PMD/AliPMDClusteringV1.cxx

   1 /***************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 //-----------------------------------------------------//
  19 //                                                     //
  20 //  Source File : PMDClusteringV1.cxx, Version 00      //
  21 //                                                     //
  22 //  Date   : September 26 2002                         //
  23 //                                                     //
  24 //  clustering code for alice pmd                      //
  25 //                                                     //
  26 //-----------------------------------------------------//
  27
  28 /* --------------------------------------------------------------------
  29    Code developed by S. C. Phatak, Institute of Physics,
  30    Bhubaneswar 751 005 ( phatak@iopb.res.in ) Given the energy deposited
  31    ( or ADC value ) in each cell of supermodule ( pmd or cpv ), the code
  32    builds up superclusters and breaks them into clusters. The input is
  33    in array edepcell[kNMX] and cluster information is in a
  34    TObjarray. Integer clno gives total number of clusters in the
  35    supermodule.
  36
  37    fClusters is the only global ( public ) variables.
  38    Others are local ( private ) to the code.
  39    At the moment, the data is read for whole detector ( all supermodules
  40    and pmd as well as cpv. This will have to be modify later )
  41    LAST UPDATE  :  October 23, 2002
  42 -----------------------------------------------------------------------*/
  43
  44 #include <Riostream.h>
  45 #include <TMath.h>
  46 #include <TNtuple.h>
  47 #include <TObjArray.h>
  48 #include "TRandom.h"
  49 #include <stdio.h>
  50
  51 #include "AliPMDcludata.h"
  52 #include "AliPMDcluster.h"
  53 #include "AliPMDClustering.h"
  54 #include "AliPMDClusteringV1.h"
  55 #include "AliLog.h"
  56
  57 ClassImp(AliPMDClusteringV1)
  58
  59 const Double_t AliPMDClusteringV1::fgkSqroot3by2=0.8660254;  // sqrt(3.)/2.
  60
  61 AliPMDClusteringV1::AliPMDClusteringV1():
  62   fPMDclucont(new TObjArray()),
  63   fCutoff(0.0)
  64 {
  65   for(Int_t i = 0; i < kNDIMX; i++)
  66     {
  67       for(Int_t j = 0; j < kNDIMY; j++)
  68         {
  69           fCoord[0][i][j] = i+j/2.;
  70           fCoord[1][i][j] = fgkSqroot3by2*j;
  71         }
  72     }
  73 }
  74 // ------------------------------------------------------------------------ //
  75 AliPMDClusteringV1::AliPMDClusteringV1(const AliPMDClusteringV1& pmdclv1):
  76   AliPMDClustering(pmdclv1),
  77   fPMDclucont(0),
  78   fCutoff(0)
  79 {
  80   // copy constructor
  81   AliError("Copy constructor not allowed ");
  82
  83 }
  84 // ------------------------------------------------------------------------ //
  85 AliPMDClusteringV1 &AliPMDClusteringV1::operator=(const AliPMDClusteringV1& /*pmdclv1*/)
  86 {
  87   // copy constructor
  88   AliError("Assignment operator not allowed ");
  89   return *this;
  90 }
  91 // ------------------------------------------------------------------------ //
  92 AliPMDClusteringV1::~AliPMDClusteringV1()
  93 {
  94   delete fPMDclucont;
  95 }
  96 // ------------------------------------------------------------------------ //
  97 void AliPMDClusteringV1::DoClust(Int_t idet, Int_t ismn,
  98                                  Double_t celladc[48][96], TObjArray *pmdcont)
  99 {
 100   // main function to call other necessary functions to do clustering
 101   //
 102
 103   AliPMDcluster *pmdcl = 0;
 104
 105   Int_t    i,  j, nmx1, incr, id, jd;
 106   Int_t    celldataX[15], celldataY[15];
 107   Float_t  clusdata[6];
 108   Double_t cutoff, ave;
 109   Double_t edepcell[kNMX];
 110
 111
 112   Double_t *cellenergy = new Double_t [11424];// Ajay
 113
 114   const float ktwobysqrt3 = 1.1547; // 2./sqrt(3.)
