MUON/AliMUONAlignment.cxx

   1 /**************************************************************************
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   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 //-----------------------------------------------------------------------------
  19 /// \class AliMUONAlignment
  20 /// Alignment class for the ALICE DiMuon spectrometer
  21 ///
  22 /// MUON specific alignment class which interface to AliMillepede.
  23 /// For each track ProcessTrack calculates the local and global derivatives
  24 /// at each cluster and fill the corresponding local equations. Provide methods
  25 /// for fixing or constraining detection elements for best results.
  26 ///
  27 /// \author Bruce Becker, Javier Castillo
  28 //-----------------------------------------------------------------------------
  29
  30 #include "AliMUONAlignment.h"
  31 #include "AliMUONTrack.h"
  32 #include "AliMUONTrackParam.h"
  33 #include "AliMUONVCluster.h"
  34 #include "AliMUONGeometryTransformer.h"
  35 #include "AliMUONGeometryModuleTransformer.h"
  36 #include "AliMUONGeometryDetElement.h"
  37 #include "AliMUONGeometryBuilder.h"
  38 #include "AliMillepede.h"
  39
  40 #include "AliMpExMap.h"
  41 #include "AliMpExMapIterator.h"
  42
  43 #include "AliAlignObjMatrix.h"
  44 #include "AliLog.h"
  45
  46 #include "TMath.h"
  47 #include "TMatrixDSym.h"
  48 #include "TClonesArray.h"
  49
  50 /// \cond CLASSIMP
  51 ClassImp(AliMUONAlignment)
  52 /// \endcond
  53
  54 //_____________________________________________________________________
  55 // static variables
  56 Int_t AliMUONAlignment::fgNDetElem = 4*2+4*2+18*2+26*2+26*2;
  57 Int_t AliMUONAlignment::fgNDetElemCh[10] = {4,4,4,4,18,18,26,26,26,26};
  58 Int_t AliMUONAlignment::fgSNDetElemCh[10] = {4,8,12,16,34,52,78,104,130,156};
  59 Int_t AliMUONAlignment::fgNParCh = 4;
  60 Int_t AliMUONAlignment::fgNTrkMod = 16;
  61 Int_t AliMUONAlignment::fgNCh = 10;
  62 Int_t AliMUONAlignment::fgNSt = 5;
  63
  64 //_____________________________________________________________________
  65 AliMUONAlignment::AliMUONAlignment()
  66   : TObject(),
  67     fBFieldOn(kTRUE),
  68     fStartFac(256.),
  69     fResCutInitial(100.),
  70     fResCut(100.),
  71     fMillepede(0),
  72     fTrack(0),
  73     fCluster(0),
  74     fTrackParam(0),
  75     fNGlobal(fgNDetElem*fgNParCh),
  76     fNLocal(4),
  77     fNStdDev(3),
  78     fDetElemId(0),
  79     fDetElemNumber(0),
  80     fPhi(0.),
  81     fCosPhi(1.),
  82     fSinPhi(0.),
  83     fTrackRecord(),
  84     fTransform(0)
  85 {
  86
  87   fSigma[0] = 1.5e-1;
  88   fSigma[1] = 1.0e-2;
  89
  90   AliInfo(Form("fSigma[0]: %f\t fSigma[1]: %f",fSigma[0],fSigma[1]));
  91
  92   fDoF[0] = kTRUE;  fDoF[1] = kTRUE;  fDoF[2] = kTRUE;  fDoF[3] = kTRUE;
  93   fAllowVar[0] = 0.05;  fAllowVar[1] = 0.05;  fAllowVar[2] = 0.001;  fAllowVar[3] = 0.5;
  94
  95   AliInfo(Form("fAllowVar[0]: %f\t fAllowVar[1]: %f\t fPhi: %f\t fgNDetElem: %i\t fNGlobal: %i\t fNLocal: %i",fAllowVar[0],fAllowVar[1],fPhi,fgNDetElem,fNGlobal,fNLocal));
  96
  97   fMillepede = new AliMillepede();
  98
  99   Init(fNGlobal, fNLocal, fNStdDev);
 100
 101   ResetLocalEquation();
 102   AliInfo("Parameters initialized to zero");
 103
 104 }
 105
 106 //_____________________________________________________________________
 107 AliMUONAlignment::~AliMUONAlignment()
 108 {}
 109
 110 //_____________________________________________________________________
 111 void AliMUONAlignment::Init(
 112   Int_t nGlobal,  /* number of global paramers */
 113   Int_t nLocal,   /* number of local parameters */
 114   Int_t nStdDev   /* std dev cut */ )
 115 {
 116   /// Initialization of AliMillepede. Fix parameters, define constraints ...
 117   fMillepede->InitMille(nGlobal,nLocal,nStdDev,fResCut,fResCutInitial);
 118
 119   //  Bool_t bStOnOff[5] = {kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE};
 120   //  Bool_t bChOnOff[10] = {kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE};
 121   //  Bool_t bSpecLROnOff[2] = {kTRUE,kTRUE};
 122
 123   //  AllowVariations(bChOnOff);
 124
 125   // Fix parameters or add constraints here
 126   //   for (Int_t iSt=0; iSt<5; iSt++)
 127   //   { if (!bStOnOff[iSt]) FixStation(iSt+1); }
 128
 129   //   for (Int_t iCh=0; iCh<10; iCh++)
 130   //   { if (!bChOnOff[iCh]) FixChamber(iCh+1); }
 131
 132 //   FixHalfSpectrometer(bChOnOff,bSpecLROnOff);
 133
 134   ResetConstraints();
 135
 136   // Define global constrains to be applied
 137   // X, Y, P, XvsZ, YvsZ, PvsZ, XvsY, YvsY, PvsY
 138   Bool_t bVarXYT[9] = {kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE};
 139   Bool_t bDetTLBR[4] = {kFALSE,kTRUE,kFALSE,kTRUE};
 140   //  AddConstraints(bStOnOff,bVarXYT,bDetTLBR,bSpecLROnOff);
 141
 142   // Other possible way to add constrains
 143   bVarXYT[0] = kFALSE; bVarXYT[1] = kFALSE; bVarXYT[2] = kTRUE;
 144   bDetTLBR[0] = kFALSE; bDetTLBR[1] = kTRUE; bDetTLBR[2] = kFALSE; bDetTLBR[3] = kFALSE;
 145   //  AddConstraints(bStOnOff,bVarXYT,bDetTLBR);
 146
 147   bVarXYT[0] = kTRUE; bVarXYT[1] = kTRUE; bVarXYT[2] = kFALSE;
 148   //  AddConstraints(bStOnOff,bVarXYT);
 149
 150   // Set iterations
 151   if (fStartFac>1) fMillepede->SetIterations(fStartFac);
 152 }
 153
 154 //_____________________________________________________________________
 155 void AliMUONAlignment::FixStation(Int_t iSt)
 156 {
 157   /// Fix all detection elements of station iSt
 158   Int_t iDetElemFirst = (iSt>1) ? fgSNDetElemCh[2*(iSt-1)-1] : 0;
 159   Int_t iDetElemLast = fgSNDetElemCh[2*(iSt)-1];
 160   for (Int_t i = iDetElemFirst; i < iDetElemLast; i++)
 161   {
 162     FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 163     FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 164     FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 165     FixParameter(i*fgNParCh+3, 0.0);
 166   }
 167
 168 }
 169
 170 //_____________________________________________________________________
 171 void AliMUONAlignment::FixChamber(Int_t iCh)
 172 {
 173   /// Fix all detection elements of chamber iCh
 174   Int_t iDetElemFirst = (iCh>1) ? fgSNDetElemCh[iCh-2] : 0;
 175   Int_t iDetElemLast = fgSNDetElemCh[iCh-1];
 176   for (Int_t i = iDetElemFirst; i < iDetElemLast; i++)
 177   {
 178     FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 179     FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 180     FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 181     FixParameter(i*fgNParCh+3, 0.0);
 182   }
 183 }
 184
 185 //_____________________________________________________________________
 186 void AliMUONAlignment::FixDetElem(Int_t iDetElemId, TString sVarXYT)
 187 {
 188
 189   /// Fix a given detection element
 190   Int_t iDetElemNumber = iDetElemId%100;
 191   for (int iCh=0; iCh<iDetElemId/100-1; iCh++)
 192   {
 193     iDetElemNumber += fgNDetElemCh[iCh];
 194   }
 195
 196   if (sVarXYT.Contains("X"))
 197   {
 198     // X constraint
 199     FixParameter(iDetElemNumber*fgNParCh+0, 0.0);
 200   }
 201
 202   if (sVarXYT.Contains("Y"))
 203   {
 204     // Y constraint
 205     FixParameter(iDetElemNumber*fgNParCh+1, 0.0);
 206   }
 207
 208   if (sVarXYT.Contains("T"))
 209   {
 210     // T constraint
 211     FixParameter(iDetElemNumber*fgNParCh+2, 0.0);
 212   }
 213
 214   if (sVarXYT.Contains("Z"))
 215   {
 216     // T constraint
 217     FixParameter(iDetElemNumber*fgNParCh+3, 0.0);
 218   }
 219
 220 }
 221
 222 //_____________________________________________________________________
 223 void AliMUONAlignment::FixHalfSpectrometer(const Bool_t *lChOnOff, const Bool_t *lSpecLROnOff)
 224 {
 225
 226   /// Fix left or right detector
 227   for (Int_t i = 0; i < fgNDetElem; i++)
 228   {
 229
 230     Int_t iCh=0;
 231     for (iCh=1; iCh<=fgNCh; iCh++)
 232     { if (i<fgSNDetElemCh[iCh-1]) break; }
 233
