PWG4/macros/AnalysisTrainPWG4Jets.C

   1 //===================== ANALYSIS TRAIN =========================================
   2 // To use: copy this macro to your work directory, modify the global part to match
   3 // your needs, then run root.
   4 //    root[0] .L AnalysisTrain.C
   5 // Grid full mode as below (other modes: test, offline, submit, terminate)
   6 //    root[1] AnalysisTrainPWG-244Jets("grid", "full")
   7 // CAF mode (requires root v5-23-02 + aliroot v4-16-Rev08)
   8 //    root[2] AnalysisTrainPWG4Jets("proof")
   9 // Local mode requires AliESds.root or AliAOD.root in ./data directory
  10 //    root[3] AnalysisTrainPWG4Jets("local")
  11 // In proof and grid modes, a token is needed and sourcing the produced environment file.
  12 //
  13 // If 'saveTrain' flag is set, the train will generate a directory name and run
  14 // in this directory. A configuration file 'ConfigTrain.C' will be generated.
  15 // One can replay at any time the train via:
  16 //    root[1] AnalysisTrainPWG4Jets(ana_mode, plugin_mode, "train_default_<date>/ConfigTrain.C")
  17
  18 // For Usage with fastjet run in "offline" first and then "submit"
  19 // jdl and analysismacro are automatically patched after "offline" mode
  20
  21 // =============================================================================
  22 // ### General Steering variables
  23 // =============================================================================
  24 //== general setup variables
  25 TString     kTrainName         = "testAnalysis"; // *CHANGE ME* (no blancs or special characters)
  26 TString     kJobTag            = "PWG4 Jet Tasks analysis train configured"; // *CHANGE ME*
  27
  28 // Usage of par files ONLY in grid mode and ONLY if the code is not available
  29 // in the deployed AliRoot versions. Par file search path: local dir, if not there $ALICE_ROOT.
  30 // To refresh par files, remove the ones in the workdir, then do "make <target.par>" in
  31 // AliRoot.
  32 Bool_t      kUsePAR             = kFALSE;  // use par files for extra libs
  33 Bool_t      kUseCPAR            = kFALSE;  // use par files for common libs
  34 Bool_t      kFillAOD = kFALSE;  // switch of AOD filling for on the fly analysis
  35
  36 //== general input and output variables
  37 Int_t       iAODanalysis       = 1;      // Analysis on input AOD's
  38 Int_t       iAODhandler        = 1;      // Analysis produces an AOD or dAOD's
  39 Int_t       iESDfilter         = 0;      // ESD to AOD filter (barrel + muon tracks)
  40 Int_t       iPhysicsSelection  = 1;      // ESD to AOD filter (barrel + muon tracks)
  41 Bool_t      kUseKinefilter     = kFALSE; // use Kinematics filter
  42 Bool_t      kUseMuonfilter     = kFALSE; // use Kinematics filter
  43 TString     kCommonOutputFileName = "PWG4_JetTasksOutput.root";
  44
  45
  46 //== general process variables
  47
  48 // ### Other flags to steer the analysis
  49 //==============================================================================
  50 Bool_t      kUseDate            = kFALSE; // use date in train name
  51 Bool_t      kUseDebug           = kTRUE; // activate debugging
  52 Int_t       kUseSysInfo         = 0; // activate debugging
  53 Bool_t      kUseMC              = kTRUE;  // use MC info
  54 Bool_t      kIsMC               = kTRUE;  // is MC info, if false it overwrites Use(AOD)MC
  55 Bool_t      kUseAODMC           = kTRUE;  // use MC infA
  56 Bool_t      kUseESDTags         = kFALSE; // use ESD tags for selection
  57 Bool_t      kUseTR              = kFALSE;  // use track references
  58 Bool_t      kUseAODTags         = kFALSE;  // use AOD tags
  59 Bool_t      kSaveTrain          = kFALSE;  // save train configuration as:
  60
  61 // ### Analysis modules to be included. Some may not be yet fully implemented.
  62 //==============================================================================
  63 Int_t       iJETAN             = 1;      // Jet analysis (PWG4) // 1 write standard 2 write non-standard jets, 3 wrtie both
  64 Int_t       iDIJETAN           = 1;
  65 Int_t       iJETANLib          = 1;
  66 Int_t       iPWG1QASym         = 0;      // Eva's QA task compiled on the fly...
  67 Int_t       iPWG4JetTasks      = 0;      // all jet tasks flag for lib laoding
  68 Int_t       iPWG4JetServices   = 0;      // jet spectrum analysis
  69 Int_t       iPWG4JetSpectrum   = 0;      // jet spectrum analysis
  70 Int_t       iPWG4UE            = 0;      // Underlying Event analysis
  71 Int_t       iPWG4TmpSourceSara = 0;      // Underlying Event analysis not in svn
  72 Int_t       iPWG4TmpSourceFrag = 0;      // Bastian's Fragmentation function not in svn
  73 Int_t       iPWG4PtQAMC        = 0;      // Marta's QA tasks
  74 Int_t       iPWG4PtSpectra     = 0;      // Marta's QA tasks
  75 Int_t       iPWG4PtQATPC       = 0;      // Marta's QA tasks
  76 Int_t       iPWG4ThreeJets     = 0;      // Sona's thrust task
  77 Int_t       iPWG4KMeans        = 0;      // Andreas' KMeans task
  78 Int_t       iPWG4Cluster       = 0;      // CKB cluster task
  79 Int_t       iPWG4PartCorrLibs  = 0;      // Gustavo's part corr analysis
  80 Int_t       iPWG4PartCorr      = 0;      // Gustavo's part corr analysis
  81 Int_t       iPWG4CaloQA        = 0;      // Gustavo's part corr analysis
  82 Int_t       iPWG4JetCorr       = 0;     // Paul's jet corr analysis
  83 Int_t       iPWG4Tagged        = 0;      // Gustavo's part corr analysis
  84 Int_t       iPWG4omega3pi      = 0;      // Omega to 3 pi analysis (PWG4)
  85 Int_t       iPWG4GammaConv     = 0;      // Gamma Conversio
  86 Int_t       kHighPtFilterMask  = 16;     // change depending on the used AOD Filter
  87 TString     kDeltaAODJetName   = "AliAOD.Jets.root";
  88 TString     kDeltaAODPartCorrName   = "deltaAODPartCorr.root";
  89
  90
  91 //==============================================================================
  92 // ### PROOF Steering varibales
  93 //==============================================================================
  94 //== proof setup variables
  95 TString     kProofCluster      = "alicecaf.cern.ch";
  96 Bool_t      kProofUseAFPAR     = kFALSE;  // use AF special par file
  97 TString     kProofAFversion          = "AF-v4-17";
  98 //== proof input and output variables
  99 TString     kProofDataSet      = "/COMMON/COMMON/LHC09a4_run8100X#/esdTree";
 100 Bool_t      kProofSaveToAlien   = kFALSE; // save proof outputs in AliEn train_[trainName]_ddMonthyyyy_time.C
 101 TString     kProofOutdir       = "";
 102 Bool_t      kProofClearPackages = kFALSE;
 103 Int_t       kProofEvents = 10000;
 104 Int_t       kProofOffset = 0;
 105 //== proof process variables
 106
 107
 108 //==============================================================================
 109 // ### Grid plugin Steering varibiables
 110 //==============================================================================
 111 //== grid plugin setup variables
 112 Bool_t      kPluginUse         = kTRUE;   // do not change
 113 Bool_t      kPluginUseProductionMode  = kFALSE;   // use the plugin in production mode
 114 TString     kPluginRootVersion       = "v5-26-00b-1";  // *CHANGE ME IF MORE RECENT IN GRID*
 115 TString     kPluginAliRootVersion    = "v4-19-04-AN";  // *CHANGE ME IF MORE RECENT IN GRID*
 116 // TString kPluginExecutableCommand = "root -b -q";
 117 TString     kPluginExecutableCommand = "source /Users/kleinb/setup_32bit_aliroot_trunk_clean_root_trunk.sh; alienroot -b -q ";
 118 // == grid plugin input and output variables
 119 TString     kGridDatadir      = "/alice/sim/PDC_08b/LHC09a1/AOD/";
 120 TString     kGridLocalRunList = "";
 121 TString     kGridOutdir       = ""; // AliEn output directory. If blank will become output_<kTrainName>
 122 TString     kGridDataSet      = ""; // sub working directory not to confuse different run xmls
 123 Int_t       kGridRunRange[2]       =  {0, -1}; // Set the run range
 124 TString     kGridRunPattern        = "%03d"; // important for leading zeroes!!
 125 TString     kGridPassPattern       = "";
 126 TString     kGridExtraFiles        = ""; // files that will be added to the input list in the JDL...
 127 Int_t       kGridMaxMergeFiles      = 50; // Number of files merged in a chunkgridrunragn
 128 TString     kGridMergeExclude       = "AliAOD.root"; // Files that should not be merged
 129 TString     kGridOutputStorages      = "disk=2"; // Make replicas on the storages
 130 // == grid process variables
 131 Int_t       kGridRunsPerMaster     = 100; // Number of runs per master job
 132 Int_t       kGridFilesPerJob       = 100; // Maximum number of files per job (gives size of AOD)
 133
 134 //==============================================================================
 135 // ### Local Steering variables
 136 //==============================================================================
 137 //== local setup variables
 138 //== local input and output variables
 139 TString     kLocalXMLDataset   = ""; // Change local xml dataset for local interactive analysis
 140 TString     kLocalDataList   = "local_deltaaod.txt"; // Change local xml dataset for local interactive analysis
 141 // == local process variables
 142
 143
 144
 145 // Temporaries.