 115
 116   // ndimXr and ndimYr are different because of different module size
 117
 118   Int_t ndimXr = 0;
 119   Int_t ndimYr = 0;
 120
 121   if (ismn < 12)
 122     {
 123       ndimXr = 96;
 124       ndimYr = 48;
 125     }
 126   else if (ismn >= 12 && ismn <= 23)
 127     {
 128       ndimXr = 48;
 129       ndimYr = 96;
 130     }
 131
 132   for (i =0; i < 11424; i++)
 133   {
 134       cellenergy[i] = 0.;
 135   }
 136
 137
 138   Int_t kk = 0;
 139   for (i = 0; i < kNDIMX; i++)
 140     {
 141       for (j = 0; j < kNDIMY; j++)
 142         {
 143           fCellTrNo[i][j] = -1;
 144           edepcell[kk] = 0.;
 145           kk++;
 146         }
 147     }
 148
 149   for (id = 0; id < ndimXr; id++)
 150     {
 151       for (jd = 0; jd < ndimYr; jd++)
 152         {
 153           j = jd;
 154           i = id+(ndimYr/2-1)-(jd/2);
 155
 156           Int_t ij = i + j*kNDIMX;
 157
 158           if (ismn < 12)
 159             {
 160               cellenergy[ij]    = celladc[jd][id];//Ajay
 161               fCellTrNo[i][j]   = jd*10000+id;    // for association
 162             }
 163           else if (ismn >= 12 && ismn <= 23)
 164             {
 165               cellenergy[ij]    = celladc[id][jd];//Ajay
 166               fCellTrNo[i][j] = id*10000+jd;      // for association
 167             }
 168         }
 169     }
 170
 171   for (i = 0; i < kNMX; i++)
 172   {
 173     edepcell[i] = cellenergy[i];
 174   }
 175
 176   delete [] cellenergy;
 177
 178   Int_t iord1[kNMX];
 179   TMath::Sort((Int_t)kNMX,edepcell,iord1);// order the data
 180   cutoff = fCutoff;                // cutoff to discard cells
 181   ave  = 0.;
 182   nmx1 = -1;
 183   for(i = 0;i < kNMX; i++)
 184     {
 185       if(edepcell[i] > 0.)
 186         {
 187           ave += edepcell[i];
 188         }
 189       if(edepcell[i] > cutoff )
 190         {
 191           nmx1++;
 192         }
 193     }
 194
 195   AliDebug(1,Form("Number of cells having energy >= %f are %d",cutoff,nmx1));
 196
 197   if (nmx1 == 0) nmx1 = 1;
 198   ave = ave/nmx1;
 199   AliDebug(1,Form("Number of cells in a SuperM = %d and Average = %f",
 200                   kNMX,ave));
 201
 202   incr = CrClust(ave, cutoff, nmx1,iord1, edepcell );
 203   RefClust(incr,edepcell);
 204   Int_t nentries1 = fPMDclucont->GetEntries();
 205   AliDebug(1,Form("Detector Plane = %d  Serial Module No = %d Number of clusters = %d",idet, ismn, nentries1));
 206   AliDebug(1,Form("Total number of clusters/module = %d",nentries1));
 207
 208   for (Int_t ient1 = 0; ient1 < nentries1; ient1++)
 209     {
 210       AliPMDcludata *pmdcludata =
 211         (AliPMDcludata*)fPMDclucont->UncheckedAt(ient1);
 212       Float_t cluXC    = pmdcludata->GetClusX();
 213       Float_t cluYC    = pmdcludata->GetClusY();
 214       Float_t cluADC   = pmdcludata->GetClusADC();
 215       Float_t cluCELLS = pmdcludata->GetClusCells();
 216       Float_t cluSIGX  = pmdcludata->GetClusSigmaX();
 217       Float_t cluSIGY  = pmdcludata->GetClusSigmaY();
 218
 219       Float_t cluY0    = ktwobysqrt3*cluYC;
 220       Float_t cluX0    = cluXC - cluY0/2.;
 221
 222       //
 223       // Cluster X centroid is back transformed
 224       //
 225       if (ismn < 12)
 226         {
 227           clusdata[0] = cluX0 - (24-1) + cluY0/2.;
 228         }
 229       else if ( ismn >= 12 && ismn <= 23)
 230         {
 231           clusdata[0] = cluX0 - (48-1) + cluY0/2.;
 232         }
 233
 234       clusdata[1]     = cluY0;
 235       clusdata[2]     = cluADC;
 236       clusdata[3]     = cluCELLS;
 237       clusdata[4]     = cluSIGX;
 238       clusdata[5]     = cluSIGY;
 239
 240       //
 241       // Cells associated with a cluster
 242       //
 243
 244       for (Int_t ihit = 0; ihit < 15; ihit++)
 245         {
 246           if (ismn < 12)
 247             {
 248               celldataX[ihit] = pmdcludata->GetCellXY(ihit)%10000;