 234     if (lChOnOff[iCh-1])
 235     {
 236
 237       Int_t lDetElemNumber = (iCh==1) ? i : i-fgSNDetElemCh[iCh-2];
 238       if (iCh>=1 && iCh<=4)
 239       {
 240
 241         if ((lDetElemNumber==1 || lDetElemNumber==2) && !lSpecLROnOff[0])
 242         {
 243           // From track crossings
 244           FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 245           FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 246           FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 247           FixParameter(i*fgNParCh+3, 0.0);
 248         }
 249
 250         if ((lDetElemNumber==0 || lDetElemNumber==3) && !lSpecLROnOff[1])
 251         {
 252           // From track crossings
 253           FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 254           FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 255           FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 256           FixParameter(i*fgNParCh+3, 0.0);
 257         }
 258
 259       }
 260
 261       if (iCh>=5 && iCh<=6)
 262       {
 263
 264         if ((lDetElemNumber>=5&&lDetElemNumber<=13) && !lSpecLROnOff[0])
 265         {
 266           FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 267           FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 268           FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 269           FixParameter(i*fgNParCh+3, 0.0);
 270         }
 271
 272         if (((lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=4) ||
 273           (lDetElemNumber>=14&&lDetElemNumber<=17)) && !lSpecLROnOff[1])
 274         {
 275
 276           FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 277           FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 278           FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 279           FixParameter(i*fgNParCh+3, 0.0);
 280         }
 281
 282       }
 283
 284       if (iCh>=7 && iCh<=10)
 285       {
 286
 287         if ((lDetElemNumber>=7&&lDetElemNumber<=19) && !lSpecLROnOff[0])
 288         {
 289           FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 290           FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 291           FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 292           FixParameter(i*fgNParCh+3, 0.0);
 293         }
 294
 295         if (((lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=6) ||
 296           (lDetElemNumber>=20&&lDetElemNumber<=25)) && !lSpecLROnOff[1])
 297         {
 298           FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 299           FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 300           FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 301           FixParameter(i*fgNParCh+3, 0.0);
 302         }
 303
 304       }
 305
 306     }
 307
 308   }
 309
 310 }
 311
 312 //______________________________________________________________________
 313 void AliMUONAlignment::SetNonLinear(const Bool_t *lChOnOff, const Bool_t *lVarXYT)
 314 {
 315
 316   /// Set non linear parameter flag selected chambers and degrees of freedom
 317   for (Int_t i = 0; i < fgNDetElem; i++)
 318   {
 319
 320     Int_t iCh=0;
 321     for (iCh=1; iCh<=fgNCh; iCh++)
 322     { if (i<fgSNDetElemCh[iCh-1]) break; }
 323
 324     if (lChOnOff[iCh-1])
 325     {
 326
 327       if (lVarXYT[0])
 328       {
 329         // X constraint
 330         SetNonLinear(i*fgNParCh+0);
 331       }
 332
 333       if (lVarXYT[1])
 334       {
 335         // Y constraint
 336         SetNonLinear(i*fgNParCh+1);
 337       }
 338
 339       if (lVarXYT[2])
 340       {
 341         // T constraint
 342         SetNonLinear(i*fgNParCh+2);
 343       }
 344
 345       if (lVarXYT[3])
 346       {
 347         // Z constraint
 348         SetNonLinear(i*fgNParCh+3);
 349       }
 350
 351     }
 352
 353   }
 354
 355 }
 356
 357 //______________________________________________________________________
 358 void AliMUONAlignment::AddConstraints(const Bool_t *lChOnOff, const Bool_t *lVarXYT)
 359 {
 360
 361   /// Add constraint equations for selected chambers and degrees of freedom
 362   for (Int_t i = 0; i < fgNDetElem; i++)
 363   {
 364
 365     Int_t iCh=0;
 366     for (iCh=1; iCh<=fgNCh; iCh++)
 367     {
 368       if (i<fgSNDetElemCh[iCh-1]) break;
 369     }
 370
 371     if (lChOnOff[iCh-1])
 372     {
 373       if (lVarXYT[0])
 374       {
 375         // X constraint
 376         fConstraintX[i*fgNParCh+0]=1.0;
 377       }
 378
 379       if (lVarXYT[1])
 380       {
 381         // Y constraint
 382         fConstraintY[i*fgNParCh+1]=1.0;
 383       }
 384
 385       if (lVarXYT[2])
 386       {
 387         // T constraint
 388         fConstraintP[i*fgNParCh+2]=1.0;
 389       }
 390       //       if (lVarXYT[3]) { // Z constraint
 391       //        fConstraintP[i*fgNParCh+3]=1.0;
 392       //       }
 393
 394     }
 395   }
 396
 397   if (lVarXYT[0])
 398   {
 399     // X constraint
 400     AddConstraint(fConstraintX,0.0);
 401   }
 402
 403   if (lVarXYT[1])
 404   {
 405     // Y constraint
 406     AddConstraint(fConstraintY,0.0);
 407   }
 408
 409   if (lVarXYT[2])
 410   {
 411     // T constraint
 412     AddConstraint(fConstraintP,0.0);
 413   }
 414
 415 //   if (lVarXYT[3]) { // Z constraint
 416 //     AddConstraint(fConstraintP,0.0);
 417 //   }
 418 }
 419
 420 //______________________________________________________________________
 421 void AliMUONAlignment::AddConstraints(const Bool_t *lChOnOff, const Bool_t *lVarXYT, const Bool_t *lDetTLBR, const Bool_t *lSpecLROnOff)
 422 {
 423   /// Add constraint equations for selected chambers, degrees of freedom and detector half
 424   Double_t lDetElemLocX = 0.;
 425   Double_t lDetElemLocY = 0.;
 426   Double_t lDetElemLocZ = 0.;
 427   Double_t lDetElemGloX = 0.;
 428   Double_t lDetElemGloY = 0.;
 429   Double_t lDetElemGloZ = 0.;
 430   Double_t lMeanY = 0.;
 431   Double_t lSigmaY = 0.;
 432   Double_t lMeanZ = 0.;
 433   Double_t lSigmaZ = 0.;
 434   Int_t lNDetElem = 0;
 435   for (Int_t i = 0; i < fgNDetElem; i++)
 436   {
 437
 438     Int_t iCh=0;
 439     for (iCh=1; iCh<=fgNCh; iCh++){
 440       if (i<fgSNDetElemCh[iCh-1]) break;
 441     }
 442     if (lChOnOff[iCh-1]){
 443       Int_t lDetElemNumber = (iCh==1) ? i : i-fgSNDetElemCh[iCh-2];
 444       Int_t lDetElemId = iCh*100+lDetElemNumber;
 445       fTransform->Local2Global(lDetElemId,lDetElemLocX,lDetElemLocY,lDetElemLocZ,
 446              lDetElemGloX,lDetElemGloY,lDetElemGloZ);
 447       if (iCh>=1 && iCh<=4){
 448   if ((lDetElemNumber==1 || lDetElemNumber==2) && lSpecLROnOff[0]){ // From track crossings
 449     lMeanY += lDetElemGloY;
 450     lSigmaY += lDetElemGloY*lDetElemGloY;
 451     lMeanZ += lDetElemGloZ;
 452     lSigmaZ += lDetElemGloZ*lDetElemGloZ;
 453     lNDetElem++;
 454   }
 455   if ((lDetElemNumber==0 || lDetElemNumber==3) && lSpecLROnOff[1]){ // From track crossings
 456     lMeanY += lDetElemGloY;
 457     lSigmaY += lDetElemGloY*lDetElemGloY;
 458     lMeanZ += lDetElemGloZ;
 459     lSigmaZ += lDetElemGloZ*lDetElemGloZ;
 460     lNDetElem++;
 461   }
 462       }
 463       if (iCh>=5 && iCh<=6){
 464   if ((lDetElemNumber>=5&&lDetElemNumber<=13) && lSpecLROnOff[0]){
 465     lMeanY += lDetElemGloY;
 466     lSigmaY += lDetElemGloY*lDetElemGloY;
 467     lMeanZ += lDetElemGloZ;
 468     lSigmaZ += lDetElemGloZ*lDetElemGloZ;
 469     lNDetElem++;
 470   }
 471   if (((lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=4) ||
 472        (lDetElemNumber>=14&&lDetElemNumber<=17)) && lSpecLROnOff[1]){
 473     lMeanY += lDetElemGloY;
 474     lSigmaY += lDetElemGloY*lDetElemGloY;
 475     lMeanZ += lDetElemGloZ;
 476     lSigmaZ += lDetElemGloZ*lDetElemGloZ;
 477     lNDetElem++;
 478   }
 479       }
 480       if (iCh>=7 && iCh<=10){
 481   if ((lDetElemNumber>=7&&lDetElemNumber<=19) && lSpecLROnOff[0]){
