MUON/AliMUONEventReconstructor.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 ////////////////////////////////////
  19 //
  20 // MUON event reconstructor in ALICE
  21 //
  22 // This class contains as data:
  23 // * the parameters for the event reconstruction
  24 // * a pointer to the array of hits to be reconstructed (the event)
  25 // * a pointer to the array of segments made with these hits inside each station
  26 // * a pointer to the array of reconstructed tracks
  27 //
  28 // It contains as methods, among others:
  29 // * MakeEventToBeReconstructed to build the array of hits to be reconstructed
  30 // * MakeSegments to build the segments
  31 // * MakeTracks to build the tracks
  32 //
  33 ////////////////////////////////////
  34
  35 #include <Riostream.h> // for cout
  36 #include <stdlib.h> // for exit()
  37
  38 #include <TTree.h>
  39
  40 #include "AliMUON.h"
  41 //#include "AliMUONChamber.h"
  42 #include "AliMUONEventReconstructor.h"
  43 #include "AliMUONHitForRec.h"
  44 #include "AliMUONTriggerTrack.h"
  45 //#include "AliMUONTriggerConstants.h"
  46 #include "AliMUONTriggerCircuit.h"
  47 #include "AliMUONRawCluster.h"
  48 #include "AliMUONLocalTrigger.h"
  49 #include "AliMUONGlobalTrigger.h"
  50 #include "AliMUONRecoEvent.h"
  51 #include "AliMUONSegment.h"
  52 #include "AliMUONTrack.h"
  53 #include "AliMUONTrackHit.h"
  54 #include "AliMagF.h"
  55 #include "AliRun.h" // for gAlice
  56 #include "AliConfig.h"
  57 #include "AliRunLoader.h"
  58 #include "AliLoader.h"
  59 #include "AliMUONTrackK.h" //AZ
  60 #include <TMatrixD.h> //AZ
  61 #include "AliMC.h"
  62
  63 //************* Defaults parameters for reconstruction
  64 static const Double_t kDefaultMinBendingMomentum = 3.0;
  65 static const Double_t kDefaultMaxBendingMomentum = 500.0;
  66 static const Double_t kDefaultMaxChi2 = 100.0;
  67 static const Double_t kDefaultMaxSigma2Distance = 16.0;
  68 static const Double_t kDefaultBendingResolution = 0.01;
  69 static const Double_t kDefaultNonBendingResolution = 0.144;
  70 static const Double_t kDefaultChamberThicknessInX0 = 0.03;
  71 // Simple magnetic field:
  72 // Value taken from macro MUONtracking.C: 0.7 T, hence 7 kG
  73 // Length and Position from reco_muon.F, with opposite sign:
  74 // Length = ZMAGEND-ZCOIL
  75 // Position = (ZMAGEND+ZCOIL)/2
  76 // to be ajusted differently from real magnetic field ????
  77 static const Double_t kDefaultSimpleBValue = 7.0;
  78 static const Double_t kDefaultSimpleBLength = 428.0;
  79 static const Double_t kDefaultSimpleBPosition = 1019.0;
  80 static const Int_t kDefaultRecGeantHits = 0;
  81 static const Double_t kDefaultEfficiency = 0.95;
  82
  83 static const Int_t kDefaultPrintLevel = -1;
  84
  85 ClassImp(AliMUONEventReconstructor) // Class implementation in ROOT context
  86
  87   //__________________________________________________________________________
  88 AliMUONEventReconstructor::AliMUONEventReconstructor(AliLoader* loader)
  89 {
  90   // Constructor for class AliMUONEventReconstructor
  91   SetReconstructionParametersToDefaults();
  92   fTrackMethod = 1; //AZ - tracking method (1-default, 2-Kalman)
  93   // Memory allocation for the TClonesArray of hits for reconstruction
  94   // Is 10000 the right size ????
  95   fHitsForRecPtr = new TClonesArray("AliMUONHitForRec", 10000);
  96   fNHitsForRec = 0; // really needed or GetEntriesFast sufficient ????
  97   // Memory allocation for the TClonesArray's of segments in stations
  98   // Is 2000 the right size ????
  99   for (Int_t st = 0; st < kMaxMuonTrackingStations; st++) {
 100     fSegmentsPtr[st] = new TClonesArray("AliMUONSegment", 2000);
 101     fNSegments[st] = 0; // really needed or GetEntriesFast sufficient ????
 102   }
 103   // Memory allocation for the TClonesArray of reconstructed tracks
 104   // Is 10 the right size ????
 105   fRecTracksPtr = new TClonesArray("AliMUONTrack", 10);
 106   fNRecTracks = 0; // really needed or GetEntriesFast sufficient ????
 107 // trigger tracks
 108   fRecTriggerTracksPtr = new TClonesArray("AliMUONTriggerTrack", 10);
 109   fNRecTriggerTracks = 0; // really needed or GetEntriesFast sufficient ????
 110   // Memory allocation for the TClonesArray of hits on reconstructed tracks
 111   // Is 100 the right size ????
 112   fRecTrackHitsPtr = new TClonesArray("AliMUONTrack", 100);
 113   fNRecTrackHits = 0; // really needed or GetEntriesFast sufficient ????
 114
 115   // Sign of fSimpleBValue according to sign of Bx value at (50,50,-950).
 116   Float_t b[3], x[3];
 117   x[0] = 50.; x[1] = 50.; x[2] = -950.;
 118   gAlice->Field()->Field(x, b);
 119   fSimpleBValue = TMath::Sign(fSimpleBValue,(Double_t) b[0]);
 120   fSimpleBPosition = TMath::Sign(fSimpleBPosition,(Double_t) x[2]);
 121   // See how to get fSimple(BValue, BLength, BPosition)
 122   // automatically calculated from the actual magnetic field ????
 123
 124   if (fPrintLevel >= 0) {
 125     cout << "AliMUONEventReconstructor constructed with defaults" << endl; Dump();
 126     cout << endl << "Magnetic field from root file:" << endl;
 127     gAlice->Field()->Dump();
 128     cout << endl;
 129   }
 130
 131   // Initializions for GEANT background events
 132   fBkgGeantFile = 0;
 133   fBkgGeantTK = 0;
 134   fBkgGeantParticles = 0;
 135   fBkgGeantTH = 0;
 136   fBkgGeantHits = 0;
 137   fBkgGeantEventNumber = -1;
 138
 139   // Initialize to 0 pointers to RecoEvent, tree and tree file
 140   fRecoEvent = 0;
 141   fEventTree = 0;
 142   fTreeFile  = 0;
 143
 144   // initialize loader's
 145   fLoader = loader;
 146
 147   // initialize container
 148   fMUONData  = new AliMUONData(fLoader,"MUON","MUON");
 149
 150    // Loading AliRun master
 151   AliRunLoader* runloader = fLoader->GetRunLoader();
 152   if (runloader->GetAliRun() == 0x0) runloader->LoadgAlice();
 153   gAlice = runloader->GetAliRun();
 154
 155   return;
 156 }
 157   //__________________________________________________________________________
 158 AliMUONEventReconstructor::AliMUONEventReconstructor (const AliMUONEventReconstructor& Reconstructor):TObject(Reconstructor)
 159 {
 160   // Dummy copy constructor
 161 }
 162
 163 AliMUONEventReconstructor & AliMUONEventReconstructor::operator=(const AliMUONEventReconstructor& /*Reconstructor*/)
 164 {
 165   // Dummy assignment operator
 166     return *this;
 167 }
 168
 169   //__________________________________________________________________________
 170 AliMUONEventReconstructor::~AliMUONEventReconstructor(void)
 171 {
 172   // Destructor for class AliMUONEventReconstructor
 173   if (fTreeFile) {
 174      fTreeFile->Close();
 175      delete fTreeFile;
 176   }
 177 //  if (fEventTree) delete fEventTree;
 178   if (fRecoEvent) delete fRecoEvent;
 179   delete fHitsForRecPtr; // Correct destruction of everything ???? or delete [] ????
 180   for (Int_t st = 0; st < kMaxMuonTrackingStations; st++)
 181     delete fSegmentsPtr[st]; // Correct destruction of everything ????
 182   return;
 183 }
 184
 185   //__________________________________________________________________________
 186 void AliMUONEventReconstructor::SetReconstructionParametersToDefaults(void)
 187 {
 188   // Set reconstruction parameters to default values
 189   // Would be much more convenient with a structure (or class) ????
 190   fMinBendingMomentum = kDefaultMinBendingMomentum;
 191   fMaxBendingMomentum = kDefaultMaxBendingMomentum;
 192   fMaxChi2 = kDefaultMaxChi2;
 193   fMaxSigma2Distance = kDefaultMaxSigma2Distance;
 194
 195   AliMUON *pMUON = (AliMUON*) gAlice->GetModule("MUON");
 196   // ******** Parameters for making HitsForRec
 197   // minimum radius,
 198   // like in TRACKF_STAT:
 199   // 2 degrees for stations 1 and 2, or ch(0...) from 0 to 3;
 200   // 30 cm for stations 3 to 5, or ch(0...) from 4 to 9
 201   for (Int_t ch = 0; ch < kMaxMuonTrackingChambers; ch++) {
 202     if (ch < 4) fRMin[ch] = TMath::Abs((&(pMUON->Chamber(ch)))->Z()) *
 203                   2.0 * TMath::Pi() / 180.0;
 204     else fRMin[ch] = 30.0;
 205     // maximum radius at 10 degrees and Z of chamber
 206     fRMax[ch] = TMath::Abs((&(pMUON->Chamber(ch)))->Z()) *
 207                   10.0 * TMath::Pi() / 180.0;
 208   }
 209
 210   // ******** Parameters for making segments
 211   // should be parametrized ????
 212   // according to interval between chambers in a station ????
 213   // Maximum distance in non bending plane
 214   // 5 * 0.22 just to remember the way it was made in TRACKF_STAT
 215   // SIGCUT*DYMAX(IZ)
 216   for (Int_t st = 0; st < kMaxMuonTrackingStations; st++)
 217     fSegmentMaxDistNonBending[st] = 5. * 0.22;
 218   // Maximum distance in bending plane:
 219   // values from TRACKF_STAT, corresponding to (J psi 20cm),
 220   // scaled to the real distance between chambers in a station
 221   fSegmentMaxDistBending[0] = TMath::Abs( 1.5 *
 222     ((&(pMUON->Chamber(1)))->Z() - (&(pMUON->Chamber(0)))->Z()) / 20.0);
 223   fSegmentMaxDistBending[1] =  TMath::Abs( 1.5 *
 224     ((&(pMUON->Chamber(3)))->Z() - (&(pMUON->Chamber(2)))->Z()) / 20.0);
 225   fSegmentMaxDistBending[2] =  TMath::Abs( 3.0 *
 226     ((&(pMUON->Chamber(5)))->Z() - (&(pMUON->Chamber(4)))->Z()) / 20.0);
 227   fSegmentMaxDistBending[3] =  TMath::Abs( 6.0 *
 228     ((&(pMUON->Chamber(7)))->Z() - (&(pMUON->Chamber(6)))->Z()) / 20.0);
 229   fSegmentMaxDistBending[4] =  TMath::Abs( 6.0 *
 230     ((&(pMUON->Chamber(9)))->Z() - (&(pMUON->Chamber(8)))->Z()) / 20.0);
 231
 232   fBendingResolution = kDefaultBendingResolution;
 233   fNonBendingResolution = kDefaultNonBendingResolution;
 234   fChamberThicknessInX0 = kDefaultChamberThicknessInX0;
 235   fSimpleBValue = kDefaultSimpleBValue;
 236   fSimpleBLength = kDefaultSimpleBLength;
 237   fSimpleBPosition = kDefaultSimpleBPosition;
 238   fRecGeantHits = kDefaultRecGeantHits;
 239   fEfficiency = kDefaultEfficiency;
 240   fPrintLevel = kDefaultPrintLevel;
 241   return;
 242 }
 243
 244 //__________________________________________________________________________
 245 Double_t AliMUONEventReconstructor::GetImpactParamFromBendingMomentum(Double_t BendingMomentum) const
 246 {
 247   // Returns impact parameter at vertex in bending plane (cm),
 248   // from the signed bending momentum "BendingMomentum" in bending plane (GeV/c),
 249   // using simple values for dipole magnetic field.
 250   // The sign of "BendingMomentum" is the sign of the charge.
