PHOS/AliPHOSTrigger.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15 /* $Id$ */
  16
  17 //_________________________________________________________________________
  18 //  Class for trigger analysis.
  19 //  Digits are grouped in TRU's (Trigger Units). A TRU consist of 16x28
  20 //  crystals ordered fNTRUPhi x fNTRUZ. The algorithm searches all possible
  21 //  2x2 and nxn (n multiple of 2) crystal combinations per each TRU, adding the
  22 //  digits amplitude and  finding the maximum. If found, look if it is isolated.
  23 //  Maxima are transformed in ADC time samples. Each time bin is compared to the trigger
  24 //  threshold until it is larger and then, triggers are set. Thresholds need to be fixed.
  25 //  Usage:
  26 //
  27 //  //Inside the event loop
  28 //  AliPHOSTrigger *tr = new AliPHOSTrigger();//Init Trigger
  29 //  tr->SetL0Threshold(100);
  30 //  tr->SetL1JetLowPtThreshold(1000);
  31 //  tr->SetL1JetMediumPtThreshold(10000);
  32 //  tr->SetL1JetHighPtThreshold(20000);
  33 //  ....
  34 //  tr->Trigger(); //Execute Trigger
  35 //  tr->Print(""); //Print data members after calculation.
  36 //
  37 //
  38 //*-- Author: Gustavo Conesa & Yves Schutz (IFIC, CERN)
  39 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  40
  41
  42 // --- ROOT system ---
  43
  44 // --- ALIROOT system ---
  45 #include "AliPHOS.h"
  46 #include "AliPHOSTrigger.h"
  47 #include "AliPHOSGeometry.h"
  48 #include "AliPHOSGetter.h"
  49 #include "AliPHOSPulseGenerator.h"
  50 #include "AliTriggerInput.h"
  51
  52
  53 ClassImp(AliPHOSTrigger)
  54
  55 //______________________________________________________________________
  56 AliPHOSTrigger::AliPHOSTrigger()
  57   : AliTriggerDetector(),
  58     f2x2MaxAmp(-1), f2x2CrystalPhi(-1),  f2x2CrystalEta(-1), f2x2SM(0),
  59     fnxnMaxAmp(-1), fnxnCrystalPhi(-1),  fnxnCrystalEta(-1), fnxnSM(0),
  60     fADCValuesHighnxn(0), fADCValuesLownxn(0),
  61     fADCValuesHigh2x2(0), fADCValuesLow2x2(0), fDigitsList(0),
  62     fL0Threshold(50), fL1JetLowPtThreshold(200),   fL1JetMediumPtThreshold(500),
  63     fL1JetHighPtThreshold(1000),
  64     fNTRU(8), fNTRUZ(2), fNTRUPhi(4),
  65     fNCrystalsPhi(16),
  66     fNCrystalsZ(28),
  67     fPatchSize(1), fIsolPatchSize(1),
  68     f2x2AmpOutOfPatch(-1), fnxnAmpOutOfPatch(-1),
  69     f2x2AmpOutOfPatchThres(2),  fnxnAmpOutOfPatchThres(2), //2 GeV out of patch
  70     fIs2x2Isol(kFALSE), fIsnxnIsol(kFALSE),
  71     fSimulation(kTRUE), fIsolateInModule(kTRUE)
  72 {
  73   //ctor
  74   fADCValuesHighnxn = 0x0; //new Int_t[fTimeBins];
  75   fADCValuesLownxn  = 0x0; //new Int_t[fTimeBins];
  76   fADCValuesHigh2x2 = 0x0; //new Int_t[fTimeBins];
  77   fADCValuesLow2x2  = 0x0; //new Int_t[fTimeBins];
  78
  79   SetName("PHOS");
  80   CreateInputs();
  81
  82   //Print("") ;
  83 }
  84
  85 //____________________________________________________________________________
  86 AliPHOSTrigger::AliPHOSTrigger(const AliPHOSTrigger & trig) :
  87   AliTriggerDetector(trig),
  88   f2x2MaxAmp(trig.f2x2MaxAmp),
  89   f2x2CrystalPhi(trig.f2x2CrystalPhi),
  90   f2x2CrystalEta(trig.f2x2CrystalEta),
  91   f2x2SM(trig.f2x2SM),
  92   fnxnMaxAmp(trig.fnxnMaxAmp),
  93   fnxnCrystalPhi(trig.fnxnCrystalPhi),
  94   fnxnCrystalEta(trig.fnxnCrystalEta),
  95   fnxnSM(trig.fnxnSM),
  96   fADCValuesHighnxn(trig.fADCValuesHighnxn),
  97   fADCValuesLownxn(trig.fADCValuesLownxn),
  98   fADCValuesHigh2x2(trig.fADCValuesHigh2x2),
  99   fADCValuesLow2x2(trig.fADCValuesLow2x2),
 100   fDigitsList(trig.fDigitsList),
 101   fL0Threshold(trig.fL0Threshold),
