PMD/AliPMDClustering.cxx

   1 //-----------------------------------------------------//
   2 //                                                     //
   3 //  Source File : PMDClustering.cxx, Version 00        //
   4 //                                                     //
   5 //  Date   : September 26 2002                         //
   6 //                                                     //
   7 //  clustering code for alice pmd                      //
   8 //                                                     //
   9 //-----------------------------------------------------//
  10
  11 /*
  12    --------------------------------------------------------------------
  13    Code developed by S. C. Phatak, Institute of Physics,
  14    Bhubaneswar 751 005 ( phatak@iopb.res.in ) Given the energy deposited
  15    ( or ADC value ) in each cell of supermodule ( pmd or cpv ), the code
  16    builds up superclusters and breaks them into clusters. The input is
  17    in array d[ndimx][ndimy] and cluster information is in array
  18    clusters[5][5000]. integer clno gives total number of clusters in the
  19    supermodule.
  20
  21    d, clno  and clusters are the only global ( public ) variables. Others
  22    are local ( private ) to the code.
  23
  24    At the moment, the data is read for whole detector ( all supermodules
  25    and pmd as well as cpv. This will have to be modify later )
  26
  27    LAST UPDATE  :  October 23, 2002
  28 -----------------------------------------------------------------------
  29 */
  30
  31
  32
  33 #include <TNtuple.h>
  34 #include <TObjArray.h>
  35 #include "AliPMDcluster.h"
  36 #include "AliPMDClustering.h"
  37 #include <stdio.h>
  38
  39 ClassImp(AliPMDClustering)
  40
  41 const double AliPMDClustering::pi=3.141593;
  42 const double AliPMDClustering::sqrth=0.8660254;  // sqrth = sqrt(3.)/2.
  43
  44
  45 AliPMDClustering::AliPMDClustering()
  46 {
  47   fMessage = 0;
  48   for(int i = 0; i < ndimx; i++)
  49     {
  50       for(int j = 0; j < ndimy; j++)
  51         {
  52           coord[0][i][j] = i+j/2.;
  53           coord[1][i][j] = sqrth*j;
  54         }
  55     }
  56 }
  57 AliPMDClustering::~AliPMDClustering()
  58 {
  59
  60 }
  61
  62 //void AliPMDClustering::DoClust(int idet, int isup, double d1[72][72], AliPMDContainer *pmdc)
  63 void AliPMDClustering::DoClust(int idet, int isup, double d1[72][72], TObjArray *pmdcont)
  64 {
  65
  66   AliPMDcluster *pmdcl = 0;
  67
  68   int i, i1, i2, j, nmx1, incr;
  69   double  cutoff, ave;
  70   Float_t clusdata[5];
  71
  72   const float twobysqrt3 = 1.1547; // 2./sqrt(3.)
  73
  74   //  if (fMessage == 1)
  75     {
  76       cout << " supermodule no. " << idet << " " << isup << endl;
  77     }
  78
  79   for (i = 0; i < ndimx; i++)
  80     {
  81       for (j = 0; j < ndimy; j++)
  82         {
  83           d[i][j] = d1[i][j];
  84         }
  85     }
  86   order(idet); // order the data
  87   cutoff=400.; // cutoff used to discard cells having ener. dep.