 251   return (-0.0003 * fSimpleBValue * fSimpleBLength * fSimpleBPosition /
 252           BendingMomentum);
 253 }
 254
 255 //__________________________________________________________________________
 256 Double_t AliMUONEventReconstructor::GetBendingMomentumFromImpactParam(Double_t ImpactParam) const
 257 {
 258   // Returns signed bending momentum in bending plane (GeV/c),
 259   // the sign being the sign of the charge for particles moving forward in Z,
 260   // from the impact parameter "ImpactParam" at vertex in bending plane (cm),
 261   // using simple values for dipole magnetic field.
 262   return (-0.0003 * fSimpleBValue * fSimpleBLength * fSimpleBPosition /
 263           ImpactParam);
 264 }
 265
 266 //__________________________________________________________________________
 267 void AliMUONEventReconstructor::SetBkgGeantFile(Text_t *BkgGeantFileName)
 268 {
 269   // Set background file ... for GEANT hits
 270   // Must be called after having loaded the firts signal event
 271   if (fPrintLevel >= 0) {
 272     cout << "Enter SetBkgGeantFile with BkgGeantFileName ``"
 273          << BkgGeantFileName << "''" << endl;}
 274   if (strlen(BkgGeantFileName)) {
 275     // BkgGeantFileName not empty: try to open the file
 276     if (fPrintLevel >= 2) {cout << "Before File(Bkg)" << endl; gDirectory->Dump();}
 277     fBkgGeantFile = new TFile(BkgGeantFileName);
 278     if (fPrintLevel >= 2) {cout << "After File(Bkg)" << endl; gDirectory->Dump();}
 279     if (fBkgGeantFile-> IsOpen()) {
 280       if (fPrintLevel >= 0) {
 281         cout << "Background for GEANT hits in file: ``" << BkgGeantFileName
 282              << "'' successfully opened" << endl;}
 283     }
 284     else {
 285       cout << "Background for GEANT hits in file: " << BkgGeantFileName << endl;
 286       cout << "NOT FOUND: EXIT" << endl;
 287       exit(0); // right instruction for exit ????
 288     }
 289     // Arrays for "particles" and "hits"
 290     fBkgGeantParticles = new TClonesArray("TParticle", 200);
 291     fBkgGeantHits = new TClonesArray("AliMUONHit", 2000);
 292     // Event number to -1 for initialization
 293     fBkgGeantEventNumber = -1;
 294     // Back to the signal file:
 295     // first signal event must have been loaded previously,
 296     // otherwise, Segmentation violation at the next instruction
 297     // How is it possible to do smething better ????
 298     ((gAlice->TreeK())->GetCurrentFile())->cd();
 299     if (fPrintLevel >= 2) {cout << "After cd(gAlice)" << endl; gDirectory->Dump();}
 300   }
 301   return;
 302 }
 303
 304 //__________________________________________________________________________
 305 void AliMUONEventReconstructor::NextBkgGeantEvent(void)
 306 {
 307   // Get next event in background file for GEANT hits
 308   // Goes back to event number 0 when end of file is reached
 309   char treeName[20];
 310   TBranch *branch;
 311   if (fPrintLevel >= 0) {
 312     cout << "Enter NextBkgGeantEvent" << endl;}
 313   // Clean previous event
 314   if(fBkgGeantTK) delete fBkgGeantTK;
 315   fBkgGeantTK = NULL;
 316   if(fBkgGeantParticles) fBkgGeantParticles->Clear();
 317   if(fBkgGeantTH) delete fBkgGeantTH;
 318   fBkgGeantTH = NULL;
 319   if(fBkgGeantHits) fBkgGeantHits->Clear();
 320   // Increment event number
 321   fBkgGeantEventNumber++;
 322   // Get access to Particles and Hits for event from background file
 323   if (fPrintLevel >= 2) {cout << "Before cd(Bkg)" << endl; gDirectory->Dump();}
 324   fBkgGeantFile->cd();
 325   if (fPrintLevel >= 2) {cout << "After cd(Bkg)" << endl; gDirectory->Dump();}
 326   // Particles: TreeK for event and branch "Particles"
 327   sprintf(treeName, "TreeK%d", fBkgGeantEventNumber);
 328   fBkgGeantTK = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 329   if (!fBkgGeantTK) {
 330     if (fPrintLevel >= 0) {
 331       cout << "Cannot find Kine Tree for background event: " <<
 332         fBkgGeantEventNumber << endl;
 333       cout << "Goes back to event 0" << endl;
 334     }
 335     fBkgGeantEventNumber = 0;
 336     sprintf(treeName, "TreeK%d", fBkgGeantEventNumber);
 337     fBkgGeantTK = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 338     if (!fBkgGeantTK) {
 339       cout << "ERROR: cannot find Kine Tree for background event: " <<
 340         fBkgGeantEventNumber << endl;
 341       exit(0);
 342     }
 343   }
 344   if (fBkgGeantTK)
 345     fBkgGeantTK->SetBranchAddress("Particles", &fBkgGeantParticles);
 346   fBkgGeantTK->GetEvent(0); // why event 0 ???? necessary ????
 347   // Hits: TreeH for event and branch "MUON"
 348   sprintf(treeName, "TreeH%d", fBkgGeantEventNumber);
 349   fBkgGeantTH = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 350   if (!fBkgGeantTH) {
 351     cout << "ERROR: cannot find Hits Tree for background event: " <<
 352       fBkgGeantEventNumber << endl;
 353       exit(0);
 354   }
 355   if (fBkgGeantTH && fBkgGeantHits) {
 356     branch = fBkgGeantTH->GetBranch("MUON");
 357     if (branch) branch->SetAddress(&fBkgGeantHits);
 358   }
 359   fBkgGeantTH->GetEntries(); // necessary ????
 360   // Back to the signal file
 361   ((gAlice->TreeK())->GetCurrentFile())->cd();
 362   if (fPrintLevel >= 2) {cout << "After cd(gAlice)" << endl; gDirectory->Dump();}
 363   return;
 364 }
 365
 366 //__________________________________________________________________________
 367 void AliMUONEventReconstructor::EventReconstruct(void)
 368 {
 369   // To reconstruct one event
 370   if (fPrintLevel >= 1) cout << "enter EventReconstruct" << endl;
 371   MakeEventToBeReconstructed();
 372   MakeSegments();
 373   MakeTracks();
 374   if (fMUONData->IsTriggerTrackBranchesInTree())
 375     ValidateTracksWithTrigger();
 376
 377   // Add tracks to MUON data container
 378   for(Int_t i=0; i<GetNRecTracks(); i++) {
 379     AliMUONTrack * track = (AliMUONTrack*) GetRecTracksPtr()->At(i);
 380     fMUONData->AddRecTrack(*track);
 381   }
 382
 383   return;
 384 }
 385
 386 //__________________________________________________________________________
 387 void AliMUONEventReconstructor::EventReconstructTrigger(void)
 388 {
 389   // To reconstruct one event
 390   if (fPrintLevel >= 1) cout << "enter EventReconstructTrigger" << endl;
 391   MakeTriggerTracks();
 392   return;
 393 }
 394
 395   //__________________________________________________________________________
 396 void AliMUONEventReconstructor::ResetHitsForRec(void)
 397 {
 398   // To reset the array and the number of HitsForRec,
 399   // and also the number of HitsForRec
 400   // and the index of the first HitForRec per chamber
 401   if (fHitsForRecPtr) fHitsForRecPtr->Clear();
 402   fNHitsForRec = 0;
 403   for (Int_t ch = 0; ch < kMaxMuonTrackingChambers; ch++)
 404     fNHitsForRecPerChamber[ch] = fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch] = 0;
 405   return;
 406 }
 407
 408   //__________________________________________________________________________
 409 void AliMUONEventReconstructor::ResetSegments(void)
 410 {
 411   // To reset the TClonesArray of segments and the number of Segments
 412   // for all stations
 413   for (Int_t st = 0; st < kMaxMuonTrackingStations; st++) {
 414     if (fSegmentsPtr[st]) fSegmentsPtr[st]->Clear();
 415     fNSegments[st] = 0;
 416   }
 417   return;
 418 }
 419
 420   //__________________________________________________________________________
 421 void AliMUONEventReconstructor::ResetTracks(void)
 422 {
 423   // To reset the TClonesArray of reconstructed tracks
 424   if (fRecTracksPtr) fRecTracksPtr->Delete();
 425   // Delete in order that the Track destructors are called,
 426   // hence the space for the TClonesArray of pointers to TrackHit's is freed
 427   fNRecTracks = 0;
 428   return;
 429 }
 430
 431   //__________________________________________________________________________
 432 void AliMUONEventReconstructor::ResetTriggerTracks(void)
 433 {
 434   // To reset the TClonesArray of reconstructed trigger tracks
 435     if (fRecTriggerTracksPtr) fRecTriggerTracksPtr->Delete();
 436   // Delete in order that the Track destructors are called,
 437   // hence the space for the TClonesArray of pointers to TrackHit's is freed
 438     fNRecTriggerTracks = 0;
 439   return;
 440 }
 441
 442   //__________________________________________________________________________
 443 void AliMUONEventReconstructor::ResetTrackHits(void)
 444 {
 445   // To reset the TClonesArray of hits on reconstructed tracks
 446   if (fRecTrackHitsPtr) fRecTrackHitsPtr->Clear();
 447   fNRecTrackHits = 0;
 448   return;
 449 }
 450
 451   //__________________________________________________________________________
 452 void AliMUONEventReconstructor::MakeEventToBeReconstructed(void)
 453 {
 454   // To make the list of hits to be reconstructed,
 455   // either from the GEANT hits or from the raw clusters
 456   // according to the parameter set for the reconstructor
 457 //   TString evfoldname = AliConfig::fgkDefaultEventFolderName;//to be interfaced properly
 458
 459 //   AliRunLoader* rl = AliRunLoader::GetRunLoader(evfoldname);
 460 //   if (rl == 0x0)
 461 //    {
 462 //      Error("MakeEventToBeReconstructed",
 463 //            "Can not find Run Loader in Event Folder named %s.",
 464 //            evfoldname.Data());
 465 //      return;
 466 //    }
 467 //   AliLoader* gime = rl->GetLoader("MUONLoader");
 468 //   if (gime == 0x0)
 469 //    {
 470 //      Error("MakeEventToBeReconstructed","Can not get MUON Loader from Run Loader.");
 471 //      return;
 472 //    }
 473
 474   if (fPrintLevel >= 1) cout << "enter MakeEventToBeReconstructed" << endl;
 475   ResetHitsForRec();
 476   if (fRecGeantHits == 1) {
 477     // Reconstruction from GEANT hits
 478     // Back to the signal file
 479       TTree* treeH = fLoader->TreeH();
 480       if (treeH == 0x0)
 481        {
 482          Int_t retval = fLoader->LoadHits();
 483          if ( retval)
 484           {
 485             Error("MakeEventToBeReconstructed","Error occured while loading hits.");
 486             return;
 487           }
 488          treeH = fLoader->TreeH();
 489          if (treeH == 0x0)
 490           {
 491            Error("MakeEventToBeReconstructed","Can not get TreeH");
 492            return;
 493           }
 494        }
 495       fMUONData->SetTreeAddress("H");
 496       AddHitsForRecFromGEANT(treeH);
 497
 498     // Background hits
 499     AddHitsForRecFromBkgGEANT(fBkgGeantTH, fBkgGeantHits);
 500     // Sort HitsForRec in increasing order with respect to chamber number
 501     SortHitsForRecWithIncreasingChamber();
 502   }
 503   else {
 504     // Reconstruction from raw clusters
 505     // AliMUON *MUON  = (AliMUON*) gAlice->GetModule("MUON"); // necessary ????
 506     // Security on MUON ????
 507     // TreeR assumed to be be "prepared" in calling function
 508     // by "MUON->GetTreeR(nev)" ????
