PWG1/PilotTrain/PilotAnalysis_sim.C

   1 #include "Riostream.h"
   2 void LoadLibraries();
   3 void AddAnalysisTasks();
   4 class AliAnalysisAlien;
   5 AliAnalysisAlien* CreateAlienHandler(const char *plugin_mode);
   6
   7 Int_t runNumbers[5] = {117222};
   8
   9 Bool_t doAOD          = 0;
  10 Bool_t doQAsym        = 1;   // output ok
  11 Bool_t doVZERO        = 1;   // output ok but there is a 2nd file
  12 Bool_t doVertex       = 1;   // output ok
  13 Bool_t doSPD          = 1;   // output ok, needs RP
  14 Bool_t doFMD          = 1;   // output ok
  15 Bool_t doTPC          = 1;   // output ok
  16 Bool_t doEventStat    = 0;   // output ok
  17 Bool_t doSDD          = 1;   // outout ok needs RP
  18 Bool_t doSSDdEdx      = 1;   // testing
  19 // new
  20 Bool_t doTRD          = 1;   // TRD
  21 Bool_t doITS          = 1;   // ITS
  22 Bool_t doCALO         = 1;   // Calorimeter
  23 Bool_t doMUONTrig     = 1;   // MUON trigger
  24 Bool_t doImpParRes    = 1;   // Impact parameter resolution
  25 Bool_t doMUON         = 1;   // MUON QA
  26
  27 Bool_t doMUONEff      = 0;   // MUON efficiency  NEEDS geometry
  28 Bool_t doV0           = 0;   // V0 recosntruction performance NEEDS MCtruth
  29
  30 TString     train_name         = "QA";
  31 //TString     train_name         = "TR019_PASS6";
  32 TString     job_tag            = "QA16sim_LHC10d: PWG1 QA train";
  33 //TString     job_tag            = "TR019: LHC09d-Pass6 ESD filtering w. PhysSelection -> AOD (including muon deltas)";
  34 TString     root_version       = "v5-26-00b-6";
  35 TString     aliroot_version    = "v4-20-01-AN";
  36 TString     grid_datadir       = " /alice/sim/LHC10c9";
  37 //TString     grid_datadir       = "/alice/data/2009/LHC09d";
  38 //TString     data_pattern       = "*ESDs/pass2/*ESDs.root";
  39 TString     data_pattern       = "*ESDs.root";
  40 TString     alien_outdir       = "";
  41 //TString     alien_outdir       = "/alice/cern.ch/user/m/mgheata/analysisDATA/output_QA007_PASS1_7TeV/000114917";
  42 //TString     alien_outdir       = "/alice/data/2009/LHC09d/analysis/PASS6/AOD";
  43 TString     mergeExcludes;
  44
  45 Bool_t useProductionMode       = kTRUE;
  46 Bool_t useMergeViaJDL          = kTRUE;
  47 Bool_t useFastReadOption       = kTRUE;
  48 Bool_t useOverwriteMode        = kTRUE;
  49 Bool_t useDevelopmentVersion   = kFALSE;
  50
  51 void PilotAnalysis(const char *plugin_mode = "full")
  52 {
  53   TGrid::Connect("alien://");
  54   if (!gGrid || !gGrid->IsConnected()) {
  55     ::Error("PilotAnalysis", "No grid connection");
  56     return;
  57   }
  58   // Write configuration
  59   TString cdir = gSystem->WorkingDirectory();
  60   gSystem->MakeDirectory(train_name);
  61   gSystem->ChangeDirectory(train_name);
  62   ofstream out;
  63   out.open(Form("%sConfig.C",train_name.Data()), ios::out);
  64   out << "{" << endl;
  65   out << "   train_name      = " << "\"" << train_name.Data() << "\";" << endl;
  66   out << "   root_version    = " << "\"" << root_version.Data() << "\";" << endl;
  67   out << "   aliroot_version = " << "\"" << aliroot_version.Data() << "\";" << endl;
  68   out << "   grid_datadir   = " << "\"" << grid_datadir.Data() << "\";" << endl;
