PWG4/CaloCalib/AliAnalysisTaskEMCALClusterize.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15 /* $Id: $ */
  16
  17 //_________________________________________________________________________
  18 // This analysis provides a new list of clusters to be used in other analysis
  19 //
  20 // Author: Gustavo Conesa Balbastre,
  21 //         Adapted from analysis class from Deepa Thomas
  22 //
  23 //
  24 //_________________________________________________________________________
  25
  26 // --- Root ---
  27 #include "TString.h"
  28 #include "TRefArray.h"
  29 #include "TClonesArray.h"
  30 #include "TTree.h"
  31 #include "TGeoManager.h"
  32 #include "TROOT.h"
  33 #include "TInterpreter.h"
  34 #include "TFile.h"
  35 //#include "string.h"
  36
  37 // --- AliRoot Analysis Steering
  38 #include "AliAnalysisTask.h"
  39 #include "AliAnalysisManager.h"
  40 #include "AliESDEvent.h"
  41 #include "AliGeomManager.h"
  42 #include "AliVCaloCells.h"
  43 #include "AliAODCaloCluster.h"
  44 #include "AliCDBManager.h"
  45 #include "AliCDBStorage.h"
  46 #include "AliCDBEntry.h"
  47 #include "AliLog.h"
  48 #include "AliVEventHandler.h"
  49 #include "AliAODInputHandler.h"
  50
  51 // --- EMCAL
  52 #include "AliEMCALRecParam.h"
  53 #include "AliEMCALAfterBurnerUF.h"
  54 #include "AliEMCALGeometry.h"
  55 #include "AliEMCALClusterizerNxN.h"
  56 #include "AliEMCALClusterizerv1.h"
  57 #include "AliEMCALClusterizerv2.h"
  58 #include "AliEMCALRecPoint.h"
  59 #include "AliEMCALDigit.h"
  60 #include "AliCaloCalibPedestal.h"
  61 #include "AliEMCALCalibData.h"
  62 #include "AliEMCALRecoUtils.h"
  63
  64 #include "AliAnalysisTaskEMCALClusterize.h"
  65
  66 ClassImp(AliAnalysisTaskEMCALClusterize)
  67
  68 //________________________________________________________________________
  69 AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AliAnalysisTaskEMCALClusterize(const char *name)
  70   : AliAnalysisTaskSE(name)
  71   , fGeom(0),               fGeomName("EMCAL_COMPLETEV1")
  72   , fGeomMatrixSet(kFALSE), fLoadGeomMatrices(kFALSE)
  73   , fCalibData(0),          fPedestalData(0)
  74   , fOCDBpath("raw://"),    fAccessOCDB(kFALSE)
  75   , fDigitsArr(0),          fClusterArr(0),             fCaloClusterArr(0)
  76   , fRecParam(0),           fClusterizer(0)
  77   , fUnfolder(0),           fJustUnfold(kFALSE)
  78   , fOutputAODBranch(0),    fOutputAODBranchName("newEMCALClusters")
  79   , fFillAODFile(kTRUE),    fFillAODHeader(0)
  80   , fFillAODCaloCells(0),   fRun(-1)
  81   , fRecoUtils(0),          fConfigName("")
  82   , fCellLabels(),          fCellSecondLabels(),        fCellTime()
  83   , fMaxEvent(1000000000),  fDoTrackMatching(kFALSE)
  84   , fSelectCell(kFALSE),    fSelectCellMinE(0.005),     fSelectCellMinFrac(0.001)
  85   , fRemoveLEDEvents(kFALSE)
  86 {
  87   //ctor
  88   for(Int_t i = 0; i < 10;    i++)  fGeomMatrix[i] =  0;
  89   for(Int_t j = 0; j < 24*48*11; j++)  {
  90     fCellLabels[j]       = -1;
  91     fCellSecondLabels[j] = -1;
  92     fCellTime[j]         =  0.;
  93   }
  94
  95   fDigitsArr       = new TClonesArray("AliEMCALDigit",200);
  96   fClusterArr      = new TObjArray(100);
  97   fCaloClusterArr  = new TObjArray(1000);
  98   fRecParam        = new AliEMCALRecParam;
  99   fBranchNames     = "ESD:AliESDHeader.,EMCALCells.";
 100   fRecoUtils       = new AliEMCALRecoUtils();
 101
 102 }
 103
 104 //________________________________________________________________________
 105 AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AliAnalysisTaskEMCALClusterize()
 106   : AliAnalysisTaskSE("DefaultAnalysis_AliAnalysisTaskEMCALClusterize")
 107 , fGeom(0),               fGeomName("EMCAL_COMPLETEV1")
 108 , fGeomMatrixSet(kFALSE), fLoadGeomMatrices(kFALSE)
 109 , fCalibData(0),          fPedestalData(0)
 110 , fOCDBpath("raw://"),    fAccessOCDB(kFALSE)
 111 , fDigitsArr(0),          fClusterArr(0),             fCaloClusterArr(0)
 112 , fRecParam(0),           fClusterizer(0)
 113 , fUnfolder(0),           fJustUnfold(kFALSE)
 114 , fOutputAODBranch(0),    fOutputAODBranchName("newEMCALClusters")
 115 , fFillAODFile(kTRUE),    fFillAODHeader(0)
 116 , fFillAODCaloCells(0),   fRun(-1)
 117 , fRecoUtils(0),          fConfigName("")
 118 , fCellLabels(),          fCellSecondLabels(),        fCellTime()
 119 , fMaxEvent(1000000000),  fDoTrackMatching(kFALSE)
 120 , fSelectCell(kFALSE),    fSelectCellMinE(0.005),     fSelectCellMinFrac(0.001)
 121 , fRemoveLEDEvents(kFALSE)
 122
 123 {
 124   // Constructor
 125   for(Int_t i = 0; i < 10;    i++)  fGeomMatrix[i] =  0;
 126   for(Int_t j = 0; j < 24*48*11; j++)  {
 127     fCellLabels[j]       = -1;
 128     fCellSecondLabels[j] = -1;
 129     fCellTime[j]         =  0.;
 130   }
 131   fDigitsArr       = new TClonesArray("AliEMCALDigit",200);
 132   fClusterArr      = new TObjArray(100);
 133   fCaloClusterArr  = new TObjArray(100);
 134   fRecParam        = new AliEMCALRecParam;
 135   fBranchNames     = "ESD:AliESDHeader.,EMCALCells.";
 136   fRecoUtils       = new AliEMCALRecoUtils();
 137 }
 138
 139
 140 //________________________________________________________________________
 141 AliAnalysisTaskEMCALClusterize::~AliAnalysisTaskEMCALClusterize()
 142 {
 143   //dtor
 144
 145   if (fDigitsArr){
 146     fDigitsArr->Clear("C");
 147     delete fDigitsArr;
 148   }
 149
 150   if (fClusterArr){
 151     fClusterArr->Delete();
 152     delete fClusterArr;
 153   }
 154
 155   if (fCaloClusterArr){
