PHOS/PHOS-HTML/reconstruction.html

   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN"
   2                "http://www.w3.org/TR/REC-html40/loose.dtd">
   3 <html>
   4 <head>
   5    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
   6    <meta name="GENERATOR" content="Mozilla/4.51 [en] (X11; I; Linux 2.2.5-15 i686) [Netscape]">
   7    <title>PHOS Reconstruction in AliRoot</title>
   8     <link REL="stylesheet" href="http://www-subatech.in2p3.fr/~photons/gps_alice.css" type="text/css">
   9 </head>
  10 <body>
  11     <h1>
  12       PHOS Reconstruction
  13     </h1>
  14     <hr><hr>
  15     <ul>
  16       <li>
  17         <a href="reconstruction.html#Definitions and objectives">Definitions and objectives</a>
  18         <ul>
  19           <li>
  20             <a href="reconstruction.html#What is PHOS">What is PHOS ?</a>
  21           </li>
  22           <li>
  23             <a href="reconstruction.html#Reconstruction design">Reconstruction design</a>
  24           </li>
  25           <li>
  26             <a href="reconstruction.html#How to use it">How to use it</a>
  27           </li>
  28         </ul>
  29       <li>
  30         <a href="reconstruction.html#Clusterization">Clusterization</a>
  31       </li>
  32       <li>
  33         <a href="reconstruction.html#Sub-Track construction">Sub-Track construction</a>
  34       </li>
  35       <li>
  36         <a href="reconstruction.html#Particle identification">Particle identification</a>
  37       </li>
  38       <li>
  39         <a href="reconstruction.html#Disk Storage Structure">Disk Storage Structure</a>
  40       </li>
  41       <li>
  42         <a href="reconstruction.html#How are the links implemented">How are the links implemented</a>
  43       </li>
  44     </ul>
  45     <a NAME="Definitions and objectives"></a>
  46     <hr><hr>
  47    <h1>
  48       Definitions and objectives
  49     </h1>
  50     <a NAME="What is PHOS"></a>   <h2>
  51       What is PHOS ?
  52     </h2>
  53     PHOS is the association of two sub-detectors:
  54     <ul>
  55       <li>
  56         the lead-tungstate crystals electromagnetic-calorimeter named <b>EMCA</b>,
  57       </li>
  58       <li>
  59         and a pre-shower gas detector named <b>PPSD</b>.
  60         </li>
  61     </ul>
  62     Both sub-detectors are physically organized in <i>modules</i>. A separate document
  63     is dedicated to the description of the <a href="simulation.html">PHOS geometry</a>.
  64     <a NAME="Reconstruction design"></a>
  65     <h2>
  66       Reconstruction design
  67     </h2>
  68     The reconstruction software consists in making <a href="html/AliPHOSRecParticle.html">particles</a>
  69     from the <a href="html/AliPHOSDigit.html">digits</a> generated by the <a href="simulation.html">simulation</a>.
  70    <p>
  71     <center>
  72       <a href="images/phosreconstructs.eps">
  73         <img src="images/phosreconstructs.gif" alt="Use Case of reconstruction" width=800>
  74       </a>
  75       <p>
  76         <b> Figure 1.: </b> <i>Use Case for reconstruction. Only PHOS is implemented. Other detectors are ignored.
  77           Click on image for full scale</i>
  78     </center>
  79     The PHOS reconstruction is delegated by the <a href="html/AliPHOSv0.html">detector</a> to a
  80     <a href="html/AliPHOSReconstructioner.html">reconstructioner</a> algorithmic object. It proceeds along three steps:
  81     <dl>
  82       <dt>
  83         <b>Clusterization</b>
  84       </dt>
  85       <dd>
  86         The reconstruction of the showers (total energy loss and incident direction)
  87         induced in the EM calorimeter (<a href="html/AliPHOSEmcRecPoint.html">AliPHOSEmcRecPoint</a>)
  88         and of the pads hit in the pre-shower detector (<a href="html/AliPHOSPpsdRecPoint.html" >AliPHOSPpsdRecPoint</a>).
