ITS/AliITSsimulationSDD.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15 /*
  16   $Id$
  17   $Log$
  18   Revision 1.33  2002/04/24 22:02:31  nilsen
  19   New SDigits and Digits routines, and related changes,  (including new
  20   noise values).
  21
  22  */
  23
  24 #include <iostream.h>
  25 #include <stdlib.h>
  26 #include <stdio.h>
  27 #include <string.h>
  28
  29 #include <TSystem.h>
  30 #include <TROOT.h>
  31 #include <TStopwatch.h>
  32 #include <TCanvas.h>
  33 #include <TF1.h>
  34 #include <TRandom.h>
  35 #include <TH1.h>
  36 #include <TFile.h>
  37 #include <TVector.h>
  38 #include <TArrayI.h>
  39 #include <TArrayF.h>
  40
  41 #include "AliRun.h"
  42 #include "AliITS.h"
  43 #include "AliITShit.h"
  44 #include "AliITSdigit.h"
  45 #include "AliITSmodule.h"
  46 #include "AliITSpList.h"
  47 #include "AliITSMapA1.h"
  48 #include "AliITSMapA2.h"
  49 #include "AliITSetfSDD.h"
  50 #include "AliITSRawData.h"
  51 #include "AliITSHuffman.h"
  52 #include "AliITSgeom.h"
  53 #include "AliITSsegmentation.h"
  54 #include "AliITSresponse.h"
  55 #include "AliITSsegmentationSDD.h"
  56 #include "AliITSresponseSDD.h"
  57 #include "AliITSsimulationSDD.h"
  58
  59 ClassImp(AliITSsimulationSDD)
  60 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  61 // Version: 0
  62 // Written by Piergiorgio Cerello
  63 // November 23 1999
  64 //
  65 // AliITSsimulationSDD is the simulation of SDDs.
  66   //
  67 //Begin_Html
  68 /*
  69 <img src="picts/ITS/AliITShit_Class_Diagram.gif">
  70 </pre>
  71 <br clear=left>
  72 <font size=+2 color=red>
  73 <p>This show the relasionships between the ITS hit class and the rest of Aliroot.
  74 </font>
  75 <pre>
  76 */
  77 //End_Html
  78 //______________________________________________________________________
  79 Int_t power(Int_t b, Int_t e) {
  80     // compute b to the e power, where both b and e are Int_ts.
  81     Int_t power = 1,i;
  82
  83     for(i=0; i<e; i++) power *= b;
  84     return power;
  85 }
  86 //______________________________________________________________________
  87 void FastFourierTransform(AliITSetfSDD *alisddetf,Double_t *real,
  88                           Double_t *imag,Int_t direction) {
  89     // Do a Fast Fourier Transform
  90
  91     Int_t samples = alisddetf->GetSamples();
  92     Int_t l = (Int_t) ((log((Float_t) samples)/log(2.))+0.5);
  93     Int_t m1 = samples;
  94     Int_t m  = samples/2;
  95     Int_t m2 = samples/m1;
  96     Int_t i,j,k;
  97     for(i=1; i<=l; i++) {
  98         for(j=0; j<samples; j += m1) {
  99             Int_t p = 0;
 100             for(k=j; k<= j+m-1; k++) {
 101                 Double_t wsr = alisddetf->GetWeightReal(p);
 102                 Double_t wsi = alisddetf->GetWeightImag(p);
 103                 if(direction == -1) wsi = -wsi;
 104                 Double_t xr = *(real+k+m);
 105                 Double_t xi = *(imag+k+m);
 106                 *(real+k+m) = wsr*(*(real+k)-xr) - wsi*(*(imag+k)-xi);
 107                 *(imag+k+m) = wsr*(*(imag+k)-xi) + wsi*(*(real+k)-xr);
 108                 *(real+k) += xr;
 109                 *(imag+k) += xi;
 110                 p += m2;
 111             } // end for k
 112         } // end for j
 113         m1 = m;
 114         m /= 2;
 115         m2 += m2;
 116     } // end for i
 117
 118     for(j=0; j<samples; j++) {
 119         Int_t j1 = j;
 120         Int_t p = 0;
 121         Int_t i1;
 122         for(i1=1; i1<=l; i1++) {
 123             Int_t j2 = j1;
 124             j1 /= 2;
 125             p = p + p + j2 - j1 - j1;
 126         } // end for i1
 127         if(p >= j) {
 128             Double_t xr = *(real+j);
 129             Double_t xi = *(imag+j);
 130             *(real+j) = *(real+p);
 131             *(imag+j) = *(imag+p);
 132             *(real+p) = xr;
 133             *(imag+p) = xi;
 134         } // end if p>=j
 135     } // end for j
 136     if(direction == -1) {
 137         for(i=0; i<samples; i++) {
 138             *(real+i) /= samples;
 139             *(imag+i) /= samples;
 140         } // end for i
 141     } // end if direction == -1
 142     return;
 143 }
 144 //______________________________________________________________________
 145 AliITSsimulationSDD::AliITSsimulationSDD(){
 146     // Default constructor
 147
 148     fResponse      = 0;
 149     fSegmentation  = 0;
 150     fHis           = 0;
 151 //    fpList         = 0;
 152     fHitMap2       = 0;
 153     fHitSigMap2    = 0;
 154     fHitNoiMap2    = 0;
 155     fElectronics   = 0;
 156     fStream        = 0;
 157     fInZR          = 0;
 158     fInZI          = 0;
 159     fOutZR         = 0;
 160     fOutZI         = 0;
 161     fNofMaps       = 0;
 162     fMaxNofSamples = 0;
 163     fITS           = 0;
 164     fTreeB         = 0;
 165     fAnodeFire     = 0;
 166     SetScaleFourier();
 167     SetPerpendTracksFlag();
 168     SetCrosstalkFlag();
 169     SetDoFFT();
 170     SetCheckNoise();
 171 }
 172 //______________________________________________________________________
 173 AliITSsimulationSDD::AliITSsimulationSDD(AliITSsimulationSDD &source){
 174     // Copy constructor to satify Coding roules only.
 175
 176     if(this==&source) return;
 177     Error("AliITSsimulationSSD","Not allowed to make a copy of "
 178           "AliITSsimulationSDD Using default creater instead");
 179     AliITSsimulationSDD();
 180 }
 181 //______________________________________________________________________
 182 AliITSsimulationSDD& AliITSsimulationSDD::operator=(AliITSsimulationSDD &src){
 183     // Assignment operator to satify Coding roules only.
 184
 185     if(this==&src) return *this;
 186     Error("AliITSsimulationSSD","Not allowed to make a = with "
 187           "AliITSsimulationSDD Using default creater instead");
 188     return *this ;
 189 }
 190 //______________________________________________________________________
 191 AliITSsimulationSDD::AliITSsimulationSDD(AliITSsegmentation *seg,
 192                                          AliITSresponse *resp){
 193     // Standard Constructor
 194
 195     fResponse      = 0;
 196     fSegmentation  = 0;
 197     fHis           = 0;
 198 //    fpList         = 0;
 199     fHitMap2       = 0;
 200     fHitSigMap2    = 0;
 201     fHitNoiMap2    = 0;
 202     fElectronics   = 0;
 203     fStream        = 0;
 204     fInZR          = 0;
 205     fInZI          = 0;
 206     fOutZR         = 0;
 207     fOutZI         = 0;
 208     fNofMaps       = 0;
 209     fMaxNofSamples = 0;
 210     fITS           = 0;
 211     fTreeB         = 0;
 212
 213     Init((AliITSsegmentationSDD*)seg,(AliITSresponseSDD*)resp);
 214 }
 215 //______________________________________________________________________
 216 void AliITSsimulationSDD::Init(AliITSsegmentationSDD *seg,
 217                                AliITSresponseSDD *resp){
 218     // Standard Constructor
 219
 220     fResponse     = resp;
 221     fSegmentation = seg;
 222     SetScaleFourier();
 223     SetPerpendTracksFlag();
 224     SetCrosstalkFlag();
 225     SetDoFFT();
 226     SetCheckNoise();
 227
 228     fpList = new AliITSpList( fSegmentation->Npz(),
 229                               fScaleSize*fSegmentation->Npx() );
 230     fHitSigMap2 = new AliITSMapA2(fSegmentation,fScaleSize,1);
 231     fHitNoiMap2 = new AliITSMapA2(fSegmentation,fScaleSize,1);
 232     fHitMap2 = fHitSigMap2;
 233
 234     fNofMaps = fSegmentation->Npz();
 235     fMaxNofSamples = fSegmentation->Npx();
 236     fAnodeFire = new Bool_t [fNofMaps];
 237
 238     Float_t sddLength = fSegmentation->Dx();
 239     Float_t sddWidth  = fSegmentation->Dz();
 240
 241     Int_t dummy        = 0;
 242     Float_t anodePitch = fSegmentation->Dpz(dummy);
 243     Double_t timeStep  = (Double_t)fSegmentation->Dpx(dummy);
 244     Float_t driftSpeed = fResponse->DriftSpeed();
 245
 246     if(anodePitch*(fNofMaps/2) > sddWidth) {
 247         Warning("AliITSsimulationSDD",
 248                 "Too many anodes %d or too big pitch %f \n",
 249                 fNofMaps/2,anodePitch);
 250     } // end if
 251