 156     fCaloClusterArr->Delete();
 157     delete fCaloClusterArr;
 158   }
 159
 160   if(fClusterizer) delete fClusterizer;
 161   if(fUnfolder)    delete fUnfolder;
 162   if(fRecoUtils)   delete fRecoUtils;
 163
 164 }
 165
 166 //-------------------------------------------------------------------
 167 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::Init()
 168 {
 169   //Init analysis with configuration macro if available
 170
 171   if(gROOT->LoadMacro(fConfigName) >=0){
 172     printf("Configure analysis with %s\n",fConfigName.Data());
 173     AliAnalysisTaskEMCALClusterize *clus = (AliAnalysisTaskEMCALClusterize*)gInterpreter->ProcessLine("ConfigEMCALClusterize()");
 174     fGeomName         = clus->fGeomName;
 175     fLoadGeomMatrices = clus->fLoadGeomMatrices;
 176     fOCDBpath         = clus->fOCDBpath;
 177     fAccessOCDB       = clus->fAccessOCDB;
 178     fRecParam         = clus->fRecParam;
 179     fJustUnfold       = clus->fJustUnfold;
 180     fFillAODFile      = clus->fFillAODFile;
 181     fRecoUtils        = clus->fRecoUtils;
 182     fConfigName       = clus->fConfigName;
 183     fMaxEvent         = clus->fMaxEvent;
 184     fDoTrackMatching  = clus->fDoTrackMatching;
 185     fOutputAODBranchName = clus->fOutputAODBranchName;
 186     for(Int_t i = 0; i < 10; i++) fGeomMatrix[i] = clus->fGeomMatrix[i] ;
 187
 188   }
 189
 190 }
 191
 192 //-------------------------------------------------------------------
 193 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::UserCreateOutputObjects()
 194 {
 195   // Init geometry, create list of output clusters
 196
 197   fGeom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(fGeomName) ;
 198   if(fOutputAODBranchName.Length()!=0){
 199     fOutputAODBranch = new TClonesArray("AliAODCaloCluster", 0);
 200     fOutputAODBranch->SetName(fOutputAODBranchName);
 201     AddAODBranch("TClonesArray", &fOutputAODBranch);
 202   }
 203   else {
 204     AliFatal("fOutputAODBranchName not set\n");
 205   }
 206 }
 207
 208 //________________________________________________________________________
 209 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::FillAODCaloCells() {
 210   // Put calo cells in standard branch
 211   AliVEvent * event = InputEvent();
 212   AliVCaloCells &eventEMcells = *(event->GetEMCALCells());
 213   Int_t nEMcell = eventEMcells.GetNumberOfCells() ;
 214
 215   AliAODCaloCells &aodEMcells = *(AODEvent()->GetEMCALCells());
 216   aodEMcells.CreateContainer(nEMcell);
 217   aodEMcells.SetType(AliVCaloCells::kEMCALCell);
 218   Double_t calibFactor = 1.;
 219   for (Int_t iCell = 0; iCell < nEMcell; iCell++) {
 220     Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 221     fGeom->GetCellIndex(eventEMcells.GetCellNumber(iCell),imod,iTower,iIphi,iIeta);
 222     fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 223
 224     if(fRecoUtils->IsRecalibrationOn()){
 225       calibFactor = fRecoUtils->GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi);
 226     }
 227
 228     if(!fRecoUtils->GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi)){ //Channel is not declared as bad
 229       aodEMcells.SetCell(iCell,eventEMcells.GetCellNumber(iCell),eventEMcells.GetAmplitude(iCell)*calibFactor);
 230     }
 231     else {
 232       aodEMcells.SetCell(iCell,eventEMcells.GetCellNumber(iCell),0);
 233     }
 234   }
 235   aodEMcells.Sort();
 236
 237 }
 238
 239 //________________________________________________________________________
 240 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::FillAODHeader() {
 241   //Put event header information in standard AOD branch
 242
 243   AliVEvent* event      = InputEvent();
 244   AliESDEvent* esdevent = dynamic_cast<AliESDEvent*> (event);
 245   AliAODEvent* aodevent = dynamic_cast<AliAODEvent*> (event);
 246
 247   Double_t pos[3]   ;
 248   Double_t covVtx[6];
 249   for (Int_t i = 0; i < 6; i++)  covVtx[i] = 0.;
 250
 251   AliAODHeader* header = AODEvent()->GetHeader();
 252   header->SetRunNumber(event->GetRunNumber());
 253
 254   if(esdevent){
 255     TTree* tree = fInputHandler->GetTree();
 256     if (tree) {
 257       TFile* file = tree->GetCurrentFile();
 258       if (file) header->SetESDFileName(file->GetName());
 259     }
 260   }
 261   else if (aodevent) header->SetESDFileName(aodevent->GetHeader()->GetESDFileName());
 262
 263   header->SetBunchCrossNumber(event->GetBunchCrossNumber());
 264   header->SetOrbitNumber(event->GetOrbitNumber());
 265   header->SetPeriodNumber(event->GetPeriodNumber());
 266   header->SetEventType(event->GetEventType());
 267
 268   //Centrality
 269   if(event->GetCentrality()){
 270     header->SetCentrality(new AliCentrality(*(event->GetCentrality())));
 271   }
 272   else{
 273     header->SetCentrality(0);
 274   }
 275
 276   //Trigger
 277   header->SetOfflineTrigger(fInputHandler->IsEventSelected()); // propagate the decision of the physics selection
 278   if      (esdevent) header->SetFiredTriggerClasses(esdevent->GetFiredTriggerClasses());
 279   else if (aodevent) header->SetFiredTriggerClasses(aodevent->GetFiredTriggerClasses());
 280   header->SetTriggerMask(event->GetTriggerMask());
 281   header->SetTriggerCluster(event->GetTriggerCluster());
 282   if(esdevent){
 283     header->SetL0TriggerInputs(esdevent->GetHeader()->GetL0TriggerInputs());
 284     header->SetL1TriggerInputs(esdevent->GetHeader()->GetL1TriggerInputs());
 285     header->SetL2TriggerInputs(esdevent->GetHeader()->GetL2TriggerInputs());
