PWG3/vertexingHF/RunAnalysisAODVertexingHF.C

   1 class AliAnalysisGrid;
   2 class AliAnalysisAlien;
   3
   4 void RunAnalysisAODVertexingHF()
   5 {
   6   //
   7   // Test macro for AliAnalysisTaskSE's for heavy-flavour candidates
   8   // It has the structure of a Analysis Train:
   9   // - in this macro, change things related to running mode
  10   //   and input preparation
  11   // - add your task using a AddTaskXXX macro
  12   //
  13   // A.Dainese, andrea.dainese@lnl.infn.it
  14   // "grid" mode added by R.Bala, bala@to.infn.it
  15   //
  16
  17
  18   gSystem->SetIncludePath("-I. -I$ROOTSYS/include -I$ALICE_ROOT -I$ALICE_ROOT/include -I$ALICE_ROOT/ITS -I$ALICE_ROOT/TPC -I$ALICE_ROOT/CONTAINERS -I$ALICE_ROOT/STEER -I$ALICE_ROOT/TRD -I$ALICE_ROOT/macros -I$ALICE_ROOT/ANALYSIS -I$ALICE_ROOT/PWG3 -I$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF -g");
  19   //
  20   TString trainName = "D2H";
  21   TString analysisMode = "grid"; // "local", "grid", or "proof"
  22   TString inputMode    = "list"; // "list", "xml", or "dataset"
  23   Long64_t nentries=123567890,firstentry=0;
  24   Bool_t useParFiles=kFALSE;
  25   Bool_t useAlienPlugin=kTRUE;
  26   TString pluginmode="test";
  27   Bool_t saveProofToAlien=kFALSE;
  28   TString proofOutdir = "";
  29   TString loadMacroPath="$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF/macros/";
  30   //TString loadMacroPath="./"; // this is normally needed for CAF
  31   //
  32
  33   if(analysisMode=="grid") {
  34     // Connect to AliEn
  35     TGrid::Connect("alien://");
  36   } else if(analysisMode=="proof") {
  37     // Connect to the PROOF cluster
  38     if(inputMode!="dataset") {printf("Input mode must be dataset, for proof analysis\n"); return;}
  39     gEnv->SetValue("XSec.GSI.DelegProxy","2");
  40     TProof::Open("alicecaf");
  41     //TProof::Reset("alicecaf");
  42     if(saveProofToAlien) {
  43       TGrid::Connect("alien://");
  44       if(gGrid) {
  45         TString homedir = gGrid->GetHomeDirectory();
  46         TString workdir = homedir + trainName;
  47         if(!gGrid->Cd(workdir)) {
  48           gGrid->Cd(homedir);
  49           if(gGrid->Mkdir(workdir)) {
  50             gGrid->Cd(trainName);
  51             ::Info("VertexingTrain::Connect()", "Directory %s created", gGrid->Pwd());
  52           }
  53         }
  54         gGrid->Mkdir("proof_output");
  55         gGrid->Cd("proof_output");
  56         proofOutdir = Form("alien://%s", gGrid->Pwd());
  57       }
  58     }
  59   }
  60
  61
  62   // AliRoot libraries
  63   if(analysisMode=="local" || analysisMode=="grid") {
  64     TString loadLibraries="LoadLibraries.C"; loadLibraries.Prepend(loadMacroPath.Data());
  65     gROOT->LoadMacro(loadLibraries.Data());
  66     LoadLibraries(useParFiles);
  67   } else if (analysisMode=="proof") {
  68     gSystem->Load("libTree.so");
  69     gSystem->Load("libGeom.so");
  70     gSystem->Load("libPhysics.so");
  71     gSystem->Load("libVMC.so");
  72     gSystem->Load("libMinuit.so");
  73     // Enable the needed packages
  74     //gProof->ClearPackages();
  75     TString parDir="/afs/cern.ch/user/d/dainesea/code/";
  76     TString parFile;
  77     if(!useParFiles) {
  78       gProof->UploadPackage("AF-v4-17");
  79       gProof->EnablePackage("AF-v4-17");
  80       // --- Enable the PWG3vertexingHF Package
  81       parFile="PWG3vertexingHF.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
  82       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
  83       gProof->EnablePackage("PWG3vertexingHF");
  84     } else {
  85       // --- Enable the STEERBase Package
  86       parFile="STEERBase.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
  87       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
  88       gProof->EnablePackage("STEERBase");
  89       // --- Enable the ESD Package
  90       parFile="ESD.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
  91       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
  92       gProof->EnablePackage("ESD");
  93       // --- Enable the AOD Package
  94       parFile="AOD.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
  95       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
  96       gProof->EnablePackage("AOD");
  97       // --- Enable the ANALYSIS Package
  98       parFile="ANALYSIS.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
