MUON/README

   1 $Id$
   2
   3 ==========================================================
   4 Please add  to this README file all information concerning
   5 config files, simulation, digitalization, clusterization,
   6 reconstruction and macro analysis
   7
   8 ==========================================================
   9  How to check that your aliroot is working well
  10 ==========================================================
  11 There is a script file AlirootRun_MUONtest.sh which
  12 allows for simulating, reconstructing and making the
  13 invariant analysis of the generated Upsilon (1S).
  14 The used configuration file is Config.C in MUON
  15 directory.
  16 You have to type :
  17 source $ALICE_ROOT/MUON/AlirootRun_MUONtest.sh
  18 The results of this test are saved in test_out/ directory.
  19 Please note that the CDB (Condition DataBase) is now always *required*
  20 to perform either simulation or reconstruction. For the moment, a version
  21  of that CDB is stored in CVS, so you should have one already in MUON/Calib
  22 subdirectories.
  23
  24 ==========================================================
  25  How to check that your aliroot is working VERY well
  26 ==========================================================
  27 There is a script file AlirootRun_MUONlongtest.sh which
  28 allows for simulating, reconstructing and making the
  29 -+invariant analysis of the generated Upsilon (1S).
  30 This script generates a large number of Upsilon (20k)
  31 in order to access differential quantities.
  32 The used configuration file is Config.C in MUON
  33 directory.
  34 One should really run this script to check if the MUON
  35 code can process a large number of events WITHOUT errors,
  36 in particular before making important commits !!
  37
  38 You have to type :
  39 $ALICE_ROOT/MUON/AlirootRun_MUONtestlong.sh
  40 The results of this test are saved in testlong_out/ directory
  41 and will be kept in CVS
  42
  43 (NOTE: the macros performing the calculations/plots MUONefficiency.C
  44 and MUONplotEfficiency.C are also able to handle J/Psi if
  45 Config.C is modified accordingly )
  46
  47 ==========================================================
  48  How to run a MUON generation
  49 ==========================================================
  50 aliroot
  51 root [0] gAlice->Run(10,"$ALICE_ROOT/MUON/Config.C");
  52
  53 1 single muon of 7 GeV/c in the MUON spectrometer
  54 acceptance will be simulated using geant3.
  55 Hit information will be store in the root file in the
  56 execution directory.
  57 If you want to change the option or to define a new directory
  58 for hits, you have to do the following before:
  59 root [0] gAlice->SetConfigFunction("Config( \"/home/martinez/aliroot/work_NewIO/test/\" , \"box\" );");
  60
  61 ============================================================
  62  How to dump the content of Root data files
  63 ============================================================
  64 To check the content of Root data files, the AliMUON*DataInterface classes
  65 provides the functions to produce an ASCII output on the screen
  66 which can be redirected on the file:
  67
  68 for MC information, use AliMUONMCDataInterface :
  69
  70 > aliroot (or root with just the loading of MUON libs, see loadlibs.C)
  71 root [0] AliMUONMCDataInterface mcdi("galice.root");
  72 root [1] mcdi.DumpKine(5);       > dump.kine
  73 root [2] mcdi.DumpHits(5);       > dump.hits
  74 root [3] mcdi.DumpTrackRefs(5);  > dump.trackrefs
  75
  76 for all other information, use AliMUONDataInterface :
  77
  78 > aliroot
  79 root [0] AliMUONDataInterface di("galice.root");
  80 root [1] di.DumpDigits(5);     > dump.digits
  81 root [2] di.DumpSDigits(5);    > dump.sdigits
  82 root [3] di.DumpRecPoints(5);  > dump.recpoints
  83 root [4] di.DumpTrigger(5); > dump.rectrigger
  84
  85 ============================================================
  86  How to check the Geometry with the new Geometrical modeler
  87  ftp://root.cern.ch/root/doc/chapter16.pdf
  88  http://agenda.cern.ch/fullAgenda.php?ida=a05212
  89 ============================================================
  90 gAlice->Init("$ALICE_ROOT/MUON/Config.C");
  91 gGeoManager->GetMasterVolume()->Draw();
  92
  93
  94 ============================================================
  95  How to check the overlap with the new Geometrical modeler
  96  ftp://root.cern.ch/root/doc/chapter16.pdf
  97  http://agenda.cern.ch/fullAgenda.php?ida=a05212
  98 ============================================================
  99 gAlice->Init("$ALICE_ROOT/MUON/Config.C");
 100 gGeoManager->CheckOverlaps();
 101 gGeoManager->PrintOverlaps();
 102
 103 ============================================================
 104  How to run MUONdisplay
 105 ============================================================
 106 First you need to perform a full simulation:
 107 generation, digitalisation and clusterisation
 108 To run MUONdisplay with Root 5.04/00 you need to get a fix in
 109 the gpad/src/TPad.cxx from Root CVS:
 110  cvs update -r 1.200 gpad/src/TPad.cxx
 111 and recompile root.