 286   }
 287   else if (aodevent){
 288     header->SetL0TriggerInputs(aodevent->GetHeader()->GetL0TriggerInputs());
 289     header->SetL1TriggerInputs(aodevent->GetHeader()->GetL1TriggerInputs());
 290     header->SetL2TriggerInputs(aodevent->GetHeader()->GetL2TriggerInputs());
 291   }
 292
 293   header->SetMagneticField(event->GetMagneticField());
 294   //header->SetMuonMagFieldScale(esdevent->GetCurrentDip()/6000.);
 295
 296   header->SetZDCN1Energy(event->GetZDCN1Energy());
 297   header->SetZDCP1Energy(event->GetZDCP1Energy());
 298   header->SetZDCN2Energy(event->GetZDCN2Energy());
 299   header->SetZDCP2Energy(event->GetZDCP2Energy());
 300   header->SetZDCEMEnergy(event->GetZDCEMEnergy(0),event->GetZDCEMEnergy(1));
 301
 302   Float_t diamxy[2]={event->GetDiamondX(),event->GetDiamondY()};
 303   Float_t diamcov[3];
 304   event->GetDiamondCovXY(diamcov);
 305   header->SetDiamond(diamxy,diamcov);
 306   if      (esdevent) header->SetDiamondZ(esdevent->GetDiamondZ(),esdevent->GetSigma2DiamondZ());
 307   else if (aodevent) header->SetDiamondZ(aodevent->GetDiamondZ(),aodevent->GetSigma2DiamondZ());
 308
 309   //
 310   //
 311   Int_t nVertices = 1 ;/* = prim. vtx*/;
 312   Int_t nCaloClus = event->GetNumberOfCaloClusters();
 313
 314   AODEvent()->ResetStd(0, nVertices, 0, 0, 0, nCaloClus, 0, 0);
 315
 316   // Access to the AOD container of vertices
 317   TClonesArray &vertices = *(AODEvent()->GetVertices());
 318   Int_t jVertices=0;
 319
 320   // Add primary vertex. The primary tracks will be defined
 321   // after the loops on the composite objects (V0, cascades, kinks)
 322   event->GetPrimaryVertex()->GetXYZ(pos);
 323   Float_t chi = 0;
 324   if      (esdevent){
 325     esdevent->GetPrimaryVertex()->GetCovMatrix(covVtx);
 326     chi = esdevent->GetPrimaryVertex()->GetChi2toNDF();
 327   }
 328   else if (aodevent){
 329     aodevent->GetPrimaryVertex()->GetCovMatrix(covVtx);
 330     chi = aodevent->GetPrimaryVertex()->GetChi2perNDF();//Different from ESD?
 331   }
 332
 333   AliAODVertex * primary = new(vertices[jVertices++])
 334   AliAODVertex(pos, covVtx, chi, NULL, -1, AliAODVertex::kPrimary);
 335   primary->SetName(event->GetPrimaryVertex()->GetName());
 336   primary->SetTitle(event->GetPrimaryVertex()->GetTitle());
 337
 338 }
 339
 340 //________________________________________________________________________
 341 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::UserExec(Option_t *)
 342 {
 343   // Main loop
 344   // Called for each event
 345
 346   AliAODInputHandler* aodIH = dynamic_cast<AliAODInputHandler*>((AliAnalysisManager::GetAnalysisManager())->GetInputEventHandler());
 347   Int_t eventN = Entry();
 348   if(aodIH) eventN = aodIH->GetReadEntry();
 349
 350   if (eventN > fMaxEvent) return;
 351   //printf("Clusterizer --- Event %d-- \n",eventN);
 352
 353   //Remove the contents of output list set in the previous event
 354   fOutputAODBranch->Clear("C");
 355
 356   //Magic line to write events to AOD file
 357   AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetOutputEventHandler()->SetFillAOD(fFillAODFile);
 358   LoadBranches();
 359
 360   //Init pointers, clusterizer, ocdb
 361   if(fAccessOCDB) AccessOCDB();
 362   InitClusterization();
 363
 364   //Get the event
 365   AliVEvent   * event    = 0;
 366   AliESDEvent * esdevent = 0;
 367
 368   //Fill output event with header
 369
 370   //Check if input event are embedded events
 371   //If so, take output event
 372   if (aodIH && aodIH->GetMergeEvents()) {
 373     //printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::UserExec() - Use embedded events\n");
 374     event  = AODEvent();
 375
 376     if(!aodIH->GetMergeEMCALCells())
 377       AliFatal("Events merged but not EMCAL cells, check analysis settings!");
 378
 379     //    printf("InputEvent  N Clusters %d, N Cells %d\n",InputEvent()->GetNumberOfCaloClusters(),
 380     //           InputEvent()->GetEMCALCells()->GetNumberOfCells());
 381     //    printf("MergedEvent  N Clusters %d, N Cells %d\n",aodIH->GetEventToMerge()->GetNumberOfCaloClusters(),
 382     //           aodIH->GetEventToMerge()->GetEMCALCells()->GetNumberOfCells());
 383     //    for (Int_t icl=0; icl < aodIH->GetEventToMerge()->GetNumberOfCaloClusters(); icl++) {
 384     //        AliAODCaloCluster *sigCluster = aodIH->GetEventToMerge()->GetCaloCluster(icl);
 385     //        if(sigCluster->IsEMCAL()) printf("Signal cluster: i %d, E  %f\n",icl,sigCluster->E());
 386     //    }
 387     //    printf("OutputEvent N Clusters %d, N Cells %d\n", AODEvent()->GetNumberOfCaloClusters(),
 388     //           AODEvent()->GetEMCALCells()->GetNumberOfCells());
 389
 390   }
 391   else {
 392     event =  InputEvent();
 393     esdevent = dynamic_cast<AliESDEvent*>(InputEvent());
 394     if(fFillAODCaloCells) FillAODCaloCells();
 395     if(fFillAODHeader)    FillAODHeader();
 396   }
 397
 398   if (!event) {
 399     Error("UserExec","Event not available");
 400     return;
 401   }
 402
 403   //-------------------------------------------------------------------------------------
 404   // Reject event if large clusters with large energy
 405   // Use only for LHC11a data for the moment, and if input is clusterizer V1 or V1+unfolding
 406   // If clusterzer NxN or V2 it does not help
 407   //-------------------------------------------------------------------------------------
 408   if(fRemoveLEDEvents){
 409     for (Int_t i = 0; i < InputEvent()->GetNumberOfCaloClusters(); i++)