  89         The clustering is delegated to the algorithmic object <a href="html/AliPHOSClusterizerv1.html">AliPHOSClusterizerv1</a>
  90         which derives from the interface <a href="html/AliPHOSClusterizer.html">AliPHOSClusterizer</a>. The clusterization is controlled
  91         by several parameters.
  92       </dd>
  93       <dt>
  94         <b>Sub-Track construction</b>
  95       </dt>
  96       <dd>
  97         Sub tracks are obtained by combining reconstructed points in EMCA and PPSD to form a track segment
  98         (<a href="html/AliPHOSTrackSegment.html">AliPHOSTrackSegment</a>). This construction is delegated to the
  99         algorithmic object <a href="html/AliPHOSTrackSegmentMakerv1.html">AliPHOSTrackSegmentMakerv1</a>
 100         which derives from the interface <a href="html/AliPHOSTrackSegmentMaker.html">AliPHOSTrackSegmentMaker</a>.
 101       </dd>
 102       <dt>
 103         <b>Particle identification</b>
 104       </dt>
 105       <dd>
 106         From each track segment a reconstructed particle (<a href="html/AliPHOSRecParticle.html">AliPHOSRecParticle</a>)
 107         is made the identification being based on the information delivered by the PPSD (which PPSD stage is hit)
 108         and by EMCA (shower profile and topology).The identification is delegated to the
 109         algorithmic object <a href="html/AliPHOSPIDv1.html">AliPHOSPIDv1</a>
 110         which derives from the interface <a href="html/AliPHOSPID.html">AliPHOSPID</a>. Several parameters control the identification
 111         procedure.
 112       </dd>
 113     </dl>
 114     The first step is detector specific, i.e. does not require any information
 115     about other detectors. The two last steps may (and probably will) depend on
 116     other detector reconstructions (connecting sub tracks or combining particle identification delivered by
 117     various sub-detectors).
 118         <a NAME="How to use it"></a>
 119     <h2>
 120       How to use it ?
 121     </h2>
 122     This is a little piece of code which shows how to use the reconstruction. It can be used in a Root macro or the class
 123     <a href="html/AliPHOSAnalyze.html">AliPHOSAnalyze</a> can be used instead together with the GUI interface
 124     <a href="EditorBar.C">EditorBar.C</a>:
 125     <pre class="code">
 126       fRootFile   = new TFile("MyFileName", "update") ;   // open the root file created by the simulation
 127       gAlice = (AliRun*) fRootFile->Get("gAlice");        // get from file the AliRun object
 128       fPHOS  = (AliPHOSv0 *)gAlice->GetDetector("PHOS") ; // get from file the detector object
 129       fGeom  = AliPHOSGeometry::GetInstance(              // get the geometry used for the simulation
 130                      fPHOS->GetGeometry()->GetName(),
 131                      fPHOS->GetGeometry()->GetTitle() ) ;
 132
 133       //========== Initializes the Index to Object converter
 134       fObjGetter = AliPHOSIndexToObject::GetInstance(fPHOS) ;
 135
 136       //========== Create the Clusterizer and set a few parameters
 137       fClu =  new AliPHOSClusterizerv1() ;
 138       fClu->SetEmcEnergyThreshold(0.030) ;
 139       fClu->SetEmcClusteringThreshold(1.0) ;
 140       fClu->SetPpsdEnergyThreshold    (0.0000002) ;
 141       fClu->SetPpsdClusteringThreshold(0.0000001) ;
 142       fClu->SetLocalMaxCut(0.03) ;
 143       fClu->SetCalibrationParameters(0., 0.00000001) ;
 144       cout <<  "AnalyzeOneEvent > using clusterizer " << fClu->GetName() << endl ;
 145       fClu->PrintParameters() ;
 146
 147       //========== Creates the track segment maker
 148       fTrs = new AliPHOSTrackSegmentMakerv1() ;
 149       cout <<  "AnalyzeOneEvent > using tack segment maker " << fTrs->GetName() << endl ;
 150       fTrs->UnsetUnfoldFlag() ;
 151
 152       //========== Creates the particle identifier
 153       fPID = new AliPHOSPIDv1() ;