 146 TString anaPars = "";
 147 TString anaLibs = "";
 148 TString anaLibsExtra = "";
 149 TString anaSources = "";
 150 // Function signatures
 151 class AliAnalysisAlien;
 152
 153 //______________________________________________________________________________
 154 void AnalysisTrainPWG4Jets(const char *analysis_mode="local",
 155                            const char *plugin_mode="",
 156                            const char *config_file="",Int_t iOffset = 0)
 157 {
 158 // Main analysis train macro. If a configuration file is provided, all parameters
 159 // are taken from there but may be altered by CheckModuleFlags.
 160
 161    if (strlen(config_file) && !LoadConfig(config_file)) return;
 162
 163    if(iOffset)kProofOffset = iOffset;
 164    TString smode(analysis_mode);
 165    smode.ToUpper();
 166    if (kSaveTrain)WriteConfig();
 167    // Check compatibility of selected modules
 168    CheckModuleFlags(smode);
 169    //   gROOT->ProcessLine(".trace");
 170
 171    printf("==================================================================\n");
 172    printf("===========    RUNNING ANALYSIS TRAIN %s IN %s MODE   ==========\n", kTrainName.Data(),smode.Data());
 173    printf("==================================================================\n");
 174    printf("=  Configuring analysis train for:                               =\n");
 175    if (iAODanalysis) printf("=  AOD analysis                                                  =\n");
 176    else              printf("=  ESD analysis                                                  =\n");
 177    if (iPhysicsSelection)   printf("=  Physics selection                                                    =\n");
 178    if (iESDfilter)   printf("=  ESD filter                                                    =\n");
 179    if (iJETAN)       printf("=  Jet analysis                                                  =\n");
 180    printf("==================================================================\n");
 181    printf(":: use Fill AOD      %d\n", (UInt_t)kFillAOD);
 182    printf(":: use MC truth      %d\n", (UInt_t)kUseMC);
 183    printf(":: use KINE filter   %d\n", (UInt_t)kUseKinefilter);
 184    printf(":: use track refs    %d\n", (UInt_t)kUseTR);
 185    printf(":: use tags          %d\n", (UInt_t)kUseESDTags);
 186    printf(":: use AOD tags      %d\n", (UInt_t)kUseAODTags);
 187    printf(":: use debugging     %d\n", (UInt_t)kUseDebug);
 188    printf(":: use PAR files     %d\n", (UInt_t)kUsePAR);
 189    printf(":: use AliEn plugin  %d\n", (UInt_t)kPluginUse);
 190    printf(":: use PWG1 QA sym       %d\n", iPWG1QASym);
 191    printf(":: use PWG4 Source Sara  %d\n",iPWG4TmpSourceSara);
 192    printf(":: use PWG4 Source BB    %d\n",iPWG4TmpSourceFrag);
 193    printf(":: use PWG4 Jet tasks    %d\n",iPWG4JetTasks);
 194    printf(":: use PWG4 Jet Services %d\n",iPWG4JetServices);
 195    printf(":: use PWG4 Jet Spectrum %d\n",iPWG4JetSpectrum);
 196    printf(":: use PWG4 UE           %d \n",iPWG4UE);
 197    printf(":: use PWG4 Pt QA MC     %d\n",iPWG4PtQAMC);
 198    printf(":: use PWG4 Pt Spectra   %d\n",iPWG4PtSpectra);
 199    printf(":: use PWG4 Pt QA TPC    %d\n",iPWG4PtQATPC);
 200    printf(":: use PWG4 Three Jets   %d\n",iPWG4ThreeJets);
 201    printf(":: use PWG4 KMeans       %d\n",iPWG4KMeans);
 202    printf(":: use PWG4 Cluster       %d\n",iPWG4Cluster);
 203    printf(":: use PWG4 Part Corr    %d\n",iPWG4PartCorr);
 204    printf(":: use PWG4 Calo QA    %d\n",iPWG4CaloQA);
 205    printf(":: use PWG4 Jet Corr    %d\n",iPWG4JetCorr);
 206    printf(":: use PWG4 Tagged       %d\n",iPWG4Tagged);
 207    printf(":: use PWG4 omega to 3 pions %d\n",iPWG4omega3pi);
 208
 209    printf(":: use PWG4 Gamma Conv   %d\n",iPWG4GammaConv);
 210    printf(":: use HighPt FilterMask %d\n",kHighPtFilterMask);
 211
 212    //==========================================================================
 213    // Connect to back-end system
 214    if (!Connect(smode)) {
 215       ::Error("AnalysisTrain", "Could not connect to %s back-end", analysis_mode);
 216       return;
 217    }
 218
 219    // Load common libraries and set include path
 220    if (!LoadCommonLibraries(smode)) {
 221       ::Error("AnalysisTrain", "Could not load common libraries");
 222       return;
 223    }
 224
 225
 226
 227    // Make the analysis manager and connect event handlers
 228    AliAnalysisManager *mgr  = new AliAnalysisManager("PWG4Train", "pwg4 mini train");
 229    if (kCommonOutputFileName.Length()>0)mgr->SetCommonFileName(kCommonOutputFileName.Data());
 230    if (kProofSaveToAlien) mgr->SetSpecialOutputLocation(kProofOutdir);
 231    mgr->SetNSysInfo(0);
 232    if (!strcmp(plugin_mode, "test")) mgr->SetNSysInfo(1);
 233    if (kUseSysInfo)mgr->SetNSysInfo(kUseSysInfo);
 234
 235
 236    // Load analysis specific libraries
 237    if (!LoadAnalysisLibraries(smode)) {
 238       ::Error("AnalysisTrain", "Could not load analysis libraries");
 239      return;
 240    }
 241
 242    // Create input handler (input container created automatically)
 243    if (iAODanalysis) {
 244    // AOD input handler
 245       AliAODInputHandler *aodH = new AliAODInputHandler();
 246       mgr->SetInputEventHandler(aodH);
 247       if (iPWG4JetTasks) aodH->AddFriend(Form("deltas/%s",kDeltaAODJetName.Data()));
 248       if (iPWG4PartCorr) aodH->AddFriend(Form("deltas/%s"kDeltaAODJetName.Data()));
 249    } else {
 250    // ESD input handler
 251       AliESDInputHandler *esdHandler = new AliESDInputHandler();
 252       if (kUseESDTags) esdHandler->SetReadTags();
 253       esdHandler->SetReadFriends(kFALSE);
 254       mgr->SetInputEventHandler(esdHandler);
 255       //      if(iPWG4PtQATPC&& !kTrainName.Contains("pass5"))esdHandler->SetActiveBranches("ESDfriend");
 256
 257    }
 258
 259    // Monte Carlo handler
 260    if (kUseMC && !iAODanalysis) {
 261       AliMCEventHandler* mcHandler = new AliMCEventHandler();
 262       mgr->SetMCtruthEventHandler(mcHandler);
 263       mcHandler->SetReadTR(kUseTR);
 264    }
 265    // AOD output container, created automatically when setting an AOD handler
 266    if (iAODhandler) {
 267       // AOD output handler
 268       AliAODHandler* aodHandler   = new AliAODHandler();
 269       aodHandler->SetOutputFileName("AliAOD.root");
 270       aodHandler->SetFillAODforRun(kFillAOD);
 271
 272       mgr->SetOutputEventHandler(aodHandler);
 273       //
 274       if (iAODanalysis) {
 275
 276         //         aodHandler->SetCreateNonStandardAOD();
 277         //      if (iJETAN)aodHandler->SetOutputFileName(kDeltaAODJetName.Data());
 278       }
 279       AliAnalysisDataContainer * cout_aod = mgr->GetCommonOutputContainer();
 280       cout_aod->SetSpecialOutput();
 281    }
 282    // Debugging if needed
 283
 284    if (kUseDebug){
 285      mgr->SetDebugLevel(3);
 286    }
 287    else{
 288      AliLog::SetGlobalLogLevel(AliLog::kError);
 289    }
 290    //==========================================================================
 291    // Create the chain. In this example it is created only from ALIEN files but
 292    // can be done to work in batch or grid mode as well.
 293    TChain *chain = CreateChain(smode, plugin_mode);
 294
 295    //==========================================================================
 296    // Load the tasks configuration macros for all wagons. These files are supposed now to be
 297    // in the current workdir, but in AliEn they will be in the file catalog,
 298    // mapped from AliRoot and pecified in the jdl input list.
 299
 300    // For now connection to top input container and common AOD output container
 301    // is done in this macro, but in future these containers will be connected
 302    // from each task configuration macro.
 303    if(iPhysicsSelection && !iAODanalysis){
 304      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros/AddTaskPhysicsSelection.C");
 305      AliPhysicsSelectionTask* physSelTask = AddTaskPhysicsSelection(kIsMC,kTRUE);
 306    }
 307
 308    if (iESDfilter && !iAODanalysis) {
 309       //  ESD filter task configuration.