 410     {
 411       AliVCluster *clus = InputEvent()->GetCaloCluster(i);
 412       if(clus->IsEMCAL()){
 413
 414         if ((clus->E() > 500 && clus->GetNCells() > 200 ) || clus->GetNCells() > 200) {
 415           Int_t absID = clus->GetCellsAbsId()[0];
 416           Int_t sm = fGeom->GetSuperModuleNumber(absID);
 417           printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize - reject event with cluster : E %f, ncells %d, absId(0) %d, SM %d\n",clus->E(),  clus->GetNCells(),absID, sm);
 418
 419           return;
 420         }
 421       }
 422     }
 423
 424     // Count number of cells with energy larger than 0.1 in SM3, cut on this number
 425     Int_t ncellsSM3 = 0;
 426     Int_t ncellsSM4 = 0;
 427     for(Int_t icell = 0; icell < event->GetEMCALCells()->GetNumberOfCells(); icell++){
 428       if(event->GetEMCALCells()->GetAmplitude(icell) > 0.1 && event->GetEMCALCells()->GetCellNumber(icell)/(24*48)==3) ncellsSM3++;
 429       if(event->GetEMCALCells()->GetAmplitude(icell) > 0.1 && event->GetEMCALCells()->GetCellNumber(icell)/(24*48)==4) ncellsSM4++;
 430     }
 431
 432     TString triggerclasses = "";
 433     if(esdevent) triggerclasses = esdevent             ->GetFiredTriggerClasses();
 434     else         triggerclasses = ((AliAODEvent*)event)->GetFiredTriggerClasses();
 435
 436     Int_t ncellcut = 21;
 437     if(triggerclasses.Contains("EMC")) ncellcut = 35;
 438
 439     if( ncellsSM3 >= ncellcut || ncellsSM4 >= 100 ){
 440       printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize - reject event with cluster  - reject event with ncells in SM3 %d and SM4 %d\n",ncellsSM3, ncellsSM4);
 441       return;
 442     }
 443
 444   }// Remove LED events
 445
 446   //-------------------------------------------------------------------------------------
 447   //Set the geometry matrix, for the first event, skip the rest
 448   //-------------------------------------------------------------------------------------
 449   if(!fGeomMatrixSet){
 450     if(fLoadGeomMatrices){
 451       for(Int_t mod=0; mod < (fGeom->GetEMCGeometry())->GetNumberOfSuperModules(); mod++){
 452         if(fGeomMatrix[mod]){
 453           if(DebugLevel() > 1)
 454             fGeomMatrix[mod]->Print();
 455           fGeom->SetMisalMatrix(fGeomMatrix[mod],mod) ;
 456         }
 457         fGeomMatrixSet=kTRUE;
 458       }//SM loop
 459     }//Load matrices
 460     else if(!gGeoManager){
 461       Info("UserExec","Get geo matrices from data");
 462       //Still not implemented in AOD, just a workaround to be able to work at least with ESDs
 463       if(!strcmp(event->GetName(),"AliAODEvent")) {
 464         if(DebugLevel() > 1)
 465           Warning("UserExec","Use ideal geometry, values geometry matrix not kept in AODs.");
 466       }//AOD
 467       else {
 468         if(DebugLevel() > 1)
 469           Info("UserExec","AliAnalysisTaskEMCALClusterize Load Misaligned matrices.");
 470         AliESDEvent* esd = dynamic_cast<AliESDEvent*>(event) ;
 471         if(!esd) {
 472           Error("UserExec","This event does not contain ESDs?");
 473           return;
 474         }
 475         for(Int_t mod=0; mod < (fGeom->GetEMCGeometry())->GetNumberOfSuperModules(); mod++){
 476           if(DebugLevel() > 1)
 477             esd->GetEMCALMatrix(mod)->Print();
 478           if(esd->GetEMCALMatrix(mod)) fGeom->SetMisalMatrix(esd->GetEMCALMatrix(mod),mod) ;
 479         }
 480         fGeomMatrixSet=kTRUE;
 481       }//ESD
 482     }//Load matrices from Data
 483
 484     //Recover time dependent corrections, put then in recalibration histograms. Do it once
 485     fRecoUtils->SetRunDependentCorrections(InputEvent()->GetRunNumber());
 486
 487   }//first event
 488
 489   //Get the list of cells needed for unfolding and reclustering
 490   AliVCaloCells *cells   = event->GetEMCALCells();
 491   Int_t    nClustersOrg  = 0;
 492   Double_t cellAmplitude = 0;
 493   Double_t cellTime      = 0;
 494   Short_t  cellNumber    = 0;
 495
 496   //-------------------------------------------
 497   //---------Unfolding clusters----------------
 498   //-------------------------------------------
 499   if (fJustUnfold) {
 500
 501     //Fill the array with the EMCAL clusters, copy them
 502     for (Int_t i = 0; i < event->GetNumberOfCaloClusters(); i++)
 503     {
 504       AliVCluster *clus = event->GetCaloCluster(i);
 505       if(clus->IsEMCAL()){
 506
 507         //recalibrate/remove bad channels/etc if requested
 508         if(fRecoUtils->ClusterContainsBadChannel(fGeom,clus->GetCellsAbsId(), clus->GetNCells())){
 509           continue;
 510         }
 511
 512         if(fRecoUtils->IsRecalibrationOn()){
 513
 514           //Calibrate cluster
 515           //printf("Energy before %f ",clus->E());
 516           fRecoUtils->RecalibrateClusterEnergy(fGeom, clus, cells);
 517           //printf("; after %f\n",clus->E());
 518
 519           //CalibrateCells
 520           for (Int_t icell = 0; icell < cells->GetNumberOfCells(); icell++)
 521           {
 522             if (cells->GetCell(icell, cellNumber, cellAmplitude, cellTime) != kTRUE)
 523               break;
 524
 525
 526             Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 527             fGeom->GetCellIndex(cellNumber,imod,iTower,iIphi,iIeta);
 528             fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 529
 530             //Do not include bad channels found in analysis?