  88   ave=0.;
  89   nmx1=-1;
  90
  91   for(j=0;j<nmx; j++)
  92     {
  93       i1 = iord[0][j];
  94       i2 = iord[1][j];
  95       if (d[i1][i2] > 0.) {ave=ave+d[i1][i2];}
  96       if (d[i1][i2] >= cutoff ) nmx1 = nmx1 + 1;
  97     }
  98   // nmx1 --- number of cells having ener dep >= cutoff
  99   if (fMessage == 1)
 100     {
 101       cout << " nmx1 " << nmx1 << endl;
 102     }
 103   ave=ave/nmx1;
 104   if (fMessage == 1)
 105     {
 106       cout <<"nmx " << nmx << " nmx1 " << nmx1<< " ave "<<ave<<
 107         " cutoff " << cutoff << endl;
 108     }
 109
 110   incr = crclust(ave, cutoff, nmx1, idet);
 111
 112   refclust(incr, i, idet);
 113   if (fMessage == 1)
 114     {
 115       if(idet == 0)cout <<" supermodule ( pmd ) = "<< isup <<" done "
 116                         <<endl;
 117       if(idet == 1)cout <<" supermodule ( cpv ) = "<< isup <<" done "
 118                         <<endl;
 119       cout << "clno " << clno << endl;
 120     }
 121
 122
 123   for(i1=0; i1<clno; i1++)
 124     {
 125       float clu_xc    = (float) clusters[0][i1];
 126       float clu_yc    = (float) clusters[1][i1];
 127       float clu_adc   = (float) clusters[2][i1];
 128       float clu_cells = (float) clusters[3][i1];
 129       float clu_rad   = (float) clusters[4][i1];
 130
 131       float clu_y0 = twobysqrt3*clu_yc;
 132       float clu_x0 = clu_xc - clu_y0/2.;
 133
 134       clusdata[0] = clu_cells;
 135       clusdata[1] = clu_x0;
 136       clusdata[2] = clu_y0;
 137       clusdata[3] = clu_adc;
 138       clusdata[4] = clu_rad;
 139
 140       pmdcl = new AliPMDcluster(clusdata);
 141       pmdcont->Add(pmdcl);
 142     }
 143
 144   delete pmdcl;
 145
 146 }
 147
 148 void AliPMDClustering::order(int /*idet*/)
 149 {
 150   // using simple sort
 151   double dd[nmx], adum;// matrix d converted into
 152   // one dimensional array dd. adum a place holder for double
 153   int i, j, i1, i2, iord1[nmx], itst, idum; // information of
 154   // ordering is stored in iord1, original array not ordered
 155   //
 156   // define arrays dd and iord1
 157   for(i1=0; i1 < ndimx; i1++){
 158     for(i2=0; i2 < ndimy; i2++){
 159       i=i1+i2*ndimx;
 160       iord1[i]=i; dd[i]=d[i1][i2];
 161     }
 162   }
 163   // sort and store sorting information in iord1
 164   for(j=1; j < nmx; j++){
 165     itst=0; adum=dd[j]; idum=iord1[j];
 166     for(i1=0; i1 < j ; i1++){
 167       if(adum > dd[i1] && itst == 0){
 168         itst=1;
 169         for(i2=j-1; i2 >= i1 ; i2=i2--){
 170           dd[i2+1]=dd[i2];
 171           iord1[i2+1]=iord1[i2];
 172         }
 173         dd[i1]=adum; iord1[i1]=idum;
 174       }
 175     }
 176   }
 177   // store the sorted information in iord for later use
 178   for(i=0; i<nmx; i++){
 179     j=iord1[i]; i2=j/ndimx;
 180     i1=j-i2*ndimx;
 181     iord[0][i]=i1;
 182     iord[1][i]=i2;
 183   }
 184 }
 185
 186 void AliPMDClustering::refclust(int incr, int /*supmod*/, int /*idet*/)
 187 {
 188   int i, j, k, i1, i2, id, icl, ncl[4500], iord[4500], itest;
 189   int ihld;
 190   int ig, nsupcl, lev1[20], lev2[20];
 191   double x[4500], y[4500], z[4500], x1, y1, z1, x2, y2, z2, dist;
 192   double xc[4500], yc[4500], zc[4500], cells[4500], sum, rc[4500], rr;
 193   // clno counts the final clusters
 194   // nsupcl =  # of superclusters; ncl[i]= # of cells in supercluster i
 195   // x, y and z store (x,y) coordinates of and energy deposited in a cell
 196   // xc, yc store (x,y) coordinates of the cluster center
 197   // zc stores the energy deposited in a cluster
 198   // rc is cluster radius
 199   // finally the cluster information is put in 2-dimensional array clusters
 200   //  ofstream ofl1("checking.5",ios::app);
 201   clno=-1;
 202   nsupcl=-1;
 203   for(i=0; i<4500; i++){ncl[i]=-1;}
 204   for(i=0; i<incr; i++){