 310       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros/AddTaskESDFilter.C");
 311       AliAnalysisTaskESDfilter *taskesdfilter = AddTaskESDFilter(kUseKinefilter,kUseMuonfilter);
 312    }
 313
 314    // AOD tags
 315    if (kUseAODTags) {
 316       AliAnalysisTaskTagCreator* tagTask = new AliAnalysisTaskTagCreator("AOD Tag Creator");
 317       mgr->AddTask(tagTask);
 318       AliAnalysisDataContainer *coutTags = mgr->CreateContainer("cTag",  TTree::Class(),
 319                                            AliAnalysisManager::kOutputContainer, "AOD.tag.root");
 320       mgr->ConnectInput (tagTask, 0, mgr->GetCommonInputContainer());
 321       mgr->ConnectOutput(tagTask, 1, coutTags);
 322    }
 323
 324     // Jet analysis
 325    if (iJETAN) {
 326       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskJets.C");
 327       AliAnalysisTaskJets *taskjets = 0;
 328       if(iJETAN&1)taskjets = AddTaskJets(kHighPtFilterMask);
 329       if(iJETAN&2){
 330         UInt_t selection = 0;
 331         if(!kFillAOD) selection = 0xffffff; //&~(1<<13);
 332         else selection = 1<<0|1<<1|1<<2|1<<3|1<<4|1<<5|1<<6|1<<7|1<<8|1<<9;
 333         AddTaskJetsDelta(kDeltaAODJetName.Data(),kHighPtFilterMask,kUseAODMC,selection);
 334       }
 335       if (!taskjets) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskJets cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 336    }
 337
 338    if (iDIJETAN) {
 339       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskDiJets.C");
 340       AliAnalysisTaskDiJets *taskdijets = 0;
 341       taskdijets = AddTaskDiJets();
 342       if (!taskdijets) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskJets cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 343    }
 344
 345    if(iPWG1QASym){
 346      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG1/PWG1macros/AddTaskQAsym.C");
 347      AliAnalysisTaskQASym *taskQASym = AddTaskQAsym(-1);
 348      if (!taskQASym) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskQASym cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 349    }
 350
 351
 352
 353    if(iPWG4TmpSourceSara){
 354      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskEta.C");
 355      AliAnalysisTaskEta *taskEta = AddTaskEta();
 356      if (!taskEta) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskEta cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 357    }
 358
 359    if(iPWG4TmpSourceFrag){
 360      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskFragFunc.C");
 361      UInt_t selection = 1<<2;
 362      AliAnalysisTaskFragFunc *taskFrag = AddTaskFragFunc(kHighPtFilterMask, kUseAODMC,iPhysicsSelection, selection);
 363      if (!taskFrag) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskFragFunc cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 364    }
 365
 366    if(iPWG4JetServices){
 367      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskJetServices.C");
 368      AliAnalysisTaskJetServices *taskjetServ = 0;
 369      taskjetServ = AddTaskJetServices();
 370      if (!taskjetServ) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskJetServices cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 371      if(kGridRunRange[0]>0)taskjetServ->SetRunRange(kGridRunRange[0],kGridRunRange[1]);
 372      else taskjetServ->SetRunRange(104000,105000);
 373      if(!kIsMC) taskjetServ->SetRealData(kTRUE);
 374      if(!iPhysicsSelection)taskjetServ->SetUsePhysicsSelection(kFALSE);
 375    }
 376
 377    if(iPWG4JetSpectrum){
 378      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskJetSpectrum2.C");
 379      AliAnalysisTaskJetSpectrum2 *taskjetSpectrum = 0;
 380      if(iPWG4JetSpectrum&1){
 381        taskjetSpectrum = AddTaskJetSpectrum2("jets","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
 382        if(!iAODanalysis){
 383          taskjetSpectrum = AddTaskJetSpectrum2("jets","tracks32",32,iPhysicsSelection);       // tmp hack to give it a different name
 384          taskjetSpectrum = AddTaskJetSpectrum2("jets","tracks64",64,iPhysicsSelection);
 385        }
 386        if (!taskjetSpectrum) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskJetSpectrum2 cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 387        taskjetSpectrum->SetDebugLevel(1);
 388      }
 389
 390      if(iPWG4JetSpectrum&2){
 391        UInt_t selection = 0;
 392        if(!iAODanalysis) selection = 0xffffff;
 393        else selection = 1<<0|1<<1|1<<2|1<<3|1<<4|1<<5|1<<7|1<<8|1<<9;
 394        AddTaskJetSpectrum2Delta(kHighPtFilterMask,kUseAODMC,iPhysicsSelection,selection);
 395      }
 396      if(iJETAN&3&&!kFillAOD&!iAODanalysis){
 397        AddTaskJetSpectrum2("jetsAOD_FASTKT00","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
 398        AddTaskJetSpectrum2("jetsAOD_FASTKT01","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
 399        AddTaskJetSpectrum2("jetsAOD_FASTKT02","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
 400        AddTaskJetSpectrum2("jetsAOD_FASTKT06","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
 401        AddTaskJetSpectrum2("jetsAOD_FASTKT08","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
 402        if(kIsMC){
 403          AddTaskJetSpectrum2("jetsAODMC2b_FASTKT00","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
 404          AddTaskJetSpectrum2("jetsAODMC2b_FASTKT01","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
 405          AddTaskJetSpectrum2("jetsAODMC2b_FASTKT02","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
 406          AddTaskJetSpectrum2("jetsAODMC2b_FASTKT06","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
 407          AddTaskJetSpectrum2("jetsAODMC2b_FASTKT08","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
 408        }
 409      }
 410    }
 411    if(iPWG4UE){
 412      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskUE.C");
 413      AliAnalysisTaskUE *taskUE = 0;
 414      if(iPWG4UE&1)taskUE = AddTaskUE();
 415      if(iPWG4UE&2){
 416        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_CDF07","CDF","LJ","TRANSV","MSP");
 417        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_CDF07","CDF","LJCC","TRANSV","MSP");
 418        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_CDF07","CDF","LJ","TRANSV","MAP");
 419        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_ICDF","CDF","LJ","TRANSV","MSP");
 420        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_ICDF","CDF","LJCC","TRANSV","MSP");
 421        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_ICDF","CDF","LJCC","TRANSV","MAP");
 422        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_NONE","CDF","MP","TRANSV","MSP");
 423        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_NONE","CDF","MP","TRANSV","MAP");
 424        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_FASTKT04","CDF","LJ","TRANSV","MSP");
 425        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_FASTKT04","CDF","LJ","TRANSV","MAP");
 426      }
 427
 428      if (!taskUE) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskUE cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 429    }
 430
 431    if(iPWG4ThreeJets){
 432      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskThreeJets.C");
 433      AliAnalysisTaskThreeJets *taskThree = AddTaskThreeJets();
 434      if(!taskThree)::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskThreets cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 435    }
 436    if(iPWG4PtQAMC){
 437      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskPWG4HighPtQAMC.C");
 438      AliPWG4HighPtQAMC *taskQAMC = AddTaskPWG4HighPtQAMC();
 439      if (!taskQAMC) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskQAMC cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 440    }
 441
 442    if(iPWG4PtQATPC){
 443      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskPWG4HighPtQATPConly.C");
 444      AliPWG4HighPtQATPConly *taskQATPC = AddTaskPWG4HighPtQATPConly();
 445      if (!taskQATPC) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskQATPC cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 446    }
 447
 448    if(iPWG4PtSpectra){
 449      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskPWG4HighPtSpectra.C");
 450      AliPWG4HighPtSpectra *taskPtSpectra = AddTaskPWG4HighPtSpectra();
 451      if (!taskPtSpectra) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskPtSpectra cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 452    }
 453    if(iPWG4KMeans){
 454      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskKMeans.C");
 455      AliAnalysisTaskKMeans *taskKMeans = AddTaskKMeans();
 456      if (!taskKMeans) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskKMenans cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 457    }
 458
 459    if(iPWG4Cluster){
 460      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskJetCluster.C");
 461      AliAnalysisTaskJetCluster *taskCl = 0;
 462      if(iPWG4Cluster&1){
 463        taskCl = AddTaskJetCluster("AOD","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection,"KT");
 464        taskCl = AddTaskJetCluster("AOD","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection,"CA");
 465      }
 466      if(iPWG4Cluster&2){
 467        UInt_t selection = 0;
 468        if(!iAODanalysis) selection = 0xffffff;
 469        else selection = 1<<0|1<<1|1<<2|1<<3|1<<4|1<<5|1<<7|1<<8|1<<9;
 470        AddTaskJetClusterDelta(kHighPtFilterMask,kUseAODMC,iPhysicsSelection,"KT",selection);
 471        AddTaskJetClusterDelta(kHighPtFilterMask,kUseAODMC,iPhysicsSelection,"CA",selection);
 472      }
 473      if (!taskCl) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskCluster cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 474
 475    }
 476    if(iPWG4PartCorr){
 477      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskPartCorr.C");
 478      AliAnalysisTaskParticleCorrelation *taskpartcorrPHOS = AddTaskPartCorr("AOD", "PHOS",kFALSE,kIsMC);
 479      if (!taskpartcorrPHOS) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskParticleCorrelation PHOS cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 480      AliAnalysisTaskParticleCorrelation *taskpartcorrEMCAL = AddTaskPartCorr("AOD", "EMCAL",kFALSE,kIsMC);
 481      if (!taskpartcorrEMCAL) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskParticleCorrelation EMCAL cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 482      if(kDeltaAODPartCorrName.Length()>0)mgr->RegisterExtraFile(kDeltaAODPartCorrName.Data()); // hmm this is written anyway.... but at least we do not register it...