 112
 113 .L $ALICE_ROOT/MUON/MUONdisplay.C
 114 MUONdisplay(0,"galice.root")
 115
 116 ============================================================
 117  Tracking parameters, cuts, energy loss and physics processes
 118 ============================================================
 119 Tracking parameters in MUON are automatically defined by GEANT
 120 MUON takes the default values of CUTs  and physics processes
 121 defined by the Config files, except for the gas mixture medium
 122 of the tracking chambers. The CUT's and physics processes of
 123 the gas mixture medium  is then defined in the galice.cuts file
 124 in the data directory. In particular ILOSS parameter MUST be
 125 equal unity (1) in order simulate a realistic energy loss
 126 distribution (mean value and fluctuations) in the active gas.
 127
 128 ============================================================
 129  Tracking of particle in the magnetic field
 130 ============================================================
 131 GEANT has two ways for tracking charged particles in the
 132 magnetic field: HELIX et RKUTA.
 133 HELIX is faster and works well if the gradient of magnetic
 134 field is small.
 135 For MUON, HELIX is a not a good approximation and we must
 136 use RKUTA to get the optimal mass resolution of the
 137 spectrometer. The choice of HELIX or RKUTA is done in the
 138 config file when the magnetic field is defined:
 139   AliMagFMaps* field = new AliMagFMaps("Maps","Maps", TRACKING, FACTOR, MAXB, AliMagFMaps::k5kG);
 140   gAlice->SetField(field);
 141 TRACKING must be 1 for RKUTA and 2 for HELIX (the default value for aliroot is 2 (HELIX))
 142 FACTOR allows you to set the magnetic field to 0, just putting FACTOR=0. Default value is 1.
 143 MAXB is the maximum magnetic field which is 10.T
 144
 145 ===========================================================
 146  MUON cocktail for physics ..............
 147 ===========================================================
 148 There is a MUON cocktail generator of the muon sources in the
 149 EVGEN directory. This class derives from AliGenCocktail.
 150 In the init of this class I have filled the cocktail with
 151 the muon sources: J/Psi, Upsilon, Open Charm, Open Beauty,
 152 Pion, Kaons. The code needs only the production cross section
 153 at 4pi (for the moment this values are in the code since I
 154 prefere them do not be modified), and the code calculates the
 155 rate of particles in the acceptance, making the scaling based
 156 on the number of collisions for the hard probes and on the
 157 number of participants for soft sources: Pions and Kaons.
 158
 159 In the Genereate of this class all entries in the cocktail
 160 are called and we define a "primordial trigger" with requires
 161 a minimum number of muons above a Pt cut in the required acceptance.
 162 In order to normalized to the real number of simulated events,
 163 there are 2 data members in the class fNsuceeded adn fNGenerate
 164 which tell us what is the biais source.
