PWG/CaloTrackCorrBase/AliCaloTrackReader.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 //_________________________________________________________________________
  17 // Base class for reading data: MonteCarlo, ESD or AOD, of PHOS EMCAL and
  18 // Central Barrel Tracking detectors (CTS).
  19 // Not all MC particles/tracks/clusters are kept, some kinematical/fiducial restrictions are done.
  20 // Mother class of : AliCaloTrackESDReader: Fills ESD data in 3 TObjArrays (PHOS, EMCAL, CTS)
  21 //                 : AliCaloTrackMCReader : Fills Kinematics data in 3 TObjArrays (PHOS, EMCAL, CTS)
  22 //                 : AliCaloTrackAODReader: Fills AOD data in 3 TObjArrays (PHOS, EMCAL, CTS)
  23 //-- Author: Gustavo Conesa (LNF-INFN)
  24 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  25
  26
  27 // --- ROOT system ---
  28 #include <TFile.h>
  29 #include <TGeoManager.h>
  30
  31 // ---- ANALYSIS system ----
  32 #include "AliMCEvent.h"
  33 #include "AliAODMCHeader.h"
  34 #include "AliGenPythiaEventHeader.h"
  35 #include "AliESDEvent.h"
  36 #include "AliAODEvent.h"
  37 #include "AliVTrack.h"
  38 #include "AliVParticle.h"
  39 #include "AliMixedEvent.h"
  40 #include "AliESDtrack.h"
  41 #include "AliESDtrackCuts.h"
  42 #include "AliTriggerAnalysis.h"
  43 #include "AliESDVZERO.h"
  44 #include "AliVCaloCells.h"
  45 #include "AliAnalysisManager.h"
  46 #include "AliInputEventHandler.h"
  47
  48 // ---- Detectors ----
  49 #include "AliPHOSGeoUtils.h"
  50 #include "AliEMCALGeometry.h"
  51 #include "AliEMCALRecoUtils.h"
  52
  53 // ---- CaloTrackCorr ---
  54 #include "AliCalorimeterUtils.h"
  55 #include "AliCaloTrackReader.h"
  56
  57 ClassImp(AliCaloTrackReader)
  58
  59
  60 //________________________________________
  61 AliCaloTrackReader::AliCaloTrackReader() :
  62 TObject(),                   fEventNumber(-1), //fCurrentFileName(""),
  63 fDataType(0),                fDebug(0),
  64 fFiducialCut(0x0),           fCheckFidCut(kFALSE),
  65 fComparePtHardAndJetPt(0),   fPtHardAndJetPtFactor(0),
  66 fComparePtHardAndClusterPt(0),fPtHardAndClusterPtFactor(0),
  67 fCTSPtMin(0),                fEMCALPtMin(0),                  fPHOSPtMin(0),
  68 fCTSPtMax(0),                fEMCALPtMax(0),                  fPHOSPtMax(0),
  69 fEMCALTimeCutMin(-10000),    fEMCALTimeCutMax(10000),
  70 fEMCALParamTimeCutMin(),     fEMCALParamTimeCutMax(),
  71 fUseParamTimeCut(kFALSE),
  72 fAODBranchList(0x0),
  73 fCTSTracks(0x0),             fEMCALClusters(0x0),             fPHOSClusters(0x0),
  74 fEMCALCells(0x0),            fPHOSCells(0x0),
  75 fInputEvent(0x0),            fOutputEvent(0x0),fMC(0x0),
  76 fFillCTS(0),                 fFillEMCAL(0),                   fFillPHOS(0),
  77 fFillEMCALCells(0),          fFillPHOSCells(0),
  78 fRecalculateClusters(kFALSE),fSelectEmbeddedClusters(kFALSE),
  79 fTrackStatus(0),             fTrackFilterMask(0),
  80 fESDtrackCuts(0),            fConstrainTrack(kFALSE),         fSelectHybridTracks(0),
  81 fTrackMult(0),               fTrackMultEtaCut(0.8),
  82 fReadStack(kFALSE),          fReadAODMCParticles(kFALSE),
  83 fDeltaAODFileName(""),       fFiredTriggerClassName(""),
  84 fEventTriggerMask(0),        fMixEventTriggerMask(0),         fEventTriggerAtSE(0),
  85 fAnaLED(kFALSE),
  86 fTaskName(""),               fCaloUtils(0x0),
  87 fMixedEvent(NULL),           fNMixedEvent(0),                 fVertex(NULL),
  88 fListMixedTracksEvents(),    fListMixedCaloEvents(),
  89 fLastMixedTracksEvent(-1),   fLastMixedCaloEvent(-1),
  90 fWriteOutputDeltaAOD(kFALSE),fOldAOD(kFALSE),                 fCaloFilterPatch(kFALSE),
  91 fEMCALClustersListName(""),  fZvtxCut(0.),
  92 fAcceptFastCluster(kFALSE),  fRemoveLEDEvents(kTRUE),
  93 fDoEventSelection(kFALSE),   fDoV0ANDEventSelection(kFALSE),  fUseEventsWithPrimaryVertex(kFALSE),
  94 fTriggerAnalysis (0x0),
  95 fCentralityClass(""),        fCentralityOpt(0),
  96 fEventPlaneMethod(""),       fImportGeometryFromFile(kFALSE), fImportGeometryFilePath("")
  97 {
  98   //Ctor
  99
 100   //Initialize parameters
 101   InitParameters();
 102 }
 103
 104 //_______________________________________
 105 AliCaloTrackReader::~AliCaloTrackReader()
 106 {
 107   //Dtor
 108
 109   delete fFiducialCut ;
 110
 111   if(fAODBranchList)
 112   {
 113     fAODBranchList->Delete();
 114     delete fAODBranchList ;
 115   }
 116
 117   if(fCTSTracks)
 118   {
 119     if(fDataType!=kMC)fCTSTracks->Clear() ;
 120     else              fCTSTracks->Delete() ;
 121     delete fCTSTracks ;
 122   }
 123
 124   if(fEMCALClusters)
 125   {
 126     if(fDataType!=kMC)fEMCALClusters->Clear("C") ;
 127     else              fEMCALClusters->Delete() ;
 128     delete fEMCALClusters ;
 129   }
 130
 131   if(fPHOSClusters)
 132   {
 133     if(fDataType!=kMC)fPHOSClusters->Clear("C") ;
 134     else              fPHOSClusters->Delete() ;
 135     delete fPHOSClusters ;
 136   }
 137
 138   if(fVertex)
 139   {
 140     for (Int_t i = 0; i < fNMixedEvent; i++)
 141     {
 142       delete [] fVertex[i] ;
 143
 144     }
 145     delete [] fVertex ;
 146         }
 147
 148   delete fESDtrackCuts;
 149   delete fTriggerAnalysis;
 150
 151   //  Pointers not owned, done by the analysis frame
 152   //  if(fInputEvent)  delete fInputEvent ;
 153   //  if(fOutputEvent) delete fOutputEvent ;
 154   //  if(fMC)          delete fMC ;
 155   //  Pointer not owned, deleted by maker
 156   //  if (fCaloUtils) delete fCaloUtils ;
 157
 158 }
 159
 160 //________________________________________________
 161 Bool_t AliCaloTrackReader::ComparePtHardAndJetPt()
 162 {
 163   // Check the event, if the requested ptHard is much smaller than the jet pT, then there is a problem.
 164   // Only for PYTHIA.