 531             if( fRecoUtils->IsBadChannelsRemovalSwitchedOn() &&
 532                 fRecoUtils->GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi)){
 533               fCellLabels[cellNumber]      =-1; //reset the entry in the array for next event
 534               fCellSecondLabels[cellNumber]=-1; //reset the entry in the array for next event
 535               fCellTime[cellNumber]        = 0.;
 536               continue;
 537             }
 538
 539             cells->SetCell(icell, cellNumber, cellAmplitude*fRecoUtils->GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi),cellTime);
 540
 541           }// cells loop
 542         }// recalibrate
 543
 544         //Cast to ESD or AOD, needed to create the cluster array
 545         AliESDCaloCluster * esdCluster = dynamic_cast<AliESDCaloCluster*> (clus);
 546         AliAODCaloCluster * aodCluster = dynamic_cast<AliAODCaloCluster*> (clus);
 547         if     (esdCluster){
 548           fCaloClusterArr->Add( new AliESDCaloCluster(*esdCluster) );
 549         }//ESD
 550         else if(aodCluster){
 551           fCaloClusterArr->Add( new AliAODCaloCluster(*aodCluster) );
 552         }//AOD
 553         else
 554           Warning("UserExec()"," - Wrong CaloCluster type?");
 555         nClustersOrg++;
 556       }
 557     }
 558
 559     //Do the unfolding
 560     fUnfolder->UnfoldClusters(fCaloClusterArr, cells);
 561
 562     //CLEAN-UP
 563     fUnfolder->Clear();
 564
 565   } // just unfold ESD/AOD cluster
 566
 567   //-------------------------------------------
 568   //---------- Recluster cells ----------------
 569   //-------------------------------------------
 570
 571   else{
 572     //-------------------------------------------------------------------------------------
 573     //Transform CaloCells into Digits
 574     //-------------------------------------------------------------------------------------
 575
 576     //In case of MC, first loop on the clusters and fill MC label to array
 577     //.....................................................................
 578
 579     //    for(Int_t j = 0; j < 24*48*11; j++)  {
 580     //      if(fCellLabels[j]      !=-1) printf("Not well initialized cell %d, label1 %d\n",j,fCellLabels[j]      ) ;
 581     //      if(fCellSecondLabels[j]!=-1) printf("Not well initialized cell %d, label2 %d\n",j,fCellSecondLabels[j]) ;
 582     //    }
 583
 584     Int_t nClusters = event->GetNumberOfCaloClusters();
 585     if(aodIH && aodIH->GetEventToMerge())  //Embedding
 586       nClusters = aodIH->GetEventToMerge()->GetNumberOfCaloClusters(); //Get clusters directly from embedded signal
 587     for (Int_t i = 0; i < nClusters; i++)
 588     {
 589       AliVCluster *clus = 0;
 590       if(aodIH && aodIH->GetEventToMerge()) //Embedding
 591         clus = aodIH->GetEventToMerge()->GetCaloCluster(i); //Get clusters directly from embedded signal
 592       else
 593         clus = event->GetCaloCluster(i);
 594
 595       if(!clus) {
 596         printf("AliEMCALReclusterize::UserExec() - No Clusters\n");
 597         return;
 598       }
 599
 600       if(clus->IsEMCAL()){
 601         //printf("Cluster Signal %d, energy %f\n",clus->GetID(),clus->E());
 602         Int_t label = clus->GetLabel();
 603         Int_t label2 = -1 ;
 604         if (clus->GetNLabels()>=2) label2 = clus->GetLabelAt(1) ;
 605         UShort_t * index    = clus->GetCellsAbsId() ;
 606         for(Int_t icell=0; icell < clus->GetNCells(); icell++ ){
 607           fCellLabels[index[icell]]       = label;
 608           fCellSecondLabels[index[icell]] = label2;
 609           //printf("Clusterizer in : TOF %g\n",clus->GetTOF()*1.e9);
 610
 611           fCellTime[icell]                = clus->GetTOF();
 612
 613           //printf("1) absID %d, label[0] %d label[1] %d\n",index[icell], fCellLabels[index[icell]],fCellSecondLabels[index[icell]]);
 614         }
 615         nClustersOrg++;
 616       }
 617     }
 618
 619     // Create digits
 620     //.................
 621     Int_t    idigit =  0;
 622     Int_t    id     = -1;
 623     Float_t  amp    = -1;
 624     Double_t time   = -1;
 625
 626     TTree *digitsTree = new TTree("digitstree","digitstree");
 627     digitsTree->Branch("EMCAL","TClonesArray", &fDigitsArr, 32000);
 628
 629     Int_t bc = InputEvent()->GetBunchCrossNumber();
 630
 631     for (Int_t icell = 0; icell < cells->GetNumberOfCells(); icell++)
 632     {
 633       if (cells->GetCell(icell, cellNumber, cellAmplitude, cellTime) != kTRUE)
 634         break;
 635
 636       time = cellTime;
 637       amp  = cellAmplitude;
 638       id   = cellNumber;
 639
 640       Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 641       fGeom->GetCellIndex(id,imod,iTower,iIphi,iIeta);
 642       fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 643
 644       //Do not include bad channels found in analysis?
 645       if( fRecoUtils->IsBadChannelsRemovalSwitchedOn() &&
 646          fRecoUtils->GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi)){
 647         fCellLabels[id]      =-1; //reset the entry in the array for next event
 648         fCellSecondLabels[id]=-1; //reset the entry in the array for next event
 649         fCellTime[id]        = 0.;
 650         //printf("Remove channel %d\n",id);
 651         continue;
 652       }
 653
 654       //Recalibrate?
 655       if(fRecoUtils->IsRecalibrationOn()){
 656         //printf("CalibFactor %f times %f for id %d\n",fRecoUtils->GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi),amp,id);
 657         amp *=fRecoUtils->GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi);
 658       }
 659
 660       // In case of AOD analysis cell time is 0, approximate replacing by time of the cluster the digit belongs.