 165
 166 Enclose an example to use this generator:
 167 AliGenMUONCocktail * gener = new AliGenMUONCocktail();
 168 gener->SetPtRange(1.,100.);       // Transverse momentum range
 169 gener->SetPhiRange(0.,360.);    // Azimuthal angle range
 170 gener->SetYRange(-4.0,-2.4);
 171 gener->SetMuonPtCut(1.);
 172 gener->SetMuonThetaCut(171.,178.);
 173 gener->SetMuonMultiplicity(2);
 174 gener->SetImpactParameterRange(0.,5.); // 10% most centra PbPb collisions
 175 gener->SetVertexSmear(kPerTrack);
 176 gener->SetOrigin(0,0,0);        // Vertex position
 177 gener->SetSigma(0,0,0.0);       // Sigma in (X,Y,Z) (cm) on IP position
 178 gener->Init();
 179
 180 ================================================================
 181  csh Script for the full reconstruction with raw data generator
 182 ================================================================
 183 The rawdata generation and analysis is working with the new segmentation.
 184 So the config file must use the version "AliMUONFactoryV3"
 185
 186 Generation
 187 The method AliSimulation::SetWriteRawData("MUON") enables on
 188 the muon rawdata generation
 189 aliroot -b << EOF
 190 AliSimulation MuonSim("$ALICE_ROOT/MUON/Config.C")
 191 MuonSim.SetMakeTrigger("MUON");
 192 MuonSim.SetWriteRawData("MUON")
 193 MuonSim.Run(10)
 194 .q
 195 EOF
 196
 197 Reconstruction
 198 aliroot -b << EOF
 199 AliReconstruction MuonRec("galice.root");
 200 MuonRec.SetInput("$YOUR_WORKING_DIRECTORY/");  Do not forget the slash at the end!
 201 MuonRec.SetRunVertexFinder(kFALSE);
 202 MuonRec.SetRunLocalReconstruction("MUON");
 203 MuonRec.SetRunTracking("");
 204 MuonRec.SetFillESD("MUON");
 205 MuonRec.SetOption("MUON", "VS"); // to use VS cluster finder
 206 // MuonRec.SetOption("MUON", "VS Original"); // to run VS and original track finder
 207 // MuonRec.SetOption("MUON", "Combi"); // to run combined cluster / track finder
 208 MMuonRec.Run();
 209 .q
 210 EOF
 211
 212 ============================================================
 213  How to read & decode raw data
 214 ============================================================
 215 These macros can read & decode DDL files, root and DATE files.
 216 Nevertheless for the two latter, aliroot has to be compiled with DATE.
 217
 218 For tracker raw data
 219 .includepath $ALICE_ROOT/STEER
 220 .includepath $ALICE_ROOT/MUON
 221 .includepath $ALICE_ROOT/RAW
 222 .L $ALICE_ROOT/MUON/MUONRawStreamTracker.C+
 223 MUONRawStreamTracker(maxEvent, firstDDL, lastDDL, rawFileName)
 224
 225 For trigger raw data
 226 .includepath $ALICE_ROOT/STEER
 227 .includepath $ALICE_ROOT/MUON
 228 .includepath $ALICE_ROOT/RAW
 229 .L $ALICE_ROOT/MUON/MUONRawStreamTrigger.C+
 230 MUONRawStreamTrigger(maxEvent, firstDDL, lastDDL, rawFileName)
 231
 232 Default wise the macro read all DDL files from the current directory for 1000 events.
 233 For root file rawFileName must end with .root, for date file rawFileName
 234 must be no extention. For DDL files you have to specified the directory
 235 where the raw0...n subdirectories are located:
 236 MUONRawStreamTracker(maxEvent, "$YOUR_WORKING_DIRECTORY/"); //Do not forget the slash at the end!
 237
 238
 239 ============================================================
 240  How to run MUONRecoCheck macro
 241 ============================================================
 242
 243 To check the muon reconstruction by comparing the reconstructed tracks
 244 with the reference tracks made of "AliTrackReference" for the hits in chamber (0..9)
 245 and kinematic informations (TreeK) for the vertex.