 165
 166   //printf("AliCaloTrackReader::ComparePtHardAndJetPt() - GenHeaderName : %s\n",GetGenEventHeader()->ClassName());
 167
 168   if(!strcmp(GetGenEventHeader()->ClassName(), "AliGenPythiaEventHeader"))
 169   {
 170     TParticle * jet =  0;
 171     AliGenPythiaEventHeader* pygeh= (AliGenPythiaEventHeader*) GetGenEventHeader();
 172     Int_t nTriggerJets =  pygeh->NTriggerJets();
 173     Float_t ptHard = pygeh->GetPtHard();
 174
 175     if(fDebug > 1)
 176       printf("AliCaloTrackReader::ComparePtHardAndJetPt() - Njets: %d, pT Hard %f\n",nTriggerJets, ptHard);
 177
 178     Float_t tmpjet[]={0,0,0,0};
 179     for(Int_t ijet = 0; ijet< nTriggerJets; ijet++)
 180     {
 181       pygeh->TriggerJet(ijet, tmpjet);
 182       jet = new TParticle(94, 21, -1, -1, -1, -1, tmpjet[0],tmpjet[1],tmpjet[2],tmpjet[3], 0,0,0,0);
 183
 184       if(fDebug > 1)
 185         printf("AliCaloTrackReader::ComparePtHardAndJetPt() - jet %d; pycell jet pT %f\n",ijet, jet->Pt());
 186
 187       //Compare jet pT and pt Hard
 188       if(jet->Pt() > fPtHardAndJetPtFactor * ptHard)
 189       {
 190         printf("AliCaloTrackReader::ComparePtHardAndJetPt() - Reject jet event with : pT Hard %2.2f, pycell jet pT %2.2f, rejection factor %1.1f\n",
 191                 ptHard, jet->Pt(), fPtHardAndJetPtFactor);
 192         return kFALSE;
 193       }
 194     }
 195
 196     if(jet) delete jet;
 197   }
 198
 199   return kTRUE ;
 200
 201 }
 202
 203 //____________________________________________________________________
 204 Bool_t AliCaloTrackReader::ComparePtHardAndClusterPt()
 205 {
 206   // Check the event, if the requested ptHard is smaller than the calorimeter cluster E, then there is a problem.
 207   // Only for PYTHIA.
 208
 209   if(!strcmp(GetGenEventHeader()->ClassName(), "AliGenPythiaEventHeader"))
 210   {
 211     AliGenPythiaEventHeader* pygeh= (AliGenPythiaEventHeader*) GetGenEventHeader();
 212     Float_t ptHard = pygeh->GetPtHard();
 213
 214     Int_t nclusters = fInputEvent->GetNumberOfCaloClusters();
 215     for (Int_t iclus =  0; iclus <  nclusters; iclus++)
 216     {
 217       AliVCluster * clus = fInputEvent->GetCaloCluster(iclus) ;
 218       Float_t ecluster = clus->E();
 219
 220       if(ecluster > fPtHardAndClusterPtFactor*ptHard)
 221       {
 222         printf("AliCaloTrackReader::ComparePtHardAndClusterPt() - Reject : ecluster %2.2f, calo %d, factor %2.2f, ptHard %f\n",ecluster,clus->GetType(),fPtHardAndClusterPtFactor,ptHard);
 223
 224         return kFALSE;
 225       }
 226     }
 227
 228   }
 229
 230   return kTRUE ;
 231
 232 }
 233
 234 //____________________________________________
 235 AliStack* AliCaloTrackReader::GetStack() const
 236 {
 237   //Return pointer to stack
 238   if(fMC)
 239     return fMC->Stack();
 240   else
 241   {
 242     if(fDebug > 1) printf("AliCaloTrackReader::GetStack() - Stack is not available\n");
 243     return 0x0 ;
 244   }
 245 }
 246
 247 //__________________________________________________
 248 TString AliCaloTrackReader::GetFiredTriggerClasses()
 249 {
 250   // List of triggered classes in a TString
 251
 252   AliESDEvent* esdevent = dynamic_cast<AliESDEvent*> (GetInputEvent());
 253   AliAODEvent* aodevent = dynamic_cast<AliAODEvent*> (GetInputEvent());
 254
 255   if     (esdevent) return esdevent->GetFiredTriggerClasses();
 256   else if(aodevent) return aodevent->GetFiredTriggerClasses();
 257   else              return ""; // Mixed Event, MC event, does not have this trigger info
 258
 259 }
 260
 261 //______________________________________________
 262 AliHeader* AliCaloTrackReader::GetHeader() const
 263 {
 264   //Return pointer to header
 265   if(fMC)
 266   {
 267     return fMC->Header();
 268   }
 269   else
 270   {
 271     printf("AliCaloTrackReader::Header is not available\n");
 272     return 0x0 ;
 273   }
 274 }
 275
 276 //______________________________________________________________
 277 AliGenEventHeader* AliCaloTrackReader::GetGenEventHeader() const
 278 {
 279   //Return pointer to Generated event header
 280   if     (ReadStack() && fMC)
 281   {
 282     return fMC->GenEventHeader();
 283   }
 284   else if(ReadAODMCParticles() && GetAODMCHeader())
 285   {
 286     //printf("AliCaloTrackReader::GetGenEventHeader() - N headers %d\n",GetAODMCHeader()->GetNCocktailHeaders());
 287     if( GetAODMCHeader()->GetNCocktailHeaders() > 0)
 288       return GetAODMCHeader()->GetCocktailHeader(0) ;
 289     else
 290       return 0x0;
 291   }
 292   else
 293   {
 294     //printf("AliCaloTrackReader::GetGenEventHeader() - MC header not available! \n");
 295     return 0;
 296   }
 297 }
 298
 299 //____________________________________________________________________
 300 TClonesArray* AliCaloTrackReader::GetAODMCParticles(Int_t input) const
 301 {
 302   //Return list of particles in AOD. Do it for the corresponding input event.
 303
 304   TClonesArray * rv = NULL ;
 305   if(fDataType == kAOD)
 306   {
 307     if(input == 0)
 308     {
 309       //Normal input AOD
 310       AliAODEvent * evt = dynamic_cast<AliAODEvent*> (fInputEvent) ;
 311       if(evt)
 312         rv = (TClonesArray*)evt->FindListObject("mcparticles");
 313       else
 314         printf("AliCaloTrackReader::GetAODMCParticles() - wrong AOD input index? %d, or non existing tree? \n",input);
 315     }
 316
 317   }
 318   else
 319   {
 320     printf("AliCaloTrackReader::GetAODMCParticles() - Input are not AODs\n");
 321   }
 322
 323   return rv ;
 324 }
 325
 326 //________________________________________________________
 327 AliAODMCHeader* AliCaloTrackReader::GetAODMCHeader() const
 328 {
 329   //Return MC header in AOD. Do it for the corresponding input event.
 330
 331   AliAODMCHeader *mch = NULL;
 332
 333   if(fDataType == kAOD)
 334   {
 335     AliAODEvent * aod = dynamic_cast<AliAODEvent*> (fInputEvent);
 336     if(aod) mch = dynamic_cast<AliAODMCHeader*>(aod->FindListObject("mcHeader"));
 337   }
 338   else
 339   {
 340     printf("AliCaloTrackReader::GetAODMCHeader() - Input are not AODs\n");
 341   }
 342
 343   return mch;
 344 }
 345
 346 //_____________________________
 347 void AliCaloTrackReader::Init()
 348 {
 349   //Init reader. Method to be called in AliAnaPartCorrMaker
 350
 351   //printf(" AliCaloTrackReader::Init() %p \n",gGeoManager);
 352
 353   if(fReadStack && fReadAODMCParticles)
 354   {
 355     printf("AliCaloTrackReader::Init() - Cannot access stack and mcparticles at the same time, change them \n");
 356     fReadStack          = kFALSE;
 357     fReadAODMCParticles = kFALSE;
 358   }
 359
 360   // Init geometry, I do not like much to do it like this ...
 361   if(fImportGeometryFromFile && !gGeoManager)
 362   {
 363     if(fImportGeometryFilePath=="") // If not specified, set a default location
 364     fImportGeometryFilePath = "$ALICE_ROOT/OADB/EMCAL/geometry_2011.root"; // "$ALICE_ROOT/EVE/alice-data/default_geo.root"
 365
 366     printf("AliCaloTrackReader::Init() - Import %s\n",fImportGeometryFilePath.Data());
 367     TGeoManager::Import(fImportGeometryFilePath) ; // default need file "geometry.root" in local dir!!!!
 368   }
 369
 370 }
 371
 372 //_______________________________________
 373 void AliCaloTrackReader::InitParameters()
 374 {
 375   //Initialize the parameters of the analysis.
 376   fDataType   = kESD ;
 377   fCTSPtMin   = 0.1 ;
 378   fEMCALPtMin = 0.1 ;
 379   fPHOSPtMin  = 0.1 ;
 380   fCTSPtMax   = 1000. ;
 381   fEMCALPtMax = 1000. ;
 382   fPHOSPtMax  = 1000. ;
 383
 384   //Do not filter the detectors input by default.
