PMD/AliPMDClustering.cxx

   1 /***************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 //-----------------------------------------------------//
  17 //                                                     //
  18 //  Source File : PMDClustering.cxx, Version 00        //
  19 //                                                     //
  20 //  Date   : September 26 2002                         //
  21 //                                                     //
  22 //  clustering code for alice pmd                      //
  23 //                                                     //
  24 //-----------------------------------------------------//
  25
  26 /*
  27    --------------------------------------------------------------------
  28    Code developed by S. C. Phatak, Institute of Physics,
  29    Bhubaneswar 751 005 ( phatak@iopb.res.in ) Given the energy deposited
  30    ( or ADC value ) in each cell of supermodule ( pmd or cpv ), the code
  31    builds up superclusters and breaks them into clusters. The input is
  32    in array d[ndimx][ndimy] and cluster information is in array
  33    clusters[5][5000]. integer clno gives total number of clusters in the
  34    supermodule.
  35
  36    d, clno  and clusters are the only global ( public ) variables. Others
  37    are local ( private ) to the code.
  38
  39    At the moment, the data is read for whole detector ( all supermodules
  40    and pmd as well as cpv. This will have to be modify later )
  41
  42    LAST UPDATE  :  October 23, 2002
  43 -----------------------------------------------------------------------
  44 */
  45
  46
  47
  48 #include <TNtuple.h>
  49 #include <TObjArray.h>
  50 #include "AliPMDcluster.h"
  51 #include "AliPMDClustering.h"
  52 #include <stdio.h>
  53
  54 ClassImp(AliPMDClustering)
  55
  56 const double AliPMDClustering::pi=3.141593;
  57 const double AliPMDClustering::sqrth=0.8660254;  // sqrth = sqrt(3.)/2.
  58
  59
  60 AliPMDClustering::AliPMDClustering()
  61 {
  62   fDebug  = 0;
  63   fCutoff = 0;
  64   for(int i = 0; i < ndimx; i++)
  65     {
  66       for(int j = 0; j < ndimy; j++)
  67         {
  68           coord[0][i][j] = i+j/2.;
  69           coord[1][i][j] = sqrth*j;
  70         }
  71     }
  72 }
  73 AliPMDClustering::~AliPMDClustering()
  74 {
  75
  76 }
  77
  78 void AliPMDClustering::DoClust(double celladc[48][96], TObjArray *pmdcont)
  79 {
  80
  81   AliPMDcluster *pmdcl = 0;
  82
  83   int i, i1, i2, j, nmx1, incr;
  84   double  cutoff, ave;
  85   Float_t clusdata[5];
  86
  87   const float twobysqrt3 = 1.1547; // 2./sqrt(3.)
  88
  89
  90   for (i = 0; i < ndimx; i++)
  91     {
  92       for (j = 0; j < ndimy; j++)
  93         {
  94           d[i][j] = celladc[i][j];
  95         }
  96     }
  97   order(); // order the data
  98   cutoff = fCutoff; // cutoff used to discard cells having ener. dep.
