PWG4/macros/AnalysisTrainPWG4Jets.C

   1 //===================== ANALYSIS TRAIN =========================================
   2 // To use: copy this macro to your work directory, modify the global part to match
   3 // your needs, then run root.
   4 //    root[0] .L AnalysisTrain.C
   5 // Grid full mode as below (other modes: test, offline, submit, terminate)
   6 //    root[1] AnalysisTrainPWG4Jets("grid", "full")
   7 // CAF mode (requires root v5-23-02 + aliroot v4-16-Rev08)
   8 //    root[2] AnalysisTrainPWG4Jets("proof")
   9 // Local mode requires AliESds.root or AliAOD.root in ./data directory
  10 //    root[3] AnalysisTrainPWG4Jets("local")
  11 // In proof and grid modes, a token is needed and sourcing the produced environment file.
  12 //
  13 // If 'saveTrain' flag is set, the train will generate a directory name and run
  14 // in this directory. A configuration file 'ConfigTrain.C' will be generated.
  15 // One can replay at any time the train via:
  16 //    root[1] AnalysisTrainPWG4Jets(ana_mode, plugin_mode, "train_default_<date>/ConfigTrain.C")
  17
  18 // For Usage with fastjet run in "offline" first and then "submit"
  19 // jdl and analysismacro are automatically patched after "offline" mode
  20
  21 // =============================================================================
  22 // ### General Steering variables
  23 // =============================================================================
  24 //== general setup variables
  25 TString     kTrainName         = "testAnalysis"; // *CHANGE ME* (no blancs or special characters)
  26 TString     kJobTag            = "PWG4 Jet Tasks analysis train configured"; // *CHANGE ME*
  27
  28 // Usage of par files ONLY in grid mode and ONLY if the code is not available
  29 // in the deployed AliRoot versions. Par file search path: local dir, if not there $ALICE_ROOT.
  30 // To refresh par files, remove the ones in the workdir, then do "make <target.par>" in
  31 // AliRoot.
  32 Bool_t      kUsePAR             = kFALSE;  // use par files for extra libs
  33 Bool_t      kUseCPAR            = kFALSE;  // use par files for common libs
  34 Bool_t      kFillAOD = kFALSE;  // switch of AOD filling for on the fly analysis
  35
  36 //== general input and output variables
  37 Int_t       iAODanalysis       = 1;      // Analysis on input AOD's
  38 Int_t       iAODhandler        = 1;      // Analysis produces an AOD or dAOD's
  39 Int_t       iESDfilter         = 0;      // ESD to AOD filter (barrel + muon tracks)
  40 Bool_t      kUseKinefilter     = kFALSE; // use Kinematics filter
  41 Bool_t      kUseMuonfilter     = kFALSE; // use Kinematics filter
  42 TString     kCommonOutputFileName = "PWG4_JetTasksOutput.root";
  43
  44
  45 //== general process variables
  46
  47 // ### Other flags to steer the analysis
  48 //==============================================================================
  49 Bool_t      kUseDate            = kFALSE; // use date in train name
  50 Bool_t      kUseDebug           = kTRUE; // activate debugging
  51 Bool_t      kUseMC              = kTRUE;  // use MC info
  52 Bool_t      kIsMC               = kTRUE;  // is MC info, if false it overwrites Use(AOD)MC
  53 Bool_t      kUseAODMC           = kTRUE;  // use MC infA
  54 Bool_t      kUseESDTags         = kFALSE; // use ESD tags for selection
  55 Bool_t      kUseTR              = kFALSE;  // use track references
  56 Bool_t      kUseAODTags         = kFALSE;  // use AOD tags
  57 Bool_t      kSaveTrain          = kFALSE;  // save train configuration as:
  58
  59 // ### Analysis modules to be included. Some may not be yet fully implemented.
  60 //==============================================================================
  61 Int_t       iJETAN             = 1;      // Jet analysis (PWG4) // 1 write standard 2 write non-standard jets, 3 wrtie both
  62 Int_t       iDIJETAN           = 1;
  63 Int_t       iPWG1QASym         = 0;      // Eva's QA task compiled on the fly...
  64 Int_t       iPWG4JetTasks      = 0;      // all jet tasks flag for lib laoding
  65 Int_t       iPWG4JetServices   = 0;      // jet spectrum analysis
  66 Int_t       iPWG4JetSpectrum   = 0;      // jet spectrum analysis
  67 Int_t       iPWG4UE            = 0;      // Underlying Event analysis
  68 Int_t       iPWG4PtQAMC        = 0;      // Marta's QA tasks
  69 Int_t       iPWG4PtSpectra     = 0;      // Marta's QA tasks
  70 Int_t       iPWG4PtQATPC       = 0;      // Marta's QA tasks
  71 Int_t       iPWG4ThreeJets     = 0;      // Sona's thrust task
  72 Int_t       iPWG4PartCorr      = 0;      // Gustavo's part corr analysis
  73
  74 Int_t       kHighPtFilterMask  = 16;     // change depending on the used AOD Filter
  75 TString     kDeltaAODJetName   = "AliAOD.Jet.root";
  76 TString     kDeltaAODPartCorrName   = "AliAOD.Jet.root";
  77
  78
  79 //==============================================================================
  80 // ### PROOF Steering varibales
  81 //==============================================================================
  82 //== proof setup variables
  83 TString     kProofCluster      = "alicecaf.cern.ch";
  84 Bool_t      kProofUseAFPAR     = kFALSE;  // use AF special par file
  85 TString     kProofAFversion          = "AF-v4-17";
  86 //== proof input and output variables
  87 TString     kProofDataSet      = "/COMMON/COMMON/LHC09a4_run8100X#/esdTree";
  88 Bool_t      kProofSaveToAlien   = kFALSE; // save proof outputs in AliEn train_[trainName]_ddMonthyyyy_time.C
  89 TString     kProofOutdir       = "";
  90 Bool_t      kProofClearPackages = kFALSE;
  91 Int_t       kProofEvents = 10000;
  92 Int_t       kProofOffset = 0;
  93 //== proof process variables
  94
  95
  96 //==============================================================================
  97 // ### Grid plugin Steering varibiables
  98 //==============================================================================
  99 //== grid plugin setup variables
 100 Bool_t      kPluginUse         = kTRUE;   // do not change
 101 Bool_t      kPluginUseProductionMode  = kFALSE;   // use the plugin in production mode
 102 TString     kPluginRootVersion       = "v20091109";  // *CHANGE ME IF MORE RECENT IN GRID*
 103 TString     kPluginAliRootVersion    = "v4-18-13-AN";  // *CHANGE ME IF MORE RECENT IN GRID*
 104 // TString kPluginExecutableCommand = "root -b -q";
 105 TString     kPluginExecutableCommand = "source /Users/kleinb/setup_32bit_aliroot_trunk_clean_root_trunk.sh; alienroot -b -q ";
 106 // == grid plugin input and output variables
 107 TString     kGridDatadir      = "/alice/sim/PDC_08b/LHC09a1/AOD/";
 108 TString     kGridLocalRunList = "";
 109 TString     kGridOutdir       = ""; // AliEn output directory. If blank will become output_<kTrainName>
 110 Int_t       kGridRunRange[2]       =  {0, -1}; // Set the run range
 111 TString     kGridRunPattern        = "%03d"; // important for leading zeroes!!
 112 TString     kGridPassPattern       = "";
 113 TString     kGridExtraFiles        = ""; // files that will be added to the input list in the JDL...
 114 Int_t       kGridMaxMergeFiles      = 50; // Number of files merged in a chunkgridrunragn
 115 TString     kGridMergeExclude       = "AliAOD.root"; // Files that should not be merged
 116 TString     kGridOutputStorages      = "ALICE::NIHAM::File,ALICE::CNAF::SE,ALICE::FZK::SE,ALICE::GSI::SE,ALICE::Legnaro::SE"; // Make replicas on the storages
 117 // == grid process variables
 118 Int_t       kGridRunsPerMaster     = 10; // Number of runs per master job
 119 Int_t       kGridFilesPerJob       = 200; // Maximum number of files per job (gives size of AOD)
 120
 121 //==============================================================================
 122 // ### Local Steering variables
 123 //==============================================================================
 124 //== local setup variables
 125 //== local input and output variables
 126 TString     kLocalXMLDataset   = ""; // Change local xml dataset for local interactive analysis
 127 TString     kLocalDataList   = "local_deltaaod.txt"; // Change local xml dataset for local interactive analysis
 128 // == local process variables
 129
 130
 131
 132 // Temporaries.