 385   fFillEMCAL      = kFALSE;
 386   fFillPHOS       = kFALSE;
 387   fFillCTS        = kFALSE;
 388   fFillEMCALCells = kFALSE;
 389   fFillPHOSCells  = kFALSE;
 390
 391   fReadStack             = kFALSE; // Check in the constructor of the other readers if it was set or in the configuration file
 392   fReadAODMCParticles    = kFALSE; // Check in the constructor of the other readers if it was set or in the configuration file
 393   fDeltaAODFileName      = "deltaAODPartCorr.root";
 394   fFiredTriggerClassName = "";
 395   fEventTriggerMask      = AliVEvent::kAny;
 396   fMixEventTriggerMask   = AliVEvent::kAnyINT;
 397   fEventTriggerAtSE      = kTRUE; // Use only events that pass event selection at SE base class
 398
 399   fAcceptFastCluster = kTRUE;
 400   fAnaLED            = kFALSE;
 401
 402   //We want tracks fitted in the detectors:
 403   //fTrackStatus=AliESDtrack::kTPCrefit;
 404   //fTrackStatus|=AliESDtrack::kITSrefit;
 405   fTrackStatus     = 0;
 406   fTrackFilterMask = 128; //For AODs, but what is the difference between fTrackStatus and fTrackFilterMask?
 407
 408   fESDtrackCuts = AliESDtrackCuts::GetStandardTPCOnlyTrackCuts(); //initialize with TPC only tracks
 409
 410   fConstrainTrack = kFALSE ; // constrain tracks to vertex
 411
 412   fV0ADC[0] = 0;   fV0ADC[1] = 0;
 413   fV0Mul[0] = 0;   fV0Mul[1] = 0;
 414
 415   fZvtxCut   = 10.;
 416
 417   fNMixedEvent = 1;
 418
 419   fPtHardAndJetPtFactor     = 7.;
 420   fPtHardAndClusterPtFactor = 1.;
 421
 422   //Centrality
 423   fCentralityClass  = "V0M";
 424   fCentralityOpt    = 10;
 425   fCentralityBin[0] = fCentralityBin[1]=-1;
 426
 427   fEventPlaneMethod = "V0";
 428
 429   // Allocate memory (not sure this is the right place)
 430   fCTSTracks       = new TObjArray();
 431   fEMCALClusters   = new TObjArray();
 432   fPHOSClusters    = new TObjArray();
 433   fTriggerAnalysis = new AliTriggerAnalysis;
 434   fAODBranchList   = new TList ;
 435
 436   fImportGeometryFromFile = kFALSE;
 437
 438   fPileUpParam[0] = 3   ; fPileUpParam[1] = 0.8 ;
 439   fPileUpParam[2] = 3.0 ; fPileUpParam[3] = 2.0 ; fPileUpParam[4] = 5.0;
 440
 441   // Parametrized time cut (LHC11d)
 442   fEMCALParamTimeCutMin[0] =-5; fEMCALParamTimeCutMin[1] =-1 ; fEMCALParamTimeCutMin[2] = 3.5 ; fEMCALParamTimeCutMin[3] = 1.  ;
 443   fEMCALParamTimeCutMax[0] = 5; fEMCALParamTimeCutMax[1] = 50; fEMCALParamTimeCutMax[2] = 0.45; fEMCALParamTimeCutMax[3] = 1.25;
 444
 445   // Parametrized time cut (LHC11c)
 446   //fEMCALParamTimeCutMin[0] =-5;   fEMCALParamTimeCutMin[1] =-1 ; fEMCALParamTimeCutMin[2] = 1.87; fEMCALParamTimeCutMin[3] = 0.4;
 447   //fEMCALParamTimeCutMax[0] = 3.5; fEMCALParamTimeCutMax[1] = 50; fEMCALParamTimeCutMax[2] = 0.15; fEMCALParamTimeCutMax[3] = 1.6;
 448 }
 449
 450
 451 //________________________________________________
 452 Bool_t AliCaloTrackReader::IsPileUpFromSPD() const
 453 {
 454   // Check if event is from pile-up determined by SPD
 455   // Default values: (3, 0.8, 3., 2., 5.)
 456   return fInputEvent->IsPileupFromSPD((Int_t) fPileUpParam[0] , fPileUpParam[1] ,
 457                                               fPileUpParam[2] , fPileUpParam[3] , fPileUpParam[4] );
 458   //printf("Param : %d, %2.2f, %2.2f, %2.2f, %2.2f\n",(Int_t) fPileUpParam[0], fPileUpParam[1], fPileUpParam[2], fPileUpParam[3], fPileUpParam[4]);
 459
 460 }
 461
 462 //________________________________________________________
 463 void AliCaloTrackReader::Print(const Option_t * opt) const
 464 {
 465
 466   //Print some relevant parameters set for the analysis
 467   if(! opt)
 468     return;
 469
 470   printf("***** Print: %s %s ******\n",    GetName(), GetTitle() ) ;
 471   printf("Task name      : %s\n",          fTaskName.Data()) ;
 472   printf("Data type      : %d\n",          fDataType) ;
 473   printf("CTS Min pT     : %2.1f GeV/c\n", fCTSPtMin) ;
 474   printf("EMCAL Min pT   : %2.1f GeV/c\n", fEMCALPtMin) ;
 475   printf("PHOS Min pT    : %2.1f GeV/c\n", fPHOSPtMin) ;
 476   printf("CTS Max pT     : %2.1f GeV/c\n", fCTSPtMax) ;
 477   printf("EMCAL Max pT   : %2.1f GeV/c\n", fEMCALPtMax) ;
 478   printf("PHOS Max pT    : %2.1f GeV/c\n", fPHOSPtMax) ;
 479   printf("EMCAL Time Cut: %3.1f < TOF  < %3.1f\n", fEMCALTimeCutMin, fEMCALTimeCutMax);
 480   printf("Use CTS         =     %d\n",     fFillCTS) ;
 481   printf("Use EMCAL       =     %d\n",     fFillEMCAL) ;
 482   printf("Use PHOS        =     %d\n",     fFillPHOS) ;
 483   printf("Use EMCAL Cells =     %d\n",     fFillEMCALCells) ;
 484   printf("Use PHOS  Cells =     %d\n",     fFillPHOSCells) ;
 485   printf("Track status    =     %d\n", (Int_t) fTrackStatus) ;
 486   printf("AODs Track filter mask  =  %d or hybrid %d\n", (Int_t) fTrackFilterMask,fSelectHybridTracks) ;
 487   printf("Track Mult Eta Cut =  %d\n", (Int_t) fTrackMultEtaCut) ;
 488   printf("Write delta AOD =     %d\n",     fWriteOutputDeltaAOD) ;
 489   printf("Recalculate Clusters = %d\n",    fRecalculateClusters) ;
 490
 491   printf("Use Triggers selected in SE base class %d; If not what trigger Mask? %d; Trigger max for mixed %d \n",
 492          fEventTriggerAtSE, fEventTriggerMask,fMixEventTriggerMask);
 493
 494   if(fComparePtHardAndClusterPt)
 495           printf("Compare jet pt and pt hard to accept event, factor = %2.2f",fPtHardAndJetPtFactor);
 496
 497   if(fComparePtHardAndClusterPt)
 498           printf("Compare cluster pt and pt hard to accept event, factor = %2.2f",fPtHardAndClusterPtFactor);
 499
 500   printf("Read Kine from, stack? %d, AOD ? %d \n", fReadStack, fReadAODMCParticles) ;
 501   printf("Delta AOD File Name =     %s\n", fDeltaAODFileName.Data()) ;
 502   printf("Centrality: Class %s, Option %d, Bin [%d,%d] \n", fCentralityClass.Data(),fCentralityOpt,fCentralityBin[0], fCentralityBin[1]) ;
 503
 504   printf("    \n") ;
 505
 506 }
 507
 508 //_________________________________________________________________________
 509 Bool_t AliCaloTrackReader::FillInputEvent(const Int_t iEntry,
 510                                           const char * /*currentFileName*/)
 511 {
 512   //Fill the event counter and input lists that are needed, called by the analysis maker.