 482     lMeanY += lDetElemGloY;
 483     lSigmaY += lDetElemGloY*lDetElemGloY;
 484     lMeanZ += lDetElemGloZ;
 485     lSigmaZ += lDetElemGloZ*lDetElemGloZ;
 486     lNDetElem++;
 487   }
 488   if (((lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=6) ||
 489        (lDetElemNumber>=20&&lDetElemNumber<=25)) && lSpecLROnOff[1]){
 490     lMeanY += lDetElemGloY;
 491     lSigmaY += lDetElemGloY*lDetElemGloY;
 492     lMeanZ += lDetElemGloZ;
 493     lSigmaZ += lDetElemGloZ*lDetElemGloZ;
 494     lNDetElem++;
 495   }
 496       }
 497     }
 498   }
 499   if (lNDetElem) {
 500     lMeanY /= lNDetElem;
 501     lSigmaY /= lNDetElem;
 502     lSigmaY = TMath::Sqrt(lSigmaY-lMeanY*lMeanY);
 503     lMeanZ /= lNDetElem;
 504     lSigmaZ /= lNDetElem;
 505     lSigmaZ = TMath::Sqrt(lSigmaZ-lMeanZ*lMeanZ);
 506      AliInfo(Form("Used %i DetElem, MeanZ= %f , SigmaZ= %f", lNDetElem,lMeanZ,lSigmaZ));
 507   } else {
 508     AliError("No detection elements to constrain!!!");
 509     return;
 510   }
 511
 512   for (Int_t i = 0; i < fgNDetElem; i++){
 513     Int_t iCh=0;
 514     for (iCh=1; iCh<=fgNCh; iCh++){
 515       if (i<fgSNDetElemCh[iCh-1]) break;
 516     }
 517     if (lChOnOff[iCh-1]){
 518       Int_t lDetElemNumber = (iCh==1) ? i : i-fgSNDetElemCh[iCh-2];
 519       Int_t lDetElemId = iCh*100+lDetElemNumber;
 520       fTransform->Local2Global(lDetElemId,lDetElemLocX,lDetElemLocY,lDetElemLocZ,
 521              lDetElemGloX,lDetElemGloY,lDetElemGloZ);
 522       if (lVarXYT[0]) { // X constraint
 523   if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintXT,0); // Top half
 524   if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintXL,0); // Left half
 525   if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintXB,0); // Bottom half
 526   if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintXR,0); // Right half
 527       }
 528       if (lVarXYT[1]) { // Y constraint
 529   if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintYT,1); // Top half
 530   if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintYL,1); // Left half
 531   if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintYB,1); // Bottom half
 532   if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintYR,1); // Right half
 533       }
 534       if (lVarXYT[2]) { // P constraint
 535   if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintPT,2); // Top half
 536   if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintPL,2); // Left half
 537   if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintPB,2); // Bottom half
 538   if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintPR,2); // Right half
 539       }
 540       if (lVarXYT[3]) { // X-Z shearing
 541   if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintXZT,0,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Top half
 542   if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintXZL,0,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Left half
 543   if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintXZB,0,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Bottom half
 544   if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintXZR,0,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Right half
 545       }
 546       if (lVarXYT[4]) { // Y-Z shearing
 547   if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintYZT,1,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Top half
 548   if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintYZL,1,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Left half
 549   if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintYZB,1,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Bottom half
 550   if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintYZR,1,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Right half
 551       }
 552       if (lVarXYT[5]) { // P-Z rotation
 553   if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintPZT,2,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Top half
 554   if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintPZL,2,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Left half
 555   if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintPZB,2,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Bottom half
 556   if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintPZR,2,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Right half
 557       }
 558       if (lVarXYT[6]) { // X-Y shearing
 559   if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintXYT,0,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Top half
 560   if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintXYL,0,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Left half
 561   if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintXYB,0,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Bottom half
 562   if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintXYR,0,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Right half
 563       }
 564       if (lVarXYT[7]) { // Y-Y scaling
 565   if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintYYT,1,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Top half
 566   if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintYYL,1,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Left half
 567   if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintYYB,1,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Bottom half
 568   if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintYYR,1,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Right half
 569       }
 570       if (lVarXYT[8]) { // P-Y rotation
 571   if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintPYT,2,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Top half
 572   if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintPYL,2,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Left half
 573   if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintPYB,2,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Bottom half
 574   if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintPYR,2,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Right half
 575       }
 576     }
 577   }
 578   if (lVarXYT[0]) { // X constraint
 579     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintXT,0.0); // Top half
 580     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintXL,0.0); // Left half
 581     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintXB,0.0); // Bottom half
 582     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintXR,0.0); // Right half
 583   }
 584   if (lVarXYT[1]) { // Y constraint
 585     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintYT,0.0); // Top half
 586     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintYL,0.0); // Left half
 587     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintYB,0.0); // Bottom half
 588     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintYR,0.0); // Right half
 589   }
 590   if (lVarXYT[2]) { // T constraint
 591     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintPT,0.0); // Top half
 592     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintPL,0.0); // Left half
 593     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintPB,0.0); // Bottom half
 594     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintPR,0.0); // Right half
 595   }
 596   if (lVarXYT[3]) { // X-Z constraint
 597     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintXZT,0.0); // Top half
 598     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintXZL,0.0); // Left half
 599     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintXZB,0.0); // Bottom half
 600     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintXZR,0.0); // Right half
 601   }