  99   ave=0.;
 100   nmx1=-1;
 101
 102   for(j=0;j<nmx; j++)
 103     {
 104       i1 = iord[0][j];
 105       i2 = iord[1][j];
 106       if (d[i1][i2] > 0.) {ave=ave+d[i1][i2];}
 107       if (d[i1][i2] > cutoff ) nmx1 = nmx1 + 1;
 108     }
 109   // nmx1 --- number of cells having ener dep >= cutoff
 110   if (fDebug == 1)
 111     {
 112       cout << " nmx1 " << nmx1 << endl;
 113     }
 114   ave=ave/nmx1;
 115   if (fDebug == 1)
 116     {
 117       cout <<"nmx " << nmx << " nmx1 " << nmx1<< " ave "<<ave<<
 118         " cutoff " << cutoff << endl;
 119     }
 120
 121   incr = crclust(ave, cutoff, nmx1);
 122
 123   refclust(incr);
 124
 125   if (fDebug == 1)
 126     {
 127       cout << "clno " << clno << endl;
 128     }
 129
 130   for(i1=0; i1<clno; i1++)
 131     {
 132       float clu_xc    = (float) clusters[0][i1];
 133       float clu_yc    = (float) clusters[1][i1];
 134       float clu_adc   = (float) clusters[2][i1];
 135       float clu_cells = (float) clusters[3][i1];
 136       float clu_rad   = (float) clusters[4][i1];
 137
 138       float clu_y0 = twobysqrt3*clu_yc;
 139       float clu_x0 = clu_xc - clu_y0/2.;
 140
 141       clusdata[0] = clu_x0;
 142       clusdata[1] = clu_y0;
 143       clusdata[2] = clu_adc;
 144       clusdata[3] = clu_cells;
 145       clusdata[4] = clu_rad;
 146
 147       pmdcl = new AliPMDcluster(clusdata);
 148       pmdcont->Add(pmdcl);
 149     }
 150   delete pmdcl;
 151
 152 }
 153
 154 void AliPMDClustering::order()
 155 {
 156   // using simple sort
 157   double dd[nmx], adum;// matrix d converted into
 158   // one dimensional array dd. adum a place holder for double
 159   int i, j, i1, i2, iord1[nmx], itst, idum; // information of
 160   // ordering is stored in iord1, original array not ordered
 161   //
 162   // define arrays dd and iord1
 163   for(i1=0; i1 < ndimx; i1++){
 164     for(i2=0; i2 < ndimy; i2++){
 165       i=i1+i2*ndimx;
 166       iord1[i]=i; dd[i]=d[i1][i2];
 167     }
 168   }
 169   // sort and store sorting information in iord1
 170   for(j=1; j < nmx; j++){
 171     itst=0; adum=dd[j]; idum=iord1[j];
 172     for(i1=0; i1 < j ; i1++){
 173       if(adum > dd[i1] && itst == 0){
 174         itst=1;
 175         for(i2=j-1; i2 >= i1 ; i2=i2--){
 176           dd[i2+1]=dd[i2];
 177           iord1[i2+1]=iord1[i2];
 178         }
 179         dd[i1]=adum; iord1[i1]=idum;
 180       }
 181     }
 182   }
 183   // store the sorted information in iord for later use
 184   for(i=0; i<nmx; i++){
 185     j  = iord1[i];
 186     i2 = j/ndimx;
 187     i1 = j-i2*ndimx;
 188     iord[0][i]=i1;
 189     iord[1][i]=i2;
 190   }
 191 }
 192
 193 int AliPMDClustering::crclust(double ave, double cutoff, int nmx1)
 194 {
 195   int i,j,k,id1,id2,icl, numcell, clust[2][5000];
 196   int jd1,jd2, icell, cellcount;
 197   static int neibx[6]={1,0,-1,-1,0,1}, neiby[6]={0,1,1,0,-1,-1};
 198   // neibx and neiby define ( incremental ) (i,j) for the neighbours of a
 199   // cell. There are six neighbours.
 200   // cellcount --- total number of cells having nonzero ener dep
 201   // numcell --- number of cells in a given supercluster
 202   //ofstream ofl0("cells_loc",ios::out);
 203   // initialize infocl[2][ndimx][ndimy]
 204
 205   if (fDebug == 1)
 206     {
 207       printf(" *** Inside crclust **  nmx = %d nmx1 = %d ndimx = %d ndimy = %d ave = %f cutoff = %f\n",
 208              nmx,nmx1,ndimx,ndimy,ave,cutoff);
 209     }
 210   for (j=0; j < ndimx; j++){
 211     for(k=0; k < ndimy; k++){
 212       infocl[0][j][k] = 0;
 213       infocl[1][j][k] = 0;
 214     }
 215   }
 216   for(i=0; i < nmx; i++){
 217     infcl[0][i] = -1;
 218     id1=iord[0][i];
 219     id2=iord[1][i];
 220     if(d[id1][id2] <= cutoff){infocl[0][id1][id2]=-1;}
 221   }