 154       cout <<  "AnalyzeOneEvent > using particle identifier " << fPID->GetName() << endl ;
 155       fPID->SetShowerProfileCuts(0., 0., 0., 0.) ;
 156       fPIS->SetDispersionCutOff(0.34) ;
 157
 158       //========== Creates the Reconstructioner
 159       fRec = new AliPHOSReconstructioner(fClu, fTrs, fPID) ;
 160
 161       //=========== Connect the various Tree's for evt
 162       gAlice->GetEvent(evt);
 163
 164       //=========== Fill the fDigits array from the Digit TTree
 165       gAlice->TreeD()->GetEvent(0) ;
 166
 167       //=========== Do the reconstruction
 168       fPHOS->Reconstruction(fRec);
 169
 170       // =========== Write to the root file
 171       fRootFile->Close() ;
 172     </pre>
 173     <hr>
 174     <a NAME="Clusterization"></a>
 175    <h1>
 176       <a href="html/AliPHOSClusterizerv1.html">Clusterization</a>
 177     </h1>
 178     A <a href="html/AliPHOSDigit.html">digit</a> is a set of two numbers: the id of the elementary cell
 179     numbered from 1 to the maximum number of cells (EMCA+PPSD), and a digitized deposited energy. With
 180     the help of the <a href="html/AliPHOSGeometry.html">geometry</a> object the absolute id is converted into
 181     a relative numbering with a single EMCA or PPSD module, in terms of rows and columns
 182     ( <i>ALIPHOSGeometry::AbsToRelNumbering()</i> ). A clustering algorithm ( <i> AliPHOSClusterizerv1::MakeClusters()</i> )
 183     groups neighbouring cells in EMCA and PPSD ( <i>AliPHOSClusterizerv1::AreNeighbours()</i> ) where two cells
 184     are defined as neighbours if they have a common edge or a common corner. The algorithm is controlled with
 185     alltogether 4 parameters:
 186     <ul>
 187       <li> the energy thresholds (one for EMCA, <i>fEmcEnergyThreshold</i> and one for PPSD, <i> fPpsdEnergyThreshold</i>)
 188         which the deposited energy of the digits must surpass to be taken into account for the clusterization;
 189       </li>
 190       <li> the energy thresholds (one for EMCA, <i>fEmcEnergyThreshold</i> and one for PPSD, <i>fPpsdEnergyThreshold</i>)
 191         which the deposited energy of the digits must surpass to start a cluster.
 192       </li>
 193     </ul>
 194     An ensemble of neighbouring digits is called a reconstructed point. The PHOS clusterizer produces
 195     <a href="html/AliPHOSEmcRecPoint.html">EmcRecPoints</a> and  <a href="html/AliPHOSPpsdRecPoint.html">PpsdRecPoints</a>
 196     deriving form the base class <a href="html/AliPHOSRecPoint.html">AliPHOSRecPoint</a>. Each reconstructed point
 197     points, through a mechanism described later, to the digits at its origin. Since a digit remembers which
 198     primary particle(s) were at its origin, the list of primary particles at the origin of a reconstructed
 199     point is provided by the method <i>AliPHOSRecPoint::GetPrimaries()</i>).
 200     <p>
 201       The reconstructed points are contained in two <a href="http://root.cern.ch/root/html/TObjArray.html">TObjArray</a>
 202       (mandatory because the size of a reconstructed
 203       point depends on the number of digits used to build it) which are stored in <i>TreeR</i>, branch <i>PHOSEmcRP</i>
 204       for EMCA and branch <i>PHOSPpsdRP</i> for PPSD.
 205     </p>
 206     <hr>
 207     <a NAME="Sub-Track construction"></a>
 208     <h1>
 209       <a href="html/AliPHOSTrackSegmentMakerv1.html">Track Segments Maker</a>
 210     </h1>
 211     Each EMCA reconstructed point is either combined with one or two PPSD reconstructed points to form
 212     a <a href="html/AliPHOSTrackSegment.html">track segment</a> or constitutes a track segment by itself. As a first step
 213     the EMCA reconstructed points are unfolded in case there is more than one local maximum ( overlapping
 214     showers) to make two new reconstructed points which digit's energy is shared after a fitting procedure.