 483    }
 484
 485    if(iPWG4CaloQA){
 486      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/QA/AddTaskCalorimeterQA.C");
 487      AliAnalysisTaskParticleCorrelation *taskcaloQA =  AddTaskCalorimeterQA("ESD",kFALSE,kIsMC);
 488      if(!taskcaloQA)::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskParticleCorrelation QA cannot run - EXCLUDED");
 489    }
 490
 491    if(iPWG4JetCorr){
 492      //     using namespace JetCorrelHD;
 493
 494      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskJetCorrel.C");
 495      AliAnalysisTaskJetCorrel *taskjetcorr = AddTaskJetCorrel();
 496      if (!taskjetcorr) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskJetCorrel  cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 497    }
 498
 499    if(iPWG4Tagged){
 500      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskTaggedPhotons.C");
 501      AliAnalysisTaskTaggedPhotons * taskTagged = AddTaskTaggedPhotons(kFALSE); // EMCAL
 502      //     taskTagged = AddTaskTaggedPhotons(kTRUE); // PHOS
 503      if (!taskTagged) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskTaggedPhotons  cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 504    }
 505    if (iPWG4omega3pi) {
 506      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskomega3pi.C");
 507      AliAnalysisTaskOmegaPi0PiPi *taskomega3pi = AddTaskomega3pi();
 508      if (!taskomega3pi) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskomega3pi cannot run\
 509  for these train conditions - EXCLUDED");
 510    }
 511
 512    // PWG4 gamma conversion analysis
 513    if (iPWG4GammaConv) {
 514       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskGammaConversion.C");
 515       TString cdir = gSystem->WorkingDirectory();
 516       gSystem->ChangeDirectory(gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/"));
 517       //      TString gcArguments = "-run-on-train -run-jet -run-chic -run-neutralmeson -run-cf";
 518       TString gcArguments = "-run-on-train -run-jet -run-neutralmeson -run-cf -use-own-xyz -bg-off";
 519       if(!kIsMC)gcArguments += " -mc-off";
 520       AliAnalysisTaskGammaConversion * taskGammaConversion = AddTaskGammaConversion(gcArguments,mgr->GetCommonInputContainer());
 521       gSystem->ChangeDirectory(cdir);
 522       taskGammaConversion->SelectCollisionCandidates();
 523       if (!taskGammaConversion) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskGammaConversion cannot run for these train conditions - EXCLUDED");
 524    }
 525
 526
 527    //==========================================================================
 528    // FOR THE REST OF THE TASKS THE MACRO AddTaskXXX() is not yet implemented/
 529    // Run the analysis
 530    //
 531    if (kPluginUse) {
 532       AliAnalysisGrid *alienHandler = CreateAlienHandler(plugin_mode);
 533       AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->SetGridHandler(alienHandler);
 534    }
 535
 536    if (mgr->InitAnalysis()) {
 537      mgr->PrintStatus();
 538      // if (kSaveTrain || strlen(config_file)) gSystem->ChangeDirectory(kTrainName);
 539      if (!strcmp(plugin_mode,"submit")&&smode=="GRID"){
 540        TString alien_workdir = gGrid->GetHomeDirectory();
 541        if (iAODanalysis) alien_workdir += "analysisAOD";
 542        else              alien_workdir += "analysisESD";
 543        if(kGridDataSet.Length()>0)alien_workdir += Form("/%s",kGridDataSet.Data());
 544        AliAnalysisAlien *gridhandler = (AliAnalysisAlien*)mgr->GetGridHandler();
 545        printf("=== AnalysisTrainPWG4Jets:: Registering jdl in the work directory alien://%s/%s, should be done by the manager! ===\n",
 546               alien_workdir.Data(),gridhandler->GetGridOutputDir());
 547        TFile::Cp(Form("file:%s.jdl",kTrainName.Data()), Form("alien://%s/%s/%s.jdl",alien_workdir.Data(),
 548                                                              gridhandler->GetGridOutputDir(),kTrainName.Data()));
 549      }
 550      AliLog::SetGlobalLogLevel(AliLog::kError);
 551      if((kUseSysInfo>0&&smode=="LOCAL")||!strcmp(plugin_mode, "test")){
 552        TFile * fM = TFile::Open("manager_local.root","RECREATE");
 553        mgr->Write();
 554        fM->Close();
 555      }
 556
 557      StartAnalysis(smode, chain);
 558
 559      if((kUseSysInfo>0&&smode=="LOCAL")||!strcmp(plugin_mode, "test")){
 560        for(int i = 0;i < mgr->GetTopTasks()->GetEntries();i++){
 561          mgr->ProfileTask(i);
 562        }
 563      }
 564      if (!strcmp(plugin_mode, "offline")&&smode=="GRID"){
 565        // Offline mode path files
 566        //       PatchJDL();
 567        PatchAnalysisMacro();
 568      }
 569
 570      if (kSaveTrain && smode=="GRID") {
 571        AliAnalysisAlien *gridhandler = (AliAnalysisAlien*)mgr->GetGridHandler();
 572        TString alien_workdir = gGrid->GetHomeDirectory();
 573        if (iAODanalysis) alien_workdir += "analysisAOD";
 574        else              alien_workdir += "analysisESD";
 575        if(kGridDataSet.Length()>0)alien_workdir += Form("/%s",kGridDataSet.Data());
 576        //     kGridOutdir = gridhandler->GetGridOutputDir();
 577        printf("=== Registering ConfigTrain.C in the work directory <%s> ===\n",
 578                 alien_workdir.Data());
 579        if (AliAnalysisAlien::FileExists(Form("%s/%sConfig.C", alien_workdir.Data(), kTrainName.Data())))
 580          gGrid->Rm(Form("%s/%sConfig.C", alien_workdir.Data(), kTrainName.Data()));
 581        if (strcmp(plugin_mode, "test"))
 582          TFile::Cp(Form("file:%sConfig.C",kTrainName.Data()), Form("alien://%s/%sConfig.C", alien_workdir.Data(), kTrainName.Data()));
 583      }
 584    }
 585 }
 586
 587 //______________________________________________________________________________
 588 void StartAnalysis(const char *mode, TChain *chain) {
 589 // Start analysis.
 590    Int_t imode = -1;
 591    AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
 592    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
 593    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
 594    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
 595    switch (imode) {
 596       case 0:
 597          if (!chain) {
 598             ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::StartAnalysis", "Cannot create the chain");
 599             return;
 600          }
 601          mgr->StartAnalysis(mode, chain);
 602          return;
 603       case 1:
 604          if (!kProofDataSet.Length()) {
 605             ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::StartAnalysis", "kProofDataSet is empty");
 606             return;
 607          }
 608          mgr->StartAnalysis(mode, kProofDataSet, kProofEvents,kProofOffset);
 609          return;
 610       case 2:
 611          if (kPluginUse) {
 612             if (!mgr->GetGridHandler()) {
 613                ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::StartAnalysis", "Grid plugin not initialized");
 614                return;
 615             }
 616             mgr->StartAnalysis("grid");
 617          } else {
 618             if (!chain) {
 619                ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::StartAnalysis", "Cannot create the chain");
 620                return;
 621             }
 622             mgr->StartAnalysis(mode, chain);
 623          }
 624          return;
 625    }
 626 }
 627
 628 //______________________________________________________________________________
 629 void CheckModuleFlags(const char *mode) {
 630 // Checks selected modules and insure compatibility
 631    Int_t imode = -1;
 632    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
 633    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
 634    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
 635
 636
 637    if (kUseCPAR) {
 638      kPluginAliRootVersion    = ""; // NO aliroot if we use CPAR
 639    }
 640
 641    if (imode==1) {
 642       if (!kUsePAR) {
 643          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PAR files enabled due to PROOF analysis");
 644          kUsePAR = kTRUE;
 645       }
 646    }
 647    if (imode != 2) {
 648       ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "AliEn plugin disabled since not in GRID mode");
 649       kPluginUse = kFALSE;
 650    }
 651
 652
 653    if(!kIsMC){
 654      // switch off anthin related to MC
 655      kUseMC = 0;
 656      kUseAODMC = 0;
 657      kUseTR = kFALSE;
 658    }
 659
 660    if (iAODanalysis) {
 661    // AOD analysis
 662       if (kUseMC)
 663          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "MC usage disabled in analysis on AOD's");
 664       if (kUseAODTags)
 665          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "AOD tags usage disabled in analysis on AOD's");
 666       kUseMC = kFALSE;
 667       kUseTR = kFALSE;
 668       kUseAODTags = kFALSE;
 669       if (iESDfilter)
 670          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "ESD filter disabled in analysis on AOD's");
 671       iESDfilter   = 0;
 672       if (iPhysicsSelection)
 673          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "Physics Selection disabled in analysis on AOD's");
 674       iPhysicsSelection   = 0;
 675       if (!iAODhandler) {
 676          if (iJETAN)
 677             ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "JETAN disabled in analysis on AOD's without AOD handler");
 678          iJETAN = 0;
 679          iDIJETAN = 0;
 680       }
 681       // Disable tasks that do not work yet on AOD data
 682       if( iPWG4PtQAMC)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4 PtQAMC disabled in analysis on AOD's");
 683       iPWG4PtQAMC        = 0;
 684       if( iPWG4PtQATPC)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4 PtTPC disabled in analysis on AOD's");
 685       iPWG4PtQATPC        = 0;
 686       if( iPWG4PtSpectra)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4 PtQAMC disabled in analysis on AOD's");
 687       iPWG4PtSpectra     = 0;
 688       if(iPWG4KMeans)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4KMeans disabled on AOD's");
 689       iPWG4KMeans       = 0;
 690       if (iPWG4JetCorr)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4Jetcorr disabled on AOD's");
 691       iPWG4JetCorr = 0;
 692       if (iPWG4PartCorr)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4partcorr disabled on AOD's");
 693       iPWG4PartCorr = 0;
 694       if (iPWG4CaloQA)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4CaloQA disabled on AOD's");
 695       iPWG4CaloQA = 0;
 696       if (iPWG4Tagged)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4tagged disabled on AOD's");
 697       iPWG4Tagged = 0;
 698       if (iPWG4omega3pi)
 699         ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG4omega3pi disabled on AOD's");
 700       iPWG4omega3pi = 0;
 701       if(iPWG1QASym)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG1 QA Sym disabled in analysis on AOD's");
 702       if (iPWG4GammaConv)::Info("AnalysisPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4gammaconv disabled on AOD's");
 703       iPWG4GammaConv = 0;
 704       iPWG1QASym     = 0;
 705    } else {
 706    // ESD analysis
 707      if (!kUseMC){
 708        kUseTR = kFALSE;
 709
 710        if(kUseKinefilter)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4 Kine Filter disabled in analysis without MC");
 711        kUseKinefilter = kFALSE;
 712        if( iPWG4PtQAMC)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4 PtQAMC disabled in analysis without MC");
 713        iPWG4PtQAMC        = 0;
 714
 715      }
 716      if (!kUseTR) {
 717        if(iPWG4PtQAMC)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "iPWG4QATPCMC disabled if not reading track references");
 718        iPWG4PtQAMC        = 0;
 719      }
 720      if (iJETAN){
 721        iESDfilter=1;
 722      }
 723       if (!iESDfilter){
 724         kUseKinefilter = kFALSE;
 725         kUseMuonfilter = kFALSE;
 726       }
 727       if(!iJETAN){
 728         iPWG4JetSpectrum = iPWG4UE = iPWG4ThreeJets = iDIJETAN = 0;
 729       }
 730    }
 731    iPWG4JetTasks = iPWG4JetServices||iPWG4JetSpectrum||iPWG4UE||iPWG4PtQAMC||iPWG4PtSpectra||iPWG4PtQATPC||iPWG4ThreeJets;
 732    iPWG4PartCorrLibs = iPWG4PartCorr||iPWG4Tagged||iPWG4CaloQA;
 733    iJETANLib = iPWG4JetTasks||iJETAN||iDIJETAN;
 734    if (iESDfilter) {iAODhandler=1;}
 735    if (kUseKinefilter && !kUseMC) kUseKinefilter = kFALSE;
 736    if (kUseAODTags && !iAODhandler) kUseAODTags = kFALSE;
 737
 738
 739
 740 }
 741
 742 //______________________________________________________________________________
 743 Bool_t Connect(const char *mode) {
 744 // Connect <username> to the back-end system.