 222   // ---------------------------------------------------------------
 223   // crude clustering begins. Start with cell having largest adc
 224   // count and loop over the cells in descending order of adc count
 225   // ---------------------------------------------------------------
 226   icl=-1;
 227   cellcount=-1;
 228   for(icell=0; icell <= nmx1; icell++){
 229     id1=iord[0][icell];
 230     id2=iord[1][icell];
 231     if(infocl[0][id1][id2] == 0 ){
 232       // ---------------------------------------------------------------
 233       // icl -- cluster #, numcell -- # of cells in it, clust -- stores
 234       // coordinates of the cells in a cluster, infocl[0][i1][i2] is 1 for
 235       // primary and 2 for secondary cells,
 236       // infocl[1][i1][i2] stores cluster #
 237       // ---------------------------------------------------------------
 238       icl=icl+1;
 239       numcell=0;
 240       cellcount=cellcount+1;
 241       infocl[0][id1][id2]=1;
 242       infocl[1][id1][id2]=icl;
 243       infcl[0][cellcount]=icl;
 244       infcl[1][cellcount]=id1;
 245       infcl[2][cellcount]=id2;
 246
 247
 248       clust[0][numcell]=id1;
 249       clust[1][numcell]=id2;
 250       for(i=1; i<5000; i++)clust[0][i]=0;
 251       // ---------------------------------------------------------------
 252       // check for adc count in neib. cells. If ne 0 put it in this clust
 253       // ---------------------------------------------------------------
 254       for(i=0; i<6; i++){
 255         jd1=id1+neibx[i];
 256         jd2=id2+neiby[i];
 257         if( (jd1 >= 0 && jd1 < ndimx) && (jd2 >= 0 && jd2 < ndimy) &&
 258             infocl[0][jd1][jd2] == 0){
 259           numcell=numcell+1;
 260           infocl[0][jd1][jd2]=2;
 261           infocl[1][jd1][jd2]=icl;
 262           clust[0][numcell]=jd1;
 263           clust[1][numcell]=jd2;
 264           cellcount=cellcount+1;
 265           infcl[0][cellcount]=icl;
 266           infcl[1][cellcount]=jd1;
 267           infcl[2][cellcount]=jd2;
 268         }
 269       }
 270       // ---------------------------------------------------------------
 271       // check adc count for neighbour's neighbours recursively and
 272       // if nonzero, add these to the cluster.
 273       // ---------------------------------------------------------------
 274       for(i=1;i < 5000;i++){
 275         if(clust[0][i] != 0){
 276           id1=clust[0][i];
 277           id2=clust[1][i];
 278           for(j=0; j<6 ; j++){
 279             jd1=id1+neibx[j];
 280             jd2=id2+neiby[j];
 281             if( (jd1 >= 0 && jd1 < ndimx) && (jd2 >= 0 && jd2 < ndimy) &&
 282                 infocl[0][jd1][jd2] == 0 ){
 283               infocl[0][jd1][jd2]=2;
 284               infocl[1][jd1][jd2]=icl;
 285               numcell=numcell+1;
 286               clust[0][numcell]=jd1;
 287               clust[1][numcell]=jd2;
 288               cellcount=cellcount+1;
 289               infcl[0][cellcount]=icl;
 290               infcl[1][cellcount]=jd1;
 291               infcl[2][cellcount]=jd2;
 292             }
 293           }
 294         }
 295       }
 296     }
 297   }
 298   //  for(icell=0; icell<=cellcount; icell++){
 299   //    ofl0 << infcl[0][icell] << " " << infcl[1][icell] << " " <<
 300   //      infcl[2][icell] << endl;
 301   //  }
 302   return cellcount;
 303 }
 304
 305 void AliPMDClustering::refclust(int incr)
 306 {
 307   int i, j, k, i1, i2, id, icl, ncl[4500], iord[4500], itest;
 308   int ihld;
 309   int ig, nsupcl, lev1[20], lev2[20];
 310   double x[4500], y[4500], z[4500], x1, y1, z1, x2, y2, z2, dist;
 311   double xc[4500], yc[4500], zc[4500], cells[4500], sum, rc[4500], rr;
 312   // clno counts the final clusters