 133 TString anaPars = "";
 134 TString anaLibs = "";
 135 TString anaSources = "";
 136 // Function signatures
 137 class AliAnalysisAlien;
 138
 139 //______________________________________________________________________________
 140 void AnalysisTrainPWG4Jets(const char *analysis_mode="local",
 141                            const char *plugin_mode="",
 142                            const char *config_file="",Int_t iOffset = 0)
 143 {
 144 // Main analysis train macro. If a configuration file is provided, all parameters
 145 // are taken from there but may be altered by CheckModuleFlags.
 146    if (strlen(config_file) && !LoadConfig(config_file)) return;
 147    if(iOffset)kProofOffset = iOffset;
 148    TString smode(analysis_mode);
 149    smode.ToUpper();
 150    if (kSaveTrain)WriteConfig();
 151    // Check compatibility of selected modules
 152    CheckModuleFlags(smode);
 153
 154    printf("==================================================================\n");
 155    printf("===========    RUNNING ANALYSIS TRAIN %s IN %s MODE   ==========\n", kTrainName.Data(),smode.Data());
 156    printf("==================================================================\n");
 157    printf("=  Configuring analysis train for:                               =\n");
 158    if (iAODanalysis) printf("=  AOD analysis                                                  =\n");
 159    else              printf("=  ESD analysis                                                  =\n");
 160    if (iESDfilter)   printf("=  ESD filter                                                    =\n");
 161    if (iJETAN)       printf("=  Jet analysis                                                  =\n");
 162    printf("==================================================================\n");
 163    printf(":: use MC truth      %d\n", (UInt_t)kUseMC);
 164    printf(":: use KINE filter   %d\n", (UInt_t)kUseKinefilter);
 165    printf(":: use track refs    %d\n", (UInt_t)kUseTR);
 166    printf(":: use tags          %d\n", (UInt_t)kUseESDTags);
 167    printf(":: use AOD tags      %d\n", (UInt_t)kUseAODTags);
 168    printf(":: use debugging     %d\n", (UInt_t)kUseDebug);
 169    printf(":: use PAR files     %d\n", (UInt_t)kUsePAR);
 170    printf(":: use AliEn plugin  %d\n", (UInt_t)kPluginUse);
 171
 172    //==========================================================================
 173    // Connect to back-end system
 174    if (!Connect(smode)) {
 175       ::Error("AnalysisTrain", "Could not connect to %s back-end", analysis_mode);
 176       return;
 177    }
 178
 179    // Load common libraries and set include path
 180    if (!LoadCommonLibraries(smode)) {
 181       ::Error("AnalysisTrain", "Could not load common libraries");
 182       return;
 183    }
 184
 185    // Make the analysis manager and connect event handlers
 186    AliAnalysisManager *mgr  = new AliAnalysisManager("Analysis Train", "Production train");
 187    if (kCommonOutputFileName.Length()>0)mgr->SetCommonFileName(kCommonOutputFileName.Data());
 188    if (kProofSaveToAlien) mgr->SetSpecialOutputLocation(kProofOutdir);
 189    if (!strcmp(plugin_mode, "test")) mgr->SetNSysInfo(1);
 190    // Load analysis specific libraries
 191    if (!LoadAnalysisLibraries(smode)) {
 192       ::Error("AnalysisTrain", "Could not load analysis libraries");
 193      return;
 194    }
 195
 196    // Create input handler (input container created automatically)
 197    if (iAODanalysis) {
 198    // AOD input handler
 199       AliAODInputHandler *aodH = new AliAODInputHandler();
 200       mgr->SetInputEventHandler(aodH);
 201    } else {
 202    // ESD input handler
 203       AliESDInputHandler *esdHandler = new AliESDInputHandler();
 204       if (kUseESDTags) esdHandler->SetReadTags();
 205       mgr->SetInputEventHandler(esdHandler);
 206    }
 207    // Monte Carlo handler
 208    if (kUseMC && !iAODanalysis) {
 209       AliMCEventHandler* mcHandler = new AliMCEventHandler();
 210       mgr->SetMCtruthEventHandler(mcHandler);
 211       mcHandler->SetReadTR(kUseTR);
 212    }
 213    // AOD output container, created automatically when setting an AOD handler
 214    if (iAODhandler) {
 215       // AOD output handler
 216       AliAODHandler* aodHandler   = new AliAODHandler();
 217       aodHandler->SetOutputFileName("AliAOD.root");
 218       aodHandler->SetFillAOD(kFillAOD);
 219
 220       mgr->SetOutputEventHandler(aodHandler);
 221
 222       if (iAODanalysis) {
 223
 224         //         aodHandler->SetCreateNonStandardAOD();
 225         //      if (iJETAN)aodHandler->SetOutputFileName(kDeltaAODJetName.Data());
 226       }
 227       AliAnalysisDataContainer * cout_aod = mgr->GetCommonOutputContainer();
 228       cout_aod->SetSpecialOutput();
 229    }
 230    // Debugging if needed
 231    if (kUseDebug) mgr->SetDebugLevel(3);
 232
 233    //==========================================================================
 234    // Create the chain. In this example it is created only from ALIEN files but
 235    // can be done to work in batch or grid mode as well.
 236    TChain *chain = CreateChain(smode, plugin_mode);
 237
 238    //==========================================================================
 239    // Load the tasks configuration macros for all wagons. These files are supposed now to be
 240    // in the current workdir, but in AliEn they will be in the file catalog,
 241    // mapped from AliRoot and pecified in the jdl input list.
 242
 243    // For now connection to top input container and common AOD output container
 244    // is done in this macro, but in future these containers will be connected
 245    // from each task configuration macro.
 246
 247    if (iESDfilter && !iAODanalysis) {
 248       //  ESD filter task configuration.