 246 This macro can be used to check the track reconstruction e.g. efficiency,
 247 momentum resolution ... but also to make physics analysis whenever
 248 track identification is needed.
 249
 250 To compile MUONRecoCheck.C
 251 .includepath $ALICE_ROOT/STEER
 252 .includepath $ALICE_ROOT/MUON
 253 .L $ALICE_ROOT/MUON/MUONRecoCheck.C+
 254
 255 // To run MUONRecoCheck
 256 MUONRecoCheck(nEvent,"geometry.root", "galice.root"); // nEvent = nb of events
 257
 258
 259 ============================================================
 260  How to run MUONTracker macro
 261 ============================================================
 262 To make the track reconstruction directly from AliTrackReference hits
 263 which are recorded in TrackRefs.root during the simulation.
 264 It can be used to check the reconstruction without clusterization.
 265
 266 To compile MUONTracker.C
 267 .includepath $ALICE_ROOT/STEER
 268 .includepath $ALICE_ROOT/MUON
 269 .L $ALICE_ROOT/MUON/MUONTracker.C+
 270
 271 // To run MUONTracker
 272 MUONTracker(iEventMin,iEventMax,"galice.root"); // iEventMin: first event
 273
 274 ===========================================================
 275  Macro  MUONGenerateGeometryData.C
 276 ===========================================================
 277
 278 Macro for generating the geometry data files
 279
 280 Geometry data files:
 281 - MUON/data/volpath.dat file contains the volume paths
 282 for all alignable objects (modules & detection
 283 elements).
 284 - MUON/data/transform.dat file contains the transformations
 285 data (translation and rotation) for all alignable objects
 286 (modules & detection elements)
 287 - MUON/data/svmap.dat file contains all the information to link
 288 each geant volume (it can be extended to other virtual MC) with
 289 a detection element. The point here is that a given detection
 290 element, i.e. a slat chamber can consist of more geant volumes.
 291 the correspondence is then defined in an input file.
 292 Each time there is a change in the definition of MC geometry, these
 293 input files must be re-generated via the macro
 294 MUONGenerateGeometryData.C
 295
 296 To be run from aliroot:
 297 .x MUONGenerateGeometryData.C
 298
 299 The generated files do not replace the existing ones
 300 but have different names (with extension ".out").
 301 Replacement with new files has to be done manually.
 302
 303 ===========================================================
 304  Macros to generate Mis-alignment data
 305 ===========================================================
 306
 307 Macro for generating the geometry mis-alignment data:
 308 MakeMUONFullMisAlignment.C
 309 MakeMUONResMisAlignment.C
 310 MakeMUONZeroMisAlignment.C
 311
 312 To be run from aliroot:
 313 .x MakeMUONFullMisAlignment.C etc.
 314
 315 If the environment variable TOCDB is not set to "kTRUE",
 316 the misalignment data are generated in a local file:
 317 (MUONFullMisalignment.root, etc.)
 318
 319 If the data are stored in CDB, the storage can be specified in
 320 the environment variable STORAGE. The misalignment data are then
 321 generated in the CDB folder (defaults are ResMisAlignCDB and FullMisAlignCDB
 322 in the working directory). Inside the local CDB the path for the
 323 alignment data is (and must be) "MUON/Align/Data/".
 324 Residual misalignment: Default is our current estimate of
 325 misalignment after all our alignment procedure has been applied.
 326 Full misalignment: Default is our current estimate of initial
 327 misalignment.
 328
 329 ==========================================================
 330 How to simulate events with misaligned geometry in local CDB
 331 ==========================================================
 332
 333 If you want to use a misaligned geometry to simulate some
 334 events you can use a local CDB. For this need to follow
 335 the next steps:
 336
 337 - Generate misaligned data in local CDB.
 338 You can use MUONGenerateGeometryData.C as described above in
 339 the corresponding section. Let's assume you used the default
 340 residual misalignment settings, then you have a local CDB in
 341 your working directory called ResMisAlignCDB containing
 342 misalignement data (ResMisAlignCDB/MUON/Align).
