JETAN/AliUA1JetFinderV2.cxx

   1 /**************************************************************************
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   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
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   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
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  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 //---------------------------------------------------------------------
  19 // UA1 Cone Algorithm Jet finder for charged + neutral jet studies
  20 // manages the search for jets using charged particle momentum and
  21 // neutral cell energy information
  22 // Based on UA1 V1 (from R. Diaz)
  23 // Author: magali.estienne@subatech.in2p3.fr
  24 //---------------------------------------------------------------------
  25
  26 #include <TClonesArray.h>
  27 #include <TH1F.h>
  28 #include <TH2F.h>
  29 #include <TLorentzVector.h>
  30 #include <TMath.h>
  31 #include <TRefArray.h>
  32 #include "TFile.h"
  33
  34 #include "AliUA1JetFinderV2.h"
  35 #include "AliUA1JetHeaderV1.h"
  36 #include "AliJetUnitArray.h"
  37 #include "AliJetReaderHeader.h"
  38 #include "AliJetReader.h"
  39 #include "AliJetHeader.h"
  40
  41 class TArrayF;
  42 class TFile;
  43 class AliJetReader;
  44 class AliAODJet;
  45
  46 ClassImp(AliUA1JetFinderV2)
  47
  48
  49 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  50 AliUA1JetFinderV2::AliUA1JetFinderV2() :
  51   AliJetFinder(),
  52   fLego(0),
  53   fDebug(0),
  54   fOpt(0)
  55 {
  56   //
  57   // Constructor
  58   //
  59 }
  60
  61 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  62 AliUA1JetFinderV2::~AliUA1JetFinderV2()
  63 {
  64   //
  65   // Destructor
  66   //
  67 }
  68
  69 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  70 void AliUA1JetFinderV2::FindJetsC()
  71 {
  72   //
  73   //  Used to find jets using charged particle momentum information
  74   //
  75   //  1) Fill cell map array
  76   //  2) calculate total energy and fluctuation level
  77   //  3) Run algorithm
  78   //     3.1) look centroides in cell map
  79   //     3.2) calculate total energy in cones
  80   //     3.3) flag as a possible jet
  81   //     3.4) reorder cones by energy
  82   //  4) subtract backg in accepted jets
  83   //  5) fill AliJet list
  84
  85   //  Transform input to pt,eta,phi plus lego
  86
  87   AliUA1JetHeaderV1* header  = (AliUA1JetHeaderV1*) fHeader;
  88   TClonesArray*      lvArray = fReader->GetMomentumArray();
  89   Int_t              nIn     = lvArray->GetEntries();
  90
  91   if (nIn == 0) return;
  92
  93   // local arrays for input
  94   Float_t* ptT    = new Float_t[nIn];
  95   Float_t* etaT   = new Float_t[nIn];
  96   Float_t* phiT   = new Float_t[nIn];
  97   Float_t* cFlagT = new Float_t[nIn]; // Temporarily added
  98   Float_t* sFlagT = new Float_t[nIn]; // Temporarily added
  99   Int_t*   injet  = new Int_t[nIn];
 100
 101   //total energy in array
 102   Float_t  etbgTotal = 0.0;
 103   TH1F*    hPtTotal  = new TH1F("hPt","Pt distribution of all particles ",100,0.0,15.0);
 104
 105   // load input vectors and calculate total energy in array
 106   for (Int_t i = 0; i < nIn; i++){
 107     TLorentzVector *lv = (TLorentzVector*) lvArray->At(i);
 108     ptT[i]  = lv->Pt();
 109     etaT[i] = lv->Eta();
 110     phiT[i] = ((lv->Phi() < 0) ? (lv->Phi()) + 2 * TMath::Pi() : lv->Phi());
 111     cFlagT[i] = fReader->GetCutFlag(i);
 112     sFlagT[i] = fReader->GetSignalFlag(i);
 113
 114     if (fReader->GetCutFlag(i) != 1) continue;
 115     fLego->Fill(etaT[i], phiT[i], ptT[i]);
 116     hPtTotal->Fill(ptT[i]);
 117     etbgTotal+= ptT[i];
 118   }
 119
 120
 121   // calculate total energy and fluctuation in map
 122   Double_t meanpt   = hPtTotal->GetMean();
 123   Double_t ptRMS    = hPtTotal->GetRMS();
 124   Double_t npart    = hPtTotal->GetEntries();
 125   Double_t dEtTotal = (TMath::Sqrt(npart))*TMath::Sqrt(meanpt * meanpt + ptRMS*ptRMS);
 126
 127   // arrays to hold jets
 128   Float_t* etaJet    = new Float_t[30];  // eta jet
 129   Float_t* phiJet    = new Float_t[30];  // phi jet
 130   Float_t* etJet     = new Float_t[30];  // et jet
 131   Float_t* etsigJet  = new Float_t[30];  // signal et in jet
 132   Float_t* etallJet  = new Float_t[30];  // total et in jet (tmp variable)
 133   Int_t*   ncellsJet = new Int_t[30];
 134   Int_t*   multJet   = new Int_t[30];
 135   //--- Added for jet reordering at the end of the jet finding procedure
 136   Float_t* etaJetOk    = new Float_t[30];
 137   Float_t* phiJetOk    = new Float_t[30];
 138   Float_t* etJetOk     = new Float_t[30];
 139   Float_t* etsigJetOk  = new Float_t[30];  // signal et in jet
 140   Float_t* etallJetOk  = new Float_t[30];  // total et in jet (tmp variable)
 141   Int_t*   ncellsJetOk = new Int_t[30];
 142   Int_t*   multJetOk   = new Int_t[30];
 143   //--------------------------
 144   Int_t nJets; // to hold number of jets found by algorithm
 145   Int_t nj;    // number of jets accepted
 146   Float_t prec  = header->GetPrecBg();
 147   Float_t bgprec = 1;
 148   while(bgprec > prec){
 149     //reset jet arrays in memory
 150     memset(etaJet,0,sizeof(Float_t)*30);
 151     memset(phiJet,0,sizeof(Float_t)*30);
 152     memset(etJet,0,sizeof(Float_t)*30);
 153     memset(etallJet,0,sizeof(Float_t)*30);
 154     memset(etsigJet,0,sizeof(Float_t)*30);
 155     memset(ncellsJet,0,sizeof(Int_t)*30);
 156     memset(multJet,0,sizeof(Int_t)*30);
 157     //--- Added for jet reordering at the end of the jet finding procedure
 158     memset(etaJetOk,0,sizeof(Float_t)*30);
 159     memset(phiJetOk,0,sizeof(Float_t)*30);
 160     memset(etJetOk,0,sizeof(Float_t)*30);
 161     memset(etallJetOk,0,sizeof(Float_t)*30);
 162     memset(etsigJetOk,0,sizeof(Float_t)*30);
 163     memset(ncellsJetOk,0,sizeof(Int_t)*30);
 164     memset(multJetOk,0,sizeof(Int_t)*30);
 165     //--------------------------
 166     nJets = 0;
 167     nj = 0;
 168
 169     // reset particles-jet array in memory
 170     memset(injet,-1,sizeof(Int_t)*nIn);
 171     //run cone algorithm finder
 172     RunAlgoritmC(etbgTotal,dEtTotal,nJets,etJet,etaJet,phiJet,etallJet,ncellsJet);
 173
 174     //run background subtraction
 175     if(nJets > header->GetNAcceptJets()) // limited number of accepted jets per event
 176       nj = header->GetNAcceptJets();
 177     else
 178       nj = nJets;
 179     //subtract background
 180     Float_t etbgTotalN = 0.0; //new background
 181     if(header->GetBackgMode() == 1) // standard
 182       SubtractBackgC(nIn,nj,etbgTotalN,ptT,etaT,phiT,etJet,etaJet,phiJet,etsigJet,multJet,injet);
 183     if(header->GetBackgMode() == 2) //cone
 184       SubtractBackgCone(nIn,nj,etbgTotalN,ptT,etaT,phiT,cFlagT,sFlagT,etJet,etaJet,phiJet,etsigJet,multJet,injet);
 185     if(header->GetBackgMode() == 3) //ratio
 186       SubtractBackgRatio(nIn,nj,etbgTotalN,ptT,etaT,phiT,cFlagT,sFlagT,etJet,etaJet,phiJet,etsigJet,multJet,injet);
 187     if(header->GetBackgMode() == 4) //statistic
 188       SubtractBackgStat(nIn,nj,etbgTotalN,ptT,etaT,phiT,cFlagT,sFlagT,etJet,etaJet,phiJet,etsigJet,multJet,injet);
 189     //calc precision
 190     if(etbgTotalN != 0.0)
 191       bgprec = (etbgTotal - etbgTotalN)/etbgTotalN;
 192     else
 193       bgprec = 0;
 194     etbgTotal = etbgTotalN; // update with new background estimation
 195   } //end while
 196
 197   // add jets to list
 198   Int_t* idxjets = new Int_t[nj];
 199   Int_t nselectj = 0;
 200   printf("Found %d jets \n", nj);
 201
 202   // Reorder jets by et in cone
 203   Int_t * idx  = new Int_t[nJets];
 204   TMath::Sort(nJets, etJet, idx);
 205   for(Int_t p = 0; p < nJets; p++){
 206     etaJetOk[p]    = etaJet[idx[p]];
 207     phiJetOk[p]    = phiJet[idx[p]];
 208     etJetOk[p]     = etJet[idx[p]];
 209     etallJetOk[p]  = etJet[idx[p]];
 210     etsigJetOk[p]  = etsigJet[idx[p]];
 211     ncellsJetOk[p] = ncellsJet[idx[p]];
 212     multJetOk[p]   = multJet[idx[p]];
 213   }
 214
 215   for(Int_t kj=0; kj<nj; kj++)
 216     {
 217       if ((etaJetOk[kj] > (header->GetJetEtaMax())) ||
 218           (etaJetOk[kj] < (header->GetJetEtaMin())) ||
 219           (etJetOk[kj] < header->GetMinJetEt())) continue; // acceptance eta range and etmin
 220       Float_t px, py,pz,en; // convert to 4-vector
 221       px = etJetOk[kj] * TMath::Cos(phiJetOk[kj]);
 222       py = etJetOk[kj] * TMath::Sin(phiJetOk[kj]);
 223       pz = etJetOk[kj] / TMath::Tan(2.0 * TMath::ATan(TMath::Exp(-etaJetOk[kj])));
 224       en = TMath::Sqrt(px * px + py * py + pz * pz);
 225
 226       AliAODJet jet(px, py, pz, en);
 227       jet.Print("");
 228
 229       AddJet(jet);
 230
 231       idxjets[nselectj] = kj;
 232       nselectj++;
 233     }
 234
 235   //add signal percentage and total signal  in AliJets for analysis tool