 252     if(timeStep*fMaxNofSamples < sddLength/driftSpeed) {
 253         Error("AliITSsimulationSDD",
 254               "Time Interval > Allowed Time Interval: exit\n");
 255         return;
 256     } // end if
 257
 258     fElectronics = new AliITSetfSDD(timeStep/fScaleSize,
 259                                     fResponse->Electronics());
 260
 261     char opt1[20], opt2[20];
 262     fResponse->ParamOptions(opt1,opt2);
 263     fParam = opt2;
 264     char *same = strstr(opt1,"same");
 265     if (same) {
 266         fNoise.Set(0);
 267         fBaseline.Set(0);
 268     } else {
 269         fNoise.Set(fNofMaps);
 270         fBaseline.Set(fNofMaps);
 271     } // end if
 272
 273     const char *kopt=fResponse->ZeroSuppOption();
 274     if (strstr(fParam,"file") ) {
 275         fD.Set(fNofMaps);
 276         fT1.Set(fNofMaps);
 277         if (strstr(kopt,"2D")) {
 278             fT2.Set(fNofMaps);
 279             fTol.Set(0);
 280             Init2D();       // desactivate if param change module by module
 281         } else if(strstr(kopt,"1D"))  {
 282             fT2.Set(2);
 283             fTol.Set(2);
 284             Init1D();      // desactivate if param change module by module
 285         } // end if strstr
 286     } else {
 287         fD.Set(2);
 288         fTol.Set(2);
 289         fT1.Set(2);
 290         fT2.Set(2);
 291         SetCompressParam();
 292     } // end if else strstr
 293
 294     Bool_t write = fResponse->OutputOption();
 295     if(write && strstr(kopt,"2D")) MakeTreeB();
 296
 297     // call here if baseline does not change by module
 298     // ReadBaseline();
 299
 300     fITS       = (AliITS*)gAlice->GetModule("ITS");
 301     Int_t size = fNofMaps*fMaxNofSamples;
 302     fStream    = new AliITSInStream(size);
 303
 304     fInZR  = new Double_t [fScaleSize*fMaxNofSamples];
 305     fInZI  = new Double_t [fScaleSize*fMaxNofSamples];
 306     fOutZR = new Double_t [fScaleSize*fMaxNofSamples];
 307     fOutZI = new Double_t [fScaleSize*fMaxNofSamples];
 308
 309 }
 310 //______________________________________________________________________
 311 AliITSsimulationSDD::~AliITSsimulationSDD() {
 312     // destructor
 313
 314 //    delete fpList;
 315     delete fHitSigMap2;
 316     delete fHitNoiMap2;
 317     delete fStream;
 318     delete fElectronics;
 319
 320     fITS = 0;
 321
 322     if (fHis) {
 323         fHis->Delete();
 324         delete fHis;
 325     } // end if fHis
 326     if(fTreeB) delete fTreeB;
 327     if(fInZR)  delete [] fInZR;
 328     if(fInZI)  delete [] fInZI;
 329     if(fOutZR) delete [] fOutZR;
 330     if(fOutZI) delete [] fOutZI;
 331     if(fAnodeFire) delete [] fAnodeFire;
 332 }
 333 //______________________________________________________________________
 334 void AliITSsimulationSDD::InitSimulationModule( Int_t module, Int_t event ) {
 335     // create maps to build the lists of tracks for each summable digit
 336     fModule = module;
 337     fEvent  = event;
 338     ClearMaps();
 339     memset(fAnodeFire,0,sizeof(Bool_t)*fNofMaps);
 340 }
 341 //______________________________________________________________________
 342 void AliITSsimulationSDD::ClearMaps() {
 343     // clear maps
 344     fpList->ClearMap();
 345     fHitSigMap2->ClearMap();
 346     fHitNoiMap2->ClearMap();
 347 }
 348 //______________________________________________________________________
 349 void AliITSsimulationSDD::SDigitiseModule( AliITSmodule *mod, Int_t md, Int_t ev){
 350     // digitize module using the "slow" detector simulator creating
 351     // summable digits.
 352
 353     TObjArray *fHits = mod->GetHits();
 354     Int_t nhits      = fHits->GetEntriesFast();
 355     if( !nhits ) return;
 356
 357     InitSimulationModule( md, ev );
 358     HitsToAnalogDigits( mod );
 359     ChargeToSignal( kFALSE ); // - Process signal without add noise
 360     fHitMap2 = fHitNoiMap2;   // - Swap to noise map
 361     ChargeToSignal( kTRUE );  // - Process only noise
 362     fHitMap2 = fHitSigMap2;   // - Return to signal map
 363     WriteSDigits();
 364     ClearMaps();
 365 }
 366 //______________________________________________________________________
 367 Bool_t AliITSsimulationSDD::AddSDigitsToModule( TClonesArray *pItemArray, Int_t mask ) {
 368     // Add Summable digits to module maps.
 369     Int_t    nItems = pItemArray->GetEntries();
 370     Double_t maxadc = fResponse->MaxAdc();
 371     //Bool_t sig = kFALSE;
 372
 373     // cout << "Adding "<< nItems <<" SDigits to module " << fModule << endl;
 374     for( Int_t i=0; i<nItems; i++ ) {
 375         AliITSpListItem * pItem = (AliITSpListItem *)(pItemArray->At( i ));
 376         if( pItem->GetModule() != fModule ) {
 377             Error( "AliITSsimulationSDD",
 378                    "Error reading, SDigits module %d != current module %d: exit\n",
 379                     pItem->GetModule(), fModule );
 380             return kFALSE;
 381         } // end if
 382
 383       //  if(pItem->GetSignal()>0.0 ) sig = kTRUE;
 384
 385         fpList->AddItemTo( mask, pItem ); // Add SignalAfterElect + noise
 386         AliITSpListItem * pItem2 = fpList->GetpListItem( pItem->GetIndex() );
 387         Double_t sigAE = pItem2->GetSignalAfterElect();
 388         if( sigAE >= maxadc ) sigAE = maxadc-1; // avoid overflow signal
 389         Int_t ia;
 390         Int_t it;
 391         fpList->GetMapIndex( pItem->GetIndex(), ia, it );
 392         fHitMap2->SetHit( ia, it, sigAE );
 393         fAnodeFire[ia] = kTRUE;
 394     }
 395     return kTRUE;
 396 }
 397 //______________________________________________________________________
 398 void AliITSsimulationSDD::FinishSDigitiseModule() {
 399     // digitize module using the "slow" detector simulator from
 400     // the sum of summable digits.
 401     FinishDigits() ;
 402     ClearMaps();
 403 }
 404 //______________________________________________________________________
 405 void AliITSsimulationSDD::DigitiseModule(AliITSmodule *mod,Int_t md,Int_t ev){
 406     // create maps to build the lists of tracks for each digit
 407
 408     TObjArray *fHits = mod->GetHits();
 409     Int_t nhits      = fHits->GetEntriesFast();
 410
 411     InitSimulationModule( md, ev );
 412
 413     if( !nhits && fCheckNoise ) {
 414         ChargeToSignal( kTRUE );  // process noise
 415         GetNoise();
 416         ClearMaps();
 417         return;
 418     } else
 419         if( !nhits ) return;
 420
 421     HitsToAnalogDigits( mod );
 422     ChargeToSignal( kTRUE );  // process signal + noise
 423
 424     for( Int_t i=0; i<fNofMaps; i++ ) {
 425         for( Int_t j=0; j<fMaxNofSamples; j++ ) {
 426             Int_t jdx = j*fScaleSize;
 427             Int_t index = fpList->GetHitIndex( i, j );
 428             AliITSpListItem pItemTmp2( fModule, index, 0. );
 429             // put the fScaleSize analog digits in only one
 430             for( Int_t ik=0; ik<fScaleSize; ik++ ) {
 431                 AliITSpListItem *pItemTmp = fpList->GetpListItem( i, jdx+ik );
 432                 if( pItemTmp == 0 ) continue;
 433                 pItemTmp2.Add( pItemTmp );
 434             }
 435             fpList->DeleteHit( i, j );
 436             fpList->AddItemTo( 0, &pItemTmp2 );
 437         }
 438     }
 439
 440     FinishDigits();
 441     ClearMaps();
 442 }
 443 //______________________________________________________________________
 444 void AliITSsimulationSDD::FinishDigits() {
 445     // introduce the electronics effects and do zero-suppression if required
 446
 447     ApplyDeadChannels();
 448     if( fCrosstalkFlag ) ApplyCrosstalk();
 449
 450     const char *kopt = fResponse->ZeroSuppOption();
 451     ZeroSuppression( kopt );
 452 }
 453 //______________________________________________________________________
 454 void AliITSsimulationSDD::HitsToAnalogDigits( AliITSmodule *mod ) {
 455     // create maps to build the lists of tracks for each digit
 456
 457     TObjArray *fHits    = mod->GetHits();
 458     Int_t      nhits    = fHits->GetEntriesFast();
 459 //    Int_t      arg[6]   = {0,0,0,0,0,0};
