PWG4/CaloCalib/AliAnalysisTaskEMCALClusterize.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15 /* $Id: $ */
  16
  17 //_________________________________________________________________________
  18 // This analysis provides a new list of clusters to be used in other analysis
  19 //
  20 // Author: Gustavo Conesa Balbastre,
  21 //         Adapted from analysis class from Deepa Thomas
  22 //
  23 //
  24 //_________________________________________________________________________
  25
  26 // --- Root ---
  27 #include "TString.h"
  28 #include "TRefArray.h"
  29 #include "TClonesArray.h"
  30 #include "TTree.h"
  31 #include "TGeoManager.h"
  32 #include "TROOT.h"
  33 #include "TInterpreter.h"
  34 #include "TFile.h"
  35
  36 // --- AliRoot Analysis Steering
  37 #include "AliAnalysisTask.h"
  38 #include "AliAnalysisManager.h"
  39 #include "AliESDEvent.h"
  40 #include "AliGeomManager.h"
  41 #include "AliVCaloCells.h"
  42 #include "AliAODCaloCluster.h"
  43 #include "AliCDBManager.h"
  44 #include "AliCDBStorage.h"
  45 #include "AliCDBEntry.h"
  46 #include "AliLog.h"
  47 #include "AliVEventHandler.h"
  48 #include "AliAODInputHandler.h"
  49
  50 // --- EMCAL
  51 #include "AliEMCALRecParam.h"
  52 #include "AliEMCALAfterBurnerUF.h"
  53 #include "AliEMCALGeometry.h"
  54 #include "AliEMCALClusterizerNxN.h"
  55 #include "AliEMCALClusterizerv1.h"
  56 #include "AliEMCALClusterizerv2.h"
  57 #include "AliEMCALRecPoint.h"
  58 #include "AliEMCALDigit.h"
  59 #include "AliCaloCalibPedestal.h"
  60 #include "AliEMCALCalibData.h"
  61 #include "AliEMCALRecoUtils.h"
  62
  63 #include "AliAnalysisTaskEMCALClusterize.h"
  64
  65 ClassImp(AliAnalysisTaskEMCALClusterize)
  66
  67 //________________________________________________________________________
  68 AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AliAnalysisTaskEMCALClusterize(const char *name)
  69   : AliAnalysisTaskSE(name)
  70   , fGeom(0), fGeomName("EMCAL_FIRSTYEARV1"),  fGeomMatrixSet(kFALSE), fLoadGeomMatrices(kFALSE)
  71   , fCalibData(0),       fPedestalData(0),     fOCDBpath("raw://"),    fAccessOCDB(kFALSE)
  72   , fDigitsArr(0),       fClusterArr(0),       fCaloClusterArr(0)
  73   , fRecParam(0),        fClusterizer(0),      fUnfolder(0),           fJustUnfold(kFALSE)
  74   , fOutputAODBranch(0), fOutputAODBranchName("newEMCALClusters")
  75   , fFillAODFile(kTRUE), fFillAODHeader(0),    fFillAODCaloCells(0)
  76   , fRun(-1),            fRecoUtils(0),        fConfigName("")
  77   , fCellLabels(),       fCellSecondLabels(),  fMaxEvent(1000000000)
  78
  79   {
  80   //ctor
  81   for(Int_t i = 0; i < 10;    i++)  fGeomMatrix[i] =  0;
  82     for(Int_t j = 0; j < 24*48*11; j++)  {
  83       fCellLabels[j]       = -1;
  84       fCellSecondLabels[j] = -1;
  85     }
  86   fDigitsArr       = new TClonesArray("AliEMCALDigit",200);
  87   fClusterArr      = new TObjArray(100);
  88   fCaloClusterArr  = new TObjArray(100);
  89   fRecParam        = new AliEMCALRecParam;
  90   fBranchNames     = "ESD:AliESDHeader.,EMCALCells.";
  91   fRecoUtils       = new AliEMCALRecoUtils();
  92 }
  93
  94 //________________________________________________________________________
  95 AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AliAnalysisTaskEMCALClusterize()
  96   : AliAnalysisTaskSE("DefaultAnalysis_AliAnalysisTaskEMCALClusterize")
  97   , fGeom(0), fGeomName("EMCAL_FIRSTYEARV1"),   fGeomMatrixSet(kFALSE), fLoadGeomMatrices(kFALSE)
  98   , fCalibData(0),        fPedestalData(0),     fOCDBpath("raw://"),    fAccessOCDB(kFALSE)
  99   , fDigitsArr(0),        fClusterArr(0),       fCaloClusterArr(0)
 100   , fRecParam(0),         fClusterizer(0),      fUnfolder(0),           fJustUnfold(kFALSE)
 101   , fOutputAODBranch(0),  fOutputAODBranchName("newEMCALClusters")
 102   , fFillAODFile(kFALSE), fFillAODHeader(0),    fFillAODCaloCells(0)
 103   , fRun(-1),             fRecoUtils(0),        fConfigName("")
 104   , fCellLabels(),        fCellSecondLabels(),  fMaxEvent(1000000000)
 105 {
 106   // Constructor
 107   for(Int_t i = 0; i < 10;    i++)  fGeomMatrix[i] =  0;
 108   for(Int_t j = 0; j < 24*48*11; j++)  {