 102   fL1JetLowPtThreshold(trig.fL1JetLowPtThreshold),
 103   fL1JetMediumPtThreshold(trig.fL1JetMediumPtThreshold),
 104   fL1JetHighPtThreshold(trig.fL1JetHighPtThreshold),
 105   fNTRU(trig.fNTRU),
 106   fNTRUZ(trig.fNTRUZ),
 107   fNTRUPhi(trig.fNTRUPhi),
 108   fNCrystalsPhi(trig.fNCrystalsPhi),
 109   fNCrystalsZ(trig. fNCrystalsZ),
 110   fPatchSize(trig.fPatchSize),
 111   fIsolPatchSize(trig.fIsolPatchSize),
 112   f2x2AmpOutOfPatch(trig.f2x2AmpOutOfPatch),
 113   fnxnAmpOutOfPatch(trig.fnxnAmpOutOfPatch),
 114   f2x2AmpOutOfPatchThres(trig.f2x2AmpOutOfPatchThres),
 115   fnxnAmpOutOfPatchThres(trig.fnxnAmpOutOfPatchThres),
 116   fIs2x2Isol(trig.fIs2x2Isol),
 117   fIsnxnIsol(trig.fIsnxnIsol),
 118   fSimulation(trig.fSimulation),
 119   fIsolateInModule(trig.fIsolateInModule)
 120 {
 121   // cpy ctor
 122 }
 123
 124 AliPHOSTrigger::~AliPHOSTrigger()
 125 {
 126   // dtor
 127
 128   if(fADCValuesHighnxn)delete [] fADCValuesHighnxn;
 129   if(fADCValuesLownxn)delete [] fADCValuesLownxn;
 130   if(fADCValuesHigh2x2)delete []  fADCValuesHigh2x2;
 131   if(fADCValuesLow2x2)delete [] fADCValuesLow2x2;
 132   // fDigitsList is now ours...
 133 }
 134
 135 //_________________________________________________________________________
 136 AliPHOSTrigger & AliPHOSTrigger::operator = (const AliPHOSTrigger &)
 137 {
 138   Fatal("operator =", "no implemented");
 139   return *this;
 140 }
 141
 142 void AliPHOSTrigger::CreateInputs()
 143 {
 144    // inputs
 145
 146    // Do not create inputs again!!
 147    if( fInputs.GetEntriesFast() > 0 ) return;
 148
 149    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( "PHOS_L0",       "PHOS L0", 0x02 ) );
 150    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( "PHOS_JetHPt_L1","PHOS Jet High Pt L1", 0x04 ) );
 151    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( "PHOS_JetMPt_L1","PHOS Jet Medium Pt L1", 0x08 ) );
 152    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( "PHOS_JetLPt_L1","PHOS Jet Low Pt L1", 0x016 ) );
 153
 154 }
 155
 156 //____________________________________________________________________________
 157 void AliPHOSTrigger::FillTRU(const TClonesArray * digits, const AliPHOSGeometry * geom, TClonesArray * ampmatrixtru, TClonesArray * ampmatrixmod, TClonesArray * timeRmatrixtru) const {
 158
 159   //Orders digits ampitudes list and times in fNTRU TRUs (28x16 crystals)
 160   //per module. Each TRU is a TMatrixD, and they are kept in TClonesArrays.
 161   //In a module, the number of TRU in phi is fNTRUPhi, and the number of
 162   //TRU in eta is fNTRUZ. Also fill a matrix with all amplitudes in module for isolation studies.
 163
 164   //Check data members
 165
 166   if(fNTRUZ*fNTRUPhi != fNTRU)
 167     Error("FillTRU"," Wrong number of TRUS per Z or Phi");
 168
 169   //Initilize and declare variables
 170   Int_t nModules     = geom->GetNModules();
 171   Int_t relid[4] ;
 172   Float_t amp   = -1;
 173   Float_t timeR = -1;
 174   Int_t id      = -1;
 175
 176   //List of TRU matrices initialized to 0.
 177   for(Int_t k = 0; k < fNTRU*nModules ; k++){
 178     TMatrixD   amptrus(fNCrystalsPhi,fNCrystalsZ) ;
 179     TMatrixD   timeRtrus(fNCrystalsPhi,fNCrystalsZ) ;
 180     for(Int_t i = 0; i < fNCrystalsPhi; i++){
 181       for(Int_t j = 0; j < fNCrystalsZ; j++){
 182         amptrus(i,j)   = 0.0;
 183         timeRtrus(i,j) = 0.0;
 184       }
 185     }
 186     new((*ampmatrixtru)[k])   TMatrixD(amptrus) ;
 187     new((*timeRmatrixtru)[k]) TMatrixD(timeRtrus) ;
 188   }
 189
 190   //List of Modules matrices initialized to 0.
