PWG4/macros/AnalysisTrainPWG4Jets.C

   1 //===================== ANALYSIS TRAIN =========================================
   2 // To use: copy this macro to your work directory, modify the global part to match
   3 // your needs, then run root.
   4 //    root[0] .L AnalysisTrain.C
   5 // Grid full mode as below (other modes: test, offline, submit, terminate)
   6 //    root[1] AnalysisTrainPWG-244Jets("grid", "full")
   7 // CAF mode (requires root v5-23-02 + aliroot v4-16-Rev08)
   8 //    root[2] AnalysisTrainPWG4Jets("proof")
   9 // Local mode requires AliESds.root or AliAOD.root in ./data directory
  10 //    root[3] AnalysisTrainPWG4Jets("local")
  11 // In proof and grid modes, a token is needed and sourcing the produced environment file.
  12 //
  13 // If 'saveTrain' flag is set, the train will generate a directory name and run
  14 // in this directory. A configuration file 'ConfigTrain.C' will be generated.
  15 // One can replay at any time the train via:
  16 //    root[1] AnalysisTrainPWG4Jets(ana_mode, plugin_mode, "train_default_<date>/ConfigTrain.C")
  17
  18 // For Usage with fastjet run in "offline" first and then "submit"
  19 // jdl and analysismacro are automatically patched after "offline" mode
  20
  21 // =============================================================================
  22 // ### General Steering variables
  23 // =============================================================================
  24 //== general setup variables
  25 TString     kTrainName         = "testAnalysis"; // *CHANGE ME* (no blancs or special characters)
  26 TString     kJobTag            = "PWG4 Jet Tasks analysis train configured"; // *CHANGE ME*
  27
  28 // Usage of par files ONLY in grid mode and ONLY if the code is not available
  29 // in the deployed AliRoot versions. Par file search path: local dir, if not there $ALICE_ROOT.
  30 // To refresh par files, remove the ones in the workdir, then do "make <target.par>" in
  31 // AliRoot.
  32 Bool_t      kUsePAR             = kFALSE;  // use par files for extra libs
  33 Bool_t      kUseCPAR            = kFALSE;  // use par files for common libs
  34 Bool_t      kFillAOD = kFALSE;  // switch of AOD filling for on the fly analysis
  35
  36 //== general input and output variables
  37 Int_t       iAODanalysis       = 1;      // Analysis on input AOD's
  38 Int_t       iAODhandler        = 1;      // Analysis produces an AOD or dAOD's
  39 Int_t       iESDfilter         = 0;      // ESD to AOD filter (barrel + muon tracks)
  40 Int_t       iPhysicsSelection  = 1;      // ESD to AOD filter (barrel + muon tracks)
  41 Bool_t      kUseKinefilter     = kFALSE; // use Kinematics filter
  42 Bool_t      kUseMuonfilter     = kFALSE; // use Kinematics filter
  43 TString     kCommonOutputFileName = "PWG4_JetTasksOutput.root";
  44
  45
  46 //== general process variables
  47
  48 // ### Other flags to steer the analysis
  49 //==============================================================================
  50 Bool_t      kUseDate            = kFALSE; // use date in train name
  51 Bool_t      kUseDebug           = kTRUE; // activate debugging
  52 Int_t       kUseSysInfo         = 0; // activate debugging
  53 Bool_t      kUseMC              = kTRUE;  // use MC info
  54 Bool_t      kIsMC               = kTRUE;  // is MC info, if false it overwrites Use(AOD)MC
  55 Bool_t      kUseAODMC           = kTRUE;  // use MC infA
  56 Bool_t      kUseESDTags         = kFALSE; // use ESD tags for selection
  57 Bool_t      kUseTR              = kFALSE;  // use track references
  58 Bool_t      kUseAODTags         = kFALSE;  // use AOD tags
  59 Bool_t      kSaveTrain          = kFALSE;  // save train configuration as:
  60
  61 // ### Analysis modules to be included. Some may not be yet fully implemented.
  62 //==============================================================================
  63 Int_t       iJETAN             = 1;      // Jet analysis (PWG4) // 1 write standard 2 write non-standard jets, 3 wrtie both
  64 Int_t       iDIJETAN           = 1;
  65 Int_t       iJETANLib          = 1;
  66 Int_t       iPWG1QASym         = 0;      // Eva's QA task compiled on the fly...
  67 Int_t       iPWG4JetTasks      = 0;      // all jet tasks flag for lib laoding
  68 Int_t       iPWG4JetServices   = 0;      // jet spectrum analysis
  69 Int_t       iPWG4JetSpectrum   = 0;      // jet spectrum analysis
  70 Int_t       iPWG4UE            = 0;      // Underlying Event analysis
  71 Int_t       iPWG4TmpSourceSara = 0;      // Underlying Event analysis not in svn
  72 Int_t       iPWG4TmpSourceFrag = 0;      // Bastian's Fragmentation function not in svn
  73 Int_t       iPWG4PtQAMC        = 0;      // Marta's QA tasks
  74 Int_t       iPWG4PtSpectra     = 0;      // Marta's QA tasks
  75 Int_t       iPWG4PtQATPC       = 0;      // Marta's QA tasks
  76 Int_t       iPWG4ThreeJets     = 0;      // Sona's thrust task
  77 Int_t       iPWG4KMeans        = 0;      // Andreas' KMeans task
  78 Int_t       iPWG4Cluster       = 0;      // CKB cluster task
  79 Int_t       iPWG4PartCorrLibs  = 0;      // Gustavo's part corr analysis
  80 Int_t       iPWG4PartCorr      = 0;      // Gustavo's part corr analysis
  81 Int_t       iPWG4CaloQA        = 0;      // Gustavo's part corr analysis
  82 Int_t       iPWG4JetCorr       = 0;     // Paul's jet corr analysis
  83 Int_t       iPWG4Tagged        = 0;      // Gustavo's part corr analysis
  84 Int_t       iPWG4omega3pi      = 0;      // Omega to 3 pi analysis (PWG4)
  85 Int_t       iPWG4GammaConv     = 0;      // Gamma Conversio
  86 Int_t       kHighPtFilterMask  = 16;     // change depending on the used AOD Filter
  87 TString     kDeltaAODJetName   = "AliAOD.Jets.root";
  88 TString     kDeltaAODPartCorrName   = "deltaAODPartCorr.root";
  89
  90
  91 //==============================================================================
  92 // ### PROOF Steering varibales
  93 //==============================================================================
  94 //== proof setup variables
  95 TString     kProofCluster      = "alicecaf.cern.ch";
  96 Bool_t      kProofUseAFPAR     = kFALSE;  // use AF special par file
  97 TString     kProofAFversion          = "AF-v4-17";
  98 //== proof input and output variables
  99 TString     kProofDataSet      = "/COMMON/COMMON/LHC09a4_run8100X#/esdTree";
 100 Bool_t      kProofSaveToAlien   = kFALSE; // save proof outputs in AliEn train_[trainName]_ddMonthyyyy_time.C
 101 TString     kProofOutdir       = "";
 102 Bool_t      kProofClearPackages = kFALSE;
 103 Int_t       kProofEvents = 10000;
 104 Int_t       kProofOffset = 0;
 105 //== proof process variables
 106
 107
 108 //==============================================================================
 109 // ### Grid plugin Steering varibiables
 110 //==============================================================================
 111 //== grid plugin setup variables
 112 Bool_t      kPluginUse         = kTRUE;   // do not change
 113 Bool_t      kPluginUseProductionMode  = kFALSE;   // use the plugin in production mode
 114 TString     kPluginRootVersion       = "v5-26-00b-2";  // *CHANGE ME IF MORE RECENT IN GRID*
 115 TString     kPluginAliRootVersion    = "v4-19-04-AN";  // *CHANGE ME IF MORE RECENT IN GRID*
 116 // TString kPluginExecutableCommand = "root -b -q";
 117 TString     kPluginExecutableCommand = "source /Users/kleinb/setup_32bit_aliroot_trunk_clean_root_trunk.sh; alienroot -b -q ";
 118 // == grid plugin input and output variables
 119 TString     kGridDatadir      = "/alice/sim/PDC_08b/LHC09a1/AOD/";
 120 TString     kGridLocalRunList = "";
 121 TString     kGridOutdir       = ""; // AliEn output directory. If blank will become output_<kTrainName>
 122 TString     kGridDataSet      = ""; // sub working directory not to confuse different run xmls
 123 Int_t       kGridRunRange[2]       =  {0, -1}; // Set the run range
 124 TString     kGridRunPattern        = "%03d"; // important for leading zeroes!!
 125 TString     kGridPassPattern       = "";
 126 TString     kGridExtraFiles        = ""; // files that will be added to the input list in the JDL...
 127 Int_t       kGridMaxMergeFiles      = 50; // Number of files merged in a chunkgridrunragn
 128 TString     kGridMergeExclude       = "AliAOD.root"; // Files that should not be merged
 129 TString     kGridOutputStorages      = "disk=2"; // Make replicas on the storages
 130 // == grid process variables
 131 Int_t       kGridRunsPerMaster     = 100; // Number of runs per master job
 132 Int_t       kGridFilesPerJob       = 100; // Maximum number of files per job (gives size of AOD)
 133
 134 //==============================================================================
 135 // ### Local Steering variables
 136 //==============================================================================
 137 //== local setup variables
 138 //== local input and output variables
 139 TString     kLocalXMLDataset   = ""; // Change local xml dataset for local interactive analysis
 140 TString     kLocalDataList   = "local_deltaaod.txt"; // Change local xml dataset for local interactive analysis
 141 // == local process variables
 142
 143
 144
 145 // Temporaries.
