LoadStaticIndex","Inxed")
 117         <<"Static index already created, will overwrite"<<ENDLOG;
 118       CleanStaticIndex();
 119   }
 120
 121   Char_t fname[1024];
 122   if(prefix)
 123     sprintf(fname,"%s-%d.txt",prefix,event);
 124   else
 125     sprintf(fname,"TPC.Digits.staticindex-%d.txt",event);
 126
 127   ifstream file(fname);
 128   if(!file.good()) return -1;
 129
 130   for(Int_t i=0;i<AliHLTTransform::GetNSlice();i++){
 131     for(Int_t j=0;j<AliHLTTransform::GetNRows();j++)
 132       file >> fgStaticIndex[i][j];
 133   }
 134   file.close();
 135
 136   fgStaticIndexCreated=kTRUE;
 137   return 0;
 138 }
 139
 140 AliHLTFileHandler::AliHLTFileHandler(Bool_t b)
 141 {
 142   //Default constructor
 143   fInAli = 0;
 144 #ifdef use_newio
 145   fUseRunLoader = kFALSE;
 146 #endif
 147   fParam = 0;
 148   fMC =0;
 149   fDigits=0;
 150   fDigitsTree=0;
 151   fIndexCreated=kFALSE;
 152   fUseStaticIndex=b;
 153
 154   for(Int_t i=0;i<AliHLTTransform::GetNSlice();i++)
 155     for(Int_t j=0;j<AliHLTTransform::GetNRows();j++)
 156       fIndex[i][j]=-1;
 157
 158   if(fUseStaticIndex&&!fgStaticIndexCreated) CleanStaticIndex();
 159 }
 160
 161 AliHLTFileHandler::~AliHLTFileHandler()
 162 {
 163   //Destructor
 164   if(fMC) CloseMCOutput();
 165   FreeDigitsTree();
 166   if(fInAli) CloseAliInput();
 167 }
 168
 169 void AliHLTFileHandler::FreeDigitsTree()
 170 {
 171   //free digits tree
 172   if(!fDigitsTree)
 173     {
 174       LOG(AliHLTLog::kInformational,"AliHLTFileHandler::FreeDigitsTree()","Pointer")
 175         <<"Cannot free digitstree, it is not present"<<ENDLOG;
 176       return;
 177     }
 178   delete fDigits;
 179   fDigits=0;
 180 #ifndef use_newio
 181   fDigitsTree->Delete();
 182 #endif
 183   fDigitsTree=0;
 184
 185   for(Int_t i=0;i<AliHLTTransform::GetNSlice();i++){
 186     for(Int_t j=0;j<AliHLTTransform::GetNRows();j++)
 187       fIndex[i][j]=-1;
 188   }
 189   fIndexCreated=kFALSE;
 190 }
 191
 192 Bool_t AliHLTFileHandler::SetMCOutput(Char_t *name)
 193 {
 194   //set mc input
 195   fMC = fopen(name,"w");
 196   if(!fMC){
 197     LOG(AliHLTLog::kWarning,"AliHLTFileHandler::SetMCOutput","File Open")
 198       <<"Pointer to File = 0x0 "<<ENDLOG;
 199     return kFALSE;
 200   }
 201   return kTRUE;
 202 }
 203
 204 Bool_t AliHLTFileHandler::SetMCOutput(FILE *file)
 205 {
 206   //set mc output
 207   fMC = file;
 208   if(!fMC){
 209     LOG(AliHLTLog::kWarning,"AliHLTFileHandler::SetMCOutput","File Open")
 210       <<"Pointer to File = 0x0 "<<ENDLOG;
 211     return kFALSE;
 212   }
 213   return kTRUE;
 214 }
 215
 216 void AliHLTFileHandler::CloseMCOutput()
 217 {
 218   //close mc output
 219   if(!fMC){
 220     LOG(AliHLTLog::kWarning,"AliHLTFileHandler::CloseMCOutPut","File Close")
 221       <<"Nothing to Close"<<ENDLOG;
 222     return;
 223   }
 224   fclose(fMC);
 225   fMC =0;
 226 }
 227
 228 Bool_t AliHLTFileHandler::SetAliInput()
 229 {
 230   //set ali input
 231 #ifdef use_newio
 232   fInAli->CdGAFile();
 233   fParam = (AliTPCParam*)gFile->Get("75x40_100x60_150x60");
 234   if(!fParam){
 235     LOG(AliHLTLog::kWarning,"AliHLTFileHandler::SetAliInput","File")
 236       <<"No TPC parameters found in \""<<gFile->GetName()
 237       <<"\", creating standard parameters "
 238       <<"which might not be what you want!"<<ENDLOG;
 239     fParam = new AliTPCParamSR;
 240   }
 241   if(!fParam){
 242     LOG(AliHLTLog::kError,"AliHLTFileHandler::SetAliInput","File Open")
 243       <<"No AliTPCParam "<<AliHLTTransform::GetParamName()<<" in File "<<gFile->GetName()<<ENDLOG;
 244     return kFALSE;
 245   }
 246 #else
 247   if(!fInAli->IsOpen()){
 248     LOG(AliHLTLog::kError,"AliHLTFileHandler::SetAliInput","File Open")
 249       <<"Ali File "<<fInAli->GetName()<<" does not exist"<<ENDLOG;
 250     return kFALSE;
 251   }
 252   fParam = (AliTPCParam*)fInAli->Get(AliHLTTransform::GetParamName());
 253   if(!fParam){
 254     LOG(AliHLTLog::kWarning,"AliHLTFileHandler::SetAliInput","File")
 255       <<"No TPC parameters found in \""<<fInAli->GetName()
 256       <<"\", creating standard parameters "
 257       <<"which might not be what you want!"<<ENDLOG;
 258     fParam = new AliTPCParamSR;
 259   }
 260   if(!fParam){
 261     LOG(AliHLTLog::kError,"AliHLTFileHandler::SetAliInput","File Open")
 262       <<"No AliTPCParam "<<AliHLTTransform::GetParamName()<<" in File "<<fInAli->GetName()<<ENDLOG;
 263     return kFALSE;
 264   }
 265 #endif
 266
 267   return kTRUE;
 268 }
 269
 270 Bool_t AliHLTFileHandler::SetAliInput(Char_t *name)
 271 {
 272   //Open the AliROOT file with name.
