PWG4/CaloCalib/AliAnalysisTaskEMCALClusterize.cxx

   1 /**************************************************************************
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   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
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   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15 /* $Id: $ */
  16
  17 //_________________________________________________________________________
  18 // This analysis provides a new list of clusters to be used in other analysis
  19 //
  20 // Author: Gustavo Conesa Balbastre,
  21 //         Adapted from analysis class from Deepa Thomas
  22 //
  23 //
  24 //_________________________________________________________________________
  25
  26 // --- Root ---
  27 #include "TString.h"
  28 #include "TRefArray.h"
  29 #include "TClonesArray.h"
  30 #include "TTree.h"
  31 #include "TGeoManager.h"
  32 #include "TROOT.h"
  33 #include "TInterpreter.h"
  34 #include "TFile.h"
  35 //#include "string.h"
  36
  37 // --- AliRoot Analysis Steering
  38 #include "AliAnalysisTask.h"
  39 #include "AliAnalysisManager.h"
  40 #include "AliESDEvent.h"
  41 #include "AliGeomManager.h"
  42 #include "AliVCaloCells.h"
  43 #include "AliAODCaloCluster.h"
  44 #include "AliCDBManager.h"
  45 #include "AliCDBStorage.h"
  46 #include "AliCDBEntry.h"
  47 #include "AliLog.h"
  48 #include "AliVEventHandler.h"
  49 #include "AliAODInputHandler.h"
  50
  51 // --- EMCAL
  52 #include "AliEMCALRecParam.h"
  53 #include "AliEMCALAfterBurnerUF.h"
  54 #include "AliEMCALGeometry.h"
  55 #include "AliEMCALClusterizerNxN.h"
  56 #include "AliEMCALClusterizerv1.h"
  57 #include "AliEMCALClusterizerv2.h"
  58 #include "AliEMCALRecPoint.h"
  59 #include "AliEMCALDigit.h"
  60 #include "AliCaloCalibPedestal.h"
  61 #include "AliEMCALCalibData.h"
  62 #include "AliEMCALRecoUtils.h"
  63
  64 #include "AliAnalysisTaskEMCALClusterize.h"
  65
  66 ClassImp(AliAnalysisTaskEMCALClusterize)
  67
  68 //________________________________________________________________________
  69 AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AliAnalysisTaskEMCALClusterize(const char *name)
  70   : AliAnalysisTaskSE(name)
  71   , fGeom(0),               fGeomName("EMCAL_COMPLETEV1")
  72   , fGeomMatrixSet(kFALSE), fLoadGeomMatrices(kFALSE)
  73   , fCalibData(0),          fPedestalData(0)
  74   , fOCDBpath("raw://"),    fAccessOCDB(kFALSE)
  75   , fDigitsArr(0),          fClusterArr(0),             fCaloClusterArr(0)
  76   , fRecParam(0),           fClusterizer(0)
  77   , fUnfolder(0),           fJustUnfold(kFALSE)
  78   , fOutputAODBranch(0),    fOutputAODBranchName("newEMCALClusters")
  79   , fFillAODFile(kTRUE),    fFillAODHeader(0)
  80   , fFillAODCaloCells(0),   fRun(-1)
  81   , fRecoUtils(0),          fConfigName("")
  82   , fCellLabels(),          fCellSecondLabels(),        fCellTime()
  83   , fMaxEvent(1000000000),  fDoTrackMatching(kFALSE)
  84   , fSelectCell(kFALSE),    fSelectCellMinE(0.005),     fSelectCellMinFrac(0.001)
  85   , fRemoveLEDEvents(kFALSE)
  86 {
  87   //ctor
  88   for(Int_t i = 0; i < 10;    i++)  fGeomMatrix[i] =  0;
  89   for(Int_t j = 0; j < 24*48*11; j++)  {
  90     fCellLabels[j]       = -1;
  91     fCellSecondLabels[j] = -1;
  92     fCellTime[j]         =  0.;
  93   }
  94
  95   fDigitsArr       = new TClonesArray("AliEMCALDigit",200);
  96   fClusterArr      = new TObjArray(100);
  97   fCaloClusterArr  = new TObjArray(1000);
  98   fRecParam        = new AliEMCALRecParam;
  99   fBranchNames     = "ESD:AliESDHeader.,EMCALCells.";
 100   fRecoUtils       = new AliEMCALRecoUtils();
 101
 102 }
 103
 104 //________________________________________________________________________
 105 AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AliAnalysisTaskEMCALClusterize()
 106   : AliAnalysisTaskSE("DefaultAnalysis_AliAnalysisTaskEMCALClusterize")
 107 , fGeom(0),               fGeomName("EMCAL_COMPLETEV1")
 108 , fGeomMatrixSet(kFALSE), fLoadGeomMatrices(kFALSE)
 109 , fCalibData(0),          fPedestalData(0)
 110 , fOCDBpath("raw://"),    fAccessOCDB(kFALSE)
 111 , fDigitsArr(0),          fClusterArr(0),             fCaloClusterArr(0)
 112 , fRecParam(0),           fClusterizer(0)
 113 , fUnfolder(0),           fJustUnfold(kFALSE)
 114 , fOutputAODBranch(0),    fOutputAODBranchName("newEMCALClusters")
 115 , fFillAODFile(kTRUE),    fFillAODHeader(0)
 116 , fFillAODCaloCells(0),   fRun(-1)
 117 , fRecoUtils(0),          fConfigName("")
 118 , fCellLabels(),          fCellSecondLabels(),        fCellTime()
 119 , fMaxEvent(1000000000),  fDoTrackMatching(kFALSE)
 120 , fSelectCell(kFALSE),    fSelectCellMinE(0.005),     fSelectCellMinFrac(0.001)
 121 , fRemoveLEDEvents(kFALSE)
 122
 123 {
 124   // Constructor
 125   for(Int_t i = 0; i < 10;    i++)  fGeomMatrix[i] =  0;
 126   for(Int_t j = 0; j < 24*48*11; j++)  {
 127     fCellLabels[j]       = -1;
 128     fCellSecondLabels[j] = -1;
 129     fCellTime[j]         =  0.;
 130   }
 131   fDigitsArr       = new TClonesArray("AliEMCALDigit",200);
 132   fClusterArr      = new TObjArray(100);
 133   fCaloClusterArr  = new TObjArray(100);
 134   fRecParam        = new AliEMCALRecParam;
 135   fBranchNames     = "ESD:AliESDHeader.,EMCALCells.";
 136   fRecoUtils       = new AliEMCALRecoUtils();
 137 }
 138
 139
 140 //________________________________________________________________________
 141 AliAnalysisTaskEMCALClusterize::~AliAnalysisTaskEMCALClusterize()
 142 {
 143   //dtor
 144
 145   if (fDigitsArr){
 146     fDigitsArr->Clear("C");
 147     delete fDigitsArr;
 148   }
 149
 150   if (fClusterArr){
 151     fClusterArr->Delete();
 152     delete fClusterArr;
 153   }
 154
 155   if (fCaloClusterArr){
 156     fCaloClusterArr->Delete();
 157     delete fCaloClusterArr;
 158   }
 159
 160   if(fClusterizer) delete fClusterizer;
 161   if(fUnfolder)    delete fUnfolder;
 162   if(fRecoUtils)   delete fRecoUtils;
 163
 164 }
 165
 166 //-------------------------------------------------------------------
