PHOS/AliPHOSReconstructor.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 //_________________________________________________________________________
  19 //--
  20 //-- Yves Schutz (SUBATECH)
  21 // Reconstruction class. Redesigned from the old AliReconstructionner class and
  22 // derived from STEER/AliReconstructor.
  23 //
  24 // --- ROOT system ---
  25 #include "TGeoManager.h"
  26 #include "TGeoMatrix.h"
  27
  28 // --- Standard library ---
  29
  30 // --- AliRoot header files ---
  31 #include "AliLog.h"
  32 #include "AliAltroMapping.h"
  33 #include "AliESDEvent.h"
  34 #include "AliESDCaloCluster.h"
  35 #include "AliESDCaloCells.h"
  36 #include "AliPHOSReconstructor.h"
  37 #include "AliPHOSClusterizerv1.h"
  38 #include "AliPHOSTrackSegmentMakerv1.h"
  39 #include "AliPHOSPIDv1.h"
  40 #include "AliPHOSTracker.h"
  41 #include "AliRawReader.h"
  42 #include "AliPHOSCalibData.h"
  43 #include "AliCDBEntry.h"
  44 #include "AliCDBManager.h"
  45 #include "AliPHOSTrigger.h"
  46 #include "AliPHOSGeometry.h"
  47 #include "AliPHOSDigit.h"
  48 #include "AliPHOSTrackSegment.h"
  49 #include "AliPHOSEmcRecPoint.h"
  50 #include "AliPHOSRecParticle.h"
  51 #include "AliPHOSRawFitterv0.h"
  52 #include "AliPHOSRawFitterv1.h"
  53 #include "AliPHOSRawFitterv2.h"
  54 #include "AliPHOSRawFitterv3.h"
  55 #include "AliPHOSRawFitterv4.h"
  56 #include "AliPHOSRawDigiProducer.h"
  57 #include "AliPHOSPulseGenerator.h"
  58 #include "AliPHOSTriggerRawDigit.h"
  59 #include "AliPHOSTriggerRawDigiProducer.h"
  60 #include "AliPHOSTriggerParameters.h"
  61
  62 ClassImp(AliPHOSReconstructor)
  63
  64 Bool_t AliPHOSReconstructor::fgDebug = kFALSE ;
  65 TClonesArray*     AliPHOSReconstructor::fgDigitsArray = 0;   // Array of PHOS digits
  66 TObjArray*        AliPHOSReconstructor::fgEMCRecPoints = 0;   // Array of EMC rec.points
  67 AliPHOSCalibData * AliPHOSReconstructor::fgCalibData  = 0 ;
  68 TClonesArray*     AliPHOSReconstructor::fgTriggerDigits = 0;   // Array of PHOS trigger digits
  69
  70 //____________________________________________________________________________
  71 AliPHOSReconstructor::AliPHOSReconstructor() :
  72   fGeom(NULL),fClusterizer(NULL),fTSM(NULL),fPID(NULL),fTmpDigLG(NULL)
  73 {
  74   // ctor
  75   fGeom          = AliPHOSGeometry::GetInstance("IHEP","");
  76   fClusterizer   = new AliPHOSClusterizerv1      (fGeom);
  77   fTSM           = new AliPHOSTrackSegmentMakerv1(fGeom);
  78   fPID           = new AliPHOSPIDv1              (fGeom);
  79   fTmpDigLG      = new TClonesArray("AliPHOSDigit",100);
  80   fgDigitsArray  = new TClonesArray("AliPHOSDigit",100);
  81   fgEMCRecPoints = new TObjArray(100) ;
  82   if (!fgCalibData)
  83     fgCalibData = new AliPHOSCalibData(-1); //use AliCDBManager's run number
  84
  85   fgTriggerDigits  = new TClonesArray("AliPHOSTriggerRawDigit",100);
  86
  87   AliInfo(Form("PHOS bad channel map contains %d bad channel(s).\n",
  88                fgCalibData->GetNumOfEmcBadChannels()));
  89
  90 }
  91
  92 //____________________________________________________________________________
  93 AliPHOSReconstructor::~AliPHOSReconstructor()
  94 {
  95   // dtor
  96   delete fGeom;
  97   delete fClusterizer;
  98   delete fTSM;
  99   delete fPID;
 100   delete fTmpDigLG;
 101   delete fgDigitsArray;
 102   delete fgEMCRecPoints;
 103   delete fgTriggerDigits;
 104 }
 105
 106 //____________________________________________________________________________
 107 void AliPHOSReconstructor::Reconstruct(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree) const
 108 {
 109   // 'single-event' local reco method called by AliReconstruction;
 110   // Only the clusterization is performed,; the rest of the reconstruction is done in FillESD because the track
 111   // segment maker needs access to the AliESDEvent object to retrieve the tracks reconstructed by
 112   // the global tracking.