 191   Int_t nmodphi = geom->GetNPhi();
 192   Int_t nmodz = geom->GetNZ();
 193
 194   for(Int_t k = 0; k < nModules ; k++){
 195     TMatrixD  ampmods(nmodphi,nmodz) ;
 196     for(Int_t i = 0; i < nmodphi; i++){
 197       for(Int_t j = 0; j < nmodz; j++){
 198         ampmods(i,j)   = 0.0;
 199       }
 200     }
 201     new((*ampmatrixmod)[k])   TMatrixD(ampmods) ;
 202   }
 203
 204   AliPHOSDigit * dig ;
 205
 206   //Digits loop to fill TRU matrices with amplitudes.
 207   for(Int_t idig = 0 ; idig < digits->GetEntriesFast() ; idig++){
 208
 209     dig    = static_cast<AliPHOSDigit *>(digits->At(idig)) ;
 210     amp    = dig->GetEnergy() ;   // Energy of the digit
 211     id     = dig->GetId() ;    // Id label of the cell
 212     timeR  = dig->GetTimeR() ; // Earliest time of the digit
 213     geom->AbsToRelNumbering(id, relid) ;
 214     //Transform digit number into 4 numbers
 215     //relid[0] = module
 216     //relid[1] = EMC (0) or CPV (-1)
 217     //relid[2] = row <= 64 (fNPhi)
 218     //relid[3] = column <= 56 (fNZ)
 219
 220     if(relid[1] == 0){//Not CPV, Only EMC digits
 221       //############# TRU ###################
 222       //Check to which TRU in the supermodule belongs the crystal.
 223       //Supermodules are divided in a TRU matrix of dimension
 224       //(fNTRUPhi,fNTRUZ).
 225       //Each TRU is a crystal matrix of dimension (fNCrystalsPhi,fNCrystalsZ)
 226
 227       //First calculate the row and column in the supermodule
 228       //of the TRU to which the crystal belongs.
 229       Int_t col   = (relid[3]-1)/fNCrystalsZ+1;
 230       Int_t row   = (relid[2]-1)/fNCrystalsPhi+1;
 231
 232       //Calculate label number of the TRU
 233       Int_t itru  = (row-1) + (col-1)*fNTRUPhi + (relid[0]-1)*fNTRU ;
 234
 235       //Fill TRU matrix with crystal values
 236       TMatrixD * amptrus   = dynamic_cast<TMatrixD *>(ampmatrixtru->At(itru)) ;
 237       TMatrixD * timeRtrus = dynamic_cast<TMatrixD *>(timeRmatrixtru->At(itru)) ;
 238
 239       //Calculate row and column of the crystal inside the TRU with number itru
 240       Int_t irow = (relid[2]-1) - (row-1) *  fNCrystalsPhi;
 241       Int_t icol = (relid[3]-1) - (col-1) *  fNCrystalsZ;
 242
 243       (*amptrus)(irow,icol)   = amp ;
 244       (*timeRtrus)(irow,icol) = timeR ;
 245
 246       //####################MODULE MATRIX ##################
 247       TMatrixD * ampmods   = dynamic_cast<TMatrixD *>(ampmatrixmod->At(relid[0]-1)) ;
 248       (*ampmods)(relid[2]-1,relid[3]-1)   = amp ;
 249     }
 250   }
 251 }
 252
 253 //______________________________________________________________________
 254 void AliPHOSTrigger::GetCrystalPhiEtaIndexInModuleFromTRUIndex(const Int_t itru,const Int_t iphitru,const Int_t ietatru,Int_t &iphiMod,Int_t &ietaMod) const
 255 {
 256   // This method transforms the (eta,phi) index of a crystals in a
 257   // TRU matrix into Super Module (eta,phi) index.
 258
 259   // Calculate in which row and column in which the TRU are
 260   // ordered in the SM
 261   Int_t col = itru/ fNTRUPhi + 1;
 262   Int_t row = itru - (col-1)*fNTRUPhi + 1;
 263
 264   //Calculate the (eta,phi) index in SM
 265
 266   iphiMod = fNCrystalsPhi*(row-1) + iphitru + 1 ;
 267   ietaMod = fNCrystalsZ*(col-1)   + ietatru + 1 ;
 268
 269 }
 270
 271 //____________________________________________________________________________
 272 Bool_t AliPHOSTrigger::IsPatchIsolated(Int_t iPatchType, const TClonesArray * ampmatrixes, const Int_t imod, const Int_t mtru, const Float_t maxamp, const Int_t maxphi, const Int_t maxeta) {
 273
 274   //Calculate if the maximum patch found is isolated, find amplitude around maximum (2x2 or nxn) patch,
 275   //inside isolation patch . iPatchType = 0 means calculation for 2x2 patch,
 276   //iPatchType = 1 means calculation for nxn patch.