 460     Int_t    dummy      = 0;
 461     Int_t    nofAnodes  = fNofMaps/2;
 462     Float_t  sddLength  = fSegmentation->Dx();
 463     Float_t  sddWidth   = fSegmentation->Dz();
 464     Float_t  anodePitch = fSegmentation->Dpz(dummy);
 465     Float_t  timeStep   = fSegmentation->Dpx(dummy);
 466     Float_t  driftSpeed = fResponse->DriftSpeed();
 467     Float_t  maxadc     = fResponse->MaxAdc();
 468     Float_t  topValue   = fResponse->DynamicRange();
 469     Float_t  cHloss     = fResponse->ChargeLoss();
 470     Float_t  norm       = maxadc/topValue;
 471     Float_t  dfCoeff, s1; fResponse->DiffCoeff(dfCoeff,s1); // Signal 2d Shape
 472     Double_t eVpairs    = 3.6;  // electron pair energy eV.
 473     Float_t  nsigma     = fResponse->NSigmaIntegration(); //
 474     Int_t    nlookups   = fResponse->GausNLookUp();       //
 475     Float_t  jitter     = ((AliITSresponseSDD*)fResponse)->JitterError(); //
 476
 477     // Piergiorgio's part (apart for few variables which I made float
 478     // when i thought that can be done
 479     // Fill detector maps with GEANT hits
 480     // loop over hits in the module
 481
 482     const Float_t kconv = 1.0e+6;  // GeV->KeV
 483     Int_t    itrack      = 0;
 484     Int_t    hitDetector; // detector number (lay,lad,hitDetector)
 485     Int_t    iWing;       // which detector wing/side.
 486     Int_t    detector;    // 2*(detector-1)+iWing
 487     Int_t    ii,kk,ka,kt; // loop indexs
 488     Int_t    ia,it,index; // sub-pixel integration indexies
 489     Int_t    iAnode;      // anode number.
 490     Int_t    timeSample;  // time buckett.
 491     Int_t    anodeWindow; // anode direction charge integration width
 492     Int_t    timeWindow;  // time direction charge integration width
 493     Int_t    jamin,jamax; // anode charge integration window
 494     Int_t    jtmin,jtmax; // time charge integration window
 495     Int_t    ndiv;        // Anode window division factor.
 496     Int_t    nsplit;      // the number of splits in anode and time windows==1.
 497     Int_t    nOfSplits;   // number of times track length is split into
 498     Float_t  nOfSplitsF;  // Floating point version of nOfSplits.
 499     Float_t  kkF;         // Floating point version of loop index kk.
 500     Float_t  pathInSDD; // Track length in SDD.
 501     Float_t  drPath; // average position of track in detector. in microns
 502     Float_t  drTime; // Drift time
 503     Float_t  nmul;   // drift time window multiplication factor.
 504     Float_t  avDrft;  // x position of path length segment in cm.
 505     Float_t  avAnode; // Anode for path length segment in Anode number (float)
 506     Float_t  xAnode;  // Floating point anode number.
 507     Float_t  driftPath; // avDrft in microns.
 508     Float_t  width;     // width of signal at anodes.
 509     Double_t  depEnergy; // Energy deposited in this GEANT step.
 510     Double_t  xL[3],dxL[3]; // local hit coordinates and diff.
 511     Double_t sigA; // sigma of signal at anode.
 512     Double_t sigT; // sigma in time/drift direction for track segment
 513     Double_t aStep,aConst; // sub-pixel size and offset anode
 514     Double_t tStep,tConst; // sub-pixel size and offset time
 515     Double_t amplitude; // signal amplitude for track segment in nanoAmpere
 516     Double_t chargeloss; // charge loss for track segment.
 517     Double_t anodeAmplitude; // signal amplitude in anode direction
 518     Double_t aExpo;          // exponent of Gaussian anode direction
 519     Double_t timeAmplitude;  // signal amplitude in time direction
 520     Double_t tExpo;          // exponent of Gaussian time direction
 521 //  Double_t tof;            // Time of flight in ns of this step.
 522
 523     for(ii=0; ii<nhits; ii++) {
 524         if(!mod->LineSegmentL(ii,xL[0],dxL[0],xL[1],dxL[1],xL[2],dxL[2],
 525                               depEnergy,itrack)) continue;
 526         xL[0] += 0.0001*gRandom->Gaus( 0, jitter ); //
 527         depEnergy  *= kconv;
 528         hitDetector = mod->GetDet();
 529         //tof         = 1.E+09*(mod->GetHit(ii)->GetTOF()); // tof in ns.
 530         //if(tof>sddLength/driftSpeed) continue; // hit happed too late.
 531
 532         // scale path to simulate a perpendicular track
 533         // continue if the particle did not lose energy
 534         // passing through detector
 535         if (!depEnergy) {
 536             Warning("HitsToAnalogDigits",
 537                     "fTrack = %d hit=%d module=%d This particle has"
 538                     " passed without losing energy!",
 539                     itrack,ii,mod->GetIndex());
 540             continue;
 541         } // end if !depEnergy
 542
 543         pathInSDD = TMath::Sqrt(dxL[0]*dxL[0]+dxL[1]*dxL[1]+dxL[2]*dxL[2]);
 544
 545         if (fFlag && pathInSDD) { depEnergy *= (0.03/pathInSDD); }
 546         drPath = 10000.*(dxL[0]+2.*xL[0])*0.5;
 547         if(drPath < 0) drPath = -drPath;
 548         drPath = sddLength-drPath;
 549         if(drPath < 0) {
 550             Warning("HitsToAnalogDigits",
 551                     "negative drift path drPath=%e sddLength=%e dxL[0]=%e "
 552                     "xL[0]=%e",
 553                     drPath,sddLength,dxL[0],xL[0]);
 554             continue;
 555         } // end if drPath < 0
 556
 557         // Compute number of segments to brake step path into
 558         drTime = drPath/driftSpeed;  //   Drift Time
 559         sigA   = TMath::Sqrt(2.*dfCoeff*drTime+s1*s1);// Sigma along the anodes
 560         // calcuate the number of time the path length should be split into.
 561         nOfSplits = (Int_t) (1. + 10000.*pathInSDD/sigA);
 562         if(fFlag) nOfSplits = 1;
 563
 564         // loop over path segments, init. some variables.
 565         depEnergy /= nOfSplits;
 566         nOfSplitsF = (Float_t) nOfSplits;
 567         for(kk=0;kk<nOfSplits;kk++) { // loop over path segments
 568             kkF       = (Float_t) kk + 0.5;
 569             avDrft    = xL[0]+dxL[0]*kkF/nOfSplitsF;
 570             avAnode   = xL[2]+dxL[2]*kkF/nOfSplitsF;
 571             driftPath = 10000.*avDrft;
 572
 573             iWing = 2;  // Assume wing is 2
 574             if(driftPath < 0) { // if wing is not 2 it is 1.
 575                 iWing     = 1;
 576                 driftPath = -driftPath;
 577             } // end if driftPath < 0
 578             driftPath = sddLength-driftPath;
 579             detector  = 2*(hitDetector-1) + iWing;
 580             if(driftPath < 0) {
 581                 Warning("HitsToAnalogDigits","negative drift path "
 582                         "driftPath=%e sddLength=%e avDrft=%e dxL[0]=%e "
 583                         "xL[0]=%e",driftPath,sddLength,avDrft,dxL[0],xL[0]);
 584                 continue;
 585             } // end if driftPath < 0
 586
 587             //   Drift Time
 588             drTime     = driftPath/driftSpeed; // drift time for segment.
 589             timeSample = (Int_t) (fScaleSize*drTime/timeStep + 1);
 590             // compute time Sample including tof information. The tof only
 591             // effects the time of the signal is recoreded and not the
 592             // the defusion.
 593             // timeSample = (Int_t) (fScaleSize*(drTime+tof)/timeStep + 1);
 594             if(timeSample > fScaleSize*fMaxNofSamples) {
 595                 Warning("HitsToAnalogDigits","Wrong Time Sample: %e",
 596                         timeSample);
 597                 continue;
 598             } // end if timeSample > fScaleSize*fMaxNoofSamples
 599
 600             //   Anode
 601             xAnode = 10000.*(avAnode)/anodePitch + nofAnodes/2;  // +1?
 602             if(xAnode*anodePitch > sddWidth || xAnode*anodePitch < 0.)
 603                           Warning("HitsToAnalogDigits",
 604                                   "Exceedubg sddWidth=%e Z = %e",
 605                                   sddWidth,xAnode*anodePitch);
 606             iAnode = (Int_t) (1.+xAnode); // xAnode?
 607             if(iAnode < 1 || iAnode > nofAnodes) {
 608                 Warning("HitToAnalogDigits","Wrong iAnode: 1<%d>%d",
 609                         iAnode,nofAnodes);
 610                 continue;
 611             } // end if iAnode < 1 || iAnode > nofAnodes
 612
 613             // store straight away the particle position in the array
 614             // of particles and take idhit=ii only when part is entering (this
 615             // requires FillModules() in the macro for analysis) :
 616
 617             // Sigma along the anodes for track segment.
 618             sigA       = TMath::Sqrt(2.*dfCoeff*drTime+s1*s1);
 619             sigT       = sigA/driftSpeed;
 620             // Peak amplitude in nanoAmpere
 621             amplitude  = fScaleSize*160.*depEnergy/
 622                                  (timeStep*eVpairs*2.*acos(-1.)*sigT*sigA);
 623             amplitude *= timeStep/25.; // WARNING!!!!! Amplitude scaling to
 624                                        // account for clock variations
 625                                        // (reference value: 40 MHz)
 626             chargeloss = 1.-cHloss*driftPath/1000;
 627             amplitude *= chargeloss;
 628             width  = 2.*nsigma/(nlookups-1);
 629             // Spread the charge
 630             // Pixel index
 631             ndiv = 2;
 632             nmul = 3.;
 633             if(drTime > 1200.) {
 634                 ndiv = 4;
 635                 nmul = 1.5;
 636             } // end if drTime > 1200.
 637             // Sub-pixel index
 638             nsplit = 4; // hard-wired //nsplit=4;nsplit = (nsplit+1)/2*2;
 639             // Sub-pixel size see computation of aExpo and tExpo.
