ITS/AliITS.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
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  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18
  19 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  20 //
  21 //      An overview of the basic philosophy of the ITS code development
  22 // and analysis is show in the figure below.
  23 //Begin_Html
  24 /*
  25 <img src="picts/ITS/ITS_Analysis_schema.gif">
  26 </pre>
  27 <br clear=left>
  28 <font size=+2 color=red>
  29 <p>Roberto Barbera is in charge of the ITS Offline code (1999).
  30 <a href="mailto:roberto.barbera@ct.infn.it">Roberto Barbera</a>.
  31 </font>
  32 <pre>
  33 */
  34 //End_Html
  35 //
  36 //  AliITS. Inner Traking System base class.
  37 //  This class contains the base procedures for the Inner Tracking System
  38 //
  39 //Begin_Html
  40 /*
  41 <img src="picts/ITS/AliITS_Class_Diagram.gif">
  42 </pre>
  43 <br clear=left>
  44 <font size=+2 color=red>
  45 <p>This show the class diagram of the different elements that are part of
  46 the AliITS class.
  47 </font>
  48 <pre>
  49 */
  50 //End_Html
  51 //
  52 // Version: 0
  53 // Written by Rene Brun, Federico Carminati, and Roberto Barbera
  54 //
  55 // Version: 1
  56 // Modified and documented by Bjorn S. Nilsen
  57 // July 11 1999
  58 //
  59 // Version: 2
  60 // Modified and documented by A. Bologna
  61 // October 18 1999
  62 //
  63 // AliITS is the general base class for the ITS. Also see AliDetector for
  64 // futher information.
  65 //
  66 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  67
  68 #include <Riostream.h>
  69 #include <stdlib.h>
  70
  71 #include <TBranch.h>
  72 #include <TClonesArray.h>
  73 #include <TFile.h>
  74 #include <TMath.h>
  75 #include <TObjectTable.h>
  76 #include <TROOT.h>
  77 #include <TRandom.h>
  78 #include <TString.h>
  79 #include <TTree.h>
  80 #include <TVector.h>
  81 #include <TVirtualMC.h>
  82
  83 #include "AliConfig.h"
  84 #include "AliHeader.h"
  85 #include "AliITS.h"
  86 #include "AliITSClusterFinderSDD.h"
  87 #include "AliITSClusterFinderSPD.h"
  88 #include "AliITSClusterFinderSSD.h"
  89 #include "AliITSDetType.h"
  90 #include "AliITSLoader.h"
  91 #include "AliITSRawCluster.h"
  92 #include "AliITSRecPoint.h"
  93 #include "AliITSdigit.h"
  94 #include "AliITSgeom.h"
  95 #include "AliITShit.h"
  96 #include "AliITSmodule.h"
  97 #include "AliITSpList.h"
  98 #include "AliITSresponseSDD.h"
  99 #include "AliITSresponseSPD.h"
 100 #include "AliITSresponseSSD.h"
 101 #include "AliITSsegmentationSDD.h"
 102 #include "AliITSsegmentationSPD.h"
 103 #include "AliITSsegmentationSSD.h"
 104 #include "AliITSsimulationSDD.h"
 105 #include "AliITSsimulationSPD.h"
 106 #include "AliITSsimulationSSD.h"
 107 #include "AliMC.h"
 108
 109 ClassImp(AliITS)
 110
 111 //______________________________________________________________________
 112 AliITS::AliITS() : AliDetector() {
 113     // Default initializer for ITS
 114     //      The default constructor of the AliITS class. In addition to
 115     // creating the AliITS class it zeros the variables fIshunt (a member
 116     // of AliDetector class), fEuclidOut, and fIdN, and zeros the pointers
 117     // fITSpoints, fIdSens, and fIdName. The AliDetector default constructor
 118     // is also called.
 119     // Inputs:
 120     //      none.
 121     // Outputs:
 122     //      none.
 123     // Return:
 124     //      Blank ITS class.
 125
 126     fIshunt     = 0;   // not zeroed in AliDetector.
 127
 128     // AliITS variables.
 129     fEuclidOut  = 0;
 130     fITSgeom    = 0;
 131     fITSmodules = 0;
 132     fOpt        = "All";
 133 //    SetDetectors(); // default to fOpt="All". This variable not written out.
 134
 135     fIdN        = 0;
 136     fIdName     = 0;
 137     fIdSens     = 0;
 138
 139     fNDetTypes  = kNTYPES;
 140     fDetTypes   = 0;
 141
 142     fSDigits    = 0;
 143     fNSDigits   = 0;
 144
 145     fNdtype     = 0;
 146     fDtype      = 0;
 147
 148     fCtype      = 0;
 149     fNctype     = 0;
 150
 151     fRecPoints  = 0;
 152     fNRecPoints = 0;
 153
 154     SetMarkerColor(kRed);
 155 }
 156 //______________________________________________________________________
 157 AliITS::AliITS(const char *name, const char *title):AliDetector(name,title){
 158     //     The standard Constructor for the ITS class. In addition to
 159     // creating the AliITS class, it allocates memory for the TClonesArrays
 160     // fHits, fSDigits, fDigits, fITSpoints, and the TObjArray of fCtype
 161     // (clusters). It also zeros the variables
 162     // fIshunt (a member of AliDetector class), fEuclidOut, and fIdN, and zeros
 163     // the pointers fIdSens and fIdName. To help in displaying hits via the
 164     // ROOT macro display.C AliITS also sets the marker color to red. The
 165     // variables passes with this constructor, const char *name and *title,
 166     // are used by the constructor of AliDetector class. See AliDetector
 167     // class for a description of these parameters and its constructor
 168     // functions.
 169     // Inputs:
 170     //      const char *name      Detector name. Should always be "ITS"
 171     //      const char *title     Detector title.
 172     // Outputs:
 173     //      none.
 174     // Return:
 175     //      An ITS class.
 176
 177     fIshunt     = 0;  // not zeroed in AliDetector
 178     fHits       = new TClonesArray("AliITShit", 1560);//not done in AliDetector
 179     gAlice->GetMCApp()->AddHitList(fHits);  // Not done in AliDetector.
 180
 181     fEuclidOut  = 0;
 182     fITSgeom    = 0;
 183     fITSmodules = 0;
 184     SetDetectors(); // default to fOpt="All". This variable not written out.
 185
 186     fIdN        = 0;
 187     fIdName     = 0;
 188     fIdSens     = 0;
 189
 190     fNDetTypes  = kNTYPES;
 191     fDetTypes   = new TObjArray(fNDetTypes);
 192
 193     fSDigits    = new TClonesArray("AliITSpListItem",1000);
 194     fNSDigits   = 0;
 195
 196     fNdtype     = new Int_t[fNDetTypes];
 197     fDtype      = new TObjArray(fNDetTypes);
 198
 199     fCtype      = new TObjArray(fNDetTypes);
 200     fNctype     = new Int_t[fNDetTypes];
 201
 202     fRecPoints  = new TClonesArray("AliITSRecPoint",1000);
 203     fNRecPoints = 0;
 204
 205     Int_t i;
 206     for(i=0;i<fNDetTypes;i++) {
 207         fDetTypes->AddAt(new AliITSDetType(),i);
 208         fNdtype[i] = 0;
 209         fNctype[i] = 0;
 210     } // end for i
 211
 212     SetMarkerColor(kRed);
 213
 214 }
 215 //______________________________________________________________________
 216 AliITS::~AliITS(){
 217     // Default destructor for ITS.
 218     //     The default destructor of the AliITS class. In addition to deleting
 219     // the AliITS class it deletes the memory pointed to by the fHits, fDigits,
 220     // fSDigits, fCtype, fITSmodules, fITSgeom, fRecPoints, fIdSens, fIdName,
 221     // fITSpoints, fDetType and it's contents.
 222     // Inputs:
 223     //      none.
 224     // Outputs:
 225     //      none.
 226     // Return:
 227     //      none.
 228
 229     if (fHits) {
 230       fHits->Delete();
 231       delete fHits;
 232       fHits=0;
 233     }
 234     if (fSDigits) {
 235       fSDigits->Delete();
 236       delete fSDigits;
 237       fSDigits=0;
 238     }
 239     if (fDigits) {
 240       fDigits->Delete();
 241       delete fDigits;
 242       fDigits=0;
 243     }
 244     if (fRecPoints) {
 245       fRecPoints->Delete();
 246       delete fRecPoints;
 247       fRecPoints=0;
 248     }
 249     delete[] fIdName;  // Array of TStrings
 250     delete[] fIdSens;
 251     if(fITSmodules) {
 252         this->ClearModules();
 253         delete fITSmodules;
 254         fITSmodules = 0;
 255     }// end if fITSmodules!=0
 256
 257     if(fDtype) {
 258         fDtype->Delete();
 259         delete fDtype;
 260     } // end if fDtype
 261     delete [] fNdtype;
 262     if (fCtype) {
 263         fCtype->Delete();
 264         delete fCtype;
 265         fCtype = 0;
 266     } // end if fCtype
 267     delete [] fNctype;
 268
 269     if (fDetTypes) {
 270         fDetTypes->Delete();
 271         delete fDetTypes;
 272         fDetTypes = 0;
 273     } // end if fDetTypes
 274
 275
 276     if (fITSgeom) delete fITSgeom;
 277 }
 278 //______________________________________________________________________
 279 AliITS::AliITS(const AliITS &source) : AliDetector(source){
 280     // Copy constructor. This is a function which is not allowed to be
 281     // done to the ITS. It exits with an error.