 513
 514   fEventNumber = iEntry;
 515   //fCurrentFileName = TString(currentFileName);
 516   if(!fInputEvent)
 517   {
 518           if(fDebug >= 0) printf("AliCaloTrackReader::FillInputEvent() - Input event not available, skip event analysis\n");
 519           return kFALSE;
 520   }
 521
 522   //Select events only fired by a certain trigger configuration if it is provided
 523   Int_t eventType = 0;
 524   if(fInputEvent->GetHeader())
 525           eventType = ((AliVHeader*)fInputEvent->GetHeader())->GetEventType();
 526
 527   if (GetFiredTriggerClasses().Contains("FAST")  && !GetFiredTriggerClasses().Contains("ALL") && !fAcceptFastCluster)
 528   {
 529     if(fDebug > 0)  printf("AliCaloTrackReader::FillInputEvent - Do not count events from fast cluster, trigger name %s\n",fFiredTriggerClassName.Data());
 530     return kFALSE;
 531   }
 532
 533   //-------------------------------------------------------------------------------------
 534   // Reject event if large clusters with large energy
 535   // Use only for LHC11a data for the moment, and if input is clusterizer V1 or V1+unfolding
 536   // If clusterzer NxN or V2 it does not help
 537   //-------------------------------------------------------------------------------------
 538   Int_t run = fInputEvent->GetRunNumber();
 539   if( fRemoveLEDEvents && run > 146857  && run < 146861 )
 540   {
 541     //printf("Event %d\n",GetEventNumber());
 542
 543     // Count number of cells with energy larger than 0.1 in SM3, cut on this number
 544     Int_t ncellsSM3 = 0;
 545     for(Int_t icell = 0; icell < fInputEvent->GetEMCALCells()->GetNumberOfCells(); icell++)
 546     {
 547       Int_t absID = fInputEvent->GetEMCALCells()->GetCellNumber(icell);
 548       Int_t sm    = GetCaloUtils()->GetEMCALGeometry()->GetSuperModuleNumber(absID);
 549       if(fInputEvent->GetEMCALCells()->GetAmplitude(icell) > 0.1 && sm==3) ncellsSM3++;
 550     }
 551
 552     Int_t ncellcut = 21;
 553     if(fFiredTriggerClassName.Contains("EMC")) ncellcut = 35;
 554
 555     if(ncellsSM3 >= ncellcut)
 556     {
 557       if(fDebug > 0) printf(" AliCaloTrackReader::FillInputEvent() - reject event with ncells in SM3 %d\n",ncellsSM3);
 558       return kFALSE;
 559     }
 560   }// Remove LED events
 561
 562   // Reject pure LED events?
 563   if( fFiredTriggerClassName  !="" && !fAnaLED)
 564   {
 565     //printf("Event type %d\n",eventType);
 566     if(eventType!=7)
 567       return kFALSE; //Only physics event, do not use for simulated events!!!
 568
 569     if(fDebug > 0)
 570       printf("AliCaloTrackReader::FillInputEvent() - FiredTriggerClass <%s>, selected class <%s>, compare name %d\n",
 571              GetFiredTriggerClasses().Data(),fFiredTriggerClassName.Data(), GetFiredTriggerClasses().Contains(fFiredTriggerClassName));
 572
 573     if( !GetFiredTriggerClasses().Contains(fFiredTriggerClassName) ) return kFALSE;
 574     else if(fDebug > 0) printf("AliCaloTrackReader::FillInputEvent() - Accepted triggered event\n");
 575   }
 576   else if(fAnaLED)
 577   {
 578     //    kStartOfRun =       1,    // START_OF_RUN
 579     //    kEndOfRun =         2,    // END_OF_RUN
 580     //    kStartOfRunFiles =  3,    // START_OF_RUN_FILES
 581     //    kEndOfRunFiles =    4,    // END_OF_RUN_FILES
 582     //    kStartOfBurst =     5,    // START_OF_BURST
 583     //    kEndOfBurst =       6,    // END_OF_BURST
 584     //    kPhysicsEvent =     7,    // PHYSICS_EVENT
 585     //    kCalibrationEvent = 8,    // CALIBRATION_EVENT
 586     //    kFormatError =      9,    // EVENT_FORMAT_ERROR
 587     //    kStartOfData =      10,   // START_OF_DATA
 588     //    kEndOfData =        11,   // END_OF_DATA
 589     //    kSystemSoftwareTriggerEvent   = 12, // SYSTEM_SOFTWARE_TRIGGER_EVENT
 590     //    kDetectorSoftwareTriggerEvent = 13  // DETECTOR_SOFTWARE_TRIGGER_EVENT
 591
 592           if(eventType!=7 && fDebug > 1 )printf("AliCaloTrackReader::FillInputEvent() - DO LED, Event Type <%d>, 8 Calibration \n",  eventType);
 593           if(eventType!=8)return kFALSE;
 594   }
 595
 596   //In case of analysis of events with jets, skip those with jet pt > 5 pt hard
 597   if(fComparePtHardAndJetPt)
 598   {
 599     if(!ComparePtHardAndJetPt()) return kFALSE ;
 600   }
 601
 602   if(fComparePtHardAndClusterPt)
 603   {
 604     if(!ComparePtHardAndClusterPt()) return kFALSE ;
 605   }
 606
 607   //Fill Vertex array
 608   FillVertexArray();
 609   //Reject events with Z vertex too large, only for SE analysis, if not, cut on the analysis code
 610   if(!GetMixedEvent() && TMath::Abs(fVertex[0][2]) > fZvtxCut) return kFALSE;
 611
 612   //------------------------------------------------------
 613   //Event rejection depending on vertex, pileup, v0and
 614   //------------------------------------------------------
 615
 616   if(fUseEventsWithPrimaryVertex)
 617   {
 618     if( !CheckForPrimaryVertex() )              return kFALSE;
 619     if( TMath::Abs(fVertex[0][0] ) < 1.e-6 &&
 620         TMath::Abs(fVertex[0][1] ) < 1.e-6 &&
 621         TMath::Abs(fVertex[0][2] ) < 1.e-6    ) return kFALSE;
 622   }
 623
 624   //printf("Reader : IsPileUp %d, Multi %d\n",IsPileUpFromSPD(),fInputEvent->IsPileupFromSPDInMultBins());
 625
 626   if(fDoEventSelection)
 627   {
 628     if(!fCaloFilterPatch)
 629     {
 630       // Do not analyze events with pileup
 631       Bool_t bPileup = IsPileUpFromSPD();
 632       //IsPileupFromSPDInMultBins() // method to try
 633       //printf("pile-up %d, %d, %2.2f, %2.2f, %2.2f, %2.2f\n",bPileup, (Int_t) fPileUpParam[0], fPileUpParam[1], fPileUpParam[2], fPileUpParam[3], fPileUpParam[4]);
 634       if(bPileup) return kFALSE;
 635
 636       if(fDoV0ANDEventSelection)
 637       {
 638         Bool_t bV0AND = kTRUE;
 639         AliESDEvent* esd = dynamic_cast<AliESDEvent*> (fInputEvent);
 640         if(esd)
 641           bV0AND = fTriggerAnalysis->IsOfflineTriggerFired(esd, AliTriggerAnalysis::kV0AND);
 642         //else bV0AND = //FIXME FOR AODs
 643         if(!bV0AND) return kFALSE;
 644       }
 645     }//CaloFilter patch
 646     else
 647     {
 648       if(fInputEvent->GetNumberOfCaloClusters() > 0)
 649       {
 650         AliVCluster * calo = fInputEvent->GetCaloCluster(0);
 651         if(calo->GetNLabels() == 4)
 652         {
 653           Int_t * selection = calo->GetLabels();
 654           Bool_t bPileup = selection[0];
 655           if(bPileup) return kFALSE;
 656
 657           Bool_t bGoodV = selection[1];
 658           if(fUseEventsWithPrimaryVertex && !bGoodV) return kFALSE;
 659
 660           if(fDoV0ANDEventSelection)
 661           {
 662             Bool_t bV0AND = selection[2];
 663             if(!bV0AND) return kFALSE;
 664           }
 665
 666           fTrackMult = selection[3];
 667           if(fTrackMult == 0) return kFALSE;
 668         }
 669         else
 670         {
 671           //First filtered AODs, track multiplicity stored there.