 215     The unfolding procedure can be switch on and off with the method: <i>AliPHOSTrackSegmentMakerv1::(Un)SetUnfoldFlag()</i>.
 216     EMCA reconstructed points and PPSD reconstructed points are then linked together to form pairs or triplets
 217     according to their relative distance. Each track segment points is linked, through a mechanism described later, to the
 218     reconstructed points at its origin.
 219     <p>
 220       The track segments are contained in a <a href="http://root.cern.ch/root/html/TClonesArray.html">TClonesArray</a> which are stored in <i>TreeR</i>, branch <i>PHOSTS</i>.
 221     </p>
 222     <hr>
 223     <a NAME="Particle identification"></a>
 224    <h1>
 225       <a href="html/AliPHOSPIDv1.html">Particle Identification</a>
 226     </h1>
 227     Clusterization and track segments making are two activities that are <i>detector-driven</i>. This is not the case for the
 228     particle identification. Indeed a particle might be identified by combining the track segments calculated by several
 229     detectors. Up to know the implementation for such a mechanism is not yet done. Instead PHOS has its own stand alone
 230     particle identification algorithm which associates a <a href="html/AliPHOSRecParticle.html">reconstructed particle</a> to
 231     each track segment. The particle identification is controlled by several parameters which can be set by the user. Each
 232     reconstructed particle is linked, through a mechanism described later, to the track segment at its origin.
 233     The various types of reconstructed particles are the following:
 234     <table>
 235       <tr>
 236         <td><b>NEUTRAL</b>: </td>
 237         <td>a reconstructed point in EMCA, none in the two layers of the PPSD;</td>
 238       </tr>
 239       <tr>
 240         <td><b>GAMMA</b>  : </td>
 241         <td>a reconstructed point in the lower PPSD layer, none in the upper one, and a reconstructed point in
 242         EMCA that satisfies the shower topology cuts;</td>
 243       </tr>
 244       <tr>
 245         <td><b>GAMMAHADRON</b> : </td>
 246         <td>as a GAMMA, but the EMCA reconstructed point does not satisfy the shower topology cuts;</td>
 247       </tr>
 248       <tr>
 249         <td><b>CHARGED</b>:  </td>
 250         <td>a reconstructed point in EMCA, and one  in the upper layer of the PPSD;</td>
 251       </tr>
 252       <tr>
 253         <td><b>NEUTRALEM</b>: </td>
 254         <td>a NEUTRAL particle for which the EMCA reconstructed point satisfies the shower profile cut;</td>
 255       </tr>
 256       <tr>
 257         <td><b>NEUTRALHADRON</b>:</td>
 258         <td> a NEUTRAL particle for which the EMCA reconstructed point does not satisfy the shower profile cut;</td>
 259       </tr>
 260       <tr>
 261         <td><b>ELECTRON</b>: </td>
 262         <td>a CHARGED particle for which the EMCA reconstructed point satisfies the shower profile cut;</td>
 263       </tr>
 264       <tr>
 265         <td><b>CHARGEDHADRON</b>:</td>
 266         <td> a CHARGED particle for which the EMCA reconstructed point does not satisfy the shower profile cut;</td>
 267       </tr>
 268     </table>
 269     <hr>
 270     <a NAME="Disk Storage Structure"></a>
 271     <h1>
 272       Disk Storage Structure
 273     </h1>
 274     All the three types of reconstructed objects( reconstructed point, track segment and reconstructed particle) are stored in
 275     the reconstruction Tree (<i>TreeR</i>). The container of the reconstructed points is a
 276     <a href="http://root.cern.ch/root/html/TObjArray.html">TObjArray</a> and the container
 277     of the track segment and the reconstructed particles is a
 278     <a href="http://root.cern.ch/root/html/TClonesArray.html">TClonesArray</a>. The names of the branches are respectively:
 279     PHOSEmcRP, PHOSPpsdRP, PHOSTS and PHOSRP. The <i>TreeR</i> is best seen in the following example:
 280     <pre class="code">
 281       root [2] TFile myfile("junk.root")
 282       root [3] TTree * reconstructedtree = (TTree *)myfile.Get("TreeR0")
 283       root [5] reconstructedtree.Print()
 284       ******************************************************************************