 167 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::Init()
 168 {
 169   //Init analysis with configuration macro if available
 170
 171   if(gROOT->LoadMacro(fConfigName) >=0){
 172     printf("Configure analysis with %s\n",fConfigName.Data());
 173     AliAnalysisTaskEMCALClusterize *clus = (AliAnalysisTaskEMCALClusterize*)gInterpreter->ProcessLine("ConfigEMCALClusterize()");
 174     fGeomName         = clus->fGeomName;
 175     fLoadGeomMatrices = clus->fLoadGeomMatrices;
 176     fOCDBpath         = clus->fOCDBpath;
 177     fAccessOCDB       = clus->fAccessOCDB;
 178     fRecParam         = clus->fRecParam;
 179     fJustUnfold       = clus->fJustUnfold;
 180     fFillAODFile      = clus->fFillAODFile;
 181     fRecoUtils        = clus->fRecoUtils;
 182     fConfigName       = clus->fConfigName;
 183     fMaxEvent         = clus->fMaxEvent;
 184     fDoTrackMatching  = clus->fDoTrackMatching;
 185     fOutputAODBranchName = clus->fOutputAODBranchName;
 186     for(Int_t i = 0; i < 10; i++) fGeomMatrix[i] = clus->fGeomMatrix[i] ;
 187
 188   }
 189
 190 }
 191
 192 //-------------------------------------------------------------------
 193 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::UserCreateOutputObjects()
 194 {
 195   // Init geometry, create list of output clusters
 196
 197   fGeom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(fGeomName) ;
 198   if(fOutputAODBranchName.Length()!=0){
 199     fOutputAODBranch = new TClonesArray("AliAODCaloCluster", 0);
 200     fOutputAODBranch->SetName(fOutputAODBranchName);
 201     AddAODBranch("TClonesArray", &fOutputAODBranch);
 202   }
 203   else {
 204     AliFatal("fOutputAODBranchName not set\n");
 205   }
 206 }
 207
 208 //________________________________________________________________________
 209 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::FillAODCaloCells() {
 210   // Put calo cells in standard branch
 211   AliVEvent * event = InputEvent();
 212   AliVCaloCells &eventEMcells = *(event->GetEMCALCells());
 213   Int_t nEMcell = eventEMcells.GetNumberOfCells() ;
 214
 215   AliAODCaloCells &aodEMcells = *(AODEvent()->GetEMCALCells());
 216   aodEMcells.CreateContainer(nEMcell);
 217   aodEMcells.SetType(AliVCaloCells::kEMCALCell);
 218   Double_t calibFactor = 1.;
 219   for (Int_t iCell = 0; iCell < nEMcell; iCell++) {
 220     Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 221     fGeom->GetCellIndex(eventEMcells.GetCellNumber(iCell),imod,iTower,iIphi,iIeta);
 222     fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 223
 224     if(fRecoUtils->IsRecalibrationOn()){
 225       calibFactor = fRecoUtils->GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi);
 226     }
 227
 228     if(!fRecoUtils->GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi)){ //Channel is not declared as bad
 229       aodEMcells.SetCell(iCell,eventEMcells.GetCellNumber(iCell),eventEMcells.GetAmplitude(iCell)*calibFactor);
 230     }
 231     else {
 232       aodEMcells.SetCell(iCell,eventEMcells.GetCellNumber(iCell),0);
 233     }
 234   }
 235   aodEMcells.Sort();
 236
 237 }
 238
 239 //________________________________________________________________________
 240 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::FillAODHeader() {
 241   //Put event header information in standard AOD branch
 242
 243   AliVEvent* event      = InputEvent();
 244   AliESDEvent* esdevent = dynamic_cast<AliESDEvent*> (event);
 245   AliAODEvent* aodevent = dynamic_cast<AliAODEvent*> (event);
 246
 247   Double_t pos[3]   ;
 248   Double_t covVtx[6];
 249   for (Int_t i = 0; i < 6; i++)  covVtx[i] = 0.;
 250
 251   AliAODHeader* header = AODEvent()->GetHeader();
 252   header->SetRunNumber(event->GetRunNumber());
 253
 254   if(esdevent){
 255     TTree* tree = fInputHandler->GetTree();
 256     if (tree) {
 257       TFile* file = tree->GetCurrentFile();
 258       if (file) header->SetESDFileName(file->GetName());
 259     }
 260   }
 261   else if (aodevent) header->SetESDFileName(aodevent->GetHeader()->GetESDFileName());
 262
 263   header->SetBunchCrossNumber(event->GetBunchCrossNumber());
 264   header->SetOrbitNumber(event->GetOrbitNumber());
 265   header->SetPeriodNumber(event->GetPeriodNumber());
 266   header->SetEventType(event->GetEventType());
 267
 268   //Centrality
 269   if(event->GetCentrality()){
 270     header->SetCentrality(new AliCentrality(*(event->GetCentrality())));
 271   }
 272   else{
 273     header->SetCentrality(0);
 274   }
 275
 276   //Trigger
 277   header->SetOfflineTrigger(fInputHandler->IsEventSelected()); // propagate the decision of the physics selection
 278   if      (esdevent) header->SetFiredTriggerClasses(esdevent->GetFiredTriggerClasses());
 279   else if (aodevent) header->SetFiredTriggerClasses(aodevent->GetFiredTriggerClasses());
 280   header->SetTriggerMask(event->GetTriggerMask());
 281   header->SetTriggerCluster(event->GetTriggerCluster());
 282   if(esdevent){
 283     header->SetL0TriggerInputs(esdevent->GetHeader()->GetL0TriggerInputs());
 284     header->SetL1TriggerInputs(esdevent->GetHeader()->GetL1TriggerInputs());
 285     header->SetL2TriggerInputs(esdevent->GetHeader()->GetL2TriggerInputs());
 286   }
 287   else if (aodevent){
 288     header->SetL0TriggerInputs(aodevent->GetHeader()->GetL0TriggerInputs());
 289     header->SetL1TriggerInputs(aodevent->GetHeader()->GetL1TriggerInputs());
 290     header->SetL2TriggerInputs(aodevent->GetHeader()->GetL2TriggerInputs());
 291   }
 292
 293   header->SetMagneticField(event->GetMagneticField());
 294   //header->SetMuonMagFieldScale(esdevent->GetCurrentDip()/6000.);
 295
 296   header->SetZDCN1Energy(event->GetZDCN1Energy());
 297   header->SetZDCP1Energy(event->GetZDCP1Energy());
 298   header->SetZDCN2Energy(event->GetZDCN2Energy());
 299   header->SetZDCP2Energy(event->GetZDCP2Energy());
 300   header->SetZDCEMEnergy(event->GetZDCEMEnergy(0),event->GetZDCEMEnergy(1));
 301
 302   Float_t diamxy[2]={event->GetDiamondX(),event->GetDiamondY()};