 113
 114   fClusterizer->InitParameters();
 115   fClusterizer->SetInput(digitsTree);
 116   fClusterizer->SetOutput(clustersTree);
 117   if ( Debug() )
 118     fClusterizer->Digits2Clusters("deb all") ;
 119   else
 120     fClusterizer->Digits2Clusters("") ;
 121 }
 122
 123 //____________________________________________________________________________
 124 void AliPHOSReconstructor::FillESD(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree,
 125                                    AliESDEvent* esd) const
 126 {
 127   // This method produces PHOS rec-particles,
 128   // then it creates AliESDtracks out of them and
 129   // write tracks to the ESD
 130
 131
 132   // do current event; the loop over events is done by AliReconstruction::Run()
 133   fTSM->SetESD(esd) ;
 134   fTSM->SetInput(clustersTree);
 135   if ( Debug() )
 136     fTSM->Clusters2TrackSegments("deb all") ;
 137   else
 138     fTSM->Clusters2TrackSegments("") ;
 139
 140   fPID->SetInput(clustersTree, fTSM->GetTrackSegments()) ;
 141   fPID->SetESD(esd) ;
 142   if ( Debug() )
 143     fPID->TrackSegments2RecParticles("deb all") ;
 144   else
 145     fPID->TrackSegments2RecParticles("") ;
 146
 147   TClonesArray *recParticles  = fPID->GetRecParticles();
 148   Int_t nOfRecParticles = recParticles->GetEntriesFast();
 149
 150   AliDebug(2,Form("%d rec. particles, option %s",nOfRecParticles,GetOption()));
 151
 152   // Read digits array
 153
 154   TBranch *branch = digitsTree->GetBranch("PHOS");
 155   if (!branch) {
 156     AliError("can't get the branch with the PHOS digits !");
 157     return;
 158   }
 159   branch->SetAddress(&fgDigitsArray);
 160   branch->GetEntry(0);
 161
 162   // Get the clusters array
 163
 164   TBranch *emcbranch = clustersTree->GetBranch("PHOSEmcRP");
 165   if (!emcbranch) {
 166     AliError("can't get the branch with the PHOS EMC clusters !");
 167     return;
 168   }
 169
 170   emcbranch->SetAddress(&fgEMCRecPoints);
 171   emcbranch->GetEntry(0);
 172
 173
 174   // Trigger
 175
 176   TBranch *tbranch = digitsTree->GetBranch("TPHOS");
 177   if (!tbranch) {
 178     AliError("can't get the branch with the PHOS trigger digits !");
 179     return;
 180   }
 181
 182   tbranch->SetAddress(&fgTriggerDigits);
 183   tbranch->GetEntry(0);
 184
 185   AliESDCaloTrigger* trgESD = esd->GetCaloTrigger("PHOS");
 186
 187   if (trgESD) {
 188     trgESD->Allocate(fgTriggerDigits->GetEntriesFast());
 189
 190     for (Int_t i = 0; i < fgTriggerDigits->GetEntriesFast(); i++) {
 191       AliPHOSTriggerRawDigit* tdig = (AliPHOSTriggerRawDigit*)fgTriggerDigits->At(i);
 192
 193       Int_t mod,modX,modZ;
 194       tdig->GetModXZ(mod,modX,modZ);
 195
 196       const Int_t relId[4] = {5-mod,0,modX+1,modZ+1};
 197       Int_t absId;
 198
