PWG4/macros/QA/ana.C

   1 /* $Id:  $ */
   2 //--------------------------------------------------
   3 // Example macro to do analysis with the
   4 // analysis classes in PWG4PartCorr
   5 // Can be executed with Root and AliRoot
   6 //
   7 // Pay attention to the options and definitions
   8 // set in the lines below
   9 //
  10 //  Author : Gustavo Conesa Balbastre (INFN-LNF)
  11 //
  12 //-------------------------------------------------
  13 enum anaModes {mLocal, mLocalCAF,mPROOF,mGRID};
  14 //mLocal: Analyze locally files in your computer
  15 //mLocalCAF: Analyze locally CAF files
  16 //mPROOF: Analyze CAF files with PROOF
  17
  18 //---------------------------------------------------------------------------
  19 //Settings to read locally several files, only for "mLocal" mode
  20 //The different values are default, they can be set with environmental
  21 //variables: INDIR, PATTERN, NFILES, respectivelly
  22 char * kInDir = "/user/data/files/";
  23 char * kPattern = ""; // Data are in files kInDir/kPattern+i
  24 Int_t kFile = 1; // Number of files
  25 //---------------------------------------------------------------------------
  26 //Collection file for grid analysis
  27 char * kXML = "collection.xml";
  28 //---------------------------------------------------------------------------
  29 //Scale histograms from file. Change to kTRUE when xsection file exists
  30 //Put name of file containing xsection
  31 //Put number of events per ESD file
  32 //This is an specific case for normalization of Pythia files.
  33 const Bool_t kGetXSectionFromFileAndScale = kFALSE ;
  34 const char * kXSFileName = "pyxsec.root";
  35 //---------------------------------------------------------------------------
  36
  37 const Bool_t kMC = kFALSE; //With real data kMC = kFALSE
  38 const TString kInputData = "ESD"; //ESD, AOD, MC
  39 TString kTreeName = "esdTree";
  40
  41 void ana(Int_t mode=mLocal)
  42 {
  43   // Main
  44
  45   //--------------------------------------------------------------------
  46   // Load analysis libraries
  47   // Look at the method below,
  48   // change whatever you need for your analysis case
  49   // ------------------------------------------------------------------
  50   LoadLibraries(mode) ;
  51
  52   //-------------------------------------------------------------------------------------------------
  53   //Create chain from ESD and from cross sections files, look below for options.
  54   //-------------------------------------------------------------------------------------------------
  55   if(kInputData == "ESD") kTreeName = "esdTree" ;
  56   else if(kInputData == "AOD") kTreeName = "aodTree" ;
  57   else if (kInputData == "MC") kTreeName = "TE" ;
  58   else {
  59     cout<<"Wrong  data type "<<kInputData<<endl;
  60     break;
  61   }
  62
  63   TChain *chain       = new TChain(kTreeName) ;
  64   TChain * chainxs = new TChain("Xsection") ;
  65   CreateChain(mode, chain, chainxs);
  66
  67   if(chain){
  68     AliLog::SetGlobalLogLevel(AliLog::kError);//Minimum prints on screen
  69
  70     //--------------------------------------
  71     // Make the analysis manager
  72     //-------------------------------------
  73     AliAnalysisManager *mgr  = new AliAnalysisManager("Manager", "Manager");
  74     // MC handler
  75     if((kMC || kInputData == "MC") && kInputData!="AOD"){
  76       AliMCEventHandler* mcHandler = new AliMCEventHandler();
  77       mcHandler->SetReadTR(kFALSE);//Do not search TrackRef file
  78       mgr->SetMCtruthEventHandler(mcHandler);
  79           if( kInputData == "MC") mgr->SetInputEventHandler(NULL);
  80     }
  81
  82     // AOD output handler
  83      AliAODHandler* aodoutHandler   = new AliAODHandler();
  84     aodoutHandler->SetOutputFileName("aod.root");
  85     ////aodoutHandler->SetCreateNonStandardAOD();
  86     mgr->SetOutputEventHandler(aodoutHandler);
  87
  88     //input
  89     if(kInputData == "ESD")
  90         {
  91       // ESD handler
  92       AliESDInputHandler *esdHandler = new AliESDInputHandler();
  93       mgr->SetInputEventHandler(esdHandler);
  94           cout<<"ESD handler "<<mgr->GetInputEventHandler()<<endl;
  95         }
  96     if(kInputData == "AOD"){
  97       // AOD handler
  98       AliAODInputHandler *aodHandler = new AliAODInputHandler();
  99       mgr->SetInputEventHandler(aodHandler);
 100           cout<<"AOD handler "<<mgr->GetInputEventHandler()<<endl;
 101
 102     }
 103
 104      //mgr->SetDebugLevel(-1); // For debugging, do not uncomment if you want no messages.