 249       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros/AddTaskESDFilter.C");
 250       AliAnalysisTaskESDfilter *taskesdfilter = AddTaskESDFilter(kUseKinefilter,kUseMuonfilter);
 251    }
 252
 253    // AOD tags
 254    if (kUseAODTags) {
 255       AliAnalysisTaskTagCreator* tagTask = new AliAnalysisTaskTagCreator("AOD Tag Creator");
 256       mgr->AddTask(tagTask);
 257       AliAnalysisDataContainer *coutTags = mgr->CreateContainer("cTag",  TTree::Class(),
 258                                            AliAnalysisManager::kOutputContainer, "AOD.tag.root");
 259       mgr->ConnectInput (tagTask, 0, mgr->GetCommonInputContainer());
 260       mgr->ConnectOutput(tagTask, 1, coutTags);
 261    }
 262
 263     // Jet analysis
 264    if (iJETAN) {
 265       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskJets.C");
 266       AliAnalysisTaskJets *taskjets = 0;
 267       if(iJETAN&1)taskjets = AddTaskJets(kHighPtFilterMask);
 268       if(iJETAN&2)AddTaskJetsDelta(kDeltaAODJetName.Data(),kHighPtFilterMask,kUseAODMC);
 269       if (!taskjets) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskJets cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 270    }
 271
 272    if (iDIJETAN) {
 273       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskDiJets.C");
 274       AliAnalysisTaskDiJets *taskdijets = 0;
 275       taskdijets = AddTaskDiJets();
 276       if (!taskdijets) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskJets cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 277    }
 278
 279
 280    if(iPWG1QASym){
 281      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/prod/acrcaf/qa_pp/AddTaskQAsym.C");
 282      AliAnalysisTaskQASym *taskQASym = AddTaskQAsym(-1);
 283      if (!taskQASym) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskQASym cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 284
 285    }
 286
 287    if(iPWG4JetServices){
 288      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskJetServices.C");
 289      AliAnalysisTaskJetServices *taskjetServ = 0;
 290      taskjetServ = AddTaskJetServices();
 291      if (!taskjetServ) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskJetServices cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 292    }
 293
 294
 295    if(iPWG4JetSpectrum){
 296      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskJetSpectrum2.C");
 297      AliAnalysisTaskJetSpectrum2 *taskjetSpectrum = 0;
 298      if(iPWG4JetSpectrum&1)taskjetSpectrum = AddTaskJetSpectrum2("jets","",kHighPtFilterMask);
 299      if (!taskjetSpectrum) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskJetSpectrum2 cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 300      if(iPWG4JetSpectrum&2)AddTaskJetSpectrum2Delta(kHighPtFilterMask,kUseAODMC);
 301      if(kUseMC)taskjetSpectrum->SetAnalysisType( AliAnalysisTaskJetSpectrum2::kAnaMCESD);
 302      taskjetSpectrum->SetDebugLevel(1);
 303    }
 304
 305    if(iPWG4UE){
 306      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskUE.C");
 307      AliAnalysisTaskUE *taskUE = 0;
 308      if(iPWG4UE&1)taskUE = AddTaskUE();
 309      if(iPWG4UE&2){
 310        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_CDF07");
 311        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_UA1LO07");
 312      }
 313      if (!taskUE) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskUE cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 314    }
 315
 316    if(iPWG4ThreeJets){
 317      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskThreeJets.C");
 318      AliAnalysisTaskThreeJets *taskThree = AddTaskThreeJets();
 319      if(!taskThree)::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskThreets cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 320    }
 321
 322    if(iPWG4PtQAMC){
 323      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskPWG4HighPtQAMC.C");
 324      AliPWG4HighPtQAMC *taskQAMC = AddTaskPWG4HighPtQAMC();
 325      if (!taskQAMC) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskQAMC cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 326    }
 327
 328    if(iPWG4PtQATPC){
 329      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskPWG4HighPtQATPConly.C");
 330      AliPWG4HighPtQATPConly *taskQATPC = AddTaskPWG4HighPtQATPConly();
 331      if (!taskQATPC) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskQATPC cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 332    }
 333
 334    if(iPWG4PtSpectra){
 335      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskPWG4HighPtSpectra.C");
 336      AliPWG4HighPtSpectra *taskPtSpectra = AddTaskPWG4HighPtSpectra();
 337      if (!taskPtSpectra) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskPtSpectra cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 338    }
 339
 340    if(iPWG4PartCorr){
 341      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskPartCorr.C");
 342      AliAnalysisTaskParticleCorrelation *taskpartcorrPHOS = AddTaskPartCorr("AOD", "PHOS",kUseMC,kFALSE,kIsMC);
 343      if (!taskpartcorrPHOS) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskParticleCorrelation PHOS cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 344      AliAnalysisTaskParticleCorrelation *taskpartcorrEMCAL = AddTaskPartCorr("AOD", "EMCAL",kUseMC,kFALSE,kIsMC);
 345      if (!taskpartcorrEMCAL) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskParticleCorrelation EMCAL cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 346      if(kDeltaAODPartCorrName.Length()>0)mgr->RegisterExtraFile(kDeltaAODPartCorrName.Data()); // hmm this is written anyway.... but at least we do not register it...
 347    }
 348
 349    //==========================================================================
 350    // FOR THE REST OF THE TASKS THE MACRO AddTaskXXX() is not yet implemented/
 351    // Run the analysis
 352    //
 353    if (kPluginUse) {
 354       AliAnalysisGrid *alienHandler = CreateAlienHandler(plugin_mode);
 355       AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->SetGridHandler(alienHandler);
 356    }
 357
 358    if (mgr->InitAnalysis()) {
 359      mgr->PrintStatus();
 360      // if (kSaveTrain || strlen(config_file)) gSystem->ChangeDirectory(kTrainName);
 361      if (!strcmp(plugin_mode, "submit")&&smode=="GRID"){
 362        TString alien_workdir = gGrid->GetHomeDirectory();
 363        if (iAODanalysis) alien_workdir += "analysisAOD";
 364        else              alien_workdir += "analysisESD";
 365        AliAnalysisAlien *gridhandler = (AliAnalysisAlien*)mgr->GetGridHandler();
 366        printf("=== Registering jdl in the work directory alien://%s/%s, should be done by the manager! ===\n",
 367               alien_workdir.Data(),gridhandler->GetGridOutputDir());
 368        TFile::Cp(Form("file:%s.jdl",kTrainName.Data()), Form("alien://%s/%s/%s.jdl",alien_workdir.Data(),
 369                                                              gridhandler->GetGridOutputDir(),kTrainName.Data()));
 370      }
 371
 372      StartAnalysis(smode, chain);
 373      if (!strcmp(plugin_mode, "offline")&&smode=="GRID"){
 374      // Offline mode path files
 375      // PatchJDL();
 376      PatchAnalysisMacro();
 377       }
 378
 379       if (kSaveTrain && smode=="GRID") {
 380          AliAnalysisAlien *gridhandler = (AliAnalysisAlien*)mgr->GetGridHandler();
 381          TString alien_workdir = gGrid->GetHomeDirectory();
 382          if (iAODanalysis) alien_workdir += "analysisAOD";
 383          else              alien_workdir += "analysisESD";
 384          //     kGridOutdir = gridhandler->GetGridOutputDir();
 385          printf("=== Registering ConfigTrain.C in the work directory <%s> ===\n",
 386                 alien_workdir.Data());
 387          if (AliAnalysisAlien::FileExists(Form("%s/%sConfig.C", alien_workdir.Data(), kTrainName.Data())))
 388             gGrid->Rm(Form("%s/%sConfig.C", alien_workdir.Data(), kTrainName.Data()));
 389          if (strcmp(plugin_mode, "test"))
 390             TFile::Cp(Form("file:%sConfig.C",kTrainName.Data()), Form("alien://%s/%sConfig.C", alien_workdir.Data(), kTrainName.Data()));
 391       }
 392 }
 393 }
 394
 395 //______________________________________________________________________________
 396 void StartAnalysis(const char *mode, TChain *chain) {
 397 // Start analysis.