 282     // Inputs:
 283     //      AliITS &source  An AliITS class.
 284     // Outputs:
 285     //      none.
 286     // Return:
 287     //      none.
 288
 289     if(this==&source) return;
 290     Error("Copy constructor",
 291           "You are not allowed to make a copy of the AliITS");
 292     exit(1);
 293 }
 294 //______________________________________________________________________
 295 AliITS& AliITS::operator=(AliITS &source){
 296     // Assignment operator. This is a function which is not allowed to be
 297     // done to the ITS. It exits with an error.
 298     // Inputs:
 299     //      AliITS &source  An AliITS class.
 300     // Outputs:
 301     //      none.
 302     // Return:
 303     //      none.
 304
 305     if(this==&source) return *this;
 306     Error("operator=","You are not allowed to make a copy of the AliITS");
 307     exit(1);
 308     return *this; //fake return
 309 }
 310 //______________________________________________________________________
 311 Int_t AliITS::DistancetoPrimitive(Int_t,Int_t) const{
 312     // Distance from mouse to ITS on the screen. Dummy routine
 313     //     A dummy routine used by the ROOT macro display.C to allow for the
 314     // use of the mouse (pointing device) in the macro. In general this should
 315     // never be called. If it is it returns the number 9999 for any value of
 316     // x and y.
 317     // Inputs:
 318     //      Int_t     Dummy screen coordinate.
 319     //      Int_t     Dummy screen coordinate.
 320     // Outputs:
 321     //      none.
 322     // Return:
 323     //      Int_t     Dummy = 9999 distance to ITS.
 324
 325     return 9999;
 326 }
 327 //______________________________________________________________________
 328 void AliITS::Init(){
 329     // Initializer ITS after it has been built
 330     //     This routine initializes the AliITS class. It is intended to be
 331     // called from the Init function in AliITSv?. Besides displaying a banner
 332     // indicating that it has been called it initializes the array fIdSens
 333     // and sets the default segmentation, response, digit and raw cluster
 334     // classes therefore it should be called after a call to CreateGeometry.
 335     // Inputs:
 336     //      none.
 337     // Outputs:
 338     //      none.
 339     // Return:
 340     //      none.
 341     Int_t i;
 342
 343     SetDefaults();
 344     // Array of TStrings
 345     for(i=0;i<fIdN;i++) fIdSens[i] = gMC->VolId(fIdName[i]);
 346 }
 347 //______________________________________________________________________
 348 void AliITS::SetDefaults(){
 349     // sets the default segmentation, response, digit and raw cluster classes.
 350     // Inputs:
 351     //      none.
 352     // Outputs:
 353     //      none.
 354     // Return:
 355     //      none.
 356
 357     if(fDebug) printf("%s: SetDefaults\n",ClassName());
 358
 359     AliITSDetType *iDetType;
 360
 361     //SPD
 362     iDetType=DetType(0);
 363     if (!iDetType->GetSegmentationModel()) {
 364         AliITSsegmentationSPD *seg0=new AliITSsegmentationSPD(fITSgeom);
 365         SetSegmentationModel(0,seg0);
 366     } // end if
 367     if (!iDetType->GetResponseModel()) {
 368         SetResponseModel(0,new AliITSresponseSPD());
 369     } // end if
 370     // set digit and raw cluster classes to be used
 371
 372     const char *kData0=(iDetType->GetResponseModel())->DataType();
 373     if (strstr(kData0,"real")) {
 374         iDetType->ClassNames("AliITSdigit","AliITSRawClusterSPD");
 375     } else iDetType->ClassNames("AliITSdigitSPD","AliITSRawClusterSPD");
 376
 377     // SDD
 378     iDetType=DetType(1);
 379     if (!iDetType->GetResponseModel()) {
 380         SetResponseModel(1,new AliITSresponseSDD("simulated"));
 381     } // end if
 382     AliITSresponse *resp1=iDetType->GetResponseModel();
 383     if (!iDetType->GetSegmentationModel()) {
 384         AliITSsegmentationSDD *seg1=new AliITSsegmentationSDD(fITSgeom,resp1);
 385         SetSegmentationModel(1,seg1);
 386     } // end if
 387     const char *kData1=(iDetType->GetResponseModel())->DataType();
 388     const char *kopt=iDetType->GetResponseModel()->ZeroSuppOption();
 389     if((!strstr(kopt,"2D"))&&(!strstr(kopt,"1D")) || strstr(kData1,"real") ){
 390         iDetType->ClassNames("AliITSdigit","AliITSRawClusterSDD");
 391     } else iDetType->ClassNames("AliITSdigitSDD","AliITSRawClusterSDD");
 392
 393     // SSD
 394     iDetType=DetType(2);
 395     if (!iDetType->GetSegmentationModel()) {
 396         AliITSsegmentationSSD *seg2=new AliITSsegmentationSSD(fITSgeom);
 397         SetSegmentationModel(2,seg2);
 398     } // end if
 399     if (!iDetType->GetResponseModel()) {
 400         SetResponseModel(2,new AliITSresponseSSD("simulated"));
 401     } // end if
 402     const char *kData2=(iDetType->GetResponseModel())->DataType();
 403     if (strstr(kData2,"real")) {
 404         iDetType->ClassNames("AliITSdigit","AliITSRawClusterSSD");
 405     } else iDetType->ClassNames("AliITSdigitSSD","AliITSRawClusterSSD");
 406
 407     if (kNTYPES>3) {
 408         Warning("SetDefaults",
 409                 "Only the three basic detector types are initialized!");
 410     }  // end if
 411 }
 412 //______________________________________________________________________
 413 void AliITS::SetDefaultSimulation(){
 414     // sets the default simulation.
 415     // Inputs:
 416     //      none.
 417     // Outputs:
 418     //      none.
 419     // Return:
 420     //      none.
 421
 422     AliITSDetType *iDetType;
 423     AliITSsimulation *sim;
 424     iDetType=DetType(0);
 425     sim = iDetType->GetSimulationModel();
 426     if (!sim) {
 427         AliITSsegmentation *seg0=
 428             (AliITSsegmentation*)iDetType->GetSegmentationModel();
 429         AliITSresponse *res0 = (AliITSresponse*)iDetType->GetResponseModel();
 430         AliITSsimulationSPD *sim0=new AliITSsimulationSPD(seg0,res0);
 431         SetSimulationModel(0,sim0);
 432     }else{ // simulation exists, make sure it is set up properly.
 433         ((AliITSsimulationSPD*)sim)->Init(
 434             (AliITSsegmentationSPD*) iDetType->GetSegmentationModel(),
 435             (AliITSresponseSPD*) iDetType->GetResponseModel());
 436 //        if(sim->GetResponseModel()==0) sim->SetResponseModel(
 437 //            (AliITSresponse*)iDetType->GetResponseModel());
 438 //        if(sim->GetSegmentationModel()==0) sim->SetSegmentationModel(
 439 //            (AliITSsegmentation*)iDetType->GetSegmentationModel());
 440     } // end if
 441     iDetType=DetType(1);
 442     sim = iDetType->GetSimulationModel();
 443     if (!sim) {
 444         AliITSsegmentation *seg1=
 445             (AliITSsegmentation*)iDetType->GetSegmentationModel();
 446         AliITSresponse *res1 = (AliITSresponse*)iDetType->GetResponseModel();
 447         AliITSsimulationSDD *sim1=new AliITSsimulationSDD(seg1,res1);
 448         SetSimulationModel(1,sim1);
 449     }else{ // simulation exists, make sure it is set up properly.
 450         ((AliITSsimulationSDD*)sim)->Init(
 451             (AliITSsegmentationSDD*) iDetType->GetSegmentationModel(),
 452             (AliITSresponseSDD*) iDetType->GetResponseModel());
 453 //        if(sim->GetResponseModel()==0) sim->SetResponseModel(
 454 //            (AliITSresponse*)iDetType->GetResponseModel());
 455 //        if(sim->GetSegmentationModel()==0) sim->SetSegmentationModel(
 456 //            (AliITSsegmentation*)iDetType->GetSegmentationModel());
 457     } //end if
 458     iDetType=DetType(2);
 459     sim = iDetType->GetSimulationModel();
 460     if (!sim) {
 461         AliITSsegmentation *seg2=
 462             (AliITSsegmentation*)iDetType->GetSegmentationModel();
 463         AliITSresponse *res2 = (AliITSresponse*)iDetType->GetResponseModel();
 464         AliITSsimulationSSD *sim2=new AliITSsimulationSSD(seg2,res2);
 465         SetSimulationModel(2,sim2);
 466     }else{ // simulation exists, make sure it is set up properly.