 303   Float_t diamcov[3];
 304   event->GetDiamondCovXY(diamcov);
 305   header->SetDiamond(diamxy,diamcov);
 306   if      (esdevent) header->SetDiamondZ(esdevent->GetDiamondZ(),esdevent->GetSigma2DiamondZ());
 307   else if (aodevent) header->SetDiamondZ(aodevent->GetDiamondZ(),aodevent->GetSigma2DiamondZ());
 308
 309   //
 310   //
 311   Int_t nVertices = 1 ;/* = prim. vtx*/;
 312   Int_t nCaloClus = event->GetNumberOfCaloClusters();
 313
 314   AODEvent()->ResetStd(0, nVertices, 0, 0, 0, nCaloClus, 0, 0);
 315
 316   // Access to the AOD container of vertices
 317   TClonesArray &vertices = *(AODEvent()->GetVertices());
 318   Int_t jVertices=0;
 319
 320   // Add primary vertex. The primary tracks will be defined
 321   // after the loops on the composite objects (V0, cascades, kinks)
 322   event->GetPrimaryVertex()->GetXYZ(pos);
 323   Float_t chi = 0;
 324   if      (esdevent){
 325     esdevent->GetPrimaryVertex()->GetCovMatrix(covVtx);
 326     chi = esdevent->GetPrimaryVertex()->GetChi2toNDF();
 327   }
 328   else if (aodevent){
 329     aodevent->GetPrimaryVertex()->GetCovMatrix(covVtx);
 330     chi = aodevent->GetPrimaryVertex()->GetChi2perNDF();//Different from ESD?
 331   }
 332
 333   AliAODVertex * primary = new(vertices[jVertices++])
 334   AliAODVertex(pos, covVtx, chi, NULL, -1, AliAODVertex::kPrimary);
 335   primary->SetName(event->GetPrimaryVertex()->GetName());
 336   primary->SetTitle(event->GetPrimaryVertex()->GetTitle());
 337
 338 }
 339
 340 //________________________________________________________________________
 341 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::UserExec(Option_t *)
 342 {
 343   // Main loop
 344   // Called for each event
 345
 346   AliAODInputHandler* aodIH = dynamic_cast<AliAODInputHandler*>((AliAnalysisManager::GetAnalysisManager())->GetInputEventHandler());
 347   Int_t eventN = Entry();
 348   if(aodIH) eventN = aodIH->GetReadEntry();
 349
 350   if (eventN > fMaxEvent) return;
 351   //printf("Clusterizer --- Event %d-- \n",eventN);
 352
 353   //Remove the contents of output list set in the previous event
 354   fOutputAODBranch->Clear("C");
 355
 356   //Magic line to write events to AOD file
 357   AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetOutputEventHandler()->SetFillAOD(fFillAODFile);
 358   LoadBranches();
 359
 360   //Init pointers, clusterizer, ocdb
 361   if(fAccessOCDB) AccessOCDB();
 362   InitClusterization();
 363
 364   //Get the event
 365   AliVEvent   * event    = 0;
 366   AliESDEvent * esdevent = 0;
 367
 368   //Fill output event with header
 369
 370   //Check if input event are embedded events
 371   //If so, take output event
 372   if (aodIH && aodIH->GetMergeEvents()) {
 373     //printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::UserExec() - Use embedded events\n");
 374     event  = AODEvent();
 375
 376     if(!aodIH->GetMergeEMCALCells())
 377       AliFatal("Events merged but not EMCAL cells, check analysis settings!");
 378
 379     //    printf("InputEvent  N Clusters %d, N Cells %d\n",InputEvent()->GetNumberOfCaloClusters(),
 380     //           InputEvent()->GetEMCALCells()->GetNumberOfCells());
 381     //    printf("MergedEvent  N Clusters %d, N Cells %d\n",aodIH->GetEventToMerge()->GetNumberOfCaloClusters(),
 382     //           aodIH->GetEventToMerge()->GetEMCALCells()->GetNumberOfCells());
 383     //    for (Int_t icl=0; icl < aodIH->GetEventToMerge()->GetNumberOfCaloClusters(); icl++) {
 384     //        AliAODCaloCluster *sigCluster = aodIH->GetEventToMerge()->GetCaloCluster(icl);
 385     //        if(sigCluster->IsEMCAL()) printf("Signal cluster: i %d, E  %f\n",icl,sigCluster->E());
 386     //    }
 387     //    printf("OutputEvent N Clusters %d, N Cells %d\n", AODEvent()->GetNumberOfCaloClusters(),
 388     //           AODEvent()->GetEMCALCells()->GetNumberOfCells());
 389
 390   }
 391   else {
 392     event =  InputEvent();
 393     esdevent = dynamic_cast<AliESDEvent*>(InputEvent());
 394     if(fFillAODCaloCells) FillAODCaloCells();
 395     if(fFillAODHeader)    FillAODHeader();
 396   }
 397
 398   if (!event) {
 399     Error("UserExec","Event not available");
 400     return;
 401   }
 402
 403   //-------------------------------------------------------------------------------------
 404   // Reject event if large clusters with large energy
 405   // Use only for LHC11a data for the moment, and if input is clusterizer V1 or V1+unfolding
 406   // If clusterzer NxN or V2 it does not help
 407   //-------------------------------------------------------------------------------------
 408   if(fRemoveLEDEvents){
 409     for (Int_t i = 0; i < InputEvent()->GetNumberOfCaloClusters(); i++)
 410     {
 411       AliVCluster *clus = InputEvent()->GetCaloCluster(i);
 412       if(clus->IsEMCAL()){
 413
 414         if ((clus->E() > 500 && clus->GetNCells() > 200 ) || clus->GetNCells() > 200) {
 415           Int_t absID = clus->GetCellsAbsId()[0];
 416           Int_t sm = fGeom->GetSuperModuleNumber(absID);
 417           printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize - reject event with cluster : E %f, ncells %d, absId(0) %d, SM %d\n",clus->E(),  clus->GetNCells(),absID, sm);
 418
 419           return;
 420         }
 421       }
 422     }
 423
 424     // Count number of cells with energy larger than 0.1 in SM3, cut on this number
 425     Int_t ncells = 0;
 426     for(Int_t icell = 0; icell < event->GetEMCALCells()->GetNumberOfCells(); icell++){
 427       if(event->GetEMCALCells()->GetAmplitude(icell) > 0.1 && event->GetEMCALCells()->GetCellNumber(icell)/(24*48)==3) ncells++;
 428     }
 429
 430     TString triggerclasses = "";
 431     if(esdevent) triggerclasses = esdevent             ->GetFiredTriggerClasses();
 432     else         triggerclasses = ((AliAODEvent*)event)->GetFiredTriggerClasses();
 433
 434     Int_t ncellcut = 21;
 435     if(triggerclasses.Contains("EMC")) ncellcut = 35;
 436
 437     if(ncells >= ncellcut ){