  99       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 100       gProof->EnablePackage("ANALYSIS");
 101       // --- Enable the ANALYSISalice Package
 102       parFile="ANALYSISalice.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 103       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 104       gProof->EnablePackage("ANALYSISalice");
 105       // --- Enable the CORRFW Package
 106       parFile="CORRFW.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 107       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 108       gProof->EnablePackage("CORRFW");
 109       // --- Enable the PWG3base Package
 110       parFile="PWG3base.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 111       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 112       gProof->EnablePackage("PWG3base");
 113       // --- Enable the PWG3vertexingHF Package
 114       parFile="PWG3vertexingHF.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 115       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 116       gProof->EnablePackage("PWG3vertexingHF");
 117       // --- Enable the PWG3muon Package
 118       parFile="PWG3muon.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 119       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 120       gProof->EnablePackage("PWG3muon");
 121     }
 122     gProof->ShowEnabledPackages(); // show a list of enabled packages
 123   }
 124
 125
 126   // Create Alien plugin, if requested
 127   if(useAlienPlugin) {
 128     if(analysisMode!="grid") {printf("Analysis mode must be grid, to use alien plugin\n"); return;}
 129     AliAnalysisGrid *alienHandler = CreateAlienHandler(pluginmode,useParFiles);
 130     if(!alienHandler) return;
 131   }
 132
 133
 134   //-------------------------------------------------------------------
 135   // Prepare input
 136   TChain *chainAOD = 0;
 137   TString dataset; // for proof
 138
 139   if(!useAlienPlugin) {
 140     TString makeAODInputChain="MakeAODInputChain.C"; makeAODInputChain.Prepend(loadMacroPath.Data());
 141     if(inputMode=="list") {
 142       // Local files
 143       gROOT->LoadMacro(makeAODInputChain.Data());
 144       chainAOD = MakeAODInputChain();// with this it reads ./AliAOD.root and ./AliAOD.VertexingHF.root
 145       //chainAOD = MakeAODInputChain("alien:///alice/cern.ch/user/r/rbala/newtrain/out_lhc08x/180100/",1,1);
 146       printf("ENTRIES %d\n",chainAOD->GetEntries());
 147     } else if(inputMode=="xml") {
 148       // xml
 149       gROOT->LoadMacro(makeAODInputChain.Data());
 150       chainAOD = MakeAODInputChain("collection_aod.xml","collection_aodHF.xml");
 151     } else if(inputMode=="dataset") {
 152       // CAF dataset
 153       //gProof->ShowDataSets();
 154       dataset="/ITS/dainesea/AODVertexingHF_LHC08x_180100";
 155     }
 156   }
 157
 158   // Create the analysis manager
 159   AliAnalysisManager *mgr  = new AliAnalysisManager("My Manager","My Manager");
 160   mgr->SetDebugLevel(10);
 161   // Connect plug-in to the analysis manager
 162   if(useAlienPlugin) mgr->SetGridHandler(alienHandler);
 163
 164   // Input
 165   AliAODInputHandler *inputHandler = new AliAODInputHandler();
 166   if(analysisMode=="proof" ) {
 167     inputHandler->AddFriend("./AliAOD.VertexingHF.root");
 168     //inputHandler->AddFriend("deltas/AliAOD.VertexingHF.root");
 169     if(saveProofToAlien) mgr->SetSpecialOutputLocation(proofOutdir);
 170   }
 171   mgr->SetInputEventHandler(inputHandler);
 172   //-------------------------------------------------------------------
 173
 174
 175   //-------------------------------------------------------------------
 176   // Analysis tasks (wagons of the train)
 177   //
 178   TString taskName;
 179
 180   ////// ADD THE FULL D2H TRAIN
 181   /*taskName="AddD2HTrain.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 182   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 183   Bool_t readMC=kFALSE;
 184   AddD2HTrain(readMC);//,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0);*/
 185
 186   ////// OR ADD INDIVIDUAL TASKS
 187
 188
 189   /*  taskName="AddTaskCompareHF.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 190     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 191     AliAnalysisTaskSECompareHF *cmpTask = AddTaskCompareHF();
 192   */
 193     taskName="AddTaskD0Mass.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 194     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 195     AliAnalysisTaskSED0Mass *d0massTask = AddTaskD0Mass();