 249               celldataY[ihit] = pmdcludata->GetCellXY(ihit)/10000;
 250             }
 251           else if (ismn >= 12 && ismn <= 23)
 252             {
 253               celldataX[ihit] = pmdcludata->GetCellXY(ihit)/10000;
 254               celldataY[ihit] = pmdcludata->GetCellXY(ihit)%10000;
 255             }
 256         }
 257       pmdcl = new AliPMDcluster(idet, ismn, clusdata, celldataX, celldataY);
 258       pmdcont->Add(pmdcl);
 259     }
 260
 261   fPMDclucont->Delete();
 262
 263 }
 264 // ------------------------------------------------------------------------ //
 265 Int_t AliPMDClusteringV1::CrClust(Double_t ave, Double_t cutoff, Int_t nmx1,
 266                                   Int_t iord1[], Double_t edepcell[])
 267 {
 268   // Does crude clustering
 269   // Finds out only the big patch by just searching the
 270   // connected cells
 271   //
 272   Int_t i,j,k,id1,id2,icl, numcell, clust[2][5000];
 273   Int_t jd1,jd2, icell, cellcount;
 274   static Int_t neibx[6]={1,0,-1,-1,0,1}, neiby[6]={0,1,1,0,-1,-1};
 275
 276   AliDebug(1,Form("kNMX = %d nmx1 = %d kNDIMX = %d kNDIMY = %d ave = %f cutoff = %f",kNMX,nmx1,kNDIMX,kNDIMY,ave,cutoff));
 277
 278   for (j = 0; j < kNDIMX; j++)
 279     {
 280       for(k = 0; k < kNDIMY; k++)
 281         {
 282           fInfocl[0][j][k] = 0;
 283           fInfocl[1][j][k] = 0;
 284         }
 285     }
 286   for(i=0; i < kNMX; i++)
 287     {
 288       fInfcl[0][i] = -1;
 289
 290       j  = iord1[i];
 291       id2 = j/kNDIMX;
 292       id1 = j-id2*kNDIMX;
 293
 294       if(edepcell[j] <= cutoff)
 295         {
 296           fInfocl[0][id1][id2] = -1;
 297         }
 298     }
 299
 300   // ---------------------------------------------------------------
 301   // crude clustering begins. Start with cell having largest adc
 302   // count and loop over the cells in descending order of adc count
 303   // ---------------------------------------------------------------
 304
 305   icl       = -1;
 306   cellcount = -1;
 307
 308   for(icell = 0; icell <= nmx1; icell++)
 309     {
 310       j  = iord1[icell];
 311       id2 = j/kNDIMX;
 312       id1 = j-id2*kNDIMX;
 313
 314       if(fInfocl[0][id1][id2] == 0 )
 315         {
 316           icl++;
 317           numcell = 0;
 318           cellcount++;
 319           fInfocl[0][id1][id2] = 1;
 320           fInfocl[1][id1][id2] = icl;
 321           fInfcl[0][cellcount] = icl;
 322           fInfcl[1][cellcount] = id1;
 323           fInfcl[2][cellcount] = id2;
 324
 325           clust[0][numcell] = id1;
 326           clust[1][numcell] = id2;
 327
 328           for(i = 1; i < 5000; i++)
 329             {
 330               clust[0][i]=0;
 331             }
 332           // ---------------------------------------------------------------
 333           // check for adc count in neib. cells. If ne 0 put it in this clust
 334           // ---------------------------------------------------------------
 335           for(i = 0; i < 6; i++)
 336             {
 337               jd1 = id1 + neibx[i];
 338               jd2 = id2 + neiby[i];
 339               if( (jd1 >= 0 && jd1 < kNDIMX) && (jd2 >= 0 && jd2 < kNDIMY) &&
 340                   fInfocl[0][jd1][jd2] == 0)
 341                 {
 342                   numcell++;
 343                   fInfocl[0][jd1][jd2] = 2;
 344                   fInfocl[1][jd1][jd2] = icl;
 345                   clust[0][numcell]    = jd1;
 346                   clust[1][numcell]    = jd2;
 347                   cellcount++;
 348                   fInfcl[0][cellcount] = icl;
 349                   fInfcl[1][cellcount] = jd1;
 350                   fInfcl[2][cellcount] = jd2;
 351                 }
 352             }
 353           // ---------------------------------------------------------------
 354           // check adc count for neighbour's neighbours recursively and
 355           // if nonzero, add these to the cluster.