 438       printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize - reject event with cluster  - reject event with ncells in SM3: ncells %d\n",ncells);
 439
 440       return;
 441     }
 442
 443   }// Remove LED events
 444
 445   //-------------------------------------------------------------------------------------
 446   //Set the geometry matrix, for the first event, skip the rest
 447   //-------------------------------------------------------------------------------------
 448   if(!fGeomMatrixSet){
 449     if(fLoadGeomMatrices){
 450       for(Int_t mod=0; mod < (fGeom->GetEMCGeometry())->GetNumberOfSuperModules(); mod++){
 451         if(fGeomMatrix[mod]){
 452           if(DebugLevel() > 1)
 453             fGeomMatrix[mod]->Print();
 454           fGeom->SetMisalMatrix(fGeomMatrix[mod],mod) ;
 455         }
 456         fGeomMatrixSet=kTRUE;
 457       }//SM loop
 458     }//Load matrices
 459     else if(!gGeoManager){
 460       Info("UserExec","Get geo matrices from data");
 461       //Still not implemented in AOD, just a workaround to be able to work at least with ESDs
 462       if(!strcmp(event->GetName(),"AliAODEvent")) {
 463         if(DebugLevel() > 1)
 464           Warning("UserExec","Use ideal geometry, values geometry matrix not kept in AODs.");
 465       }//AOD
 466       else {
 467         if(DebugLevel() > 1)
 468           Info("UserExec","AliAnalysisTaskEMCALClusterize Load Misaligned matrices.");
 469         AliESDEvent* esd = dynamic_cast<AliESDEvent*>(event) ;
 470         if(!esd) {
 471           Error("UserExec","This event does not contain ESDs?");
 472           return;
 473         }
 474         for(Int_t mod=0; mod < (fGeom->GetEMCGeometry())->GetNumberOfSuperModules(); mod++){
 475           if(DebugLevel() > 1)
 476             esd->GetEMCALMatrix(mod)->Print();
 477           if(esd->GetEMCALMatrix(mod)) fGeom->SetMisalMatrix(esd->GetEMCALMatrix(mod),mod) ;
 478         }
 479         fGeomMatrixSet=kTRUE;
 480       }//ESD
 481     }//Load matrices from Data
 482
 483     //Recover time dependent corrections, put then in recalibration histograms. Do it once
 484     fRecoUtils->SetRunDependentCorrections(InputEvent()->GetRunNumber());
 485
 486   }//first event
 487
 488   //Get the list of cells needed for unfolding and reclustering
 489   AliVCaloCells *cells   = event->GetEMCALCells();
 490   Int_t    nClustersOrg  = 0;
 491   Double_t cellAmplitude = 0;
 492   Double_t cellTime      = 0;
 493   Short_t  cellNumber    = 0;
 494
 495   //-------------------------------------------
 496   //---------Unfolding clusters----------------
 497   //-------------------------------------------
 498   if (fJustUnfold) {
 499
 500     //Fill the array with the EMCAL clusters, copy them
 501     for (Int_t i = 0; i < event->GetNumberOfCaloClusters(); i++)
 502     {
 503       AliVCluster *clus = event->GetCaloCluster(i);
 504       if(clus->IsEMCAL()){
 505
 506         //recalibrate/remove bad channels/etc if requested
 507         if(fRecoUtils->ClusterContainsBadChannel(fGeom,clus->GetCellsAbsId(), clus->GetNCells())){
 508           continue;
 509         }
 510
 511         if(fRecoUtils->IsRecalibrationOn()){
 512
 513           //Calibrate cluster
 514           //printf("Energy before %f ",clus->E());
 515           fRecoUtils->RecalibrateClusterEnergy(fGeom, clus, cells);
 516           //printf("; after %f\n",clus->E());
 517
 518           //CalibrateCells
 519           for (Int_t icell = 0; icell < cells->GetNumberOfCells(); icell++)
 520           {
 521             if (cells->GetCell(icell, cellNumber, cellAmplitude, cellTime) != kTRUE)
 522               break;
 523
 524
 525             Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 526             fGeom->GetCellIndex(cellNumber,imod,iTower,iIphi,iIeta);
 527             fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 528
 529             //Do not include bad channels found in analysis?
 530             if( fRecoUtils->IsBadChannelsRemovalSwitchedOn() &&
 531                 fRecoUtils->GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi)){
 532               fCellLabels[cellNumber]      =-1; //reset the entry in the array for next event
 533               fCellSecondLabels[cellNumber]=-1; //reset the entry in the array for next event
 534               fCellTime[cellNumber]        = 0.;
 535               continue;
 536             }
 537
 538             cells->SetCell(icell, cellNumber, cellAmplitude*fRecoUtils->GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi),cellTime);
 539
 540           }// cells loop
 541         }// recalibrate
 542
 543         //Cast to ESD or AOD, needed to create the cluster array
 544         AliESDCaloCluster * esdCluster = dynamic_cast<AliESDCaloCluster*> (clus);
 545         AliAODCaloCluster * aodCluster = dynamic_cast<AliAODCaloCluster*> (clus);
 546         if     (esdCluster){
 547           fCaloClusterArr->Add( new AliESDCaloCluster(*esdCluster) );
 548         }//ESD
 549         else if(aodCluster){
 550           fCaloClusterArr->Add( new AliAODCaloCluster(*aodCluster) );
 551         }//AOD
 552         else
 553           Warning("UserExec()"," - Wrong CaloCluster type?");
 554         nClustersOrg++;
 555       }
 556     }
 557
 558     //Do the unfolding
 559     fUnfolder->UnfoldClusters(fCaloClusterArr, cells);
 560
 561     //CLEAN-UP
 562     fUnfolder->Clear();
 563
 564   } // just unfold ESD/AOD cluster
 565
 566   //-------------------------------------------
 567   //---------- Recluster cells ----------------
 568   //-------------------------------------------
 569
 570   else{
 571     //-------------------------------------------------------------------------------------
 572     //Transform CaloCells into Digits
 573     //-------------------------------------------------------------------------------------
 574
 575     //In case of MC, first loop on the clusters and fill MC label to array
 576     //.....................................................................