  69   if (!alien_outdir.Length()) alien_outdir = Form("output_%s",train_name.Data());
  70   out << "   alien_outdir    = " << "\"" << alien_outdir.Data() << "\";" << endl;
  71   out << "   doAOD           = " << doAOD << ";" << endl;
  72   out << "   doQAsim         = " << doQAsym << ";" << endl;
  73   out << "   doVZERO         = " << doVZERO << ";" << endl;
  74   out << "   doVertex        = " << doVertex << ";" << endl;
  75   out << "   doSPD           = " << doSPD << ";" << endl;
  76   out << "   doSDD           = " << doSDD << ";" << endl;
  77   out << "   doSSDdEdx       = " << doSSDdEdx << ";" << endl;
  78   out << "   doFMD           = " << doFMD << ";" << endl;
  79   out << "   doTPC           = " << doTPC << ";" << endl;
  80   out << "   doTRD           = " << doTRD << ";" << endl;
  81   out << "   doImpParRes     = " << doImpParRes << ";" << endl;
  82   out << "   doMUON          = " << doMUON << ";" << endl;
  83   out << "   doEventStat     = " << doEventStat << ";" << endl;
  84   out << "}" << endl;
  85   out.close();
  86
  87   // Load libraries
  88   gSystem->SetIncludePath("-I. -I$ROOTSYS/include -I$ALICE_ROOT/include -I$ALICE_ROOT -I$ALICE_ROOT/ITS -I$ALICE_ROOT/TRD");
  89   LoadLibraries();
  90   // Create manager
  91   AliAnalysisManager *mgr  = new AliAnalysisManager("PilotAnalysis", "Production train");
  92   mgr->SetNSysInfo(100);
  93   // Input handler
  94   AliESDInputHandlerRP *esdHandler = new AliESDInputHandlerRP();
  95   esdHandler->SetReadFriends(kTRUE);
  96   esdHandler->SetActiveBranches("ESDfriend");
  97   mgr->SetInputEventHandler(esdHandler);
  98   if (doAOD) {
  99      // AOD output handler
 100      AliAODHandler* aodHandler   = new AliAODHandler();
 101      aodHandler->SetOutputFileName("AliAOD.root");
 102      if (!mergeExcludes.IsNull()) mergeExcludes += " ";
 103      mergeExcludes += "AliAOD.root";
 104      mgr->SetOutputEventHandler(aodHandler);
 105   }
 106
 107   mgr->SetDebugLevel(0);
 108   mgr->SetSaveCanvases(kTRUE);
 109
 110   // AnalysisTasks
 111   AddAnalysisTasks();
 112   // Grid handler
 113   AliAnalysisAlien *alienHandler = CreateAlienHandler(plugin_mode);
 114   mgr->SetGridHandler(alienHandler);
 115   if (mgr->InitAnalysis()) {
 116     mgr->PrintStatus();
 117     mgr->StartAnalysis("grid");
 118     TString alien_workdir = gGrid->GetHomeDirectory();
 119     alien_workdir += "analysisDATA";
 120     TString configName = Form("%s/%sConfig.C", alien_workdir.Data(), train_name.Data());
 121     if (strcmp(plugin_mode, "test")) {
 122       printf("=== Registering configuration file <%s>===\n", configName.Data());
 123       if (AliAnalysisAlien::FileExists(configName.Data())) gGrid->Rm(configName.Data());
 124       TFile::Cp(Form("file:%sConfig.C",train_name.Data()), Form("alien://%s", configName.Data()));
 125     }
 126   }
 127 }
 128
 129 void LoadLibraries()
 130 {
 131   gSystem->Load("libANALYSIS");
 132   gSystem->Load("libANALYSISalice");
 133   gSystem->Load("libCORRFW");
 134   gSystem->Load("libTENDER");
 135   gSystem->Load("libPWG0base.so");
 136   gSystem->Load("libPWG0dep.so");
 137   gSystem->Load("libPWG0selectors.so");
 138   gSystem->Load("libPWG1.so");
 139   gSystem->Load("libPWG2.so");
 140   gSystem->Load("libPWG2forward.so");
 141