 205     if(infcl[0][i] != nsupcl){ nsupcl=nsupcl+1; }
 206     ncl[nsupcl]=ncl[nsupcl]+1;
 207   }
 208   if (fMessage == 1)
 209     {
 210       cout << " # of cells " <<incr+1 << " # of superclusters " << nsupcl+1
 211            << endl;
 212     }
 213   id=-1;
 214   icl=-1;
 215   for(i=0; i<nsupcl; i++){
 216     if(ncl[i] == 0){
 217       id=id+1;
 218       icl=icl+1;
 219       // one  cell super-clusters --> single cluster
 220       // cluster center at the centyer of the cell
 221       // cluster radius = half cell dimension
 222       clno=clno+1;
 223       i1=infcl[1][id];
 224       i2=infcl[2][id];
 225       clusters[0][clno]=coord[0][i1][i2];
 226       clusters[1][clno]=coord[1][i1][i2];
 227       clusters[2][clno]=d[i1][i2];
 228       clusters[3][clno]=1.;
 229       clusters[4][clno]=0.5;
 230       //ofl1 << icl << " " << coord[0][i1][i2] << " " << coord[1][i1][i2] <<
 231       //" " << d[i1][i2] << " " << clusters[3][clno] <<endl;
 232     }else if(ncl[i] == 1){
 233       // two cell super-cluster --> single cluster
 234       // cluster center is at ener. dep.-weighted mean of two cells
 235       // cluster radius == half cell dimension
 236       id=id+1;
 237       icl=icl+1;
 238       clno=clno+1;
 239       i1=infcl[1][id];
 240       i2=infcl[2][id];
 241       x1=coord[0][i1][i2];
 242       y1=coord[1][i1][i2];
 243       z1=d[i1][i2];
 244       id=id+1;
 245       i1=infcl[1][id];
 246       i2=infcl[2][id];
 247       x2=coord[0][i1][i2];
 248       y2=coord[1][i1][i2];
 249       z2=d[i1][i2];
 250       clusters[0][clno]=(x1*z1+x2*z2)/(z1+z2);
 251       clusters[1][clno]=(y1*z1+y2*z2)/(z1+z2);
 252       clusters[2][clno]=z1+z2;
 253       clusters[3][clno]=2.;
 254       clusters[4][clno]=0.5;
 255       //ofl1 << icl << " " << clusters[0][clno] << " " << clusters[1][clno]
 256       //   << " " << clusters[2][clno] << " " <<clusters[3][clno] <<endl;
 257     }else{
 258       id=id+1;
 259       iord[0]=0;
 260       // super-cluster of more than two cells - broken up into smaller
 261       // clusters gaussian centers computed. (peaks separated by > 1 cell)
 262       // Begin from cell having largest energy deposited This is first
 263       // cluster center
 264       i1=infcl[1][id];
 265       i2=infcl[2][id];
 266       x[0]=coord[0][i1][i2];
 267       y[0]=coord[1][i1][i2];
 268       z[0]=d[i1][i2];
 269       iord[0]=0;
 270       for(j=1;j<=ncl[i];j++){
 271         id=id+1;
 272         i1=infcl[1][id];
 273         i2=infcl[2][id];
 274         iord[j]=j;
 275         x[j]=coord[0][i1][i2];
 276         y[j]=coord[1][i1][i2];
 277         z[j]=d[i1][i2];
 278       }
 279       // arranging cells within supercluster in decreasing order
 280       for(j=1;j<=ncl[i];j++){
 281         itest=0; ihld=iord[j];
 282         for(i1=0;i1<j;i1++){
 283           if(itest == 0 && z[iord[i1]] < z[ihld]){
 284             itest=1;
 285             for(i2=j-1;i2>=i1;i2--){
 286               iord[i2+1]=iord[i2];
 287             }
 288             iord[i1]=ihld;
 289           }
 290         }
 291       }
 292       // compute the number of Gaussians and their centers ( first
 293       // guess )
 294       // centers must be separated by cells having smaller ener. dep.
 295       // neighbouring centers should be either strong or well-separated
 296       ig=0;
 297       xc[ig]=x[iord[0]];
 298       yc[ig]=y[iord[0]];
 299       zc[ig]=z[iord[0]];
 300       for(j=1;j<=ncl[i];j++){
 301         itest=-1;
 302         x1=x[iord[j]];
 303         y1=y[iord[j]];
 304         for(k=0;k<=ig;k++){
 305           x2=xc[k]; y2=yc[k];
 306           rr=Dist(x1,y1,x2,y2);
 307           if( rr >= 1.1 && rr < 1.8 && z[iord[j]] > zc[k]/4.)
 308             itest=itest+1;
 309           if( rr >= 1.8 && rr < 2.1 && z[iord[j]] > zc[k]/10.)