 602   if (lVarXYT[4]) { // Y-Z constraint
 603     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintYZT,0.0); // Top half
 604     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintYZL,0.0); // Left half
 605     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintYZB,0.0); // Bottom half
 606     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintYZR,0.0); // Right half
 607   }
 608   if (lVarXYT[5]) { // P-Z constraint
 609     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintPZT,0.0); // Top half
 610     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintPZL,0.0); // Left half
 611     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintPZB,0.0); // Bottom half
 612     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintPZR,0.0); // Right half
 613   }
 614   if (lVarXYT[6]) { // X-Y constraint
 615     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintXYT,0.0); // Top half
 616     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintXYL,0.0); // Left half
 617     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintXYB,0.0); // Bottom half
 618     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintXYR,0.0); // Right half
 619   }
 620   if (lVarXYT[7]) { // Y-Y constraint
 621     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintYYT,0.0); // Top half
 622     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintYYL,0.0); // Left half
 623     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintYYB,0.0); // Bottom half
 624     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintYYR,0.0); // Right half
 625   }
 626   if (lVarXYT[8]) { // P-Y constraint
 627     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintPYT,0.0); // Top half
 628     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintPYL,0.0); // Left half
 629     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintPYB,0.0); // Bottom half
 630     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintPYR,0.0); // Right half
 631   }
 632 }
 633
 634 void AliMUONAlignment::ConstrainT(Int_t lDetElem, Int_t lCh, Double_t *lConstraintT, Int_t iVar, Double_t /*lWeight*/) const{
 635   /// Set constrain equation for top half of spectrometer
 636   Int_t lDetElemNumber = (lCh==1) ? lDetElem : lDetElem-fgSNDetElemCh[lCh-2];
 637   if (lCh>=1 && lCh<=4){
 638     if (lDetElemNumber==0 || lDetElemNumber==1){ // From track crossings
 639       lConstraintT[lDetElem*fgNParCh+iVar]=1.0;
 640     }
 641   }
 642   if (lCh>=5 && lCh<=6){
 643     if (lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=9){
 644       lConstraintT[lDetElem*fgNParCh+iVar]=1.0;
 645     }
 646   }
 647   if (lCh>=7 && lCh<=10){
 648     if (lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=13){
 649       lConstraintT[lDetElem*fgNParCh+iVar]=1.0;
 650     }
 651   }
 652 }
 653
 654 //______________________________________________________________________
 655 void AliMUONAlignment::ConstrainL(Int_t lDetElem, Int_t lCh, Double_t *lConstraintL, Int_t iVar, Double_t lWeight) const{
 656   /// Set constrain equation for left half of spectrometer
 657   Int_t lDetElemNumber = (lCh==1) ? lDetElem : lDetElem-fgSNDetElemCh[lCh-2];
 658   if (lCh>=1 && lCh<=4){
 659     if (lDetElemNumber==1 || lDetElemNumber==2){ // From track crossings
 660       lConstraintL[lDetElem*fgNParCh+iVar]=lWeight;
 661     }
 662   }
 663   if (lCh>=5 && lCh<=6){
 664     if (lDetElemNumber>=5&&lDetElemNumber<=13){
 665       lConstraintL[lDetElem*fgNParCh+iVar]=lWeight;
 666     }
 667   }
 668   if (lCh>=7 && lCh<=10){
 669     if (lDetElemNumber>=7&&lDetElemNumber<=19){
 670       lConstraintL[lDetElem*fgNParCh+iVar]=lWeight;
 671     }
 672   }
 673 }
 674
 675 //______________________________________________________________________
 676 void AliMUONAlignment::ConstrainB(Int_t lDetElem, Int_t lCh, Double_t *lConstraintB, Int_t iVar, Double_t /*lWeight*/) const{
 677   /// Set constrain equation for bottom half of spectrometer
 678   Int_t lDetElemNumber = (lCh==1) ? lDetElem : lDetElem-fgSNDetElemCh[lCh-2];
 679   if (lCh>=1 && lCh<=4){
 680     if (lDetElemNumber==2 || lDetElemNumber==3){ // From track crossings
 681       lConstraintB[lDetElem*fgNParCh+iVar]=1.0;
 682     }
 683   }
 684   if (lCh>=5 && lCh<=6){
 685     if ((lDetElemNumber>=9&&lDetElemNumber<=17) ||
 686   (lDetElemNumber==0)){
 687       lConstraintB[lDetElem*fgNParCh+iVar]=1.0;
 688     }
 689   }
 690   if (lCh>=7 && lCh<=10){
 691     if ((lDetElemNumber>=13&&lDetElemNumber<=25) ||
 692   (lDetElemNumber==0)){
 693       lConstraintB[lDetElem*fgNParCh+iVar]=1.0;
 694     }
 695   }
 696 }
 697
 698 //______________________________________________________________________
 699 void AliMUONAlignment::ConstrainR(Int_t lDetElem, Int_t lCh, Double_t *lConstraintR, Int_t iVar, Double_t lWeight) const{
 700   /// Set constrain equation for right half of spectrometer
 701   Int_t lDetElemNumber = (lCh==1) ? lDetElem : lDetElem-fgSNDetElemCh[lCh-2];
 702   if (lCh>=1 && lCh<=4){
 703     if (lDetElemNumber==0 || lDetElemNumber==3){ // From track crossings
 704       lConstraintR[lDetElem*fgNParCh+iVar]=lWeight;
 705     }
 706   }
 707   if (lCh>=5 && lCh<=6){
 708     if ((lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=4) ||
 709   (lDetElemNumber>=14&&lDetElemNumber<=17)){
 710       lConstraintR[lDetElem*fgNParCh+iVar]=lWeight;
 711     }
 712   }
 713   if (lCh>=7 && lCh<=10){
 714     if ((lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=6) ||
 715   (lDetElemNumber>=20&&lDetElemNumber<=25)){
 716       lConstraintR[lDetElem*fgNParCh+iVar]=lWeight;
 717     }
 718   }
 719 }
 720
 721 //______________________________________________________________________
 722 void AliMUONAlignment::ResetConstraints(){
 723   /// Reset all constraint equations
 724   for (Int_t i = 0; i < fgNDetElem; i++){
 725     fConstraintX[i*fgNParCh+0]=0.0;
 726     fConstraintX[i*fgNParCh+1]=0.0;
 727     fConstraintX[i*fgNParCh+2]=0.0;
 728     fConstraintY[i*fgNParCh+0]=0.0;
 729     fConstraintY[i*fgNParCh+1]=0.0;
 730     fConstraintY[i*fgNParCh+2]=0.0;
 731     fConstraintP[i*fgNParCh+0]=0.0;
 732     fConstraintP[i*fgNParCh+1]=0.0;
 733     fConstraintP[i*fgNParCh+2]=0.0;
 734     fConstraintXT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 735     fConstraintXT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 736     fConstraintXT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 737     fConstraintYT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 738     fConstraintYT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 739     fConstraintYT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 740     fConstraintPT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 741     fConstraintPT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 742     fConstraintPT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 743     fConstraintXZT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 744     fConstraintXZT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 745     fConstraintXZT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 746     fConstraintYZT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 747     fConstraintYZT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 748     fConstraintYZT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 749     fConstraintPZT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 750     fConstraintPZT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 751     fConstraintPZT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 752     fConstraintXYT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 753     fConstraintXYT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 754     fConstraintXYT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 755     fConstraintYYT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 