 640             aStep  = anodePitch/(nsplit*fScaleSize*sigA);
 641             aConst = xAnode*anodePitch/sigA;
 642             tStep  = timeStep/(nsplit*fScaleSize*sigT);
 643             tConst = drTime/sigT;
 644             // Define SDD window corresponding to the hit
 645             anodeWindow = (Int_t)(fScaleSize*nsigma*sigA/anodePitch+1);
 646             timeWindow  = (Int_t) (fScaleSize*nsigma*sigT/timeStep+1.);
 647             jamin = (iAnode - anodeWindow/ndiv - 1)*fScaleSize*nsplit +1;
 648             jamax = (iAnode + anodeWindow/ndiv)*fScaleSize*nsplit;
 649             if(jamin <= 0) jamin = 1;
 650             if(jamax > fScaleSize*nofAnodes*nsplit)
 651                                          jamax = fScaleSize*nofAnodes*nsplit;
 652             // jtmin and jtmax are Hard-wired
 653             jtmin = (Int_t)(timeSample-timeWindow*nmul-1)*nsplit+1;
 654             jtmax = (Int_t)(timeSample+timeWindow*nmul)*nsplit;
 655             if(jtmin <= 0) jtmin = 1;
 656             if(jtmax > fScaleSize*fMaxNofSamples*nsplit)
 657                                       jtmax = fScaleSize*fMaxNofSamples*nsplit;
 658             // Spread the charge in the anode-time window
 659             for(ka=jamin; ka <=jamax; ka++) {
 660                 ia = (ka-1)/(fScaleSize*nsplit) + 1;
 661                 if(ia <= 0) {
 662                     Warning("HitsToAnalogDigits","ia < 1: ");
 663                     continue;
 664                 } // end if
 665                 if(ia > nofAnodes) ia = nofAnodes;
 666                 aExpo     = (aStep*(ka-0.5)-aConst);
 667                 if(TMath::Abs(aExpo) > nsigma)  anodeAmplitude = 0.;
 668                 else {
 669                     dummy          = (Int_t) ((aExpo+nsigma)/width);
 670                     anodeAmplitude = amplitude*fResponse->GausLookUp(dummy);
 671                 } // end if TMath::Abs(aEspo) > nsigma
 672                 // index starts from 0
 673                 index = ((detector+1)%2)*nofAnodes+ia-1;
 674                 if(anodeAmplitude) for(kt=jtmin; kt<=jtmax; kt++) {
 675                     it = (kt-1)/nsplit+1;  // it starts from 1
 676                     if(it<=0){
 677                         Warning("HitsToAnalogDigits","it < 1:");
 678                         continue;
 679                     } // end if
 680                     if(it>fScaleSize*fMaxNofSamples)
 681                                                 it = fScaleSize*fMaxNofSamples;
 682                     tExpo    = (tStep*(kt-0.5)-tConst);
 683                     if(TMath::Abs(tExpo) > nsigma) timeAmplitude = 0.;
 684                     else {
 685                         dummy         = (Int_t) ((tExpo+nsigma)/width);
 686                         timeAmplitude = anodeAmplitude*
 687                                         fResponse->GausLookUp(dummy);
 688                     } // end if TMath::Abs(tExpo) > nsigma
 689                     // build the list of Sdigits for this module
 690 //                    arg[0]         = index;
 691 //                    arg[1]         = it;
 692 //                    arg[2]         = itrack; // track number
 693 //                    arg[3]         = ii-1; // hit number.
 694                     timeAmplitude *= norm;
 695                     timeAmplitude *= 10;
 696 //                    ListOfFiredCells(arg,timeAmplitude,alst,padr);
 697                     Double_t charge = timeAmplitude;
 698                     charge += fHitMap2->GetSignal(index,it-1);
 699                     fHitMap2->SetHit(index, it-1, charge);
 700                     fpList->AddSignal(index,it-1,itrack,ii-1,
 701                                      mod->GetIndex(),timeAmplitude);
 702                     fAnodeFire[index] = kTRUE;
 703                 } // end if anodeAmplitude and loop over time in window
 704             } // loop over anodes in window
 705         } // end loop over "sub-hits"
 706     } // end loop over hits
 707 }
 708
 709 /*
 710 //______________________________________________________________________
 711 void AliITSsimulationSDD::ListOfFiredCells(Int_t *arg,Double_t timeAmplitude,
 712                                           TObjArray *alist,TClonesArray *padr){
 713     // Returns the list of "fired" cells.
 714
 715     Int_t index     = arg[0];
 716     Int_t ik        = arg[1];
 717     Int_t idtrack   = arg[2];
 718     Int_t idhit     = arg[3];
 719     Int_t counter   = arg[4];
 720     Int_t countadr  = arg[5];
 721     Double_t charge = timeAmplitude;
 722     charge += fHitMap2->GetSignal(index,ik-1);
 723     fHitMap2->SetHit(index, ik-1, charge);
 724
 725     Int_t digits[3];
 726     Int_t it = (Int_t)((ik-1)/fScaleSize);
 727     digits[0] = index;
 728     digits[1] = it;
 729     digits[2] = (Int_t)timeAmplitude;
 730     Float_t phys;
 731     if (idtrack >= 0) phys = (Float_t)timeAmplitude;
 732     else phys = 0;
 733
 734     Double_t cellcharge = 0.;
 735     AliITSTransientDigit* pdigit;
 736     // build the list of fired cells and update the info
 737     if (!fHitMap1->TestHit(index, it)) {
 738         new((*padr)[countadr++]) TVector(3);
 739         TVector &trinfo=*((TVector*) (*padr)[countadr-1]);
 740         trinfo(0) = (Float_t)idtrack;
 741         trinfo(1) = (Float_t)idhit;
 742         trinfo(2) = (Float_t)timeAmplitude;
 743
 744         alist->AddAtAndExpand(new AliITSTransientDigit(phys,digits),counter);
 745         fHitMap1->SetHit(index, it, counter);
 746         counter++;
 747         pdigit=(AliITSTransientDigit*)alist->At(alist->GetLast());
 748         // list of tracks
 749         TObjArray *trlist=(TObjArray*)pdigit->TrackList();
 750         trlist->Add(&trinfo);
 751     } else {
 752         pdigit = (AliITSTransientDigit*) fHitMap1->GetHit(index, it);
 753         for(Int_t kk=0;kk<fScaleSize;kk++) {
 754             cellcharge += fHitMap2->GetSignal(index,fScaleSize*it+kk);
 755         }  // end for kk
 756         // update charge
 757         (*pdigit).fSignal = (Int_t)cellcharge;
 758         (*pdigit).fPhysics += phys;
 759         // update list of tracks
 760         TObjArray* trlist = (TObjArray*)pdigit->TrackList();
 761         Int_t lastentry = trlist->GetLast();
 762         TVector *ptrkp = (TVector*)trlist->At(lastentry);
 763         TVector &trinfo = *ptrkp;
 764         Int_t lasttrack = Int_t(trinfo(0));
 765         Float_t lastcharge=(trinfo(2));
 766         if (lasttrack==idtrack ) {
 767             lastcharge += (Float_t)timeAmplitude;
 768             trlist->RemoveAt(lastentry);
 769             trinfo(0) = lasttrack;
 770             trinfo(1) = idhit;
 771             trinfo(2) = lastcharge;
 772             trlist->AddAt(&trinfo,lastentry);
 773         } else {
 774             new((*padr)[countadr++]) TVector(3);
 775             TVector &trinfo=*((TVector*) (*padr)[countadr-1]);
 776             trinfo(0) = (Float_t)idtrack;
 777             trinfo(1) = (Float_t)idhit;
 778             trinfo(2) = (Float_t)timeAmplitude;
 779             trlist->Add(&trinfo);
 780         } // end if lasttrack==idtrack
 781
 782 #ifdef print
 783         // check the track list - debugging
 784         Int_t trk[20], htrk[20];
 785         Float_t chtrk[20];
 786         Int_t nptracks = trlist->GetEntriesFast();
 787         if (nptracks > 2) {
 788             Int_t tr;
 789             for (tr=0;tr<nptracks;tr++) {
 790                 TVector *pptrkp = (TVector*)trlist->At(tr);
 791                 TVector &pptrk  = *pptrkp;
 792                 trk[tr]   = Int_t(pptrk(0));
 793                 htrk[tr]  = Int_t(pptrk(1));
 794                 chtrk[tr] = (pptrk(2));
 795                 cout << "nptracks "<<nptracks << endl;
 796             } // end for tr
 797         } // end if nptracks
 798 #endif
 799     } //  end if pdigit
 800
 801     // update counter and countadr for next call.
 802     arg[4] = counter;
 803     arg[5] = countadr;
 804 }
 805 */
 806
 807 //____________________________________________
 808 void AliITSsimulationSDD::AddDigit( Int_t i, Int_t j, Int_t signal ) {
 809     // Adds a Digit.
 810     Int_t digits[3], tracks[3], hits[3];
 811     Float_t phys, charges[3];
 812
 813     if( fResponse->Do10to8() ) signal = Convert8to10( signal );
 814     digits[0] = i;
 815     digits[1] = j;
 816     digits[2] = signal;
 817
 818     AliITSpListItem *pItem = fpList->GetpListItem( i, j );
 819     if( pItem == 0 ) {
 820         phys = 0.0;
 821         for( Int_t l=0; l<3; l++ ) {
 822             tracks[l]  = 0;
 823             hits[l]    = 0;
 824             charges[l] = 0.0;
 825         }
 826     } else {
 827         Int_t idtrack =  pItem->GetTrack( 0 );
 828         if( idtrack >= 0 ) phys = pItem->GetSignal();
 829         else phys = 0.0;
 830
 831         for( Int_t l=0; l<3; l++ ) {
 832             tracks[l]  = pItem->GetTrack( l );
 833             hits[l]    = pItem->GetHit( l );
 834             charges[l] = pItem->GetSignal( l );
 835         }
 836     }
 837
 838     fITS->AddSimDigit( 1, phys, digits, tracks, hits, charges );
 839 }
 840
 841 /*
 842 //____________________________________________
 843 void AliITSsimulationSDD::AddDigit(Int_t i, Int_t j, Int_t signal){
 844     // Adds a Digit.