 236   Float_t* percentage  = new Float_t[nselectj];
 237   Int_t* ncells      = new Int_t[nselectj];
 238   Int_t* mult        = new Int_t[nselectj];
 239   for(Int_t i = 0; i< nselectj; i++)
 240     {
 241       percentage[i] = etsigJetOk[idxjets[i]]/etJetOk[idxjets[i]];
 242       ncells[i] = ncellsJetOk[idxjets[i]];
 243       mult[i] = multJetOk[idxjets[i]];
 244     }
 245
 246   //add particle-injet relationship ///
 247   for(Int_t bj = 0; bj < nIn; bj++)
 248     {
 249       if(injet[bj] == -1) continue; //background particle
 250       Int_t bflag = 0;
 251       for(Int_t ci = 0; ci< nselectj; ci++){
 252         if(injet[bj] == idxjets[ci]){
 253           injet[bj]= ci;
 254           bflag++;
 255           break;
 256         }
 257       }
 258       if(bflag == 0) injet[bj] = -1; // set as background particle
 259     }
 260
 261
 262   //delete
 263   delete[] ptT;
 264   delete[] etaT;
 265   delete[] phiT;
 266   delete[] cFlagT;
 267   delete[] sFlagT;
 268   delete[] injet;
 269   delete[] hPtTotal;
 270   delete[] etaJet;
 271   delete[] phiJet;
 272   delete[] etJet;
 273   delete[] etsigJet;
 274   delete[] etallJet;
 275   delete[] ncellsJet;
 276   delete[] multJet;
 277   delete[] idxjets;
 278   delete[] percentage;
 279   delete[] ncells;
 280   delete[] mult;
 281   //--- Added for jet reordering
 282   delete etaJetOk;
 283   delete phiJetOk;
 284   delete etJetOk;
 285   delete etsigJetOk;
 286   delete etallJetOk;
 287   delete ncellsJetOk;
 288   delete multJetOk;
 289   //--------------------------
 290
 291 }
 292
 293 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 294 void AliUA1JetFinderV2::FindJets()
 295 {
 296   //
 297   //  Used to find jets using charged particle momentum information
 298   //  & neutral energy from calo cells
 299   //
 300   //  1) Fill cell map array
 301   //  2) calculate total energy and fluctuation level
 302   //  3) Run algorithm
 303   //     3.1) look centroides in cell map
 304   //     3.2) calculate total energy in cones
 305   //     3.3) flag as a possible jet
 306   //     3.4) reorder cones by energy
 307   //  4) subtract backg in accepted jets
 308   //  5) fill AliJet list
 309
 310   // transform input to pt,eta,phi plus lego
 311
 312   AliUA1JetHeaderV1* header   = (AliUA1JetHeaderV1*) fHeader;
 313   TClonesArray*      fUnit    = fReader->GetUnitArray();
 314   Int_t              nCand    = fReader->GetNumCandidate();
 315   Int_t              nCandCut = fReader->GetNumCandidateCut();
 316   Int_t              nIn      = fUnit->GetEntries();
 317   Float_t            ptMin   = fReader->GetReaderHeader()->GetPtCut();
 318
 319   fDebug   = fReader->GetReaderHeader()->GetDebug();
 320   if (nIn == 0) return;
 321
 322   Int_t nCandidateCut = 0;
 323   Int_t nCandidate = 0;
 324
 325   nCandidate = nCand;
 326   nCandidateCut = nCandCut;
 327
 328   // local arrays for input No Cuts
 329   // Both pt < ptMin and pt > ptMin
 330   Float_t*   ptT       = new Float_t[nCandidate];
 331   Float_t*   en2T      = new Float_t[nCandidate];
 332   Float_t*   pt2T      = new Float_t[nCandidate];
 333   Int_t*     detT      = new Int_t[nCandidate];
 334   Float_t*   etaT      = new Float_t[nCandidate];
 335   Float_t*   phiT      = new Float_t[nCandidate];
 336   Float_t*   cFlagT    = new Float_t[nCandidate];
 337   Float_t*   cFlag2T   = new Float_t[nCandidate];
 338   Float_t*   sFlagT    = new Float_t[nCandidate];
 339   Float_t*   cClusterT = new Float_t[nCandidate];
 340   Int_t*     vectT     = new Int_t[nCandidate];
 341   Int_t      loop1     = 0;
 342   Int_t*     injet     = new Int_t[nCandidate];
 343   Int_t*     sflag     = new Int_t[nCandidate];
 344   TRefArray* trackRef  = new TRefArray();
 345
 346   //total energy in array
 347   Float_t  etbgTotal = 0.0;
 348   TH1F*    hPtTotal  = new TH1F("hPt","Pt distribution of all particles ",100,0.0,15.0);
 349
 350   // Input cell info
 351   Float_t *etCell    = new Float_t[nIn];   //! Cell Energy - Extracted from UnitArray
 352   Float_t *etaCell   = new Float_t[nIn];  //! Cell eta - Extracted from UnitArray
 353   Float_t *phiCell   = new Float_t[nIn];  //! Cell phi - Extracted from UnitArray
 354   Int_t   *flagCell  = new Int_t[nIn];   //! Cell phi - Extracted from UnitArray
 355   Float_t *etCell2   = new Float_t[nIn];  //! Cell Energy - Extracted from UnitArray
 356   Float_t *etaCell2  = new Float_t[nIn]; //! Cell eta - Extracted from UnitArray
 357   Float_t *phiCell2  = new Float_t[nIn]; //! Cell phi - Extracted from UnitArray
 358   Int_t   *flagCell2 = new Int_t[nIn];  //! Cell phi - Extracted from UnitArray
 359
 360   // Information extracted from fUnitArray
 361   // Load input vectors and calculate total energy in array
 362   for(Int_t i=0; i<nIn; i++)
 363     {
 364       // Recover particle information from UnitArray
 365
 366       AliJetUnitArray *uArray = (AliJetUnitArray*)fUnit->At(i);
 367       TRefArray* ref = uArray->GetUnitTrackRef();
 368       Int_t nRef = ref->GetEntries();
 369
 370       if(uArray->GetUnitEnergy()>0.){
 371
 372         for(Int_t jpart=0; jpart<nRef;jpart++)
 373           trackRef->Add((AliVTrack*)ref->At(jpart));
 374         ptT[loop1]   = uArray->GetUnitEnergy();
 375         detT[loop1]  = uArray->GetUnitDetectorFlag();
 376         etaT[loop1]  = uArray->GetUnitEta();
 377         phiT[loop1]  = uArray->GetUnitPhi();
 378         cFlagT[loop1]= uArray->GetUnitCutFlag();   // pt cut tpc
 379         cFlag2T[loop1]= uArray->GetUnitCutFlag2(); // pt cut emcal
 380         sFlagT[loop1]= uArray->GetUnitSignalFlag();
 381         vectT[loop1] = nRef;
 382         if(cFlagT[loop1] == 1 || cFlag2T[loop1] == 1) {
 383           pt2T[loop1] = 0.;
 384           en2T[loop1] = 0.;
 385           if(detT[loop1]==1){
 386             en2T[loop1] = ptT[loop1] - header->GetMinCellEt();
 387             if(en2T[loop1] < 0) en2T[loop1]=0;
 388             hPtTotal->Fill(en2T[loop1]);
 389             etbgTotal += en2T[loop1];
 390           }
 391           if(detT[loop1]==0){ // TPC+ITS
 392             Float_t pt = 0.;
 393             for(Int_t j=0; j<nRef;j++){
 394               Float_t x=0.;  Float_t y=0.;  Float_t z=0.;
 395               x = ((AliVTrack*)ref->At(j))->Px();
 396               y = ((AliVTrack*)ref->At(j))->Py();
 397               z = ((AliVTrack*)ref->At(j))->Pz();
 398               pt = TMath::Sqrt(x*x+y*y);
 399               if(pt>ptMin) {
 400                 pt2T[loop1] += pt;
 401                 en2T[loop1] += pt;
 402                 hPtTotal->Fill(pt);
 403                 etbgTotal+= pt;
 404               }
 405             }
 406           }
 407           if(detT[loop1]==2) { // EMCal
 408             Float_t ptCTot = 0.;
 409             Float_t pt = 0.;
 410             Float_t enC = 0.;
 411             for(Int_t j=0; j<nRef;j++){
 412               Float_t x=0.;  Float_t y=0.;  Float_t z=0.;
 413               x = ((AliVTrack*)ref->At(j))->Px();
 414               y = ((AliVTrack*)ref->At(j))->Py();
 415               z = ((AliVTrack*)ref->At(j))->Pz();
 416               pt = TMath::Sqrt(x*x+y*y);
 417               if(pt>ptMin) {
 418                 pt2T[loop1]+=pt;
 419                 en2T[loop1]+=pt;
 420                 hPtTotal->Fill(pt);
 421                 etbgTotal+= pt;
 422               }
 423               ptCTot += pt;
 424             }
 425             enC = ptT[loop1] - ptCTot - header->GetMinCellEt();
 426             if(enC < 0.) enC=0.;
 427             en2T[loop1] += enC;
 428             hPtTotal->Fill(enC);
 429             etbgTotal+= enC;
 430           }
 431         }
 432         loop1++;
 433       }
 434
 435       if(uArray->GetUnitCutFlag()==1) {
 436         if(uArray->GetUnitDetectorFlag()==1){ // EMCal case
 437           etCell[i] = uArray->GetUnitEnergy() - header->GetMinCellEt();
 438           if ((uArray->GetUnitEnergy() - header->GetMinCellEt()) < 0.0) etCell[i]=0.;
 439           etaCell[i] = uArray->GetUnitEta();
 440           phiCell[i] = uArray->GetUnitPhi();
 441           flagCell[i] = 0; // default
 442           etCell2[i] = etCell[i];
 443           etaCell2[i] = uArray->GetUnitEta();
 444           phiCell2[i] = uArray->GetUnitPhi();
 445           flagCell2[i] = 0; // default
 446         }
 447         if(uArray->GetUnitDetectorFlag()==0){ // TPC case
 448           Float_t pt = 0.; Float_t et1 = 0.; Float_t et2 = 0.;
 449           for(Int_t j=0; j<nRef;j++)
 450             {
 451               Float_t x=0.;  Float_t y=0.;  Float_t z=0.;
 452               x = ((AliVTrack*)ref->At(j))->Px();
 453               y = ((AliVTrack*)ref->At(j))->Py();
 454               z = ((AliVTrack*)ref->At(j))->Pz();
 455               pt = TMath::Sqrt(x*x+y*y);
 456               if(pt>ptMin) {
 457                 et1 += pt;
 458                 et2 += pt;
 459               }
 460             }