 273 #ifdef use_newio
 274   fInAli= AliRunLoader::Open(name);
 275 #else
 276   fInAli= new TFile(name,"READ");
 277 #endif
 278   if(!fInAli){
 279     LOG(AliHLTLog::kWarning,"AliHLTFileHandler::SetAliInput","File Open")
 280     <<"Pointer to fInAli = 0x0 "<<ENDLOG;
 281     return kFALSE;
 282   }
 283   return SetAliInput();
 284 }
 285
 286 #ifdef use_newio
 287 Bool_t AliHLTFileHandler::SetAliInput(AliRunLoader *runLoader)
 288 {
 289   //set ali input as runloader
 290   fInAli=runLoader;
 291   fUseRunLoader = kTRUE;
 292   if(!fInAli){
 293     LOG(AliHLTLog::kWarning,"AliHLTFileHandler::SetAliInput","File Open")
 294     <<"Pointer to AliRunLoader = 0x0 "<<ENDLOG;
 295     return kFALSE;
 296   }
 297   return SetAliInput();
 298 }
 299 #endif
 300
 301 #ifdef use_newio
 302 Bool_t AliHLTFileHandler::SetAliInput(TFile */*file*/)
 303 {
 304   //Specify already opened AliROOT file to use as an input.
 305   LOG(AliHLTLog::kFatal,"AliHLTFileHandler::SetAliInput","File Open")
 306     <<"This function is not supported for NEWIO, check ALIHLT_USENEWIO settings in Makefile.conf"<<ENDLOG;
 307   return kFALSE;
 308 }
 309 #else
 310 Bool_t AliHLTFileHandler::SetAliInput(TFile *file)
 311 {
 312   //Specify already opened AliROOT file to use as an input.
 313   fInAli=file;
 314   if(!fInAli){
 315     LOG(AliHLTLog::kWarning,"AliHLTFileHandler::SetAliInput","File Open")
 316     <<"Pointer to fInAli = 0x0 "<<ENDLOG;
 317     return kFALSE;
 318   }
 319   return SetAliInput();
 320 }
 321 #endif
 322
 323 void AliHLTFileHandler::CloseAliInput()
 324 {
 325   //close ali input
 326 #ifdef use_newio
 327   if(fUseRunLoader) return;
 328 #endif
 329   if(!fInAli){
 330     LOG(AliHLTLog::kWarning,"AliHLTFileHandler::CloseAliInput","RunLoader")
 331       <<"Nothing to Close"<<ENDLOG;
 332     return;
 333   }
 334 #ifndef use_newio
 335   if(fInAli->IsOpen()) fInAli->Close();
 336 #endif
 337
 338   delete fInAli;
 339   fInAli = 0;
 340 }
 341
 342 Bool_t AliHLTFileHandler::IsDigit(Int_t event)
 343 {
 344   //Check if there is a TPC digit tree in the current file.
 345   //Return kTRUE if tree was found, and kFALSE if not found.
 346
 347   if(!fInAli){
 348     LOG(AliHLTLog::kWarning,"AliHLTFileHandler::IsDigit","File")
 349     <<"Pointer to fInAli = 0x0 "<<ENDLOG;
 350     return kTRUE;  //maybe you are using binary input which is Digits!
 351   }
 352 #ifdef use_newio
 353   AliLoader* tpcLoader = fInAli->GetLoader("TPCLoader");
 354   if(!tpcLoader){
 355     LOG(AliHLTLog::kWarning,"AliHLTFileHandlerNewIO::IsDigit","File")
 356     <<"Pointer to AliLoader for TPC = 0x0 "<<ENDLOG;
 357     return kFALSE;
 358   }
 359   fInAli->GetEvent(event);
 360   tpcLoader->LoadDigits();
 361   TTree *t=tpcLoader->TreeD();
 362 #else
 363   Char_t name[1024];
 364   sprintf(name,"TreeD_%s_%d",AliHLTTransform::GetParamName(),event);
 365   TTree *t=(TTree*)fInAli->Get(name);
 366 #endif
 367   if(t){
 368     LOG(AliHLTLog::kInformational,"AliHLTFileHandlerNewIO::IsDigit","File Type")
 369     <<"Found Digit Tree -> Use Fast Cluster Finder"<<ENDLOG;
 370     return kTRUE;
 371   }
 372   else{
 373     LOG(AliHLTLog::kInformational,"AliHLTFileHandlerNewIO::IsDigit","File Type")
 374     <<"No Digit Tree -> Use Cluster Tree"<<ENDLOG;
 375     return kFALSE;
 376   }
 377 }
 378
 379 ///////////////////////////////////////// Digit IO
 380 Bool_t AliHLTFileHandler::AliDigits2Binary(Int_t event,Bool_t altro)
 381 {
 382   //save alidigits as binary
 383   Bool_t out = kTRUE;
 384   UInt_t nrow;
 385   AliHLTDigitRowData* data = 0;
 386   if(altro)
 387     data = AliAltroDigits2Memory(nrow,event);
 388   else
 389     data = AliDigits2Memory(nrow,event);
 390   out = Memory2Binary(nrow,data);
 391   Free();
 392   return out;
 393 }
 394
 395 Bool_t AliHLTFileHandler::AliDigits2CompBinary(Int_t event,Bool_t altro)
 396 {
 397   //Convert AliROOT TPC data, into HLT data format.
 398   //event specifies the event you want in the aliroot file.
 399
 400   Bool_t out = kTRUE;
 401   UInt_t ndigits=0;
 402   AliHLTDigitRowData *digits=0;
 403   if(altro)
 404     digits = AliAltroDigits2Memory(ndigits,event);
 405   else
 406     digits = AliDigits2Memory(ndigits,event);
 407   out = Memory2CompBinary(ndigits,digits);
 408   Free();
 409   return out;
 410 }
 411
 412 Bool_t AliHLTFileHandler::CreateIndex()
 413 {
 414   //create the access index or copy from static index
 415   fIndexCreated=kFALSE;
 416
 417   if(!fgStaticIndexCreated || !fUseStaticIndex) { //we have to create index
 418     LOG(AliHLTLog::kInformational,"AliHLTFileHandler::CreateIndex","Index")
 419       <<"Starting to create index, this can take a while."<<ENDLOG;
 420
 421     for(Int_t n=0; n<fDigitsTree->GetEntries(); n++) {
 422       Int_t sector, row;
 423       Int_t lslice,lrow;
 424       fDigitsTree->GetEvent(n);
 425       fParam->AdjustSectorRow(fDigits->GetID(),sector,row);
 426       if(!AliHLTTransform::Sector2Slice(lslice,lrow,sector,row)){
 427         LOG(AliHLTLog::kError,"AliHLTFileHandler::CreateIndex","Slice/Row")
 428           <<AliHLTLog::kDec<<"Index could not be created. Wrong values "
 429           <<sector<<" "<<row<<ENDLOG;
 430         return kFALSE;
 431       }
 432       if(fIndex[lslice][lrow]==-1) {
 433         fIndex[lslice][lrow]=n;
 434       }
 435     }
 436     if(fUseStaticIndex) { // create static index
 437       for(Int_t i=0;i<AliHLTTransform::GetNSlice();i++){
 438         for(Int_t j=0;j<AliHLTTransform::GetNRows();j++)
 439           fgStaticIndex[i][j]=fIndex[i][j];
 440       }
 441       fgStaticIndexCreated=kTRUE; //remember that index has been created
 442     }
 443
 444   LOG(AliHLTLog::kInformational,"AliHLTFileHandler::CreateIndex","Index")
 445     <<"Index successfully created."<<ENDLOG;
 446
 447   } else if(fUseStaticIndex) { //simply copy static index
 448     for(Int_t i=0;i<AliHLTTransform::GetNSlice();i++){
 449       for(Int_t j=0;j<AliHLTTransform::GetNRows();j++)
 450         fIndex[i][j]=fgStaticIndex[i][j];
 451     }
 452
 453   LOG(AliHLTLog::kInformational,"AliHLTFileHandler::CreateIndex","Index")
 454     <<"Index successfully taken from static copy."<<ENDLOG;
 455   }
 456   fIndexCreated=kTRUE;
 457   return kTRUE;
 458 }
 459
 460 AliHLTDigitRowData * AliHLTFileHandler::AliDigits2Memory(UInt_t & nrow,Int_t event)
 461 {
 462   //Read data from AliROOT file into memory, and store it in the HLT data format.