 109     fCellLabels[j]       = -1;
 110     fCellSecondLabels[j] = -1;
 111   }
 112   fDigitsArr       = new TClonesArray("AliEMCALDigit",200);
 113   fClusterArr      = new TObjArray(100);
 114   fCaloClusterArr  = new TObjArray(100);
 115   fRecParam        = new AliEMCALRecParam;
 116   fBranchNames     = "ESD:AliESDHeader.,EMCALCells.";
 117   fRecoUtils       = new AliEMCALRecoUtils();
 118 }
 119
 120
 121 //________________________________________________________________________
 122 AliAnalysisTaskEMCALClusterize::~AliAnalysisTaskEMCALClusterize()
 123 {
 124   //dtor
 125
 126   if (fDigitsArr){
 127     fDigitsArr->Clear("C");
 128     delete fDigitsArr;
 129   }
 130
 131   if (fClusterArr){
 132     fClusterArr->Delete();
 133     delete fClusterArr;
 134   }
 135
 136   if (fCaloClusterArr){
 137     fCaloClusterArr->Delete();
 138     delete fCaloClusterArr;
 139   }
 140
 141   if(fClusterizer) delete fClusterizer;
 142   if(fUnfolder)    delete fUnfolder;
 143   if(fRecoUtils)   delete fRecoUtils;
 144
 145 }
 146
 147 //-------------------------------------------------------------------
 148 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::Init()
 149 {
 150   //Init analysis with configuration macro if available
 151
 152   if(gROOT->LoadMacro(fConfigName) >=0){
 153     printf("Configure analysis with %s\n",fConfigName.Data());
 154     AliAnalysisTaskEMCALClusterize *clus = (AliAnalysisTaskEMCALClusterize*)gInterpreter->ProcessLine("ConfigEMCALClusterize()");
 155     fGeomName         = clus->fGeomName;
 156     fLoadGeomMatrices = clus->fLoadGeomMatrices;
 157     fOCDBpath         = clus->fOCDBpath;
 158     fRecParam         = clus->fRecParam;
 159     fJustUnfold       = clus->fJustUnfold;
 160     fFillAODFile      = clus->fFillAODFile;
 161     fRecoUtils        = clus->fRecoUtils;
 162     fConfigName       = clus->fConfigName;
 163     fOutputAODBranchName = clus->fOutputAODBranchName;
 164     for(Int_t i = 0; i < 10; i++) fGeomMatrix[i] = clus->fGeomMatrix[i] ;
 165
 166   }
 167
 168 }
 169
 170 //-------------------------------------------------------------------
 171 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::UserCreateOutputObjects()
 172 {
 173   // Init geometry, create list of output clusters
 174
 175   fGeom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(fGeomName) ;
 176   if(fOutputAODBranchName.Length()!=0){
 177     fOutputAODBranch = new TClonesArray("AliAODCaloCluster", 0);
 178     fOutputAODBranch->SetName(fOutputAODBranchName);
 179     AddAODBranch("TClonesArray", &fOutputAODBranch);
 180   }
 181   else {
 182     AliFatal("fOutputAODBranchName not set\n");
 183   }
 184 }
 185
 186 //________________________________________________________________________
 187 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::FillAODCaloCells() {
 188   // Put calo cells in standard branch
 189   AliVEvent * event = InputEvent();
 190   AliVCaloCells &eventEMcells = *(event->GetEMCALCells());
 191   Int_t nEMcell = eventEMcells.GetNumberOfCells() ;
 192
 193   AliAODCaloCells &aodEMcells = *(AODEvent()->GetEMCALCells());
 194   aodEMcells.CreateContainer(nEMcell);
 195   aodEMcells.SetType(AliVCaloCells::kEMCALCell);
 196   Double_t calibFactor = 1.;
 197   for (Int_t iCell = 0; iCell < nEMcell; iCell++) {
 198     Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 199     fGeom->GetCellIndex(eventEMcells.GetCellNumber(iCell),imod,iTower,iIphi,iIeta);
 200     fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 201
 202     if(fRecoUtils->IsRecalibrationOn()){
 203       calibFactor = fRecoUtils->GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi);
 204     }
 205
 206     if(!fRecoUtils->GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi)){ //Channel is not declared as bad
 207       aodEMcells.SetCell(iCell,eventEMcells.GetCellNumber(iCell),eventEMcells.GetAmplitude(iCell)*calibFactor);
 208       //printf("GOOD channel\n");
 209     }
 210     else {
 211       aodEMcells.SetCell(iCell,eventEMcells.GetCellNumber(iCell),0);
 212       //printf("BAD channel\n");
 213     }
 214   }