 142   if (doCALO) {
 143      gSystem->Load("libEMCALUtils");
 144      gSystem->Load("libPWG4PartCorrBase");
 145      gSystem->Load("libPWG4PartCorrDep");
 146   }
 147   if(doMUONTrig || doAOD) {
 148      gSystem->Load("libPWG3base");
 149      gSystem->Load("libPWG3muon");
 150      gSystem->Load("libPWG3muondep");
 151   }
 152 }
 153
 154 void AddAnalysisTasks()
 155 {
 156   AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
 157   mgr->SetCommonFileName("QAresults.root");
 158   // AOD creation with collision events
 159   if (doAOD) {
 160     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros/AddTaskESDFilter.C");
 161     mgr->RegisterExtraFile("AliAOD.Muons.root");
 162     mgr->RegisterExtraFile("AliAOD.Dimuons.root");
 163     AliAnalysisTaskESDfilter *taskesdfilter = AddTaskESDFilter(kFALSE, kTRUE, kTRUE, doEventStat);
 164   }
 165   //
 166   // Event Statistics (Jan Fiete)
 167   //
 168
 169   if (doEventStat) {
 170       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros/AddTaskPhysicsSelection.C");
 171       AliPhysicsSelectionTask* physSelTask = AddTaskPhysicsSelection();
 172 //      if (doMUON) physSelTask->GetPhysicsSelection()->SetUseMuonTriggers();
 173       mgr->RegisterExtraFile("event_stat.root");
 174   }
 175   // Vertexing (A. Dainese)
 176   //
 177   if (doVertex) {
 178     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG1/macros/AddTaskVertexESD.C");
 179     AliAnalysisTaskVertexESD* taskvertexesd =  AddTaskVertexESD();
 180     taskvertexesd->SelectCollisionCandidates();
 181   }
 182
 183   // TPC QA (E. Sicking)
 184   //
 185   if (doQAsym) {
 186     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG1/PilotTrain/AddTaskQAsym.C");
 187     AliAnalysisTaskSE * taskqasim = AddTaskQAsym(0);
 188     taskqasim->SelectCollisionCandidates();
 189   }
 190   //
 191   // VZERO QA  (C. Cheshkov)
 192   //
 193   if (doVZERO) {
 194     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG1/PilotTrain/AddTaskVZEROQA.C");
 195     AliAnalysisTaskSE * taskv0qa = AddTaskVZEROQA(0);
 196 //  taskv0qa->SelectCollisionCandidates();
 197   }
 198   //
 199   // TPC (Jacek Otwinowski)
 200   //
 201   if (doTPC) {
 202     gROOT->LoadMacro("$(ALICE_ROOT)/PWG1/TPC/macros/AddTaskPerformanceTPCQA.C");
 203     AliPerformanceTask *tpcQA = AddTaskPerformanceTPCQA(kFALSE, kTRUE);
 204   }
 205   //
 206   // SPD (A. Mastroserio)
 207   //
 208   if (doSPD) {
 209     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG1/PilotTrain/AddTaskSPDQA.C");
 210     AliAnalysisTaskSE* taskspdqa = AddTaskSPDQA();
 211     taskspdqa->SelectCollisionCandidates();
 212   }
 213   //
 214   // SDD (F. Prino)
 215   //
 216   if (doSDD) {
 217     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG1/PilotTrain/AddSDDPoints.C");
 218     AliAnalysisTaskSE* tasksdd = AddSDDPoints();
 219     tasksdd->SelectCollisionCandidates();
 220   }
 221   //
 222   // SSD dEdx (Marek Chojnacki)
 223   //
 224   if (doSSDdEdx) {
 225     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG1/PilotTrain/AddTaskdEdxSSDQA.C");
 226     AliAnalysisTaskSE* taskssddedx = AddTaskdEdxSSDQA();
 227     taskssddedx->SelectCollisionCandidates();
 228   }
 229
 230   //
 231   // ITS
 232   //
 233   if (doITS) {