 661       if (time*1e9 < 1.) time = fCellTime[id];
 662
 663       // Recalibrate time
 664       fRecoUtils->RecalibrateCellTime(id,bc,time);
 665
 666 //      printf("Clusterizer: Id %d, Time org %e, Time new %e; Amp org %f, Amp new %f\n",
 667 //             id, cells->GetTime(icell),time, cells->GetAmplitude(icell),amp);
 668
 669
 670       //Create the digit, put a fake primary deposited energy to trick the clusterizer when checking the most likely primary
 671       new((*fDigitsArr)[idigit]) AliEMCALDigit( fCellLabels[id], fCellLabels[id],id, amp, time,AliEMCALDigit::kHG,idigit, 0, 0, 1);
 672       //if(fCellLabels[id]>=0)printf("2) Digit cell %d, label %d\n",id,fCellLabels[id]) ;
 673       //else                  printf("2) Digit cell %d, no label, amp %f \n",id,amp) ;
 674       fCellLabels[id]      =-1; //reset the entry in the array for next event
 675
 676       //printf("Digit: Id %d, amp %f, time %e, index %d\n",id, amp,time,idigit);
 677       idigit++;
 678     }
 679
 680     //Fill the tree with digits
 681     digitsTree->Fill();
 682
 683     //-------------------------------------------------------------------------------------
 684     //Do the clusterization
 685     //-------------------------------------------------------------------------------------
 686     TTree *clustersTree = new TTree("clustertree","clustertree");
 687
 688     fClusterizer->SetInput(digitsTree);
 689     fClusterizer->SetOutput(clustersTree);
 690     fClusterizer->Digits2Clusters("");
 691
 692     //-------------------------------------------------------------------------------------
 693     //Transform the recpoints into AliVClusters
 694     //-------------------------------------------------------------------------------------
 695
 696     clustersTree->SetBranchStatus("*",0); //disable all branches
 697     clustersTree->SetBranchStatus("EMCALECARP",1); //Enable only the branch we need
 698
 699     TBranch *branch = clustersTree->GetBranch("EMCALECARP");
 700     branch->SetAddress(&fClusterArr);
 701     branch->GetEntry(0);
 702
 703     RecPoints2Clusters(fDigitsArr, fClusterArr, fCaloClusterArr);
 704
 705     if(!fCaloClusterArr){
 706       printf("AliAnalisysTaskEMCALClusterize::UserExec() - No array with CaloClusters, input RecPoints entries %d\n",fClusterArr->GetEntriesFast());
 707       return;
 708     }
 709
 710     if( DebugLevel() > 0 && fCaloClusterArr->GetEntriesFast() != fClusterArr->GetEntriesFast()){
 711       printf("AliAnalisysTaskEMCALClusterize::UserExec() - Some RecRoints not transformed into CaloClusters (clusterizer %d, unfold %d): Input entries %d - Output entries %d - %d (not fast)\n",
 712              fRecParam->GetClusterizerFlag(),fRecParam->GetUnfold(),
 713              fClusterArr->GetEntriesFast(), fCaloClusterArr->GetEntriesFast(), fCaloClusterArr->GetEntries());
 714     }
 715
 716     //Reset the array with second labels for this event
 717     memset(fCellSecondLabels, -1, sizeof(fCellSecondLabels));
 718
 719     //---CLEAN UP-----
 720     fClusterizer->Clear();
 721     fDigitsArr  ->Clear("C");
 722     fClusterArr ->Delete(); // Do not Clear(), it leaks, why?
 723
 724     clustersTree->Delete("all");
 725     digitsTree  ->Delete("all");
 726   }
 727
 728   //Recalculate track-matching for the new clusters, only with ESDs
 729   if(fDoTrackMatching) fRecoUtils->FindMatches(event,fCaloClusterArr,fGeom);
 730
 731
 732   //-------------------------------------------------------------------------------------
 733   //Put the new clusters in the AOD list
 734   //-------------------------------------------------------------------------------------
 735
 736   Int_t kNumberOfCaloClusters   = fCaloClusterArr->GetEntriesFast();
 737   //printf("New clusters %d, Org clusters %d\n",kNumberOfCaloClusters, nClustersOrg);
 738   for(Int_t i = 0; i < kNumberOfCaloClusters; i++){
 739     AliAODCaloCluster *newCluster = (AliAODCaloCluster *) fCaloClusterArr->At(i);
 740     //if(Entry()==0) Info("UserExec","newCluster E %f\n", newCluster->E());
 741
 742     //Add matched track
 743     if(fDoTrackMatching){
 744       Int_t trackIndex = fRecoUtils->GetMatchedTrackIndex(i);
 745       if(trackIndex >= 0){
 746         newCluster->AddTrackMatched(event->GetTrack(trackIndex));
 747         if(DebugLevel() > 1)
 748           Info("UserExec","Matched Track index %d to new cluster %d \n",trackIndex,i);
 749       }
 750     }
 751
 752     //In case of new bad channels, recalculate distance to bad channels
 753     if(fRecoUtils->IsBadChannelsRemovalSwitchedOn()){
 754       //printf("DistToBad before %f ",newCluster->GetDistanceToBadChannel());
 755       fRecoUtils->RecalculateClusterDistanceToBadChannel(fGeom, event->GetEMCALCells(), newCluster);
 756       //printf("; after %f \n",newCluster->GetDistanceToBadChannel());
 757     }
 758
 759     //    if(newCluster->GetNLabels()>0){
 760     //      printf("3) MC: N labels %d, label %d ; ", newCluster->GetNLabels(), newCluster->GetLabel() );
 761     //      UShort_t * newindex    = newCluster->GetCellsAbsId() ;
 762     //      for(Int_t icell=0; icell < newCluster->GetNCells(); icell++ ){
 763     //       printf("\t absID %d\n",newindex[icell]);
 764     //     }
 765     //    }
 766
 767     //    printf("Cluster %d, energy %f\n",newCluster->GetID(),newCluster->E());
 768     //    printf("labels: ");
 769     //    for(UInt_t ilab = 0; ilab < newCluster->GetNLabels(); ilab++)
 770     //      printf("Label[%d]: %d ",ilab, newCluster->GetLabelAt(ilab));
 771     //     printf("\n ");
 772
 773     newCluster->SetID(i);
 774     new((*fOutputAODBranch)[i])  AliAODCaloCluster(*newCluster);
 775   }
 776
 777   //if(fOutputAODBranchName.Length()!=0)
 778   fOutputAODBranch->Expand(kNumberOfCaloClusters); // resize TObjArray to 'remove' slots
 779
 780   //---CLEAN UP-----
 781   fCaloClusterArr->Delete(); // Do not Clear(), it leaks, why?