 343
 344 - Tell AliSimulation you want to use your local CDB for
 345 MUON/Align/Data
 346 To do this you need to instantiate the AliCDBManager, set the
 347 default storage and set the specific storage for MUON/Align/Data,
 348 before instantiating AliSimulation (see for example the commented
 349 lines AlirootRun_MUONtest.sh).
 350
 351 aliroot -b  >& testSim.out << EOF
 352 AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
 353 man->SetDefaultStorage("local://$ALICE_ROOT");
 354 man->SetSpecificStorage("MUON/align/Data","local://ResMisAlignCDB");
 355 AliSimulation MuonSim("$ALICE_ROOT/MUON/Config.C");
 356 MuonSim.SetWriteRawData("MUON");
 357 MuonSim.Run(10);
 358 .q
 359 EOF
 360
 361 ==========================================================
 362 How to check the alignment software
 363 ==========================================================
 364
 365 The script AlirootRun_MUONtestAlign.sh  allows you to check the software for
 366 the alignment with physics tracks. The script will:
 367 - Generate a misaligned geometry in a local CDB (default FullMisAlignCDB)
 368 - Simulate 1000 events using previously misaligned geometry
 369 - Reconstruct the events using perfect geometry
 370 - Run the alignment code over the above events using MUONAlignment.C
 371
 372 To run you need to type:
 373 $ALICE_ROOT/MUON/AlirootRun_MUONtestAlign.sh
 374
 375 The results of the test are saved in test_align/ directory. The file measShifts.root
 376 contains useful graphs for studying the alignment performances. A local CDB
 377 containing the realigned geometry is also created (default is ReAlignCDB). The
 378 file $ALICE_ROOT/MUON/data/transform2ReAlign.dat contains the
 379 transformations describing the realigned geometry to be compared with the
 380 used misaligned geometry $ALICE_ROOT/MUON/data/transform2.dat.
 381
 382 IMPORTANT NOTE: For a useful test of the alignment performances, the
 383 order of 100 000 tracks is needed, it is then advisable to generate and
 384 reconstruct enough events separately and run MUONAlignment.C providing a file list
 385 afterwards.
 386
 387 ==========================================================
 388  How to Merge events
 389 ==========================================================
 390
 391 You can merge 2 types of simulated events. For example,
 392 you can simulate Hijing events, and then simulate muons
 393 merging both.
 394
 395 Merging is done at the sdigits level, so Kinematics files
 396 of the merged events will just correspond to the
 397 Config.C simulated file (not to Config_HIJING.C).
 398
 399 You must, first, do the Hijing simulation and store it
 400 in directory $HIJING_SIM. Note that for merging you
 401 won't need Kinematics files of the Hijing simulation...
 402
 403 Hijing simulation
 404
 405 aliroot -b << EOF
 406 AliSimulation HijingSim("$HIJING_SIM/Config_HIJING.C")
 407 HijingSim.Run(5)
 408 .q
 409 EOF
 410
 411
 412 Then you can do muon simulation and reconstruction
 413 merging both simulated events. In next example, we are
 414 merging 20 times each Hijing event in order to simulate
 415 100 muons merged with 5 Hijing events.
 416
 417
 418 aliroot -b << EOF
 419 AliSimulation MuonSim("$ALICE_ROOT/MUON/Config.C")
 420 MuonSim.MergeWith("$HIJING_SIM/galice.root",20) //parameters are the Hijing simulation file and the number of times we use each Hijing event
 421 MuonSim.Run(100) // number of muon (Config.C) events
 422 .q
 423 EOF
 424
 425
 426 aliroot -b << EOF
 427 TPluginManager * pluginmanager = gROOT->GetPluginManager()
 428 pluginmanager->AddHandler("AliReconstructor","MUON","AliMUONReconstructor","MUON","AliMUONReconstructor()")