 467         ((AliITSsimulationSSD*)sim)->Init(
 468             (AliITSsegmentationSSD*) iDetType->GetSegmentationModel(),
 469             (AliITSresponseSSD*) iDetType->GetResponseModel());
 470 //        if(sim->GetResponseModel()==0) sim->SetResponseModel(
 471 //            (AliITSresponse*)iDetType->GetResponseModel());
 472 //        if(sim->GetSegmentationModel()==0) sim->SetSegmentationModel(
 473 //            (AliITSsegmentation*)iDetType->GetSegmentationModel());
 474     } // end if
 475 }
 476 //______________________________________________________________________
 477 void AliITS::SetDefaultClusterFinders(){
 478     // Sets the default cluster finders. Used in finding RecPoints.
 479     // Inputs:
 480     //      none.
 481     // Outputs:
 482     //      none.
 483     // Return:
 484     //      none.
 485
 486     MakeTreeC();
 487     AliITSDetType *iDetType;
 488
 489     // SPD
 490     iDetType=DetType(0);
 491     if (!iDetType->GetReconstructionModel()) {
 492         AliITSsegmentation *seg0 =
 493             (AliITSsegmentation*)iDetType->GetSegmentationModel();
 494         TClonesArray *dig0=DigitsAddress(0);
 495         TClonesArray *recp0=ClustersAddress(0);
 496         AliITSClusterFinderSPD *rec0 = new AliITSClusterFinderSPD(seg0,dig0,
 497                                                                   recp0);
 498         SetReconstructionModel(0,rec0);
 499     } // end if
 500
 501     // SDD
 502     iDetType=DetType(1);
 503     if (!iDetType->GetReconstructionModel()) {
 504         AliITSsegmentation *seg1 =
 505             (AliITSsegmentation*)iDetType->GetSegmentationModel();
 506         AliITSresponse *res1 = (AliITSresponse*)iDetType->GetResponseModel();
 507         TClonesArray *dig1=DigitsAddress(1);
 508         TClonesArray *recp1=ClustersAddress(1);
 509         AliITSClusterFinderSDD *rec1 =
 510             new AliITSClusterFinderSDD(seg1,res1,dig1,recp1);
 511       SetReconstructionModel(1,rec1);
 512     } // end if
 513
 514     // SSD
 515     iDetType=DetType(2);
 516     if (!iDetType->GetReconstructionModel()) {
 517         AliITSsegmentation *seg2=
 518             (AliITSsegmentation*)iDetType->GetSegmentationModel();
 519         TClonesArray *dig2=DigitsAddress(2);
 520         AliITSClusterFinderSSD *rec2= new AliITSClusterFinderSSD(seg2,dig2);
 521         SetReconstructionModel(2,rec2);
 522     } // end if
 523 }
 524 //______________________________________________________________________
 525 void AliITS::MakeBranch(Option_t* option){
 526     // Creates Tree branches for the ITS.
 527     // Inputs:
 528     //      Option_t *option    String of Tree types S,D, and/or R.
 529     //      const char *file    String of the file name where these branches
 530     //                          are to be stored. If blank then these branches
 531     //                          are written to the same tree as the Hits were
 532     //                          read from.
 533     // Outputs:
 534     //      none.
 535     // Return:
 536     //      none.
 537     Bool_t cH = (strstr(option,"H")!=0);
 538     Bool_t cS = (strstr(option,"S")!=0);
 539     Bool_t cD = (strstr(option,"D")!=0);
 540     Bool_t cR = (strstr(option,"R")!=0);
 541     Bool_t cRF = (strstr(option,"RF")!=0);
 542
 543     if(cRF)cR = kFALSE;
 544     if(cH && (fHits == 0x0)) fHits  = new TClonesArray("AliITShit", 1560);
 545
 546     AliDetector::MakeBranch(option);
 547
 548     if(cS) MakeBranchS(0);
 549     if(cD) MakeBranchD(0);
 550     if(cR) MakeBranchR(0);
 551     if(cRF) MakeBranchRF(0);
 552 }
 553 //______________________________________________________________________
 554 void AliITS::SetTreeAddress(){
 555     // Set branch address for the Trees.
 556     // Inputs:
 557     //      none.
 558     // Outputs:
 559     //      none.
 560     // Return:
 561     //      none.
 562     TTree *treeS = fLoader->TreeS();
 563     TTree *treeD = fLoader->TreeD();
 564     TTree *treeR = fLoader->TreeR();
 565     if (fLoader->TreeH() && (fHits == 0x0)) fHits = new TClonesArray("AliITShit", 1560);
 566
 567     AliDetector::SetTreeAddress();
 568
 569     SetTreeAddressS(treeS);
 570     SetTreeAddressD(treeD);
 571     SetTreeAddressR(treeR);
 572 }
 573 //______________________________________________________________________
 574 AliITSDetType* AliITS::DetType(Int_t id){
 575     // Return pointer to id detector type.
 576     // Inputs:
 577     //      Int_t id   detector id number.
 578     // Outputs:
 579     //      none.
 580     // Return:
 581     //      returned, a pointer to a AliITSDetType.
 582
 583     return ((AliITSDetType*) fDetTypes->At(id));
 584 }
 585 //______________________________________________________________________
 586 void AliITS::SetResponseModel(Int_t id, AliITSresponse *response){
 587     // Set the response model for the id detector type.
 588     // Inputs:
 589     //      Int_t id        detector id number.
 590     //      AliITSresponse* a pointer containing an instance of AliITSresponse
 591     //                      to be stored/owned b y AliITSDetType.
 592     // Outputs:
 593     //      none.
 594     // Return:
 595     //      none.
 596
 597     ((AliITSDetType*) fDetTypes->At(id))->ResponseModel(response);
 598 }
 599 //______________________________________________________________________
 600 void AliITS::SetSegmentationModel(Int_t id, AliITSsegmentation *seg){
 601     // Set the segmentation model for the id detector type.
 602     // Inputs:
 603     //      Int_t id            detector id number.
 604     //      AliITSsegmentation* a pointer containing an instance of
 605     //                          AliITSsegmentation to be stored/owned b y
 606     //                          AliITSDetType.
 607     // Outputs:
 608     //      none.
 609     // Return:
 610     //      none.
 611
 612     ((AliITSDetType*) fDetTypes->At(id))->SegmentationModel(seg);
 613 }
 614 //______________________________________________________________________
 615 void AliITS::SetSimulationModel(Int_t id, AliITSsimulation *sim){
 616     // Set the simulation model for the id detector type.
 617     // Inputs:
 618     //      Int_t id        detector id number.
 619     //      AliITSresponse* a pointer containing an instance of AliITSresponse
 620     //                      to be stored/owned b y AliITSDetType.
 621     // Outputs:
 622     //      none.
 623     // Return:
 624     //      none.
 625
 626    ((AliITSDetType*) fDetTypes->At(id))->SimulationModel(sim);
 627
 628 }
 629 //______________________________________________________________________
 630 void AliITS::SetReconstructionModel(Int_t id, AliITSClusterFinder *reconst){
 631     // Set the cluster finder model for the id detector type.
 632     // Inputs:
 633     //      Int_t id             detector id number.
 634     //      AliITSClusterFinder* a pointer containing an instance of
 635     //                           AliITSClusterFinder to be stored/owned b y
 636     //                           AliITSDetType.
 637     // Outputs:
 638     //      none.
 639     // Return:
 640     //      none.
 641
 642     ((AliITSDetType*) fDetTypes->At(id))->ReconstructionModel(reconst);
 643 }
 644 //______________________________________________________________________
 645 void AliITS::SetClasses(Int_t id, const char *digit, const char *cluster){
 646     // Set the digit and cluster classes name to be used for the id detector
 647     // type.
 648     // Inputs:
 649     //      Int_t id            detector id number.
 650     //      const char *digit   Digit class name for detector id.
 651     //      const char *cluster Cluster class name for detector id.
 652     // Outputs:
 653     //      none.
 654     // Return:
 655     //      none.
 656
 657     ((AliITSDetType*) fDetTypes->At(id))->ClassNames(digit,cluster);
 658 }
 659 //______________________________________________________________________
 660 void AliITS::AddHit(Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits){
 661     // Add an ITS hit
 662     //     The function to add information to the AliITShit class. See the
 663     // AliITShit class for a full description. This function allocates the
 664     // necessary new space for the hit information and passes the variable
 665     // track, and the pointers *vol and *hits to the AliITShit constructor
 666     // function.