 310             itest=itest+1;
 311           if( rr >= 2.1)itest=itest+1;
 312         }
 313         if(itest == ig){
 314           ig=ig+1;
 315           xc[ig]=x1;
 316           yc[ig]=y1;
 317           zc[ig]=z[iord[j]];
 318         }
 319       }
 320       // for(j=0; j<=ig; j++){
 321       //ofl1 << icl+j+1 << " " << xc[j] << " " <<yc[j] <<" "<<zc[j]<<endl;
 322       //}
 323       // gaussfit to adjust cluster parameters to minimize
 324       gaussfit(ncl[i], ig, x[0], y[0] ,z[0], xc[0], yc[0], zc[0], rc[0]);
 325       icl=icl+ig+1;
 326       // compute the number of cells belonging to each cluster.
 327       // cell is shared between several clusters ( if they are equidistant
 328       // from it ) in the ratio of cluster energy deposition
 329       for(j=0; j<=ig; j++){
 330         cells[j]=0.;
 331       }
 332       if(ig > 0){
 333         for(j=0; j<=ncl[i]; j++){
 334           lev1[0]=0;
 335           lev2[0]=0;
 336           for(k=0; k<=ig; k++){
 337             dist=Dist(x[j], y[j], xc[k], yc[k]);
 338             if(dist < sqrt(3.) ){
 339               lev1[0]++;
 340               i1=lev1[0];
 341               lev1[i1]=k;
 342             }else{
 343               if(dist < 2.1){
 344                 lev2[0]++;
 345                 i1=lev2[0];
 346                 lev2[i1]=k;
 347               }
 348             }
 349           }
 350           if(lev1[0] != 0){
 351             if(lev1[0] == 1){cells[lev1[1]]=cells[lev1[1]]+1.;}
 352             else{
 353               sum=0.;
 354               for(k=1; k<=lev1[0]; k++){
 355                 sum=sum+zc[lev1[k]];
 356               }
 357               for(k=1; k<=lev1[0]; k++){
 358                 cells[lev1[k]]=cells[lev1[k]]+zc[lev1[k]]/sum;
 359               }
 360             }
 361           }else{
 362             if(lev2[0] == 0){cells[lev2[1]]=cells[lev2[1]]+1.;}
 363             else{
 364               sum=0.;
 365               for(k=1; k<=lev2[0]; k++){
 366                 sum=sum+zc[lev2[k]];
 367               }
 368               for(k=1; k<=lev2[0]; k++){
 369                 cells[lev2[k]]=cells[lev2[k]]+zc[lev2[k]]/sum;
 370               }
 371             }
 372           }
 373         }
 374       }
 375       for(j=0; j<=ig; j++){
 376         clno=clno+1;
 377         clusters[0][clno]=xc[j];
 378         clusters[1][clno]=yc[j];
 379         clusters[2][clno]=zc[j];
 380         clusters[4][clno]=rc[j];
 381         if(ig == 0){
 382           clusters[3][clno]=ncl[i];
 383         }else{
 384           clusters[3][clno]=cells[j];
 385         }
 386       }
 387     }
 388   }
 389
 390 }
 391
 392
 393 void AliPMDClustering::gaussfit(int ncell, int nclust, double &x, double &y ,double &z, double &xc, double &yc, double &zc, double &rc)
 394 {
 395   int i, j, i1, i2, jmax, novar, idd, jj;
 396   double xx[4500], yy[4500], zz[4500], xxc[4500], yyc[4500];
 397   double a[4500], b[4500], c[4500], d[4500], ha[4500], hb[4500];
 398   double hc[4500], hd[4500], zzc[4500], rrc[4500];
 399   int neib[4500][50];
 400   double sum, dx, dy, str, str1, aint, sum1, rr, dum;