 845     // tag with -1 signals coming from background tracks
 846     // tag with -2 signals coming from pure electronic noise
 847
 848     Int_t digits[3], tracks[3], hits[3];
 849     Float_t phys, charges[3];
 850
 851     Int_t trk[20], htrk[20];
 852     Float_t chtrk[20];
 853
 854     Bool_t do10to8=fResponse->Do10to8();
 855
 856     if(do10to8) signal=Convert8to10(signal);
 857     AliITSTransientDigit *obj = (AliITSTransientDigit*)fHitMap1->GetHit(i,j);
 858     digits[0] = i;
 859     digits[1] = j;
 860     digits[2] = signal;
 861     if (!obj) {
 862         phys=0;
 863         Int_t k;
 864         for (k=0;k<3;k++) {
 865             tracks[k]=-2;
 866             charges[k]=0;
 867             hits[k]=-1;
 868         } // end for k
 869         fITS->AddSimDigit(1,phys,digits,tracks,hits,charges);
 870     } else {
 871         phys=obj->fPhysics;
 872         TObjArray* trlist=(TObjArray*)obj->TrackList();
 873         Int_t nptracks=trlist->GetEntriesFast();
 874         if (nptracks > 20) {
 875             Warning("AddDigit","nptracks=%d > 20 nptracks set to 20",nptracks);
 876             nptracks=20;
 877         } // end if nptracks > 20
 878         Int_t tr;
 879         for (tr=0;tr<nptracks;tr++) {
 880             TVector &pp  =*((TVector*)trlist->At(tr));
 881             trk[tr]=Int_t(pp(0));
 882             htrk[tr]=Int_t(pp(1));
 883             chtrk[tr]=(pp(2));
 884         } // end for tr
 885         if (nptracks > 1) {
 886             SortTracks(trk,chtrk,htrk,nptracks);
 887         } // end if nptracks > 1
 888         Int_t i;
 889         if (nptracks < 3 ) {
 890             for (i=0; i<nptracks; i++) {
 891                 tracks[i]=trk[i];
 892                 charges[i]=chtrk[i];
 893                 hits[i]=htrk[i];
 894             } // end for i
 895             for (i=nptracks; i<3; i++) {
 896                 tracks[i]=-3;
 897                 hits[i]=-1;
 898                 charges[i]=0;
 899             } // end for i
 900         } else {
 901             for (i=0; i<3; i++) {
 902                 tracks[i]=trk[i];
 903                 charges[i]=chtrk[i];
 904                 hits[i]=htrk[i];
 905             } // end for i
 906         } // end if/else nptracks < 3
 907
 908         fITS->AddSimDigit(1,phys,digits,tracks,hits,charges);
 909
 910     } // end if/else !obj
 911 }
 912
 913
 914 //______________________________________________________________________
 915 void AliITSsimulationSDD::SortTracks(Int_t *tracks,Float_t *charges,
 916                                      Int_t *hits,Int_t ntr){
 917     // Sort the list of tracks contributing to a given digit
 918     // Only the 3 most significant tracks are acctually sorted
 919     //  Loop over signals, only 3 times
 920
 921     Float_t qmax;
 922     Int_t   jmax;
 923     Int_t   idx[3]  = {-3,-3,-3};
 924     Float_t jch[3]  = {-3,-3,-3};
 925     Int_t   jtr[3]  = {-3,-3,-3};
 926     Int_t   jhit[3] = {-3,-3,-3};
 927     Int_t   i,j,imax;
 928
 929     if (ntr<3) imax = ntr;
 930     else imax = 3;
 931     for(i=0;i<imax;i++){
 932         qmax = 0;
 933         jmax = 0;
 934         for(j=0;j<ntr;j++){
 935             if((i == 1 && j == idx[i-1] )
 936                ||(i == 2 && (j == idx[i-1] || j == idx[i-2]))) continue;
 937             if(charges[j] > qmax) {
 938                 qmax = charges[j];
 939                 jmax=j;
 940             } // end if charges[j]>qmax
 941         } // end for j
 942         if(qmax > 0) {
 943             idx[i]  = jmax;
 944             jch[i]  = charges[jmax];
 945             jtr[i]  = tracks[jmax];
 946             jhit[i] = hits[jmax];
 947         } // end if qmax > 0
 948     } // end for i
 949
 950     for(i=0;i<3;i++){
 951         if (jtr[i] == -3) {
 952             charges[i] = 0;
 953             tracks[i]  = -3;
 954             hits[i]    = -1;
 955         } else {
 956             charges[i] = jch[i];
 957             tracks[i]  = jtr[i];
 958             hits[i]    = jhit[i];
 959         } // end if jtr[i] == -3
 960     } // end for i
 961 }
 962 */
 963 //______________________________________________________________________
 964 void AliITSsimulationSDD::ChargeToSignal(Bool_t bAddNoise) {
 965     // add baseline, noise, electronics and ADC saturation effects
 966
 967     char opt1[20], opt2[20];
 968     fResponse->ParamOptions(opt1,opt2);
 969     char *read = strstr(opt1,"file");
 970     Float_t baseline, noise;
 971
 972     if (read) {
 973         static Bool_t readfile=kTRUE;
 974         //read baseline and noise from file
 975         if (readfile) ReadBaseline();
 976         readfile=kFALSE;
 977     } else fResponse->GetNoiseParam(noise,baseline);
 978
 979     Float_t contrib=0;
 980     Int_t i,k,kk;
 981     Float_t maxadc = fResponse->MaxAdc();
 982     if(!fDoFFT) {
 983         for (i=0;i<fNofMaps;i++) {
 984             if( !fAnodeFire[i] ) continue;
 985             if (read && i<fNofMaps) GetAnodeBaseline(i,baseline,noise);
 986             for(k=0; k<fScaleSize*fMaxNofSamples; k++) {
 987                 fInZR[k]  = fHitMap2->GetSignal(i,k);
 988                 if( bAddNoise ) {
 989                     contrib   = (baseline + noise*gRandom->Gaus());
 990                     fInZR[k] += contrib;
 991                 }
 992             } // end for k
 993             for(k=0; k<fMaxNofSamples; k++) {
 994                 Double_t newcont = 0.;
 995                 Double_t maxcont = 0.;
 996                 for(kk=0;kk<fScaleSize;kk++) {
 997                     newcont = fInZR[fScaleSize*k+kk];
 998                     if(newcont > maxcont) maxcont = newcont;
 999                 } // end for kk
1000                 newcont = maxcont;
1001                 if (newcont >= maxadc) newcont = maxadc -1;
1002                 if(newcont >= baseline){
1003                     Warning("","newcont=%d>=baseline=%d",newcont,baseline);
1004                 } // end if
1005                 // back to analog: ?
1006                 fHitMap2->SetHit(i,k,newcont);
1007             }  // end for k
1008         } // end for i loop over anodes
1009         return;
1010     } // end if DoFFT
1011
1012     for (i=0;i<fNofMaps;i++) {
1013         if( !fAnodeFire[i] ) continue;
1014         if  (read && i<fNofMaps) GetAnodeBaseline(i,baseline,noise);
1015         for(k=0; k<fScaleSize*fMaxNofSamples; k++) {
1016             fInZR[k]  = fHitMap2->GetSignal(i,k);
1017             if( bAddNoise ) {
1018                 contrib   = (baseline + noise*gRandom->Gaus());
1019                 fInZR[k] += contrib;
1020             }
1021             fInZI[k]  = 0.;
1022         } // end for k
1023         FastFourierTransform(fElectronics,&fInZR[0],&fInZI[0],1);
1024         for(k=0; k<fScaleSize*fMaxNofSamples; k++) {
1025             Double_t rw = fElectronics->GetTraFunReal(k);
1026             Double_t iw = fElectronics->GetTraFunImag(k);
1027             fOutZR[k]   = fInZR[k]*rw - fInZI[k]*iw;
1028             fOutZI[k]   = fInZR[k]*iw + fInZI[k]*rw;
1029         } // end for k
1030         FastFourierTransform(fElectronics,&fOutZR[0],&fOutZI[0],-1);
1031         for(k=0; k<fMaxNofSamples; k++) {
1032             Double_t newcont1 = 0.;
1033             Double_t maxcont1 = 0.;
1034             for(kk=0;kk<fScaleSize;kk++) {
1035                 newcont1 = fOutZR[fScaleSize*k+kk];
1036                 if(newcont1 > maxcont1) maxcont1 = newcont1;
1037             } // end for kk
1038             newcont1 = maxcont1;
1039             if (newcont1 >= maxadc) newcont1 = maxadc -1;
1040             fHitMap2->SetHit(i,k,newcont1);
1041         } // end for k
1042     } // end for i loop over anodes
1043   return;
1044 }
1045 //____________________________________________________________________
1046 void AliITSsimulationSDD::ApplyDeadChannels() {
1047     // Set dead channel signal to zero
1048     AliITSresponseSDD * response = (AliITSresponseSDD *)fResponse;
1049
1050     // nothing to do
1051     if( response->GetDeadModules() == 0 &&
1052         response->GetDeadChips() == 0 &&
1053         response->GetDeadChannels() == 0 )
1054         return;
1055
1056     static AliITS *iTS = (AliITS*)gAlice->GetModule( "ITS" );
1057
1058     Int_t fMaxNofSamples = fSegmentation->Npx();
1059     AliITSgeom *geom = iTS->GetITSgeom();
1060     Int_t firstSDDMod = geom->GetStartDet( 1 );
1061     // loop over wings
1062     for( Int_t j=0; j<2; j++ ) {
1063         Int_t mod = (fModule-firstSDDMod)*2 + j;
1064         for( Int_t u=0; u<response->Chips(); u++ )
1065             for( Int_t v=0; v<response->Channels(); v++ ) {
1066                 Float_t Gain = response->Gain( mod, u, v );
1067                 for( Int_t k=0; k<fMaxNofSamples; k++ ) {
1068                     Int_t i = j*response->Chips()*response->Channels() +
1069                               u*response->Channels() +
1070                               v;
1071                     Double_t signal =  Gain * fHitMap2->GetSignal( i, k );
1072                     fHitMap2->SetHit( i, k, signal );  ///
1073                 }
1074             }
1075     }
1076 }
1077 //______________________________________________________________________
1078 void AliITSsimulationSDD::ApplyCrosstalk() {
1079     // function add the crosstalk effect to signal
1080     // temporal function, should be checked...!!!