 215   aodEMcells.Sort();
 216
 217 }
 218
 219 //________________________________________________________________________
 220 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::FillAODHeader() {
 221   //Put event header information in standard AOD branch
 222
 223   AliVEvent* event      = InputEvent();
 224   AliESDEvent* esdevent = dynamic_cast<AliESDEvent*> (event);
 225   AliAODEvent* aodevent = dynamic_cast<AliAODEvent*> (event);
 226
 227   Double_t pos[3]   ;
 228   Double_t covVtx[6];
 229   for (Int_t i = 0; i < 6; i++)  covVtx[i] = 0.;
 230
 231   AliAODHeader* header = AODEvent()->GetHeader();
 232   header->SetRunNumber(event->GetRunNumber());
 233
 234   if(esdevent){
 235     TTree* tree = fInputHandler->GetTree();
 236     if (tree) {
 237       TFile* file = tree->GetCurrentFile();
 238       if (file) header->SetESDFileName(file->GetName());
 239     }
 240   }
 241   else if (aodevent) header->SetESDFileName(aodevent->GetHeader()->GetESDFileName());
 242
 243   header->SetBunchCrossNumber(event->GetBunchCrossNumber());
 244   header->SetOrbitNumber(event->GetOrbitNumber());
 245   header->SetPeriodNumber(event->GetPeriodNumber());
 246   header->SetEventType(event->GetEventType());
 247
 248   //Centrality
 249   if(event->GetCentrality()){
 250     header->SetCentrality(new AliCentrality(*(event->GetCentrality())));
 251   }
 252   else{
 253     header->SetCentrality(0);
 254   }
 255
 256   //Trigger
 257   header->SetOfflineTrigger(fInputHandler->IsEventSelected()); // propagate the decision of the physics selection
 258   if      (esdevent) header->SetFiredTriggerClasses(esdevent->GetFiredTriggerClasses());
 259   else if (aodevent) header->SetFiredTriggerClasses(aodevent->GetFiredTriggerClasses());
 260   header->SetTriggerMask(event->GetTriggerMask());
 261   header->SetTriggerCluster(event->GetTriggerCluster());
 262   if(esdevent){
 263     header->SetL0TriggerInputs(esdevent->GetHeader()->GetL0TriggerInputs());
 264     header->SetL1TriggerInputs(esdevent->GetHeader()->GetL1TriggerInputs());
 265     header->SetL2TriggerInputs(esdevent->GetHeader()->GetL2TriggerInputs());
 266   }
 267   else if (aodevent){
 268     header->SetL0TriggerInputs(aodevent->GetHeader()->GetL0TriggerInputs());
 269     header->SetL1TriggerInputs(aodevent->GetHeader()->GetL1TriggerInputs());
 270     header->SetL2TriggerInputs(aodevent->GetHeader()->GetL2TriggerInputs());
 271   }
 272
 273   header->SetMagneticField(event->GetMagneticField());
 274   //header->SetMuonMagFieldScale(esdevent->GetCurrentDip()/6000.);
 275
 276   header->SetZDCN1Energy(event->GetZDCN1Energy());
 277   header->SetZDCP1Energy(event->GetZDCP1Energy());
 278   header->SetZDCN2Energy(event->GetZDCN2Energy());
 279   header->SetZDCP2Energy(event->GetZDCP2Energy());
 280   header->SetZDCEMEnergy(event->GetZDCEMEnergy(0),event->GetZDCEMEnergy(1));
 281
 282   Float_t diamxy[2]={event->GetDiamondX(),event->GetDiamondY()};
 283   Float_t diamcov[3];
 284   event->GetDiamondCovXY(diamcov);
 285   header->SetDiamond(diamxy,diamcov);
 286   if      (esdevent) header->SetDiamondZ(esdevent->GetDiamondZ(),esdevent->GetSigma2DiamondZ());
 287   else if (aodevent) header->SetDiamondZ(aodevent->GetDiamondZ(),aodevent->GetSigma2DiamondZ());
 288
 289   //
 290   //
 291   Int_t nVertices = 1 ;/* = prim. vtx*/;
 292   Int_t nCaloClus = event->GetNumberOfCaloClusters();
 293
 294   AODEvent()->ResetStd(0, nVertices, 0, 0, 0, nCaloClus, 0, 0);
 295
 296   // Access to the AOD container of vertices
 297   TClonesArray &vertices = *(AODEvent()->GetVertices());
 298   Int_t jVertices=0;
 299
 300   // Add primary vertex. The primary tracks will be defined
 301   // after the loops on the composite objects (V0, cascades, kinks)
 302   event->GetPrimaryVertex()->GetXYZ(pos);
 303   Float_t chi = 0;
 304   if      (esdevent){
 305     esdevent->GetPrimaryVertex()->GetCovMatrix(covVtx);
 306     chi = esdevent->GetPrimaryVertex()->GetChi2toNDF();
 307   }
 308   else if (aodevent){
 309     aodevent->GetPrimaryVertex()->GetCovMatrix(covVtx);
 310     chi = aodevent->GetPrimaryVertex()->GetChi2perNDF();//Different from ESD?