 313   // nsupcl =  # of superclusters; ncl[i]= # of cells in supercluster i
 314   // x, y and z store (x,y) coordinates of and energy deposited in a cell
 315   // xc, yc store (x,y) coordinates of the cluster center
 316   // zc stores the energy deposited in a cluster
 317   // rc is cluster radius
 318   // finally the cluster information is put in 2-dimensional array clusters
 319   //  ofstream ofl1("checking.5",ios::app);
 320   clno=-1;
 321   nsupcl=-1;
 322   for(i=0; i<4500; i++){ncl[i]=-1;}
 323   for(i=0; i<incr; i++){
 324     if(infcl[0][i] != nsupcl){ nsupcl=nsupcl+1; }
 325     ncl[nsupcl]=ncl[nsupcl]+1;
 326   }
 327   if (fDebug == 1)
 328     {
 329       cout << " # of cells " <<incr+1 << " # of superclusters " << nsupcl+1
 330            << endl;
 331     }
 332   id=-1;
 333   icl=-1;
 334   for(i=0; i<nsupcl; i++){
 335     if(ncl[i] == 0){
 336       id=id+1;
 337       icl=icl+1;
 338       // one  cell super-clusters --> single cluster
 339       // cluster center at the centyer of the cell
 340       // cluster radius = half cell dimension
 341       clno=clno+1;
 342       i1=infcl[1][id];
 343       i2=infcl[2][id];
 344       clusters[0][clno]=coord[0][i1][i2];
 345       clusters[1][clno]=coord[1][i1][i2];
 346       clusters[2][clno]=d[i1][i2];
 347       clusters[3][clno]=1.;
 348       clusters[4][clno]=0.5;
 349       //ofl1 << icl << " " << coord[0][i1][i2] << " " << coord[1][i1][i2] <<
 350       //" " << d[i1][i2] << " " << clusters[3][clno] <<endl;
 351     }else if(ncl[i] == 1){
 352       // two cell super-cluster --> single cluster
 353       // cluster center is at ener. dep.-weighted mean of two cells
 354       // cluster radius == half cell dimension
 355       id=id+1;
 356       icl=icl+1;
 357       clno=clno+1;
 358       i1=infcl[1][id];
 359       i2=infcl[2][id];
 360       x1=coord[0][i1][i2];
 361       y1=coord[1][i1][i2];
 362       z1=d[i1][i2];
 363       id=id+1;
 364       i1=infcl[1][id];
 365       i2=infcl[2][id];
 366       x2=coord[0][i1][i2];
 367       y2=coord[1][i1][i2];
 368       z2=d[i1][i2];
 369       clusters[0][clno]=(x1*z1+x2*z2)/(z1+z2);
 370       clusters[1][clno]=(y1*z1+y2*z2)/(z1+z2);
 371       clusters[2][clno]=z1+z2;
 372       clusters[3][clno]=2.;
 373       clusters[4][clno]=0.5;
 374       //ofl1 << icl << " " << clusters[0][clno] << " " << clusters[1][clno]
 375       //   << " " << clusters[2][clno] << " " <<clusters[3][clno] <<endl;
 376     }else{
 377
 378       id=id+1;
 379       iord[0]=0;
 380       // super-cluster of more than two cells - broken up into smaller
 381       // clusters gaussian centers computed. (peaks separated by > 1 cell)
 382       // Begin from cell having largest energy deposited This is first
 383       // cluster center
 384       i1=infcl[1][id];
 385       i2=infcl[2][id];
 386       x[0]=coord[0][i1][i2];
 387       y[0]=coord[1][i1][i2];
 388       z[0]=d[i1][i2];
 389       iord[0]=0;
 390       for(j=1;j<=ncl[i];j++){
 391
 392         id=id+1;
 393         i1=infcl[1][id];
 394         i2=infcl[2][id];
 395         iord[j]=j;
 396         x[j]=coord[0][i1][i2];
 397         y[j]=coord[1][i1][i2];
 398         z[j]=d[i1][i2];
 399       }
 400       // arranging cells within supercluster in decreasing order
 401       for(j=1;j<=ncl[i];j++){
 402         itest=0; ihld=iord[j];
 403         for(i1=0;i1<j;i1++){
 404           if(itest == 0 && z[iord[i1]] < z[ihld]){
 405             itest=1;
 406             for(i2=j-1;i2>=i1;i2--){
 407               iord[i2+1]=iord[i2];
 408             }
 409             iord[i1]=ihld;
 410           }
 411         }
 412       }
 413
 414
 415       // compute the number of Gaussians and their centers ( first
 416       // guess )
 417       // centers must be separated by cells having smaller ener. dep.