 285       *Tree    :TreeR0    : Reconstruction                                         *
 286       *Entries :        1 : Total  Size =     10882 bytes  File  Size =       4024 *
 287       *        :          : Tree compression factor =   5.65                       *
 288       ******************************************************************************
 289       *Branch  :PHOSEmcRP : PHOSEmcRP                                              *
 290       *Entries :        1 : Total  Size =         0 bytes  File Size  =          0 *
 291       *Baskets :        0 : Basket Size =     16000 bytes  Compression=   1.00     *
 292       *............................................................................*
 293       *Branch  :PHOSPpsdRP : PHOSPpsdRP                                            *
 294       *Entries :        1 : Total  Size =      8334 bytes  File Size  =       1476 *
 295       *Baskets :        1 : Basket Size =     16000 bytes  Compression=   5.65     *
 296       *............................................................................*
 297       *Branch  :PHOSTS    : PHOSTS                                                 *
 298       *Entries :        1 : Total  Size =         0 bytes  File Size  =          0 *
 299       *Baskets :        0 : Basket Size =     16000 bytes  Compression=   1.00     *
 300       *............................................................................*
 301       *Branch  :PHOSRP    : PHOSRP                                                 *
 302       *Entries :        1 : Total  Size =         0 bytes  File Size  =          0 *
 303       *Entries :        1 : Total  Size =         0 bytes  File Size  =          0 *
 304       *Baskets :        0 : Basket Size =     16000 bytes  Compression=   1.00     *
 305       *............................................................................*
 306       root [6]
 307     </pre>
 308     <center>
 309       <img src="images/BranchesInTreeR.gif" alt="branches in reconstructed Tree">
 310       <p>
 311         <b>Figure 2: </b><i>Branches in TreeR generated by the PHOS reconstruction.
 312           PHOSEmc(Ppsd)RP contains EMCA(PPSD) reconstructed points in
 313           <a href="http://root.cern.ch/root/html/TObjArray.html">TObjArray</a>;
 314           PHOSTS contains track segments in a
 315           <a href="http://root.cern.ch/root/html/TClonesArray.html">TClonesArray</a>; PHOSRP contains reconstructed
 316           particles in a <a href="http://root.cern.ch/root/html/TClonesArray.html">TClonesArray</a>. </i>
 317       </p>
 318     </center>
 319     <hr>
 320      <a NAME="How are the links implemented"></a>
 321     <h1>
 322       How are the links implemented ?
 323     </h1>
 324     An algorithmic class, <a href="html/AliPHOSIndexToObject.html">AliPHOSIndexToObject</a> returns a pointer to the object of
 325     interest given the index of its storage in the array
 326     (<a href="http://root.cern.ch/root/html/TObjArray.html">TObjArray</a> or
 327     <a href="http://root.cern.ch/root/html/TClonesArray.html">TClonesArray</a>). It is a singleton (only one instance of the
 328     object does exist at run time). It must be initialized once:
 329     <pre class="code">
 330       AliPHOS * phos = (AliPHOSv0 *)gAlice->GetDetector("PHOS") ;
 331       AliPHOSIndexToObject::GetInstance(phos) ;
 332     </pre>
 333     It can then be used as follow, for example for retrieving a particle from the kine tree (<i>TreeK</i>):
 334     <pre class="code">
 335      AliPHOSIndexToObject * please = AliPHOSIndexToObject::GetInstance() ;
 336      Int_t index = 123 ;
 337      TParticle * primaryparticle = please->GimePrimaryParticle(index) ;
 338     </pre>
 339     We shall now detail how the various reconstruction objects are linked together.
 340     <h4>
 341       Digits to primary particles
 342     </h4>
 343     <A href="html/AliPHOSDigit.html">Digits</a> have three additional data members (<i>fPrimary1(2,3)</i>) that gives the index
 344     of the primary particles (maximum 3) that have contributed to the formation of the digit. Remember that in PHOS a digit is
 345     obtained from all the hits accumulated in a single cell.