 463   //Returns a pointer to the data.
 464
 465   AliHLTDigitRowData *data = 0;
 466   nrow=0;
 467
 468   if(!fInAli){
 469     LOG(AliHLTLog::kWarning,"AliHLTFileHandler::AliDigits2Memory","File")
 470     <<"No Input avalible: Pointer to fInAli == NULL"<<ENDLOG;
 471     return 0;
 472   }
 473
 474 #ifndef use_newio
 475   if(!fInAli->IsOpen()){
 476     LOG(AliHLTLog::kWarning,"AliHLTFileHandler::AliDigits2Memory","File")
 477     <<"No Input avalible: TFile not opened"<<ENDLOG;
 478     return 0;
 479   }
 480 #endif
 481
 482   if(!fDigitsTree)
 483     if(!GetDigitsTree(event)) return 0;
 484
 485   UShort_t dig;
 486   Int_t time,pad,sector,row;
 487   Int_t lslice,lrow;
 488   Int_t nrows=0;
 489   Int_t ndigitcount=0;
 490   Int_t entries = (Int_t)fDigitsTree->GetEntries();
 491   if(entries==0) {
 492     LOG(AliHLTLog::kWarning,"AliHLTFileHandler::AliDigits2Memory","ndigits")
 493       <<"No TPC digits (entries==0)!"<<ENDLOG;
 494     nrow = (UInt_t)(fRowMax-fRowMin+1);
 495     Int_t size = nrow*sizeof(AliHLTDigitRowData);
 496     data=(AliHLTDigitRowData*) Allocate(size);
 497     AliHLTDigitRowData *tempPt = data;
 498     for(Int_t r=fRowMin;r<=fRowMax;r++){
 499       tempPt->fRow = r;
 500       tempPt->fNDigit = 0;
 501       tempPt++;
 502     }
 503     return data;
 504   }
 505
 506   Int_t * ndigits = new Int_t[fRowMax+1];
 507   Float_t xyz[3];
 508
 509   for(Int_t r=fRowMin;r<=fRowMax;r++){
 510     Int_t n=fIndex[fSlice][r];
 511     if(n!=-1){ //data on that row
 512       fDigitsTree->GetEvent(n);
 513       fParam->AdjustSectorRow(fDigits->GetID(),sector,row);
 514       AliHLTTransform::Sector2Slice(lslice,lrow,sector,row);
 515
 516       if(lrow!=r){
 517         LOG(AliHLTLog::kError,"AliHLTFileHandler::AliDigits2Memory","Row")
 518           <<AliHLTLog::kDec<<"Rows in slice " << fSlice << " dont match "<<lrow<<" "<<r<<ENDLOG;
 519         continue;
 520       }
 521
 522       ndigits[lrow] = 0;
 523       fDigits->First();
 524       do {
 525         time=fDigits->CurrentRow();
 526         pad=fDigits->CurrentColumn();
 527         dig = fDigits->GetDigit(time,pad);
 528         if(dig <= fParam->GetZeroSup()) continue;
 529         if(dig >= AliHLTTransform::GetADCSat())
 530           dig = AliHLTTransform::GetADCSat();
 531
 532         AliHLTTransform::Raw2Local(xyz,sector,row,pad,time);
 533         //      if(fParam->GetPadRowRadii(sector,row)<230./250.*fabs(xyz[2]))
 534         //        continue; // why 230???
 535
 536         ndigits[lrow]++; //for this row only
 537         ndigitcount++;   //total number of digits to be published
 538
 539       } while (fDigits->Next());
 540       //cout << lrow << " " << ndigits[lrow] << " - " << ndigitcount << endl;
 541     }
 542     nrows++;
 543   }
 544
 545   Int_t size = sizeof(AliHLTDigitData)*ndigitcount
 546     + nrows*sizeof(AliHLTDigitRowData);
 547
 548   LOG(AliHLTLog::kDebug,"AliHLTFileHandler::AliDigits2Memory","Digits")
 549     <<AliHLTLog::kDec<<"Found "<<ndigitcount<<" Digits"<<ENDLOG;
 550
 551   data=(AliHLTDigitRowData*) Allocate(size);
 552   nrow = (UInt_t)nrows;
 553   AliHLTDigitRowData *tempPt = data;
 554
 555   for(Int_t r=fRowMin;r<=fRowMax;r++){
 556     Int_t n=fIndex[fSlice][r];
 557     tempPt->fRow = r;
 558     tempPt->fNDigit = 0;
 559
 560     if(n!=-1){//data on that row
 561       fDigitsTree->GetEvent(n);
 562       fParam->AdjustSectorRow(fDigits->GetID(),sector,row);
 563       AliHLTTransform::Sector2Slice(lslice,lrow,sector,row);
 564       if(lrow!=r){
 565         LOG(AliHLTLog::kError,"AliHLTFileHandler::AliDigits2Memory","Row")
 566           <<AliHLTLog::kDec<<"Rows on slice " << fSlice << " dont match "<<lrow<<" "<<r<<ENDLOG;
 567         continue;
 568       }
 569
 570       tempPt->fNDigit = ndigits[lrow];
 571
 572       Int_t localcount=0;
 573       fDigits->First();
 574       do {
 575         time=fDigits->CurrentRow();
 576         pad=fDigits->CurrentColumn();
 577         dig = fDigits->GetDigit(time,pad);
 578         if (dig <= fParam->GetZeroSup()) continue;
 579         if(dig >= AliHLTTransform::GetADCSat())
 580           dig = AliHLTTransform::GetADCSat();
 581
 582         //Exclude data outside cone:
 583         AliHLTTransform::Raw2Local(xyz,sector,row,pad,time);
 584         //      if(fParam->GetPadRowRadii(sector,row)<230./250.*fabs(xyz[2]))
 585         //        continue; // why 230???