 672           fTrackMult = (Int_t) ((AliAODHeader*)fInputEvent->GetHeader())->GetCentrality();
 673           if(fTrackMult == 0) return kFALSE;
 674         }
 675       }//at least one cluster
 676       else
 677       {
 678         //printf("AliCaloTrackReader::FillInputEvent() - No clusters in event\n");
 679         //Remove events with  vertex (0,0,0), bad vertex reconstruction
 680         if(fUseEventsWithPrimaryVertex && TMath::Abs(fVertex[0][0]) < 1.e-6 && TMath::Abs(fVertex[0][1]) < 1.e-6 && TMath::Abs(fVertex[0][2]) < 1.e-6) return kFALSE;
 681
 682         //First filtered AODs, track multiplicity stored there.
 683         fTrackMult = (Int_t) ((AliAODHeader*)fInputEvent->GetHeader())->GetCentrality();
 684         if(fTrackMult == 0) return kFALSE;
 685       }// no cluster
 686     }// CaloFileter patch
 687   }// Event selection
 688   //------------------------------------------------------
 689
 690   //Check if there is a centrality value, PbPb analysis, and if a centrality bin selection is requested
 691   //If we need a centrality bin, we select only those events in the corresponding bin.
 692   if(GetCentrality() && fCentralityBin[0]>=0 && fCentralityBin[1]>=0 && fCentralityOpt==100)
 693   {
 694     Int_t cen = GetEventCentrality();
 695     if(cen > fCentralityBin[1] || cen < fCentralityBin[0]) return kFALSE; //reject events out of bin.
 696   }
 697
 698   //Fill the arrays with cluster/tracks/cells data
 699
 700   if(fFillEMCALCells)
 701     FillInputEMCALCells();
 702
 703   if(fFillPHOSCells)
 704     FillInputPHOSCells();
 705
 706   FillInputVZERO();
 707
 708   if(fEventTriggerAtSE)
 709   {
 710     if(fFillCTS)
 711     {
 712       FillInputCTS();
 713       //Accept events with at least one track
 714       if(fTrackMult == 0 && fDoEventSelection) return kFALSE;
 715     }
 716     if(fFillEMCAL)
 717       FillInputEMCAL();
 718     if(fFillPHOS)
 719       FillInputPHOS();
 720   }
 721   else
 722   {
 723     // In case of mixing analysis, all triggers accepted, but trigger particles selected
 724     // only for the specific trigered events selected here. Mixing done only for MB events,
 725     // tracks array filled also for those events and not the others.
 726
 727     AliAnalysisManager *manager = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
 728     AliInputEventHandler *inputHandler = dynamic_cast<AliInputEventHandler*>(manager->GetInputEventHandler());
 729
 730     if(!inputHandler) return kFALSE ;  // to content coverity
 731
 732     UInt_t isTrigger = inputHandler->IsEventSelected() & fEventTriggerMask;
 733     UInt_t isMB      = inputHandler->IsEventSelected() & fMixEventTriggerMask;
 734
 735     if(fFillCTS && (isMB || isTrigger))
 736     {
 737       FillInputCTS();
 738       //Accept events with at least one track
 739       if(fTrackMult == 0 && fDoEventSelection) return kFALSE;
 740     }
 741
 742     if(isTrigger)
 743     {
 744       if(fFillEMCAL)
 745         FillInputEMCAL();
 746       if(fFillPHOS)
 747         FillInputPHOS();
 748     }
 749   }
 750
 751   return kTRUE ;
 752 }
 753
 754 //___________________________________
 755 void AliCaloTrackReader::ResetLists()
 756 {
 757   //  Reset lists, called by the analysis maker
 758
 759   if(fCTSTracks)       fCTSTracks     -> Clear();
 760   if(fEMCALClusters)   fEMCALClusters -> Clear("C");
 761   if(fPHOSClusters)    fPHOSClusters  -> Clear("C");
 762
 763   fV0ADC[0] = 0;   fV0ADC[1] = 0;
 764   fV0Mul[0] = 0;   fV0Mul[1] = 0;
 765
 766 }
 767
 768 //____________________________________________________________
 769 void AliCaloTrackReader::SetInputEvent(AliVEvent* const input)
 770 {
 771   fInputEvent  = input;
 772   fMixedEvent = dynamic_cast<AliMixedEvent*>(GetInputEvent()) ;
 773   if (fMixedEvent)
 774     fNMixedEvent = fMixedEvent->GetNumberOfEvents() ;
 775
 776   //Delete previous vertex
 777   if(fVertex)
 778   {
 779     for (Int_t i = 0; i < fNMixedEvent; i++)
 780     {
 781       delete [] fVertex[i] ;
 782     }
 783     delete [] fVertex ;
 784   }
 785
 786   fVertex = new Double_t*[fNMixedEvent] ;
 787   for (Int_t i = 0; i < fNMixedEvent; i++)
 788   {
 789     fVertex[i] = new Double_t[3] ;
 790     fVertex[i][0] = 0.0 ;
 791     fVertex[i][1] = 0.0 ;
 792     fVertex[i][2] = 0.0 ;
 793   }
 794 }
 795
 796 //__________________________________________________
 797 Int_t AliCaloTrackReader::GetEventCentrality() const
 798 {
 799   //Return current event centrality
 800
 801   if(GetCentrality())
 802   {
 803     if     (fCentralityOpt==100) return (Int_t) GetCentrality()->GetCentralityPercentile(fCentralityClass); // 100 bins max
 804     else if(fCentralityOpt==10)  return GetCentrality()->GetCentralityClass10(fCentralityClass);// 10 bins max
 805     else if(fCentralityOpt==20)  return GetCentrality()->GetCentralityClass5(fCentralityClass); // 20 bins max
 806     else
 807     {
 808       printf("AliCaloTrackReader::GetEventCentrality() - Unknown centrality option %d, use 10, 20 or 100\n",fCentralityOpt);
 809       return -1;
 810     }
 811   }
 812   else return -1;
 813
 814 }
 815
 816 //_____________________________________________________
 817 Double_t AliCaloTrackReader::GetEventPlaneAngle() const
 818 {
 819   //Return current event centrality
 820
 821   if(GetEventPlane())
 822   {
 823     Float_t ep =  GetEventPlane()->GetEventplane(GetEventPlaneMethod(), GetInputEvent());
 824
 825     if(GetEventPlaneMethod()=="Q" && (ep < 0 || ep > TMath::Pi()))
 826     {
 827       if(fDebug > 0 ) printf("AliCaloTrackReader::GetEventPlaneAngle() -  Bad EP for <Q> method : %f\n",ep);
 828       return -1000;
 829     }
 830     else if(GetEventPlaneMethod().Contains("V0")  )
 831     {
 832       if((ep > TMath::Pi()/2 || ep < -TMath::Pi()/2))
 833       {
 834         if(fDebug > 0 ) printf("AliCaloTrackReader::GetEventPlaneAngle() -  Bad EP for <%s> method : %f\n",GetEventPlaneMethod().Data(), ep);
 835         return -1000;
 836       }
 837
 838       ep+=TMath::Pi()/2; // put same range as for <Q> method
 839
 840     }
 841
 842     //printf("AliCaloTrackReader::GetEventPlaneAngle() = %f\n",ep);
 843     if(fDebug > 0 )
 844     {
 845       if     (ep > TMath::Pi()) printf("AliCaloTrackReader::GetEventPlaneAngle() - Too large angle = %f\n",ep);
 846       else if(ep < 0          ) printf("AliCaloTrackReader::GetEventPlaneAngle() - Negative angle = %f\n" ,ep);
 847     }
 848
 849     return ep;
 850   }
 851   else
 852   {
 853     if(fDataType!=kMC && fDebug > 0) printf("AliCaloTrackReader::GetEventPlaneAngle() -  No EP pointer\n");
 854     return -1000;
 855   }
 856
 857 }
 858
 859 //__________________________________________________________
 860 void AliCaloTrackReader::GetVertex(Double_t vertex[3]) const
 861 {
 862   //Return vertex position to be used for single event analysis
 863   vertex[0]=fVertex[0][0];
 864   vertex[1]=fVertex[0][1];
 865   vertex[2]=fVertex[0][2];
 866 }
 867
 868 //____________________________________________________________
 869 void AliCaloTrackReader::GetVertex(Double_t vertex[3],
 870                                    const Int_t evtIndex) const
 871 {
 872   //Return vertex position for mixed event, recover the vertex in a particular event.
