PWG/EMCAL/macros/runEMCalAnalysis.C

   1 // runEMCalAnalysis.C
   2 // =====================
   3 // This macro can be used to run EMCal analysis within the EMCal part of the Jet Framework.
   4 //
   5 // Examples:
   6 // -> Analyze ESDs from the pA pilot run on the AliEn grid with your task in AnaClass.cxx/.h
   7 //     dataType = "ESD", useGrid = kTRUE, pattern = "*ESDs/pass2/*ESDs.root", addCXXs = "AnaClass.cxx",
   8 //     addHs = "AnaClass.h", gridDir = "/alice/data/2012/LHC12g", gridMode = "full", runNumbers = "188359 188362"
   9 //
  10 // -> Analyze AODs (up to 96 files) locally given in files_aod.txt
  11 //     dataType = "AOD", useGrid = kFALSE, numLocalFiles = 96
  12 //
  13 // MERGING ON ALIEN
  14 // ++++++++++++++++
  15 // If you run on the grid, you can monitor the jobs with alimonitor.cern.ch. When enough of them are in DONE state,
  16 // you have to merge the output. This can be done automatically, if you just change the gridMode to "terminate" and
  17 // give the EXACT name of the task whose output should be merged in uniqueName.
  18 //
  19 //
  20 // Authors: R. Haake, S. Aiola, M. Verweij
  21
  22 #include <ctime>
  23 #include "TGrid.h"
  24
  25 AliAnalysisGrid* CreateAlienHandler(const char* uniqueName, const char* gridDir, const char* gridMode, const char* runNumbers,
  26                                      const char* pattern, TString additionalCode, TString additionalHeaders, Int_t maxFilesPerWorker,
  27                                      Int_t workerTTL, Bool_t isMC);
  28
  29 //______________________________________________________________________________
  30 void runEMCalAnalysis(
  31          Bool_t         useGrid             = kTRUE,                      // local or grid
  32          const char*    gridMode            = "test",                      // set the grid run mode (can be "full", "test", "offline", "submit" or "terminate")
  33          const char*    dataType            = "AOD",                       // set the analysis type, AOD, ESD or sESD
  34          const char*    pattern             = "*ESDs/pass2/AOD145/*AOD.root",    // file pattern (here one can specify subdirs like passX etc.) (used on grid)
  35          const char*    gridDir             = "/alice/data/2011/LHC11h_2",   // dir on alien, where the files live (used on grid)
  36          const char*    runNumbers          = "167903 167915",             // considered run numbers (used on grid)
  37          UInt_t         numLocalFiles       = 1,                          // number of files analyzed locally
  38          const char*    runPeriod           = "LHC11h",                    // set the run period (used on grid)
  39          const char*    uniqueName          = "EMCal_LEGOTrainTest",     // sets base string for the name of the task on the grid
  40          UInt_t         pSel                = AliVEvent::kAny,             // used event selection for every task except for the analysis tasks
  41          Bool_t         useTender           = kTRUE,                       // trigger, if tender, track and cluster selection should be used (always)
  42          Bool_t         isMC                = kFALSE,                      // trigger, if MC handler should be used
  43          // Here you have to specify additional code files you want to use but that are not in aliroot
  44          const char*    addCXXs             = "",
  45          const char*    addHs               = "",
  46
  47          // These two settings depend on the dataset and your quotas on the AliEN services
  48          Int_t          maxFilesPerWorker   = 4,
  49          Int_t          workerTTL           = 7200
  50
  51          )
  52 {
  53
  54   // Some pre-settings and constants
  55   enum AlgoType {kKT, kANTIKT};
  56   enum JetType  {kFULLJETS, kCHARGEDJETS, kNEUTRALJETS};
  57   gSystem->SetFPEMask();
  58   gSystem->Setenv("ETRAIN_ROOT", ".");