 346     This is not really elegant, but because the container of digits is a
 347     <a href="http://root.cern.ch/root/html/TClonesArray.html">TClonesArray</a> it is not possible
 348     to replace the three data members by an array of integers of variable length as all objects in a
 349     <a href="http://root.cern.ch/root/html/TClonesArray.html">TClonesArray</a> must be identical. To retrieve the particles that
 350     have contibuted to a digit, do:
 351     <pre class="code">
 352     // initialization
 353           // open root file
 354      TFile rootfile("junk.root") ;
 355           // get AliRun object
 356      gAlice = (AliRun *)rootfile.Get("gAlice") ;
 357           // get detector object
 358      AliPHOSv0 * phos = (AliPHOSv0 *)gAlice->GetDetector("PHOS") ;
 359           // get the geometry associated with the detector
 360      AliPHOSGeometry::GetInstance( phos->GetGeometry()->GetName(), phos->GetGeometry()->GetTitle() ) ;
 361           // initializes the index to object converter
 362      AliPHOSIndexToObject::GetInstance(phos) ;
 363           // get the list of digits
 364      TClonesArray * digitslist = phos->Digits() ;
 365           // loop over the list of digits
 366      TIter nextdigit(digitslist) ;
 367      AliPHOSDigit * digit ;
 368      TParticle * primaryparticle[3] ;
 369           // get the pointer of the index to object converter
 370      AliPHOSIndexToObject * please = AliPHOSIndexToObject::GetInstance() ;
 371      while ( digit = (AliPHOSDigit * )nextdigit() ) {
 372        for ( Int_t i = 0 ; i < digit->GetNprimary() ; i++ )
 373        primary[i] = please->GimePrimaryParticle(digit->GetPrimary(i) ) ;
 374      }
 375     </pre>
 376     <h4>
 377       Reconstructed point to Digit
 378     </h4>
 379     A <a href="html/AliPHOSDigit.html">digit</a> has an additional data member which is the index of the object stored
 380     in the  <a href="http://root.cern.ch/root/html/TObjArray.html">TObjArray</a>. It is set by
 381     <a href="html/AliPHOSv0.html">FinishEvent()</a>. A <a href="html/AliPHOSRecPoint.html">reconstructed point</a> containing
 382     a list of digits, it can retrieve the digit object with the help of
 383     <a href="html/AliPHOSIndexToObject.html">AliPHOSIndexToObject</a>:
 384     <pre class="code">
 385       // initialization
 386           // open root file
 387      TFile rootfile("junk.root") ;
 388           // get AliRun object
 389      gAlice = (AliRun *)rootfile.Get("gAlice") ;
 390           // get detector object
 391      AliPHOSv0 * phos = (AliPHOSv0 *)gAlice->GetDetector("PHOS") ;
 392           // get the geometry associated with the detector
 393      AliPHOSGeometry::GetInstance( phos->GetGeometry()->GetName(), phos->GetGeometry()->GetTitle() ) ;
 394           // initializes the index to object converter
 395      AliPHOSIndexToObject::GetInstance(phos) ;
 396           // get the reconstructed points list
 397      Int_t evt = 123 ;
 398      TObjArray * recpointslist = phos->EmcRecPoints(evt) ;
 399           // loop over reconstructed points
 400      TIter nextrecpoint(recpointslist) ;
 401           // get the pointer of the index to object converter
 402      AliPHOSIndexToObject * please = AliPHOSIndexToObject::GetInstance() ;
 403      AliPHOSEmcRecPoint * recpoint ;
 404      while ( recpoint = (AliPHOSEmcRecPoint * )nextrecpoint() ) {
 405              // get the associated digits list
 406        Int_t * digitsindexeslist = recpoint->GetDigitsList() ;
 407              // loop over the list of digits
 408        for ( Int_t i = 0 ; i < recpoint->GetDigitsMultiplicity() ; i++ ) {
 409          AliPHOSDigit * digit = please->GimeDigit(digitsindexeslist[i] ) ;
 410                // get the primary particle associated with that digit
 411          Int_t numberofprimaries = 0 ;