 586
 587         if(localcount >= ndigits[lrow])
 588           LOG(AliHLTLog::kFatal,"AliHLTFileHandler::AliDigits2Binary","Memory")
 589             <<AliHLTLog::kDec<<"Mismatch: localcount "<<localcount<<" ndigits "
 590             <<ndigits[lrow]<<ENDLOG;
 591
 592         tempPt->fDigitData[localcount].fCharge=dig;
 593         tempPt->fDigitData[localcount].fPad=pad;
 594         tempPt->fDigitData[localcount].fTime=time;
 595 #ifdef do_mc
 596         tempPt->fDigitData[localcount].fTrackID[0] = fDigits->GetTrackID(time,pad,0);
 597         tempPt->fDigitData[localcount].fTrackID[1] = fDigits->GetTrackID(time,pad,1);
 598         tempPt->fDigitData[localcount].fTrackID[2] = fDigits->GetTrackID(time,pad,2);
 599 #endif
 600         localcount++;
 601       } while (fDigits->Next());
 602     }
 603     Byte_t *tmp = (Byte_t*)tempPt;
 604     Int_t size = sizeof(AliHLTDigitRowData)
 605                                       + ndigits[lrow]*sizeof(AliHLTDigitData);
 606     tmp += size;
 607     tempPt = (AliHLTDigitRowData*)tmp;
 608   }
 609   delete [] ndigits;
 610   return data;
 611 }
 612
 613 AliHLTDigitRowData * AliHLTFileHandler::AliAltroDigits2Memory(UInt_t & nrow,Int_t event,Bool_t eventmerge)
 614 {
 615   //Read data from AliROOT file into memory, and store it in the HLT data format.
 616   //Returns a pointer to the data.
 617   //This functions filter out single timebins, which is noise. The timebins which
 618   //are removed are timebins which have the 4 zero neighbours;
 619   //(pad-1,time),(pad+1,time),(pad,time-1),(pad,time+1).
 620
 621   AliHLTDigitRowData *data = 0;
 622   nrow=0;
 623
 624   if(!fInAli){
 625     LOG(AliHLTLog::kWarning,"AliHLTFileHandler::AliAltroDigits2Memory","File")
 626     <<"No Input avalible: Pointer to TFile == NULL"<<ENDLOG;
 627     return 0;
 628   }
 629 #ifndef use_newio
 630   if(!fInAli->IsOpen()){
 631     LOG(AliHLTLog::kWarning,"AliHLTFileHandler::AliAltroDigits2Memory","File")
 632     <<"No Input avalible: TFile not opened"<<ENDLOG;
 633     return 0;
 634   }
 635 #endif
 636   if(eventmerge == kTRUE && event >= 1024)
 637     {
 638       LOG(AliHLTLog::kError,"AliHLTFileHandler::AliAltroDigits2Memory","TrackIDs")
 639         <<"Too many events if you want to merge!"<<ENDLOG;
 640       return 0;
 641     }
 642   delete fDigits;
 643   fDigits=0;
 644 #ifdef use_newio
 645   /* Dont understand why we have to do
 646      reload the tree, but otherwise the code crashes */
 647   fDigitsTree=0;
 648   if(!GetDigitsTree(event)) return 0;
 649 #else
 650   if(!fDigitsTree){
 651     if(!GetDigitsTree(event)) return 0;
 652   }
 653 #endif
 654
 655   UShort_t dig;
 656   Int_t time,pad,sector,row;
 657   Int_t nrows=0;
 658   Int_t ndigitcount=0;
 659   Int_t entries = (Int_t)fDigitsTree->GetEntries();
 660   if(entries==0) {
 661     LOG(AliHLTLog::kWarning,"AliHLTFileHandler::AliAltroDigits2Memory","ndigits")
 662       <<"No TPC digits (entries==0)!"<<ENDLOG;
 663     nrow = (UInt_t)(fRowMax-fRowMin+1);
 664     Int_t size = nrow*sizeof(AliHLTDigitRowData);
 665     data=(AliHLTDigitRowData*) Allocate(size);
 666     AliHLTDigitRowData *tempPt = data;
 667     for(Int_t r=fRowMin;r<=fRowMax;r++){
 668       tempPt->fRow = r;
 669       tempPt->fNDigit = 0;
 670       tempPt++;
 671     }
 672     return data;
 673   }
 674   Int_t * ndigits = new Int_t[fRowMax+1];
 675   Int_t lslice,lrow;
 676   Int_t zerosupval=AliHLTTransform::GetZeroSup();
 677   Float_t xyz[3];
 678
 679   for(Int_t r=fRowMin;r<=fRowMax;r++){
 680     Int_t n=fIndex[fSlice][r];
 681
 682     ndigits[r] = 0;
 683
 684     if(n!=-1){//data on that row
 685       fDigitsTree->GetEvent(n);
 686       fParam->AdjustSectorRow(fDigits->GetID(),sector,row);
 687       AliHLTTransform::Sector2Slice(lslice,lrow,sector,row);
 688       //cout << lslice << " " << fSlice << " " << lrow << " " << r << " " << sector << " " << row << endl;
 689       if((lslice!=fSlice)||(lrow!=r)){
 690         LOG(AliHLTLog::kError,"AliHLTFileHandler::AliAltroDigits2Memory","Row")
 691           <<AliHLTLog::kDec<<"Rows on slice " << fSlice << " dont match "<<lrow<<" "<<r<<ENDLOG;
 692         continue;
 693       }
 694
 695       fDigits->ExpandBuffer();
 696       fDigits->ExpandTrackBuffer();
 697       for(Int_t i=0; i<fDigits->GetNCols(); i++){
 698         for(Int_t j=0; j<fDigits->GetNRows(); j++){
 699           pad=i;
 700           time=j;
 701           dig = fDigits->GetDigitFast(time,pad);
 702           if(dig <= zerosupval) continue;
 703           if(dig >= AliHLTTransform::GetADCSat())
 704             dig = AliHLTTransform::GetADCSat();
 705
 706           //Check for single timebins, and remove them because they are noise for sure.