 667     // Inputs:
 668     //      Int_t   track   Track number which produced this hit.
 669     //      Int_t   *vol    Array of Integer Hit information. See AliITShit.h
 670     //      Float_t *hits   Array of Floating Hit information.  see AliITShit.h
 671     // Outputs:
 672     //      none.
 673     // Return:
 674     //      none.
 675
 676     TClonesArray &lhits = *fHits;
 677     new(lhits[fNhits++]) AliITShit(fIshunt,track,vol,hits);
 678 }
 679 //______________________________________________________________________
 680 void AliITS::InitModules(Int_t size,Int_t &nmodules){
 681     // Initialize the modules array.
 682     // Inputs:
 683     //      Int_t size  Size of array of the number of modules to be
 684     //                  created. If size <=0 then the number of modules
 685     //                  is gotten from AliITSgeom class kept in fITSgeom.
 686     // Outputs:
 687     //      Int_t &nmodules The number of modules existing.
 688     // Return:
 689     //      none.
 690
 691     if(fITSmodules){
 692         fITSmodules->Delete();
 693         delete fITSmodules;
 694     } // end fir fITSmoudles
 695
 696     Int_t nl,indexMAX,index;
 697
 698     if(size<=0){ // default to using data stored in AliITSgeom
 699         if(fITSgeom==0) {
 700             Error("InitModules","fITSgeom not defined");
 701             return;
 702         } // end if fITSgeom==0
 703         nl = fITSgeom->GetNlayers();
 704         indexMAX = fITSgeom->GetModuleIndex(nl,fITSgeom->GetNladders(nl),
 705                                             fITSgeom->GetNdetectors(nl))+1;
 706         nmodules = indexMAX;
 707         fITSmodules = new TObjArray(indexMAX);
 708         for(index=0;index<indexMAX;index++){
 709             fITSmodules->AddAt( new AliITSmodule(index),index);
 710         } // end for index
 711     }else{
 712         fITSmodules = new TObjArray(size);
 713         for(index=0;index<size;index++) {
 714             fITSmodules->AddAt( new AliITSmodule(index),index);
 715         } // end for index
 716
 717         nmodules = size;
 718     } // end i size<=0
 719 }
 720 //______________________________________________________________________
 721 void AliITS::FillModules(Int_t evnt,Int_t bgrev,Int_t nmodules,
 722                          Option_t *option,Text_t *filename){
 723     // fill the modules with the sorted by module hits; add hits from
 724     // background if option=Add.
 725     // Inputs:
 726     //      Int_t evnt       Event to be processed.
 727     //      Int_t bgrev      Background Hit tree number.
 728     //      Int_t nmodules   Not used.
 729     //      Option_t *option String indicating if merging hits or not. To
 730     //                       merge hits set equal to "Add". Otherwise no
 731     //                       background hits are considered.
 732     //      Test_t *filename File name containing the background hits..
 733     // Outputs:
 734     //      none.
 735     // Return:
 736     //      none.
 737     static TTree *trH1;                 //Tree with background hits
 738     static Bool_t first=kTRUE;
 739     static TFile *file;
 740     const char *addBgr = strstr(option,"Add");
 741
 742     evnt = nmodules; // Dummy use of variables to remove warnings
 743     if (addBgr ) {
 744         if(first) {
 745             file=new TFile(filename);
 746         } // end if first
 747         first=kFALSE;
 748         file->cd();
 749         file->ls();
 750         // Get Hits Tree header from file
 751         if(trH1) delete trH1;
 752         trH1=0;
 753
 754         char treeName[20];
 755         sprintf(treeName,"TreeH%d",bgrev);
 756         trH1 = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 757         if (!trH1) {
 758             Error("FillModules","cannot find Hits Tree for event:%d",bgrev);
 759         } // end if !trH1
 760         // Set branch addresses
 761     } // end if addBgr
 762
 763     FillModules(fLoader->TreeH(),0); // fill from this file's tree.
 764
 765     if (addBgr ) {
 766         FillModules(trH1,10000000); // Default mask 10M.
 767         TTree *fAli=fLoader->GetRunLoader()->TreeK();
 768         TFile *fileAli=0;
 769         if (fAli) fileAli =fAli->GetCurrentFile();
 770         fileAli->cd();
 771     } // end if add
 772 }
 773 //______________________________________________________________________
 774 void AliITS::FillModules(TTree *treeH, Int_t mask) {
 775     // fill the modules with the sorted by module hits;
 776     // can be called many times to do a merging
 777     // Inputs:
 778     //      TTree *treeH  The tree containing the hits to be copied into
 779     //                    the modules.
 780     //      Int_t mask    The track number mask to indecate which file
 781     //                    this hits came from.
 782     // Outputs:
 783     //      none.
 784     // Return:
 785     //      none.
 786
 787     if (treeH == 0x0)
 788      {
 789        Error("FillModules","Tree is NULL");
 790      }
 791     Int_t lay,lad,det,index;
 792     AliITShit *itsHit=0;
 793     AliITSmodule *mod=0;
 794     char branchname[20];
 795     sprintf(branchname,"%s",GetName());
 796     TBranch *branch = treeH->GetBranch(branchname);
 797     if (!branch) {
 798         Error("FillModules","%s branch in TreeH not found",branchname);
 799         return;
 800     } // end if !branch
 801     branch->SetAddress(&fHits);
 802     Int_t nTracks =(Int_t) treeH->GetEntries();
 803     Int_t iPrimTrack,h;
 804     for(iPrimTrack=0; iPrimTrack<nTracks; iPrimTrack++){
 805         ResetHits();
 806         Int_t nBytes = treeH->GetEvent(iPrimTrack);
 807         if (nBytes <= 0) continue;
 808         Int_t nHits = fHits->GetEntriesFast();
 809         for(h=0; h<nHits; h++){
 810             itsHit = (AliITShit *)fHits->UncheckedAt(h);
 811             itsHit->GetDetectorID(lay,lad,det);
 812             if (fITSgeom) {
 813                 index = fITSgeom->GetModuleIndex(lay,lad,det);
 814             } else {
 815                 index=det-1; // This should not be used.
 816             } // end if [You must have fITSgeom for this to work!]
 817             mod = GetModule(index);
 818             itsHit->SetTrack(itsHit->GetTrack()+mask); // Set track mask.
 819             mod->AddHit(itsHit,iPrimTrack,h);
 820         } // end loop over hits
 821     } // end loop over tracks
 822 }
 823 //______________________________________________________________________
 824 void AliITS::ClearModules(){
 825     // Clear the modules TObjArray.
 826     // Inputs:
 827     //      none.
 828     // Outputs:
 829     //      none.
 830
 831     if(fITSmodules) fITSmodules->Delete();
 832 }
 833 //______________________________________________________________________
 834 void AliITS::MakeBranchS(const char *fl){
 835     // Creates Tree Branch for the ITS summable digits.
 836     // Inputs:
 837     //      cont char *fl  File name where SDigits branch is to be written
 838     //                     to. If blank it write the SDigits to the same
 839     //                     file in which the Hits were found.
 840     // Outputs:
 841     //      none.
 842     // Return:
 843     //      none.
 844     Int_t buffersize = 4000;
 845     char branchname[30];
 846
 847     // only one branch for SDigits.
 848     sprintf(branchname,"%s",GetName());
 849
 850
 851     if(fLoader->TreeS()){
 852         if (fSDigits == 0x0)  fSDigits  = new TClonesArray("AliITSpListItem",1000);
 853         MakeBranchInTree(fLoader->TreeS(),branchname,&fSDigits,buffersize,fl);
 854     } // end if
 855 }
 856 //______________________________________________________________________
 857 void AliITS::SetTreeAddressS(TTree *treeS){
 858     // Set branch address for the ITS summable digits Trees.
 859     // Inputs:
 860     //      TTree *treeS   Tree containing the SDigits.
 861     // Outputs:
 862     //      none.
 863     // Return:
 864     //      none.
 865     char branchname[30];
 866
 867     if(!treeS) return;
 868     if (fSDigits == 0x0)  fSDigits = new TClonesArray("AliITSpListItem",1000);
 869     TBranch *branch;
 870     sprintf(branchname,"%s",GetName());
 871     branch = treeS->GetBranch(branchname);
 872     if (branch) branch->SetAddress(&fSDigits);
 873 }
 874 //______________________________________________________________________
 875 void AliITS::MakeBranchInTreeD(TTree *treeD,const char *file){
 876     // Creates Tree branches for the ITS.
 877     // Inputs:
 878     //      TTree     *treeD Pointer to the Digits Tree.
 879     //      cont char *file  File name where Digits branch is to be written
 880     //                       to. If blank it write the SDigits to the same
 881     //                       file in which the Hits were found.