 745    Int_t imode = -1;
 746    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
 747    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
 748    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
 749    TString username = gSystem->Getenv("alien_API_USER");
 750    switch (imode) {
 751       case 0:
 752          break;
 753       case 1:
 754          if  (!username.Length()) {
 755             ::Error(Form("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect <%s>", mode), "Make sure you:\n \
 756                            1. Have called: alien-token-init <username>\n \
 757                            2. Have called: >source /tmp/gclient_env_$UID");
 758             return kFALSE;
 759          }
 760          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect", "Connecting user <%s> to PROOF cluster <%s>",
 761                 username.Data(), kProofCluster.Data());
 762          gEnv->SetValue("XSec.GSI.DelegProxy", "2");
 763 //         TProof::Open(Form("%s@%s:31093", username.Data(), kProofCluster.Data()));
 764          TProof::Open(Form("%s@%s", username.Data(), kProofCluster.Data()));
 765          if (!gProof) {
 766             if (strcmp(gSystem->Getenv("XrdSecGSISRVNAMES"), "lxfsrd0506.cern.ch"))
 767                ::Error(Form("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect <%s>", mode), "Environment XrdSecGSISRVNAMES different from lxfsrd0506.cern.ch");
 768             return kFALSE;
 769          }
 770          if(kProofClearPackages)gProof->ClearPackages();
 771
 772          if(kProofSaveToAlien){
 773            TGrid::Connect("alien://");
 774            if (gGrid) {
 775              TString homedir = gGrid->GetHomeDirectory();
 776              TString workdir = homedir + kTrainName;
 777              if (!gGrid->Cd(workdir)) {
 778                gGrid->Cd(homedir);
 779                if (gGrid->Mkdir(workdir)) {
 780                  gGrid->Cd(kTrainName);
 781                  ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets::Connect()", "Directory %s created", gGrid->Pwd());
 782                }
 783              }
 784              gGrid->Mkdir("proof_output");
 785              gGrid->Cd("proof_output");
 786              kProofOutdir = Form("alien://%s", gGrid->Pwd());
 787            }
 788          }
 789          break;
 790       case 2:
 791          if  (!username.Length()) {
 792             ::Error(Form("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect <%s>", mode), "Make sure you:\n \
 793                            1. Have called: alien-token-init <username>\n \
 794                            2. Have called: >source /tmp/gclient_env_$UID");
 795             return kFALSE;
 796          }
 797          if (kPluginUse && !gSystem->Getenv("alien_CLOSE_SE")) {
 798             ::Error(Form("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect <%s>", mode),
 799                            "When using the AliEn plugin it is preferable to define the \
 800                            variable alien_CLOSE_SE in your environment.");
 801             return kFALSE;
 802          }
 803          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect", "Connecting user <%s> to AliEn ...",
 804                 username.Data());
 805          TGrid::Connect("alien://");
 806          if (!gGrid || !gGrid->IsConnected()) return kFALSE;
 807          break;
 808       default:
 809          ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect", "Unknown run mode: %s", mode);
 810          return kFALSE;
 811    }
 812    ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect","Connected in %s mode", mode);
 813    return kTRUE;
 814 }
 815
 816 //______________________________________________________________________________
 817 Bool_t LoadCommonLibraries(const char *mode)
 818 {
 819 // Load common analysis libraries.
 820    Int_t imode = -1;
 821    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
 822    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
 823    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
 824    if (!gSystem->Getenv("ALICE_ROOT")) {
 825       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadCommonLibraries", "Analysis train requires that analysis libraries are compiled with a local AliRoot");
 826       return kFALSE;
 827    }
 828    Bool_t success = kTRUE;
 829    // ROOT libraries
 830    gSystem->Load("libTree.so");
 831    gSystem->Load("libGeom.so");
 832    gSystem->Load("libVMC.so");
 833    gSystem->Load("libPhysics.so");
 834
 835    // Load framework classes. Par option ignored here.
 836    switch (imode) {
 837       case 0:
 838       case 2:
 839          if (kUseCPAR) {
 840             success &= LoadLibrary("STEERBase", mode, kTRUE);
 841             success &= LoadLibrary("ESD", mode, kTRUE);
 842             success &= LoadLibrary("AOD", mode, kTRUE);
 843             success &= LoadLibrary("ANALYSIS", mode, kTRUE);
 844             success &= LoadLibrary("ANALYSISalice", mode, kTRUE);
 845             success &= LoadLibrary("CORRFW", mode, kTRUE);
 846          } else {
 847             success &= LoadLibrary("libSTEERBase.so", mode);
 848             success &= LoadLibrary("libESD.so", mode);
 849             success &= LoadLibrary("libAOD.so", mode);
 850             success &= LoadLibrary("libANALYSIS.so", mode);
 851             success &= LoadLibrary("libANALYSISalice.so", mode);
 852             success &= LoadLibrary("libCORRFW.so", mode);
 853             gROOT->ProcessLine(".include $ALICE_ROOT/include");
 854          }
 855          break;
 856       case 1:
 857          Int_t ires = -1;
 858          if (kProofUseAFPAR && !gSystem->AccessPathName(kProofAFversion)) ires = gProof->UploadPackage(kProofAFversion);
 859          if (ires < 0) {
 860             success &= LoadLibrary("STEERBase", mode);
 861             success &= LoadLibrary("ESD", mode);
 862             success &= LoadLibrary("AOD", mode);
 863             success &= LoadLibrary("ANALYSIS", mode);
 864             success &= LoadLibrary("ANALYSISalice", mode);
 865             success &= LoadLibrary("CORRFW", mode);
 866          } else {
 867             ires = gProof->EnablePackage(kProofAFversion);
 868             if (ires<0) success = kFALSE;
 869             success &= LoadLibrary("CORRFW", mode);
 870          }
 871          break;
 872       default:
 873          ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadCommonLibraries", "Unknown run mode: %s", mode);
 874          return kFALSE;
 875    }
 876    if (success) {
 877       ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadCommodLibraries", "Load common libraries:    SUCCESS");
 878       ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadCommodLibraries", "Include path for Aclic compilation:\n%s",
 879               gSystem->GetIncludePath());
 880    } else {
 881       ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadCommodLibraries", "Load common libraries:    FAILED");
 882    }
 883
 884    return success;
 885 }
 886
 887 //______________________________________________________________________________
 888 Bool_t LoadAnalysisLibraries(const char *mode)
 889 {
 890 // Load common analysis libraries.
 891    Bool_t success = kTRUE;
 892    if (iESDfilter) {
 893       if (!LoadLibrary("PWG3base", mode, kTRUE) ||
 894           !LoadLibrary("PWG3muon", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 895    }
 896    // JETAN
 897    if (iJETANLib) {
 898      // this part needs some rework in case we do not need the fastjed finders for processing
 899      if (!LoadLibrary("JETAN", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 900      if (!strcmp(mode, "PROOF")){
 901        gProof->Exec("gSystem->Load\(\"/afs/cern.ch/user/d/dperrino/public/libCGAL.so\"\)", kTRUE);
 902        gProof->Exec("gSystem->Load\(\"/afs/cern.ch/user/d/dperrino/public/libfastjet.so\"\)", kTRUE);
 903        // problem when loading siscone copiled with different gcc version??
 904        // gProof->Exec("gSystem->Load\(\"/afs/cern.ch/user/d/dperrino/public/libsiscone.so\"\)", kTRUE);
 905        gProof->Exec("gSystem->Load\(\"/afs/cern.ch/user/d/dperrino/public/libSISConePlugin.so\"\)", kTRUE);
 906      }
 907      if(!kUsePAR){
 908        if (!LoadLibrary("CGAL", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 909        if (!LoadLibrary("fastjet", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 910        if (!LoadLibrary("siscone", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 911        if (!LoadLibrary("SISConePlugin", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 912      }
 913      else{
 914        // par files plus FASTJET needs some extra work... need to change
 915        // the loading sequence in the auto generated .C file
 916        if (!LoadLibrary("libCGAL.so", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 917        if (!LoadLibrary("libfastjet.so", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 918        if (!LoadLibrary("libsiscone.so", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 919        if (!LoadLibrary("libSISConePlugin.so", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 920      }
 921      if (!LoadLibrary("FASTJETAN", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 922    }
 923    if(iPWG4JetTasks){
 924      // PWG4 particle correlations
 925      if (!LoadLibrary("PWG4JetTasks", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 926    }
 927    if(iPWG1QASym){
 928      if (!LoadSource(Form("%s/PWG1/AliAnalysisTaskQASym.cxx",gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT")), mode, kTRUE))return kFALSE;
 929    }
 930    if(iPWG4TmpSourceSara){
 931      if(!kUsePAR)gSystem->AddIncludePath("-I$ALICE_ROOT/include/JetTasks"); // ugly hack!!