1081
1082     Int_t fNofMaps = fSegmentation->Npz();
1083     Int_t fMaxNofSamples = fSegmentation->Npx();
1084
1085     // create and inizialice crosstalk map
1086     Float_t* ctk = new Float_t[fNofMaps*fMaxNofSamples+1];
1087     if( ctk == NULL ) {
1088         Error( "ApplyCrosstalk", "no memory for temporal map: exit \n" );
1089         return;
1090     }
1091     memset( ctk, 0, sizeof(Float_t)*(fNofMaps*fMaxNofSamples+1) );
1092
1093     Float_t noise, baseline;
1094     fResponse->GetNoiseParam( noise, baseline );
1095
1096     for( Int_t z=0; z<fNofMaps; z++ ) {
1097         Bool_t on = kFALSE;
1098         Int_t tstart = 0;
1099         Int_t tstop = 0;
1100         Int_t nTsteps = 0;
1101
1102         for( Int_t l=0; l<fMaxNofSamples; l++ ) {
1103             Float_t fadc = (Float_t)fHitMap2->GetSignal( z, l );
1104             if( fadc > baseline ) {
1105                 if( on == kFALSE && l<fMaxNofSamples-4 ) {
1106                     Float_t fadc1 = (Float_t)fHitMap2->GetSignal( z, l+1 );
1107                     if( fadc1 < fadc ) continue;
1108                     on = kTRUE;
1109                     nTsteps = 0;
1110                     tstart = l;
1111                 }
1112                 nTsteps++;
1113             }
1114             else { // end fadc > baseline
1115                 if( on == kTRUE ) {
1116                     if( nTsteps > 2 ) {
1117                         tstop = l;
1118                         // make smooth derivative
1119                         Float_t* dev = new Float_t[fMaxNofSamples+1];
1120                         memset( dev, 0, sizeof(Float_t)*(fMaxNofSamples+1) );
1121                         if( ctk == NULL ) {
1122                             Error( "ApplyCrosstalk",
1123                                    "no memory for temporal array: exit \n" );
1124                             return;
1125                         }
1126                         for( Int_t i=tstart; i<tstop; i++ ) {
1127                             if( i > 2 && i < fMaxNofSamples-2 )
1128                                 dev[i] = -0.2*fHitMap2->GetSignal( z,i-2 )
1129                                          -0.1*fHitMap2->GetSignal( z,i-1 )
1130                                          +0.1*fHitMap2->GetSignal( z,i+1 )
1131                                          +0.2*fHitMap2->GetSignal( z,i+2 );
1132                         }
1133
1134                         // add crosstalk contribution to neibourg anodes
1135                         for( Int_t i=tstart; i<tstop; i++ ) {
1136                             Int_t anode = z - 1;
1137                             Int_t i1 = (Int_t)((i-tstart)*.61+tstart+0.5); //
1138                             Float_t ctktmp =  -dev[i1] * 0.25;
1139                             if( anode > 0 ) {
1140                                 ctk[anode*fMaxNofSamples+i] += ctktmp;
1141                             }
1142                             anode = z + 1;
1143                             if( anode < fNofMaps ) {
1144                                 ctk[anode*fMaxNofSamples+i] += ctktmp;
1145                             }
1146                         }
1147                         delete [] dev;
1148
1149                     } // if( nTsteps > 2 )
1150                     on = kFALSE;
1151                 }  // if( on == kTRUE )
1152             }  // else
1153         }
1154     }
1155
1156     for( Int_t a=0; a<fNofMaps; a++ )
1157         for( Int_t t=0; t<fMaxNofSamples; t++ ) {
1158             Float_t signal = fHitMap2->GetSignal( a, t ) + ctk[a*fMaxNofSamples+t];
1159             fHitMap2->SetHit( a, t, signal );
1160         }
1161
1162     delete [] ctk;
1163 }
1164 //______________________________________________________________________
1165 void AliITSsimulationSDD::GetAnodeBaseline(Int_t i,Float_t &baseline,
1166                                            Float_t &noise){
1167     // Returns the Baseline for a particular anode.
1168     baseline = fBaseline[i];
1169     noise    = fNoise[i];
1170 }
1171 //______________________________________________________________________
1172 void AliITSsimulationSDD::CompressionParam(Int_t i,Int_t &db,Int_t &tl,
1173                                            Int_t &th){
1174     // Returns the compression alogirthm parameters
1175     Int_t size = fD.GetSize();
1176     if (size > 2 ) {
1177         db=fD[i]; tl=fT1[i]; th=fT2[i];
1178     } else {
1179         if (size <= 2 && i>=fNofMaps/2) {
1180             db=fD[1]; tl=fT1[1]; th=fT2[1];
1181         } else {
1182             db=fD[0]; tl=fT1[0]; th=fT2[0];
1183         } // end if size <=2 && i>=fNofMaps/2
1184     } // end if size >2
1185 }
1186 //______________________________________________________________________
1187 void AliITSsimulationSDD::CompressionParam(Int_t i,Int_t &db,Int_t &tl){
1188     // returns the compression alogirthm parameters
1189     Int_t size = fD.GetSize();
1190
1191     if (size > 2 ) {
1192         db=fD[i]; tl=fT1[i];
1193     } else {
1194         if (size <= 2 && i>=fNofMaps/2) {
1195             db=fD[1]; tl=fT1[1];
1196         } else {
1197             db=fD[0]; tl=fT1[0];
1198         } // end if size <=2 && i>=fNofMaps/2
1199     } // end if size > 2
1200 }
1201 //______________________________________________________________________
1202 void AliITSsimulationSDD::SetCompressParam(){
1203     // Sets the compression alogirthm parameters
1204     Int_t cp[8],i;
1205
1206     fResponse->GiveCompressParam(cp);
1207     for (i=0; i<2; i++) {
1208         fD[i]   = cp[i];
1209         fT1[i]  = cp[i+2];
1210         fT2[i]  = cp[i+4];
1211         fTol[i] = cp[i+6];
1212     } // end for i
1213 }
1214 //______________________________________________________________________
1215 void AliITSsimulationSDD::ReadBaseline(){
1216     // read baseline and noise from file - either a .root file and in this
1217     // case data should be organised in a tree with one entry for each
1218     // module => reading should be done accordingly
1219     // or a classic file and do smth. like this:
1220     // Read baselines and noise for SDD
1221
1222     Int_t na,pos;
1223     Float_t bl,n;
1224     char input[100], base[100], param[100];
1225     char *filtmp;
1226
1227     fResponse->Filenames(input,base,param);
1228     fFileName=base;
1229 //
1230     filtmp = gSystem->ExpandPathName(fFileName.Data());
1231     FILE *bline = fopen(filtmp,"r");
1232     na = 0;
1233
1234     if(bline) {
1235         while(fscanf(bline,"%d %f %f",&pos, &bl, &n) != EOF) {
1236             if (pos != na+1) {
1237                 Error("ReadBaseline","Anode number not in increasing order!",
1238                       filtmp);
1239                 exit(1);
1240             } // end if pos != na+1
1241             fBaseline[na]=bl;
1242             fNoise[na]=n;
1243             na++;
1244         } // end while
1245     } else {
1246         Error("ReadBaseline"," THE BASELINE FILE %s DOES NOT EXIST !",filtmp);
1247         exit(1);
1248     } // end if(bline)
1249
1250     fclose(bline);
1251     delete [] filtmp;
1252 }
1253 //______________________________________________________________________
1254 Int_t AliITSsimulationSDD::Convert10to8(Int_t signal) const {
1255     // To the 10 to 8 bit lossive compression.
1256     // code from Davide C. and Albert W.
1257
1258     if (signal < 128)  return signal;
1259     if (signal < 256)  return (128+((signal-128)>>1));
1260     if (signal < 512)  return (192+((signal-256)>>3));
1261     if (signal < 1024) return (224+((signal-512)>>4));
1262     return 0;
1263 }
1264 //______________________________________________________________________
1265 Int_t AliITSsimulationSDD::Convert8to10(Int_t signal) const {
1266     // Undo the lossive 10 to 8 bit compression.
1267     // code from Davide C. and Albert W.
1268     if (signal < 0 || signal > 255) {
1269         Warning("Convert8to10","out of range signal=%d",signal);
1270         return 0;
1271     } // end if signal <0 || signal >255
1272
1273     if (signal < 128) return signal;
1274     if (signal < 192) {
1275         if (TMath::Odd(signal)) return (128+((signal-128)<<1));
1276         else  return (128+((signal-128)<<1)+1);
1277     } // end if signal < 192
1278     if (signal < 224) {
1279         if (TMath::Odd(signal)) return (256+((signal-192)<<3)+3);
1280         else  return (256+((signal-192)<<3)+4);
1281     } // end if signal < 224
1282     if (TMath::Odd(signal)) return (512+((signal-224)<<4)+7);
1283     return (512+((signal-224)<<4)+8);
1284 }
1285
1286 /*
1287 //______________________________________________________________________
1288 AliITSMap*   AliITSsimulationSDD::HitMap(Int_t i){
1289     //Return the correct map.