 356           // ---------------------------------------------------------------
 357           for(i = 1; i < 5000;i++)
 358             {
 359               if(clust[0][i] != 0)
 360                 {
 361                   id1 = clust[0][i];
 362                   id2 = clust[1][i];
 363                   for(j = 0; j < 6 ; j++)
 364                     {
 365                       jd1 = id1 + neibx[j];
 366                       jd2 = id2 + neiby[j];
 367                       if( (jd1 >= 0 && jd1 < kNDIMX) &&
 368                           (jd2 >= 0 && jd2 < kNDIMY) &&
 369                           fInfocl[0][jd1][jd2] == 0 )
 370                         {
 371                           fInfocl[0][jd1][jd2] = 2;
 372                           fInfocl[1][jd1][jd2] = icl;
 373                           numcell++;
 374                           clust[0][numcell]    = jd1;
 375                           clust[1][numcell]    = jd2;
 376                           cellcount++;
 377                           fInfcl[0][cellcount] = icl;
 378                           fInfcl[1][cellcount] = jd1;
 379                           fInfcl[2][cellcount] = jd2;
 380                         }
 381                     }
 382                 }
 383             }
 384         }
 385     }
 386   return cellcount;
 387 }
 388 // ------------------------------------------------------------------------ //
 389 void AliPMDClusteringV1::RefClust(Int_t incr, Double_t edepcell[])
 390 {
 391   // Does the refining of clusters
 392   // Takes the big patch and does gaussian fitting and
 393   // finds out the more refined clusters
 394   //
 395
 396
 397
 398   AliPMDcludata *pmdcludata = 0;
 399
 400   Int_t *cellCount = 0x0;
 401   Int_t **cellXY = 0x0;
 402   const Int_t kdim = 4609;
 403
 404   Int_t    i12;
 405   Int_t    i, j, k, i1, i2, id, icl,  itest;
 406 //  Int_t    ihld;
 407   Int_t    ig, nsupcl,clno;
 408   Int_t    t[kdim];
 409   Int_t    ncl[kdim], iord[kdim], lev1[kdim], lev2[kdim];
 410   Int_t    clxy[15];
 411   Float_t  clusdata[6];
 412   Double_t x1, y1, z1, x2, y2, z2, dist,rr,sum;
 413   Double_t x[kdim], y[kdim], z[kdim];
 414   Double_t xc[kdim], yc[kdim], zc[kdim], cells[kdim], rc[kdim];
 415
 416   // Initialisation
 417   for(i = 0; i<kdim; i++)
 418     {
 419       t[i]         = -1;
 420       ncl[i]       = -1;
 421       if (i < 6) clusdata[i] = 0.;
 422       if (i < 15) clxy[i] = 0;
 423     }
 424
 425   // clno counts the final clusters
 426   // nsupcl =  # of superclusters; ncl[i]= # of cells in supercluster i
 427   // x, y and z store (x,y) coordinates of and energy deposited in a cell
 428   // xc, yc store (x,y) coordinates of the cluster center
 429   // zc stores the energy deposited in a cluster
 430   // rc is cluster radius
 431
 432   clno  = -1;
 433   nsupcl = -1;
 434
 435   for(i = 0; i <= incr; i++)
 436     {
 437       if(fInfcl[0][i] != nsupcl)
 438         {
 439           nsupcl++;
 440         }
 441       if (nsupcl > kdim)
 442         {
 443           AliWarning("RefClust: Too many superclusters!");
 444           nsupcl = kdim;
 445           break;
 446         }
 447       ncl[nsupcl]++;
 448     }
 449
 450   AliDebug(1,Form("Number of cells = %d Number of Superclusters = %d",
 451                   incr+1,nsupcl+1));
 452   id  = -1;
 453   icl = -1;
 454
 455   for(i = 0; i <= nsupcl; i++)
 456     {
 457       if(ncl[i] == 0)
 458         {
 459           id++;
 460           icl++;
 461           if (clno >= 5000)
 462             {
 463               AliWarning("RefClust: Too many clusters! more than 5000");
 464               return;
 465             }
 466           clno++;
 467           i1 = fInfcl[1][id];
 468           i2 = fInfcl[2][id];
 469
 470           i12 = i1 + i2*kNDIMX;
 471
 472           clusdata[0] = fCoord[0][i1][i2];
 473           clusdata[1] = fCoord[1][i1][i2];
 474           clusdata[2] = edepcell[i12];
 475           clusdata[3] = 1.;