 277   //In the next table there is an example of the different options of patch size and isolation patch size:
 278   //                                                                                 Patch Size (fPatchSize)
 279   //                                                             0                          1                                  2
 280   //          fIsolPatchSize                 2x2 (not overlap)   4x4 (overlapped)        6x6(overlapped) ...
 281   //                   1                                       4x4                      8x8                              10x10
 282   //                   2                                       6x6                     12x12                           14x14
 283   //                   3                                       8x8                     16x16                           18x18
 284
 285   Bool_t b = kFALSE;
 286   Float_t amp = 0;
 287
 288  //Get matrix of TRU or Module with maximum amplitude patch.
 289   Int_t itru = mtru+imod*fNTRU ; //number of tru, min 0 max 8*5.
 290   TMatrixD * ampmatrix   = 0x0;
 291   Int_t colborder = 0;
 292   Int_t rowborder = 0;
 293
 294   if(fIsolateInModule){
 295     ampmatrix = dynamic_cast<TMatrixD *>(ampmatrixes->At(imod)) ;
 296     rowborder = fNCrystalsPhi*fNTRUPhi;
 297     colborder = fNCrystalsZ*fNTRUZ;
 298     AliDebug(2,"Isolate trigger in Module");
 299   }
 300   else{
 301     ampmatrix = dynamic_cast<TMatrixD *>(ampmatrixes->At(itru)) ;
 302     rowborder = fNCrystalsPhi;
 303     colborder = fNCrystalsZ;
 304     AliDebug(2,"Isolate trigger in TRU");
 305   }
 306
 307   //Define patch cells
 308   Int_t isolcells = fIsolPatchSize*(1+iPatchType);
 309   Int_t ipatchcells = 2*(1+fPatchSize*iPatchType);
 310   Int_t minrow =  maxphi - isolcells;
 311   Int_t mincol =  maxeta - isolcells;
 312   Int_t maxrow =  maxphi + isolcells + ipatchcells;
 313   Int_t maxcol = maxeta +  isolcells + ipatchcells;
 314
 315   AliDebug(2,Form("Number of added Isol Cells %d, Patch Size %d",isolcells, ipatchcells));
 316   AliDebug(2,Form("Patch: minrow %d, maxrow %d, mincol %d, maxcol %d",minrow,maxrow,mincol,maxcol));
 317
 318   if(minrow < 0 || mincol < 0 || maxrow > rowborder || maxcol > colborder){
 319     AliDebug(1,Form("Out of Module/TRU range, cannot isolate patch"));
 320     return kFALSE;
 321   }
 322
 323   //Add amplitudes in all isolation patch
 324   for(Int_t irow = minrow ; irow <  maxrow; irow ++)
 325     for(Int_t icol = mincol ; icol < maxcol ; icol ++)
 326       amp += (*ampmatrix)(irow,icol);
 327
 328   AliDebug(2,Form("Type %d, Maximum amplitude %f, patch+isol square %f",iPatchType, maxamp, amp));
 329
 330   if(TMath::Nint(amp*1E5) < TMath::Nint(maxamp*1E5)){
 331     AliError(Form("Bad sum: Type %d, Maximum amplitude %f, patch+isol square %f",iPatchType, maxamp, amp));
 332     return kFALSE;
 333   }
 334   else
 335     amp-=maxamp; //Calculate energy in isolation patch that do not comes from maximum patch.
 336
 337   AliDebug(2, Form("Maximum amplitude %f, Out of patch %f",maxamp, amp));
 338
 339   //Fill isolation amplitude data member and say if patch is isolated.
 340   if(iPatchType == 0){ //2x2 case
 341     f2x2AmpOutOfPatch = amp;
 342     if(amp < f2x2AmpOutOfPatchThres)
 343       b=kTRUE;
 344   }
 345   else  if(iPatchType == 1){ //nxn case
 346     fnxnAmpOutOfPatch = amp;
 347     if(amp < fnxnAmpOutOfPatchThres)
 348       b=kTRUE;
 349   }
 350
 351   return b;
 352
 353 }
 354
 355
 356 //____________________________________________________________________________
 357 void AliPHOSTrigger::MakeSlidingCell(const TClonesArray * amptrus, const TClonesArray * timeRtrus, const Int_t imod, TMatrixD &ampmax2, TMatrixD &ampmaxn){
 358   //Sums energy of all possible 2x2 (L0) and nxn (L1) crystals per each TRU.
 359   //Fast signal in the experiment is given by 2x2 crystals,
 360   //for this reason we loop inside the TRU crystals by 2.