 509     TTree *treeR = fLoader->TreeR();
 510     fMUONData->SetTreeAddress("RC");
 511     AddHitsForRecFromRawClusters(treeR);
 512     // No sorting: it is done automatically in the previous function
 513   }
 514   if (fPrintLevel >= 10) {
 515     cout << "end of MakeEventToBeReconstructed" << endl;
 516     cout << "NHitsForRec: " << fNHitsForRec << endl;
 517     for (Int_t ch = 0; ch < kMaxMuonTrackingChambers; ch++) {
 518       cout << "chamber(0...): " << ch
 519            << "  NHitsForRec: " << fNHitsForRecPerChamber[ch]
 520            << "  index(first HitForRec): " << fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch]
 521            << endl;
 522       for (Int_t hit = fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch];
 523            hit < fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch] + fNHitsForRecPerChamber[ch];
 524            hit++) {
 525         cout << "HitForRec index(0...): " << hit << endl;
 526         ((*fHitsForRecPtr)[hit])->Dump();
 527       }
 528     }
 529   }
 530   return;
 531 }
 532
 533   //__________________________________________________________________________
 534 void AliMUONEventReconstructor::AddHitsForRecFromGEANT(TTree *TH)
 535 {
 536   // To add to the list of hits for reconstruction
 537   // the GEANT signal hits from a hit tree TH.
 538   Int_t hitBits, chamBits; //AZ
 539   if (fPrintLevel >= 2)
 540     cout << "enter AddHitsForRecFromGEANT with TH: " << TH << endl;
 541   if (TH == NULL) return;
 542   //  AliMUON *pMUON  = (AliMUON*) gAlice->GetModule("MUON"); // necessary ????
 543   //AliMUONData * muondata = pMUON->GetMUONData();
 544   // Security on MUON ????
 545   // See whether it could be the same for signal and background ????
 546   // Loop over tracks in tree
 547   Int_t ntracks = (Int_t) TH->GetEntries();
 548   if (fPrintLevel >= 2)
 549     cout << "ntracks: " << ntracks << endl;
 550   fMuons = 0; //AZ
 551   for (Int_t track = 0; track < ntracks; track++) {
 552     fMUONData->ResetHits();
 553     TH->GetEvent(track);
 554     // Loop over hits
 555     Int_t hit = 0;
 556     hitBits = 0; // AZ
 557     chamBits = 0; // AZ
 558     Int_t itrack = track; //AZ
 559
 560     Int_t ihit, nhits=0;
 561       nhits = (Int_t) fMUONData->Hits()->GetEntriesFast();
 562       AliMUONHit* mHit=0x0;
 563
 564       for(ihit=0; ihit<nhits; ihit++) {
 565         mHit = static_cast<AliMUONHit*>(fMUONData->Hits()->At(ihit));
 566         Int_t ipart = TMath::Abs ((Int_t) mHit->Particle()); //AZ
 567         if (NewHitForRecFromGEANT(mHit,track, hit, 1) && ipart == 13
 568             //if (NewHitForRecFromGEANT(mHit,itrack-1, hit, 1) && ipart == 13
 569             && itrack <= 2 && !BIT(mHit->Chamber()-1)  ) chamBits |= BIT(mHit->Chamber()-1); //AZ - set bit
 570       }
 571
 572     if (chamBits&3 && chamBits>>2&3 && chamBits>>4&3 && chamBits>>6&3 &&
 573         chamBits>>8&3 && ((chamBits>>6&3)==3 || (chamBits>>8&3)==3))
 574       fMuons += 1; //AZ
 575     //if (chamBits&3 && chamBits>>2&3 && chamBits>>4&3 && chamBits>>6&3 &&
 576     //      chamBits>>8&3 && ((chamBits>>6&3)==3 || (chamBits>>8&3)==3) &&
 577     //      ((chamBits&3)==3 || (chamBits>>2&3)==3)) fMuons += 1;
 578   } // end of track loop
 579   return;
 580 }
 581
 582   //__________________________________________________________________________
 583 void AliMUONEventReconstructor::AddHitsForRecFromBkgGEANT(TTree *TH, TClonesArray *Hits)
 584 {
 585   // To add to the list of hits for reconstruction
 586   // the GEANT background hits from a hit tree TH and a pointer Hits to a hit list.
 587   // How to have only one function "AddHitsForRecFromGEANT" ????
 588   if (fPrintLevel >= 2)
 589     cout << "enter AddHitsForRecFromBkgGEANT with TH: " << TH << endl;
 590   if (TH == NULL) return;
 591   // Loop over tracks in tree
 592   Int_t ntracks = (Int_t) TH->GetEntries();
 593   if (fPrintLevel >= 2)
 594     cout << "ntracks: " << ntracks << endl;
 595   for (Int_t track = 0; track < ntracks; track++) {
 596     if (Hits) Hits->Clear();
 597     TH->GetEvent(track);
 598     // Loop over hits
 599     for (Int_t hit = 0; hit < Hits->GetEntriesFast(); hit++) {
 600       NewHitForRecFromGEANT((AliMUONHit*) (*Hits)[hit], track, hit, 0);
 601     } // end of hit loop
 602   } // end of track loop
 603   return;
 604 }
 605
 606   //__________________________________________________________________________
 607 AliMUONHitForRec* AliMUONEventReconstructor::NewHitForRecFromGEANT(AliMUONHit* Hit, Int_t TrackNumber, Int_t HitNumber, Int_t Signal)
 608 {
 609   // To make a new hit for reconstruction from a GEANT hit pointed to by "Hit",
 610   // with hit number "HitNumber" in the track numbered "TrackNumber",
 611   // either from signal ("Signal" = 1) or background ("Signal" = 0) event.
 612   // Selects hits in tracking (not trigger) chambers.
 613   // Takes into account the efficiency (fEfficiency)
 614   // and the smearing from resolution (fBendingResolution and fNonBendingResolution).
 615   // Adds a condition on the radius between RMin and RMax
 616   // to better simulate the real chambers.
 617   // Returns the pointer to the new hit for reconstruction,
 618   // or NULL in case of inefficiency or non tracking chamber or bad radius.
 619   // No condition on at most 20 cm from a muon from a resonance
 620   // like in Fortran TRACKF_STAT.
 621   AliMUONHitForRec* hitForRec;
 622   Double_t bendCoor, nonBendCoor, radius;
 623   Int_t chamber = Hit->Chamber() - 1; // chamber(0...)
 624   // only in tracking chambers (fChamber starts at 1)
 625   if (chamber >= kMaxMuonTrackingChambers) return NULL;
 626   // only if hit is efficient (keep track for checking ????)
 627   if (gRandom->Rndm() > fEfficiency) return NULL;
 628   // only if radius between RMin and RMax
 629   bendCoor = Hit->Y();
 630   nonBendCoor = Hit->X();
 631   radius = TMath::Sqrt((bendCoor * bendCoor) + (nonBendCoor * nonBendCoor));
 632   // This cut is not needed with a realistic chamber geometry !!!!
 633 //   if ((radius < fRMin[chamber]) || (radius > fRMax[chamber])) return NULL;
 634   // new AliMUONHitForRec from GEANT hit and increment number of AliMUONHitForRec's
 635   hitForRec = new ((*fHitsForRecPtr)[fNHitsForRec]) AliMUONHitForRec(Hit);
 636   fNHitsForRec++;
 637   // add smearing from resolution
 638   hitForRec->SetBendingCoor(bendCoor + gRandom->Gaus(0., fBendingResolution));
 639   hitForRec->SetNonBendingCoor(nonBendCoor
 640                                + gRandom->Gaus(0., fNonBendingResolution));
 641 //   // !!!! without smearing
 642 //   hitForRec->SetBendingCoor(bendCoor);
 643 //   hitForRec->SetNonBendingCoor(nonBendCoor);
 644   // more information into HitForRec
 645   //  resolution: angular effect to be added here ????
 646   hitForRec->SetBendingReso2(fBendingResolution * fBendingResolution);
 647   hitForRec->SetNonBendingReso2(fNonBendingResolution * fNonBendingResolution);
 648   //  GEANT track info
 649   hitForRec->SetHitNumber(HitNumber);
 650   hitForRec->SetTHTrack(TrackNumber);
 651   hitForRec->SetGeantSignal(Signal);
 652   if (fPrintLevel >= 10) {
 653     cout << "track: " << TrackNumber << " hit: " << HitNumber << endl;
 654     Hit->Dump();
 655     cout << "AliMUONHitForRec number (1...): " << fNHitsForRec << endl;
 656     hitForRec->Dump();}
 657   return hitForRec;
 658 }
 659
 660   //__________________________________________________________________________
 661 void AliMUONEventReconstructor::SortHitsForRecWithIncreasingChamber()
 662 {
 663   // Sort HitsForRec's in increasing order with respect to chamber number.
 664   // Uses the function "Compare".
 665   // Update the information for HitsForRec per chamber too.
 666   Int_t ch, nhits, prevch;
 667   fHitsForRecPtr->Sort();
 668   for (ch = 0; ch < kMaxMuonTrackingChambers; ch++) {
 669     fNHitsForRecPerChamber[ch] = 0;
 670     fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch] = 0;
 671   }
 672   prevch = 0; // previous chamber
 673   nhits = 0; // number of hits in current chamber
 674   // Loop over HitsForRec
 675   for (Int_t hit = 0; hit < fNHitsForRec; hit++) {
 676     // chamber number (0...)
 677     ch = ((AliMUONHitForRec*)  ((*fHitsForRecPtr)[hit]))->GetChamberNumber();
 678     // increment number of hits in current chamber
 679     (fNHitsForRecPerChamber[ch])++;
 680     // update index of first HitForRec in current chamber
 681     // if chamber number different from previous one
 682     if (ch != prevch) {
 683       fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch] = hit;
 684       prevch = ch;
 685     }
 686   }
 687   return;
 688 }
 689
 690 //   //__________________________________________________________________________
 691 // void AliMUONEventReconstructor::AddHitsForRecFromCathodeCorrelations(TTree* TC)
 692 // {
 693 //   // OLD VERSION WHEN ONE ONE WAS USING SO CALLED CATHODE CORRELATIONS
 694 //   // To add to the list of hits for reconstruction
 695 //   // the (cathode correlated) raw clusters
 696 //   // No condition added, like in Fortran TRACKF_STAT,
 697 //   // on the radius between RMin and RMax.
 698 //   AliMUONHitForRec *hitForRec;
 699 //   if (fPrintLevel >= 1) cout << "enter AddHitsForRecFromCathodeCorrelations" << endl;
 700 //   AliMUON *MUON  = (AliMUON*) gAlice->GetModule("MUON"); // necessary ????
 701 //   // Security on MUON ????
 702 //   // Loop over tracking chambers
 703 //   for (Int_t ch = 0; ch < kMaxMuonTrackingChambers; ch++) {
 704 //     // number of HitsForRec to 0 for the chamber
 705 //     fNHitsForRecPerChamber[ch] = 0;
 706 //     // index of first HitForRec for the chamber
 707 //     if (ch == 0) fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch] = 0;
 708 //     else fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch] = fNHitsForRec;
 709 //     TClonesArray *reconst_hits  = MUON->ReconstHitsAddress(ch);
 710 //     MUON->ResetReconstHits();
 711 //     TC->GetEvent();
 712 //     Int_t ncor = (Int_t)reconst_hits->GetEntries();
 713 //     // Loop over (cathode correlated) raw clusters
 714 //     for (Int_t cor = 0; cor < ncor; cor++) {
 715 //       AliMUONReconstHit * mCor =
 716 //      (AliMUONReconstHit*) reconst_hits->UncheckedAt(cor);
 717 //       // new AliMUONHitForRec from (cathode correlated) raw cluster
 718 //       // and increment number of AliMUONHitForRec's (total and in chamber)
 719 //       hitForRec = new ((*fHitsForRecPtr)[fNHitsForRec]) AliMUONHitForRec(mCor);
 720 //       fNHitsForRec++;
 721 //       (fNHitsForRecPerChamber[ch])++;
 722 //       // more information into HitForRec
 723 //       hitForRec->SetChamberNumber(ch);
 724 //       hitForRec->SetHitNumber(cor);
 725 //       // Z coordinate of the chamber (cm) with sign opposite to GEANT sign
 726 //       // could (should) be more exact from chamber geometry ????
 727 //       hitForRec->SetZ(-(&(MUON->Chamber(ch)))->Z());
 728 //       if (fPrintLevel >= 10) {
 729 //      cout << "chamber (0...): " << ch <<
 730 //        " cathcorrel (0...): " << cor << endl;
 731 //      mCor->Dump();
 732 //      cout << "AliMUONHitForRec number (1...): " << fNHitsForRec << endl;
 733 //      hitForRec->Dump();}
 734 //     } // end of cluster loop
 735 //   } // end of chamber loop
 736 //   return;
 737 // }
 738
 739   //__________________________________________________________________________
 740 void AliMUONEventReconstructor::AddHitsForRecFromRawClusters(TTree* TR)
 741 {
 742   // To add to the list of hits for reconstruction all the raw clusters
 743   // No condition added, like in Fortran TRACKF_STAT,
 744   // on the radius between RMin and RMax.