 146 TString anaPars = "";
 147 TString anaLibs = "";
 148 TString anaLibsExtra = "";
 149 TString anaSources = "";
 150 // Function signatures
 151 class AliAnalysisAlien;
 152
 153 //______________________________________________________________________________
 154 void AnalysisTrainPWG4Jets(const char *analysis_mode="local",
 155                            const char *plugin_mode="",
 156                            const char *config_file="",Int_t iOffset = 0)
 157 {
 158 // Main analysis train macro. If a configuration file is provided, all parameters
 159 // are taken from there but may be altered by CheckModuleFlags.
 160
 161    if (strlen(config_file) && !LoadConfig(config_file)) return;
 162
 163    if(iOffset)kProofOffset = iOffset;
 164    TString smode(analysis_mode);
 165    smode.ToUpper();
 166    if (kSaveTrain)WriteConfig();
 167    // Check compatibility of selected modules
 168    CheckModuleFlags(smode);
 169    //   gROOT->ProcessLine(".trace");
 170
 171    printf("==================================================================\n");
 172    printf("===========    RUNNING ANALYSIS TRAIN %s IN %s MODE   ==========\n", kTrainName.Data(),smode.Data());
 173    printf("==================================================================\n");
 174    printf("=  Configuring analysis train for:                               =\n");
 175    if (iAODanalysis) printf("=  AOD analysis                                                  =\n");
 176    else              printf("=  ESD analysis                                                  =\n");
 177    if (iPhysicsSelection)   printf("=  Physics selection                                                    =\n");
 178    if (iESDfilter)   printf("=  ESD filter                                                    =\n");
 179    if (iJETAN)       printf("=  Jet analysis                                                  =\n");
 180    printf("==================================================================\n");
 181    printf(":: use Fill AOD      %d\n", (UInt_t)kFillAOD);
 182    printf(":: use MC truth      %d\n", (UInt_t)kUseMC);
 183    printf(":: use KINE filter   %d\n", (UInt_t)kUseKinefilter);
 184    printf(":: use track refs    %d\n", (UInt_t)kUseTR);
 185    printf(":: use tags          %d\n", (UInt_t)kUseESDTags);
 186    printf(":: use AOD tags      %d\n", (UInt_t)kUseAODTags);
 187    printf(":: use debugging     %d\n", (UInt_t)kUseDebug);
 188    printf(":: use PAR files     %d\n", (UInt_t)kUsePAR);
 189    printf(":: use AliEn plugin  %d\n", (UInt_t)kPluginUse);
 190    printf(":: use PWG1 QA sym       %d\n", iPWG1QASym);
 191    printf(":: use PWG4 Source Sara  %d\n",iPWG4TmpSourceSara);
 192    printf(":: use PWG4 Source BB    %d\n",iPWG4TmpSourceFrag);
 193    printf(":: use PWG4 Jet tasks    %d\n",iPWG4JetTasks);
 194    printf(":: use PWG4 Jet Services %d\n",iPWG4JetServices);
 195    printf(":: use PWG4 Jet Spectrum %d\n",iPWG4JetSpectrum);
 196    printf(":: use PWG4 UE           %d \n",iPWG4UE);
 197    printf(":: use PWG4 Pt QA MC     %d\n",iPWG4PtQAMC);
 198    printf(":: use PWG4 Pt Spectra   %d\n",iPWG4PtSpectra);
 199    printf(":: use PWG4 Pt QA TPC    %d\n",iPWG4PtQATPC);
 200    printf(":: use PWG4 Three Jets   %d\n",iPWG4ThreeJets);
 201    printf(":: use PWG4 KMeans       %d\n",iPWG4KMeans);
 202    printf(":: use PWG4 Cluster       %d\n",iPWG4Cluster);
 203    printf(":: use PWG4 Part Corr    %d\n",iPWG4PartCorr);
 204    printf(":: use PWG4 Calo QA    %d\n",iPWG4CaloQA);
 205    printf(":: use PWG4 Jet Corr    %d\n",iPWG4JetCorr);
 206    printf(":: use PWG4 Tagged       %d\n",iPWG4Tagged);
 207    printf(":: use PWG4 omega to 3 pions %d\n",iPWG4omega3pi);
 208
 209    printf(":: use PWG4 Gamma Conv   %d\n",iPWG4GammaConv);
 210    printf(":: use HighPt FilterMask %d\n",kHighPtFilterMask);
 211
 212    //==========================================================================
 213    // Connect to back-end system
 214    if (!Connect(smode)) {
 215       ::Error("AnalysisTrain", "Could not connect to %s back-end", analysis_mode);
 216       return;
 217    }
 218
 219    // Load common libraries and set include path
 220    if (!LoadCommonLibraries(smode)) {
 221       ::Error("AnalysisTrain", "Could not load common libraries");
 222       return;
 223    }
 224
 225
 226
 227    // Make the analysis manager and connect event handlers
 228    AliAnalysisManager *mgr  = new AliAnalysisManager("PWG4Train", "pwg4 mini train");
 229    if (kCommonOutputFileName.Length()>0)mgr->SetCommonFileName(kCommonOutputFileName.Data());
 230    if (kProofSaveToAlien) mgr->SetSpecialOutputLocation(kProofOutdir);
 231    mgr->SetNSysInfo(0);
 232    if (!strcmp(plugin_mode, "test")) mgr->SetNSysInfo(1);
 233    if (kUseSysInfo)mgr->SetNSysInfo(kUseSysInfo);
 234
 235
 236    // Load analysis specific libraries
 237    if (!LoadAnalysisLibraries(smode)) {
 238       ::Error("AnalysisTrain", "Could not load analysis libraries");
 239      return;
 240    }
 241
 242    // Create input handler (input container created automatically)
 243    if (iAODanalysis) {
 244    // AOD input handler
 245       AliAODInputHandler *aodH = new AliAODInputHandler();
 246       mgr->SetInputEventHandler(aodH);
 247       if (iPWG4JetTasks) aodH->AddFriend(Form("deltas/%s",kDeltaAODJetName.Data()));
 248       if (iPWG4PartCorr) aodH->AddFriend(Form("deltas/%s"kDeltaAODJetName.Data()));
 249    } else {
 250    // ESD input handler
 251       AliESDInputHandler *esdHandler = new AliESDInputHandler();
 252       if (kUseESDTags) esdHandler->SetReadTags();
 253       esdHandler->SetReadFriends(kFALSE);
 254       mgr->SetInputEventHandler(esdHandler);
 255       //      if(iPWG4PtQATPC&& !kTrainName.Contains("pass5"))esdHandler->SetActiveBranches("ESDfriend");
 256
 257    }
 258
 259    // Monte Carlo handler
 260    if (kUseMC && !iAODanalysis) {
 261       AliMCEventHandler* mcHandler = new AliMCEventHandler();
 262       mgr->SetMCtruthEventHandler(mcHandler);
 263       mcHandler->SetReadTR(kUseTR);
 264    }
 265    // AOD output container, created automatically when setting an AOD handler
 266    if (iAODhandler) {
 267       // AOD output handler
 268       AliAODHandler* aodHandler   = new AliAODHandler();
 269       aodHandler->SetOutputFileName("AliAOD.root");
 270       aodHandler->SetFillAODforRun(kFillAOD);
 271
 272       mgr->SetOutputEventHandler(aodHandler);
 273       //
 274       if (iAODanalysis) {
 275
 276         //         aodHandler->SetCreateNonStandardAOD();
 277         //      if (iJETAN)aodHandler->SetOutputFileName(kDeltaAODJetName.Data());
 278       }
 279       AliAnalysisDataContainer * cout_aod = mgr->GetCommonOutputContainer();
 280       cout_aod->SetSpecialOutput();
 281    }
 282    // Debugging if needed
 283
 284    if (kUseDebug){
 285      mgr->SetDebugLevel(3);
 286    }
 287    else{
 288      AliLog::SetGlobalLogLevel(AliLog::kError);
 289    }
 290    //==========================================================================
 291    // Create the chain. In this example it is created only from ALIEN files but
 292    // can be done to work in batch or grid mode as well.
 293    TChain *chain = CreateChain(smode, plugin_mode);
 294
 295    //==========================================================================
 296    // Load the tasks configuration macros for all wagons. These files are supposed now to be
 297    // in the current workdir, but in AliEn they will be in the file catalog,
 298    // mapped from AliRoot and pecified in the jdl input list.
 299
 300    // For now connection to top input container and common AOD output container
 301    // is done in this macro, but in future these containers will be connected
 302    // from each task configuration macro.
 303    if(iPhysicsSelection && !iAODanalysis){
 304      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros/AddTaskPhysicsSelection.C");
 305      AliPhysicsSelectionTask* physSelTask = AddTaskPhysicsSelection(kIsMC,kTRUE);
 306    }
 307
 308    if (iESDfilter && !iAODanalysis) {
 309       //  ESD filter task configuration.