 401   double x1, x2, y1, y2;
 402   str=0.;
 403   str1=0.;
 404   rr=0.3;
 405   novar=0;
 406
 407   j = 0;  // Just put not to see the compiler warning, BKN
 408
 409
 410   for(i=0; i<=ncell; i++){
 411     xx[i]=*(&x+i);
 412     yy[i]=*(&y+i);
 413     zz[i]=*(&z+i);
 414     str=str+zz[i];
 415   }
 416   for(i=0; i<=nclust; i++){
 417     xxc[i]=*(&xc+i);
 418     yyc[i]=*(&yc+i);
 419     zzc[i]=*(&zc+i);
 420     str1=str1+zzc[i];
 421     rrc[i]=0.5;
 422
 423   }
 424   for(i=0; i<=nclust; i++){
 425     zzc[i]=str/str1*zzc[i];
 426     ha[i]=xxc[i];
 427     hb[i]=yyc[i];
 428     hc[i]=zzc[i];
 429     hd[i]=rrc[i];
 430     x1=xxc[i];
 431     y1=yyc[i];
 432   }
 433   for(i=0; i<=ncell; i++){
 434     idd=0;
 435     x1=xx[i];
 436     y1=yy[i];
 437     for(j=0; j<=nclust; j++){
 438       x2=xxc[j];
 439       y2=yyc[j];
 440       if(Dist(x1,y1,x2,y2) <= 3.){ idd=idd+1; neib[i][idd]=j; }
 441     }
 442
 443     neib[i][0]=idd;
 444   }
 445   sum=0.;
 446   for(i1=0; i1<=ncell; i1++){
 447     aint=0.;
 448     idd=neib[i1][0];
 449     for(i2=1; i2<=idd; i2++){
 450       jj=neib[i1][i2];
 451       dx=xx[i1]-xxc[jj];
 452       dy=yy[i1]-yyc[jj];
 453       dum=rrc[j]*rrc[jj]+rr*rr;
 454       aint=aint+exp(-(dx*dx+dy*dy)/dum)*zzc[idd]*rr*rr/dum;
 455     }
 456     sum=sum+(aint-zz[i1])*(aint-zz[i1])/str;
 457   }
 458   jmax=nclust*1000;
 459   if(nclust > 20)jmax=20000;
 460   for(j=0; j<jmax; j++){
 461     str1=0.;
 462     for(i=0; i<=nclust; i++){
 463       a[i]=xxc[i]+0.6*(ranmar()-0.5);
 464       b[i]=yyc[i]+0.6*(ranmar()-0.5);
 465       c[i]=zzc[i]*(1.+(ranmar()-0.5)*0.2);
 466       str1=str1+zzc[i];
 467       d[i]=rrc[i]*(1.+(ranmar()-0.5)*0.1);
 468       if(d[i] < 0.25)d[i]=0.25;
 469     }
 470     for(i=0; i<=nclust; i++){ c[i]=c[i]*str/str1; }
 471     sum1=0.;
 472     for(i1=0; i1<=ncell; i1++){
 473       aint=0.;
 474       idd=neib[i1][0];
 475       for(i2=1; i2<=idd; i2++){
 476         jj=neib[i1][i2];
 477         dx=xx[i1]-a[jj];
 478         dy=yy[i1]-b[jj];
 479         dum=d[jj]*d[jj]+rr*rr;
 480         aint=aint+exp(-(dx*dx+dy*dy)/dum)*c[i2]*rr*rr/dum;
 481       }
 482       sum1=sum1+(aint-zz[i1])*(aint-zz[i1])/str;
 483     }
 484
 485     if(sum1 < sum){
 486       for(i2=0; i2<=nclust; i2++){
 487         xxc[i2]=a[i2];
 488         yyc[i2]=b[i2];
 489         zzc[i2]=c[i2];
 490         rrc[i2]=d[i2];
 491         sum=sum1;
 492
 493       }
 494     }
 495   }
 496   for(j=0; j<=nclust; j++){
 497     *(&xc+j)=xxc[j];
 498     *(&yc+j)=yyc[j];
 499     *(&zc+j)=zzc[j];
 500     *(&rc+j)=rrc[j];
 501   }
 502 }
 503
 504
 505 double AliPMDClustering::Dist(double x1, double y1, double x2, double y2)
 506 {
 507   return sqrt((x1-x2)*(x1-x2) + (y1-y2)*(y1-y2));
 508 }
 509
 510
 511 int AliPMDClustering::crclust(double /*ave*/, double cutoff, int nmx1, int /*idet*/)
 512 {
 513   int i,j,k,id1,id2,icl, numcell, clust[2][5000];
 514   int jd1,jd2, icell, cellcount;
 515   static int neibx[6]={1,0,-1,-1,0,1}, neiby[6]={0,1,1,0,-1,-1};
 516   // neibx and neiby define ( incremental ) (i,j) for the neighbours of a
 517   // cell. There are six neighbours.