 577
 578     //    for(Int_t j = 0; j < 24*48*11; j++)  {
 579     //      if(fCellLabels[j]      !=-1) printf("Not well initialized cell %d, label1 %d\n",j,fCellLabels[j]      ) ;
 580     //      if(fCellSecondLabels[j]!=-1) printf("Not well initialized cell %d, label2 %d\n",j,fCellSecondLabels[j]) ;
 581     //    }
 582
 583     Int_t nClusters = event->GetNumberOfCaloClusters();
 584     if(aodIH && aodIH->GetEventToMerge())  //Embedding
 585       nClusters = aodIH->GetEventToMerge()->GetNumberOfCaloClusters(); //Get clusters directly from embedded signal
 586     for (Int_t i = 0; i < nClusters; i++)
 587     {
 588       AliVCluster *clus = 0;
 589       if(aodIH && aodIH->GetEventToMerge()) //Embedding
 590         clus = aodIH->GetEventToMerge()->GetCaloCluster(i); //Get clusters directly from embedded signal
 591       else
 592         clus = event->GetCaloCluster(i);
 593
 594       if(!clus) {
 595         printf("AliEMCALReclusterize::UserExec() - No Clusters\n");
 596         return;
 597       }
 598
 599       if(clus->IsEMCAL()){
 600         //printf("Cluster Signal %d, energy %f\n",clus->GetID(),clus->E());
 601         Int_t label = clus->GetLabel();
 602         Int_t label2 = -1 ;
 603         if (clus->GetNLabels()>=2) label2 = clus->GetLabelAt(1) ;
 604         UShort_t * index    = clus->GetCellsAbsId() ;
 605         for(Int_t icell=0; icell < clus->GetNCells(); icell++ ){
 606           fCellLabels[index[icell]]       = label;
 607           fCellSecondLabels[index[icell]] = label2;
 608           //printf("Clusterizer in : TOF %g\n",clus->GetTOF()*1.e9);
 609
 610           fCellTime[icell]                = clus->GetTOF();
 611
 612           //printf("1) absID %d, label[0] %d label[1] %d\n",index[icell], fCellLabels[index[icell]],fCellSecondLabels[index[icell]]);
 613         }
 614         nClustersOrg++;
 615       }
 616     }
 617
 618     // Create digits
 619     //.................
 620     Int_t    idigit =  0;
 621     Int_t    id     = -1;
 622     Float_t  amp    = -1;
 623     Double_t time   = -1;
 624
 625     TTree *digitsTree = new TTree("digitstree","digitstree");
 626     digitsTree->Branch("EMCAL","TClonesArray", &fDigitsArr, 32000);
 627
 628     Int_t bc = InputEvent()->GetBunchCrossNumber();
 629
 630     for (Int_t icell = 0; icell < cells->GetNumberOfCells(); icell++)
 631     {
 632       if (cells->GetCell(icell, cellNumber, cellAmplitude, cellTime) != kTRUE)
 633         break;
 634
 635       time = cellTime;
 636       amp  = cellAmplitude;
 637       id   = cellNumber;
 638
 639       Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 640       fGeom->GetCellIndex(id,imod,iTower,iIphi,iIeta);
 641       fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 642
 643       //Do not include bad channels found in analysis?
 644       if( fRecoUtils->IsBadChannelsRemovalSwitchedOn() &&
 645          fRecoUtils->GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi)){
 646         fCellLabels[id]      =-1; //reset the entry in the array for next event
 647         fCellSecondLabels[id]=-1; //reset the entry in the array for next event
 648         fCellTime[id]        = 0.;
 649         //printf("Remove channel %d\n",id);
 650         continue;
 651       }
 652
 653       //Recalibrate?
 654       if(fRecoUtils->IsRecalibrationOn()){
 655         //printf("CalibFactor %f times %f for id %d\n",fRecoUtils->GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi),amp,id);
 656         amp *=fRecoUtils->GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi);
 657       }
 658
 659       // In case of AOD analysis cell time is 0, approximate replacing by time of the cluster the digit belongs.
 660       if (time*1e9 < 1.) time = fCellTime[id];
 661
 662       // Recalibrate time
 663       fRecoUtils->RecalibrateCellTime(id,bc,time);
 664
 665 //      printf("Clusterizer: Id %d, Time org %e, Time new %e; Amp org %f, Amp new %f\n",
 666 //             id, cells->GetTime(icell),time, cells->GetAmplitude(icell),amp);
 667
 668
 669       //Create the digit, put a fake primary deposited energy to trick the clusterizer when checking the most likely primary
 670       new((*fDigitsArr)[idigit]) AliEMCALDigit( fCellLabels[id], fCellLabels[id],id, amp, time,AliEMCALDigit::kHG,idigit, 0, 0, 1);
 671       //if(fCellLabels[id]>=0)printf("2) Digit cell %d, label %d\n",id,fCellLabels[id]) ;
 672       //else                  printf("2) Digit cell %d, no label, amp %f \n",id,amp) ;
 673       fCellLabels[id]      =-1; //reset the entry in the array for next event
 674
 675       //printf("Digit: Id %d, amp %f, time %e, index %d\n",id, amp,time,idigit);
 676       idigit++;
 677     }
 678
 679     //Fill the tree with digits
 680     digitsTree->Fill();
 681
 682     //-------------------------------------------------------------------------------------
 683     //Do the clusterization
 684     //-------------------------------------------------------------------------------------
 685     TTree *clustersTree = new TTree("clustertree","clustertree");
 686
 687     fClusterizer->SetInput(digitsTree);
 688     fClusterizer->SetOutput(clustersTree);
 689     fClusterizer->Digits2Clusters("");
 690
 691     //-------------------------------------------------------------------------------------
 692     //Transform the recpoints into AliVClusters
 693     //-------------------------------------------------------------------------------------
 694
 695     clustersTree->SetBranchStatus("*",0); //disable all branches
 696     clustersTree->SetBranchStatus("EMCALECARP",1); //Enable only the branch we need
 697
 698     TBranch *branch = clustersTree->GetBranch("EMCALECARP");
 699     branch->SetAddress(&fClusterArr);
 700     branch->GetEntry(0);
 701
 702     RecPoints2Clusters(fDigitsArr, fClusterArr, fCaloClusterArr);
 703
 704     if(!fCaloClusterArr){
 705       printf("AliAnalisysTaskEMCALClusterize::UserExec() - No array with CaloClusters, input RecPoints entries %d\n",fClusterArr->GetEntriesFast());
 706       return;
 707     }
 708
 709     if( DebugLevel() > 0 && fCaloClusterArr->GetEntriesFast() != fClusterArr->GetEntriesFast()){
 710       printf("AliAnalisysTaskEMCALClusterize::UserExec() - Some RecRoints not transformed into CaloClusters (clusterizer %d, unfold %d): Input entries %d - Output entries %d - %d (not fast)\n",
 711              fRecParam->GetClusterizerFlag(),fRecParam->GetUnfold(),
 712              fClusterArr->GetEntriesFast(), fCaloClusterArr->GetEntriesFast(), fCaloClusterArr->GetEntries());
 713     }
 714
 715     //Reset the array with second labels for this event
 716     memset(fCellSecondLabels, -1, sizeof(fCellSecondLabels));
 717
 718     //---CLEAN UP-----
 719     fClusterizer->Clear();
 720     fDigitsArr  ->Clear("C");
 721     fClusterArr ->Delete(); // Do not Clear(), it leaks, why?