 398    Int_t imode = -1;
 399    AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
 400    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
 401    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
 402    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
 403    switch (imode) {
 404       case 0:
 405          if (!chain) {
 406             ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::StartAnalysis", "Cannot create the chain");
 407             return;
 408          }
 409          mgr->StartAnalysis(mode, chain);
 410          return;
 411       case 1:
 412          if (!kProofDataSet.Length()) {
 413             ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::StartAnalysis", "kProofDataSet is empty");
 414             return;
 415          }
 416          mgr->StartAnalysis(mode, kProofDataSet, kProofEvents,kProofOffset);
 417          return;
 418       case 2:
 419          if (kPluginUse) {
 420             if (!mgr->GetGridHandler()) {
 421                ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::StartAnalysis", "Grid plugin not initialized");
 422                return;
 423             }
 424             mgr->StartAnalysis("grid");
 425          } else {
 426             if (!chain) {
 427                ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::StartAnalysis", "Cannot create the chain");
 428                return;
 429             }
 430             mgr->StartAnalysis(mode, chain);
 431          }
 432          return;
 433    }
 434 }
 435
 436 //______________________________________________________________________________
 437 void CheckModuleFlags(const char *mode) {
 438 // Checks selected modules and insure compatibility
 439    Int_t imode = -1;
 440    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
 441    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
 442    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
 443
 444
 445
 446
 447    if (imode==1) {
 448       if (!kUsePAR) {
 449          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PAR files enabled due to PROOF analysis");
 450          kUsePAR = kTRUE;
 451       }
 452    }
 453    if (imode != 2) {
 454       ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "AliEn plugin disabled since not in GRID mode");
 455       kPluginUse = kFALSE;
 456    }
 457
 458
 459    if(!kIsMC){
 460      // switch off anthin related to MC
 461      kUseMC = 0;
 462      kUseAODMC = 0;
 463      kUseTR = kFALSE;
 464    }
 465
 466    if (iAODanalysis) {
 467    // AOD analysis
 468       if (kUseMC)
 469          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "MC usage disabled in analysis on AOD's");
 470       if (kUseAODTags)
 471          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "AOD tags usage disabled in analysis on AOD's");
 472       kUseMC = kFALSE;
 473       kUseTR = kFALSE;
 474       kUseAODTags = kFALSE;
 475       if (iESDfilter)
 476          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "ESD filter disabled in analysis on AOD's");
 477       iESDfilter   = 0;
 478       if (!iAODhandler) {
 479          if (iJETAN)
 480             ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "JETAN disabled in analysis on AOD's without AOD handler");
 481          iJETAN = 0;
 482          iDIJETAN = 0;
 483       }
 484       // Disable tasks that do not work yet on AOD data
 485       if( iPWG4PtQAMC)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4 PtQAMC disabled in analysis on AOD's");
 486       iPWG4PtQAMC        = 0;
 487       if( iPWG4PtQATPC)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4 PtTPC disabled in analysis on AOD's");
 488       iPWG4PtQATPC        = 0;
 489       if( iPWG4PtSpectra)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4 PtQAMC disabled in analysis on AOD's");
 490       iPWG4PtSpectra     = 0;
 491       if (iPWG4PartCorr)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4partcorr disabled on AOD's");
 492       iPWG4PartCorr = 0;
 493       if(iPWG1QASym)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG1 QA Sym disabled in analysis on AOD's");
 494       iPWG1QASym     = 0;
 495    } else {
 496    // ESD analysis
 497      if (!kUseMC){
 498        kUseTR = kFALSE;
 499
 500        if(kUseKinefilter)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4 Kine Filter disabled in analysis without MC");
 501        kUseKinefilter = kFALSE;
 502        if( iPWG4PtQAMC)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4 PtQAMC disabled in analysis without MC");
 503        iPWG4PtQAMC        = 0;
 504
 505      }
 506      if (!kUseTR) {
 507        //         ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "iPWG2evchar disabled if not reading track references");
 508      }
 509       if (iJETAN) iESDfilter=1;
 510       if (!iESDfilter){
 511         kUseKinefilter = kFALSE;
 512         kUseMuonfilter = kFALSE;
 513       }
 514       if(!iJETAN){
 515         iPWG4JetSpectrum = iPWG4UE = iPWG4ThreeJets = iDIJETAN = 0;
 516       }
 517    }
 518    iPWG4JetTasks = iPWG4JetServices||iPWG4JetSpectrum||iPWG4UE||iPWG4PtQAMC||iPWG4PtSpectra||iPWG4PtQATPC||iPWG4ThreeJets;
 519
 520    if (iESDfilter) {iAODhandler=1;}
 521    if (kUseKinefilter && !kUseMC) kUseKinefilter = kFALSE;
 522    if (kUseAODTags && !iAODhandler) kUseAODTags = kFALSE;
 523
 524
 525
 526 }
 527
 528 //______________________________________________________________________________
 529 Bool_t Connect(const char *mode) {
 530 // Connect <username> to the back-end system.
 531    Int_t imode = -1;
 532    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
 533    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
 534    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
 535    TString username = gSystem->Getenv("alien_API_USER");
 536    switch (imode) {
 537       case 0:
 538          break;
 539       case 1:
 540          if  (!username.Length()) {
 541             ::Error(Form("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect <%s>", mode), "Make sure you:\n \
 542                            1. Have called: alien-token-init <username>\n \
 543                            2. Have called: >source /tmp/gclient_env_$UID");
 544             return kFALSE;
 545          }
 546          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect", "Connecting user <%s> to PROOF cluster <%s>",
 547                 username.Data(), kProofCluster.Data());
 548          gEnv->SetValue("XSec.GSI.DelegProxy", "2");
 549 //         TProof::Open(Form("%s@%s:31093", username.Data(), kProofCluster.Data()));
 550          TProof::Open(Form("%s@%s", username.Data(), kProofCluster.Data()));
 551          if (!gProof) {
 552             if (strcmp(gSystem->Getenv("XrdSecGSISRVNAMES"), "lxfsrd0506.cern.ch"))
 553                ::Error(Form("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect <%s>", mode), "Environment XrdSecGSISRVNAMES different from lxfsrd0506.cern.ch");
 554             return kFALSE;
 555          }
 556          if(kProofClearPackages)gProof->ClearPackages();
 557
 558          if(kProofSaveToAlien){
 559            TGrid::Connect("alien://");
 560            if (gGrid) {
 561              TString homedir = gGrid->GetHomeDirectory();
 562              TString workdir = homedir + kTrainName;
 563              if (!gGrid->Cd(workdir)) {
 564                gGrid->Cd(homedir);
 565                if (gGrid->Mkdir(workdir)) {
 566                  gGrid->Cd(kTrainName);
 567                  ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets::Connect()", "Directory %s created", gGrid->Pwd());
 568                }
 569              }
 570              gGrid->Mkdir("proof_output");
 571              gGrid->Cd("proof_output");
 572              kProofOutdir = Form("alien://%s", gGrid->Pwd());
 573            }
 574          }
 575          break;
 576       case 2:
 577          if  (!username.Length()) {
 578             ::Error(Form("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect <%s>", mode), "Make sure you:\n \
 579                            1. Have called: alien-token-init <username>\n \
 580                            2. Have called: >source /tmp/gclient_env_$UID");
 581             return kFALSE;
 582          }
 583          if (kPluginUse && !gSystem->Getenv("alien_CLOSE_SE")) {
 584             ::Error(Form("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect <%s>", mode),
 585                            "When using the AliEn plugin it is preferable to define the \
 586                            variable alien_CLOSE_SE in your environment.");
 587             return kFALSE;
 588          }
 589          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect", "Connecting user <%s> to AliEn ...",
 590                 username.Data());
 591          TGrid::Connect("alien://");
 592          if (!gGrid || !gGrid->IsConnected()) return kFALSE;
 593          break;
 594       default:
 595          ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect", "Unknown run mode: %s", mode);
 596          return kFALSE;
 597    }
 598    ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect","Connected in %s mode", mode);
 599    return kTRUE;
 600 }
 601
 602 //______________________________________________________________________________
 603 Bool_t LoadCommonLibraries(const char *mode)
 604 {
 605 // Load common analysis libraries.