 311   }
 312
 313   AliAODVertex * primary = new(vertices[jVertices++])
 314   AliAODVertex(pos, covVtx, chi, NULL, -1, AliAODVertex::kPrimary);
 315   primary->SetName(event->GetPrimaryVertex()->GetName());
 316   primary->SetTitle(event->GetPrimaryVertex()->GetTitle());
 317
 318 }
 319
 320 //________________________________________________________________________
 321 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::UserExec(Option_t *)
 322 {
 323   // Main loop
 324   // Called for each event
 325
 326   AliAODInputHandler* aodIH = dynamic_cast<AliAODInputHandler*>((AliAnalysisManager::GetAnalysisManager())->GetInputEventHandler());
 327   Int_t eventN = Entry();
 328   if(aodIH)
 329     eventN = aodIH->GetReadEntry();
 330   //printf("Clusterizer --- Event %d-- \n",eventN);
 331
 332   if (eventN > fMaxEvent) return;
 333
 334   //Remove the contents of output list set in the previous event
 335   fOutputAODBranch->Clear("C");
 336
 337 //  if(fOutputAODBranchName.Length()!=0){
 338 //    //Remove the contents of output list set in the previous event
 339 //    fOutputAODBranch->Clear("C");
 340 //  }
 341 //  else{
 342 //    //Reset and put new clusters in standard branch, also cells
 343 //    AODEvent()->ResetStd(0, 1, 0, 0, 0, AODEvent()->GetNumberOfCaloClusters(), 0, 0);
 344 //    fOutputAODBranch = AODEvent()->GetCaloClusters();// Put new clusters in standard branch
 345 //  }
 346
 347   //Magic line to write events to AOD file
 348   AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetOutputEventHandler()->SetFillAOD(fFillAODFile);
 349   LoadBranches();
 350
 351
 352   //Init pointers, clusterizer, ocdb
 353   if(fAccessOCDB) AccessOCDB();
 354   InitClusterization();
 355
 356   //Get the event
 357   AliVEvent   * event    = 0;
 358   AliESDEvent * esdevent = 0;
 359
 360   //Fill output event with headerø
 361
 362   //Check if input event are embedded events
 363   //If so, take output event
 364   if (aodIH && aodIH->GetMergeEvents()) {
 365     //printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::UserExec() - Use embedded events\n");
 366     event  = AODEvent();
 367
 368     if(!aodIH->GetMergeEMCALCells())
 369       AliFatal("Events merged but not EMCAL cells, check analysis settings!");
 370
 371 //    printf("InputEvent  N Clusters %d, N Cells %d\n",InputEvent()->GetNumberOfCaloClusters(),
 372 //           InputEvent()->GetEMCALCells()->GetNumberOfCells());
 373 //    printf("MergedEvent  N Clusters %d, N Cells %d\n",aodIH->GetEventToMerge()->GetNumberOfCaloClusters(),
 374 //           aodIH->GetEventToMerge()->GetEMCALCells()->GetNumberOfCells());
 375 //    printf("OutputEvent N Clusters %d, N Cells %d\n", AODEvent()->GetNumberOfCaloClusters(),
 376 //           AODEvent()->GetEMCALCells()->GetNumberOfCells());
 377
 378   }
 379   else {
 380     event =  InputEvent();
 381     esdevent = dynamic_cast<AliESDEvent*>(InputEvent());
 382     if(fFillAODCaloCells) FillAODCaloCells();
 383     if(fFillAODHeader)    FillAODHeader();
 384   }
 385
 386   if (!event) {
 387     Error("UserExec","Event not available");
 388     return;
 389   }
 390
 391   //-------------------------------------------------------------------------------------
 392   //Set the geometry matrix, for the first event, skip the rest
 393   //-------------------------------------------------------------------------------------
 394   if(!fGeomMatrixSet){
 395     if(fLoadGeomMatrices){
 396       for(Int_t mod=0; mod < (fGeom->GetEMCGeometry())->GetNumberOfSuperModules(); mod++){
 397         if(fGeomMatrix[mod]){
 398           if(DebugLevel() > 1)
 399             fGeomMatrix[mod]->Print();
 400           fGeom->SetMisalMatrix(fGeomMatrix[mod],mod) ;
 401         }
 402         fGeomMatrixSet=kTRUE;
 403       }//SM loop
 404     }//Load matrices
 405     else if(!gGeoManager){
 406       Info("UserExec","Get geo matrices from data");
 407       //Still not implemented in AOD, just a workaround to be able to work at least with ESDs
 408       if(!strcmp(event->GetName(),"AliAODEvent")) {
 409         if(DebugLevel() > 1)
 410           Warning("UserExec","Use ideal geometry, values geometry matrix not kept in AODs.");
 411       }//AOD
 412       else {
 413         if(DebugLevel() > 1)
 414           Info("UserExec","AliAnalysisTaskEMCALClusterize Load Misaligned matrices.");
 415         AliESDEvent* esd = dynamic_cast<AliESDEvent*>(event) ;
 416         if(!esd) {
 417           Error("UserExec","This event does not contain ESDs?");
 418           return;
 419         }
 420         for(Int_t mod=0; mod < (fGeom->GetEMCGeometry())->GetNumberOfSuperModules(); mod++){
 421           if(DebugLevel() > 1)
 422             esd->GetEMCALMatrix(mod)->Print();
 423           if(esd->GetEMCALMatrix(mod)) fGeom->SetMisalMatrix(esd->GetEMCALMatrix(mod),mod) ;
 424         }
 425         fGeomMatrixSet=kTRUE;
 426       }//ESD
 427     }//Load matrices from Data
 428
 429     //Recover time dependent corrections, put then in recalibration histograms. Do it once
 430     fRecoUtils->SetTimeDependentCorrections(InputEvent()->GetRunNumber());
 431
 432   }//first event
 433
 434   //Get the list of cells needed for unfolding and reclustering
 435   AliVCaloCells *cells= event->GetEMCALCells();
 436   Int_t nClustersOrg = 0;