 722
 723     clustersTree->Delete("all");
 724     digitsTree  ->Delete("all");
 725   }
 726
 727   //Recalculate track-matching for the new clusters, only with ESDs
 728   if(fDoTrackMatching) fRecoUtils->FindMatches(event,fCaloClusterArr,fGeom);
 729
 730
 731   //-------------------------------------------------------------------------------------
 732   //Put the new clusters in the AOD list
 733   //-------------------------------------------------------------------------------------
 734
 735   Int_t kNumberOfCaloClusters   = fCaloClusterArr->GetEntriesFast();
 736   //printf("New clusters %d, Org clusters %d\n",kNumberOfCaloClusters, nClustersOrg);
 737   for(Int_t i = 0; i < kNumberOfCaloClusters; i++){
 738     AliAODCaloCluster *newCluster = (AliAODCaloCluster *) fCaloClusterArr->At(i);
 739     //if(Entry()==0) Info("UserExec","newCluster E %f\n", newCluster->E());
 740
 741     //Add matched track
 742     if(fDoTrackMatching){
 743       Int_t trackIndex = fRecoUtils->GetMatchedTrackIndex(i);
 744       if(trackIndex >= 0){
 745         newCluster->AddTrackMatched(event->GetTrack(trackIndex));
 746         if(DebugLevel() > 1)
 747           Info("UserExec","Matched Track index %d to new cluster %d \n",trackIndex,i);
 748       }
 749     }
 750
 751     //In case of new bad channels, recalculate distance to bad channels
 752     if(fRecoUtils->IsBadChannelsRemovalSwitchedOn()){
 753       //printf("DistToBad before %f ",newCluster->GetDistanceToBadChannel());
 754       fRecoUtils->RecalculateClusterDistanceToBadChannel(fGeom, event->GetEMCALCells(), newCluster);
 755       //printf("; after %f \n",newCluster->GetDistanceToBadChannel());
 756     }
 757
 758     //    if(newCluster->GetNLabels()>0){
 759     //      printf("3) MC: N labels %d, label %d ; ", newCluster->GetNLabels(), newCluster->GetLabel() );
 760     //      UShort_t * newindex    = newCluster->GetCellsAbsId() ;
 761     //      for(Int_t icell=0; icell < newCluster->GetNCells(); icell++ ){
 762     //       printf("\t absID %d\n",newindex[icell]);
 763     //     }
 764     //    }
 765
 766     //    printf("Cluster %d, energy %f\n",newCluster->GetID(),newCluster->E());
 767     //    printf("labels: ");
 768     //    for(UInt_t ilab = 0; ilab < newCluster->GetNLabels(); ilab++)
 769     //      printf("Label[%d]: %d ",ilab, newCluster->GetLabelAt(ilab));
 770     //     printf("\n ");
 771
 772     newCluster->SetID(i);
 773     new((*fOutputAODBranch)[i])  AliAODCaloCluster(*newCluster);
 774   }
 775
 776   //if(fOutputAODBranchName.Length()!=0)
 777   fOutputAODBranch->Expand(kNumberOfCaloClusters); // resize TObjArray to 'remove' slots
 778
 779   //---CLEAN UP-----
 780   fCaloClusterArr->Delete(); // Do not Clear(), it leaks, why?