 606    Int_t imode = -1;
 607    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
 608    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
 609    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
 610    if (!gSystem->Getenv("ALICE_ROOT")) {
 611       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadCommonLibraries", "Analysis train requires that analysis libraries are compiled with a local AliRoot");
 612       return kFALSE;
 613    }
 614    Bool_t success = kTRUE;
 615    // ROOT libraries
 616    gSystem->Load("libTree.so");
 617    gSystem->Load("libGeom.so");
 618    gSystem->Load("libVMC.so");
 619    gSystem->Load("libPhysics.so");
 620
 621    // Load framework classes. Par option ignored here.
 622    switch (imode) {
 623       case 0:
 624       case 2:
 625          if (kUseCPAR) {
 626             success &= LoadLibrary("STEERBase", mode, kTRUE);
 627             success &= LoadLibrary("ESD", mode, kTRUE);
 628             success &= LoadLibrary("AOD", mode, kTRUE);
 629             success &= LoadLibrary("ANALYSIS", mode, kTRUE);
 630             success &= LoadLibrary("ANALYSISalice", mode, kTRUE);
 631             success &= LoadLibrary("CORRFW", mode, kTRUE);
 632          } else {
 633             success &= LoadLibrary("libSTEERBase.so", mode);
 634             success &= LoadLibrary("libESD.so", mode);
 635             success &= LoadLibrary("libAOD.so", mode);
 636             success &= LoadLibrary("libANALYSIS.so", mode);
 637             success &= LoadLibrary("libANALYSISalice.so", mode);
 638             success &= LoadLibrary("libCORRFW.so", mode);
 639             gROOT->ProcessLine(".include $ALICE_ROOT/include");
 640          }
 641          break;
 642       case 1:
 643          Int_t ires = -1;
 644          if (kProofUseAFPAR && !gSystem->AccessPathName(kProofAFversion)) ires = gProof->UploadPackage(kProofAFversion);
 645          if (ires < 0) {
 646             success &= LoadLibrary("STEERBase", mode);
 647             success &= LoadLibrary("ESD", mode);
 648             success &= LoadLibrary("AOD", mode);
 649             success &= LoadLibrary("ANALYSIS", mode);
 650             success &= LoadLibrary("ANALYSISalice", mode);
 651             success &= LoadLibrary("CORRFW", mode);
 652          } else {
 653             ires = gProof->EnablePackage(kProofAFversion);
 654             if (ires<0) success = kFALSE;
 655             success &= LoadLibrary("CORRFW", mode);
 656          }
 657          break;
 658       default:
 659          ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadCommonLibraries", "Unknown run mode: %s", mode);
 660          return kFALSE;
 661    }
 662    if (success) {
 663       ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadCommodLibraries", "Load common libraries:    SUCCESS");
 664       ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadCommodLibraries", "Include path for Aclic compilation:\n%s",
 665               gSystem->GetIncludePath());
 666    } else {
 667       ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadCommodLibraries", "Load common libraries:    FAILED");
 668    }
 669
 670    return success;
 671 }
 672
 673 //______________________________________________________________________________
 674 Bool_t LoadAnalysisLibraries(const char *mode)
 675 {
 676 // Load common analysis libraries.
 677    Bool_t success = kTRUE;
 678    if (iESDfilter) {
 679       if (!LoadLibrary("PWG3base", mode, kTRUE) ||
 680           !LoadLibrary("PWG3muon", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 681    }
 682    // JETAN
 683    if (iJETAN||iDIJETAN) {
 684      if (!strcmp(mode, "PROOF")){
 685        gProof->Exec("gSystem->Load\(\"/afs/cern.ch/user/d/dperrino/public/libCGAL.so\"\)", kTRUE);
 686        gProof->Exec("gSystem->Load\(\"/afs/cern.ch/user/d/dperrino/public/libfastjet.so\"\)", kTRUE);
 687        // problem when loading siscone copiled with different gcc version??
 688        // gProof->Exec("gSystem->Load\(\"/afs/cern.ch/user/d/dperrino/public/libsiscone.so\"\)", kTRUE);
 689        gProof->Exec("gSystem->Load\(\"/afs/cern.ch/user/d/dperrino/public/libSISConePlugin.so\"\)", kTRUE);
 690      }
 691      if (!LoadLibrary("libCGAL.so", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 692      if (!LoadLibrary("libfastjet.so", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 693      if (!LoadLibrary("libsiscone.so", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 694      if (!LoadLibrary("libSISConePlugin.so", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 695      if (!LoadLibrary("JETAN", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 696      if (!LoadLibrary("FASTJETAN", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 697    }
 698    if(iPWG4JetTasks){
 699      // PWG4 particle correlations
 700      if (!LoadLibrary("PWG4JetTasks", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 701    }
 702    if(iPWG1QASym){
 703      if (!LoadSource(Form("%s/PWG1/AliAnalysisTaskQASym.cxx",gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT")), mode, kTRUE))return kFALSE;
 704    }
 705    if (iPWG4PartCorr) {
 706       if (!LoadLibrary("EMCALUtils", mode, kTRUE) ||
 707           !LoadLibrary("PHOSUtils", mode, kTRUE) ||
 708           !LoadLibrary("PWG4PartCorrBase", mode, kTRUE) ||
 709           !LoadLibrary("PWG4PartCorrDep", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 710    }
 711
 712    ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadAnalysisLibraries", "Load other libraries:   SUCCESS");
 713    return kTRUE;
 714 }
 715
 716 //______________________________________________________________________________
 717 Bool_t LoadLibrary(const char *module, const char *mode, Bool_t rec=kFALSE)
 718 {
 719 // Load a module library in a given mode. Reports success.
 720    Int_t imode = -1;
 721    Int_t result;
 722    TString smodule(module);
 723    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
 724    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
 725    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
 726    TString mod(module);
 727    if (!mod.Length()) {
 728       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadLibrary", "Empty module name");
 729       return kFALSE;
 730    }
 731    // If a library is specified, just load it
 732    if (smodule.EndsWith(".so")) {
 733       mod.Remove(mod.Index(".so"));
 734       result = gSystem->Load(mod);
 735       if (result < 0) {
 736          ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadLibrary", "Could not load library %s", module);
 737          return kFALSE;
 738       }
 739       if (rec) anaLibs += Form("%s.so ",mod.Data());
 740       return kTRUE;
 741    }
 742    // Check if the library is already loaded
 743    if (strlen(gSystem->GetLibraries(Form("%s.so", module), "", kFALSE)) > 0)
 744       return kTRUE;
 745    switch (imode) {
 746       case 0:
 747       case 2:
 748          if (kUsePAR) {
 749             result = SetupPar(module);
 750             if (rec) anaPars += Form("%s.par ", module);
 751          } else {
 752             result = gSystem->Load(Form("lib%s.so", module));
 753             if (rec) anaLibs += Form("lib%s.so ", module);
 754          }
 755          break;
 756       case 1:
 757         if(!gSystem->AccessPathName(module)){
 758           ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadLibrary", "Removing directory %s",module);
 759           gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",module));
 760         }
 761          result = gProof->UploadPackage(module);
 762          if (result<0) {
 763             result = gProof->UploadPackage(gSystem->ExpandPathName(Form("$ALICE_ROOT/%s.par", module)));
 764             if (result<0) {
 765                ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadLibrary", "Could not find module %s.par in current directory nor in $ALICE_ROOT", module);
 766                return kFALSE;
 767             }
 768          }
 769          result = gProof->EnablePackage(module);
 770          break;
 771       default:
 772          return kFALSE;
 773    }
 774    if (result < 0) {
 775       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadLibrary", "Could not load module %s", module);
 776       return kFALSE;
 777    }
 778    return kTRUE;
 779 }
 780
 781
 782
 783 //______________________________________________________________________________
 784 Bool_t LoadSource(const char *source, const char *mode, Bool_t rec=kFALSE)
 785 {
 786 // Load a module library in a given mode. Reports success.