 873
 874   vertex[0]=fVertex[evtIndex][0];  vertex[1]=fVertex[evtIndex][1];  vertex[2]=fVertex[evtIndex][2];
 875
 876 }
 877
 878 //________________________________________
 879 void AliCaloTrackReader::FillVertexArray()
 880 {
 881
 882   //Fill data member with vertex
 883   //In case of Mixed event, multiple vertices
 884
 885   //Delete previous vertex
 886   if(fVertex)
 887   {
 888     for (Int_t i = 0; i < fNMixedEvent; i++)
 889     {
 890       delete [] fVertex[i] ;
 891     }
 892     delete [] fVertex ;
 893   }
 894
 895   fVertex = new Double_t*[fNMixedEvent] ;
 896   for (Int_t i = 0; i < fNMixedEvent; i++)
 897   {
 898     fVertex[i] = new Double_t[3] ;
 899     fVertex[i][0] = 0.0 ;
 900     fVertex[i][1] = 0.0 ;
 901     fVertex[i][2] = 0.0 ;
 902   }
 903
 904   if (!fMixedEvent)
 905   { //Single event analysis
 906     if(fDataType!=kMC)
 907     {
 908
 909       if(fInputEvent->GetPrimaryVertex())
 910       {
 911         fInputEvent->GetPrimaryVertex()->GetXYZ(fVertex[0]);
 912       }
 913       else
 914       {
 915         printf("AliCaloTrackReader::FillVertexArray() - NULL primary vertex\n");
 916         fVertex[0][0]=0.;   fVertex[0][1]=0.;   fVertex[0][2]=0.;
 917       }//Primary vertex pointer do not exist
 918
 919     } else
 920     {//MC read event
 921       fVertex[0][0]=0.;   fVertex[0][1]=0.;   fVertex[0][2]=0.;
 922     }
 923
 924     if(fDebug > 1)
 925       printf("AliCaloTrackReader::FillVertexArray() - Single Event Vertex : %f,%f,%f\n",fVertex[0][0],fVertex[0][1],fVertex[0][2]);
 926
 927   } else
 928   { // MultiEvent analysis
 929     for (Int_t iev = 0; iev < fNMixedEvent; iev++)
 930     {
 931       if (fMixedEvent->GetVertexOfEvent(iev))
 932         fMixedEvent->GetVertexOfEvent(iev)->GetXYZ(fVertex[iev]);
 933       else
 934       { // no vertex found !!!!
 935         AliWarning("No vertex found");
 936       }
 937
 938       if(fDebug > 1)
 939         printf("AliCaloTrackReader::FillVertexArray() - Multi Event %d Vertex : %f,%f,%f\n",iev,fVertex[iev][0],fVertex[iev][1],fVertex[iev][2]);
 940
 941     }
 942   }
 943
 944 }
 945
 946 //_____________________________________
 947 void AliCaloTrackReader::FillInputCTS()
 948 {
 949   //Return array with Central Tracking System (CTS) tracks
 950
 951   if(fDebug > 2 ) printf("AliCaloTrackReader::FillInputCTS()\n");
 952
 953   Double_t pTrack[3] = {0,0,0};
 954
 955   Int_t nTracks = fInputEvent->GetNumberOfTracks() ;
 956   fTrackMult    = 0;
 957   Int_t nstatus = 0;
 958
 959   for (Int_t itrack =  0; itrack <  nTracks; itrack++)
 960   {////////////// track loop
 961     AliVTrack * track = (AliVTrack*)fInputEvent->GetTrack(itrack) ; // retrieve track from esd
 962
 963     //Select tracks under certain conditions, TPCrefit, ITSrefit ... check the set bits
 964     if (fTrackStatus && !((track->GetStatus() & fTrackStatus) == fTrackStatus))
 965       continue ;
 966
 967     nstatus++;
 968
 969     if     (fDataType==kESD)
 970     {
 971       AliESDtrack* esdTrack = dynamic_cast<AliESDtrack*> (track);
 972
 973       if(esdTrack && fESDtrackCuts->AcceptTrack(esdTrack))
 974       {
 975         track->GetPxPyPz(pTrack) ;
 976
 977         if(fConstrainTrack)
 978         {
 979           if(esdTrack->GetConstrainedParam())
 980           {
 981             const AliExternalTrackParam* constrainParam = esdTrack->GetConstrainedParam();
 982             esdTrack->Set(constrainParam->GetX(),constrainParam->GetAlpha(),constrainParam->GetParameter(),constrainParam->GetCovariance());
 983             esdTrack->GetConstrainedPxPyPz(pTrack);
 984           }
 985           else continue;
 986
 987         } // use constrained tracks
 988
 989       }
 990       else continue;
 991
 992     } // ESD
 993     else if(fDataType==kAOD)
 994     {
 995       AliAODTrack *aodtrack = dynamic_cast <AliAODTrack*>(track);
 996
 997       if(aodtrack)
 998       {
 999        if(fDebug > 2 ) printf("AliCaloTrackReader::FillInputCTS():AOD track type: %d (primary %d), hybrid? %d \n",
1000                               aodtrack->GetType(),AliAODTrack::kPrimary,
1001                               aodtrack->IsHybridGlobalConstrainedGlobal());
1002
1003
1004         if (fSelectHybridTracks)
1005         {
1006           if (!aodtrack->IsHybridGlobalConstrainedGlobal())       continue ;
1007         }
1008         else
1009         {
1010           if ( aodtrack->TestFilterBit(fTrackFilterMask)==kFALSE) continue ;
1011         }
1012
1013         if (aodtrack->GetType()!= AliAODTrack::kPrimary)          continue ;
1014
1015         if (fDebug > 2 ) printf("AliCaloTrackReader::FillInputCTS(): \t accepted track! \n");
1016
1017         track->GetPxPyPz(pTrack) ;
1018
1019       } // aod track exists
1020       else continue ;
1021
1022     } // AOD
1023
1024     //Count the tracks in eta < 0.9
1025     //printf("Eta %f cut  %f\n",TMath::Abs(track->Eta()),fTrackMultEtaCut);
1026     if(TMath::Abs(track->Eta())< fTrackMultEtaCut) fTrackMult++;
1027
1028     TLorentzVector momentum(pTrack[0],pTrack[1],pTrack[2],0);
1029
1030     if(fCTSPtMin < momentum.Pt() && fCTSPtMax > momentum.Pt())
1031     {
1032       if(fCheckFidCut && !fFiducialCut->IsInFiducialCut(momentum,"CTS"))
1033         continue;
1034
1035       if(fDebug > 2 && momentum.Pt() > 0.1)
1036         printf("AliCaloTrackReader::FillInputCTS() - Selected tracks E %3.2f, pt %3.2f, phi %3.2f, eta %3.2f\n",
1037                momentum.E(),momentum.Pt(),momentum.Phi()*TMath::RadToDeg(),momentum.Eta());
1038
1039       if (fMixedEvent)
1040       {
1041         track->SetID(itrack);
1042       }
1043
1044       fCTSTracks->Add(track);
1045
1046     }//Pt and Fiducial cut passed.