 707           if(i>0 && i<fDigits->GetNCols()-1 && j>0 && j<fDigits->GetNRows()-1)
 708             if(fDigits->GetDigitFast(time,pad-1)<=zerosupval &&
 709                fDigits->GetDigitFast(time-1,pad)<=zerosupval &&
 710                fDigits->GetDigitFast(time+1,pad)<=zerosupval &&
 711                fDigits->GetDigitFast(time,pad+1)<=zerosupval)
 712               continue;
 713
 714           //Boundaries:
 715           if(i==0) //pad==0
 716             {
 717               if(j < fDigits->GetNRows()-1 && j > 0)
 718                 {
 719                   if(fDigits->GetDigitFast(time-1,pad)<=zerosupval &&
 720                      fDigits->GetDigitFast(time+1,pad)<=zerosupval &&
 721                      fDigits->GetDigitFast(time,pad+1)<=zerosupval)
 722                     continue;
 723                 }
 724               else if(j > 0)
 725                 {
 726                   if(fDigits->GetDigitFast(time-1,pad)<=zerosupval &&
 727                      fDigits->GetDigitFast(time,pad+1)<=zerosupval)
 728                     continue;
 729                 }
 730             }
 731           if(j==0)
 732             {
 733               if(i < fDigits->GetNCols()-1 && i > 0)
 734                 {
 735                   if(fDigits->GetDigitFast(time,pad-1)<=zerosupval &&
 736                      fDigits->GetDigitFast(time,pad+1)<=zerosupval &&
 737                      fDigits->GetDigitFast(time+1,pad)<=zerosupval)
 738                     continue;
 739                 }
 740               else if(i > 0)
 741                 {
 742                   if(fDigits->GetDigitFast(time,pad-1)<=zerosupval &&
 743                      fDigits->GetDigitFast(time+1,pad)<=zerosupval)
 744                     continue;
 745                 }
 746             }
 747
 748           if(i==fDigits->GetNCols()-1)
 749             {
 750               if(j>0 && j<fDigits->GetNRows()-1)
 751                 {
 752                   if(fDigits->GetDigitFast(time-1,pad)<=zerosupval &&
 753                      fDigits->GetDigitFast(time+1,pad)<=zerosupval &&
 754                      fDigits->GetDigitFast(time,pad-1)<=zerosupval)
 755                     continue;
 756                 }
 757               else if(j==0 && j<fDigits->GetNRows()-1)
 758                 {
 759                   if(fDigits->GetDigitFast(time+1,pad)<=zerosupval &&
 760                      fDigits->GetDigitFast(time,pad-1)<=zerosupval)
 761                     continue;
 762                 }
 763               else
 764                 {
 765                   if(fDigits->GetDigitFast(time-1,pad)<=zerosupval &&
 766                      fDigits->GetDigitFast(time,pad-1)<=zerosupval)
 767                     continue;
 768                 }
 769             }
 770
 771           if(j==fDigits->GetNRows()-1)
 772             {
 773               if(i>0 && i<fDigits->GetNCols()-1)
 774                 {
 775                   if(fDigits->GetDigitFast(time,pad-1)<=zerosupval &&
 776                      fDigits->GetDigitFast(time,pad+1)<=zerosupval &&
 777                      fDigits->GetDigitFast(time-1,pad)<=zerosupval)
 778                     continue;
 779                 }
 780               else if(i==0 && fDigits->GetNCols()-1)
 781                 {
 782                   if(fDigits->GetDigitFast(time,pad+1)<=zerosupval &&
 783                      fDigits->GetDigitFast(time-1,pad)<=zerosupval)
 784                     continue;
 785                 }
 786               else
 787                 {
 788                   if(fDigits->GetDigitFast(time,pad-1)<=zerosupval &&
 789                      fDigits->GetDigitFast(time-1,pad)<=zerosupval)
 790                     continue;
 791                 }
 792             }
 793
 794           AliHLTTransform::Raw2Local(xyz,sector,row,pad,time);
 795           //      if(fParam->GetPadRowRadii(sector,row)<230./250.*fabs(xyz[2]))
 796           //      continue;
 797
 798           ndigits[lrow]++; //for this row only
 799           ndigitcount++;   //total number of digits to be published
 800         }
 801       }
 802     }
 803     nrows++;
 804   }
 805
 806   Int_t size = sizeof(AliHLTDigitData)*ndigitcount
 807     + nrows*sizeof(AliHLTDigitRowData);
 808
 809   LOG(AliHLTLog::kDebug,"AliHLTFileHandler::AliAltroDigits2Memory","Digits")
 810     <<AliHLTLog::kDec<<"Found "<<ndigitcount<<" Digits"<<ENDLOG;
 811
 812   data=(AliHLTDigitRowData*) Allocate(size);
 813   nrow = (UInt_t)nrows;
 814   AliHLTDigitRowData *tempPt = data;
 815
 816   for(Int_t r=fRowMin;r<=fRowMax;r++){
 817     Int_t n=fIndex[fSlice][r];
 818     tempPt->fRow = r;
 819     tempPt->fNDigit = 0;
 820     if(n!=-1){ //no data on that row
 821       fDigitsTree->GetEvent(n);
 822       fParam->AdjustSectorRow(fDigits->GetID(),sector,row);
 823       AliHLTTransform::Sector2Slice(lslice,lrow,sector,row);
 824
 825       if(lrow!=r){
 826         LOG(AliHLTLog::kError,"AliHLTFileHandler::AliAltroDigits2Memory","Row")
 827           <<AliHLTLog::kDec<<"Rows on slice " << fSlice << " dont match "<<lrow<<" "<<r<<ENDLOG;
 828         continue;
 829       }
 830
 831       tempPt->fNDigit = ndigits[lrow];
 832
 833       Int_t localcount=0;
 834       fDigits->ExpandBuffer();
 835       fDigits->ExpandTrackBuffer();
 836       for(Int_t i=0; i<fDigits->GetNCols(); i++){
 837         for(Int_t j=0; j<fDigits->GetNRows(); j++){
 838           pad=i;
 839           time=j;
 840           dig = fDigits->GetDigitFast(time,pad);
 841           if(dig <= zerosupval) continue;
 842           if(dig >= AliHLTTransform::GetADCSat())
 843             dig = AliHLTTransform::GetADCSat();
 844
 845           //Check for single timebins, and remove them because they are noise for sure.