 782 }
 783
 784 //_____________________________________________________________________
 785 Bool_t AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AccessOCDB()
 786 {
 787   //Access to OCDB stuff
 788
 789   AliVEvent * event = InputEvent();
 790   if (!event)
 791   {
 792     Warning("AccessOCDB","Event not available!!!");
 793     return kFALSE;
 794   }
 795
 796   if (event->GetRunNumber()==fRun)
 797     return kTRUE;
 798   fRun = event->GetRunNumber();
 799
 800   if(DebugLevel() > 1 )
 801     Info("AccessODCD()"," Begin");
 802
 803   //fGeom = AliEMCALGeometry::GetInstance(fGeomName);
 804
 805   AliCDBManager *cdb = AliCDBManager::Instance();
 806
 807
 808   if (fOCDBpath.Length()){
 809     cdb->SetDefaultStorage(fOCDBpath.Data());
 810     Info("AccessOCDB","Default storage %s",fOCDBpath.Data());
 811   }
 812
 813   cdb->SetRun(event->GetRunNumber());
 814
 815   //
 816   // EMCAL from RAW OCDB
 817   if (fOCDBpath.Contains("alien:"))
 818   {
 819     cdb->SetSpecificStorage("EMCAL/Calib/Data","alien://Folder=/alice/data/2010/OCDB");
 820     cdb->SetSpecificStorage("EMCAL/Calib/Pedestals","alien://Folder=/alice/data/2010/OCDB");
 821   }
 822
 823   TString path = cdb->GetDefaultStorage()->GetBaseFolder();
 824
 825   // init parameters:
 826
 827   //Get calibration parameters
 828   if(!fCalibData)
 829   {
 830     AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 831     AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Data");
 832
 833     if (entry) fCalibData =  (AliEMCALCalibData*) entry->GetObject();
 834   }
 835
 836   if(!fCalibData)
 837     AliFatal("Calibration parameters not found in CDB!");
 838
 839   //Get calibration parameters
 840   if(!fPedestalData)
 841   {
 842     AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 843     AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Pedestals");
 844
 845     if (entry) fPedestalData =  (AliCaloCalibPedestal*) entry->GetObject();
 846   }
 847
 848   if(!fPedestalData)
 849     AliFatal("Dead map not found in CDB!");
 850
 851   return kTRUE;
 852 }
 853
 854 //________________________________________________________________________________________
 855 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::InitClusterization()
 856 {
 857   //Select clusterization/unfolding algorithm and set all the needed parameters
 858
 859   if (fJustUnfold){
 860     // init the unfolding afterburner
 861     delete fUnfolder;
 862     fUnfolder =  new AliEMCALAfterBurnerUF(fRecParam->GetW0(),fRecParam->GetLocMaxCut());
 863     return;
 864   }
 865
 866   //First init the clusterizer
 867   delete fClusterizer;
 868   if     (fRecParam->GetClusterizerFlag() == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1)
 869     fClusterizer = new AliEMCALClusterizerv1 (fGeom, fCalibData, fPedestalData);
 870   else if(fRecParam->GetClusterizerFlag() == AliEMCALRecParam::kClusterizerv2)
 871     fClusterizer = new AliEMCALClusterizerv2(fGeom, fCalibData, fPedestalData);
 872   else if(fRecParam->GetClusterizerFlag() == AliEMCALRecParam::kClusterizerNxN){
 873     fClusterizer = new AliEMCALClusterizerNxN(fGeom, fCalibData, fPedestalData);
 874     fClusterizer->SetNRowDiff(fRecParam->GetNRowDiff());
 875     fClusterizer->SetNColDiff(fRecParam->GetNColDiff());
 876   } else {
 877     AliFatal(Form("Clusterizer < %d > not available", fRecParam->GetClusterizerFlag()));
 878   }
 879
 880   //Now set the parameters
 881   fClusterizer->SetECAClusteringThreshold( fRecParam->GetClusteringThreshold() );
 882   fClusterizer->SetECALogWeight          ( fRecParam->GetW0()                  );
 883   fClusterizer->SetMinECut               ( fRecParam->GetMinECut()             );
 884   fClusterizer->SetUnfolding             ( fRecParam->GetUnfold()              );
 885   fClusterizer->SetECALocalMaxCut        ( fRecParam->GetLocMaxCut()           );
 886   fClusterizer->SetTimeCut               ( fRecParam->GetTimeCut()             );
 887   fClusterizer->SetTimeMin               ( fRecParam->GetTimeMin()             );
 888   fClusterizer->SetTimeMax               ( fRecParam->GetTimeMax()             );
 889   fClusterizer->SetInputCalibrated       ( kTRUE                               );
 890   fClusterizer->SetJustClusters          ( kTRUE                               );
 891   //In case of unfolding after clusterization is requested, set the corresponding parameters
 892   if(fRecParam->GetUnfold()){
 893     Int_t i=0;
 894     for (i = 0; i < 8; i++) {
 895       fClusterizer->SetSSPars(i, fRecParam->GetSSPars(i));
 896     }//end of loop over parameters
 897     for (i = 0; i < 3; i++) {
 898       fClusterizer->SetPar5  (i, fRecParam->GetPar5(i));
 899       fClusterizer->SetPar6  (i, fRecParam->GetPar6(i));
 900     }//end of loop over parameters
 901
 902     fClusterizer->InitClusterUnfolding();
 903
 904   }// to unfold
 905 }
 906
 907 //________________________________________________________________________________________
 908 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters(TClonesArray *digitsArr, TObjArray *recPoints, TObjArray *clusArray)
 909 {
 910   // Restore clusters from recPoints
 911   // Cluster energy, global position, cells and their amplitude fractions are restored
 912   Int_t j = 0;
 913   for(Int_t i = 0; i < recPoints->GetEntriesFast(); i++)
 914   {
 915     AliEMCALRecPoint *recPoint = (AliEMCALRecPoint*) recPoints->At(i);
 916
 917     const Int_t ncells = recPoint->GetMultiplicity();
 918     Int_t ncellsTrue = 0;
 919
 920     if(recPoint->GetEnergy() < fRecParam->GetClusteringThreshold()) continue;
 921
 922     // cells and their amplitude fractions
 923     UShort_t   absIds[ncells];
 924     Double32_t ratios[ncells];
 925
 926     //For later check embedding
 927     AliAODInputHandler* aodIH = dynamic_cast<AliAODInputHandler*>((AliAnalysisManager::GetAnalysisManager())->GetInputEventHandler());
 928
 929     Float_t clusterE = 0;
 930     for (Int_t c = 0; c < ncells; c++) {
 931       AliEMCALDigit *digit = (AliEMCALDigit*) digitsArr->At(recPoint->GetDigitsList()[c]);
 932
 933       absIds[ncellsTrue] = digit->GetId();
 934       ratios[ncellsTrue] = recPoint->GetEnergiesList()[c]/digit->GetAmplitude();
 935
 936       // In case of unfolding, remove digits with unfolded energy too low
 937       if(fSelectCell){
 938         if     (recPoint->GetEnergiesList()[c] < fSelectCellMinE || ratios[ncellsTrue] < fSelectCellMinFrac)  {