 361
 362   //Declare and initialize varibles
 363   Float_t amp2 = 0 ;
 364   Float_t ampn = 0 ;
 365   for(Int_t i = 0; i < 4; i++){
 366     for(Int_t j = 0; j < fNTRU; j++){
 367       ampmax2(i,j) = -1;
 368       ampmaxn(i,j) = -1;
 369     }
 370   }
 371
 372   //Create matrix that will contain 2x2 amplitude sums
 373   //used to calculate the nxn sums
 374   TMatrixD  tru2x2(fNCrystalsPhi/2,fNCrystalsZ/2) ;
 375   for(Int_t i = 0; i < fNCrystalsPhi/2; i++)
 376     for(Int_t j = 0; j < fNCrystalsZ/2; j++)
 377       tru2x2(i,j) = -1.;
 378
 379   //Loop over all TRUS in a module
 380   for(Int_t itru = 0 + imod  * fNTRU ; itru < (imod+1)*fNTRU ; itru++){
 381     TMatrixD * amptru   = dynamic_cast<TMatrixD *>(amptrus->At(itru)) ;
 382     TMatrixD * timeRtru = dynamic_cast<TMatrixD *>(timeRtrus->At(itru)) ;
 383     Int_t mtru = itru-imod*fNTRU ; //Number of TRU in Module
 384
 385     //Sliding 2x2, add 2x2 amplitudes (NOT OVERLAP)
 386     for(Int_t irow = 0 ; irow <  fNCrystalsPhi; irow += 2){
 387       for(Int_t icol = 0 ; icol < fNCrystalsZ ; icol += 2){
 388         amp2 = (*amptru)(irow,icol)+(*amptru)(irow+1,icol)+
 389           (*amptru)(irow,icol+1)+(*amptru)(irow+1,icol+1);
 390         //Fill new matrix with added 2x2 crystals for use in nxn sums
 391         tru2x2(irow/2,icol/2) = amp2 ;
 392         //Select 2x2 maximum sums to select L0
 393         if(amp2 > ampmax2(0,mtru)){
 394           ampmax2(0,mtru) = amp2 ;
 395           ampmax2(1,mtru) = irow;
 396           ampmax2(2,mtru) = icol;
 397         }
 398       }
 399     }
 400
 401     //Find most recent time in the selected 2x2 cell
 402     ampmax2(3,mtru) = 1 ;
 403     Int_t row2 =  static_cast <Int_t> (ampmax2(1,mtru));
 404     Int_t col2 =  static_cast <Int_t> (ampmax2(2,mtru));
 405     for(Int_t i = 0; i<2; i++){
 406       for(Int_t j = 0; j<2; j++){
 407         if((*amptru)(row2+i,col2+j) > 0 &&  (*timeRtru)(row2+i,col2+j)> 0){
 408           if((*timeRtru)(row2+i,col2+j) <  ampmax2(3,mtru)  )
 409             ampmax2(3,mtru) =  (*timeRtru)(row2+i,col2+j);
 410         }
 411       }
 412     }
 413
 414     //Sliding nxn, add nxn amplitudes (OVERLAP)
 415     if(fPatchSize > 0){
 416       for(Int_t irow = 0 ; irow <  fNCrystalsPhi/2; irow++){
 417         for(Int_t icol = 0 ; icol < fNCrystalsZ/2 ; icol++){
 418           ampn = 0;
 419           if( (irow+fPatchSize) < fNCrystalsPhi/2 && (icol+fPatchSize) < fNCrystalsZ/2){//Avoid exit the TRU
 420             for(Int_t i = 0 ; i <= fPatchSize ; i++)
 421               for(Int_t j = 0 ; j <= fPatchSize ; j++)
 422                 ampn += tru2x2(irow+i,icol+j);
 423             //Select nxn maximum sums to select L1
 424             if(ampn > ampmaxn(0,mtru)){
 425               ampmaxn(0,mtru) = ampn ;
 426               ampmaxn(1,mtru) = irow*2;
 427               ampmaxn(2,mtru) = icol*2;
 428             }
 429           }
 430         }
 431       }
 432
 433       //Find most recent time in selected nxn cell
 434       ampmaxn(3,mtru) = 1 ;
 435       Int_t rown =  static_cast <Int_t> (ampmaxn(1,mtru));
 436       Int_t coln =  static_cast <Int_t> (ampmaxn(2,mtru));
 437       for(Int_t i = 0; i<4*fPatchSize; i++){
 438         for(Int_t j = 0; j<4*fPatchSize; j++){
 439           if( (rown+i) < fNCrystalsPhi && (coln+j) < fNCrystalsZ/2){//Avoid exit the TRU
 440             if((*amptru)(rown+i,coln+j) > 0 &&  (*timeRtru)(rown+i,coln+j)> 0){
 441               if((*timeRtru)(rown+i,coln+j) <  ampmaxn(3,mtru)  )
 442                 ampmaxn(3,mtru) =  (*timeRtru)(rown+i,coln+j);
 443             }