 437   //-------------------------------------------
 438   //---------Unfolding clusters----------------
 439   //-------------------------------------------
 440   if (fJustUnfold) {
 441
 442     //Fill the array with the EMCAL clusters, copy them
 443     for (Int_t i = 0; i < event->GetNumberOfCaloClusters(); i++)
 444     {
 445       AliVCluster *clus = event->GetCaloCluster(i);
 446       if(clus->IsEMCAL()){
 447         //printf("Org Cluster %d, E %f\n",i, clus->E());
 448
 449         //recalibrate/remove bad channels/etc if requested
 450         if(fRecoUtils->ClusterContainsBadChannel(fGeom,clus->GetCellsAbsId(), clus->GetNCells())){
 451           //printf("Remove cluster\n");
 452           continue;
 453         }
 454
 455         if(fRecoUtils->IsRecalibrationOn()){
 456           //printf("Energy before %f ",clus->E());
 457           fRecoUtils->RecalibrateClusterEnergy(fGeom, clus, cells);
 458           //printf("; after %f\n",clus->E());
 459         }
 460         //Cast to ESD or AOD, needed to create the cluster array
 461         AliESDCaloCluster * esdCluster = dynamic_cast<AliESDCaloCluster*> (clus);
 462         AliAODCaloCluster * aodCluster = dynamic_cast<AliAODCaloCluster*> (clus);
 463         if     (esdCluster){
 464           fCaloClusterArr->Add( new AliESDCaloCluster(*esdCluster) );
 465         }//ESD
 466         else if(aodCluster){
 467           fCaloClusterArr->Add( new AliAODCaloCluster(*aodCluster) );
 468         }//AOD
 469         else
 470           Warning("UserExec()"," - Wrong CaloCluster type?");
 471         nClustersOrg++;
 472       }
 473     }
 474
 475     //Do the unfolding
 476     fUnfolder->UnfoldClusters(fCaloClusterArr, cells);
 477
 478     //CLEAN-UP
 479     fUnfolder->Clear();
 480
 481
 482     //printf("nClustersOrg %d\n",nClustersOrg);
 483   }
 484   //-------------------------------------------
 485   //---------- Recluster cells ----------------
 486   //-------------------------------------------
 487
 488   else{
 489     //-------------------------------------------------------------------------------------
 490     //Transform CaloCells into Digits
 491     //-------------------------------------------------------------------------------------
 492
 493     //In case of MC, first loop on the clusters and fill MC label to array
 494     //.....................................................................
 495
 496 //    for(Int_t j = 0; j < 24*48*11; j++)  {
 497 //      if(fCellLabels[j]!=-1) printf("Not well initialized cell %d, label %d\n",j,fCellLabels[j]) ;
 498 //    }
 499
 500     Int_t nClusters = event->GetNumberOfCaloClusters();
 501     if(aodIH && aodIH->GetEventToMerge())  //Embedding
 502       nClusters = aodIH->GetEventToMerge()->GetNumberOfCaloClusters(); //Get clusters directly from embedded signal
 503     for (Int_t i = 0; i < nClusters; i++)
 504     {
 505       AliVCluster *clus = 0;
 506       if(aodIH && aodIH->GetEventToMerge()) //Embedding
 507         clus = aodIH->GetEventToMerge()->GetCaloCluster(i); //Get clusters directly from embedded signal
 508       else
 509         clus = event->GetCaloCluster(i);
 510
 511       if(!clus) {
 512         printf("AliEMCALReclusterize::UserExec() - No Clusters\n");
 513         return;
 514       }
 515
 516       if(clus->IsEMCAL()){
 517         //printf("Cluster Signal %d, energy %f\n",clus->GetID(),clus->E());
 518         Int_t label = clus->GetLabel();
 519         Int_t label2 = -1 ;
 520         if (clus->GetNLabels()>=2) label2 = clus->GetLabelAt(1) ;
 521         UShort_t * index    = clus->GetCellsAbsId() ;
 522         for(Int_t icell=0; icell < clus->GetNCells(); icell++ ){
 523           fCellLabels[index[icell]]=label;
 524           fCellSecondLabels[index[icell]]=label2;
 525           //printf("1) absID %d, label[0] %d label[1] %d\n",index[icell], fCellLabels[index[icell]],fCellSecondLabels[index[icell]]);
 526         }
 527         nClustersOrg++;
 528       }
 529     }
 530
 531     // Create digits
 532     //.................
 533     Int_t idigit =  0;
 534     Int_t id     = -1;
 535     Float_t amp  = -1;
 536     Float_t time = -1;
 537
 538     Double_t cellAmplitude = 0;
 539     Double_t cellTime      = 0;
 540     Short_t  cellNumber    = 0;
 541
 542     TTree *digitsTree = new TTree("digitstree","digitstree");
 543     digitsTree->Branch("EMCAL","TClonesArray", &fDigitsArr, 32000);
 544
 545
 546     for (Int_t icell = 0; icell < cells->GetNumberOfCells(); icell++)
 547     {
 548       if (cells->GetCell(icell, cellNumber, cellAmplitude, cellTime) != kTRUE)
 549         break;
 550
 551       time = cellTime;
 552       amp  = cellAmplitude;
 553       id   = cellNumber;
 554
 555       Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 556       fGeom->GetCellIndex(id,imod,iTower,iIphi,iIeta);
 557       fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 558
 559       //Do not include bad channels found in analysis?
 560       if( fRecoUtils->IsBadChannelsRemovalSwitchedOn() &&
 561           fRecoUtils->GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi)){
 562           fCellLabels[id]=-1; //reset the entry in the array for next event
 563         //printf("Remove channel %d\n",id);
 564         continue;
 565       }
 566
 567       //Recalibrate?