 196     AliAnalysisTaskSED0Mass *d0massLikeSignTask = AddTaskD0Mass(1);
 197     /*
 198     taskName="AddTaskDplus.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 199     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 200     AliAnalysisTaskSEDplus *dplusTask = AddTaskDplus();
 201
 202     taskName="AddTaskDs.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 203     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 204     AliAnalysisTaskSEDs *dsTask = AddTaskDs();
 205
 206     //taskName="AddTaskSelectHF.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 207     //gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 208     //AliAnalysisTaskSESelectHF *seleTask = AddTaskSelectHF();
 209
 210     taskName="AddTaskBkgLikeSignD0.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 211     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 212     AliAnalysisTaskSEBkgLikeSignD0 *lsD0Task = AddTaskBkgLikeSignD0();
 213
 214     taskName="AddTaskBkgLikeSignJPSI.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 215     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 216     AliAnalysisTaskSEBkgLikeSignJPSI *lsJPSITask = AddTaskBkgLikeSignJPSI();
 217
 218     //taskName="AddTaskBtoJPSItoEle.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 219     //gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 220     //AliAnalysisTaskSEBtoJPSItoEle *jpsiTask = AddTaskBtoJPSItoEle();
 221
 222     taskName="AddTaskCFMultiVarMultiStep.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 223     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 224     AliCFHeavyFlavourTaskMultiVarMultiStep *cfmvmsTask = AddTaskCFMultiVarMultiStep();
 225
 226
 227     taskName="AddTaskSECharmFraction.C";
 228     taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 229     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 230     Int_t switchMC[5]={0,0,0,0,0};
 231     // arguments: filename,switchMC,readmc,usepid,likesign,cutfilename,containerprefix
 232     AliAnalysisTaskSECharmFraction *cFractTask = AddTaskSECharmFraction("standard",switchMC);
 233
 234     // attach a private task (not committed)
 235     // (the files MyTask.h MyTask.cxx AddMyTask.C have to be declared in plugin
 236     // configuration, see below)
 237
 238     if(analysisMode.Data()=="proof") {
 239     gProof->LoadMacro("MyTask.cxx++g");
 240     } else {
 241     gROOT->LoadMacro("MyTask.cxx++g");
 242     }
 243     gROOT->LoadMacro("AddMyTask.C");
 244     MyTask *myTask = AddMyTask();
 245
 246
 247     if(analysisMode.Data()=="proof") {
 248     gProof->LoadMacro("AliDStarJets.cxx++g");
 249     } else {
 250     gROOT->LoadMacro("AliDStarJets.cxx++g");
 251     }
 252     gROOT->LoadMacro("AddTaskDStarJets.C");
 253     AliDStarJets *myTask = AddTaskDStarJets();
 254   */
 255   //-------------------------------------------------------------------
 256
 257   //
 258   // Run the analysis
 259   //
 260   if(chainAOD) printf("CHAIN HAS %d ENTRIES\n",(Int_t)chainAOD->GetEntries());
 261
 262   if(!mgr->InitAnalysis()) return;
 263   mgr->PrintStatus();
 264   if(analysisMode=="grid" && !useAlienPlugin) analysisMode="local";
 265   if(analysisMode!="proof") {
 266     mgr->StartAnalysis(analysisMode.Data(),chainAOD,nentries,firstentry);
 267   } else {
 268     // proof
 269     mgr->StartAnalysis(analysisMode.Data(),dataset.Data(),nentries,firstentry);
 270   }
 271
 272   return;
 273 }
 274 //_____________________________________________________________________________
 275 //
 276 AliAnalysisGrid* CreateAlienHandler(TString pluginmode="test",Bool_t useParFiles=kFALSE)
 277 {
 278   // Check if user has a valid token, otherwise make one. This has limitations.
 279   // One can always follow the standard procedure of calling alien-token-init then
 280   //   source /tmp/gclient_env_$UID in the current shell.
 281    if (!AliAnalysisGrid::CreateToken()) return NULL;
 282    AliAnalysisAlien *plugin = new AliAnalysisAlien();
 283    // Set the run mode (can be "full", "test", "offline", "submit" or "terminate")
 284    plugin->SetRunMode(pluginmode.Data());
 285    plugin->SetUser("dainesea");
 286    plugin->SetNtestFiles(1);
 287    // Set versions of used packages
 288    plugin->SetAPIVersion("V1.1x");
 289    plugin->SetROOTVersion("v5-26-00b-6");
 290    plugin->SetAliROOTVersion("v4-19-18-AN");
 291    // Declare input data to be processed.