 310       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros/AddTaskESDFilter.C");
 311       AliAnalysisTaskESDfilter *taskesdfilter = AddTaskESDFilter(kUseKinefilter,kUseMuonfilter);
 312    }
 313
 314    // AOD tags
 315    if (kUseAODTags) {
 316       AliAnalysisTaskTagCreator* tagTask = new AliAnalysisTaskTagCreator("AOD Tag Creator");
 317       mgr->AddTask(tagTask);
 318       AliAnalysisDataContainer *coutTags = mgr->CreateContainer("cTag",  TTree::Class(),
 319                                            AliAnalysisManager::kOutputContainer, "AOD.tag.root");
 320       mgr->ConnectInput (tagTask, 0, mgr->GetCommonInputContainer());
 321       mgr->ConnectOutput(tagTask, 1, coutTags);
 322    }
 323
 324     // Jet analysis
 325    if (iJETAN) {
 326       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskJets.C");
 327       AliAnalysisTaskJets *taskjets = 0;
 328       if(iJETAN&1)taskjets = AddTaskJets(kHighPtFilterMask);
 329       if(iJETAN&2){
 330         UInt_t selection = 0;
 331         if(!kFillAOD) selection = 0xffffff; //&~(1<<13);
 332         else selection = 1<<0|1<<1|1<<2|1<<3|1<<4|1<<5|1<<6|1<<7|1<<8|1<<9;
 333         AddTaskJetsDelta(kDeltaAODJetName.Data(),kHighPtFilterMask,kUseAODMC,selection);
 334       }
 335       if (!taskjets) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskJets cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 336    }
 337
 338    if (iDIJETAN) {
 339       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskDiJets.C");
 340       AliAnalysisTaskDiJets *taskdijets = 0;
 341       taskdijets = AddTaskDiJets();
 342       if (!taskdijets) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskJets cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 343    }
 344
 345    if(iPWG1QASym){
 346      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG1/PWG1macros/AddTaskQAsym.C");
 347      AliAnalysisTaskQASym *taskQASym = AddTaskQAsym(-1);
 348      if (!taskQASym) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskQASym cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 349    }
 350
 351
 352
 353    if(iPWG4TmpSourceSara){
 354      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskEta.C");
 355      AliAnalysisTaskEta *taskEta = AddTaskEta();
 356      if (!taskEta) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskEta cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 357    }
 358
 359    if(iPWG4TmpSourceFrag){
 360      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskFragFunc.C");
 361      UInt_t selection = 1<<2;
 362      AliAnalysisTaskFragFunc *taskFrag = AddTaskFragFunc(kHighPtFilterMask, kUseAODMC,iPhysicsSelection, selection);
 363      if (!taskFrag) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskFragFunc cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 364    }
 365
 366    if(iPWG4JetServices){
 367      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskJetServices.C");
 368      AliAnalysisTaskJetServices *taskjetServ = 0;
 369      taskjetServ = AddTaskJetServices();
 370      if (!taskjetServ) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskJetServices cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 371      if(kGridRunRange[0]>0)taskjetServ->SetRunRange(kGridRunRange[0],kGridRunRange[1]);
 372      else taskjetServ->SetRunRange(104000,125000);
 373      if(!kIsMC) taskjetServ->SetRealData(kTRUE);
 374      if(!iPhysicsSelection)taskjetServ->SetUsePhysicsSelection(kFALSE);
 375    }
 376
 377    if(iPWG4JetSpectrum){
 378      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskJetSpectrum2.C");
 379      AliAnalysisTaskJetSpectrum2 *taskjetSpectrum = 0;
 380      if(iPWG4JetSpectrum&1){
 381        taskjetSpectrum = AddTaskJetSpectrum2("jets","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
 382        if(!iAODanalysis){
 383          taskjetSpectrum = AddTaskJetSpectrum2("jets","tracks32",32,iPhysicsSelection);       // tmp hack to give it a different name
 384          taskjetSpectrum = AddTaskJetSpectrum2("jets","tracks64",64,iPhysicsSelection);
 385        }
 386        if (!taskjetSpectrum) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskJetSpectrum2 cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 387        taskjetSpectrum->SetDebugLevel(1);
 388      }
 389
 390      if(iPWG4JetSpectrum&2){
 391        UInt_t selection = 0;
 392        if(!iAODanalysis) selection = 0xffffff;
 393        else selection = 1<<0|1<<1|1<<2|1<<3|1<<4|1<<5|1<<7|1<<8|1<<9;
 394        AddTaskJetSpectrum2Delta(kHighPtFilterMask,kUseAODMC,iPhysicsSelection,selection);
 395      }
 396      if(iJETAN&3&&!kFillAOD&!iAODanalysis){
 397        AddTaskJetSpectrum2("jetsAOD_FASTKT00","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
 398        AddTaskJetSpectrum2("jetsAOD_FASTKT01","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
 399        AddTaskJetSpectrum2("jetsAOD_FASTKT02","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
 400        AddTaskJetSpectrum2("jetsAOD_FASTKT06","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
 401        AddTaskJetSpectrum2("jetsAOD_FASTKT08","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
 402        if(kIsMC){
 403          AddTaskJetSpectrum2("jetsAODMC2b_FASTKT00","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
 404          AddTaskJetSpectrum2("jetsAODMC2b_FASTKT01","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
 405          AddTaskJetSpectrum2("jetsAODMC2b_FASTKT02","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
 406          AddTaskJetSpectrum2("jetsAODMC2b_FASTKT06","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
 407          AddTaskJetSpectrum2("jetsAODMC2b_FASTKT08","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
 408        }
 409      }
 410    }
 411    if(iPWG4UE){
 412      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskUE.C");
 413      AliAnalysisTaskUE *taskUE = 0;
 414      if(iPWG4UE&1)taskUE = AddTaskUE();
 415      if(iPWG4UE&2){
 416        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_CDF07","CDF","LJ","TRANSV","MSP");
 417        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_CDF07","CDF","LJCC","TRANSV","MSP");
 418        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_CDF07","CDF","LJ","TRANSV","MAP");
 419        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_ICDF","CDF","LJ","TRANSV","MSP");
 420        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_ICDF","CDF","LJCC","TRANSV","MSP");
 421        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_ICDF","CDF","LJCC","TRANSV","MAP");
 422        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_NONE","CDF","MP","TRANSV","MSP");
 423        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_NONE","CDF","MP","TRANSV","MAP");
 424        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_FASTKT04","CDF","LJ","TRANSV","MSP");
 425        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_FASTKT04","CDF","LJ","TRANSV","MAP");
 426      }
 427
 428      if (!taskUE) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskUE cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 429    }
 430
 431    if(iPWG4ThreeJets){
 432      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskThreeJets.C");
 433      AliAnalysisTaskThreeJets *taskThree = AddTaskThreeJets();
 434      if(!taskThree)::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskThreets cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 435    }
 436    if(iPWG4PtQAMC){
 437      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskPWG4HighPtQAMC.C");
 438      AliPWG4HighPtQAMC *taskQAMC = AddTaskPWG4HighPtQAMC();
 439      if (!taskQAMC) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskQAMC cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 440    }
 441
 442    if(iPWG4PtQATPC){
 443      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskPWG4HighPtQATPConly.C");
 444      AliPWG4HighPtQATPConly *taskQATPC = AddTaskPWG4HighPtQATPConly();
 445      if (!taskQATPC) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskQATPC cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 446    }
 447
 448    if(iPWG4PtSpectra){
 449      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskPWG4HighPtSpectra.C");
 450      AliPWG4HighPtSpectra *taskPtSpectra = AddTaskPWG4HighPtSpectra();
 451      if (!taskPtSpectra) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskPtSpectra cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 452    }
 453    if(iPWG4KMeans){
 454      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskKMeans.C");
 455      AliAnalysisTaskKMeans *taskKMeans = AddTaskKMeans();
 456      if (!taskKMeans) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskKMenans cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 457    }
 458
 459    if(iPWG4Cluster){
 460      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskJetCluster.C");
 461      AliAnalysisTaskJetCluster *taskCl = 0;
 462      if(iPWG4Cluster&1){
 463        taskCl = AddTaskJetCluster("AOD","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection,"KT");
 464      }
 465      if(iPWG4Cluster&2){
 466        UInt_t selection = 0;
 467        if(!iAODanalysis) selection = 0xffffff;
 468        else selection = 1<<0|1<<1|1<<2|1<<3|1<<4|1<<5|1<<7|1<<8|1<<9;
 469        AddTaskJetClusterDelta(kHighPtFilterMask,kUseAODMC,iPhysicsSelection,"KT",selection);
 470      }
 471      if(iPWG4Cluster&4){
 472        UInt_t selection = 0;
 473        if(!iAODanalysis) selection = 0xffffff;
 474        else selection = 1<<0|1<<1|1<<2|1<<3|1<<4|1<<5|1<<7|1<<8|1<<9;
 475        taskCl = AddTaskJetCluster("AOD","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection,"CA");
 476        AddTaskJetClusterDelta(kHighPtFilterMask,kUseAODMC,iPhysicsSelection,"CA",selection);
 477      }
 478
 479
 480      if (!taskCl) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskCluster cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 481
 482    }
 483    if(iPWG4PartCorr){
 484      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskPartCorr.C");
 485      AliAnalysisTaskParticleCorrelation *taskpartcorrPHOS = AddTaskPartCorr("AOD", "PHOS",kFALSE,kIsMC);
 486      if (!taskpartcorrPHOS) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskParticleCorrelation PHOS cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 487      AliAnalysisTaskParticleCorrelation *taskpartcorrEMCAL = AddTaskPartCorr("AOD", "EMCAL",kFALSE,kIsMC);
 488      if (!taskpartcorrEMCAL) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskParticleCorrelation EMCAL cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 489      if(kDeltaAODPartCorrName.Length()>0)mgr->RegisterExtraFile(kDeltaAODPartCorrName.Data()); // hmm this is written anyway.... but at least we do not register it...