 461           etCell[i] = et1;
 462           etCell2[i] = et2;
 463           if(et1 < 0.) etCell[i] = etCell2[i] = 0.;
 464           etaCell[i] = uArray->GetUnitEta();
 465           phiCell[i] = uArray->GetUnitPhi();
 466           flagCell[i] = 0; // default
 467           etaCell2[i] = uArray->GetUnitEta();
 468           phiCell2[i] = uArray->GetUnitPhi();
 469           flagCell2[i] = 0; // default
 470         }
 471         if(uArray->GetUnitDetectorFlag()==2){ // TPC + EMCal case
 472           Float_t ptCTot = 0.;
 473           Float_t pt = 0.; Float_t et1 = 0.; Float_t et2 = 0.;
 474           Float_t enC = 0.;
 475           for(Int_t j=0; j<nRef;j++)
 476             {
 477               Float_t x=0.;  Float_t y=0.;  Float_t z=0.;
 478               x = ((AliVTrack*)ref->At(j))->Px();
 479               y = ((AliVTrack*)ref->At(j))->Py();
 480               z = ((AliVTrack*)ref->At(j))->Pz();
 481               pt = TMath::Sqrt(x*x+y*y);
 482               if(pt>ptMin) {
 483                 et1 += pt;
 484                 et2 += pt;
 485               }
 486               ptCTot += pt;
 487             }
 488           enC = uArray->GetUnitEnergy() - ptCTot;
 489           etCell[i] = et1 + enC - header->GetMinCellEt();
 490           etCell2[i] = et2 + enC - header->GetMinCellEt();
 491           if((enC + et1 - header->GetMinCellEt()) < 0.) etCell[i] = etCell2[i] = 0.;
 492           etaCell[i] = uArray->GetUnitEta();
 493           phiCell[i] = uArray->GetUnitPhi();
 494           flagCell[i] = 0; // default
 495           etaCell2[i] = uArray->GetUnitEta();
 496           phiCell2[i] = uArray->GetUnitPhi();
 497           flagCell2[i] = 0; // default
 498         }
 499       }
 500       else {
 501         etCell[i]  = 0.;
 502         etaCell[i] = uArray->GetUnitEta();
 503         phiCell[i] = uArray->GetUnitPhi();
 504         flagCell[i] = 0;
 505         etCell2[i]  = 0.;
 506         etaCell2[i] = uArray->GetUnitEta();
 507         phiCell2[i] = uArray->GetUnitPhi();
 508         flagCell2[i] = 0;
 509       }
 510     } // end loop on nCandidate
 511
 512
 513   // calculate total energy and fluctuation in map
 514   Double_t meanpt = hPtTotal->GetMean();
 515   Double_t ptRMS = hPtTotal->GetRMS();
 516   Double_t npart = hPtTotal->GetEntries();
 517   Double_t dEtTotal = (TMath::Sqrt(npart))*TMath::Sqrt(meanpt * meanpt + ptRMS*ptRMS);
 518
 519   // arrays to hold jets
 520   Float_t* etaJet    = new Float_t[30];
 521   Float_t* phiJet    = new Float_t[30];
 522   Float_t* etJet     = new Float_t[30];
 523   Float_t* etsigJet  = new Float_t[30]; //signal et in jet
 524   Float_t* etallJet  = new Float_t[30];  // total et in jet (tmp variable)
 525   Int_t*   ncellsJet = new Int_t[30];
 526   Int_t*   multJet   = new Int_t[30];
 527   //--- Added by me for jet reordering at the end of the jet finding procedure
 528   Float_t* etaJetOk    = new Float_t[30];
 529   Float_t* phiJetOk    = new Float_t[30];
 530   Float_t* etJetOk     = new Float_t[30];
 531   Float_t* etsigJetOk  = new Float_t[30]; //signal et in jet
 532   Float_t* etallJetOk  = new Float_t[30];  // total et in jet (tmp variable)
 533   Int_t*   ncellsJetOk = new Int_t[30];
 534   Int_t*   multJetOk   = new Int_t[30];
 535   //--------------------------
 536   Int_t    nJets; // to hold number of jets found by algorithm
 537   Int_t    nj;    // number of jets accepted
 538   Float_t  prec  = header->GetPrecBg();
 539   Float_t  bgprec = 1;
 540
 541   while(bgprec > prec){
 542
 543     //reset jet arrays in memory
 544     memset(etaJet,0,sizeof(Float_t)*30);
 545     memset(phiJet,0,sizeof(Float_t)*30);
 546     memset(etJet,0,sizeof(Float_t)*30);
 547     memset(etallJet,0,sizeof(Float_t)*30);
 548     memset(etsigJet,0,sizeof(Float_t)*30);
 549     memset(ncellsJet,0,sizeof(Int_t)*30);
 550     memset(multJet,0,sizeof(Int_t)*30);
 551     //--- Added by me for jet reordering at the end of the jet finding procedure
 552     memset(etaJetOk,0,sizeof(Float_t)*30);
 553     memset(phiJetOk,0,sizeof(Float_t)*30);
 554     memset(etJetOk,0,sizeof(Float_t)*30);
 555     memset(etallJetOk,0,sizeof(Float_t)*30);
 556     memset(etsigJetOk,0,sizeof(Float_t)*30);
 557     memset(ncellsJetOk,0,sizeof(Int_t)*30);
 558     memset(multJetOk,0,sizeof(Int_t)*30);
 559
 560     nJets = 0;
 561     nj = 0;
 562
 563     // reset particles-jet array in memory
 564     memset(injet,-1,sizeof(Int_t)*nCandidate);
 565     //run cone algorithm finder
 566     RunAlgoritm(nIn,etCell,etaCell,phiCell,flagCell,etCell2,etaCell2,phiCell2,
 567                 flagCell2,etbgTotal,dEtTotal,nJets,etJet,etaJet,phiJet,
 568                 etallJet,ncellsJet);
 569
 570     //run background subtraction
 571     if(nJets > header->GetNAcceptJets()) // limited number of accepted jets per event
 572       nj = header->GetNAcceptJets();
 573     else
 574       nj = nJets;
 575
 576     //subtract background
 577     Float_t etbgTotalN = 0.0; //new background
 578     if(header->GetBackgMode() == 1) // standard
 579       SubtractBackg(nCandidate,nj,etbgTotalN,en2T,vectT,etaT,phiT,cFlagT,cFlag2T,sFlagT,etJet,etaJet,phiJet,etsigJet,multJet,injet);
 580     // To be modified ------------------------
 581     if(header->GetBackgMode() == 2) //cone
 582       SubtractBackgCone(nCandidate,nj,etbgTotalN,ptT,etaT,phiT,cFlagT,sFlagT,etJet,etaJet,phiJet,etsigJet,multJet,injet);
 583     if(header->GetBackgMode() == 3) //ratio
 584       SubtractBackgRatio(nCandidate,nj,etbgTotalN,ptT,etaT,phiT,cFlagT,sFlagT,etJet,etaJet,phiJet,etsigJet,multJet,injet);
 585     if(header->GetBackgMode() == 4) //statistic
 586       SubtractBackgStat(nCandidate,nj,etbgTotalN,ptT,etaT,phiT,cFlagT,sFlagT,etJet,etaJet,phiJet,etsigJet,multJet,injet);
 587     //----------------------------------------
 588     //calc precision
 589     if(etbgTotalN != 0.0)
 590       bgprec = (etbgTotal - etbgTotalN)/etbgTotalN;
 591     else
 592       bgprec = 0;
 593     etbgTotal = etbgTotalN; // update with new background estimation
 594   } //end while
 595
 596   // add jets to list
 597   Int_t* idxjets = new Int_t[nj];
 598   Int_t nselectj = 0;
 599   printf("Found %d jets \n", nj);
 600
 601   // Reorder jets by et in cone
 602   // Sort jets by energy
 603   Int_t * idx  = new Int_t[nJets];
 604   TMath::Sort(nJets, etJet, idx);
 605   for(Int_t p = 0; p < nJets; p++)
 606     {
 607       etaJetOk[p]    = etaJet[idx[p]];
 608       phiJetOk[p]    = phiJet[idx[p]];
 609       etJetOk[p]     = etJet[idx[p]];
 610       etallJetOk[p]  = etJet[idx[p]];
 611       etsigJetOk[p]  = etsigJet[idx[p]];
 612       ncellsJetOk[p] = ncellsJet[idx[p]];
 613       multJetOk[p]   = multJet[idx[p]];
 614     }
 615
 616   TRefArray *refs = 0;
 617   Bool_t fromAod = !strcmp(fReader->ClassName(),"AliJetAODReader");
 618   if (fromAod) refs = fReader->GetReferences();
 619   Int_t nTracks = 0;
 620   if (fromAod) nTracks = ((TRefArray*)refs)->GetEntries();
 621   Int_t* trackinjet     = new Int_t[nTracks];
 622   for(Int_t it=0; it<nTracks; it++) trackinjet[it]=-1;
 623
 624   for(Int_t kj=0; kj<nj; kj++)
 625     {
 626       if ((etaJetOk[kj] > (header->GetJetEtaMax())) ||
 627           (etaJetOk[kj] < (header->GetJetEtaMin())) ||
 628           (etJetOk[kj] < header->GetMinJetEt())) continue; // acceptance eta range and etmin
 629       Float_t px, py,pz,en; // convert to 4-vector
 630       px = etJetOk[kj] * TMath::Cos(phiJetOk[kj]);
 631       py = etJetOk[kj] * TMath::Sin(phiJetOk[kj]);
 632       pz = etJetOk[kj] / TMath::Tan(2.0 * TMath::ATan(TMath::Exp(-etaJetOk[kj])));
 633       en = TMath::Sqrt(px * px + py * py + pz * pz);
 634
 635       AliAODJet jet(px, py, pz, en);
 636       jet.Print("");
 637
 638       if (fromAod){
 639         for(Int_t jpart = 0; jpart < nTracks; jpart++) { // loop for all particles in array
 640           Float_t deta = ((AliAODTrack*)refs->At(jpart))->Eta() - etaJetOk[kj];
 641           Float_t dphi = ((AliAODTrack*)refs->At(jpart))->Phi() - phiJetOk[kj];
 642           if (dphi < -TMath::Pi()) dphi= -dphi - 2.0 * TMath::Pi();
 643           if (dphi > TMath::Pi()) dphi = 2.0 * TMath::Pi() - dphi;
 644
 645           Float_t dr = TMath::Sqrt(deta * deta + dphi * dphi);
 646           if(dr <= header->GetRadius() && fReader->GetCutFlag(jpart) == 1) {
 647               // particles inside this cone
 648               if(trackinjet[jpart]==-1) {
 649                   trackinjet[jpart] = kj;
 650               } else if(fDebug>10) {
 651                   printf("The track already belongs to jet %d \n",trackinjet[jpart]);
 652               }
 653           }
 654           if(trackinjet[jpart]==kj)
 655               jet.AddTrack(refs->At(jpart));  // check if the particle belongs to the jet and add the ref
 656         }
 657       }
 658
 659       AddJet(jet);
 660
 661       idxjets[nselectj] = kj;
 662       nselectj++;