 199       fGeom->RelToAbsNumbering(relId,absId);
 200       trgESD->Add(mod,absId,tdig->GetAmp(),0.,(Int_t*)NULL,0,0,0);
 201     }
 202   }
 203
 204
 205 //   //#########Calculate trigger and set trigger info###########
 206
 207 //   AliPHOSTrigger tr ;
 208 //   //   tr.SetPatchSize(1);//create 4x4 patches
 209 //   tr.SetSimulation(kFALSE);
 210 //   tr.Trigger(fgDigitsArray);
 211
 212 //   Float_t maxAmp2x2  = tr.Get2x2MaxAmplitude();
 213 //   Float_t maxAmpnxn  = tr.GetnxnMaxAmplitude();
 214 //   Float_t ampOutOfPatch2x2  = tr.Get2x2AmpOutOfPatch() ;
 215 //   Float_t ampOutOfPatchnxn  = tr.GetnxnAmpOutOfPatch() ;
 216
 217 //   Int_t iSM2x2      = tr.Get2x2SuperModule();
 218 //   Int_t iSMnxn      = tr.GetnxnSuperModule();
 219 //   Int_t iCrystalPhi2x2 = tr.Get2x2CrystalPhi();
 220 //   Int_t iCrystalPhinxn = tr.GetnxnCrystalPhi();
 221 //   Int_t iCrystalEta2x2 = tr.Get2x2CrystalEta();
 222 //   Int_t iCrystalEtanxn = tr.GetnxnCrystalEta();
 223
 224 //   AliDebug(2, Form("Trigger 2x2 max amp %f, out amp %f, SM %d, iphi %d ieta %d",
 225 //                 maxAmp2x2, ampOutOfPatch2x2, iSM2x2,iCrystalPhi2x2, iCrystalEta2x2));
 226 //   AliDebug(2, Form("Trigger 4x4 max amp %f , out amp %f, SM %d, iphi %d, ieta %d",
 227 //                 maxAmpnxn, ampOutOfPatchnxn, iSMnxn,iCrystalPhinxn, iCrystalEtanxn));
 228
 229 //   // Attention! PHOS modules in order to calculate AbsId need to be 1-5 not 0-4 as returns trigger.
 230 //   Int_t iRelId2x2 []= {iSM2x2+1,0,iCrystalPhi2x2,iCrystalEta2x2};
 231 //   Int_t iAbsId2x2 =-1;
 232 //   Int_t iRelIdnxn []= {iSMnxn+1,0,iCrystalPhinxn,iCrystalEtanxn};
 233 //   Int_t iAbsIdnxn =-1;
 234 //   TVector3    pos2x2(-1,-1,-1);
 235 //   TVector3    posnxn(-1,-1,-1);
 236 //   fGeom->RelToAbsNumbering(iRelId2x2, iAbsId2x2);
 237 //   fGeom->RelToAbsNumbering(iRelIdnxn, iAbsIdnxn);
 238 //   fGeom->RelPosInAlice(iAbsId2x2, pos2x2);
 239 //   fGeom->RelPosInAlice(iAbsIdnxn, posnxn);
 240
 241 //   TArrayF triggerPosition(6);
 242 //   triggerPosition[0] = pos2x2(0) ;
 243 //   triggerPosition[1] = pos2x2(1) ;
 244 //   triggerPosition[2] = pos2x2(2) ;
 245 //   triggerPosition[3] = posnxn(0) ;
 246 //   triggerPosition[4] = posnxn(1) ;
 247 //   triggerPosition[5] = posnxn(2) ;
 248
 249 //   TArrayF triggerAmplitudes(4);
 250 //   triggerAmplitudes[0] = maxAmp2x2 ;
 251 //   triggerAmplitudes[1] = ampOutOfPatch2x2 ;
 252 //   triggerAmplitudes[2] = maxAmpnxn ;
 253 //   triggerAmplitudes[3] = ampOutOfPatchnxn ;
 254
 255 //   //esd->SetPHOSTriggerCells(triggerPosition);
 256 //   esd->AddPHOSTriggerPosition(triggerPosition);
 257 //   esd->AddPHOSTriggerAmplitudes(triggerAmplitudes);
 258
 259
 260   //########################################
 261   //############# Fill CaloCells ###########
 262   //########################################