 846           if(i>0 && i<fDigits->GetNCols()-1 && j>0 && j<fDigits->GetNRows()-1)
 847             if(fDigits->GetDigitFast(time,pad-1)<=zerosupval &&
 848                fDigits->GetDigitFast(time-1,pad)<=zerosupval &&
 849                fDigits->GetDigitFast(time+1,pad)<=zerosupval &&
 850                fDigits->GetDigitFast(time,pad+1)<=zerosupval)
 851               continue;
 852
 853           //Boundaries:
 854           if(i==0) //pad ==0
 855             {
 856               if(j < fDigits->GetNRows()-1 && j > 0)
 857                 {
 858                   if(fDigits->GetDigitFast(time-1,pad)<=zerosupval &&
 859                      fDigits->GetDigitFast(time+1,pad)<=zerosupval &&
 860                      fDigits->GetDigitFast(time,pad+1)<=zerosupval)
 861                     continue;
 862                 }
 863               else if(j > 0)
 864                 {
 865                   if(fDigits->GetDigitFast(time-1,pad)<=zerosupval &&
 866                      fDigits->GetDigitFast(time,pad+1)<=zerosupval)
 867                     continue;
 868                 }
 869             }
 870           if(j==0)
 871             {
 872               if(i < fDigits->GetNCols()-1 && i > 0)
 873                 {
 874                   if(fDigits->GetDigitFast(time,pad-1)<=zerosupval &&
 875                      fDigits->GetDigitFast(time,pad+1)<=zerosupval &&
 876                      fDigits->GetDigitFast(time+1,pad)<=zerosupval)
 877                     continue;
 878                 }
 879               else if(i > 0)
 880                 {
 881                   if(fDigits->GetDigitFast(time,pad-1)<=zerosupval &&
 882                      fDigits->GetDigitFast(time+1,pad)<=zerosupval)
 883                     continue;
 884                 }
 885             }
 886
 887           if(i == fDigits->GetNCols()-1)
 888             {
 889               if(j>0 && j<fDigits->GetNRows()-1)
 890                 {
 891                   if(fDigits->GetDigitFast(time-1,pad)<=zerosupval &&
 892                      fDigits->GetDigitFast(time+1,pad)<=zerosupval &&
 893                      fDigits->GetDigitFast(time,pad-1)<=zerosupval)
 894                     continue;
 895                 }
 896               else if(j==0 && j<fDigits->GetNRows()-1)
 897                 {
 898                   if(fDigits->GetDigitFast(time+1,pad)<=zerosupval &&
 899                      fDigits->GetDigitFast(time,pad-1)<=zerosupval)
 900                     continue;
 901                 }
 902               else
 903                 {
 904                   if(fDigits->GetDigitFast(time-1,pad)<=zerosupval &&
 905                      fDigits->GetDigitFast(time,pad-1)<=zerosupval)
 906                     continue;
 907                 }
 908             }
 909           if(j==fDigits->GetNRows()-1)
 910             {
 911               if(i>0 && i<fDigits->GetNCols()-1)
 912                 {
 913                   if(fDigits->GetDigitFast(time,pad-1)<=zerosupval &&
 914                      fDigits->GetDigitFast(time,pad+1)<=zerosupval &&
 915                      fDigits->GetDigitFast(time-1,pad)<=zerosupval)
 916                     continue;
 917                 }
 918               else if(i==0 && fDigits->GetNCols()-1)
 919                 {
 920                   if(fDigits->GetDigitFast(time,pad+1)<=zerosupval &&
 921                      fDigits->GetDigitFast(time-1,pad)<=zerosupval)
 922                     continue;
 923                 }
 924               else
 925                 {
 926                   if(fDigits->GetDigitFast(time,pad-1)<=zerosupval &&
 927                      fDigits->GetDigitFast(time-1,pad)<=zerosupval)
 928                     continue;
 929                 }
 930             }
 931
 932           AliHLTTransform::Raw2Local(xyz,sector,row,pad,time);
 933           //      if(fParam->GetPadRowRadii(sector,row)<230./250.*fabs(xyz[2]))
 934           //        continue;
 935
 936           if(localcount >= ndigits[lrow])
 937             LOG(AliHLTLog::kFatal,"AliHLTFileHandler::AliAltroDigits2Binary","Memory")
 938               <<AliHLTLog::kDec<<"Mismatch: localcount "<<localcount<<" ndigits "
 939               <<ndigits[lrow]<<ENDLOG;
 940
 941           tempPt->fDigitData[localcount].fCharge=dig;
 942           tempPt->fDigitData[localcount].fPad=pad;
 943           tempPt->fDigitData[localcount].fTime=time;
 944 #ifdef do_mc
 945           tempPt->fDigitData[localcount].fTrackID[0] = (fDigits->GetTrackIDFast(time,pad,0)-2);
 946           tempPt->fDigitData[localcount].fTrackID[1] = (fDigits->GetTrackIDFast(time,pad,1)-2);
 947           tempPt->fDigitData[localcount].fTrackID[2] = (fDigits->GetTrackIDFast(time,pad,2)-2);
 948           if(eventmerge == kTRUE) //careful track mc info will be touched
 949             {//Event are going to be merged, so event number is stored in the upper 10 bits.
 950               tempPt->fDigitData[localcount].fTrackID[0] += 128; //leave some room
 951               tempPt->fDigitData[localcount].fTrackID[1] += 128; //for neg. numbers
 952               tempPt->fDigitData[localcount].fTrackID[2] += 128;
 953               tempPt->fDigitData[localcount].fTrackID[0] += ((event&0x3ff)<<22);
 954               tempPt->fDigitData[localcount].fTrackID[1] += ((event&0x3ff)<<22);
 955               tempPt->fDigitData[localcount].fTrackID[2] += ((event&0x3ff)<<22);
 956             }
 957 #endif
 958           localcount++;
 959         }
 960       }
 961     }
 962     Byte_t *tmp = (Byte_t*)tempPt;
 963     Int_t size = sizeof(AliHLTDigitRowData)
 964       + ndigits[r]*sizeof(AliHLTDigitData);
 965     tmp += size;
 966     tempPt = (AliHLTDigitRowData*)tmp;
 967   }
 968   delete [] ndigits;
 969   return data;
 970 }
 971
 972 Bool_t AliHLTFileHandler::GetDigitsTree(Int_t event)
 973 {
 974   //Connects to the TPC digit tree in the AliROOT file.
 975 #ifdef use_newio
 976   AliLoader* tpcLoader = fInAli->GetLoader("TPCLoader");
 977   if(!tpcLoader){
 978     LOG(AliHLTLog::kWarning,"AliHLTFileHandler::GetDigitsTree","File")
 979     <<"Pointer to AliLoader for TPC = 0x0 "<<ENDLOG;
 980     return kFALSE;
 981   }
 982   fInAli->GetEvent(event);
 983   tpcLoader->LoadDigits();
 984   fDigitsTree = tpcLoader->TreeD();
 985 #else
 986   fInAli->cd();
 987   Char_t dname[100];
 988   sprintf(dname,"TreeD_%s_%d",AliHLTTransform::GetParamName(),event);
 989   fDigitsTree = (TTree*)fInAli->Get(dname);
 990 #endif
 991   if(!fDigitsTree)
 992     {
 993       LOG(AliHLTLog::kError,"AliHLTFileHandler::GetDigitsTree","Digits Tree")
 994         <<AliHLTLog::kHex<<"Error getting digitstree "<<(void*)fDigitsTree<<ENDLOG;
 995       return kFALSE;
 996     }
 997   fDigitsTree->GetBranch("Segment")->SetAddress(&fDigits);
 998
 999   if(!fIndexCreated) return CreateIndex();
1000   else return kTRUE;
1001 }
1002
1003 void AliHLTFileHandler::AliDigits2RootFile(AliHLTDigitRowData *rowPt,Char_t *new_digitsfile)
1004 {
1005   //Write the data stored in rowPt, into a new AliROOT file.
1006   //The data is stored in the AliROOT format
1007   //This is specially a nice thing if you have modified data, and wants to run it
1008   //through the offline reconstruction chain.
1009   //The arguments is a pointer to the data, and the name of the new AliROOT file.
1010   //Remember to pass the original AliROOT file (the one that contains the original
1011   //simulated data) to this object, in order to retrieve the MC id's of the digits.