 745   AliMUONHitForRec *hitForRec;
 746   AliMUONRawCluster *clus;
 747   Int_t iclus, nclus, nTRentries;
 748   TClonesArray *rawclusters;
 749   if (fPrintLevel >= 1) cout << "enter AddHitsForRecFromRawClusters" << endl;
 750
 751 //   TString evfoldname = AliConfig::fgkDefaultEventFolderName;//to be interfaced properly
 752 //   AliRunLoader* rl = AliRunLoader::GetRunLoader(evfoldname);
 753 //   if (rl == 0x0)
 754 //    {
 755 //      Error("MakeEventToBeReconstructed",
 756 //            "Can not find Run Loader in Event Folder named %s.",
 757 //            evfoldname.Data());
 758 //      return;
 759 //    }
 760 //   AliLoader* gime = rl->GetLoader("MUONLoader");
 761 //   if (gime == 0x0)
 762 //    {
 763 //      Error("MakeEventToBeReconstructed","Can not get MUON Loader from Run Loader.");
 764 //      return;
 765 //    }
 766 //    // Loading AliRun master
 767 //   rl->LoadgAlice();
 768 //   gAlice = rl->GetAliRun();
 769
 770   // Loading MUON subsystem
 771   //  AliMUON * pMUON = (AliMUON *) gAlice->GetDetector("MUON");
 772
 773   nTRentries = Int_t(TR->GetEntries());
 774   if (nTRentries != 1) {
 775     cout << "Error in AliMUONEventReconstructor::AddHitsForRecFromRawClusters"
 776          << endl;
 777     cout << "nTRentries = " << nTRentries << " not equal to 1" << endl;
 778     exit(0);
 779   }
 780   fLoader->TreeR()->GetEvent(0); // only one entry
 781
 782   // Loop over tracking chambers
 783   for (Int_t ch = 0; ch < kMaxMuonTrackingChambers; ch++) {
 784     // number of HitsForRec to 0 for the chamber
 785     fNHitsForRecPerChamber[ch] = 0;
 786     // index of first HitForRec for the chamber
 787     if (ch == 0) fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch] = 0;
 788     else fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch] = fNHitsForRec;
 789     rawclusters =fMUONData->RawClusters(ch);
 790 //     pMUON->ResetRawClusters();
 791 //     TR->GetEvent((Int_t) (TR->GetEntries()) - 1); // to be checked ????
 792     nclus = (Int_t) (rawclusters->GetEntries());
 793     // Loop over (cathode correlated) raw clusters
 794     for (iclus = 0; iclus < nclus; iclus++) {
 795       clus = (AliMUONRawCluster*) rawclusters->UncheckedAt(iclus);
 796       // new AliMUONHitForRec from raw cluster
 797       // and increment number of AliMUONHitForRec's (total and in chamber)
 798       hitForRec = new ((*fHitsForRecPtr)[fNHitsForRec]) AliMUONHitForRec(clus);
 799       fNHitsForRec++;
 800       (fNHitsForRecPerChamber[ch])++;
 801       // more information into HitForRec
 802       //  resolution: info should be already in raw cluster and taken from it ????
 803       hitForRec->SetBendingReso2(fBendingResolution * fBendingResolution);
 804       hitForRec->SetNonBendingReso2(fNonBendingResolution * fNonBendingResolution);
 805       //  original raw cluster
 806       hitForRec->SetChamberNumber(ch);
 807       hitForRec->SetHitNumber(iclus);
 808       // Z coordinate of the raw cluster (cm)
 809       hitForRec->SetZ(clus->fZ[0]);
 810       if (fPrintLevel >= 10) {
 811         cout << "chamber (0...): " << ch <<
 812           " raw cluster (0...): " << iclus << endl;
 813         clus->Dump();
 814         cout << "AliMUONHitForRec number (1...): " << fNHitsForRec << endl;
 815         hitForRec->Dump();}
 816     } // end of cluster loop
 817   } // end of chamber loop
 818   SortHitsForRecWithIncreasingChamber(); //AZ
 819   return;
 820 }
 821
 822   //__________________________________________________________________________
 823 void AliMUONEventReconstructor::MakeSegments(void)
 824 {
 825   // To make the list of segments in all stations,
 826   // from the list of hits to be reconstructed
 827   if (fPrintLevel >= 1) cout << "enter MakeSegments" << endl;
 828   ResetSegments();
 829   // Loop over stations
 830   Int_t nb = (fTrackMethod == 2) ? 3 : 0; //AZ
 831   //AZ for (Int_t st = 0; st < kMaxMuonTrackingStations; st++)
 832   for (Int_t st = nb; st < kMaxMuonTrackingStations; st++) //AZ
 833     MakeSegmentsPerStation(st);
 834   if (fPrintLevel >= 10) {
 835     cout << "end of MakeSegments" << endl;
 836     for (Int_t st = 0; st < kMaxMuonTrackingStations; st++) {
 837       cout << "station(0...): " << st
 838            << "  Segments: " << fNSegments[st]
 839            << endl;
 840       for (Int_t seg = 0;
 841            seg < fNSegments[st];
 842            seg++) {
 843         cout << "Segment index(0...): " << seg << endl;
 844         ((*fSegmentsPtr[st])[seg])->Dump();
 845       }
 846     }
 847   }
 848   return;
 849 }
 850
 851   //__________________________________________________________________________
 852 void AliMUONEventReconstructor::MakeSegmentsPerStation(Int_t Station)
 853 {
 854   // To make the list of segments in station number "Station" (0...)
 855   // from the list of hits to be reconstructed.
 856   // Updates "fNSegments"[Station].
 857   // Segments in stations 4 and 5 are sorted
 858   // according to increasing absolute value of "impact parameter"
 859   AliMUONHitForRec *hit1Ptr, *hit2Ptr;
 860   AliMUONSegment *segment;
 861   Bool_t last2st;
 862   Double_t bendingSlope, distBend, distNonBend, extBendCoor, extNonBendCoor,
 863       impactParam = 0., maxImpactParam = 0., minImpactParam = 0.; // =0 to avoid compilation warnings.
 864   AliMUON *pMUON  = (AliMUON*) gAlice->GetModule("MUON"); // necessary ????
 865   if (fPrintLevel >= 1)
 866     cout << "enter MakeSegmentsPerStation (0...) " << Station << endl;
 867   // first and second chambers (0...) in the station
 868   Int_t ch1 = 2 * Station;
 869   Int_t ch2 = ch1 + 1;
 870   // variable true for stations downstream of the dipole:
 871   // Station(0..4) equal to 3 or 4
 872   if ((Station == 3) || (Station == 4)) {
 873     last2st = kTRUE;
 874     // maximum impact parameter (cm) according to fMinBendingMomentum...
 875     maxImpactParam =
 876       TMath::Abs(GetImpactParamFromBendingMomentum(fMinBendingMomentum));
 877     // minimum impact parameter (cm) according to fMaxBendingMomentum...
 878     minImpactParam =
 879       TMath::Abs(GetImpactParamFromBendingMomentum(fMaxBendingMomentum));
 880   }
 881   else last2st = kFALSE;
 882   // extrapolation factor from Z of first chamber to Z of second chamber
 883   // dZ to be changed to take into account fine structure of chambers ????
 884   Double_t extrapFact =
 885     (&(pMUON->Chamber(ch2)))->Z() / (&(pMUON->Chamber(ch1)))->Z();
 886   // index for current segment
 887   Int_t segmentIndex = 0;
 888   // Loop over HitsForRec in the first chamber of the station
 889   for (Int_t hit1 = fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch1];
 890        hit1 < fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch1] + fNHitsForRecPerChamber[ch1];
 891        hit1++) {
 892     // pointer to the HitForRec
 893     hit1Ptr = (AliMUONHitForRec*) ((*fHitsForRecPtr)[hit1]);
 894     // extrapolation,
 895     // on the straight line joining the HitForRec to the vertex (0,0,0),
 896     // to the Z of the second chamber of the station
 897     extBendCoor = extrapFact * hit1Ptr->GetBendingCoor();
 898     extNonBendCoor = extrapFact * hit1Ptr->GetNonBendingCoor();
 899     // Loop over HitsForRec in the second chamber of the station
 900     for (Int_t hit2 = fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch2];
 901          hit2 < fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch2] + fNHitsForRecPerChamber[ch2];
 902          hit2++) {
 903       // pointer to the HitForRec
 904       hit2Ptr = (AliMUONHitForRec*) ((*fHitsForRecPtr)[hit2]);
 905       // absolute values of distances, in bending and non bending planes,
 906       // between the HitForRec in the second chamber
 907       // and the previous extrapolation
 908       distBend = TMath::Abs(hit2Ptr->GetBendingCoor() - extBendCoor);
 909       distNonBend = TMath::Abs(hit2Ptr->GetNonBendingCoor() - extNonBendCoor);
 910       if (last2st) {
 911         // bending slope
 912         bendingSlope = (hit1Ptr->GetBendingCoor() - hit2Ptr->GetBendingCoor()) /
 913           (hit1Ptr->GetZ() - hit2Ptr->GetZ());
 914         // absolute value of impact parameter
 915         impactParam =
 916           TMath::Abs(hit1Ptr->GetBendingCoor() - hit1Ptr->GetZ() * bendingSlope);
 917       }
 918       // check for distances not too large,
 919       // and impact parameter not too big if stations downstream of the dipole.
 920       // Conditions "distBend" and "impactParam" correlated for these stations ????
 921       if ((distBend < fSegmentMaxDistBending[Station]) &&
 922           (distNonBend < fSegmentMaxDistNonBending[Station]) &&
 923           (!last2st || (impactParam < maxImpactParam)) &&
 924           (!last2st || (impactParam > minImpactParam))) {
 925         // make new segment
 926         segment = new ((*fSegmentsPtr[Station])[segmentIndex])
 927           AliMUONSegment(hit1Ptr, hit2Ptr);
 928         // update "link" to this segment from the hit in the first chamber
 929         if (hit1Ptr->GetNSegments() == 0)
 930           hit1Ptr->SetIndexOfFirstSegment(segmentIndex);
 931         hit1Ptr->SetNSegments(hit1Ptr->GetNSegments() + 1);
 932         if (fPrintLevel >= 10) {
 933           cout << "segmentIndex(0...): " << segmentIndex
 934                << "  distBend: " << distBend
 935                << "  distNonBend: " << distNonBend
 936                << endl;
 937           segment->Dump();
 938           cout << "HitForRec in first chamber" << endl;
 939           hit1Ptr->Dump();
 940           cout << "HitForRec in second chamber" << endl;
 941           hit2Ptr->Dump();
 942         };
 943         // increment index for current segment
 944         segmentIndex++;
 945       }
 946     } //for (Int_t hit2
 947   } // for (Int_t hit1...
 948   fNSegments[Station] = segmentIndex;
 949   // Sorting according to "impact parameter" if station(1..5) 4 or 5,
 950   // i.e. Station(0..4) 3 or 4, using the function "Compare".
 951   // After this sorting, it is impossible to use
 952   // the "fNSegments" and "fIndexOfFirstSegment"
 953   // of the HitForRec in the first chamber to explore all segments formed with it.
 954   // Is this sorting really needed ????