 663     }
 664
 665   //add signal percentage and total signal  in AliJets for analysis tool
 666   Float_t* percentage  = new Float_t[nselectj];
 667   Int_t* ncells      = new Int_t[nselectj];
 668   Int_t* mult        = new Int_t[nselectj];
 669   for(Int_t i = 0; i< nselectj; i++)
 670     {
 671       percentage[i] = etsigJetOk[idxjets[i]]/etJetOk[idxjets[i]];
 672       ncells[i]     = ncellsJetOk[idxjets[i]];
 673       mult[i]       = multJetOk[idxjets[i]];
 674     }
 675
 676   //add particle-injet relationship ///
 677   for(Int_t bj = 0; bj < nCandidate; bj++)
 678     {
 679       if(injet[bj] == -1) continue; //background particle
 680       Int_t bflag = 0;
 681       for(Int_t ci = 0; ci< nselectj; ci++){
 682         if(injet[bj] == idxjets[ci]){
 683           injet[bj]= ci;
 684           bflag++;
 685           break;
 686         }
 687       }
 688     if(bflag == 0) injet[bj] = -1; // set as background particle
 689   }
 690
 691
 692   //delete
 693   delete ptT;
 694   delete en2T;
 695   delete pt2T;
 696   delete etaT;
 697   delete phiT;
 698   trackRef->Delete();
 699   delete trackRef;
 700   delete detT;
 701   delete cFlagT;
 702   delete cFlag2T;
 703   delete sFlagT;
 704   delete cClusterT;
 705   delete vectT;
 706   delete injet;
 707   delete sflag;
 708   delete hPtTotal;
 709   delete etCell;
 710   delete etaCell;
 711   delete phiCell;
 712   delete flagCell;
 713   delete etCell2;
 714   delete etaCell2;
 715   delete phiCell2;
 716   delete flagCell2;
 717   delete etaJet;
 718   delete phiJet;
 719   delete etJet;
 720   delete etsigJet;
 721   delete etallJet;
 722   delete ncellsJet;
 723   delete multJet;
 724   //--- Added for jet reordering
 725   delete etaJetOk;
 726   delete phiJetOk;
 727   delete etJetOk;
 728   delete etsigJetOk;
 729   delete etallJetOk;
 730   delete ncellsJetOk;
 731   delete multJetOk;
 732   //--------------------------
 733   delete trackinjet;
 734   delete idxjets;
 735   delete percentage;
 736   delete ncells;
 737   delete mult;
 738
 739 }
 740
 741 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 742 void AliUA1JetFinderV2::RunAlgoritm(Int_t nIn, Float_t* etCell, Float_t* etaCell, Float_t* phiCell,
 743                                     Int_t* flagCell, const Float_t* etCell2, const Float_t* etaCell2,
 744                                     const Float_t* phiCell2, const Int_t* flagCell2, Float_t etbgTotal,
 745                                     Double_t dEtTotal, Int_t& nJets, Float_t* etJet,Float_t* etaJet,
 746                                     Float_t* phiJet, Float_t* etallJet, Int_t* ncellsJet)
 747 {
 748   //
 749   // Main method for jet finding
 750   // UA1 base cone finder
 751   //
 752
 753   Int_t nCell  = nIn;
 754   fDebug = fReader->GetReaderHeader()->GetDebug();
 755
 756   // Dump lego
 757   // Check enough space! *to be done*
 758   AliUA1JetHeaderV1* header = (AliUA1JetHeaderV1*) fHeader;
 759   for(Int_t i=0; i<nCell; i++){
 760     etCell[i]   = etCell2[i];
 761     etaCell[i]  = etaCell2[i];
 762     phiCell[i]  = phiCell2[i];
 763     flagCell[i] = flagCell2[i];
 764   }
 765
 766   // Parameters from header
 767   Float_t minmove = header->GetMinMove();
 768   Float_t maxmove = header->GetMaxMove();
 769   Float_t rc      = header->GetRadius();
 770   Float_t etseed  = header->GetEtSeed();
 771
 772   // Tmp array of jets form algoritm
 773   Float_t etaAlgoJet[30];
 774   Float_t phiAlgoJet[30];
 775   Float_t etAlgoJet[30];
 776   Int_t   ncellsAlgoJet[30];
 777
 778   // Run algorithm//
 779
 780   // Sort cells by et
 781   Int_t * index  = new Int_t[nCell];
 782   TMath::Sort(nCell, etCell, index);
 783
 784   // Variable used in centroide loop
 785   Float_t eta   = 0.0;
 786   Float_t phi   = 0.0;
 787   Float_t eta0  = 0.0;
 788   Float_t phi0  = 0.0;
 789   Float_t etab  = 0.0;
 790   Float_t phib  = 0.0;
 791   Float_t etas  = 0.0;
 792   Float_t phis  = 0.0;
 793   Float_t ets   = 0.0;
 794   Float_t deta  = 0.0;
 795   Float_t dphi  = 0.0;
 796   Float_t dr    = 0.0;
 797   Float_t etsb  = 0.0;
 798   Float_t etasb = 0.0;
 799   Float_t phisb = 0.0;
 800   Float_t dphib = 0.0;
 801
 802   for(Int_t icell = 0; icell < nCell; icell++)
 803     {
 804       Int_t jcell = index[icell];
 805       if(etCell[jcell] <= etseed) continue; // if cell energy is low et seed
 806       if(flagCell[jcell] != 0) continue; // if cell was used before
 807
 808       eta  = etaCell[jcell];
 809       phi  = phiCell[jcell];
 810       eta0 = eta;
 811       phi0 = phi;
 812       etab = eta;
 813       phib = phi;
 814       ets  = etCell[jcell];
 815       etas = 0.0;
 816       phis = 0.0;
 817       etsb = ets;
 818       etasb = 0.0;
 819       phisb = 0.0;
 820       for(Int_t kcell =0; kcell < nCell; kcell++)
 821         {
 822           Int_t lcell = index[kcell];
 823           if(lcell == jcell) continue; // cell itself
 824           if(flagCell[lcell] != 0) continue; // cell used before
 825           if(etCell[lcell] > etCell[jcell]) continue;  // can this happen
 826           //calculate dr
 827           deta = etaCell[lcell] - eta;
 828           dphi = TMath::Abs(phiCell[lcell] - phi);
 829           if (dphi > TMath::Pi()) dphi = 2.0 * TMath::Pi() - dphi;
 830           dr = TMath::Sqrt(deta * deta + dphi * dphi);
 831           if(dr <= rc){
 832             // calculate offset from initiate cell
 833             deta = etaCell[lcell] - eta0;
 834             dphi = phiCell[lcell] - phi0;
 835             if (dphi < -TMath::Pi()) dphi= dphi + 2.0 * TMath::Pi();
 836             if (dphi > TMath::Pi()) dphi = dphi - 2.0 * TMath::Pi();
 837             etas = etas + etCell[lcell]*deta;
 838             phis = phis + etCell[lcell]*dphi;
 839             ets = ets + etCell[lcell];
 840             //new weighted eta and phi including this cell
 841             eta = eta0 + etas/ets;
 842             phi = phi0 + phis/ets;
 843             // if cone does not move much, just go to next step
 844             dphib = TMath::Abs(phi - phib);
 845             if (dphib > TMath::Pi()) dphib = 2. * TMath::Pi() - dphib;
 846             dr = TMath::Sqrt((eta-etab)*(eta-etab) + dphib * dphib);
 847             if(dr <= minmove) break;
 848             // cone should not move more than max_mov
 849             dr = TMath::Sqrt((etas/ets)*(etas/ets) + (phis/ets)*(phis/ets));
 850             if(dr > maxmove){
 851               eta = etab;
 852               phi = phib;
 853               ets = etsb;
 854               etas = etasb;
 855               phis = phisb;
 856             } else { // store this loop information
 857               etab  = eta;
 858               phib  = phi;
 859               etsb  = ets;
 860               etasb = etas;
 861               phisb = phis;
 862             }
 863           } // inside cone
 864         }//end of cells loop looking centroide
 865
 866         //avoid cones overloap (to be implemented in the future)
 867
 868         //flag cells in Rc, estimate total energy in cone
 869       Float_t etCone = 0.0;
 870       Int_t   nCellIn = 0;
 871       Int_t   nCellOut = 0;
 872       rc = header->GetRadius();
 873
 874       for(Int_t ncell =0; ncell < nCell; ncell++)
 875         {
 876           if(flagCell[ncell] != 0) continue; // cell used before
 877           //calculate dr
 878           deta = etaCell[ncell] - eta;
 879           //        if(deta <= rc){ // Added to improve velocity -> to be tested
 880           dphi = phiCell[ncell] - phi;
 881           if (dphi < -TMath::Pi()) dphi= -dphi - 2.0 * TMath::Pi();
 882           if (dphi > TMath::Pi()) dphi = 2.0 * TMath::Pi() - dphi;
 883           //          if(dphi <= rc){ // Added to improve velocity -> to be tested
 884           dr = TMath::Sqrt(deta * deta + dphi * dphi);
 885           if(dr <= rc){  // cell in cone
 886             flagCell[ncell] = -1;
 887             etCone+=etCell[ncell];
 888             nCellIn++;
 889           }
 890           else nCellOut++;
 891           //    } // end deta <= rc
 892           //        } // end dphi <= rc
 893         }
 894
 895       // select jets with et > background
 896       // estimate max fluctuation of background in cone
 897       Double_t ncellin = (Double_t)nCellIn;
 898       Double_t ntcell  = (Double_t)nCell;
 899       Double_t etbmax = (etbgTotal + dEtTotal )*(ncellin/(ntcell));
 900       // min cone et
 901       Double_t etcmin = etCone ;  // could be used etCone - etmin !!
 902       //decisions !! etbmax < etcmin
 903
 904       for(Int_t mcell =0; mcell < nCell; mcell++)
 905         {
 906           if(flagCell[mcell] == -1){
 907             if(etbmax < etcmin)
 908               flagCell[mcell] = 1; //flag cell as used
 909             else
 910               flagCell[mcell] = 0; // leave it free
 911           }
 912         }
 913       //store tmp jet info !!!