 787    Int_t imode = -1;
 788    Int_t result = -1;
 789    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
 790    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
 791    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
 792    TString ssource(source);
 793    TString basename = gSystem->BaseName(ssource.Data());
 794    if (!ssource.Length()) {
 795       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadSource", "Empty task name");
 796       return kFALSE;
 797    }
 798     // we have a source code so compile it
 799    if (ssource.EndsWith(".cxx")) {
 800      // need to copy it here other wise the path is also used on grid...
 801      ssource.Remove(ssource.Index(".cxx"));
 802      basename.Remove(basename.Index(".cxx"));
 803      Printf("LoadSources:: Copying...  path %s{cxx,h}",ssource.Data());
 804      gSystem->Exec(Form("cp %s.cxx . ",ssource.Data()));
 805      gSystem->Exec(Form("cp %s.h . ",ssource.Data()));
 806      // Path to code
 807      // only needed for local compilation, in grid and proof mode
 808      // the task headers are uploaded
 809      //     path.Remove(path.Index(gSystem->BaseName(path.Data())));
 810      // Printf("LoadSources:: Including path %s",path.Data());
 811      //  if(path.Length()>0)gROOT->ProcessLine(Form(".include %s",path.Data()));
 812      Printf("LoadSources:: Loading...  path %s",basename.Data());
 813      switch (imode) {
 814      case 0:
 815        result = gROOT->LoadMacro(Form("%s.cxx+g",basename.Data()));
 816        break;
 817      case 1:
 818        result = gProof->LoadMacro(Form("%s.cxx+g",basename.Data()));
 819        break;
 820      case 2:
 821        result = gROOT->LoadMacro(Form("%s.cxx+g",basename.Data()));
 822        if (rec){
 823          // what we want to compile
 824          anaSources += Form("%s.cxx ",basename.Data());
 825          // what we need as input...
 826          anaLibs += Form("%s.cxx %s.h ",basename.Data(),basename.Data());
 827        }
 828        break;
 829      default:
 830        return kFALSE;
 831      }
 832    }
 833    if (result < 0) {
 834       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadSources", "Could not load source %s", source);
 835       return kFALSE;
 836    }
 837    return kTRUE;
 838 }
 839
 840
 841 //______________________________________________________________________________
 842 TChain *CreateChain(const char *mode, const char *plugin_mode)
 843 {
 844 // Create the input chain
 845    Int_t imode = -1;
 846    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
 847    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
 848    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
 849    TChain *chain = NULL;
 850    // Local chain
 851    switch (imode) {
 852       case 0:
 853          if (iAODanalysis) {
 854             if (!kLocalXMLDataset.Length()) {
 855                // Local AOD
 856                chain = new TChain("aodTree");
 857                TString line;
 858                ifstream in;
 859                in.open(kLocalDataList.Data());
 860                while (in.good()) {
 861                  in >> line;
 862                  if (line.Length() == 0) continue;
 863                  // cout << " line = " << line << endl;
 864                  chain->Add(line.Data());
 865                }
 866             } else {
 867                // Interactive AOD
 868                chain = CreateChainSingle(kLocalXMLDataset, "aodTree");
 869             }
 870          } else {
 871            if (!kLocalXMLDataset.Length()) {
 872              // Local ESD
 873              chain = new TChain("esdTree");
 874              TString line;
 875              ifstream in;
 876              in.open(kLocalDataList.Data());
 877              while (in.good()) {
 878                in >> line;
 879                if (line.Length() == 0) continue;
 880                cout << " line = " << line << endl;
 881                chain->Add(line.Data());
 882              }
 883            } else {
 884              // Interactive ESD
 885                chain = CreateChainSingle(kLocalXMLDataset, "esdTree");
 886            }
 887          }
 888          break;
 889       case 1:
 890          break;
 891       case 2:
 892          if (kPluginUse) {
 893 //            AliAnalysisGrid *alienHandler = CreateAlienHandler(plugin_mode);
 894 //            AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->SetGridHandler(alienHandler);
 895          } else {
 896             TString           treeName = "esdTree";
 897             if (iAODanalysis) treeName = "aodTree";
 898             chain = CreateChainSingle("wn.xml", treeName);
 899          }
 900          break;
 901       default:
 902    }
 903    if (chain && chain->GetNtrees()) return chain;
 904    return NULL;
 905 }
 906
 907 //______________________________________________________________________________
 908 TChain* CreateChainSingle(const char* xmlfile, const char *treeName)
 909 {
 910    printf("*******************************\n");
 911    printf("*** Getting the ESD Chain   ***\n");
 912    printf("*******************************\n");
 913    TAlienCollection * myCollection  = TAlienCollection::Open(xmlfile);
 914
 915    if (!myCollection) {
 916       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CreateChainSingle", "Cannot create an AliEn collection from %s", xmlfile) ;
 917       return NULL ;
 918    }
 919
 920    TChain* chain = new TChain(treeName);
 921    myCollection->Reset() ;
 922    while ( myCollection->Next() ) chain->Add(myCollection->GetTURL("")) ;
 923    chain->ls();
 924    return chain;
 925 }
 926
 927 //______________________________________________________________________________
 928 Int_t SetupPar(char* pararchivename)
 929 {
 930    if (!pararchivename || !strlen(pararchivename)) return -1;
 931    char processline[1024];
 932    if (gSystem->AccessPathName(Form("%s.par", pararchivename))) {
 933       if (!gSystem->AccessPathName(Form("%s/%s.par", gSystem->Getenv("ALICE_ROOT"),pararchivename))) {
 934          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::SetupPar", "Getting %s.par from $ALICE_ROOT", pararchivename);
 935          TFile::Cp(gSystem->ExpandPathName(Form("$ALICE_ROOT/%s.par", pararchivename)),
 936                    Form("%s.par",pararchivename));
 937       } else {
 938          ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::SetupPar", "Cannot find %s.par", pararchivename);
 939          return -1;
 940       }
 941    }
 942    if (kPluginUse && kSaveTrain) gSystem->Exec(Form("ln -s ../%s.par %s",pararchivename, kTrainName.Data()));
 943    gSystem->Exec(Form("tar xvzf %s.par", pararchivename));
 944
 945    TString ocwd = gSystem->WorkingDirectory();
 946    if (!gSystem->ChangeDirectory(pararchivename)) return -1;
 947
 948    // check for BUILD.sh and execute
 949    if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
 950       printf("*******************************\n");
 951       printf("*** Building PAR archive    ***\n");
 952       printf("*******************************\n");
 953       if (gSystem->Exec("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
 954          Error("runProcess","Cannot Build the PAR Archive! - Abort!");
 955          return -1;
 956       }
 957    }
 958
 959         // check for SETUP.C and execute
 960         if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/SETUP.C")) {
 961             printf("*******************************\n");
 962             printf("*** Setup PAR archive       ***\n");
 963             printf("*******************************\n");
 964             gROOT->Macro("PROOF-INF/SETUP.C");
 965         }
 966         if (!gSystem->ChangeDirectory(ocwd.Data())) return -1;
 967    return 0;
 968 }
 969
 970 //______________________________________________________________________________
 971 AliAnalysisAlien* CreateAlienHandler(const char *plugin_mode)
 972 {
 973 // Check if user has a valid token, otherwise make one. This has limitations.
 974 // One can always follow the standard procedure of calling alien-token-init then
 975 //   source /tmp/gclient_env_$UID in the current shell.