 444           }
 445         }
 446       }
 447     }
 448     else {
 449         ampmaxn(0,mtru) =  ampmax2(0,mtru);
 450         ampmaxn(1,mtru) =  ampmax2(1,mtru);
 451         ampmaxn(2,mtru) =  ampmax2(2,mtru);
 452         ampmaxn(3,mtru) =  ampmax2(3,mtru);
 453       }
 454   }
 455 }
 456
 457
 458 //____________________________________________________________________________
 459 void AliPHOSTrigger::Print(const Option_t * opt) const
 460 {
 461
 462   //Prints main parameters
 463
 464   if(! opt)
 465     return;
 466   AliTriggerInput* in = 0x0 ;
 467
 468   printf( "             Maximum Amplitude after Sliding Crystal, \n") ;
 469   printf( "               -2x2 crystals sum (not overlapped): %10.2f, in Super Module %d\n",
 470           f2x2MaxAmp,f2x2SM) ;
 471   printf( "               -2x2 from row %d to row %d and from column %d to column %d\n", f2x2CrystalPhi, f2x2CrystalPhi+2, f2x2CrystalEta, f2x2CrystalEta+2) ;
 472   printf( "               -2x2 Isolation Patch %d x %d, Amplitude out of 2x2 patch is %f, threshold %f, Isolated? %d \n",
 473           2*fIsolPatchSize+2, 2*fIsolPatchSize+2,  f2x2AmpOutOfPatch,  f2x2AmpOutOfPatchThres,static_cast<Int_t> (fIs2x2Isol)) ;
 474   if(fPatchSize > 0){
 475     printf( "             Patch Size, n x n: %d x %d cells\n",2*(fPatchSize+1), 2*(fPatchSize+1));
 476     printf( "               -nxn crystals sum (overlapped)    : %10.2f, in Super Module %d\n",
 477             fnxnMaxAmp,fnxnSM) ;
 478     printf( "               -nxn from row %d to row %d and from column %d to column %d\n", fnxnCrystalPhi, fnxnCrystalPhi+4*fPatchSize, fnxnCrystalEta, fnxnCrystalEta+4*fPatchSize) ;
 479     printf( "               -nxn Isolation Patch %d x %d, Amplitude out of nxn patch is %f, threshold %f, Isolated? %d \n",
 480             4*fIsolPatchSize+2*(fPatchSize+1),4*fIsolPatchSize+2*(fPatchSize+1) ,  fnxnAmpOutOfPatch,  fnxnAmpOutOfPatchThres,static_cast<Int_t> (fIsnxnIsol) ) ;
 481   }
 482
 483   printf( "             Isolate in Module? %d\n",
 484           fIsolateInModule) ;
 485
 486   printf( "             Threshold for LO %10.1f\n",
 487           fL0Threshold) ;
 488
 489   printf( "             Threshold for LO %10.2f\n", fL0Threshold) ;
 490   in = (AliTriggerInput*)fInputs.FindObject( "PHOS_L0" );
 491   if(in->GetValue())
 492     printf( "             *** PHOS LO is set ***\n") ;
 493
 494   printf( "             Jet Low Pt Threshold for L1 %10.2f\n", fL1JetLowPtThreshold) ;
 495   in = (AliTriggerInput*)fInputs.FindObject( "PHOS_JetLPt_L1" );
 496   if(in->GetValue())
 497     printf( "             *** PHOS Jet Low Pt for L1 is set ***\n") ;
 498
 499   printf( "             Jet Medium Pt Threshold for L1 %10.2f\n", fL1JetMediumPtThreshold) ;
 500   in = (AliTriggerInput*)fInputs.FindObject( "PHOS_JetMPt_L1" );
 501   if(in->GetValue())
 502     printf( "             *** PHOS Jet Medium Pt for L1 is set ***\n") ;
 503
 504   printf( "             Jet High Pt Threshold for L1 %10.2f\n", fL1JetHighPtThreshold) ;
 505   in = (AliTriggerInput*) fInputs.FindObject( "PHOS_JetHPt_L1" );
 506   if(in->GetValue())
 507     printf( "              *** PHOS Jet High Pt for L1 is set ***\n") ;
 508
 509 }
 510
 511 //____________________________________________________________________________
 512 void AliPHOSTrigger::SetTriggers(const TClonesArray * ampmatrix, const Int_t iMod, const TMatrixD & ampmax2, const TMatrixD & ampmaxn)
 513 {
 514   //Checks the 2x2 and nxn maximum amplitude per each TRU and compares
 515   //with the different L0 and L1 triggers thresholds. It finds if maximum amplitudes are isolated.