 490    }
 491
 492    if(iPWG4CaloQA){
 493      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/QA/AddTaskCalorimeterQA.C");
 494      AliAnalysisTaskParticleCorrelation *taskcaloQA =  AddTaskCalorimeterQA("ESD",kFALSE,kIsMC);
 495      if(!taskcaloQA)::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskParticleCorrelation QA cannot run - EXCLUDED");
 496    }
 497
 498    if(iPWG4JetCorr){
 499      //     using namespace JetCorrelHD;
 500
 501      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskJetCorrel.C");
 502      AliAnalysisTaskJetCorrel *taskjetcorr = AddTaskJetCorrel();
 503      if (!taskjetcorr) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskJetCorrel  cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 504    }
 505
 506    if(iPWG4Tagged){
 507      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskTaggedPhotons.C");
 508      AliAnalysisTaskTaggedPhotons * taskTagged = AddTaskTaggedPhotons(kFALSE); // EMCAL
 509      //     taskTagged = AddTaskTaggedPhotons(kTRUE); // PHOS
 510      if (!taskTagged) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskTaggedPhotons  cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 511    }
 512    if (iPWG4omega3pi) {
 513      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskomega3pi.C");
 514      AliAnalysisTaskOmegaPi0PiPi *taskomega3pi = AddTaskomega3pi();
 515      if (!taskomega3pi) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskomega3pi cannot run\
 516  for these train conditions - EXCLUDED");
 517    }
 518
 519    // PWG4 gamma conversion analysis
 520    if (iPWG4GammaConv) {
 521       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskGammaConversion.C");
 522       TString cdir = gSystem->WorkingDirectory();
 523       gSystem->ChangeDirectory(gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/"));
 524       //      TString gcArguments = "-run-on-train -run-jet -run-chic -run-neutralmeson -run-cf";
 525       TString gcArguments = "-run-on-train -run-jet -run-neutralmeson -run-cf -use-own-xyz -bg-off";
 526       if(!kIsMC)gcArguments += " -mc-off";
 527       AliAnalysisTaskGammaConversion * taskGammaConversion = AddTaskGammaConversion(gcArguments,mgr->GetCommonInputContainer());
 528       gSystem->ChangeDirectory(cdir);
 529       taskGammaConversion->SelectCollisionCandidates();
 530       if (!taskGammaConversion) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskGammaConversion cannot run for these train conditions - EXCLUDED");
 531    }
 532
 533
 534    //==========================================================================
 535    // FOR THE REST OF THE TASKS THE MACRO AddTaskXXX() is not yet implemented/
 536    // Run the analysis
 537    //
 538    if (kPluginUse) {
 539       AliAnalysisGrid *alienHandler = CreateAlienHandler(plugin_mode);
 540       AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->SetGridHandler(alienHandler);
 541    }
 542
 543    if (mgr->InitAnalysis()) {
 544      mgr->PrintStatus();
 545      // if (kSaveTrain || strlen(config_file)) gSystem->ChangeDirectory(kTrainName);
 546      if (!strcmp(plugin_mode,"submit")&&smode=="GRID"){
 547        TString alien_workdir = gGrid->GetHomeDirectory();
 548        if (iAODanalysis) alien_workdir += "analysisAOD";
 549        else              alien_workdir += "analysisESD";
 550        if(kGridDataSet.Length()>0)alien_workdir += Form("/%s",kGridDataSet.Data());
 551        AliAnalysisAlien *gridhandler = (AliAnalysisAlien*)mgr->GetGridHandler();
 552        printf("=== AnalysisTrainPWG4Jets:: Registering jdl in the work directory alien://%s/%s, should be done by the manager! ===\n",
 553               alien_workdir.Data(),gridhandler->GetGridOutputDir());
 554        TFile::Cp(Form("file:%s.jdl",kTrainName.Data()), Form("alien://%s/%s/%s.jdl",alien_workdir.Data(),
 555                                                              gridhandler->GetGridOutputDir(),kTrainName.Data()));
 556      }
 557      AliLog::SetGlobalLogLevel(AliLog::kError);
 558      if((kUseSysInfo>0&&smode=="LOCAL")||!strcmp(plugin_mode, "test")){
 559        TFile * fM = TFile::Open("manager_local.root","RECREATE");
 560        mgr->Write();
 561        fM->Close();
 562      }
 563
 564      StartAnalysis(smode, chain);
 565
 566      if((kUseSysInfo>0&&smode=="LOCAL")||!strcmp(plugin_mode, "test")){
 567        for(int i = 0;i < mgr->GetTopTasks()->GetEntries();i++){
 568          mgr->ProfileTask(i);
 569        }
 570      }
 571      if (!strcmp(plugin_mode, "offline")&&smode=="GRID"){
 572        // Offline mode path files
 573        //       PatchJDL();
 574        PatchAnalysisMacro();
 575      }
 576
 577      if (kSaveTrain && smode=="GRID") {
 578        AliAnalysisAlien *gridhandler = (AliAnalysisAlien*)mgr->GetGridHandler();
 579        TString alien_workdir = gGrid->GetHomeDirectory();
 580        if (iAODanalysis) alien_workdir += "analysisAOD";
 581        else              alien_workdir += "analysisESD";
 582        if(kGridDataSet.Length()>0)alien_workdir += Form("/%s",kGridDataSet.Data());
 583        //     kGridOutdir = gridhandler->GetGridOutputDir();
 584        printf("=== Registering ConfigTrain.C in the work directory <%s> ===\n",
 585                 alien_workdir.Data());
 586        if (AliAnalysisAlien::FileExists(Form("%s/%sConfig.C", alien_workdir.Data(), kTrainName.Data())))
 587          gGrid->Rm(Form("%s/%sConfig.C", alien_workdir.Data(), kTrainName.Data()));
 588        if (strcmp(plugin_mode, "test"))
 589          TFile::Cp(Form("file:%sConfig.C",kTrainName.Data()), Form("alien://%s/%sConfig.C", alien_workdir.Data(), kTrainName.Data()));
 590      }
 591    }
 592 }
 593
 594 //______________________________________________________________________________
 595 void StartAnalysis(const char *mode, TChain *chain) {
 596 // Start analysis.
 597    Int_t imode = -1;
 598    AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
 599    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
 600    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
 601    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
 602    switch (imode) {
 603       case 0:
 604          if (!chain) {
 605             ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::StartAnalysis", "Cannot create the chain");
 606             return;
 607          }
 608          mgr->StartAnalysis(mode, chain);
 609          return;
 610       case 1:
 611          if (!kProofDataSet.Length()) {
 612             ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::StartAnalysis", "kProofDataSet is empty");
 613             return;
 614          }
 615          mgr->StartAnalysis(mode, kProofDataSet, kProofEvents,kProofOffset);
 616          return;
 617       case 2:
 618          if (kPluginUse) {
 619             if (!mgr->GetGridHandler()) {
 620                ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::StartAnalysis", "Grid plugin not initialized");
 621                return;
 622             }
 623             mgr->StartAnalysis("grid");
 624          } else {
 625             if (!chain) {
 626                ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::StartAnalysis", "Cannot create the chain");
 627                return;
 628             }
 629             mgr->StartAnalysis(mode, chain);
 630          }
 631          return;
 632    }
 633 }
 634
 635 //______________________________________________________________________________
 636 void CheckModuleFlags(const char *mode) {
 637 // Checks selected modules and insure compatibility
 638    Int_t imode = -1;
 639    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
 640    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
 641    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
 642
 643
 644    if (kUseCPAR) {
 645      kPluginAliRootVersion    = ""; // NO aliroot if we use CPAR
 646    }
 647
 648    if (imode==1) {
 649       if (!kUsePAR) {
 650          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PAR files enabled due to PROOF analysis");
 651          kUsePAR = kTRUE;
 652       }
 653    }
 654    if (imode != 2) {
 655       ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "AliEn plugin disabled since not in GRID mode");
 656       kPluginUse = kFALSE;
 657    }
 658
 659
 660    if(!kIsMC){
 661      // switch off anthin related to MC
 662      kUseMC = 0;
 663      kUseAODMC = 0;
 664      kUseTR = kFALSE;
 665    }
 666
 667    if (iAODanalysis) {
 668    // AOD analysis
 669       if (kUseMC)
 670          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "MC usage disabled in analysis on AOD's");
 671       if (kUseAODTags)
 672          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "AOD tags usage disabled in analysis on AOD's");
 673       kUseMC = kFALSE;
 674       kUseTR = kFALSE;
 675       kUseAODTags = kFALSE;
 676       if (iESDfilter)
 677          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "ESD filter disabled in analysis on AOD's");
 678       iESDfilter   = 0;
 679       if (iPhysicsSelection)
 680          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "Physics Selection disabled in analysis on AOD's");
 681       iPhysicsSelection   = 0;
 682       if (!iAODhandler) {
 683          if (iJETAN)
 684             ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "JETAN disabled in analysis on AOD's without AOD handler");
 685          iJETAN = 0;
 686          iDIJETAN = 0;
 687       }
 688       // Disable tasks that do not work yet on AOD data
 689       if( iPWG4PtQAMC)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4 PtQAMC disabled in analysis on AOD's");
 690       iPWG4PtQAMC        = 0;
 691       if( iPWG4PtQATPC)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4 PtTPC disabled in analysis on AOD's");
 692       iPWG4PtQATPC        = 0;
 693       if( iPWG4PtSpectra)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4 PtQAMC disabled in analysis on AOD's");
 694       iPWG4PtSpectra     = 0;
 695       if(iPWG4KMeans)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4KMeans disabled on AOD's");
 696       iPWG4KMeans       = 0;
 697       if (iPWG4JetCorr)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4Jetcorr disabled on AOD's");
 698       iPWG4JetCorr = 0;
 699       if (iPWG4PartCorr)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4partcorr disabled on AOD's");
 700       iPWG4PartCorr = 0;
 701       if (iPWG4CaloQA)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4CaloQA disabled on AOD's");
 702       iPWG4CaloQA = 0;
 703       if (iPWG4Tagged)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4tagged disabled on AOD's");
 704       iPWG4Tagged = 0;
 705       if (iPWG4omega3pi)
 706         ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG4omega3pi disabled on AOD's");
 707       iPWG4omega3pi = 0;
 708       if(iPWG1QASym)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG1 QA Sym disabled in analysis on AOD's");
 709       if (iPWG4GammaConv)::Info("AnalysisPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4gammaconv disabled on AOD's");
 710       iPWG4GammaConv = 0;
 711       iPWG1QASym     = 0;
 712    } else {
 713    // ESD analysis
 714      if (!kUseMC){
 715        kUseTR = kFALSE;
 716
 717        if(kUseKinefilter)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4 Kine Filter disabled in analysis without MC");
 718        kUseKinefilter = kFALSE;
 719        if( iPWG4PtQAMC)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4 PtQAMC disabled in analysis without MC");
 720        iPWG4PtQAMC        = 0;
 721
 722      }
 723      if (!kUseTR) {
 724        if(iPWG4PtQAMC)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "iPWG4QATPCMC disabled if not reading track references");
 725        iPWG4PtQAMC        = 0;
 726      }
 727      if (iJETAN){
 728        iESDfilter=1;
 729      }
 730       if (!iESDfilter){
 731         kUseKinefilter = kFALSE;
 732         kUseMuonfilter = kFALSE;
 733       }
 734       if(!iJETAN){
 735         iPWG4JetSpectrum = iPWG4UE = iPWG4ThreeJets = iDIJETAN = 0;
 736       }
 737    }
 738    iPWG4JetTasks = iPWG4JetServices||iPWG4JetSpectrum||iPWG4UE||iPWG4PtQAMC||iPWG4PtSpectra||iPWG4PtQATPC||iPWG4ThreeJets;
 739    iPWG4PartCorrLibs = iPWG4PartCorr||iPWG4Tagged||iPWG4CaloQA;
 740    iJETANLib = iPWG4JetTasks||iJETAN||iDIJETAN;
 741    if (iESDfilter) {iAODhandler=1;}
 742    if (kUseKinefilter && !kUseMC) kUseKinefilter = kFALSE;
 743    if (kUseAODTags && !iAODhandler) kUseAODTags = kFALSE;
 744
 745
 746
 747 }
 748
 749 //______________________________________________________________________________
 750 Bool_t Connect(const char *mode) {
 751 // Connect <username> to the back-end system.