756     fConstraintYYT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 757     fConstraintYYT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 758     fConstraintPYT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 759     fConstraintPYT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 760     fConstraintPYT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 761     fConstraintXL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 762     fConstraintXL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 763     fConstraintXL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 764     fConstraintYL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 765     fConstraintYL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 766     fConstraintYL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 767     fConstraintPL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 768     fConstraintPL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 769     fConstraintPL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 770     fConstraintXZL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 771     fConstraintXZL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 772     fConstraintXZL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 773     fConstraintYZL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 774     fConstraintYZL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 775     fConstraintYZL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 776     fConstraintPZL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 777     fConstraintPZL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 778     fConstraintPZL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 779     fConstraintXYL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 780     fConstraintXYL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 781     fConstraintXYL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 782     fConstraintYYL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 783     fConstraintYYL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 784     fConstraintYYL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 785     fConstraintPYL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 786     fConstraintPYL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 787     fConstraintPYL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 788     fConstraintXB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 789     fConstraintXB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 790     fConstraintXB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 791     fConstraintYB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 792     fConstraintYB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 793     fConstraintYB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 794     fConstraintPB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 795     fConstraintPB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 796     fConstraintPB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 797     fConstraintXZB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 798     fConstraintXZB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 799     fConstraintXZB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 800     fConstraintYZB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 801     fConstraintYZB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 802     fConstraintYZB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 803     fConstraintPZB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 804     fConstraintPZB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 805     fConstraintPZB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 806     fConstraintXYB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 807     fConstraintXYB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 808     fConstraintXYB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 809     fConstraintYYB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 810     fConstraintYYB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 811     fConstraintYYB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 812     fConstraintPYB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 813     fConstraintPYB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 814     fConstraintPYB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 815     fConstraintXR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 816     fConstraintXR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 817     fConstraintXR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 818     fConstraintYR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 819     fConstraintYR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 820     fConstraintYR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 821     fConstraintPR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 822     fConstraintPR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 823     fConstraintPR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 824     fConstraintXZR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 825     fConstraintXZR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 826     fConstraintXZR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 827     fConstraintYZR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 828     fConstraintYZR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 829     fConstraintYZR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 830     fConstraintPZR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 831     fConstraintPZR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 832     fConstraintPZR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 833     fConstraintPZR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 834     fConstraintPZR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 835     fConstraintPZR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 836     fConstraintXYR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 837     fConstraintXYR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 838     fConstraintXYR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 839     fConstraintYYR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 840     fConstraintYYR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 841     fConstraintYYR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 842     fConstraintPYR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 843     fConstraintPYR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 844     fConstraintPYR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 845   }
 846 }
 847
 848 //______________________________________________________________________
 849 void AliMUONAlignment::AddConstraint(Double_t *par, Double_t value) {
 850   /// Constrain equation defined by par to value
 851   fMillepede->SetGlobalConstraint(par, value);
 852   AliInfo("Adding constraint");
 853 }
 854
 855 //______________________________________________________________________
 856 void AliMUONAlignment::InitGlobalParameters(Double_t *par) {
 857   /// Initialize global parameters with par array
 858   fMillepede->SetGlobalParameters(par);
 859   AliInfo("Init Global Parameters");
 860 }
 861
 862 //______________________________________________________________________
 863 void AliMUONAlignment::FixParameter(Int_t iPar, Double_t value) {
 864   /// Parameter iPar is encourage to vary in [-value;value].
 865   /// If value == 0, parameter is fixed
 866   fMillepede->SetParSigma(iPar, value);
 867   if (TMath::Abs(value)<1e-4) AliInfo(Form("Parameter %i Fixed", iPar));
 868 }
 869
 870 //______________________________________________________________________
 871 void AliMUONAlignment::ResetLocalEquation()