 292    // Method 1: Create automatically XML collections using alien 'find' command.
 293    // Define production directory LFN
 294    //  plugin->SetGridDataDir("/alice/cern.ch/user/r/rbala/data_pass4_good_runCINT1B_8thfeb/");
 295    //plugin->SetGridDataDir("/alice/sim/PDC_09/LHC09a4/AOD3/");
 296    // Set data search pattern
 297    plugin->SetGridDataDir("/alice/data/2010/LHC10b");
 298    plugin->SetDataPattern("pass2/AOD001/*AliAOD.root");
 299    plugin->SetFriendChainName("./AliAOD.VertexingHF.root");
 300    //plugin->SetFriendChainName("deltas/AliAOD.VertexingHF.root");
 301    // Adds only the good runs from the Monalisa Run Condition Table
 302    AddGoodRuns(plugin,"LHC10b");
 303    // ...then add run numbers to be considered
 304    // plugin->SetMaxMergeFiles(100);
 305    plugin->SetNrunsPerMaster(100);
 306    //plugin->SetNumberOfReplicas(2);
 307    //  or
 308    //plugin->SetRunRange(529000,529007);
 309    // Method 2: Declare existing data files (raw collections, xml collections, root file)
 310    // If no path mentioned data is supposed to be in the work directory (see SetGridWorkingDir())
 311    // XML collections added via this method can be combined with the first method if
 312    // the content is compatible (using or not tags)
 313    //plugin->AddDataFile("/alice/cern.ch/user/r/rbala/newtrain/collection/collection_aod_lhc08w.xml");
 314    //   plugin->AddDataFile("/alice/data/2008/LHC08c/000057657/raw/Run57657.Merged.RAW.tag.root");
 315    // Define alien work directory where all files will be copied. Relative to alien $HOME.
 316    plugin->SetGridWorkingDir("myHFanalysis");
 317    // Declare alien output directory. Relative to working directory.
 318    plugin->SetGridOutputDir("output"); // In this case will be $HOME/work/output
 319    // Declare the analysis source files names separated by blancs. To be compiled runtime
 320    // using ACLiC on the worker nodes.
 321    //plugin->SetAnalysisSource("AliDStarJets.cxx");
 322    // Declare all libraries (other than the default ones for the framework. These will be
 323    // loaded by the generated analysis macro. Add all extra files (task .cxx/.h) here.
 324    plugin->SetAdditionalLibs("libPWG3vertexingHF.so libPWG3base.so libPWG3muon.so");
 325    // use par files
 326    if(useParFiles) {
 327      plugin->EnablePackage("STEERBase.par");
 328      plugin->EnablePackage("ESD.par");
 329      plugin->EnablePackage("AOD.par");
 330      plugin->EnablePackage("ANALYSIS.par");
 331      plugin->EnablePackage("ANALYSISalice.par");
 332      plugin->EnablePackage("CORRFW.par");
 333      plugin->EnablePackage("PWG3base.par");
 334      plugin->EnablePackage("PWG3vertexingHF.par");
 335      plugin->EnablePackage("PWG3muon.par");
 336    }
 337    plugin->AddIncludePath("-I. -I$ROOTSYS/include -I$ALICE_ROOT -I$ALICE_ROOT/include -I$ALICE_ROOT/ITS -I$ALICE_ROOT/TPC -I$ALICE_ROOT/CONTAINERS -I$ALICE_ROOT/STEER -I$ALICE_ROOT/TRD -I$ALICE_ROOT/macros -I$ALICE_ROOT/ANALYSIS -I$ALICE_ROOT/PWG3 -I$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF -g");
 338    // Declare the output file names separated by blancs.
 339    // (can be like: file.root or file.root@ALICE::Niham::File)
 340    plugin->SetDefaultOutputs(kTRUE);
 341    //plugin->SetOutputFiles("output.root CmpHF.root CmpHFnt.root D0InvMass.root InvMassDplus.root InvMassDplus_nt1.root InvMassDplus_nt2.root");
 342    // Optionally define the files to be archived.