 752    Int_t imode = -1;
 753    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
 754    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
 755    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
 756    TString username = gSystem->Getenv("alien_API_USER");
 757    switch (imode) {
 758       case 0:
 759          break;
 760       case 1:
 761          if  (!username.Length()) {
 762             ::Error(Form("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect <%s>", mode), "Make sure you:\n \
 763                            1. Have called: alien-token-init <username>\n \
 764                            2. Have called: >source /tmp/gclient_env_$UID");
 765             return kFALSE;
 766          }
 767          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect", "Connecting user <%s> to PROOF cluster <%s>",
 768                 username.Data(), kProofCluster.Data());
 769          gEnv->SetValue("XSec.GSI.DelegProxy", "2");
 770 //         TProof::Open(Form("%s@%s:31093", username.Data(), kProofCluster.Data()));
 771          TProof::Open(Form("%s@%s", username.Data(), kProofCluster.Data()));
 772          if (!gProof) {
 773             if (strcmp(gSystem->Getenv("XrdSecGSISRVNAMES"), "lxfsrd0506.cern.ch"))
 774                ::Error(Form("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect <%s>", mode), "Environment XrdSecGSISRVNAMES different from lxfsrd0506.cern.ch");
 775             return kFALSE;
 776          }
 777          if(kProofClearPackages)gProof->ClearPackages();
 778
 779          if(kProofSaveToAlien){
 780            TGrid::Connect("alien://");
 781            if (gGrid) {
 782              TString homedir = gGrid->GetHomeDirectory();
 783              TString workdir = homedir + kTrainName;
 784              if (!gGrid->Cd(workdir)) {
 785                gGrid->Cd(homedir);
 786                if (gGrid->Mkdir(workdir)) {
 787                  gGrid->Cd(kTrainName);
 788                  ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets::Connect()", "Directory %s created", gGrid->Pwd());
 789                }
 790              }
 791              gGrid->Mkdir("proof_output");
 792              gGrid->Cd("proof_output");
 793              kProofOutdir = Form("alien://%s", gGrid->Pwd());
 794            }
 795          }
 796          break;
 797       case 2:
 798          if  (!username.Length()) {
 799             ::Error(Form("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect <%s>", mode), "Make sure you:\n \
 800                            1. Have called: alien-token-init <username>\n \
 801                            2. Have called: >source /tmp/gclient_env_$UID");
 802             return kFALSE;
 803          }
 804          if (kPluginUse && !gSystem->Getenv("alien_CLOSE_SE")) {
 805             ::Error(Form("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect <%s>", mode),
 806                            "When using the AliEn plugin it is preferable to define the \
 807                            variable alien_CLOSE_SE in your environment.");
 808             return kFALSE;
 809          }
 810          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect", "Connecting user <%s> to AliEn ...",
 811                 username.Data());
 812          TGrid::Connect("alien://");
 813          if (!gGrid || !gGrid->IsConnected()) return kFALSE;
 814          break;
 815       default:
 816          ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect", "Unknown run mode: %s", mode);
 817          return kFALSE;
 818    }
 819    ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect","Connected in %s mode", mode);
 820    return kTRUE;
 821 }
 822
 823 //______________________________________________________________________________
 824 Bool_t LoadCommonLibraries(const char *mode)
 825 {
 826 // Load common analysis libraries.
 827    Int_t imode = -1;
 828    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
 829    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
 830    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
 831    if (!gSystem->Getenv("ALICE_ROOT")) {
 832       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadCommonLibraries", "Analysis train requires that analysis libraries are compiled with a local AliRoot");
 833       return kFALSE;
 834    }
 835    Bool_t success = kTRUE;
 836    // ROOT libraries
 837    gSystem->Load("libTree.so");
 838    gSystem->Load("libGeom.so");
 839    gSystem->Load("libVMC.so");
 840    gSystem->Load("libPhysics.so");
 841
 842    // Load framework classes. Par option ignored here.
 843    switch (imode) {
 844       case 0:
 845       case 2:
 846          if (kUseCPAR) {
 847             success &= LoadLibrary("STEERBase", mode, kTRUE);
 848             success &= LoadLibrary("ESD", mode, kTRUE);
 849             success &= LoadLibrary("AOD", mode, kTRUE);
 850             success &= LoadLibrary("ANALYSIS", mode, kTRUE);
 851             success &= LoadLibrary("ANALYSISalice", mode, kTRUE);
 852             success &= LoadLibrary("CORRFW", mode, kTRUE);
 853          } else {
 854             success &= LoadLibrary("libSTEERBase.so", mode);
 855             success &= LoadLibrary("libESD.so", mode);
 856             success &= LoadLibrary("libAOD.so", mode);
 857             success &= LoadLibrary("libANALYSIS.so", mode);
 858             success &= LoadLibrary("libANALYSISalice.so", mode);
 859             success &= LoadLibrary("libCORRFW.so", mode);
 860             gROOT->ProcessLine(".include $ALICE_ROOT/include");
 861          }
 862          break;
 863       case 1:
 864          Int_t ires = -1;
 865          if (kProofUseAFPAR && !gSystem->AccessPathName(kProofAFversion)) ires = gProof->UploadPackage(kProofAFversion);
 866          if (ires < 0) {
 867             success &= LoadLibrary("STEERBase", mode);
 868             success &= LoadLibrary("ESD", mode);
 869             success &= LoadLibrary("AOD", mode);
 870             success &= LoadLibrary("ANALYSIS", mode);
 871             success &= LoadLibrary("ANALYSISalice", mode);
 872             success &= LoadLibrary("CORRFW", mode);
 873          } else {
 874             ires = gProof->EnablePackage(kProofAFversion);
 875             if (ires<0) success = kFALSE;
 876             success &= LoadLibrary("CORRFW", mode);
 877          }
 878          break;
 879       default:
 880          ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadCommonLibraries", "Unknown run mode: %s", mode);
 881          return kFALSE;
 882    }
 883    if (success) {
 884       ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadCommodLibraries", "Load common libraries:    SUCCESS");
 885       ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadCommodLibraries", "Include path for Aclic compilation:\n%s",
 886               gSystem->GetIncludePath());
 887    } else {
 888       ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadCommodLibraries", "Load common libraries:    FAILED");
 889    }
 890
 891    return success;
 892 }
 893
 894 //______________________________________________________________________________
 895 Bool_t LoadAnalysisLibraries(const char *mode)
 896 {
 897 // Load common analysis libraries.
 898    Bool_t success = kTRUE;
 899    if (iESDfilter) {
 900       if (!LoadLibrary("PWG3base", mode, kTRUE) ||
 901           !LoadLibrary("PWG3muon", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 902    }
 903    // JETAN
 904    if (iJETANLib) {
 905      // this part needs some rework in case we do not need the fastjed finders for processing
 906      if (!LoadLibrary("JETAN", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 907      if (!strcmp(mode, "PROOF")){
 908        gProof->Exec("gSystem->Load\(\"/afs/cern.ch/user/d/dperrino/public/libCGAL.so\"\)", kTRUE);
 909        gProof->Exec("gSystem->Load\(\"/afs/cern.ch/user/d/dperrino/public/libfastjet.so\"\)", kTRUE);
 910        // problem when loading siscone copiled with different gcc version??
 911        // gProof->Exec("gSystem->Load\(\"/afs/cern.ch/user/d/dperrino/public/libsiscone.so\"\)", kTRUE);
 912        gProof->Exec("gSystem->Load\(\"/afs/cern.ch/user/d/dperrino/public/libSISConePlugin.so\"\)", kTRUE);
 913      }
 914      if(!kUsePAR){
 915        if (!LoadLibrary("CGAL", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 916        if (!LoadLibrary("fastjet", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 917        if (!LoadLibrary("siscone", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 918        if (!LoadLibrary("SISConePlugin", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 919      }
 920      else{
 921        // par files plus FASTJET needs some extra work... need to change
 922        // the loading sequence in the auto generated .C file
 923        if (!LoadLibrary("libCGAL.so", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 924        if (!LoadLibrary("libfastjet.so", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 925        if (!LoadLibrary("libsiscone.so", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 926        if (!LoadLibrary("libSISConePlugin.so", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 927      }
 928      if (!LoadLibrary("FASTJETAN", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 929    }
 930    if(iPWG4JetTasks){
 931      // PWG4 particle correlations
 932      if (!LoadLibrary("PWG4JetTasks", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 933    }
 934    if(iPWG1QASym){
 935      if (!LoadSource(Form("%s/PWG1/AliAnalysisTaskQASym.cxx",gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT")), mode, kTRUE))return kFALSE;
 936    }
 937    if(iPWG4TmpSourceSara){
 938      if(!kUsePAR)gSystem->AddIncludePath("-I$ALICE_ROOT/include/JetTasks"); // ugly hack!!