 476           clusdata[4] = 0.5;
 477           clusdata[5] = 0.0;
 478
 479           clxy[0] = fCellTrNo[i1][i2];            //association
 480           for(Int_t icltr = 1; icltr < 15; icltr++)
 481             {
 482               clxy[icltr] = -1;
 483             }
 484           pmdcludata  = new AliPMDcludata(clusdata,clxy);
 485           fPMDclucont->Add(pmdcludata);
 486         }
 487       else if(ncl[i] == 1)
 488         {
 489           id++;
 490           icl++;
 491           if (clno >= 5000)
 492             {
 493               AliWarning("RefClust: Too many clusters! more than 5000");
 494               return;
 495             }
 496           clno++;
 497           i1   = fInfcl[1][id];
 498           i2   = fInfcl[2][id];
 499           i12  = i1 + i2*kNDIMX;
 500
 501           x1   = fCoord[0][i1][i2];
 502           y1   = fCoord[1][i1][i2];
 503           z1   = edepcell[i12];
 504           clxy[0] = fCellTrNo[i1][i2];    //asso
 505           id++;
 506           i1   = fInfcl[1][id];
 507           i2   = fInfcl[2][id];
 508
 509           Int_t i22 = i1 + i2*kNDIMX;
 510           x2   = fCoord[0][i1][i2];
 511           y2   = fCoord[1][i1][i2];
 512           z2   = edepcell[i22];
 513           clxy[1] = fCellTrNo[i1][i2];            //asso
 514           for(Int_t icltr = 2; icltr < 15; icltr++)
 515             {
 516               clxy[icltr] = -1;
 517             }
 518
 519           clusdata[0] = (x1*z1+x2*z2)/(z1+z2);
 520           clusdata[1] = (y1*z1+y2*z2)/(z1+z2);
 521           clusdata[2] = z1+z2;
 522           clusdata[3] = 2.;
 523           clusdata[4] = 0.5;
 524           clusdata[5] = 0.0;
 525           pmdcludata  = new AliPMDcludata(clusdata,clxy);
 526           fPMDclucont->Add(pmdcludata);
 527         }
 528       else
 529         {
 530           id++;
 531           iord[0] = 0;
 532           // super-cluster of more than two cells - broken up into smaller
 533           // clusters gaussian centers computed. (peaks separated by > 1 cell)
 534           // Begin from cell having largest energy deposited This is first
 535           // cluster center
 536           i1      = fInfcl[1][id];
 537           i2      = fInfcl[2][id];
 538           i12     = i1 + i2*kNDIMX;
 539
 540           x[0]    = fCoord[0][i1][i2];
 541           y[0]    = fCoord[1][i1][i2];
 542           z[0]    = edepcell[i12];
 543
 544           t[0] = fCellTrNo[i1][i2];       //asso
 545
 546           iord[0] = 0;
 547           for(j = 1; j <= ncl[i]; j++)
 548             {
 549               id++;
 550               i1      = fInfcl[1][id];
 551               i2      = fInfcl[2][id];
 552               i12     = i1 + i2*kNDIMX;
 553
 554               iord[j] = j;
 555               x[j]    = fCoord[0][i1][i2];
 556               y[j]    = fCoord[1][i1][i2];
 557               z[j]    = edepcell[i12];
 558
 559               t[j]    = fCellTrNo[i1][i2];            //asso
 560             }
 561
 562           // arranging cells within supercluster in decreasing order
 563
 564 /*
 565           for(j = 1;j <= ncl[i]; j++)
 566             {
 567               itest = 0;
 568               ihld  = iord[j];
 569               for(i1 = 0; i1 < j; i1++)
 570                 {
 571                   if(itest == 0 && z[iord[i1]] < z[ihld])
 572                     {
 573                       itest = 1;
 574                       for(i2 = j-1; i2 >= i1; i2--)
 575                         {
 576                           iord[i2+1] = iord[i2];
 577                         }
 578                       iord[i1] = ihld;
 579                     }
 580                 }
 581             }
 582 */
 583
 584           Int_t imaxdim = ncl[i] + 1;
 585           TMath::Sort(imaxdim,z,iord);// order the data
 586
 587
 588           // compute the number of Gaussians and their centers ( first
 589           // guess )
 590           // centers must be separated by cells having smaller ener. dep.