 343    //   plugin->SetOutputArchive("log_archive.zip:stdout,stderr@ALICE::NIHAM::File root_archive.zip:*.root@ALICE::NIHAM::File");
 344    //   plugin->SetOutputArchive("log_archive.zip:stdout,stderr");
 345    // Optionally set a name for the generated analysis macro (default MyAnalysis.C)
 346    plugin->SetAnalysisMacro("AnalysisHF.C");
 347    // Optionally set maximum number of input files/subjob (default 100, put 0 to ignore)
 348    plugin->SetSplitMaxInputFileNumber(10);
 349    // Optionally set number of failed jobs that will trigger killing waiting sub-jobs.
 350    //plugin->SetMaxInitFailed(5);
 351    // Optionally resubmit threshold.
 352    //plugin->SetMasterResubmitThreshold(90);
 353    // Optionally set time to live (default 30000 sec)
 354    //plugin->SetTTL(20000);
 355    // Optionally set input format (default xml-single)
 356    plugin->SetInputFormat("xml-single");
 357    // Optionally modify the name of the generated JDL (default analysis.jdl)
 358    plugin->SetJDLName("TaskHF.jdl");
 359    // Optionally modify job price (default 1)
 360    //plugin->SetPrice(1);
 361    // Optionally modify split mode (default 'se')
 362    plugin->SetSplitMode("se");
 363
 364
 365    return plugin;
 366 }
 367 //----------------------------------------------------------------------------
 368 void AddGoodRuns(AliAnalysisAlien* plugin,TString lhcPeriod) {
 369   //
 370   // Adds good runs from the Monalisa Run Condition Table
 371   //
 372   plugin->SetRunPrefix("000");
 373
 374   if(lhcPeriod=="LHC10b") {
 375     Int_t nruns=33;
 376     Int_t runlist[33]={117222, 117220, 117116, 117112, 117109, 117099, 117092, 117086, 117077, 117065, 117063, 117060, 117059, 117054, 117053, 117052, 117050, 117048, 116645, 116643, 116574, 116571, 116562, 116403, 116402, 116288, 116102, 115414, 115401, 115393, 115193, 115186, 114931};
 377
 378     for(Int_t k=0;k<nruns;k++){
 379       plugin->AddRunNumber(runlist[k]);
 380     }
 381     plugin->SetNrunsPerMaster(nruns);
 382   }
 383
 384   if(lhcPeriod=="LHC10c") {
 385     Int_t nruns=46;
 386     Int_t runlist[46]={120829, 120825, 120824, 120823, 120822, 120821, 120820, 120758, 120750, 120741, 120671, 120617, 120616, 120505, 120504, 120503, 120244, 120079, 120076, 120073, 120072, 120069, 120067, 119862, 119859, 119856, 119853, 119849, 119846, 119845, 119844, 119842, 119841, 119163, 119161, 119159, 119086, 119085, 119084, 119079, 119077, 119067, 119061, 119047, 119041, 119037};
 387
 388     for(Int_t k=0;k<nruns;k++){
 389       plugin->AddRunNumber(runlist[k]);
 390     }
 391     plugin->SetNrunsPerMaster(nruns);
 392   }
 393
 394   if(lhcPeriod=="LHC10dhighmu") { // only runs with high mu
 395     Int_t nruns=19;
 396     Int_t runlist[19]={124750, 124746, 124702, 124608, 124607, 124606, 124605, 124604, 124381, 124380, 124378, 124367, 124362, 124358, 124355, 124191, 124187, 122375, 122374};
 397
 398     for(Int_t k=0;k<nruns;k++){
 399       plugin->AddRunNumber(runlist[k]);
 400     }
 401     plugin->SetNrunsPerMaster(nruns);
 402   }
 403
 404   if(lhcPeriod=="LHC10d") { // runs with high mu excluded
 405     Int_t nruns=59;
 406     Int_t runlist[59]={126437, 126432, 126425, 126424, 126422, 126409, 126408, 126407, 126406, 126405, 126404, 126403, 126359, 126352, 126351, 126350, 126285, 126284, 126283, 126168, 126167, 126160, 126158, 126097, 126090, 126088, 126082, 126081, 126078, 126073, 126008, 126007, 126004, 125855, 125851, 125850, 125849, 125848, 125847, 125844, 125843, 125842, 125633, 125632, 125630, 125628, 125296, 125186, 125156, 125140, 125139, 125134, 125133, 125101, 125100, 125097, 125085, 125023, 124751};
 407
 408     for(Int_t k=0;k<nruns;k++){
 409       plugin->AddRunNumber(runlist[k]);
 410     }
 411     plugin->SetNrunsPerMaster(nruns);
 412   }
 413
 414
 415   return;
 416 }