1290
1291     return ((i==0)? fHitMap1 : fHitMap2);
1292 }*/
1293
1294 //______________________________________________________________________
1295 void AliITSsimulationSDD::ZeroSuppression(const char *option) {
1296     // perform the zero suppresion
1297
1298     if (strstr(option,"2D")) {
1299         //Init2D();              // activate if param change module by module
1300         Compress2D();
1301     } else if (strstr(option,"1D")) {
1302         //Init1D();              // activate if param change module by module
1303         Compress1D();
1304     } else StoreAllDigits();
1305 }
1306 //______________________________________________________________________
1307 void AliITSsimulationSDD::Init2D(){
1308     // read in and prepare arrays: fD, fT1, fT2
1309     //                         savemu[nanodes], savesigma[nanodes]
1310     // read baseline and noise from file - either a .root file and in this
1311     // case data should be organised in a tree with one entry for each
1312     // module => reading should be done accordingly
1313     // or a classic file and do smth. like this ( code from Davide C. and
1314     // Albert W.) :
1315     // Read 2D zero-suppression parameters for SDD
1316
1317     if (!strstr(fParam,"file")) return;
1318
1319     Int_t na,pos,tempTh;
1320     Float_t mu,sigma;
1321     Float_t *savemu    = new Float_t [fNofMaps];
1322     Float_t *savesigma = new Float_t [fNofMaps];
1323     char input[100],basel[100],par[100];
1324     char *filtmp;
1325     Int_t minval = fResponse->MinVal();
1326
1327     fResponse->Filenames(input,basel,par);
1328     fFileName = par;
1329 //
1330     filtmp = gSystem->ExpandPathName(fFileName.Data());
1331     FILE *param = fopen(filtmp,"r");
1332     na = 0;
1333
1334     if(param) {
1335         while(fscanf(param,"%d %f %f",&pos, &mu, &sigma) != EOF) {
1336             if (pos != na+1) {
1337                 Error("Init2D","Anode number not in increasing order!",filtmp);
1338                 exit(1);
1339             } // end if pos != na+1
1340             savemu[na] = mu;
1341           savesigma[na] = sigma;
1342           if ((2.*sigma) < mu) {
1343               fD[na] = (Int_t)floor(mu - 2.0*sigma + 0.5);
1344               mu = 2.0 * sigma;
1345           } else fD[na] = 0;
1346           tempTh = (Int_t)floor(mu+2.25*sigma+0.5) - minval;
1347           if (tempTh < 0) tempTh=0;
1348           fT1[na] = tempTh;
1349           tempTh = (Int_t)floor(mu+3.0*sigma+0.5) - minval;
1350           if (tempTh < 0) tempTh=0;
1351           fT2[na] = tempTh;
1352           na++;
1353         } // end while
1354     } else {
1355         Error("Init2D","THE FILE %s DOES NOT EXIST !",filtmp);
1356         exit(1);
1357     } // end if(param)
1358
1359     fclose(param);
1360     delete [] filtmp;
1361     delete [] savemu;
1362     delete [] savesigma;
1363 }
1364 //______________________________________________________________________
1365 void AliITSsimulationSDD::Compress2D(){
1366     // simple ITS cluster finder -- online zero-suppression conditions
1367
1368     Int_t db,tl,th;
1369     Int_t minval   = fResponse->MinVal();
1370     Bool_t write   = fResponse->OutputOption();
1371     Bool_t do10to8 = fResponse->Do10to8();
1372     Int_t nz, nl, nh, low, i, j;
1373
1374     for (i=0; i<fNofMaps; i++) {
1375         CompressionParam(i,db,tl,th);
1376         nz  = 0;
1377         nl  = 0;
1378         nh  = 0;
1379         low = 0;
1380         for (j=0; j<fMaxNofSamples; j++) {
1381             Int_t signal=(Int_t)(fHitMap2->GetSignal(i,j));
1382             signal -= db; // if baseline eq. is done here
1383             if (signal <= 0) {nz++; continue;}
1384             if ((signal - tl) < minval) low++;
1385             if ((signal - th) >= minval) {
1386                 nh++;
1387                 Bool_t cond=kTRUE;
1388                 FindCluster(i,j,signal,minval,cond);
1389                 if(cond && j &&
1390                    ((TMath::Abs(fHitMap2->GetSignal(i,j-1))-th)>=minval)){
1391                     if(do10to8) signal = Convert10to8(signal);
1392                     AddDigit(i,j,signal);
1393                 } // end if cond&&j&&()
1394             } else if ((signal - tl) >= minval) nl++;
1395         } // end for j loop time samples
1396         if (write) TreeB()->Fill(nz,nl,nh,low,i+1);
1397     } //end for i loop anodes
1398
1399     char hname[30];
1400     if (write) {
1401         sprintf(hname,"TNtuple%d_%d",fModule,fEvent);
1402         TreeB()->Write(hname);
1403         // reset tree
1404         TreeB()->Reset();
1405     } // end if write
1406 }
1407 //______________________________________________________________________
1408 void  AliITSsimulationSDD::FindCluster(Int_t i,Int_t j,Int_t signal,
1409                                        Int_t minval,Bool_t &cond){
1410     // Find clusters according to the online 2D zero-suppression algorithm
1411     Bool_t do10to8 = fResponse->Do10to8();
1412     Bool_t high    = kFALSE;
1413
1414     fHitMap2->FlagHit(i,j);
1415 //
1416 //  check the online zero-suppression conditions
1417 //
1418     const Int_t kMaxNeighbours = 4;
1419     Int_t nn;
1420     Int_t dbx,tlx,thx;
1421     Int_t xList[kMaxNeighbours], yList[kMaxNeighbours];
1422     fSegmentation->Neighbours(i,j,&nn,xList,yList);
1423     Int_t in,ix,iy,qns;
1424     for (in=0; in<nn; in++) {
1425         ix=xList[in];
1426         iy=yList[in];
1427         if (fHitMap2->TestHit(ix,iy)==kUnused) {
1428             CompressionParam(ix,dbx,tlx,thx);
1429             Int_t qn = (Int_t)(fHitMap2->GetSignal(ix,iy));
1430             qn -= dbx; // if baseline eq. is done here
1431             if ((qn-tlx) < minval) {
1432                 fHitMap2->FlagHit(ix,iy);
1433                 continue;
1434             } else {
1435                 if ((qn - thx) >= minval) high=kTRUE;
1436                 if (cond) {
1437                     if(do10to8) signal = Convert10to8(signal);
1438                     AddDigit(i,j,signal);
1439                 } // end if cond
1440                 if(do10to8) qns = Convert10to8(qn);
1441                 else qns=qn;
1442                 if (!high) AddDigit(ix,iy,qns);
1443                 cond=kFALSE;
1444                 if(!high) fHitMap2->FlagHit(ix,iy);
1445             } // end if qn-tlx < minval
1446         } // end if  TestHit
1447     } // end for in loop over neighbours
1448 }
1449 //______________________________________________________________________
1450 void AliITSsimulationSDD::Init1D(){
1451     // this is just a copy-paste of input taken from 2D algo
1452     // Torino people should give input
1453     // Read 1D zero-suppression parameters for SDD
1454
1455     if (!strstr(fParam,"file")) return;
1456
1457     Int_t na,pos,tempTh;
1458     Float_t mu,sigma;
1459     Float_t *savemu    = new Float_t [fNofMaps];
1460     Float_t *savesigma = new Float_t [fNofMaps];
1461     char input[100],basel[100],par[100];
1462     char *filtmp;
1463     Int_t minval = fResponse->MinVal();
1464
1465     fResponse->Filenames(input,basel,par);
1466     fFileName=par;
1467
1468 //  set first the disable and tol param
1469     SetCompressParam();
1470 //
1471     filtmp = gSystem->ExpandPathName(fFileName.Data());
1472     FILE *param = fopen(filtmp,"r");
1473     na = 0;
1474
1475     if (param) {
1476         fscanf(param,"%d %d %d %d ", &fT2[0], &fT2[1], &fTol[0], &fTol[1]);
1477         while(fscanf(param,"%d %f %f",&pos, &mu, &sigma) != EOF) {
1478             if (pos != na+1) {
1479                 Error("Init1D","Anode number not in increasing order!",filtmp);
1480                 exit(1);
1481             } // end if pos != na+1
1482             savemu[na]=mu;
1483             savesigma[na]=sigma;
1484             if ((2.*sigma) < mu) {
1485                 fD[na] = (Int_t)floor(mu - 2.0*sigma + 0.5);
1486                 mu = 2.0 * sigma;
1487             } else fD[na] = 0;
1488             tempTh = (Int_t)floor(mu+2.25*sigma+0.5) - minval;
1489             if (tempTh < 0) tempTh=0;
1490             fT1[na] = tempTh;
1491             na++;
1492         } // end while
1493     } else {
1494         Error("Init1D","THE FILE %s DOES NOT EXIST !",filtmp);
1495         exit(1);
1496     } // end if(param)
1497
1498     fclose(param);
1499     delete [] filtmp;
1500     delete [] savemu;
1501     delete [] savesigma;
1502 }
1503 //______________________________________________________________________
1504 void AliITSsimulationSDD::Compress1D(){
1505     // 1D zero-suppression algorithm (from Gianluca A.)
1506     Int_t    dis,tol,thres,decr,diff;
1507     UChar_t *str=fStream->Stream();
1508     Int_t    counter=0;
1509     Bool_t   do10to8=fResponse->Do10to8();
1510     Int_t    last=0;
1511     Int_t    k,i,j;
1512
1513     for (k=0; k<2; k++) {
1514         tol = Tolerance(k);
1515         dis = Disable(k);
1516         for (i=0; i<fNofMaps/2; i++) {
1517             Bool_t firstSignal=kTRUE;
1518             Int_t idx=i+k*fNofMaps/2;
1519             if( !fAnodeFire[idx] ) continue;
1520             CompressionParam(idx,decr,thres);
1521             for (j=0; j<fMaxNofSamples; j++) {
1522                 Int_t signal=(Int_t)(fHitMap2->GetSignal(idx,j));
1523                 signal -= decr;  // if baseline eq.
1524                 if(do10to8) signal = Convert10to8(signal);
1525                 if (signal <= thres) {
1526                     signal=0;
1527                     diff=128;
1528                     last=0;
1529                     // write diff in the buffer for HuffT
1530                     str[counter]=(UChar_t)diff;
1531                     counter++;
1532                     continue;
1533                 } // end if signal <= thres
1534                 diff=signal-last;
1535                 if (diff > 127) diff=127;
1536                 if (diff < -128) diff=-128;
1537                 if (signal < dis) {
1538                     // tol has changed to 8 possible cases ? - one can write
1539                     // this if(TMath::Abs(diff)<tol) ... else ...