 518   // cellcount --- total number of cells having nonzero ener dep
 519   // numcell --- number of cells in a given supercluster
 520   //ofstream ofl0("cells_loc",ios::out);
 521   // initialize infocl[2][ndimx][ndimy]
 522   for (j=0; j < 72; j++){
 523     for(k=0; k < 72; k++){
 524       infocl[0][j][k] = 0;
 525       infocl[1][j][k] = 0;
 526     }
 527   }
 528   for(i=0; i < nmx; i++){
 529     infcl[0][i] = -1;
 530     id1=iord[0][i];
 531     id2=iord[1][i];
 532     if(d[id1][id2] <= cutoff){infocl[0][id1][id2]=-1;}
 533   }
 534   // ---------------------------------------------------------------
 535   // crude clustering begins. Start with cell having largest adc
 536   // count and loop over the cells in descending order of adc count
 537   // ---------------------------------------------------------------
 538   icl=-1;
 539   cellcount=-1;
 540   for(icell=0; icell <= nmx1; icell++){
 541     id1=iord[0][icell];
 542     id2=iord[1][icell];
 543     if(infocl[0][id1][id2] == 0 ){
 544       // ---------------------------------------------------------------
 545       // icl -- cluster #, numcell -- # of cells in it, clust -- stores
 546       // coordinates of the cells in a cluster, infocl[0][i1][i2] is 1 for
 547       // primary and 2 for secondary cells,
 548       // infocl[1][i1][i2] stores cluster #
 549       // ---------------------------------------------------------------
 550       icl=icl+1;
 551       numcell=0;
 552       cellcount=cellcount+1;
 553       infocl[0][id1][id2]=1;
 554       infocl[1][id1][id2]=icl;
 555       infcl[0][cellcount]=icl;
 556       infcl[1][cellcount]=id1;
 557       infcl[2][cellcount]=id2;
 558       clust[0][numcell]=id1;
 559       clust[1][numcell]=id2;
 560       for(i=1; i<5000; i++)clust[0][i]=0;
 561       // ---------------------------------------------------------------
 562       // check for adc count in neib. cells. If ne 0 put it in this clust
 563       // ---------------------------------------------------------------
 564       for(i=0; i<6; i++){
 565         jd1=id1+neibx[i];
 566         jd2=id2+neiby[i];
 567         if( (jd1 >= 0 && jd1 < 72) && (jd2 >= 0 && jd2 < 72) &&
 568             infocl[0][jd1][jd2] == 0){
 569           numcell=numcell+1;
 570           infocl[0][jd1][jd2]=2;
 571           infocl[1][jd1][jd2]=icl;
 572           clust[0][numcell]=jd1;
 573           clust[1][numcell]=jd2;
 574           cellcount=cellcount+1;
 575           infcl[0][cellcount]=icl;
 576           infcl[1][cellcount]=jd1;
 577           infcl[2][cellcount]=jd2;
 578         }
 579       }
 580       // ---------------------------------------------------------------
 581       // check adc count for neighbour's neighbours recursively and
 582       // if nonzero, add these to the cluster.
 583       // ---------------------------------------------------------------
 584       for(i=1;i < 5000;i++){
 585         if(clust[0][i] != 0){
 586           id1=clust[0][i];
 587           id2=clust[1][i];
 588           for(j=0; j<6 ; j++){
 589             jd1=id1+neibx[j];
 590             jd2=id2+neiby[j];
 591             if( (jd1 >= 0 && jd1 < 72) && (jd2 >= 0 && jd2 < 72) &&
 592                 infocl[0][jd1][jd2] == 0 ){
 593               infocl[0][jd1][jd2]=2;
 594               infocl[1][jd1][jd2]=icl;
 595               numcell=numcell+1;
 596               clust[0][numcell]=jd1;
 597               clust[1][numcell]=jd2;
 598               cellcount=cellcount+1;
 599               infcl[0][cellcount]=icl;
 600               infcl[1][cellcount]=jd1;
 601               infcl[2][cellcount]=jd2;
 602             }
 603           }
 604         }