 976    if (!AliAnalysisGrid::CreateToken()) return NULL;
 977    AliAnalysisAlien *plugin = new AliAnalysisAlien();
 978 // Set the run mode (can be "full", "test", "offline", "submit" or "terminate")
 979    plugin->SetRunMode(plugin_mode);
 980    if (kPluginUseProductionMode) plugin->SetProductionMode();
 981    plugin->SetJobTag(kJobTag);
 982    plugin->SetNtestFiles(2);
 983 //   plugin->SetPreferedSE("ALICE::NIHAM::File");
 984 // Set versions of used packages
 985    plugin->SetAPIVersion("V2.4");
 986    plugin->SetROOTVersion(kPluginRootVersion);
 987    plugin->SetAliROOTVersion(kPluginAliRootVersion);
 988 // Declare input data to be processed.
 989 // Method 1: Create automatically XML collections using alien 'find' command.
 990 // Define production directory LFN
 991    plugin->SetGridDataDir(kGridDatadir.Data());
 992 // Set data search pattern
 993    if (iAODanalysis) plugin->SetDataPattern(" *AliAOD.root");
 994    else              plugin->SetDataPattern(Form(" %s/*/*ESD.tag.root",kGridPassPattern.Data()));
 995 // ...then add run numbers to be considered
 996 //   plugin->SetRunRange(kGridRunRange[0], kGridRunRange[1]);
 997    for (Int_t i=kGridRunRange[0]; i<=kGridRunRange[1]; i++) {
 998      Printf("AnalysisTrainPWG4Jets Adding run number %s", Form(kGridRunPattern.Data(),i));
 999      plugin->AddRunNumber(Form(kGridRunPattern.Data(),i));
1000    }
1001
1002    if(kGridLocalRunList.Length()>0){
1003      ifstream in1;
1004      in1.open(kGridLocalRunList.Data());
1005      int iRun;
1006      while(in1>>iRun){
1007        Printf("AnalysisTrainPWG4Jets Adding run number from File %s", Form(kGridRunPattern.Data(),iRun));
1008        plugin->AddRunNumber(Form(kGridRunPattern.Data(),iRun));
1009      }
1010    }
1011
1012 // Method 2: Declare existing data files (raw collections, xml collections, root file)
1013 // If no path mentioned data is supposed to be in the work directory (see SetGridWorkingDir())
1014 // XML collections added via this method can be combined with the first method if
1015 // the content is compatible (using or not tags)
1016 //   plugin->AddDataFile("tag.xml");
1017 //   plugin->AddDataFile("/alice/data/2008/LHC08c/000057657/raw/Run57657.Merged.RAW.tag.root");
1018 // Define alien work directory where all files will be copied. Relative to alien $HOME.
1019    if (iAODanalysis) plugin->SetGridWorkingDir("analysisAOD");
1020    else              plugin->SetGridWorkingDir("analysisESD");
1021    // Declare alien output directory. Relative to working directory.
1022    if (!kGridOutdir.Length()) kGridOutdir = Form("output_%s",kTrainName.Data());
1023    plugin->SetGridOutputDir(kGridOutdir);
1024
1025    // Add external packages
1026    if (iJETAN||iDIJETAN) {
1027       plugin->AddExternalPackage("boost::v1_38_0");
1028       plugin->AddExternalPackage("cgal::v3.3.1");
1029       plugin->AddExternalPackage("fastjet::v2.4.0");
1030    }
1031
1032
1033    // set extra libs before par file compilation
1034    anaLibs += kGridExtraFiles;
1035    anaLibs     = anaLibs.Strip();
1036    Printf("%s",anaLibs.Data());
1037    if (anaLibs.Length())     plugin->SetAdditionalLibs(anaLibs.Data());
1038
1039    TString ana_sources = "";
1040    TString ana_add = "";
1041    if (kUsePAR && anaPars.Length()) {
1042       printf("%s\n", anaPars.Data());
1043       TObjArray *arr;
1044       TObjString *objstr;
1045       arr = anaPars.Tokenize(" ");
1046       TIter next(arr);
1047       while ((objstr=(TObjString*)next())) plugin->EnablePackage(objstr->GetString());
1048       delete arr;
1049    }
1050
1051 // Declare the analysis source files names separated by blancs. To be compiled runtime
1052 // using ACLiC on the worker nodes.
1053    ana_sources = anaSources.Strip();
1054 // Declare all libraries (other than the default ones for the framework. These will be
1055 // loaded by the generated analysis macro. Add all extra files (task .cxx/.h) here.
1056
1057    if (ana_sources.Length()) plugin->SetAnalysisSource(ana_sources);
1058    plugin->SetExecutableCommand(kPluginExecutableCommand.Data());
1059 // Declare the output file names separated by blancs.
1060 // (can be like: file.root or file.root@ALICE::Niham::File)
1061    plugin->SetDefaultOutputs();
1062    plugin->SetMergeExcludes(kGridMergeExclude);
1063    plugin->SetMaxMergeFiles(kGridMaxMergeFiles);
1064    plugin->SetNrunsPerMaster(kGridRunsPerMaster);
1065 // Optionally define the files to be archived.
1066 //   plugin->SetOutputArchive("log_archive.zip:stdout,stderr@ALICE::NIHAM::File root_archive.zip:AliAOD.root,AOD.tag.root@ALICE::NIHAM::File");
1067
1068
1069    // Put default output files to archive
1070    TString listhists = "";
1071    TString listaods  = "";
1072    AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
1073    TIter next(mgr->GetOutputs());
1074    AliAnalysisDataContainer *output;
1075    while ((output=(AliAnalysisDataContainer*)next())) {
1076       const char *filename = output->GetFileName();
1077       if (!(strcmp(filename, "default"))) {
1078          if (!mgr->GetOutputEventHandler()) continue;
1079          filename = mgr->GetOutputEventHandler()->GetOutputFileName();
1080          if (listaods.Length()) listaods += ",";
1081          listaods += filename;
1082          if(kIsMC){
1083            listaods += ",";
1084            listaods += "pyxsec_hists.root";
1085          }
1086       } else {
1087
1088         if(!listhists->Contains(filename)){
1089           if (listhists.Length()) listhists += ",";
1090           listhists += filename;
1091         }
1092       }
1093    }
1094    if (mgr->GetExtraFiles().Length()) {
1095      if (!strcmp(filename, "pyxsec_hists.root")) continue;
1096      if (listhists.Contains(filename)) continue;
1097      if (listhists.Length()) listhists += ",";
1098      if (listaods.Length()) listaods += ",";
1099    }
1100    if (listhists.Length()) listhists = Form("hist_archive.zip:%s@%s", listhists.Data(), kGridOutputStorages.Data());;
1101    if (listaods.Length())  listaods  = Form("aod_archive.zip:%s@%s", listaods.Data(), kGridOutputStorages.Data());;
1102    if (!listhists.Length() && !listaods.Length()) {
1103       ::Fatal("AnalysisTrainPWG4Jets", "No task output !");
1104    }
1105    TString outputArchive = "log_archive.zip:stdout,stderr@ALICE::CERN::SE";
1106    if (listaods.Length()) {
1107       outputArchive += " ";
1108       outputArchive += listaods;
1109    }
1110    if (listhists.Length()) {
1111       outputArchive += " ";
1112       outputArchive += listhists;
1113    }
1114    plugin->SetOutputArchive(outputArchive);
1115 // Optionally set a name for the generated analysis macro (default MyAnalysis.C)
1116    plugin->SetAnalysisMacro(Form("%s.C", kTrainName.Data()));
1117 // Optionally set maximum number of input files/subjob (default 100, put 0 to ignore)
1118    plugin->SetSplitMaxInputFileNumber(kGridFilesPerJob);
1119 // Optionally set number of failed jobs that will trigger killing waiting sub-jobs.
1120 //   plugin->SetMaxInitFailed(5);
1121 // Optionally resubmit threshold.