 263
 264   Int_t nDigits = fgDigitsArray->GetEntries();
 265   Int_t idignew = 0 ;
 266   AliDebug(1,Form("%d digits",nDigits));
 267
 268   const Int_t knEMC = fGeom->GetNModules()*fGeom->GetNPhi()*fGeom->GetNZ();
 269   AliESDCaloCells &phsCells = *(esd->GetPHOSCells());
 270   phsCells.CreateContainer(nDigits);
 271   phsCells.SetType(AliESDCaloCells::kPHOSCell);
 272
 273   // Add to CaloCells only EMC digits with non-zero energy
 274   for (Int_t idig = 0 ; idig < nDigits ; idig++) {
 275     const AliPHOSDigit * dig = (const AliPHOSDigit*)fgDigitsArray->At(idig);
 276     if(dig->GetId() <= knEMC &&
 277        Calibrate(dig->GetEnergy(),dig->GetId()) > GetRecoParam()->GetEMCMinE() ){
 278       phsCells.SetCell(idignew,dig->GetId(), Calibrate(dig->GetEnergy(),dig->GetId()),
 279                                              CalibrateT(dig->GetTime(),dig->GetId()));
 280       idignew++;
 281     }
 282   }
 283   phsCells.SetNumberOfCells(idignew);
 284   phsCells.Sort();
 285
 286   //########################################
 287   //############## Fill CaloClusters #######
 288   //########################################
 289
 290   for (Int_t recpart = 0 ; recpart < nOfRecParticles ; recpart++) {
 291     AliPHOSRecParticle  *rp    = static_cast<AliPHOSRecParticle*>(recParticles->At(recpart));
 292     if (Debug())
 293       rp->Print();
 294     // Get track segment and EMC rec.point associated with this rec.particle
 295     AliPHOSTrackSegment *ts    = static_cast<AliPHOSTrackSegment *>(fTSM->GetTrackSegments()
 296                                                                     ->At(rp->GetPHOSTSIndex()));
 297
 298     AliPHOSEmcRecPoint  *emcRP = static_cast<AliPHOSEmcRecPoint *>(fgEMCRecPoints->At(ts->GetEmcIndex()));
 299     AliESDCaloCluster   *ec    = new AliESDCaloCluster() ;
 300
 301     Float_t xyz[3];
 302     for (Int_t ixyz=0; ixyz<3; ixyz++)
 303       xyz[ixyz] = rp->GetPos()[ixyz];
 304
 305     AliDebug(2,Form("Global position xyz=(%f,%f,%f)",xyz[0],xyz[1],xyz[2]));
 306
 307     // Create cell lists
 308
 309     Int_t     cellMult   = emcRP->GetDigitsMultiplicity();
 310     Int_t    *digitsList = emcRP->GetDigitsList();
 311     Float_t  *rpElist    = emcRP->GetEnergiesList() ;
 312     UShort_t *absIdList  = new UShort_t[cellMult];
 313     Double_t *fracList   = new Double_t[cellMult];
 314
 315     for (Int_t iCell=0; iCell<cellMult; iCell++) {
 316       AliPHOSDigit *digit = static_cast<AliPHOSDigit *>(fgDigitsArray->At(digitsList[iCell]));
 317       absIdList[iCell] = (UShort_t)(digit->GetId());
 318       if (digit->GetEnergy() > 0)
 319         fracList[iCell] = rpElist[iCell]/(Calibrate(digit->GetEnergy(),digit->GetId()));
 320       else
 321         fracList[iCell] = 0;
 322     }
 323
 324     //Primaries