 605       }
 606     }
 607   }
 608   //  for(icell=0; icell<=cellcount; icell++){
 609   //    ofl0 << infcl[0][icell] << " " << infcl[1][icell] << " " <<
 610   //      infcl[2][icell] << endl;
 611   //  }
 612   return cellcount;
 613 }
 614
 615 double AliPMDClustering::ranmar()
 616 {
 617   /*                                   C==========================C*/
 618   /*===================================C==========================*/
 619   /*  Universal random number generator proposed by Marsaglia and Zaman
 620       in report FSU-SCRI-87-50 */
 621
 622   //  clock_t start;
 623   int ii, jj;
 624   static int i=96, j=32, itest=0, i1, i2, i3, i4, i5;
 625   static double u[97], c, cd, cm, s, t;
 626   static double uni;
 627   int count1,count2,idum;
 628   /*    $$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$  */
 629   if (itest == 0) {
 630     //*******************************************************
 631     // following three lines if the seed to be provided by computer
 632     // start = time(NULL);
 633     // ii=start;
 634     // jj=start;
 635     //*******************************************************
 636     //following two lines for fixed seed ( during testing only. Else
 637     //use preceeing three lines
 638     ii=8263;
 639     jj=5726;
 640     if(ii > 31328 ) ii = ii - ( ii / 31328 ) * 31328;
 641     if(jj > 30081 ) jj = jj - ( jj / 30081 ) * 30081;
 642     itest=itest+1;
 643     if((( ii > 0 ) &&  ( ii <= 31328 )) && (( jj > 0 ) &&
 644                                             ( jj <= 30081 ))){
 645       i1=ii/177+2; i2=ii-(i1-2)*177+2; i3=jj/169+1; i4=jj-(i3-1)*169;
 646       i4 = jj - (i3-1)*169;
 647       count1=0;
 648       while ( count1 < 97 ){
 649         s=0.;
 650         t=0.5;
 651         count2=0;
 652         while( count2 < 24 ){
 653           idum=i1*i2/179;
 654           idum=( i1*i2 - (i1*i2/179)*179 ) * i3;
 655           i5=idum-(idum/179)*179;
 656           i1=i2; i2=i3; i3=i5; idum=53*i4+1; i4=idum-(idum/169)*169;
 657           if( i4*i5-((i4*i5)/64)*64 >= 32 ) s=s+t;
 658           t=0.5*t;
 659           count2=count2+1;
 660         }
 661         u[count1] = s;
 662         count1 = count1 +1;
 663       }
 664       c = 362436./16777216.;  cd = 7654321./16777216.;
 665       cm = 16777213./16777216.;
 666     }
 667     else{
 668       cout << " wrong initialization " << endl;
 669     }
 670   }
 671   else{
 672     uni = u[i] - u[j]; if( uni < 0.) uni = uni + 1; u[i] = uni;
 673     i = i -1;
 674     if( i < 0 ) i = 96; j = j - 1; if ( j < 0 ) j = 96; c = c - cd;
 675     if( c < 0. ) c = c+cm; uni = uni-c ; if( uni < 0. )uni = uni+1.;
 676     //    return uni;
 677   }
 678   return uni;
 679
 680 }
 681
 682 void AliPMDClustering::ConvertL2G(int smnumber, double xcell, double ycell, double &xpos, double &ypos)
 683 {
 684   float xreal = -999., yreal = -999.;
 685   float cell_rad=0.25, celldia_x=0.5, celldia_y=0.4330127;
 686   float xcon, ycon;
 687   float xoff1, xoff2, yoff=0.2886751, yoff3;
 688   float xhex1 = -27.09375, yhex1 = -15.652584;
 689   float xhex2 =  27.09375, yhex2 = -15.652584;
 690   float xhex3 = 0.0, yhex3 = 31.285168;
 691
 692
 693   double xcorner[27] =
 694   {
 695     9.435395, 45.560394,  81.685394, -8.627106,
 696     27.497894, 63.622894, -26.689606,  9.435394,
 697     45.560394, 9.435344,  -8.627106, -26.689556,
 698     45.560345, 27.497894, 9.435445,   81.685341,
 699     63.622894, 45.560444, -18.870789, -36.933388,
 700     -54.995991, -36.933189, -54.995789, -73.058388,
 701     -54.995586, -73.058189, -91.120789
 702   };
 703
 704   double ycorner[27] =
 705   {