 516
 517   //Initialize variables
 518   Float_t max2[] = {-1,-1,-1,-1} ;
 519   Float_t maxn[] = {-1,-1,-1,-1} ;
 520   Int_t   mtru2  = -1 ;
 521   Int_t   mtrun  = -1 ;
 522
 523
 524   //Find maximum summed amplitude of all the TRU
 525   //in a Module
 526   for(Int_t i = 0 ; i < fNTRU ; i++){
 527     if(max2[0] < ampmax2(0,i) ){
 528       max2[0] =  ampmax2(0,i) ; // 2x2 summed max amplitude
 529       max2[1] =  ampmax2(1,i) ; // corresponding phi position in TRU
 530       max2[2] =  ampmax2(2,i) ; // corresponding eta position in TRU
 531       max2[3] =  ampmax2(3,i) ; // corresponding most recent time
 532       mtru2   = i ; // TRU number in module
 533     }
 534     if(maxn[0] < ampmaxn(0,i) ){
 535       maxn[0] =  ampmaxn(0,i) ; // nxn summed max amplitude
 536       maxn[1] =  ampmaxn(1,i) ; // corresponding phi position in TRU
 537       maxn[2] =  ampmaxn(2,i) ; // corresponding eta position in TRU
 538       maxn[3] =  ampmaxn(3,i) ; // corresponding most recent time
 539       mtrun   = i ; // TRU number in module
 540     }
 541   }
 542
 543   //Set max amplitude if larger than in other Modules
 544   Float_t maxtimeR2 = -1 ;
 545   Float_t maxtimeRn = -1 ;
 546   // Create a shaper pulse object
 547   AliPHOSPulseGenerator pulse ;
 548   Int_t nTimeBins = pulse.GetRawFormatTimeBins() ;
 549
 550   //Set max 2x2 amplitude and select L0 trigger
 551   if(max2[0] > f2x2MaxAmp ){
 552     f2x2MaxAmp  = max2[0] ;
 553     f2x2SM      = iMod ;
 554     maxtimeR2   = max2[3] ;
 555     GetCrystalPhiEtaIndexInModuleFromTRUIndex(mtru2,
 556                                               static_cast<Int_t>(max2[1]),
 557                                               static_cast<Int_t>(max2[2]),
 558                                               f2x2CrystalPhi,f2x2CrystalEta) ;
 559
 560     //Isolated patch?
 561     if(fIsolateInModule)
 562       fIs2x2Isol =  IsPatchIsolated(0, ampmatrix, iMod, mtru2,  f2x2MaxAmp, f2x2CrystalPhi,f2x2CrystalEta) ;
 563     else
 564       fIs2x2Isol =  IsPatchIsolated(0, ampmatrix, iMod, mtru2,  f2x2MaxAmp,  static_cast<Int_t>(max2[1]), static_cast<Int_t>(max2[2])) ;
 565
 566     //Transform digit amplitude in Raw Samples
 567     if (fADCValuesLow2x2 == 0) {
 568       fADCValuesLow2x2  = new Int_t[nTimeBins];
 569     }
 570     if(!fADCValuesHigh2x2) fADCValuesHigh2x2 = new Int_t[nTimeBins];
 571
 572
 573     pulse.SetAmplitude(f2x2MaxAmp);
 574     pulse.SetTZero(maxtimeR2);
 575     pulse.MakeSamples();
 576     pulse.GetSamples(fADCValuesHigh2x2, fADCValuesLow2x2) ;
 577
 578     //Set Trigger Inputs, compare ADC time bins until threshold is attained
 579     //Set L0
 580     for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
 581       if(fADCValuesHigh2x2[i] >= fL0Threshold || fADCValuesLow2x2[i] >= fL0Threshold) {
 582         SetInput("PHOS_L0") ;
 583         break;
 584       }
 585     }
 586   }
 587
 588   //Set max nxn amplitude and select L1 triggers
 589   if(maxn[0] > fnxnMaxAmp  && fPatchSize > 0){
 590     fnxnMaxAmp  = maxn[0] ;
 591     fnxnSM      = iMod ;
 592     maxtimeRn   = maxn[3] ;
 593     GetCrystalPhiEtaIndexInModuleFromTRUIndex(mtrun,
 594                                               static_cast<Int_t>(maxn[1]),
 595                                               static_cast<Int_t>(maxn[2]),
 596                                               fnxnCrystalPhi,fnxnCrystalEta) ;
 597
 598     //Isolated patch?