 591           // neighbouring centers should be either strong or well-separated
 592           ig = 0;
 593           xc[ig] = x[iord[0]];
 594           yc[ig] = y[iord[0]];
 595           zc[ig] = z[iord[0]];
 596           for(j = 1; j <= ncl[i]; j++)
 597             {
 598               itest = -1;
 599               x1    = x[iord[j]];
 600               y1    = y[iord[j]];
 601               for(k = 0; k <= ig; k++)
 602                 {
 603                   x2 = xc[k];
 604                   y2 = yc[k];
 605                   rr = Distance(x1,y1,x2,y2);
 606                   if(rr >= 1.1 && rr < 1.8 && z[iord[j]] > zc[k]/4.)itest++;
 607                   if(rr >= 1.8 && rr < 2.1 && z[iord[j]] > zc[k]/10.)itest++;
 608                   if( rr >= 2.1)itest++;
 609                 }
 610               if(itest == ig)
 611                 {
 612                   ig++;
 613                   xc[ig] = x1;
 614                   yc[ig] = y1;
 615                   zc[ig] = z[iord[j]];
 616                 }
 617             }
 618           GaussFit(ncl[i], ig, x[0], y[0] ,z[0], xc[0], yc[0], zc[0], rc[0]);
 619           icl += ig+1;
 620           // compute the number of cells belonging to each cluster.
 621           // cell is shared between several clusters ( if they are equidistant
 622           // from it ) in the ratio of cluster energy deposition
 623
 624           Int_t jj = 15;
 625           cellCount = new Int_t [ig+1];
 626           cellXY = new Int_t *[jj];
 627           for(Int_t ij = 0; ij < 15; ij++) cellXY[ij] = new Int_t [ig+1];
 628
 629           for(j = 0; j <= ig; j++)
 630             {
 631               cellCount[j] = 0;
 632               cells[j]     = 0.;
 633             }
 634
 635           if(ig > 0)
 636             {
 637               for(j = 0; j <= ncl[i]; j++)
 638                 {
 639                   lev1[j] = 0;
 640                   lev2[j] = 0;
 641                   for(k = 0; k <= ig; k++)
 642                     {
 643                       dist = Distance(x[j], y[j], xc[k], yc[k]);
 644                       if(dist < TMath::Sqrt(3.) )
 645                         {
 646                           //asso
 647                           if (cellCount[k] < 15)
 648                             {
 649                               cellXY[cellCount[k]][k] = t[j];
 650                             }
 651                           cellCount[k]++;
 652                           //
 653                           lev1[0]++;
 654                           i1       = lev1[0];
 655                           lev1[i1] = k;
 656                         }
 657                       else
 658                         {
 659                           if(dist < 2.1)
 660                             {
 661                               lev2[0]++;
 662                               i1       = lev2[0];
 663                               lev2[i1] = k;
 664                             }
 665                         }
 666                     }
 667                   if(lev1[0] != 0)
 668                     {
 669                       if(lev1[0] == 1)
 670                         {
 671                           cells[lev1[1]]++;
 672                         }
 673                       else
 674                         {
 675                           sum=0.;
 676                           for(k = 1; k <= lev1[0]; k++)
 677                             {
 678                               sum  += zc[lev1[k]];
 679                             }
 680                           for(k = 1; k <= lev1[0]; k++)
 681                             {
 682                               cells[lev1[k]] += zc[lev1[k]]/sum;
 683                             }
 684                         }
 685                     }
 686                   else
 687                     {
 688                       if(lev2[0] == 0)
 689                         {
 690                           cells[lev2[1]]++;