 955   if ((Station == 3) || (Station == 4)) (fSegmentsPtr[Station])->Sort();
 956   if (fPrintLevel >= 1) cout << "Station: " << Station << "  NSegments: "
 957                              << fNSegments[Station] << endl;
 958   return;
 959 }
 960
 961   //__________________________________________________________________________
 962 void AliMUONEventReconstructor::MakeTracks(void)
 963 {
 964   // To make the tracks,
 965   // from the list of segments and points in all stations
 966   if (fPrintLevel >= 1) cout << "enter MakeTracks" << endl;
 967   // The order may be important for the following Reset's
 968   ResetTracks();
 969   ResetTrackHits();
 970   if (fTrackMethod == 2) { //AZ - Kalman filter
 971     MakeTrackCandidatesK();
 972     // Follow tracks in stations(1..) 3, 2 and 1
 973     FollowTracksK();
 974     // Remove double tracks
 975     RemoveDoubleTracksK();
 976     // Propagate tracks to the vertex thru absorber
 977     GoToVertex();
 978   } else {
 979     // Look for candidates from at least 3 aligned points in stations(1..) 4 and 5
 980     MakeTrackCandidates();
 981     // Follow tracks in stations(1..) 3, 2 and 1
 982     FollowTracks();
 983     // Remove double tracks
 984     RemoveDoubleTracks();
 985     UpdateTrackParamAtHit();
 986   }
 987   return;
 988 }
 989
 990   //__________________________________________________________________________
 991 void AliMUONEventReconstructor::ValidateTracksWithTrigger(void)
 992 {
 993   AliMUONTrack *track;
 994   TClonesArray *recTriggerTracks = fMUONData->RecTriggerTracks();
 995   if (recTriggerTracks == 0x0) {
 996     fMUONData->SetTreeAddress("RL");
 997     fMUONData->GetRecTriggerTracks();
 998     recTriggerTracks = fMUONData->RecTriggerTracks();
 999   }
1000   track = (AliMUONTrack*) fRecTracksPtr->First();
1001   while (track) {
1002     track->MatchTriggerTrack(recTriggerTracks);
1003     track = (AliMUONTrack*) fRecTracksPtr->After(track);
1004   }
1005 }
1006
1007   //__________________________________________________________________________
1008 Bool_t AliMUONEventReconstructor::MakeTriggerTracks(void)
1009 {
1010     // To make the trigger tracks from Local Trigger
1011     if (fPrintLevel >= 1) cout << "enter MakeTriggerTracks" << endl;
1012     //    ResetTriggerTracks();
1013
1014     Int_t nTRentries;
1015     Long_t gloTrigPat;
1016     TClonesArray *localTrigger;
1017     TClonesArray *globalTrigger;
1018     AliMUONLocalTrigger *locTrg;
1019     AliMUONGlobalTrigger *gloTrg;
1020     AliMUONTriggerCircuit *circuit;
1021     AliMUONTriggerTrack *recTriggerTrack = 0;
1022
1023     TTree* TR = fLoader->TreeR();
1024
1025     // Loading MUON subsystem
1026     AliMUON * pMUON = (AliMUON *) gAlice->GetDetector("MUON");
1027
1028     nTRentries = Int_t(TR->GetEntries());
1029
1030     TR->GetEvent(0); // only one entry
1031
1032     if (!(fMUONData->IsTriggerBranchesInTree())) {
1033       cout << "Warning in AliMUONEventReconstructor::MakeTriggerTracks"
1034            << endl;
1035       cout << "Trigger information is not avalaible, nTRentries = " << nTRentries << " not equal to 1" << endl;
1036       return kFALSE;
1037     }
1038
1039     fMUONData->SetTreeAddress("GLT");
1040     fMUONData->GetTrigger();
1041
1042     // global trigger for trigger pattern
1043     gloTrigPat = 0;
1044     globalTrigger = fMUONData->GlobalTrigger();
1045     gloTrg = (AliMUONGlobalTrigger*)globalTrigger->UncheckedAt(0);
1046     if (gloTrg->SinglePlusLpt())  gloTrigPat|= 0x1;
1047     if (gloTrg->SinglePlusHpt())  gloTrigPat|= 0x2;
1048     if (gloTrg->SinglePlusApt())  gloTrigPat|= 0x4;
1049
1050     if (gloTrg->SingleMinusLpt()) gloTrigPat|= 0x8;
1051     if (gloTrg->SingleMinusHpt()) gloTrigPat|= 0x10;
1052     if (gloTrg->SingleMinusApt()) gloTrigPat|= 0x20;
1053
1054     if (gloTrg->SingleUndefLpt()) gloTrigPat|= 0x40;
1055     if (gloTrg->SingleUndefHpt()) gloTrigPat|= 0x80;
1056     if (gloTrg->SingleUndefApt()) gloTrigPat|= 0x100;
1057
1058     if (gloTrg->PairUnlikeLpt())  gloTrigPat|= 0x200;
1059     if (gloTrg->PairUnlikeHpt())  gloTrigPat|= 0x400;
1060     if (gloTrg->PairUnlikeApt())  gloTrigPat|= 0x800;
1061
1062     if (gloTrg->PairLikeLpt())    gloTrigPat|= 0x1000;
1063     if (gloTrg->PairLikeHpt())    gloTrigPat|= 0x2000;
1064     if (gloTrg->PairLikeApt())    gloTrigPat|= 0x4000;
1065
1066
1067
1068     // local trigger for tracking
1069     localTrigger = fMUONData->LocalTrigger();
1070     Int_t nlocals = (Int_t) (localTrigger->GetEntries());
1071     Float_t z11 = ( &(pMUON->Chamber(10)) )->Z();
1072     Float_t z21 = ( &(pMUON->Chamber(12)) )->Z();
1073
1074     for (Int_t i=0; i<nlocals; i++) { // loop on Local Trigger
1075       locTrg = (AliMUONLocalTrigger*)localTrigger->UncheckedAt(i);
1076       circuit = &(pMUON->TriggerCircuit(locTrg->LoCircuit()));
1077       Float_t y11 = circuit->GetY11Pos(locTrg->LoStripX());
1078       Int_t stripX21 = locTrg->LoStripX()+locTrg->LoDev()+1;
1079       Float_t y21 = circuit->GetY21Pos(stripX21);
1080       Float_t x11 = circuit->GetX11Pos(locTrg->LoStripY());
1081       Float_t thetax = TMath::ATan2( x11 , z11 );
1082       Float_t thetay = TMath::ATan2( (y21-y11) , (z21-z11) );
1083
1084       recTriggerTrack = new AliMUONTriggerTrack(x11,y11,thetax,thetay,gloTrigPat,this);
1085       // since static statement does not work, set gloTrigPat for each track
1086
1087       //        fNRecTriggerTracks++;
1088       fMUONData->AddRecTriggerTrack(*recTriggerTrack);
1089     } // end of loop on Local Trigger
1090     return kTRUE;
1091 }
1092
1093   //__________________________________________________________________________
1094 Int_t AliMUONEventReconstructor::MakeTrackCandidatesWithTwoSegments(AliMUONSegment *BegSegment)
1095 {
1096   // To make track candidates with two segments in stations(1..) 4 and 5,
1097   // the first segment being pointed to by "BegSegment".
1098   // Returns the number of such track candidates.
1099   Int_t endStation, iEndSegment, nbCan2Seg;
1100   AliMUONSegment *endSegment, *extrapSegment;
1101   AliMUONTrack *recTrack;
1102   Double_t mcsFactor;
1103   if (fPrintLevel >= 1) cout << "enter MakeTrackCandidatesWithTwoSegments" << endl;
1104   // Station for the end segment
1105   endStation = 7 - (BegSegment->GetHitForRec1())->GetChamberNumber() / 2;
1106   // multiple scattering factor corresponding to one chamber
1107   mcsFactor = 0.0136 /
1108     GetBendingMomentumFromImpactParam(BegSegment->GetBendingImpact());
1109   mcsFactor     = fChamberThicknessInX0 * mcsFactor * mcsFactor;
1110   // linear extrapolation to end station
1111   extrapSegment =
1112     BegSegment->CreateSegmentFromLinearExtrapToStation(endStation, mcsFactor);
1113   // number of candidates with 2 segments to 0
1114   nbCan2Seg = 0;
1115   // Loop over segments in the end station
1116   for (iEndSegment = 0; iEndSegment < fNSegments[endStation]; iEndSegment++) {
1117     // pointer to segment
1118     endSegment = (AliMUONSegment*) ((*fSegmentsPtr[endStation])[iEndSegment]);
1119     // test compatibility between current segment and "extrapSegment"
1120     // 4 because 4 quantities in chi2
1121     if ((endSegment->
1122          NormalizedChi2WithSegment(extrapSegment,
1123                                    fMaxSigma2Distance)) <= 4.0) {
1124       // both segments compatible:
1125       // make track candidate from "begSegment" and "endSegment"
1126       if (fPrintLevel >= 2)
1127         cout << "TrackCandidate with Segment " << iEndSegment <<
1128           " in Station(0..) " << endStation << endl;
1129       // flag for both segments in one track:
1130       // to be done in track constructor ????
1131       BegSegment->SetInTrack(kTRUE);
1132       endSegment->SetInTrack(kTRUE);
1133       recTrack = new ((*fRecTracksPtr)[fNRecTracks])
1134         AliMUONTrack(BegSegment, endSegment, this);
1135       fNRecTracks++;
1136       if (fPrintLevel >= 10) recTrack->RecursiveDump();
1137       // increment number of track candidates with 2 segments
1138       nbCan2Seg++;
1139     }
1140   } // for (iEndSegment = 0;...
1141   delete extrapSegment; // should not delete HitForRec's it points to !!!!
1142   return nbCan2Seg;
1143 }
1144
1145   //__________________________________________________________________________
1146 Int_t AliMUONEventReconstructor::MakeTrackCandidatesWithOneSegmentAndOnePoint(AliMUONSegment *BegSegment)
1147 {
1148   // To make track candidates with one segment and one point
1149   // in stations(1..) 4 and 5,
1150   // the segment being pointed to by "BegSegment".
1151   Int_t ch, ch1, ch2, endStation, iHit, iHitMax, iHitMin, nbCan1Seg1Hit;
1152   AliMUONHitForRec *extrapHitForRec, *hit;
1153   AliMUONTrack *recTrack;
1154   Double_t mcsFactor;
1155   if (fPrintLevel >= 1)
1156     cout << "enter MakeTrackCandidatesWithOneSegmentAndOnePoint" << endl;
1157   // station for the end point
1158   endStation = 7 - (BegSegment->GetHitForRec1())->GetChamberNumber() / 2;
1159   // multiple scattering factor corresponding to one chamber
1160   mcsFactor = 0.0136 /
1161     GetBendingMomentumFromImpactParam(BegSegment->GetBendingImpact());
1162   mcsFactor     = fChamberThicknessInX0 * mcsFactor * mcsFactor;
1163   // first and second chambers(0..) in the end station
1164   ch1 = 2 * endStation;
1165   ch2 = ch1 + 1;
1166   // number of candidates to 0
1167   nbCan1Seg1Hit = 0;
1168   // Loop over chambers of the end station
1169   for (ch = ch2; ch >= ch1; ch--) {
1170     // linear extrapolation to chamber
1171     extrapHitForRec =
1172       BegSegment->CreateHitForRecFromLinearExtrapToChamber(ch, mcsFactor);
1173     // limits for the hit index in the loop
1174     iHitMin = fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch];
1175     iHitMax = iHitMin + fNHitsForRecPerChamber[ch];
1176     // Loop over HitForRec's in the chamber
1177     for (iHit = iHitMin; iHit < iHitMax; iHit++) {
1178       // pointer to HitForRec
1179       hit = (AliMUONHitForRec*) ((*fHitsForRecPtr)[iHit]);
1180       // test compatibility between current HitForRec and "extrapHitForRec"
1181       // 2 because 2 quantities in chi2
1182       if ((hit->
1183            NormalizedChi2WithHitForRec(extrapHitForRec,
1184                                        fMaxSigma2Distance)) <= 2.0) {
1185         // both HitForRec's compatible:
1186         // make track candidate from begSegment and current HitForRec
1187         if (fPrintLevel >= 2)
1188           cout << "TrackCandidate with HitForRec " << iHit <<
1189             " in Chamber(0..) " << ch << endl;
1190         // flag for beginning segments in one track:
1191         // to be done in track constructor ????
1192         BegSegment->SetInTrack(kTRUE);
1193         recTrack = new ((*fRecTracksPtr)[fNRecTracks])
1194           AliMUONTrack(BegSegment, hit, this);
1195         // the right place to eliminate "double counting" ???? how ????
1196         fNRecTracks++;
1197         if (fPrintLevel >= 10) recTrack->RecursiveDump();
1198         // increment number of track candidates
1199         nbCan1Seg1Hit++;
1200       }
1201     } // for (iHit = iHitMin;...
1202     delete extrapHitForRec;
1203   } // for (ch = ch2;...