 872 {
 873   /// Reset the derivative vectors
 874   for(int i=0; i<fNLocal; i++) {
 875     fLocalDerivatives[i] = 0.0;
 876   }
 877   for(int i=0; i<fNGlobal; i++) {
 878     fGlobalDerivatives[i] = 0.0;
 879   }
 880 }
 881
 882 //______________________________________________________________________
 883 void AliMUONAlignment::AllowVariations(const Bool_t *bChOnOff)
 884 {
 885
 886   /// Set allowed variation for selected chambers based on fDoF and fAllowVar
 887   for (Int_t iCh=1; iCh<=10; iCh++)
 888   {
 889     if (bChOnOff[iCh-1])
 890     {
 891
 892       Int_t iDetElemFirst = (iCh>1) ? fgSNDetElemCh[iCh-2] : 0;
 893       Int_t iDetElemLast = fgSNDetElemCh[iCh-1];
 894       for (int i=0; i<fgNParCh; i++)
 895       {
 896         AliDebug(1,Form("fDoF[%d]= %d",i,fDoF[i]));
 897         if (fDoF[i])
 898         {
 899           for (Int_t j=iDetElemFirst; j<iDetElemLast; j++){
 900             FixParameter(j*fgNParCh+i, fAllowVar[i]);
 901           }
 902         }
 903
 904       }
 905
 906     }
 907
 908   }
 909
 910 }
 911
 912 //______________________________________________________________________
 913 void AliMUONAlignment::SetNonLinear(Int_t iPar  /* set non linear flag */ )
 914 {
 915   /// Set nonlinear flag for parameter iPar
 916   fMillepede->SetNonLinear(iPar);
 917   AliInfo(Form("Parameter %i set to non linear", iPar));
 918 }
 919
 920 //______________________________________________________________________
 921 void AliMUONAlignment::SetSigmaXY(Double_t sigmaX, Double_t sigmaY)
 922 {
 923
 924   /// Set expected measurement resolution
 925   fSigma[0] = sigmaX;   fSigma[1] = sigmaY;
 926   AliInfo(Form("Using fSigma[0]=%f and fSigma[1]=%f",fSigma[0],fSigma[1]));
 927 }
 928
 929
 930 //______________________________________________________________________
 931 void AliMUONAlignment::LocalEquationX( Bool_t doAlignment )
 932 {
 933
 934
 935   // local cluster record
 936   AliMUONAlignmentClusterRecord clusterRecord;
 937
 938   // store detector and measurement
 939   clusterRecord.SetDetElemId( fDetElemId );
 940   clusterRecord.SetDetElemNumber( fDetElemNumber );
 941   clusterRecord.SetMeas( fMeas[0] );
 942   clusterRecord.SetSigma( fSigma[0] );
 943
 944   // store local derivatives
 945   clusterRecord.SetLocalDerivative( 0, fCosPhi );
 946   clusterRecord.SetLocalDerivative( 1, fCosPhi*(fTrackPos[2] - fTrackPos0[2]) );
 947   clusterRecord.SetLocalDerivative( 2, fSinPhi );
 948   clusterRecord.SetLocalDerivative( 3, fSinPhi*(fTrackPos[2] - fTrackPos0[2]) );
 949
 950   // store global derivatives
 951   clusterRecord.SetGlobalDerivative( 0, -fCosPhi );
 952   clusterRecord.SetGlobalDerivative( 1, -fSinPhi );
 953
 954   if (fBFieldOn)
 955   {
 956
 957     clusterRecord.SetGlobalDerivative(
 958       2,
 959       -fSinPhi*(fTrackPos[0]-fDetElemPos[0])
 960       +fCosPhi*(fTrackPos[1]-fDetElemPos[1]) );
 961
 962   } else {
 963
 964     clusterRecord.SetGlobalDerivative(
 965       2,
 966       -fSinPhi*(fTrackPos0[0]+fTrackSlope0[0]*(fTrackPos[2]-fTrackPos0[2])-fDetElemPos[0])
 967       +fCosPhi*(fTrackPos0[1]+fTrackSlope0[1]*(fTrackPos[2]-fTrackPos0[2])-fDetElemPos[1]) );
 968
 969   }
 970
 971   clusterRecord.SetGlobalDerivative( 3, fCosPhi*fTrackSlope0[0]+fSinPhi*fTrackSlope0[1] );
 972
 973   // append to trackRecord
 974   fTrackRecord.AddClusterRecord( clusterRecord );
 975
 976   // store local equation
 977   if( doAlignment ) LocalEquation( clusterRecord );
 978
 979 }
 980
 981 //______________________________________________________________________
 982 void AliMUONAlignment::LocalEquationY(Bool_t doAlignment )
 983 {
 984
 985   // local cluster record
 986   AliMUONAlignmentClusterRecord clusterRecord;
 987
 988   // store detector and measurement
 989   clusterRecord.SetDetElemId( fDetElemId );
 990   clusterRecord.SetDetElemNumber( fDetElemNumber );
 991   clusterRecord.SetMeas( fMeas[1] );
 992   clusterRecord.SetSigma( fSigma[1] );
 993
 994   // store local derivatives
 995   clusterRecord.SetLocalDerivative( 0, -fSinPhi );
 996   clusterRecord.SetLocalDerivative( 1, -fSinPhi*(fTrackPos[2] - fTrackPos0[2] ) );
 997   clusterRecord.SetLocalDerivative( 2, fCosPhi );
 998   clusterRecord.SetLocalDerivative( 3, fCosPhi*(fTrackPos[2] - fTrackPos0[2] ) );
 999
1000   // set global derivatives
1001   clusterRecord.SetGlobalDerivative( 0,  fSinPhi);
1002   clusterRecord.SetGlobalDerivative( 1, -fCosPhi);
1003
1004   if (fBFieldOn)
1005   {
1006
1007     clusterRecord.SetGlobalDerivative(
1008        2,
1009       -fCosPhi*(fTrackPos[0]-fDetElemPos[0])
1010       -fSinPhi*(fTrackPos[1]-fDetElemPos[1]));
1011
1012   } else {
1013
1014     clusterRecord.SetGlobalDerivative(
1015        2,
1016       -fCosPhi*(fTrackPos0[0]+fTrackSlope0[0]*(fTrackPos[2]-fTrackPos0[2])-fDetElemPos[0])
1017       -fSinPhi*(fTrackPos0[1]+fTrackSlope0[1]*(fTrackPos[2]-fTrackPos0[2])-fDetElemPos[1]));
1018   }
1019
1020   clusterRecord.SetGlobalDerivative( 3, -fSinPhi*fTrackSlope0[0]+fCosPhi*fTrackSlope0[1]);
1021
1022   // append to trackRecord
1023   fTrackRecord.AddClusterRecord( clusterRecord );
1024
1025   // store local equation
1026   if( doAlignment ) LocalEquation( clusterRecord );
1027
1028 }
1029
1030 //_____________________________________________________
1031 void AliMUONAlignment::LocalEquation( const AliMUONAlignmentClusterRecord& clusterRecord )
1032 {
1033
1034   // copy to local variables
1035   for( Int_t index = 0; index < 4; ++index )
1036   {
1037     SetLocalDerivative( index, clusterRecord.GetLocalDerivative( index ) );
1038     SetGlobalDerivative( clusterRecord.GetDetElemNumber()*fgNParCh + index, clusterRecord.GetGlobalDerivative( index ) );
1039   }
1040
1041   // pass equation parameters to millepede
1042   fMillepede->SetLocalEquation( fGlobalDerivatives, fLocalDerivatives, clusterRecord.GetMeas(), clusterRecord.GetSigma() );
1043
1044 }
1045
1046 //______________________________________________________________________
1047 void AliMUONAlignment::FillRecPointData()
1048 {
1049
1050   /// Get information of current cluster
1051   fClustPos[0] = fCluster->GetX();
1052   fClustPos[1] = fCluster->GetY();
1053   fClustPos[2] = fCluster->GetZ();
1054   fTransform->Global2Local(
1055     fDetElemId,fClustPos[0],fClustPos[1],fClustPos[2],
1056     fClustPosLoc[0],fClustPosLoc[1],fClustPosLoc[2]);
1057
1058 }
1059
1060 //______________________________________________________________________
1061 void AliMUONAlignment::FillTrackParamData()
1062 {
1063
1064   /// Get information of current track at current cluster
1065   fTrackPos[0] = fTrackParam->GetNonBendingCoor();
1066   fTrackPos[1] = fTrackParam->GetBendingCoor();
1067   fTrackPos[2] = fTrackParam->GetZ();
1068   fTrackSlope[0] = fTrackParam->GetNonBendingSlope();
1069   fTrackSlope[1] = fTrackParam->GetBendingSlope();
1070   fTransform->Global2Local(
1071     fDetElemId,fTrackPos[0],fTrackPos[1],fTrackPos[2],
1072     fTrackPosLoc[0],fTrackPosLoc[1],fTrackPosLoc[2]);
1073
1074 }
1075
1076 //_____________________________________________________
1077 void AliMUONAlignment::FillDetElemData()
1078 {
1079
1080   /// Get information of current detection element
1081   Double_t lDetElemLocX = 0.;
1082   Double_t lDetElemLocY = 0.;
1083   Double_t lDetElemLocZ = 0.;
1084   fDetElemId = fCluster->GetDetElemId();
1085   fDetElemNumber = fDetElemId%100;
1086   for (int iCh=0; iCh<fDetElemId/100-1; iCh++)
1087   { fDetElemNumber += fgNDetElemCh[iCh]; }
1088
1089   fTransform->Local2Global(
1090     fDetElemId,lDetElemLocX,lDetElemLocY,lDetElemLocZ,
1091     fDetElemPos[0],fDetElemPos[1],fDetElemPos[2]);
1092
1093 }
1094
1095 //_____________________________________________________
1096 AliMUONAlignmentTrackRecord* AliMUONAlignment::ProcessTrack( AliMUONTrack* track, Bool_t doAlignment )
1097 {
1098
1099   // store current track in running member.