 599     if(fIsolateInModule)
 600       fIsnxnIsol =  IsPatchIsolated(1, ampmatrix, iMod, mtrun,  fnxnMaxAmp, fnxnCrystalPhi, fnxnCrystalEta) ;
 601     else
 602       fIsnxnIsol =  IsPatchIsolated(1, ampmatrix, iMod, mtrun,  fnxnMaxAmp,  static_cast<Int_t>(maxn[1]), static_cast<Int_t>(maxn[2])) ;
 603
 604     //Transform digit amplitude in Raw Samples
 605     if (fADCValuesHighnxn == 0) {
 606       fADCValuesHighnxn = new Int_t[nTimeBins];
 607       fADCValuesLownxn  = new Int_t[nTimeBins];
 608     }
 609
 610     pulse.SetAmplitude(fnxnMaxAmp);
 611     pulse.SetTZero(maxtimeRn);
 612     pulse.MakeSamples();
 613     pulse.GetSamples(fADCValuesHighnxn, fADCValuesLownxn) ;
 614
 615     //Set Trigger Inputs, compare ADC time bins until threshold is attained
 616     //SetL1 Low
 617     for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
 618       if(fADCValuesHighnxn[i] >= fL1JetLowPtThreshold  || fADCValuesLownxn[i] >= fL1JetLowPtThreshold){
 619         SetInput("PHOS_JetLPt_L1") ;
 620         break;
 621       }
 622     }
 623     //SetL1 Medium
 624     for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
 625       if(fADCValuesHighnxn[i] >= fL1JetMediumPtThreshold  || fADCValuesLownxn[i] >= fL1JetMediumPtThreshold){
 626         SetInput("PHOS_JetMPt_L1") ;
 627         break;
 628       }
 629     }
 630     //SetL1 High
 631     for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
 632       if(fADCValuesHighnxn[i] >= fL1JetHighPtThreshold || fADCValuesLownxn[i] >= fL1JetHighPtThreshold){
 633         SetInput("PHOS_JetHPt_L1") ;
 634         break;
 635       }
 636     }
 637   }
 638 }
 639
 640 //____________________________________________________________________________
 641 void AliPHOSTrigger::Trigger()
 642 {
 643
 644   //Main Method to select triggers.
 645
 646   AliRunLoader * rl = AliRunLoader::GetRunLoader();
 647   TString fileName = rl->GetFileName() ;
 648   DoIt(fileName.Data()) ;
 649 }
 650
 651 //____________________________________________________________________________
 652 void AliPHOSTrigger::Trigger(const char * fileName)
 653 {
 654
 655   //Main Method to select triggers.
 656
 657
 658   DoIt(fileName) ;
 659 }
 660
 661 //____________________________________________________________________________
 662 void AliPHOSTrigger::DoIt(const char * fileName)
 663 {
 664   // does the trigger job
 665
 666   AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance( fileName ) ;
 667
 668   //Get Geometry
 669   const AliPHOSGeometry * geom = AliPHOSGetter::Instance()->PHOSGeometry() ;
 670
 671   //Define parameters
 672   Int_t nModules     = geom->GetNModules();
 673   fNCrystalsPhi = geom->GetNPhi()/fNTRUPhi ;// 64/4=16
 674   fNCrystalsZ   = geom->GetNZ()/fNTRUZ ;// 56/2=28
 675
 676   //Intialize data members each time the trigger is called in event loop
 677   f2x2MaxAmp = -1; f2x2CrystalPhi = -1;  f2x2CrystalEta = -1;
 678   fnxnMaxAmp = -1; fnxnCrystalPhi = -1;  fnxnCrystalEta = -1;
 679
 680   //Take the digits list if simulation
 681   if(fSimulation)
 682     fDigitsList = gime->Digits() ;
 683
 684   if(!fDigitsList)
 685     AliFatal("Digits not found !") ;
 686
 687   //Fill TRU Matrix
 688   TClonesArray * amptrus   = new TClonesArray("TMatrixD",1000);
 689   TClonesArray * ampmods   = new TClonesArray("TMatrixD",1000);
 690   TClonesArray * timeRtrus = new TClonesArray("TMatrixD",1000);
 691   FillTRU(fDigitsList,geom,amptrus, ampmods,timeRtrus) ;
 692
 693   //Do Crystal Sliding and select Trigger
 694   //Initialize varible that will contain maximum amplitudes and
 695   //its corresponding cell position in eta and phi, and time.
 696   TMatrixD   ampmax2(4,fNTRU) ;
 697   TMatrixD   ampmaxn(4,fNTRU) ;
 698
 699   for(Int_t imod = 0 ; imod < nModules ; imod++) {
 700
 701     //Do 2x2 and nxn sums, select maximums.
 702     MakeSlidingCell(amptrus, timeRtrus, imod, ampmax2, ampmaxn);
 703     //Set the trigger
 704     if(fIsolateInModule)
 705       SetTriggers(ampmods,imod,ampmax2,ampmaxn) ;
 706     if(!fIsolateInModule)
 707       SetTriggers(amptrus,imod,ampmax2,ampmaxn) ;
 708   }
 709
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