 781 }
 782
 783 //_____________________________________________________________________
 784 Bool_t AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AccessOCDB()
 785 {
 786   //Access to OCDB stuff
 787
 788   AliVEvent * event = InputEvent();
 789   if (!event)
 790   {
 791     Warning("AccessOCDB","Event not available!!!");
 792     return kFALSE;
 793   }
 794
 795   if (event->GetRunNumber()==fRun)
 796     return kTRUE;
 797   fRun = event->GetRunNumber();
 798
 799   if(DebugLevel() > 1 )
 800     Info("AccessODCD()"," Begin");
 801
 802   //fGeom = AliEMCALGeometry::GetInstance(fGeomName);
 803
 804   AliCDBManager *cdb = AliCDBManager::Instance();
 805
 806
 807   if (fOCDBpath.Length()){
 808     cdb->SetDefaultStorage(fOCDBpath.Data());
 809     Info("AccessOCDB","Default storage %s",fOCDBpath.Data());
 810   }
 811
 812   cdb->SetRun(event->GetRunNumber());
 813
 814   //
 815   // EMCAL from RAW OCDB
 816   if (fOCDBpath.Contains("alien:"))
 817   {
 818     cdb->SetSpecificStorage("EMCAL/Calib/Data","alien://Folder=/alice/data/2010/OCDB");
 819     cdb->SetSpecificStorage("EMCAL/Calib/Pedestals","alien://Folder=/alice/data/2010/OCDB");
 820   }
 821
 822   TString path = cdb->GetDefaultStorage()->GetBaseFolder();
 823
 824   // init parameters:
 825
 826   //Get calibration parameters
 827   if(!fCalibData)
 828   {
 829     AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 830     AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Data");
 831
 832     if (entry) fCalibData =  (AliEMCALCalibData*) entry->GetObject();
 833   }
 834
 835   if(!fCalibData)
 836     AliFatal("Calibration parameters not found in CDB!");
 837
 838   //Get calibration parameters
 839   if(!fPedestalData)
 840   {
 841     AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 842     AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Pedestals");
 843
 844     if (entry) fPedestalData =  (AliCaloCalibPedestal*) entry->GetObject();
 845   }
 846
 847   if(!fPedestalData)
 848     AliFatal("Dead map not found in CDB!");
 849
 850   return kTRUE;
 851 }
 852
 853 //________________________________________________________________________________________
 854 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::InitClusterization()
 855 {
 856   //Select clusterization/unfolding algorithm and set all the needed parameters
 857
 858   if (fJustUnfold){
 859     // init the unfolding afterburner
 860     delete fUnfolder;
 861     fUnfolder =  new AliEMCALAfterBurnerUF(fRecParam->GetW0(),fRecParam->GetLocMaxCut());
 862     return;
 863   }
 864
 865   //First init the clusterizer
 866   delete fClusterizer;
 867   if     (fRecParam->GetClusterizerFlag() == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1)
 868     fClusterizer = new AliEMCALClusterizerv1 (fGeom, fCalibData, fPedestalData);
 869   else if(fRecParam->GetClusterizerFlag() == AliEMCALRecParam::kClusterizerv2)
 870     fClusterizer = new AliEMCALClusterizerv2(fGeom, fCalibData, fPedestalData);
 871   else if(fRecParam->GetClusterizerFlag() == AliEMCALRecParam::kClusterizerNxN){
 872     fClusterizer = new AliEMCALClusterizerNxN(fGeom, fCalibData, fPedestalData);
 873     fClusterizer->SetNRowDiff(fRecParam->GetNRowDiff());
 874     fClusterizer->SetNColDiff(fRecParam->GetNColDiff());
 875   } else {
 876     AliFatal(Form("Clusterizer < %d > not available", fRecParam->GetClusterizerFlag()));
 877   }
 878
 879   //Now set the parameters
 880   fClusterizer->SetECAClusteringThreshold( fRecParam->GetClusteringThreshold() );
 881   fClusterizer->SetECALogWeight          ( fRecParam->GetW0()                  );
 882   fClusterizer->SetMinECut               ( fRecParam->GetMinECut()             );
 883   fClusterizer->SetUnfolding             ( fRecParam->GetUnfold()              );
 884   fClusterizer->SetECALocalMaxCut        ( fRecParam->GetLocMaxCut()           );
 885   fClusterizer->SetTimeCut               ( fRecParam->GetTimeCut()             );
 886   fClusterizer->SetTimeMin               ( fRecParam->GetTimeMin()             );
 887   fClusterizer->SetTimeMax               ( fRecParam->GetTimeMax()             );
 888   fClusterizer->SetInputCalibrated       ( kTRUE                               );
 889   fClusterizer->SetJustClusters          ( kTRUE                               );
 890   //In case of unfolding after clusterization is requested, set the corresponding parameters
 891   if(fRecParam->GetUnfold()){
 892     Int_t i=0;
 893     for (i = 0; i < 8; i++) {
 894       fClusterizer->SetSSPars(i, fRecParam->GetSSPars(i));
 895     }//end of loop over parameters
 896     for (i = 0; i < 3; i++) {
 897       fClusterizer->SetPar5  (i, fRecParam->GetPar5(i));
 898       fClusterizer->SetPar6  (i, fRecParam->GetPar6(i));
 899     }//end of loop over parameters
 900
 901     fClusterizer->InitClusterUnfolding();
 902
 903   }// to unfold
 904 }
 905
 906 //________________________________________________________________________________________
 907 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters(TClonesArray *digitsArr, TObjArray *recPoints, TObjArray *clusArray)
 908 {
 909   // Restore clusters from recPoints
 910   // Cluster energy, global position, cells and their amplitude fractions are restored
 911   Int_t j = 0;
 912   for(Int_t i = 0; i < recPoints->GetEntriesFast(); i++)
 913   {
 914     AliEMCALRecPoint *recPoint = (AliEMCALRecPoint*) recPoints->At(i);
 915
 916     const Int_t ncells = recPoint->GetMultiplicity();
 917     Int_t ncellsTrue = 0;
 918
 919     if(recPoint->GetEnergy() < fRecParam->GetClusteringThreshold()) continue;
 920
 921     // cells and their amplitude fractions
 922     UShort_t   absIds[ncells];
 923     Double32_t ratios[ncells];
 924
 925     //For later check embedding
 926     AliAODInputHandler* aodIH = dynamic_cast<AliAODInputHandler*>((AliAnalysisManager::GetAnalysisManager())->GetInputEventHandler());
 927
 928     Float_t clusterE = 0;
 929     for (Int_t c = 0; c < ncells; c++) {
 930       AliEMCALDigit *digit = (AliEMCALDigit*) digitsArr->At(recPoint->GetDigitsList()[c]);
 931
 932       absIds[ncellsTrue] = digit->GetId();
 933       ratios[ncellsTrue] = recPoint->GetEnergiesList()[c]/digit->GetAmplitude();
 934
 935       // In case of unfolding, remove digits with unfolded energy too low
 936       if(fSelectCell){
 937         if     (recPoint->GetEnergiesList()[c] < fSelectCellMinE || ratios[ncellsTrue] < fSelectCellMinFrac)  {