1047   }// track loop
1048
1049   if(fDebug > 1)
1050     printf("AliCaloTrackReader::FillInputCTS()   - aod entries %d, input tracks %d, pass status %d, multipliticy %d\n", fCTSTracks->GetEntriesFast(), nTracks, nstatus, fTrackMult);//fCTSTracksNormalInputEntries);
1051
1052 }
1053
1054 //__________________________________________________________________
1055 void AliCaloTrackReader::FillInputEMCALAlgorithm(AliVCluster * clus,
1056                                                  const Int_t iclus)
1057 {
1058   //Fill the EMCAL data in the array, do it
1059
1060   Int_t vindex = 0 ;
1061   if (fMixedEvent)
1062     vindex = fMixedEvent->EventIndexForCaloCluster(iclus);
1063
1064   //Reject clusters with bad channels, close to borders and exotic;
1065   if(!GetCaloUtils()->GetEMCALRecoUtils()->IsGoodCluster(clus,GetCaloUtils()->GetEMCALGeometry(),GetEMCALCells(),fInputEvent->GetBunchCrossNumber())) return;
1066
1067   //Mask all cells in collumns facing ALICE thick material if requested
1068   if(GetCaloUtils()->GetNMaskCellColumns())
1069   {
1070     Int_t absId   = -1;
1071     Int_t iSupMod = -1;
1072     Int_t iphi    = -1;
1073     Int_t ieta    = -1;
1074     Bool_t shared = kFALSE;
1075     GetCaloUtils()->GetEMCALRecoUtils()->GetMaxEnergyCell(GetCaloUtils()->GetEMCALGeometry(), GetEMCALCells(),clus,absId,iSupMod,ieta,iphi,shared);
1076     if(GetCaloUtils()->MaskFrameCluster(iSupMod, ieta)) return;
1077   }
1078
1079   if(fSelectEmbeddedClusters)
1080   {
1081     if(clus->GetNLabels()==0 || clus->GetLabel() < 0) return;
1082     //else printf("Embedded cluster,  %d, n label %d label %d  \n",iclus,clus->GetNLabels(),clus->GetLabel());
1083   }
1084
1085   //Float_t pos[3];
1086   //clus->GetPosition(pos);
1087   //printf("Before Corrections: e %f, x %f, y %f, z %f\n",clus->E(),pos[0],pos[1],pos[2]);
1088
1089   if(fRecalculateClusters)
1090   {
1091     //Recalibrate the cluster energy
1092     if(GetCaloUtils()->IsRecalibrationOn())
1093     {
1094       Float_t energy = GetCaloUtils()->RecalibrateClusterEnergy(clus, GetEMCALCells());
1095
1096       clus->SetE(energy);
1097       //printf("Recalibrated Energy %f\n",clus->E());
1098
1099       GetCaloUtils()->RecalculateClusterShowerShapeParameters(GetEMCALCells(),clus);
1100       GetCaloUtils()->RecalculateClusterPID(clus);
1101
1102     } // recalculate E
1103
1104     //Recalculate distance to bad channels, if new list of bad channels provided
1105     GetCaloUtils()->RecalculateClusterDistanceToBadChannel(GetEMCALCells(),clus);
1106
1107     //Recalculate cluster position
1108     if(GetCaloUtils()->IsRecalculationOfClusterPositionOn())
1109     {
1110       GetCaloUtils()->RecalculateClusterPosition(GetEMCALCells(),clus);
1111       //clus->GetPosition(pos);
1112       //printf("After  Corrections: e %f, x %f, y %f, z %f\n",clus->E(),pos[0],pos[1],pos[2]);
1113     }
1114
1115     // Recalculate TOF
1116     if(GetCaloUtils()->GetEMCALRecoUtils()->IsTimeRecalibrationOn())
1117     {
1118       Double_t tof      = clus->GetTOF();
1119       Float_t  frac     =-1;
1120       Int_t    absIdMax = GetCaloUtils()->GetMaxEnergyCell(fEMCALCells, clus,frac);
1121
1122       if(fDataType==AliCaloTrackReader::kESD)
1123       {
1124         tof = fEMCALCells->GetCellTime(absIdMax);
1125       }
1126
1127       GetCaloUtils()->GetEMCALRecoUtils()->RecalibrateCellTime(absIdMax,fInputEvent->GetBunchCrossNumber(),tof);
1128
1129       clus->SetTOF(tof);
1130
1131     }// Time recalibration
1132   }
1133
1134   //Correct non linearity
1135   if(GetCaloUtils()->IsCorrectionOfClusterEnergyOn())
1136   {
1137     GetCaloUtils()->CorrectClusterEnergy(clus) ;
1138     //printf("Linearity Corrected Energy %f\n",clus->E());
1139
1140     //In case of MC analysis, to match resolution/calibration in real data
1141     Float_t rdmEnergy = GetCaloUtils()->GetEMCALRecoUtils()->SmearClusterEnergy(clus);
1142     // printf("\t Energy %f, smeared %f\n", clus->E(),rdmEnergy);
1143     clus->SetE(rdmEnergy);
1144   }
1145
1146   TLorentzVector momentum ;
1147
1148   clus->GetMomentum(momentum, fVertex[vindex]);
1149
1150   if(fCheckFidCut && !fFiducialCut->IsInFiducialCut(momentum,"EMCAL")) return ;
1151
1152   if(fEMCALPtMin > momentum.E() || fEMCALPtMax < momentum.E())         return ;
1153
1154   Double_t tof = clus->GetTOF()*1e9;
1155
1156   if(!fUseParamTimeCut)
1157   {
1158     if( tof < fEMCALTimeCutMin  || tof > fEMCALTimeCutMax )            return ;
1159   }
1160   else
1161   {
1162     Float_t minCut= fEMCALParamTimeCutMin[0]+fEMCALParamTimeCutMin[1]*TMath::Exp(-(momentum.E()-fEMCALParamTimeCutMin[2])/fEMCALParamTimeCutMin[3]);
1163     Float_t maxCut= fEMCALParamTimeCutMax[0]+fEMCALParamTimeCutMax[1]*TMath::Exp(-(momentum.E()-fEMCALParamTimeCutMax[2])/fEMCALParamTimeCutMax[3]);
1164     //printf("tof %f, minCut %f, maxCut %f\n",tof,minCut,maxCut);
1165     if( tof < minCut || tof > maxCut )  return ;
1166   }
1167
1168   if(fDebug > 2 && momentum.E() > 0.1)
1169     printf("AliCaloTrackReader::FillInputEMCAL() - Selected clusters E %3.2f, pt %3.2f, phi %3.2f, eta %3.2f\n",
1170            momentum.E(),momentum.Pt(),momentum.Phi()*TMath::RadToDeg(),momentum.Eta());
1171
1172   if (fMixedEvent)
1173     clus->SetID(iclus) ;
1174
1175   fEMCALClusters->Add(clus);
1176
1177 }
1178
1179 //_______________________________________
1180 void AliCaloTrackReader::FillInputEMCAL()
1181 {
1182   //Return array with EMCAL clusters in aod format
1183
1184   if(fDebug > 2 ) printf("AliCaloTrackReader::FillInputEMCAL()\n");
1185
1186   // First recalibrate cells, time or energy
1187   //  if(GetCaloUtils()->IsRecalibrationOn())
1188   //    GetCaloUtils()->GetEMCALRecoUtils()->RecalibrateCells(GetCaloUtils()->GetEMCALGeometry(),
1189   //                                                          GetEMCALCells(),
1190   //                                                          fInputEvent->GetBunchCrossNumber());
1191
1192   //Loop to select clusters in fiducial cut and fill container with aodClusters
1193   if(fEMCALClustersListName=="")
1194   {
1195     Int_t nclusters = fInputEvent->GetNumberOfCaloClusters();
1196     for (Int_t iclus =  0; iclus <  nclusters; iclus++)
1197     {
1198       AliVCluster * clus = 0;
1199       if ( (clus = fInputEvent->GetCaloCluster(iclus)) )
1200       {
1201         if (IsEMCALCluster(clus))
1202         {
1203           FillInputEMCALAlgorithm(clus, iclus);
1204         }//EMCAL cluster
1205       }// cluster exists
1206     }// cluster loop
1207
1208     //Recalculate track matching
1209     GetCaloUtils()->RecalculateClusterTrackMatching(fInputEvent);
1210
1211   }//Get the clusters from the input event
1212   else
1213   {
1214     TClonesArray * clusterList = 0x0;
1215
1216     if      (fInputEvent->FindListObject(fEMCALClustersListName))
1217     {
1218       clusterList = dynamic_cast<TClonesArray*> (fInputEvent ->FindListObject(fEMCALClustersListName));
1219     }
1220     else if(fOutputEvent)
1221     {
1222       clusterList = dynamic_cast<TClonesArray*> (fOutputEvent->FindListObject(fEMCALClustersListName));
1223     }
1224
1225     if(!clusterList)
1226     {
1227       //printf("AliCaloTrackReader::FillInputEMCAL() - Wrong name of list with clusters? Try input event <%s>\n",fEMCALClustersListName.Data());
1228       //List not in output event, try input event
1229       clusterList = dynamic_cast<TClonesArray*> (fInputEvent->FindListObject(fEMCALClustersListName));
1230       if(!clusterList)
1231       {
1232         printf("AliCaloTrackReader::FillInputEMCAL() - Wrong name of list with clusters?  <%s>\n",fEMCALClustersListName.Data());
1233         return;
1234       }
1235     }
1236
1237     Int_t nclusters = clusterList->GetEntriesFast();
1238     for (Int_t iclus =  0; iclus <  nclusters; iclus++)
1239     {
1240       AliVCluster * clus = dynamic_cast<AliVCluster*> (clusterList->At(iclus));
1241       //printf("E %f\n",clus->E());
1242       if (clus) FillInputEMCALAlgorithm(clus, iclus);
1243       else printf("AliCaloTrackReader::FillInputEMCAL() - Null cluster in list!\n");
1244     }// cluster loop
1245
1246     // Recalculate track matching, not necessary if already done in the reclusterization task.
