PWG4/CaloCalib/macros/emcalReclusterize.C

   1 /* $Id:  $ */
   2 //--------------------------------------------------
   3 // Example macro to do Calorimeters filtering
   4 // copy ESDs into AODs
   5 //
   6 // Pay attention to the options and definitions
   7 // set in the lines below
   8 //
   9 //  Author : Gustavo Conesa Balbastre (INFN-LNF)
  10 //
  11 //-------------------------------------------------
  12 enum anaModes {mLocal, mLocalCAF,mPROOF,mGRID};
  13 //mLocal: Analyze locally files in your computer
  14 //mLocalCAF: Analyze locally CAF files
  15 //mPROOF: Analyze CAF files with PROOF
  16
  17 //---------------------------------------------------------------------------
  18 //Settings to read locally several files, only for "mLocal" mode
  19 //The different values are default, they can be set with environmental
  20 //variables: INDIR, PATTERN, NFILES, respectivelly
  21 char * kInDir = "/Users/Gustavo/Work/data/134908/pass1";
  22 //char * kInDir = "/Users/Gustavo/Work/data/137366/";
  23 char * kPattern = ""; // Data are in files kInDir/kPattern+i
  24 Int_t kFile = 1; // Number of files
  25 //---------------------------------------------------------------------------
  26 //Collection file for grid analysis
  27 char * kXML = "collection.xml";
  28 //---------------------------------------------------------------------------
  29
  30 TString kInputData = "AOD"; //ESD, AOD, MC
  31 TString kTreeName = "esdTree";
  32 Bool_t kUsePhysSel = kFALSE;
  33 Bool_t kEmbed = kTRUE;
  34
  35 void emcalReclusterize(Int_t mode=mLocal)
  36 {
  37   // Main
  38   //char cmd[200] ;
  39   //sprintf(cmd, ".! rm -rf outputAOD.root") ;
  40   //gROOT->ProcessLine(cmd) ;
  41   //--------------------------------------------------------------------
  42   // Load analysis libraries
  43   // Look at the method below,
  44   // change whatever you need for your analysis case
  45   // ------------------------------------------------------------------
  46   LoadLibraries(mode) ;
  47
  48   //-------------------------------------------------------------------------------------------------
  49   //Create chain from ESD and from cross sections files, look below for options.
  50   //-------------------------------------------------------------------------------------------------
  51   if(kInputData == "ESD")      kTreeName = "esdTree" ;
  52   else if(kInputData == "AOD") kTreeName = "aodTree" ;
  53   else {
  54     cout<<"Wrong  data type "<<kInputData<<endl;
  55     break;
  56   }
  57
  58   TChain *chain       = new TChain(kTreeName) ;
  59   CreateChain(mode, chain);
  60
  61   if(chain){
  62     AliLog::SetGlobalLogLevel(AliLog::kError);//Minimum prints on screen
  63
  64     //--------------------------------------
  65     // Make the analysis manager
  66     //-------------------------------------
  67     AliAnalysisManager *mgr  = new AliAnalysisManager("Manager", "Manager");
  68
  69     // AOD output handler
  70     AliAODHandler* aodoutHandler   = new AliAODHandler();
  71     aodoutHandler->SetOutputFileName("outputAOD.root");
  72     if(kEmbed){
  73       aodoutHandler->SetCreateNonStandardAOD();
  74       kInputData = "AOD";
  75     }
  76     mgr->SetOutputEventHandler(aodoutHandler);
  77
  78
  79     //input
  80     if(kInputData == "ESD")
  81     {
  82       // ESD handler
  83       AliESDInputHandler *esdHandler = new AliESDInputHandler();
  84       mgr->SetInputEventHandler(esdHandler);
  85       esdHandler->SetReadFriends(kFALSE);
  86       cout<<"ESD handler "<<mgr->GetInputEventHandler()<<endl;
  87     }
  88     if(kInputData == "AOD")
  89     {
  90       // AOD handler
  91       AliAODInputHandler *aodHandler = new AliAODInputHandler();
  92       mgr->SetInputEventHandler(aodHandler);
  93       if(kEmbed){
  94         aodHandler->SetMergeEvents(kTRUE);
  95         aodHandler->AddFriend("AliAOD.root");
  96       }
  97
  98       cout<<"AOD handler "<<mgr->GetInputEventHandler()<<endl;
  99
 100     }
 101
 102     //mgr->SetDebugLevel(1);
 103
 104     //-------------------------------------------------------------------------
 105     //Define task, put here any other task that you want to use.