 882     // Outputs:
 883     //      none.
 884     // Return:
 885     //      none.
 886     Int_t buffersize = 4000;
 887     char branchname[30];
 888
 889     sprintf(branchname,"%s",GetName());
 890     // one branch for digits per type of detector
 891     const char *det[3] = {"SPD","SDD","SSD"};
 892     char digclass[40];
 893     char clclass[40];
 894     Int_t i;
 895     for (i=0; i<kNTYPES ;i++) {
 896         DetType(i)->GetClassNames(digclass,clclass);
 897         // digits
 898         if (fDtype == 0x0) fDtype = new TObjArray(fNDetTypes);
 899         if(!(fDtype->At(i))) fDtype->AddAt(new TClonesArray(digclass,1000),i);
 900         else ResetDigits(i);
 901     } // end for i
 902     for (i=0; i<kNTYPES ;i++) {
 903         if (kNTYPES==3) sprintf(branchname,"%sDigits%s",GetName(),det[i]);
 904         else  sprintf(branchname,"%sDigits%d",GetName(),i+1);
 905         if (fDtype && treeD) {
 906             MakeBranchInTree(treeD, branchname, &((*fDtype)[i]),buffersize,file);
 907         } // end if
 908     } // end for i
 909 }
 910 //______________________________________________________________________
 911 void AliITS::SetTreeAddressD(TTree *treeD){
 912     // Set branch address for the Trees.
 913     // Inputs:
 914     //      TTree *treeD   Tree containing the Digits.
 915     // Outputs:
 916     //      none.
 917     // Return:
 918     //      none.
 919     char branchname[30];
 920     const char *det[3] = {"SPD","SDD","SSD"};
 921     TBranch *branch;
 922     char digclass[40];
 923     char clclass[40];
 924     Int_t i;
 925
 926     if(!treeD) return;
 927     for (i=0; i<kNTYPES; i++) {
 928         DetType(i)->GetClassNames(digclass,clclass);
 929         // digits
 930         if (fDtype == 0x0) fDtype = new TObjArray(fNDetTypes);
 931         if(!(fDtype->At(i))) fDtype->AddAt(new TClonesArray(digclass,1000),i);
 932         else ResetDigits(i);
 933         if (kNTYPES==3) sprintf(branchname,"%sDigits%s",GetName(),det[i]);
 934         else  sprintf(branchname,"%sDigits%d",GetName(),i+1);
 935         if (fDtype) {
 936             branch = treeD->GetBranch(branchname);
 937             if (branch) branch->SetAddress(&((*fDtype)[i]));
 938         } // end if fDtype
 939     } // end for i
 940 }
 941 //______________________________________________________________________
 942 void AliITS::Hits2SDigits(){
 943     // Standard Hits to summable Digits function.
 944     // Inputs:
 945     //      none.
 946     // Outputs:
 947     //      none.
 948
 949 //    return; // Using Hits in place of the larger sDigits.
 950     AliRunLoader* rl = fLoader->GetRunLoader();
 951     AliHeader *header=rl->GetHeader(); // Get event number from this file.
 952     if (header == 0x0)
 953      {
 954        rl->LoadHeader();
 955        header=rl->GetHeader();
 956        if (header == 0x0) return;
 957      }
 958     // Do the Hits to Digits operation. Use Standard input values.
 959     // Event number from file, no background hit merging , use size from
 960     // AliITSgeom class, option="All", input from this file only.
 961     HitsToSDigits(header->GetEvent(),0,-1," ",fOpt," ");
 962
 963 }
 964 //______________________________________________________________________
 965 void AliITS::Hits2PreDigits(){
 966     // Standard Hits to summable Digits function.
 967     // Inputs:
 968     //      none.
 969     // Outputs:
 970     //      none.
 971
 972     AliHeader *header=fLoader->GetRunLoader()->GetHeader(); // Get event number from this file.
 973     // Do the Hits to Digits operation. Use Standard input values.
 974     // Event number from file, no background hit merging , use size from
 975     // AliITSgeom class, option="All", input from this file only.
 976     HitsToPreDigits(header->GetEvent(),0,-1," ",fOpt," ");
 977 }
 978 //______________________________________________________________________
 979 void AliITS::SDigitsToDigits(Option_t *opt){
 980     // Standard Summable digits to Digits function.
 981     // Inputs:
 982     //      none.
 983     // Outputs:
 984     //      none.
 985     char name[20] = {0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0};
 986
 987     if(!GetITSgeom()) return; // need transformations to do digitization.
 988     AliITSgeom *geom = GetITSgeom();
 989
 990     const char *all = strstr(opt,"All");
 991     const char *det[3] = {strstr(opt,"SPD"),strstr(opt,"SDD"),
 992                           strstr(opt,"SSD")};
 993     if( !det[0] && !det[1] && !det[2] ) all = "All";
 994     else all = 0;
 995     static Bool_t setDef=kTRUE;
 996     if (setDef) SetDefaultSimulation();
 997     setDef=kFALSE;
 998
 999     AliITSsimulation *sim      = 0;
1000     AliITSDetType    *iDetType = 0;
1001     TTree            *trees    = fLoader->TreeS();
1002     if( !(trees && this->GetSDigits()) ){
1003         Error("SDigits2Digits","Error: No trees or SDigits. Returning.");
1004         return;
1005     } // end if
1006     sprintf( name, "%s", this->GetName() );
1007     TBranch *brchSDigits = trees->GetBranch( name );
1008
1009     Int_t id,module;
1010     for(module=0;module<geom->GetIndexMax();module++){
1011         id       = geom->GetModuleType(module);
1012         if (!all && !det[id]) continue;
1013         iDetType = DetType(id);
1014         sim      = (AliITSsimulation*)iDetType->GetSimulationModel();
1015         if (!sim) {
1016             Error("SDigit2Digits",
1017                   "The simulation class was not instanciated!");
1018             exit(1);
1019         } // end if !sim
1020         sim->InitSimulationModule(module,gAlice->GetEvNumber());
1021 //
1022         // add summable digits to module
1023         this->GetSDigits()->Clear();
1024         brchSDigits->GetEvent(module);
1025         sim->AddSDigitsToModule(GetSDigits(),0);
1026 //
1027         // Digitise current module sum(SDigits)->Digits
1028         sim->FinishSDigitiseModule();
1029
1030         // fills all branches - wasted disk space
1031         fLoader->TreeD()->Fill();
1032         this->ResetDigits();
1033     } // end for module
1034
1035     fLoader->TreeD()->GetEntries();
1036
1037     fLoader->TreeD()->AutoSave();
1038     // reset tree
1039     fLoader->TreeD()->Reset();
1040
1041 }
1042 //______________________________________________________________________
1043 void AliITS::Hits2Digits(){
1044     // Standard Hits to Digits function.
1045     // Inputs:
1046     //      none.
1047     // Outputs:
1048     //      none.
1049
1050     AliHeader *header=fLoader->GetRunLoader()->GetHeader(); // Get event number from this file.
1051     // Do the Hits to Digits operation. Use Standard input values.
1052     // Event number from file, no background hit merging , use size from
1053     // AliITSgeom class, option="All", input from this file only.
1054     HitsToDigits(header->GetEvent(),0,-1," ",fOpt," ");
1055 }
1056 //______________________________________________________________________
1057 void AliITS::HitsToSDigits(Int_t evNumber,Int_t bgrev,Int_t size,
1058                           Option_t *option, Option_t *opt,Text_t *filename){
1059     // keep galice.root for signal and name differently the file for
1060     // background when add! otherwise the track info for signal will be lost !
1061     // the condition below will disappear when the geom class will be
1062     // initialized for all versions - for the moment it is only for v5 !
1063     // 7 is the SDD beam test version. Dummy routine. Hits are ITS's Summable
1064     // Digits.
1065     // Inputs:
1066     //      Int_t evnt       Event to be processed.
1067     //      Int_t bgrev      Background Hit tree number.
1068     //      Int_t nmodules   Not used.
1069     //      Option_t *option String indicating if merging hits or not. To
1070     //                       merge hits set equal to "Add". Otherwise no
1071     //                       background hits are considered.
1072     //      Test_t *filename File name containing the background hits..
1073     // Outputs:
1074     //      none.
1075     // Return:
1076     //      none.
1077 //    return; // using Hits instead of the larger sdigits.
1078
1079     HitsToPreDigits(evNumber,bgrev,size,option,opt,filename);
1080 }
1081 //______________________________________________________________________
1082 void AliITS::HitsToPreDigits(Int_t evNumber,Int_t bgrev,Int_t size,
1083                           Option_t *option, Option_t *opt,Text_t *filename){
1084     //   Keep galice.root for signal and name differently the file for
1085     // background when add! otherwise the track info for signal will be lost !
1086     // the condition below will disappear when the geom class will be
1087     // initialized for all versions - for the moment it is only for v5 !