 938
 939           if(DebugLevel() > 1)  {
 940             printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters() - Too small energy in cell of cluster: cluster cell %f, digit %f\n",
 941                    recPoint->GetEnergiesList()[c],digit->GetAmplitude());
 942           }
 943
 944           continue;
 945
 946         } // if cuts
 947       }// Select cells
 948
 949       //Recalculate cluster energy and number of cluster cells in case any of the cells was rejected
 950       ncellsTrue++;
 951       clusterE  +=recPoint->GetEnergiesList()[c];
 952
 953       // In case of embedding, fill ratio with amount of signal,
 954       if (aodIH && aodIH->GetMergeEvents()) {
 955
 956         //AliVCaloCells* inEMCALCells = InputEvent()->GetEMCALCells();
 957         AliVCaloCells* meEMCALCells = aodIH->GetEventToMerge()->GetEMCALCells();
 958         AliVCaloCells* ouEMCALCells = AODEvent()->GetEMCALCells();
 959
 960         Float_t sigAmplitude = meEMCALCells->GetCellAmplitude(absIds[ncellsTrue]);
 961         //Float_t bkgAmplitude = inEMCALCells->GetCellAmplitude(absIds[ncellsTrue]);
 962         Float_t sumAmplitude = ouEMCALCells->GetCellAmplitude(absIds[ncellsTrue]);
 963         //printf("\t AbsID %d, amplitude : bkg %f, sigAmplitude %f, summed %f - %f\n",absIds[ncellsTrue], bkgAmplitude, sigAmplitude, sumAmplitude, digit->GetAmplitude());
 964
 965         if(sumAmplitude > 0) ratios[ncellsTrue] = sigAmplitude/sumAmplitude;
 966         //printf("\t \t ratio %f\n",ratios[ncellsTrue]);
 967
 968       }//Embedding
 969
 970     }// cluster cell loop
 971
 972     if (ncellsTrue < 1) {
 973       if (DebugLevel() > 1)
 974         printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters() - Skipping cluster with no cells avobe threshold E = %f, ncells %d\n",
 975                recPoint->GetEnergy(), ncells);
 976       continue;
 977     }
 978
 979     //if(ncellsTrue != ncells) printf("Old E %f, ncells %d; New E %f, ncells %d\n",recPoint->GetEnergy(),ncells,clusterE,ncellsTrue);
 980
 981     if(clusterE <  fRecParam->GetClusteringThreshold()) {
 982       if (DebugLevel()>1)
 983         printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters() - Remove cluster with energy below seed threshold %f\n",clusterE);
 984       continue;
 985     }
 986
 987     TVector3 gpos;
 988     Float_t g[3];
 989
 990     // calculate new cluster position
 991     recPoint->EvalGlobalPosition(fRecParam->GetW0(), digitsArr);
 992     recPoint->GetGlobalPosition(gpos);
 993     gpos.GetXYZ(g);
 994
 995     // create a new cluster
 996     //AliAODCaloCluster *clus = new AliAODCaloCluster();
 997     (*clusArray)[j] = new AliAODCaloCluster() ;
 998     AliAODCaloCluster *clus = dynamic_cast<AliAODCaloCluster *>( clusArray->At(j) ) ;
 999     j++;
1000     clus->SetType(AliVCluster::kEMCALClusterv1);
1001     clus->SetE(clusterE);//recPoint->GetEnergy());
1002     clus->SetPosition(g);
1003     clus->SetNCells(ncellsTrue);
1004     clus->SetCellsAbsId(absIds);
1005     clus->SetCellsAmplitudeFraction(ratios);
1006     clus->SetChi2(-1); //not yet implemented
1007     clus->SetTOF(recPoint->GetTime()) ; //time-of-flight
1008     clus->SetNExMax(recPoint->GetNExMax()); //number of local maxima
1009     clus->SetDistanceToBadChannel(recPoint->GetDistanceToBadTower());
1010
1011     if(ncells == ncellsTrue){
1012       Float_t elipAxis[2];
1013       recPoint->GetElipsAxis(elipAxis);
1014       clus->SetM02(elipAxis[0]*elipAxis[0]) ;
1015       clus->SetM20(elipAxis[1]*elipAxis[1]) ;
1016       clus->SetDispersion(recPoint->GetDispersion());
1017     }
1018     else if(fSelectCell){
1019       // In case some cells rejected, in unfolding case, recalculate
1020       // shower shape parameters and position
1021       AliVCaloCells* cells = 0x0;
1022       if (aodIH && aodIH->GetMergeEvents()) cells = AODEvent()  ->GetEMCALCells();
1023       else                                  cells = InputEvent()->GetEMCALCells();
1024       fRecoUtils->RecalculateClusterShowerShapeParameters(fGeom,cells,clus);
1025       fRecoUtils->RecalculateClusterPID(clus);
1026       fRecoUtils->RecalculateClusterPosition(fGeom,cells,clus);
1027
1028 //      Float_t elipAxis[2];
1029 //      recPoint->GetElipsAxis(elipAxis);
1030 //      if(ncellsTrue > 2)
1031 //      printf("SS, old: l0 %f, l1 %f, D %f; New l0 %f, l1 %f, D %f\n",
1032 //             elipAxis[0]*elipAxis[0],elipAxis[1]*elipAxis[1], recPoint->GetDispersion(),
1033 //             clus->GetM02(),clus->GetM20(),clus->GetDispersion());
1034     }
1035
1036     //MC
1037     Int_t  parentMult  = 0;
1038     Int_t *parentList = recPoint->GetParents(parentMult);
1039     clus->SetLabel(parentList, parentMult);
1040
1041     //    if(parentMult)printf("RecToESD: Labels %d",parentMult);
1042     //    for (Int_t iii = 0; iii < parentMult; iii++) {
1043     //      printf("\t label %d\n",parentList[iii]);
1044     //    }
1045
1046     //Write the second major contributor to each MC cluster.
1047     Int_t iNewLabel ;
1048     for ( Int_t iLoopCell = 0 ; iLoopCell < clus->GetNCells() ; iLoopCell++ ){
1049
1050       Int_t idCell = clus->GetCellAbsId(iLoopCell) ;
1051       if(idCell>=0){
1052         iNewLabel = 1 ; //iNewLabel makes sure we  don't write twice the same label.
1053         for ( UInt_t iLoopLabels = 0 ; iLoopLabels < clus->GetNLabels() ; iLoopLabels++ )
1054         {
1055           if ( fCellSecondLabels[idCell] == -1 )  iNewLabel = 0;  // -1 is never a good second label.
1056           if ( fCellSecondLabels[idCell] == clus->GetLabelAt(iLoopLabels) )  iNewLabel = 0;
1057         }
1058         if (iNewLabel == 1)
1059         {
1060           //Int_t * newLabelArray = (Int_t*)malloc((clus->GetNLabels()+1)*sizeof(Int_t)) ;
1061           Int_t * newLabelArray = new Int_t[clus->GetNLabels()+1] ;
1062           for ( UInt_t iLoopNewLabels = 0 ; iLoopNewLabels < clus->GetNLabels() ; iLoopNewLabels++ ){
1063             newLabelArray[iLoopNewLabels] = clus->GetLabelAt(iLoopNewLabels) ;
1064           }
1065
1066           newLabelArray[clus->GetNLabels()] = fCellSecondLabels[idCell] ;
1067           //if(fCellSecondLabels[idCell]>-1)printf("\t new label %d\n",fCellSecondLabels[idCell]);
1068           clus->SetLabel(newLabelArray,clus->GetNLabels()+1) ;
1069           delete [] newLabelArray;
1070         }
1071       }//positive cell number
1072     }
1073
1074   } // recPoints loop
1075
1076 }