1204   return nbCan1Seg1Hit;
1205 }
1206
1207   //__________________________________________________________________________
1208 void AliMUONEventReconstructor::MakeTrackCandidates(void)
1209 {
1210   // To make track candidates
1211   // with at least 3 aligned points in stations(1..) 4 and 5
1212   // (two Segment's or one Segment and one HitForRec)
1213   Int_t begStation, iBegSegment, nbCan1Seg1Hit, nbCan2Seg;
1214   AliMUONSegment *begSegment;
1215   if (fPrintLevel >= 1) cout << "enter MakeTrackCandidates" << endl;
1216   // Loop over stations(1..) 5 and 4 for the beginning segment
1217   for (begStation = 4; begStation > 2; begStation--) {
1218     // Loop over segments in the beginning station
1219     for (iBegSegment = 0; iBegSegment < fNSegments[begStation]; iBegSegment++) {
1220       // pointer to segment
1221       begSegment = (AliMUONSegment*) ((*fSegmentsPtr[begStation])[iBegSegment]);
1222       if (fPrintLevel >= 2)
1223         cout << "look for TrackCandidate's with Segment " << iBegSegment <<
1224           " in Station(0..) " << begStation << endl;
1225       // Look for track candidates with two segments,
1226       // "begSegment" and all compatible segments in other station.
1227       // Only for beginning station(1..) 5
1228       // because candidates with 2 segments have to looked for only once.
1229       if (begStation == 4)
1230         nbCan2Seg = MakeTrackCandidatesWithTwoSegments(begSegment);
1231       // Look for track candidates with one segment and one point,
1232       // "begSegment" and all compatible HitForRec's in other station.
1233       // Only if "begSegment" does not belong already to a track candidate.
1234       // Is that a too strong condition ????
1235       if (!(begSegment->GetInTrack()))
1236         nbCan1Seg1Hit = MakeTrackCandidatesWithOneSegmentAndOnePoint(begSegment);
1237     } // for (iBegSegment = 0;...
1238   } // for (begStation = 4;...
1239   return;
1240 }
1241
1242   //__________________________________________________________________________
1243 void AliMUONEventReconstructor::FollowTracks(void)
1244 {
1245   // Follow tracks in stations(1..) 3, 2 and 1
1246   // too long: should be made more modular !!!!
1247   AliMUONHitForRec *bestHit, *extrapHit, *extrapCorrHit, *hit;
1248   AliMUONSegment *bestSegment, *extrapSegment, *extrapCorrSegment, *segment;
1249   AliMUONTrack *track, *nextTrack;
1250   AliMUONTrackParam *trackParam1, trackParam[2], trackParamVertex;
1251   // -1 to avoid compilation warnings
1252   Int_t ch = -1, chInStation, chBestHit = -1, iHit, iSegment, station, trackIndex;
1253   Double_t bestChi2, chi2, dZ1, dZ2, dZ3, maxSigma2Distance, mcsFactor;
1254   Double_t bendingMomentum, chi2Norm = 0.;
1255   AliMUON *pMUON = (AliMUON*) gAlice->GetModule("MUON"); // necessary ????
1256   // local maxSigma2Distance, for easy increase in testing
1257   maxSigma2Distance = fMaxSigma2Distance;
1258   if (fPrintLevel >= 2)
1259     cout << "enter FollowTracks" << endl;
1260   // Loop over track candidates
1261   track = (AliMUONTrack*) fRecTracksPtr->First();
1262   trackIndex = -1;
1263   while (track) {
1264     // Follow function for each track candidate ????
1265     trackIndex++;
1266     nextTrack = (AliMUONTrack*) fRecTracksPtr->After(track); // prepare next track
1267     if (fPrintLevel >= 2)
1268       cout << "FollowTracks: track candidate(0..): " << trackIndex << endl;
1269     // Fit track candidate
1270     track->SetFitMCS(0); // without multiple Coulomb scattering
1271     track->SetFitNParam(3); // with 3 parameters (X = Y = 0)
1272     track->SetFitStart(0); // from parameters at vertex
1273     track->Fit();
1274     if (fPrintLevel >= 10) {
1275       cout << "FollowTracks: track candidate(0..): " << trackIndex
1276            << " after fit in stations(0..) 3 and 4" << endl;
1277       track->RecursiveDump();
1278     }
1279     // Loop over stations(1..) 3, 2 and 1
1280     // something SPECIAL for stations 2 and 1 for majority 3 coincidence ????
1281     // otherwise: majority coincidence 2 !!!!
1282     for (station = 2; station >= 0; station--) {
1283       // Track parameters at first track hit (smallest Z)
1284       trackParam1 = ((AliMUONTrackHit*)
1285                      (track->GetTrackHitsPtr()->First()))->GetTrackParam();
1286       // extrapolation to station
1287       trackParam1->ExtrapToStation(station, trackParam);
1288       extrapSegment = new AliMUONSegment(); //  empty segment
1289       extrapCorrSegment = new AliMUONSegment(); //  empty corrected segment
1290       // multiple scattering factor corresponding to one chamber
1291       // and momentum in bending plane (not total)
1292       mcsFactor = 0.0136 * trackParam1->GetInverseBendingMomentum();
1293       mcsFactor = fChamberThicknessInX0 * mcsFactor * mcsFactor;
1294       // Z difference from previous station
1295       dZ1 = (&(pMUON->Chamber(2 * station)))->Z() -
1296         (&(pMUON->Chamber(2 * station + 2)))->Z();
1297       // Z difference between the two previous stations
1298       dZ2 = (&(pMUON->Chamber(2 * station + 2)))->Z() -
1299         (&(pMUON->Chamber(2 * station + 4)))->Z();
1300       // Z difference between the two chambers in the previous station
1301       dZ3 = (&(pMUON->Chamber(2 * station)))->Z() -
1302         (&(pMUON->Chamber(2 * station + 1)))->Z();
1303       extrapSegment->SetBendingCoorReso2(fBendingResolution * fBendingResolution);
1304       extrapSegment->
1305         SetNonBendingCoorReso2(fNonBendingResolution * fNonBendingResolution);
1306       extrapSegment->UpdateFromStationTrackParam
1307         (trackParam, mcsFactor, dZ1, dZ2, dZ3, station,
1308          trackParam1->GetInverseBendingMomentum());
1309       // same thing for corrected segment
1310       // better to use copy constructor, after checking that it works properly !!!!
1311       extrapCorrSegment->SetBendingCoorReso2(fBendingResolution * fBendingResolution);
1312       extrapCorrSegment->
1313         SetNonBendingCoorReso2(fNonBendingResolution * fNonBendingResolution);
1314       extrapCorrSegment->UpdateFromStationTrackParam
1315         (trackParam, mcsFactor, dZ1, dZ2, dZ3, station,
1316          trackParam1->GetInverseBendingMomentum());
1317       bestChi2 = 5.0;
1318       bestSegment = NULL;
1319       if (fPrintLevel >= 10) {
1320         cout << "FollowTracks: track candidate(0..): " << trackIndex
1321              << " Look for segment in station(0..): " << station << endl;
1322       }
1323       // Loop over segments in station
1324       for (iSegment = 0; iSegment < fNSegments[station]; iSegment++) {
1325         // Look for best compatible Segment in station
1326         // should consider all possibilities ????
1327         // multiple scattering ????
1328         // separation in 2 functions: Segment and HitForRec ????
1329         segment = (AliMUONSegment*) ((*fSegmentsPtr[station])[iSegment]);
1330         // correction of corrected segment (fBendingCoor and fNonBendingCoor)
1331         // according to real Z value of "segment" and slopes of "extrapSegment"
1332         extrapCorrSegment->
1333           SetBendingCoor(extrapSegment->GetBendingCoor() +
1334                          extrapSegment->GetBendingSlope() *
1335                          (segment->GetHitForRec1()->GetZ() -
1336                           (&(pMUON->Chamber(2 * station)))->Z()));
1337         extrapCorrSegment->
1338           SetNonBendingCoor(extrapSegment->GetNonBendingCoor() +
1339                             extrapSegment->GetNonBendingSlope() *
1340                             (segment->GetHitForRec1()->GetZ() -
1341                              (&(pMUON->Chamber(2 * station)))->Z()));
1342         chi2 = segment->
1343           NormalizedChi2WithSegment(extrapCorrSegment, maxSigma2Distance);
1344         if (chi2 < bestChi2) {
1345           // update best Chi2 and Segment if better found
1346           bestSegment = segment;
1347           bestChi2 = chi2;
1348         }
1349       }
1350       if (bestSegment) {
1351         // best segment found: add it to track candidate
1352         track->AddSegment(bestSegment);
1353         // set track parameters at these two TrakHit's
1354         track->SetTrackParamAtHit(track->GetNTrackHits() - 2, &(trackParam[0]));
1355         track->SetTrackParamAtHit(track->GetNTrackHits() - 1, &(trackParam[1]));
1356         if (fPrintLevel >= 10) {
1357           cout << "FollowTracks: track candidate(0..): " << trackIndex
1358                << " Added segment in station(0..): " << station << endl;
1359           track->RecursiveDump();
1360         }
1361       }
1362       else {
1363         // No best segment found:
1364         // Look for best compatible HitForRec in station:
1365         // should consider all possibilities ????
1366         // multiple scattering ???? do about like for extrapSegment !!!!
1367         extrapHit = new AliMUONHitForRec(); //  empty hit
1368         extrapCorrHit = new AliMUONHitForRec(); //  empty corrected hit
1369         bestChi2 = 3.0;
1370         bestHit = NULL;
1371         if (fPrintLevel >= 10) {
1372           cout << "FollowTracks: track candidate(0..): " << trackIndex
1373                << " Segment not found, look for hit in station(0..): " << station
1374                << endl;
1375         }
1376         // Loop over chambers of the station
1377         for (chInStation = 0; chInStation < 2; chInStation++) {
1378           // coordinates of extrapolated hit
1379           extrapHit->
1380             SetBendingCoor((&(trackParam[chInStation]))->GetBendingCoor());
1381           extrapHit->
1382             SetNonBendingCoor((&(trackParam[chInStation]))->GetNonBendingCoor());
1383           // resolutions from "extrapSegment"
1384           extrapHit->SetBendingReso2(extrapSegment->GetBendingCoorReso2());
1385           extrapHit->SetNonBendingReso2(extrapSegment->GetNonBendingCoorReso2());
1386           // same things for corrected hit
1387           // better to use copy constructor, after checking that it works properly !!!!
1388           extrapCorrHit->
1389             SetBendingCoor((&(trackParam[chInStation]))->GetBendingCoor());
1390           extrapCorrHit->
1391             SetNonBendingCoor((&(trackParam[chInStation]))->GetNonBendingCoor());
1392           extrapHit->SetBendingReso2(extrapSegment->GetBendingCoorReso2());
1393           extrapHit->SetNonBendingReso2(extrapSegment->GetNonBendingCoorReso2());
1394           // Loop over hits in the chamber
1395           ch = 2 * station + chInStation;
1396           for (iHit = fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch];
1397                iHit < fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch] +
1398                  fNHitsForRecPerChamber[ch];
1399                iHit++) {
1400             hit = (AliMUONHitForRec*) ((*fHitsForRecPtr)[iHit]);
1401             // correction of corrected hit (fBendingCoor and fNonBendingCoor)
1402             // according to real Z value of "hit" and slopes of right "trackParam"
1403             extrapCorrHit->
1404               SetBendingCoor((&(trackParam[chInStation]))->GetBendingCoor() +
1405                              (&(trackParam[chInStation]))->GetBendingSlope() *
1406                              (hit->GetZ() -
1407                               (&(trackParam[chInStation]))->GetZ()));
1408             extrapCorrHit->
1409               SetNonBendingCoor((&(trackParam[chInStation]))->GetNonBendingCoor() +
1410                                 (&(trackParam[chInStation]))->GetNonBendingSlope() *
1411                                 (hit->GetZ() -
1412                                  (&(trackParam[chInStation]))->GetZ()));
1413             // condition for hit not already in segment ????
1414             chi2 = hit->NormalizedChi2WithHitForRec(extrapHit, maxSigma2Distance);
1415             if (chi2 < bestChi2) {
1416               // update best Chi2 and HitForRec if better found
1417               bestHit = hit;
1418               bestChi2 = chi2;
1419               chBestHit = chInStation;
1420             }
1421           }
1422         }
1423         if (bestHit) {
1424           // best hit found: add it to track candidate
1425           track->AddHitForRec(bestHit);
1426           // set track parameters at this TrackHit
1427           track->SetTrackParamAtHit(track->GetNTrackHits() - 1,
1428                                     &(trackParam[chBestHit]));
1429           if (fPrintLevel >= 10) {
1430             cout << "FollowTracks: track candidate(0..): " << trackIndex
1431                  << " Added hit in station(0..): " << station << endl;
1432             track->RecursiveDump();
1433           }
1434         }
1435         else {
1436           // Remove current track candidate
1437           // and corresponding TrackHit's, ...