 106     //-------------------------------------------------------------------------
 107     AliAnalysisDataContainer *cinput1  = mgr->GetCommonInputContainer();
 108     AliAnalysisDataContainer *coutput1 = mgr->GetCommonOutputContainer();
 109
 110     // ESD physics selection task
 111     if(kInputData == "ESD" && kUsePhysSel){
 112       gROOT->LoadMacro("AddTaskPhysicsSelection.C");
 113       AliPhysicsSelectionTask* physSelTask = AddTaskPhysicsSelection();
 114     }
 115
 116     gROOT->LoadMacro("AddTaskEMCALClusterize.C");
 117     AliAnalysisTaskEMCALClusterize * clusterize = AddTaskEMCALClusterize();
 118
 119 //    AliAnalysisTaskEMCALClusterize * clusterize = new AliAnalysisTaskEMCALClusterize();
 120 //    clusterize->SetConfigFileName("ConfigEMCALClusterize.C");
 121 //    clusterize->SetOCDBPath("local://$ALICE_ROOT/OCDB");
 122 //    mgr->AddTask(clusterize);
 123 //
 124 //    // Create containers for input/output
 125 //    AliAnalysisDataContainer *cinput1  = mgr->GetCommonInputContainer()  ;
 126 //    AliAnalysisDataContainer *coutput1 = mgr->GetCommonOutputContainer() ;
 127 //
 128 //    mgr->ConnectInput  (clusterize, 0,  cinput1 );
 129 //    mgr->ConnectOutput (clusterize, 0, coutput1 );
 130
 131     //-----------------------
 132     // Run the analysis
 133     //-----------------------
 134     TString smode = "";
 135     if (mode==mLocal || mode == mLocalCAF)
 136       smode = "local";
 137     else if (mode==mPROOF)
 138       smode = "proof";
 139     else if (mode==mGRID)
 140       smode = "local";
 141
 142     mgr->InitAnalysis();
 143     mgr->PrintStatus();
 144     mgr->StartAnalysis(smode.Data(),chain);
 145
 146     cout <<" Analysis ended sucessfully "<< endl ;
 147
 148   }
 149   else cout << "Chain was not produced ! "<<endl;
 150
 151 }
 152
 153 void  LoadLibraries(const anaModes mode) {
 154
 155   //--------------------------------------
 156   // Load the needed libraries most of them already loaded by aliroot
 157   //--------------------------------------
 158   gSystem->Load("libTree.so");
 159   gSystem->Load("libGeom.so");
 160   gSystem->Load("libVMC.so");
 161   gSystem->Load("libXMLIO.so");
 162   gSystem->Load("libMatrix.so");
 163   gSystem->Load("libPhysics.so");
 164
 165   //----------------------------------------------------------
 166   // >>>>>>>>>>> Local mode <<<<<<<<<<<<<<
 167   //----------------------------------------------------------
 168   if (mode==mLocal || mode == mLocalCAF || mode == mGRID) {
 169     //--------------------------------------------------------
 170     // If you want to use already compiled libraries
 171     // in the aliroot distribution
 172     //--------------------------------------------------------
 173
 174     gSystem->Load("libSTEERBase.so");
 175     gSystem->Load("libESD.so");
 176     gSystem->Load("libAOD.so");
 177     gSystem->Load("libANALYSIS.so");
 178     gSystem->Load("libANALYSISalice.so");
 179     gSystem->Load("libANALYSISalice.so");
 180     gSystem->Load("libEMCALUtils.so");
 181
 182     //SetupPar("EMCALUtils");
 183     //SetupPar("PWG4CaloCalib");
 184
 185     //TGeoManager::Import("geometry.root") ; //need file "geometry.root" in local dir!!!!
 186     gSystem->Load("libPWG4CaloCalib.so");
 187
 188     /*
 189       //     gSystem->Load("libPWG4omega3pi.so");
 190       //     gSystem->Load("libCORRFW.so");
 191       //     gSystem->Load("libPWGHFbase.so");
 192       //     gSystem->Load("libPWGmuon.so");