1100   fTrack = track;
1101
1102   // clear track record
1103   fTrackRecord.Clear();
1104
1105   // get number of tracks
1106   Int_t nTrackParam = fTrack->GetTrackParamAtCluster()->GetEntries();
1107   AliDebug(1,Form("Number of track param entries : %i ", nTrackParam));
1108
1109   Bool_t first( kTRUE );
1110   for(Int_t iCluster=0; iCluster<nTrackParam; iCluster++)
1111   {
1112
1113     // and get new pointers
1114     fTrackParam = (AliMUONTrackParam *) fTrack->GetTrackParamAtCluster()->At(iCluster);
1115     if ( ! fTrackParam ) continue;
1116     fCluster = fTrackParam->GetClusterPtr();
1117     if ( ! fCluster ) continue;
1118     // if (fDetElemId<500) continue;
1119
1120     // fill local variables for this position --> one measurement
1121     FillDetElemData();
1122     FillRecPointData();
1123     FillTrackParamData();
1124
1125     if( first )
1126     {
1127
1128       // for first valid cluster, save track position as "starting" values
1129       first = kFALSE;
1130
1131       fTrackPos0[0] = fTrackPos[0];
1132       fTrackPos0[1] = fTrackPos[1];
1133       fTrackPos0[2] = fTrackPos[2];
1134       fTrackSlope0[0] = fTrackSlope[0];
1135       fTrackSlope0[1] = fTrackSlope[1];
1136
1137     }
1138
1139     // calculate measurements
1140     fCosPhi = TMath::Cos(fPhi);
1141     fSinPhi = TMath::Sin(fPhi);
1142     if( fBFieldOn )
1143     {
1144
1145       fMeas[0] = fTrackPos[0] - fClustPos[0];
1146       fMeas[1] = fTrackPos[1] - fClustPos[1];
1147
1148     } else {
1149
1150       fMeas[0] = - fClustPos[0];
1151       fMeas[1] = - fClustPos[1];
1152
1153     }
1154
1155     // soùe debugging
1156     AliDebug(1,Form("cluster: %i", iCluster));
1157     AliDebug(1,Form("x: %f\t y: %f\t z: %f\t DetElemID: %i\t ", fClustPos[0], fClustPos[1], fClustPos[2], fDetElemId));
1158     AliDebug(1,Form("fDetElemPos[0]: %f\t fDetElemPos[1]: %f\t fDetElemPos[2]: %f\t DetElemID: %i\t ", fDetElemPos[0],fDetElemPos[1],fDetElemPos[2], fDetElemId));
1159
1160     AliDebug(1,Form("Track Parameter: %i", iCluster));
1161     AliDebug(1,Form("x: %f\t y: %f\t z: %f\t slopex: %f\t slopey: %f", fTrackPos[0], fTrackPos[1], fTrackPos[2], fTrackSlope[0], fTrackSlope[1]));
1162     AliDebug(1,Form("x0: %f\t y0: %f\t z0: %f\t slopex0: %f\t slopey0: %f", fTrackPos0[0], fTrackPos0[1], fTrackPos0[2], fTrackSlope0[0], fTrackSlope0[1]));
1163
1164     AliDebug(1,Form("fMeas[0]: %f\t fMeas[1]: %f\t fSigma[0]: %f\t fSigma[1]: %f", fMeas[0], fMeas[1], fSigma[0], fSigma[1]));
1165
1166     // Set local equations
1167     LocalEquationX( doAlignment );
1168     LocalEquationY( doAlignment );
1169
1170   }
1171
1172   return &fTrackRecord;
1173
1174 }
1175
1176 //______________________________________________________________________________
1177 void AliMUONAlignment::ProcessTrack( AliMUONAlignmentTrackRecord* track, Bool_t doAlignment )
1178 {
1179
1180   if( !( track && doAlignment ) ) return;
1181
1182   // loop over clusters
1183   for( Int_t index = 0; index < track->GetNRecords(); ++index )
1184   { if( AliMUONAlignmentClusterRecord* record = track->GetRecord( index ) ) LocalEquation( *record ); }
1185
1186   return;
1187
1188 }
1189
1190 //_____________________________________________________
1191 void AliMUONAlignment::LocalFit(Int_t iTrack, Double_t *lTrackParam, Int_t lSingleFit)
1192 {
1193
1194   /// Call local fit for this tracks
1195   Int_t iRes = fMillepede->LocalFit(iTrack,lTrackParam,lSingleFit);
1196   if (iRes && !lSingleFit)
1197   { fMillepede->SetNLocalEquations(fMillepede->GetNLocalEquations()+1); }
1198
1199 }
1200
1201 //_____________________________________________________
1202 void AliMUONAlignment::GlobalFit(Double_t *parameters,Double_t *errors,Double_t *pulls)
1203 {
1204
1205   /// Call global fit; Global parameters are stored in parameters
1206   fMillepede->GlobalFit(parameters,errors,pulls);
1207
1208   AliInfo("Done fitting global parameters!");
1209   for (int iGlob=0; iGlob<fgNDetElem; iGlob++)
1210   { printf("%d\t %f\t %f\t %f\t %f \n",iGlob,parameters[iGlob*fgNParCh+0],parameters[iGlob*fgNParCh+1],parameters[iGlob*fgNParCh+3],parameters[iGlob*fgNParCh+2]); }
1211
1212
1213 }
1214
1215 //_____________________________________________________
1216 Double_t AliMUONAlignment::GetParError(Int_t iPar)
1217 {
1218   /// Get error of parameter iPar
1219   Double_t lErr = fMillepede->GetParError(iPar);
1220   return lErr;
1221 }
1222
1223 //_____________________________________________________
1224 void AliMUONAlignment::PrintGlobalParameters()
1225 {
1226   /// Print global parameters
1227   fMillepede->PrintGlobalParameters();
1228 }
1229
1230 //_________________________________________________________________________
1231 TGeoCombiTrans AliMUONAlignment::ReAlign(const TGeoCombiTrans & transform, const double *lMisAlignment) const
1232 {
1233   /// Realign given transformation by given misalignment and return the misaligned transformation
1234
1235   Double_t cartMisAlig[3] = {0,0,0};
1236   Double_t angMisAlig[3] = {0,0,0};
1237 //   const Double_t *trans = transform.GetTranslation();
1238 //   TGeoRotation *rot;
1239 //   // check if the rotation we obtain is not NULL
1240 //   if (transform.GetRotation()) {
1241 //     rot = transform.GetRotation();
1242 //   }
1243 //   else {
1244 //     rot = new TGeoRotation("rot");
1245 //   }                  // default constructor.
1246
1247   cartMisAlig[0] = -TMath::Sign(1.0,transform.GetRotationMatrix()[0])*lMisAlignment[0];
1248   cartMisAlig[1] = -TMath::Sign(1.0,transform.GetRotationMatrix()[4])*lMisAlignment[1];
1249   cartMisAlig[2] = -TMath::Sign(1.0,transform.GetRotationMatrix()[8])*lMisAlignment[3];
1250   angMisAlig[2] = -TMath::Sign(1.0,transform.GetRotationMatrix()[0]*transform.GetRotationMatrix()[4])*lMisAlignment[2]*180./TMath::Pi();
1251
1252   TGeoTranslation deltaTrans(cartMisAlig[0], cartMisAlig[1], cartMisAlig[2]);
1253   TGeoRotation deltaRot;
1254   deltaRot.RotateX(angMisAlig[0]);
1255   deltaRot.RotateY(angMisAlig[1]);
1256   deltaRot.RotateZ(angMisAlig[2]);
1257
1258   TGeoCombiTrans deltaTransf(deltaTrans,deltaRot);
1259   TGeoHMatrix newTransfMat = transform * deltaTransf;
1260
1261   return TGeoCombiTrans(newTransfMat);
1262 }
1263
1264 //______________________________________________________________________
1265 AliMUONGeometryTransformer *
1266 AliMUONAlignment::ReAlign(const AliMUONGeometryTransformer * transformer,
1267           const double *misAlignments, Bool_t verbose)
1268
1269 {
1270   /// Returns a new AliMUONGeometryTransformer with the found misalignments
1271   /// applied.
1272
1273   // Takes the internal geometry module transformers, copies them
1274   // and gets the Detection Elements from them.