 939
 940           if(DebugLevel() > 1)  {
 941             printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters() - Too small energy in cell of cluster: cluster cell %f, digit %f\n",
 942                    recPoint->GetEnergiesList()[c],digit->GetAmplitude());
 943           }
 944
 945           continue;
 946
 947         } // if cuts
 948       }// Select cells
 949
 950       //Recalculate cluster energy and number of cluster cells in case any of the cells was rejected
 951       ncellsTrue++;
 952       clusterE  +=recPoint->GetEnergiesList()[c];
 953
 954       // In case of embedding, fill ratio with amount of signal,
 955       if (aodIH && aodIH->GetMergeEvents()) {
 956
 957         //AliVCaloCells* inEMCALCells = InputEvent()->GetEMCALCells();
 958         AliVCaloCells* meEMCALCells = aodIH->GetEventToMerge()->GetEMCALCells();
 959         AliVCaloCells* ouEMCALCells = AODEvent()->GetEMCALCells();
 960
 961         Float_t sigAmplitude = meEMCALCells->GetCellAmplitude(absIds[ncellsTrue]);
 962         //Float_t bkgAmplitude = inEMCALCells->GetCellAmplitude(absIds[ncellsTrue]);
 963         Float_t sumAmplitude = ouEMCALCells->GetCellAmplitude(absIds[ncellsTrue]);
 964         //printf("\t AbsID %d, amplitude : bkg %f, sigAmplitude %f, summed %f - %f\n",absIds[ncellsTrue], bkgAmplitude, sigAmplitude, sumAmplitude, digit->GetAmplitude());
 965
 966         if(sumAmplitude > 0) ratios[ncellsTrue] = sigAmplitude/sumAmplitude;
 967         //printf("\t \t ratio %f\n",ratios[ncellsTrue]);
 968
 969       }//Embedding
 970
 971     }// cluster cell loop
 972
 973     if (ncellsTrue < 1) {
 974       if (DebugLevel() > 1)
 975         printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters() - Skipping cluster with no cells avobe threshold E = %f, ncells %d\n",
 976                recPoint->GetEnergy(), ncells);
 977       continue;
 978     }
 979
 980     //if(ncellsTrue != ncells) printf("Old E %f, ncells %d; New E %f, ncells %d\n",recPoint->GetEnergy(),ncells,clusterE,ncellsTrue);
 981
 982     if(clusterE <  fRecParam->GetClusteringThreshold()) {
 983       if (DebugLevel()>1)
 984         printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters() - Remove cluster with energy below seed threshold %f\n",clusterE);
 985       continue;
 986     }
 987
 988     TVector3 gpos;
 989     Float_t g[3];
 990
 991     // calculate new cluster position
 992     recPoint->EvalGlobalPosition(fRecParam->GetW0(), digitsArr);
 993     recPoint->GetGlobalPosition(gpos);
 994     gpos.GetXYZ(g);
 995
 996     // create a new cluster
 997     //AliAODCaloCluster *clus = new AliAODCaloCluster();
 998     (*clusArray)[j] = new AliAODCaloCluster() ;
 999     AliAODCaloCluster *clus = dynamic_cast<AliAODCaloCluster *>( clusArray->At(j) ) ;
1000     j++;
1001     clus->SetType(AliVCluster::kEMCALClusterv1);
1002     clus->SetE(clusterE);//recPoint->GetEnergy());
1003     clus->SetPosition(g);
1004     clus->SetNCells(ncellsTrue);
1005     clus->SetCellsAbsId(absIds);
1006     clus->SetCellsAmplitudeFraction(ratios);
1007     clus->SetChi2(-1); //not yet implemented
1008     clus->SetTOF(recPoint->GetTime()) ; //time-of-flight
1009     clus->SetNExMax(recPoint->GetNExMax()); //number of local maxima
1010     clus->SetDistanceToBadChannel(recPoint->GetDistanceToBadTower());
1011
1012     if(ncells == ncellsTrue){
1013       Float_t elipAxis[2];
1014       recPoint->GetElipsAxis(elipAxis);
1015       clus->SetM02(elipAxis[0]*elipAxis[0]) ;
1016       clus->SetM20(elipAxis[1]*elipAxis[1]) ;
1017       clus->SetDispersion(recPoint->GetDispersion());
1018     }
1019     else if(fSelectCell){
1020       // In case some cells rejected, in unfolding case, recalculate
1021       // shower shape parameters and position
1022       AliVCaloCells* cells = 0x0;
1023       if (aodIH && aodIH->GetMergeEvents()) cells = AODEvent()  ->GetEMCALCells();
1024       else                                  cells = InputEvent()->GetEMCALCells();
1025       fRecoUtils->RecalculateClusterShowerShapeParameters(fGeom,cells,clus);
1026       fRecoUtils->RecalculateClusterPID(clus);
1027       fRecoUtils->RecalculateClusterPosition(fGeom,cells,clus);
1028
1029 //      Float_t elipAxis[2];
1030 //      recPoint->GetElipsAxis(elipAxis);
1031 //      if(ncellsTrue > 2)
1032 //      printf("SS, old: l0 %f, l1 %f, D %f; New l0 %f, l1 %f, D %f\n",
1033 //             elipAxis[0]*elipAxis[0],elipAxis[1]*elipAxis[1], recPoint->GetDispersion(),
1034 //             clus->GetM02(),clus->GetM20(),clus->GetDispersion());
1035     }
1036
1037     //MC
1038     Int_t  parentMult  = 0;
1039     Int_t *parentList = recPoint->GetParents(parentMult);
1040     clus->SetLabel(parentList, parentMult);
1041
1042     //    if(parentMult)printf("RecToESD: Labels %d",parentMult);
1043     //    for (Int_t iii = 0; iii < parentMult; iii++) {
1044     //      printf("\t label %d\n",parentList[iii]);
1045     //    }
1046
1047     //Write the second major contributor to each MC cluster.
1048     Int_t iNewLabel ;
1049     for ( Int_t iLoopCell = 0 ; iLoopCell < clus->GetNCells() ; iLoopCell++ ){
1050
1051       Int_t idCell = clus->GetCellAbsId(iLoopCell) ;
1052       if(idCell>=0){
1053         iNewLabel = 1 ; //iNewLabel makes sure we  don't write twice the same label.
1054         for ( UInt_t iLoopLabels = 0 ; iLoopLabels < clus->GetNLabels() ; iLoopLabels++ )
1055         {
1056           if ( fCellSecondLabels[idCell] == -1 )  iNewLabel = 0;  // -1 is never a good second label.
1057           if ( fCellSecondLabels[idCell] == clus->GetLabelAt(iLoopLabels) )  iNewLabel = 0;
1058         }
1059         if (iNewLabel == 1)
1060         {
1061           //Int_t * newLabelArray = (Int_t*)malloc((clus->GetNLabels()+1)*sizeof(Int_t)) ;
1062           Int_t * newLabelArray = new Int_t[clus->GetNLabels()+1] ;
1063           for ( UInt_t iLoopNewLabels = 0 ; iLoopNewLabels < clus->GetNLabels() ; iLoopNewLabels++ ){
1064             newLabelArray[iLoopNewLabels] = clus->GetLabelAt(iLoopNewLabels) ;
1065           }
1066
1067           newLabelArray[clus->GetNLabels()] = fCellSecondLabels[idCell] ;
1068           //if(fCellSecondLabels[idCell]>-1)printf("\t new label %d\n",fCellSecondLabels[idCell]);
1069           clus->SetLabel(newLabelArray,clus->GetNLabels()+1) ;
1070           delete [] newLabelArray;
1071         }
1072       }//positive cell number
1073     }
1074
1075   } // recPoints loop
1076
1077 }