 932      if(!LoadSource(Form("%s/PWG4/JetTasks/AliAnalysisTaskEta.cxx",gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT")), mode, kTRUE))return kFALSE;
 933    }
 934    if(iPWG4TmpSourceFrag){
 935      if(!kUsePAR)gSystem->AddIncludePath("-I$ALICE_ROOT/include/JetTasks"); // ugly hack!!
 936      if(!LoadSource(Form("%s/PWG4/JetTasks/AliAnalysisTaskFragFunc.cxx",gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT")), mode, kTRUE))return kFALSE;
 937    }
 938
 939    if (iPWG4PartCorrLibs) {
 940       if (!LoadLibrary("EMCALUtils", mode, kTRUE) ||
 941           !LoadLibrary("PHOSUtils", mode, kTRUE) ||
 942           !LoadLibrary("PWG4PartCorrBase", mode, kTRUE) ||
 943           !LoadLibrary("PWG4PartCorrDep", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 944    }
 945    if (iPWG4JetCorr) {
 946      if (!LoadLibrary("PWG4JetCorrel", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 947    }
 948    if (iPWG4omega3pi) {
 949      if (!LoadLibrary("PWG4omega3pi", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 950    }
 951    if (iPWG4GammaConv) {
 952       if (!LoadLibrary("PWG4GammaConv", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 953    }
 954
 955    ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadAnalysisLibraries", "Load other libraries:   SUCCESS");
 956    return kTRUE;
 957 }
 958
 959 //______________________________________________________________________________
 960 Bool_t LoadLibrary(const char *module, const char *mode, Bool_t rec=kFALSE)
 961 {
 962 // Load a module library in a given mode. Reports success.
 963    Int_t imode = -1;
 964    Int_t result;
 965    TString smodule(module);
 966    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
 967    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
 968    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
 969    TString mod(module);
 970    if (!mod.Length()) {
 971       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadLibrary", "Empty module name");
 972       return kFALSE;
 973    }
 974    // If a library is specified, just load it
 975    if (smodule.EndsWith(".so")) {
 976       mod.Remove(mod.Index(".so"));
 977       result = gSystem->Load(mod);
 978       if (result < 0) {
 979          ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadLibrary", "Could not load library %s", module);
 980          return kFALSE;
 981       }
 982       if (rec) anaLibs += Form("%s.so ",mod.Data());
 983       if (rec) anaLibsExtra += Form("%s.so ",mod.Data());
 984       return kTRUE;
 985    }
 986    // Check if the library is already loaded
 987    if (strlen(gSystem->GetLibraries(Form("%s.so", module), "", kFALSE)) > 0)
 988       return kTRUE;
 989    switch (imode) {
 990       case 0:
 991       case 2:
 992          if (kUsePAR) {
 993             result = SetupPar(module);
 994             if (rec) anaPars += Form("%s.par ", module);
 995          } else {
 996             result = gSystem->Load(Form("lib%s.so", module));
 997             if (rec) anaLibs += Form("lib%s.so ", module);
 998          }
 999          break;
1000       case 1:
1001         if(!gSystem->AccessPathName(module)){
1002           ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadLibrary", "Removing directory %s",module);
1003           gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",module));
1004         }
1005          result = gProof->UploadPackage(module);
1006          if (result<0) {
1007             result = gProof->UploadPackage(gSystem->ExpandPathName(Form("$ALICE_ROOT/%s.par", module)));
1008             if (result<0) {
1009                ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadLibrary", "Could not find module %s.par in current directory nor in $ALICE_ROOT", module);
1010                return kFALSE;
1011             }
1012          }
1013          result = gProof->EnablePackage(module);
1014          break;
1015       default:
1016          return kFALSE;
1017    }
1018    if (result < 0) {
1019       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadLibrary", "Could not load module %s", module);
1020       return kFALSE;
1021    }
1022    return kTRUE;
1023 }
1024
1025
1026
1027 //______________________________________________________________________________
1028 Bool_t LoadSource(const char *source, const char *mode, Bool_t rec=kFALSE)
1029 {
1030 // Load a module library in a given mode. Reports success.
1031    Int_t imode = -1;
1032    Int_t result = -1;
1033    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
1034    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
1035    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
1036    TString ssource(source);
1037    TString basename = gSystem->BaseName(ssource.Data());
1038    if (!ssource.Length()) {
1039       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadSource", "Empty task name");
1040       return kFALSE;
1041    }
1042     // we have a source code so compile it
1043    if (ssource.EndsWith(".cxx")) {
1044      // need to copy it here other wise the path is also used on grid...
1045      ssource.Remove(ssource.Index(".cxx"));
1046      basename.Remove(basename.Index(".cxx"));
1047      Printf("LoadSources:: Copying...  path %s{cxx,h}",ssource.Data());
1048      gSystem->Exec(Form("cp %s.cxx . ",ssource.Data()));
1049      gSystem->Exec(Form("cp %s.h . ",ssource.Data()));
1050      // Path to code
1051      // only needed for local compilation, in grid and proof mode
1052      // the task headers are uploaded
1053      //     path.Remove(path.Index(gSystem->BaseName(path.Data())));
1054      // Printf("LoadSources:: Including path %s",path.Data());
1055      //  if(path.Length()>0)gROOT->ProcessLine(Form(".include %s",path.Data()));
1056      Printf("LoadSources:: Loading...  path %s",basename.Data());
1057      switch (imode) {
1058      case 0:
1059        result = gROOT->LoadMacro(Form("%s.cxx++g",basename.Data()));
1060        break;
1061      case 1:
1062        result = gProof->LoadMacro(Form("%s.cxx++g",basename.Data()));
1063        break;
1064      case 2:
1065        result = gROOT->LoadMacro(Form("%s.cxx++g",basename.Data()));
1066        if (rec){
1067          // what we want to compile
1068          anaSources += Form("%s.cxx ",basename.Data());
1069          // what we need as input...
1070          anaLibs += Form("%s.cxx %s.h ",basename.Data(),basename.Data());
1071        }
1072        break;
1073      default:
1074        return kFALSE;
1075      }
1076    }
1077    if (result < 0) {
1078       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadSources", "Could not load source %s", source);
1079       return kFALSE;
1080    }
1081    return kTRUE;
1082 }
1083
1084
1085 //______________________________________________________________________________
1086 TChain *CreateChain(const char *mode, const char *plugin_mode)
1087 {
1088 // Create the input chain
1089    Int_t imode = -1;
1090    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
1091    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
1092    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
1093    TChain *chain = NULL;
1094    // Local chain
1095    switch (imode) {
1096       case 0:
1097          if (iAODanalysis) {
1098             if (!kLocalXMLDataset.Length()) {
1099                // Local AOD
1100                chain = new TChain("aodTree");
1101                TString line;
1102                ifstream in;
1103                in.open(kLocalDataList.Data());
1104                while (in.good()) {
1105                  in >> line;
1106                  if (line.Length() == 0) continue;
1107                  // cout << " line = " << line << endl;
1108                  chain->Add(line.Data());
1109                }
1110             } else {
1111                // Interactive AOD
1112                chain = CreateChainSingle(kLocalXMLDataset, "aodTree");
1113             }
1114          } else {
1115            if (!kLocalXMLDataset.Length()) {
1116              // Local ESD
1117              chain = new TChain("esdTree");
1118              TString line;
1119              ifstream in;
1120              in.open(kLocalDataList.Data());
1121              while (in.good()) {
1122                in >> line;
1123                if (line.Length() == 0) continue;
1124                cout << " line = " << line << endl;
1125                chain->Add(line.Data());
1126              }
1127            } else {
1128              // Interactive ESD
1129                chain = CreateChainSingle(kLocalXMLDataset, "esdTree");
1130            }
1131          }
1132          break;
1133       case 1:
1134          break;
1135       case 2:
1136          if (kPluginUse) {
1137 //            AliAnalysisGrid *alienHandler = CreateAlienHandler(plugin_mode);
1138 //            AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->SetGridHandler(alienHandler);
1139          } else {
1140             TString           treeName = "esdTree";
1141             if (iAODanalysis) treeName = "aodTree";
1142             chain = CreateChainSingle("wn.xml", treeName);
1143          }
1144          break;
1145       default:
1146    }
1147    if (chain && chain->GetNtrees()) return chain;
1148    return NULL;
1149 }
1150
1151 //______________________________________________________________________________
1152 TChain* CreateChainSingle(const char* xmlfile, const char *treeName)
1153 {
1154    printf("*******************************\n");
1155    printf("*** Getting the ESD Chain   ***\n");
1156    printf("*******************************\n");
1157    TAlienCollection * myCollection  = TAlienCollection::Open(xmlfile);
1158
1159    if (!myCollection) {
1160       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CreateChainSingle", "Cannot create an AliEn collection from %s", xmlfile) ;
1161       return NULL ;
1162    }
1163
1164    TChain* chain = new TChain(treeName);
1165    myCollection->Reset() ;
1166    while ( myCollection->Next() ) chain->Add(myCollection->GetTURL("")) ;
1167    chain->ls();
1168    return chain;
1169 }
1170
1171 //______________________________________________________________________________
1172 Int_t SetupPar(char* pararchivename)
1173 {
1174    if (!pararchivename || !strlen(pararchivename)) return -1;
1175    char processline[1024];
1176    if (gSystem->AccessPathName(Form("%s.par", pararchivename))) {
1177       if (!gSystem->AccessPathName(Form("%s/%s.par", gSystem->Getenv("ALICE_ROOT"),pararchivename))) {
1178          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::SetupPar", "Getting %s.par from $ALICE_ROOT", pararchivename);
1179          TFile::Cp(gSystem->ExpandPathName(Form("$ALICE_ROOT/%s.par", pararchivename)),
1180                    Form("%s.par",pararchivename));
1181       } else {
1182          ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::SetupPar", "Cannot find %s.par", pararchivename);
1183          return -1;
1184       }
1185    }
1186    if (kPluginUse && kSaveTrain) gSystem->Exec(Form("ln -s ../%s.par %s",pararchivename, kTrainName.Data()));
1187    gSystem->Exec(Form("tar xvzf %s.par", pararchivename));
1188
1189    TString ocwd = gSystem->WorkingDirectory();
1190    if (!gSystem->ChangeDirectory(pararchivename)) return -1;
1191
1192    // check for BUILD.sh and execute
1193    if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
1194       printf("*******************************\n");
1195       printf("*** Building PAR archive    ***\n");
1196       printf("*******************************\n");
1197       if (gSystem->Exec("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
1198          Error("runProcess","Cannot Build the PAR Archive! - Abort!");
1199          return -1;
1200       }
1201    }
1202
1203         // check for SETUP.C and execute
1204         if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/SETUP.C")) {
1205             printf("*******************************\n");
1206             printf("*** Setup PAR archive       ***\n");
1207             printf("*******************************\n");
1208             gROOT->Macro("PROOF-INF/SETUP.C");
1209         }
1210         if (!gSystem->ChangeDirectory(ocwd.Data())) return -1;
1211    return 0;
1212 }
1213
1214 //______________________________________________________________________________
1215 AliAnalysisAlien* CreateAlienHandler(const char *plugin_mode)
1216 {
1217 // Check if user has a valid token, otherwise make one. This has limitations.