 193  */
 194     //--------------------------------------------------------
 195     //If you want to use root and par files from aliroot
 196     //--------------------------------------------------------
 197     /*
 198            SetupPar("STEERBase");
 199            SetupPar("ESD");
 200            SetupPar("AOD");
 201            SetupPar("ANALYSIS");
 202            SetupPar("ANALYSISalice");
 203            SetupPar("PHOSUtils");
 204            SetupPar("EMCALUtils");
 205            //Create Geometry
 206            TGeoManager::Import("geometry.root") ; //need file "geometry.root" in local dir!!!!
 207            SetupPar("PWG4CaloCalib");
 208 */
 209   }
 210
 211   //---------------------------------------------------------
 212   // <<<<<<<<<< PROOF mode >>>>>>>>>>>>
 213   //---------------------------------------------------------
 214   else if (mode==mPROOF) {
 215     //
 216     // Connect to proof
 217     // Put appropriate username here
 218     // TProof::Reset("proof://mgheata@lxb6046.cern.ch");
 219     TProof::Open("proof://mgheata@lxb6046.cern.ch");
 220
 221     //    gProof->ClearPackages();
 222     //    gProof->ClearPackage("ESD");
 223     //    gProof->ClearPackage("AOD");
 224     //    gProof->ClearPackage("ANALYSIS");
 225     //    gProof->ClearPackage("PWG4PartCorrBase");
 226     //    gProof->ClearPackage("PWG4PartCorrDep");
 227
 228     // Enable the STEERBase Package
 229     gProof->UploadPackage("STEERBase.par");
 230     gProof->EnablePackage("STEERBase");
 231     // Enable the ESD Package
 232     gProof->UploadPackage("ESD.par");
 233     gProof->EnablePackage("ESD");
 234     // Enable the AOD Package
 235     gProof->UploadPackage("AOD.par");
 236     gProof->EnablePackage("AOD");
 237     // Enable the Analysis Package
 238     gProof->UploadPackage("ANALYSIS.par");
 239     gProof->EnablePackage("ANALYSIS");
 240     // Enable the PHOS geometry Package
 241     //gProof->UploadPackage("PHOSUtils.par");
 242     //gProof->EnablePackage("PHOSUtils");
 243     // Enable PartCorr analysis
 244     gProof->UploadPackage("PWG4PartCorrBase.par");
 245     gProof->EnablePackage("PWG4PartCorrBase");
 246     gProof->UploadPackage("PWG4PartCorrDep.par");
 247     gProof->EnablePackage("PWG4PartCorrDep");
 248     gProof->ShowEnabledPackages();
 249   }
 250
 251 }
 252
 253 void SetupPar(char* pararchivename)
 254 {
 255   //Load par files, create analysis libraries
 256   //For testing, if par file already decompressed and modified
 257   //classes then do not decompress.
 258
 259   TString cdir(Form("%s", gSystem->WorkingDirectory() )) ;
 260   TString parpar(Form("%s.par", pararchivename)) ;
 261   if ( gSystem->AccessPathName(parpar.Data()) ) {
 262     gSystem->ChangeDirectory(gSystem->Getenv("ALICE_ROOT")) ;
 263     TString processline(Form(".! make %s", parpar.Data())) ;
 264     gROOT->ProcessLine(processline.Data()) ;
 265     gSystem->ChangeDirectory(cdir) ;
 266     processline = Form(".! mv $ALICE_ROOT/%s .", parpar.Data()) ;
 267     gROOT->ProcessLine(processline.Data()) ;
 268   }
 269   if ( gSystem->AccessPathName(pararchivename) ) {
 270     TString processline = Form(".! tar xvzf %s",parpar.Data()) ;
 271     gROOT->ProcessLine(processline.Data());
 272   }
 273
 274   TString ocwd = gSystem->WorkingDirectory();
 275   gSystem->ChangeDirectory(pararchivename);
 276
 277   // check for BUILD.sh and execute
 278   if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
 279     printf("*******************************\n");
 280     printf("*** Building PAR archive    ***\n");
 281     cout<<pararchivename<<endl;
 282     printf("*******************************\n");
 283
 284     if (gSystem->Exec("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
 285       Error("runProcess","Cannot Build the PAR Archive! - Abort!");
 286       return -1;
 287     }
 288   }
 289   // check for SETUP.C and execute
 290   if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/SETUP.C")) {
 291     printf("*******************************\n");
 292     printf("*** Setup PAR archive       ***\n");
 293     cout<<pararchivename<<endl;
 294     printf("*******************************\n");
 295     gROOT->Macro("PROOF-INF/SETUP.C");
 296   }
 297
 298   gSystem->ChangeDirectory(ocwd.Data());
 299   printf("Current dir: %s\n", ocwd.Data());
 300 }
 301
 302
 303
 304 void CreateChain(const anaModes mode, TChain * chain){
 305   //Fills chain with data
 306   TString ocwd = gSystem->WorkingDirectory();
 307
 308   //-----------------------------------------------------------
 309   //Analysis of CAF data locally and with PROOF