 914       if(etbmax < etcmin)
 915         {
 916           etaAlgoJet[nJets]    = eta;
 917           phiAlgoJet[nJets]    = phi;
 918           etAlgoJet[nJets]     = etCone;
 919           ncellsAlgoJet[nJets] = nCellIn;
 920           nJets++;
 921         }
 922
 923     } // end of cells loop
 924
 925   for(Int_t p = 0; p < nJets; p++)
 926     {
 927       etaJet[p]    = etaAlgoJet[p];
 928       phiJet[p]    = phiAlgoJet[p];
 929       etJet[p]     = etAlgoJet[p];
 930       etallJet[p]  = etAlgoJet[p];
 931       ncellsJet[p] = ncellsAlgoJet[p];
 932     }
 933
 934   //delete
 935   delete index;
 936
 937 }
 938
 939 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 940 void AliUA1JetFinderV2::RunAlgoritmC(Float_t etbgTotal, Double_t dEtTotal, Int_t& nJets,
 941                                   Float_t* etJet,Float_t* etaJet, Float_t* phiJet,
 942                                   Float_t* etallJet, Int_t* ncellsJet)
 943 {
 944   // Dump lego
 945   // Check enough space! *to be done*
 946   AliUA1JetHeaderV1* header = (AliUA1JetHeaderV1*) fHeader;
 947   Float_t etCell[60000];   //! Cell Energy
 948   Float_t etaCell[60000];  //! Cell eta
 949   Float_t phiCell[60000];  //! Cell phi
 950   Int_t   flagCell[60000]; //! Cell flag
 951
 952   Int_t nCell = 0;
 953   TAxis* xaxis = fLego->GetXaxis();
 954   TAxis* yaxis = fLego->GetYaxis();
 955   Float_t e = 0.0;
 956   for (Int_t i = 1; i <= header->GetLegoNbinEta(); i++)
 957     {
 958       for (Int_t j = 1; j <= header->GetLegoNbinPhi(); j++)
 959         {
 960           e = fLego->GetBinContent(i,j);
 961           if (e < 0.0) continue; // don't include this cells
 962           Float_t eta  = xaxis->GetBinCenter(i);
 963           Float_t phi  = yaxis->GetBinCenter(j);
 964           etCell[nCell]  = e;
 965           etaCell[nCell] = eta;
 966           phiCell[nCell] = phi;
 967           flagCell[nCell] = 0; //default
 968           nCell++;
 969         }
 970     }
 971
 972   // Parameters from header
 973   Float_t minmove = header->GetMinMove();
 974   Float_t maxmove = header->GetMaxMove();
 975   Float_t rc      = header->GetRadius();
 976   Float_t etseed  = header->GetEtSeed();
 977
 978   // Tmp array of jets form algoritm
 979   Float_t etaAlgoJet[30];
 980   Float_t phiAlgoJet[30];
 981   Float_t etAlgoJet[30];
 982   Int_t   ncellsAlgoJet[30];
 983
 984   // Run algorithm//
 985
 986   // Sort cells by et
 987   Int_t * index  = new Int_t[nCell];
 988   TMath::Sort(nCell, etCell, index);
 989   // variable used in centroide loop
 990   Float_t eta   = 0.0;
 991   Float_t phi   = 0.0;
 992   Float_t eta0  = 0.0;
 993   Float_t phi0  = 0.0;
 994   Float_t etab  = 0.0;
 995   Float_t phib  = 0.0;
 996   Float_t etas  = 0.0;
 997   Float_t phis  = 0.0;
 998   Float_t ets   = 0.0;
 999   Float_t deta  = 0.0;
1000   Float_t dphi  = 0.0;
1001   Float_t dr    = 0.0;
1002   Float_t etsb  = 0.0;
1003   Float_t etasb = 0.0;
1004   Float_t phisb = 0.0;
1005   Float_t dphib = 0.0;
1006
1007   for(Int_t icell = 0; icell < nCell; icell++)
1008     {
1009       Int_t jcell = index[icell];
1010       if(etCell[jcell] <= etseed) continue; // if cell energy is low et seed
1011       if(flagCell[jcell] != 0) continue; // if cell was used before
1012
1013       eta  = etaCell[jcell];
1014       phi  = phiCell[jcell];
1015       eta0 = eta;
1016       phi0 = phi;
1017       etab = eta;
1018       phib = phi;
1019       ets  = etCell[jcell];
1020       etas = 0.0;
1021       phis = 0.0;
1022       etsb = ets;
1023       etasb = 0.0;
1024       phisb = 0.0;
1025       for(Int_t kcell =0; kcell < nCell; kcell++)
1026         {
1027           Int_t lcell = index[kcell];
1028           if(lcell == jcell) continue; // cell itself
1029           if(flagCell[lcell] != 0) continue; // cell used before
1030           if(etCell[lcell] > etCell[jcell]) continue; // can this happen
1031           //calculate dr
1032           deta = etaCell[lcell] - eta;
1033           dphi = TMath::Abs(phiCell[lcell] - phi);
1034           if (dphi > TMath::Pi()) dphi = 2.0 * TMath::Pi() - dphi;
1035           dr = TMath::Sqrt(deta * deta + dphi * dphi);
1036           if(dr <= rc)
1037             {
1038               // calculate offset from initiate cell
1039               deta = etaCell[lcell] - eta0;
1040               dphi = phiCell[lcell] - phi0;
1041               if (dphi < -TMath::Pi()) dphi= dphi + 2.0 * TMath::Pi();
1042               if (dphi > TMath::Pi()) dphi = dphi - 2.0 * TMath::Pi();
1043               etas = etas + etCell[lcell]*deta;
1044               phis = phis + etCell[lcell]*dphi;
1045               ets = ets + etCell[lcell];
1046               //new weighted eta and phi including this cell
1047               eta = eta0 + etas/ets;
1048               phi = phi0 + phis/ets;
1049               // if cone does not move much, just go to next step
1050               dphib = TMath::Abs(phi - phib);
1051               if (dphib > TMath::Pi()) dphib = 2. * TMath::Pi() - dphib;
1052               dr = TMath::Sqrt((eta-etab)*(eta-etab) + dphib * dphib);
1053               if(dr <= minmove) break;
1054               // cone should not move more than max_mov
1055               dr = TMath::Sqrt((etas/ets)*(etas/ets) + (phis/ets)*(phis/ets));
1056               if(dr > maxmove){
1057                 eta = etab;
1058                 phi = phib;
1059                 ets = etsb;
1060                 etas = etasb;
1061                 phis = phisb;
1062               } else { // store this loop information
1063                 etab=eta;
1064                 phib=phi;
1065                 etsb = ets;
1066                 etasb = etas;
1067                 phisb = phis;
1068                 }
1069             } // inside cone
1070         }//end of cells loop looking centroide
1071
1072       // Avoid cones overloap (to be implemented in the future)
1073
1074       // Flag cells in Rc, estimate total energy in cone
1075       Float_t etCone   = 0.0;
1076       Int_t   nCellIn  = 0;
1077       Int_t   nCellOut = 0;
1078       rc = header->GetRadius();
1079       for(Int_t ncell =0; ncell < nCell; ncell++)
1080         {
1081           if(flagCell[ncell] != 0) continue; // cell used before
1082           //calculate dr
1083           deta = etaCell[ncell] - eta;
1084           dphi = phiCell[ncell] - phi;
1085           if (dphi < -TMath::Pi()) dphi= -dphi - 2.0 * TMath::Pi();
1086           if (dphi > TMath::Pi()) dphi = 2.0 * TMath::Pi() - dphi;
1087           dr = TMath::Sqrt(deta * deta + dphi * dphi);
1088           if(dr <= rc){  // cell in cone
1089             flagCell[ncell] = -1;
1090             etCone+=etCell[ncell];
1091             nCellIn++;
1092           }
1093           else nCellOut++;
1094         }
1095
1096       // Select jets with et > background
1097       // estimate max fluctuation of background in cone
1098       Double_t ncellin = (Double_t)nCellIn;
1099       Double_t ntcell  = (Double_t)nCell;
1100       Double_t etbmax = (etbgTotal + dEtTotal )*(ncellin/ntcell);
1101       // min cone et
1102       Double_t etcmin = etCone ;  // could be used etCone - etmin !!
1103       //decisions !! etbmax < etcmin
1104
1105       for(Int_t mcell =0; mcell < nCell; mcell++){
1106         if(flagCell[mcell] == -1){
1107           if(etbmax < etcmin)
1108             flagCell[mcell] = 1; //flag cell as used
1109           else
1110             flagCell[mcell] = 0; // leave it free
1111         }
1112       }
1113       //store tmp jet info !!!