 418       // neighbouring centers should be either strong or well-separated
 419       ig=0;
 420       xc[ig]=x[iord[0]];
 421       yc[ig]=y[iord[0]];
 422       zc[ig]=z[iord[0]];
 423       for(j=1;j<=ncl[i];j++){
 424         itest=-1;
 425         x1=x[iord[j]];
 426         y1=y[iord[j]];
 427         for(k=0;k<=ig;k++){
 428           x2=xc[k]; y2=yc[k];
 429           rr=Dist(x1,y1,x2,y2);
 430           if( rr >= 1.1 && rr < 1.8 && z[iord[j]] > zc[k]/4.)
 431             itest=itest+1;
 432           if( rr >= 1.8 && rr < 2.1 && z[iord[j]] > zc[k]/10.)
 433             itest=itest+1;
 434           if( rr >= 2.1)itest=itest+1;
 435         }
 436         if(itest == ig){
 437           ig=ig+1;
 438           xc[ig]=x1;
 439           yc[ig]=y1;
 440           zc[ig]=z[iord[j]];
 441         }
 442       }
 443       // for(j=0; j<=ig; j++){
 444       //ofl1 << icl+j+1 << " " << xc[j] << " " <<yc[j] <<" "<<zc[j]<<endl;
 445       //}
 446       // gaussfit to adjust cluster parameters to minimize
 447       gaussfit(ncl[i], ig, x[0], y[0] ,z[0], xc[0], yc[0], zc[0], rc[0]);
 448       icl=icl+ig+1;
 449       // compute the number of cells belonging to each cluster.
 450       // cell is shared between several clusters ( if they are equidistant
 451       // from it ) in the ratio of cluster energy deposition
 452       for(j=0; j<=ig; j++){
 453         cells[j]=0.;
 454       }
 455       if(ig > 0){
 456         for(j=0; j<=ncl[i]; j++){
 457           lev1[0]=0;
 458           lev2[0]=0;
 459           for(k=0; k<=ig; k++){
 460             dist=Dist(x[j], y[j], xc[k], yc[k]);
 461             if(dist < sqrt(3.) ){
 462               lev1[0]++;
 463               i1=lev1[0];
 464               lev1[i1]=k;
 465             }else{
 466               if(dist < 2.1){
 467                 lev2[0]++;
 468                 i1=lev2[0];
 469                 lev2[i1]=k;
 470               }
 471             }
 472           }
 473           if(lev1[0] != 0){
 474             if(lev1[0] == 1){cells[lev1[1]]=cells[lev1[1]]+1.;}
 475             else{
 476               sum=0.;
 477               for(k=1; k<=lev1[0]; k++){
 478                 sum=sum+zc[lev1[k]];
 479               }
 480               for(k=1; k<=lev1[0]; k++){
 481                 cells[lev1[k]]=cells[lev1[k]]+zc[lev1[k]]/sum;
 482               }
 483             }
 484           }else{
 485             if(lev2[0] == 0){cells[lev2[1]]=cells[lev2[1]]+1.;}
 486             else{
 487               sum=0.;
 488               for(k=1; k<=lev2[0]; k++){
 489                 sum=sum+zc[lev2[k]];
 490               }
 491               for(k=1; k<=lev2[0]; k++){
 492                 cells[lev2[k]]=cells[lev2[k]]+zc[lev2[k]]/sum;
 493               }
 494             }
 495           }
 496         }
 497       }
 498       for(j=0; j<=ig; j++){
 499         clno=clno+1;
 500         clusters[0][clno]=xc[j];
 501         clusters[1][clno]=yc[j];
 502         clusters[2][clno]=zc[j];
 503         clusters[4][clno]=rc[j];
 504         if(ig == 0){