 310   //-----------------------------------------------------------
 311   if(mode ==mPROOF || mode ==mLocalCAF){
 312     // Chain from CAF
 313     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG0/CreateESDChain.C");
 314     // The second parameter is the number of input files in the chain
 315     chain = CreateESDChain("ESD12001.txt", 5);
 316   }
 317
 318   //---------------------------------------
 319   //Local files analysis
 320   //---------------------------------------
 321   else if(mode == mLocal){
 322     //If you want to add several ESD files sitting in a common directory INDIR
 323     //Specify as environmental variables the directory (INDIR), the number of files
 324     //to analyze (NFILES) and the pattern name of the directories with files (PATTERN)
 325
 326     if(gSystem->Getenv("INDIR"))
 327       kInDir = gSystem->Getenv("INDIR") ;
 328     else cout<<"INDIR not set, use default: "<<kInDir<<endl;
 329
 330     if(gSystem->Getenv("PATTERN"))
 331       kPattern = gSystem->Getenv("PATTERN") ;
 332     else  cout<<"PATTERN not set, use default: "<<kPattern<<endl;
 333
 334     if(gSystem->Getenv("NFILES"))
 335       kFile = atoi(gSystem->Getenv("NFILES")) ;
 336     else cout<<"NFILES not set, use default: "<<kFile<<endl;
 337
 338     //Check if env variables are set and are correct
 339     if ( kInDir  && kFile) {
 340       printf("Get %d files from directory %s\n",kFile,kInDir);
 341       if ( ! gSystem->cd(kInDir) ) {//check if ESDs directory exist
 342         printf("%s does not exist\n", kInDir) ;
 343         return ;
 344       }
 345
 346
 347       cout<<"INDIR   : "<<kInDir<<endl;
 348       cout<<"NFILES  : "<<kFile<<endl;
 349       cout<<"PATTERN : " <<kPattern<<endl;
 350
 351       TString datafile="";
 352       if(kInputData == "ESD") datafile = "AliESDs.root" ;
 353       else if(kInputData == "AOD") datafile = "AliAODs.root" ;
 354       else if(kInputData == "MC")  datafile = "galice.root" ;
 355
 356       //Loop on ESD files, add them to chain
 357       Int_t event =0;
 358       Int_t skipped=0 ;
 359       char file[120] ;
 360
 361       for (event = 0 ; event < kFile ; event++) {
 362         sprintf(file, "%s/%s%d/%s", kInDir,kPattern,event,datafile.Data()) ;
 363         TFile * fESD = 0 ;
 364         //Check if file exists and add it, if not skip it
 365         if ( fESD = TFile::Open(file)) {
 366           if ( fESD->Get(kTreeName) ) {
 367             printf("++++ Adding %s\n", file) ;
 368             chain->AddFile(file);
 369           }
 370         }
 371         else {
 372           printf("---- Skipping %s\n", file) ;
 373           skipped++ ;
 374         }
 375       }
 376       printf("number of entries # %lld, skipped %d\n", chain->GetEntries(), skipped*100) ;
 377     }
 378     else {
 379       TString input = "AliESDs.root" ;
 380       cout<<">>>>>> No list added, take a single file <<<<<<<<< "<<input<<endl;
 381       chain->AddFile(input);
 382     }
 383
 384   }// local files analysis
 385
 386   //------------------------------
 387   //GRID xml files
 388   //-----------------------------
 389   else if(mode == mGRID){
 390     //Get colection file. It is specified by the environmental
 391     //variable XML
 392
 393     if(gSystem->Getenv("XML") )
 394       kXML = gSystem->Getenv("XML");
 395     else
 396       sprintf(kXML, "collection.xml") ;
 397
 398     if (!TFile::Open(kXML)) {
 399       printf("No collection file with name -- %s -- was found\n",kXML);
 400       return ;
 401     }
 402     else cout<<"XML file "<<kXML<<endl;
 403
 404     //Load necessary libraries and connect to the GRID
 405     gSystem->Load("libNetx.so") ;
 406     gSystem->Load("libRAliEn.so");
 407     TGrid::Connect("alien://") ;
 408
 409     //Feed Grid with collection file
 410     //TGridCollection * collection =  (TGridCollection*)gROOT->ProcessLine(Form("TAlienCollection::Open(\"%s\", 0)", kXML));
 411     TGridCollection * collection = (TGridCollection*) TAlienCollection::Open(kXML);
 412     if (! collection) {
 413       AliError(Form("%s not found", kXML)) ;
 414       return kFALSE ;
 415     }
 416     TGridResult* result = collection->GetGridResult("",0 ,0);
 417
 418     // Makes the ESD chain
 419     printf("*** Getting the Chain       ***\n");
 420     for (Int_t index = 0; index < result->GetEntries(); index++) {
 421       TString alienURL = result->GetKey(index, "turl") ;
 422       cout << "================== " << alienURL << endl ;
 423       chain->Add(alienURL) ;
 424     }
 425   }// xml analysis
 426
 427   gSystem->ChangeDirectory(ocwd.Data());
 428 }
 429