1114
1115       if(etbmax < etcmin) {
1116         etaAlgoJet[nJets]    = eta;
1117         phiAlgoJet[nJets]    = phi;
1118         etAlgoJet[nJets]     = etCone;
1119         ncellsAlgoJet[nJets] = nCellIn;
1120         nJets++;
1121       }
1122
1123     } // end of cells loop
1124
1125   //reorder jets by et in cone
1126   //sort jets by energy
1127   Int_t * idx  = new Int_t[nJets];
1128   TMath::Sort(nJets, etAlgoJet, idx);
1129   for(Int_t p = 0; p < nJets; p++)
1130     {
1131       etaJet[p] = etaAlgoJet[idx[p]];
1132       phiJet[p] = phiAlgoJet[idx[p]];
1133       etJet[p] = etAlgoJet[idx[p]];
1134       etallJet[p] = etAlgoJet[idx[p]];
1135       ncellsJet[p] = ncellsAlgoJet[idx[p]];
1136     }
1137
1138   //delete
1139   delete index;
1140   delete idx;
1141
1142 }
1143
1144 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
1145 void AliUA1JetFinderV2::SubtractBackg(const Int_t& nIn, const Int_t&nJ, Float_t&etbgTotalN, const Float_t* ptT,
1146                                       const Int_t*vectT, const Float_t* etaT, const Float_t* phiT, const Float_t* cFlagT,
1147                                       const Float_t* cFlag2T, const Float_t* sFlagT, Float_t* etJet, const Float_t* etaJet,
1148                                       const Float_t* phiJet, Float_t* etsigJet, Int_t* multJet, Int_t* injet)
1149 {
1150   //
1151   // Background subtraction using cone method but without correction in dE/deta distribution
1152   // Cases to take into account the EMCal geometry are included
1153   //
1154
1155   //calculate energy inside and outside cones
1156   AliUA1JetHeaderV1* header = (AliUA1JetHeaderV1*) fHeader;
1157   fOpt = fReader->GetReaderHeader()->GetDetector();
1158   fDebug = fReader->GetReaderHeader()->GetDebug();
1159   Float_t rc= header->GetRadius();
1160   Float_t etIn[30];
1161   Float_t etOut = 0;
1162
1163   for(Int_t j=0;j<30;j++){etIn[j]=0.;}
1164
1165   for(Int_t jpart = 0; jpart < nIn; jpart++){ // loop for all particles in array
1166
1167     for(Int_t ijet=0; ijet<nJ; ijet++){
1168
1169       Float_t deta = etaT[jpart] - etaJet[ijet];
1170       Float_t dphi = phiT[jpart] - phiJet[ijet];
1171       if (dphi < -TMath::Pi()) dphi= -dphi - 2.0 * TMath::Pi();
1172       if (dphi > TMath::Pi()) dphi = 2.0 * TMath::Pi() - dphi;
1173
1174       Float_t dr = TMath::Sqrt(deta * deta + dphi * dphi);
1175       if(dr <= rc){ // particles inside this cone
1176         multJet[ijet]+=vectT[jpart];
1177         injet[jpart] = ijet;
1178
1179         if(cFlagT[jpart] == 1 || cFlag2T[jpart] == 1){ // pt cut
1180           etIn[ijet] += ptT[jpart];
1181           if(sFlagT[jpart] == 1) etsigJet[ijet]+= ptT[jpart];
1182         }
1183         break;
1184       }
1185     }// end jets loop
1186
1187     if(injet[jpart] == -1 && (cFlagT[jpart] == 1 || cFlag2T[jpart] == 1)){
1188       etOut += ptT[jpart]; // particle outside cones and pt cut
1189     }
1190   } //end particle loop
1191
1192   //estimate jets and background areas
1193   // TPC case
1194   if(fOpt == 0 || fOpt == 1){
1195     Float_t areaJet[30];
1196     Float_t areaOut = 4*(header->GetLegoEtaMax())*TMath::Pi();
1197
1198     for(Int_t k=0; k<nJ; k++){
1199       Float_t detamax = etaJet[k] + rc;
1200       Float_t detamin = etaJet[k] - rc;
1201       Float_t accmax = 0.0; Float_t accmin = 0.0;
1202       if(detamax > header->GetLegoEtaMax()){ // sector outside etamax
1203         Float_t h = header->GetLegoEtaMax() - etaJet[k];
1204         accmax = rc*rc*TMath::ACos(h/rc) - h*TMath::Sqrt(rc*rc - h*h);
1205       }
1206       if(detamin < header->GetLegoEtaMin()){ // sector outside etamin
1207         Float_t h = header->GetLegoEtaMax() + etaJet[k];
1208         accmin = rc*rc*TMath::ACos(h/rc) - h*TMath::Sqrt(rc*rc - h*h);
1209       }
1210       areaJet[k] = rc*rc*TMath::Pi() - accmax - accmin;
1211       areaOut = areaOut - areaJet[k];
1212     }
1213     //subtract background using area method
1214     for(Int_t ljet=0; ljet<nJ; ljet++){
1215       Float_t areaRatio = areaJet[ljet]/areaOut;
1216       etJet[ljet] = etIn[ljet]-etOut*areaRatio; // subtraction
1217     }
1218
1219     // estimate new total background
1220     Float_t areaT = 4*(header->GetLegoEtaMax())*TMath::Pi();
1221     etbgTotalN = etOut*areaT/areaOut;
1222   }
1223   else { // If EMCal included
1224     Float_t areaJet[30];
1225     Float_t areaOut = 2*(header->GetLegoEtaMax())*(header->GetLegoPhiMax() - header->GetLegoPhiMin());
1226     for(Int_t k=0; k<nJ; k++){
1227       Float_t detamax = etaJet[k] + rc;
1228       Float_t detamin = etaJet[k] - rc;
1229       Float_t dphimax = phiJet[k] + rc;
1230       Float_t dphimin = phiJet[k] - rc;
1231       Float_t eMax = header->GetLegoEtaMax();
1232       Float_t eMin = header->GetLegoEtaMin();
1233       Float_t pMax = header->GetLegoPhiMax();
1234       Float_t pMin = header->GetLegoPhiMin();
1235       Float_t accetamax = 0.0; Float_t accetamin = 0.0;
1236       Float_t accphimax = 0.0; Float_t accphimin = 0.0;
1237       if((detamax > eMax && dphimax >= (pMin+2*rc) && dphimax <= pMax )||
1238          (detamax > eMax && dphimin <= (pMax-2*rc) && dphimin >= pMin )){
1239         Float_t h = eMax - etaJet[k];
1240         accetamax = rc*rc*TMath::ACos(h/rc) - h*TMath::Sqrt(rc*rc - h*h);
1241       }
1242       if((detamin < eMin && dphimax >= (pMin+2*rc) && dphimax <= pMax )||
1243          (detamin < eMin && dphimin <= (pMax-2*rc) && dphimin >= pMin )){
1244         Float_t h = eMax + etaJet[k];
1245         accetamin = rc*rc*TMath::ACos(h/rc) - h*TMath::Sqrt(rc*rc - h*h);
1246       }
1247       if((dphimax > pMax && detamax >= (eMin+2*rc) && detamax <= eMax )||
1248          (dphimax > pMax && detamin <= (eMax-2*rc) && detamin >= eMin )){
1249         Float_t h = pMax - phiJet[k];
1250         accphimax = rc*rc*TMath::ACos(h/rc) - h*TMath::Sqrt(rc*rc - h*h);
1251       }
1252       if((dphimin < eMin && detamax >= (eMin+2*rc) && detamax <= eMax )||
1253          (dphimin < eMin && detamin <= (eMax-2*rc) && detamin >= eMin )){
1254         Float_t h = phiJet[k] - pMin;
1255         accphimin = rc*rc*TMath::ACos(h/rc) - h*TMath::Sqrt(rc*rc - h*h);
1256       }
1257
1258       if(detamax > eMax && dphimax > pMax ){
1259         Float_t he = eMax - etaJet[k];
1260         Float_t hp = pMax - phiJet[k];
1261         Float_t rlim = TMath::Sqrt(pow(he,2)+pow(hp,2));
1262         Float_t alphae = TMath::ACos(he/rc);
1263         Float_t alphap = TMath::ACos(hp/rc);
1264         Float_t alphad = (alphae+alphap)/2-TMath::Pi()/4;
1265         if(rlim <= rc){
1266           accetamax = rc*rc*alphae - he*TMath::Sqrt(rc*rc - he*he);
1267           accphimax = rc*rc*alphap - hp*TMath::Sqrt(rc*rc - hp*hp);
1268         }
1269         if(rlim > rc){
1270           accetamax = rc*rc*alphae - he*TMath::Sqrt(rc*rc - he*he);
1271           accphimax = rc*rc*alphap - hp*TMath::Sqrt(rc*rc - hp*hp)-
1272             ((TMath::Sqrt(pow(rc,2)-pow(he,2))-hp)*(TMath::Sqrt(pow(rc,2)-pow(hp,2))-he))/2+
1273             rc*rc*alphad - rc*rc*TMath::Sin(alphad)*TMath::Cos(alphad);
1274         }
1275       }
1276
1277       if(detamax > eMax && dphimin < pMin ){
1278         Float_t he = eMax - etaJet[k];
1279         Float_t hp = phiJet[k] - pMin;
1280         Float_t rlim = TMath::Sqrt(pow(he,2)+pow(hp,2));
1281         Float_t alphae = TMath::ACos(he/rc);
1282         Float_t alphap = TMath::ACos(hp/rc);
1283         Float_t alphad = (alphae+alphap)/2-TMath::Pi()/4;
1284         if(rlim <= rc){
1285           accetamax = rc*rc*alphae - he*TMath::Sqrt(rc*rc - he*he);
1286           accphimin = rc*rc*alphap - hp*TMath::Sqrt(rc*rc - hp*hp);
1287         }
1288         if(rlim > rc){
1289           accetamax = rc*rc*alphae - he*TMath::Sqrt(rc*rc - he*he);
1290           accphimin = rc*rc*alphap - hp*TMath::Sqrt(rc*rc - hp*hp)-
1291             ((TMath::Sqrt(pow(rc,2)-pow(he,2))-hp)*(TMath::Sqrt(pow(rc,2)-pow(hp,2))-he))/2+
1292             rc*rc*alphad - rc*rc*TMath::Sin(alphad)*TMath::Cos(alphad);
1293         }
1294       }
1295
1296       if(detamin < eMin && dphimax > pMax ){
1297         Float_t he = eMax + etaJet[k];
1298         Float_t hp = pMax - phiJet[k];
1299         Float_t rlim = TMath::Sqrt(pow(he,2)+pow(hp,2));
1300         Float_t alphae = TMath::ACos(he/rc);
1301         Float_t alphap = TMath::ACos(hp/rc);
1302         Float_t alphad = (alphae+alphap)/2-TMath::Pi()/4;
1303         if(rlim <= rc){
1304           accetamin = rc*rc*alphae - he*TMath::Sqrt(rc*rc - he*he);
1305           accphimax = rc*rc*alphap - hp*TMath::Sqrt(rc*rc - hp*hp);
1306         }
1307         if(rlim > rc){
1308           accetamin = rc*rc*alphae - he*TMath::Sqrt(rc*rc - he*he);
1309           accphimax = rc*rc*alphap - hp*TMath::Sqrt(rc*rc - hp*hp)-
1310             ((TMath::Sqrt(pow(rc,2)-pow(he,2))-hp)*(TMath::Sqrt(pow(rc,2)-pow(hp,2))-he))/2+
1311             rc*rc*alphad - rc*rc*TMath::Sin(alphad)*TMath::Cos(alphad);
1312         }
1313       }
1314
1315       if(detamin < eMin && dphimin < pMin ){
1316         Float_t he = eMax + etaJet[k];
1317         Float_t hp = phiJet[k] - pMin;
1318         Float_t rlim = TMath::Sqrt(pow(he,2)+pow(hp,2));
1319         Float_t alphae = TMath::ACos(he/rc);
1320         Float_t alphap = TMath::ACos(hp/rc);
1321         Float_t alphad = (alphae+alphap)/2-TMath::Pi()/4;