1088     // 7 is the SDD beam test version.
1089     // Inputs:
1090     //      Int_t evnt       Event to be processed.
1091     //      Int_t bgrev      Background Hit tree number.
1092     //      Int_t nmodules   Not used.
1093     //      Option_t *option String indicating if merging hits or not. To
1094     //                       merge hits set equal to "Add". Otherwise no
1095     //                       background hits are considered.
1096     //      Test_t *filename File name containing the background hits..
1097     // Outputs:
1098     //      none.
1099     // Return:
1100     //      none.
1101
1102     if(!GetITSgeom()) return; // need transformations to do digitization.
1103     AliITSgeom *geom = GetITSgeom();
1104
1105     const char *all = strstr(opt,"All");
1106     const char *det[3] = {strstr(opt,"SPD"),strstr(opt,"SDD"),
1107                           strstr(opt,"SSD")};
1108     static Bool_t setDef=kTRUE;
1109     if (setDef) SetDefaultSimulation();
1110     setDef=kFALSE;
1111
1112     Int_t nmodules;
1113     InitModules(size,nmodules);
1114     FillModules(evNumber,bgrev,nmodules,option,filename);
1115
1116     AliITSsimulation *sim      = 0;
1117     AliITSDetType    *iDetType = 0;
1118     AliITSmodule     *mod      = 0;
1119     Int_t id,module;
1120     for(module=0;module<geom->GetIndexMax();module++){
1121         id       = geom->GetModuleType(module);
1122         if (!all && !det[id]) continue;
1123         iDetType = DetType(id);
1124         sim      = (AliITSsimulation*)iDetType->GetSimulationModel();
1125         if (!sim) {
1126             Error("HitsToSDigits",
1127                   "The simulation class was not instanciated!");
1128             exit(1);
1129         } // end if !sim
1130         mod      = (AliITSmodule *)fITSmodules->At(module);
1131         sim->SDigitiseModule(mod,module,evNumber);
1132         // fills all branches - wasted disk space
1133         fLoader->TreeS()->Fill();
1134         ResetSDigits();
1135     } // end for module
1136
1137     ClearModules();
1138
1139     fLoader->TreeS()->GetEntries();
1140     fLoader->TreeS()->AutoSave();
1141     fLoader->WriteSDigits("OVERWRITE");
1142     // reset tree
1143     fLoader->TreeS()->Reset();
1144 }
1145 //______________________________________________________________________
1146 void AliITS::HitsToDigits(Int_t evNumber,Int_t bgrev,Int_t size,
1147                           Option_t *option, Option_t *opt,Text_t *filename){
1148     //   Keep galice.root for signal and name differently the file for
1149     // background when add! otherwise the track info for signal will be lost !
1150     // the condition below will disappear when the geom class will be
1151     // initialized for all versions - for the moment it is only for v5 !
1152     // 7 is the SDD beam test version.
1153     // Inputs:
1154     //      Int_t evnt       Event to be processed.
1155     //      Int_t bgrev      Background Hit tree number.
1156     //      Int_t nmodules   Not used.
1157     //      Option_t *option String indicating if merging hits or not. To
1158     //                       merge hits set equal to "Add". Otherwise no
1159     //                       background hits are considered.
1160     //      Test_t *filename File name containing the background hits..
1161     // Outputs:
1162     //      none.
1163     // Return:
1164     //      none.
1165
1166     if(!GetITSgeom()) return; // need transformations to do digitization.
1167     AliITSgeom *geom = GetITSgeom();
1168
1169     const char *all = strstr(opt,"All");
1170     const char *det[3] = {strstr(opt,"SPD"),strstr(opt,"SDD"),
1171                           strstr(opt,"SSD")};
1172     static Bool_t setDef=kTRUE;
1173     if (setDef) SetDefaultSimulation();
1174     setDef=kFALSE;
1175
1176     Int_t nmodules;
1177     InitModules(size,nmodules);
1178     FillModules(evNumber,bgrev,nmodules,option,filename);
1179
1180     AliITSsimulation *sim      = 0;
1181     AliITSDetType    *iDetType = 0;
1182     AliITSmodule     *mod      = 0;
1183     Int_t id,module;
1184     for(module=0;module<geom->GetIndexMax();module++){
1185         id       = geom->GetModuleType(module);
1186         if (!all && !det[id]) continue;
1187         iDetType = DetType(id);
1188         sim      = (AliITSsimulation*)iDetType->GetSimulationModel();
1189         if (!sim) {
1190             Error("HitsToDigits",
1191                   "The simulation class was not instanciated!");
1192             exit(1);
1193         } // end if !sim
1194         mod      = (AliITSmodule *)fITSmodules->At(module);
1195         sim->DigitiseModule(mod,module,evNumber);
1196         // fills all branches - wasted disk space
1197         fLoader->TreeD()->Fill();
1198         ResetDigits();
1199     } // end for module
1200
1201     ClearModules();
1202
1203     fLoader->TreeD()->GetEntries();
1204     fLoader->TreeD()->AutoSave();
1205     // reset tree
1206     fLoader->TreeD()->Reset();
1207 }
1208 //______________________________________________________________________
1209 void AliITS::ResetSDigits(){
1210     // Reset the Summable Digits array.
1211     // Inputs:
1212     //      none.
1213     // Outputs:
1214     //      none.
1215
1216     if (fSDigits) fSDigits->Clear();
1217     fNSDigits = 0;
1218 }
1219 //______________________________________________________________________
1220 void AliITS::ResetDigits(){
1221     // Reset number of digits and the digits array for the ITS detector.
1222     // Inputs:
1223     //      none.
1224     // Outputs:
1225     //      none.
1226
1227     if (!fDtype) return;
1228
1229     Int_t i;
1230     for (i=0;i<kNTYPES;i++ ) {
1231         if (fDtype->At(i))    ((TClonesArray*)fDtype->At(i))->Clear();
1232         if (fNdtype)  fNdtype[i]=0;
1233     } // end for i
1234 }
1235 //______________________________________________________________________
1236 void AliITS::ResetDigits(Int_t i){
1237     // Reset number of digits and the digits array for this branch.
1238     // Inputs:
1239     //      none.
1240     // Outputs:
1241     //      none.
1242
1243     if (fDtype->At(i))    ((TClonesArray*)fDtype->At(i))->Clear();
1244     if (fNdtype)  fNdtype[i]=0;
1245 }
1246 //______________________________________________________________________
1247 void AliITS::AddSumDigit(AliITSpListItem &sdig){
1248     // Adds the a module full of summable digits to the summable digits tree.
1249     // Inputs:
1250     //      AliITSpListItem &sdig   SDigit to be added to SDigits tree.
1251     // Outputs:
1252     //      none.
1253     // Return:
1254     //      none.
1255
1256     TClonesArray &lsdig = *fSDigits;
1257     new(lsdig[fNSDigits++]) AliITSpListItem(sdig);
1258 }
1259 //______________________________________________________________________
1260 void AliITS::AddRealDigit(Int_t id, Int_t *digits){
1261     //   Add a real digit - as coming from data.
1262     // Inputs:
1263     //      Int_t id        Detector type number.
1264     //      Int_t *digits   Integer array containing the digits info. See
1265     //                      AliITSdigit.h
1266     // Outputs:
1267     //      none.
1268     // Return:
1269     //      none.
1270
1271     TClonesArray &ldigits = *((TClonesArray*)fDtype->At(id));
1272     new(ldigits[fNdtype[id]++]) AliITSdigit(digits);
1273 }
1274 //______________________________________________________________________
1275 void AliITS::AddSimDigit(Int_t id, AliITSdigit *d){
1276     //    Add a simulated digit.
1277     // Inputs:
1278     //      Int_t id        Detector type number.
1279     //      AliITSdigit *d  Digit to be added to the Digits Tree. See
1280     //                      AliITSdigit.h
1281     // Outputs:
1282     //      none.
1283     // Return:
1284     //      none.
1285
1286     TClonesArray &ldigits = *((TClonesArray*)fDtype->At(id));
1287
1288     switch(id){
1289     case 0:
1290         new(ldigits[fNdtype[id]++]) AliITSdigitSPD(*((AliITSdigitSPD*)d));
1291         break;
1292     case 1:
1293         new(ldigits[fNdtype[id]++]) AliITSdigitSDD(*((AliITSdigitSDD*)d));
1294         break;
1295     case 2:
1296         new(ldigits[fNdtype[id]++]) AliITSdigitSSD(*((AliITSdigitSSD*)d));
1297         break;
1298     } // end switch id
1299 }
1300 //______________________________________________________________________
1301 void AliITS::AddSimDigit(Int_t id,Float_t phys,Int_t *digits,Int_t *tracks,
1302                          Int_t *hits,Float_t *charges){
1303     //   Add a simulated digit to the list.