1540                     if(TMath::Abs(diff)<tol) diff=0;
1541                     // or keep it as it was before
1542                     /*
1543                     if (tol==1 && (diff >= -2 && diff <= 1)) diff=0;
1544                     if (tol==2 && (diff >= -4 && diff <= 3)) diff=0;
1545                     if (tol==3 && (diff >= -16 && diff <= 15)) diff=0;
1546                     */
1547                     AddDigit(idx,j,last+diff);
1548                 } else {
1549                     AddDigit(idx,j,signal);
1550                 } // end if singal < dis
1551                 diff += 128;
1552                 // write diff in the buffer used to compute Huffman tables
1553                 if (firstSignal) str[counter]=(UChar_t)signal;
1554                 else str[counter]=(UChar_t)diff;
1555                 counter++;
1556                 last=signal;
1557                 firstSignal=kFALSE;
1558             } // end for j loop time samples
1559         } // end for i loop anodes  one half of detector
1560     } //  end for k
1561
1562     // check
1563     fStream->CheckCount(counter);
1564
1565     // open file and write out the stream of diff's
1566     static Bool_t open=kTRUE;
1567     static TFile *outFile;
1568     Bool_t write = fResponse->OutputOption();
1569     TDirectory *savedir = gDirectory;
1570
1571     if (write ) {
1572         if(open) {
1573             SetFileName("stream.root");
1574             cout<<"filename "<<fFileName<<endl;
1575             outFile=new TFile(fFileName,"recreate");
1576             cout<<"I have opened "<<fFileName<<" file "<<endl;
1577         } // end if open
1578         open = kFALSE;
1579         outFile->cd();
1580         fStream->Write();
1581     }  // endif write
1582
1583     fStream->ClearStream();
1584
1585     // back to galice.root file
1586     if(savedir) savedir->cd();
1587 }
1588 //______________________________________________________________________
1589 void AliITSsimulationSDD::StoreAllDigits(){
1590     // if non-zero-suppressed data
1591     Bool_t do10to8 = fResponse->Do10to8();
1592     Int_t i, j, digits[3];
1593
1594     for (i=0; i<fNofMaps; i++) {
1595         for (j=0; j<fMaxNofSamples; j++) {
1596             Int_t signal=(Int_t)(fHitMap2->GetSignal(i,j));
1597             if(do10to8) signal = Convert10to8(signal);
1598             if(do10to8) signal = Convert8to10(signal);
1599             digits[0] = i;
1600             digits[1] = j;
1601             digits[2] = signal;
1602             fITS->AddRealDigit(1,digits);
1603         } // end for j
1604     } // end for i
1605 }
1606 //______________________________________________________________________
1607 void AliITSsimulationSDD::CreateHistograms(Int_t scale){
1608     // Creates histograms of maps for debugging
1609     Int_t i;
1610
1611       fHis=new TObjArray(fNofMaps);
1612       for (i=0;i<fNofMaps;i++) {
1613            TString sddName("sdd_");
1614            Char_t candNum[4];
1615            sprintf(candNum,"%d",i+1);
1616            sddName.Append(candNum);
1617            fHis->AddAt(new TH1F(sddName.Data(),"SDD maps",scale*fMaxNofSamples,
1618                                 0.,(Float_t) scale*fMaxNofSamples), i);
1619       } // end for i
1620 }
1621 //______________________________________________________________________
1622 void AliITSsimulationSDD::FillHistograms(){
1623     // fill 1D histograms from map
1624
1625     if (!fHis) return;
1626
1627     for( Int_t i=0; i<fNofMaps; i++) {
1628         TH1F *hist =(TH1F *)fHis->UncheckedAt(i);
1629         Int_t nsamples = hist->GetNbinsX();
1630         for( Int_t j=0; j<nsamples; j++) {
1631             Double_t signal=fHitMap2->GetSignal(i,j);
1632             hist->Fill((Float_t)j,signal);
1633         } // end for j
1634     } // end for i
1635 }
1636 //______________________________________________________________________
1637 void AliITSsimulationSDD::ResetHistograms(){
1638     // Reset histograms for this detector
1639     Int_t i;
1640
1641     for (i=0;i<fNofMaps;i++ ) {
1642         if (fHis->At(i))    ((TH1F*)fHis->At(i))->Reset();
1643     } // end for i
1644 }
1645 //______________________________________________________________________
1646 TH1F *AliITSsimulationSDD::GetAnode(Int_t wing, Int_t anode) {
1647     // Fills a histogram from a give anode.
1648
1649     if (!fHis) return 0;
1650
1651     if(wing <=0 || wing > 2) {
1652         Warning("GetAnode","Wrong wing number: %d",wing);
1653         return NULL;
1654     } // end if wing <=0 || wing >2
1655     if(anode <=0 || anode > fNofMaps/2) {
1656         Warning("GetAnode","Wrong anode number: %d",anode);
1657         return NULL;
1658     } // end if ampde <=0 || andoe > fNofMaps/2
1659
1660     Int_t index = (wing-1)*fNofMaps/2 + anode-1;
1661     return (TH1F*)(fHis->At(index));
1662 }
1663 //______________________________________________________________________
1664 void AliITSsimulationSDD::WriteToFile(TFile *hfile) {
1665     // Writes the histograms to a file
1666
1667     if (!fHis) return;
1668
1669     hfile->cd();
1670     Int_t i;
1671     for(i=0; i<fNofMaps; i++)  fHis->At(i)->Write(); //fAdcs[i]->Write();
1672     return;
1673 }
1674 //______________________________________________________________________
1675 Float_t AliITSsimulationSDD::GetNoise() {
1676     // Returns the noise value
1677     //Bool_t do10to8=fResponse->Do10to8();
1678     //noise will always be in the liniar part of the signal
1679     Int_t decr;
1680     Int_t threshold = fT1[0];
1681     char opt1[20], opt2[20];
1682
1683     fResponse->ParamOptions(opt1,opt2);
1684     fParam=opt2;
1685     char *same = strstr(opt1,"same");
1686     Float_t noise,baseline;
1687     if (same) {
1688         fResponse->GetNoiseParam(noise,baseline);
1689     } else {
1690         static Bool_t readfile=kTRUE;
1691         //read baseline and noise from file
1692         if (readfile) ReadBaseline();
1693         readfile=kFALSE;
1694     } // end if same
1695
1696     TCanvas *c2 = (TCanvas*)gROOT->GetListOfCanvases()->FindObject("c2");
1697     if(c2) delete c2->GetPrimitive("noisehist");
1698     if(c2) delete c2->GetPrimitive("anode");
1699     else     c2=new TCanvas("c2");
1700     c2->cd();
1701     c2->SetFillColor(0);
1702
1703     TH1F *noisehist = new TH1F("noisehist","noise",100,0.,(float)2*threshold);
1704     TH1F *anode = new TH1F("anode","Anode Projection",fMaxNofSamples,0.,
1705                            (float)fMaxNofSamples);
1706     Int_t i,k;
1707     for (i=0;i<fNofMaps;i++) {
1708         CompressionParam(i,decr,threshold);
1709         if  (!same) GetAnodeBaseline(i,baseline,noise);
1710         anode->Reset();
1711         for (k=0;k<fMaxNofSamples;k++) {
1712             Float_t signal=(Float_t)fHitMap2->GetSignal(i,k);
1713             //if (signal <= (float)threshold) noisehist->Fill(signal-baseline);
1714             if (signal <= (float)threshold) noisehist->Fill(signal);
1715             anode->Fill((float)k,signal);
1716         } // end for k
1717         anode->Draw();
1718         c2->Update();
1719     } // end for i
1720     TF1 *gnoise = new TF1("gnoise","gaus",0.,threshold);
1721     noisehist->Fit("gnoise","RQ");
1722     noisehist->Draw();
1723     c2->Update();
1724     Float_t mnoise = gnoise->GetParameter(1);
1725     cout << "mnoise : " << mnoise << endl;
1726     Float_t rnoise = gnoise->GetParameter(2);
1727     cout << "rnoise : " << rnoise << endl;
1728     delete noisehist;
1729     return rnoise;
1730 }
1731 //______________________________________________________________________
1732 void AliITSsimulationSDD::WriteSDigits(){
1733     // Fills the Summable digits Tree
1734     static AliITS *aliITS = (AliITS*)gAlice->GetModule("ITS");
1735
1736     for( Int_t i=0; i<fNofMaps; i++ ) {
1737         if( !fAnodeFire[i] ) continue;
1738         for( Int_t j=0; j<fMaxNofSamples; j++ ) {
1739             Double_t sig = fHitMap2->GetSignal( i, j );
1740             if( sig > 0.2 ) {
1741                 Int_t jdx = j*fScaleSize;
1742                 Int_t index = fpList->GetHitIndex( i, j );
1743                 AliITSpListItem pItemTmp2( fModule, index, 0. );
1744                 // put the fScaleSize analog digits in only one
1745                 for( Int_t ik=0; ik<fScaleSize; ik++ ) {
1746                     AliITSpListItem *pItemTmp = fpList->GetpListItem( i, jdx+ik );
1747                     if( pItemTmp == 0 ) continue;
1748                     pItemTmp2.Add( pItemTmp );
1749                 }
1750                 pItemTmp2.AddSignalAfterElect( fModule, index, sig );
1751                 pItemTmp2.AddNoise( fModule, index, fHitNoiMap2->GetSignal( i, j ) );
1752                 aliITS->AddSumDigit( pItemTmp2 );
1753             } // end if (sig > 0.2)
1754         }
1755     }
1756     return;
1757 }
1758 //______________________________________________________________________
1759 void AliITSsimulationSDD::Print() {
1760     // Print SDD simulation Parameters
1761
1762     cout << "**************************************************" << endl;
1763     cout << "   Silicon Drift Detector Simulation Parameters   " << endl;
1764     cout << "**************************************************" << endl;
1765     cout << "Flag for Perpendicular tracks: " << (Int_t) fFlag << endl;
1766     cout << "Flag for noise checking: " << (Int_t) fCheckNoise << endl;
1767     cout << "Flag to switch off electronics: " << (Int_t) fDoFFT << endl;
1768     cout << "Number pf Anodes used: " << fNofMaps << endl;
1769     cout << "Number of Time Samples: " << fMaxNofSamples << endl;
1770     cout << "Scale size factor: " << fScaleSize << endl;
1771     cout << "**************************************************" << endl;
1772 }