1322         if(rlim <= rc){
1323           accetamin = rc*rc*alphae - he*TMath::Sqrt(rc*rc - he*he);
1324           accphimin = rc*rc*alphap - hp*TMath::Sqrt(rc*rc - hp*hp);
1325         }
1326         if(rlim > rc){
1327           accetamin = rc*rc*alphae - he*TMath::Sqrt(rc*rc - he*he);
1328           accphimin = rc*rc*alphap - hp*TMath::Sqrt(rc*rc - hp*hp)-
1329             ((TMath::Sqrt(pow(rc,2)-pow(he,2))-hp)*(TMath::Sqrt(pow(rc,2)-pow(hp,2))-he))/2+
1330             rc*rc*alphad - rc*rc*TMath::Sin(alphad)*TMath::Cos(alphad);
1331         }
1332       }
1333       areaJet[k] = rc*rc*TMath::Pi() - accetamax - accetamin - accphimax - accphimin;
1334       areaOut = areaOut - areaJet[k];
1335     } // end loop on jets
1336
1337     //subtract background using area method
1338     for(Int_t ljet=0; ljet<nJ; ljet++){
1339       Float_t areaRatio = areaJet[ljet]/areaOut;
1340       etJet[ljet] = etIn[ljet]-etOut*areaRatio; // subtraction
1341     }
1342
1343     // estimate new total background
1344     Float_t areaT = 2*(header->GetLegoEtaMax()*header->GetLegoPhiMax());
1345     etbgTotalN = etOut*areaT/areaOut;
1346   }
1347
1348 }
1349
1350 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
1351 void AliUA1JetFinderV2::SubtractBackgC(const Int_t& nIn, const Int_t&nJ, Float_t&etbgTotalN,
1352                                        const Float_t* ptT, const Float_t* etaT, const Float_t* phiT,
1353                                        Float_t* etJet, const Float_t* etaJet, const Float_t* phiJet, Float_t* etsigJet,
1354                                        Int_t* multJet, Int_t* injet)
1355 {
1356   //background subtraction using cone method but without correction in dE/deta distribution
1357
1358   //calculate energy inside and outside cones
1359   AliUA1JetHeaderV1* header = (AliUA1JetHeaderV1*) fHeader;
1360   Float_t rc= header->GetRadius();
1361   Float_t etIn[30];
1362   Float_t etOut = 0;
1363   for(Int_t jpart = 0; jpart < nIn; jpart++){ // loop for all particles in array
1364     // if((fReader->GetCutFlag(jpart)) != 1) continue; // pt cut
1365     for(Int_t ijet=0; ijet<nJ; ijet++){
1366       Float_t deta = etaT[jpart] - etaJet[ijet];
1367       Float_t dphi = phiT[jpart] - phiJet[ijet];
1368       if (dphi < -TMath::Pi()) dphi= -dphi - 2.0 * TMath::Pi();
1369       if (dphi > TMath::Pi()) dphi = 2.0 * TMath::Pi() - dphi;
1370       Float_t dr = TMath::Sqrt(deta * deta + dphi * dphi);
1371       if(dr <= rc){ // particles inside this cone
1372         multJet[ijet]++;
1373         injet[jpart] = ijet;
1374         if((fReader->GetCutFlag(jpart)) == 1){ // pt cut
1375           etIn[ijet] += ptT[jpart];
1376           if(fReader->GetSignalFlag(jpart) == 1) etsigJet[ijet]+= ptT[jpart];
1377         }
1378         break;
1379       }
1380     }// end jets loop
1381     if(injet[jpart] == -1 && fReader->GetCutFlag(jpart) == 1)
1382       etOut += ptT[jpart]; // particle outside cones and pt cut
1383   } //end particle loop
1384
1385   //estimate jets and background areas
1386   Float_t areaJet[30];
1387   Float_t areaOut = 4*(header->GetLegoEtaMax())*TMath::Pi();
1388   for(Int_t k=0; k<nJ; k++){
1389     Float_t detamax = etaJet[k] + rc;
1390     Float_t detamin = etaJet[k] - rc;
1391     Float_t accmax = 0.0; Float_t accmin = 0.0;
1392     if(detamax > header->GetLegoEtaMax()){ // sector outside etamax
1393       Float_t h = header->GetLegoEtaMax() - etaJet[k];
1394       accmax = rc*rc*TMath::ACos(h/rc) - h*TMath::Sqrt(rc*rc - h*h);
1395     }
1396     if(detamin < header->GetLegoEtaMin()){ // sector outside etamin
1397       Float_t h = header->GetLegoEtaMax() + etaJet[k];
1398       accmin = rc*rc*TMath::ACos(h/rc) - h*TMath::Sqrt(rc*rc - h*h);
1399     }
1400     areaJet[k] = rc*rc*TMath::Pi() - accmax - accmin;
1401     areaOut = areaOut - areaJet[k];
1402   }
1403   //subtract background using area method
1404   for(Int_t ljet=0; ljet<nJ; ljet++){
1405     Float_t areaRatio = areaJet[ljet]/areaOut;
1406     etJet[ljet] = etIn[ljet]-etOut*areaRatio; // subtraction
1407   }
1408
1409   // estimate new total background
1410   Float_t areaT = 4*(header->GetLegoEtaMax())*TMath::Pi();
1411   etbgTotalN = etOut*areaT/areaOut;
1412
1413 }
1414
1415
1416 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
1417 void AliUA1JetFinderV2::SubtractBackgStat(const Int_t& nIn, const Int_t&nJ,Float_t&etbgTotalN,
1418                       const Float_t* ptT, const Float_t* etaT, const Float_t* phiT, const Float_t* cFlagT,
1419                       const Float_t* sFlagT, Float_t* etJet, const Float_t* etaJet, const Float_t* phiJet,
1420                       Float_t* etsigJet, Int_t* multJet, Int_t* injet)
1421 {
1422
1423   //background subtraction using statistical method
1424   AliUA1JetHeaderV1* header = (AliUA1JetHeaderV1*) fHeader;
1425   Float_t etbgStat = header->GetBackgStat(); // pre-calculated background
1426
1427   //calculate energy inside
1428   Float_t rc= header->GetRadius();
1429   Float_t etIn[30];
1430
1431   for(Int_t jpart = 0; jpart < nIn; jpart++)
1432     { // loop for all particles in array
1433
1434       for(Int_t ijet=0; ijet<nJ; ijet++)
1435         {
1436           Float_t deta = etaT[jpart] - etaJet[ijet];
1437           Float_t dphi = phiT[jpart] - phiJet[ijet];
1438           if (dphi < -TMath::Pi()) dphi= -dphi - 2.0 * TMath::Pi();
1439           if (dphi > TMath::Pi()) dphi = 2.0 * TMath::Pi() - dphi;
1440           Float_t dr = TMath::Sqrt(deta * deta + dphi * dphi);
1441           if(dr <= rc){ // particles inside this cone
1442             multJet[ijet]++;
1443             injet[jpart] = ijet;
1444             if(cFlagT[jpart] == 1){ // pt cut
1445               etIn[ijet]+= ptT[jpart];
1446               if(sFlagT[jpart] == 1) etsigJet[ijet] += ptT[jpart];
1447             }
1448             break;
1449           }
1450         }// end jets loop
1451     } //end particle loop
1452
1453   //calc jets areas
1454   Float_t areaJet[30];
1455   Float_t areaOut = 4*(header->GetLegoEtaMax())*TMath::Pi();
1456   for(Int_t k=0; k<nJ; k++)
1457     {
1458       Float_t detamax = etaJet[k] + rc;
1459       Float_t detamin = etaJet[k] - rc;
1460       Float_t accmax = 0.0; Float_t accmin = 0.0;
1461       if(detamax > header->GetLegoEtaMax()){ // sector outside etamax
1462         Float_t h = header->GetLegoEtaMax() - etaJet[k];
1463         accmax = rc*rc*TMath::ACos(h/rc) - h*TMath::Sqrt(rc*rc - h*h);
1464       }
1465       if(detamin < header->GetLegoEtaMin()){ // sector outside etamin
1466       Float_t h = header->GetLegoEtaMax() + etaJet[k];
1467       accmin = rc*rc*TMath::ACos(h/rc) - h*TMath::Sqrt(rc*rc - h*h);
1468       }
1469       areaJet[k] = rc*rc*TMath::Pi() - accmax - accmin;
1470     }
1471
1472   //subtract background using area method
1473   for(Int_t ljet=0; ljet<nJ; ljet++){
1474     Float_t areaRatio = areaJet[ljet]/areaOut;
1475     etJet[ljet] = etIn[ljet]-etbgStat*areaRatio; // subtraction
1476   }
1477
1478   etbgTotalN = etbgStat;
1479 }
1480
1481 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
1482 void AliUA1JetFinderV2::SubtractBackgCone(const Int_t& nIn, const Int_t&nJ,Float_t& etbgTotalN, Float_t* ptT,
1483                                           Float_t* etaT, const Float_t* phiT, const Float_t* cFlagT, const Float_t* sFlagT,
1484                                           Float_t* etJet, const Float_t* etaJet, const Float_t* phiJet, Float_t* etsigJet,
1485                                           Int_t* multJet, Int_t* injet)
1486 {
1487   // Cone background subtraction method taking into acount dEt/deta distribution
1488   AliUA1JetHeaderV1* header = (AliUA1JetHeaderV1*) fHeader;
1489   //general
1490   Float_t rc= header->GetRadius();
1491   Float_t etamax = header->GetLegoEtaMax();
1492   Float_t etamin = header->GetLegoEtaMin();
1493   Int_t ndiv = 100;
1494
1495   // jet energy and area arrays
1496   TH1F* hEtJet[30];
1497   TH1F* hAreaJet[30];
1498   for(Int_t mjet=0; mjet<nJ; mjet++){
1499     char hEtname[256]; char hAreaname[256];
1500     sprintf(hEtname, "hEtJet%d", mjet); sprintf(hAreaname, "hAreaJet%d", mjet);
1501     hEtJet[mjet] = new TH1F(hEtname,"et dist in eta ",ndiv,etamin,etamax);
1502     hAreaJet[mjet] = new TH1F(hAreaname,"area dist in eta ",ndiv,etamin,etamax);
1503   }
1504   // background energy and area
1505   TH1F* hEtBackg = new TH1F("hEtBackg"," backg et dist in eta ",ndiv,etamin,etamax);
1506   TH1F* hAreaBackg = new TH1F("hAreaBackg","backg area dist in eta ",ndiv,etamin,etamax);
1507
1508   //fill energies
1509   for(Int_t jpart = 0; jpart < nIn; jpart++){ // loop for all particles in array
1510     for(Int_t ijet=0; ijet<nJ; ijet++){  // loop for all jets
1511       Float_t deta = etaT[jpart] - etaJet[ijet];
1512       Float_t dphi = phiT[jpart] - phiJet[ijet];
1513       if (dphi < -TMath::Pi()) dphi= -dphi - 2.0 * TMath::Pi();
1514       if (dphi > TMath::Pi()) dphi = 2.0 * TMath::Pi() - dphi;
1515       Float_t dr = TMath::Sqrt(deta * deta + dphi * dphi);
1516       if(dr <= rc){ // particles inside this cone
1517         injet[jpart] = ijet;
1518         multJet[ijet]++;
1519         if(cFlagT[jpart] == 1){// pt cut
1520           hEtJet[ijet]->Fill(etaT[jpart],ptT[jpart]); //particle inside cone
1521           if(sFlagT[jpart] == 1) etsigJet[ijet] += ptT[jpart];