 568       if(fRecoUtils->IsRecalibrationOn()){
 569         //printf("CalibFactor %f times %f for id %d\n",fRecoUtils->GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi),amp,id);
 570         amp *=fRecoUtils->GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi);
 571       }
 572
 573       //Create the digit, put a fake primary deposited energy to trick the clusterizer when checking the most likely primary
 574       new((*fDigitsArr)[idigit]) AliEMCALDigit( fCellLabels[id], fCellLabels[id],id, amp, time,AliEMCALDigit::kHG,idigit, 0, 0, 1);
 575       //if(fCellLabels[id]>=0)printf("2) Digit cell %d, label %d\n",id,fCellLabels[id]) ;
 576       //else                  printf("2) Digit cell %d, no label, amp %f \n",id,amp) ;
 577       fCellLabels[id]=-1; //reset the entry in the array for next event
 578
 579       //AliEMCALDigit *digit = (AliEMCALDigit*) fDigitsArr->New(idigit);
 580       //digit->SetId(id);
 581       //digit->SetAmplitude(amp);
 582       //digit->SetTime(time);
 583       //digit->SetTimeR(time);
 584       //digit->SetIndexInList(idigit);
 585       //digit->SetType(AliEMCALDigit::kHG);
 586
 587       //printf("Digit: Id %d, amp %f, time %e, index %d\n",id, amp,time,idigit);
 588       idigit++;
 589     }
 590
 591     //Fill the tree with digits
 592     digitsTree->Fill();
 593
 594     //-------------------------------------------------------------------------------------
 595     //Do the clusterization
 596     //-------------------------------------------------------------------------------------
 597     TTree *clustersTree = new TTree("clustertree","clustertree");
 598
 599     fClusterizer->SetInput(digitsTree);
 600     fClusterizer->SetOutput(clustersTree);
 601     fClusterizer->Digits2Clusters("");
 602
 603     //-------------------------------------------------------------------------------------
 604     //Transform the recpoints into AliVClusters
 605     //-------------------------------------------------------------------------------------
 606
 607     clustersTree->SetBranchStatus("*",0); //disable all branches
 608     clustersTree->SetBranchStatus("EMCALECARP",1); //Enable only the branch we need
 609
 610     TBranch *branch = clustersTree->GetBranch("EMCALECARP");
 611     branch->SetAddress(&fClusterArr);
 612     branch->GetEntry(0);
 613
 614     RecPoints2Clusters(fDigitsArr, fClusterArr, fCaloClusterArr);
 615
 616     //---CLEAN UP-----
 617     fClusterizer->Clear();
 618     fDigitsArr  ->Clear("C");
 619     fClusterArr ->Delete(); // Do not Clear(), it leaks, why?
 620
 621     clustersTree->Delete("all");
 622     digitsTree  ->Delete("all");
 623   }
 624
 625   //Recalculate track-matching for the new clusters, only with ESDs
 626   if(esdevent)fRecoUtils->FindMatches(esdevent,fCaloClusterArr);
 627
 628
 629   //-------------------------------------------------------------------------------------
 630   //Put the new clusters in the AOD list
 631   //-------------------------------------------------------------------------------------
 632
 633   Int_t kNumberOfCaloClusters   = fCaloClusterArr->GetEntries();
 634   //printf("New clusters %d, Org clusters %d\n",kNumberOfCaloClusters, nClustersOrg);
 635   for(Int_t i = 0; i < kNumberOfCaloClusters; i++){
 636     AliAODCaloCluster *newCluster = (AliAODCaloCluster *) fCaloClusterArr->At(i);
 637     //if(Entry()==0) Info("UserExec","newCluster E %f\n", newCluster->E());
 638
 639     //Add matched track, if any, only with ESDs
 640     if(esdevent){
 641       Int_t trackIndex = fRecoUtils->GetMatchedTrackIndex(i);
 642       if(trackIndex >= 0){
 643         newCluster->AddTrackMatched(event->GetTrack(trackIndex));
 644         if(DebugLevel() > 1)
 645           Info("UserExec","Matched Track index %d to new cluster %d \n",trackIndex,i);
 646       }
 647     }
 648
 649     //In case of new bad channels, recalculate distance to bad channels
 650     if(fRecoUtils->IsBadChannelsRemovalSwitchedOn()){
 651       //printf("DistToBad before %f ",newCluster->GetDistanceToBadChannel());
 652       fRecoUtils->RecalculateClusterDistanceToBadChannel(fGeom, event->GetEMCALCells(), newCluster);
 653       //printf("; after %f \n",newCluster->GetDistanceToBadChannel());
 654     }
 655
 656 //    if(newCluster->GetNLabels()>0){
 657 //      printf("3) MC: N labels %d, label %d ; ", newCluster->GetNLabels(), newCluster->GetLabel() );
 658 //      UShort_t * newindex    = newCluster->GetCellsAbsId() ;
 659 //      for(Int_t icell=0; icell < newCluster->GetNCells(); icell++ ){
 660 //       printf("\t absID %d\n",newindex[icell]);
 661 //     }
 662 //    }
 663
 664 //    printf("Cluster %d, energy %f\n",newCluster->GetID(),newCluster->E());
 665 //    printf("labels: ");
 666 //    for(UInt_t ilab = 0; ilab < newCluster->GetNLabels(); ilab++)
 667 //      printf("Label[%d]: %d ",ilab, newCluster->GetLabelAt(ilab));
 668 //     printf("\n ");
 669
 670     newCluster->SetID(i);
 671     new((*fOutputAODBranch)[i])  AliAODCaloCluster(*newCluster);
 672   }
 673
 674   //if(fOutputAODBranchName.Length()!=0)
 675   fOutputAODBranch->Expand(kNumberOfCaloClusters); // resize TObjArray to 'remove' slots
 676
 677   //---CLEAN UP-----
 678   fCaloClusterArr->Delete(); // Do not Clear(), it leaks, why?