1012
1013   if(!fInAli)
1014     {
1015       LOG(AliHLTLog::kError,"AliHLTFileHandler::AliDigits2RootFile","File")
1016         <<"No rootfile "<<ENDLOG;
1017       return;
1018     }
1019   if(!fParam)
1020     {
1021       LOG(AliHLTLog::kError,"AliHLTFileHandler::AliDigits2RootFile","File")
1022         <<"No parameter object. Run on rootfile "<<ENDLOG;
1023       return;
1024     }
1025
1026 #ifdef use_newio
1027   //Get the original digitstree:
1028   AliLoader* tpcLoader = fInAli->GetLoader("TPCLoader");
1029   if(!tpcLoader){
1030     LOG(AliHLTLog::kWarning,"AliHLTFileHandler::AliDigits2RootFile","File")
1031     <<"Pointer to AliLoader for TPC = 0x0 "<<ENDLOG;
1032     return;
1033   }
1034   tpcLoader->LoadDigits();
1035   TTree *t=tpcLoader->TreeD();
1036
1037   AliTPCDigitsArray *old_array = new AliTPCDigitsArray();
1038   old_array->Setup(fParam);
1039   old_array->SetClass("AliSimDigits");
1040
1041   Bool_t ok = old_array->ConnectTree(t);
1042   if(!ok)
1043     {
1044       LOG(AliHLTLog::kError,"AliHLTFileHandler::AliDigits2RootFile","File")
1045         << "No digits tree object" << ENDLOG;
1046       return;
1047     }
1048
1049   tpcLoader->SetDigitsFileName(new_digitsfile);
1050   tpcLoader->MakeDigitsContainer();
1051
1052   //setup a new one, or connect it to the existing one:
1053   AliTPCDigitsArray *arr = new AliTPCDigitsArray();
1054   arr->SetClass("AliSimDigits");
1055   arr->Setup(fParam);
1056   arr->MakeTree(tpcLoader->TreeD());
1057 #else
1058
1059   //Get the original digitstree:
1060   Char_t dname[100];
1061   sprintf(dname,"TreeD_%s_0",AliHLTTransform::GetParamName());
1062
1063   fInAli->cd();
1064   AliTPCDigitsArray *old_array = new AliTPCDigitsArray();
1065   old_array->Setup(fParam);
1066   old_array->SetClass("AliSimDigits");
1067
1068   Bool_t ok = old_array->ConnectTree(dname);
1069   if(!ok)
1070     {
1071       LOG(AliHLTLog::kError,"AliHLTFileHandler::AliDigits2RootFile","File")
1072         <<"No digits tree object." <<ENDLOG;
1073       return;
1074     }
1075
1076   Bool_t create=kFALSE;
1077   TFile *digFile;
1078
1079   if(gSystem->AccessPathName(new_digitsfile))
1080     {
1081       LOG(AliHLTLog::kInformational,"AliHLTFileHandler::AliDigits2RootFile","File")
1082         <<"Creating new file "<<new_digitsfile<<ENDLOG;
1083       create = kTRUE;
1084       digFile = TFile::Open(new_digitsfile,"RECREATE");
1085       fParam->Write(fParam->GetTitle());
1086     }
1087   else
1088     {
1089       create = kFALSE;
1090       digFile = TFile::Open(new_digitsfile,"UPDATE");
1091
1092     }
1093   if(!digFile->IsOpen())
1094     {
1095       LOG(AliHLTLog::kError,"AliHLTFileHandler::AliDigits2RootFile","Rootfile")
1096         <<"Error opening rootfile "<<new_digitsfile<<ENDLOG;
1097       return;
1098     }
1099
1100   digFile->cd();
1101
1102   //setup a new one, or connect it to the existing one:
1103   AliTPCDigitsArray *arr = new AliTPCDigitsArray();
1104   arr->SetClass("AliSimDigits");
1105   arr->Setup(fParam);
1106   if(create)
1107     arr->MakeTree();
1108   else
1109     {
1110       Bool_t ok = arr->ConnectTree(dname);
1111       if(!ok)
1112         {
1113           LOG(AliHLTLog::kError,"AliHLTFileHandler::AliDigits2RootFile","Rootfile")
1114             <<"No digits tree object in existing file"<<ENDLOG;
1115           return;
1116         }
1117     }
1118 #endif
1119
1120   Int_t digcounter=0,trackID[3];
1121
1122   for(Int_t i=fRowMin; i<=fRowMax; i++)
1123     {
1124
1125       if((Int_t)rowPt->fRow != i)
1126         LOG(AliHLTLog::kWarning,"AliHLTFileHandler::AliDigits2RootFile","Data")
1127           <<"Mismatching row numbering "<<(Int_t)rowPt->fRow<<" "<<i<<ENDLOG;
1128
1129       Int_t sector,row;
1130       AliHLTTransform::Slice2Sector(fSlice,i,sector,row);
1131
1132       AliSimDigits *old_dig = (AliSimDigits*)old_array->LoadRow(sector,row);
1133       AliSimDigits * dig = (AliSimDigits*)arr->CreateRow(sector,row);
1134       old_dig->ExpandBuffer();
1135       old_dig->ExpandTrackBuffer();
1136       dig->ExpandBuffer();
1137       dig->ExpandTrackBuffer();
1138
1139       if(!old_dig)
1140         LOG(AliHLTLog::kWarning,"AliHLTFileHandler::AliDigits2RootFile","Data")
1141           <<"No padrow " << sector << " " << row <<ENDLOG;
1142
1143       AliHLTDigitData *digPt = rowPt->fDigitData;
1144       digcounter=0;
1145       for(UInt_t j=0; j<rowPt->fNDigit; j++)
1146         {
1147           Short_t charge = (Short_t)digPt[j].fCharge;
1148           Int_t pad = (Int_t)digPt[j].fPad;
1149           Int_t time = (Int_t)digPt[j].fTime;
1150
1151           if(charge == 0) //Only write the digits that has not been removed
1152             {
1153               LOG(AliHLTLog::kWarning,"AliHLTFileHandler::AliDigits2RootFile","Data")
1154                 <<"Zero charge" <<ENDLOG;
1155               continue;
1156             }
1157
1158           digcounter++;
1159
1160           //Tricks to get and set the correct track id's.