1218 // One can always follow the standard procedure of calling alien-token-init then
1219 //   source /tmp/gclient_env_$UID in the current shell.
1220    if (!AliAnalysisGrid::CreateToken()) return NULL;
1221    AliAnalysisAlien *plugin = new AliAnalysisAlien();
1222 // Set the run mode (can be "full", "test", "offline", "submit" or "terminate")
1223    plugin->SetRunMode(plugin_mode);
1224    if (kPluginUseProductionMode) plugin->SetProductionMode();
1225    plugin->SetJobTag(kJobTag);
1226    plugin->SetNtestFiles(2);
1227 //   plugin->SetPreferedSE("ALICE::NIHAM::File");
1228 // Set versions of used packages
1229    plugin->SetAPIVersion("V1.1x");
1230    //   plugin->SetAPIVersion("V1.0x");
1231 //   plugin->SetAPIVersion("V2.4");
1232    plugin->SetROOTVersion(kPluginRootVersion);
1233    plugin->SetAliROOTVersion(kPluginAliRootVersion);
1234 // Declare input data to be processed.
1235 // Method 1: Create automatically XML collections using alien 'find' command.
1236 // Define production directory LFN
1237    plugin->SetGridDataDir(kGridDatadir.Data());
1238 // Set data search pattern
1239    if (iAODanalysis) plugin->SetDataPattern(" *AliAOD.root");
1240    else              plugin->SetDataPattern(Form(" %s/*/*ESD.tag.root",kGridPassPattern.Data()));
1241 // ...then add run numbers to be considered
1242 //   plugin->SetRunRange(kGridRunRange[0], kGridRunRange[1]);
1243    for (Int_t i=kGridRunRange[0]; i<=kGridRunRange[1]; i++) {
1244      Printf("AnalysisTrainPWG4Jets Adding run number %s", Form(kGridRunPattern.Data(),i));
1245      plugin->AddRunNumber(Form(kGridRunPattern.Data(),i));
1246    }
1247
1248    if(kGridLocalRunList.Length()>0){
1249      ifstream in1;
1250      in1.open(kGridLocalRunList.Data());
1251      int iRun;
1252      char c;
1253      char cLine[250];
1254      while(!in1.eof()){
1255        c = in1.get();
1256        if ( (c >= '0') && (c <= '9') )
1257          {
1258            in1.putback (c);
1259            in1>>iRun;
1260            Printf("AnalysisTrainPWG4Jets Adding run number from File %s", Form(kGridRunPattern.Data(),iRun));
1261            plugin->AddRunNumber(Form(kGridRunPattern.Data(),iRun));
1262        }
1263      else
1264        {
1265          in1.putback (c);
1266          in1.getline(cLine,250);
1267          Printf("AnalysisTrainPWG4Jets Skipping run number from File %s", cLine);
1268        }
1269      }
1270    }
1271
1272 // Method 2: Declare existing data files (raw collections, xml collections, root file)
1273 // If no path mentioned data is supposed to be in the work directory (see SetGridWorkingDir())
1274 // XML collections added via this method can be combined with the first method if
1275 // the content is compatible (using or not tags)
1276 //   plugin->AddDataFile("tag.xml");
1277 //   plugin->AddDataFile("/alice/data/2008/LHC08c/000057657/raw/Run57657.Merged.RAW.tag.root");
1278 // Define alien work directory where all files will be copied. Relative to alien $HOME.
1279    TString alien_workdir = "";
1280
1281    if (iAODanalysis)  alien_workdir += "analysisAOD";
1282    else               alien_workdir += "analysisESD";
1283    if(kGridDataSet.Length()>0)alien_workdir += Form("/%s",kGridDataSet.Data());
1284    plugin->SetGridWorkingDir(alien_workdir.Data());
1285
1286    // Declare alien output directory. Relative to working directory.
1287    if (!kGridOutdir.Length()) kGridOutdir = Form("output_%s",kTrainName.Data());
1288    plugin->SetGridOutputDir(kGridOutdir);
1289
1290    // Add external packages
1291    if (iJETAN||iDIJETAN) {
1292       plugin->AddExternalPackage("boost::v1_38_0");
1293       plugin->AddExternalPackage("cgal::v3.3.1");
1294       plugin->AddExternalPackage("fastjet::v2.4.0");
1295    }
1296
1297
1298    // set extra libs before par file compilation
1299    anaLibs += kGridExtraFiles;
1300    anaLibs     = anaLibs.Strip();
1301    Printf("anaLibs %s",anaLibs.Data());
1302    Printf("anaLibsExtra %s",anaLibsExtra.Data());
1303
1304    if (anaLibs.Length())          plugin->SetAdditionalLibs(anaLibs.Data());
1305    if (anaLibsExtra.Length())     plugin->SetAdditionalRootLibs(anaLibsExtra.Data());
1306
1307    TString ana_sources = "";
1308    TString ana_add = "";
1309    if (kUsePAR && anaPars.Length()) {
1310       printf("%s\n", anaPars.Data());
1311       TObjArray *arr;
1312       TObjString *objstr;
1313       arr = anaPars.Tokenize(" ");
1314       TIter next(arr);
1315       while ((objstr=(TObjString*)next())) plugin->EnablePackage(objstr->GetString());
1316       delete arr;
1317    }
1318
1319 // Declare the analysis source files names separated by blancs. To be compiled runtime
1320 // using ACLiC on the worker nodes.
1321    ana_sources = anaSources.Strip();
1322 // Declare all libraries (other than the default ones for the framework. These will be
1323 // loaded by the generated analysis macro. Add all extra files (task .cxx/.h) here.
1324
1325    if (ana_sources.Length()) plugin->SetAnalysisSource(ana_sources);
1326    plugin->SetExecutableCommand(kPluginExecutableCommand.Data());
1327 // Declare the output file names separated by blancs.
1328 // (can be like: file.root or file.root@ALICE::Niham::File)
1329    plugin->SetDefaultOutputs();
1330    plugin->SetMergeExcludes(kGridMergeExclude);
1331    plugin->SetMaxMergeFiles(kGridMaxMergeFiles);
1332    plugin->SetNrunsPerMaster(kGridRunsPerMaster);
1333 // Optionally define the files to be archived.
1334 //   plugin->SetOutputArchive("log_archive.zip:stdout,stderr@ALICE::NIHAM::File root_archive.zip:AliAOD.root,AOD.tag.root@ALICE::NIHAM::File");
1335
1336
1337    // Put default output files to archive
1338    TString listhists = "";
1339    TString listaods  = "";
1340    AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
1341    TIter next(mgr->GetOutputs());
1342    AliAnalysisDataContainer *output;
1343    while ((output=(AliAnalysisDataContainer*)next())) {
1344       const char *filename = output->GetFileName();
1345       if (!(strcmp(filename, "default"))) {
1346         if (!mgr->GetOutputEventHandler()) continue;
1347          filename = mgr->GetOutputEventHandler()->GetOutputFileName();
1348          if (listaods.Length()) listaods += " ";
1349          listaods += filename;
1350       } else {
1351         if(!listhists.Contains(filename)){
1352           if (listhists.Length()) listhists += " ";
1353           listhists += filename;
1354         }
1355       }
1356    }
1357
1358    if(kUseSysInfo>0){
1359      if (listhists.Length()) listhists += " ";
1360      listhists += "syswatch.root";
1361    }
1362
1363    if(kIsMC){
1364      if (listaods.Length()) listaods += " ";
1365      listaods += "pyxsec_hists.root";
1366    }
1367
1368
1369    if (mgr->GetExtraFiles().Length()) {
1370      if (listaods.Length()) listaods += " ";
1371      listaods += mgr->GetExtraFiles();
1372    }
1373
1374    // if we do not fill the aod we do not need to store it
1375    kGridMergeExclude = listaods;
1376
1377    if(!kFillAOD){
1378      listaods="";
1379      plugin->SetDefaultOutputs(kFALSE);
1380      plugin->SetOutputFiles(listhists.Data());
1381    }
1382
1383
1384    listaods.ReplaceAll(" ", ",");
1385    listhists.ReplaceAll(" ", ",");
1386    if (listhists.Length()) listhists = Form("hist_archive.zip:%s@%s", listhists.Data(), kGridOutputStorages.Data());;
1387    if (listaods.Length())  listaods  = Form("aod_archive.zip:%s@%s", listaods.Data(), kGridOutputStorages.Data());;
1388
1389    if (!listhists.Length() && !listaods.Length()) {
1390       ::Fatal("AnalysisTrainPWG4Jets", "No task output !");
1391    }
1392
1393
1394
1395    TString outputArchive = "log_archive.zip:stdout,stderr@ALICE::FZK::SE,ALICE::GSI::SE";
1396    if(kUseSysInfo>0)outputArchive = "log_archive.zip:stdout,stderr,syswatch.log@ALICE::FZK::SE,ALICE::GSI::SE";
1397    if (listaods.Length()) {
1398       outputArchive += " ";
1399       outputArchive += listaods;
1400    }
1401    if (listhists.Length()) {
1402       outputArchive += " ";
1403       outputArchive += listhists;
1404    }
1405    plugin->SetOutputArchive(outputArchive);
1406 // Optionally set a name for the generated analysis macro (default MyAnalysis.C)
1407    plugin->SetAnalysisMacro(Form("%s.C", kTrainName.Data()));
1408 // Optionally set maximum number of input files/subjob (default 100, put 0 to ignore)
1409    plugin->SetSplitMaxInputFileNumber(kGridFilesPerJob);
1410 // Optionally set number of failed jobs that will trigger killing waiting sub-jobs.