 939      if(!LoadSource(Form("%s/PWG4/JetTasks/AliAnalysisTaskEta.cxx",gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT")), mode, kTRUE))return kFALSE;
 940    }
 941    if(iPWG4TmpSourceFrag){
 942      if(!kUsePAR)gSystem->AddIncludePath("-I$ALICE_ROOT/include/JetTasks"); // ugly hack!!
 943      if(!LoadSource(Form("%s/PWG4/JetTasks/AliAnalysisTaskFragFunc.cxx",gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT")), mode, kTRUE))return kFALSE;
 944    }
 945
 946    if (iPWG4PartCorrLibs) {
 947       if (!LoadLibrary("EMCALUtils", mode, kTRUE) ||
 948           !LoadLibrary("PHOSUtils", mode, kTRUE) ||
 949           !LoadLibrary("PWG4PartCorrBase", mode, kTRUE) ||
 950           !LoadLibrary("PWG4PartCorrDep", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 951    }
 952    if (iPWG4JetCorr) {
 953      if (!LoadLibrary("PWG4JetCorrel", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 954    }
 955    if (iPWG4omega3pi) {
 956      if (!LoadLibrary("PWG4omega3pi", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 957    }
 958    if (iPWG4GammaConv) {
 959       if (!LoadLibrary("PWG4GammaConv", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 960    }
 961
 962    ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadAnalysisLibraries", "Load other libraries:   SUCCESS");
 963    return kTRUE;
 964 }
 965
 966 //______________________________________________________________________________
 967 Bool_t LoadLibrary(const char *module, const char *mode, Bool_t rec=kFALSE)
 968 {
 969 // Load a module library in a given mode. Reports success.
 970    Int_t imode = -1;
 971    Int_t result;
 972    TString smodule(module);
 973    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
 974    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
 975    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
 976    TString mod(module);
 977    if (!mod.Length()) {
 978       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadLibrary", "Empty module name");
 979       return kFALSE;
 980    }
 981    // If a library is specified, just load it
 982    if (smodule.EndsWith(".so")) {
 983       mod.Remove(mod.Index(".so"));
 984       result = gSystem->Load(mod);
 985       if (result < 0) {
 986          ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadLibrary", "Could not load library %s", module);
 987          return kFALSE;
 988       }
 989       if (rec) anaLibs += Form("%s.so ",mod.Data());
 990       if (rec) anaLibsExtra += Form("%s.so ",mod.Data());
 991       return kTRUE;
 992    }
 993    // Check if the library is already loaded
 994    if (strlen(gSystem->GetLibraries(Form("%s.so", module), "", kFALSE)) > 0)
 995       return kTRUE;
 996    switch (imode) {
 997       case 0:
 998       case 2:
 999          if (kUsePAR) {
1000             result = SetupPar(module);
1001             if (rec) anaPars += Form("%s.par ", module);
1002          } else {
1003             result = gSystem->Load(Form("lib%s.so", module));
1004             if (rec) anaLibs += Form("lib%s.so ", module);
1005          }
1006          break;
1007       case 1:
1008         if(!gSystem->AccessPathName(module)){
1009           ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadLibrary", "Removing directory %s",module);
1010           gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",module));
1011         }
1012          result = gProof->UploadPackage(module);
1013          if (result<0) {
1014             result = gProof->UploadPackage(gSystem->ExpandPathName(Form("$ALICE_ROOT/%s.par", module)));
1015             if (result<0) {
1016                ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadLibrary", "Could not find module %s.par in current directory nor in $ALICE_ROOT", module);
1017                return kFALSE;
1018             }
1019          }
1020          result = gProof->EnablePackage(module);
1021          break;
1022       default:
1023          return kFALSE;
1024    }
1025    if (result < 0) {
1026       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadLibrary", "Could not load module %s", module);
1027       return kFALSE;
1028    }
1029    return kTRUE;
1030 }
1031
1032
1033
1034 //______________________________________________________________________________
1035 Bool_t LoadSource(const char *source, const char *mode, Bool_t rec=kFALSE)
1036 {
1037 // Load a module library in a given mode. Reports success.
1038    Int_t imode = -1;
1039    Int_t result = -1;
1040    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
1041    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
1042    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
1043    TString ssource(source);
1044    TString basename = gSystem->BaseName(ssource.Data());
1045    if (!ssource.Length()) {
1046       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadSource", "Empty task name");
1047       return kFALSE;
1048    }
1049     // we have a source code so compile it
1050    if (ssource.EndsWith(".cxx")) {
1051      // need to copy it here other wise the path is also used on grid...
1052      ssource.Remove(ssource.Index(".cxx"));
1053      basename.Remove(basename.Index(".cxx"));
1054      Printf("LoadSources:: Copying...  path %s{cxx,h}",ssource.Data());
1055      gSystem->Exec(Form("cp %s.cxx . ",ssource.Data()));
1056      gSystem->Exec(Form("cp %s.h . ",ssource.Data()));
1057      // Path to code
1058      // only needed for local compilation, in grid and proof mode
1059      // the task headers are uploaded
1060      //     path.Remove(path.Index(gSystem->BaseName(path.Data())));
1061      // Printf("LoadSources:: Including path %s",path.Data());
1062      //  if(path.Length()>0)gROOT->ProcessLine(Form(".include %s",path.Data()));
1063      Printf("LoadSources:: Loading...  path %s",basename.Data());
1064      switch (imode) {
1065      case 0:
1066        result = gROOT->LoadMacro(Form("%s.cxx++g",basename.Data()));
1067        break;
1068      case 1:
1069        result = gProof->LoadMacro(Form("%s.cxx++g",basename.Data()));
1070        break;
1071      case 2:
1072        result = gROOT->LoadMacro(Form("%s.cxx++g",basename.Data()));
1073        if (rec){
1074          // what we want to compile
1075          anaSources += Form("%s.cxx ",basename.Data());
1076          // what we need as input...
1077          anaLibs += Form("%s.cxx %s.h ",basename.Data(),basename.Data());
1078        }
1079        break;
1080      default:
1081        return kFALSE;
1082      }
1083    }
1084    if (result < 0) {
1085       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadSources", "Could not load source %s", source);
1086       return kFALSE;
1087    }
1088    return kTRUE;
1089 }
1090
1091
1092 //______________________________________________________________________________
1093 TChain *CreateChain(const char *mode, const char *plugin_mode)
1094 {
1095 // Create the input chain
1096    Int_t imode = -1;
1097    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
1098    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
1099    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
1100    TChain *chain = NULL;
1101    // Local chain
1102    switch (imode) {
1103       case 0:
1104          if (iAODanalysis) {
1105             if (!kLocalXMLDataset.Length()) {
1106                // Local AOD
1107                chain = new TChain("aodTree");
1108                TString line;
1109                ifstream in;
1110                in.open(kLocalDataList.Data());
1111                while (in.good()) {
1112                  in >> line;
1113                  if (line.Length() == 0) continue;
1114                  // cout << " line = " << line << endl;
1115                  chain->Add(line.Data());
1116                }
1117             } else {
1118                // Interactive AOD
1119                chain = CreateChainSingle(kLocalXMLDataset, "aodTree");
1120             }
1121          } else {
1122            if (!kLocalXMLDataset.Length()) {
1123              // Local ESD
1124              chain = new TChain("esdTree");
1125              TString line;
1126              ifstream in;
1127              in.open(kLocalDataList.Data());
1128              while (in.good()) {
1129                in >> line;
1130                if (line.Length() == 0) continue;
1131                cout << " line = " << line << endl;
1132                chain->Add(line.Data());
1133              }
1134            } else {
1135              // Interactive ESD
1136                chain = CreateChainSingle(kLocalXMLDataset, "esdTree");
1137            }
1138          }
1139          break;
1140       case 1:
1141          break;
1142       case 2:
1143          if (kPluginUse) {
1144 //            AliAnalysisGrid *alienHandler = CreateAlienHandler(plugin_mode);
1145 //            AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->SetGridHandler(alienHandler);
1146          } else {
1147             TString           treeName = "esdTree";
1148             if (iAODanalysis) treeName = "aodTree";
1149             chain = CreateChainSingle("wn.xml", treeName);
1150          }
1151          break;
1152       default:
1153    }
1154    if (chain && chain->GetNtrees()) return chain;
1155    return NULL;
1156 }
1157
1158 //______________________________________________________________________________
1159 TChain* CreateChainSingle(const char* xmlfile, const char *treeName)
1160 {
1161    printf("*******************************\n");
1162    printf("*** Getting the ESD Chain   ***\n");
1163    printf("*******************************\n");
1164    TAlienCollection * myCollection  = TAlienCollection::Open(xmlfile);
1165
1166    if (!myCollection) {
1167       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CreateChainSingle", "Cannot create an AliEn collection from %s", xmlfile) ;
1168       return NULL ;
1169    }
1170
1171    TChain* chain = new TChain(treeName);
1172    myCollection->Reset() ;
1173    while ( myCollection->Next() ) chain->Add(myCollection->GetTURL("")) ;
1174    chain->ls();
1175    return chain;
1176 }
1177
1178 //______________________________________________________________________________
1179 Int_t SetupPar(char* pararchivename)
1180 {
1181    if (!pararchivename || !strlen(pararchivename)) return -1;
1182    char processline[1024];
1183    if (gSystem->AccessPathName(Form("%s.par", pararchivename))) {
1184       if (!gSystem->AccessPathName(Form("%s/%s.par", gSystem->Getenv("ALICE_ROOT"),pararchivename))) {
1185          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::SetupPar", "Getting %s.par from $ALICE_ROOT", pararchivename);
1186          TFile::Cp(gSystem->ExpandPathName(Form("$ALICE_ROOT/%s.par", pararchivename)),
1187                    Form("%s.par",pararchivename));
1188       } else {
1189          ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::SetupPar", "Cannot find %s.par", pararchivename);
1190          return -1;
1191       }
1192    }
1193    if (kPluginUse && kSaveTrain) gSystem->Exec(Form("ln -s ../%s.par %s",pararchivename, kTrainName.Data()));
1194    gSystem->Exec(Form("tar xvzf %s.par", pararchivename));
1195
1196    TString ocwd = gSystem->WorkingDirectory();
1197    if (!gSystem->ChangeDirectory(pararchivename)) return -1;
1198
1199    // check for BUILD.sh and execute
1200    if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
1201       printf("*******************************\n");
1202       printf("*** Building PAR archive    ***\n");
1203       printf("*******************************\n");
1204       if (gSystem->Exec("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
1205          Error("runProcess","Cannot Build the PAR Archive! - Abort!");
1206          return -1;
1207       }
1208    }
1209
1210         // check for SETUP.C and execute
1211         if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/SETUP.C")) {
1212             printf("*******************************\n");
1213             printf("*** Setup PAR archive       ***\n");
1214             printf("*******************************\n");
1215             gROOT->Macro("PROOF-INF/SETUP.C");
1216         }
1217         if (!gSystem->ChangeDirectory(ocwd.Data())) return -1;
1218    return 0;
1219 }
1220
1221 //______________________________________________________________________________
1222 AliAnalysisAlien* CreateAlienHandler(const char *plugin_mode)
1223 {
1224 // Check if user has a valid token, otherwise make one. This has limitations.