 234       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG1/macros/AddTaskPerformanceITS.C");
 235       AliAnalysisTaskITSTrackingCheck *itsQA = AddTaskPerformanceITS(kFALSE);
 236   }
 237   //
 238   // TRD (Alex Bercuci, M. Fasel)
 239   //
 240   if(doTRD) {
 241       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG1/macros/AddTrainPerformanceTRD.C");
 242       // steer individual TRD tasks
 243       Bool_t
 244       doCheckESD(kTRUE),  // AliTRDcheckESD
 245       doCheckDET(kTRUE),  // AliTRDcheckDET
 246       doEffic(kTRUE),     // AliTRDefficiency
 247       doResolution(kTRUE),// AliTRDresolution
 248       doCheckPID(kTRUE),  // AliTRDcheckPID
 249       doV0Monitor(kFALSE);// AliTRDv0Monitor
 250       AddTrainPerformanceTRD(Translate(doCheckESD, doCheckDET, doEffic, doResolution, doCheckPID, doV0Monitor));
 251   }
 252
 253   //
 254   // Calorimetry (Gustavo Conesa)
 255   //
 256
 257   if(doCALO) {
 258       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/QA/AddTaskCalorimeterQA.C");
 259       AliAnalysisTaskParticleCorrelation *taskCaloQA = AddTaskCalorimeterQA("ESD", kTRUE, kFALSE);
 260       taskCaloQA->SetDebugLevel(0);
 261   }
 262
 263   //
 264   // Muon Trigger
 265   //
 266
 267   if(doMUONTrig) {
 268       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG1/macros/AddTaskMTRchamberEfficiency.C");
 269       AliAnalysisTaskTrigChEff *taskMuonTrig = AddTaskMTRchamberEfficiency();
 270   }
 271
 272   //
 273   // Muon Efficiency
 274   //
 275
 276   if(doMUONEff) {
 277       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG3/muondep/AddTaskMUONTrackingEfficiency.C");
 278       AliAnalysisTaskMuonTrackingEff *taskMuonTrackEff = AddTaskMUONTrackingEfficiency();
 279   }
 280
 281   //
 282   // V0-Decay Reconstruction (Ana Marin)
 283   //
 284
 285   if (doV0) {
 286       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG1/macros/AddTaskV0QA.C");
 287       AliAnalysisTaskV0QA *taskv0QA = AddTaskV0QA(kFALSE);
 288   }
 289   // FMD (Hans Hjersing Dalsgaard)
 290   //
 291   if (doFMD) {
 292     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG1/PilotTrain/AddTaskFMD.C");
 293     AliAnalysisTaskSE* taskfmd = AddTaskFMD();
 294     taskfmd->SelectCollisionCandidates();
 295   }
 296   // Impact parameter resolution (xianbao.yuan@pd.infn.it, andrea.dainese@pd.infn.it)
 297   //
 298   if (doImpParRes) {
 299     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG1/macros/AddTaskImpParRes.C");
 300     AliAnalysisTaskSE* taskimpparres= AddTaskImpParRes();
 301     taskimpparres->SelectCollisionCandidates();
 302   }
 303   // MUON QA (Philippe Pillot)
 304   //
 305   if (doMUON) {
 306     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG3/muon/AddTaskMuonQA.C");
 307     AliAnalysisTaskSE* taskmuonqa= AddTaskMuonQA(kFALSE, kFALSE);
 308   }
 309 }
 310
 311 //______________________________________________________________________________
 312 AliAnalysisAlien* CreateAlienHandler(const char *plugin_mode)
 313 {
 314 // Check if user has a valid token, otherwise make one. This has limitations.
 315 // One can always follow the standard procedure of calling alien-token-init then
 316 //   source /tmp/gclient_env_$UID in the current shell.