 429 AliReconstruction  MuonRec("galice.root")
 430 MuonRec.SetRunTracking("")
 431 MuonRec.SetRunVertexFinder(kFALSE)
 432 MuonRec.SetRunLocalReconstruction("MUON")
 433 MuonRec.SetFillESD("MUON")
 434 MuonRec.Run()
 435 .q
 436 EOF
 437
 438 ==========================================================
 439  How to play with the CDB
 440 ==========================================================
 441
 442 If you'd like to see how the CDB is created, please have a look at the
 443 MUONCDB.C (work in progress, though).
 444
 445 ==========================================================
 446 ...on track numbering
 447 ==========================================================
 448
 449 All generated particles, including primary and secondary
 450 particles are put on the stack. The secondary particles are kept
 451 in the stack only if they gave a hit in *any* of the ALICE detectors
 452 The number of all particles placed on the stack for a given event
 453 can be obtained with
 454 Int_t nPart = AliStack::GetNtrack();
 455 Looping from 0 to nPart via AliStack::Particle(ipart)
 456 gives the particle listing as obtained from the particle generator (primaries)
 457 and Monte Carlo (secondaries).
 458
 459 The particle response in the detector, a hit, is registered
 460 in the hits tree and the hits are filled with each primary track.
 461 The total number of "tracks" (fills of the tree) can be obtained
 462 with ntracks = AliMUONMCDataInterface::NumberOfTracks(event) and is usually smaller than "nPart".
 463 Since particles can also deposit hits in other detectors than
 464 the MUON spectrometer, there will be many "tracks" (fills) in the hit-tree
 465 without a hit in MUON.
 466
 467 The correspondence between "track ID" in the hits-tree ("itr") and the
 468 particle ID for particles on the stack (i.e. generated particles) can be
 469 obtained via:
 470 for (Int_t itr = 0; itr < ntracks; itr++) {
 471     AliMUONVHitStore* hitStore = mcDataInterface.HitStore(event,itr);
 472     //track "itr" of the hits-tree
 473     Int_t nhitstot = hitStore->GetSize();
 474     AliMUONHit* mHit;
 475     TIter next(hitStore->CreateIterator());
 476     while ( ( mHit = static_cast<AliMUONHit*>(next()) ) )
 477     {
 478        Int_t id = mHit->Track(); //gives particle ID on stack
 479        TParticle* particle = mcDataInterface.Stack(event)->Particle(id);
 480     }
 481 }
 482
 483 where mcDataInterface has been obtained by
 484 AliMUONMCDataInterface mcDataInterface("galice.root");
 485
 486 During the procedure to go from hits to digits, the hits
 487 are summed up such that more than one track can contribute
 488 to a given digit. As a consequence the method
 489 Int_t AliMUONDigit::Track(Int_t trackID)
 490 takes an argument, where "trackID" runs from 0 to
 491 AliMUONDigit::Ntracks() to provide the reference to *all*
 492 tracks that contributed to it. The returned track ID is the one
 493 referred to in the hit-tree. To know which is the generated particle
 494 that deposited a given digit one has to follow the sequence of the kind:
 495 (shown here using the simple, but not fast, DataInterface interfaces) :
 496
 497 AliMUONMCDataInterface mcdi("galice.root");
 498 AliMUONDataInterface di("galice.root");
 499
 500 AliMUONVDigitStore* digitStore = di.DigitStore(event);
 501 AliMUONVDigit* mDigit = ... get some digit from the digitStore
 502
 503 for (int tr = 0; tr < mDigit->Ntracks(); tr++)
 504 {
 505    Int_t hitTrackID = mDigit->Track(tr);
 506    // get the hits corresponding to this trackID
 507    AliMUONHitStore* hitStore = mcdi.HitStore(event,hitTrackID);
 508    // loop over the hits
 509    TIter hNext(hitStore->CreateIterator());
 510    AliMUONHit* mHit;
 511    while ( ( mHit = static_cast<AliMUONHit*>(hNext()) ) )
 512    {
 513     Int_t numPart = mHit->Track(); //gives ID of particle on the stack
 514     Int_t idTrack = mHit->Particle(); //gives flavour code of the particle
 515    }
 516 }
 517
 518 ==========================================================
 519 Macros for MC studies
 520 ==========================================================
 521
 522 For MC studies the classes "AliMUONTrackLight" and "AliMUONPairLight" can be
 523 used in order to fill not only the single muon / dimuon's kinematics (charge,
 524 pT, rapidity, etc) at the generation AND reconstruction level, but also for
 525 "decoding" the Pythia output and for the storing of the single muon's history.