1225 // One can always follow the standard procedure of calling alien-token-init then
1226 //   source /tmp/gclient_env_$UID in the current shell.
1227    if (!AliAnalysisGrid::CreateToken()) return NULL;
1228    AliAnalysisAlien *plugin = new AliAnalysisAlien();
1229 // Set the run mode (can be "full", "test", "offline", "submit" or "terminate")
1230    plugin->SetRunMode(plugin_mode);
1231    if (kPluginUseProductionMode) plugin->SetProductionMode();
1232    plugin->SetJobTag(kJobTag);
1233    plugin->SetNtestFiles(2);
1234 //   plugin->SetPreferedSE("ALICE::NIHAM::File");
1235 // Set versions of used packages
1236    plugin->SetAPIVersion("V1.1x");
1237    //   plugin->SetAPIVersion("V1.0x");
1238 //   plugin->SetAPIVersion("V2.4");
1239    plugin->SetROOTVersion(kPluginRootVersion);
1240    plugin->SetAliROOTVersion(kPluginAliRootVersion);
1241 // Declare input data to be processed.
1242 // Method 1: Create automatically XML collections using alien 'find' command.
1243 // Define production directory LFN
1244    plugin->SetGridDataDir(kGridDatadir.Data());
1245 // Set data search pattern
1246    if (iAODanalysis) plugin->SetDataPattern(" *AliAOD.root");
1247    else              plugin->SetDataPattern(Form(" %s/*/*ESD.tag.root",kGridPassPattern.Data()));
1248 // ...then add run numbers to be considered
1249 //   plugin->SetRunRange(kGridRunRange[0], kGridRunRange[1]);
1250    for (Int_t i=kGridRunRange[0]; i<=kGridRunRange[1]; i++) {
1251      Printf("AnalysisTrainPWG4Jets Adding run number %s", Form(kGridRunPattern.Data(),i));
1252      plugin->AddRunNumber(Form(kGridRunPattern.Data(),i));
1253    }
1254
1255    if(kGridLocalRunList.Length()>0){
1256      ifstream in1;
1257      in1.open(kGridLocalRunList.Data());
1258      int iRun;
1259      char c;
1260      char cLine[250];
1261      while(!in1.eof()){
1262        c = in1.get();
1263        if ( (c >= '0') && (c <= '9') )
1264          {
1265            in1.putback (c);
1266            in1>>iRun;
1267            Printf("AnalysisTrainPWG4Jets Adding run number from File %s", Form(kGridRunPattern.Data(),iRun));
1268            plugin->AddRunNumber(Form(kGridRunPattern.Data(),iRun));
1269        }
1270      else
1271        {
1272          in1.putback (c);
1273          in1.getline(cLine,250);
1274          Printf("AnalysisTrainPWG4Jets Skipping run number from File %s", cLine);
1275        }
1276      }
1277    }
1278
1279 // Method 2: Declare existing data files (raw collections, xml collections, root file)
1280 // If no path mentioned data is supposed to be in the work directory (see SetGridWorkingDir())
1281 // XML collections added via this method can be combined with the first method if
1282 // the content is compatible (using or not tags)
1283 //   plugin->AddDataFile("tag.xml");
1284 //   plugin->AddDataFile("/alice/data/2008/LHC08c/000057657/raw/Run57657.Merged.RAW.tag.root");
1285 // Define alien work directory where all files will be copied. Relative to alien $HOME.
1286    TString alien_workdir = "";
1287
1288    if (iAODanalysis)  alien_workdir += "analysisAOD";
1289    else               alien_workdir += "analysisESD";
1290    if(kGridDataSet.Length()>0)alien_workdir += Form("/%s",kGridDataSet.Data());
1291    plugin->SetGridWorkingDir(alien_workdir.Data());
1292
1293    // Declare alien output directory. Relative to working directory.
1294    if (!kGridOutdir.Length()) kGridOutdir = Form("output_%s",kTrainName.Data());
1295    plugin->SetGridOutputDir(kGridOutdir);
1296
1297    // Add external packages
1298    if (iJETAN||iDIJETAN) {
1299       plugin->AddExternalPackage("boost::v1_38_0");
1300       plugin->AddExternalPackage("cgal::v3.3.1");
1301       plugin->AddExternalPackage("fastjet::v2.4.0");
1302    }
1303
1304
1305    // set extra libs before par file compilation
1306    anaLibs += kGridExtraFiles;
1307    anaLibs     = anaLibs.Strip();
1308    Printf("anaLibs %s",anaLibs.Data());
1309    Printf("anaLibsExtra %s",anaLibsExtra.Data());
1310
1311    if (anaLibs.Length())          plugin->SetAdditionalLibs(anaLibs.Data());
1312    if (anaLibsExtra.Length())     plugin->SetAdditionalRootLibs(anaLibsExtra.Data());
1313
1314    TString ana_sources = "";
1315    TString ana_add = "";
1316    if (kUsePAR && anaPars.Length()) {
1317       printf("%s\n", anaPars.Data());
1318       TObjArray *arr;
1319       TObjString *objstr;
1320       arr = anaPars.Tokenize(" ");
1321       TIter next(arr);
1322       while ((objstr=(TObjString*)next())) plugin->EnablePackage(objstr->GetString());
1323       delete arr;
1324    }
1325
1326 // Declare the analysis source files names separated by blancs. To be compiled runtime
1327 // using ACLiC on the worker nodes.
1328    ana_sources = anaSources.Strip();
1329 // Declare all libraries (other than the default ones for the framework. These will be
1330 // loaded by the generated analysis macro. Add all extra files (task .cxx/.h) here.
1331
1332    if (ana_sources.Length()) plugin->SetAnalysisSource(ana_sources);
1333    plugin->SetExecutableCommand(kPluginExecutableCommand.Data());
1334 // Declare the output file names separated by blancs.
1335 // (can be like: file.root or file.root@ALICE::Niham::File)
1336    plugin->SetDefaultOutputs();
1337    plugin->SetMergeExcludes(kGridMergeExclude);
1338    plugin->SetMaxMergeFiles(kGridMaxMergeFiles);
1339    plugin->SetNrunsPerMaster(kGridRunsPerMaster);
1340 // Optionally define the files to be archived.
1341 //   plugin->SetOutputArchive("log_archive.zip:stdout,stderr@ALICE::NIHAM::File root_archive.zip:AliAOD.root,AOD.tag.root@ALICE::NIHAM::File");
1342
1343
1344    // Put default output files to archive
1345    TString listhists = "";
1346    TString listaods  = "";
1347    AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
1348    TIter next(mgr->GetOutputs());
1349    AliAnalysisDataContainer *output;
1350    while ((output=(AliAnalysisDataContainer*)next())) {
1351       const char *filename = output->GetFileName();
1352       if (!(strcmp(filename, "default"))) {
1353         if (!mgr->GetOutputEventHandler()) continue;
1354          filename = mgr->GetOutputEventHandler()->GetOutputFileName();
1355          if (listaods.Length()) listaods += " ";
1356          listaods += filename;
1357       } else {
1358         if(!listhists.Contains(filename)){
1359           if (listhists.Length()) listhists += " ";
1360           listhists += filename;
1361         }
1362       }
1363    }
1364
1365    if(kUseSysInfo>0){
1366      if (listhists.Length()) listhists += " ";
1367      listhists += "syswatch.root";
1368    }
1369
1370    if(kIsMC){
1371      if (listaods.Length()) listaods += " ";
1372      listaods += "pyxsec_hists.root";
1373    }
1374
1375
1376    if (mgr->GetExtraFiles().Length()) {
1377      if (listaods.Length()) listaods += " ";
1378      listaods += mgr->GetExtraFiles();
1379    }
1380
1381    // if we do not fill the aod we do not need to store it
1382    kGridMergeExclude = listaods;
1383
1384    if(!kFillAOD){
1385      listaods="";
1386      plugin->SetDefaultOutputs(kFALSE);
1387      plugin->SetOutputFiles(listhists.Data());
1388    }
1389
1390
1391    listaods.ReplaceAll(" ", ",");
1392    listhists.ReplaceAll(" ", ",");
1393    if (listhists.Length()) listhists = Form("hist_archive.zip:%s@%s", listhists.Data(), kGridOutputStorages.Data());;
1394    if (listaods.Length())  listaods  = Form("aod_archive.zip:%s@%s", listaods.Data(), kGridOutputStorages.Data());;
1395
1396    if (!listhists.Length() && !listaods.Length()) {
1397       ::Fatal("AnalysisTrainPWG4Jets", "No task output !");
1398    }
1399
1400
1401
1402    TString outputArchive = "log_archive.zip:stdout,stderr@ALICE::FZK::SE,ALICE::GSI::SE";
1403    if(kUseSysInfo>0)outputArchive = "log_archive.zip:stdout,stderr,syswatch.log@ALICE::FZK::SE,ALICE::GSI::SE";
1404    if (listaods.Length()) {
1405       outputArchive += " ";
1406       outputArchive += listaods;
1407    }
1408    if (listhists.Length()) {
1409       outputArchive += " ";
1410       outputArchive += listhists;
1411    }
1412    plugin->SetOutputArchive(outputArchive);
1413 // Optionally set a name for the generated analysis macro (default MyAnalysis.C)
1414    plugin->SetAnalysisMacro(Form("%s.C", kTrainName.Data()));
1415 // Optionally set maximum number of input files/subjob (default 100, put 0 to ignore)
1416    plugin->SetSplitMaxInputFileNumber(kGridFilesPerJob);
1417 // Optionally set number of failed jobs that will trigger killing waiting sub-jobs.