 679 }
 680
 681 //_____________________________________________________________________
 682 Bool_t AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AccessOCDB()
 683 {
 684   //Access to OCDB stuff
 685
 686   AliVEvent * event = InputEvent();
 687   if (!event)
 688   {
 689     Warning("AccessOCDB","Event not available!!!");
 690     return kFALSE;
 691   }
 692
 693   if (event->GetRunNumber()==fRun)
 694     return kTRUE;
 695   fRun = event->GetRunNumber();
 696
 697   if(DebugLevel() > 1 )
 698     Info("AccessODCD()"," Begin");
 699
 700   //fGeom = AliEMCALGeometry::GetInstance(fGeomName);
 701
 702   AliCDBManager *cdb = AliCDBManager::Instance();
 703
 704
 705   if (fOCDBpath.Length()){
 706     cdb->SetDefaultStorage(fOCDBpath.Data());
 707     Info("AccessOCDB","Default storage %s",fOCDBpath.Data());
 708   }
 709
 710   cdb->SetRun(event->GetRunNumber());
 711
 712   //
 713   // EMCAL from RAW OCDB
 714   if (fOCDBpath.Contains("alien:"))
 715   {
 716     cdb->SetSpecificStorage("EMCAL/Calib/Data","alien://Folder=/alice/data/2010/OCDB");
 717     cdb->SetSpecificStorage("EMCAL/Calib/Pedestals","alien://Folder=/alice/data/2010/OCDB");
 718   }
 719
 720   TString path = cdb->GetDefaultStorage()->GetBaseFolder();
 721
 722   // init parameters:
 723
 724   //Get calibration parameters
 725   if(!fCalibData)
 726   {
 727     AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 728     AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Data");
 729
 730     if (entry) fCalibData =  (AliEMCALCalibData*) entry->GetObject();
 731   }
 732
 733   if(!fCalibData)
 734     AliFatal("Calibration parameters not found in CDB!");
 735
 736   //Get calibration parameters
 737   if(!fPedestalData)
 738   {
 739     AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 740     AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Pedestals");
 741
 742     if (entry) fPedestalData =  (AliCaloCalibPedestal*) entry->GetObject();
 743   }
 744
 745   if(!fPedestalData)
 746     AliFatal("Dead map not found in CDB!");
 747
 748   return kTRUE;
 749 }
 750
 751 //________________________________________________________________________________________
 752 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::InitClusterization()
 753 {
 754   //Select clusterization/unfolding algorithm and set all the needed parameters
 755
 756   if (fJustUnfold){
 757     // init the unfolding afterburner
 758     delete fUnfolder;
 759     fUnfolder =  new AliEMCALAfterBurnerUF(fRecParam->GetW0(),fRecParam->GetLocMaxCut());
 760     return;
 761  }
 762
 763   //First init the clusterizer
 764   delete fClusterizer;
 765   if     (fRecParam->GetClusterizerFlag() == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1)
 766     fClusterizer = new AliEMCALClusterizerv1 (fGeom, fCalibData, fPedestalData);
 767   else if(fRecParam->GetClusterizerFlag() == AliEMCALRecParam::kClusterizerv2)
 768     fClusterizer = new AliEMCALClusterizerv2(fGeom, fCalibData, fPedestalData);
 769   else if(fRecParam->GetClusterizerFlag() == AliEMCALRecParam::kClusterizerNxN)
 770     fClusterizer = new AliEMCALClusterizerNxN(fGeom, fCalibData, fPedestalData);
 771   else if(fRecParam->GetClusterizerFlag() > AliEMCALRecParam::kClusterizerv2) { //FIX this other way.