 325     Int_t  primMult  = 0;
 326     Int_t *primList =  emcRP->GetPrimaries(primMult);
 327
 328     Float_t energy=0.;
 329     if (GetRecoParam()->EMCEcore2ESD())
 330       energy = emcRP->GetCoreEnergy();
 331     else
 332       energy = rp->Energy();
 333     //Apply nonlinearity correction
 334     if(GetRecoParam()->GetEMCEnergyCorrectionOn())
 335       energy=CorrectNonlinearity(energy) ;
 336
 337     // fills the ESDCaloCluster
 338     ec->SetType(AliVCluster::kPHOSNeutral);
 339     ec->SetPosition(xyz);                       //rec.point position in MARS
 340     ec->SetE(energy);                           //total or core particle energy
 341     ec->SetDispersion(emcRP->GetDispersion());  //cluster dispersion
 342     ec->SetPID(rp->GetPID()) ;            //array of particle identification
 343     ec->SetM02(emcRP->GetM2x()) ;               //second moment M2x
 344     ec->SetM20(emcRP->GetM2z()) ;               //second moment M2z
 345     ec->SetNExMax(emcRP->GetNExMax());          //number of local maxima
 346     ec->SetEmcCpvDistance(ts->GetCpvDistance("r")); //Only radius, what about separate x,z????
 347     ec->SetTrackDistance(ts->GetCpvDistance("x"),ts->GetCpvDistance("z"));
 348     ec->SetChi2(-1);                     //not yet implemented
 349     ec->SetTOF(emcRP->GetTime());               //Time of flight - already calibrated in EMCRecPoint
 350
 351     //Cells contributing to clusters
 352     ec->SetNCells(cellMult);
 353     ec->SetCellsAbsId(absIdList);
 354     ec->SetCellsAmplitudeFraction(fracList);
 355
 356     //Distance to the nearest bad crystal
 357     ec->SetDistanceToBadChannel(emcRP->GetDistanceToBadCrystal());
 358
 359     //Array of MC indeces
 360     TArrayI arrayPrim(primMult,primList);
 361     ec->AddLabels(arrayPrim);
 362
 363     //Matched ESD track
 364     TArrayI arrayTrackMatched(1);
 365     arrayTrackMatched[0]= ts->GetTrackIndex();
 366     ec->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
 367
 368     Int_t index = esd->AddCaloCluster(ec);
 369
 370     //Set pointer to this cluster in ESD track
 371     Int_t nt=esd->GetNumberOfTracks();
 372     for (Int_t itr=0; itr<nt; itr++) {
 373       AliESDtrack *esdTrack=esd->GetTrack(itr);
 374       if(!esdTrack->IsPHOS())
 375         continue ;
 376       if(esdTrack->GetPHOScluster()==-recpart){ //we store negative cluster number
 377         esdTrack->SetPHOScluster(index) ;
 378 //no garatie that only one track matched this cluster
 379 //      break ;
 380       }
 381     }
 382
 383     delete ec;
 384     delete [] fracList;
 385     delete [] absIdList;
 386   }
 387   fgDigitsArray ->Clear();
 388   fgEMCRecPoints->Clear("C");
 389   recParticles  ->Clear();
 390
 391   //Store PHOS misalignment matrixes
 392   FillMisalMatrixes(esd) ;