1438           track->Remove();
1439           delete extrapSegment;
1440           delete extrapCorrSegment;
1441           delete extrapHit;
1442           delete extrapCorrHit;
1443           break; // stop the search for this candidate:
1444           // exit from the loop over station
1445         }
1446         delete extrapHit;
1447         delete extrapCorrHit;
1448       }
1449       delete extrapSegment;
1450       delete extrapCorrSegment;
1451       // Sort track hits according to increasing Z
1452       track->GetTrackHitsPtr()->Sort();
1453       // Update track parameters at first track hit (smallest Z)
1454       trackParam1 = ((AliMUONTrackHit*)
1455                      (track->GetTrackHitsPtr()->First()))->GetTrackParam();
1456       bendingMomentum = 0.;
1457       if (TMath::Abs(trackParam1->GetInverseBendingMomentum()) > 0.)
1458         bendingMomentum = TMath::Abs(1/(trackParam1->GetInverseBendingMomentum()));
1459       // Track removed if bendingMomentum not in window [min, max]
1460       if ((bendingMomentum < fMinBendingMomentum) || (bendingMomentum > fMaxBendingMomentum)) {
1461         track->Remove();
1462         break; // stop the search for this candidate:
1463         // exit from the loop over station
1464       }
1465       // Track fit
1466       // with multiple Coulomb scattering if all stations
1467       if (station == 0) track->SetFitMCS(1);
1468       // without multiple Coulomb scattering if not all stations
1469       else track->SetFitMCS(0);
1470       track->SetFitNParam(5);  // with 5 parameters (momentum and position)
1471       track->SetFitStart(1);  // from parameters at first hit
1472       track->Fit();
1473       Double_t numberOfDegFree = (2.0 * track->GetNTrackHits() - 5);
1474       if (numberOfDegFree > 0) {
1475         chi2Norm =  track->GetFitFMin() / numberOfDegFree;
1476       } else {
1477         chi2Norm = 1.e10;
1478       }
1479       // Track removed if normalized chi2 too high
1480       if (chi2Norm > fMaxChi2) {
1481         track->Remove();
1482         break; // stop the search for this candidate:
1483         // exit from the loop over station
1484       }
1485       if (fPrintLevel >= 10) {
1486         cout << "FollowTracks: track candidate(0..): " << trackIndex
1487              << " after fit from station(0..): " << station << " to 4" << endl;
1488         track->RecursiveDump();
1489       }
1490       // Track extrapolation to the vertex through the absorber (Branson)
1491       // after going through the first station
1492       if (station == 0) {
1493         trackParamVertex = *trackParam1;
1494         (&trackParamVertex)->ExtrapToVertex();
1495         track->SetTrackParamAtVertex(&trackParamVertex);
1496         if (fPrintLevel >= 1) {
1497           cout << "FollowTracks: track candidate(0..): " << trackIndex
1498                << " after extrapolation to vertex" << endl;
1499           track->RecursiveDump();
1500         }
1501       }
1502     } // for (station = 2;...
1503     // go really to next track
1504     track = nextTrack;
1505   } // while (track)
1506   // Compression of track array (necessary after Remove ????)
1507   fRecTracksPtr->Compress();
1508   return;
1509 }
1510
1511   //__________________________________________________________________________
1512 void AliMUONEventReconstructor::RemoveDoubleTracks(void)
1513 {
1514   // To remove double tracks.
1515   // Tracks are considered identical
1516   // if they have at least half of their hits in common.
1517   // Among two identical tracks, one keeps the track with the larger number of hits
1518   // or, if these numbers are equal, the track with the minimum Chi2.
1519   AliMUONTrack *track1, *track2, *trackToRemove;
1520   Bool_t identicalTracks;
1521   Int_t hitsInCommon, nHits1, nHits2;
1522   identicalTracks = kTRUE;
1523   while (identicalTracks) {
1524     identicalTracks = kFALSE;
1525     // Loop over first track of the pair
1526     track1 = (AliMUONTrack*) fRecTracksPtr->First();
1527     while (track1 && (!identicalTracks)) {
1528       nHits1 = track1->GetNTrackHits();
1529       // Loop over second track of the pair
1530       track2 = (AliMUONTrack*) fRecTracksPtr->After(track1);
1531       while (track2 && (!identicalTracks)) {
1532         nHits2 = track2->GetNTrackHits();
1533         // number of hits in common between two tracks
1534         hitsInCommon = track1->HitsInCommon(track2);
1535         // check for identical tracks
1536         if ((4 * hitsInCommon) >= (nHits1 + nHits2)) {
1537           identicalTracks = kTRUE;
1538           // decide which track to remove
1539           if (nHits1 > nHits2) trackToRemove = track2;
1540           else if (nHits1 < nHits2) trackToRemove = track1;
1541           else if ((track1->GetFitFMin()) < (track2->GetFitFMin()))
1542             trackToRemove = track2;
1543           else trackToRemove = track1;
1544           // remove it
1545           trackToRemove->Remove();
1546         }
1547         track2 = (AliMUONTrack*) fRecTracksPtr->After(track2);
1548       } // track2
1549       track1 = (AliMUONTrack*) fRecTracksPtr->After(track1);
1550     } // track1
1551   }
1552   return;
1553 }
1554
1555   //__________________________________________________________________________
1556 void AliMUONEventReconstructor::UpdateTrackParamAtHit()
1557 {
1558   // Set track parameters after track fitting. Fill fTrackParamAtHit of AliMUONTrack's
1559   AliMUONTrack *track;
1560   AliMUONTrackHit *trackHit;
1561   AliMUONTrackParam *trackParam;
1562   track = (AliMUONTrack*) fRecTracksPtr->First();
1563   while (track) {
1564     trackHit = (AliMUONTrackHit*) (track->GetTrackHitsPtr())->First();
1565     while (trackHit) {
1566       trackParam = trackHit->GetTrackParam();
1567       track->AddTrackParamAtHit(trackParam);
1568       trackHit = (AliMUONTrackHit*) (track->GetTrackHitsPtr())->After(trackHit);
1569     } // trackHit
1570     track = (AliMUONTrack*) fRecTracksPtr->After(track);
1571   } // track
1572   return;
1573 }
1574
1575   //__________________________________________________________________________
1576 void AliMUONEventReconstructor::EventDump(void)
1577 {
1578   // Dump reconstructed event (track parameters at vertex and at first hit),
1579   // and the particle parameters
1580
1581   AliMUONTrack *track;
1582   AliMUONTrackParam *trackParam, *trackParam1;
1583   Double_t bendingSlope, nonBendingSlope, pYZ;
1584   Double_t pX, pY, pZ, x, y, z, c;
1585   Int_t np, trackIndex, nTrackHits;
1586
1587   if (fPrintLevel >= 1) cout << "****** enter EventDump ******" << endl;
1588   if (fPrintLevel >= 1) {
1589     cout << " Number of Reconstructed tracks :" <<  fNRecTracks << endl;
1590   }
1591   fRecTracksPtr->Compress(); // for simple loop without "Next" since no hole
1592   // Loop over reconstructed tracks
1593   for (trackIndex = 0; trackIndex < fNRecTracks; trackIndex++) {
1594     if (fTrackMethod != 1) continue; //AZ - skip the rest for now
1595     if (fPrintLevel >= 1)
1596       cout << " track number: " << trackIndex << endl;
1597     // function for each track for modularity ????
1598     track = (AliMUONTrack*) ((*fRecTracksPtr)[trackIndex]);
1599     nTrackHits = track->GetNTrackHits();
1600     if (fPrintLevel >= 1)
1601       cout << " number of track hits: " << nTrackHits << endl;
1602     // track parameters at Vertex
1603     trackParam = track->GetTrackParamAtVertex();
1604     x = trackParam->GetNonBendingCoor();
1605     y = trackParam->GetBendingCoor();
1606     z = trackParam->GetZ();
1607     bendingSlope = trackParam->GetBendingSlope();
1608     nonBendingSlope = trackParam->GetNonBendingSlope();
1609     pYZ = 1/TMath::Abs(trackParam->GetInverseBendingMomentum());
1610     pZ = pYZ/TMath::Sqrt(1+bendingSlope*bendingSlope);
1611     pX = pZ * nonBendingSlope;
1612     pY = pZ * bendingSlope;
1613     c = TMath::Sign(1.0, trackParam->GetInverseBendingMomentum());
1614     if (fPrintLevel >= 1)
1615       printf(" track parameters at Vertex z= %f: X= %f Y= %f pX= %f pY= %f pZ= %f c= %f\n",
1616              z, x, y, pX, pY, pZ, c);
1617
1618     // track parameters at first hit
1619     trackParam1 = ((AliMUONTrackHit*)
1620                    (track->GetTrackHitsPtr()->First()))->GetTrackParam();
1621     x = trackParam1->GetNonBendingCoor();
1622     y = trackParam1->GetBendingCoor();
1623     z = trackParam1->GetZ();
1624     bendingSlope = trackParam1->GetBendingSlope();
1625     nonBendingSlope = trackParam1->GetNonBendingSlope();
1626     pYZ = 1/TMath::Abs(trackParam1->GetInverseBendingMomentum());
1627     pZ = pYZ/TMath::Sqrt(1.0 + bendingSlope * bendingSlope);
1628     pX = pZ * nonBendingSlope;
1629     pY = pZ * bendingSlope;
1630     c = TMath::Sign(1.0, trackParam1->GetInverseBendingMomentum());
1631     if (fPrintLevel >= 1)
1632       printf(" track parameters at z= %f: X= %f Y= %f pX= %f pY= %f pZ= %f c= %f\n",
1633              z, x, y, pX, pY, pZ, c);
1634   }
1635   // informations about generated particles
1636   np = gAlice->GetMCApp()->GetNtrack();
1637   printf(" **** number of generated particles: %d  \n", np);
1638
1639 //    for (Int_t iPart = 0; iPart < np; iPart++) {
1640 //      p = gAlice->Particle(iPart);
1641 //      printf(" particle %d: type= %d px= %f py= %f pz= %f pdg= %d\n",
1642 //         iPart, p->GetPdgCode(), p->Px(), p->Py(), p->Pz(), p->GetPdgCode());
1643 //    }
1644   return;
1645 }
1646
1647
1648 //__________________________________________________________________________
1649 void AliMUONEventReconstructor::EventDumpTrigger(void)
1650 {
1651   // Dump reconstructed trigger event
1652   // and the particle parameters
1653
1654   AliMUONTriggerTrack *triggertrack ;
1655   Int_t nTriggerTracks = fMUONData->RecTriggerTracks()->GetEntriesFast();
1656
1657   if (fPrintLevel >= 1) {
1658     cout << "****** enter EventDumpTrigger ******" << endl;
1659     cout << " Number of Reconstructed tracks :" <<  nTriggerTracks << endl;
1660   }
1661   // Loop over reconstructed tracks
1662   for (Int_t trackIndex = 0; trackIndex < nTriggerTracks; trackIndex++) {
1663     triggertrack = (AliMUONTriggerTrack*)fMUONData->RecTriggerTracks()->At(trackIndex);
1664       printf(" trigger track number %i x11=%f y11=%f thetax=%f thetay=%f \n",
1665              trackIndex,
1666              triggertrack->GetX11(),triggertrack->GetY11(),
1667              triggertrack->GetThetax(),triggertrack->GetThetay());
1668   }
1669 }
1670
1671 //__________________________________________________________________________
1672 void AliMUONEventReconstructor::FillEvent()
1673 {
1674 // Create a new AliMUONRecoEvent, fill its track list, then add it as a
1675 // leaf in the Event branch of TreeRecoEvent tree
1676    cout << "Enter FillEvent() ...\n";
1677
1678    if (!fRecoEvent) {
1679       fRecoEvent = new AliMUONRecoEvent();
1680    } else {
1681       fRecoEvent->Clear();
1682    }
1683    //save current directory
1684    TDirectory *current =  gDirectory;
1685    if (!fTreeFile)  fTreeFile  = new TFile("tree_reco.root", "RECREATE");
1686    if (!fEventTree) fEventTree = new TTree("TreeRecoEvent", "MUON reconstructed events");
1687    //AZif (fRecoEvent->MakeDumpTracks(fRecTracksPtr)) {
1688    if (fRecoEvent->MakeDumpTracks(fMuons, fRecTracksPtr, this)) { //AZ
1689       if (fPrintLevel > 1) fRecoEvent->EventInfo();
1690       TBranch *branch = fEventTree->GetBranch("Event");
1691       if (!branch) branch = fEventTree->Branch("Event", "AliMUONRecoEvent", &fRecoEvent, 64000);
1692       branch->SetAutoDelete();
1693       fTreeFile->cd();
1694       fEventTree->Fill();
1695       fTreeFile->Write();
1696    }
1697    // restore directory
1698    current->cd();
1699 }
1700
1701 //__________________________________________________________________________
1702 void AliMUONEventReconstructor::MakeTrackCandidatesK(void)
1703 {
1704   // To make initial tracks for Kalman filter from the list of segments
1705   Int_t istat, iseg;
1706   AliMUONSegment *segment;
1707   AliMUONTrackK *trackK;
1708
1709   if (fPrintLevel >= 1) cout << "enter MakeTrackCandidatesK" << endl;
1710   // Reset the TClonesArray of reconstructed tracks
1711   if (fRecTracksPtr) fRecTracksPtr->Delete();
1712   // Delete in order that the Track destructors are called,
1713   // hence the space for the TClonesArray of pointers to TrackHit's is freed
1714   fNRecTracks = 0;