 412          Int_t * prim = digit->GetPrimaries(numberofprimaries) ;
 413          for (Int_t i = 0 ; i < numberofprimaries ; i++ )
 414            // and print them
 415            please->GimePrimaryParticle( prim[i] )->Print()  ;
 416          }
 417        }
 418          // or get the primaries directly from the reconstructed point
 419        Int_t numberofprimaries = 0 ;
 420        Int_t * prim = recpoint->GetPrimaries(numberofprimaries) ;
 421      }
 422     </pre>
 423     <h4>
 424       Track segment to reconstructed point
 425     </h4>
 426     A <a href="html/AliPHOSRecPoint.html">reconstructed point</a> has an additional data member which is the index of the object stored
 427     in the  <a href="http://root.cern.ch/root/html/TClonesArray.html">TClnesArray</a>. It is set by the
 428     <a href="html/AliPHOSReconstructioner.html">reconstructioner</a>.
 429     A <a href="html/AliPHOSTrackSegment.html">track segment</a> contains the index of one EMCA reconstructed points and two
 430     PPSD reconstructed points, it can retrieve this reconstructed point objects with the help of
 431     <a href="html/AliPHOSIndexToObject.html">AliPHOSIndexToObject</a>:
 432     <pre class="code">
 433      // initialization
 434           // open root file
 435      TFile rootfile("junk.root") ;
 436           // get AliRun object
 437      gAlice = (AliRun *)rootfile.Get("gAlice") ;
 438           // get detector object
 439      AliPHOSv0 * phos = (AliPHOSv0 *)gAlice->GetDetector("PHOS") ;
 440           // get the geometry associated with the detector
 441      AliPHOSGeometry::GetInstance( phos->GetGeometry()->GetName(), phos->GetGeometry()->GetTitle() ) ;
 442           // initializes the index to object converter
 443      AliPHOSIndexToObject::GetInstance(phos) ;
 444           // get the track segments list
 445      Int_t evt = 123 ;
 446      TClonesArray * tracksegmentslist = phos->TrackSegments(evt) ;
 447           // loop over track segments
 448      TIter nexttracksegment(tracksegmentslist) ;
 449      AliPHOSTrackSegment * tracksegment ;
 450          // get the pointer of the index to object converter
 451      AliPHOSIndexToObject * please = AliPHOSIndexToObject::GetInstance() ;
 452      while ( tracksegment = (AliPHOSTrackSegment * )nexttracksegment() ) {
 453            // get the associated reconstructed points
 454          AliPHOSEmcRecPoint  * emcrecpoint     = please->GimeRecPoint(tracksegment->GetEmcRecPoint(),    "emc" ) ;
 455          AliPHOSPpsdRecPoint * ppsduprecpoint  = please->GimeRecPoint(tracksegment->GetPpsdUpRecPoint(), "ppsd" ) ;
 456          AliPHOSPpsdRecPoint * ppsdlowrecpoint = please->GimeRecPoint(tracksegment->GetPpsdLowRecPoint(),"ppsd" ) ;
 457           // get the primaries particles
 458          Int_t numberofprimariestoemc = 0 ;
 459          Int_t * primemc = tracksegment->GetPrimariesEmc(numberofprimariestoemc) ;
 460          Int_t numberofprimariestoppsdup = 0 ;
 461          Int_t * primppsdup = tracksegment->GetPrimariesPpsdUp(numberofprimariestoppsdup) ;
 462          Int_t numberofprimariestoppsdlow = 0 ;
 463          Int_t * primppsdlow = tracksegment->GetPrimariesPpsdLow(numberofprimariestoppsdlow) ;
 464           // print one as example
 465          please->GimePrimaryParticle( primppsdlow[0] )->Print()  ;
 466        }
 467      rootfile.Close() ;
 468      gAlice = 0 ;
 469      phos = 0 ;
 470      recparticleslist = 0 ;
 471      </pre>
 472     <h4>
 473       Reconstructed particle to Track segment
 474     </h4>
 475     A <a href="html/AliPHOSTrackSegment.html">track segment</a> has an additional data member which is the index of the object stored
 476     in the  <a href="http://root.cern.ch/root/html/TClonesArray.html">TClnesArray</a>. It is set by the
 477     <a href="html/AliPHOSReconstructioner.html">reconstructioner</a>.