 706     -16.342583, -16.34258, -16.34258, -47.627750, -47.627750,
 707     -47.627750, -78.912918, -78.912918, -78.912918, 16.342611,
 708     47.627808, 78.913002, 16.342554, 47.627750, 78.912949,
 709     16.342495, 47.627693, 78.912888, -0.000116, -31.285227,
 710     -62.570335, 31.285110, 0.000000, -31.285110, 62.570335,
 711     31.285227, 0.000116
 712   };
 713
 714   if (smnumber<=8)
 715     {
 716       xcon  = xcorner[smnumber]+xhex1;
 717       ycon  = ycorner[smnumber]+yhex1;
 718       xoff1 = celldia_x+(ycell-1)*cell_rad;
 719       xreal = xcon+xoff1+celldia_x*(xcell-1);
 720       yreal = ycon+yoff+celldia_y*(ycell-1);
 721     }
 722
 723   if (smnumber>8 && smnumber<=17)
 724     {
 725       xcon  = xcorner[smnumber]+xhex2;
 726       ycon  = ycorner[smnumber]+yhex2;
 727       xoff2 = celldia_x+(xcell-1)*cell_rad;
 728       xreal = xcon-(xoff2+celldia_x*(ycell-1));
 729       yreal = ycon+yoff+celldia_y*(xcell-1);
 730     }
 731
 732   if (smnumber>17)
 733     {
 734       xcon  = xcorner[smnumber]+xhex3;
 735       ycon  = ycorner[smnumber]+yhex3;
 736       yoff3 = celldia_x * 0.8660254  + cell_rad * 0.57735027;
 737       xreal = xcon+(ycell-xcell)*cell_rad;
 738       yreal = ycon-(yoff3+(xcell+ycell-2)*celldia_y);
 739     }
 740
 741   xpos = xreal;
 742   ypos = yreal;
 743 }
 744
 745 void AliPMDClustering::cell_pos(Int_t isup, Int_t j, int k, Float_t &xp, Float_t &yp){
 746
 747   /*
 748     This converts PMD cluster or CELL coordinates
 749     to Global coordinates.
 750     Written by Prof. S.C. Phatak
 751   */
 752
 753   Int_t i;
 754   Float_t celldia = 0.5;
 755   const Float_t pi = 3.14159;
 756   const double sqrth=0.8660254;  // sqrth = sqrt(3.)/2.
 757   /*
 758     isup --> supermodule no ( 0 - 26 )
 759     idet --> detector ( pmd or cpv : not required now )
 760     j --> xpad ( goes from 1 to 72 )
 761     k --> ypad ( goes from 1 to 72 )
 762     xp --> global x coordinate
 763     yp --> global y coordinate
 764
 765     (xp0,yp0) corner positions of all supermodules in global
 766     coordinate system. That is the origin
 767     of the local ( supermodule ) coordinate system.
 768 */
 769
 770   Float_t xp0[27] =
 771   {
 772     -17.9084, 18.2166, 54.3416, -35.9709, 0.154144,
 773     36.2791, -54.0334, -17.9084, 18.2166, 36.7791,
 774     18.7166, 0.654194, 72.9041, 54.8416, 36.7792,
 775     109.029, 90.9666, 72.9042, -18.8708, -36.9334,
 776     -54.996, -36.9332, -54.9958, -73.0584, -54.9956,
 777     -73.0582, -91.1208
 778   };
 779
 780   Float_t yp0[27] =
 781   {
 782     -32.1395, -32.1395, -32.1395, -63.4247, -63.4247,
 783     -63.4247, -94.7098, -94.7098, -94.7098, 0.545689,
 784     31.8309, 63.1161, 0.545632, 31.8308, 63.116,
 785     0.545573, 31.8308, 63.116, 31.5737, 0.288616,
 786     -30.9965, 62.859, 31.5738, 0.288733, 94.1442,
 787     62.8591, 31.574
 788   };
 789
 790   /*
 791      angles of rotation for three sets of supermodules
 792      The angle is same for first nine, next nine and last nine
 793      supermodules
 794   */
 795
 796   Float_t th[3] = {0., -2.*pi/3., 2.*pi/3.};
 797   Float_t xr, yr, xinit, yinit, cs, sn;
 798
 799   /*
 800      xinit and yinit are coordinates of the cell in local coordinate system
 801   */
 802
 803   xinit = (j)*celldia+(k)/2.*celldia;
 804   yinit = sqrth*(k)/2.;
 805   i=isup/9;
 806   cs=cos(th[i]);
 807   sn=sin(th[i]);
 808   //
 809   // rotate first
 810   //
 811   xr=cs*xinit+sn*yinit;
 812   yr=-sn*xinit+cs*yinit;
 813   //
 814   // then translate
 815   //
 816   xp=xr+xp0[isup];
 817   yp=yr+yp0[isup];
 818
 819 }
 820 void AliPMDClustering::SetMessage(Int_t imessage)
 821 {
 822   fMessage = imessage;
 823 }