1304     // Inputs:
1305     //      Int_t id        Detector type number.
1306     //      Float_t phys    Physics indicator. See AliITSdigits.h
1307     //      Int_t *digits   Integer array containing the digits info. See
1308     //                      AliITSdigit.h
1309     //      Int_t *tracks   Integer array [AliITSdigitS?D::GetNTracks()]
1310     //                      containing the track numbers that contributed to
1311     //                      this digit.
1312     //      Int_t *hits     Integer array [AliITSdigitS?D::GetNTracks()]
1313     //                      containing the hit numbers, from AliITSmodule, that
1314     //                      contributed to this digit.
1315     //      Float_t *charge Floating point array of the signals contributed
1316     //                      to this digit by each track.
1317     // Outputs:
1318     //      none.
1319     // Return:
1320     //      none.
1321
1322     TClonesArray &ldigits = *((TClonesArray*)fDtype->At(id));
1323     switch(id){
1324     case 0:
1325         new(ldigits[fNdtype[id]++]) AliITSdigitSPD(digits,tracks,hits);
1326         break;
1327     case 1:
1328         new(ldigits[fNdtype[id]++]) AliITSdigitSDD(phys,digits,tracks,
1329                                                    hits,charges);
1330         break;
1331     case 2:
1332         new(ldigits[fNdtype[id]++]) AliITSdigitSSD(digits,tracks,hits);
1333         break;
1334     } // end switch id
1335 }
1336 //______________________________________________________________________
1337 void AliITS::MakeTreeC(Option_t *option){
1338   //   Create a separate tree to store the clusters.
1339   // Inputs:
1340   //      Option_t *option  string which must contain "C" otherwise
1341   //                        no Cluster Tree is created.
1342   // Outputs:
1343   //      none.
1344   // Return:
1345   //      none.
1346
1347   AliITSLoader *pITSLoader = (AliITSLoader*)fLoader;
1348
1349   if (pITSLoader == 0x0) {
1350     Error("MakeTreeC","fLoader == 0x0 option=%s",option);
1351     return;
1352   }
1353   if (pITSLoader->TreeC() == 0x0) pITSLoader->MakeTree("C");
1354   MakeBranchC();
1355 }
1356
1357 void AliITS::MakeBranchC()
1358 {
1359 //Makes barnches in treeC
1360   AliITSLoader *pITSLoader = (AliITSLoader*)fLoader;
1361   if (pITSLoader == 0x0)
1362    {
1363     Error("MakeTreeC","fLoader == 0x0");
1364     return;
1365    }
1366   TTree * lTC = pITSLoader->TreeC();
1367   if (lTC == 0x0)
1368    {
1369      Error("MakeTreeC","Can not get TreeC from Loader");
1370      return;
1371    }
1372
1373   Int_t buffersize = 4000;
1374   char branchname[30];
1375   const char *det[3] = {"SPD","SDD","SSD"};
1376   char digclass[40];
1377   char clclass[40];
1378
1379     // one branch for Clusters per type of detector
1380   Int_t i;
1381   for (i=0; i<kNTYPES ;i++)
1382     {
1383         AliITSDetType *iDetType=DetType(i);
1384         iDetType->GetClassNames(digclass,clclass);
1385         // clusters
1386         if (fCtype == 0x0) fCtype  = new TObjArray(fNDetTypes);
1387         if(!ClustersAddress(i))
1388          {
1389           fCtype->AddAt(new TClonesArray(clclass,1000),i);
1390          }
1391         if (kNTYPES==3) sprintf(branchname,"%sClusters%s",GetName(),det[i]);
1392         else  sprintf(branchname,"%sClusters%d",GetName(),i+1);
1393         if (fCtype  && lTC)
1394          {
1395            if (lTC->GetBranch(branchname))
1396             {
1397               Warning("MakeBranchC","Branch %s alread exists in TreeC",branchname);
1398             }
1399            else
1400             {
1401               Info("MakeBranchC","Creating branch %s in TreeC",branchname);
1402               lTC->Branch(branchname,&((*fCtype)[i]), buffersize);
1403             }
1404          } // end if fCtype && lTC
1405   } // end for i
1406 }
1407
1408 //______________________________________________________________________
1409 void AliITS::GetTreeC(Int_t event){
1410   //    Get the clusters tree for this event and set the branch address.
1411   // Inputs:
1412   //      Int_t event    Event number for the cluster tree.
1413   // Outputs:
1414   //      none.
1415   // Return:
1416   //      none.
1417   char branchname[30];
1418   const char *det[3] = {"SPD","SDD","SSD"};
1419
1420   AliITSLoader *pITSLoader = (AliITSLoader*)fLoader;
1421   TTree * lTC = pITSLoader->TreeC();
1422
1423   ResetClusters();
1424   if (lTC) {
1425     pITSLoader->CleanRawClusters();
1426   } // end if TreeC()
1427
1428
1429   TBranch *branch;
1430
1431   if (lTC) {
1432     Int_t i;
1433         char digclass[40];
1434         char clclass[40];
1435         for (i=0; i<kNTYPES; i++) {
1436       AliITSDetType *iDetType=DetType(i);
1437       iDetType->GetClassNames(digclass,clclass);
1438       // clusters
1439       if (fCtype == 0x0) fCtype  = new TObjArray(fNDetTypes);
1440       if(!fCtype->At(i)) fCtype->AddAt(new TClonesArray(clclass,1000),i);
1441       if(kNTYPES==3) sprintf(branchname,"%sClusters%s",GetName(),det[i]);
1442       else  sprintf(branchname,"%sClusters%d",GetName(),i+1);
1443       if (fCtype) {
1444                 branch = lTC->GetBranch(branchname);
1445         if (branch) branch->SetAddress(&((*fCtype)[i]));
1446       } // end if fCtype
1447         } // end for i
1448   } else {
1449         Error("GetTreeC","cannot find Clusters Tree for event:%d",event);
1450   } // end if lTC
1451 }
1452 //______________________________________________________________________
1453 void AliITS::AddCluster(Int_t id, AliITSRawCluster *c){
1454     //   Add a cluster to the list.
1455     // Inputs:
1456     //      Int_t id             Detector type number.
1457     //      AliITSRawCluster *c  Cluster class to be added to the tree of
1458     //                           clusters.
1459     // Outputs:
1460     //      none.
1461     // Return:
1462     //      none.
1463
1464     TClonesArray &lc = *((TClonesArray*)fCtype->At(id));
1465
1466     switch(id){
1467     case 0:
1468         new(lc[fNctype[id]++]) AliITSRawClusterSPD(*((AliITSRawClusterSPD*)c));
1469         break;
1470     case 1:
1471         new(lc[fNctype[id]++]) AliITSRawClusterSDD(*((AliITSRawClusterSDD*)c));
1472         break;
1473     case 2:
1474         new(lc[fNctype[id]++]) AliITSRawClusterSSD(*((AliITSRawClusterSSD*)c));
1475         break;
1476     } // end switch id
1477 }
1478 //______________________________________________________________________
1479 void AliITS::ResetClusters(){
1480     // Reset number of clusters and the clusters array for ITS.
1481     // Inputs:
1482     //      none.
1483     // Outputs:
1484     //      none.
1485
1486     Int_t i;
1487     for (i=0;i<kNTYPES;i++ ) ResetClusters(i);
1488 }
1489 //______________________________________________________________________
1490 void AliITS::ResetClusters(Int_t i){
1491     //    Reset number of clusters and the clusters array for this branch.
1492     // Inputs:
1493     //      Int_t i        Detector type number.
1494     // Outputs:
1495     //      none.
1496     // Return:
1497     //      none.
1498
1499     if (fCtype->At(i))    ((TClonesArray*)fCtype->At(i))->Clear();
1500     if (fNctype)  fNctype[i]=0;
1501 }
1502 //______________________________________________________________________
1503 void AliITS::MakeBranchR(const char *file, Option_t *opt){
1504     // Creates Tree branches for the ITS Reconstructed points.
1505     // Inputs:
1506     //      cont char *file  File name where RecPoints branch is to be written
1507     //                       to. If blank it write the SDigits to the same
1508     //                       file in which the Hits were found.
1509     // Outputs:
1510     //      none.
1511     // Return:
1512     //      none.
1513     Int_t buffsz = 4000;
1514     char branchname[30];
1515
1516     // only one branch for rec points for all detector types
1517     Bool_t oFast= (strstr(opt,"Fast")!=0);
1518     if(oFast){
1519       sprintf(branchname,"%sRecPointsF",GetName());
1520     } else {
1521       sprintf(branchname,"%sRecPoints",GetName());
1522     }
1523
1524
1525     if(!fRecPoints)fRecPoints = new TClonesArray("AliITSRecPoint",1000);
1526     if (fLoader->TreeR()) {
1527         if (fRecPoints == 0x0) fRecPoints = new TClonesArray("AliITSRecPoint",1000);
1528         MakeBranchInTree(fLoader->TreeR(),branchname,&fRecPoints,buffsz,file);
1529     } // end if
1530 }
1531 //______________________________________________________________________
1532 void AliITS::SetTreeAddressR(TTree *treeR){
1533     // Set branch address for the Reconstructed points Trees.