 478     A <a href="html/AliPHOSRecParticle.html">reconstructed particle</a> contains the index of a track segment,
 479     it can retrieve this reconstructed point objects with the help of
 480     <a href="html/AliPHOSIndexToObject.html">AliPHOSIndexToObject</a>:
 481     <pre class="code">
 482      // initialization
 483           // open root file
 484      TFile rootfile("junk.root") ;
 485           // get AliRun object
 486      gAlice = (AliRun *)rootfile.Get("gAlice") ;
 487           // get detector object
 488      AliPHOSv0 * phos = (AliPHOSv0 *)gAlice->GetDetector("PHOS") ;
 489           // get the geometry associated with the detector
 490      AliPHOSGeometry::GetInstance( phos->GetGeometry()->GetName(), phos->GetGeometry()->GetTitle() ) ;
 491           // initializes the index to object converter
 492      AliPHOSIndexToObject::GetInstance(phos) ;
 493           // get the reconstructed particles list
 494      Int_t evt = 123 ;
 495      TClonesArray * recparticleslist = phos->RecParticles(evt) ;
 496      // loop over reconstructed particles
 497      TIter nextrecparticle(recparticleslist) ;
 498      AliPHOSRecParticle * recparticle ;
 499        // get the pointer of the index to object converter
 500      AliPHOSIndexToObject * please = AliPHOSIndexToObject::GetInstance() ;
 501      while ( recparticle = (AliPHOSRecParticle * )nextrecparticle() ) {
 502            // get the track segment ...
 503          AliPHOSTrackSegment  * tracksegment  = recparticle->GetPHOSTrackSegment()  ;
 504            // and print it
 505          tracksegment->Print() ;
 506            // get the list of primaries ...
 507          Int_t numberofprimaries = 0 ;
 508          Int_t * prim = recparticle->GetPrimaries(numberofprimaries) ;
 509          for (Int_t i = 0 ; i < numberofprimaries ; i++ )
 510            // and print them
 511            please->GimePrimaryParticle( prim[i] )->Print()  ;
 512     }
 513      rootfile.Close() ;
 514      gAlice = 0 ;
 515      phos = 0 ;
 516      recparticleslist = 0 ;
 517     </pre>
 518     A short cut allows to access the primaries at the origin of the reconstructed particle:
 519     <pre class="code">
 520      Int_t numberofprimaries = 0 ;
 521      Int_t * prim = recparticle->GetPrimariesPpsdLow(numberofprimaries) ;
 522     </pre>
 523 <hr>
 524 <address class="left">
 525 &copy; <a href="mailto:schutz@in2p3.fr">Groupe Photons Subatech</a> <a href="http://www-subatech.in2p3.fr/~photons/subatech/en_index.shtml">[Go
 526 to the GPS Home Page]</a></address>
 527
 528 <address class="right">
 529 <!-- Created: Tue Oct 26 19:52:56 CEST 1999 -->
 530 <!-- hhmts start -->
 531 Last modified: Sun Mar 26 17:20:12 CEST 2000
 532 <!-- hhmts end --></address>
 533
 534 <!-- <div align=right><a href="http://validator.w3.org/check/referer"><img SRC="images/vh40.gif" ALT="Valid HTML 4.0!" BORDER=0 height=31 width=88></a><a href="http://jigsaw.w3.org/css-validator"><img SRC="images/vcss.gif" ALT="Valid CSS!" BORDER=0 height=31 width=88></a></div> -->
 535
 536 </body>
 537 </html>