 393
 394 }
 395
 396 //____________________________________________________________________________
 397 AliTracker* AliPHOSReconstructor::CreateTracker() const
 398 {
 399   // creates the PHOS tracker
 400   return new AliPHOSTracker();
 401 }
 402
 403 //____________________________________________________________________________
 404 void  AliPHOSReconstructor::ConvertDigits(AliRawReader* rawReader, TTree* digitsTree) const
 405 {
 406   // Converts raw data to
 407   // PHOS digits
 408   // Works on a single-event basis
 409   rawReader->Reset() ;
 410
 411   AliPHOSRawFitterv0 * fitter ;
 412
 413   const TObjArray* maps = AliPHOSRecoParam::GetMappings();
 414   if(!maps) AliFatal("Cannot retrieve ALTRO mappings!!");
 415
 416   AliAltroMapping *mapping[20];
 417   for(Int_t i = 0; i < 20; i++) {
 418     mapping[i] = (AliAltroMapping*)maps->At(i);
 419   }
 420
 421   if      (strcmp(GetRecoParam()->EMCFitterVersion(),"v0")==0)
 422     fitter=new AliPHOSRawFitterv0();
 423   else if (strcmp(GetRecoParam()->EMCFitterVersion(),"v1")==0)
 424     fitter=new AliPHOSRawFitterv1();
 425   else if (strcmp(GetRecoParam()->EMCFitterVersion(),"v2")==0)
 426     fitter=new AliPHOSRawFitterv2();
 427   else if (strcmp(GetRecoParam()->EMCFitterVersion(),"v3")==0)
 428     fitter=new AliPHOSRawFitterv3();
 429   else
 430     fitter=new AliPHOSRawFitterv4();
 431
 432   fitter->SubtractPedestals(GetRecoParam()->EMCSubtractPedestals());
 433   fitter->SetAmpOffset     (GetRecoParam()->GetGlobalAltroOffset());
 434   fitter->SetAmpThreshold  (GetRecoParam()->GetGlobalAltroThreshold());
 435
 436   TClonesArray *digits = new TClonesArray("AliPHOSDigit",1);
 437   digits->SetName("DIGITS");
 438   Int_t bufsize = 32000;
 439   digitsTree->Branch("PHOS", &digits, bufsize);
 440
 441   AliPHOSRawDigiProducer rdp(rawReader,mapping);
 442
 443   rdp.SetEmcMinAmp(GetRecoParam()->GetEMCRawDigitThreshold()); // in ADC
 444   rdp.SetCpvMinAmp(GetRecoParam()->GetCPVMinE());
 445   rdp.SetSampleQualityCut(GetRecoParam()->GetEMCSampleQualityCut());
 446   rdp.MakeDigits(digits,fTmpDigLG,fitter);
 447
 448   delete fitter ;
 449
 450   TClonesArray *tdigits = new TClonesArray("AliPHOSTriggerRawDigit",1);
 451   tdigits->SetName("TDIGITS");
 452   digitsTree->Branch("TPHOS", &tdigits, bufsize);
 453
 454   rawReader->Reset();
 455   AliPHOSTriggerRawDigiProducer tdp(rawReader);
 456
 457   AliPHOSTriggerParameters* parameters = (AliPHOSTriggerParameters*)AliPHOSRecoParam::GetTriggerParameters();
 458
 459   tdp.SetTriggerParameters(parameters);
 460   tdp.ProcessEvent(tdigits);
 461
 462   if (AliLog::GetGlobalDebugLevel() == 1) {
 463     Int_t modMax=-111;
 464     Int_t colMax=-111;
 465     Int_t rowMax=-111;
 466     Float_t eMax=-333;
 467     //!!!for debug!!!