 691                         }
 692                       else
 693                         {
 694                           sum=0.;
 695                           for( k = 1; k <= lev2[0]; k++)
 696                             {
 697                               sum += zc[lev2[k]];
 698                             }
 699                           for(k = 1; k <= lev2[0]; k++)
 700                             {
 701                               cells[lev2[k]] +=  zc[lev2[k]]/sum;
 702                             }
 703                         }
 704                     }
 705                 }
 706             }
 707
 708           // zero rest of the cell array
 709           //asso
 710           for( k = 0; k <= ig; k++)
 711             {
 712               for(Int_t icltr = cellCount[k]; icltr < 15; icltr++)
 713                 {
 714                   cellXY[icltr][k] = -1;
 715                 }
 716             }
 717           //
 718
 719           for(j = 0; j <= ig; j++)
 720             {
 721               clno++;
 722               if (clno >= 5000)
 723                 {
 724                   AliWarning("RefClust: Too many clusters! more than 5000");
 725                   return;
 726                 }
 727               clusdata[0] = xc[j];
 728               clusdata[1] = yc[j];
 729               clusdata[2] = zc[j];
 730               clusdata[4] = rc[j];
 731               clusdata[5] = 0.0;
 732               if(ig == 0)
 733                 {
 734                   clusdata[3] = ncl[i];
 735                 }
 736               else
 737                 {
 738                   clusdata[3] = cells[j];
 739                 }
 740
 741
 742               for (Int_t ii=0; ii < 15; ii++)
 743                 {
 744                   clxy[ii] = cellXY[ii][j];
 745                 }
 746               pmdcludata = new AliPMDcludata(clusdata,clxy);
 747               fPMDclucont->Add(pmdcludata);
 748             }
 749           delete [] cellCount;
 750           for(jj = 0; jj < 15; jj++)delete [] cellXY[jj];
 751           delete [] cellXY;
 752         }
 753     }
 754 }
 755 // ------------------------------------------------------------------------ //
 756 void AliPMDClusteringV1::GaussFit(Int_t ncell, Int_t nclust, Double_t &x,
 757                                   Double_t &y ,Double_t &z, Double_t &xc,
 758                                   Double_t &yc, Double_t &zc, Double_t &rc)
 759 {
 760   // Does gaussian fitting
 761   //
 762
 763   const Int_t kdim = 4609;
 764   Int_t i, j, i1, i2, novar, idd, jj;
 765   Int_t neib[kdim][50];
 766
 767   Double_t sum, dx, dy, str, str1, aint, sum1, rr, dum;
 768   Double_t x1, x2, y1, y2;
 769   Double_t xx[kdim], yy[kdim], zz[kdim], xxc[kdim], yyc[kdim];
 770   Double_t a[kdim], b[kdim], c[kdim], d[kdim], ha[kdim], hb[kdim];
 771   Double_t hc[kdim], hd[kdim], zzc[kdim], rrc[kdim];
 772
 773   TRandom rnd;
 774
 775   str   = 0.;
 776   str1  = 0.;
 777   rr    = 0.3;
 778   novar = 0;
 779   j     = 0;
 780
 781   for(i = 0; i <= ncell; i++)
 782     {
 783       xx[i] = *(&x+i);
 784       yy[i] = *(&y+i);
 785       zz[i] = *(&z+i);
 786       str  += zz[i];
 787     }
 788   for(i=0; i<=nclust; i++)
 789     {
 790       xxc[i] = *(&xc+i);
 791       yyc[i] = *(&yc+i);
 792       zzc[i] = *(&zc+i);
 793       str1  += zzc[i];
 794       rrc[i] = 0.5;
 795     }
 796   for(i = 0; i <= nclust; i++)
 797     {
 798       zzc[i] = str/str1*zzc[i];
 799       ha[i]  = xxc[i];
 800       hb[i]  = yyc[i];
 801       hc[i]  = zzc[i];
 802       hd[i]  = rrc[i];
 803       x1     = xxc[i];
 804       y1     = yyc[i];
 805     }
 806
 807   for(i = 0; i <= ncell; i++)
 808     {
 809       idd = 0;
 810       x1  = xx[i];
 811       y1  = yy[i];
 812       for(j = 0; j <= nclust; j++)
 813         {
 814           x2 = xxc[j];
 815           y2 = yyc[j];
 816           if(Distance(x1,y1,x2,y2) <= 3.)