1161           for(Int_t t=0; t<3; t++)
1162             {
1163               Int_t label = old_dig->GetTrackIDFast(time,pad,t);
1164               if(label > 1)
1165                 trackID[t] = label - 2;
1166               else if(label==0)
1167                 trackID[t] = -2;
1168               else
1169                 trackID[t] = -1;
1170             }
1171
1172           dig->SetDigitFast(charge,time,pad);
1173
1174           for(Int_t t=0; t<3; t++)
1175             ((AliSimDigits*)dig)->SetTrackIDFast(trackID[t],time,pad,t);
1176
1177         }
1178       //cout<<"Wrote "<<digcounter<<" on row "<<i<<endl;
1179       UpdateRowPointer(rowPt);
1180       arr->StoreRow(sector,row);
1181       arr->ClearRow(sector,row);
1182       old_array->ClearRow(sector,row);
1183     }
1184
1185   char treeName[100];
1186   sprintf(treeName,"TreeD_%s_0",fParam->GetTitle());
1187
1188 #ifdef use_newio
1189   arr->GetTree()->SetName(treeName);
1190   arr->GetTree()->AutoSave();
1191   tpcLoader->WriteDigits("OVERWRITE");
1192 #else
1193   digFile->cd();
1194   arr->GetTree()->SetName(treeName);
1195   arr->GetTree()->AutoSave();
1196   digFile->Close();
1197 #endif
1198   delete arr;
1199   delete old_array;
1200 }
1201
1202 ///////////////////////////////////////// Point IO
1203 Bool_t AliHLTFileHandler::AliPoints2Binary(Int_t eventn)
1204 {
1205   //points to binary
1206   Bool_t out = kTRUE;
1207   UInt_t npoint;
1208   AliHLTSpacePointData *data = AliPoints2Memory(npoint,eventn);
1209   out = Memory2Binary(npoint,data);
1210   Free();
1211   return out;
1212 }
1213
1214 AliHLTSpacePointData * AliHLTFileHandler::AliPoints2Memory(UInt_t & npoint,Int_t eventn)
1215 {
1216   //points to memory
1217   AliHLTSpacePointData *data = 0;
1218   npoint=0;
1219   if(!fInAli){
1220     LOG(AliHLTLog::kWarning,"AliHLTFileHandler::AliPoints2Memory","File")
1221     <<"No Input avalible: no object fInAli"<<ENDLOG;
1222     return 0;
1223   }
1224 #ifndef use_newio
1225   if(!fInAli->IsOpen()){
1226     LOG(AliHLTLog::kWarning,"AliHLTFileHandler::AliPoints2Memory","File")
1227     <<"No Input avalible: TFile not opend"<<ENDLOG;
1228     return 0;
1229   }
1230 #endif
1231
1232   TDirectory *savedir = gDirectory;
1233 #ifdef use_newio
1234   AliLoader* tpcLoader = fInAli->GetLoader("TPCLoader");
1235   if(!tpcLoader){
1236     LOG(AliHLTLog::kWarning,"AliHLTFileHandler::AliPoints2Memory","File")
1237     <<"Pointer to AliLoader for TPC = 0x0 "<<ENDLOG;
1238     return 0;
1239   }
1240   fInAli->GetEvent(eventn);
1241   tpcLoader->LoadRecPoints();
1242
1243   AliTPCClustersArray carray;
1244   carray.Setup(fParam);
1245   carray.SetClusterType("AliTPCcluster");
1246   Bool_t clusterok = carray.ConnectTree(tpcLoader->TreeR());
1247 #else
1248   fInAli->cd();
1249
1250   Char_t cname[100];
1251   sprintf(cname,"TreeC_TPC_%d",eventn);
1252   AliTPCClustersArray carray;
1253   carray.Setup(fParam);
1254   carray.SetClusterType("AliTPCcluster");
1255   Bool_t clusterok = carray.ConnectTree(cname);
1256 #endif
1257
1258   if(!clusterok) return 0;
1259
1260   AliTPCClustersRow ** clusterrow =
1261                new AliTPCClustersRow*[ (int)carray.GetTree()->GetEntries()];
1262   Int_t *rows = new int[ (int)carray.GetTree()->GetEntries()];
1263   Int_t *sects = new int[  (int)carray.GetTree()->GetEntries()];
1264   Int_t sum=0;
1265
1266   Int_t lslice,lrow;
1267   for(Int_t i=0; i<carray.GetTree()->GetEntries(); i++){
1268     AliSegmentID *s = carray.LoadEntry(i);
1269     Int_t sector,row;
1270     fParam->AdjustSectorRow(s->GetID(),sector,row);
1271     rows[i] = row;
1272     sects[i] = sector;
1273     clusterrow[i] = 0;
1274     AliHLTTransform::Sector2Slice(lslice,lrow,sector,row);
1275     if(fSlice != lslice || lrow<fRowMin || lrow>fRowMax) continue;
1276     clusterrow[i] = carray.GetRow(sector,row);
1277     if(clusterrow[i])
1278       sum+=clusterrow[i]->GetArray()->GetEntriesFast();
1279   }
1280   UInt_t size = sum*sizeof(AliHLTSpacePointData);
1281
1282   LOG(AliHLTLog::kDebug,"AliHLTFileHandler::AliPoints2Memory","File")
1283   <<AliHLTLog::kDec<<"Found "<<sum<<" SpacePoints"<<ENDLOG;
1284
1285   data = (AliHLTSpacePointData *) Allocate(size);
1286   npoint = sum;
1287   UInt_t n=0;
1288   Int_t pat=fPatch;
1289   if(fPatch==-1)
1290     pat=0;
1291   for(Int_t i=0; i<carray.GetTree()->GetEntries(); i++){
1292     if(!clusterrow[i]) continue;
1293     Int_t row = rows[i];
1294     Int_t sector = sects[i];
1295     AliHLTTransform::Sector2Slice(lslice,lrow,sector,row);
1296     Int_t entries_in_row = clusterrow[i]->GetArray()->GetEntriesFast();
1297     for(Int_t j = 0;j<entries_in_row;j++){
1298       AliTPCcluster *c = (AliTPCcluster*)(*clusterrow[i])[j];
1299       data[n].fZ = c->GetZ();
1300       data[n].fY = c->GetY();
1301       data[n].fX = fParam->GetPadRowRadii(sector,row);
1302       data[n].fCharge = (UInt_t)c->GetQ();
1303       data[n].fID = n+((fSlice&0x7f)<<25)+((pat&0x7)<<22);//uli
1304       data[n].fPadRow = lrow;
1305       data[n].fSigmaY2 = c->GetSigmaY2();
1306       data[n].fSigmaZ2 = c->GetSigmaZ2();
1307 #ifdef do_mc
1308       data[n].fTrackID[0] = c->GetLabel(0);
1309       data[n].fTrackID[1] = c->GetLabel(1);
1310       data[n].fTrackID[2] = c->GetLabel(2);
1311 #endif
1312       if(fMC) fprintf(fMC,"%d %d\n",data[n].fID,c->GetLabel(0));
1313       n++;
1314     }
1315   }
1316   for(Int_t i=0;i<carray.GetTree()->GetEntries();i++){
1317     Int_t row = rows[i];
1318     Int_t sector = sects[i];
1319     if(carray.GetRow(sector,row))
1320       carray.ClearRow(sector,row);
1321   }
1322
1323   delete [] clusterrow;
1324   delete [] rows;
1325   delete [] sects;
1326   savedir->cd();
1327
1328   return data;
1329 }
1330