 105
 106     //-------------------------------------------------------------------------
 107     //Define task, put here any other task that you want to use.
 108     //-------------------------------------------------------------------------
 109     AliAnalysisDataContainer *cinput1 = mgr->GetCommonInputContainer();
 110     AliAnalysisDataContainer *coutput1 = mgr->GetCommonOutputContainer();
 111
 112     //gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros/AddTaskESDFilter.C");
 113     //AliAnalysisTaskESDfilter *taskesdfilter = AddTaskESDFilter(kTRUE);
 114
 115     //gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskPartCorr.C");
 116
 117
 118     //AliAnalysisTaskParticleCorrelation *taskEMCAL = AddTaskPartCorr("AOD","EMCAL", kTRUE,kTRUE);
 119     //mgr->AddTask(taskEMCAL);
 120     //AliAnalysisTaskParticleCorrelation *taskPHOS  = AddTaskPartCorr("AOD","PHOS", kTRUE);
 121     //mgr->AddTask(taskPHOS);
 122
 123     //gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskCalorimeterQA.C");
 124     gROOT->LoadMacro("AddTaskCalorimeterQA.C");
 125     AliAnalysisTaskParticleCorrelation *taskQA = AddTaskCalorimeterQA(kInputData,kFALSE,kTRUE);
 126
 127     //gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskomega3pi.C");
 128     //AliAnalysisTaskOmegaPi0PiPi * taskomega = AddTaskomega3pi();
 129     //mgr->AddTask(taskomega);
 130
 131
 132
 133     //-----------------------
 134     // Run the analysis
 135     //-----------------------
 136     TString smode = "";
 137     if (mode==mLocal || mode == mLocalCAF)
 138       smode = "local";
 139     else if (mode==mPROOF)
 140       smode = "proof";
 141     else if (mode==mGRID)
 142       smode = "grid";
 143
 144     mgr->InitAnalysis();
 145     mgr->PrintStatus();
 146     mgr->StartAnalysis(smode.Data(),chain);
 147
 148 cout <<" Analysis ended sucessfully "<< endl ;
 149
 150   }
 151   else cout << "Chain was not produced ! "<<endl;
 152
 153 }
 154
 155 void  LoadLibraries(const anaModes mode) {
 156
 157   //--------------------------------------
 158   // Load the needed libraries most of them already loaded by aliroot
 159   //--------------------------------------
 160   gSystem->Load("libTree.so");
 161   gSystem->Load("libGeom.so");
 162   gSystem->Load("libVMC.so");
 163   gSystem->Load("libXMLIO.so");
 164
 165   //----------------------------------------------------------
 166   // >>>>>>>>>>> Local mode <<<<<<<<<<<<<<
 167   //----------------------------------------------------------
 168   if (mode==mLocal || mode == mLocalCAF || mode == mGRID) {
 169     //--------------------------------------------------------
 170     // If you want to use already compiled libraries
 171     // in the aliroot distribution
 172     //--------------------------------------------------------
 173     //gSystem->Load("/Users/Gustavo/Work/analysis/STEERBase/libSTEERBase.so");
 174     //gSystem->Load("/Users/Gustavo/Work/analysis/ESD/libESD.so");
 175     //gSystem->Load("/Users/Gustavo/Work/analysis/AOD/libAOD.so");
 176     //gSystem->Load("/Users/Gustavo/Work/analysis/ANALYSIS/libANALYSIS.so");
 177     //gSystem->Load("/Users/Gustavo/Work/analysis/ANALYSISalice/libANALYSISalice.so");
 178     //gSystem->Load("libPHOSUtils");
 179     //gSystem->Load("/Users/Gustavo/Work/analysis/PWG4PartCorrBase/libPWG4PartCorrBase.so");
 180     //gSystem->Load("/Users/Gustavo/Work/analysis/PWG4PartCorrDep/libPWG4PartCorrDep.so");
 181
 182     gSystem->Load("libSTEERBase.so");
 183     gSystem->Load("libESD.so");
 184     gSystem->Load("libAOD.so");
 185     gSystem->Load("libANALYSIS.so");
 186     gSystem->Load("libANALYSISalice.so");
 187     gSystem->Load("libPHOSUtils");
 188     gSystem->Load("libEMCALUtils");
 189     gSystem->Load("libPWG4PartCorrBase.so");
 190     gSystem->Load("libPWG4PartCorrDep.so");
 191 //     gSystem->Load("libPWG4omega3pi.so");
 192 //     gSystem->Load("libCORRFW.so");
 193 //     gSystem->Load("libPWG3base.so");
 194 //     gSystem->Load("libPWG3muon.so");
 195
 196     //--------------------------------------------------------
 197     //If you want to use root and par files from aliroot
 198     //--------------------------------------------------------
 199 //     SetupPar("STEERBase");
 200 //     SetupPar("ESD");
 201 //     SetupPar("AOD");
 202 //     SetupPar("ANALYSIS");
 203 //     SetupPar("ANALYSISalice");
 204 //     //If your analysis needs PHOS geometry uncomment following lines
 205 //     SetupPar("PHOSUtils");
 206 //     SetupPar("EMCALUtils");
 207 //     //       //Create Geometry
 208 //     //    TGeoManager::Import("geometry.root") ; //need file "geometry.root" in local dir!!!!