 317    if (!AliAnalysisGrid::CreateToken()) return NULL;
 318    AliAnalysisAlien *plugin = new AliAnalysisAlien();
 319 // Set the run mode (can be "full", "test", "offline", "submit" or "terminate")
 320    plugin->SetRunMode(plugin_mode);
 321    if (useProductionMode) plugin->SetProductionMode();
 322    plugin->SetJobTag(job_tag);
 323    plugin->SetNtestFiles(1);
 324 // Set versions of used packages
 325    plugin->SetAPIVersion("V1.1x");
 326    plugin->SetROOTVersion(root_version);
 327    plugin->SetAliROOTVersion(aliroot_version);
 328 // Declare input data to be processed.
 329 // Method 1: Create automatically XML collections using alien 'find' command.
 330 // Define production directory LFN
 331    plugin->SetGridDataDir(grid_datadir);
 332 // Set data search pattern
 333    plugin->SetDataPattern(data_pattern);
 334 // ...then add run numbers to be considered
 335 //   if (!iAODanalysis) plugin->SetRunRange(run_range[0], run_range[1]);
 336    //plugin->SetRunPrefix("000");
 337 //   plugin->SetOutputSingleFolder("output");
 338    plugin->SetOutputToRunNo();
 339 //   Int_t run_numbers[30] = {104065, 104155, 104157, 104159, 104160, 104315, 104316, 104320, 104321, 104439,
 340 //                            104792, 104793, 104799, 104800, 104801, 104802, 104803, 104821, 104824, 104825,
 341 //                            104841, 104845, 104849, 104852, 104865, 104867, 104876, 104892, 105143, 105160};
 342 //   Int_t run_numbers[8] = {114785, 114778, 114757, 114753, 114745, 114744, 114743, 114737};
 343 //   Int_t run_numbers[2] = {114785, 114917};
 344    for (Int_t i=0; i<2; i++) {
 345       if (!runNumbers[i]) break;
 346       plugin->AddRunNumber(runNumbers[i]);
 347    }
 348 // Define alien work directory where all files will be copied. Relative to alien $HOME.
 349    plugin->SetGridWorkingDir(train_name);
 350 // Declare alien output directory. Relative to working directory.
 351    if (alien_outdir.IsNull()) alien_outdir = Form("output_%s",train_name.Data());
 352    plugin->SetGridOutputDir(alien_outdir);
 353
 354    if (useDevelopmentVersion) {
 355      plugin->EnablePackage("STEERBase");
 356      plugin->EnablePackage("ESD");
 357      plugin->EnablePackage("AOD");
 358      plugin->EnablePackage("ANALYSIS");
 359      plugin->EnablePackage("ANALYSISalice");
 360    }
 361
 362 // Declare the analysis source files names separated by blancs. To be compiled runtime
 363 // using ACLiC on the worker nodes.
 364 // Declare all libraries (other than the default ones for the framework. These will be
 365 // loaded by the generated analysis macro. Add all extra files (task .cxx/.h) here.
 366    plugin->AddIncludePath("-I. -I$ROOTSYS/include -I$ALICE_ROOT/include -I$ALICE_ROOT/ITS -I$ALICE_ROOT/TRD");
 367
 368    plugin->SetAdditionalLibs("libTENDER.so libPWG0base.so libPWG0dep.so libPWG0selectors.so libPWG1.so libPWG2.so \
 369                               libPWG2forward.so libEMCALUtils.so libPWG4PartCorrBase.so libPWG4PartCorrDep.so \
 370                               libPWG3base.so libPWG3muon.so libPWG3muondep.so");
 371
 372 // Declare the output file names separated by blancs.
 373 // (can be like: file.root or file.root@ALICE::Niham::File)
 374    plugin->SetDefaultOutputs();
 375 //   plugin->SetMergeExcludes(mergeExclude);
 376    plugin->SetMaxMergeFiles(20);
 377    plugin->SetNrunsPerMaster(1);
 378 // Optionally define the files to be archived.