1122 //   plugin->SetMasterResubmitThreshold(90);
1123 // Optionally set time to live (default 30000 sec)
1124    plugin->SetTTL(30000);
1125 // Optionally set input format (default xml-single)
1126    plugin->SetInputFormat("xml-single");
1127 // Optionally modify the name of the generated JDL (default analysis.jdl)
1128    plugin->SetJDLName(Form("%s.jdl", kTrainName.Data()));
1129 // Optionally modify the executable name (default analysis.sh)
1130    plugin->SetExecutable(Form("%s.sh", kTrainName.Data()));
1131 // Optionally modify job price (default 1)
1132    plugin->SetPrice(1);
1133 // Optionally modify split mode (default 'se')
1134    plugin->SetSplitMode("se");
1135    return plugin;
1136 }
1137
1138 //______________________________________________________________________________
1139 void WriteConfig()
1140 {
1141 // Write train configuration in a file. The file name has the format:
1142 // train_[trainName]_ddMonthyyyy_time.C
1143    if (kUseDate) {
1144       gSystem->Exec("date +%d%b%Y_%Hh%M > date.tmp");
1145       ifstream fdate("date.tmp");
1146       if (!fdate.is_open()) {
1147          ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Export","Could not generate file name");
1148          return;
1149       }
1150       const char date[64];
1151       fdate.getline(date,64);
1152       fdate.close();
1153       gSystem->Exec("rm date.tmp");
1154       kTrainName = Form("train_%s_%s", kTrainName.Data(), date);
1155    } else {
1156       kTrainName = Form("train_%s", kTrainName.Data());
1157    }
1158    TString cdir = gSystem->WorkingDirectory();
1159    gSystem->MakeDirectory(kTrainName);
1160    gSystem->ChangeDirectory(kTrainName);
1161    ofstream out;
1162    out.open(Form("%sConfig.C",kTrainName.Data()), ios::out);
1163    if (out.bad()) {
1164       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Export", "Cannot open ConfigTrain.C for writing");
1165       return;
1166    }
1167    out << "{" << endl;
1168    out << "   kTrainName      = " << "\"" << kTrainName.Data() << "\";" << endl;
1169    out << "   kProofCluster   = " << "\"" << kProofCluster.Data() << "\";" << endl;
1170    out << "   kProofUseAFPAR        = " << kProofUseAFPAR << ";" << endl;
1171    if (kProofUseAFPAR)
1172       out << "   kProofAFversion       = " << kProofAFversion.Data() << ";" << endl;
1173    out << "   kProofDataSet   = " << "\"" << kProofDataSet.Data() << "\";" << endl;
1174    out << "   kPluginUse       = " << kPluginUse << ";" << endl;
1175    out << "   kUsePAR          = " << kUsePAR << ";" << endl;
1176    out << "   kUseCPAR         = " << kUseCPAR << ";" << endl;
1177    out << "   kPluginRootVersion    = " << "\"" << kPluginRootVersion.Data() << "\";" << endl;
1178    out << "   kPluginAliRootVersion = " << "\"" << kPluginAliRootVersion.Data() << "\";" << endl;
1179    out << "   kGridDatadir   = " << "\"" << kGridDatadir.Data() << "\";" << endl;
1180    if (!kGridOutdir.Length()) kGridOutdir = Form("output_%s",kTrainName.Data());
1181    out << "   kGridOutdir    = " << "\"" << kGridOutdir.Data() << "\";" << endl;
1182    out << "   kGridMaxMergeFiles   = " << kGridMaxMergeFiles << ";" << endl;
1183    out << "   kGridMergeExclude    = " << "\"" << kGridMergeExclude.Data() << "\";" << endl;
1184    out << "   kGridRunsPerMaster  = " << kGridRunsPerMaster << ";" << endl;
1185    out << "   kGridFilesPerJob    = " << kGridFilesPerJob << ";" << endl;
1186    out << "   kGridRunRange[0]    = " << kGridRunRange[0] << ";" << endl;
1187    out << "   kGridRunRange[1]    = " << kGridRunRange[1] << ";" << endl;
1188    out << "   kUseDebug          = " << kUseDebug << ";" << endl;
1189    out << "   kUseMC           = " << kUseMC << ";" << endl;
1190    out << "   kUseESDTags         = " << kUseESDTags << ";" << endl;
1191    out << "   kUseKinefilter      = " << kUseKinefilter << ";" << endl;
1192    out << "   kUseTR           = " << kUseTR << ";" << endl;
1193    out << "   kUseAODTags      = " << kUseAODTags << ";" << endl;
1194    out << "   kSaveTrain       = " << "kFALSE;" << endl << endl;
1195    out << "   // Analysis modules" << endl;
1196    out << "   iAODanalysis    = " << iAODanalysis << ";" << endl;
1197    out << "   iAODhandler     = " << iAODhandler << ";" << endl;
1198    out << "   iESDfilter      = " << iESDfilter << ";" << endl;
1199    out << "   iJETAN          = " << iJETAN << ";" << endl;
1200    out << "// Configuration fot the wagons" << endl;
1201    out << "}" << endl;
1202    ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::WriteConfig", "Train configuration wrote to file %s", Form("config_%s.C", kTrainName.Data()));
1203    gSystem->ChangeDirectory(cdir);
1204 }
1205
1206 //______________________________________________________________________________
1207 Bool_t LoadConfig(const char *filename)
1208 {
1209 // Read train configuration from file
1210    if (gSystem->AccessPathName(filename)) {
1211       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadConfig", "Config file name not found");
1212       return kFALSE;
1213    }
1214    gROOT->ProcessLine(Form(".x %s", filename));
1215    ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadConfig", "Train configuration loaded from file %s", filename);
1216    return kTRUE;
1217 }
1218
1219 Bool_t PatchJDL(){
1220   Printf(">>> Patching JDL");
1221   AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
1222   AliAnalysisAlien*    gridHandler = (AliAnalysisAlien*)mgr->GetGridHandler();
1223   TGridJDL *jdl = gridHandler->GetGridJDL();
1224   if(iJETAN)jdl->AddToPackages("fastjet","v2.4.0");
1225   gridHandler->WriteJDL(kFALSE);
1226   Printf("<<< Patching JDL");
1227   return kTRUE;
1228 }
1229
1230 Bool_t PatchAnalysisMacro(){
1231     Printf(">>> Patching AnalysisMacro");
1232     gSystem->Exec(Form("mv %s.C %s.C_tmp",kTrainName.Data(),kTrainName.Data()));
1233
1234   ifstream in1;
1235   in1.open(Form("%s.C_tmp", kTrainName.Data()));
1236   char cLine[250];
1237   TString st;
1238   while(in1.getline(cLine,250)){
1239     st += cLine;
1240     st += "\n";
1241   }
1242   Int_t index;
1243   index = st.Index("gSystem->Load(\"libPhysics\");");
1244   index += strlen("gSystem->Load(\"libPhysics\");");
1245   if(iJETAN){
1246     TObjArray *arr;
1247     TObjString *objstr;
1248     arr = anaLibs.Tokenize(" ");
1249     TIter next(arr);
1250     TString add = "";
1251     add += "\n\n // added by CKB \n";
1252     while ((objstr=(TObjString*)next())){
1253       if(objstr->GetString().EndsWith(".so"))add += Form("gSystem->Load(\"%s\");\n",objstr->GetString().Data());
1254     }
1255     delete arr;
1256     add += "// BKC \n\n";
1257     st.Insert(index,add.Data());
1258   }
1259   ofstream out;
1260   out.open(Form("%s.C", kTrainName.Data()));
1261   if (out.bad()) {
1262     return kFALSE;
1263   }
1264   out << st << endl;
1265   Printf("<<< Patching AnalysisMacro");
1266   return kTRUE;
1267
1268 }