 772    AliEMCALClusterizerNxN *clusterizer = new AliEMCALClusterizerNxN(fGeom, fCalibData, fPedestalData);
 773    clusterizer->SetNRowDiff(2);
 774    clusterizer->SetNColDiff(2);
 775    fClusterizer = clusterizer;
 776   } else{
 777     AliFatal(Form("Clusterizer < %d > not available", fRecParam->GetClusterizerFlag()));
 778   }
 779
 780   //Now set the parameters
 781   fClusterizer->SetECAClusteringThreshold( fRecParam->GetClusteringThreshold() );
 782   fClusterizer->SetECALogWeight          ( fRecParam->GetW0()                  );
 783   fClusterizer->SetMinECut               ( fRecParam->GetMinECut()             );
 784   fClusterizer->SetUnfolding             ( fRecParam->GetUnfold()              );
 785   fClusterizer->SetECALocalMaxCut        ( fRecParam->GetLocMaxCut()           );
 786   fClusterizer->SetTimeCut               ( fRecParam->GetTimeCut()             );
 787   fClusterizer->SetTimeMin               ( fRecParam->GetTimeMin()             );
 788   fClusterizer->SetTimeMax               ( fRecParam->GetTimeMax()             );
 789   fClusterizer->SetInputCalibrated       ( kTRUE                               );
 790   fClusterizer->SetJustClusters          ( kTRUE                               );
 791   //In case of unfolding after clusterization is requested, set the corresponding parameters
 792   if(fRecParam->GetUnfold()){
 793     Int_t i=0;
 794     for (i = 0; i < 8; i++) {
 795       fClusterizer->SetSSPars(i, fRecParam->GetSSPars(i));
 796     }//end of loop over parameters
 797     for (i = 0; i < 3; i++) {
 798       fClusterizer->SetPar5  (i, fRecParam->GetPar5(i));
 799       fClusterizer->SetPar6  (i, fRecParam->GetPar6(i));
 800     }//end of loop over parameters
 801
 802     fClusterizer->InitClusterUnfolding();
 803   }// to unfold
 804 }
 805
 806 //________________________________________________________________________________________
 807 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters(TClonesArray *digitsArr, TObjArray *recPoints, TObjArray *clusArray)
 808 {
 809   // Restore clusters from recPoints
 810   // Cluster energy, global position, cells and their amplitude fractions are restored
 811
 812   for(Int_t i = 0; i < recPoints->GetEntriesFast(); i++)
 813   {
 814     AliEMCALRecPoint *recPoint = (AliEMCALRecPoint*) recPoints->At(i);
 815
 816     const Int_t ncells = recPoint->GetMultiplicity();
 817     Int_t ncells_true = 0;
 818
 819     // cells and their amplitude fractions
 820     UShort_t   absIds[ncells];
 821     Double32_t ratios[ncells];
 822
 823     for (Int_t c = 0; c < ncells; c++) {
 824       AliEMCALDigit *digit = (AliEMCALDigit*) digitsArr->At(recPoint->GetDigitsList()[c]);
 825
 826       absIds[ncells_true] = digit->GetId();
 827       ratios[ncells_true] = recPoint->GetEnergiesList()[c]/digit->GetAmplitude();
 828
 829       if (ratios[ncells_true] > 0.001) ncells_true++;
 830     }
 831
 832     if (ncells_true < 1) {
 833       Warning("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters", "skipping cluster with no cells");
 834       continue;
 835     }
 836
 837     TVector3 gpos;
 838     Float_t g[3];
 839
 840     // calculate new cluster position
 841     recPoint->EvalGlobalPosition(fRecParam->GetW0(), digitsArr);
 842     recPoint->GetGlobalPosition(gpos);
 843     gpos.GetXYZ(g);
 844
 845     // create a new cluster
 846     AliAODCaloCluster *clus = new AliAODCaloCluster();
 847     clus->SetType(AliVCluster::kEMCALClusterv1);
 848     clus->SetE(recPoint->GetEnergy());
 849     clus->SetPosition(g);
 850     clus->SetNCells(ncells_true);
 851     clus->SetCellsAbsId(absIds);
 852     clus->SetCellsAmplitudeFraction(ratios);
 853     clus->SetDispersion(recPoint->GetDispersion());
 854     clus->SetChi2(-1); //not yet implemented
 855     clus->SetTOF(recPoint->GetTime()) ; //time-of-flight
 856     clus->SetNExMax(recPoint->GetNExMax()); //number of local maxima
 857     Float_t elipAxis[2];
 858     recPoint->GetElipsAxis(elipAxis);
 859     clus->SetM02(elipAxis[0]*elipAxis[0]) ;
 860     clus->SetM20(elipAxis[1]*elipAxis[1]) ;
 861     clus->SetDistanceToBadChannel(recPoint->GetDistanceToBadTower());
 862
 863     //MC
 864     Int_t  parentMult  = 0;
 865     Int_t *parentList = recPoint->GetParents(parentMult);
 866     clus->SetLabel(parentList, parentMult);
 867
 868     //Write the second major contributor to each MC cluster.
 869     Int_t iNewLabel ;
 870     for ( Int_t iLoopCell = 0 ; iLoopCell < clus->GetNCells() ; iLoopCell++ ){
 871
 872       Int_t idCell = clus->GetCellAbsId(iLoopCell) ;
 873       if(idCell>=0){
 874         iNewLabel = 1 ; //iNewLabel makes sure we  don't write twice the same label.
 875         for ( UInt_t iLoopLabels = 0 ; iLoopLabels < clus->GetNLabels() ; iLoopLabels++ )
 876         {
 877           if ( fCellSecondLabels[idCell] == -1 )  iNewLabel = 0;  // -1 is never a good second label.
 878           if ( fCellSecondLabels[idCell] == clus->GetLabelAt(iLoopLabels) )  iNewLabel = 0;
 879         }
 880         if (iNewLabel == 1)
 881         {
 882           Int_t * newLabelArray = (Int_t*)malloc((clus->GetNLabels()+1)*sizeof(Int_t)) ;
 883           for ( UInt_t iLoopNewLabels = 0 ; iLoopNewLabels < clus->GetNLabels() ; iLoopNewLabels++ ){
 884             newLabelArray[iLoopNewLabels] = clus->GetLabelAt(iLoopNewLabels) ;
 885           }
 886
 887           newLabelArray[clus->GetNLabels()] = fCellSecondLabels[idCell] ;
 888           clus->SetLabel(newLabelArray,clus->GetNLabels()+1) ;
 889           delete [] newLabelArray;
 890         }
 891       }//positive cell number
 892     }
 893
 894     clusArray->Add(clus);
 895   } // recPoints loop
 896 }