1411 //   plugin->SetMaxInitFailed(5);
1412 // Optionally resubmit threshold.
1413 //   plugin->SetMasterResubmitThreshold(90);
1414 // Optionally set time to live (default 30000 sec)
1415    plugin->SetTTL(30000);
1416 // Optionally set input format (default xml-single)
1417    plugin->SetInputFormat("xml-single");
1418 // Optionally modify the name of the generated JDL (default analysis.jdl)
1419    plugin->SetJDLName(Form("%s.jdl", kTrainName.Data()));
1420 // Optionally modify the executable name (default analysis.sh)
1421    plugin->SetExecutable(Form("%s.sh", kTrainName.Data()));
1422 // Optionally modify job price (default 1)
1423    plugin->SetPrice(1);
1424 // Optionally modify split mode (default 'se')
1425    plugin->SetSplitMode("se");
1426    return plugin;
1427 }
1428
1429 //______________________________________________________________________________
1430 void WriteConfig()
1431 {
1432 // Write train configuration in a file. The file name has the format:
1433 // train_[trainName]_ddMonthyyyy_time.C
1434    if (kUseDate) {
1435       gSystem->Exec("date +%d%b%Y_%Hh%M > date.tmp");
1436       ifstream fdate("date.tmp");
1437       if (!fdate.is_open()) {
1438          ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Export","Could not generate file name");
1439          return;
1440       }
1441       const char date[64];
1442       fdate.getline(date,64);
1443       fdate.close();
1444       gSystem->Exec("rm date.tmp");
1445       kTrainName = Form("train_%s_%s", kTrainName.Data(), date);
1446    } else {
1447       kTrainName = Form("train_%s", kTrainName.Data());
1448    }
1449    TString cdir = gSystem->WorkingDirectory();
1450    gSystem->MakeDirectory(kTrainName);
1451    gSystem->ChangeDirectory(kTrainName);
1452    ofstream out;
1453    out.open(Form("%sConfig.C",kTrainName.Data()), ios::out);
1454    if (out.bad()) {
1455       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Export", "Cannot open ConfigTrain.C for writing");
1456       return;
1457    }
1458    out << "{" << endl;
1459    out << "   kTrainName      = " << "\"" << kTrainName.Data() << "\";" << endl;
1460    out << "   kProofCluster   = " << "\"" << kProofCluster.Data() << "\";" << endl;
1461    out << "   kProofUseAFPAR        = " << kProofUseAFPAR << ";" << endl;
1462    if (kProofUseAFPAR)
1463       out << "   kProofAFversion       = " << kProofAFversion.Data() << ";" << endl;
1464    out << "   kProofDataSet   = " << "\"" << kProofDataSet.Data() << "\";" << endl;
1465    out << "   kPluginUse       = " << kPluginUse << ";" << endl;
1466    out << "   kUsePAR          = " << kUsePAR << ";" << endl;
1467    out << "   kUseCPAR         = " << kUseCPAR << ";" << endl;
1468    out << "   kPluginRootVersion    = " << "\"" << kPluginRootVersion.Data() << "\";" << endl;
1469    out << "   kPluginAliRootVersion = " << "\"" << kPluginAliRootVersion.Data() << "\";" << endl;
1470    out << "   kGridDatadir   = " << "\"" << kGridDatadir.Data() << "\";" << endl;
1471    if (!kGridOutdir.Length()) kGridOutdir = Form("output_%s",kTrainName.Data());
1472    out << "   kGridOutdir    = " << "\"" << kGridOutdir.Data() << "\";" << endl;
1473    out << "   kGridMaxMergeFiles   = " << kGridMaxMergeFiles << ";" << endl;
1474    out << "   kGridMergeExclude    = " << "\"" << kGridMergeExclude.Data() << "\";" << endl;
1475    out << "   kGridRunsPerMaster  = " << kGridRunsPerMaster << ";" << endl;
1476    out << "   kGridFilesPerJob    = " << kGridFilesPerJob << ";" << endl;
1477    out << "   kGridRunRange[0]    = " << kGridRunRange[0] << ";" << endl;
1478    out << "   kGridRunRange[1]    = " << kGridRunRange[1] << ";" << endl;
1479    out << "   kUseDebug          = " << kUseDebug << ";" << endl;
1480    out << "   kUseMC           = " << kUseMC << ";" << endl;
1481    out << "   kUseESDTags         = " << kUseESDTags << ";" << endl;
1482    out << "   kUseKinefilter      = " << kUseKinefilter << ";" << endl;
1483    out << "   kUseTR           = " << kUseTR << ";" << endl;
1484    out << "   kUseAODTags      = " << kUseAODTags << ";" << endl;
1485    out << "   kSaveTrain       = " << "kFALSE;" << endl << endl;
1486    out << "   // Analysis modules" << endl;
1487    out << "   iAODanalysis    = " << iAODanalysis << ";" << endl;
1488    out << "   iAODhandler     = " << iAODhandler << ";" << endl;
1489    out << "   iESDfilter      = " << iESDfilter << ";" << endl;
1490    out << "   iJETAN          = " << iJETAN << ";" << endl;
1491    out << "// Configuration fot the wagons" << endl;
1492    out << "}" << endl;
1493    ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::WriteConfig", "Train configuration wrote to file %s", Form("config_%s.C", kTrainName.Data()));
1494    gSystem->ChangeDirectory(cdir);
1495 }
1496
1497 //______________________________________________________________________________
1498 Bool_t LoadConfig(const char *filename)
1499 {
1500 // Read train configuration from file
1501    if (gSystem->AccessPathName(filename)) {
1502       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadConfig", "Config file name not found");
1503       return kFALSE;
1504    }
1505    gROOT->ProcessLine(Form(".x %s", filename));
1506    ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadConfig", "Train configuration loaded from file %s", filename);
1507    return kTRUE;
1508 }
1509
1510 Bool_t PatchJDL(){
1511   Printf(">>> Patching JDL");
1512   AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
1513   AliAnalysisAlien*    gridHandler = (AliAnalysisAlien*)mgr->GetGridHandler();
1514   TGridJDL *jdl = gridHandler->GetGridJDL();
1515   if(iJETAN)jdl->AddToPackages("fastjet","v2.4.0");
1516   gridHandler->WriteJDL(kFALSE);
1517   Printf("<<< Patching JDL");
1518   return kTRUE;
1519 }
1520
1521 Bool_t PatchAnalysisMacro(){
1522     Printf(">>> Patching AnalysisMacro");
1523     gSystem->Exec(Form("mv %s.C %s.C_tmp",kTrainName.Data(),kTrainName.Data()));
1524
1525   ifstream in1;
1526   in1.open(Form("%s.C_tmp", kTrainName.Data()));
1527   char cLine[250];
1528   TString st;
1529   while(in1.getline(cLine,250)){
1530     st += cLine;
1531     st += "\n";
1532   }
1533   Int_t index;
1534   index = st.Index("gSystem->Load(\"libPhysics\");");
1535   index += strlen("gSystem->Load(\"libPhysics\");");
1536   if(iJETAN&&kUsePAR){
1537     TObjArray *arr;
1538     TObjString *objstr;
1539     arr = anaLibs.Tokenize(" ");
1540     TIter next(arr);
1541     TString add = "";
1542     add += "\n\n // added by CKB \n";
1543     while ((objstr=(TObjString*)next())){
1544       if(objstr->GetString().Contains("PWG3"))continue;
1545       if(objstr->GetString().EndsWith(".so"))add += Form("gSystem->Load(\"%s\");\n",objstr->GetString().Data());
1546     }
1547     delete arr;
1548     //    add += Form("AliLog::SetGlobalLogLevel(%d);\n",AliLog::GetGlobalLogLevel());
1549     add += "// BKC \n\n";
1550     st.Insert(index,add.Data());
1551   }
1552
1553   if(kUseDebug){
1554     st.Insert(index,"\n gROOT->ProcessLine(\".trace\"); // CKB \n");
1555   }
1556
1557   index = st.Index("gSystem->AddIncludePath");
1558   st.Insert(index,"// CKB ");
1559
1560   ofstream out;
1561   out.open(Form("%s.C", kTrainName.Data()));
1562   if (out.bad()) {
1563     return kFALSE;
1564   }
1565   out << st << endl;
1566   Printf("<<< Patching AnalysisMacro");
1567   return kTRUE;
1568
1569 }