  59   gSystem->Setenv("ETRAIN_PERIOD", runPeriod);
  60   // change this objects to strings
  61   TString usedData(dataType);
  62   TString additionalCXXs(addCXXs);
  63   TString additionalHs(addHs);
  64   cout << dataType << " analysis chosen" << endl;
  65   if (useGrid)
  66   {
  67     cout << "-- using AliEn grid.\n";
  68     if (usedData == "sESD")
  69     {
  70       cout << "Skimmed ESD analysis not available on the grid!" << endl;
  71       return;
  72     }
  73   }
  74   else
  75     cout << "-- using local analysis.\n";
  76
  77
  78   // Load necessary libraries
  79   LoadLibs();
  80
  81   // Create analysis manager
  82   AliAnalysisManager* mgr = new AliAnalysisManager(uniqueName);
  83
  84   // Check type of input and create handler for it
  85   TString localFiles("-1");
  86   if(usedData == "AOD")
  87   {
  88     localFiles = "files_aod.txt";
  89     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros/train/AddAODHandler.C");
  90     AliAODInputHandler* aodH = AddAODHandler();
  91   }
  92   else if((usedData == "ESD") || (usedData == "sESD"))
  93   {
  94     if (usedData == "ESD")
  95       localFiles = "files_esd.txt";
  96     else
  97       localFiles = "files_sesd.txt";
  98
  99     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros/train/AddESDHandler.C");
 100     AliESDInputHandler* esdH = AddESDHandler();
 101   }
 102   else
 103   {
 104     cout << "Data type not recognized! You have to specify ESD, AOD, or sESD!\n";
 105   }
 106
 107   if(!useGrid)
 108     cout << "Using " << localFiles.Data() << " as input file list.\n";
 109
 110   // Create MC handler, if MC is demanded
 111   if (isMC && (usedData != "AOD"))
 112   {
 113     AliMCEventHandler* mcH = new AliMCEventHandler();
 114     mcH->SetPreReadMode(AliMCEventHandler::kLmPreRead);
 115     mcH->SetReadTR(kTRUE);
 116     mgr->SetMCtruthEventHandler(mcH);
 117   }
 118
 119   // ################# Now: Add some basic tasks
 120
 121   // Physics selection task
 122   gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG/EMCAL/macros/AddTaskEmcalPhysicsSelection.C");
 123   AliPhysicsSelectionTask *physSelTask = AddTaskEmcalPhysicsSelection(kTRUE, kTRUE, pSel, 5, 5, 10, kTRUE, -1, -1, -1, -1);
 124
 125   if (!physSelTask)
 126   {
 127     cout << "no physSelTask";
 128     return;
 129   }
 130
 131   // Centrality task
 132   if (usedData == "ESD") {
 133     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/OADB/macros/AddTaskCentrality.C");
 134     AliCentralitySelectionTask *centralityTask = AddTaskCentrality(kTRUE);
 135   }
 136
 137   // Compatibility task, only needed for skimmed ESD
 138   if (usedData == "sESD") {
 139     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG/EMCAL/macros/AddTaskEmcalCompat.C");
 140     AliEmcalCompatTask *comptask = AddTaskEmcalCompat();
 141   }
 142
 143   // Setup task
 144   gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG/EMCAL/macros/AddTaskEmcalSetup.C");
 145   AliEmcalSetupTask *setupTask = AddTaskEmcalSetup();
 146   setupTask->SetGeoPath("$ALICE_ROOT/OADB/EMCAL");
 147
 148   // Tender Supplies
 149   if (useTender) {
 150     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG/EMCAL/macros/AddTaskEmcalPreparation.C");
 151     //adjust pass when running locally. On grid give empty string, will be picked up automatically from path to ESD/AOD file
 152     AliAnalysisTaskSE *clusm = AddTaskEmcalPreparation(runPeriod,"pass1");
 153   }
 154
 155   // Names of the different objects passed around; these are the default names; added here mostly for documentation purposes
 156   // rhoName is only set if the background subtraction is switched on (doBkg)
 157   TString tracksName = "AODFilterTracks";
 158   TString clustersName = "EmcCaloClusters";
 159
 160   // ################# Now: Call jet preparation macro (picotracks, hadronic corrected caloclusters, ...)