 209 //     SetupPar("PWG4PartCorrBase");
 210 //     SetupPar("PWG4PartCorrDep");
 211 //     //SetupPar("PWG4omega3pi");
 212   }
 213
 214   //---------------------------------------------------------
 215   // <<<<<<<<<< PROOF mode >>>>>>>>>>>>
 216   //---------------------------------------------------------
 217   else if (mode==mPROOF) {
 218     //
 219     // Connect to proof
 220     // Put appropriate username here
 221     // TProof::Reset("proof://mgheata@lxb6046.cern.ch");
 222     TProof::Open("proof://mgheata@lxb6046.cern.ch");
 223
 224     //    gProof->ClearPackages();
 225     //    gProof->ClearPackage("ESD");
 226     //    gProof->ClearPackage("AOD");
 227     //    gProof->ClearPackage("ANALYSIS");
 228     //    gProof->ClearPackage("PWG4PartCorrBase");
 229     //    gProof->ClearPackage("PWG4PartCorrDep");
 230
 231     // Enable the STEERBase Package
 232     gProof->UploadPackage("STEERBase.par");
 233     gProof->EnablePackage("STEERBase");
 234     // Enable the ESD Package
 235     gProof->UploadPackage("ESD.par");
 236     gProof->EnablePackage("ESD");
 237     // Enable the AOD Package
 238     gProof->UploadPackage("AOD.par");
 239     gProof->EnablePackage("AOD");
 240     // Enable the Analysis Package
 241     gProof->UploadPackage("ANALYSIS.par");
 242     gProof->EnablePackage("ANALYSIS");
 243         // Enable the PHOS geometry Package
 244     //gProof->UploadPackage("PHOSUtils.par");
 245     //gProof->EnablePackage("PHOSUtils");
 246     // Enable PartCorr analysis
 247     gProof->UploadPackage("PWG4PartCorrBase.par");
 248     gProof->EnablePackage("PWG4PartCorrBase");
 249         gProof->UploadPackage("PWG4PartCorrDep.par");
 250     gProof->EnablePackage("PWG4PartCorrDep");
 251     gProof->ShowEnabledPackages();
 252   }
 253
 254 }
 255
 256 void SetupPar(char* pararchivename)
 257 {
 258   //Load par files, create analysis libraries
 259   //For testing, if par file already decompressed and modified
 260   //classes then do not decompress.