 505           clusters[3][clno]=ncl[i];
 506         }else{
 507           clusters[3][clno]=cells[j];
 508         }
 509       }
 510     }
 511   }
 512 }
 513
 514 void AliPMDClustering::gaussfit(int ncell, int nclust, double &x, double &y ,double &z, double &xc, double &yc, double &zc, double &rc)
 515 {
 516   int i, j, i1, i2, jmax, novar, idd, jj;
 517   double xx[4500], yy[4500], zz[4500], xxc[4500], yyc[4500];
 518   double a[4500], b[4500], c[4500], d[4500], ha[4500], hb[4500];
 519   double hc[4500], hd[4500], zzc[4500], rrc[4500];
 520   int neib[4500][50];
 521   double sum, dx, dy, str, str1, aint, sum1, rr, dum;
 522   double x1, x2, y1, y2;
 523   str=0.;
 524   str1=0.;
 525   rr=0.3;
 526   novar=0;
 527
 528   j = 0;  // Just put not to see the compiler warning, BKN
 529
 530
 531   for(i=0; i<=ncell; i++){
 532     xx[i]=*(&x+i);
 533     yy[i]=*(&y+i);
 534     zz[i]=*(&z+i);
 535     str=str+zz[i];
 536   }
 537   for(i=0; i<=nclust; i++){
 538     xxc[i]=*(&xc+i);
 539     yyc[i]=*(&yc+i);
 540     zzc[i]=*(&zc+i);
 541     str1=str1+zzc[i];
 542     rrc[i]=0.5;
 543
 544   }
 545   for(i=0; i<=nclust; i++){
 546     zzc[i]=str/str1*zzc[i];
 547     ha[i]=xxc[i];
 548     hb[i]=yyc[i];
 549     hc[i]=zzc[i];
 550     hd[i]=rrc[i];
 551     x1=xxc[i];
 552     y1=yyc[i];
 553   }
 554   for(i=0; i<=ncell; i++){
 555     idd=0;
 556     x1=xx[i];
 557     y1=yy[i];
 558     for(j=0; j<=nclust; j++){
 559       x2=xxc[j];
 560       y2=yyc[j];
 561       if(Dist(x1,y1,x2,y2) <= 3.){ idd=idd+1; neib[i][idd]=j; }
 562     }
 563
 564     neib[i][0]=idd;
 565   }
 566   sum=0.;
 567   for(i1=0; i1<=ncell; i1++){
 568     aint=0.;
 569     idd=neib[i1][0];
 570     for(i2=1; i2<=idd; i2++){
 571       jj=neib[i1][i2];
 572       dx=xx[i1]-xxc[jj];
 573       dy=yy[i1]-yyc[jj];
 574       dum=rrc[j]*rrc[jj]+rr*rr;
 575       aint=aint+exp(-(dx*dx+dy*dy)/dum)*zzc[idd]*rr*rr/dum;
 576     }
 577     sum=sum+(aint-zz[i1])*(aint-zz[i1])/str;
 578   }
 579   jmax=nclust*1000;
 580   if(nclust > 20)jmax=20000;
 581   for(j=0; j<jmax; j++){
 582     str1=0.;
 583     for(i=0; i<=nclust; i++){
 584       a[i]=xxc[i]+0.6*(ranmar()-0.5);
 585       b[i]=yyc[i]+0.6*(ranmar()-0.5);
 586       c[i]=zzc[i]*(1.+(ranmar()-0.5)*0.2);
 587       str1=str1+zzc[i];
 588       d[i]=rrc[i]*(1.+(ranmar()-0.5)*0.1);
 589       if(d[i] < 0.25)d[i]=0.25;
 590     }
 591     for(i=0; i<=nclust; i++){ c[i]=c[i]*str/str1; }
 592     sum1=0.;
 593     for(i1=0; i1<=ncell; i1++){
 594       aint=0.;
 595       idd=neib[i1][0];
 596       for(i2=1; i2<=idd; i2++){
 597         jj=neib[i1][i2];
 598         dx=xx[i1]-a[jj];
 599         dy=yy[i1]-b[jj];
 600         dum=d[jj]*d[jj]+rr*rr;
 601         aint=aint+exp(-(dx*dx+dy*dy)/dum)*c[i2]*rr*rr/dum;
 602       }
 603       sum1=sum1+(aint-zz[i1])*(aint-zz[i1])/str;
 604     }
 605
 606     if(sum1 < sum){
 607       for(i2=0; i2<=nclust; i2++){
 608         xxc[i2]=a[i2];
 609         yyc[i2]=b[i2];
 610         zzc[i2]=c[i2];
 611         rrc[i2]=d[i2];