1522         }
1523         break;
1524       }
1525     }// end jets loop
1526
1527     if(injet[jpart] == -1  && cFlagT[jpart] == 1)
1528       hEtBackg->Fill(etaT[jpart],ptT[jpart]); // particle outside cones
1529   } //end particle loop
1530
1531   //calc areas
1532   Float_t eta0 = etamin;
1533   Float_t etaw = (etamax - etamin)/((Float_t)ndiv);
1534   Float_t eta1 = eta0 + etaw;
1535   for(Int_t etabin = 0; etabin< ndiv; etabin++){ // loop for all eta bins
1536     Float_t etac = eta0 + etaw/2.0;
1537     Float_t areabg = etaw*2.0*TMath::Pi();
1538     for(Int_t ijet=0; ijet<nJ; ijet++){  // loop for all jets
1539       Float_t deta0 = TMath::Abs(eta0 - etaJet[ijet]);
1540       Float_t deta1 = TMath::Abs(eta1 - etaJet[ijet]);
1541       Float_t acc0 = 0.0; Float_t acc1 = 0.0;
1542       Float_t areaj = 0.0;
1543       if(deta0 > rc && deta1 < rc){
1544         acc1 = rc*rc*TMath::ACos(deta1/rc) - deta1*TMath::Sqrt(rc*rc - deta1*deta1);
1545         areaj = acc1;
1546       }
1547       if(deta0 < rc && deta1 > rc){
1548         acc0 = rc*rc*TMath::ACos(deta0/rc) - deta0*TMath::Sqrt(rc*rc - deta0*deta0);
1549         areaj = acc0;
1550       }
1551       if(deta0 < rc && deta1 < rc){
1552         acc0 = rc*rc*TMath::ACos(deta0/rc) - deta0*TMath::Sqrt(rc*rc - deta0*deta0);
1553         acc1 = rc*rc*TMath::ACos(deta1/rc) - deta1*TMath::Sqrt(rc*rc - deta1*deta1);
1554         if(eta1<etaJet[ijet]) areaj = acc1-acc0;  // case 1
1555         if((eta0 < etaJet[ijet]) && (etaJet[ijet]<eta1)) areaj = rc*rc*TMath::Pi() - acc1 -acc0; // case 2
1556         if(etaJet[ijet] < eta0) areaj = acc0 -acc1; // case 3
1557       }
1558       hAreaJet[ijet]->Fill(etac,areaj);
1559       areabg = areabg - areaj;
1560     } // end jets loop
1561     hAreaBackg->Fill(etac,areabg);
1562     eta0 = eta1;
1563     eta1 = eta1 + etaw;
1564   } // end loop for all eta bins
1565
1566   //subtract background
1567   for(Int_t kjet=0; kjet<nJ; kjet++){
1568     etJet[kjet] = 0.0; // first  clear etJet for this jet
1569     for(Int_t bin = 0; bin< ndiv; bin++){
1570       if(hAreaJet[kjet]->GetBinContent(bin)){
1571         Float_t areab = hAreaBackg->GetBinContent(bin);
1572         Float_t etb = hEtBackg->GetBinContent(bin);
1573         Float_t areaR = (hAreaJet[kjet]->GetBinContent(bin))/areab;
1574         etJet[kjet] = etJet[kjet] + ((hEtJet[kjet]->GetBinContent(bin)) - etb*areaR); //subtraction
1575       }
1576     }
1577   }
1578
1579   // calc background total
1580   Double_t etOut = hEtBackg->Integral();
1581   Double_t areaOut = hAreaBackg->Integral();
1582   Float_t areaT = 4*(header->GetLegoEtaMax())*TMath::Pi();
1583   etbgTotalN = etOut*areaT/areaOut;
1584
1585   //delete
1586   for(Int_t ljet=0; ljet<nJ; ljet++){  // loop for all jets
1587     delete hEtJet[ljet];
1588     delete hAreaJet[ljet];
1589   }
1590
1591   delete hEtBackg;
1592   delete hAreaBackg;
1593 }
1594
1595 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
1596 void AliUA1JetFinderV2::SubtractBackgRatio(const Int_t& nIn, const Int_t&nJ,Float_t& etbgTotalN,
1597                       Float_t* ptT, Float_t* etaT, const Float_t* phiT, const Float_t* cFlagT, const Float_t* sFlagT,
1598                       Float_t* etJet, const Float_t* etaJet, const Float_t* phiJet, Float_t* etsigJet,
1599                       Int_t* multJet, Int_t* injet)
1600 {
1601   // Ratio background subtraction method taking into acount dEt/deta distribution
1602   AliUA1JetHeaderV1* header = (AliUA1JetHeaderV1*) fHeader;
1603   //factor F calc before
1604   Float_t bgRatioCut = header->GetBackgCutRatio();
1605
1606   //general
1607   Float_t rc= header->GetRadius();
1608   Float_t etamax = header->GetLegoEtaMax();
1609   Float_t etamin = header->GetLegoEtaMin();
1610   Int_t ndiv = 100;
1611
1612   // jet energy and area arrays
1613   TH1F* hEtJet[30];
1614   TH1F* hAreaJet[30];
1615   for(Int_t mjet=0; mjet<nJ; mjet++){
1616     char hEtname[256]; char hAreaname[256];
1617     sprintf(hEtname, "hEtJet%d", mjet); sprintf(hAreaname, "hAreaJet%d", mjet);
1618     hEtJet[mjet] = new TH1F(hEtname,"et dist in eta ",ndiv,etamin,etamax);        // change range
1619     hAreaJet[mjet] = new TH1F(hAreaname,"area dist in eta ",ndiv,etamin,etamax);  // change range
1620   }
1621   // background energy and area
1622   TH1F* hEtBackg = new TH1F("hEtBackg"," backg et dist in eta ",ndiv,etamin,etamax);         // change range
1623   TH1F* hAreaBackg = new TH1F("hAreaBackg","backg area dist in eta ",ndiv,etamin,etamax);  // change range
1624
1625   //fill energies
1626   for(Int_t jpart = 0; jpart < nIn; jpart++){ // loop for all particles in array
1627     for(Int_t ijet=0; ijet<nJ; ijet++){  // loop for all jets
1628       Float_t deta = etaT[jpart] - etaJet[ijet];
1629       Float_t dphi = phiT[jpart] - phiJet[ijet];
1630       if (dphi < -TMath::Pi()) dphi= -dphi - 2.0 * TMath::Pi();
1631       if (dphi > TMath::Pi()) dphi = 2.0 * TMath::Pi() - dphi;
1632       Float_t dr = TMath::Sqrt(deta * deta + dphi * dphi);
1633       if(dr <= rc){ // particles inside this cone
1634         multJet[ijet]++;
1635         injet[jpart] = ijet;
1636         if(cFlagT[jpart] == 1){ //pt cut
1637           hEtJet[ijet]->Fill(etaT[jpart],ptT[jpart]); //particle inside cone and pt cut
1638           if(sFlagT[jpart] == 1) etsigJet[ijet] += ptT[jpart];
1639         }
1640         break;
1641       }
1642     }// end jets loop
1643     if(injet[jpart] == -1) hEtBackg->Fill(etaT[jpart],ptT[jpart]); // particle outside cones
1644   } //end particle loop
1645
1646   //calc areas
1647   Float_t eta0 = etamin;
1648   Float_t etaw = (etamax - etamin)/((Float_t)ndiv);
1649   Float_t eta1 = eta0 + etaw;
1650   for(Int_t etabin = 0; etabin< ndiv; etabin++){ // loop for all eta bins
1651     Float_t etac = eta0 + etaw/2.0;
1652     Float_t areabg = etaw*2.0*TMath::Pi();
1653     for(Int_t ijet=0; ijet<nJ; ijet++){  // loop for all jets
1654       Float_t deta0 = TMath::Abs(eta0 - etaJet[ijet]);
1655       Float_t deta1 = TMath::Abs(eta1 - etaJet[ijet]);
1656       Float_t acc0 = 0.0; Float_t acc1 = 0.0;
1657       Float_t areaj = 0.0;
1658       if(deta0 > rc && deta1 < rc){
1659         acc1 = rc*rc*TMath::ACos(deta1/rc) - deta1*TMath::Sqrt(rc*rc - deta1*deta1);
1660         areaj = acc1;
1661       }
1662       if(deta0 < rc && deta1 > rc){
1663         acc0 = rc*rc*TMath::ACos(deta0/rc) - deta0*TMath::Sqrt(rc*rc - deta0*deta0);
1664         areaj = acc0;
1665       }
1666       if(deta0 < rc && deta1 < rc){
1667         acc0 = rc*rc*TMath::ACos(deta0/rc) - deta0*TMath::Sqrt(rc*rc - deta0*deta0);
1668         acc1 = rc*rc*TMath::ACos(deta1/rc) - deta1*TMath::Sqrt(rc*rc - deta1*deta1);
1669         if(eta1<etaJet[ijet]) areaj = acc1-acc0;  // case 1
1670         if((eta0 < etaJet[ijet]) && (etaJet[ijet]<eta1)) areaj = rc*rc*TMath::Pi() - acc1 -acc0; // case 2
1671         if(etaJet[ijet] < eta0) areaj = acc0 -acc1; // case 3
1672       }
1673       hAreaJet[ijet]->Fill(etac,areaj);
1674       areabg = areabg - areaj;
1675     } // end jets loop
1676     hAreaBackg->Fill(etac,areabg);
1677     eta0 = eta1;
1678     eta1 = eta1 + etaw;
1679   } // end loop for all eta bins
1680
1681   //subtract background
1682   for(Int_t kjet=0; kjet<nJ; kjet++){
1683     etJet[kjet] = 0.0; // first  clear etJet for this jet
1684     for(Int_t bin = 0; bin< ndiv; bin++){
1685       if(hAreaJet[kjet]->GetBinContent(bin)){
1686         Float_t areab = hAreaBackg->GetBinContent(bin);
1687         Float_t etb = hEtBackg->GetBinContent(bin);
1688         Float_t areaR = (hAreaJet[kjet]->GetBinContent(bin))/areab;
1689         etJet[kjet] = etJet[kjet] + ((hEtJet[kjet]->GetBinContent(bin)) - etb*areaR*bgRatioCut); //subtraction
1690       }
1691     }
1692   }
1693
1694   // calc background total
1695   Double_t etOut = hEtBackg->Integral();
1696   Double_t areaOut = hAreaBackg->Integral();
1697   Float_t areaT = 4*(header->GetLegoEtaMax())*TMath::Pi();
1698   etbgTotalN = etOut*areaT/areaOut;
1699
1700   //delete
1701   for(Int_t ljet=0; ljet<nJ; ljet++){  // loop for all jets
1702     delete hEtJet[ljet];
1703     delete hAreaJet[ljet];
1704   }
1705
1706   delete hEtBackg;
1707   delete hAreaBackg;
1708 }
1709
1710 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
1711 void AliUA1JetFinderV2::Reset()
1712 {
1713   fLego->Reset();
1714   AliJetFinder::Reset();
1715 }
1716
1717 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
1718 void AliUA1JetFinderV2::WriteJHeaderToFile()
1719 {
1720   AliUA1JetHeaderV1* header = (AliUA1JetHeaderV1*) fHeader;
1721   header->Write();
1722 }
1723
1724 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
1725 void AliUA1JetFinderV2::InitTask(TChain* tree)
1726 {
1727
1728   // initializes some variables
1729   AliUA1JetHeaderV1* header = (AliUA1JetHeaderV1*) fHeader;
1730   // book lego
1731   fLego = new TH2F("legoH","eta-phi",
1732                    header->GetLegoNbinEta(), header->GetLegoEtaMin(),
1733                    header->GetLegoEtaMax(),  header->GetLegoNbinPhi(),
1734                    header->GetLegoPhiMin(),  header->GetLegoPhiMax());
1735
1736   fDebug = fReader->GetReaderHeader()->GetDebug();
1737   fOpt = fReader->GetReaderHeader()->GetDetector();
1738
1739   // Tasks initialization
1740   if(fOpt>0)
1741     fReader->CreateTasks(tree);
1742
1743 }