 261
 262   TString cdir(Form("%s", gSystem->WorkingDirectory() )) ;
 263   TString parpar(Form("%s.par", pararchivename)) ;
 264   if ( gSystem->AccessPathName(parpar.Data()) ) {
 265     gSystem->ChangeDirectory(gSystem->Getenv("ALICE_ROOT")) ;
 266     TString processline(Form(".! make %s", parpar.Data())) ;
 267     gROOT->ProcessLine(processline.Data()) ;
 268     gSystem->ChangeDirectory(cdir) ;
 269     processline = Form(".! mv $ALICE_ROOT/%s .", parpar.Data()) ;
 270     gROOT->ProcessLine(processline.Data()) ;
 271   }
 272   if ( gSystem->AccessPathName(pararchivename) ) {
 273     TString processline = Form(".! tar xvzf %s",parpar.Data()) ;
 274     gROOT->ProcessLine(processline.Data());
 275   }
 276
 277   TString ocwd = gSystem->WorkingDirectory();
 278   gSystem->ChangeDirectory(pararchivename);
 279
 280   // check for BUILD.sh and execute
 281   if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
 282     printf("*******************************\n");
 283     printf("*** Building PAR archive    ***\n");
 284     cout<<pararchivename<<endl;
 285     printf("*******************************\n");
 286
 287     if (gSystem->Exec("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
 288       Error("runProcess","Cannot Build the PAR Archive! - Abort!");
 289       return -1;
 290     }
 291   }
 292   // check for SETUP.C and execute
 293   if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/SETUP.C")) {
 294     printf("*******************************\n");
 295     printf("*** Setup PAR archive       ***\n");
 296     cout<<pararchivename<<endl;
 297     printf("*******************************\n");
 298     gROOT->Macro("PROOF-INF/SETUP.C");
 299   }
 300
 301   gSystem->ChangeDirectory(ocwd.Data());
 302   printf("Current dir: %s\n", ocwd.Data());
 303 }
 304
 305
 306
 307 void CreateChain(const anaModes mode, TChain * chain, TChain * chainxs){
 308   //Fills chain with data
 309   TString ocwd = gSystem->WorkingDirectory();
 310
 311   //-----------------------------------------------------------
 312   //Analysis of CAF data locally and with PROOF
 313   //-----------------------------------------------------------
 314   if(mode ==mPROOF || mode ==mLocalCAF){
 315     // Chain from CAF
 316     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG0/CreateESDChain.C");
 317     // The second parameter is the number of input files in the chain
 318     chain = CreateESDChain("ESD12001.txt", 5);
 319   }
 320
 321   //---------------------------------------
 322   //Local files analysis
 323   //---------------------------------------
 324   else if(mode == mLocal){
 325     //If you want to add several ESD files sitting in a common directory INDIR
 326     //Specify as environmental variables the directory (INDIR), the number of files
 327     //to analyze (NFILES) and the pattern name of the directories with files (PATTERN)
 328
 329     if(gSystem->Getenv("INDIR"))
 330       kInDir = gSystem->Getenv("INDIR") ;
 331     else cout<<"INDIR not set, use default: "<<kInDir<<endl;
 332
 333     if(gSystem->Getenv("PATTERN"))
 334       kPattern = gSystem->Getenv("PATTERN") ;
 335     else  cout<<"PATTERN not set, use default: "<<kPattern<<endl;
 336
 337     if(gSystem->Getenv("NFILES"))
 338       kFile = atoi(gSystem->Getenv("NFILES")) ;
 339     else cout<<"NFILES not set, use default: "<<kFile<<endl;
 340
 341     //Check if env variables are set and are correct
 342     if ( kInDir  && kFile) {
 343       printf("Get %d files from directory %s\n",kFile,kInDir);
 344       if ( ! gSystem->cd(kInDir) ) {//check if ESDs directory exist
 345         printf("%s does not exist\n", kInDir) ;
 346         return ;
 347       }
 348
 349       //if(gSystem->Getenv("XSFILE"))
 350       //kXSFileName = gSystem->Getenv("XSFILE") ;
 351       //else cout<<" XS file name not set, use default: "<<kXSFileName<<endl;
 352       char * kGener = gSystem->Getenv("GENER");
 353       if(kGener) {
 354         cout<<"GENER "<<kGener<<endl;
 355         if(!strcmp(kGener,"PYTHIA")) kXSFileName = "pyxsec.root";
 356         else if(!strcmp(kGener,"HERWIG")) kXSFileName = "hexsec.root";
 357         else cout<<" UNKNOWN GENER, use default: "<<kXSFileName<<endl;
 358       }
 359       else cout<<" GENER not set, use default xs file name: "<<kXSFileName<<endl;
 360
 361       cout<<"INDIR   : "<<kInDir<<endl;
 362       cout<<"NFILES  : "<<kFile<<endl;
 363       cout<<"PATTERN : " <<kPattern<<endl;
 364       cout<<"XSFILE  : "<<kXSFileName<<endl;
 365
 366       TString datafile="";
 367       if(kInputData == "ESD") datafile = "AliESDs.root" ;