1247     // in case it was not done ...
1248     GetCaloUtils()->RecalculateClusterTrackMatching(fInputEvent,clusterList);
1249
1250   }
1251
1252   if(fDebug > 1) printf("AliCaloTrackReader::FillInputEMCAL() - aod entries %d\n",  fEMCALClusters->GetEntriesFast());
1253
1254 }
1255
1256 //______________________________________
1257 void AliCaloTrackReader::FillInputPHOS()
1258 {
1259   //Return array with PHOS clusters in aod format
1260
1261   if(fDebug > 2 ) printf("AliCaloTrackReader::FillInputPHOS()\n");
1262
1263   //Loop to select clusters in fiducial cut and fill container with aodClusters
1264   Int_t nclusters = fInputEvent->GetNumberOfCaloClusters();
1265   for (Int_t iclus = 0; iclus < nclusters; iclus++)
1266   {
1267     AliVCluster * clus = 0;
1268     if ( (clus = fInputEvent->GetCaloCluster(iclus)) )
1269     {
1270       if (IsPHOSCluster(clus))
1271       {
1272         //Check if the cluster contains any bad channel and if close to calorimeter borders
1273         Int_t vindex = 0 ;
1274         if (fMixedEvent)
1275           vindex = fMixedEvent->EventIndexForCaloCluster(iclus);
1276         if( GetCaloUtils()->ClusterContainsBadChannel("PHOS",clus->GetCellsAbsId(), clus->GetNCells()))
1277           continue;
1278         if(!GetCaloUtils()->CheckCellFiducialRegion(clus, fInputEvent->GetPHOSCells(), fInputEvent, vindex))
1279           continue;
1280
1281         if(fRecalculateClusters)
1282         {
1283           //Recalibrate the cluster energy
1284           if(GetCaloUtils()->IsRecalibrationOn())
1285           {
1286             Float_t energy = GetCaloUtils()->RecalibrateClusterEnergy(clus, (AliAODCaloCells*)GetPHOSCells());
1287             clus->SetE(energy);
1288           }
1289         }
1290
1291         TLorentzVector momentum ;
1292
1293         clus->GetMomentum(momentum, fVertex[vindex]);
1294
1295         if(fCheckFidCut && !fFiducialCut->IsInFiducialCut(momentum,"PHOS")) continue;
1296
1297         if(fPHOSPtMin > momentum.E() || fPHOSPtMax < momentum.E())          continue;
1298
1299         if(fDebug > 2 && momentum.E() > 0.1)
1300           printf("AliCaloTrackReader::FillInputPHOS() - Selected clusters E %3.2f, pt %3.2f, phi %3.2f, eta %3.2f\n",
1301                  momentum.E(),momentum.Pt(),momentum.Phi()*TMath::RadToDeg(),momentum.Eta());
1302
1303
1304         if (fMixedEvent)
1305         {
1306           clus->SetID(iclus) ;
1307         }
1308
1309         fPHOSClusters->Add(clus);
1310
1311       }//PHOS cluster
1312     }//cluster exists
1313   }//esd cluster loop
1314
1315   if(fDebug > 1) printf("AliCaloTrackReader::FillInputPHOS()  - aod entries %d\n",  fPHOSClusters->GetEntriesFast());
1316
1317 }
1318
1319 //____________________________________________
1320 void AliCaloTrackReader::FillInputEMCALCells()
1321 {
1322   //Return array with EMCAL cells in aod format
1323
1324   fEMCALCells = fInputEvent->GetEMCALCells();
1325
1326 }
1327
1328 //___________________________________________
1329 void AliCaloTrackReader::FillInputPHOSCells()
1330 {
1331   //Return array with PHOS cells in aod format
1332
1333   fPHOSCells = fInputEvent->GetPHOSCells();
1334
1335 }
1336
1337 //_______________________________________
1338 void AliCaloTrackReader::FillInputVZERO()
1339 {
1340   //Fill VZERO information in data member, add all the channels information.
1341   AliVVZERO* v0 = fInputEvent->GetVZEROData();
1342   //printf("Init V0: ADC (%d,%d), Multiplicity (%d,%d) \n",fV0ADC[0],fV0ADC[1],fV0Mul[0],fV0Mul[1]);
1343
1344   if (v0)
1345   {
1346     AliESDVZERO* esdV0 = dynamic_cast<AliESDVZERO*> (v0);
1347     for (Int_t i = 0; i < 32; i++)
1348     {
1349       if(esdV0)
1350       {//Only available in ESDs
1351         fV0ADC[0] += (Int_t)esdV0->GetAdcV0C(i);
1352         fV0ADC[1] += (Int_t)esdV0->GetAdcV0A(i);
1353       }
1354
1355       fV0Mul[0] += (Int_t)v0->GetMultiplicityV0C(i);
1356       fV0Mul[1] += (Int_t)v0->GetMultiplicityV0A(i);
1357     }
1358     if(fDebug > 0)
1359       printf("V0: ADC (%d,%d), Multiplicity (%d,%d) \n",fV0ADC[0],fV0ADC[1],fV0Mul[0],fV0Mul[1]);
1360   }
1361   else
1362   {
1363     if(fDebug > 0)
1364       printf("Cannot retrieve V0 ESD! Run w/ null V0 charges\n ");
1365   }
1366 }
1367
1368
1369 //___________________________________________________________________
1370 Bool_t AliCaloTrackReader::IsEMCALCluster(AliVCluster* cluster) const
1371 {
1372   // Check if it is a cluster from EMCAL. For old AODs cluster type has
1373   // different number and need to patch here
1374
1375   if(fDataType==kAOD && fOldAOD)
1376   {
1377     if (cluster->GetType() == 2) return kTRUE;
1378     else                         return kFALSE;
1379   }
1380   else
1381   {
1382     return cluster->IsEMCAL();
1383   }
1384
1385 }
1386
1387 //___________________________________________________________________
1388 Bool_t AliCaloTrackReader::IsPHOSCluster(AliVCluster * cluster) const
1389 {
1390   //Check if it is a cluster from PHOS.For old AODs cluster type has
1391   // different number and need to patch here
1392
1393   if(fDataType==kAOD && fOldAOD)
1394   {
1395     Int_t type = cluster->GetType();
1396     if (type == 0 || type == 1) return kTRUE;
1397     else                        return kFALSE;
1398   }
1399   else
1400   {
1401     return cluster->IsPHOS();
1402   }
1403
1404 }
1405
1406 //________________________________________________
1407 Bool_t AliCaloTrackReader::CheckForPrimaryVertex()
1408 {
1409   //Check if the vertex was well reconstructed, copy from V0Reader of conversion group
1410   //Only for ESDs ...
1411
1412   AliESDEvent * event = dynamic_cast<AliESDEvent*> (fInputEvent);
1413   if(!event) return kTRUE;
1414
1415   if(event->GetPrimaryVertexTracks()->GetNContributors() > 0)
1416   {
1417     return kTRUE;
1418   }
1419
1420   if(event->GetPrimaryVertexTracks()->GetNContributors() < 1)
1421   {
1422     // SPD vertex
1423     if(event->GetPrimaryVertexSPD()->GetNContributors() > 0)
1424     {
1425       //cout<<"spd vertex type::"<< fESDEvent->GetPrimaryVertex()->GetName() << endl;
1426       return kTRUE;
1427
1428     }
1429     if(event->GetPrimaryVertexSPD()->GetNContributors() < 1)
1430     {
1431       //      cout<<"bad vertex type::"<< event->GetPrimaryVertex()->GetName() << endl;
1432       return kFALSE;
1433     }
1434   }
1435
1436   return kFALSE;
1437
1438 }
1439
1440 //____________________________________________________________
1441 void  AliCaloTrackReader::SetTrackCuts(AliESDtrackCuts * cuts)
1442 {
1443   // Set Track cuts
1444
1445   if(fESDtrackCuts) delete fESDtrackCuts ;
1446
1447   fESDtrackCuts = cuts ;
1448
1449 }
1450