1418 //   plugin->SetMaxInitFailed(5);
1419 // Optionally resubmit threshold.
1420 //   plugin->SetMasterResubmitThreshold(90);
1421 // Optionally set time to live (default 30000 sec)
1422    plugin->SetTTL(30000);
1423 // Optionally set input format (default xml-single)
1424    plugin->SetInputFormat("xml-single");
1425 // Optionally modify the name of the generated JDL (default analysis.jdl)
1426    plugin->SetJDLName(Form("%s.jdl", kTrainName.Data()));
1427 // Optionally modify the executable name (default analysis.sh)
1428    plugin->SetExecutable(Form("%s.sh", kTrainName.Data()));
1429 // Optionally modify job price (default 1)
1430    plugin->SetPrice(1);
1431 // Optionally modify split mode (default 'se')
1432    plugin->SetSplitMode("se");
1433    return plugin;
1434 }
1435
1436 //______________________________________________________________________________
1437 void WriteConfig()
1438 {
1439 // Write train configuration in a file. The file name has the format:
1440 // train_[trainName]_ddMonthyyyy_time.C
1441    if (kUseDate) {
1442       gSystem->Exec("date +%d%b%Y_%Hh%M > date.tmp");
1443       ifstream fdate("date.tmp");
1444       if (!fdate.is_open()) {
1445          ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Export","Could not generate file name");
1446          return;
1447       }
1448       const char date[64];
1449       fdate.getline(date,64);
1450       fdate.close();
1451       gSystem->Exec("rm date.tmp");
1452       kTrainName = Form("train_%s_%s", kTrainName.Data(), date);
1453    } else {
1454       kTrainName = Form("train_%s", kTrainName.Data());
1455    }
1456    TString cdir = gSystem->WorkingDirectory();
1457    gSystem->MakeDirectory(kTrainName);
1458    gSystem->ChangeDirectory(kTrainName);
1459    ofstream out;
1460    out.open(Form("%sConfig.C",kTrainName.Data()), ios::out);
1461    if (out.bad()) {
1462       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Export", "Cannot open ConfigTrain.C for writing");
1463       return;
1464    }
1465    out << "{" << endl;
1466    out << "   kTrainName      = " << "\"" << kTrainName.Data() << "\";" << endl;
1467    out << "   kProofCluster   = " << "\"" << kProofCluster.Data() << "\";" << endl;
1468    out << "   kProofUseAFPAR        = " << kProofUseAFPAR << ";" << endl;
1469    if (kProofUseAFPAR)
1470       out << "   kProofAFversion       = " << kProofAFversion.Data() << ";" << endl;
1471    out << "   kProofDataSet   = " << "\"" << kProofDataSet.Data() << "\";" << endl;
1472    out << "   kPluginUse       = " << kPluginUse << ";" << endl;
1473    out << "   kUsePAR          = " << kUsePAR << ";" << endl;
1474    out << "   kUseCPAR         = " << kUseCPAR << ";" << endl;
1475    out << "   kPluginRootVersion    = " << "\"" << kPluginRootVersion.Data() << "\";" << endl;
1476    out << "   kPluginAliRootVersion = " << "\"" << kPluginAliRootVersion.Data() << "\";" << endl;
1477    out << "   kGridDatadir   = " << "\"" << kGridDatadir.Data() << "\";" << endl;
1478    if (!kGridOutdir.Length()) kGridOutdir = Form("output_%s",kTrainName.Data());
1479    out << "   kGridOutdir    = " << "\"" << kGridOutdir.Data() << "\";" << endl;
1480    out << "   kGridMaxMergeFiles   = " << kGridMaxMergeFiles << ";" << endl;
1481    out << "   kGridMergeExclude    = " << "\"" << kGridMergeExclude.Data() << "\";" << endl;
1482    out << "   kGridRunsPerMaster  = " << kGridRunsPerMaster << ";" << endl;
1483    out << "   kGridFilesPerJob    = " << kGridFilesPerJob << ";" << endl;
1484    out << "   kGridRunRange[0]    = " << kGridRunRange[0] << ";" << endl;
1485    out << "   kGridRunRange[1]    = " << kGridRunRange[1] << ";" << endl;
1486    out << "   kUseDebug          = " << kUseDebug << ";" << endl;
1487    out << "   kUseMC           = " << kUseMC << ";" << endl;
1488    out << "   kUseESDTags         = " << kUseESDTags << ";" << endl;
1489    out << "   kUseKinefilter      = " << kUseKinefilter << ";" << endl;
1490    out << "   kUseTR           = " << kUseTR << ";" << endl;
1491    out << "   kUseAODTags      = " << kUseAODTags << ";" << endl;
1492    out << "   kSaveTrain       = " << "kFALSE;" << endl << endl;
1493    out << "   // Analysis modules" << endl;
1494    out << "   iAODanalysis    = " << iAODanalysis << ";" << endl;
1495    out << "   iAODhandler     = " << iAODhandler << ";" << endl;
1496    out << "   iESDfilter      = " << iESDfilter << ";" << endl;
1497    out << "   iJETAN          = " << iJETAN << ";" << endl;
1498    out << "// Configuration fot the wagons" << endl;
1499    out << "}" << endl;
1500    ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::WriteConfig", "Train configuration wrote to file %s", Form("config_%s.C", kTrainName.Data()));
1501    gSystem->ChangeDirectory(cdir);
1502 }
1503
1504 //______________________________________________________________________________
1505 Bool_t LoadConfig(const char *filename)
1506 {
1507 // Read train configuration from file
1508    if (gSystem->AccessPathName(filename)) {
1509       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadConfig", "Config file name not found");
1510       return kFALSE;
1511    }
1512    gROOT->ProcessLine(Form(".x %s", filename));
1513    ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadConfig", "Train configuration loaded from file %s", filename);
1514    return kTRUE;
1515 }
1516
1517 Bool_t PatchJDL(){
1518   Printf(">>> Patching JDL");
1519   AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
1520   AliAnalysisAlien*    gridHandler = (AliAnalysisAlien*)mgr->GetGridHandler();
1521   TGridJDL *jdl = gridHandler->GetGridJDL();
1522   if(iJETAN)jdl->AddToPackages("fastjet","v2.4.0");
1523   gridHandler->WriteJDL(kFALSE);
1524   Printf("<<<  Patching JDL");
1525   return kTRUE;
1526 }
1527
1528 Bool_t PatchAnalysisMacro(){
1529     Printf(">>> Patching AnalysisMacro");
1530     gSystem->Exec(Form("mv %s.C %s.C_tmp",kTrainName.Data(),kTrainName.Data()));
1531
1532   ifstream in1;
1533   in1.open(Form("%s.C_tmp", kTrainName.Data()));
1534   char cLine[250];
1535   TString st;
1536   while(in1.getline(cLine,250)){
1537     st += cLine;
1538     st += "\n";
1539   }
1540   Int_t index;
1541   index = st.Index("gSystem->Load(\"libPhysics\");");
1542   index += strlen("gSystem->Load(\"libPhysics\");");
1543   if(iJETAN&&kUsePAR){
1544     TObjArray *arr;
1545     TObjString *objstr;
1546     arr = anaLibs.Tokenize(" ");
1547     TIter next(arr);
1548     TString add = "";
1549     add += "\n\n // added by CKB \n";
1550     while ((objstr=(TObjString*)next())){
1551       if(objstr->GetString().Contains("PWG3"))continue;
1552       if(objstr->GetString().EndsWith(".so"))add += Form("gSystem->Load(\"%s\");\n",objstr->GetString().Data());
1553     }
1554     delete arr;
1555     //    add += Form("AliLog::SetGlobalLogLevel(%d);\n",AliLog::GetGlobalLogLevel());
1556     add += "// BKC \n\n";
1557     st.Insert(index,add.Data());
1558   }
1559
1560   if(kUseDebug){
1561     st.Insert(index,"\n gROOT->ProcessLine(\".trace\"); // CKB \n");
1562   }
1563
1564   index = st.Index("gSystem->AddIncludePath");
1565   st.Insert(index,"// CKB ");
1566
1567   ofstream out;
1568   out.open(Form("%s.C", kTrainName.Data()));
1569   if (out.bad()) {
1570     return kFALSE;
1571   }
1572   out << st << endl;
1573   Printf("<<< Patching AnalysisMacro");
1574   return kTRUE;
1575
1576 }