 379 //   plugin->SetOutputArchive("log_archive.zip:stdout,stderr@ALICE::NIHAM::File root_archive.zip:AliAOD.root,AOD.tag.root@ALICE::NIHAM::File");
 380
 381    // Put default output files to archive
 382    TString listhists = "";
 383    TString listaods  = "";
 384    AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
 385    TIter next(mgr->GetOutputs());
 386    AliAnalysisDataContainer *output;
 387    while ((output=(AliAnalysisDataContainer*)next())) {
 388       const char *filename = output->GetFileName();
 389       if (!(strcmp(filename, "default"))) {
 390          if (!mgr->GetOutputEventHandler()) continue;
 391          filename = mgr->GetOutputEventHandler()->GetOutputFileName();
 392          if (listaods.Length()) listaods += ",";
 393          listaods += filename;
 394       } else {
 395          if (listhists.Contains(filename)) continue;
 396          if (listhists.Length()) listhists += ",";
 397          listhists += filename;
 398       }
 399    }
 400    if (mgr->GetExtraFiles().Length()) {
 401       if (listhists.Length()) listhists += ",";
 402       listhists += mgr->GetExtraFiles();
 403       listhists.ReplaceAll(" ", ",");
 404    }
 405    if (listhists.Length()) listhists = Form("hist_archive.zip:%s", listhists.Data());
 406    if (listaods.Length())  listaods  = Form("aod_archive.zip:%s", listaods.Data());
 407    if (!listhists.Length()) {
 408       ::Fatal("AnalysisTrainNew", "No task output !");
 409    }
 410    TString outputArchive = "log_archive.zip:stdout,stderr@disk=4";
 411    if (listaods.Length()) {
 412       outputArchive += " ";
 413       outputArchive += listaods;
 414       outputArchive += "@disk=4";
 415    }
 416    if (listhists.Length()) {
 417       outputArchive += " ";
 418       outputArchive += listhists;
 419       outputArchive += "@disk=4";
 420    }
 421    if (!mergeExcludes.IsNull()) plugin->SetMergeExcludes(mergeExcludes);
 422 // Set friends
 423 //   if (iAODanalysis && iPWG3d2h)
 424 //      plugin->SetFriendChainName("AliAOD.VertexingHF.root");
 425 //   plugin->SetOutputArchive(outputArchive);
 426 // Optionally set a name for the generated analysis macro (default MyAnalysis.C)
 427    plugin->SetAnalysisMacro(Form("%s.C", train_name.Data()));
 428 // Optionally set maximum number of input files/subjob (default 100, put 0 to ignore)
 429    plugin->SetSplitMaxInputFileNumber(10);
 430 // Optionally set number of failed jobs that will trigger killing waiting sub-jobs.
 431 //   plugin->SetMaxInitFailed(5);
 432 // Optionally resubmit threshold.
 433 //   plugin->SetMasterResubmitThreshold(90);
 434 // Optionally set time to live (default 30000 sec)
 435    plugin->SetTTL(70000);
 436 // Optionally set input format (default xml-single)
 437    plugin->SetInputFormat("xml-single");
 438 // Optionally modify the name of the generated JDL (default analysis.jdl)
 439    plugin->SetJDLName(Form("%s.jdl", train_name.Data()));
 440 // Optionally modify the executable name (default analysis.sh)
 441    plugin->SetExecutable(Form("%s.sh", train_name.Data()));
 442 // Optionally modify job price (default 1)
 443    plugin->SetPrice(1);
 444 // Optionally modify split mode (default 'se')
 445    plugin->SetSplitMode("se");
 446    plugin->SetExecutableCommand("aliroot -b -q");
 447 // Merge via JDL
 448    plugin->SetMergeViaJDL(useMergeViaJDL);
 449 // Use fastread option
 450    plugin->SetFastReadOption(useFastReadOption);
 451 // UseOverwrite mode
 452    plugin->SetOverwriteMode(useOverwriteMode);
 453    return plugin;
 454 }