 526 This allows to tag if two muons of a given event come from a certain, well-defined
 527 process, such as J/psi, Upsilons, correlated open charm or open beauty or the
 528 low masses or if they are of uncorrelated origin. For open beauty/charm it also
 529 tags the creation process (pair creation, flavour excitation or gluon splitting).
 530 The classes also allow to tag feed-down or neutral B meson oscillation and
 531 has a method that checks whether the reconstructed track is a muon or not.
 532
 533 The macros ReadRecoCocktail.C, DecodeRecoCocktail.C and MergeMuonLight.C
 534 are examples how to use these two classes. DecodeRecoCocktail.C opens the
 535 generated files, loops over the events and fills an AliMUONTrackLight object
 536 for every reconstructed track for which the reference to its generated particle
 537 could be established, using the AliMUONRecoCheck class.
 538 It then takes the AliMUONTrackLight objects and forms - event by event -
 539 AliMUONPairLight objects, on a combinatorial basis. For a given event these
 540 objects are stored in respective TClonesArrays which are then stored in a tree.
 541 By default, the produced output file is called "MuonLight.root".
 542 This root file can then be taken by the macro "ReadRecoCocktail.C" that shows,
 543 on the example of the reconstructed mass and pT of the AliMUONPairLight object,
 544 how to access the available information. For large statistics, in which many
 545 individual MuonLight.root files are produced, MergeMuonLight.C can be used
 546 to merge the files and produce one common output root file.
 547
 548 To read a generation/reconstrution from PDC06 preproduction, and write a file
 549 with a tree of AliMUONTrackLight / AliMUONPairLight :
 550 go to the directory containing the generation/reconstruction. From there run
 551 aliroot
 552 .L DecodeRecoCocktail.C+
 553 DecodeRecoCocktail();
 554 .q
 555
 556 To read the file previously generated:
 557 aliroot
 558 .L ReadRecoCocktail.C+
 559 ReadRecoCocktail();
 560 .q
 561
 562 ===========================================================
 563  How to reprocess trigger decision from already produced digits
 564 ===========================================================
 565 The MUONTrigger.C macro can be used to check the trigger algorithm w/o
 566 having to (re-)perform simulation and digitalization.
 567 It loads the digits, erase TreeR and store the current trigger output in
 568 TreeR.
 569 The different trigger outputs can be compared by looking at the GLT branch
 570 of TreeD (filled during simulation) and the TC branch of TreeR (filled from
 571 a copy of TreeD during reconstruction or with this macro).
 572 Note: rec points from tracking chamber will be lost.
 573 Usage:
 574 root [0] .L $ALICE_ROOT/MUON/MUONTrigger.C+
 575 root [1] MUONTrigger()
 576
 577 ===========================================================
 578  How to check integrated trigger efficiency
 579 ===========================================================
 580 The MUONTriggerEfficiency.C macro (included in the check scripts) calculates
 581 the trigger efficiency for the 2 pt cuts.