 612         sum=sum1;
 613
 614       }
 615     }
 616   }
 617   for(j=0; j<=nclust; j++){
 618     *(&xc+j)=xxc[j];
 619     *(&yc+j)=yyc[j];
 620     *(&zc+j)=zzc[j];
 621     *(&rc+j)=rrc[j];
 622   }
 623 }
 624
 625
 626 double AliPMDClustering::Dist(double x1, double y1, double x2, double y2)
 627 {
 628   return sqrt((x1-x2)*(x1-x2) + (y1-y2)*(y1-y2));
 629 }
 630
 631 double AliPMDClustering::ranmar()
 632 {
 633   /*                                   C==========================C*/
 634   /*===================================C==========================*/
 635   /*  Universal random number generator proposed by Marsaglia and Zaman
 636       in report FSU-SCRI-87-50 */
 637
 638   //  clock_t start;
 639   int ii, jj;
 640   static int i=96, j=32, itest=0, i1, i2, i3, i4, i5;
 641   static double u[97], c, cd, cm, s, t;
 642   static double uni;
 643   int count1,count2,idum;
 644   /*    $$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$$  */
 645   if (itest == 0) {
 646     //*******************************************************
 647     // following three lines if the seed to be provided by computer
 648     // start = time(NULL);
 649     // ii=start;
 650     // jj=start;
 651     //*******************************************************
 652     //following two lines for fixed seed ( during testing only. Else
 653     //use preceeing three lines
 654     ii=8263;
 655     jj=5726;
 656     if(ii > 31328 ) ii = ii - ( ii / 31328 ) * 31328;
 657     if(jj > 30081 ) jj = jj - ( jj / 30081 ) * 30081;
 658     itest=itest+1;
 659     if((( ii > 0 ) &&  ( ii <= 31328 )) && (( jj > 0 ) &&
 660                                             ( jj <= 30081 ))){
 661       i1=ii/177+2; i2=ii-(i1-2)*177+2; i3=jj/169+1; i4=jj-(i3-1)*169;
 662       i4 = jj - (i3-1)*169;
 663       count1=0;
 664       while ( count1 < 97 ){
 665         s=0.;
 666         t=0.5;
 667         count2=0;
 668         while( count2 < 24 ){
 669           idum=i1*i2/179;
 670           idum=( i1*i2 - (i1*i2/179)*179 ) * i3;
 671           i5=idum-(idum/179)*179;
 672           i1=i2; i2=i3; i3=i5; idum=53*i4+1; i4=idum-(idum/169)*169;
 673           if( i4*i5-((i4*i5)/64)*64 >= 32 ) s=s+t;
 674           t=0.5*t;
 675           count2=count2+1;
 676         }
 677         u[count1] = s;
 678         count1 = count1 +1;
 679       }
 680       c = 362436./16777216.;  cd = 7654321./16777216.;
 681       cm = 16777213./16777216.;
 682     }
 683     else{
 684       cout << " wrong initialization " << endl;
 685     }
 686   }
 687   else{
 688     uni = u[i] - u[j]; if( uni < 0.) uni = uni + 1; u[i] = uni;
 689     i = i -1;
 690     if( i < 0 ) i = 96; j = j - 1; if ( j < 0 ) j = 96; c = c - cd;
 691     if( c < 0. ) c = c+cm; uni = uni-c ; if( uni < 0. )uni = uni+1.;
 692     //    return uni;
 693   }
 694   return uni;
 695
 696 }
 697
 698 void AliPMDClustering::SetEdepCut(Float_t decut)
 699 {
 700   fCutoff = decut;
 701 }
 702 void AliPMDClustering::SetDebug(Int_t idebug)
 703 {
 704   fDebug = idebug;
 705 }