 817             {
 818               idd++;
 819               neib[i][idd] = j;
 820             }
 821         }
 822       neib[i][0] = idd;
 823     }
 824   sum = 0.;
 825   for(i1 = 0; i1 <= ncell; i1++)
 826     {
 827       aint = 0.;
 828       idd = neib[i1][0];
 829       for(i2 = 1; i2 <= idd; i2++)
 830         {
 831           jj    = neib[i1][i2];
 832           dx    = xx[i1] - xxc[jj];
 833           dy    = yy[i1] - yyc[jj];
 834           dum   = rrc[j]*rrc[jj] + rr*rr;
 835           aint += exp(-(dx*dx+dy*dy)/dum)*zzc[idd]*rr*rr/dum;
 836         }
 837       sum += (aint - zz[i1])*(aint - zz[i1])/str;
 838     }
 839   str1 = 0.;
 840
 841   for(i = 0; i <= nclust; i++)
 842     {
 843       a[i]  = xxc[i] + 0.6*(rnd.Uniform() - 0.5);
 844       b[i]  = yyc[i] + 0.6*(rnd.Uniform() - 0.5);
 845       c[i]  = zzc[i]*(1.+ ( rnd.Uniform() - 0.5)*0.2);
 846       str1 += zzc[i];
 847       d[i]  = rrc[i]*(1.+ ( rnd.Uniform() - 0.5)*0.1);
 848
 849       if(d[i] < 0.25)
 850         {
 851           d[i]=0.25;
 852         }
 853     }
 854   for(i = 0; i <= nclust; i++)
 855     {
 856       c[i] = c[i]*str/str1;
 857     }
 858   sum1=0.;
 859
 860   for(i1 = 0; i1 <= ncell; i1++)
 861     {
 862       aint = 0.;
 863       idd = neib[i1][0];
 864       for(i2 = 1; i2 <= idd; i2++)
 865         {
 866           jj    = neib[i1][i2];
 867           dx    = xx[i1] - a[jj];
 868           dy    = yy[i1] - b[jj];
 869           dum   = d[jj]*d[jj]+rr*rr;
 870           aint += exp(-(dx*dx+dy*dy)/dum)*c[i2]*rr*rr/dum;
 871         }
 872       sum1 += (aint - zz[i1])*(aint - zz[i1])/str;
 873     }
 874
 875     if(sum1 < sum)
 876       {
 877         for(i2 = 0; i2 <= nclust; i2++)
 878         {
 879           xxc[i2] = a[i2];
 880           yyc[i2] = b[i2];
 881           zzc[i2] = c[i2];
 882           rrc[i2] = d[i2];
 883           sum     = sum1;
 884         }
 885       }
 886     for(j = 0; j <= nclust; j++)
 887       {
 888         *(&xc+j) = xxc[j];
 889         *(&yc+j) = yyc[j];
 890         *(&zc+j) = zzc[j];
 891         *(&rc+j) = rrc[j];
 892       }
 893 }
 894 // ------------------------------------------------------------------------ //
 895 Double_t AliPMDClusteringV1::Distance(Double_t x1, Double_t y1,
 896                                       Double_t x2, Double_t y2)
 897 {
 898   return TMath::Sqrt((x1-x2)*(x1-x2) + (y1-y2)*(y1-y2));
 899 }
 900 // ------------------------------------------------------------------------ //
 901 void AliPMDClusteringV1::SetEdepCut(Float_t decut)
 902 {
 903   fCutoff = decut;
 904 }
 905 // ------------------------------------------------------------------------ //