 368       else if(kInputData == "AOD") datafile = "AliAOD.root" ;
 369       else if(kInputData == "MC")  datafile = "galice.root" ;
 370
 371       //Loop on ESD files, add them to chain
 372       Int_t event =0;
 373       Int_t skipped=0 ;
 374       char file[120] ;
 375       char filexs[120] ;
 376
 377       for (event = 0 ; event < kFile ; event++) {
 378         sprintf(file, "%s/%s%d/%s", kInDir,kPattern,event,datafile.Data()) ;
 379         sprintf(filexs, "%s/%s%d/%s", kInDir,kPattern,event,kXSFileName) ;
 380         TFile * fESD = 0 ;
 381         //Check if file exists and add it, if not skip it
 382         if ( fESD = TFile::Open(file)) {
 383           if ( fESD->Get(kTreeName) ) {
 384             printf("++++ Adding %s\n", file) ;
 385             chain->AddFile(file);
 386             chainxs->Add(filexs) ;
 387           }
 388         }
 389         else {
 390           printf("---- Skipping %s\n", file) ;
 391           skipped++ ;
 392         }
 393       }
 394       printf("number of entries # %lld, skipped %d\n", chain->GetEntries(), skipped*100) ;
 395     }
 396     else {
 397       TString input = "AliESDs.root" ;
 398       cout<<">>>>>> No list added, take a single file <<<<<<<<< "<<input<<endl;
 399       chain->AddFile(input);
 400     }
 401
 402   }// local files analysis
 403
 404   //------------------------------
 405   //GRID xml files
 406   //-----------------------------
 407   else if(mode == mGRID){
 408     //Get colection file. It is specified by the environmental
 409     //variable XML
 410
 411     if(gSystem->Getenv("XML") )
 412       kXML = gSystem->Getenv("XML");
 413     else
 414       sprintf(kXML, "collection.xml") ;
 415
 416     if (!TFile::Open(kXML)) {
 417       printf("No collection file with name -- %s -- was found\n",kXML);
 418       return ;
 419     }
 420     else cout<<"XML file "<<kXML<<endl;
 421
 422     //Load necessary libraries and connect to the GRID
 423     gSystem->Load("libNetx.so") ;
 424     gSystem->Load("libRAliEn.so");
 425     TGrid::Connect("alien://") ;
 426
 427     //Feed Grid with collection file
 428     //TGridCollection * collection =  (TGridCollection*)gROOT->ProcessLine(Form("TAlienCollection::Open(\"%s\", 0)", kXML));
 429     TGridCollection * collection = (TGridCollection*) TAlienCollection::Open(kXML);
 430     if (! collection) {
 431       AliError(Form("%s not found", kXML)) ;
 432       return kFALSE ;
 433     }
 434     TGridResult* result = collection->GetGridResult("",0 ,0);
 435
 436     // Makes the ESD chain
 437     printf("*** Getting the Chain       ***\n");
 438     for (Int_t index = 0; index < result->GetEntries(); index++) {
 439       TString alienURL = result->GetKey(index, "turl") ;
 440       cout << "================== " << alienURL << endl ;
 441       chain->Add(alienURL) ;
 442       alienURL.ReplaceAll("AliESDs.root",kXSFileName);
 443       chainxs->Add(alienURL) ;
 444     }
 445   }// xml analysis
 446
 447   gSystem->ChangeDirectory(ocwd.Data());
 448 }
 449
 450 //________________________________________________
 451 void GetAverageXsection(TTree * tree, Double_t & xs, Float_t & ntr)
 452 {
 453   // Read the PYTHIA statistics from the file pyxsec.root created by
 454   // the function WriteXsection():
 455   // integrated cross section (xsection) and
 456   // the  number of Pyevent() calls (ntrials)
 457   // and calculate the weight per one event xsection/ntrials
 458   // The spectrum calculated by a user should be
 459   // multiplied by this weight, something like this:
 460   // TH1F *userSpectrum ... // book and fill the spectrum
 461   // userSpectrum->Scale(weight)
 462   //
 463   // Yuri Kharlov 19 June 2007
 464   // Gustavo Conesa 15 April 2008
 465   Double_t xsection = 0;
 466   UInt_t    ntrials = 0;
 467   xs = 0;
 468   ntr = 0;
 469
 470   Int_t nfiles =  tree->GetEntries()  ;
 471   if (tree && nfiles > 0) {
 472     tree->SetBranchAddress("xsection",&xsection);
 473     tree->SetBranchAddress("ntrials",&ntrials);
 474     for(Int_t i = 0; i < nfiles; i++){
 475       tree->GetEntry(i);
 476       xs += xsection ;
 477       ntr += ntrials ;
 478       cout << "xsection " <<xsection<<" ntrials "<<ntrials<<endl;
 479     }
 480
 481     xs =   xs /  nfiles;
 482     ntr =  ntr / nfiles;
 483     cout << "-----------------------------------------------------------------"<<endl;
 484     cout << "Average of "<< nfiles<<" files: xsection " <<xs<<" ntrials "<<ntr<<endl;
 485     cout << "-----------------------------------------------------------------"<<endl;
 486   }
 487   else cout << " >>>> Empty tree !!!! <<<<< "<<endl;
 488
 489 }
 490
 491
 492