1715
1716   AliMUONTrackK a(this, fHitsForRecPtr); // bad idea ???
1717   // Loop over stations(1...) 5 and 4
1718   for (istat=4; istat>=3; istat--) {
1719     // Loop over segments in the station
1720     for (iseg=0; iseg<fNSegments[istat]; iseg++) {
1721       // Transform segments to tracks and evaluate covariance matrix
1722       segment = (AliMUONSegment*) ((*fSegmentsPtr[istat])[iseg]);
1723       trackK = new ((*fRecTracksPtr)[fNRecTracks]) AliMUONTrackK(segment);
1724       fNRecTracks++;
1725     } // for (iseg=0;...)
1726   } // for (istat=4;...)
1727   return;
1728 }
1729
1730 //__________________________________________________________________________
1731 void AliMUONEventReconstructor::FollowTracksK(void)
1732 {
1733   // Follow tracks using Kalman filter
1734   Bool_t Ok;
1735   Int_t icand, ichamBeg, ichamEnd, chamBits;
1736   Double_t zDipole1, zDipole2;
1737   AliMUONTrackK *trackK;
1738   AliMUONHitForRec *hit;
1739   AliMUONRawCluster *clus;
1740   TClonesArray *rawclusters;
1741   AliMUON *pMUON;
1742   clus = 0; rawclusters = 0;
1743
1744   zDipole1 = GetSimpleBPosition() - GetSimpleBLength()/2;
1745   zDipole2 = zDipole1 + GetSimpleBLength();
1746
1747   // Print hits
1748   pMUON  = (AliMUON*) gAlice->GetModule("MUON");
1749   for (Int_t i1=0; i1<fNHitsForRec; i1++) {
1750     hit = (AliMUONHitForRec*) ((*fHitsForRecPtr)[i1]);
1751     //if (hit->GetTHTrack() > 1 || hit->GetGeantSignal() == 0) continue;
1752     /*
1753     cout << " Hit #" << hit->GetChamberNumber() << " ";
1754     cout << hit->GetBendingCoor() << " ";
1755     cout << hit->GetNonBendingCoor() << " ";
1756     cout << hit->GetZ() << " ";
1757     cout << hit->GetGeantSignal() << " ";
1758     cout << hit->GetTHTrack() << endl;
1759     */
1760     /*
1761     printf(" Hit # %d %10.4f %10.4f %10.4f",
1762            hit->GetChamberNumber(), hit->GetBendingCoor(),
1763            hit->GetNonBendingCoor(), hit->GetZ());
1764     if (fRecGeantHits) {
1765       // from GEANT hits
1766       printf(" %3d %3d \n", hit->GetGeantSignal(), hit->GetTHTrack());
1767     } else {
1768       // from raw clusters
1769       rawclusters = pMUON->RawClustAddress(hit->GetChamberNumber());
1770       clus = (AliMUONRawCluster*) rawclusters->UncheckedAt(hit->
1771                                                GetHitNumber());
1772       printf("%3d", clus->fTracks[1]-1);
1773       if (clus->fTracks[2] != 0) printf("%3d \n", clus->fTracks[2]-1);
1774       else printf("\n");
1775     }
1776     */
1777   }
1778
1779   icand = -1;
1780   Int_t nSeeds = fNRecTracks; // starting number of seeds
1781   // Loop over track candidates
1782   while (icand < fNRecTracks-1) {
1783     icand ++;
1784     trackK = (AliMUONTrackK*) ((*fRecTracksPtr)[icand]);
1785
1786     // Discard candidate which will produce the double track
1787     if (icand > 0) {
1788       Ok = CheckCandidateK(icand,nSeeds);
1789       if (!Ok) {
1790         //trackK->SetRecover(-1); // mark candidate to be removed
1791         //continue;
1792       }
1793     }
1794
1795     Ok = kTRUE;
1796     if (trackK->GetRecover() == 0) hit = (AliMUONHitForRec*)
1797                                    trackK->GetHitOnTrack()->Last(); // last hit
1798     else hit = (AliMUONHitForRec*) (*trackK->GetHitOnTrack())[1]; // 2'nd hit
1799     ichamBeg = hit->GetChamberNumber();
1800     ichamEnd = 0;
1801     // Check propagation direction
1802     if (trackK->GetTrackDir() > 0) {
1803       ichamEnd = 9; // forward propagation
1804       Ok = trackK->KalmanFilter(ichamBeg,ichamEnd,kFALSE,zDipole1,zDipole2);
1805       if (Ok) {
1806         ichamBeg = ichamEnd;
1807         ichamEnd = 6; // backward propagation
1808         // Change weight matrix and zero fChi2 for backpropagation
1809         trackK->StartBack();
1810         Ok = trackK->KalmanFilter(ichamBeg,ichamEnd,kTRUE,zDipole1,zDipole2);
1811         ichamBeg = ichamEnd;
1812         ichamEnd = 0;
1813       }
1814     } else {
1815       if (trackK->GetBPFlag()) {
1816         // backpropagation
1817         ichamEnd = 6; // backward propagation
1818         // Change weight matrix and zero fChi2 for backpropagation
1819         trackK->StartBack();
1820         Ok = trackK->KalmanFilter(ichamBeg,ichamEnd,kTRUE,zDipole1,zDipole2);
1821         ichamBeg = ichamEnd;
1822         ichamEnd = 0;
1823       }
1824     }
1825
1826     if (Ok) {
1827       trackK->SetTrackDir(-1);
1828       trackK->SetBPFlag(kFALSE);
1829       Ok = trackK->KalmanFilter(ichamBeg,ichamEnd,kFALSE,zDipole1,zDipole2);
1830     }
1831     if (Ok) trackK->SetTrackQuality(0); // compute "track quality"
1832     else trackK->SetRecover(-1); // mark candidate to be removed
1833
1834     // Majority 3 of 4 in first 2 stations
1835     chamBits = 0;
1836     for (Int_t i=0; i<trackK->GetNTrackHits(); i++) {
1837       hit = (AliMUONHitForRec*) (*trackK->GetHitOnTrack())[i];
1838       chamBits |= BIT(hit->GetChamberNumber()-1);
1839     }
1840     //if (!((chamBits&3)==3 || (chamBits>>2&3)==3)) trackK->SetRecover(-1);
1841                                  //mark candidate to be removed
1842   } // while
1843
1844   for (Int_t i=0; i<fNRecTracks; i++) {
1845     trackK = (AliMUONTrackK*) ((*fRecTracksPtr)[i]);
1846     if (trackK->GetRecover() < 0) fRecTracksPtr->RemoveAt(i);
1847   }
1848
1849   // Compress TClonesArray
1850   fRecTracksPtr->Compress();
1851   fNRecTracks = fRecTracksPtr->GetEntriesFast();
1852   return;
1853 }
1854
1855 //__________________________________________________________________________
1856 Bool_t AliMUONEventReconstructor::CheckCandidateK(Int_t icand, Int_t nSeeds)
1857 {
1858   // Discards track candidate if it will produce the double track (having
1859   // the same seed segment hits as hits of a good track found before)
1860   AliMUONTrackK *track1, *track2;
1861   AliMUONHitForRec *hit1, *hit2, *hit;
1862
1863   track1 = (AliMUONTrackK*) ((*fRecTracksPtr)[icand]);
1864   hit1 = (AliMUONHitForRec*) (*track1->GetHitOnTrack())[0]; // 1'st hit
1865   hit2 = (AliMUONHitForRec*) (*track1->GetHitOnTrack())[1]; // 2'nd hit
1866
1867   for (Int_t i=0; i<icand; i++) {
1868     track2 = (AliMUONTrackK*) ((*fRecTracksPtr)[i]);
1869     //if (track2->GetRecover() < 0) continue;
1870     if (track2->GetRecover() < 0 && icand >= nSeeds) continue;
1871
1872     if (track1->GetStartSegment() == track2->GetStartSegment()) {
1873       return kFALSE;
1874     } else {
1875       Int_t nSame = 0;
1876       for (Int_t j=0; j<track2->GetNTrackHits(); j++) {
1877         hit = (AliMUONHitForRec*) (*track2->GetHitOnTrack())[j];
1878         if (hit == hit1 || hit == hit2) {
1879           nSame++;
1880           if (nSame == 2) return kFALSE;
1881         }
1882       } // for (Int_t j=0;
1883     }
1884   } // for (Int_t i=0;
1885   return kTRUE;
1886 }
1887
1888 //__________________________________________________________________________
1889 void AliMUONEventReconstructor::RemoveDoubleTracksK(void)
1890 {
1891   // Removes double tracks (sharing more than half of their hits). Keeps
1892   // the track with higher quality
1893   AliMUONTrackK *track1, *track2, *trackToKill;
1894
1895   // Sort tracks according to their quality
1896   fRecTracksPtr->Sort();
1897
1898   // Loop over first track of the pair
1899   track1 = (AliMUONTrackK*) fRecTracksPtr->First();
1900   while (track1) {
1901     // Loop over second track of the pair
1902     track2 = (AliMUONTrackK*) fRecTracksPtr->After(track1);
1903     while (track2) {
1904       // Check whether or not to keep track2
1905       if (!track2->KeepTrack(track1)) {
1906         cout << " Killed track: " << 1/(*track2->GetTrackParameters())(4,0) <<
1907           " " << track2->GetTrackQuality() << endl;
1908         trackToKill = track2;
1909         track2 = (AliMUONTrackK*) fRecTracksPtr->After(track2);
1910         trackToKill->Kill();
1911         fRecTracksPtr->Compress();
1912       } else track2 = (AliMUONTrackK*) fRecTracksPtr->After(track2);
1913     } // track2
1914     track1 = (AliMUONTrackK*) fRecTracksPtr->After(track1);
1915   } // track1
1916
1917   fNRecTracks = fRecTracksPtr->GetEntriesFast();
1918   cout << " Number of Kalman tracks: " << fNRecTracks << endl;
1919 }
1920
1921 //__________________________________________________________________________
1922 void AliMUONEventReconstructor::GoToVertex(void)
1923 {
1924   // Propagates track to the vertex thru absorber
1925   // (using Branson correction for now)
1926
1927   Double_t zVertex;
1928   zVertex = 0;
1929   for (Int_t i=0; i<fNRecTracks; i++) {
1930     //((AliMUONTrackK*)(*fRecTracksPtr)[i])->Branson();
1931     //((AliMUONTrackK*)(*fRecTracksPtr)[i])->GoToZ(zVertex); // w/out absorber
1932     ((AliMUONTrackK*)(*fRecTracksPtr)[i])->SetTrackQuality(1); // compute Chi2
1933     ((AliMUONTrackK*)(*fRecTracksPtr)[i])->GoToVertex(); // with absorber
1934   }
1935 }