 468
 469     Int_t relId[4];
 470     for(Int_t iDigit=0; iDigit<digits->GetEntries(); iDigit++) {
 471       AliPHOSDigit* digit = (AliPHOSDigit*)digits->At(iDigit);
 472       if(digit->GetEnergy()>eMax) {
 473         fGeom->AbsToRelNumbering(digit->GetId(),relId);
 474         eMax=digit->GetEnergy();
 475         modMax=relId[0];
 476         rowMax=relId[2];
 477         colMax=relId[3];
 478       }
 479     }
 480
 481     AliDebug(1,Form("Digit with max. energy:  modMax %d colMax %d rowMax %d  eMax %f\n\n",
 482                     modMax,colMax,rowMax,eMax));
 483   }
 484
 485   digitsTree->Fill();
 486
 487   digits->Delete();
 488   delete digits;
 489
 490   tdigits->Delete();
 491   delete tdigits;
 492 }
 493 //==================================================================================
 494 Float_t AliPHOSReconstructor::Calibrate(Float_t amp, Int_t absId)const{
 495   // Calibrate EMC digit, i.e. multiply its Amp by a factor read from CDB
 496
 497   const AliPHOSGeometry *geom = AliPHOSGeometry::GetInstance() ;
 498
 499   //Determine rel.position of the cell absolute ID
 500   Int_t relId[4];
 501   geom->AbsToRelNumbering(absId,relId);
 502   Int_t module=relId[0];
 503   Int_t row   =relId[2];
 504   Int_t column=relId[3];
 505   if(relId[1]){ //CPV
 506     Float_t calibration = fgCalibData->GetADCchannelCpv(module,column,row);
 507     return amp*calibration ;
 508   }
 509   else{ //EMC
 510     Float_t calibration = fgCalibData->GetADCchannelEmc(module,column,row);
 511     return amp*calibration ;
 512   }
 513 }
 514 //==================================================================================
 515 Float_t AliPHOSReconstructor::CalibrateT(Float_t time, Int_t absId)const{
 516   // Calibrate EMC digit, i.e. multiply its Amp by a factor read from CDB
 517
 518   const AliPHOSGeometry *geom = AliPHOSGeometry::GetInstance() ;
 519
 520   //Determine rel.position of the cell absolute ID
 521   Int_t relId[4];
 522   geom->AbsToRelNumbering(absId,relId);
 523   Int_t module=relId[0];
 524   Int_t row   =relId[2];
 525   Int_t column=relId[3];
 526   if(relId[1]){ //CPV
 527     return 0. ;
 528   }
 529   else{ //EMC
 530     time += fgCalibData->GetTimeShiftEmc(module,column,row);
 531     return time ;
 532   }
 533 }
 534 //==================================================================================
 535 void AliPHOSReconstructor::FillMisalMatrixes(AliESDEvent* esd)const{
 536   //Store PHOS matrixes in ESD Header
 537
 538   //Check, if matrixes was already stored
 539   for(Int_t mod=0 ;mod<5; mod++){
 540     if(esd->GetPHOSMatrix(mod)!=0)
 541       return ;
 542   }
 543
 544   //Create and store matrixes
 545   if(!gGeoManager){
 546     AliError("Can not store misal. matrixes: no gGeoManager! \n") ;
 547     return ;
 548   }
 549   //Note, that owner of copied marixes will be header
 550   char path[255] ;
 551   TGeoHMatrix * m ;
 552   for(Int_t mod=0; mod<5; mod++){
 553     snprintf(path,255,"/ALIC_1/PHOS_%d",mod+1) ; //In Geometry modules numbered 1,2,.,5
 554     if (gGeoManager->cd(path)){
 555       m = gGeoManager->GetCurrentMatrix() ;
 556       esd->SetPHOSMatrix(new TGeoHMatrix(*m),mod) ;
 557     }
 558     else{
 559       esd->SetPHOSMatrix(NULL,mod) ;
 560     }
 561   }
 562
 563 }
 564 //==================================================================================
 565 Float_t AliPHOSReconstructor::CorrectNonlinearity(Float_t en){
 566
 567   //For backward compatibility, if no RecoParameters found
 568   if(!GetRecoParam()){
 569     return 0.0241+1.0504*en+0.000249*en*en ;
 570   }
 571
 572   if(strcmp(GetRecoParam()->GetNonlinearityCorrectionVersion(),"NoCorrection")==0){
 573     return en ;
 574   }
 575   if(strcmp(GetRecoParam()->GetNonlinearityCorrectionVersion(),"Gustavo2005")==0){
 576     const Float_t *par=GetRecoParam()->GetNonlinearityParams() ;
 577     return par[0]+par[1]*en + par[2]*en*en ;
 578   }
 579   if(strcmp(GetRecoParam()->GetNonlinearityCorrectionVersion(),"Henrik2010")==0){
 580      const Float_t *par=GetRecoParam()->GetNonlinearityParams() ;
 581      return en*(par[0]+par[1]*TMath::Exp(-en*par[2]))*(1.+par[3]*TMath::Exp(-en*par[4]))*(1.+par[6]/(en*en+par[5])) ;
 582   }
 583   //For backward compatibility
 584   if(strcmp(GetRecoParam()->GetNonlinearityCorrectionVersion(),"")==0){
 585     return 0.0241+1.0504*en+0.000249*en*en ;
 586   }
 587   return en ;
 588 }
 589
 590 void AliPHOSReconstructor::readTRUParameters(AliPHOSTriggerParameters* parameters) const
 591 {
 592   //Read trigger parameters.