1534     // Inputs:
1535     //      TTree *treeR   Tree containing the RecPoints.
1536     // Outputs:
1537     //      none.
1538     // Return:
1539     //      none.
1540     char branchname[30];
1541
1542     if(!treeR) return;
1543     if (fRecPoints == 0x0) fRecPoints = new TClonesArray("AliITSRecPoint",1000);
1544     TBranch *branch;
1545     sprintf(branchname,"%sRecPoints",GetName());
1546     branch = treeR->GetBranch(branchname);
1547     if (branch) {
1548       branch->SetAddress(&fRecPoints);
1549     }
1550     else {
1551       sprintf(branchname,"%sRecPointsF",GetName());
1552       branch = treeR->GetBranch(branchname);
1553       if (branch) {
1554         branch->SetAddress(&fRecPoints);
1555       }
1556     }
1557 }
1558 //______________________________________________________________________
1559 void AliITS::AddRecPoint(const AliITSRecPoint &r){
1560     // Add a reconstructed space point to the list
1561     // Inputs:
1562     //      const AliITSRecPoint &r RecPoint class to be added to the tree
1563     //                              of reconstructed points TreeR.
1564     // Outputs:
1565     //      none.
1566     // Return:
1567     //      none.
1568
1569     TClonesArray &lrecp = *fRecPoints;
1570     new(lrecp[fNRecPoints++]) AliITSRecPoint(r);
1571 }
1572 //______________________________________________________________________
1573 void AliITS::HitsToFastRecPoints(Int_t evNumber,Int_t bgrev,Int_t size,
1574                                   Option_t *opt0,Option_t *opt1,Text_t *flnm){
1575     // keep galice.root for signal and name differently the file for
1576     // background when add! otherwise the track info for signal will be lost !
1577     // the condition below will disappear when the geom class will be
1578     // initialized for all versions - for the moment it is only for v5 !
1579     // Inputs:
1580     //      Int_t evnt       Event to be processed.
1581     //      Int_t bgrev      Background Hit tree number.
1582     //      Int_t size       Size used by InitModules. See InitModules.
1583     //      Option_t *opt0   Option passed to FillModules. See FillModules.
1584     //      Option_t *opt1   String indicating if merging hits or not. To
1585     //                       merge hits set equal to "Add". Otherwise no
1586     //                       background hits are considered.
1587     //      Test_t *flnm     File name containing the background hits..
1588     // Outputs:
1589     //      none.
1590     // Return:
1591     //      none.
1592
1593     if(!GetITSgeom()) return;
1594     AliITSLoader *pITSloader = (AliITSLoader*)fLoader;
1595     AliITSgeom *geom = GetITSgeom();
1596
1597     const char *all = strstr(opt1,"All");
1598     const char *det[3] ={strstr(opt1,"SPD"),strstr(opt1,"SDD"),
1599                          strstr(opt1,"SSD")};
1600     Int_t nmodules;
1601     InitModules(size,nmodules);
1602     FillModules(evNumber,bgrev,nmodules,opt0,flnm);
1603
1604     AliITSsimulation *sim      = 0;
1605     AliITSDetType    *iDetType = 0;
1606     AliITSmodule     *mod      = 0;
1607     Int_t id,module;
1608
1609     //m.b. : this change is nothing but a nice way to make sure
1610     //the CPU goes up !
1611
1612     cout<<"HitsToFastRecPoints: N mod = "<<geom->GetIndexMax()<<endl;
1613
1614     for(module=0;module<geom->GetIndexMax();module++)
1615      {
1616         id       = geom->GetModuleType(module);
1617         if (!all && !det[id]) continue;
1618         iDetType = DetType(id);
1619         sim      = (AliITSsimulation*)iDetType->GetSimulationModel();
1620         if (!sim)
1621          {
1622            Error("HitsToFastPoints","The simulation class was not instanciated!");
1623            exit(1);
1624          } // end if !sim
1625         mod      = (AliITSmodule *)fITSmodules->At(module);
1626         sim->CreateFastRecPoints(mod,module,gRandom);
1627         cout<<module<<"\r";fflush(0);
1628         //gAlice->TreeR()->Fill();
1629         TTree *lTR = pITSloader->TreeR();
1630         TBranch *br=lTR->GetBranch("ITSRecPointsF");
1631         br->Fill();
1632         ResetRecPoints();
1633     } // end for module
1634
1635     ClearModules();
1636
1637     fLoader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
1638 }
1639 //______________________________________________________________________
1640 void AliITS::Digits2Reco(){
1641     // Find clusters and reconstruct space points.
1642     // Inputs:
1643     //      none.
1644     // Outputs:
1645     //      none.
1646
1647     AliHeader *header=fLoader->GetRunLoader()->GetHeader();
1648     // to Digits to RecPoints for event in file, all digits in file, and
1649     // all ITS detectors.
1650     DigitsToRecPoints(header->GetEvent(),0,fOpt);
1651 }
1652 //______________________________________________________________________
1653 void AliITS::DigitsToRecPoints(Int_t evNumber,Int_t lastentry,Option_t *opt){
1654   // cluster finding and reconstruction of space points
1655   // the condition below will disappear when the geom class will be
1656   // initialized for all versions - for the moment it is only for v5 !
1657   // 7 is the SDD beam test version
1658   // Inputs:
1659   //      Int_t evNumber   Event number to be processed.
1660   //      Int_t lastentry  Offset for module when not all of the modules
1661   //                       are processed.
1662   //      Option_t *opt    String indicating which ITS sub-detectors should
1663   //                       be processed. If ="All" then all of the ITS
1664   //                       sub detectors are processed.
1665   // Outputs:
1666   //      none.
1667   // Return:
1668   //      none.
1669
1670   if(!GetITSgeom()) return;
1671   AliITSgeom *geom = GetITSgeom();
1672
1673   const char *all = strstr(opt,"All");
1674   const char *det[3] = {strstr(opt,"SPD"),strstr(opt,"SDD"),
1675                         strstr(opt,"SSD")};
1676   static Bool_t setRec=kTRUE;
1677   if (setRec) SetDefaultClusterFinders();
1678   setRec=kFALSE;
1679
1680   AliITSLoader *pITSloader = (AliITSLoader*)fLoader;
1681   TTree *treeC=pITSloader->TreeC();
1682   AliITSClusterFinder *rec     = 0;
1683   AliITSDetType      *iDetType = 0;
1684   Int_t id,module,first=0;
1685   for(module=0;module<geom->GetIndexMax();module++){
1686       id       = geom->GetModuleType(module);
1687       if (!all && !det[id]) continue;
1688       if(det[id]) first = geom->GetStartDet(id);
1689       iDetType = DetType(id);
1690       rec = (AliITSClusterFinder*)iDetType->GetReconstructionModel();
1691       TClonesArray *itsDigits  = this->DigitsAddress(id);
1692       if (!rec) {
1693           Error("DigitsToRecPoints",
1694                 "The reconstruction class was not instanciated! event=%d",
1695                 evNumber);
1696           exit(1);
1697       } // end if !rec
1698       this->ResetDigits();
1699       TTree *lTD = pITSloader->TreeD();
1700       if (all) {
1701           lTD->GetEvent(lastentry+module);
1702       }else {
1703           lTD->GetEvent(lastentry+(module-first));
1704       }
1705       Int_t ndigits = itsDigits->GetEntriesFast();
1706       if (ndigits) rec->FindRawClusters(module);
1707       pITSloader->TreeR()->Fill();
1708       ResetRecPoints();
1709       treeC->Fill();
1710       ResetClusters();
1711   } // end for module
1712
1713
1714   pITSloader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
1715   pITSloader->WriteRawClusters("OVERWRITE");
1716 }
1717 //______________________________________________________________________
1718 void AliITS::ResetRecPoints(){
1719     // Reset number of rec points and the rec points array.
1720     // Inputs:
1721     //      none.
1722     // Outputs:
1723     //      none.
1724
1725     if (fRecPoints) fRecPoints->Clear();
1726     fNRecPoints = 0;
1727 }
1728 //______________________________________________________________________
1729 AliLoader* AliITS::MakeLoader(const char* topfoldername)
1730 {
1731   //builds ITSgetter (AliLoader type)
1732   //if detector wants to use castomized getter, it must overload this method
1733
1734   Info("MakeLoader","Creating AliITSLoader. Top folder is %s.",topfoldername);
1735   fLoader = new AliITSLoader(GetName(),topfoldername);
1736   return fLoader;
1737 }
1738
1739