 161   gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG/EMCAL/macros/AddTaskMatchingChain.C");
 162   AddTaskMatchingChain(runPeriod,pSel,
 163                        clustersName,1.,kTRUE,
 164                        0.1,kTRUE,kTRUE);
 165
 166   // ################# Now: Add analysis task
 167   // Here you can put in your AddTaskMacro for your task
 168   gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG/EMCAL/macros/AddTaskEmcalSample.C");
 169   AliAnalysisTaskEmcalSample* anaTask = AddTaskEmcalSample(tracksName, clustersName, 4);
 170
 171   // Set the physics selection for all given tasks
 172   TObjArray *toptasks = mgr->GetTasks();
 173   for (Int_t i=0; i<toptasks->GetEntries(); ++i)
 174   {
 175     AliAnalysisTaskSE *task = dynamic_cast<AliAnalysisTaskSE*>(toptasks->At(i));
 176     if (!task)
 177       continue;
 178     if (task->InheritsFrom("AliPhysicsSelectionTask"))
 179       continue;
 180     ::Info("setPSel", "Set physics selection for %s (%s)", task->GetName(), task->ClassName());
 181     task->SelectCollisionCandidates(pSel);
 182   }
 183
 184   mgr->SetUseProgressBar(1, 25);
 185
 186   if (!mgr->InitAnalysis())
 187     return;
 188   mgr->PrintStatus();
 189
 190   if (useGrid)
 191   {  // GRID CALCULATION
 192
 193     AliAnalysisGrid *plugin = CreateAlienHandler(uniqueName, gridDir, gridMode, runNumbers, pattern, additionalCXXs, additionalHs, maxFilesPerWorker, workerTTL, isMC);
 194     mgr->SetGridHandler(plugin);
 195
 196     // start analysis
 197     cout << "Starting GRID Analysis...";
 198     mgr->SetDebugLevel(0);
 199     mgr->StartAnalysis("grid",10);
 200   }
 201   else
 202   {  // LOCAL CALCULATION
 203
 204     TChain* chain = 0;
 205     if (usedData == "AOD")
 206     {
 207       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG/EMCAL/macros/CreateAODChain.C");
 208       chain = CreateAODChain(localFiles.Data(), numLocalFiles);
 209     }
 210     else
 211     {  // ESD or skimmed ESD
 212       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG/EMCAL/macros/CreateESDChain.C");
 213       chain = CreateESDChain(localFiles.Data(), numLocalFiles);
 214     }
 215
 216     // start analysis
 217     cout << "Starting LOCAL Analysis...";
 218     mgr->SetDebugLevel(2);
 219     mgr->StartAnalysis("local", chain);
 220   }
 221 }
 222
 223 //______________________________________________________________________________
 224 void LoadLibs()
 225 {
 226   // Load common libraries (better too many than too few)
 227   gSystem->Load("libTree");
 228   gSystem->Load("libVMC");
 229   gSystem->Load("libGeom");
 230   gSystem->Load("libGui");
 231   gSystem->Load("libXMLParser");
 232   gSystem->Load("libMinuit");
 233   gSystem->Load("libMinuit2");
 234   gSystem->Load("libProof");
 235   gSystem->Load("libPhysics");
 236   gSystem->Load("libSTEERBase");
 237   gSystem->Load("libESD");
 238   gSystem->Load("libAOD");
 239   gSystem->Load("libOADB");
 240   gSystem->Load("libANALYSIS");
 241   gSystem->Load("libCDB");
 242   gSystem->Load("libRAWDatabase");
 243   gSystem->Load("libSTEER");
 244   gSystem->Load("libEVGEN");
 245   gSystem->Load("libANALYSISalice");
 246   gSystem->Load("libCORRFW");
 247   gSystem->Load("libTOFbase");
 248   //gSystem->Load("libTOFrec");
 249   gSystem->Load("libRAWDatabase");
 250   gSystem->Load("libRAWDatarec");
 251   gSystem->Load("libTPCbase");
 252   gSystem->Load("libTPCrec");
 253   gSystem->Load("libITSbase");
 254   gSystem->Load("libITSrec");
 255   gSystem->Load("libTRDbase");
 256   gSystem->Load("libTender");
 257   gSystem->Load("libSTAT");
 258   gSystem->Load("libTRDrec");
 259   gSystem->Load("libHMPIDbase");
 260   gSystem->Load("libPWGPP");
 261   gSystem->Load("libPWGHFbase");
 262   gSystem->Load("libPWGDQdielectron");
 263   gSystem->Load("libPWGHFhfe");
 264   gSystem->Load("libEMCALUtils");
 265   gSystem->Load("libPHOSUtils");
 266   gSystem->Load("libPWGCaloTrackCorrBase");
 267   gSystem->Load("libEMCALraw");
 268   gSystem->Load("libEMCALbase");