 582 The output is stored in MUONTriggerEfficiency.out file.
 583 Usage:
 584 root [0] .L $ALICE_ROOT/MUON/MUONTriggerEfficiency.C+
 585 root [1] MUONTriggerEfficiency()
 586 For the CVS default version of the trigger LUT (i.e. lutAptLpt1Hpt1p7.root),
 587 The reference for J/psi and Upsilon is as below
 588  For 1000 Jpsi events with:
 589     AliGenParam *gener = new AliGenParam(1, AliGenMUONlib::kJpsi);
 590     gener->SetMomentumRange(0,999);
 591     gener->SetPtRange(0,100.);
 592     gener->SetPhiRange(0., 360.);
 593     gener->SetCutOnChild(1);
 594     gener->SetChildPhiRange(0.,360.);
 595     gener->SetChildThetaRange(171.0,178.0);
 596     gener->SetOrigin(0,0,0);
 597     gener->SetForceDecay(kDiMuon);
 598     gener->SetTrackingFlag(1);
 599  the output should be
 600   Efficiency Lpt cut = 0.7362 +/- 0.0391
 601   Efficiency Hpt cut = 0.2662 +/- 0.0201
 602  Similarly, for 1000 Upsilon events, the output should be
 603   Efficiency Lpt cut = 0.9806 +/- 0.0457
 604   Efficiency Hpt cut = 0.9537 +/- 0.0448
 605
 606 ===========================================================
 607  How to check single muon trigger efficiency versus pt
 608 ===========================================================
 609 The MUONTriggerEfficiencyPt.C macro produces trigger single muon efficiency
 610 versus pt plots for the 2 pt cuts.
 611 Results are compared to the reference (red curves).
 612 To be used with (at least) 10000 events as follows
 613    AliGenBox * gener = new AliGenBox(1);
 614    gener->SetPtRange(0.,10.);
 615    gener->SetPhiRange(0., 360.);
 616    gener->SetThetaRange(171.000,178.001);
 617    gener->SetPart(13);           // or -13
 618    gener->SetOrigin(0.,0., 0.);
 619    gener->SetSigma(0.0, 0.0, 0.0);
 620 Outputs are stored in MUONTriggerEfficiencyPt.gif/eps/out files
 621 Important note: this macro works with one (real) muon track per event only
 622 Usage:
 623 root [0] .L $ALICE_ROOT/MUON/MUONTriggerEfficiencyPt.C+
 624 root [1] MUONTriggerEfficiencyPt()
 625
 626 ===========================================================
 627  How to process invariant mass spectra for J/psi or Upsilon
 628 ===========================================================
 629 The macro MUONmassPlot_ESD.C reads back the MUON ESD informations and compute
 630 the invariant mass spectra and corresponding uncorelated background.
 631 Moreover gives the number of event in the resonance peak and the number of triggers.
 632 Usage:
 633 root [0] .L $ALICE_ROOT/MUON/MUONmassPlot_ESD.C+
 634 root [1] MUONmassPlot_ESD(ExtrapToVertex,
 635                         geoFilenam, filename
 636                         FirstEvent, LastEvent,
 637                         esdFileName,
 638                         ResType, Chi2Cut,
 639                         PtCutMin, PtCutMax,
 640                         massMin, massMax)
 641
 642 with:
 643 ExtrapToVertex (default -1)
 644       <0: no extrapolation;
 645       =0: extrapolation to (0,0,0);
 646       >0: extrapolation to ESDVertex if available, else to (0,0,0)
 647 geoFilename (default "geometry.root") geometry file name needed to extrap to vertex
 648 filename    (default "galice.root") galice root file name
 649 FirstEvent  (default 0)
 650 LastEvent   (default 10000)
 651 esdFileName (default "AliESDs.root") esd root file name
 652 ResType     (default 553):   553 for Upsilon, anything else for J/Psi
 653 Chi2Cut     (default 100):   keep only tracks with chi2 per d.o.f. < Chi2Cut
 654 PtCutMin    (default 1):     keep only tracks with transverse momentum > PtCutMin
 655 PtCutMax    (default 10000): keep only tracks with transverse momentum < PtCutMax
 656 massMin     (default 9.17 for Upsilon) keep only invariant masses with
 657 massMax     (default 9.77 for Upsilon) massMin < mass < massMax
 658
 659 ===========================================================
 660  Still working ..............
 661 ===========================================================