1275   // Takes misalignment parameters and applies these
1276   // to the local transform of the Detection Element
1277   // Obtains the global transform by multiplying the module transformer
1278   // transformation with the local transformation
1279   // Applies the global transform to a new detection element
1280   // Adds the new detection element to a new module transformer
1281   // Adds the new module transformer to a new geometry transformer
1282   // Returns the new geometry transformer
1283
1284   Double_t lModuleMisAlignment[4] = {0.,0.,0.,0.};
1285   Double_t lDetElemMisAlignment[4] = {0.,0.,0.,0.};
1286   Int_t iDetElemId = 0;
1287   Int_t iDetElemNumber = 0;
1288
1289   AliMUONGeometryTransformer *newGeometryTransformer =
1290     new AliMUONGeometryTransformer();
1291   for (Int_t iMt = 0; iMt < transformer->GetNofModuleTransformers(); iMt++) {
1292     // module transformers
1293     const AliMUONGeometryModuleTransformer *kModuleTransformer =
1294       transformer->GetModuleTransformer(iMt, true);
1295
1296     AliMUONGeometryModuleTransformer *newModuleTransformer =
1297       new AliMUONGeometryModuleTransformer(iMt);
1298     newGeometryTransformer->AddModuleTransformer(newModuleTransformer);
1299
1300     TGeoCombiTrans moduleTransform =
1301       TGeoCombiTrans(*kModuleTransformer->GetTransformation());
1302     // New module transformation
1303     TGeoCombiTrans newModuleTransform = ReAlign(moduleTransform,lModuleMisAlignment);
1304     newModuleTransformer->SetTransformation(newModuleTransform);
1305
1306     // Get delta transformation:
1307     // Tdelta = Tnew * Told.inverse
1308     TGeoHMatrix deltaModuleTransform =
1309       AliMUONGeometryBuilder::Multiply(newModuleTransform,
1310                kModuleTransformer->GetTransformation()->Inverse());
1311     // Create module mis alignment matrix
1312     newGeometryTransformer
1313       ->AddMisAlignModule(kModuleTransformer->GetModuleId(), deltaModuleTransform);
1314
1315     AliMpExMap *detElements = kModuleTransformer->GetDetElementStore();
1316
1317     if (verbose)
1318       AliInfo(Form("%i DEs in old GeometryStore  %i",detElements->GetSize(), iMt));
1319
1320     TIter next(detElements->CreateIterator());
1321     AliMUONGeometryDetElement* detElement;
1322     Int_t iDe(-1);
1323     while ( ( detElement = static_cast<AliMUONGeometryDetElement*>(next()) ) )
1324     {
1325       ++iDe;
1326       // make a new detection element
1327       AliMUONGeometryDetElement *newDetElement =
1328   new AliMUONGeometryDetElement(detElement->GetId(),
1329               detElement->GetVolumePath());
1330       TString lDetElemName(detElement->GetDEName());
1331       lDetElemName.ReplaceAll("DE","");
1332       iDetElemId = lDetElemName.Atoi();
1333       iDetElemNumber = iDetElemId%100;
1334       for (int iCh=0; iCh<iDetElemId/100-1; iCh++){
1335   iDetElemNumber += fgNDetElemCh[iCh];
1336       }
1337       for (int i=0; i<fgNParCh; i++) {
1338   lDetElemMisAlignment[i] = 0.0;
1339   if (iMt<fgNTrkMod) {
1340     AliInfo(Form("iMt %i, iCh %i, iDe %i, iDeId %i, iDeNb %i, iPar %i",iMt, iDetElemId/100, iDe, iDetElemId, iDetElemNumber, iDetElemNumber*fgNParCh+i));
1341     lDetElemMisAlignment[i] =  misAlignments[iDetElemNumber*fgNParCh+i];
1342   }
1343       }
1344       // local transformation of this detection element.
1345       TGeoCombiTrans localTransform
1346   = TGeoCombiTrans(*detElement->GetLocalTransformation());
1347       TGeoCombiTrans newLocalTransform = ReAlign(localTransform,lDetElemMisAlignment);
1348       newDetElement->SetLocalTransformation(newLocalTransform);
1349
1350       // global transformation
1351       TGeoHMatrix newGlobalTransform =
1352   AliMUONGeometryBuilder::Multiply(newModuleTransform,
1353            newLocalTransform);
1354       newDetElement->SetGlobalTransformation(newGlobalTransform);
1355
1356       // add this det element to module
1357       newModuleTransformer->GetDetElementStore()->Add(newDetElement->GetId(),
1358                   newDetElement);
1359
1360       // In the Alice Alignment Framework misalignment objects store
1361       // global delta transformation
1362       // Get detection "intermediate" global transformation
1363       TGeoHMatrix newOldGlobalTransform = newModuleTransform * localTransform;
1364       // Get detection element global delta transformation:
1365       // Tdelta = Tnew * Told.inverse
1366       TGeoHMatrix  deltaGlobalTransform
1367   = AliMUONGeometryBuilder::Multiply(newGlobalTransform,
1368              newOldGlobalTransform.Inverse());
1369
1370       // Create mis alignment matrix
1371       newGeometryTransformer
1372   ->AddMisAlignDetElement(detElement->GetId(), deltaGlobalTransform);
1373     }
1374
1375     if (verbose)
1376       AliInfo(Form("Added module transformer %i to the transformer", iMt));
1377     newGeometryTransformer->AddModuleTransformer(newModuleTransformer);
1378   }
1379   return newGeometryTransformer;
1380 }
1381
1382 //______________________________________________________________________
1383 void AliMUONAlignment::SetAlignmentResolution(const TClonesArray* misAlignArray, Int_t rChId, Double_t rChResX, Double_t rChResY, Double_t rDeResX, Double_t rDeResY)
1384 {
1385
1386   /// Set alignment resolution to misalign objects to be stored in CDB
1387   Int_t chIdMin = (rChId<0)? 0 : rChId;
1388   Int_t chIdMax = (rChId<0)? 9 : rChId;
1389   Double_t chResX = rChResX;
1390   Double_t chResY = rChResY;
1391   Double_t deResX = rDeResX;
1392   Double_t deResY = rDeResY;
1393
1394   TMatrixDSym mChCorrMatrix(6);
1395   mChCorrMatrix[0][0]=chResX*chResX;
1396   mChCorrMatrix[1][1]=chResY*chResY;
1397   //  mChCorrMatrix.Print();
1398
1399   TMatrixDSym mDECorrMatrix(6);
1400   mDECorrMatrix[0][0]=deResX*deResX;
1401   mDECorrMatrix[1][1]=deResY*deResY;
1402   //  mDECorrMatrix.Print();
1403
1404   AliAlignObjMatrix *alignMat = 0x0;
1405
1406   for(Int_t chId=chIdMin; chId<=chIdMax; chId++) {
1407     TString chName1;
1408     TString chName2;
1409     if (chId<4){
1410       chName1 = Form("GM%d",chId);
1411       chName2 = Form("GM%d",chId);
1412     } else {
1413       chName1 = Form("GM%d",4+(chId-4)*2);
1414       chName2 = Form("GM%d",4+(chId-4)*2+1);
1415     }
1416
1417     for (int i=0; i<misAlignArray->GetEntries(); i++) {
1418       alignMat = (AliAlignObjMatrix*)misAlignArray->At(i);
1419       TString volName(alignMat->GetSymName());
1420       if((volName.Contains(chName1)&&
1421     ((volName.Last('/')==volName.Index(chName1)+chName1.Length())||
1422      (volName.Length()==volName.Index(chName1)+chName1.Length())))||
1423    (volName.Contains(chName2)&&
1424     ((volName.Last('/')==volName.Index(chName2)+chName2.Length())||
1425      (volName.Length()==volName.Index(chName2)+chName2.Length())))){
1426   volName.Remove(0,volName.Last('/')+1);
1427   if (volName.Contains("GM")) {
1428     //  alignMat->Print("NULL");
1429     alignMat->SetCorrMatrix(mChCorrMatrix);
1430   } else if (volName.Contains("DE")) {
1431     //  alignMat->Print("NULL");
1432     alignMat->SetCorrMatrix(mDECorrMatrix);
1433   }
1434       }
1435     }
1436   }
1437 }