 269   gSystem->Load("libEMCALrec");
 270   gSystem->Load("libTRDbase");
 271   gSystem->Load("libVZERObase");
 272   gSystem->Load("libVZEROrec");
 273   gSystem->Load("libTender");
 274   gSystem->Load("libTenderSupplies");
 275   gSystem->Load("libPWGTools");
 276   gSystem->Load("libPWGEMCAL");
 277   gSystem->Load("libESDfilter");
 278   gSystem->Load("libPWGGAEMCALTasks");
 279   gSystem->Load("libPWGCFCorrelationsBase");
 280   gSystem->Load("libPWGCFCorrelationsDPhi");
 281
 282   // include paths
 283   gSystem->AddIncludePath("-Wno-deprecated");
 284   gSystem->AddIncludePath("-I$ALICE_ROOT -I$ALICE_ROOT/include -I$ALICE_ROOT/EMCAL");
 285   gSystem->AddIncludePath("-I$ALICE_ROOT/PWGDQ/dielectron -I$ALICE_ROOT/PWGHF/hfe");
 286 }
 287
 288 AliAnalysisGrid* CreateAlienHandler(const char* uniqueName, const char* gridDir, const char* gridMode, const char* runNumbers,
 289                                      const char* pattern, TString additionalCode, TString additionalHeaders, Int_t maxFilesPerWorker,
 290                                      Int_t workerTTL, Bool_t isMC)
 291 {
 292   TDatime currentTime;
 293   TString tmpName(uniqueName);
 294
 295   // Only add current date and time when not in terminate mode! In this case the exact name has to be supplied by the user
 296   if(strcmp(gridMode, "terminate"))
 297   {
 298     tmpName += "_";
 299     tmpName += currentTime.GetDate();
 300     tmpName += "_";
 301     tmpName += currentTime.GetTime();
 302   }
 303
 304   TString tmpAdditionalLibs("");
 305   tmpAdditionalLibs = Form("libTree.so libVMC.so libGeom.so libGui.so libXMLParser.so libMinuit.so libMinuit2.so libProof.so libPhysics.so libSTEERBase.so libESD.so libAOD.so libOADB.so libANALYSIS.so libCDB.so libRAWDatabase.so libSTEER.so libANALYSISalice.so libCORRFW.so libTOFbase.so libRAWDatabase.so libRAWDatarec.so libTPCbase.so libTPCrec.so libITSbase.so libITSrec.so libTRDbase.so libTender.so libSTAT.so libTRDrec.so libHMPIDbase.so libPWGPP.so libPWGHFbase.so libPWGDQdielectron.so libPWGHFhfe.so libEMCALUtils.so libPHOSUtils.so libPWGCaloTrackCorrBase.so libEMCALraw.so libEMCALbase.so libEMCALrec.so libTRDbase.so libVZERObase.so libVZEROrec.so libTender.so libTenderSupplies.so libESDfilter.so libPWGTools.so libPWGEMCAL.so libPWGGAEMCALTasks.so libPWGCFCorrelationsBase.so libPWGCFCorrelationsDPhi.so %s %s",additionalCode.Data(),additionalHeaders.Data());
 306
 307
 308   TString macroName("");
 309   TString execName("");
 310   TString jdlName("");
 311   macroName = Form("%s.C", tmpName.Data());
 312   execName = Form("%s.sh", tmpName.Data());
 313   jdlName = Form("%s.jdl", tmpName.Data());
 314
 315   AliAnalysisAlien *plugin = new AliAnalysisAlien();
 316   plugin->SetOverwriteMode();
 317   plugin->SetRunMode(gridMode);
 318
 319   // Here you can set the (Ali)ROOT version you want to use
 320   plugin->SetAPIVersion("V1.1x");
 321   plugin->SetROOTVersion("v5-34-08-6");
 322   plugin->SetAliROOTVersion("vAN-20140525");
 323
 324   plugin->SetGridDataDir(gridDir); // e.g. "/alice/sim/LHC10a6"
 325   plugin->SetDataPattern(pattern); //dir structure in run directory
 326   if (!isMC)
 327    plugin->SetRunPrefix("000");
 328
 329   plugin->AddRunList(runNumbers);
 330
 331   plugin->SetGridWorkingDir(Form("work/%s",tmpName.Data()));
 332   plugin->SetGridOutputDir("output"); // In this case will be $HOME/work/output
 333
 334   plugin->SetAnalysisSource(additionalCode.Data());
 335   plugin->SetAdditionalLibs(tmpAdditionalLibs.Data());
 336
 337   plugin->SetDefaultOutputs(kTRUE);
 338   //plugin->SetMergeExcludes("");
 339   plugin->SetAnalysisMacro(macroName.Data());
 340   plugin->SetSplitMaxInputFileNumber(maxFilesPerWorker);
 341   plugin->SetExecutable(execName.Data());
 342   plugin->SetTTL(workerTTL);
 343   plugin->SetInputFormat("xml-single");
 344   plugin->SetJDLName(jdlName.Data());
 345   plugin->SetPrice(1);
 346   plugin->SetSplitMode("se");
 347   plugin->SetNtestFiles(1);
 348
 349   return plugin;
 350 }