 593
 594   TString path(gSystem->Getenv("ALICE_ROOT"));
 595   path += "/PHOS/macros/Trigger/OCDB/";
 596
 597   for (Int_t mod = 2; mod < 5; ++mod) { // module
 598     for (Int_t tru = 0; tru < 4; tru++) { // tru row
 599       for (Int_t branch = 0; branch < 2; branch++) { // branch
 600
 601         // Open the Appropriate pedestal file
 602         TString fileName = path;
 603         fileName += "pedestal_m";
 604         fileName = fileName += mod;
 605         fileName+="_r";
 606         fileName+=tru;
 607         fileName+="_b";
 608         fileName+=branch;
 609         fileName+=".dat";
 610         std::ifstream instream;
 611         instream.open(fileName.Data());
 612
 613         // Read pedestals from file
 614         if( ! instream.is_open() )
 615           Printf("E-TRUPedestals: could not open %s", fileName.Data());
 616         else
 617           {
 618             Int_t ped[112];
 619
 620             char ch_s[35];
 621             char *ch_s_p = ch_s;
 622             //Int_t nlines = 0;
 623
 624             Int_t t_ped_0 =0;
 625             Int_t t_ped_1 =0;
 626             Int_t t_ped_2 =0;
 627
 628             for(Int_t n=0; n<112; n++)
 629               {
 630                 instream.getline(ch_s_p,36);
 631                 if (ch_s_p[23]<='9' && ch_s_p[23]>='0')
 632                   {
 633                     t_ped_0 = ch_s_p[23]-'0';
 634                   }
 635                 else if (ch_s_p[23]>='A' && ch_s_p[23]<='Z')
 636                   {
 637                     t_ped_0 = ch_s_p[23]-'A'+10;
 638
 639                   }
 640
 641                 if (ch_s_p[22]<='9' && ch_s_p[22]>='0')
 642                   {
 643                     t_ped_1 = ch_s_p[22]-'0';
 644                   }
 645                 else if (ch_s_p[22]<='Z' && ch_s_p[22]>='A')
 646                   {
 647                     t_ped_1 = ch_s_p[22]-'A'+10;
 648                   }
 649
 650                 if (ch_s_p[21]<='9' && ch_s_p[21]>='0')
 651                   {
 652                     t_ped_2 = ch_s_p[21]-'0';
 653                   }
 654                 else if (ch_s_p[21]<='Z' && ch_s_p[21]>='A')
 655                   {
 656                     t_ped_2 = ch_s_p[21]-'A'+10;
 657                   }
 658
 659                 ped[n]=t_ped_2*256+t_ped_1*16+t_ped_0;
 660
 661
 662               }
 663             for (Int_t xrow = 0; xrow < 8; xrow++){
 664               for (Int_t zcol = 0; zcol < 14; zcol++){
 665                 Int_t pedestal = ped[zcol*8+xrow];
 666
 667                 if( pedestal < 612 && pedestal > 412 ) // resonable
 668                   parameters->SetTRUPedestal(pedestal, mod, tru, branch, xrow, zcol);
 669                 else // unresonable
 670                   continue;
 671               }
 672             }
 673           } // Ends read of pedestals from branch from file.
 674         instream.close();
 675       }// end branch
 676     }// end tru
 677
 678   }// end for mod
 679 }
 680
 681
 682
 683